En el 2009 es transferido al Independiente Santa Fe donde se convierte en el mejor refuerzo de la

ltima dcada del club. En l logra ser campen de la Copa Colombia 2009 y devolver a la gloria al
equipo cardenal.

En el 2011 se vio afectado por un hecho muy triste. El da que se iba a disputar el partido contra
Vlez Sarsfield por la Copa Sudamericana 2011, un rbol cay sobre la furgoneta donde viajaba su
familia, y le caus la muerte a su abuelo. A pesar de todo, mar decidi jugar contra Vlez, marc
un gol, y se lo dedic a su abuelo, emocionndose hasta las lgrimas. Su gol impuso
temporalmente el 2-2, que hubiese dejado a Santa Fe en las semifinales de la Copa Sudamericana
por primera vez en su historia, pero en el ltimo minuto Juan Manuel Martnez marc de penal y
elimin al equipo colombiano.

A principios de 2012 Omar Prez contina jugando con Santa Fe. Al comienzo del torneo Santa Fe
afronta la liga con poco favoritismo y realizando en trminos generales una campaa irregular en la
que empata casi todos los partidos, sin embargo con el transcurrir de las fechas, luego de ganar el
clsico capitalino por 4 a 3, el equipo empieza a ganar, mar Sebastin, el 10 argentino, es pieza
fundamental, logrando con ello destacadas presentaciones y subiendo notablemente el nivel de la
escuadra cardenal en trminos futbolsticos; alcanzando al final del Torneo Apertura 2012 un
hecho histrico para el club, consagrarlo por sptima vez en su historia como campen de la
Categora Primera A luego de 37 aos. Adems de esto Prez se convirti en el goleador del equipo
con 9 goles, los mismos de su compaero, el boliviano Diego Aroldo Cabrera.

El 7 de octubre de 2012 en el marco de la fecha 13 del Torneo Finalizacin 2012, Omar Sebastin
Prez anot el primer gol olmpico de su carrera vistiendo la camiseta de Santa Fe frente al Atltico
Nacional en el Estadio Atanasio Girardot. Dicha anotacin fue el 0-1 transitorio del equipo
bogotano, que al final terminara empatando a dos goles frente a su similar de Medelln.2

El 31 de agosto del 2014 consigue su gol nmero 100 en la carrera en el clsico capitalino contra
Millonarios. Luego de un gran ao el 21 de diciembre consiguen la octava estrella para el equipo
rojo ganando el partido de ida 1 - 2 en el Estadio Atanasio Girardot y en la vuelta empatando 1 - 1
consagrndose campen frente a Independiente Medelln. Despus de esto Omar Sebastin Prez
lleva al equipo capitalino a la victoria de la SuperLiga en su ltima edicin con Postobn como
patrocinador, y se consagran Campen de Campeones frente al Alttico Nacional de Medelln,
sacndose as la espinita de las finales anteriores que perdieron contra los verdes.

El inici del torneo apertura sera difcil para el equipo comandado por Omar Prez, sin embargo
tuvieron un buen papel en la Copa Libertadores 2015 llegando a cuartos de final siendo eliminados
por el Internacional de Portoalegre, brasileo.
Se proclama campen con Independiente Santa Fe de la Copa Sudamericana 2015 en el Estadio El
Campn de Bogot, tras derrotar a Huracn de Argentina, 3 por 1 desde los tiros del punto penal,
siendo l el primero en cobrar.

En 2016 se proclama campen de la Liga guila II tras derrotar 1 por 0 a el Deportes Tolima en el
estadio el Campin de Bogot en frente de ms de 34,000 hinchas. Posteriormente hizo parte del
equipo campen de la Superliga 2017, disputada frente el Medelln. La ida qued 0-0 pero en la
vuelta gan Santa fe 1-0 gracias a un centro de Omar que se convertira en autogol.

Se le considera uno de los mejores jugadores de la historia de Independiente Santa Fe, al haber
sido partcipe de 9 ttulos oficiales.