Genomas de procariotas y de orgnulos

eucariotas
Los procariotas carecen de compartimentos internos extensos. Se distinguen dos grupos:

- Las bacterias que incluyen la mayora de los procariotas ms comunes

- Las arqueas que no estn tan bien estudiadas y se han hallado, en su mayora en
ambientes extremos.

Cromosomas ESTRUCTURA EFMERA!!!!

1. Caractersticas fsicas de los genomas procariotas

Son muy diferentes a los eucariotas, en particular con respecto a su organizacin fsica dentro
de la clula.

1.1. Los cromosomas procariotas

En general, el genoma procariota est contenido en una sola molcula de DNA circular, ubicada
en el nucleoide, la regin de tincin clara, por lo dems sin rasgos caractersticos. Esto es vlido
para E. coli y muchas de las otras bacterias estudiadas con frecuencia. Sin embargo, gracias a los
conocimientos cada vez ms profundos sobre los genomas procariotas estn surgiendo
numerosas excepciones.

Nucleoide de Escherichia coli. C orte transversal de una clula en divisin. El

nucleoide es la zona de tincin clara dentro de la clula.

Concepto tradicional del cromosoma procarionte

El genoma debe comprimirse en un espacio relativamente pequeo (el cromosoma circular de

E. coli mide 1.6 mm, mientras que una clula de E. coli mide solo 2 (genoma humano 1.5 m))
y, esto solo se logra con la ayuda de protenas de unin al DNA, que empaquetan el genoma de
forma organizada.

El genoma circular de E. coli est superenrollado. El superenrollamiento aparece cuando se

introducen giros adicionales en la doble hlice del DNA (superenrollamiento positivo) o si se
eliminan giros (superenrollamiento negativo). En una molcula lineal, la fuerza de torsin
introducida por superenrollamiento o subenrollamiento se libera de inmediato por la rotacin
de los extremos de la molcula de DNA, pero una molcula circular, que no tiene extremos, no
puede reducir la fuerza de este modo. La molcula circular responde enrollndose alrededor de
s misma para formar una estructura ms compacta. Se piensa que en E. coli el
superenrollamiento es generado y controlado por las enzimas DNA girasa y DNA topoisomerasa
I.
Superenrollamiento. El diagrama muestra como el desenrollamiento de una
molcula de DNA circular bicatenario da por resultado un superenrollamiento
negativo.

Los estudios sugieren que la molcula de DNA de E. coli no tiene libertad de rotacin ilimitada
una vez que se produce una rotura. La explicacin ms probable es que el DNA bacteriano est
unido a protenas que restringen su capacidad de relajacin, de modo que la rotacin en un sitio
de rotura determina la prdida del superenrollamiento de solo un pequeo segmento de la
molcula. Las protenas restringen la relajacin

Modelo de la estructura del nucleoide de E. coli. Entre 40 y 50 bucles

superenrollados de DNA irradian de las protenas centrales. En cada loop de DNA
superenrollado ~100 kb

Segn el modelo actual, el DNA de E. coli est unido a un ncleo de

protenas del que irradian hacia fuera de 40 a 50 bucles
superenrollados, dentro de la clula. Cada bucle contiene alrededor
de 100 kb de DNA superenrollado, la cantidad de DNA que se
desenrolla despus de una sola rotura. El componente proteico del
nucleoide comprende las dos enzimas nombradas anteriormente,
as como un conjunto de no menos de cuatro protenas que se
piensa desarrollan un papel ms especfico en el empaquetamiento
del DNA bacteriano. La ms abundante es la protena HU, cuya
estructura es muy diferente de la de las histonas, pero que acta
de un modo similar.
Una de las razones por las cuales las arqueas se consideran un grupo distinto de organismos,
diferente de las bacterias, es que no tienen protenas de empaquetamiento como las HU, sino
protenas mucho ms similares a las histonas.

Cromosoma procariota vs. cromosoma eucariota

Cromosomas procariotas Cromosomas eucariotas
Muchos procariotas contienen un nico Mltiples cromosomas lineales
cromosoma circular
Estn condensados en el nucleoide gracias al Estn condensados en un ncleo limitado por
superenrollamiento del DNA y a la unin con membrana gracias a las histonas
diversas protenas estructurales (de forma
poco organizada)
El DNA procariota puede interactuar con el En eucariotas la transcripcin ocurre en el
citoplasma, por tanto, la transcripcin y la ncleo, y la traduccin en el citoplasma.
traduccin ocurren de forma simultanea
La mayora de los procariotas contienen solo La mayora de eucariotas contienen dos
una copia de cada gen (son haploides) copias de cada gen (diploides ligado a la
reproduccin sexual) evolutivamente, se
alcanza ms diversidad gentica
Recombinacin evitar errores en la
descendencia
Los genes procariotas no esenciales estn Algunos genomas eucariotas estn
comnmente codificados por plsmidos organizados en opernes pero la mayora no.
extracromosomicos Los plsmidos extracromosomicos no estn
presentes comnmente e eucariotas
Los genomas procariotas son eficientes y Contienen grandes cantidades de DNA no
compactos, contienen muy poco DNA codificante y repetitivo.
repetitivo
Las diferencias fsicas entre eucariotas y procariotas conducen a diferencias en la transcripcin
y la traduccin.

Algunas bacterias tienen genomas lineales o multipartitos

La vasta mayora de los cromosomas de bacterias y arqueobacterias que se han estudiado son
una sola molcula circular de DNA, pero se est descubriendo un nmero cada vez mayor de
versiones lineales. Por ejemplo, Borrelium o Agrobacterium

La mayora de las bacterias tienen genomas circulares, pero hay algunas con genoma lineal como
por ejemplo Borrelia o Agrobacterium. Las molculas lineales tienen extremos libres que
requieren de estructuras terminalessimilares a los telomeros. Algunos tambin tienen el
genoma en diferentes partes, lo que hace difcil distinguirlo de los plsmidos. En estos genomas
multipartitos, genomas que estn divididos en dos o mas molculas de DNA, suele ser un
problema distinguir una parte genuina del genoma de un plasmido. Un plasmido es un pqueo
fragmento de DNA, a menudo circular, que coexiste con el cromosoma principal. Los plsmidos
contienen genes que no suelen estar opresentes en el cromosoma principal, pero que, en
muchos casos, no son esenciales para la bacteria y codifican caractersticas, como la resistencia
a antibiticos (a productos de hongos), que la bacteria no necesita si las condiciones ambientales
son favorables. Adems, muchos plsmidos se pueden transferair de una clula a otra, incluso
entre especies diferentes. Para que se mantenga, es necesario un alto nmero de copias por
clula.
Los plsmidos son pequeas molculas de DNA
circular, que se encuentran dentro de algunas
clulas procariotas.

Una bacteria como E. coli K12 tiene un cromosoma de 4.6 Mb puede albergar diversas
combinaciones plsmidos, ninguno de los cuales mide ms que unas pocas Kb y todos son
prescindibles. En algunos procariotas no es tan fcil distinguir el genoma principal de los
plsmidos. Por ejemplo, con la bacteria causante la peste negra no fue posible encontrar el
origen de la patogenicidad ante la imposible diferenciacin entre plsmidos y genoma principal
(paper).
 2. Caractersticas genticas de los genomas procariotas
La localizacin de los genes en procariotas es mucho ms fcil que en eucariotas; en la mayora
de los genomas procariotas que han sido secuenciados, se cuenta con estimaciones
razonablemente exactas de la cantidad de genes y listas bastante completas de sus funciones.

2.1. Cmo se organizan los genes en un genoma procariota?

Los genomas bacterianos muestran organizaciones genticas compactas con muy poco espacio
entre los genes. En la figura se muestra el mapa gnico circular, completo, del genoma de E. coli
K12. En el genoma de E. coli, hay DNA no codificante, pero este representa solo el 11% del total
y est distribuido por el genoma en pequeos segmentos. Los genomas procariotas tienen muy
poco espacio desperdiciado.

Se muestra el mapa con el origen de replicacin ubicado en la parte superior de E.

coli K12. Los genes del lado externo son transcritos en sentido horario y los del
lado interno, en sentido antihorario.

Organizacin de los genes en el genoma de E. coli

La figura muestra un segmento de 50 kb. Cuando se compara este segmento con una parte
caracterstica del genoma humano, es evidente, de inmediato, que en el segmento de E. coli hay
ms genes y mucho menos espacio entre ellos, con el 85,9% del segmento ocupado por 43
genes.

Segmento de 50 kb del genoma de E. coli

Algunos genes casi no tienen espacio entre s. Estos genes representan un ejemplo de opern,
un grupo de genes involucrados en una sola via bioqumica y que se expresan en conjunto. Los
genes procariotas suelen ser mas cortos que los eucariotas y la longitud promedio de un gen
bacteriano es de alrededor de dos tercios respecto de la de un gen eucariontE.
De la figura es posible deducir otras dos caracteriscticas de los genomas procariotas:

- No hay intrones en los fenes de este segmento del genoma de E. coli. De hecho, no tiene
ningn gen discontinuo y se suele consiferar que los genes discontinuos estn casi
ausentes en procariotas, con escasas excepciones (correspondientes sobre todo a
arqueas)
- Las secuencias repetitivas son muy infrecuentes. La mayora de los genomas procariotas
no presentan nada equivalente a las familias de repeticiones en todo el genoma con alto
numero de copias observadas en los genomas eucariontes. En cambio, tienen ciertas
secuencias que podran estar repetidas en otra parte del genoma; por ejemplo, las
secuencias de insercin. Hay ejemplos de elementos transponibles, secuencias con
capacidad de moverse por el genoma y, en el caso de los elementos de insercin,
transferirse de un organismo a otro, incluso a veces, entre dos especies diferentes. La
mayora de los procariotas tienen muy pocas secuencias repetidas.

Los opernes son caractersticos de los genomas procariotas

Una caracterstica tpica de los genomas procariotas es la presencia de opernes. Un opern es

un grupo de genes adyacentes entre si en el genoma, quiz con solo uno o dos nucletidos entre
el extremo de un gen y el comienzo del siguientE. Este tipo de orfenamiento es comn en
genomas procariotas. Un ejemplo tpico es el Lac opern en E. coli (opern de lactosa), el
promero en ser descubierto, que contiene tres genes que intervienen en la conversin de la
lactosa en glucosa y galactosa. El Lac opern de E. coli es un segmento de DNA que incluye un
promotor, un operador y tres genes estructurales que codifican las enzimas metabolizadoras de
lactosa:
Opern de lactoas. Los tres genes de denominan LacZ, LacI y LacA, los dos primeros
separados por 52pb y los dos segungos por 64pb. Los tres genes se expresan juntos:
LacY codifica la lactosa permeasa y los otros dos las enzimas que degradan la
lactosa en sus componentes de azcar .

Opern de triptfano, que contiene cinco

genes que cdifican enzimas involucr adas en
la via bioquimicade multiples pasos que
convierte el cido corsmico en el
aminocido triptfano. Los genes del
opern del triptfano estn mas cerca que
los del opern de lactosa.

En conjunto, hay casi600 opernes en el genoma de E. coli K12, cada uno de los cuales contiene
dos o mas genes. En la mayora de los casos, los genes de un opern guardan relacin funcional
y codifican diversas protenas que participan en una sola actividad bioqumica. La simplicad de
este sistema mediante el cual una bacteria puede controlar sus diversas actividades bioqumicas
regulando la expresin de grupos de genes relacionados agrupados en opernes. En algunas
especies los genes de un opern individual rara vez presentan alguna relacin bioqumica. Por
ejemplo, los opernes en Aquifex aeolicus. los genes que forman el opern no tienen funciones
relacionadas. La sntesis coordinada de enzimas requerida para una via determinada no se
cumplE.

Opern tpico del genoma de Aquifex aeolicus. Los genes del mismo opern
codifican las siguientes protenas: una subunidad que participa en la sntesis
proteica, una protena de recombinacin, una protena de movilidad torsional, una
molcula requerida para la sntesis de nucleotidso de citidina, una enzima que
participa en la biosntesis de lpidos y una endonucleasa.

2.2. Cuntos genes hay y cules son sus funciones? De media unos 950
genes por 1 Mb
Hay cierta superposicin de tamao entre los genomas proactiotas mas grandes y los eucariotas
mas pequeos pero, en conjunto, los genomas procariotas sonmucho mas pequeos.
La mayora de los genomas estn organizados de manera similar a E. coli, lo que significa que su
tamao es proporcional al numero de genes, con un promedio de alrededor de 950 genes por
1Mb de DNA. Por lo tanto, la cantidad de genes varia en un amplio ranfo y estas cifras reflejan
el carcter de los nichos ecolgicos dentro de los que viven diferentes especies procariotas. Los
genomas mas grandes tiendena pertenecer a especies de vida libre que se encuentran en el
suelo. En el otro extremo de la escala, muchos de los genomas mas pequeos pertenecen a
especies que son parasitos estrictos, como Mycoplasma genitalium, que tiene solo 470 genes.
La limitada capacidad de codificacin de estos genomas implica que estas especies no pueden
sintetizar muchos nutrientes y, por lo tanto, deben obtenerlos de sus huspedes.

En la imagen se muestra la relacin entre el tamao del genoma y el numero de genes que
codifican protenas en 623 genomas completos de arqueas y bacterias. La lnea de puntos
establece a I. hospitalis como el organismo con el genoma mas pequeo capaz de replicarse de
forma independientE. Los genomas de parasitos o simbiontes obligados estna representados
por crculos grises. La regin sombreada corresponde a la transicin entre simbiontes/parasitos
obligados y organismos independientes. Los eucariotas surgen evolutivamente porque el DNA
ya no puede crecer ms, el organismo ya no puede soportar un genoma tan grandE. La cadena
circular de DNA no soporta mutaciones al ser un genoma nico.

Estas comparaciones han llevado a especular acerca de la cantidad minima de genes requerida
para especificar una clula de vida librE. Al principio, consideraciones tericas instaron a sugerir
que 256 genes era el numero minimo necesario, pero experimentos con genes de Mycoplasma
indican que se necesitan entre 265 y 300 genes.

Preguntas:

- Cuntos genes se necesitan para hacer las funciones ceulares minimas de la vida?
- Cul es el tamao minimo de un genioma que permite a un organismo ser viable y
autonomo?
- Puede ser menor que el de Mycoplasma genitalium (467 genes)?
 Frecuencia de mutacin en humanos por divisin mittica: 10-8

2(3x109)10-8= 60

La frecuencia de mutacin en bacterias de DNA es mayor y en bacterias de RNA aun mas.

a. Aproximacin analtica identificar genes ortlogos comunes (250-350 genes).

Escoger varias bacterias y estudiar las intersecciones de sus genomas.

Diagrama de Venn de los genes codificantes de protenas ortlogos comunes entre

tres especies de bacterias.

Es necesario tener en cuenta el desplazamiento de genes no ortlogos

b. Aproximacin experimental: realizar Knock-outs por mutagnesis dirigida

 c. Bottom-up approach Crear el organismo

Primer virus sintetico virus de la Polio

"We are wondering if we can come up with a molecular definition of life"

"The goal is to fundamentally understand the components of the most basic living cell."

J. Craig Venter, founder of Celera Genomics, IBEA and several other gene tech company

Hay reduccin del genoma cuando hay perdida de funcin:

- Endosimbiosis (por eso tambin es un aumento de la complejidad)

- Parasitismo
Pero en la historia de las especies han aumentado la complejidad y el tamao de los genomas

2.3. Genomas procariotas y concepto de especies

Lo proyectos de determinacin de los genomas han trastocado la concepcin de los que
constituye una especie en el mundo procariota. Esto es mas complicado en los microorganismos,
pues hay diversos mtodos que permiten el intercambio entre genes procariotas que, segn sus
propiedades bioqumicas y fisiolgicas, pertenencen a especies diferentes. Por lo tanto, la
barrera al flujo de genes, que es fundamental para el concepto de especie, no es valida en
procariotas.

La secuenciacin del genoma ha destacado las dificultades para aplicar el concepto de especie
a procariotas. Se ha esclarecido que diferentes cepas de una sola especie pueden tener
secuencias genmicas muy distintas e, incluso, pueden tener conjuntos individuales de genes
especficos de cepa. La variacin es mucho mas sustancial de la que suele ser tolerada por el
concepto de especie aplicado a organismos superiores y es dificl reconciliarla con cualquier
definicin de especie elaborada hasta ahora para microorganismos.

Dada la facilidad con que los genes pueden fluir entre distintas especies de procariotas, se
anticipaba que, se hallaran los mismos genes en diferentes especies, pero el grado de
transferencia lateral de genes revelado por la secuenciacin ha sido sorprendentE. La matorida
de los genomas contienen algunos cientos de kilobases de DNA adquiridos directamente de una
especie diferente, y en algunos casos, la cifra es mas alta. Ha habido tambin transferencia entre
especies muy diferentes. Esto indica que los procariotas que viven en nichos ecolgicos similares
intercambian genes entre si para aumentar su aptitud individual de supervivencia en su
ambiente particular.

Repercusin de la transferencia lateral de genes en el contenido de genomas

procariotas. DNA especie-especfico (azul) y adquirido por transmisin lateral
(rojo). El numero final de cada barra indica el porcentaje del genoma que deriva
de una transferencia lateral de genes.

3. Genomas de orgnulos eucariotas mitocondrias y

cloroplastos
3.1. Orgenes de los genomas de orgnulos
La mayora de los bilogos aceptan que la teora endosimbionte es correcta. Sostiene que las
mitocondrias y cloroplastos son vestigios de bacterias de vida libre que formaron una asociacin
simbitica con el precursor de la clula eucariota, en los primeros estadios de la evolucin.

3.2. Caractersticas fsicas de los genomas de orgnulos

La mayora de los eucariotas tienen genomas mitocondriales y todos los eucariotas
fotosintticos tienen genomas de cloroplastos. La mayora de los genomas de mitocondrias y
cloroplastos son circulares, pero se conoce gran variabilidad entre los diferentes organismos.
No se conoce demasiado bien el numero de copias de los genomas de orgnulos. Cada
mitocondria humana contiene alrededor de 10 moleculas idnticas, lo que significa que hay
alrededor de 8000 por clula, aunque puede haber mas de 100 genomas por mitocondria.

El tamao de los genomas mitocondriales es variable y no esta relacionado con la complejidad

de los organismos. La mayora de los animales multicelulares tienen genomas mitocondriales
pequeos, con una organizacin gentica compacta: los genes estn prximos con escaso
espacio entre si.

El genoma mitocondrial humano en vertebrados (mtDNA) es una molcula circular de 17Kbp

que contine 13 regiones codificates de protena, dos genes de rRNA, una regin de control de
replicacin y 22 genes de tRNA.
Genoma mitocondrial humano. Es pequeo y comp acto, con escaso espacio
desperdiciado, tanto es as, que hay genes qe se superponen.

La mayora de los eucariotas inferiores, como S. cerevisiae, tiene genomas mitocondriales ms

grandes y menos compactos, y algunos de los genes contienen intrones.

Genoma mitocondrial de S. cerevisia E. Como sus tamaos son relativamente

pequeos, muchos genomas mitrocondriales han sido secuenciados por completo.
En el genoma mitocondrial de levadura, los genes estn mas ampliamente
espaciados que en el humano, y algunos de ellos tienen intrones. Este tipo de
organizacin es tpica d muchos eucariotas inferiores y plantas.

Los genomas de los cloroplastos varian menos de tamao y la estructura de la mayora es

similar a la del genoa del cloroplasto de arroz.
Genoma del cloroplasto de arroz. Solo se muestran los genes con funciones
conocidas. Algunos tienen intrones.

3.3. Contenido gentico de los genomas de orgnulos

Los genomas de orgnulos son mucho mas pequelos que los genomas nucleares respectivos,
siendo su contenido en genes mucho mas limitado. Adems, los genomas mitocondriales
presentan mayor variabilidad. En el cuadro se detallan las caractersticas generales de los
genomas de orgnulos