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El nitrgeno constituye hasta el 78% de los gases del aire, pero la mayor parte de los seres vivos
no pueden utilizar el nitrgeno atmosfrico y dependen del nitrgeno presente en los minerales
del suelo para elaborar compuestos orgnicos nitrogenados como los aminocidos. Slo algunas
especies de bacterias y algas azules (auttrofos) y hongos actinomicetos (hetertrofos
simbiontes de plantas superiores) usan molculas sencillas de gas nitrgeno (N2) para construir
sus propias protenas y liberan el exceso de nitrgeno en forma de amoniaco (NH3) o ion amonio
(NH4). Este proceso se conoce como amonificacin. A su vez, otras bacterias del suelo
convierten el amoniaco o el ion amonio en nitrito (NO2), proceso que se denomina nitrificacin.
El nitrito es txico para muchas plantas, pero es raro que se acumule, ya que otro tipo de
bacterias oxida el nitrito a nitrato (NO3). Aunque las plantas pueden utilizar el amonio
directamente, el nitrato es la forma en la cual la mayor parte del nitrgeno entra en las races.
Estos procesos liberan energa. Una vez que el nitrato se incorpora a las clulas vegetales, se
reduce de nuevo a amonio. En contraste con la nitrificacin, este proceso de asimilacin
requiere energa. Los iones amonio que se forman de esta manera se transfieren a sustancias
que contienen carbono y se producen aminocidos y otros compuestos orgnicos nitrogenados.
Los compuestos nitrogenados habitualmente son degradados con rapidez a compuestos simples
por hongos y bacterias del suelo. As, la mayor parte del nitrgeno que se encuentra en el suelo
es el resultado de la descomposicin de materiales orgnicos complejos como protenas,
aminocidos, cidos nucleicos y nucletidos.
Aunque el ciclo del nitrgeno parece cerrado y autoperpetuado, el suelo pierde nitratos
continuamente por diversos procesos: las cosechas, la erosin, el fuego o el agua que se infiltra.
Ciertas bacterias del suelo contribuyen a esta prdida: en ausencia de oxgeno, reducen nitratos,
liberan nitrgeno a la atmsfera y utilizan los tomos de oxgeno para su propio metabolismo.
Este proceso, conocido como desnitrificacin, ocurre en suelos mal drenados (por esa razn,
pobremente aireados). A pesar de estas prdidas, el ciclo se mantiene fundamentalmente por
la actividad de las bacterias fijadoras de nitrgeno, y as como todos los organismos dependen
en ltima instancia de la fotosntesis para obtener energa, tambin todos ellos dependen de la
fijacin de nitrgeno para obtener este elemento indispensable para la sntesis de diversas
molculas orgnicas.