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De um modo geral, enzimas são definidas como sendo estruturas protéicas, formadas
por seqüências de aminoácidos e que têm a função de catalisar reações bioquímicas.
O número de enzimas conhecidas tem aumentado rapidamente nos últimos 100 anos
e, atualmente, o total excede 2.000. Muitas enzimas novas ainda serão identificadas e
caracterizadas no futuro. Na maioria dos casos, a nomenclatura enzimática é feita
adicionando-se o sufixo -ase ao nome do substrato, por exemplo, urease é a enzima
que catalisa a decomposição da uréia. No entanto, existem exceções a esta
nomenclatura, como as enzimas pepsina e tripsina presentes no trato digestivo
humano.
A nomenclatura das enzimas foi definida por uma comissão especializada, a Comissão
de Enzima (Enzyme Commission - EC), que pertence à União Internacional de
Bioquímica e Biologia Molecular (IUBMB). Cada enzima recebe então um nome
baseado numa nomenclatura no formato EC X.Y.W.Z. A Comissão de Nomenclatura
(NC) da IUBMB é responsável actualmente pela nomenclatura de moléculas e
processos relacionados à Bioquímica (e à Biologia Molecular).
TABELA 3.1: Sistema de classificação de enzimas segundo a Comissão de Enzima
(EC).
Desidrogenases e Oxidases)
1.1.atuando em CH-OH
1.2.atuando em C=O
1.3.atuando em C=O-
1.4.atuando em CH-NH2
1.5.atuando em CH-NH-
2.3.grupos acil
2.4.grupos glicosil
2.7.grupos fosfatos
3.1.ésteres
3.2.ligações glicosídicas
3.4.ligações peptídicas
3.6.anidridos ácidos
4.2. =C=O
4.3. =C=N-
5.1.racemases
6.1. C-O
6.2. C-S
6.3. C-N
6.4. C-C
cofatores.
____________________________________________
dP dS
v t 0 Velocidade inicial de reação (2)
dt t 0 dt t 0
Onde E = Eo , S = So , P = 0
vmax S
v onde vmax = .Eo (3)
Km S
k1 [ S ][ E ]
Km Constante de dissociação (4)
k1 [ ES ]
onde S, E, ES são as concentrações de substrato, enzima e complexo
respectivamente.
v = dP/dt = k2 ES (5)
E - enzima livre
ES - enzima complexada
ES(0) = 0
Estas equações não podem ser resolvidas analiticamente, mas sim por um
computador para achar as concentrações de S, E, ES e P como funções do
tempo.
FIGURA 3.3: Dados cinéticos para reações catalisadas por enzimas. (a) A
concentração de enzima é tomada como constante quando se estuda a
dependência da concentração de substrato. (b) A conversão é mantida
constante para investigação na influência da concentração de enzima.
Pelo gráfico, vemos que d(ES)/dt = 0. Isto é válido para os casos de reações
catalisadas por enzimas em sistemas fechados que Eo/So é muito pequeno.
dS k2 E0 S
v (8)
dt
k 1 k 2 / k1 S
Consequentemente, o resultado da forma de Michaelis-Menten é:
dS v S
max com S(0) = So (10)
dt Km S
1 1 K 1
m (12)
v vmax vmax S
S K 1 1
m (13)
v vmax vmax S
v
v vmax K m (14)
S
FIGURA 3.8: (a) Ativação pelo substrato. (b) Inibição pelo substrato.
Reações no equilíbrio:
(c)
k1
E+S ES K1
k-1
ES + S ES2 K2
(d)
k E0
v (15)
K S
1 1
S K2
Smáx K 1 K 2 (16)
Os inibidores podem ser classificados por sua influência nos parâmetros vmáx e
Km da equação de Michaelis-Menten:
Deste fato tem sido concluído que efetivadores trabalham por ligação a
sítios regulatórios específicos distintos dos sítios que catalisam reações no
substrato. Uma enzima possuidora de sítios que modulam tão bem quanto
catalisam é chamada, conseqüentemente, de enzima alostérica. Como mostra
a Figura 3.11 o controle alostérico pode também inibir ou ativar a habilidade
catalítica da enzima.
(f)
E + S ES KS
E + I EI Ki
(g)
Etapa lenta: ES E +P k
(h)
k E0 S
v (18)
S K s 1 I Ki
I
K mapp K s 1
Ki
(19)
EI + S EIS Ks
(i)
ES + I EIS Ki
(j)
Nesta situação, inibidor e substrato podem simultaneamente ligar-se à enzima
formando um complexo ternário designado EIS. Assumimos que a ligação do
inibidor ou do substrato não influencia a afinidade de quaisquer espécies para
complexar com a enzima.
S k E0 1 I Ki
v inibição não competitiva
S Ks
(20)
k E
app
vmax (21)
1 I Ki
Em estado de equilíbrio:
(k)
EI + S EIS K is
ES + I EIS K si
(l)
EIS EI + P ki (n)
1. pH;
2. Temperatura;
3. Forças no fluido (forças hidrodinâmicas, pressão hidrostática e tensão
superficial);
4. Agentes químicos (tais como álcool, uréia e peróxido de hidrogênio);
5. Irradiação (luz, som e radiação ionizante).
3.6.1 O efeito do pH
Por essas razões, as enzimas são ativas somente dentro de uma certa faixa de
pH. O pH do meio pode afetar a velocidade máxima da reação, K m, e a
estabilidade da enzima. Em alguns casos, o substrato pode conter grupos
iônicos, e o pH do meio influi na afinidade do substrato com a enzima.
(o)
K2 = [E-].[H+] / [EH]
[E0] = [E-] + [EH] + [EH2+] + [EHS]
v = k2.[EHS]
vm .[ S ]
v (23)
K 2 [H ]
Km'.1 [S ]
[H ] K1
ou
vm .[ S ]
v (24)
Km'app [ S ]
K 2 [H ]
Onde Km' app
1
[H ] K1
A velocidade das reações catalisadas por enzimas cresce até um certo limite.
Acima de uma determinada temperatura, a atividade da enzima diminui devido à
sua desnaturação. A Figura 3.15 mostra a variação da atividade de uma enzima
com a temperatura, mostrando um ponto ótimo de operação. A parte
ascendente da curva é conhecida como ativação pela temperatura, ou ativação
térmica. Nesta região, a velocidade da reação varia de acordo com a equação
de Arrhenius:
v = k2 . [E] (25 a)
k2 = A . e-Ea/RT (25 b)
Onde Ea é a energia de ativação (kcal/mol), A é o fator de freqüência e R é a
cte. dos gases. Um gráfico de ln v em função de 1/T resulta numa reta de
inclinação –Ea/R.
d[ E]
kd .[ E ] (26 a)
dt
ou
[ E ] [ E 0]. e kd . t (26 b)
kd = Ad . e-Ed/RT (27)
Consequentemente:
Além de tentar identificar enzimas que são mais estáveis, há muitos métodos
disponíveis para o melhoramento da estabilidade da enzima:
3.8.2 Adsorção
http://www.biology.arizona.edu/