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Qumica computacional
Gabriel Cuevas
A
finales de los aos setenta apareci un nuevo sinnimo. Aun cuando la definicin de qumi-
campo del conocimiento, impulsado por los qu- ca computacional puede parecer arbitraria y
micos dedicados a la obtencin de medicamen- subjetiva (ya que cada persona puede tener
tos. Con el fin de desarrollar molculas que tu- una definicin propia), se puede proponer una
vieran posibilidades elevadas de mostrar la actividad biolgica muy general: es la disciplina que comprende todos
deseada, y con la ayuda de computadoras, se origin la qumica aquellos aspectos de la investigacin en qumica
computacional, que fue impulsada por las compaas farmacu- que se benefician de la aplicacin de las compu-
ticas importantes del mundo y que coincidi con el vertiginoso tadoras. Esta definicin incluye desde la aplica-
desarrollo del cmputo. De este modo la revolucin computacio- cin del cmputo para controlar los equipos con
nal, comparable con la revolucin industrial del siglo XIX, ini- los que se realiza investigacin, como un espec-
ciaba su impacto en la qumica. trmetro de resonancia magntica nuclear o
Esto cambi la idea fundamental de que para obtener cono- un espectrofotmetro de infrarrojo, hasta el ma-
cimiento en esta disciplina cientfica es necesario hacer expe- nejo de bancos de informacin, pasando por
rimentos. El concepto de qumica como una ciencia puramente supuesto por las aplicaciones que impactan la
experimental perdi cierta validez. En varias reas de la qumica, descripcin de la estructura de molculas. En
la prediccin terica de propiedades qumicas rivaliza, incluso un sentido ms restrictivo, el ncleo de la qu-
con ventaja, frente a las determinaciones experimentales. mica computacional implica el uso de modelos
Aun cuando el trmino qumica computacional es muy matemticos para la prediccin de propieda-
empleado, no ha habido inters en definirlo. Es ms, el uso del des qumicas y fsicas de compuestos, emplean-
trmino qumica terica se emplea en forma errnea como su do computadoras.
Enrico Clementi (1980), aun cuando em- Del contexto del Manual de qumica computacional, donde
plea el trmino qumica computacional en tampoco se da una definicin especfica del trmino, se pue-
muchos de sus primeros trabajos, no lo define de concluir que sta consiste en determinar la estructura y las
en forma explcita, pero se puede establecer de propiedades moleculares a travs de la resolucin de modelos
su lectura que es el empleo de la mecnica matemticos empleando computadoras.
cuntica y la mecnica estadstica, as como En 1985 aparece la que podra ser la primera definicin for-
aspectos de fsica molecular, fisicoqumica y mal de esta disciplina (Hopfinger, 1985): Modelado cuantita-
qumicafsica con el fin de determinar propie- tivo del comportamiento qumico empleando una computado-
dades moleculares. Sin embargo, en el Interna- ra y los formalismos de la qumica terica. El profesor Paul von
tional journal of quantum chemistry (Clementi, Ragu Schleyer (Shreiner, 1998), durante el Taller sobre me-
1980) se precisa que la qumica terica permite cnica molecular desarrollado en la Academia Holandesa de
el desarrollo de modelos para describir cual- Artes y Ciencias en msterdam en diciembre de 1985, la defi-
quier sistema qumico, independientemente de ni como el modelado preciso de todos los aspectos de la qu-
su complejidad, mientras que la qumica com- mica real empleando clculos en lugar de experimentos.
putacional pretende brindar las tcnicas opera- Los editores de la prestigiada serie Reviews in computational
cionales para resolver los modelos tericos y chemistry, Donald B. Boyd y Kenny B. Lipkowitz han propuesto
para probar su validez mediante la compara- que la qumica computacional es el modelado cuantitativo de
cin simultnea con los datos experimentales. los fenmenos qumicos empleando tcnicas computacionales.
La Enciclopedia de qumica computacional no define explcita-
mente el trmino, pero permite establecer que consiste en la
aplicacin amplia del cmputo en cualquier aspecto de la qu-
mica, como se describi con anterioridad, en donde el clculo
de propiedades moleculares es tan slo una parte, pero en el
breve prlogo del profesor John Pople (1998) se recrea la defi-
nicin en trminos de la aplicacin de computadoras y de con-
ceptos bsicos de mecnica cuntica para entender el com-
portamiento de sistemas moleculares complejos.
En el texto Exploring chemistry with electronic structure me-
thods, de Foresman y Frisch, se dice que la qumica compu-
tacional tiene como finalidad simular numricamente estruc-
turas qumicas y reacciones, basndose total o parcialmente
en las leyes fundamentales de la fsica (Foresman,
1995).
Tambin hay que precisar que los trminos
qumica terica y qumica computacional no son
sinnimos. La qumica terica est asociada con la
bsqueda de mejores teoras para describir canti-
dades determinadas experimentalmente e incluye
los desarrollos de la qumica cuntica, la mecni-
ca cuntica y la mecnica estadstica en modelos
tendientes a explicar la realidad fsica del fenmeno
de la reactividad. Estos desarrollos se pueden transformar
en algoritmos con los que se pueden desarrollar programas
de computadora, susceptibles de programarse, as que la qumi-
ca terica es proveedora de los mtodos que pueden aplicarse
QU SE PUEDE CALCULAR?
a. Los arreglos geomtricos de los tomos Desde luego, no debe considerarse a la qumica computacio-
que corresponden a molculas estables nal como un rival de las tcnicas experimentales tradicionales,
y a estados de transicin; ya que las dos aproximaciones son complementarias. Cada una
b. las energas relativas de varias molculas; permite obtener resultados que no se pueden obtener por la otra.
c. sus propiedades: momento dipolar, po- Algunas veces un experimento puede ser considerado muy pe-
larizabilidad, etctera; ligroso, o incluso imposible de ser desarrollado en el laborato-
d. propiedades espectroscpicas como corri- rio, o puede ser muy caro, o requerir mucho tiempo. Los com-
mientos qumicos y constantes de aco- puestos pueden ser demasiado reactivos para ser aislados, y por
plamiento, frecuencias vibracionales, tanto no pueden ser estudiados por los mtodos de laboratorio
etctera; comunes como la espectroscopa infrarroja o la resonancia nu-
e. propiedades termoqumicas; clear magntica. Sin embargo, este tipo de molculas pueden
f. la rapidez con la que sucede una reac- abordarse con los mismos mtodos computacionales con los
cin; que se estudian las molculas estables.
g. la dependencia de algunas propieda- Esta capacidad de la qumica computacional permite abor-
des, como la estructura molecular con dar los mecanismos de reaccin de una forma que es imposible
el tiempo. desde el punto de vista experimental, ya que se pueden deter-
minar las propiedades electrnicas del estado de transicin que
conecta a un reactivo con un producto en una reaccin ele-
mental, evaluar el efecto que tienen los patrones de sustitucin
sobre su estabilidad, y con ello eliminar especulaciones que con
poca sustentacin se hacen con frecuencia y que poco ayudan
al desarrollo de la qumica. Qu qumico experimental resiste
a la tentacin de proponer un mecanismo de reaccin con la
sola observacin de la relacin estructural del reactivo con el
producto? Este tipo de racionalizaciones, sin sustento slido,
que son abundantes en la literatura qumica y que en poco con-
tribuyen a su desarrollo, pueden ser confrontadas con los mto-
Esta capacidad de la qumica dos computacionales hoy disponibles, de modo que pronto
todo trabajo experimental en el campo de la fisicoqumica or-
computacional permite gnica e inorgnica requerir de consideraciones tericas para
abordar los mecanismos ser publicado.
de reaccin de una forma La descripcin de un sistema qumico por mtodos compu-
que es imposible desde tacionales requiere de la formulacin de un modelo fsico cuya
complejidad est determinada por el sistema en estudio, enten-
el punto de vista experimental
dindose por sistema a una molcula o conjunto de ellas que
pueden interactuar o no. Estos sistemas complejos, con fre-
cuencia se encuentran en fase condensada, lo que implica un
reto considerable para la qumica computacional, ya que las
molculas se calculan, por lo general, aisladas, en fase de vapor
y a 0 grados kelvin. Si se est interesado en las propiedades de
una molcula con pocos electrones, como un radical libre
pequeo o un in, especies que pueden catalizar una reaccin,
entonces se pueden emplear mtodos ab initio o de primeros
principios. El trmino ab initio significa desde el principio, y
se refiere a que en este tipo de clculos se emplean constantes
se describe en la Enciclopedia de qumica com- structure-activity relationships, de 1982; Journal of molecular grap-
putacional y un anlisis de la forma como se ha hics, de 1983; Journal of chemometics, de 1987, Journal of compu-
desarrollado en los Estados Unidos se public ter-aided molecular design, de 1987; Molecular simulations, de 1987;
en la serie Reviews in computational chemistry Tetrahedron computer methodology, de 1988, as como la revista
(Boker, 1998). electrnica Journal of molecular modeling, de 1995, que incorpo-
Por otro lado, los desarrollos y la vitalidad ra todas las facilidades que otorga el cmputo para transferir,
de la qumica computacional pueden seguirse evaluar, editar y enviar artculos cientficos sin emplear papel
a travs de las revistas especializadas destina- en ninguna de sus etapas de publicacin.
das a difundir su progreso. Entre ellas destacan Las publicaciones de comunicacin rpida son muy tiles
The journal of chemical information and compu- para la comunidad cientfica dedicada a esta rea del conoci-
ter sciences, que inici su publicacin en 1960 miento: entre ellas destacan Quantum chemisrty program ex-
con el ttulo Journal of chemical documentation; change, boletn que inicia su publicacin en 1963 y Chemical
Theoretical chemica acta, iniciada en 1962, hoy design automatization news, iniciada en 1986. Adems, las re-
llamada Theoretical chemistry accounts, la pri- vistas tradicionales de qumica, como Journal of the American
mera revista dedicada exclusivamente a la qu- Chemical Society, Journal of organic chemistry, Journal of inorga-
mica terica y a la qumica computacional; el nic chemistry, Journal of physical chemistry, Journal of chemical
International journal of quantum chemistry, ini- physics, etctera, en las que abundan trabajos relacionados con
ciado en 1967 y destinado a artculos de qu- la qumica computacional, y recientemente la Enciclopedia of
mica terica de alto nivel; el Journal of molecu- computational chemistry, son vas naturales de publicacin de
lar structure, de 1967; Computers and chemsirty, logros en esta rea.
de 1976; Journal of computational chemistry, de Existen varias monografas que abordan los aspectos funda-
1980; Theochem, que inici en 1981 como parte mentales de la qumica computacional; entre ellos destacan los
del Journal of molecular structure; Quantitative citados en las referencias de este artculo, pero se pueden des-
tacar el pionero Ab initio molecular orbital theory de Hehre, Ra-
dom, Schleyer y Pople; Introduction to computational chemstry de
Frank Jensen y el texto Exploring chemistry with electronic struc-
ture methods, de Foresman y Frisch (1995).
Un anlisis completo sobre la literatura de la qumica com-
putacional (artculos ms citados, ndices de impacto de las re-
vistas relacionadas, etctera) se encuentran descritas por Do-
nald Boyd.
de la qumica computacional En los aos sesenta, la mecnica cuntica dio a los qumicos
pueden seguirse a travs modelos cuantitativos para el clculo de propiedades molecula-
de las revistas especializadas res que pudieron incorporarse a computadoras, pero stos se li-
mitaban al estudio de sistemas electrnicos de molculas aro-
destinadas a difundir
mticas. ste puede ser el origen de la qumica computacional
su progreso en el sentido ms prximo al fenmeno de la reactividad.
El programa que incorpora los mtodos CNDO, INDO y NDDO
del Profesor Pople inici el desarrollo creciente de los mtodos
semiempricos, que junto con las llamadas reglas de Woodward
y Hoffmann demostraron la necesidad de considerar las propie-
dades de simetra de las funciones de onda y su relacin con los
sido reconocida mundialmente. En 1998 el el estudio efecto sobre los estados de transicin, y Roald Hoff-
premio Nobel de qumica fue asignado a los mann por el desarrollo del mtodo de Hckel extendido.
profesores John Pople y Walter Kohn. El pri- Se calcula que una tercera parte del supercmputo mundial
mero por su contribucin al desarrollo del se consume en el clculo de la estructura electrnica de mol-
Gaussian 70 y por su desarrollo continuo a lo culas. La National Science Foundation de los Estados Unidos ha
largo de los aos que permite la aplicacin ge- establecido un centro de supercmputo y modificado adminis-
neralizada de estos clculos a la solucin de trativamente la divisin de qumica para incorporar aspectos
problemas, y al segundo por el desarrollo de la computacionales. Tambin se celebra bianualmente la Gordon
teora de funcionales de la densidad, que ha Research Conference sobre qumica computacional. Como ya
sido de gran utilidad en la qumica terica. Pero se dijo, los planes curriculares de las carreras de qumica en
no es el nico premio Nobel asociado con esta todo el mundo estn siendo modificados para incorporar aspec-
disciplina. En 1966 el profesor Robert S. Mu- tos importantes de esta disciplina: talleres como los organizados
lliken desarroll un anlisis de poblacin que por la compaa Gaussian Inc. tienen cabida y expresin por
permite asignar cargas a los tomos de una mo- todo el mundo. De estos hechos se concluye la importancia
lcula, lo que le da un verdadero sentido qu- mundial de la qumica computacional.
mico a los resultados computacionales; en 1981
Kenichi Fukui lo obtuvo por el desarrollo del
QUMICA MODELO
concepto de orbital frontera y su impacto en
El uso de una qumica modelo se basa en el siguiente principio
(Foresman, 1995):
CUADRO 1.
Sistema de unidades atmicas.
Valor en el sistema
Smbolo Cantidad Valor en u.a. Internacional
me masa del electrn 1 9.110 x 1031 kg
e carga del electrn 1 1.602 x 1019 C
h h/2 (unidad de momentum) 1 1.055 x 1034 Js
h constante de Plank 2 6.626 x 1034 Js
ao radio de Bohr (unidad de longitud) 1 5.292 x 1011 m
EH Hartree (unidad de energa) 1 4.360 x 1018 J*
c rapidez de la luz 137.036 2.998 x 108 m/s
B magneton Bohr 0.5 9.274 x 1024 J/T
N magneton nuclear 2.723x10-4 5.051 x 1027J/T
4o permitividad del vaco 1 1.113 x 1010C2/J m
o permeabilidad del vaco (4/c2) 6.692x10-4 1.257 x 106Ns2/C2
*1 u.a. = 627.51 kcal/mol; 1 kcal/mol = 4.184 kJ/mol
calcular con niveles elevados y confiables de Clementi, E. (1980), Int. J. Quant. Chem., 16, 409.
teora, algunas propiedades de molculas que Clementi, E. (1980), J. Phys. Chem., 84, 2122.
Corts-Guzmn, F., J. Hernndez-Trujillo y G. Cuevas (2003), 107,
haban sido preparadas en el laboratorio.
9253.
La poca en la que se empleaban modelos Cuevas, G. y F. Corts-Guzmn (2003), Introduccin a la qumica compu-
sobre simplificados para representar la realidad tacional, Mxico, Fondo de Cultura Econmica.
qumica haba terminado, aun cuando los pro- Fernndez-Alonso, M. C. J. L. Asensio, F. J. Caada, J. Jimnez-Barbe-
blemas abordados correspondan a molculas ro y G. Cuevas (2003), Chem. Phys. Chem. 4, 748-753.
Foresman, J. B. y A. E. Frisch (1995), Exploring Chemistry with Electro-
pequeas. As, fue posible determinar el efecto
nic Structure Methods, Gaussian, Inc. Pittssburg.
que tienen los pares electrnicos no comparti- Hopfinger, A.J. (1985), J. Med. Chem., 28, 1133.
dos del tomo de oxgeno o de azufre sobre las Juaristi, E.; G. Cuevas y A. Vela (1994), J. Am. Chem. Soc., 116, 5796-
constantes de acoplamiento C-H en los metile- 5804.
nos anomricos del 1,3-dioxano, 1,3-ditiano y Martnez-Mayorga, K.; M. C. Fernndez-Alonso, N. Lpez-Mora, C. L.
Perrin, J. Jimnez-Barbero, E. Juarista y G. Cuevas (2005), Angew.
1,3-oxatiano (Juaristi, 1994). Las constantes de
Chem. Int. Ed. Engl., en prensa.
acoplamiento de estas molculas haban sido Pople, J. A. (1998), Foreword en Schleyer, P.v.R.; N.L. Allinger; T.
determinadas experimentalmente, por debajo Clark, J. Gasteiger, P. A. Kollman, H.F. Schaefer III y P. R. Schrei-
de la temperatura de coalescencia de las mol- ner (eds.), Encyclopedia of computational chemistry, Wiley: Chiches-
culas en cuestin, y los clculos efectuados ter, vol. 1, pg. VIII.
Schreiner, P.R. (1998), The Concept, en Schleyer, P.v.R.; N.L. Allin-
permitieron corroborar la participacin de los ger; T. Clark, J. Gasteiger, P. A. Kollman, H.F. Schaefer III y P. R.
llamados efectos estereoelectrnicos en la es- Schreiner (eds.), Encyclopedia of computational chemistry, Wiley: Chi-
tabilidad molecular. Tambin se han abordado chester, vol. 1, pg. XI.
otros efectos conformacionales, como el efecto
estrico (Corts-Guzmn, 2003) y el efecto gau-
che, y se ha logrado determinar el verdadero
papel que desempean los pares electrnicos
no compartidos en las constantes de acopla-
miento a un enlace C-H. (Martnez-Mayorga,
2005). En cuanto al anlisis conformacional, se
ha logrado describir rigurosamente el proceso
de inversin conformacional de varios com-
puestos heterocclicos.
A partir de entonces se han desarrollado
en Mxico grupos de investigacin que traba-
jan en esta interfase del conocimiento, y han
sido incentivados por el hecho de que las re-
vistas de alto impacto solicitan una justifica-
cin terica de los resultados experimentales,
lo que augura un futuro promisorio en este
nuevo campo del conocimiento.
Gabriel Cuevas es investigador del Instituto de Qumica de la Universidad Nacional
Bibliografa Autnoma de Mxico. Estudia la participacin de efectos estereoelectrnicos en las
propiedades conformacionales y reactivas de compuestos qumicos empleando mto-
Boker, J. D. y R. B. Hermann (1994), The develop- dos experimentales y computacionales. Obtuvo el premio Weizmann 1993, el de la
ment of computational chemistry in the United Academia Mexicana de Ciencias en 2002 y la Distincin Universidad Nacional para
States, en Lipkowitz, K. B. y D. B. Boyd, (eds.), Jvenes Acadmicos 2003, todos en el rea de Ciencias Exactas. Es miembro del
Reviews in computational chemistry, VCH Publis- Sistema Nacional de Investigadores.
hers, vol. 5, pg. 1. gecgb@servidor.unam.mx