Rekombinasi Bab 10, 11, dan 12

Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)

Kelompok 14
BAB 10
Beberapa Hal Spesifik Tentang Rekombinasi
Rekombinasi Spesifik Tapak
Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak-tapak
khusus atau pada urutan-urutan molekul DNA tertentu dengan mekanisme yang tidak sama
dengan mekanisme rekombinasi umum. Temuan pada E.coli menunjukkan bahwa macam
rekombinasi tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC. Contoh pada integrasi
DNA fag ke genom E.coli, yang diketahui bahwa tapak allP dan allB pada E.coli adalah hasil
evolusi spesifik enzim, dikode oleh gen int dan xis genom fag. Integrasi ini hampir selalu terjadi
pada tapak allB antara lokus gal dan bio. Jika allB tersebut mengalami delesi, akan berdampak
pada integrasi profag tapak lain dalam frekuensi yang rendah.
Rekombinasi Spesifik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti
Pindah silang tetap mempertahankan susunan urutan DNA kromosom homolog. Pada
kasus tertentu sel memanfaatkan proses rekombinasi untuk menata kembali urut-urutan DNA.
Dalam hal ini segmen-segmen DNA dapat dipindah dengan bantuan rekombinasi spesifik tapak,
akibatnya sering ada beragam gen yang diekspresikan. Contohnya pembentukan banyak gen
antibodi hasil penataan kembali DNA spesifik tapak atas suatu perangkat urut-urutan prekusor.
Rekombinasi Spesifik Tapak Mengatur Ekspresi Gen
Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada suatu molekul DNA yang sama berakibat
terlemparnya segmen antara atau terjadi inversi segmen yang tergantung bagaimana orientasi
tapak-tapaknya. Sel memanfaatkan inversi hasil rekombinasi untuk memilih dua susunan DNA
yang memungkinkan ekspresi dua protein mengatur protein yang tampak. Contohnya protein
ekor Mu (mutator) fag yang diatur oleh segmen gin yang tidak dapat dibalik serta antigen flagel
dari bakteri Salmonella. Variasi fase salmonella akibat ekspresi dua protein flagel yaitu H1 dan
H2 secara bergantian. Pada waktu tertentu, sel mengekspresikan salah satu protein flagel itu.
Bila segmen DNA mengarah ke arah yang sama, letak promoter ada disamping gen H2.
Di sini gen H2 ditransripsikan dan satu gen lain didekatnya mengkode suatu protein represor dari
gen pengkode protein flagel H1 yang jauh. Jelas bahwa kerja gen H1 dihalangi sedangkan gen
H2 justru ditransripsikan. Jika segmen mengalami pembalikan, maka gen H2 tidak
ditransripsikan lagi (tidak ada promoter) dan gen pengkode protein represor untuk gen H1
Rekombinasi Bab 10, 11, dan 12
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14
dibentuk. Terkait mekanisme ini, segmen mengandung promoter mengkode enzim Hln yang
mengkatalisasi inversi. Diduga pula bahwa aktivitas ekspresi enzim Hln meningkat saat sel
terganggu.
Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA Yang Rusak
Pindah silang merupakan suatu mekanisme yang menimbulkan keragaman genetik, tapi
ada dugaan bahwa fungsi yang paling vital dari peristiwa pindah silang mungkin justru untuk
memperbaiki kerusakan DNA. Ini terkait dengan penelitian bakteri recA dan mutan defektiv
rekombinasi khamir yang mudah mati akibat radiasi maupun akibat pengaruh sebagai zat kimia
yang merusakkan DNA. Rekombinasi berawal dari upaya penutupan celah molekul DNA. Celah
terisi DNA unting pasangan homolog. Meski sederhana (kecil) dapat diisi oleh polimarse DNA,
persoalannya celah berdekatan dengan cacat pada molekul DNA, misalnya ada timin dimer.
Celah terbentuk saat replikasi terhenti pada tapak yang menggandeng cacat tadi, replikasi
dimulai lagi beberapa saat setelah itu, informasi genetik pada tempat cacat hilang dari kedua
unting DNA dan dapat dipulihkan hanya melalui rekombinasi dari suatu duplex homolog.
Rekomendasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak Pindah Silang: Konversi Gen
Kajian awal, pindah silang menunjukkan peristiwa resiprok. Jika rekombinasi terjadi
antara tapak berdekatan pada gen yang sama, maka dapat ditemukan perkecualian. Rekombinasi
tidak resiprok yang terjadi antara dua tapak berdekatan dalam satu gen yang sama, disebut
sebagai konversi gen. Konversi gen akibat pemotongan DNA dan sintesis perbaikan DNA yang
terjadi pada daerah heterodupleks selama proses pemutusan atau penyambungan. Fenomena ini
dikaji pada khamir atau pada Neurospora. Jika askus yang mengandung spora dianalisis,
seringkali tidak mengandung rekomendasi mutan ganda resiprok seperti yang diharapkan.
Sebagai contoh persilangan dengan penanda mutan m1 dan m2. Jika persilangan tersebut adalah
+ +
m1 m2 >< m1 m2 maka askus-askus yang sering kali dijumpai adalah yang mengandung
pasangan sporal m1+ m2, m1+ m2+, serta m1 m2+ (Gardner, dkk, 1991). Spora-spora mutan ganda
hasil rekombinasi resiprok tidak ada dalam askus. Oleh karena itu rasio m 1 + : m2 m
3 : 1 dan
bukan 2 : 2 seperti yang diharapkan. Ini merupakan akibat rekombinasi yang tidak resiprok.
Rekombinasi Illegitimate
Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-molekul DNA
yang non homolog. Mekanisme ini tak sama dengan mekanisme rekombinasi umum. Contohnya
Rekombinasi Bab 10, 11, dan 12
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14
yang berkenaan dengan insersi elemen transposabel (elemen Is) ke dalam sesuatu lokus gen.
Pada peristiwa tersebut urut-urutan DNA lokus tidak sama dengan urutan DNA elemen Is.
Akibatnya, fungsi gen terganggu atau hilang. Contoh misalnya insersi yang dilakukan oleh
elemen Is kedalam berbagai lokus (gen gal, E, K dan T) pada genom E. coli yang terbukti
menimbulkan mutasi-mutasi sehingga mengganggu metabolisme galaktose.
Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA
Kejadian rekombinasi independen tidak terkait replikasi DNA. Bila dua genotip fag (a +
dan b+) serempak menginfeksi sel inang pada medium ringan, pengamatan terhadap genotip
partikel fag-fag yang tidak bereplikasi menunjukkan bahwa beberapa diantaranya bergenotip ++
yang membuktikan bahwa rekombinasi genotip induk dapat berlangsung secara independen
terhadap replikasi DNA.

BAB 11
TRANSFORMASI BAKTERI
Transformasi adalah suatu proses transfer genetic dengan bantuan potongan DNA
ekstraseluler. Transformasi bakteri pertama kali diamati oleh F.Griffith dan Oswald Avery dkk
yang membuktikan bahwa DNA bertanggung jawab terhadap perubahan genetic yang terjadi
akibat transformasi.
Transformasi Alami dan Transformasi Buatan
Pada transformasi alami, bakteri mampu mengambil fragmen DNA secara alami sehingga
mengalami transformasi secara genetic, contohnya Bacillus subtilis. Sedangkan transformasi
buatan, secara genetic bakteri diubah terlebih dahulu agar memungkinkan mengalami
transformasi, contohnya E. coli.
Spesies yang dapat mengalami transformasi adalah yang memiliki mekanisme enzimatik
yang terlibat pada peristiwa pengambilam fragmen DNA maupun proses rekombinasi.
Proses Transformasi
Tahap 1 : Molekul DNA unting ganda berikatan pada tapak reseptor yang terdapat di permukaan
sel
Tahap 2 : Pengambilan DNA donor yang bersifat irreversible.
Tahap 3 : Konversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi molekul tunggal
melalui degradasi nukleotida
Tahap 4 : Integrasi seluruh atau sebagian unting tunggal DNA donor tersebut ke dalam
kromosom resipien.
Rekombinasi Bab 10, 11, dan 12
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14
Tahap 5 : Segregasi dan ekspresi fenotipik gen donor yang telah terintegrasi.
Ukuran minimum fragmen DNA donor pada transformasi tampaknya sekitar 500 pasang
nukleotida; ada pula ukuran fragmen; mencapai 20.000 pasang nukleotida.
Pemetaan Kromosom Bakteri melalui Kejadian Transformasi
Dewasa ini data frekuensi rekombinan rekombinasi transformasi pada bakteri dapat
dimanfaatkan untuk pemetaan kromosom bakteri. Pemanfaatan transformasi untuk pemetaan
kromosom bakteri bersangkut paut dengan pautan gen, urutan gen, dan jarak peta atau jarak gen.

BAB 12

TRANSDUKSI PADA BAKTERI

Transduksi adalah rekombinasi genetik pada bakteri yang diperantarai oleh fag. Transduksi
terjadi setelah terlebih dahulu suatu partikel fag membawa sebuah kromosom dari satu bakteri
(donor) ke bakteri lain (resipien).

Fag virulen dan Virulen Sedang

Terdapat dua macam fag yang terlibat pada proses transduksi yakni, fag virulen dan fag
virulen sedang. Fag virulen selalu memperbanyak diri dan merobek sel inang setelah infeksi.
Sedangkan fag virulen sedang memiliki dua alternatif, bisa menjalani siklus litik atau bisa
menjalani siklus lisogenik. Selama siklus litik, fag melakukan reproduksi dan memecahkan sel
inang. Sedangkan selama siklus lisogenik, fag mengintegrasikan kromosomnya ke kromosom sel
inang dan memperbanyak diri. Kromosom fag yang terintegrasi dengan kromosom sel inang
disebut profag. Terintegrasinya kromosom fag ke dalam kromosom inang terjadi melalui
mekanisme rekombinasi spesifik tapak.
Rekombinasi Bab 10, 11, dan 12
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

Gambar 12.1 Siklus hidup ltik Fag virulen

Gambar 12.2 Siklus hidup Fag virulen sedang

Macam tranduksi
Rekombinasi Bab 10, 11, dan 12
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14
Terdapat dua macam tranduksi yaitu tranduksi umum (generalized transduction) dan
transduksi khusus (specialized transduction) atau transduksi terbatas.

Transduksi Umum

Pada transduksi umum, potongan DNA (berupa potongan-potongan acak) dari bakteri
donor akan dibawa ke bakteri resepien. Transduksi umum diperantarai oleh beberapa fag virulen
dan fag virulen sedang, yang kromosomnya tidak terintegrasi di tapak pelekatan khusus pada
kromosom inang.

Proses transduksi umum dapat teramati pada strain-strain E. coli yang diperantarai oleh
fag P1. Ada beberapa tahapan dalam transduksi umum, yaitu :

1. Sel donor E. coli wild type terinfeksi tag P1 yang bersifat virulen sedang.
2. DNA sel inang terpotong selama siklus litik.
3. Terjadi perakitan fag turunan dimana beberapa potongan kromosom bakteri diintegrasikan
ke dalam beberapa fag turunan dan menghasilkan fag pentransduksi.
4. Bersamaan dengan lisis sel, beberapa fag pentransduksi ditemukan di dalam lisat fag.
5. Fag tersebut menginfeksi bakteri resipien yang bersifat auksotrofik.
6. Terjadi pindah silang ganda yang mengakibatkan terjadinya pertukaran gen antara donor dan
sel resipien.
7. Terbentuk transduktan stabil, dengan turunan sel yang memiliki sel yang sama.
Transduksi umum dapat digunakan untuk memetakan letak gen, misalnya pada E. coli.
Letak gen pada strain E. coli dapat ditentukan melalui kotransduksi, yaitu dengan membuat
penanda yang diseleksi dan yang tidak diseleksi.

Transduksi khusus

Transduksi khusus diperantarai oleh fag yang bersifat virulen sedang, semacam fag . Fag
ini hanya mentransduksi fragmen tertentu dari kromosom bakteri. Contohnya adalah fag yang
menginfeksi E. coli. Kromosom dari fag ini dapat melakukan replikasi secara otonom (tidak
tergantung pada replikasi inang) serta dapat pula melakukan replikasi dalam keadaan terintegrasi
dengan kromosom inang. Integrasi kromosom fag semacam diperantarai oleh suatu
rekombinasi antara bentukan kromosom fag intraseluler yang sirkuler di satu pihak dengan
Rekombinasi Bab 10, 11, dan 12
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14
kromosom bakteri yang juga sirkuler. Peristiwa ini terjadi pada tapak pelekatan spesifik di kedua
kromosom terkait.

Gen C1 fag mengkode protein represor yang berikatan dengan kedua daerah operator
yang mengontrol transkripsi gen yang terlibat pada pertumbuhan litik, sehingga tidak dapat
mengkatalisasi proses transkripsi. Hal tersebut yang menyebabkan gen fag mengalami represi.
Mekanisme represi itu berlangsung dalam suatu sistem represor-represor-promotor, mirip dengan
yang dijumpai pada operon bakteri. Suatu bakteri yang mengandung profag dinyatakan bersifat
lisogenik, dan hubungan antara profag-inang disebut lisogeni.
Rekombinasi Bab 10, 11, dan 12
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

Pertanyaan dan Jawaban

Riza Eka Novita Sari / 150342602425

1. Apakah yang membedakan antara transduksi umum dengan transduksi khusus?

Jawab :
Rekombinasi pada transduksi umum dan transduksi khusus berbeda. Pada transduksi umum
rekombinasi mengganti suatu segmen kromosom resipien dengan suatu segmen kromosom
donor, sedangkan pada transduksi khusus segmen DNA donor dan kromosom fag
ditambhakan pada kromosom resipien sehingga menghasilkan suatu transduktan yang
diploid parsial.

2. Mengapa transformasi, secara operasional dapat dimanfaat untuk mengungkap pautan gen,
urutan gen, serta jarak peta?
Jawab :
Penanda genetik pada kromosom yang digunakan selalu berdekatan. Jika penanda tersebut
letaknya berjauhan, maka penanda itu tidak akan pernah terbawa molekul DNA
pentransformasi yang sama. Urutan gen pada kromosom bakteri dapat juga ditetapkan atas
dasar data transformasi. Sebagai contoh, jika gen p dan q sering mengalami kotransformasi,
lalu gen q dan o juga sering mengalami kotransformasi, tetapi gen o dan p jarang mengalami
kotransformasi, maka tentu saja urutan gen pada kromosom bakteri itu adalah p-q-o.

Nindis Pristya / 150342600086

1. Apa persamaan dari rekombinasi Spesifik Tapak dan rekombinasi Illegitimate?
Persamaan dari rekombinasi spesifik tapak dan rekombinasi illegate yaitu:
Sama-sama mekanismenya tidak sama dengan mekanisme rekombinasi yang terjadi
umumnya
Sama-sama tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC
Rekombinasi terjadi antara urut-urutan lokus genom yang tidak homolog

2. Bagaimana rekombinasi memperbaiki molekul DNA yang rusak pada rekombinasi spesifik
tapak, rekombinasi yang tidak resiprok, dan rekombinasi illegitimate?
Rekombinasi Bab 10, 11, dan 12
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14
- Pada rekombinasi spesifik tapak, penataan kembali DNA terjadi atas suatu perangkat urut-
urutan prekusor yang dimilikinya dan akibat yang sering timbul adalah terekspresikannya
beragam gen atau perangkat gennya. Rekombinasi tidak resiprok terkait konversi gen akibat
pemotongan dan penyambungan DNA. Sedangkan pada rekombinasi illegitimate berkenaan
dengan insersi elemen transposabel ke dalam suatu lokus gen yang megatur kembali urut-
urutan DNA.

3. Bagaimana rekombinasi spesifik tapak mengatur ekspresi gen terkait proses yang
dijalankannya!
- Promotor untuk suatu gen tertentu terletak pada suatu segmen DNA yang dapat
mengalami pembalikan. Bila segmen DNA yang mengandung promotor mengarah dalam
arah yang sama memungkinkan terjadinya pengkodean represor oleh gen lain yang
menghalangi poses gen tertentu. Segmen yang mengandung promotor tersebut juga
mengkode enzim tertentu yang mengkatalis inversi membentuk gen dengan ekspresi
berbeda.