6.

IMPORTANCIA BSICA Y APLICADA DE LOS MAPAS GENETICOS

6.1. Importancia del mapa gentico
Consiste en determinar las posiciones relativas de los genes en un cromosoma y la
distancia entre ellos. Pueden ser mapas genticos o de ligamiento, los cuales
determinan una distancia estadstica entre dos genes, o pueden ser un mapa fsico, el
cual determina la distancia entre dos genes por los nucletidos o pares de bases del
ADN. Ambos son tiles y generalmente se hace primero un mapa de ligamiento y luego
un mapa fsico en el proceso de clonado posicional o el aislamiento gnico de las
enfermedades humanas hereditarias.
o Cartografa gentica:
Es una disciplina de la gentica que, mediante varias tcnicas busca asignar a los
distintos genes de un genoma su lugar fsico en aquel. Existen dos variantes
fundamentales de mapas:
- Genticos: definidos mediante unidades de frecuencia de recombinacin
- Fsicos: En los que las distancias entre loci se expresan en unidades de distancia
en nucletidos.
6.2. INTEGRACIN DE MAPAS GENTICOS Y FSICOS
El anlisis estructural del genoma puede ser explotado a diferentes niveles, desde los
mapas de ligamiento correlacionados con cromosomas, a la cartografa fsica de
secuencias genmicas (Brown 1999).
6.2.1. ASIGNACIN CROMOSMICA DE GRUPOS DE LIGAMIENTO
La correspondencia entre los grupos de ligamiento de un mapa gentico y cromosomas
especficos constituye un primer nivel de posicionamiento o mapeo fsico de genes y
marcadores. Sin embargo, la prctica totalidad de los mapas genticos en especies de
inters en acuicultura continan pendientes de asignacin fsica a cromosomas. Entre
las estrategias utilizadas para este fin se encuentran los mapas de hibridos de radiacin
(HR) y la hibridacin in situ (FISH), herramientas prometedoras para el futuro desarrollo
de mapas cromosmicos de alta resolucin en distintas especies.
La hibridacin in situ con sondas marcadas de secuencias conocidas, permite asignar
directa y rpidamente marcadores y genes a cromosomas, pero tambin establecer la
organizacin cromosmica de secuencias genmicas repetidas de inters estructural y
funcional, como ADN satlite, secuencias telomricas o familias gnicas (WANG et al.
2007; FORTES et al. 2007). La asignacin de grupos de ligamiento a cromosomas
especficos mediante FISH ha sido desarrollada en unas pocas especies de peces, con
aportaciones relevantes a los estudios de evolucin cromosmica en telsteos desde
un proto-cariotipo ancestral de vertebrados (PHILLIPS et al. 2006a, b).
La tecnologa de hbridos celulares interespecficos irradiados para la cartografa
cromosmica ha transcendido el mbito humano y de otros mamferos, comenzando a
hacerse extensiva a peces modelo como D. rerio y ms recientemente en especies de
inters en acuicultura como S. aurata (SARROPOULOU et al. 2007). La ausencia de
co-localizacin para un par de marcadores dados se toma como evidencia de posicin
de dichos marcadores en diferentes fragmentos cromosmicos. Por el contrario,
marcadores que s colocalizan en la misma lnea celular hbrida se situaran en el mismo
cromosoma. Las distancias de mapa utilizadas (cR, centirad) denotan el porcentaje de
lneas celulares en las que colocalizan pares de marcadores. Aunque pueden presentar
limitaciones de precisin respecto a los mapas clsicos de ligamiento (DANZMANN y
GHARBI 2001), los mapas HR permiten asignar grupos de ligamiento a cromosomas y
acceder fsicamente a segmentos concretos del genoma (SARROPOULOU et al. 2007).
6.2.2. CARTOGRAFA GENMICA INTEGRADA
El anlisis genmico se ha basado en avances tecnolgicos y bioinformticos
importantes que han permitido el anlisis masivo de secuencias y el almacenamiento y
manejo de ingentes cantidades de datos genmicos. La clonacin de fragmentos largos
de ADN en vectores de gran capacidad (cromosomas artificiales bacterianos o de
levadura, como BACs o YACs, respectivamente) y el ensamblaje de clones contiguos
solapados pertenecientes a secuencias nicas (contigs) han contribuido al desarrollo de
mapas fsicos cada vez ms resolutivos en un amplio rango de organismos (BROWN
1999).
El desarrollo de recursos genmicos fsicos en especies acucolas ha sido notablemente
inferior al desarrollado en agricultura y ganadera. En los ltimos aos se han iniciado
proyectos de secuenciacin masiva en diferentes especies, en paralelo al desarrollo
bioinformtico de bases de datos para su almacn y anlisis. Entre los recursos
genmicos disponibles destaca la construccin de libreras genmicas de alta capacidad
(BACs) en distintas especies de peces y moluscos, como O. mykiss, Cyprinus carpio
Oreochromis spp., Salmo salar y Cassostrea spp. (KATAGARI et al. 2001; MIYAKE y
AMEMIYA 2004; THORSEN et al. 2005; CUNNINGHAM et al. 2006).
6.3. MAPEO COMPARATIVO Y GENMICA EVOLUTIVA
Dos genes o marcadores son sintnicos si estn ligados al mismo cromosoma en dos
especies distintas. El anlisis comparado entre mapas genticos de distintos
organismos para elementos genmicos comunes permite investigar la evolucin
genmica a travs del anlisis de conservacin de la sintenia as como del orden de
ligamiento entre genes, que estar relacionado con la proximidad taxonmica entre las
especies analizadas. Desde el punto de vista aplicado, la existencia de una sintenia en
una especie con pocos recursos respecto de otra ms estudiada, permite obtener
informacin adicional de los posibles genes existentes en esa regin para la
identificacin de genes candidatos relacionados con caracteres productivos.
El importante desarrollo del anlisis genmico en especies modelo de peces, incluyendo
mapas de ligamiento y mapas fsicos encaminados a la secuenciacin completa de sus
genomas ofrece una oportunidad nica para el mapeo comparativo en este grupo de
organismos. El mapa fsico parcial del telesteo modelo Tetraodon nigroviridis ha sido
generado anclando >60% del genoma en los 21 grupos de ligamiento de la especie
(JAILLON et al. 2004). Dadas las estrechas relaciones filogenticas entre peces, los
mapas genticos de especies comerciales acoplados con las secuencias completas de
peces modelo depositadas en bases de datos pblicas proporcionarn acceso a los
genomas de literalmente miles de especies de peces (LEE et al. 2005). El mapeo
gentico comparativo ser, por tanto, de gran utilidad en estudios evolutivos en
telesteos y vertebrados. El mapeo gentico comparativo de peces modelo como O.
latypes y T. nigroviridis respecto a humanos ha ayudado a inferir el nmero y contenido
cromosmico en el ancestro comn de telesteos y mamferos (JAILLON et al. 2004;
NARUSE et al. 2004). Los datos comparativos sugieren relaciones sintnicas ms
conservadas en el linaje de telesteos que en el linaje de mamferos (KAI et al. 2005),
con repercusin importante de cara al aprovechamiento entre especies de peces de la
informacin sobre identificacin de genes de inters en mapas genticos ms
avanzados. Adems, proporciona una oportunidad nica para anclar los genomas de
peces totalmente secuenciados en los mapas genticos de especies peor
caracterizadas, siendo extremadamente til para la identificacin de loci responsables
de QTLs u otros fenotipos de inters (FRANCH et al. 2006).
Hasta el momento, el mapeo comparativo en invertebrados marinos de inters est muy
escasamente desarrollado. Entre los ejemplos recientes se encuentra el mapa gentico
basado en microsatlites en Daphnia spp. que se propone como crustceo modelo til
para el anlisis comparado entre especies de este grupo, as como respecto a otros
modelos de invertebrados (Drosophila; CRISTESCU et al. 2006).
6.4. IDENTIFICACIN DE REGIONES GNICAS DE INTERS: SELECCIN
ASISTIDA POR MARCADORES
Los mapas genticos son esenciales para diseccionar caracteres fenotpicos complejos,
permitiendo la identificacin y seguimiento de genes o regiones genmicas de inters
econmico (Quantitative Trait Loci, QTLs). Esto proporciona la base para programas
de seleccin asistida por marcadores, y en ltima instancia para la localizacin mediante
clonaje posicional de genes candidatos relacionados con la salud y el crecimiento de
animales domsticos. El desarrollo logrado en este campo en organismos de inters en
acuicultura, principalmente en peces, ha sido hasta el momento muy inferior al de otras
especies domsticas, en gran parte debido a la limitacin en el nmero necesario de
marcadores moleculares y de mapas genticos de la densidad apropiada. La
complejidad y dificultad del proceso depender del nivel de resolucin de los mapas
genticos disponibles, pero tambin de la relacin entre distancia gentica y fsica a
nivel local en los genomas de inters.
6.5. SELECCIN DE MARCADORES GENTICOS PARA EL ANLISIS
POBLACIONAL Y DE PARENTESCO
Finalmente, entre los recursos disponibles relacionados directamente con los mapas
genticos de referencia es importante resaltar las colecciones amplias de distintos tipos
de marcadores bien caracterizados en distintas especies (annimos vs. codificantes,
relaciones de dominancia, ligamiento y localizacin cromosmica, nivel de variabilidad
intra e interespecfico, modelo de mutacin). Estos catlogos constituyen herramientas
valiosas para la seleccin de marcadores atendiendo a los objetivos y necesidades del
estudio gentico o genmico propuesto en una especie dada (S. maximus; PARDO et
al. 2007). Entre ellos podemos destacar los siguientes: i) marcadores de referencia
homogneamente distribuidos para construir mapas genticos consenso integrando los
anlisis de ligamiento previos en nuevas familias segregantes (SEWELL et al. 1999;
NICHOLS et al. 2003), ii) marcadores neutros con segregacin independiente y alto
polimorfismo para realizar anlisis de estructura gentica poblacional y de parentesco
y iii) marcadores que permitan el rastreo genmico para detectar huellas de la seleccin
natural o artificial durante la domesticacin, as como la evaluacin de caracteres
adaptativos en poblaciones salvajes y cultivadas (LUIKART et al. 2003).