Departamento de Biotecnologa

Escuela de Industria Alimentaria y Biotecnologa

Modelacin por homologa de la

estructura de una -globina de
Pseudaphritis urvillii
Construccin y validacin de la estructura tridimensional
Alexis Torres Miranda

Fecha: 13 de Julio de 2017

RESUMEN

El modelamiento por homologa de protenas puede ser utilizado para proveer una
estructura tridimensional aproximada de una protena objetivo al tomar prestada la
estructura de una protena previamente estudiada experimentalmente. En este informe se
construy una estructura tridimensional para la alfa-globina de la especie Pseudaphritis
urvillii mediante un modelamiento por homologa, utilizando herramientas bioinformticas.
Para luego validar su estructura como til o intil. Donde se concluy que el modelo es
aceptable, por lo tanto, es til pero solo para trabajos no supervisados ya que no presenta
una alta calidad segn el patrn estadstico QMEAN.

Introduccin

La determinacin de la estructura tridimensional de una protena (a partir de su secuencia) es

importante para entender su mecanismo de funcionamiento, su funcin biolgica y tambin
permite el desarrollo de diseos racionales de frmacos que se unan a aquella protena. Sin
embargo, esta determinacin de la estructura 3D es muy difcil de ejecutar
experimentalmente debido a las dificultades de obtener cantidades suficientes de una protena
purificada y a esto hay que sumarle los problemas tcnicos presentes en un proceso de
cristalizacin (Branden & Tooze, 1991).
El anlisis mediante rayos X y la espectrofotometra de RMN permiten obtener
experimentalmente las coordenadas de los tomos que dan forma a una estructura de protena.
Gracias a los grandes avances en las tcnicas experimentales de cristalizacin de
macromolculas y complejos de inters biolgico, de resolucin de estructuras a partir
difraccin de rayos X y de estudios de macromolculas en disolucin mediante resonancia
magntica nuclear (RMN) se han podido aumentar notoriamente el estudio de protenas y
adems los resultados presentes en estos estudios sirven como punto de referencia para los
mtodos de modelado por homologa de protenas (Reyes, Ahumedo & Cabezas, 2010).
Modelar una protena significa hacer una prediccin de cmo se disponen los tomos de una
protena de secuencia conocida. El modelamiento por homologa de protenas puede ser
utilizado para proveer una estructura tridimensional aproximada de una protena objetivo al
tomar prestada la estructura de una protena previamente estudiada experimentalmente
(templado), adems ambas protenas deben estar emparentadas El templado debe presentar un
grado de similitud superior a 60%. Este modelamiento se basa en que si existe alta similitud
entre las secuencias de dos protenas es muy probable que compartan una estructura
semejante.

Bioinformtica 1|P a g e
La hemoglobina es una protena globular presente en los hemates en altas concentraciones,
se encuentra en los eritrocitos de la sangre y puede transportar oxgeno (oxihemoglobina),
dixido de carbono (carbohemoglobina), y monxido de carbono (carboxihemoglobina).
Presenta una estructura cuaternaria, teniendo cuatro subunidades y presentando un peso
molecular de 64 kDa. La hemoglobina ms comn es la hemoglobina A1 (HbA1) formada
por dos dimeros alfa-beta, por lo tanto, formada por dos subunidades alfa y dos subunidades
beta. Cada subunidad o cadena polipeptdica est unida a un grupo prosttico hemo, formado
por un tomo de hierro en el centro del anillo tetrapirrociclico, el cual puede unir
reversiblemente una molcula de oxgeno, de dixido de carbono o de monxido de carbono.
La hemoglobina en 1849 se convirti en la primera protena en ser cristalizada y asociada con
una funcin fisiolgica especfica. La diferencia morfolgica entre los cristales de
hemoglobina de diferentes organismos proporcion por primera vez evidencia contundente
acerca de la especificidad en la expresin proteica entre las especies. Adems, se encuentra
entre las primeras protenas cuyo peso molecular fue determinado correctamente. En 1958 se
convirti en la primera protena eucariota en ser sintetizada in vitro, trabajo que permiti
comprobar que el mecanismo de sntesis proteica en eucariotas es similar al de Escherichia
coli. Su estructura se estableci en 1960 (Perutz, 1976). El ARN mensajero de la globina fue
el primer mensajero eucariota en ser aislado (Marbaix & Burny, 1964) y en tener una
secuencia nucletida determinada (Proudfoot & Brownlee, 1976).
El objetivo principal de este informe fue realizar un modelamiento por homologa a la
subunidad alfa de la hemoglobina de la especie Pseudaphritis urvillii, para posteriormente
verificar si el modelo obtenido es til o intil mediante validaciones con herramientas
bioinformticas.

Mtodos
1. Obtencin de la secuencia de aminocidos de la protena objetivo
Se utiliz el sitio web: http://www.uniprot.org para descargar, en formato FASTA, la
secuencia de aminocidos de la protena: subunidad alfa de la hemoglobina de la especie
Pseudaphritis urvillii.
2. Bsqueda de la estructura templado, de una protena homologa a la protena
objetivo, para construir el modelo tridimensional
Utilizando el bloc de notas se copi la secuencia de aminocidos de la protena objetivo y se
introdujo como input en el sitio web: https://swissmodel.expasy.org/. Obteniendo como mejor
resultado un templado de cadena alfa de hemoglobina, de nombre 4esa.1.A con 82.39% de
identidad, resuelto mediante rayos X a 1.4, en estado hetero-oligmero, con una cobertura
del 100% de la secuencia original. Se seleccion este templado para construir el modelo
tridimensional y se descarg en formato PDB.

3. Verificacin de la validez del modelo tridimensional obtenido

El sitio web: https://swissmodel.expasy.org/ otorga un valor de Q-MEAN, til para validar un
modelo. Tambin se ingres el archivo en formato PDB como input en el sitio web:
https://prosa.services.came.sbg.ac.at/prosa.php, esta pgina otorga un valor de Z-score que
tambin ayuda a validar un modelo. Finalmente, se utiliz el sitio web:
http://mordred.bioc.cam.ac.uk/~rapper/rampage.php donde se ingres el archivo en formato
PDB (modelo tridimensional) para generar un grfico de Ramachandran.

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Resultados y discusin
El modelamiento por homologa requiri de la secuencia de aminocidos de la protena
objetivo: subunidad alfa de la hemoglobina de la especie Pseudaphritis urvillii. La cual fue
encontrada en la base de datos del sitio web Uniprot (fig.1)

Fig.1. Secuencia de aminocidos de la alfa globina de Pseudaphritis urvillii (FASTA).

El modelo tridimensional obtenido por homologa (fig.2) se presenta con colores que
representan la calidad del modelo Q-MEAN, de forma tal que permita la visualizacin
instantnea de regiones que estn bien o mal modeladas. La coloracin azul representa
regiones de alta estabilidad energtico y las regiones rojas o anaranjadas representan regiones
con baja estabilidad energtica.

Fig.2. Modelo tridimensional de la alfa globina de Pseudaphritis urvillii.

QMEAN es una funcin de puntuacin compuesta basada en diferentes propiedades

geomtricas y proporciona estimaciones absolutas globales (es decir para toda la estructura) y
locales (es decir, por residuo) sobre la base de un modelo nico.

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 Fig.3. Calidad global del modelo presentando el valor de QMEAN, C, All Atom, Solvation y
Torsion.

Los valores registrados por el sitio web: https://swissmodel.expasy.org/ (fig.3) representaron

una estimacin de calidad relativamente aceptable, en promedio. Con un resultado principal
de QMEAN de -0.97, lo cual representa una estimacin relativamente aceptable en cuanto a
validez del modelo en toda su estructura, pero no representa un modelo de alta calidad.

La grafica Calidad Local (fig.4) muestra, para cada residuo del modela (eje X), la similitud
esperada con la estructura nativa (eje Y). Tpicamente, se espera que los residuos que
muestren una puntuacin por debajo de 0.6 sean de baja calidad.

Fig.4. Grafica calidad Local del modelo tridimensional de la alfa globina obtenido.

En el grfico de la fig.4 se observa una baja cantidad de residuos por debajo del 0.6, por lo
tanto, se puede considerar que los modelamientos por residuo de aminocido son de calidad
aceptable, en general.

En el grfico de Comparacin (fig.5), las puntuaciones de calidad de los modelos

individuales se expresan como Z-scores en comparacin con las puntuaciones obtenidas

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para estructuras de cristal de alta resolucin. El QMEAN Z-score proporciona una estimacin
del grado de natividad de las caractersticas estructurales observadas en el modelo e indica
si el modelo es de calidad comparable a las estructuras experimentales. Las puntuaciones ms
altas de QMEAN Z indican un mejor acuerdo entre la estructura del modelo y las estructuras
experimentales de tamao similar.

Fig.5. Grfico comparacin del modelo tridimensional de la alfa globina obtenido.

Se observa que el modelo, representado con una estrella roja (fig.5), se encuentra dentro del
rango de valores obtenidos en modelos obtenidos experimentalmente para protenas nativas
de tamaos similares. Esto es bueno si se quiere validar el modelo como til.

El Z-score o puntuacin Z indica la calidad general de un modelo. Su valor se muestra en un

grfico que contiene los Z-score de todas las cadenas de protenas determinadas
experimentalmente en formato PDB actualmente. En estos grficos, grupos de estructuras de
diferentes fuentes (rayos X, RMN) se distinguen por colores diferentes: azul oscuro para
protenas resueltas por RMN y azul claro para protenas resueltas con rayos X. Este grafico
puede utilizarse para comprobar si el Z-score de la estructura de entrada est dentro del rango
de puntuaciones tpicamente encontradas para protenas nativas de tamao similar.

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 Fig.6. Grfico de validacin del modelo obtenido mediante Z-score.

El Z-score obtenido fue de -6.57. Se observa en el grfico de la fig.6 que el modelo

tridimensional obtenido se encuentra dentro del rango de todas las protenas nativas resueltas
experimentalmente, y especficamente se encuentra en el rango de las resueltas por RMN.

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 Fig.7. Grfico de validacin del modelo obtenido mediante Z-score.

El grafico de la fig.7 muestra la calidad del modelo representando las energas en funcin de
las energas presentes en la secuencia de aminocidos. En general, los valores positivos
corresponden a partes problemticas o errneas de la estructura que se est analizando. El
grafico con ventanas de 10 residuos (color verde claro) contiene grandes fluctuaciones y es de
valor limitado para evaluar el modelo. Por lo tanto, el grafico es suavizado calculando la
energa media sobre fragmentos de 40 residuos de aminocidos (color verde oscuro).
Se observan (fig.7) muy pocos residuos de aminocidos problemticos o errneos en el
modelo tridimensional obtenido, ya que los valores fluctan bajo el cero. Por lo tanto, se
vuelven a validar como estables los residuos de aminocidos del modelo.

Fig.8. Grfico de Ramachandran del modelo obtenido, para verificar su calidad.

El grafico de la fig.8 permite, entre otras cosas, la validez de un modelo mediante la

comprobacin de que los residuos de aminocidos se encuentren en regiones favorecidas,

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permitidas y no permitidas segn las reglas de Ramachandran, que los ngulos psi y phi del
enlace peptdico estn correctos y no se formen ngulos prohibidos.
Como resultados del grfico de Ramachandran se obtuvo lo siguiente:

Fig.8. Resultado cuantificado obtenido por el modelo tridimensional construido bajo las
reglas de Ramachandran.

Por lo tanto, 138 residuos de aminocidos del modelo tridimensional obtenido se encuentran
en la regin favorable, 2 aminocidos se encuentran en la zona permitida y no se encuentran
aminocidos en la zona no permitida. De esta forma el modelo tridimensional obtenido
cumple con las reglas de Ramachandran, lo cual es bueno para validar el modelo como til.

Conclusin
El modelo tridimensional construido por homologa de protenas, de la alfa globina de
Pseudaphritis urvillii, cumple con las reglas de Ramachandran, genera un Z-score y QMEAN
aceptables, sus residuos de aminocidos fueron considerados aceptables ya que muy pocos
fueron considerados problemticos o errneos. Por lo tanto, se concluye que el modelo
tridimensional construido es aceptable y til para trabajos no supervisados. Esto porque los
valores de QMEAN no fueron considerados de alta calidad.
Se obtuvo un modelo tridimensional aceptable ya que se utiliz un templado con cobertura de
100% del total de la secuencia y adems con un 82.39% de identidad con la estructura
primaria de la protena en estudio.

Referencias
Branden, C.; Tooze, J. (1991). Introduction to Protein Structure. Garland Publishig, New York, pp 302.

Reyes, R., Ahumedo, M., Cabezas, J. (2010). Modelamiento por homologa de la estructura tridimensional de la
fosfolipasa a2 citoslica pancretica dependiente de calcio presente en Rattus norvegicus. Revista Colombiana
de Qumica, volumen 39 (2), 181-197, pp 183.

Perutz, M. (1976). Structure and mechanism of haemoglobin. Br Med Bull. 32, 195-208.

Marbaix, G., Burny, A. (1964). Separation of the messenger RNA of reticulocyte polyribosomes. Biochem
Biophys Res Commun. 16, 522-527.

Proudfoot N., Brownlee, G. (1976). Nucleotide sequences of globin messenger RNA. Br Med Bull. 32, 251-256.

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