Investigacin y manipulacin[editar]

Red metablica del ciclo de Krebs de la planta Arabidopsis thaliana. Las enzimas y los
metabolitos se muestran en rojo y las interacciones mediante lneas.

El mtodo clsico para estudiar el metabolismo consiste en un enfoque centrado en una

ruta metablica especfica. Los diversos elementos que se utilizan en el organismo son
valiosos en todas las categoras histolgicas, de tejidos a clulas, que definen las rutas de
los precursores hacia su producto final.7 Las enzimas que catabolizan esas reacciones
qumicas pueden ser purificadas para estudiar su cintica enzimtica y las respuestas que
presentan frente a diversos inhibidores. Otro tipo de estudio que se puede llevar a cabo
en paralelo es la identificacin de los metabolitos presentes en una clula o tejido (el
estudio del conjunto de esas molculas se denomina metabolmica). Los estudios de ese
tipo ofrecen una visin de las estructuras y funciones de rutas metablicas simples pero
son inadecuados cuando se quieren aplicar a sistemas ms complejos como el
metabolismo global de la clula.8

En la imagen de la derecha se puede apreciar la complejidad de una red metablica

celular que muestra interacciones entre tan solo cuarenta y tres protenas y cuarenta
metabolitos, secuencia de genomas que provee listas que contienen hasta 45. 000
genes.9 Sin embargo, es posible usar esta informacin para reconstruir redes completas
de comportamientos bioqumicos y producir ms modelos matemticos holsticos que
puedan explicar y predecir su comportamiento.10 Estos modelos son mucho ms efectivos
cuando se usan para integrar la informacin de las rutas y de los metabolitos obtenida por
mtodos clsicos con los datos de expresin gnica logrados mediante estudios de
protemica y de chips de ADN.11

Una de las aplicaciones tecnolgicas de esta informacin es la ingeniera metablica. Con

esta tecnologa, organismos como las levaduras, las plantas o las bacterias son
modificados genticamente para tornarlos ms tiles en algn campo de la biotecnologa,
como puede ser la produccin de drogas, antibiticos o qumicos industriales.12 13 14 Estas
modificaciones genticas tienen como objetivo reducir la cantidad de energa usada para
generar el producto, incrementar los beneficios y reducir la produccin de desechos.15

Vase tambin: Cintica enzimtica

Biomolculas principales[editar]

La mayor parte de las estructuras constitutivas de los animales, las plantas y los microbios
pertenecen a alguno de los siguientes tres tipos de molculas bsicas: aminocidos,
glcidos o lpidos (tambin denominados grasas). Como esas molculas son esenciales
para la vida, el metabolismo se centra en sintetizarlas, en la construccin de clulas y
tejidos o en degradarlas y utilizarlas como recurso energtico en la digestin. Muchas
biomolculas pueden interaccionar para crear polmeros como el cido
desoxirribonucleico (ADN) y las protenas. Esas macromolculas son esenciales en los
organismos vivos. En la siguiente tabla se muestran los biopolmeros ms comunes:

Tipo de molcula Nombre de formas de monmero Nombre de formas de polmero

Protenas Aminocidos Polipptidos
 Carbohidratos Monosacridos Polisacridos
cidos nucleicos Nucletidos Polinucletidos

La cintica enzimtica estudia la velocidad de las reacciones qumicas que son catalizadas
por las enzimas. El estudio de la cintica y de la dinmica qumica de una enzima permite
explicar los detalles de su mecanismo cataltico, su papel en el metabolismo, cmo es
controlada su actividad en la clula y cmo puede ser inhibida su actividad por frmacos o
venenos o potenciada por otro tipo de molculas.

Las enzimas, en su mayora, son protenas con la capacidad de manipular otras molculas
sin ser alterados por la reaccin,1 esas molculas son denominadas sustratos. Un sustrato es
capaz de unirse al sitio activo de la enzima que lo reconozca y transformarse en un
producto a lo largo de una serie de pasos denominados mecanismo enzimtico. Algunas
enzimas pueden unir varios sustratos diferentes y/o liberar diversos productos, como es el
caso de las proteasas al romper una protena en dos polipptidos. En otros casos, se produce
la unin simultnea de dos sustratos, como en el caso de la ADN polimerasa, que es capaz
de incorporar un nucletido (sustrato 1) a una hebra de ADN (sustrato 2). Aunque todos
estos mecanismos suelen seguir una compleja serie de pasos, tambin suelen presentar una
etapa limitante que determina la velocidad final de toda la reaccin. Esta etapa limitante
puede consistir en una reaccin qumica o en un cambio conformacional de la enzima o del
sustrato.

El conocimiento adquirido acerca de la estructura de las enzimas ha sido de gran ayuda en

la visualizacin e interpretacin de los datos cinticos. Por ejemplo, la estructura puede
sugerir cmo permanecen unidos sustrato y producto durante la catlisis, qu cambios
conformacionales ocurren durante la reaccin, o incluso el papel en particular de
determinados residuos aminocidos en el mecanismo cataltico. Algunas enzimas modifican
su conformacin significativamente durante la reaccin, en cuyo caso, puede ser crucial
saber la estructura molecular de la enzima con y sin sustrato unido (se suelen usar anlogos
que se unen pero no permiten llevar a cabo la reaccin y mantienen a la enzima
permanentemente en la conformacin de sustrato unido).

Los mecanismos enzimticos pueden ser divididos en mecanismo de nico sustrato o

mecanismo de mltiples sustratos. Los estudios cinticos llevados a cabo en enzimas que
solo unen un sustrato, como la triosafosfato isomerasa, pretenden medir la afinidad con la
que se une el sustrato y la velocidad con la que lo transforma en producto. Por otro lado, al
estudiar una enzima que une varios sustratos, como la dihidrofolato reductasa, la cintica
enzimtica puede mostrar tambin el orden en el que se unen los sustratos y el orden en el
que los productos son liberados.

Sin embargo, no todas las catlisis biolgicas son llevadas a cabo por enzimas proteicas.
Existen molculas catalticas basadas en el ARN, como las ribozimas y los ribosomas,
esenciales para el splicing alternativo y la traduccin del ARNm, respectivamente. La
principal diferencia entre las ribozimas y las enzimas radica en el limitado nmero de
reacciones que pueden llevar a cabo las primeras, aunque sus mecanismos de reaccin y sus
cinticas pueden ser estudiadas y clasificadas por los mismos mtodos.

Principios generales

La velocidad de la reaccin va aumentando a medida que aumenta la concentracin de

sustrato hasta que la enzima se satura.

La reaccin qumica catalizada por una enzima utiliza la misma cantidad de sustrato y
genera la misma cantidad de producto que una reaccin no catalizada. Al igual que ocurre
en otros tipos de catlisis, las enzimas no alteran en absoluto el equilibrio de la reaccin
entre sustrato y producto.2 La eficiencia de la reaccin, hasta el momento en que todos los
sitios posibles estn ocupados. En ese momento se habr alcanzado el punto de saturacin
de la enzima y, aunque se aada ms sustrato, no aumentar ms la eficiencia.

Ciclo de Krebs
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Esquema didctico del ciclo del cido ctrico.

El ciclo de Krebs (ciclo del cido ctrico o ciclo de los cidos tricarboxlicos)1 2 es una
ruta metablica, es decir, una sucesin de reacciones qumicas, que forma parte de la
respiracin celular en todas las clulas aerbicas, donde es liberada energa almacenada a
travs de la oxidacin del acetil-CoA derivado de carbohidratos, grasas y protenas en
dixido de carbono y energa qumica en forma de trifosfato de adenosina (ATP). En
clulas eucariotas se realiza en la matriz mitocondrial. En las procariotas, el ciclo de Krebs
se realiza en el citoplasma.

Adems, el ciclo proporciona precursores de ciertos aminocidos, as como el agente

reductor NADH que se utiliza en numerosas reacciones bioqumicas. Su importancia
central para muchas vas bioqumicas sugiere que fue uno de los primeros componentes
establecidos del metabolismo celular y seala un origen abiognico.3 4

En organismos aerbicos, el ciclo de Krebs es parte de la va catablica que realiza la

oxidacin de glcidos, cidos grasos y aminocidos hasta producir CO2, liberando energa
en forma utilizable: poder reductor y GTP (en algunos microorganismos se producen ATP).

El metabolismo oxidativo de glcidos, lpidos y protenas frecuentemente se divide en tres

etapas, de las cuales el ciclo de Krebs supone la segunda. En la primera etapa, los carbonos
de estas macromolculas dan lugar a acetil-CoA, e incluye las vas catablicas de
aminocidos (p. ej. desaminacin oxidativa), la beta oxidacin de cidos grasos y la
gluclisis. La tercera etapa es la fosforilacin oxidativa, en la cual el poder reductor
(NADH y FADH2) generado se emplea para la sntesis de ATP segn la teora del
acomplamiento quimiosmtico.

El ciclo de Krebs tambin proporciona precursores para muchas biomolculas, como ciertos
aminocidos. Por ello se considera una va anfiblica, es decir, catablica y anablica al
mismo tiempo.

El nombre de esta va metablica se deriva del cido ctrico (un tipo de cido tricarboxlico)
que se consume y luego se regenera por esta secuencia de reacciones para completar el
ciclo, o tambin conocido como ciclo de Krebs ya que fue descubierto por el alemn Hans
Adolf Krebs, quien obtuvo el Premio Nobel de Fisiologa o Medicina en 1953, junto con
Fritz Lipmann.

Visin general[editar]
El ciclo del cido ctrico es una va metablica clave que unifica el metabolismo de los
carbohidratos, las grasas y las protenas. Las reacciones del ciclo son llevadas a cabo por 8
enzimas que oxidan completamente el acetato, en forma de acetil-CoA, y se liberan dos
molculas por cada una, de dixido de carbono y agua. A travs del catabolismo de
azcares, grasas y protenas, se produce un acetato de producto orgnico de dos carbonos
en forma de acetil-CoA que entra en el ciclo de cido ctrico. Las reacciones del ciclo
tambin convierten tres equivalentes de nicotinamida adenina dinucletido (NAD +) en tres
de NAD + reducido (NADH), un equivalente de flavina adenina dinucletido (FAD) en una
de FADH2 y un equivalente de guanosina difosfato ) Y fosfato inorgnico (Pi) en una de
trifosfato de guanosina (GTP). El NADH y el FADH2 generados por el ciclo del cido
ctrico son a su vez utilizados por la va de la fosforilacin oxidativa para generar trifosfato
de adenosina rico en energa (ATP).
Una de las fuentes primarias de acetil-CoA es la descomposicin de azcares por glucolisis
que producen piruvato que a su vez es descarboxilado por la enzima piruvato
deshidrogenasa que genera acetil-CoA.

Acetil CoA

El producto de esta reaccin, acetil-CoA, es el punto de partida para el ciclo del cido
ctrico.

El ciclo del cido ctrico comienza con la transferencia de un grupo acetilo de dos carbonos
de acetil-CoA al compuesto aceptor de cuatro carbonos (oxaloacetato) para formar un
compuesto de seis carbonos (citrato).

El citrato pasa entonces por una serie de transformaciones qumicas, perdiendo dos grupos
carboxilo como CO2. Los carbonos perdidos como CO2 se originan de lo que fue
oxaloacetato, no directamente de acetil-CoA. Los carbones donados por acetil-CoA se
convierten en parte de la columna vertebral de oxaloacetato de carbono despus de la
primera vuelta del ciclo de cido ctrico. La prdida de los carbonos donados con acetil-
CoA como CO2 requiere varias vueltas del ciclo del cido ctrico. Sin embargo, debido al
papel del ciclo del cido ctrico en el anabolismo, pueden no perderse, ya que muchos
intermedios del ciclo TCA tambin se utilizan como precursores de la biosntesis de otras
molculas. 8

La mayor parte de la energa disponible por los pasos oxidativos del ciclo se transfiere
como electrones ricos en energa a NAD +, formando NADH. Para cada grupo acetilo que
entra en el ciclo del cido ctrico, se producen tres molculas de NADH.

Los electrones tambin son transferidos al aceptor de electrones Q, formando QH2.

Al final de cada ciclo, el oxaloacetato de cuatro carbonos ha sido regenerado, y el ciclo

contina.

Reacciones del ciclo de Krebs[editar]

El ciclo de Krebs tiene lugar en la membrana mitocondrial en la clula eucariota.
Ciclo de Krebs en la matriz mitocondrial.

El acetil-CoA (Acetil Coenzima A) es el principal precursor del ciclo. El cido ctrico (6

carbonos) o citrato se obtiene en cada ciclo por condensacin de un acetil-CoA (2
carbonos) con una molcula de oxaloacetato (4 carbonos). El citrato produce en cada ciclo
una molcula de oxaloacetato y dos CO2, por lo que el balance neto del ciclo es:

Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi + 2 H2O CoA-SH + 3 (NADH + H+) + FADH2 + GTP + 2 CO2

Los dos carbonos del acetil-CoA son oxidados a CO2, y la energa que tena acumulada es
liberada en forma de energa qumica: GTP y poder reductor (electrones de alto potencial):
NADH y FADH2. NADH y FADH2 son coenzimas (molculas que se unen a enzimas)
capaces de acumular la energa en forma de poder reductor para su conversin en energa
qumica en la fosforilacin oxidativa.

El FADH2 de la succinato deshidrogenasa (complejo II de la cadena transportadora de

electrones), al no poder desprenderse de la enzima, debe oxidarse nuevamente in situ. El
FADH2 cede sus dos hidrgenos a la ubiquinona (coenzima Q), que se reduce a ubiquinol
(QH2) y abandona la enzima.

Las reacciones son:

 Molcula Enzima Tipo de reaccin Productos Comentarios

cis-Aconitato+ Reaccin reversible

I. Citrato 1. Aconitasa Deshidratacin
isomerizacin
H2O
II. cis- Reaccin reversible
2. Aconitasa Hidratacin Isocitrato
AconitatoNota 1 isomerizacin

NADH +
3. Isocitrato
III. Isocitrato Oxidacin Oxalosuccinato Sntesis de NADH
deshidrogenasa
+H+

- Reaccin irreversible, es
IV. 4. Isocitrato dependiente de la
Descarboxilacin cetoglutarato+
Oxalosuccinato deshidrogenasa velocidad, sintetiza
CO2 molculas de 5 carbonos

5. - Reaccin irreversible,
V. - Descarboxilacin NADH + H+
cetoglutarato sintetiza NADH y
cetoglutarato oxidativa + CO2
deshidrogenasa molculas de 4 carbonos

La reaccin de
condensacin del GDP + Pi
6. Succinil CoA GTP + y la hidrlisis de Succinyl-
VI. Succinil-CoA Hidrlisis
sintetasa CoA-SH CoA implican el H2O
necesario para equilibrar la
ecuacin.

Utiliza FAD como un grupo

7. Succinato
VII. Succinato Oxidacin FADH2 prosttico en la enzima y
deshidrogenasa
sintetiza ATP.

8. Fumarato
VIII. Fumarato Adicin (H2O) L-Malato
Hidratasa

9. Malato
IX. L-Malato Oxidacin NADH + H+ Reaccin reversible
deshidrogenasa

10. Citrato
X. Oxalacetato Condensacin Citrato + Co-A Reaccin irreversible
sintasa

Visin simplificada y rendimiento del proceso[editar]

El paso final es la oxidacin del ciclo de Krebs, produciendo un oxaloacetato y dos CO2.
El acetil-CoA reacciona con una molcula de oxaloacetato (4 carbonos) para formar citrato
(6 carbonos), mediante una reaccin de condensacin.
 A travs de una serie de reacciones, el citrato se convierte de nuevo en oxaloacetato.
Durante estas reacciones, se substraen 2 tomos de carbono del citrato (6C) para dar
oxalacetato (4C); dichos tomos de carbono se liberan en forma de CO 2
El ciclo consume netamente 1 acetil-CoA y produce 2 CO 2. Tambin consume 3 NAD+ y 1
FAD, produciendo 3 NADH + 3 H+ y 1 FADH2.
El rendimiento de un ciclo es (por cada molcula de piruvato): 1 GTP, 3 NADH +3H +, 1
FADH2, 2CO2.
Cada NADH, cuando se oxide en la cadena respiratoria, originar 2,5 molculas de ATP (3 x
2,5 = 7,5), mientras que el FADH2 dar lugar a 1,5 ATP. Por tanto, 7,5 + 1,5 + 1 GTP = 10 ATP
por cada acetil-CoA que ingresa en el ciclo de Krebs.
Cada molcula de glucosa produce (va gluclisis) dos molculas de piruvato, que a su vez
producen dos acetil-COA, por lo que por cada molcula de glucosa en el ciclo de Krebs se
produce: 4CO2, 2 GTP, 6 NADH + 6H +, 2 FADH2; total 36 ATP.