Hydrodynamique de Micro-Nageur - Garcia Michael Diffusion 2013

THSE
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE LUNIVERSIT DE GRENOBLE

Spcialit : Physique pour les sciences du vivant
Arrt ministriel : 7 aot 2006
Prsente par
Michal Garcia
Thse dirige par Philippe Peyla

et codirige par Salima Rafa
prpare au sein du Laboratoire Interdisciplinaire de Physique

et de lcole Doctorale de Physique de Grenoble
Hydrodynamique de
micro-nageurs
Thse soutenue publiquement le 9 Juillet 2013,

devant le jury compos de :
M Mohamed Benlahsen
Professeur, Universit de Picardie Jules Vernes, LPMC, Prsident
Mme Anke Lindner
Matre de confrences, ESPCI, LPMMH , Rapporteur
M Christophe Ybert
Charg de recherche, CNRS, iLM, Rapporteur
Mme Irina Mihalcescu
Professeur, Universit Joseph Fourrier, LIPhy, Examinatrice
M Florian Delrue
Ingnieur CEA, CEA Cadarache, Examinateur
M Philippe Peyla
Professeur, Universit Joseph Fourrier, LIPhy, Directeur de thse
Mme Salima Rafa
Charge de recherche, CNRS, LIPhy, Co-Directeur de thse
Hydrodynamique de micro-nageurs
Michal Garcia
Thse
Grenoble, 9 Juillet 2013
Thse supervise par Philippe Peyla & Salima Rafa

Prpare au Laboratoire interdisciplinaire de Physique
Universit Joseph Fourier & CNRS
Grenoble, France
Remerciements
Je tiens remercier en tout premier lieu mon pouse pour mavoir soutenu,
encourag, support (dans les deux sens du terme) pendant ces annes de thse et
sans qui ce manuscrit ne serait peut tre pas sous vos yeux aujourdhui. Je remercie
galement ma fille Sarah pour sa bonne humeur trs matinale et ses mon papa !
irrsistibles.
Je remercie mes directeurs de thse Salima et Philippe pour mavoir fait dcouvrir
le monde de lhydrodynamique des fluides complexes et des suspensions actives et
pour mavoir permis deffectuer ce travail de thse. Merci Salima pour sa rigueur
scientifique et exprimentale, ses ides de manips et pour la libert quelle ma laiss
dans la direction des travaux de ma thse. Merci Philippe pour son ouverture
desprit et ses rflexions avises lors de nos discussions. Merci galement eux de
mavoir donn la possibilit de prsenter mes travaux en Allemagne ainsi quen Inde
au cours dune confrence ouverte en principe aux seuls chercheurs permanents.
Enfin, merci pour votre patience pendant la phase de rdaction du manuscrit.
Je remercie le Professeur Mohamed Benhlasen, le Professeur Irina Mihalcescu,
le Dr Anke Lindner, le Dr Christophe Ybert et le Dr Florian Delrue davoir accept
de faire partie de mon jury de thse. Merci en particulier au Dr Lindner et au Dr
Ybert davoir accept de rapporter mon travail de thse.
Je remercie mes parents, mon frre Ludo et mes surs Isa, Bn et Laure pour
leur soutien et leurs encouragements tout au long de ma thse. Merci toi Isa pour
ta patience relire mon manuscrit, tu as su dbusquer tous les flagelles fminins
bien cachs dans mon manuscrit et dsormais jarrive (presque) utiliser ce nom
correctement. Pour leur soutien et leurs encouragements, merci Chewbakkk,
Michal, lEl Zedec Crew et ses membres : Benj, Berbo, DJFanf, Jyieng, Lolo,
Nico, Sti, Sylvaing et Titou des bois, la team des profs : Aml, Al, Ba, Nico, Sam
et Virg, mes beaux parents Michel et Francine, Ccile et Maxime, milie et
Julien, Pour leur bonne humeur, merci mes deux co-bureaux de thse Valentina
et Levan. Pour la bonne ambiance et les bons moments passs au LIPhy, merci
David, Vincent, Aparna, Najim, Giovanni, Olivier, Quang, Antoine , Pierre-Yves,
Xavier, Luca, Mathias, Othman, Sofia, Alexandre, Elian, Xabel, Guntars, Darja,
Purvi, Edith, Theodora, Rachel, Kalpana, Meike, Janek et Jonathan.
Merci Delphine Dbarre, Lionel Bureau, Gwennou Coupier, Thomas Podgorsky,
Claude Verdier, Valrie Laurent, Michal Betton et Clment Nizak pour leur aide
en diverses circonstances exprimentales. Merci Jessie pour son soutien et son
aide tout au long de mon passage au LIPhy. Enfin, merci Irne pour avoir t ma
tutrice, pour son coute et ses conseils.
Je remercie la rgion Rhnes-Alpes pour avoir financ mes travaux de recherche
au travers du programme CIBLE.
Avant de poursuivre, je vous demande une seconde de silence (ou trente batte-
ments de flagelles) pour les milliards de Chlamydomonas Reinhardtii mortes pour
la science.
Table des matires
I Contexte de ltude 5
1 Suspensions actives et micronageurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2 Phnomnes particuliers dans ces suspensions . . . . . . . . . . . . . 7
2.1 Brassage accru du fluide porteur par les micro-nageurs . . . . 7
2.2 Phnomnes collectifs : jets et tourbillons . . . . . . . . . . . . 7
2.3 Bioconvection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.4 Modification des proprits rhologiques du fluide effectif . . . 11
3 Modlisation de ces phnomnes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
II Matriels et mthodes 19
1 Le micro-nageur Chlamydomonas Reinhardtii . . . . . . . . . . . . . 20
1.1 Chlamydomonas Reinhardtii, un micro-nageur modle . . . . . 20
1.1.1 Structure de cette micro-algue . . . . . . . . . . . . . 20
1.1.2 Motilit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
1.1.3 Sensibilit des stimulus extrieurs : tactismes . . . 22
1.1.4 Autres proprits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
1.2 Cultures biologiques de micro-algues . . . . . . . . . . . . . . 23
1.2.1 Synchronisation des cultures de micro-algues . . . . . 23
2 Prparation des suspensions de micro-algues pour lobservation en
microscopie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.1 Rcolte de la culture de micro-algues . . . . . . . . . . . . . . 27
2.2 Mesure de la fraction volumique dune suspension de micro-
algues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.3 Prparation de la cellule dobservation . . . . . . . . . . . . . 28
3 Observation de micro-nageurs en microscopie . . . . . . . . . . . . . . 29
4 Reconstruction des trajectoires des micro-nageurs partir de films . . 29
4.1 Travail des images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.2 Dtection des particules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.3 Connexion des positions successives en trajectoires . . . . . . 37
4.4 Filtrage des particules immobiles . . . . . . . . . . . . . . . . 38
4.5 Analyse 2D dun systme 3D . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Annexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
A Composition et prparation du milieu de culture TAP . . . . . . . . . 43
B Prparation des botes de culture sur milieu solide . . . . . . . . . . . 44
1
TABLE DES MATIRES
C Calendrier de repiquage des cultures . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

D Caractristiques des camras utilises ncessaires lanalyse des donnes 45
III Dynamique de nage individuelle en suspension dilue 47

1 Mcanisme de nage des Chlamydomonas Reinhardtii . . . . . . . . . . 49
1.1 Stratgie de nage faibles nombres de Reynolds . . . . . . . . 49
1.2 Mesure de la frquence moyenne de battement des flagelles des
micro-algues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
1.2.1 Mesure de langle de persistance . . . . . . . . . . . . 50
1.2.2 Distribution des angles de persistance . . . . . . . . 52
1.2.3 Fonction dautocorrlation de direction . . . . . . . . 53
1.3 Mesure du module de vitesse moyenn sur un zigzag . . . . . . 55
2 Dynamique de nage aux temps longs devant la dure dun battement 57
2.1 Mcanisme de nage et marche alatoire avec persistance . . . . 57
2.2 Mesure du temps de rotation hlicodale et du temps de r-
orientation alatoire des micro-algues . . . . . . . . . . . . . . 59
2.2.1 Distribution des angles de persistance . . . . . . . . 61
2.2.2 Fonction dautocorrlation de direction . . . . . . . . 61
2.2.3 Particularit de la dynamique : mouvement hlicodal 62
2.3 Mesure de la vitesse balistique . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
3 Modification de la dynamique de nage suivant la viscosit du fluide
porteur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
3.1 Effet de la viscosit sur le mcanisme de locomotion des micro-
algues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
3.1.1 Frquence de battement des flagelles en fonction de
la viscosit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
3.1.2 Diminution de la vitesse moyenne sur un zigzag avec
la viscosit du milieu . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
3.1.3 Estimation de la friction effective des flagelles . . . . 73
3.2 Effet de la viscosit sur la marche alatoire . . . . . . . . . . . 77
3.2.1 Dpendance du temps balistique et du temps de ro-
tation hlicodale la viscosit . . . . . . . . . . . . 77
3.2.2 Modification de la vitesse balistique . . . . . . . . . . 79
4 En rsum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
IV Effets collectifs en suspension semi-dilue 83

1 Motivation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
2 Dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
2.1 Prparation des chantillons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
2.2 Microscopie en champ clair dune suspension dense de micro-
nageurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
2.3 Microscopie en pifluorescence . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
2.4 Choix du grossissement de lobjectif pour maximiser la prci-
sion de la statistique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
2.5 Reconstruction de trajectoires . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
2
TABLE DES MATIRES
2.6 Gamme dtude de la fraction volumique . . . . . . . . . . . . 95

2.6.1 Fraction volumique et distance moyenne inter-nageurs 95
2.6.2 volution temporelle de la fraction volumique sous
clairement important . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
2.6.3 Mthode de comptage . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
3 Dynamique de nage des Chlamydomonas Reinhardtii en suspension
semi-dilue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
3.1 Dynamique dorientation des micro-algues Chlamydomonas Rein-
hardtii . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
3.2 Mesure des vitesses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
3.2.1 Vitesse balistique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
3.2.2 Distributions de module de vitesse . . . . . . . . . . 102
3.3 Longueurs de persistance et distance moyenne inter-nageurs . 105
4 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
4.1 Distance moyenne inter-nageurs la transition entre les deux
rgimes de comportement des temps de corrlation de direction107
4.2 Identification des temps de corrlation obtenus en fonction de
la fraction volumique dans le rgime dilu . . . . . . . . . . . 107
4.3 Comparaison des temps de corrlation en rgime dilu avec
ceux mesurs au chapitre prcdent . . . . . . . . . . . . . . . 108
4.4 Identification des temps de corrlation en rgime semi-dilu . . 109
4.5 volution des temps et longueurs de corrlation avec la dis-
tance moyenne inter-nageurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
4.6 tude de la vitesse en rgime semi-dilu . . . . . . . . . . . . 114
5 Rsum et perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Annexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
V Conclusion & perspectives 121

1 En rsum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
2 Perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
3
TABLE DES MATIRES
4
Chapitre I
Contexte de ltude
Sommaire
1 Suspensions actives et micronageurs . . . . . . . . . . . . 5
2 Phnomnes particuliers dans ces suspensions . . . . . . 7
2.1 Brassage accru du fluide porteur par les micro-nageurs . . 7
2.2 Phnomnes collectifs : jets et tourbillons . . . . . . . . . 7
2.3 Bioconvection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2.4 Modification des proprits rhologiques du fluide effectif . 11
3 Modlisation de ces phnomnes . . . . . . . . . . . . . . 13
Ltude ralise pendant ma thse se situe dans le domaine de la mcanique des

fluides complexes et plus particulirement des suspensions actives. On dit dun fluide
quil est complexe lorsque son comportement diffre de celui dun fluide simple (par
exemple de leau).
Parmi les fluides complexes, les suspensions sont des fluides prsents un peu partout
autour de nous. Depuis le domaine de lagroalimentaire (sauces, ptes, etc.), des
cosmtiques (dentifrices, crmes, mousses raser, etc.), de la sant (fluides corporels,
pommades, etc.), de lindustrie (pneus, bton, etc.) jusque dans la nature et les
tres vivants (boue, suspensions de plancton, de micro-algues, de bactries, fluides
biologiques, etc.), les fluides complexes sont omniprsents.
1 Suspensions actives et micronageurs

Une suspension est dite active lorsquelle contient des objets microscopiques
ayant la capacit de se dplacer par eux-mmes dans le fluide qui les entoure. Il
existe diverses sortes de micro-objets de ce type. Dans le domaine biologique, on
peut citer parmi les cellules procaryotes les bactries Escherichia Coli et Bacillus
Subtilis, parmi les cellules eucaryotes le Trypanosome africain (parasite transmis
par la mouche ts-ts et responsable de la maladie du sommeil chez lhomme), les
spermatozodes et les micro-algues (figure 1).
Il existe galement des micro-nageurs artificiels. Par exemple, il est possible de conce-
voir un micro-nageur en recouvrant de platine la moiti de la surface dun collode de
5
CHAPITRE I. CONTEXTE DE LTUDE
(a) Bactrie E. (b) Trypanosome (c) Spermatozode (d) Micro-algue Chlamydomo-

Coli [78]. africain [20]. humain [74]. nas Reinhardtii [67].
Figure 1. Quelques micro-nageurs biologiques et leur stratgie de locomotion. (1a)

Nage en faisant tourner ses flagelles en tire-bouchon rigides qui sentortillent en un
paquet de filaments synchroniss. (1b) Nage en propageant une onde de flexion de
lavant vers larrire de son corps. (1c) Nage en propageant une onde de flexion de
la base lextrmit de sa queue. (1d) Nage la brasse avec ses deux flagelles.
latex, puis en le plaant dans du proxyde dhydrogne (eau oxygne). La particule

bi-face (nomme particule Janus ) ralise sa surface du ct platine une cata-
lyse de la raction doxydation et de rduction du proxyde dhydrogne en eau et
di-oxygne [47, 31]. La formation de ces gaz sur une seule des deux faces provoque le
dplacement de la particule dans le milieu. Le moteur des micro-objets est lnergie
chimique du proxyde dhydrogne. Ce type de micro-nageur permet de raliser un
systme exprimental simple, permettant dtudier les suspensions actives.
Les micronageurs artificiels sont trs intressants galement du point de vue du
domaine mdical. Dans le film Le voyage fantastique (1966), il tait question
dinjecter dans le corps dun patient, des humains miniaturiss bord dun vaisseau
pour oprer par lintrieur un caillot de sang dans le cerveau du malade. Actuelle-
ment, il est envisag de soigner certaines pathologies en injectant de micro-objets
dans le corps de patients puis en pilotant ces robots depuis lextrieur. Ce type de
micro-nageur servirait aller relcher un mdicament un endroit prcis dans le
corps du patient ou bien aller oprer certaines zones difficiles daccs par chirurgie
classique. Le domaine du soin par lutilisation de micro-robots est en fort dvelop-
pement [46]. Divers procds sont envisags pour le contrle des micro-robots. Par
exemple, une quipe a modifi linterface dun IRM (Imagerie par Rsonance Magn-
tique) en milieu hospitalier et est parvenue piloter avec prcision un micro-aimant
lintrieur dun tre vivant [17]. Des chercheurs ont galement conu des robots
artificiels coupls des organismes biologiques, en collant des bactries sur de micro-
billes de latex pour les faire se dplacer [84, 40, 4]. Cette hybridation permet
dviter le problme de lembarquement bord du micro-robot dune source dner-
gie qui puisse tre nocive au patient. Il est possible de contrler la nage des objets
laide de molcules (ions cuivres par exemple) dans le milieu. Ces ions viennent
6
2. PHNOMNES PARTICULIERS DANS CES
SUSPENSIONS
bloquer le mcanisme biologique dactivation des flagelles. Cet tat tant rversible,
les bactries peuvent se remettre nager lorsque le milieu a vacu ces ions. Ce type
de soin pourrait tre oprationnel dici une dizaine dannes.
2 Phnomnes particuliers dans ces suspensions

Les suspensions actives prsentent des caractristiques supplmentaires par rap-
port des suspensions classiques telles que le mlange sable et eau par exemple.
Le fait que les particules injectent de lnergie en permanence dans le fluide qui les
porte, fait de ces suspensions des systmes hors quilibre par excellence. Le domaine
des suspensions actives est un domaine rcent (les premires thories datent de moins
dune cinquantaine dannes). Depuis une trentaine dannes, les proprits de ces
suspensions ont commenc tre tudies exprimentalement. Des phnomnes trs
intressants du point de vue de lhydrodynamique et de la physique statistique ont
pu tre observs.
2.1 Brassage accru du fluide porteur par les micro-nageurs

Wu et Libchaber [83] ont tudi des suspensions de bactries Escherichia Coli
(dimensions du corps : 4 5 m de long et environ 1 m de diamtre) dans un film
mince dpaisseur de lordre du micron (configuration quasi bidimensionnelle (2D)).
Ils ont plac dans ces suspensions des billes de latex fluorescentes de 4,5 10 m de
diamtre en faible quantit, dont ils ont tudi la dynamique suivant leur taille. Ils
ont observ que le coefficient de diffusion des billes dans la suspension tait augment
dun facteur 100 par rapport la valeur de ce coefficient dans un milieu o les billes
auraient t sujettes la seule agitation thermique. La nage des bactries entrane
un brassage permanent du fluide dans la suspension qui favorise la diffusion des
nutriments et de loxygne dissous dans la suspension.
2.2 Phnomnes collectifs : jets et tourbillons

Wu et Libchaber [83] ont observ en parallle que les bactries semblaient se
dplacer de manire collective sous la forme de structures qui naissaient et se d-
faisaient sans cesse. Ils ont vu se dvelopper des mouvements o des groupes de
quelques dizaines de bactries se dplaaient ensemble dans la mme direction pen-
dant quelques instants ( jets ), entranant ainsi le fluide avec elles et augmentant
significativement leur vitesse individuelle. Ils ont observ galement des structures
de groupe de type tourbillon qui apparaissaient puis disparaissaient dans cette
suspension. Ils ont suggr dans leur tude que ces phnomnes dorganisation col-
lective taient responsables de la forte augmentation de la diffusivit des particules
inertes places dans le fluide. Le mcanisme responsable de la cration des formes
observes na pas t lucid dans leur article. Ils ont propos que ce phnomne
soit d aux interactions hydrodynamiques et/ou striques entre bactries.
7
Figure 2. Mouvements collectifs visibles dans la partie concentre dune goutte

de suspensions de bactries Bacillus Subtilis. On observe des motifs de taille
suprieure celle dun micro-organisme sur la photo. La goutte est pose sur une
bote de Petri et observe par en dessous. La ligne blanche en haut de la figure est
la ligne triple air-fluide-substrat. La barre dchelle blanche mesure 35 m de long.
Image extraite de [14].
Ces phnomnes collectifs ont galement t observs en configuration tridimension-

nelle (3D) par Dombrowski et al. [14] avec la bactrie Bacillus Subtilis dans des
gouttes dposes la surface dune bote de Petri. Dans leur tude, ils ont observ
que les cellules allaient saccumuler sur le bord de la goutte et que dans cette zone
trs concentre, on pouvait observer des mouvements collectifs avec formation inter-
mittente de jets et de tourbillons (figure 2). Lorigine de ces mouvements collectifs a
t lobjet de nombreuses tudes thoriques et numriques ces dernires annes [41].
2.3 Bioconvection
Parmi les phnomnes particuliers que lon peut observer dans ces systmes, il est
celui de la bioconvection [14, 49, 29]. Lobjet de ltude mene par Dombrowski et al.
dans leur article de 2004 tait la bioconvection dans une configuration particulire.
Ce phnomne peut survenir si les micro-organismes nagent en moyenne vers le
haut et sont plus denses que leau. Parmi les micro-nageurs biologiques, un grand
nombre nage vers le haut pour des raison diverses et varies (arotactisme chez les
bactries et gravitactisme et/ou asymtrie entre lavant et larrire du corps pour
les Chlamydomonas Reinhardtii [38, 57]).
La bioconvection se manifeste de la manire suivante (figure 3) dans le cas de
bactries arotactiques (pour des algues nageant vers le haut, le principe est simi-
laire). Les bactries nagent vers le haut en moyenne vers linterface fluide-air, zone
la plus concentre en oxygne. Peu peu, elles saccumulent vers la surface et com-
8
SUSPENSIONS
Figure 3. Bioconvection dans une goutte dun centimtre de diamtre de suspension

de Bacillus Subtilis dpose horizontalement sur une bote de Petri. En haut : On
observe des ondes de dplacement qui se forment au bord de la goutte au dpart
puis stendent vers le centre de la goutte (images prises intervalle de 5 minutes).
En bas : On observe les colonnes de bactries en vue de dessus qui se forment puis se
dplacent vers le bord de la goutte (images prises intervalle de 2 minutes). Images
extraites de [14].
9
mencent former une couche concentre. Cette accumulation de cellules plus denses
que le fluide situ en dessous delles cre une instabilit et des portions de la couche
suprieure de bactries se dtachent de la surface pour retomber dans le fluide situ
en dessous, formant des colonnes descendantes ( plumes en anglais) de sus-
pensions concentres de bactries [13]. Il se forme une couche concentre de cellules
peu mobiles au fond de la suspension cause de la rarfaction de loxygne dissous
dans le fluide, provoque par la respiration des cellules. Les bactries qui retombent
emportent avec elles du fluide provenant de la surface, fluide qui contient plus doxy-
gne quau fond de la goutte. Cet apport doxygne dissous permet une partie de
la couche immobile du fond de consommer nouveau de loxygne et de se remettre
nager. Ces bactries remontent vers la surface et lon assiste un cycle continuel
de remonte et retombe des bactries sous forme de colonnes .
Dans le cas de lexprience de Dombrowski et al. de 2004, le fait que la gom-
trie soit une goutte au lieu dun volume avec une interface plane air-fluide rend la
dynamique de bioconvection plus complexe. En plus des mouvements de descentes
et de retombes des bactries dus la combinaison darotactisme et dinstabilit
de densit, la forme courbe du mnisque vient modifier la manire dont linstabilit
cre proche du mnisque volue. Le fait que le mnisque soit inclin entrane une
retombe de la couche suprieure des bactries vers les bords de la goutte dune
manire ressemblant celle de leffet Boycott dans la sdimentation de particules.
Dans leffet Boycott [1], un tube contenant une suspension de particules inertes qui
sdimentent est inclin par rapport la verticale (figure 4). Cela fait que la couche
de fluide en contact avec la paroi du tube la plus haute se retrouve appauvrie en par-
ticules plus denses que leau, lesquelles sdimentent horizontalement. Cette couche
de fluide moins dense que la couche en dessous delle a tendance se hisser vers le
haut du tube pour passer compltement au dessus de la couche la plus dense. Cela
cre un courant ascendant le long du haut du tube, qui gnre par consquent un
courant descendant sur la paroi la plus basse du tube, ce qui acclre la sdimenta-
tion des particules. Dans le cas de Dombrowski et al., le fluide est plus dense en haut
quen bas, ce qui gnre un glissement de la couche la plus dense vers le bas de la
goutte et forme un tourbillon dans la zone de la ligne de triple [79]. Au sommet de
la goutte, la couche dense laisse chapper des paquets de bactries la manire
de la bioconvection avec une interface horizontale [50], qui redescendent vers le fond
de la goutte, tout en se dplaant vers lextrmit de la goutte sous leffet de la
gravitation et de linclinaison du mnisque.
Le type de mcanisme responsable de la nage vers le haut des micro-organismes
influence fortement la dynamique observe dans la bioconvection et lon peut mme
distinguer diffrentes formes de bioconvection [12]. Le phnomne de bioconvection
peut jouer dans certaines conditions un rle dans le brassage des ocans pour la
circulation des nutriments prsents dans les fond marins vers la surface [72, 37].
Ce phnomne est galement important dans la formation de bio-films lors de la
colonisation de surfaces par des micro-organismes. Il permet un brassage des nu-
triments et de loxygne dans la suspension permettant ainsi de nourrir toute la
colonie et pas seulement la portion proche des bords de la suspension. Le mca-
10
SUSPENSIONS
Figure 4. Illustration de leffet Boycott. La sdimentation de particules en sus-

pension dans un fluide dans un tube est plus rapide lorsque le tube est inclin par
rapport la verticale. Dans le tube de droite, la descente des particules suivant laxe
vertical est freine par la remonte du fluide suivant le mme axe en moyenne. Dans
le tube inclin, la symtrie est brise. Les particules sdimentent toujours verticale-
ment mais le fluide remonte en moyenne suivant la direction dinclinaison du tube.
Les particules en sdimentant laissent derrire elles une zone contenant seulement
du fluide. Cette zone libre permet au fluide de remonter plus facilement vers le
sommet du tube. Il se cre un courant ascendant dans cette zone. Ce courant en g-
nre un autre, situ dans la zone vers laquelle les particules sdimentent. Ce courant
dirig vers le fond du tube entrane les particules qui sdimentent, acclrant ainsi
le phnomne de sdimentation.
nisme de bioconvection semble aujourdhui bien compris [29]. Il reste expliciter les
mcanismes responsables des mouvements collectifs observs aux chelles de lordre
de quelques micro-organismes que nous avons dcrits au paragraphe prcdent. Ces
phnomnes se droulant des chelles de taille et de temps bien plus faibles que
celles de la bioconvection, il est fort probable que les causes des deux phnomnes
soient diffrentes.
2.4 Modification des proprits rhologiques du fluide effectif

On notera une dernire consquence macroscopique de lactivit des constituants
lmentaires dune suspension active, celle de modifier les proprits rhologiques
du fluide dans lequel ils sont placs. Les proprits rhologiques de suspensions de
particules sphriques rigides sont bien dcrites par la loi semi-empirique de Krieger
et Dougherty [42] :
m

ef f = 0 1 (I.1)
m
11
Figure 5. Rduction de la viscosit dans une suspension de bactries Bacillus Sub-

tilis en film pais. La viscosit effective de la suspension a t mesure en gnrant
un tourbillon de taille grande devant la taille des bactries dans un film suspendu
dpaisseur contrle. En tudiant le temps mis par le tourbillon pour disparatre,
il a t possible destimer la viscosit de cisaillement de la suspension. La viscosit
effective ainsi mesure dcrot lorsque la fraction volumique augmente puis dcrot
lorsque la suspension devient concentre. Figure extraite de [70].
La viscosit effective de la suspension est ef f et celle du fluide porteur est 0 . La

fraction volumique de la suspension est et m est la fraction volumique maxi-
male accessible au systme. est un coefficient qui vaut 2,5 pour une suspension
de sphres rigides (coefficient dEinstein). Cette loi, bien vrifie exprimentalement
nest plus valide lorsque les particules en suspension ne sont plus inertes. Sokolov et
Aranson [70] ont, par une mesure indirecte, montr que la viscosit effective (macro-
scopique) dune suspension de Bacillus Subtilis dcroissait lorsque lon augmentait
la fraction volumique partir dun certain seuil, avant de r-augmenter ensuite
(figure 5).
Rafa et al. ont mesur en utilisant de la rhomtrie standard que la viscosit
effective dune suspension de micro-algues Chlamydomonas Reinhardtii
12
3. MODLISATION DE CES PHNOMNES
(a) Viscosit effective diffrentes fractions volu- (b) Viscosit relative en fonction de la motilit
miques en cellules vivantes. des cellules et de la fraction volumique.
Figure 6. Augmentation de la viscosit effective avec la motilit des micro-algues

Chlamydomonas Reinhardtii. (6a) Viscosit effective de la suspension en fonction
du taux de cisaillement, diffrentes fractions volumiques en cellules vivantes. La
viscosit du fluide porteur est visible en bas de la figure. (6b) cart relatif entre la
viscosit effective de la suspension et la viscosit du fluide porteur (mesure un
taux de cisaillement de 5 s1 ). Les points pleins correspondent des suspensions de
cellules vivantes et les points barrs des suspensions de cellules mortes. Les lignes
pointilles sont des ajustements des points exprimentaux par la loi de Krieger et
Dougherty (quation I.1) en prenant m gal 0,62 (fraction volumique dempi-
lement maximal alatoire). Lajustement donne un coefficient de 2,5 (identique
au coefficient dEinstein pour les sphres dures) dans le cas des cellules mortes et
de 4,5 dans le cas des cellules qui nagent. La viscosit effective de la suspension a
t mesure laide dun rhomtre avec une gomtrie de type cne-plan. Figure
adapte de [54].
3 Modlisation de ces phnomnes

Il existe plusieurs ingrdients pouvant potentiellement conduire aux phno-
mnes que nous venons dvoquer. Les principaux sont les interactions de nature
hydrodynamique entre les nageurs, les interactions striques entre nageurs, les ca-
ractristiques biologiques des nageurs ( tumbling des bactries) et lutilisation de
tactismes (sensibilit aux nutriments prsents dans le milieu (chimiotactisme), sen-
sibilit la concentration en oxygne dans le milieu (arotactisme), sensibilit la
gravit (gravitactisme), sensibilit une molcule scrte par les micro-organismes
eux-mmes ( Quorum sensing )). cela on peut ajouter la gomtrie de la sus-
pension (confinement en 2D par exemple). Il nest pas vident de dterminer les
causes de ces phnomnes et il est probable que plusieurs scnarios aboutissent aux
mmes effets. Une chose est certaine cependant, lauto-propulsion est le pilier de
cette dynamique.
13
Plusieurs thories ont t labores au cours de ces dernires annes pour com-
prendre et reproduire ces phnomnes singuliers. Les premiers modles labors
pour reproduire un maximum des proprits collectives observes des objets auto-
propulss datent dune vingtaine danne. Vicsek et al. ont dvelopp un modle
d essaim ( flocks en anglais) qui a permis de reproduire les caractristiques
de dplacement en groupe de ce type de systme [81]. Le principe dinteraction entre
objets de ce modle est simple. chaque instant, la direction de dplacement dun
objet devient gale la direction moyenne de ses voisins. Un bruit de moyenne nulle
est ajout son orientation pour que le systme continue voluer avec le temps.
Dautres modles similaires ont t dvelopps [76, 77], mais ils nincluaient pas
les interactions hydrodynamiques entre particules en suspensions dans un fluide. Ils
modlisaient des objets se dplaant dans un milieu passif, dont le seul effet tait
une force de friction sur les objets.
Plus rcemment, Sihma et Ramaswamy ont dvelopp un modle de particules

auto-propulses prenant en compte un milieu ambiant de type fluide [68, 26, 55].
Dans ce modle, ils sintressent leffet moyen du mcanisme gnrant la propul-
sion de la particule sur le fluide environnant. Pour cela, ils modlisent une particule
auto-propulse par un diple de force (figure 7). Une des forces correspond la
force moyenne applique par la particule sur le fluide pour se dplacer et la seconde
correspond la force de friction moyenne du corps de la particule sur le fluide (en
raction au dplacement de la particule dans le fluide). Les auteurs distinguent alors
deux types de particules actives : celles qui tirent le fluide devant elles pour se d-
placer (micro-algue Chlamydomonas Reinhardtii par exemple) et celles qui poussent
le fluide derrire elle pour se dplacer (spermatozode, bactries Escherichia Coli et
Bacillus Subtilis). La premire catgorie prend le nom de puller et la seconde de
pusher . Les puller sont reprsents par un diple dont les forces pointent lune
vers lautre et les pusher par un diple dont les forces pointent dans des directions
opposes. Dans leur modle, ils calculent la contribution de la distribution de diples
de force, au tenseur des contraintes du systme fluide + particules , en utilisant
une mthode de coarse-graining. Dautres mthodes de calcul de cette contribution
ont galement t dveloppes par la suite [62, 63]. Ce type de modlisation de lac-
tivit des objets auto-propulss par des diples de force est trs rpandu prsent
[65, 66, 62, 63, 64, 68, 27, 80, 28, 30, 73, 3, 2]. Il permet de donner une explication
qualitative de la modification de la viscosit effective dune suspension suivant le
type de nageurs (pusher ou puller) quelle contient. Si lon part de lhypothse que
les nageurs sont des objets allongs, alors lorsquils sont placs dans un coulement
de cisaillement, ils passent plus de temps aligns dans la direction longationnelle de
lcoulement que dans une autre direction [34]. Dans cette configuration, le champ
de vitesse gnr par un puller soppose lcoulement, alors que celui gnr par
un pusher va dans le mme sens. Un puller fait augmenter la viscosit effective de
lcoulement en sopposant lui, alors quun pusher diminue cette viscosit. Avec ce
raisonnement, si le nageur est sphrique, il na pas dorientation prfrentielle dans
le cisaillement et son activit ninfluence donc pas la viscosit effective du fluide, par
rapport au cas dun objet de forme similaire inerte [33, 24]. Pour le cas des particules
14
Figure 7. Modlisation de micronageurs caractristiques par des diples de force

et configuration dans un coulement de cisaillement impos. gauche : Microna-
geurs de type puller (micro-algue Chlamydomonas Reinhardtii, en haut) et pusher
(spermatozode, en bas). La flche au dessus de chaque nageur modle indique le
sens de dplacement de lobjet. Les flches rouges sur le corps des nageurs sont les
forces moyennes exerces par le nageur sur le fluide autour de lui. Le puller tire le
fluide devant lui et tire son corps dans le fluide. Le pusher pousse le fluide derrire
lui et pousse son corps travers le fluide devant lui. Au centre : Reprsentation des
nageurs par leur diple de force correspondant (contractile pour le puller et extensile
pour le pusher). Les flches en pointill autour des diples reprsentent la direction
locale du champ de vitesse gnr par chaque diple de force dans le fluide qui len-
toure. droite : Nageurs modles dans un coulement de cisaillement impos. Un
objet de forme allonge saligne prfrentiellement dans la direction longationnelle
de lcoulement. Si lon considre que cet alignement persiste pour un objet de type
actif, on voit que le nageur de type puller (en haut) va agir dans le sens contraire
de lcoulement, alors que le pusher (en bas) va pousser le fluide dans la direction
de lcoulement.
actives de forme allonge, il reste vrifier exprimentalement quelles restent bien

alignes plus longtemps dans la direction longationnelle de lcoulement que dans
les autres directions. Rafai et al. avaient observ en suspension dilue que le puller
Chlamydomonas Reinhardtii semblait resister la rotation impose par lcoulement
auquel il tait soumis [54].
Lexplication de la modification de la viscosit que nous venons dvoquer nest
pas directement applicable une suspension semi-dilue concentre. Dans ce rai-
sonnement, un seul micro-nageur tait considr dans lcoulement de cisaillement.
Pour des fractions volumiques plus importantes, les interactions hydrodynamiques
vont modifier la distribution dorientation des nageurs par rapport au cas dilu.
Pour mesurer limportance de ces interactions, Drescher et al. [16] et paralllement
Guasto et al. [22] ont mesur exprimentalement le champ de vitesse entourant les
15
Chlamydomonas Reinhardtii en utilisant des traceurs fluorescents clairsems dans

la suspension et en suivant simultanment les positions des algues et les positions
des traceurs. Drescher et al. ont effectu une mesure du champ de vitesse moyenn
sur la dure dun battement de flagelles. Ils ont constat que le champ de vitesse
moyen entourant ce micro-nageur pouvait tre modlis comme le champ gnr par
un ensemble de trois forces, au lieu des deux gnralement utilises pour modliser
une particule active. En effet, daprs leurs mesures, la description du champ de
vitesse autour dune Chlamydomonas Reinhardtii en terme de diple de force ne
serait valide qu partir dune distance suprieure environ 7 rayons de lalgue. De
plus, partir de cette distance de lalgue, la perturbation occasionne par lalgue
dans le fluide nest plus que de 1 % de sa vitesse de dplacement moyenne. Les au-
teurs concluent leur article en disant qutant donn lextension spatiale du champ
de vitesse des Chlamydomonas Reinhardtii, celles-ci doivent pourvoir interagir de
manire hydrodynamique entre elles. Ils ont conduit la mme tude sur la bactrie
Escherichia Coli [15]. Ils ont observ que lamplitude du champ de vitesse gnr
par ce micro-nageur de type pusher dcroissait en 1/R2 avec R la distance au
centre du micro-nageur. Cette observation est en accord avec la modlisation clas-
sique dun micronageur de type pusher par un diple, except en dessous dune
distance infrieure 6 m o le modle surestime la valeur du champ de vitesse. La
conclusion de leur tude est que pour que ce type de nageur interagisse de manire
hydrodynamique avec ses voisins, il faut que la fraction volumique en bactries soit
leve. Ils soulignent que mme dans ce cas, linteraction hydrodynamique nest pas
linteraction dominante puisqu lchelle de distance de sparation partir de la-
quelle ils sont supposs interagir (quelques microns), la prsence des flagelles et des
interactions striques vont tre bien plus marquantes. Cela suggre donc que les m-
canismes dorganisation collective observs jusqu prsent pour ces micro-nageurs
seraient principalement dus aux interactions proches de type striques entre nageurs.
Ainsi, les proprits des phnomnes collectifs observs seraient du mme type que
ceux observs dans des bancs de poissons, danimaux en groupes et donc ne ncessi-
teraient pas une description hydrodynamique [77]. La question de la modification de
la viscosit dans une suspension semi-dilue concentre reste galement ouverte.
Pour ces fractions volumiques, peut-on considrer que la distribution dorientation
de particules actives de forme allonge, dans un coulement impos est anisotrope ?
Quelles pourraient en tre les raisons ? La rduction de la viscosit chez les pusher en
suspension semi-dilue serait-elle lie un phnomne de type mouvement collec-
tif , bas sur un mcanisme dalignement des nageurs entre eux d principalement
des interactions striques ? Laugmentation de la viscosit dans les suspensions de
puller serait-elle principalement due leur extension spatiale effective ? Ces suspen-
sions pourraient-elles tre le sige de mouvements collectifs ?
Les rsultats de ltude de Drescher et al. et Guasto et al. suggrent que les pul-
lers (reprsents par les Chlamydomonas Reinhardtii ) sont susceptibles dinteragir
entre eux de manire hydrodynamique. En effet leur champ de vitesse stend une
distance importante autour deux. La forme des champs de vitesse quils gnrent est
diffrente de celle dont les dotaient les modles jusqu rcemment. Il peut donc tre
16
intressant de vrifier exprimentalement si ces nageurs peuvent interagir de ma-

nire hydrodynamique et si leurs interactions peuvent conduire des mouvements
collectifs. Cest ce que nous allons voir dans la suite de cette tude. Nous allons
tudier un micro-nageur de type puller et nous allons observer si ce type de
nageur peut gnrer des phnomnes collectifs lorsque la fraction volumique de la
suspension dans laquelle il volue est suffisamment leve.
17
18
Chapitre II
Matriels et mthodes
Sommaire
1 Le micro-nageur Chlamydomonas Reinhardtii . . . . . . 20
1.1 Chlamydomonas Reinhardtii, un micro-nageur modle . . 20
1.2 Cultures biologiques de micro-algues . . . . . . . . . . . . 23
2 Prparation des suspensions de micro-algues pour lob-
servation en microscopie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.1 Rcolte de la culture de micro-algues . . . . . . . . . . . . 27
2.2 Mesure de la fraction volumique dune suspension de micro-
algues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.3 Prparation de la cellule dobservation . . . . . . . . . . . 28
3 Observation de micro-nageurs en microscopie . . . . . . 29
4 Reconstruction des trajectoires des micro-nageurs par-
tir de films . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
4.1 Travail des images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.2 Dtection des particules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.3 Connexion des positions successives en trajectoires . . . . 37
4.4 Filtrage des particules immobiles . . . . . . . . . . . . . . 38
4.5 Analyse 2D dun systme 3D . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Annexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
A Composition et prparation du milieu de culture TAP . 43
B Prparation des botes de culture sur milieu solide . . . 44
C Calendrier de repiquage des cultures . . . . . . . . . . . . 44
D Caractristiques des camras utilises ncessaires lana-
lyse des donnes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
19
CHAPITRE II. MATRIELS ET MTHODES
Figure 1. Micro-algue verte Chlamydomonas Reinhardtii observe au microscope

lectronique balayage (grossissement x10000). Lalgue est pourvue de deux flagelles
antrieurs qui lui permettent de se dplacer avec un mouvement de brasse. Elle est
galement pourvue dun stigma (oeil rudimentaire) sur le ct de son corps, sous un
de ses flagelles, qui lui permet de dtecter les sources lumineuses (image : Dartmouth
College, L. Howard).
1 Le micro-nageur Chlamydomonas Reinhardtii

1.1 Chlamydomonas Reinhardtii, un micro-nageur modle
Pour ltude des suspensions actives, notre choix sest port vers le micro-nageur
Chlamydomonas Reinhardtii, une micro-algue verte de la famille des Chlorophy-
ceae [25]. Ce micro-organisme est un bon systme modle pour une tude physique
car il est quasi-sphrique, et facile cultiver. Il est possible dtudier des suspensions
sans que ne survienne la formation de biofilms comme ce peut tre le cas pour les
bactries, et sans que napparaissent des bulles dans le systme comme ce peut tre
le cas avec des particules Janus. De plus grce la synchronisation de ces algues,
il est possible dobtenir des cellules de taille monodisperse et qui ne se divisent pas
pendant la dure de lexprience.
1.1.1 Structure de cette micro-algue

Il sagit dun organisme unicellulaire compos dun corps pratiquement sphrique
denviron 10 m de diamtre et de deux flagelles antrieurs de longueur de lordre
de 12 m implants lun proximit de lautre (figure 1). Sa densit est suprieure
de 4 % par rapport celle de leau.
Le mouvement de cette algue est peu sensible lagitation brownienne. Si lon
considre une cellule immobile sphrique de rayon R avec un excs de densit
par rapport au fluide dans lequel elle baigne, celle-ci va sdimenter sous leffet de
lacclration de la pesanteur g. Elle sera galement agite et freine par les molcules
du fluide lenvironnant. Considrons la distance moyenne ls (t) quelle parcourrait en
un temps t en sdimentant, sans subir lagitation des molcules du fluide tout en
20
1. LE MICRO-NAGEUR CHLAMYDOMONAS REINHARDTII
subissant leur friction. Pour dterminer limportance des phnomnes sexerant sur
elle, on peut comparer la distance ls (t) la distance moyenne lb (t) de laquelle elle
se serait dplace au bout dun temps t sous leffet de lagitation brownienne en
absence de sdimentation. La vitesse vs laquelle sdimente une cellule en prsence
dune force de friction et sous laction combine de la force dArchimde et de son
poids est donne par :
2 R2
vs = g (II.1)
9
La distance parcourue au bout dun temps t est donc :
2 g 2
ls = R t (II.2)
9
Pour la distance moyenne parcourue sous leffet du mouvement Brownien, on peut

prendre la racine carre du dplacement quadratique moyen soit :
s
p kb T
lb = hr2 (t)i = 6Dt = t (II.3)
R
avec kb et T la constante de Boltzmann et la temprature. La distance lb sera donc

ngligeable devant la distance ls lorsque le temps t sera grand devant le temps
avec :
36R kb T
= (II.4)
Vc 2 2 g 2
Pour les dimensions des algues et leur excs de densit par rapport leau, cela
donne un temps de lordre du centime de seconde. Donc sur une chelle de temps
suprieure un centime de seconde, mme pour une algue morte, il est difficile dob-
server un comportement Brownien. Pour une bactrie Escherichia Coli en revanche,
ce temps devient de lordre de la seconde. Sa dynamique de nage est donc bien plus
susceptible dtre affecte par le mouvement Brownien que celle des micro-algues
Chlamydomonas Reinhardtii.
1.1.2 Motilit
laide de ses deux flagelles antrieurs, Chlamydomonas Reinhardtii se dplace

grce un mouvement de brasse en tirant le fluide situ devant elle. Typique-
ment ses deux flagelles battent une frquence de lordre de 30 Hz. Ce type de
battement lui permet de se dplacer de plusieurs diamtres par seconde. La forme
quasi-sphrique de Chlamydomonas Reinhardtii et le fait quelle possde seulement
deux flagelles fins devant la taille de son corps, en fait un micro-nageur ais mo-
dliser et comparer avec les lois de lhydrodynamique. Elle est un des nageurs de
type puller le plus simple modliser.
21
1.1.3 Sensibilit des stimulus extrieurs : tactismes
Un tactisme est un dplacement orient en raction un stimulus extrieur.

Ces algues disposent dun stigma (oeil rudimentaire) situ sur le ct de leur corps
sous un des flagelles leur permettant de dtecter des sources lumineuses. Cela leur
permet de dtecter la direction dune source lumineuse et en cas dclairement peu
intense de se diriger vers elle. Lorsque le stigma reoit de la lumire, cela active un
systme signaltique chimique utilisant des ions calcium qui modifie le mcanisme
de battement des flagelles asymtriquement, permettant la cellule deffectuer une
rotation pour sorienter vers une source lumineuse peu intense.
En cas dillumination trop importante, loeil gnre cette fois-ci une rponse
qui fera sloigner lorganisme de la source lumineuse (phototactisme ngatif), voire
mme en gnrant un mouvement de nage des flagelles totalement diffrent du mou-
vement de nage habituel pour quelques secondes (ondulation des flagelles pour un
dplacement en marche arrire [56]).
Les Chlamydomonas Reinhardtii sont trs peu sensibles la lumire dont la
longueur donde est suprieure celle de la lumire rouge. La souche que nous avons
utilise est peu phototactique, mais nous avons tout de mme utilis un filtre rouge
(autant que possible) pour viter que leur sensibilit la lumire ne vienne perturber
ltude.
Il existe dautres formes de tactismes. La dynamique de ces algues dpend ga-
lement de certains facteurs extrieurs autres que la lumire. Par exemple le chimio-
tactisme a t tudi chez ces cellules [25]. Des tudes ont t menes pour voir
quelles espces chimiques ces algues sont sensibles et si elles arrivent reprer des
sources de nutriments [69].
Une autre forme de tactisme est noter, le gravitactisme, soit la sensibilit
la gravit. Ce tactisme entrane que ces algues nagent prfrentiellement contre la
gravit. Cela peut tre d un phnomne dasymtrie de densit et/ou de forme
de la cellule [50, 57]. On notera galement le gyrotactisme, qui est un comportement
gnr par deux mcanismes : le couple auquel est soumis un micro-nageur dont le
centre de masse est situ en arrire de son centre gomtrique, sous laction de la
gravitation et un couple de nature visqueuse d un coulement autour du micro-
nageur [38].
Ces mcanismes de tactismes font que la dynamique de dplacement de ces na-
geurs est trs complexe. Dans le cadre de notre tude, nous nous sommes placs
autant que possible dans une situation isotrope afin de pouvoir dsigner sans ambi-
gut les causes des phnomnes observs.
1.1.4 Autres proprits
Au-del du cadre de notre tude, cette algue possde plusieurs autres proprits
intressantes. Son gnome a t tudi longuement cause de ses facults dadapta-
tion trs impressionnantes. En effet, elle peut vivre dans des conditions extrmement
varies de temprature et de pression, depuis le dsert aux neiges fondantes en al-
22
titude et il est mme possible den trouver dans les airs 1 , ce qui fait de ce type de
micro-algue un organisme capable daller se dvelopper loin de son lieu de culture
originel.
De plus, cette algue ralise la photosynthse grce son chloroplaste. Elle est un
candidat plausible la production de bio-carburants de troisime gnration. Des
tudes sur le sujet sont en cours [9, 61].
1.2 Cultures biologiques de micro-algues

Dun point de vue exprimental, ces micro-nageurs sont trs pratiques car ils
sont faciles produire en laboratoire partir dune souche de base. La souche de
Chlamydomonas Reinhardtii que nous avons utilise est la souche sauvage WT122+.
Nous lavons obtenue auprs de lIBPC 2 . Toutes nos cultures de Chlamydomonas
Reinhardtii ont t ralises en milieu TAP (Tris-Acetate-Phosphate) dont la com-
position et la prparation sont donnes dans lannexe A.
Nous avons cultiv les algues dans un incubateur Memmert ICP 500 de manire
synchrone avec un cycle jour-nuit de 14h-10h (figure 2) une temprature de 22 C
(figure 3). Le cycle de jour dmarrait 6h le matin pour que les algues soient
utilisables pour les expriences dans de bonnes conditions de nage 10h du matin.
Lillumination a t assure par un module non avec une puissance clairante de
1000 Lux. Pour renouveler lair prsent dans lincubateur, le systme de ventilation
a t rgl un niveau moyen.
La premire phase de la culture est dabord ralise en milieu solide sur une
couche de milieu de culture TAP glifi avec de lagar-agar, dans une bote de Petri
(figure 3). La mthode de prparation des botes de culture est en annexe A.
Les souches de Chlamydomonas Reinhardtii que nous a fournies lIBPC taient
sous forme de culture sur gel. Pour perptuer ces cultures, nous relanons de nou-
velles cultures partir des botes prcdentes. Pour dmarrer une nouvelle culture
sur gel, il suffit de prlever un petit volume dalgues sur une boite prcdente et
de lappliquer la surface du gel dune nouvelle bote. Les cultures sur gel ont t
relances chaque semaine pour assurer la viabilit des algues utilises pour initier
les cultures liquides.
1.2.1 Synchronisation des cultures de micro-algues

Pour obtenir des suspensions de micro-algues, nous avons dabord lanc une
premire culture liquide (pr-culture) partir de laquelle nous en avons lanc une
deuxime que nous avons utilise pour notre tude.
Le but de la pr-culture est dobtenir des cellules qui se divisent au mme moment
(culture synchrone) et dont la taille est peu disperse. Outre limportance capitale
1. Des varits de Chlamydomonas se sont dveloppes sur une boite de Petri strile expose
ouverte pendant une minute lors dun vol 1 km daltitude [7].
2. Institut de Biologie Physico-Chimique, Physiologie Membranaire et Molculaire du Chloro-
plaste, CNRS UMR7141 Paris, contact : Sandrine Bujaldon.
23
Figure 2. Cycle de division des Chlamydomonas Reinhardtii dans le cas dune

culture synchrone avec alternance de phases jour/nuit de dures respectives
14 h/10 h. Les cellules croissent pendant la phase G1, jusqu une certaine taille
critique. ce moment l, la cellule sengage dans le processus de division, lequel
dbute seulement au dbut de la phase dobscurit. Il sensuit n cycles de mitose, n
dpendant de la taille initiale de la cellule mre. Dans notre cas, les cellules se mul-
tiplient raison de n = 2 divisions par nuit en moyenne. Une cellule se transforme
donc en quatre cellules. Aprs les cycles de mitose, les flagelles des cellules filles se
mettent pousser et la cellule mre clot. Figure adapte de [25].
24
Figure 3. Culture des Chlamydomonas Reinhardtii. Dans la partie haute de lincu-

bateur, on peut voir les cultures sur milieu glifi enfermes dans des botes de Petri
fermes par du film Parafilm. Dans la partie basse se trouvent des cultures en phase
liquide contenues dans des erlenmeyers striles ferms par du papier aluminium,
contenant chacun un barreau magntique, et disposs sur un agitateur magntique
six rotors. Les cultures en milieu liquide sur la photo sont en phase de croissance
exponentielle (couleur vert lumineux ). Lclairage est assur par un bloc de six
nons disposs au fond de lincubateur.
25
que la suspension soit monodisperse pour que la taille des cellules soit connue pr-
cisment pour notre tude, lintrt des cultures synchrones est de pouvoir tudier
des suspensions de cellules pendant un temps de lordre de quelques heures dans une
situation stationnaire. Pendant la nuit, les cellules se divisent environ deux fois cha-
cune pour donner naissance quatre nouvelles cellules (figure 2). Pendant la phase
diurne, la motilit et le nombre de cellules ne varient presque pas. Les cellules se
divisant seulement la nuit, leur nombre est constant le jour. La motilit quant elle
dpend beaucoup de ltat des stocks de nutriments de la cellule. Pour effectuer des
tudes reproductibles de la motilit, les cellules doivent avoir des stocks suffisants.
Lorsque le stock est suffisant, la motilit des cellules dans une culture est stable
partir de 4h aprs la fin de la priode de nuit jusqu 2-3h avant la fin de la priode
de jour daprs nos observations. Pour le cycle jour-nuit 14h/10h que nous utilisons,
les cellules sont utilisables dans des conditions de motilit reproductibles pendant
une dure de 7-8h. Le synchronisme de la culture est assur par le cycle jour/nuit
impos [25].
La taille des cellules dpend principalement de labondance des rserves nutritives
du milieu dans lequel elles sont et de lutilisation des stocks de nutriments que la
cellule a emmagasins. En pratique, les cellules doivent nager plusieurs heures dans
un milieu priv de nutriments pour que lon observe une modification notable de leur
taille [25]. Pour imposer la mme taille toutes les cellules, on laisse la pr-culture
atteindre un tat dans lequel les cellules nont presque plus de stock de nutriments.
Ainsi leur taille rduite est la mme pour toute la population. Ensuite, une fraction
de cette pr-culture est introduite dans un milieu nutritif frais pour prparer la
culture en milieu liquide qui sera utilise lors de ltude, et incube pendant 3 jours.
Le synchronisme de la culture est encore renforc par le placement dalgues ayant
presque puis leurs ressources nergtiques dans un milieu riche en nutriment [25].
Les conditions dincubation de la culture et de la pr-culture sont les mmes
que celles utilises pour la culture gel. Pour amliorer lefficacit de division des
cellules, nous avons agit doucement les suspensions via un systme dagitation
magntique. Nous avons utilis une vitesse de rotation de 100 tours/minute pour
brasser la suspension sans trop perturber les cellules. Lagitateur magntique a t
utilis sa puissance magntique au minimum pour viter lchauffement par contact
de lerlenmeyer contenant la suspension. Pour initier une pr-culture, nous avons
prlev une faible quantit dalgues (typiquement 1/4 mm3 ) provenant dune culture
en milieu gel datant dune semaine et lavons place dans un volume de 50 mL de
milieu TAP. La pr-culture est incube typiquement pendant trois jours. Pass ce
dlai, les reserves nutritives du milieu sont pratiquement puises et les cellules
prives de nutriments sont toutes de petite taille. Quatre heures aprs le dbut du
cycle de jour, une fraction de la pr-culture est rintroduite dans du milieu frais (on
effectue typiquement une dilution au cinquantime de la pr-culture pour lancer la
deuxime culture liquide).
Au bout de 2 3 jours dincubation (suivant la fraction de cellules vivantes
que lon a introduite au dpart dans la deuxime culture liquide), on obtient une
26
2. PRPARATION DES SUSPENSIONS DE MICRO-ALGUES
POUR LOBSERVATION EN MICROSCOPIE
culture de couleur vert transparent lumineux 3 dont la population est en phase
de croissance exponentielle (concentration en cellules de lordre de 106 cellules/mL).
A ce stade, les algues sont un niveau de motilit et de synchronisation optimal. De
plus, elles sont de dimensions similaires puisque leurs anctres sont toutes parties
dun tat similaire au dbut de la deuxime culture.
2 Prparation des suspensions de micro-algues pour

lobservation en microscopie
2.1 Rcolte de la culture de micro-algues
Lorsque les cultures sont prtes, nous les rcoltons et nous en vrifions un chan-
tillon au microscope pour nous assurer quil ny a pas eu de contamination, que la
culture contient peu de cellules palmellodes (i.e. cellules qui se seraient mal
spares lors de leur dernire division) et que les cellules ont pratiquement toute la
mme taille.
Ensuite, la culture est centrifuge une acclration de 120 g pendant 10 minutes.
Le liquide surnageant est remplac par du milieu de culture frais. Le concentr
dalgues est resuspendu en douceur par agitation et la culture est laisse en repos
pendant une heure dans le noir pour que la fraction dalgues mortes prsentes dans
la suspension tombe au fond. Cette fraction est faible mais la prsence de cellules
inertes dans la suspension est gnante pour lanalyse de la dynamique dans la suite.
On utilise ensuite pour la prparation des chantillons la partie haute du tube que
lon a laiss dcanter.
2.2 Mesure de la fraction volumique dune suspension de

micro-algues
Pour mesurer la fraction volumique dune suspension, on peut citer deux m-
thodes.
On peut simplement placer un volume connu dalgues fixes dans une chambre de
comptage, puis compter les algues et remonter leur fraction volumique.
Il est galement possible destimer la fraction volumique dune suspension en uti-
lisant la spectrophotomtrie dabsorbance. Le principe de cette technique est que
labsorbance dune solution une certaine longueur donde est relie directement
la concentration en objets absorbants prsents dans la suspension par la loi de Beer-
Lambert. On peut raliser une courbe de calibration pour le type de suspensions
qui nous intresse (ici en loccurrence une suspension de micro-nageurs Chlamydo-
monas Reinhardtii ) dont on connat la fraction volumique (estime par comptage
par exemple) et dans une gamme de fraction volumique pas trop leve (sinon la
loi de Beer-Lambert cesse dtre valide et la prcision de la mesure se dgrade). Il
3. Voir la figure 3.
27
Figure 4. Forme et dimensions des capillaires en verre borosilicate utiliss pour

ltude de la dynamique des micro-algues Chlamydomonas Reinhardtii. Les dimen-
sions indiques sur la figure sont en mm. Sur cette reprsentation, lchelle pour la
longueur du tube est diffrente de celle de la largeur et de la hauteur. Le capillaire
est bien plus fin quil ne le parat sur la figure de gauche (rapport daspect longueur
sur largeur 50 : 2).
est ainsi possible destimer rapidement la concentration en micro-algues dans cette

suspension avec cette mthode.
Nous avons privilgi la mthode de comptage pour toutes les mesures des frac-
tions volumiques des suspensions que nous avons utilises car cette mthode est
utilisable directement pendant les mesures en microscopie. Le nombre de cellules est
compt dans la zone dobservation du dispositif et est ramen au volume de cette
zone dobservation pour dterminer la fraction volumique.
2.3 Prparation de la cellule dobservation

Pour ltude des suspensions de micro-algues Chlamydomonas Reinhardtii, nous
TM
avons utilis des micro-capillaires en verre borosilicate (Vitrotubes ) de forme rec-
tangulaire avec des bords arrondis (figure 4). Nous avons choisi des capillaires dune
profondeur suffisante (environ vingt diamtres dalgues) pour viter les effets de
bord et nous avons effectu nos observations au centre de ce canal. La largeur du
capillaire a permis galement que la fentre dobservation de la camra soit assez
loin des parois, pour viter les effets de bords dans la direction normale au capil-
laire. Nous avons choisi un capillaire plat pour viter dintroduire des aberrations
gomtriques dans le systme optique. tant donne la taille rduite du capillaire,
les mouvements de convection thermique ne jouent aucun rle ici. De plus, lors de
nos exprimentations, le microscope tait entour dune chambre isolante et il tait
plac dans un environnement climatis 22 C. Pour viter ladhrence possible des
flagelles des algues sur les parois internes des capillaires, ceux-ci ont t traits avec
de lalbumine de srum bovin (BSA) aprs avoir t pralablement lavs avec de
lalcool, puis rincs avec du milieu TAP. Les chambres ont t remplies par capilla-
rit. Elles ont ensuite t scelles avec de la pte sceller pour hmatocrite (Brand
Gmbh) pour viter des phnomnes dvaporation.
28
3. OBSERVATION DE MICRO-NAGEURS EN MICROSCOPIE
Une bulle dair a t laisse chaque extrmit du capillaire (capillaire rempli

au tiers de suspension) pour viter le contact de la suspension avec la pte sceller.
Aprs chaque observation, il na t constat aucun phnomne daccumulation des
algues vers les interfaces eau-air lintrieur du capillaire.
3 Observation de micro-nageurs en microscopie

Nous avons utilis pour la visualisation des suspensions un microscope invers
Olympus IX71. Les chantillons ont t observs en utilisant une illumination en
champ clair (except au chapitre IV o limagerie en pifluorescence a t utili-
se 4 ). Nous nous sommes toujours placs en illumination de Khler afin dobtenir
un clairage uniforme de lchantillon [45]. Nous avons utilis des objectifs de gros-
sissement allant du x4 au x64 suivant la dynamique que nous avons tudie. Pour
lillumination des algues nous avons utilis une lampe halogne de puissance 100W
en lumire transmise. Nous avons utilis cette lampe la puissance la plus faible
possible (environ 20 40W suivant la frquence dacquisition de la camra utilise)
qui permettait dobtenir des images exploitables avec la camra. Nous avons utilis
un filtre rouge pour viter tout phnomne de phototactisme car la dynamique des
algues nest pas perturbe pour cette gamme de longueur donde.
Pour lacquisition des images, nous avons utilis deux camras diffrentes, suivant
lchelle de temps des phnomnes laquelle nous nous sommes intresss.
Nous avons utilis une camra rapide une frquence dacquisition de 400 images
par seconde (Miro, PhotonLines) dans le cadre de ltude de la dynamique aux temps
courts devant la dure du battement dun flagelle (typiquement 1/50 s) et nous avons
utilis une camra CCD sensible (Sensicam qe, PCO) pour les autres tudes des
frquences dacquisition allant de 9 18 images par seconde.
Les tailles des pixels des camras utilises sont rapportes en annexe D. La
sensibilit des camras que nous avons utilises dpend de la longueur donde de
la lumire reue par les capteurs. Dans le rouge (longueur donde aux alentours de
600 nm), la sensibilit de la camra PCO est bien moins bonne que dans le bleu
(450 nm).
4 Reconstruction des trajectoires des micro-nageurs

partir de films
La reconstruction des trajectoires des Chlamydomonas Reinhardtii procde de
la manire suivante. La position de chaque objet est dtecte sur chaque image,
puis ces positions sont relies entre elles dune image lautre afin de reconstruire
les trajectoires. Mais avant cela, les films doivent tre prpars pour pouvoir tre
analyss.
4. Plus de dtails sur les deux techniques dimagerie sont disponibles au chapitre IV.
29
4.1 Travail des images

Les images enregistres la sortie de la camra ne sont pas optimales pour la
reconstruction de trajectoires (figure 5a). On retravaille ces images pour amliorer
la lisibilit de linformation que lon veut en tirer (ie la position et lidentification
des particules au cours du temps). Pour cela nous avons utilis le logiciel ImageJ 5 .
Pour que linformation contenue dans limage soit la plus prcise possible, les valeurs
de niveau de gris des pixels doivent occuper toute la gamme des valeurs disponibles.
Nous avons travaill avec des images codes sur 8 bits, les valeurs de brillance allaient
donc de 0 255. On optimise lutilisation de la gamme de valeur de brillance de
pixel en utilisant la fonction saturate du logiciel ImageJ (figure 5c). Elle modifie
le contraste de limage. Ensuite on soustrait larrire plan de limage (figure 6a). Il
contient du bruit qui pourrait perturber la dtection des particules. Enfin, on inverse
les valeurs de brillance de limage pour passer dune image sur laquelle les objets
sont noirs sur fond blanc une image sur laquelle les objets sont blancs sur fond
noir (figure 6c). Une dernire tape peut tre ajoute lorsque cela est ncessaire.
Lorsque les acquisitions sont effectues avec une faible luminosit, il peut arriver
que des bandes horizontales de bruit de pixel (ou verticales suivant lorientation du
capteur) soient superposes sur les images. Dans ces cas l, la fonction Bandpass
Filter dImageJ utilisant la transforme de Fourier permet de les supprimer trs
facilement sans dtriorer la qualit de limage.
Nous avons automatis la prparation des images laide de macros dans le
langage utilis par ImageJ (langage dont la syntaxe ressemble celle du langage
JavaScript). La taille caractristique des objets conserver lors de la suppression
du fond de limage est dtermine par le programme en fonction de lobjectif de
microscope et de la camra utiliss.
4.2 Dtection des particules

Lorsque les films sont prpars, la reconstruction des trajectoires commence par
la dtection de la position de chaque particule sur chaque image. Pour cela, nous
avons adapt les routines dveloppes initialement pour le suivi de particules fluo-
rescentes par John Crocker et David Grier [10] dans le langage IDL 6 . Les routines
dtectent des points lumineux sur fond sombre dont le profil est approximativement
gaussien. Les images des Chlamydomonas Reinhardtii que lon souhaite dtecter
doivent donc tre sous cette forme. Avant de commencer la dtection des objets, il
reste un lger bruit de fond liminer des images comme nous lavons voqu au
paragraphe prcdent. Pour cela, une tape de filtrage supplmentaire est ajoute
avant la dtection des objets. La routine bpass [10] utilise une mthode de filtrage
base sur une convolution de limage par un noyau de type chapeau mexicain. Ce
filtre fonctionne de la manire suivante. Il ralise tout dabord une image que lon
peut considrer comme larrire plan de limage de dpart en remplaant la valeur
5. ImageJ est un logiciel de traitement dimage dans le domaine public (imagej.nih.gov/ij).
6. IDL (Interactive Data Language) est un environnement de dveloppement trs utilis dans
le domaine de lanalyse dimages, notamment en astrophysique et en Sciences de la Terre.
30
4. RECONSTRUCTION DES TRAJECTOIRES DES
MICRO-NAGEURS PARTIR DE FILMS
(a) Image brute. (b) Histogramme des valeurs des pixels de limage.
(c) Contraste ajust. (d) Histogramme des valeurs des pixels de limage.
Figure 5. Image brute, puis ajuste en contraste et histogrammes des niveaux de

gris correspondants. (5a) La majorit des points de limage brute ont des valeurs
dans les tons gris, (5b) le pic sur lhistogramme correspond des valeurs de niveaux
de gris moyennes. Pour bien distinguer les algues, le fond est cens tre clair (valeur
de luminosit maximale) et les algues sombres (luminosit proche de 0). La gamme
de niveau de gris des pixels nest pas totalement utilise. (5c) Aprs ajustement du
contraste par la fonction saturate du logiciel ImageJ, (5d) le pic de lhistogramme
correspondant aux points clairs est dplac vers les plus hautes valeurs. Lchelle
des valeurs de niveau de gris des pixels a t recalcule pour optimiser lutilisation
de la gamme de valeur de brillance.
31
(a) Arrire plan soustrait. (b) Histogramme des valeurs des pixels de limage.
(c) Image au contraste invers. (d) Histogramme des valeurs des pixels de limage.
Figure 6. Image dont on a soustrait larrire plan, puis inverse en contraste, et

histogrammes des niveaux de gris correspondants. (6a) Larrire-plan de limage est
limin en utilisant la fonction subtract background du logiciel ImageJ avec un
rayon de rolling ball choisi de lordre de la taille en pixel des images des algues.
(6b) Le pic de lhistogramme correspondant au fond de limage (pixels clairs donc de
valeurs de brillance les plus leves) est maintenant proche de la plus haute valeur
de brillance ; le fond est presque totalement blanc. Il subsiste un bruit de fond
de faible amplitude visible travers la largeur du pic de luminosit. (6c) Limage
est inverse pour obtenir des objets blancs sur fond noir pour la reconstruction de
trajectoires. (6d) Le pic de lhistogramme correspond dsormais aux pixels de couleur
sombre (valeurs de brillance faibles). Pour une meilleure visibilit des images dans ce
manuscrit, dans la suite le contraste des images des films prsentes ici sera invers
par rapport celui utilis lors de lanalyse. Les Chlamydomonas Reinhardtii seront
donc noires sur fond blanc.
32
de chaque pixel par la moyenne de la valeur des pixels situs dans un carr de ct
Lo lgrement plus grand que le diamtre caractristique Do des objets que lon sou-
haite conserver. Il calcule galement une image dont on aurait limin le bruit de
fond haute frquence, d par exemple au bruit de pixel de la camra. Pour calculer
cette image dbruite, le filtre calcule la convolution dune gaussienne de largeur
mi-hauteur db avec limage initiale. La convolution avec une gaussienne de mme
largeur que la longueur donde caractristique du bruit de fond permet de faire dis-
paratre ce dernier. Ensuite, le filtre soustrait la premire image quil a calcule
la seconde pour donner une image sans bruit de fond et sans arrire-plan. Avant
cette tape de filtrage, le diamtre des images des Chlamydomonas Reinhardtii Do
mesurait de 9 10 m. Nous avons utilis pour la cration de limage de larrire
plan une gaussienne de largeur mi-hauteur db de lordre de 2 m et un carr de
ct Lo de 10 12 m pour le calcul de larrire-plan. La valeur de db que nous
avons choisie permet de mettre en forme les images des Chlamydomonas Reinhardtii
tout en liminant le bruit de fond haute frquence. Cette valeur de db transforme
limage dune micro-algue ressemblant un anneau lumineux, sous la forme dun
objet approximativement gaussien.
Si lon fait lhypothse que les objets que lon cherche dtecter ont un profil de
brillance ressemblant une surface gaussienne, les centres des particules dtecter
peuvent tre dfinis de manire approximative comme les pixels les plus brillants
dans un disque de diamtre de lordre de la taille des objets tudis. Pour dtec-
ter ces pixels, la routine feature utilise lopration de dilatation en chelle de gris.
Parmi les oprations de base en mathmatiques morphologiques, celle-ci consiste
remplacer la valeur de chaque pixel par la valeur du pixel de niveau de gris le plus
lev situ dans un disque de diamtre Dmax autour du pixel modifier. En pre-
nant Dmax lgrement suprieur au diamtre typique Do de limage dun objet que
lon cherche dtecter, les pixels dont la valeur na pas t modifie par lopration
de dilatation sont candidats tre les centres dimages de Chlamydomonas Rein-
hardtii. On considre dans la suite quun objet dtect est lensemble des pixels
compris dans un disque de diamtre Dmax autour dun pixel central dtect. En pra-
tique, nous avons utilis pour le paramtre Dmax des valeurs comprises entre 15 et
17 m suivant la taille des pixels de limage. Parmi les objets retenus, certains ne
correspondent pas rellement des Chlamydomonas Reinhardtii. Pour liminer ces
objets, la routine feature calcule pour chaque objet dtect sa luminosit num-
rique (somme des valeurs de brillance de tous ses pixels) et son rayon de giration
carr (produit de la valeur de brillance de chaque pixel de lobjet, par sa distance
au centre de lobjet au carr, somm sur tous les pixels de lobjet et normalis par
sa luminosit numrique). Il est possible dliminer les objets dont la luminosit
numrique est faible pour vacuer les objets non dsirs (bruit de fond de faible
extension spatiale restant par exemple). En effet, la luminosit numrique crot ap-
proximativement avec le carr du diamtre en pixels de lobjet. Par consquent, une
Chlamydomonas Reinhardtii dont limage mesurerait 4 pixels de diamtre aurait une
luminosit numrique environ 4 fois moins leve que si son image mesurait 8 pixels
de diamtre. Pour tablir une luminosit numrique indpendante de la taille des
33
(a) Image pr-traite. (b) Image filtre avec bpass.
(c) Particules dtectes dont la position est

signale sur limage filtre par un cercle gris
avec une croix noire au centre.
Figure 7. Principales tapes de la dtection de particules (premire partie). (7b)

Limage est filtre par la routine bpass (convolution avec un noyau type chapeau
mexicain). (7c) Les objets sont ensuite dtects via la routine feature en utilisant
une opration de mathmatiques morphologique. Les objets dtects sont entours
par un cercle gris avec une croix noire au centre sur limage filtre.
34
(a) Diamtre des objets dtects, estim partir de leur

rayon de giration carr, en fonction de leur luminosit nu-
mrique normalise (LNN) .
(b) Particules dtectes dont la position est (c) Particules de LNN suprieure 40 m2
signale sur limage filtre par un cercle gris reprsentes sur limage pr-traite.
avec une croix noire au centre.
Figure 8. Principales tapes de la dtection de particules (deuxime partie).

(8a) Diamtre estim des objets dtects en fonction de leur luminosit numrique
normalise (LNN). (8b) Les objets dtects (cercles gris avec une croix noire au
centre) ne reprsentant pas tous des Chlamydomonas Reinhardtii, leur LNN per-
met dliminer les objets non souhaits. (8c) Les objets dtects dont la LNN est
suprieure un certain seuil (ici 40 m2 ) sont les objets recherchs.
35
pixels de limage que lon tudie, on peut dfinir une luminosit numrique normali-
se, comme la luminosit numrique multiplie par le carr de la taille du pixel. Pour
saffranchir de la dpendance de la luminosit en fonction de la valeur maximale de
brillance des pixels (ici 255 car les valeurs de brillance de nos images sont codes
sur 8 bits), on peut galement diviser la luminosit par la valeur maximale de la
brillance. Nous avons utilis une luminosit numrique normalise de lordre de 40
80 m2 lors de nos diffrentes tudes. Le rayon de giration carr donne un critre
supplmentaire pour liminer des objets qui seraient petits mais trs brillants. En
pratique nous navons pas eu besoin dutiliser ce filtrage supplmentaire. La routine
feature calcule galement le degr de dformation (ou excentricit) de lobjet ; de
0 pour un disque 1 pour une ligne. Nous navons utilis ce critre que pour discri-
miner parmi des objets dont la taille tait vraiment importante en pixels (de lordre
de 30 40 pixels de diamtre). Pour des images de Chlamydomonas Reinhardtii de
diamtre de lordre de 7 20 pixels, cela na pas t ncessaire.
La position dune particule tant toujours mesure comme un multiple de la taille
du pixel avec cette mthode, la prcision de la mthode de mesure prsente est au
mieux dun demi pixel, ce qui nest pas optimal. Il est possible daffiner cette position
en calculant le barycentre des points dun objet dtect affects de leur valeur de
brillance. La position de ce barycentre est alors utilise comme nouvelle position du
centre dun objet dtect. Cette opration de re-centrage peut tre effectue plusieurs
fois. Toutefois, il convient dtre prudent lors de la r-estimation de la position, car
si le centre se dplace trop de lestimation initiale, il est possible quelle parvienne
sauter une autre particule proche. On vrifie que les paramtres utiliss pour la
dtection des particules donnent bien une prcision de dtection infrieure au pixel.
Pour cela on vrifie que les parts fractionnaires des positions dtectes apparaissent
la mme frquence. En effet, si chaque valeur de position dtecte sur limage nest
pas quiprobable, cest que lalgorithme de dtection ne parvient pas mesurer la
position avec une prcision meilleure que la taille du pixel.
Mme en validant ce critre, la prcision de la dtection de la position relle de
la particule nest pas ncessairement sub-pixellique. Comme nous modifions limage
de la particule lors du filtrage avec la routine bpass pour la faire ressembler une
gaussienne, la position du centre de la nouvelle image peut tre dcale par rapport
celle de limage de dpart. Pour estimer cette erreur, nous nous sommes servis des
trajectoires que nous avons reconstruites. La mthode que nous avons utilise est
expose au paragraphe suivant.
Les paramtres utiliss lors de la dtection des particules sont susceptibles de
dpendre de la taille des pixels de limage que lon analyse, ces derniers tant direc-
tement lis la taille des pixels de la camra et au grossissement de lobjectif utilis.
En pratique, la plupart de ces paramtres peuvent tre exprims en micromtres et
leur valeur varie peu avec la taille du pixel de limage tant que la taille des objets
tudis reste plus importante que la taille dun pixel.
Une fois que les paramtres de dtection sont dtermins, le procd est appliqu
lensemble du film et lon obtient une liste de particules pour chaque image. Il reste
connecter ces positions de particules entre elles pour reconstruire les trajectoires.
36
4.3 Connexion des positions successives en trajectoires
Une fois que tous les objets possibles ont t dtects sur toutes les images, il faut
connecter les positions de ces objets au cours du temps pour obtenir les trajectoires
des micro-nageurs. Il faut reconnatre sur chaque image les objets prsents limage
prcdente, ceux qui sont apparus entre temps et ceux qui ont disparu. Soit t le
temps sparant deux images conscutives. Pour un objet i situ au point xi sur une
image linstant t, il faut dterminer lobjet parmi ceux situs sur limage suivante
linstant t + t qui a le plus de probabilit dtre le mme objet. Soit Nt le nombre
dobjets que contient limage au temps t.
On choisit exprimentalement t (inverse de la frquence dacquisition de la
camra) suffisamment petit pour que chaque objet se soit peu dplac pendant
cet intervalle de temps (il faut au moins quil soit possible de suivre loeil le
dplacement des particules sans les confondre lorsquelles se croisent). On dfinit
rmax la distance maximale de laquelle chaque particule a pu se dplacer en un
temps t. Cette distance doit tre suprieure au dplacement physique maximal
dun objet, afin de ne pas dcouper une trajectoire relle. Elle doit galement
tre infrieure la moiti de la distance moyenne entre objets, pour empcher les
changes dobjets lorsque ceux-ci se croisent.
Le critre utilis pour choisir les connexions reprsentant le plus fidlement les
dplacements physiques peut tre tabli par le raisonnement suivant [10]. Consid-
rons une particule se dplaant dans un plan selon une marche alatoire avec un
coefficient de diffusion D. La probabilit quelle ait effectu un dplacement x
pendant un temps t est donne par :
(x)2

P (x, t) exp (II.5)
4Dt
Si lon suppose maintenant que Nt particules se dplacent sans interagir avec le
mme coefficient de diffusion D alors la probabilit que chaque particule i se soit
dplace de xi au bout dun temps t, est donne par :
!
2
P
i=1,...,Nt (x i )
P ({xi }i=1,...,Nt , t) exp (II.6)
4Dt
Maximiser P cette probabilit pour le choix des {xi }i=1,...,Nt est donc quivalent
minimiser i=1,...,Nt (xi )2 .
Ce critre pour la reconstruction des trajectoires est exact pour un systme de
Nt particules se dplaant selon une marche alatoire et sans interactions entre elles
mais il est galement valide en pratique tant que le temps t reste suffisamment
petit. La minimisation de cette somme est faite en nautorisant que des dplacements
de particules infrieurs la distance rmax voque plus haut. Le paramtre rmax
est choisi suprieur aux dplacements rels effectus entre deux images (figure 9). La
valeur de ce paramtre a t prise entre 1 et 1, 5 m pour une frquence dacquisition
de 400 images par secondes et entre 8 et 11 m pour une frquence dacquisition de
9 images par secondes.
37
Lalgorithme utilis pour identifier les positions suivantes de chaque objet fonc-
tionne de la manire suivante. Il dtecte des groupes dobjets dont les positions
pourraient tre interchanges dune image lautre. Par exemple, si plusieurs objets
sont proches sur une image, il nest pas vident de dterminer sur limage suivante
quelle position correspond quel objet. Pour chaque configuration imaginable, lal-
gorithme calcule la somme des carrs des distances parcourues. La configuration
dont la somme est la plus petite est choisie. Si un des objets disparat dune image
lautre (objet qui sortirait de la zone dobservation par exemple), un des objets du
groupe se retrouve sans position suivante. Dans ce cas l, lalgorithme affecte
lobjet quil considre sans position suivante, une valeur de dplacement gale
rmax dans le calcul de la somme.
Nous avions voqu au paragraphe prcdent la question de la prcision laquelle
nous arrivions pour la mesure de la position des particules. Nous avons estim lerreur
sur cette quantit de la manire suivante. Nous avons limin une partie du bruit de
fond des trajectoires en remplaant les coordonnes des particules chaque instant
t par la moyenne de leurs coordonnes aux instants t t, t, et t + t. Nous avons
mesur les distances entre chaque position et la position moyenne correspondante,
et nous avons mesur la variance de la distribution de ces distances. Lerreur de
dtection de position que nous avons obtenue est de lordre du demi-pixel, ce qui reste
une bonne prcision lorsque lon compare cette valeur aux dplacements typiques
des particules qui sont de 5 10 pixels entre deux images, suivant lobjectif et la
frquence dacquisition utiliss (figure 11).
4.4 Filtrage des particules immobiles

Il arrive quil reste certaines particules immobiles dans la zone dobservation.
Ce peut tre des algues mortes qui nauraient pas t limines lors de la phase de
dcantation de la suspension avant la mise en capillaire ou bien des artefacts nayant
pas t limins par le filtrage.
Nous avons analys chaque trajectoire reconstruite et limin celles pour les-
quelles les objets dtects ne se dplaaient pas au minimum dune certaine distance
rmin au cours dune dure maximum tmax (figures 10 et 11). Les paramtres rmin
et tmax ont t choisis en fonction des paramtres caractristiques de la dynamique
des algues.
4.5 Analyse 2D dun systme 3D

Le dispositif optique utilis donne une image en deux dimensions (2D) de tra-
jectoires dobjets voluant dans les trois dimensions (3D). Dans la pratique, pour
viter dobtenir des trajectoires diriges dans la direction perpendiculaire au plan
dobservation (donc des trajectoires dont le dplacement semblerait minime), nous
avons conserv uniquement les trajectoires dont la dure tait significative dans la
zone dobservation. La dure minimale typique dune trajectoire a t prise deux
secondes environ (suivant la profondeur dobservation). Ainsi, comme la profondeur
38
sur laquelle on dtecte des objets est faible (de lordre de quelques diamtres de
cellules), on limine les trajectoires qui ne seraient pas diriges un minimum
dans le plan dobservation.
39
(a) (b)
(c) (d)
Figure 9. Choix de la valeur du paramtre de connexion des positions de trajec-

toire (rmax ) et vrification que les paramtres de dtection donnent une prcision
de dtection de position infrieure au pixel.
(9a) Trajectoires obtenues avec les paramtres choisis (rmax = 6 pixels). (9b) Histo-
gramme des dplacements en pixels entre deux images dans les directions x et y. (9c)
Histogramme des parts fractionnaires des positions dtectes. (9d) Histogramme des
modules des dplacements en pixels entre deux images conscutives.
40
(a) Trajectoires avant filtrage des immobiles. (b) Trajectoires aprs filtrage des immobiles.
(c) Trajectoires limines.
Figure 10. Choix des valeurs des paramtres de suppression des particules immo-
biles.
(10a) Trajectoires avant limination des particules immobiles. (10b) Trajectoires res-
tantes aprs limination des particules immobiles. (10c) Trajectoires limines car
ne remplissant pas les critres de mobilit demands. Un objet devait se dplacer de
8 pixels (10 m) au moins au cours dune laps de temps de 14 images (1.6 s) pour
tre considr comme mobile. Les objets dont la trajectoire ne vrifie pas ce critre
sont limins.
41
(a) (b)
(c) (d)
Figure 11. Choix des valeurs de paramtre de connexion des positions de trajec-
toire (rmax ) et vrification que les paramtres de dtection donnent une prcision
de dtection de position infrieure au pixel.
(11a) Trajectoires restantes aprs limination des particules immobiles. (11b) His-
togramme des dplacements en pixels entre deux images dans les directions x et y.
(11c) Analyse de la frquence de mesure des parts fractionnaires des positions dtec-
tes, (11d) Histogramme des dplacements en module en pixels entre deux images.
Un dplacement minimal de 8 pixels (10 m) tait raliser au cours dune dure
maximale de 14 images (1.6 s) pour que lobjet soit considr comme mobile.
42
A. COMPOSITION ET PRPARATION DU MILIEU DE
CULTURE TAP
Annexes
A Composition et prparation du milieu de culture

TAP
La recette de TAP que nous avons utilise nous a t fournie par lIBPC 7 . Le
TAP est prpar partir de quatres solutions mres dont voici la prparation :
Solution Beijerings 5x :
Les deux parties suivantes sont prparer sparment
F NH4 Cl 36 g
F (MgSO4 ,2H2 O) 9 g
F Complter 500 mL avec de leau pure
F (CaCl2 ,2H2 O) 4,5 g

F Complter 400 mL avec de leau pure
Mlanger le tout pour obtenir 900 mL de solution
Solution Phosphate :
K2 HPO4 (anhydre) 12,9 g
KH2 PO4 (anhydre) 6,55 g
Complter 900 mL avec de leau pure
Solution Tris acetate :
Tris base 217,8 g
Acide actique glacial 90 mL
Eau pure 810 mL
Solution lments trace [32] :
Composition :
F EDTA-Na2 50.00 g
F H3 BO3 (Acide Borique) 11.14 g
F (ZnSO4 , 7H2 O) 22.0 g
F (MnCl2 , 4H2 O) 5.1 g
F (FeSO4 , 7H2 O) 5.0 g
F (CoCl2 , 6H2 O) 1.6 g
F (CuSO4 , 5H2 O) 1.6 g
F ((NH4 )6 Mo7 O24 , 4H2 O) 1.1 g
Prparation :
F Ajouter tous les composs sauf lEDTA, chacun leur tour dans un Er-
lenmeyer contenant 550 mL deau pure milli-Q. Chauffer la solution
approximativement 70 C.
F Dans un autre Erlenmeyer, ajouter lEDTA 250 mL deau pure milliQ
et chauffer jusqu dissolution.
7. Cette recette est galement disponible sur internet (google : Janette Kropat TAP recipe
2010 ).
43
F Ajouter la solution dEDTA la solution prcdente (et pas linverse)

et mener le mlange bullition.
F Laisser la solution refroidir jusqu une temprature de 70 75 C.
F Ajuster le pH de la solution 6.5 6.8 avec du KOH 20%. La
temprature ne doit pas descendre en dessous de 70 C ni le pH dpasser
6.8 sinon la solution nest plus bonne.
F Complter avec de leau pure 1000 mL.
F Couvrir le rcipient avec un bouchon de coton (pas de parafilm) et
laisser reposer deux semaines jusqu ce que la couleur passe de vert
violet sous agitation.
F Filtrer le prcipit rouge-marron et stocker la solution au rfrigrateur.
Dans le cas de la prsence dun prcipit, vous ne connatrez pas la
concentration relle en lments dans la solution.
Prparation du milieu TAP :
Mlanger ensemble les solutions suivantes :
10.0 mL de solution Beijerings 5x
8.33 mL de solution Phosphate
10.0 mL de solution Tris-Acetate
1.00 mL de solution Trace
Complter avec de leau pure milliQ jusqu 1000 mL.
B Prparation des botes de culture sur milieu so-

lide
Les botes servant la culture en milieu solide sont prpares de la manire
suivante. Le gel est ralis partir du milieu TAP prpar suivant le protocole
de lannexe II.A. Juste avant la strilisation du TAP lautoclave, on ajoute
la solution 15 g/L dagar-agar en poudre. Aprs agitation pour homogniser le
mlange, on le strilise lautoclave. la sortie de lautoclave et avant que le
milieu nait commenc glifier, sous une hotte flux laminaire on verse le milieu
dans des boites de Petri striles de diamtre 57 mm, raison de 10 mL de solution
par bote. Les botes recouvertes par leur couvercle sont laisses refroidir sous
la hotte pendant une heure environ. Les boites sont scelles avec du film Parafilm
pour minimiser les risques de contamination du milieu gel. Puis ces boites sont
stockes dans un environnement o il peut y avoir de la lumire afin quen cas de
contamination, celle-ci soit rapidement dtectable loeil nu.
C Calendrier de repiquage des cultures

Les cultures ont t repiques de la manire suivante. Les cultures en milieu solide
(botes contenant le milieu TAP additionn dAgar-Agar) taient lances le vendredi
matin 10h. Chaque bote tait utilise aprs une semaine dincubation, le vendredi
10h pour dmarrer une premire culture en milieu liquide (premire gnration)
44
D. CARACTRISTIQUES DES CAMRAS UTILISES
NCESSAIRES LANALYSE DES DONNES
ainsi quune nouvelle bote. Ensuite une culture liquide (deuxime gnration) tait
initie aprs trois jours dincubation soit le lundi, partir de la culture liquide de
premire gnration. Cette nouvelle culture tait ensuite utilise le jeudi ou bien
le vendredi si la culture ntait pas encore en phase de croissance logarithmique le
jeudi.
D Caractristiques des camras utilises ncessaires

lanalyse des donnes
Voici dans les tableaux II.1 et II.2 les caractristiques techniques principales des
camras utilises pour lanalyse des films raliss.
45
Taille de pixel
Grossissement utilis
correspondante (m)
x40 0.32
x20 0.65
x10 1.29
x4 3.22
Table II.1. Taille dun pixel de camra Sensicam qe (PCO) en fonction du gros-
sissement. La taille des pixels a t multiplie par un facteur 2 par rapport la
taille de pixel originale car nous avons remplac chaque groupe de 2x2 pixels par
un seul pixel, deux fois plus large et deux fois plus long et dont la valeur tait la
moyenne des quatres pixels initiaux (bining en anglais). Cette opration permet
de rduire le temps de rponse de la camra tout en conservant les dimensions du
champ dobservation.
Taille de pixel
Grossissement utilis
correspondante (m)
x64 0.34
Table II.2. Taille dun pixel de camra Miro (Photon Lines) en fonction du gros-
sissement utilis.
46
Chapitre III
Dynamique de nage individuelle en

suspension dilue
Sommaire
1 Mcanisme de nage des Chlamydomonas Reinhardtii . . 49
1.1 Stratgie de nage faibles nombres de Reynolds . . . . . 49
1.2 Mesure de la frquence moyenne de battement des flagelles
des micro-algues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
1.3 Mesure du module de vitesse moyenn sur un zigzag . . . 55
2 Dynamique de nage aux temps longs devant la dure
dun battement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
2.1 Mcanisme de nage et marche alatoire avec persistance . 57
2.2 Mesure du temps de rotation hlicodale et du temps de
rorientation alatoire des micro-algues . . . . . . . . . . . 59
2.3 Mesure de la vitesse balistique . . . . . . . . . . . . . . . 67
3 Modification de la dynamique de nage suivant la visco-
sit du fluide porteur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
3.1 Effet de la viscosit sur le mcanisme de locomotion des
micro-algues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
3.2 Effet de la viscosit sur la marche alatoire . . . . . . . . 77
4 En rsum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Motivation
Nous allons maintenant analyser la dynamique individuelle de micro-nageurs
dans une suspension dilue. Ici les interactions hydrodynamiques entre nageurs sont
ngligeables. Nous verrons au chapitre suivant comment la prsence de voisins dans la
suspension peut affecter la nage. La manire dont se dplacent les Chlamydomonas
Reinhardtii laide de leurs flagelles est complexe (figure 1) et cela entrane des
proprits statistiques particulires pour la dynamique de nage [19]. Nous prsentons
dans ce chapitre une tude dtaille de cette nage en microscopie optique.
47
CHAPITRE III. DYNAMIQUE DE NAGE INDIVIDUELLE EN
SUSPENSION DILUE
Figure 1. Schma de la nage des micro-algues Chlamydomonas Reinhardtii. Dans la

bulle du zoom est reprsente la brique de base de la nage. Pendant un battement
de flagelles, lalgue avance une vitesse instantane vb de lordre de 100 m s1 , puis
recule (mouvement de zigzag ). La vitesse moyenne de dplacement quelle atteint
avec ce type de mouvement est de lordre de 30 m s1 . Les flagelles battent une
frquence typique fb de lordre de 30 Hz. Aprs quelques battements, la trajectoire
de la cellule ressemble une hlice le long dune direction moyenne. Le temps th mis
par la cellule pour effectuer une rotation autour de laxe de lhlice est de lordre
dune seconde. Au bout dun temps ta de lordre de quelques secondes, la cellule
change alatoirement de direction de dplacement moyenne.
48
1. MCANISME DE NAGE DES CHLAMYDOMONAS
REINHARDTII
1 Mcanisme de nage des Chlamydomonas Rein-
hardtii
Nous avons tudi la nage laide dune camra rapide (frquence dacquisition
de 400 Hz). Cela nous a permis de rsoudre la dynamique aux temps courts par
rapport la dure dun battement de flagelles (typiquement 1/30 s).
1.1 Stratgie de nage faibles nombres de Reynolds

Afin de comprendre comment les algues arrivent se dplacer dans le fluide qui les
entoure, nous pouvons calculer le nombre de Reynolds correspondant lcoulement
du fluide porteur autour delles. Ce nombre sans dimension est le rapport des termes
de forces inertielles et des termes de forces visqueuses de lquation de Navier-Stokes
soit :
U L
Re = (III.1)

Avec et respectivement la masse volumique et la viscosit dynamique du fluide
porteur et U et L respectivement la vitesse et la taille caractristique de lcoule-
ment considr. Dans le cas prsent, les cellules de diamtre ' 10 m se dplacent
une vitesse de lordre de 50 m s1 dans un milieu aqueux de viscosit dyna-
mique ' 1 mPa s et de densit ' 103 kg m3 . Cela donne Re ' 5.104 << 1.
Lorsque linertie est ngligeable, lquation de Navier-Stokes devient lquation
de Stokes, laquelle est symtrique par renversement du temps. Imaginons un objet
se dformant dune manire rciproque pour se mouvoir. Il dplace le fluide autour
de lui lors de la premire partie de son mouvement. En faisant exactement le mme
mouvement dans le sens inverse pour retrouver sa forme initiale, lobjet ramne le
fluide exactement sa configuration de dpart. Lobjet fait du sur place en moyenne.
Ce rsultat est connu sous le nom de thorme de Purcell [53] ( scalop theorem
en anglais).
Il existe plusieurs stratgies de nage pour contourner ce problme. Par exemple,
les spermatozodes propagent le long de leur flagelle des ondes de flexions et les
bactries Escherichia Coli font tourner leurs flagelles la manire de tire-bouchons.
Les Chlamydomonas Reinhardtii quant elles nagent une sorte de brasse avec leurs
deux flagelles antrieurs (figure 2). Elles balaient le fluide devant elles pendant la
premire phase de leur mouvement avec leurs flagelles tendus depuis le haut de leur
corps vers le bas, ce qui propulse leur corps vers lavant (figure 2a). Elles ramnent
ensuite leurs flagelles le long de leur corps pour les faire revenir leur configuration
initiale [56] (figure 2b). Cette deuxime phase les fait reculer du fait de labsence
dinertie, mais les flagelles tant proches du corps et principalement orients paral-
llement la direction du mouvement, la friction quils subissent est moins forte que
lors de la phase de pousse, au cours de laquelle les flagelles sont principalement
orthogonaux la direction de dplacement. Ce mcanisme gnre une succession de
mouvements de marche avant puis marche arrire [58] que lon appellera dans la
suite zigzag (figure 3). Comme la distance parcourue en marche avant est plus
49
SUSPENSION DILUE
(a) Phase de propulsion (b) Phase de retour
Figure 2. Mcanisme de locomotion utilis par la micro-algue Chlamydomonas

Reinhardtii. (2a) Phase de propulsion. Les flagelles sont tendus, ils partent du som-
met de la cellule et effectuent un mouvement de traction (nageur de type puller )
sur le fluide en allant vers le bas. (2b) Phase de retour. Les flagelles sont ramens le
long du corps, et se droulent pour remonter vers lavant. Les dplacements typiques
occasionns par le mouvement des flagelles dans chacune des phases sont reprsen-
ts lchelle de la cellule par des flches situes au centre du corps de la cellule.
On observe que le dplacement vers lavant lors de la phase de propulsion est plus
important que le recul d la phase de retour, assurant un dplacement net vers
lavant.
grande quen marche arrire, les cellules finissent par se dplacer vers lavant.
Nous allons maintenant tudier quantitativement les caractristiques de ce sys-
tme de locomotion. La dynamique des algues aux temps courts peut tre dcrite par
la dure de la phase de propulsion et de la phase de retour, et la vitesse instantane
moyenne en marche avant et en marche arrire.
1.2 Mesure de la frquence moyenne de battement des fla-

gelles des micro-algues
Pour quantifier la frquence de battement moyenne des flagelles des algues fb , il
suffit de mesurer la dure dune priode de battement et den faire la moyenne sur
tous les temps et toutes les cellules. Pour cela, il faut dtecter le dbut et la fin dun
battement, soit les moments o la cellule change de sens de dplacement.
1.2.1 Mesure de langle de persistance

Pour dtecter ce changement dorientation, nous pouvons tudier langle ( )
duquel a tourn une micro-algue entre les instants t et t + (figure 4). Dans toute
la suite, nous appellerons ( ) angle de persistance car il mesure la persistance de
direction. Sil est nul pour tout , lobjet tudi se dplace en ligne droite toujours
dans le mme sens. Sil devient proche de ou soudainement, lobjet a chang
de sens de dplacement en restant sur le mme axe de dplacement. Cet angle de
50
REINHARDTII
Figure 3. Trajectoire dune Chlamydomonas Reinhardtii observe une chelle de

temps infrieure la dure dun battement de flagelles. La dynamique en zigzags
due labsence dinertie est clairement visible. droite : dtail dun zigzag. Les
flches reprsentant les dplacements dans chaque phase sont les mmes que celle
de la figure 2. On notera que la dure de la phase de propulsion (mesurable en
nombres de points sur la trajectoire) est similaire la dure de la phase de retour.
Le temps sparant deux points successifs sur la trajectoire est de 1/400 s. Pour
cette trajectoire, la frquence moyenne de battement des flagelles fb est de lordre
de 30 Hz.
Figure 4. Grandeurs mesures partir des trajectoires reconstruites dans la ca-

ractrisation de la dynamique individuelle. Langle de persistance ( ) est langle
duquel a tourn la cellule entre les instants t et t + . Le vecteur dplacement r( )
est utilis pour le calcul du dplacement quadratique moyen (MSD).
51
SUSPENSION DILUE
persistance peut tre dfini par :
( ) = arccos(e(t + ).e(t)) (III.2)
avec e(t) le vecteur unitaire direction de dplacement instantan de lobjet lins-

tant t donn par
v(t)
e(t) = (III.3)
|v(t)|
o v(t) est son vecteur vitesse instantan.
Comme le temps est une variable discrte dans nos mesures, le vecteur vitesse ins-
tantan est mesur en utilisant la formule suivante :
OM(t + t) OM(t t)
v(t) = (III.4)
2t
avec OM(t) le vecteur position de lobjet linstant t et t le temps sparant deux
images conscutives.
1.2.2 Distribution des angles de persistance

Ltude des distributions des angles de persistance ( ) en fonction du temps
(figure 5), nous montre quentre deux instants spars par un temps court devant
le temps moyen de battement des flagelles 1/fb , la direction de propagation de la
cellule tudie na pas chang pour la plupart des couples dinstants mesurs. Ici
la statistique a t calcule partir dune cinquantaine de cellules, battant environ
chacune deux cent fois de leurs flagelles. Les couples de points spars de appar-
tiennent soit une phase de marche avant, soit une phase de marche arrire, trs
peu sont cheval sur les deux types de marche. La distribution montre donc un pic
centr sur zro refltant la persistance de direction.
Pour des temps de lordre de la moiti dune priode de battement ( ' 1/2fb ),
on observe que le pic central de la distribution a disparu, et que deux pics danti-
corrlation sont apparus pour les angles de valeur et . Pour ce temps, la majorit
des couples de points sont cheval sur deux types de marches diffrentes, la valeur
dangle de persistance correspondante est donc proche de ou de - (les angles sont
mesurs entre et ).
Lorsque le temps devient de lordre de la dure dun battement moyen, alors
la majorit des paires de points se retrouvent dans le mme type de marche et lon
observe une distribution similaire celle obtenue pour des temps trs courts. Cela
traduit le fait quentre deux battements, la direction moyenne de dplacement de
la cellule a peu vari. Si ce ntait pas le cas, on observerait un largissement de la
distribution par rapport au cas des trs petits temps, correspondant la rotation
moyenne queffectue une cellule entre deux battements.
La priodicit des fonctions de distributions angulaires reflte donc la frquence
des battements. Cette priodicit doit alors se retrouver aussi dans les moments de
cette distribution ou bien encore dans la fonction dautocorrlation de direction.
52
REINHARDTII
Figure 5. Fonctions de distribution de probabilit des angles de persistance aux

temps courts devant le temps de battement des flagelles. Temps allant de =
1/(28fb ) = 1/fb avec fb la frquence de battement moyenne. Le temps 1/fb
est le temps le plus court mis par la distribution pour reprendre sa forme initiale.
1.2.3 Fonction dautocorrlation de direction

Cette fonction est dfinie par :
C( ) = he(t + ).e(t)i = hcos(( ))i (III.5)
avec e(t) le vecteur direction de dplacement instantan, ( ) langle de persistance

duquel a tourn lobjet entre les instants t et t + (grandeurs dfinies au para-
graphe III.1.2.1). Les crochets h . i reprsentent la moyenne temporelle sur tous les
temps t et la moyenne densemble sur tous les objets.
Lorsque langle ( ) prend les valeurs 2n (les valeurs 2n + 1) avec n un entier,
cette fonction de corrlation prsente un maxima 1 (un minima -1). Cette gran-
deur permet de dtecter les points dont la direction de dplacement sest inverse au
bout dun temps . Elle permet donc dobtenir une information sur la dure entre
les changements de direction. En mesurant la fonction dautocorrlation de direc-
tion, on observe des oscillations correspondant aux inversions successives du sens de
dplacement des algues au cours de leur dplacement (figure 6). On peut obtenir la
valeur de la frquence des oscillations de cette courbe en ajustant le produit dune
fonction exponentielle dcroissante e /te et dune fonction cosinus cos(2fb ) sur
les points exprimentaux obtenus.
La dcroissance exponentielle de lenveloppe de la fonction dautocorrlation de
direction sur un temps te traduit deux phnomnes. Elle est provoque par le chan-
gement progressif de direction de dplacement moyen des algues au cours du temps.
Chaque battement dplace la cellule vers lavant dans une direction moyenne et
cette direction change lgrement chaque nouveau battement (figure 3). Le temps
53
SUSPENSION DILUE
Figure 6. Fonction dautocorrlation de direction. Le temps est en unit de la p-

riode des oscillations du signal, qui correspond la frquence moyenne de battement
de flagelles (fb = 31, 3 Hz ici). Lajustement par la fonction e /te cos(2fb ) qui a
permis dobtenir la valeur de fb est superpos sur la figure (ligne noire). La me-
sure a t ralise pour une suspension dont le fluide porteur avait une viscosit
de 1, 5 mPa s (milieu de culture TAP). titre indicatif, le temps de dcroissance
exponentiel de lenveloppe te vaut 38 ms.
54
REINHARDTII
te est donc li au temps de corrlation de direction de dplacement moyen. Cette
dcroissance est galement lie au fait que la dure dun battement de flagelles peut
varier au cours du temps pour une cellule, ainsi que dune cellule lautre. Si les
algues battaient rgulirement des flagelles et quelles nageaient dans une direction
fixe, lamplitude des oscillations de la fonction dautocorrelation ne dcrotrait pas
avec le temps . Imaginons maintenant deux cellules se dplaant dans une direction
fixe mais lune mettant un temps T pour battre une fois de ses flagelles, et lautre
un temps T + T . Les extremums de la fonction dautocorrlation de direction
pour la premire algue auraient lieu pour multiple de T et ceux de la deuxime
algue auraient lieu pour multiple de T + T . Si lon faisait alors la moyenne des
fonctions dautocorrlation des algues, le dcalage entre les premiers maxima serait
de T . Cela causerait pour la fonction moyenne une diminution de lamplitude de
son premier maxima par rapport aux deux fonctions initiales. Le dcalage entre les
deuximes maxima serait ensuite de 2 T et lamplitude du deuxime pic de la fonc-
tion moyenne serait diminu encore plus que celle du premier. Il en serait ainsi de
mme pour tous les extrema suivants. Le paramtre de temps te utilis pour ajuster
lenveloppe de la fonction dautocorrlation de direction contient donc le mlange
de deux informations diffrentes : le changement de direction progressif des algues
et la variabilit de la dure dun battement de flagelles.
La partie cosinus de la fonction utilise pour lajustement reflte les oscillations
dues aux changement de direction des algues au cours des mouvements de zigzag.
On obtient de cet ajustement la valeur de la frquence de battement caractristique
fb .
1.3 Mesure du module de vitesse moyenn sur un zigzag

Pour quantifier les dplacements des Chlamydomonas Reinhardtii, on peut uti-
liser le dplacement quadratique moyen (MSD) des cellules hr2 ( )i (figure 7). On
observe que pour un temps infrieur la dure dun battement, le MSD est pro-
portionnel au carr du temps. Cela caractrise un premier rgime balistique dont la
vitesse vb peut tre dduite de la relation :
hr2 ( )i = vb 2 2 (III.6)
La vitesse vb correspond la moyenne du module de vitesse instantane au cours
dun seul battement (un zigzag). Il sagit dun mlange de la vitesse en marche
avant et de la vitesse en marche arrire. Lorsque le temps sparant deux points
est trs infrieur la dure dun battement, la plupart des dplacements mesurs
appartiennent une phase soit de marche avant, soit de marche arrire. La vitesse
est donc maximale ainsi que la moyenne des dplacements.
Pour des temps lgrement plus longs, il commence y avoir dans la statistique
des couples de positions spares par un temps dont lune est situe dans une
phase de propulsion de la cellule et lautre est dans une phase de retour. Ainsi la
vitesse moyenne entre ces points diminue et la pente du MSD galement. La valeur
de cette pente est minimale lorsque le temps est proche de la priode moyenne de
battement. Cela entrane ainsi un plateau dans le MSD.
55
SUSPENSION DILUE
Figure 7. Dplacement quadratique moyen (MSD) hr2 ( )i de micro-nageurs en

fonction du temps. Les lignes pleines reprsentent une pente de 2 en chelle log-
log. On observe la prsence dun premier rgime balistique li aux dplacements en
ligne droite pendant les phases de pousse et de retour, un plateau d au temps
caractristique doscillation 1/fb et un deuxime rgime balistique rsultant du d-
placement moyenn sur plusieurs cycles de battement. La vitesse vb caractristique
de la premire partie balistique de la courbe est ici de 132 m s1 . La vitesse va
caractristique du deuxime rgime balistique est de 50 m s1 . La mesure a t
ralise pour une suspension dont le fluide porteur avait une viscosit de 1, 5 mPa s
(milieu de culture TAP). Le temps caractristique de battement (mesur figure 6)
1/fb vaut 32 ms.
56
2. DYNAMIQUE DE NAGE AUX TEMPS LONGS DEVANT
LA DURE DUN BATTEMENT
Lorsque le temps devient plus grand que la priode moyenne de battement, on
observe un deuxime rgime balistique. Le dplacement ces chelles de temps est le
rsultat de plusieurs mouvements de zigzag. Le mcanisme de propulsion est masqu,
la cellule progresse en moyenne en ligne droite une vitesse va . On peut dduire
cette vitesse de la seconde pente du MSD par la relation :
hr2 ( )i = va 2 2 (III.7)
2 Dynamique de nage aux temps longs devant la

dure dun battement
Nous avons tudi la brique de base du mcanisme de locomotion en zigzags
des Chlamydomonas Reinhardtii. Voyons maintenant comment voluent ces orga-
nismes sur des chelles de temps suprieures la dure dun zigzag.
2.1 Mcanisme de nage et marche alatoire avec persistance

Les trajectoires des Chlamydomonas Reinhardtii peuvent tre correctement mo-
dlises par une marche alatoire avec persistance [19, 8, 48, 31, 51]. Les cellules
se dplacent dans une direction presque fixe pour une dure de quelques secondes
(figure 8). Il sagit du rgime balistique caractris par une vitesse va et une dure
entre deux rorientations alatoires ta . Cette vitesse correspond la vitesse rsul-
tante de plusieurs mouvements de battements successifs que nous avons voque
au paragraphe III.1. Au bout de quelques secondes la cellule se roriente cause
de la dsynchronisation temporaire de ses flagelles et perd sa direction de nage ini-
tiale [52]. des chelles de temps suprieures ta , les proprits de dispersion des
algues sont celles dune marche alatoire simple [54, 19]. Stocker et al. [71] ont dcou-
vert que les rorientations alatoires des algues augmentaient leurs chances dviter
les prdateurs par rapport une dynamique de nage purement balistique.
La dynamique des algues ces chelles de temps comporte une caractristique
supplmentaire. Lors du mouvement de brasse, les deux flagelles ne battent pas
exactement de la mme manire. Leurs frquences de battement respectives sont
identiques pendant la phase balistique mais la manire dont ils se dploient nest
pas la mme pour chaque flagelle [58, 59] (figure 9). Cette dissymtrie entrane un
mouvement de rotation autour de laxe balistique une frquence de lordre du Hertz
(figure 10). Certaines tudes suggrent que ce mcanisme de rotation conjugu la
prsence sur le flanc de la cellule dun il rudimentaire permettrait la micro-algue
de dtecter au mieux la direction vers une source lumineuse. Foster et al. ont compar
cette technique de sonde avec balayage dun angle conique celle utilise par certains
radars durant la seconde guerre mondiale [18]. La dynamique de nage hlicodale est
prsente chez un grand nombre de micro-nageurs. Ltude de ce type de mouvement
chez les micro-organismes est un champ de recherche actif ce jour [23, 5].
57
SUSPENSION DILUE
Figure 8. Trajectoires typiques de Chlamydomonas Reinhardtii observes une

frquence dacquisition dimage de 9 images par secondes. La dure des trajectoires
reprsentes a t limite 20 secondes. La fraction volumique en cellules est de
lordre de 0, 05 %.
Figure 9. Dcomposition dun mouvement de battement dune Chlamydomonas

Reinhardtii. Le mouvement de battement nest pas exactement le mme pour les
deux flagelles et il y a une composante du mouvement des flagelles hors du plan de
la figure (non visible ici), ce qui entrane un mouvement de rotation hlicodal de
lalgue. Figure provenant de larticle par Rffer et Nultsch [58].
58
Figure 10. Mouvement de dplacement hlicodal d la dissymtrie entre les deux

flagelles au cours du mouvement de brasse. Lalgue se dplace en tournant autour
dun axe moyen dont la direction varie peu au cours dun run balistique. Le
temps typique de rotation th autour de laxe moyen est de lordre de la seconde et
la distance lh parcourue le long de laxe moyen est de lordre de 30 m.
Ce mouvement de dplacement hlicodal 3D est visible dans les projections 2D

des trajectoires que nous reconstruisons (figure 8). Les algues tournent autour de
leur axe de dplacement moyen (direction balistique) tout en avanant. tudions
maintenant cette marche alatoire particulire (figure 11). Pour la dcrire quantita-
tivement, nous avons effectu la mesure statistique de diffrentes quantits dintrt
(figure 12).
2.2 Mesure du temps de rotation hlicodale et du temps de

rorientation alatoire des micro-algues
Pour mesurer la dynamique angulaire, nous pouvons comme lors de ltude de
la dynamique aux temps courts devant la dure dun battement, utiliser langle de
persistance ( ) duquel a tourn un objet entre les instants t et t + (figure 12) :
( ) = arccos(e(t + ).e(t)) (III.8)
avec e(t) le vecteur unitaire direction de dplacement instantan de lobjet lins-

tant t donn par :
v(t)
e(t) = (III.9)
|v(t)|
o v(t) est le vecteur vitesse instantan. On rappelle que le temps tant une variable
discrte dans nos mesures, le vecteur vitesse instantan est mesur en utilisant
la formule suivante :
OM(t + t) OM(t t)
v(t) = (III.10)
2t
o OM(t) est le vecteur position de lobjet linstant t et t est le temps sparant
deux images conscutives.
59
SUSPENSION DILUE
Figure 11. Dynamique de nage des Chlamydomonas Reinhardtii en suspension di-

lue schmatise une chelle de temps suprieure la dure dun battement. La
dynamique est compose de phases de dplacements balistiques dans une direction
de dplacement moyenne une vitesse moyenne va ponctues au bout dun temps
moyen ta , de rorientations alatoires occasionnes par la dsynchronisation momen-
tane des flagelles. Durant les phases balistiques, les algues suivent un mouvement
hlicodal le long de la direction moyenne de dplacement. Le temps th est la dure
dune rotation autour de laxe de dplacement moyen.
Figure 12. Grandeurs mesures partir des trajectoires reconstruites pour la quan-
tification de la dynamique individuelle. Langle de persistance ( ) est langle duquel
a tourn la cellule entre les instants t et t + . Le vecteur dplacement r( ) est utilis
pour le calcul du dplacement quadratique moyen (MSD).
60
2.2.1 Distribution des angles de persistance
Dans une marche alatoire isotrope simple, un marcheur se dplace dans toutes
les directions possibles avec la mme probabilit et les dplacements sont indpen-
dants entre eux. Pour une marche alatoire isotrope avec persistance [48, 51], la
direction de dplacement un instant est corrle avec celles des instants prc-
dents. Pour une marche alatoire en deux dimensions, langle entre une direction
fixe dans le plan de la marche et la direction du marcheur permet de mesurer cette
direction. Comme la marche est isotrope, la distribution de probabilit de langle
dorientation P (, t) est uniforme pour tout temps t. La persistance va intervenir
travers la distribution de probabilit conditionnelle P (0 , t0 |, t). Cette distribu-
tion est la probabilit quun marcheur ayant une orientation linstant t, ait une
orientation 0 linstant t0 . Cette distribution peut tre reformule en fonction de
langle = 0 duquel a tourn la particule aprs une dure = t0 t. Ainsi, elle
peut scrire P (, |, t). La condition initiale sera alors P (, 0|, t) = (). Plus le
temps sera important et plus langle de persistance pourra tre diffrent de 0.
La distribution de probabilit conditionnelle tendra de plus en plus vers un distri-
bution plate. On peut alors supposer que cette distribution volue selon lquation
de diffusion suivante [51] :
1 2
P (, |, t) = P (, |, t) (III.11)
tc 2
avec tc le temps caractristique de perte de la corrlation de direction. la distribution
de probabilit de langle dorientation P (, t) tant uniforme pour tout temps t, la
distribution des angles de persistance P (, ) suit la mme quation dvolution :
1 2
P (, ) = P (, ) (III.12)
tc 2
Nous avons mesur exprimentalement la distribution de probabilit de langle
de persistance en fonction du temps sparant deux positions (figure 13). Nous
avons effectu cette mesure sur un chantillon de plusieurs milliers de trajectoires
de nageurs, dont la dure moyenne est de lordre de 10 secondes. On observe que
pour des temps infrieurs la seconde, la distribution prsente un pic centr
sur zro, caractrisant la persistance directionnelle. Lorsque le temps augmente, la
distribution angulaire slargit. partir dun temps de lordre dune seconde,
la distribution cesse pratiquement dvoluer jusqu un temps de lordre de 2 s
(courbes reprsentes en insert sur la figure 13). Ensuite, la distribution recommence
slargir jusqu ce quau bout de quelques secondes, tous les angles deviennent
quiprobables. Pour quantifier cette dcorrlation plus prcisment, on peut tudier
comme au paragraphe III.1.2.3, la fonction dautocorrlation de direction.
2.2.2 Fonction dautocorrlation de direction

Rappelons la dfinition de cette fonction :
C( ) = he(t + ).e(t)i = hcos(( ))i (III.13)
61
SUSPENSION DILUE
Figure 13. Histogramme des angles de persistance pour des temps allant de
0, 1 sec 7, 7 sec. La distribution slargit lorsque augmente jusqu devenir uni-
forme. Entre ' 1, 3 s et ' 2, 4 s, la distribution ralentit fortement son volution
(courbes reprsentes en insert). La viscosit du milieu est ici de 2, 4 mPa s.
avec e(t) et ( ) dfinis au paragraphe prcdent et h . i la moyenne temporelle sur

tous les temps t et la moyenne densemble sur tous les objets. Pour un mouve-
ment balistique, cette fonction vaut 1 pour tout temps. Dans une marche alatoire
simple, la direction de dplacement est indpendante de celle des instants qui la
prcdent. Ainsi, C( ) est toujours nulle puisque chaque dplacement est dcorrl
des prcdents. Pour une marche alatoire isotrope avec persistance, on peut uti-
liser la solution de lquation III.12 donne par Peruani et al. [51] pour estimer la
dpendance de la fonction dautocorrlation de direction en fonction de la dure :
hcos(( ))i e /tc (III.14)
Appliquons maintenant les rsultats de ce modle la nage des micro-algues.
2.2.3 Particularit de la dynamique : mouvement hlicodal

Nous avons vu que les Chlamydomonas Reinhardtii voluent selon une marche
alatoire avec persistance pour des chelles de temps suprieures la dure dune
rotation hlicodale. En revanche, pour des temps de lordre de cette dure, la nage
dcrit une trajectoire en forme dhlice. Pour ce type de dynamique, il nest pas
immdiat que lvolution de la distribution des angles de persistance puisse tre d-
crite par une quation de diffusion. Comme nous venons de le voir au paragraphe
prcdent, cette distribution est pique autour de la valeur = 0 pour = 0 puis elle
slargit ensuite lorsque augmente (figure 13). Mais lorsque se rapproche de la
dure dune rotation de lhlice, la distribution ralentit son talement et se fige .
Ltalement initial de la distribution se comprend en tudiant lvolution de langle
62
entre une orientation initiale dun nageur et son orientation un instant plus
tard, pour un temps allant de 0 la dure dune rotation de lhlice (figure 14).
Lamplitude de langle augmente avec , atteint un maximum puis diminue, atteint
un autre extremum puis diminue pour redevenir nulle lorsque la cellule a fait exac-
tement une rotation autour de son axe de dplacement moyen. Aprs une rotation
hlicodale, le nageur a retrouv sa direction de dplacement initiale. La probabilit
quun nageur retrouve une orientation identique ( = 0) au bout dun temps gal
la dure dune rotation, doit donc tre plus importante que pour des dures
infrieures. Cest pour cela que la distribution ralentit son talement lapproche
de cette valeur particulire de . On peut faire lhypothse que la fonction P (, )
suit une volution de type diffusif pendant une dure infrieure la moiti de la
priode moyenne de lhlice dune trajectoire. Alors, la fonction dautocorrlation
de direction hcos(( ))i peut tre dcrite par une fonction exponentielle dcrois-
sante avec un temps caractristique de la rotation hlicodal th , pour infrieur
la demi-priode de rotation de lhlice.
Pour suprieur au temps de rotation de lhlice, la fonction de corrlation

pourra en principe tre de nouveau dcrite par une fonction exponentielle dcrois-
sante puisque la distribution P (, ) a de nouveau une volution de type diffusif
due aux rorientations alatoires. Pour mieux apprhender la dynamique dans cette
gamme de temps, il est intressant dtudier lvolution de la fonction de corrlation
que lon obtient pour une seule trajectoire (figure 15). On observe des oscillations qui
refltent le caractre hlicodal de la trajectoire projete en 2D. Lorsque lon calcule
la fonction dautocorrlation de direction pour toutes les trajectoires, ces oscillations
disparaissent (figure 16). La tendance moyenne de la fonction dautocorrlation de
direction va tre mesure pour des temps suprieurs th . Cette tendance sera donc
trs affecte par les rorientations alatoires. Les valeurs des angles entre directions
de dplacement moyennes successives vont donc tre refltes par la fonction C( ).
La tendance des fonctions de corrlation de chaque algue peut donc varier beaucoup
dune trajectoire dalgue lautre puisque langle duquel elles auront tourn peut va-
rier beaucoup. Par exemple, sur la trajectoire de la figure 15 on peut distinguer deux
directions de dplacement moyennes au cours de la trajectoire. Au dpart lalgue se
dplace approximativement horizontalement vers la droite puis aprs un temps de
lordre de 6 7 th , sa direction de dplacement moyenne est approximativement ver-
ticale vers le haut. Elle a donc effectu une rotation moyenne denviron /2 radian.
Le dplacement dans chacune des directions dure approximativement 6 7 th . La
valeur de C( ) correspondant cette valeur de , est environ de 0 = cos(/2). La
valeur absolue de langle moyen entre chaque couple dorientations spar de 6 7 th
est donc denviron /2, qui est langle que font les deux directions de dplacement
moyenne de cette trajectoire. Si cet angle avait t diffrent, la fonction dautocor-
rlation de direction laurait t galement. Pour chaque trajectoire, langle entre
les directions de dplacement moyennes successives peut prendre toutes les valeurs
possibles. Ainsi la manire dont va dcrotre chaque fonction dautocorrlation de
direction lui sera propre. La fonction dautocorrlation de direction de toutes les
trajectoires sera donc la moyenne de toutes ces fonctions de tendances diffrentes.
63
SUSPENSION DILUE
(a)
(b) (c)
Figure 14. Reprsentation du mouvement de dplacement lors dune rotation de

lhlice, variation de langle de persistance avec et variation correspondante de
cos(). (a) Dtail dune rotation de lhlice, angle dorientation initial et angle de
persistance . (b) volution de au cours dune rotation de lhlice. (c) volution de
cos(). Les chiffres encadrs correspondent quatre instants de la trajectoire. (0) est
la position initiale du nageur dorientation , (1) correspond langle de persistance
minimal atteint par rapport , (2) correspond langle de persistance maximal
et (3) est le moment o le marcheur a effectu exactement une rotation de lhlice et
a retrouv son orientation de dpart. Le temps th est le temps de rotation hlicodal.
64
(a) Trajectoire dune cellule. La couleur change (b) Fonction dautocorrlation de direction de la
toutes les th secondes (th = 2, 0 s). trajectoire.
Figure 15. Consquence du mouvement hlicodal sur la fonction dautocorrla-

tion de direction dune seule trajectoire. Les oscillations dues la projection du
mouvement hlicodal en 2D de la trajectoire sont transmises la fonction dau-
tocorrlation. Le temps est en unit du premier temps de corrlation th = 2, 0 s
mesur partir de la premire partie dcroissant exponentiellement de la fonction
dautocorrlation de direction de toutes les trajectoires).
Figure 16. Fonction dautocorrlation de direction C( ) calcule sur un millier de

trajectoires. Sur la figure, le temps est renormalis par le temps caractristique
th . Les oscillations observes dans le cas dune seule trajectoire sur la figure 15 ont
disparues. Au lieu de cela, la fonction dautocorrlation prsente deux rgimes : une
premire dcroissance exponentielle, puis un plateau, puis une deuxime dcroissance
exponentielle. Le temps th est le temps extrait de la premire partie exponentielle
dcroissante de C( ) par ajustement. Ici, th = 2, 0 s. La fonction exp( /th ) est
reprsente sur la premire partie dcroissante (ligne pleine).
65
SUSPENSION DILUE
Figure 17. Fonctions dautocorrlation de direction calcules partir de la direc-

tion de dplacement instantane et de la direction de dplacement moyenne sur un
temps 2th . La courbe du haut est mesure en utilisant une direction de dplacement
moyenne entre deux points spars par un temps t = 2th . La courbe du bas est
celle de la figure 16, la direction de dplacement instantane est calcule avec un
temps entre deux points gal t = 0, 2 s. Ici le temps th vaut 2, 0 s. Le palier
observ sur la courbe du bas a disparu sur celle du haut. Le temps de corrlation
mesur ici par ajustement de C( ) avec une exponentielle dcroissante partir du
temps = 2th vaut ta = 7, 3 s.
La dcroissance moyenne donnera donc le temps caractristique de changement de

direction moyenne des algues.
La mesure du temps caractristique de rorientation alatoire ta se fait alors
en utilisant une fonction exponentielle dcroissante comme le prvoit le modle de
marche alatoire avec persistance, dans la gamme de temps suprieur th . Pour
raliser lajustement, il est ncessaire dutiliser un coefficient dajustement multi-
plicatif constant a infrieur lunit. Ce coefficient sert prendre en compte le
bruit haute frquence gnr par les oscillations dorientation instantane dues
aux rotations hlicodales autour de la direction de dplacement moyenne. Il est
possible de vrifier la justesse de cette mthode utilisant un coefficient constant, en
modifiant la fonction de corrlation de direction pour masquer le mouvement de
rotation hlicodale. Jusqu maintenant, pour le calcul de la fonction C( ), nous
utilisions la direction de dplacement instantan de la cellule. Si au lieu de cela,
on utilise une direction de dplacement calcule entre deux points spars par un
temps suprieur la dure de lhlice th , les oscillations rapides dues aux rota-
tions hlicodales ne sont presque plus visibles (figure 17). On mesure le temps de
rorientation alatoire des cellules ta en ajustant sur les points exprimentaux une
fonction exponentielle dcroissante partir du temps choisi pour calculer la direc-
66
tion de dplacement moyenne. Les angles calculs pour des temps plus courts sont
corrls par construction de la direction moyenne de dplacement. On nutilise pas
de coefficient dajustement a. Les rsultats obtenus par cette mthode pour le temps
ta sont similaires aux rsultats obtenus avec la mthode du coefficient dajustement
et la direction de dplacement instantan.
Une remarque peut tre faite ici. Nous avons tenu compte de la dynamique
hlicodale qui perturbait la mesure du temps de rorientation alatoire ta , mais
nous navons pas voqu la possible perturbation de la mesure du temps de rotation
hlicodale th par la dynamique en zigzags que nous avons dcrite auparavant. Dans
cette tude, le bruit induit par la prsence des zigzags est ngligeable. La frquence
de battement des algues tant de lordre de 30 Hz, elle a un effet assez limit sur
une trajectoire mesure laide dune camra de frquence dacquisition 10 Hz. Si
la frquence de battement des flagelles tait plus faible, il faudrait pour mesurer th
utiliser une mthode similaire celle employe pour mesurer ta .
Nous avons dtermin deux temps caractristiques de la dynamique de nage
aux temps grands devant la dure dun battement en suspension dilue, le temps
de rotation hlicodale th et le temps de rorientation alatoire des algues ta . Ces
deux temps sont mesurables partir de la fonction dautocorrlation de direction de
dplacement instantan : partir de la premire partie dcroissant exponentiellement
pour le temps de rotation hlicodale th et partir de la deuxime pour le temps de
rorientation alatoire ta . Passons maintenant la mesure du dernier paramtre de
la dynamique : la vitesse balistique entre deux rorientations alatoires.
2.3 Mesure de la vitesse balistique

Comme nous lavons vu au paragraphe prcdent, la dynamique de nage des
Chlamydomonas Reinhardtii peut tre dcrite comme une marche alatoire avec
persistance caractrise par un rgime balistique avec une vitesse moyenne va (fi-
gure 11). Pendant ce rgime, la cellule tourne autour de son axe de dplacement
balistique raison dun tour toutes les th secondes. Au bout dun temps moyen ta
survient un processus de rorientation alatoire d une dsynchronisation tempo-
raire des flagelles des algues.
Comme lors de ltude de la dynamique aux chelles de temps proches de la dure
dun battement de flagelles, nous pouvons tudier le dplacement quadratique moyen
des cellules (MSD) pour dterminer la vitesse caractristique de cette dynamique.
Pour ce type de comportement, le MSD hr2 ( )i est linaire pour des temps longs
devant ta et quadratique pour des temps plus courts [43, 54, 19] (figure 18). Le modle
de marche alatoire avec persistance donne lexpression suivante pour le dplacement
quadratique moyen, avec ta le temps entre deux rorientations alatoires et va la
vitesse moyenne entre ces changements de direction [51, 8, 48] :
1
hr2 ( )i = (va ta )2 ( [1 e2 /ta ]) (III.15)
ta 2
On retrouve bien aux temps longs une marche alatoire avec :
hr2 ( )i (va 2 ta ) (III.16)
67
SUSPENSION DILUE
Figure 18. Dplacement quadratique moyen des cellules hr2 ( )i pour des temps
grands devant la dure dun battement de flagelles. La ligne pleine reprsente
une pente de 2 en chelle log-log et la ligne pointille une pente de 1. La ligne
superpose aux points exprimentaux est un ajustement par la fonction III.15. Ici
va = 47, 3 m s1 et ta = 4, 8 s.
et un rgime balistique aux temps courts :
hr2 ( )i va 2 2 (III.17)
On obtient va en ajustant sur les valeurs de MSD mesures, la fonction donne

dans lquation III.15 avec pour valeur du paramtre ta le temps de rorientation
alatoire obtenu par la fonction dautocorrlation de direction.
Il est intressant de faire le lien ici entre la dynamique de nage tudie aux temps
courts devant le dure dun battement de flagelles et la dynamique de nage que nous
venons de mesurer ici. Nous avons vu que le dplacement quadratique moyen dans la
gamme de temps > 1/fb suit un rgime balistique de vitesse caractristique va et
que le MSD pour < ta suit lui aussi un rgime balistique de vitesse caractristique
va . Ces deux vitesses caractristiques portent le mme nom car elles mesurent la
mme quantit : la vitesse moyenne de dplacement en ligne droite des algues. On
pourrait imaginer que ces deux vitesses soient diffrentes car entre les zigzags et
les rorientations alatoires, la cellule se dplace selon un mouvement hlicodal. Ce
type de dplacement ralentissant la progression des algues par rapport au cas o elles
iraient tout simplement en ligne droite, on aurait pu sattendre voir apparatre le
temps caractristique th dans lvolution du MSD. Or lorsque lon met sur la mme
figure les deux MSD obtenus dans chaque gamme de temps, on saperoit que la
liaison se fait bien mme au niveau du temps de rotation hlicodal th . On peut le
comprendre de la manire suivante. La rotation hlicodale est gnre directement
par chaque zigzag lmentaire au cours duquel il y a un lger angle entre la direction
68
3. MODIFICATION DE LA DYNAMIQUE DE NAGE
SUIVANT LA VISCOSIT DU FLUIDE PORTEUR
de dplacement en marche avant lors de la pousse des flagelles dans le fluide et la
direction de recul lors du retour des flagelles. Le MSD reflte donc dj les rotations
hlicodales mme aux chelles de temps faiblement suprieures la dure dun
battement. La vitesse de progression est donc dj la vitesse moyenne de dplacement
suivant lhlice.
3 Modification de la dynamique de nage suivant la

viscosit du fluide porteur
Le point cl dans la nage bas nombre de Reynolds que pratiquent les Chla-
mydomonas Reinhardtii est que la propulsion nest possible que grce aux forces
de tranes gnres par la cellule. Le frottement visqueux est donc crucial la dy-
namique des micro-nageurs. En faisant varier la viscosit du milieu, nous avons pu
tirer des conclusions sur les effets des forces de frottement entre le fluide et le nageur
sur la locomotion de micro-organismes tels que cette micro-algue [19]. De plus, La
modification de la brique de base du mcanisme de dplacement des micro-algues
risque de perturber toute la dynamique aux chelles de temps suprieures qui sont
bases sur elle.
Pour cela, la viscosit du milieu a t augmente par lajout de petites quantits
de molcules de dextran (Sigma-Aldrich R
). Ce polymre de glucose est connu pour
sa neutralit vis vis des organismes biologiques en gnral. La viscosit du milieu en
fonction de la quantit de dextran ajoute a t mesure (figure 19). La masse molaire
molculaire des molcules de dextran ajoutes au milieu de culture est de 15,000 -
20,000. Les chanes ne sont pas trop longues afin dviter les effets non-Newtonien,
ni trop courtes pour viter les effets de pression osmotique sur les algues.
3.1 Effet de la viscosit sur le mcanisme de locomotion des

micro-algues
Dans un premier temps, nous tudions leffet de laugmentation de la viscosit
du milieu sur le mcanisme de dplacement lmentaire des micro-algues : le zigzag.
3.1.1 Frquence de battement des flagelles en fonction de la viscosit
Des trajectoires de cellules enregistres 400 Hz pour deux viscosits de milieu

diffrentes ont t reprsentes (figure 20). Le mouvement de zigzag des nageurs
d labsence dinertie (Re 1) est bien visible. Dans ces exemples, les cellules
nagent dans leur milieu de culture de viscosit = 1, 5 mPa s ( gauche) et dans un
milieu enrichi en dextran de viscosit 3, 7 mPa s ( droite). Leurs trajectoires sont
reprsentes la mme chelle pour faciliter la comparaison. Pour une mme dure,
les cellules parcourent une distance plus faible dans le milieu le plus visqueux. La
forme des trajectoires ne semble pas modifie par laugmentation de la viscosit. La
69
SUSPENSION DILUE
Figure 19. Viscosit de la solution en fonction de la fraction massique de dextran

contenue. La masse molaire molculaire des molcules de dextran utilises est de
15,000 - 20,000 (Sigma-Aldrich R
).
Figure 20. Trajectoires typiques bidimensionnelles (2D) de quelques cellules.

gauche : Les cellules baignent dans leur milieu de culture (viscosit = 1, 5 mPa s).
droite : Le milieu est enrichi en dextran ( = 3, 7 mPa s). Les trajectoires sont
reprsentes la mme chelle pour une meilleure comparaison, leurs dures sont
toutes exactement de 0,5 s. Les positions initiales ont toutes t ramenes lorigine.
70
Figure 21. Les fonctions dautocorrlation de direction en fonction de la viscosit

du milieu. Le temps est normalis par la priode 1/fb des oscillations du signal,
qui correspond la frquence de battement de flagelles. Les symboles correspondent
aux diffrentes viscosits des milieux utiliss. La ligne continue reprsente la fonction
cos(2 fb ) exp( /te ). La frquence de battement des flagelles la plus leve est
obtenue dans le milieu le moins visqueux (31, 3 Hz) et la frquence la plus faible
dans le milieu le plus visqueux (13, 0 Hz).
frquence moyenne de battement mesure vaut 31, 3 Hz pour le milieu de culture et

13, 0 Hz pour le milieu le plus visqueux.
Nous avons mesur la dpendance de la frquence moyenne de battement la
viscosit du milieu (figure 22) par ajustement des fonctions dautocorrlation en fonc-
tion de la viscosit du milieu par la mthode dcrite au paragraphe III.1. (figure 21).
Nous voyons que la frquence moyenne de battement des algues est proportionnelle
linverse de la viscosit du milieu. Comme la viscosit augmente, la frquence de
battement diminue, variant de 31 13 Hz pour une variation de la viscosit de 1,5
3, 7 mPa s, donnant une pente = 0, 0450, 01 Pa.
La dure moyenne dun battement augmente linairement avec la viscosit, ainsi
augmenter la viscosit dun facteur donn a pour effet de ralentir la dynamique de
battement du mme facteur.
3.1.2 Diminution de la vitesse moyenne sur un zigzag avec la viscosit

du milieu
Les valeurs de la vitesse balistique vb ont t obtenues par ajustement de la
premire partie balistique des dplacements quadratiques moyens par la fonction
hr2 ( )i = vb 2 2 (figure 23). La deuxime partie balistique du MSD est tudie au
paragraphe III.2, lors de ltude de la marche alatoire des algues. Cette vitesse balis-
tique vb est inversement proportionnelle la viscosit du bain (figure 24). La vitesse
71
SUSPENSION DILUE
Figure 22. Frquence de battement moyenne obtenue partir de la priode des

oscillations des fonctions dautocorrlation de direction, en fonction de linverse de
la viscosit du milieu. La droite est le rsultat dune rgression linaire de pente
afb = 0, 045 0, 01 Pa.
Figure 23. Dplacement quadratique moyen hr2 ( )i de micro-nageurs en fonction

du temps pour des milieux de diffrentes viscosits. Les diffrents symboles repr-
sentent diffrentes viscosits. Les lignes pleines reprsentent une pente de 2 en chelle
log-log. La pente aux temps courts correspond aux rgimes des zigzags avec une vi-
tesse balistique vb et la pente aux temps plus longs correspond la vitesse balistique
moyenne va .
72
Figure 24. Vitesse du premier rgime balistique vb en fonction de linverse

de la viscosit du milieu. La droite reprsente une rgression linaire de pente
15321 mPa m.
dcrot de 135 75 m s1 pour une variation de la viscosit de 1,5 3, 7 mPa s,

avec une pente = 15321 mPa m. La force de propulsion correspondant la
force de friction exerce par le fluide sur la cellule, laquelle est proportionnelle au
produit v, est alors constante. Ce rsultat supporte donc lide que le mcanisme
de propulsion se fait force impose [54].
3.1.3 Estimation de la friction effective des flagelles

Nous avons obtenu de premiers rsultats en analysant indpendamment le com-
portement de la frquence moyenne de battement des cellules et celui de la vitesse
moyenne pendant un mouvement de nage en fonction de la force de friction applique
aux flagelles. En combinant les rsultats obtenus, nous pouvons estimer lefficacit
de la stratgie de nage utilise par ce type de micro-nageur. Pour cela, nous pou-
vons estimer une longueur efficace de friction des flagelles. Imaginons que la cellule
se dplace en utilisant ses flagelles le plus efficacement possible. Pendant la phase
de pousse, les flagelles sont compltement tendues et se dplacent perpendiculai-
rement leur grand axe (ainsi la friction est maximale), sur une distance de lordre
du diamtre de la cellule (figure 25). Pendant la phase de retour, les flagelles sont
replies le long du corps et se dplacent paralllement leur grand axe (la friction
est minimale), sur une distance de lordre du diamtre de la cellule.
En se plaant dans le cadre de la thorie des forces rsistives [44], le dplacement
de ces flagelles une vitesse v et vk cr une friction visqueuse dans le fluide gale
:
F = v (III.18)
Fk = k vk (III.19)
73
SUSPENSION DILUE
Figure 25. Modle quivalent de la friction exerce par les flagelles dun micro-
nageur au cours dun mouvement de nage.
Figure 26. Modle quivalent de la friction exerce par le corps dun micro-nageur
au cours dun mouvement de nage.
avec et k les coefficients de friction visqueuse du flagelle dans sa direction nor-

male et tangentielle. Le corps des Chlamydomonas Reinhardtii est quasi-sphrique
(figure 26). Ainsi la vitesse moyenne du corps pendant la phase de propulsion et la
phase de retour vp et vr peuvent tre relies la force de friction moyenne exerce
par le fluide sur le corps de la cellule Fp et Fr par la loi de Stokes pour une sphre :
F = 6Rv (III.20)
En faisant le bilan de ces forces pendant chacune des phases, on arrive aux quations
suivantes :
2 v = 6Rvp (III.21)
2k vk = 6Rvr (III.22)
Nous avons observ exprimentalement que les dures des phases de propulsion
et de retour taient similaires.
Comme les flagelles parcourent dans chaque phase une distance gale au diamtre
dune cellule, on peut tablir que la vitesse moyenne des flagelles est gale au dia-
mtre de la cellule divis par la moiti de la priode de battement 1/fb :
2R
v = vk = = 4Rfb (III.23)
1/(2fb )
74
De plus, comme les dures des deux phases du mouvement sont gales, la moyenne
sur un cycle du module de la vitesse instantane (soit la vitesse balistique vb mesure
dans le premier rgime balistique) est gale la demi somme de la moyenne du
module de vitesse instantane pendant la phase de propulsion vp et de la moyenne
du module de vitesse instantane pendant la phase de retour vr :
vp + vr
vb = (III.24)
2
Nous obtenons alors en sommant les quations III.21 et III.22 et en simplifiant :
( + k )(fb ) = (3/2)(vb ) (III.25)
On retrouve dans cette quation les deux grandeurs que lon a mesures : les produits
fb et vb . En remplaant par les valeurs trouves exprimentalement, on obtient la
relation suivante :
+ k = (3/2)av /afb ' 16 m (III.26)
Considrons quun flagelle est un cylindre de longueur L et de diamtre d. On
peut dfinir son rapport daspect comme p = L/d. Pour le flagelle dune Chlamy-
domonas Reinhardtii, L '10 m et d '0, 2 m soit p ' 50. Soient D et Dk les
coefficients de diffusion translationnelle dun cylindre dans les directions normales
et tangentielles son axe et et k ses coefficients de friction dans les directions
normales et tangentielles son axe. En utilisant la relation dEinstein gnralise
D = (kb T )/(.), on peut crire :
= kb T /(D ) (III.27)
k = kb T /(Dk ) (III.28)
avec kb T le facteur de Boltzmann et la viscosit du milieu.
Pour exprimer le lien entre les coefficients de diffusion translationnelle D et
Dk , et les dimensions du flagelle effectif, nous avons utilis le modle de Tirado et
Garcia de la Torre [75]. Ce modle est valide pour des cylindres de rapport daspect
p compris entre 0,4 et 125. Il sapplique donc un flagelle de rapport daspect de
50. Le modle donne les expressions suivantes :
4.L..D /(kb T ) = ln p + (III.29)
2.L..Dk /(kb T ) = ln p + k (III.30)

avec les coefficients gomtriques et k valant :
= 0, 839 + 0, 185/p + 0, 233/p2 (III.31)
k = 0, 207 + 0, 980/p 0, 133/p2 (III.32)

On obtient ainsi pour et k :
= 4L/(ln p + 0, 839 + 0, 185/p + 0, 233/p2 ) (III.33)
75
SUSPENSION DILUE
Figure 27. Modle quivalent de la friction gnre par un flagelle pendant un cycle
de battement.
La friction gnre est quivalente celle gnre par un cylindre de mme diamtre
que le flagelle dune Chlamydomonas Reinhardtii et dun quart de sa longueur qui
se dplacerait avec son grand axe perpendiculaire la direction du mouvement
pendant la phase de pousse, depuis le haut du corps de la cellule jusquen bas puis
qui parcourrait la mme distance, cette fois ci avec son axe parallle la direction
du mouvement de la cellule de bas en haut.
k = 2L/(ln p 0, 207 + 0, 980/p 0, 133/p2 ) (III.34)

soit :
+k = 2.L(2/(ln p+0, 839+0, 185/p+0, 233/p2 )+1/(ln p0, 207+0, 980/p0, 133/p2 ))
(III.35)
Pour la somme + k que nous avons mesure, le rapport daspect p obtenu
avec ce modle vaut 13 0, 5. Cela donne pour un flagelle de diamtre 0, 2 m, une
longueur de flagelle de lordre du quart de la longueur relle du flagelle (figure 27).
Cette estimation semble raisonnable, tant donn que les flagelles ne sont pas parfai-
tement perpendiculaires (parallles) la direction moyenne de dplacement pendant
la phase de propulsion (retour), et que la distance parcourue par un morceau du fla-
gelle situ proche de la base est plus courte que celle parcourue pour un morceau
situ prs de lextrmit. Ce rsultat pourrait tre utilis pour dfinir un modle
numrique de flagelle battant simple. Jusqu maintenant les modles donnant des
rsultats ralistes pour le champ de vitesse autour dune Chlamydomonas Reinhard-
tii sont des modles de champ de vitesse moyen. En comparant les rsultats de ce
type de modle avec lallure du champ de vitesse instantan obtenu exprimentale-
ment par Guasto et al. [22], il serait possible davancer dans la comprhension du
mcanisme de mouvement de dplacement instantan des algues et des consquences
du mouvement en zigzags lorsque plusieurs algues se trouvent proximit.
76
Figure 28. Fonction dautocorrlation de direction C( ) en fonction de la viscosit

du milieu. Le pas de temps utilis pour la mesure de la direction de dplacement
est 2t = 0, 2 s. Pour une meilleure visibilit, toutes les courbes ont t dcales
logarithmiquement par un facteur 1,2 en hauteur. Les valeurs des pentes en log-lin
sont donc conserves. La vritable valeur de C(0) quelque soit la viscosit est de 1.
On observe les premires pentes de dcroissance exponentielle correspondant aux
rgimes des rotations hlicodales, suivies dun plateau puis du deuxime rgime de
dcroissance exponentielle correspondant aux rorientations alatoires. Les fonctions
exponentielles dcroissantes obtenues par ajustement des premires et deuximes
parties dcroissantes de C( ) sont superposes aux donnes (lignes pleines).
3.2 Effet de la viscosit sur la marche alatoire

3.2.1 Dpendance du temps balistique et du temps de rotation hlico-
dale la viscosit
Nous avons mesur la fonction dautocorrlation de direction pour mesurer le

temps de rotation hlicodale th et le temps de rorientation alatoire ta (figure 28).
Lorsque la viscosit augmente, on observe que la premire pente dcroissante de
C( ) se dcale vers le bas par rapport au point ( = 0, C( ) = 1). Cela sexplique
par le fait que la frquence de battement des flagelles diminue galement lorsque
la viscosit augmente, jusqu devenir de lordre de la frquence dacquisition des
images. Ainsi le mcanisme de nage en zigzags devient visible sur les trajectoires
et bruite la fonction dautocorrlation de direction. Nous avions voqu cette
possibilit la fin du paragraphe III.2.2.3. Nous avions fait lanalogie entre la mesure
du temps de rorientation alatoire ta qui tait perturbe par le bruit des rotations
hlicodales , et la mesure de la dure dun pas de lhlice qui pourrait tre perturbe
si les dplacements en zigzags devenaient visibles sur les trajectoires utilises pour le
calcul de la fonction dautocorrlation de direction. Le temps th est donc extrait de
la mme manire que ta . On ajuste sur la premire pente dcroissante de C( ), une
77
SUSPENSION DILUE
Figure 29. Temps moyen de rotation th autour de la direction de dplacement

moyenne en fonction de la viscosit du milieu. Le temps th a t obtenu par ajus-
tement dune fonction exponentielle dcroissante sur la premire partie dcroissante
de la fonction dautocorrlation de direction. Les barres derreur sur la mesure de th
ont t calcules en prenant lcart type entre plusieurs rsultats dajustement , en
variant les points utiliss pour lajustement. La ligne noire est le rsultat dun ajus-
tement des points exprimentaux par une fonction affine de pente 1, 020, 07 mPa-1.
fonction exponentielle dcroissante multiplie par une constante infrieure lunit

prenant en compte la prsence des zigzags dans les trajectoires.
Nous mesurons donc ta avec le mme principe, en ajustant sur la deuxime partie
dcroissante de la courbe une fonction exponentielle dcroissante avec un coefficient
multiplicatif infrieur 1. Les valeurs obtenues pour le temps de rotation hlicodale
th et le temps de rorientation alatoire ta en fonction de la viscosit du milieu sont
reprsentes sur les figures 29 et 30.
Le temps de rotation hlicodale th augmente linairement avec la viscosit. Ce
temps peut tre exprim comme un certain nombre de battements de flagelles multi-
pli par la dure dun battement. La dure dun battement de flagelles est elle aussi
proportionnelle la viscosit. Cela signifie que le nombre de battements ncessaires
la ralisation dune rotation hlicodale est constant en fonction de la viscosit.
On en dduit que lasymtrie de battement des flagelles nest pas modifie par la
viscosit du milieu.
Pour le temps de rorientation alatoire ta , le mme raisonnement peut tre fait.
Ainsi, le nombre de battements entre deux rorientations alatoires est constant par
rapport viscosit. Le mcanisme responsable de la dsynchronisation des flagelles
et donc de la gnration des rorientations alatoires nest pas dtermin ce jour.
Une hypothse serait que ce mcanisme proviendrait de bruit de nature biochimique
dans la chane de production du mouvement du flagelle [21, 52]. Notre rsultat
78
Figure 30. Temps de rorientation alatoire ta en fonction de la viscosit du mi-

lieu. ta a t obtenu par ajustement de la deuxime partie dcroissante de la fonc-
tion dautocorrlation de direction par une fonction exponentielle dcroissante. Les
barres derreur sur la mesure de ta sont celle des ajustements. La ligne noire est le
rsultat dun ajustement des points exprimentaux par une fonction affine de pente
2, 40, 1 mPa-1.
pourra participer tester cette prdiction.
3.2.2 Modification de la vitesse balistique

Nous avons tudi les effets des forces visqueuses sur les dplacements quadra-
tiques moyens pour une chelle de temps suprieure la dure moyenne dun bat-
tement de flagelles. Les MSD obtenus dans chaque gamme temporelle tudie ont
t reports sur une mme figure pour mettre en vidence lensemble des rgimes
de la dynamique (figure 31). Nous avons report dune part les MSD acquis lors de
ltude du mcanisme de base de la nage dans une gamme temporelle denviron 103
3 s et dautre part les MSD mesurs pour lanalyse de la dynamique hlicodale et
des rorientations alatoires dans un gamme temporelle de 101 20 s. On observe
que les deux familles de courbes se superposent bien dans leur gamme temporelle
commune.
Les valeurs obtenues pour la vitesse balistique du deuxime rgime balistique va
en fonction de la viscosit du milieu ont t reprsentes galement (figure 32). La
vitesse va est inversement proportionnelle la viscosit du bain . En utilisant le
mme raisonnement quau paragraphe III.3.1.3, si va 1/, alors la force de friction
exerce par le fluide sur lobjet est indpendante de la viscosit du milieu. Cela
suggre ici que la force moyenne sur plusieurs priodes de battements des flagelles
est indpendante de la viscosit du fluide porteur. Cette force moyenne rsulte de la
force instantane applique par les flagelles sur le fluide au cours dun battement et
79
SUSPENSION DILUE
Figure 31. Dplacement quadratique moyen hr2 ( )i de micro-nageurs en fonction

du temps pour des milieux de diffrentes viscosits. Les diffrents symboles repr-
sentent diffrentes viscosits. La lgende est la mme que celle de la figure 21. Les
lignes pleines reprsentent une pente de 2 en chelle log-log et la ligne pointille une
pente de 1.
Figure 32. Vitesse va du deuxime rgime balistique de la dynamique en fonction

de la viscosit. Cette vitesse caractristique est la vitesse moyenne des algues entre
deux rorientations alatoires. La ligne noire est le rsultat dun ajustement des
points exprimentaux par une fonction affine de pente 893 m mPa .
80
4. EN RSUM
de lefficacit dun battement.

Nous avons vu au paragraphe III.3.1.3 que les forces appliques sur le fluide par
la cellule pour se mouvoir ne changeaient pas dans cette gamme de viscosit. On peut
en dduire que lefficacit avec laquelle les flagelles propulsent la cellule ne change
pas lorsque lon modifie la viscosit. Cela suggre que le cycle de dformation utilis
par les flagelles nest pas modifi par laugmentation de la charge.
4 En rsum
Dans ce chapitre, nous avons quantifi la dynamique complexe de nage sur toute
sa gamme temporelle en utilisant la microscopie en champ clair couple un dispo-
sitif dimagerie basse et haute frquence ainsi quune technique de suivi de par-
ticules. Les outils statistiques pour une description quantitative du mcanisme de
locomotion employ ainsi que de la marche alatoire qui en rsulte ont t prsents.
Cette tude a permis danalyser le mcanisme de nage de type mouvement
de brasse des cellules Chlamydomonas Reinhardtii dans un fluide faible nombre
de Reynolds. Ces micro-nageurs se dplacent grce un mouvement de brasse en
dformant leurs flagelles de manire non-rciproque une frquence moyenne fb de
lordre de la trentaine de Hz, dplaant leur corps une vitesse moyenne pendant
un battement vb de lordre de 100 m s1 pour une viscosit du milieu proche
de celle de leau. Sur des chelles de temps de lordre de la seconde, ces micro-
algues se dplacent selon une direction moyenne avec un mouvement hlicodal, en
effectuant un tour autour de leur axe de dplacement moyen en un temps th . Au
bout de quelques rotations autour dun axe de dplacement moyen une vitesse de
translation va de lordre de 30 m s1 , ces cellules se rorientent alatoirement au
bout dun temps moyen ta et reprennent leur dynamique de nage hlicodale dans
une autre direction.
En variant la viscosit du fluide porteur, nous avons tudi comment cette dyna-
mique de nage complexe tait modifie et quelles informations nous pouvions obtenir
sur ces micro-nageurs.
La force dploye par ce type de cellules pour se mouvoir reste la mme dans un
milieu plus de deux fois plus visqueux que son milieu de culture. Ainsi la cellule ne
semble pas essayer de sadapter son nouvel environnement en tchant de garder la
mme vitesse de dplacement, elle continue simplement de nager avec la mme force.
Lefficacit du mcanisme de nage mesure comme le rapport de la vitesse balistique
la vitesse moyenne sur un zigzag ne varie pas avec la viscosit. Cela suggre que
la forme des flagelles au cours du mouvement de brasse nest pas modifie par la
viscosit du milieu.
La friction exerce sur une micro-algue a t qualitativement extraite du mouve-
ment de va-et-vient dune paire de flagelles plus courts. Le rsultat que nous avons
obtenu fournit une indication sur les dimensions choisir pour le design dun modle
numrique simple de flagelle battant qui permettrait dtudier le champ de vitesse
instantan produit par une micro-algue.
Nous avons vu que le temps moyen de battement des flagelles 1/fb , le temps
81
SUSPENSION DILUE
moyen de rotation hlicodale th et le temps moyen de rorientation alatoire ta
taient tous proportionnels la viscosit du milieu dans lequel voluent les algues.
Ces observations peuvent tre utilises exprimentalement pour ralentir artificielle-
ment le mouvement dans le but de ltudier plus en dtail par exemple (notamment le
mcanisme de battement des flagelles qui nest pas encore totalement rsolu, contrai-
rement au mcanisme utilis par les cellules procaryotes (E.coli en particulier)). Nous
avons dduit du fait que le nombre de battements moyen pendant une rotation h-
licodale tait constant que lasymtrie entre les deux flagelles lors du battement
ntait pas modifie par la viscosit. Le fait que le temps moyen de rorientation
alatoire ta varie avec la viscosit semble indiquer que le mcanisme de rorientation
alatoire des algues ne semble pas bas sur une horloge de temps absolue mais plutt
sur un nombre de battements avant le dclenchement dun changement dorientation.
Cette observation est en contradiction avec lide que le mcanisme de rorientation
soit principalement bas sur du bruit molculaire dans la chane de production du
mouvement des flagelles [52].
82
Chapitre IV
Effets collectifs en suspension

semi-dilue
Sommaire
1 Motivation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
2 Dispositif exprimental . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
2.1 Prparation des chantillons . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
2.2 Microscopie en champ clair dune suspension dense de micro-
nageurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
2.3 Microscopie en pifluorescence . . . . . . . . . . . . . . . . 86
2.4 Choix du grossissement de lobjectif pour maximiser la pr-
cision de la statistique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
2.5 Reconstruction de trajectoires . . . . . . . . . . . . . . . . 93
2.6 Gamme dtude de la fraction volumique . . . . . . . . . . 95
3 Dynamique de nage des Chlamydomonas Reinhardtii
en suspension semi-dilue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
3.1 Dynamique dorientation des micro-algues Chlamydomo-
nas Reinhardtii . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
3.2 Mesure des vitesses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
3.3 Longueurs de persistance et distance moyenne inter-nageurs105
4 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
4.1 Distance moyenne inter-nageurs la transition entre les
deux rgimes de comportement des temps de corrlation
de direction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
4.2 Identification des temps de corrlation obtenus en fonction
de la fraction volumique dans le rgime dilu . . . . . . . 107
4.3 Comparaison des temps de corrlation en rgime dilu avec
ceux mesurs au chapitre prcdent . . . . . . . . . . . . . 108
4.4 Identification des temps de corrlation en rgime semi-dilu 109
4.5 volution des temps et longueurs de corrlation avec la
distance moyenne inter-nageurs . . . . . . . . . . . . . . . 109
83
CHAPITRE IV. EFFETS COLLECTIFS EN SUSPENSION
SEMI-DILUE
4.6 tude de la vitesse en rgime semi-dilu . . . . . . . . . . 114
5 Rsum et perspectives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Annexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
1 Motivation
Au chapitre I, nous avons mentionn que lon pouvait observer dans les suspen-
sions de micro-nageurs des phnomnes des chelles grandes en comparaison de
la taille du systme. Par exemple, nous avons voqu quil se formait des motifs
complexes dans les suspensions de micro-nageurs de type pusher dans une cer-
taine gamme de fraction volumique. Nous avons rappel galement que la viscosit
dune suspension de micro-nageurs pouvait diffrer de celle dune suspension dob-
jets inertes de mme forme. Nous avons vu que cette variation de viscosit dpendait
de la concentration en micro-nageurs et de leur type.
La dtermination des caractristiques microscopiques qui permettent dobtenir
ces phnomnes macroscopiques et la comprhension du lien qui les unit est un
challenge. Pour progresser dans ce sens, nous avons caractris quantitativement
au chapitre III la dynamique individuelle des micro-nageurs Chlamydomonas Rein-
hardtii dans le cas dune suspension dilue. Pour tenter de lier les effets complexes
observs la dynamique des nageurs, nous allons maintenant nous intresser aux
effets de la concentration en nageurs sur la dynamique de nage. Nous allons tout
dabord tudier la dynamique individuelle des nageurs. Nous montrons dans ce cha-
pitre comment les quantits statistiques individuelles que nous avons tudies au
chapitre III sont modifies lorsque la fraction volumique de nageurs augmente.
2 Dispositif exprimental
Nous souhaitons ici observer la dynamique collective des micro-nageurs. Nous
avons mis en place au chapitre II un dispositif et un protocole permettant de quanti-
fier la dynamique individuelle des micro-nageurs. Nous les rutilisons pour quanti-
fier la dynamique collective en les adaptant aux spcificits des suspensions concen-
tres.
2.1 Prparation des chantillons

Ltape de prparation des chantillons est lgrement modifie par rapport au
cas de ltude en suspensions dilues (cf. paragraphe II.2). La culture dalgues est
ralise selon le protocole dvelopp au paragraphe II.1. Lorsque la culture est prte,
on remplace le milieu de culture par du milieu frais puis on laisse la culture reposer
une heure dans lincubateur. On la centrifuge ensuite une acclration de 120 g
pendant dix minutes, puis le liquide surnageant est limin par aspiration pour
ne garder quun culot concentr dalgues. Le concentr est ensuite mis dans un
tube de contenance 0, 5 mL auquel est ajoute une petite quantit de milieu TAP
84
2. DISPOSITIF EXPRIMENTAL
pour obtenir une premire suspension concentre de Chlamydomonas Reinhardtii.

Cette opration nous permet dobtenir une suspension dont la fraction volumique
est proche de 25 %. On reprend ensuite une partie de cette suspension pour raliser
dans un nouveau tube une suspension dilue avec du TAP dun certain facteur par
rapport la premire. On rpte lopration jusqu avoir une dizaine de dilutions
diffrentes. Nous avons tudi des suspensions de fraction volumique allant de 0, 04 %
5 %. Les valeurs prcises des fractions volumiques utilises sont donnes plus loin
au paragraphe IV.2.6.
Nous avons pralablement prpar des capillaires dpaisseur 200 m et de lar-
geur 2 mm en suivant le protocole du paragraphe II.2. Les diffrentes configurations
sont analyses dans un ordre alatoire pour viter de biaiser les rsultats avec une
ventuelle variation du comportement des nageurs en fonction du temps. On remplit
un capillaire avec des suspensions prpares en veillant laisser de lair de chaque
ct du capillaire. Cela vite de crer des gradients doxygne dun ct vers lautre
du tube. On scelle ensuite chaque embout du capillaire avec de la pte de scellement
pour hmatocrite.
Le capillaire est ensuite positionn sur une fine lamelle de microscope et plac
sur la platine du microscope dans lobscurit. Nous clairons lchantillon en lumire
rouge quelques secondes, le temps de positionner le plan dobservation au centre du
capillaire sans perturber les algues. Nous laissons ensuite lchantillon reposer cinq
minutes. Ce temps dattente est suffisant pour que la suspension shomognise et
pour que la vitesse de nage moyenne des algues redevienne stable aprs la mise en
capillaire.
2.2 Microscopie en champ clair dune suspension dense de

micro-nageurs
Laugmentation de la concentration en micro-nageurs dans le milieu amne
repenser le dispositif de mesure utilis au chapitre III. Pour obtenir une image pr-
cise dun plan, il faut que la lumire parvenant celui-ci nait pas rencontr trop
dobstacles sur son passage, ni quelle en rencontre trop avant de parvenir ensuite
au dtecteur. Pour visualiser la quantit de nageurs rencontrs par la lumire lors de
la traverse de lchantillon dans le cas dune suspension semi-dilue, on peut consi-
drer un volume dchantillon V de dimensions 60 m 60 m 200 m. Lorsque
' 0, 07 % (suspension dilue), ce volume contient un nageur en moyenne. (fi-
gure 1). Dans ces conditions et en supposant que la lumire ne soit pas dvie, elle
va rencontrer en passant travers ce volume en moyenne un seul nageur. Limage
de ce nageur sera donc bien reconstruite.
Dans le cas des suspensions dilues tudies au chapitre III, la fraction volumique
tait de lordre de 0, 05 %. Cela reprsente un nombre de Chlamydomonas Reinhard-
tii dans le volume V infrieur un. Les images des nageurs obtenues pouvaient tre
de bonne qualit puisque le trajet lumineux tait trs peu perturb.
Dans le cas dune suspension semi-dilue de fraction volumique de lordre de
2 %, la lumire passant dans ce volume devrait rencontrer sur son trajet 28 nageurs
85
SEMI-DILUE
Figure 1. Schma dune coupe dchantillon centre sur un nageur et observation

en vue de dessus pour une suspension dilue et une suspension semi-dilue.
gauche : Suspension dilue ( ' 0, 07 %). Au centre : Vues de dessus. droite :
Suspension semi-dilue ( ' 2 %). La hauteur de la coupe est la mme que celle
de lchantillon et la fentre carre dobservation est longue de trois fois lextension
spatiale dune Chlamydomonas Reinhardtii. Lunit de longueur est le micromtre.
en moyenne si elle ntait pas dvie. Cela perturberait notablement le chemin des
rayons lumineux et ne permettrait pas lobtention dune image nette dun nageur
(voir la vue de dessus du volume V en suspension semi-dilue sur la figure 1).
On peut remdier cela de plusieurs manires. Rduire lpaisseur de lchan-
tillon est une solution. Ainsi la lumire transmise rencontre moins de diffuseurs et
limage est mieux reconstruite. Comme nous souhaitons avoir la mme paisseur
dchantillon pour toutes les concentrations testes et que nous voulons viter les
effets de bord (la dynamique en milieu confin par des parois nest pas lobjet de
notre tude), nous pouvons diminuer la profondeur de lchantillon traverser en
utilisant un systme dillumination en rflexion et en modifiant la hauteur du plan
dobservation.
2.3 Microscopie en pifluorescence

Pour cela, nous avons observ nos chantillons en microscopie de fluorescence.
La microscopie par pifluorescence fonctionne de la manire suivante [82]. On illu-
mine un milieu contenant des objets fluorescents. Ces objets absorbent la lumire
dont la longueur donde est dans leur gamme de longueur donde dexcitation et la
rmettent dans leur gamme de longueur donde dmission. Cette lumire rmise
est rcupre pour former une image des objets fluorescents. Pour viter de rcup-
rer la lumire dexcitation avec la lumire dmission, on utilise en pifluorescence
un systme dillumination en rflexion (figure 2) bas sur un jeu de filtres et dun
86
Figure 2. paisseur dchantillon traverse par la lumire en imagerie en transmis-

sion et en rflexion.
gauche : Microscopie en transmission : la lumire traverse tout lchantillon pour
former une image. droite : Microscopie en pifluorescence : la lumire est mise
et collecte par lobjectif. Deux filtres et un miroir dichroque (non reprsents) si-
tus sous lobjectif permettent de sparer la lumire provenant de la fluorescence de
lchantillon, de la lumire rtrodiffuse. Avec ce dispositif, rapprocher le plan dob-
servation de lobjectif permet que la lumire traverse une paisseur dchantillon
plus faible quavec la configuration en transmission. La longueur h est lpaisseur de
lchantillon et d est la distance entre le plan dobservation et le bas de lchantillon.
miroir dichroque (figure 3). La source lumineuse que nous utilisons est une lampe
halogne. Sa lumire blanche est filtre laide dun filtre passe-bande de manire
garder essentiellement les rayons de longueur donde dans la gamme dexcitation
(figure 3).
Le miroir dichroque inclin 45par rapport laxe du faisceau lumineux inci-
dent, rflchit celui-ci vers la base de lobjectif, qui lui le focalise dans lchantillon.
Le milieu absorbe une faible partie des rayons incidents et les rmet sa lon-
gueur donde dexcitation dans toutes les directions . Il diffuse galement les rayons
incidents qui continuent pour la plupart dans la direction de lclairement. La lu-
mire rtrodiffuse et rmise dans la direction contraire la direction dincidence
est collecte par lobjectif. Ensuite, la lumire rmise traverse le miroir dichroque
alors que la lumire rtrodiffuse est dvie. La lumire est filtre nouveau par
le filtre dmission conu pour ne laisser passer quune gamme de longueur donde
autour de la longueur dmission. Elle arrive ensuite sur la surface du dtecteur o
elle forme limage des objets fluorescents du plan dobservation.
Lintrt de se placer dans une configuration en rflexion est tout dabord davoir
la possibilit de faire traverser la lumire une moins grande paisseur dchantillon.
En effet, en transmission la lumire traverse lchantillon sur toute son paisseur h,
87
SEMI-DILUE
Figure 3. Systme de deux filtres et un miroir dichroque utilis en pifluorescence.

Nous avons excit la fluorescence de lchantillon avec une lumire jaune obtenue
partir dune lampe halogne filtre par un filtre passe-bande (longueur donde telle
que 567 587 nm). La lumire dexcitation est rflchie par le miroir dichroque,
lequel rflchit les rayons lumineux de longueur donde infrieure 595 nm et laisse
passer les autres. Nous avons rcupr la lumire mise par la fluorescence de la
suspension dans le rouge grce un deuxime filtre passe-bande (600 660 nm).
PB et PH signifient respectivement passe-bande et passe-haut .
88
alors quen rflexion et en plaant le plan dobservation en dessous de la mi-hauteur

de lchantillon (d < h/2), la lumire traverse seulement une paisseur 2 d, infrieure
h (figure 2). Ainsi le chemin lumineux est moins perturb que dans le cas dun
clairage en transmission et limage est moins brouille (figure 4). Un autre intrt
(a) Image acquise en champ clair (transmis- (b) Image acquise en lumire fluorescente (r-
sion). flexion).
Figure 4. Avantage dun clairage en rflexion plutt quen transmission dans une
suspension semi-dilue. gauche : image obtenue par un clairage en transmission.
droite : image obtenue par un clairage en rflexion grce la fluorescence na-
turelles des Chlamydomonas Reinhardtii. Limage obtenue en transmission est plus
brouille que celle acquise en rflexion. En transmission, la lumire traverse toute
lpaisseur de la suspension alors quen rflexion, en plaant le plan dobservation
prs de lobjectif, on parvient rduire la distance parcourue par la lumire dans le
milieu (figure 2). Pour ces images, la fraction volumique de la suspension tait de
2, 02 % et un objectif de grossissement x20 a t utilis. Les inserts de chaque image
mesurent tous deux 30 m de long.
propre cette technique est lamlioration du rapport signal sur bruit de limage
obtenue. La lumire parvenant au dtecteur tant juste la lumire mise par les
objets fluorescents eux mmes, sans lumire de fond, le rapport signal sur bruit est
bien meilleur quen microscopie en champ clair [82].
Cette technique prsente donc certains avantages par rapport la technique
utilise auparavant. Malheureusement, elle comporte galement quelques dsagr-
ments. Le premier dsagrment de cette technique est que pour obtenir un signal
de fluorescence utilisable, cela demande dappliquer lchantillon une illumination
dintensit bien plus importante que dans le cas dune illumination en champ clair
et en transmission.
Cette contrainte est impose par la faible efficacit du processus de fluorescence
en gnral. Ceci est li lefficacit quantique du fluorochrome et son coefficient
89
SEMI-DILUE
dextinction molaire principalement. Les deux doivent tre maximums pour un effi-
cacit maximale de la fluorescence. Le rendement quantique est la probabilit quun
fluorochrome excit rmette un photon par fluorescence, et le coefficient dextinc-
tion molaire mesure la quantit de lumire absorbe par mole de fluorochrome. Il
faut donc que les fluorochromes absorbent un maximum de photons et quils soient
trs efficaces pour les rmettre en fluorescence pour que lintensit du signal soit la
meilleure. Ces deux quantits dpendent du fluorochrome utilis ainsi que de lenvi-
ronnement dans lequel il est utilis (pH, polarit du solvant, temprature, etc.).
La deuxime raison qui appelle utiliser une lampe de forte puissance pour
illuminer le systme est la ncessit de raliser des images avec une frquence dac-
quisition relativement leve. Les algues que nous tudions ici se dplacent sur de
grandes distances par rapport leur taille en lespace dune seconde. Il faut donc ar-
river faire des images rapidement, tout dabord pour que limage ne soit pas floue.
Ensuite, il faut galement pouvoir imager rapidement si lon souhaite dtailler leur
dynamique avec prcision. Tout cela induit donc un plus grand besoin de lumire
que si les algues bougeaient peu. titre dexemple, nous avons d aller jusqu une
frquence dacquisition de 20 images par secondes lors de ltude de lchantillon le
plus concentr pour les besoins de la reconstruction de trajectoire (comme nous le
verrons au paragraphe IV.2.5). Cette frquence implique un temps maximum dex-
position dun peu moins de 50 ms, ce qui est court. Cela naurait pas t un problme
si le signal de fluorescence que nous recevons avait t plus fort.
La quantit de lumire reue ncessaire la formation dune image est videm-
ment relie aussi la sensibilit de la camra utilise. Nous avons utilis la mme
camra quau chapitre III (PCO Sensicam QE) qui est une camra sensible refroidie.
Dans le cas de notre tude, cette forte illumination perturbe les Chlamydo-
monas Reinhardtii qui sont ngativement phototactiques lorsque lintensit lumi-
neuse quelles reoivent est trop importante. Des tudes ont t menes sur ce su-
jet [36, 60, 35].
La dynamique nest donc pas exactement la mme que celle que lon pourrait
observer dans le cas dun clairement en lumire rouge de faible intensit, lumire
laquelle les algues ne sont pas sensibles. Il est possible thoriquement de diminuer
cet effet en utilisant un fluorochrome excitable en rouge et en utilisant un clairage
rouge. Nous nen avons pas trouv dans cette gamme de longueur donde qui soient
compatibles avec des cellules biologiques vivantes.
Le deuxime inconvnient de cette technique est directement reli lun des
principaux avantages quelle procure. Lpifluorescence permet de rduire lpais-
seur dchantillon traverse par la lumire mais cela demande de rapprocher le plan
dobservation du bord de lchantillon. Ce qui fait que lon nobserve plus exacte-
ment la dynamique au centre du capillaire, loin des bords et quon risque de voir
apparatre des effets lis aux bords.
Dans la pratique, nous sommes rests le plus loin possible des bords. Au plus prs,
nous tions une distance du bord du capillaire denviron 50 m (soit 5 diamtres
de Chlamydomonas Reinhardtii ) au lieu de 100 m dans le cas dilu. Pour que les
algues soit visibles avec cette mthode de microscopie, il faut quelles contiennent
90
(a) = 5, 03 % (b) = 0, 42 % (c) = 0, 04 %

d = 22 m d = 50 m d = 114 m
P ' 30 m P ' 80 m P ' 100 m
Grossissement x 20 Grossissement x 10 Grossissement x 4
Figure 5. Images instantanes du plan dobservation ralises en pifluorescence

diffrentes fractions volumiques de nageurs. La distance moyenne entre deux
nageurs correspondante est d. Chaque image a t ralise avec un grossissement
diffrent. Linsert blanc mesure 30 m de long. La profondeur dans la direction
perpendiculaire au plan dobservation sur laquelle une particule est visible est note
P . La trace derrire les particules est leur trajectoire durant les 2 secondes prcdant
la prise de vue (certaines trajectoires lcran sont plus courtes, notamment dans le
cas concentr, car certains nageurs sont apparus dans la zone dobservation pendant
les 2 secondes prcdant limage).
des molcules fluorescentes. Les Chlamydomonas Reinhardtii contiennent de la chlo-

rophylle, ce qui permet de les observer en pifluorescence.
Pour lclairement, nous avons utilis une lampe X-Cite R
120 de puissance 120 W
dont le spectre dmission contient un pic 575 nm (lumire jaune). Nous avons
excit la fluorescence de la chlorophylle avec cette lumire car nous souhaitions une
lumire de longueur donde la plus proche possible du rouge pour viter au maximum
le phototactisme.
Pour obtenir un clairage jaune partir du large spectre de la lampe utilis, nous
avons choisi comme filtre dexcitation un filtre passe-bande Chroma c
de longueur
donde de centre de bande de 577 nm et de largeur de bande de 20 nm. En prenant
un filtre avec une bande passante troite, nous nous sommes assurs de limiter
lapport en lumire parasite aux algues. Le miroir dichroque a t choisi tel quil
soit rflchissant aux lumires de longueur donde infrieures 595 nm. Le filtre
dmission a t choisi avec une longueur donde de centre de bande de 630 nm et de
largeur de bande 60 nm afin de collecter un maximum de lumire rmise (figure 3).
Suivant la concentration en algues de lchantillon analys, le nombre de nageurs
observs lcran varie (figure 5). Pour lanalyse de la dynamique de nage, il est
prfrable que ce nombre ne varie pas trop. Cela permet de calculer des moyennes
sur des ensembles de particules de tailles identiques, donc davoir la mme prcision
statistique dun chantillon lautre.
91
SEMI-DILUE
Dans le but davoir une concentration fixe en nageurs fluorescents, quelle que
soit la concentration en nageurs dans lchantillon, nous avons essay de marquer les
algues avec un colorant fluorescent. Nous avons tout dabord marqu les Chlamy-
domonas Reinhardtii avec un premier colorant fluorescent : la rhodamine (Sigma-
Aldrich) (protocole en annexe 5). Cela na pas fonctionn car le colorant ressort des
algues par diffusion en une dizaine de minutes une fois que celles-ci sont places dans
un milieu sans colorant. Ensuite, nous avons essay la fluorescine isothiocyanate-
dextran (Sigma-Aldrich) (protocole en annexe 5). Il sagit dun colorant li des
molcules de dextran. La prsence du dextran aurait d empcher les molcules de
colorant de ressortir facilement des cellules mais il semble que ce colorant nait pas
TM
russi pntr la paroi des cellules. Enfin nous avons essay le Celltracker Red
CMTPX (Invitrogen R
) qui est un colorant qui pntre dans les cellules puis ragit
avec leur environnement interne afin de rester fix dans la cellule. Ce colorant entre
et reste bien dans les cellules mais il les tue (protocole en annexe IV.5).
Aucun des colorants test na permis de marquer durablement les Chlamydomo-
nas Reinhardtii en vie. Nous avons donc choisi dutiliser lautofluorescence naturelle
des Chlamydomonas Reinhardtii pour les observer en pifluorescence. Cela ne per-
met pas de contrler le nombre de nageurs visibles lcran et donc la taille de
lchantillon statistique, mais cela permet tout de mme lobservation du systme.
2.4 Choix du grossissement de lobjectif pour maximiser la

prcision de la statistique
Nous venons de voir quen utilisant la fluorescence de la chlorophylle prsente
dans les Chlamydomonas Reinhardtii pour les suivre, le nombre de nageurs observs
lcran allait varier suivant la fraction volumique de la suspension tudie. Nous
avons voqu prcdemment que la prcision de la statistique dpendait directement
du nombre de nageurs utiliss. Dans ltat actuel de notre systme de mesure, la qua-
lit de la statistique va dpendre de la concentration en micro-algues de lchantillon
considr. Pour contourner cet effet, nous pouvons ajuster les dimensions de la zone
dobservation, savoir la surface de la fentre dobservation et la profondeur dob-
servation. Ainsi, il est possible daugmenter le nombre de nageurs observs lorsque
la concentration diminue ou de le diminuer quand la concentration augmente. Plu-
sieurs modifications du dispositif exprimental peuvent tre envisages pour faire
cela.
Pour que la statistique soit la plus prcise possible, il faut enregistrer les tra-
jectoires du plus grand nombre de nageurs possible. En diminuant le grossissement
de lobjectif, on augmente la taille de la fentre dobservation donc le nombre de
nageurs observs limage. Malheureusement, en rduisant le grossissement, on di-
minue galement la prcision avec laquelle on dtecte la position dune particule. La
taille des nageurs mesure en pixels sur limage ne doit donc pas tre trop petite.
Pour que la position dun nageur soit reprable prcisment 1 avec la technique de
1. Il est possible dobtenir des erreurs sur la position de particules infrieures au dixime de
pixel pour des images ayant un bon contraste et dont le bruit de fond a t correctement enlev.
92
dtection de particules que nous utilisons, il faut que celui-ci ait un diamtre mini-
mum de 4 5 pixels sur une image [11]. Le grossissement minimum dpend donc
de la taille des pixels de la camra utilise. Avec la camra PCO Sensicam QE que
nous avons utilis pour cette tude, le grossissement x4 remplissait cette condition
(tableau II.1).
Ce grossissement minimum doit satisfaire un autre critre : il doit permettre
que les nageurs proches soient discernables. Limage que nous ralisons avec notre
systme dobservation est la superposition des images des plans du volume dob-
servation. Lorsque lon augmente la fraction volumique, les images des nageurs situs
dans des plans diffrents se recouvrent de plus en plus frquemment, rendant limage
de moins en moins exploitable. Pour diminuer cet effet, il est possible de diminuer
la profondeur de la zone dobservation mesure que lon augmente la concentration
en nageurs. Pour cela il suffit daugmenter le grossissement de lobjectif [6].
Le choix du grossissement minimal utiliser est donc impos en rgime dilu
par la taille minimale des algues en pixel et en rgime semi-dilu par la profondeur
de champ permettant dobtenir une image exploitable. Le critre li la fraction
volumique en nageurs tant plus restrictif que celui de la taille des algues en pixels,
le grossissement minimal utiliser sera plus lev en milieu semi-dilu quen dilu.
La profondeur dobservation sera donc moindre dans les rgimes les plus concentrs.
Cette augmentation du grossissement minimum avec la fraction volumique en-
trane la rduction de la taille de la zone dobservation (fentre dobservation et pro-
fondeur dobservation). Mais comme la fraction volumique augmente dans le mme
temps, le nombre de Chlamydomonas Reinhardtii prsentes dans la zone dobser-
vation varie peu et donc la prcision de la statistique varie peu. Le tableau IV.1
rcapitule le nombre moyen de nageurs observs sur une image en fonction de la
fraction volumique en nageurs et du grossissement utilis 2 . On observe quavec le
choix des grossissements qui a t fait, le nombre moyen dalgues dans la zone dob-
servation reste du mme ordre de grandeur.
2.5 Reconstruction de trajectoires

Aprs la ralisation dimages des nageurs, ltape restant avant la mesure de la
dynamique est la reconstruction des trajectoires. Le procd dans le cas de suspen-
sions semi-dilues reste le mme que dans le cas dilu (cf. chapitre II). Les images
sont dbarrasses de leur bruit de fond de taille caractristique db en conservant
prfrentiellement les objets de taille caractristique Dmax . Ces objets sont ensuite
dtects par la routine feature et les artefacts dtects avec eux sont limins en
utilisant un critre de luminosit minimale Lmin . Les trajectoires sont ensuite recons-
truites partir des objets dtects en donnant la distance maximale autorise de
dplacement dun objet entre deux images conscutives rmax . Enfin, les particules
ou artefacts rsiduels immobiles sont limins en utilisant le fait quils doivent stre
dplacs dune distance rmin au moins en un temps tmax .
2. La technique utilise pour estimer la profondeur dobservation est dveloppe au para-
graphe IV.2.6.
93
SEMI-DILUE
Nombre
Ct de la Distance
Profondeur moyen Fraction
fentre moyenne
Grossissement dobservation dalgues dans volumique
dobservation entre nageurs
estime (m) la zone (%)
carre (m) (m)
dobservation
x20 30 335 323 5, 03 22
x20 40 335 302 3, 53 25
x20 50 335 215 2, 02 30
x20 60 335 191 1, 49 33
x10 80 661 546 0, 82 40
x10 80 661 279 0, 42 50
x10 80 661 140 0, 21 63
x10 80 661 97 0, 15 71
x4 100 1646 344 0, 07 92
x4 100 1646 181 0, 04 114
Table IV.1. Grandeurs caractristiques de la statistique en fonction de la fraction

volumique et du grossissement utilis.
Les modifications apportes par la spcificit de ltude dune suspension semi-

dilue sont les suivantes. Le pr-traitement des images et la partie dtection des
particules restent les mmes, ceci prs quil faut ajuster les paramtres dpendant
de la taille des objets recherchs (taille caractristique des images des algues Dmax
et luminosit numrique minimale de limage dun objet dtect Lmin ) puisquelle
change avec le grossissement de lobjectif utilis. La taille des objets est galement
modifie du fait de la diminution de la qualit de limage obtenue lie laugmen-
tation de la densit dobjets rencontrs par la lumire dans la suspension.
La reconstruction des trajectoires partir des positions suit le mme principe
quau paragraphe II.4. Les proprits des trajectoires reconstruites sont quant elles
modifies. Tout dabord, la dure moyenne des trajectoires reconstruites raccourcit
avec laugmentation de la concentration et du grossissement de lobjectif utilis (fi-
gure 6). Cela est d en partie laugmentation de la frquence de croisement des
nageurs qui entrane bien souvent la coupure dune des deux trajectoires (voire des
deux) aprs rencontre. Les trajectoires relles sont ainsi dcoupes en trajectoires
plus courtes, ce qui diminue le nombre dvnements contribuant au calcul de sta-
tistiques aux temps longs. La diminution de la dure moyenne des trajectoires est
galement due la diminution de la profondeur de champ avec laugmentation du
grossissement de lobjectif. Les nageurs disparaissent plus souvent de la zone dob-
servation donc on les perd plus souvent ltape de dtection et leurs trajectoires
reconstruites sont plus courtes.
Le risque dchange de particules aprs un croisement augmente avec la concen-
tration. Cela est li laugmentation de la frquence de croisement des particules.
En pratique, cela arrive peu car lalgorithme dvelopp par John Crocker et David
Grier [10] fonctionne bien tant que la distance moyenne entre particules reste environ
94
Figure 6. Histogramme du nombre de trajectoires reconstruites en fonction de leur

dure
le double de la distance parcourue par un objet entre deux images. Ainsi, la frquence
dacquisition minimale laquelle doit tre utilise la camra est celle pour laquelle
les nageurs se dplacent au maximum de la moiti de la distance moyenne sparant
deux nageurs. Limagerie optique nous limite une concentration maximale pour
laquelle la distance moyenne entre particules dmin est de lordre de deux diamtres
soit une vingtaine de microns. Les Chlamydomonas Reinhardtii se dplacent une
vitesse maximale Vmax denviron 50 m s1 . La frquence minimale dacquisition
fmin est donne par :
Vmax
fmin = ' 5 s1 (IV.1)
dmin /2
En pratique, nous avons utilis une frquence dacquisition sept fois plus leve que le
fmin pour minimiser les possibilits derreurs de reconstruction lors des croisements
de particules.
La dernire consquence que lon peut observer est la diminution du nombre de
particules immobiles visibles en rgime semi-dilu par rapport au cas dilu. Cela
est d la rduction de la profondeur de champ principalement car les particules
immobiles sont celles qui se retrouvent proches des parois du capillaires.
2.6 Gamme dtude de la fraction volumique

2.6.1 Fraction volumique et distance moyenne inter-nageurs
Nous avons prpar les chantillons de telle sorte que la gamme dobservation
de la fraction volumique soit la plus tendue possible. Pour obtenir une statistique
suffisamment prcise en rgime dilu, il faut avoir enregistr un certain nombre de
trajectoires. Or le nombre de trajectoires diminuant avec la concentration, il arrive
95
SEMI-DILUE
un moment o mme si lon diminue le grossissement de lobjectif pour augmenter
la taille de la fentre dobservation, le nombre de cellules nageant dans cette fentre
pendant le temps dacquisition ne permet pas dobtenir une statistique suffisamment
fiable, ou alors cela demande des temps dobservation longs, pour lesquels le systme
ne peux plus tre considr dans un tat stationnaire.
Nous avons donc tudi dans le cas le plus dilu une suspension de fraction
volumique min gale 0, 04 % (figure 5), soit une distance moyenne entre deux
nageurs denviron onze diamtres de Chlamydomonas Reinhardtii. Nous avons ralis
cette mesure laide dun objectif de grossissement 4 et avec une profondeur
dobservation mesure de 100 m, soit la moiti de la profondeur de lchantillon.
Dans le cas le plus concentr, la suspension que nous avons tudie avait une
fraction volumique max de 5, 03 %, soit une distance moyenne entre nageurs de
deux diamtres de cellule environ (figure 5). Nous avons, pour cette mesure, utilis
un objectif de grossissement 20 et la profondeur dobservation que nous avons
mesur cette concentration est de lordre de 30 m. Nous avions plac le plan
dobservation le plus loign possible du bord de lchantillon pour minimiser les
effets de bord, tout en obtenant des images analysables. cette fraction volumique,
le plan dobservation tait situ une distance de 505 m du bord de lchantillon.
Au del de cette valeur de concentration, il ntait plus possible de distinguer les
nageurs correctement.
2.6.2 volution temporelle de la fraction volumique sous clairement

important
Lorsque lon claire les Chlamydomonas Reinhardtii en lumire fluorescente, on

observe une variation de la concentration locale dans le champ dillumination au
cours du temps.
Cette variation de concentration sexplique par lintensit de la lumire la-
quelle nous soumettons les Chlamydomonas Reinhardtii. En effet, ces algues sont
phototactiques et bien que nous les clairions dans une gamme de longueurs donde
auxquelles elles sont relativement peu sensibles (proche rouge), elles ressentent tout
de mme la forte intensit lumineuse laquelle nous les soumettons.
Dans ltude de la dynamique en rgime concentr, nous nous sommes placs en
situation stationnaire. Nous avons attendu que la concentration en Chlamydomonas
Reinhardtii lcran et la vitesse moyenne de ces algues se stabilisent et nous avons
effectu les mesures.
2.6.3 Mthode de comptage
Nous avons vu au chapitre II comment valuer la fraction volumique dune culture

de Chlamydomonas Reinhardtii. Comme nous venons de le voir au paragraphe pr-
cdent, lors de lobservation de la suspension en lumire fluorescente, la fraction vo-
lumique varie au cours du temps lorsque la suspension se retrouve claire par une
source lumineuse jaune cause de la sensibilit des algues la lumire (figure 7).
96
Figure 7. volution de la fraction volumique mesure au cours du temps sous

clairement fluorescent. Lchantillon commence tre clair en lumire jaune
linstant t = 0. Trois courbes dvolution de fractions volumiques diffrentes sont
prsentes. La modification de la fraction volumique de sa valeur initiale celle
quelle atteint lquilibre est dautant moins importante que la fraction volumique
est moins leve.
Il faut donc que la mesure de la concentration locale soit ralise pendant lclai-
rage en fluorescence. De plus, on devra faire la mesure pour chaque concentration
tudie car mme si lon connat les relations entre les valeurs des concentrations
des suspensions au repos, rien ne garantit que ces relations soient valables pour les
concentrations des chantillons soumis un clairement fluorescent.
Mesurer la concentration pendant lclairement fluorescent est une chose simple
en thorie. Il suffit de compter le nombre de cellules prsentes un instant dans la
zone dobservation et de diviser ce nombre par le volume de la zone dobservation.
Le nombre de cellules prsentes dans ce volume est facilement mesur grce la
phase de dtection de particules du procd de reconstruction de trajectoires.
La difficult rside dans la mesure de la profondeur dobservation. Cette profon-
deur va dpendre de lobjectif utilis et de la concentration en nageurs dans lchan-
tillon (tableau IV.1). Pour estimer cette grandeur, on peut mesurer le nombre de
nageurs dans la zone dobservation juste au moment o lon allume la lampe fluo-
rescente. cet instant, lchantillon ayant t laiss au repos dans le noir pendant
quelques minutes avant lclairement, la concentration de la suspension est homo-
gne dans lchantillon et sa valeur est la concentration de repos. En dterminant
en parallle la concentration de la culture au repos par la mthode prsente au
paragraphe II.2 sur une partie de la suspension non utilise pour la mesure, on peut
remonter la profondeur dobservation pour cette valeur de concentration.
Avec lexposition la lumire fluorescente, la concentration va diminuer mesure
97
SEMI-DILUE
que les algues sloignent du centre lumineux, jusqu arriver une concentration
stable au bout dune dure dune minute trente environ (figure 7). ce moment l,
en recomptant le nombre de nageurs lcran et en le rapportant au volume de la
zone dobservation que lon a dtermin, on a une mesure de la concentration en
nageurs dans cet chantillon en clairement fluorescent en rgime stationnaire.
3 Dynamique de nage des Chlamydomonas Rein-

hardtii en suspension semi-dilue
Nous avons vu au chapitre III que la dynamique de nage des Chlamydomo-
nas Reinhardtii en rgime dilu, lorsquelle est observe une chelle de temps
suprieure au temps moyen dun battement de flagelles, peut tre dcrite par une
marche alatoire avec persistance avec des caractristiques particulires. En plus des
rorientations alatoires survenant au terme dun mouvement dirig dune dure de
quelques secondes, la cellule prsente un mouvement de nage hlicodal pendant la
phase balistique.
Nous tudions ici les effets de la dynamique collective sur les caractristiques de la
marche alatoire que ralise les algues, en vue dobtenir des informations concernant
les mcanismes dinteraction entre nageurs en fonction de leur fraction volumique.
Nous cherchons galement dterminer si des mouvements collectifs peuvent exister
dans des suspensions de micro-nageurs de type puller . Nous nous intressons aux
effets de la variation de la fraction volumique en nageurs sur les deux composantes
de la dynamique de nage. La partie dplacement est sonde via le dplacement
quadratique moyen et les distributions de module de vitesse. La partie orientation
est mesure laide de la fonction dautocorrlation de direction.
3.1 Dynamique dorientation des micro-algues Chlamydomo-

nas Reinhardtii
A linstar du chapitre III, nous utilisons la fonction dautocorrlation de direc-
tion des nageurs pour obtenir les temps caractristiques de la dynamique angulaire.
Rappelons la dfinition de cette fonction de corrlation :
C( ) = he(t + ).e(t)i = hcos(( ))i (IV.2)
avec :
e(t) le vecteur unitaire direction de dplacement instantan linstant t donn
v(t)
par e(t) = |v(t)| avec v(t) son vecteur vitesse instantan.
( ) langle entre les directions de dplacement de lobjet aux instants t et
t + .
h . i la moyenne temporelle sur tous les instants et la moyenne densemble sur
toutes les particules.
Lors de ltude de la dynamique de nage individuelle des chelles de temps
suprieures la dure dun battement de flagelles et en suspension dilue, nous
98
3. DYNAMIQUE DE NAGE DES CHLAMYDOMONAS
REINHARDTII EN SUSPENSION SEMI-DILUE
Figure 8. Fonctions dautocorrlation de direction mesures diffrentes frac-

tions volumiques . On observe les deux parties dcroissant exponentiellement pour
chaque courbe. Les courbes sont dcales entre elles de manire logarithmique par
un facteur deux pour plus de visibilit. Les ajustements par des fonctions exponen-
tielles dcroissantes pour lobtention des temps de corrlations de direction th et ta
sont superposs aux points exprimentaux. Nous observons que le premier temps
de corrlation (premire pente) crot avec la fraction volumique puis dcroit lgre-
ment pour les deux suspensions les plus dilues. Le deuxime temps de corrlation
ta (deuxime pente) suit la mme tendance. Au dessus dune fraction volumique de
3, 53 %, lajustement de la deuxime partie de la courbe par une fonction exponen-
tielle dcroissante commence ne plus tre pertinent. Pour ces fractions volumiques,
le temps ta doit tre interprt avec prcaution.
avons vu que le comportement de C( ) pouvait tre dcrit par une premire fonction
exponentielle dcroissante e /th pour des temps infrieurs th et par une deuxime
fonction exponentielle dcroissante e /ta pour des temps suprieurs th [51], avec
th et ta les deux temps de corrlation de direction.
Nous avons mesur les fonction dautocorrlation de direction dans des suspen-
sions diffrentes fractions volumiques (figure 8). partir de ces courbes, nous avons
mesur th et ta (figure 9a et 9b) selon la mthode que nous venons dvoquer, en
ajustant les points exprimentaux par deux fonctions exponentielles dcroissantes.
Ces temps sont reprsents en fonction de la distance moyenne inter-nageurs d.
On observe que ces deux temps caractristiques prsentent deux rgimes de
comportement. Le changement de rgime a lieu lorsque la distance moyenne inter-
nageurs est de lordre de 70 m ( = 0, 15 %), soit environ 7 diamtres de Chlamydo-
99
SEMI-DILUE
(a) Premier temps de corrlation angulaire th .
(b) Deuxime temps de corrlation angulaire ta .
Figure 9. Temps de corrlation th et ta mesurs partir de la fonction dautocorr-

lation de direction en fonction de d. On observe une distance moyenne caractristique
dc de lordre de 70 m au moment du changement de comportement de th et ta , soit
environ 7 diamtres de Chlamydomonas Reinhardtii (fraction volumique de lordre
de 0, 15 %). Pour des valeurs de d suprieures dc (rgime dilu), th et ta sont pra-
tiquement constants. Pour des valeurs de d infrieures (rgime semi-dilu), th et ta
dcroissent. la transition, les deux temps augmentent brusquement.
100
Figure 10. Dplacements quadratiques moyens (MSD) diffrentes fractions volu-

miques . Les MSD sont dcals logarithmiquement en hauteur pour une meilleure
visibilit de la variation du temps de rorientation alatoire ta . Les lignes pleines
reprsentent une pente de deux (rgime balistique) et les lignes pointilles une pente
de un (rgime de marche alatoire). Le temps ta partir duquel le rgime de marche
alatoire commence, diminue lorsque la fraction volumique augmente. Insert : Les
MSD originaux. On observe que la vitesse balistique va semble peu varier avec la
fraction volumique sauf dans le cas le plus concentr.
monas Reinhardtii. Dans le rgime le plus dilu les temps de corrlations angulaires
sont constants. la transition ils augmentent, puis dans le rgime plus concentr
ces temps dcroissent avec d. On observe que lajustement par une fonction expo-
nentielle ralis sur la fonction dautocorrlation de direction ne fonctionne plus trs
bien lorsque la fraction volumique dpasse 3, 53 %. Pour ces fractions volumiques,
le temps ta doit tre interprt avec prcaution.
3.2 Mesure des vitesses

3.2.1 Vitesse balistique
Nous avons mesur les dplacements quadratiques moyens (MSD) en fonction
de la fraction volumique (figure 10). On observe que la forme des courbes de dpla-
cement quadratique moyen change peu en fonction de la fraction volumique. Leur
dure est rduite cause de la diminution de la dure moyenne des trajectoires
reconstruites avec laugmentation de la fraction volumique. On note que le temps
auquel le rgime de marche alatoire (hr2 ( )i ) commence, diminue avec la
distance moyenne inter-nageurs.
La vitesse balistique va (figure 11) est obtenue en ajustant sur les dplacements
quadratiques moyens mesurs, la fonction donne par le modle de marche alatoire
101
SEMI-DILUE
Figure 11. Vitesse balistique va en fonction de la distance moyenne inter-nageurs

d. La vitesse est constante dans le rgime dilu puis pour une valeur de d proche
de 50 m), elle crot avec la diminution de la distance entre les nageurs. Elle diminue
brusquement dans le rgime le plus concentr.
avec persistance :
1
hr2 ( )i = (va ta )2 ( [1 e2 /ta ]) (IV.3)
ta 2
On utilise le temps ta obtenu prcdemment pour la valeur du paramtre ta pour
permettre lajustement de converger. La vitesse balistique augmente lorsque lon
diminue la distance moyenne inter-nageurs puis diminue brusquement pour des frac-
tions volumiques leves. La distance moyenne inter-nageurs partir de laquelle va
se met augmenter (d ' 50 60 m) semble un peu plus leve que celle de la
transition observe pour les temps de corrlation.
3.2.2 Distributions de module de vitesse
Nous avons mesur les distributions de module de vitesse |v| en fonction de la

fraction volumique (figure 12). On note que la forme des distributions change lorsque
varie la fraction volumique. Pour des fractions volumiques leves, la distribution
sest largie par rapport au cas dilu.
Si lon tudie le module de vitesse moyen |v| des nageurs (figure 13b), celui-
ci est constant lorsque la suspension est dilue. Il augmente dans la mme zone
de transition que la vitesse balistique va puis diminue lorsque d devient suprieure
la valeur de ce seuil. Le module de vitesse le plus probable |v| c mesur comme
labscisse de la valeur la plus haute de la distribution (figure 13a), volue avec la
mme tendance que |v| mais lamplitude de son volution est plus importante.
102
(a) Distribution de module de vitesse |v|.
(b) Distribution de module de vitesse normalise par le module

de vitesse moyen |v|.
Figure 12. Distribution de module de vitesse diffrentes fractions volumiques.

gauche : les distributions de module de vitesse |v|. La valeur du module de vitesse
le plus probable |v|
c (abscisse du pic de la distribution) se dplace avec la fraction
volumique. droite : les mmes distributions normalises par leur module de vi-
tesse moyen |v|. La forme des distributions change avec la fraction volumique, elles
slargissent mesure que la distance moyenne inter-nageurs se rduit. Le temps t
est le laps de temps sparant deux positions, utilis pour le calcul de la vitesse entre
ces points.
103
SEMI-DILUE
(a) Module de vitesse le plus probable.
(b) Module de vitesse moyen.
Figure 13. Module de vitesse le plus probable |v| c et module de vitesse moyen |v|.
Les chelles des deux figures sont les mmes que celle de la figure 11 pour faciliter la
comparaison. |v| suit la mme volution que |v|.
c Lvolution de |v|c et |v| est diffrente
de celle de va dans la partie la plus concentre, va diminue peu par rapport |v| et
|v|.
c
104
3.3 Longueurs de persistance et distance moyenne inter-nageurs
partir de la vitesse moyenne entre rorientations alatoires va et des deux temps
de corrlation de direction th et ta que nous avons obtenus aux paragraphes prc-
dents, nous pouvons calculer deux longueurs de persistance lh et la (figure 14). La
longueur lh est la distance parcourue par lalgue suivant la direction de dplacement
moyenne au cours dune rotation hlicodale. La grandeur la est la distance moyenne
parcourue entre deux changements de direction de dplacement principale. Nous uti-
liserons ces longueurs dans la suite pour les comparer au paramtre de notre tude :
la distance moyenne inter-nageurs d. Lvolution des longueurs de persistance que
lon mesure est similaire celle des temps de corrlations correspondants. Ils sont
constants dans le rgime le plus dilu et lorsque la distance moyenne inter-nageurs
est de lordre de sept diamtres de Chlamydomonas Reinhardtii, ils augmentent sou-
dain. Ils diminuent ensuite avec la distance moyenne inter-nageurs d et tendent vers
zro. On observe pour les longueurs de persistance que la dcroissance dans le rgime
semi-dilu est linaire avec d.
105
SEMI-DILUE
(a) Premire longueur de persistance lh .
(b) Deuxime longueur de persistance la .
Figure 14. Longueurs de persistance lh et la en fonction de la distance moyenne

inter-nageurs d. La longueur lh est le produit de th et de la vitesse balistique va . Il
sagit de la distance moyenne parcourue par un nageur dans sa direction de dpla-
cement moyenne pendant une rotation hlicodale. La longueur la est dfinie comme
le produit de ta et va . Il sagit de la distance moyenne sparant deux rorientations
alatoires. Ces longueurs de persistance voluent de la mme manire que les temps
de corrlation dont elles sont issues. La distance moyenne inter-nageurs laquelle
a lieu la transition de comportement est de lordre de 70 m (environ 7 diamtres
de Chlamydomonas Reinhardtii, soit une fraction volumique de 0, 15 %). Lorsque d
est suprieure dc (rgime dilu), lh et la sont constantes. En dessous de dc (rgime
semi-dilu), elles dcroissent linairement. Les droites superposes aux donnes sont
des ajustements affines des points exprimentaux dans la zone semi-dilue.
106
4. DISCUSSION
4 Discussion
4.1 Distance moyenne inter-nageurs la transition entre les

deux rgimes de comportement des temps de corrlation
de direction
Les deux temps de corrlation angulaire que nous avons mesurs en fonction de
la fraction volumique prsentent deux rgimes de comportement (figure 9). Dans
le rgime le plus dilu, les temps de corrlation angulaire sont constants alors que
dans le rgime semi-dilu, ils dcroissent avec la distance moyenne inter-nageurs. Le
changement de rgime a lieu lorsque la distance moyenne inter-nageurs est de lordre
de 70 m ( = 0, 15 %), soit environ 7 diamtres de Chlamydomonas Reinhardtii.
Drescher et al. [16] ont mesur exprimentalement que le module du champ de
vitesse moyen cr par une Chlamydomonas Reinhardtii devenait infrieur 1 %
de la vitesse moyenne de dplacement de ce nageur une distance de son centre
de lordre de 7 rayons. On peut estimer que cette valeur reprsente un rayon
hydrodynamique Rh dlimitant lextension spatiale du champ de vitesse gnr
par une cellule autour delle lors de son dplacement. La transition que lon observe
a lieu lorsque la distance de sparation moyenne entre deux nageurs est telle que les
champs de vitesse de ces nageurs sont juste en contact (en considrant que le champ
de vitesse a une extension de 7 rayons). Cette observation suggre fortement que la
modification du comportement des nageurs vers le rgime concentr est lie des
interactions hydrodynamiques entre eux.
4.2 Identification des temps de corrlation obtenus en fonc-

tion de la fraction volumique dans le rgime dilu
Lors de ltude de la dynamique en milieu dilu au chapitre III, nous avons vu que
le premier temps de corrlation th que nous mesurions dans la fonction dautocorr-
lation de direction tait li la dure de rotation hlicodale dune Chlamydomonas
Reinhardtii autour de son axe de dplacement moyen pendant une course balistique.
Pour le vrifier, nous avons reprsent une trajectoire typique que nous avons
reconstruite dans le rgime dilu (figure 15a). Nous avons illustr ce premier temps
de corrlation en modifiant la couleur des points de la trajectoire partir de chaque
instant multiple de ce temps. Nous observons sur cette figure que th reprsente la
dure dun rotation hlicodale, comme nous lavions observ au chapitre III. Pour
identifier ta , nous avons procd de la mme manire (figure 15b). Nous voyons
qu linstar du chapitre III, ce temps de corrlation est de lordre de la dure
caractristique ta sparant deux rorientations alatoires de micro-algue. La dure
sparant deux rorientations alatoires successives varie au cours du temps. Cela fait
quelle ne correspond pas toujours exactement la dure moyenne ta .
107
SEMI-DILUE
(a) Illustration du temps de corrlation th . (b) Illustration du temps de corrlation ta .
Figure 15. Trajectoire typique pour une suspension de fraction volumique 0, 07 %.

Chaque portion de trajectoire dune couleur dure un temps gal lun des deux
temps caractristiques, suivant la figure. gauche : dure dune couleur th =1, 71 s.
droite : dure dune couleur ta =8, 17 s. On observe que th correspond au temps
de rotation hlicodal th et que ta correspond au temps de rorientation alatoire ta ,
comme nous lavions observ au chapitre III.
4.3 Comparaison des temps de corrlation en rgime dilu

avec ceux mesurs au chapitre prcdent
Comparons maintenant ces temps de corrlation avec ceux que nous avions me-
surs au chapitre III. Pour la suspension sans dextran et de fraction volumique
de lordre de 0, 05 %, le temps de rotation hlicodal th des algues tait de lordre
de 1, 5 s et le temps de rorientation alatoire de lordre de 3 s. Dans le cas dilu
de ltude que nous menons dans ce chapitre, le premier temps de corrlation th
est de lordre de 1, 5 s et le deuxime ta est de lordre de 8 s. Les premiers temps
de corrlation sont donc en accord, mais les seconds ne le sont pas. Ce phnomne
sexplique par les tats diffrents dans lesquels taient les cellules lorsque nous avons
conduit les deux tudes.
Au chapitre III, les algues taient claires avec une lumire rouge de faible
intensit. Dans ces conditions, la dynamique de nage des cellules est celle que lon
pourrait observer dans le noir. Dans le chapitre actuel, les algues ont t fortement
illumines avec une lumire fluorescente dans une gamme de longueur donde quelles
arrivent percevoir. Elles taient donc ici dans une situation de phototactisme
ngatif. Dans ce cas l, les trajectoires des algues sont beaucoup plus diriges que
dans le noir, leur permettant de se dplacer loppos de la direction de la source
lumineuse. Cest pour cela que le temps entre les rorientations alatoires des cellules
est bien plus long dans ce chapitre. Le fait que le temps de rotation hlicodal
ne soit pas modifi suggre que la forme que prennent les flagelles au cours dun
mouvement de battement ne change pas significativement lorsque la cellule passe
en mode de nage phototactique. Il a dj t observ une modification radicale de
108
4. DISCUSSION
la manire de nager des algues en cas dexposition une lumire trs forte [56].
Lalgue fait onduler ses flagelles de sorte quau lieu de nager vers lavant, elle nage
en marche arrire. En pratique, ce type de mcanisme de nage se dclenche surtout
au moment du changement brusque de luminosit (par exemple lallumage de la
lampe fluorescente du microscope) et ne dure pas trs longtemps. Aprs un temps
dclairage denviron deux minutes, ce type de moyen de locomotion nest plus visible
dans la suspension.
Les valeurs des vitesses va mesures au chapitre III sont galement diffrentes de
celles que nous avons mesures ici. En rgime dilu et en clairage ne gnrant pas de
rponse photophobique, la vitesse moyenne entre deux rorientations alatoires tait
de lordre de 50 ms1 . Avec lclairage de couleur jaune et de forte intensit que nous
avons utilis dans ce chapitre, la vitesse va est plutt de lordre de 25 ms1 dans le
rgime dilu. Une explication pourrait tre que la lumire a fortement perturb les
cellules et que leur mcanisme de nage en zigzags en a t modifi. On peut imaginer
par exemple que lintensit lumineuse ait pu entraner une saturation des rcepteurs
de lumire de la cellule et des canaux dactivation de la rponse de fuite qui aurait
entran une diminution de la frquence de battement des flagelles par rapport au
cas dun clairement faible.
4.4 Identification des temps de corrlation en rgime semi-

dilu
On ne peut affirmer directement que les temps de corrlation mesurs dans le
rgime semi-dilu traduisent les mmes phnomnes que dans le rgime dilu. La
frquence des rencontres avec les autres nageurs augmentant avec la fraction volu-
mique, la dynamique angulaire est susceptible dtre modifie. Comme nous venons
de le faire dans le rgime dilu, nous pouvons nous servir des trajectoires pour donner
un sens aux temps caractristiques que nous mesurons (figure 16).
Les ondulations dues au mouvement hlicodal que lon observe sur les trajec-
toires en rgime dilu disparaissent peu peu lorsque lon augmente le nombre de
nageurs dans lchantillon. Les changements de direction de grande amplitude (cor-
respondant aux rorientations alatoires dans le rgime dilu) sont toujours prsentes
et deviennent de plus en plus frquentes. Les trajectoires deviennent de plus en plus
irrgulires. certains points de la trajectoire, il arrive que lalgue reste quasiment
immobile pendant quelques images (figures 16c-16d). Lorsque le temps moyen entre
deux rencontres de nageurs devient de lordre du temps mis par une algue pour ef-
fectuer une rotation hlicodale, les temps de corrlation que lon mesure se mettent
reflter de plus en plus le phnomne dinteraction entre les nageurs.
4.5 volution des temps et longueurs de corrlation avec la

distance moyenne inter-nageurs
Dans le rgime le plus dilu, les temps de corrlations angulaires sont constants,
suggrant que les algues nagent indpendamment les unes des autres, avec une fr-
109
SEMI-DILUE
(a) = 0, 04 %, th = 1, 56 s (b) = 0, 21 %, th = 2, 04 s
(c) = 1, 49 %, th = 0, 72 s (d) = 3, 53 %, th = 0, 39 s
Figure 16. Trajectoires reconstruites diffrentes fractions volumiques dont

la couleur des points change chaque intervalle de temps th . Toutes les trajec-
toires sont reprsentes une mme chelle pour faciliter la comparaison. Sur les
figures 16c et 16d, on observe certains points que lalgue ne se dplace presque
plus pendant quelques instants avant de repartir.
110
4. DISCUSSION
(a) = 0, 04 %, ta = 7, 40 s (b) = 0, 21 %, ta = 9, 33 s
(c) = 1, 49 %, ta = 1, 74 s (d) = 3, 53 %, ta = 0, 59 s
Figure 17. Trajectoires reconstruites diffrentes fractions volumiques dont la

couleur des points change chaque intervalle de temps ta . Toutes les trajectoires
sont reprsentes une mme chelle pour faciliter la comparaison.
111
SEMI-DILUE
quence de changement de direction rgule uniquement par des mcanismes internes
la cellule [52] et un mcanisme de rotation hlicodal dtermin par leur morpho-
logie et leur manire de battre des flagelles.
Lorsque la distance moyenne entre nageurs devient de lordre du double du rayon
hydrodynamique Rh que nous avons voqu, les temps de corrlation se mettent alors
augmenter. Ce phnomne semble indiquer la prsence dun mcanisme dinterac-
tion constructive entre les algues dans leurs dplacements. Les interactions hydro-
dynamiques entre les algues pourraient modifier la dynamique de nage individuelle.
Ce type de phnomne nest pas prvu par les modles existants dans la littra-
ture actuellement pour ce type de nageurs ( puller ) et na jamais t observ
exprimentalement notre connaissance.
Les temps de corrlation dcroissent ensuite avec la distance moyenne entre na-
geurs d jusqu devenir trs faibles tous les deux (figure 9). Cette dcroissance est
comprhensible puisque si les algues ne modifient pas leur vitesse de nage, plus il
va y avoir de nageurs dans le milieu et plus elles vont se rencontrer souvent, donc
devoir sviter ou se cogner les unes aux autres.
On observe galement que le deuxime temps caractristique correspondant au temps
moyen de rorientation alatoire en rgime dilu, se rapproche de plus en plus du
premier temps de corrlation mesure que la fraction volumique augmente.
Pour tablir limportance des rorientations dues aux interactions avec les voisins
par rapport aux rorientations alatoires et aux rotations hlicodales, on peut tablir
un modle simple de collisions balistiques sans interactions hydrodynamiques.
Calculons le libre parcours moyen l quaurait une algue si elle se dplaait en
ligne droite sa vitesse balistique pendant un certain temps avant de rencontrer un
obstacle. Au cours de son trajet, elle peux entrer en contact avec dautres algues si
celles-ci sont situes dans un disque en face delle (disque de contact) de diamtre
gal deux fois le diamtre DC de la cellule. Le volume cylindrique ainsi couvert
pendant la marche sera gal au produit de la distance que le nageur aura parcourue
en ligne droite et de la surface du disque de contact. On peut calculer le libre parcours
moyen entre deux chocs balistiques en crivant que ce volume contient un nageur
en moyenne. La distance moyenne entre particules tant d, ce volume est donc d3 .
Ainsi on peut crire :
d3
l= (IV.4)
DC 2
Nous voyons que pour ce modle simple sans interactions hydrodynamiques ni r-
orientations alatoires, le libre parcours moyen varie comme le cube de la distance
moyenne inter-nageurs. Si lon trace cette fonction sur la mme courbe que la lon-
gueur de persistance, on obtient une courbe qui se situe au dessus des longueurs de
persistance que lon a mesures (figure 18). Considrons la nage dans le rgime le
plus concentr. Les rorientations dans ce rgime sont principalement dues aux in-
teractions de contact entre les algues car la distance moyenne les sparant est de
lordre de deux fois leur diamtre. Les rorientations de contact sont plus frquentes
que les rorientations alatoires dans cette situation si lon estime que ces dernires
sont principalement causes par un mcanisme biologique interne. Si lon augmente
112
4. DISCUSSION
Figure 18. Longueur de persistance balistique et libre parcours moyen dun mo-
dle balistique type sphres dures . La courbe au dessus des donnes est le libre
parcours moyen dans une suspension de sphres dures de diamtre de 12 m se d-
plaant balistiquement sans interaction distance. Les points sont la longueur de
persistance balistique en fonction de la distance moyenne entre les nageurs. Plus la
distance entre nageurs augmente et plus les changements de direction deviennent
frquents par rapport la situation o les algues nageraient en ligne droite et inter-
agiraient par simple contact.
113
SEMI-DILUE
la distance moyenne entre les nageurs, la proportion de rorientations alatoires va
augmenter par rapport aux rencontres entre nageurs. Ainsi, le libre parcours moyen
(la longueur de persistance balistique) qui aurait d augmenter comme d3 si le seul
mcanisme de changement de direction provenait des collisions, va augmenter moins
vite du fait de ces rorientations alatoires. terme, ces rorientations alatoires
devraient prendre le pas sur les changements de direction dus aux rencontres entre
nageurs et imposer la longueur de persistance balistique que lon trouve dans le r-
gime dilu.
En pratique, on observe que la longueur de persistance que lon mesure devient plus
grande que la longueur de persistance du rgime dilu avant de diminuer lorsque la
distance moyenne entre les algues devient plus grande que le rayon hydrodynamique
Rh mesur par Drescher et al. Ce phnomne suggre lexistence dorganisation col-
lective dans cette zone de fraction volumique, probablement cause par des interac-
tions de nature hydrodynamique cette fois ( plus longue porte que les interactions
striques).
En rsum, dans le rgime le plus concentr, les changements de direction sont
causs en majorit par les collisions entre les algues (interactions courte por-
te). Ensuite ce sont les interactions hydrodynamiques couples aux rorientations
alatoires qui affectent la dynamique gnrant une augmentation de la longueur de
persistance par rapport au cas dilu. Puis dans le cas dilu, les interactions hydro-
dynamiques et les collisions entre micro-nageurs sont masques par le phnomne
de rorientation alatoire naturelle des micro-algues.
4.6 tude de la vitesse en rgime semi-dilu

Lvolution des distributions de module de vitesse nous montre que la vitesse des
algues est modifie lorsque la fraction volumique augmente (figure 12). La forme de
ces distributions change en fonction de la distance moyenne inter-nageurs d. Lorsque
d devient de lordre de 60 m, la valeur |v|
c du pic de la distribution sest dplace
vers des valeurs de module de vitesse plus leves que dans le rgime dilu et la
largeur de la distribution a augment. Lorsque d atteint une valeur de 40 m, |v| c se
remet dcrotre doucement avec la distance moyenne inter-nageurs.
Lapparition de modules de vitesse plus levs lorsque la fraction volumique
augmente suggre le dveloppement de phnomnes collectifs comme nous lavons
voqu au paragraphe prcdent. Llargissement de la distribution peut sinterpr-
ter de la manire suivante. Si des phnomnes collectifs se dveloppent, lorsquun
nageur se trouve dans un coulement gnr collectivement, sa vitesse individuelle
est augmente (ou diminue suivant lorientation du nageur dans cet coulement)
par la vitesse du courant gnr par le collectif des nageurs. Ainsi, des modules de
vitesse plus levs et plus faibles apparaissent dans la distribution.
Lorsque d atteint la valeur de 40 m, la frquence des collisions entre nageurs qui
augmente vient ajouter la distribution des vnements de faible module de vitesse.
Plus d diminue et plus cette composante se dveloppe. On voit apparatre un pic
dans une zone de modules de vitesse bien plus faibles que pour le cas de la situation
114
5. RSUM ET PERSPECTIVES
dilue. Toutefois, mme dans ces rgimes concentrs, la queue de la distribution

de module de vitesse reste assez longue, sous-tendant que les algues parviennent
nager leur vitesse de nage normale entre deux chocs. On note que la queue de la
distribution va moins loin que dans la zone o |v|
c est maximal. Ainsi, les possibles
phnomnes collectifs de cette zone de fraction volumique cessent dexister dans la
zone la plus concentre.
5 Rsum et perspectives
Nous avons vu que la dynamique de nage des Chlamydomonas Reinhardtii tait
modifie lorsque la distance moyenne entre les nageurs diminuait. Les temps de
corrlation de direction et les longueurs de persistance caractrisent la manire dont
nagent ces micro-organismes. Ces grandeurs sont constantes dans le rgime dilu,
indiquant que les algues nagent indpendamment et que leur dynamique individuelle
est seulement rgie par leurs caractristiques biologiques et ventuellement par les
stimuli extrieurs auxquelles elles sont soumises. La dynamique de nage est modifie
lorsque les cellules sont soumises un clairement auquel elles sont sensibles. Dans
cette situation, la nage est plus dirige. Ainsi les cellules peuvent schappent plus
rapidement de la zone illumine.
Les deux temps de corrlation et les deux longueurs de persistance augmentent
brusquement lorsque la distance moyenne inter-nageurs d devient de lordre de sept
diamtres de Chlamydomonas Reinhardtii, distance telle que les champs de vitesse
des cellules commencent juste sinterpntrer en moyenne. Cette valeur particu-
lire de d pour la transition et laugmentation brusque des paramtres de corrlation
suggrent lexistence de phnomnes collectifs constructifs gnrs par les interac-
tions hydrodynamiques entre les nageurs. Laugmentation de la valeur du module
de vitesse le plus probable partir de cette valeur de d supporte cette analyse.
En rduisant encore la distance entre nageurs, les longueurs de persistance se
mettent dcrotre linairement avec la distance moyenne inter-nageurs d jusqu
tendre vers zro. Ce type de comportement ne peut tre expliqu par un modle
dinteraction par chocs lastiques entre sphres dures se dplaant balistiquement,
pour lequel la longueur de persistance dcrot avec le cube de d.
partir dune distance d de lordre de quatre diamtres de Chlamydomonas
Reinhardtii, la dcroissance du module de vitesse le plus probable suggre que les
interactions entre nageurs commencent devenir domines par les interactions st-
riques et que les possibles phnomnes collectifs cessent. Cette analyse est supporte
par la proximit des valeurs des longueurs de persistance balistique mesures dans
la zone des distance moyenne inter-nageurs infrieures quatre diamtres de cel-
lule, avec celles du modle des sphres dures que nous venons dvoquer, en utilisant
un diamtre de sphre dure similaire au diamtre dune Chlamydomonas Reinhardtii.
Nous avons soulign dans cette tude la possibilit de lexistence de phnomnes

collectifs dans une suspension de micronageurs de type puller . Ltude des cor-
rlations de dplacement et dorientation de paires de particules pourrait permettre
115
SEMI-DILUE
de dtecter avec certitude la prsence de mouvements collectifs dans une suspension
de micro-nageurs Chlamydomonas Reinhardtii.
La microscopie optique 2D nous a permis dobserver la dynamique de nage pro-
jete dans un plan, la visualisation en 3D savre difficile avec ce type de dispositif
cause de la diffraction des rayons lumineux par les nageurs en suspension. Lob-
servation dans ces systmes concentrs devient de plus en plus difficile mesure
que la fraction volumique augmente. On pourrait tenter de dterminer limportance
du mcanisme de nage hlicodal dans les interactions entre nageurs en tudiant les
algues avec un dispositif de visualisation tridimensionnel de type microscopie holo-
graphique par exemple. On pourrait essayer dutiliser ce dispositif dans le rgime
semi-dilu au moins, l o la visualisation nest pas encore trop dtriore par la
diffraction de la lumire par les nageurs en suspension.
Il serait intressant de raliser une tude similaire en utilisant un dispositif avec
une illumination laquelle les algues ne sont pas sensibles pour dterminer dans
nos rsultats la part de la rponse phototactique dans la dynamique que nous avons
tudie. Il serait bon de dterminer galement si les potentiels phnomnes collectifs
que nous avons voqus ont un lien avec la nage des algues dans une situation
phototactique. Kessler avait observ que lorsque les algues taient soumises un
clairement intense, elles semblaient nager en essayant de se cacher les unes derrires
les autres [39]. En augmentant la fraction volumique, cette particularit peut jouer
un rle dans les comportements que nous observons.
Les observations que nous avons ralises nous permettent davancer quil existe
un rgime de fraction volumique avec ce type de suspensions pour lequel des phno-
mnes complexes existent. Il serait intressant dtudier la dynamique de nage de ce
type dorganisme dans un coulement de cisaillement pour dterminer le mcanisme
par lequel ces organismes dveloppent des phnomnes de resistance au cisaillement,
et sil sagit simplement dun facteur li la forme du micro-nageur ou bien si les
interactions hydrodynamiques entre nageurs peuvent expliquer ce phnomne.
116
Annexes
Tentative de marquage des algues la Rhodamine
Nous avons utilis un cube spcialement conu pour ce colorant (cube 41007 /
TM
Cy3 / TRITC (Rhodamine) Chroma c
. Le cube est conu pour exciter 535 nm
(vert) et rcuprer la lumire mise autour de 610 nm (orange-rouge).
Notre protocole a t le suivant.
Renouvellement du milieu de la culture : remplacement du milieu de culture
par du milieu frais (par centrifugation 120 g comme dcrit au chapitre II)
et remise de 15 mL de TAP frais pour 0.2 ml de concentr obtenu
Repos de la culture pendant une heure pour laisser les cellules se ressourcer.
Marquage : Ajout de 75 L de solution de Rhodamine de concentration 2.103 mol/L
la suspension de Chlamydomonas Reinhardtii et repos de la suspension dans
le noir pendant 10 min.
Rinage : (3 fois) Centrifugation 120 g pendant 5 min, vacuation du liquide
surnageant et ajout de 15mL de TAP (pas dajout de TAP la troisime fois)
Prparation des chantillons diffrentes concentrations : Pendant le cycle des
rinages, prparation du jeu dchantillons dalgues non-marques diff-
rentes concentrations dans des tubes de 2 mL
Mise en suspension des algues marques : Aprs dernire centrifugation, et
vacuation du surnageant, ajout dun volume fixe de 5 L de concentr mar-
qu dans un premier chantillon de volume 0.5 mL de concentration donne
Agitation douce pour homogniser le mlange marques - non-marques
Prparation des chantillons : Mise en capillaire sans attendre
Positionnement sur la platine du microscope et acquisition dimages avec la
camra SensiCam et avec lobturateur rapide command par la camra afin
de diminuer lexposition au photoblanchiment
Paramtres camra : temps dexposition : 61 ms, temps denvoi des donnes
vers lordinateur (non contrlable) environ 49 ms (lobturateur est ferm pen-
dant ce laps de temps pour clairer moins de temps les fluorophores et les
cellules).
Observation : La fluorescence des cellules marques est trs bonne au dbut
mais dcrot au cours du temps, jusqu ce que les algues marques ne soient
plus visibles du tout au bout d peine cinq minutes sur le microscope. Cela
est d en partie au photoblanchiment (phnomne limit par lutilisation dun
obturateur rapide), mais surtout au fait que le colorant diffuse travers les
membranes des cellules et se disperse dans la suspension. Nous avons valid
cette hypothse en prparant simultanment deux chantillons identiques avec
des cellules marques ajoutes des non marques, puis en mettant un sur
le microscope en lumire fluorescente pendant 5 minutes pendant que lautre
attendait dans le noir. Au bout des 5 minutes, nous avons plac le deuxime
chantillon sur le microscope et avons vrifi que son niveau de fluorescence
tait comparable celui qui avait t clair en lumire fluorescente.
Le colorant ne restant pas trs longtemps lintrieur des membranes, il ne peut pas
117
SEMI-DILUE
tre utilis. Il aurait pu tre utilisable ventuellement sil tait rest au minimum
20 minutes lintrieur des cellules. Cela aurait laiss le temps aux nageurs dans
lchantillon datteindre un tat stationnaire, prrequis ncessaire au commencement
dun enregistrement. Ici nous navons pas eu le temps dattendre cet tat, sinon le
colorant aurait diffus avant que ne commence lacquisition.
Nous avons donc essay un autre colorant du mme genre que la fluorescine
mais celui-ci quip de chanes de polymres censes lempcher de ressortir des
membranes des cellules.
Tentative de marquage des algues la Fluorescine isothiocyanate-

dextran
Aprs la rhodamine qui pntrait et ressortait facilement des cellules, nous
avons essay un colorant nomm fluorescine isothiocyanate-dextran (FITC-dextran)
(Sigma-Aldrich R
). Il est compos de molcules de colorant FITC greffes sur du dex-
tran. Comme nous lavons vu au chapitre III, le dextran est un polymre compos de
dextrose. Il est biocompatible et lon peut lutiliser par exemple pour augmenter la
viscosit dune solution aqueuse. Nous avons utilis au chapitre prcdent une forme
de ce polymre avec une masse molaire molculaire comprise entre 15,000 et 25,000.
Cela reprsente une taille de polymre relativement petite mais suffisamment grande
pour ne pas induire deffet de pression osmotique sur les cellules.
Utilis dans sa forme courte (masse molaire molculaire ' 3,000-5,000) il peut
pntrer les parois des cellules et conjugu un colorant, il peut permettre au
colorant de se fixer lintrieur de la cellule. Nous lavons utilis ici pour empcher
la molcule FITC de ressortir aussi facilement que la rhodamine de la paroi des
Chlamydomonas Reinhardtii.
Nous avons choisi le dextran car il est sans danger pour les algues comme nous
lavons vu dans le chapitre III lors de la mesure de leffet de la viscosit du liquide
porteur sur la dynamique de nage individuelle. La partie dextran de ce colorant
est constitue de chanes de relativement petite taille (masse molaire molculaire '
5,000). Nous pensions que la molcule serait capable de traverser les membranes des
Chlamydomonas Reinhardtii. Nous avions choisi des chanes de dextran plus longues
lors du chapitre III pour viter justement quelles ne puissent pntrer lintrieur
des cellules.
Nous avons utilis le mme protocole que pour la rhodamine mais navons pas
russi marquer les cellules avec ce colorant car il ne parvenait visiblement pas
franchir la membrane des cellules. Nous avons augment le temps dexposition de la
suspension au colorant pour le marquage jusqu une heure trente mais cela na rien
donn. Nous avons galement augment la concentration de la solution de marquage
sur une large gamme de concentration mais a na pas mieux fonctionn. Il semble
que la molcule narrive pas entrer dans la cellule.
Nous avons donc dcid de passer une autre famille de colorants. Ces derniers
parviennent passer travers une membrane et ils ragissent avec lintrieur de la
cellule. Ils ne peuvent ensuite plus ressortir.
118
TM
Tentative de marquage des algues avec le colorant Celltracker Red
CMTPX (Invitrogen R
)
Comme le FITC-dextran ne pntre pas dans les cellules, nous avons essay un
autre colorant qui est libre de pntrer dans la cellule, qui ragit ensuite avec son
environnement interne et qui ne peut plus ressortir ensuite. Nous avons essay le
TM
colorant Celltracker Red CMTPX.
Ce colorant contient une fonction chloromthyle qui ragit avec le fonction thiol
dun peptide appel glutathione prsent en grande quantit dans la quasi-totalit
des cellules. Une fois quil a ragit avec ce peptide, il ne ressort plus de la cellule.
TM
Le fluorochrome contenu dans la molcule de CellTracker a son maximum dexci-
tation la longueur donde de 577 nm (couleur jaune) et son maximum dmission
se situe une longueur donde de 602 nm (couleur rouge).
Le protocole dutilisation de ce colorant est similaire celui du FITC-dextran,
except que ce colorant doit tre utilis dans un milieu neutre ne contenant ni
fonction amine ni fonction thiol pour viter que le colorant ne ragisse avec ces
fonctions sous peine de ne plus pouvoir pntrer lintrieur des cellules.
Pour les Chlamydomonas Reinhardtii, il a fallu trouver un milieu neutre car celui
recommand par le fabricant du colorant (solution tampon phosphate saline) tuait
les algues. Le milieu de culture des algues contenant des groupes amines, il na pas
pu remplacer cette solution.
Nous avons trouv dans la littrature [69] la composition dun milieu sans nutri-
ment ni groupe amine qui ne tuait pas les algues.
Voici les tapes du protocole de marquage utilis :
Prparer la solution pour le marquage des cellules avec le colorant comme in-
diqu sur le protocole du fabricant. Nous avons test une gamme de concen-
tration de marquage de 0, 5 M 5 M comme le conseillait le fabricant,
puisque nous souhaitions effectuer une exprience sur une dure relativement
courte, savoir moins dune journe.
Rcuprer les cellules dans leur milieu de culture par centrifugation.
Resuspendre les cellules dans le milieu de marquage pendant une dure de
15 45 minutes en conditions de culture. Nous avons test des dures de
marquage allant de 15 90 minutes, suivant la concentration en colorant
utilise. Nous avons essay de laisser incuber les cellules avec lumire et sans
lumire.
Remplacer le milieu de marquage par du milieu de culture frais et laisser
incuber les cellules pendant une trentaine de minutes environ.
Centrifuger les cellules. Remplacer le milieu de culture par le milieu neutre
utilis pour la prparation du milieu de marquage.
Centrifuger nouveau les cellules et remplacer leur milieu par du milieu
neutre.
Centrifuger les cellules et remplacer leur milieu par du milieu de culture frais.
Les cellules sont dsormais marques.
119
SEMI-DILUE
Concentration Dure du pendant le Cellules Signal de
tat des
en colorant marquage marquage marques fluorescence
marques
(M) (min) (%) (%) observ
0.5 15-30-60-90 0.2-1 0 - -
1 15-30-60-90 0.2-1 0 - -
2 15-30-60-90 0.2-1-2-20 ' 10 mortes faible
3 15-30-60-90 0.2-1-2-20 ' 10 mortes moyen
4 15-30 0.2-1-2-20 ' 15 mortes fort
5 15-30 0.2-1-2-20 ' 15 mortes fort
Table IV.2. Jeu de paramtres tests pour le marquage des algues avec le colorant
TM
fluorescent CellTracker Red CMTPX. Le signal de fluorescence a t observ avec
un objectif de grossissement 20 et douverture numrique 0,45, une camra Sensi-
cam QE (PCO) avec un temps dexposition de 60 ms et avec une lampe X-Cite R
120
(Exfo) dont la puissance dlivre dans le domaine spectral dexcitation du colorant
TM
CellTracker tait de lordre de 10 mW demi-puissance. La dure du temps de
marquage a jou essentiellement sur lintensit du signal de fluorescence, mais peu
sur la fraction de cellules marques.
Nous avons suivi le protocole indiqu par le fabricant et afin de trouver le meilleur
marquage possible, nous avons ralis divers tests pour dterminer les paramtres
optimaux pour la ralisation du marquage. Nous avons fait des tests sur la dure
dexposition des cellules au colorant, sur la concentration en colorant pendant le
marquage et mme sur la concentration en algues lors du marquage. Le tableau IV.2
rcapitule les essais raliss et les paramtres utiliss pour cela.
En synthse, lorsque la concentration en colorant dans le milieu de marquage est
suprieure 2, 5 M, on obtient des cellules marques en fluorescence. Le marquage
nest pas trs efficace puisque seule une faible partie de la population est marque
(environ une deux sur dix). Le problme majeur est que les cellules marques
sont toutes immobiles. On aurait pu imaginer que les cellules aient pu perdre leurs
flagelles au cours du marquage (comme cela peut arriver par exemple lors dun choc
acide) et quen quelques heures elles aient repouss [25]. Aprs plusieurs heures, les
cellules taient toujours immobiles, il est donc probable que le colorant les aient
tues ou bien quelles taient dj mortes au moment du marquage.
En conclusion, ce colorant na pas t utilisable pour notre tude puisque la faible
quantit de cellules marques obtenue est morte.
120
Chapitre V
Conclusion & perspectives
1 En rsum
Durant cette thse, nous avons tudi la dynamique de nage dun micro-nageur
de type puller , la micro-algue Chlamydomonas Reinhardtii. Pour cela, nous
avons mis en place un dispositif exprimental permettant le suivi des dplacements
de micro-objets en deux dimensions. Cette technique de suivi de particules cou-
ple un dispositif dimagerie optique ntant pas spcifique aux objets que nous
avons utiliss, elle est rutilisable pour tout type de micro-objet visible en microsco-
pie optique. Nous avons tent sans succs de marquer ces algues avec un colorant
fluorescent afin de pouvoir tudier leur dynamique dans un rgime de haute frac-
tion volumique. Toutefois, en utilisant la fluorescence naturelle de ces objets, nous
avons pu tudier leur comportement dans des gammes de fraction volumique trs
intressantes du point de vue de lhydrodynamique.
Nous avons tudi au chapitre III la dynamique particulire de ces micro-algues
avec notre dispositif lorsque les interactions entre elles taient faibles. Les paramtres
caractristiques de la nage ont t dtermins aux diffrentes chelles de temps
du mouvement, grce lutilisation de camra rapide ou sensible et de plusieurs
objectifs de grossissements, ainsi que doutils statistiques bass sur les trajectoires
des nageurs.
Les cellules voluant dans un fluide faible nombre de Reynolds, elles utilisent
pour se dplacer une stratgie de nage non-rciproque de type mouvement de
brasse . Elles avancent en tirant le fluide lavant de leur corps avec leurs deux
flagelles quelles ramnent le long de leur corps dans un mouvement circulaire, puis
elles reculent dune fraction de ce quelles ont avanc lorsquelles droulent leurs
flagelles vers le haut de leur corps. Ce mouvement de nage en zigzags pratiqu une
frquence de lordre de la trentaine de Hertz, leur permet de dplacer leur corps
une vitesse instantane pendant un battement vb de lordre de 130 m s1 . Ce m-
canisme de dplacement conjugu une lgre asymtrie de forme entre les flagelles,
produit un mouvement hlicodal le long dun axe de dplacement moyen lorsquil
est observ lchelle de la seconde, une vitesse de translation va de lordre de
50 m s1 et une frquence de rotation 1/th de lordre du Hertz. Aprs quelques
121
CHAPITRE V. CONCLUSION & PERSPECTIVES
rotations autour dune direction de dplacement moyenne, ces cellules se rorientent

alatoirement au bout dun temps moyen ta cause de la dsynchronisation mo-
mentane de leurs flagelles durant quelques battements, puis elles reprennent leur
dynamique de nage hlicodale dans une nouvelle direction.
Lanalyse du comportement de la cellule sous augmentation de la charge soumise
aux flagelles, a permis dobtenir des informations sur les mcanismes biologiques
impliqus dans la nage. Ainsi, la force que la cellule dploie pour se dplacer reste
constante pour une viscosit du fluide porteur allant presque jusquau triple de
la viscosit du milieu de culture. La cellule nadapte pas la force quelle applique
ses flagelles pour conserver une vitesse de dplacement constante. Du point de
vue de lefficacit nergtique de ce type de mouvement, elle ne varie pas dans la
gamme de charge applique aux flagelles que nous avons tudie. Ainsi, la forme des
flagelles au cours dun mouvement de brasse ne semble pas modifie par la viscosit
du milieu. En simplifiant lextrme le mcanisme de battement des flagelles, nous
avons estim la friction exerce par les flagelles de la micro-algue sur le fluide. Les
dimensions des flagelles quivalents que nous avons obtenus pourront tre utiliss
pour la ralisation dun modle simple de flagelle battant, en vue de mesurer le
champ de vitesse instantan gnr autour du micro-organisme au cours de la nage.
En plus de lindpendance de la force exerce par la cellule sur le fluide environ-
nant pour se dplacer, par rapport la charge applique aux flagelles, nous avons vu
que le nombre de battements moyen pendant une rotation hlicodale ne varie pas
non plus. Lasymtrie entre les deux flagelles au cours du battement responsable de
ce type de mouvement ne dpend donc pas de la viscosit du milieu dans la gamme
tudie.
Une troisime constante du mcanisme de nage de ces algues est le nombre de
mouvements de zigzag sparant deux rorientations alatoires. Lindpendance de
ce nombre par rapport la viscosit semble indiquer que le mcanisme responsable
des rorientations nest pas bas sur une horloge de temps absolue mais plutt sur
un nombre de battements. Cette observation est en contradiction avec lide que
le bruit thermique soit le principal facteur de ces vnements. En revanche, il est
possible que des processus de nature bio-chimique soient en jeu. Polin et al. [52]
ont mis lide que la cellule pouvait contrler elle-mme la diffrence de frquence
de battement entre ses deux flagelles, pour passer dun mouvement hlicodal une
phase de rorientation. La nature du systme permettant ce contrle nayant pas t
lucide, seul a t suggr que ce systme devait tre diffrent de celui rgissant le
phototactisme. Dans le cas des rorientations alatoires, Polin et al. ont mesur que
le flagelle situ du ct de loeil rudimentaire de lalgue pouvait avoir une frquence
de battement plus leve que le flagelle situ de lautre ct ou bien linverse. Ce
nest pas le cas dans le rgime phototactique. Le flagelle le plus proche du stigma
se comporte diffremment de celui situ de lautre ct en prsence de stimulation
lumineuse. Notre observation suggre que le systme qui dclenche les rorientations
alatoires en labsence de stimulation lumineuse externe, se base sur le nombre de
battements moyens que fait la cellule pour se dclencher plutt que sur une horloge
interne. Il sagit dune premire indication dans la qute de la dtermination de ce
122
2. PERSPECTIVES
systme de contrle.
Aprs avoir caractris la dynamique individuelle de ces micro-nageurs, nous
avons tudi au chapitre IV les interactions entre les cellules en augmentant la frac-
tion volumique des suspensions tudies par rapport au cas dilu vu au chapitre III.
Lorsque la suspension est suffisamment dilue, les temps de corrlation ainsi que
les longueurs de persistance de la dynamique voqus plus haut ne dpendent pas de
la fraction volumique. Dans ce rgime, ces temps et longueurs caractrisent la ma-
nire dont nagent ces micro-organismes. Leur indpendance la distance moyenne
entre nageurs d indique que la nage des algues est seulement rgie par leurs caract-
ristiques biologiques et ventuellement par les stimuli extrieurs quelles recevraient.
De notre tude de la dpendance de ces paramtres de corrlation, nous avons pu
tirer une distance moyenne entre nageur caractristique. Une transition a lieu lorsque
les grandeurs de corrlation augmentent brusquement en quittant le rgime dilu.
La distance moyenne inter-nageurs correspondant cette transition est de lordre
de sept diamtres de Chlamydomonas Reinhardtii, distance telle que les champs de
vitesse des cellules commencent juste entrer en contact en moyenne. Cette valeur
particulire de d couple laugmentation brusque des paramtres de corrlation
suggre lexistence de phnomnes collectifs de nature constructive, gnrs par des
interactions hydrodynamiques entre nageurs. Laugmentation de la valeur du module
de vitesse le plus frquent partir de cette valeur de d supporte cette analyse.
Pour une fraction volumique suprieure celle de la transition, les longueurs
de persistance commencent dcrotre linairement avec la distance moyenne inter-
nageurs d jusqu tendre vers zro. Ce type de comportement nous permet daffirmer
que lorsque la fraction volumique augmente au del de la transition, les interactions
entre nageurs ne peuvent tre expliques par un simple modle dinteraction par
chocs lastiques entre sphres dures, pour lequel la longueur de persistance dcrot
avec le cube de d.
Lorsque la distance d devient de lordre de quatre diamtres de Chlamydomonas
Reinhardtii, le module de vitesse le plus frquent se met dcrotre, et suggre que les
interactions entre nageurs de nature strique commencent dominer la dynamique
de lensemble, et que les possibles phnomnes collectifs cessent peu peu. Les
longueurs de persistance balistique mesures dans la zone des distances moyennes
inter-nageurs infrieures quatre diamtres de cellule tant trs proches de celles
du modle des sphres dures que nous avons utilis conforte cette ide.
2 Perspectives
Pour aller plus loin dans ltude de la dynamique de ces micro-nageurs, il reste
plusieurs points claircir. Si lon considre le cas particulier des micro-algues Chla-
mydomonas Reinhardtii, du point de vue de la dynamique individuelle de ces cellules,
on peut se poser la question de la raison dune dynamique de nage aussi complexe.
Certaines hypothses ont dj t avances, comme par exemple lutilisation de r-
orientations alatoires pour fuir plus facilement les prdateurs ou encore pour am-
liorer la recherche de sources de nourriture. Comme nous lavons voqu plus haut,
123
le mcanisme de nage hlicodal pourrait servir faciliter la dtection de sources

lumineuses en permettant la cellule de balayer avec son oeil rudimentaire une plus
grande zone de lespace qui lentoure que si elle ne tournait pas sur elle mme en
avanant. La question du mcanisme de synchronisation des flagelles a t galement
beaucoup aborde dans la littrature et ce jour lhypothse la plus plausible serait
que la synchronisation se fasse par les interactions hydrodynamiques entre les deux
flagelles battants [52]. Il a t soulev dans la littrature que ce couplage pourrait
saccompagner dun mcanisme de synchronisation dorigine bio-chimique. La ma-
nire dont les flagelles se dsynchronisent reste galement une question ouverte ce
jour. Une des pistes privilgier se trouve du ct du mcanisme de battement des
flagelles. Contrairement aux flagelles des cellules procaryotes qui sont bien connues
aujourdhui, la comprhension du fonctionnement des flagelles des cellules eucaryotes
continue de progresser. La dtermination des processus biochimiques en jeu dans la
cellule au cours dun battement devrait permettre de comprendre lorigine de la
dsynchronisation.
Dans le domaine de lhydrodynamique, la mesure du champ de vitesse instantan
gnr par un type de micro-nageur a t ralise rcemment [22]. Des modles num-
riques reproduisant ce champ de vitesse instantan pourraient permettre dtudier
plus en dtail tous les aspects de la dynamique collective que nous avons voqus
au chapitre IV. Ils pourraient notamment permettre de vrifier si la prsence de
phnomnes collectifs chez les micro-nageurs de type puller est possible dans le
cas o lon tient compte de la nature fluctuante du champ de vitesse au cours du
temps. Linfluence du champ de vitesse instantan sur les interactions entre nageurs
pourrait tre mesure exprimentalement partir de notre dispositif en utilisant une
camra rapide comme celle utilise pour ltude des zigzags, ainsi quune lampe de
forte puissance. Cette lampe serait ncessaire pour obtenir une quantit de lumire
suffisante la formation dimages en fluorescence avec un temps dacquisition de la
camra trs court. Une souche de Chlamydomonas Reinhardtii non-phototactique
serait utile dans ce cas pour supporter les conditions lumineuses imposes par le
fort clairement. Ces conditions sont ncessaires pour tudier la dynamique en mi-
lieu concentr des petites chelles de temps devant la dure dun battement de
flagelles.
Concernant la dynamique collective, la forme en hlice de la nage des micro-
algues Chlamydomonas Reinhardtii pourrait servir la synchronisation de cellules
nageant dans un mme direction, par exemple dans une situation de phototactisme
dans une suspension de fraction volumique suffisamment leve. Les flagelles des
bactries en forme de spirale se synchronisent en tournant grce linteraction hy-
drodynamique, il est possible que cette forme de synchronisation existe galement
chez les Chlamydomonas Reinhardtii.
Nous avons observ en situation de phototactisme ngatif quil semblait y avoir
des phnomnes collectifs dans une gamme de fraction volumique o les interac-
tions hydrodynamiques sont importantes dans la dynamique des micro-algues. Il
serait intressant deffectuer des tudes complmentaires pour confirmer ou infirmer
lexistence de ces phnomnes collectifs et galement de vrifier si le phototactisme
124
2. PERSPECTIVES
ngatif joue un rle dans leur fonctionnement. Une tude similaire celle que nous
avons mene au chapitre IV pourrait tre ralise avec des mutants insensibles
la lumire pour voir si les effets que nous avons mis en vidence existent dans ces
conditions. La comparaison de ces phnomnes collectifs avec ceux observs chez les
micro-nageurs de type pusher pourrait permettre davancer dans la comprhen-
sion de la diffrence entre les proprits rhologiques de leurs suspensions. Forts des
observations que nous avons ralises en absence dcoulement, il serait intressant
dtudier leffet dun cisaillement impos sur la dynamique des algues en conduisant
une tude similaire celle mene pendant cette thse.
125
126
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132

Hydrodynamique de Micro-Nageur - Garcia Michael Diffusion 2013

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THSE

Pour obtenir le grade de

DOCTEUR DE LUNIVERSIT DE GRENOBLE

Thse dirige par Philippe Peyla

prpare au sein du Laboratoire Interdisciplinaire de Physique

Thse soutenue publiquement le 9 Juillet 2013,

Grenoble, 9 Juillet 2013

Thse supervise par Philippe Peyla & Salima Rafa

C Calendrier de repiquage des cultures . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

III Dynamique de nage individuelle en suspension dilue 47

IV Effets collectifs en suspension semi-dilue 83

2.6 Gamme dtude de la fraction volumique . . . . . . . . . . . . 95

V Conclusion & perspectives 121

Ltude ralise pendant ma thse se situe dans le domaine de la mcanique des

1 Suspensions actives et micronageurs

(a) Bactrie E. (b) Trypanosome (c) Spermatozode (d) Micro-algue Chlamydomo-

Figure 1. Quelques micro-nageurs biologiques et leur stratgie de locomotion. (1a)

latex, puis en le plaant dans du proxyde dhydrogne (eau oxygne). La particule

2 Phnomnes particuliers dans ces suspensions

2.1 Brassage accru du fluide porteur par les micro-nageurs

2.2 Phnomnes collectifs : jets et tourbillons

Figure 2. Mouvements collectifs visibles dans la partie concentre dune goutte

Ces phnomnes collectifs ont galement t observs en configuration tridimension-

Figure 3. Bioconvection dans une goutte dun centimtre de diamtre de suspension

Figure 4. Illustration de leffet Boycott. La sdimentation de particules en sus-

2.4 Modification des proprits rhologiques du fluide effectif

Figure 5. Rduction de la viscosit dans une suspension de bactries Bacillus Sub-

La viscosit effective de la suspension est ef f et celle du fluide porteur est 0 . La

Figure 6. Augmentation de la viscosit effective avec la motilit des micro-algues

3 Modlisation de ces phnomnes

Plus rcemment, Sihma et Ramaswamy ont dvelopp un modle de particules

Figure 7. Modlisation de micronageurs caractristiques par des diples de force

actives de forme allonge, il reste vrifier exprimentalement quelles restent bien

Chlamydomonas Reinhardtii en utilisant des traceurs fluorescents clairsems dans

intressant de vrifier exprimentalement si ces nageurs peuvent interagir de ma-

Figure 1. Micro-algue verte Chlamydomonas Reinhardtii observe au microscope

1 Le micro-nageur Chlamydomonas Reinhardtii

1.1.1 Structure de cette micro-algue

Pour la distance moyenne parcourue sous leffet du mouvement Brownien, on peut

avec kb et T la constante de Boltzmann et la temprature. La distance lb sera donc

laide de ses deux flagelles antrieurs, Chlamydomonas Reinhardtii se dplace

1.1.3 Sensibilit des stimulus extrieurs : tactismes

Un tactisme est un dplacement orient en raction un stimulus extrieur.

1.1.4 Autres proprits

1.2 Cultures biologiques de micro-algues

1.2.1 Synchronisation des cultures de micro-algues

Figure 2. Cycle de division des Chlamydomonas Reinhardtii dans le cas dune

Figure 3. Culture des Chlamydomonas Reinhardtii. Dans la partie haute de lincu-

2 Prparation des suspensions de micro-algues pour

2.2 Mesure de la fraction volumique dune suspension de

Figure 4. Forme et dimensions des capillaires en verre borosilicate utiliss pour

est ainsi possible destimer rapidement la concentration en micro-algues dans cette

2.3 Prparation de la cellule dobservation

Une bulle dair a t laisse chaque extrmit du capillaire (capillaire rempli

3 Observation de micro-nageurs en microscopie

4 Reconstruction des trajectoires des micro-nageurs

4.1 Travail des images

4.2 Dtection des particules

Figure 5. Image brute, puis ajuste en contraste et histogrammes des niveaux de

Figure 6. Image dont on a soustrait larrire plan, puis inverse en contraste, et

(a) Image pr-traite. (b) Image filtre avec bpass.

(c) Particules dtectes dont la position est

Figure 7. Principales tapes de la dtection de particules (premire partie). (7b)