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Aula de Bioqumica

Tema:

Estrutura, funo e dinmica de protenas

Prof. Dr. Jlio Csar Borges


Depto. de Qumica e Fsica Molecular DQFM
Instituto de Qumica de So Carlos IQSC
Universidade de So Paulo USP
E-mail: borgesjc@iqsc.usp.br
Dogma central da Biologia
A Informao :
Armazenada Decodificada Executada
Protenas

Importncia e Funo
Catlise enzimtica;
Transporte e estoque;
Movimento;
Suporte mecnico;
Proteo imune;
Sinalizao intra e extracelular;
etc.

Variedade Funcional Diferentes Estruturas Tridimensionais

Estrutura 3D Estrutura Estvel em funo do tempo

Estabilidade versus flexibilidade


Funo e conformao.
Protenas: Polmeros de aminocidos
Repertrio de 20 unidades bsicas: Aminocidos

Diferem entre si
pela cadeia lateral
(grupo R).

Aminocidos: Propriedades

20 Aminocidos Padro diferem no seu grupo R considerando:


1) Tamanho 2) Formato 3) Reatividade
4) Carga 5) Formao de ligaes de Hidrognio

Nomenclatura dos aminocidos naturais


Cdigo de 3 Letras: 1 letra maiscula e duas minsculas ex: Alanina: Ala
Cdigo de 1 Letra ex: Alanina: A
Protenas: Composio
- Carbono opticamente ativo (exceto glicina)

Aminocidos possuem dois possveis


estereismeros (imagens especulares no
superponveis, ou enantimeros):

devido ao arranjo tetradrico dos


ligantes ao redor do C

Interao espacial especfica


Em protenas: somente ismero L
Protenas: Composio

Nomenclatura dos aminocidos naturais


Cdigo de 3 Letras: 1 letra maiscula e duas minsculas ex: Alanina: Ala
Cdigo de 1 Letra ex: Alanina: A

Asparagina aspargo
Glutamato glten de trigo
Tirosina queijo (do grego: tyros = queijo)
Glicina doce (do grego glykos = doce)
Aminocidos de cadeia Lateral aliftica

Glicina Leucina Isoleucina

Gly Leu Ile

G L I

Alanina

Ala

A
Metionina Prolina Pro P

Valina Met

Val M

Iminocido
Aminocidos de cadeia Lateral Aromtica

Fenilalanina Tirosina
Os Aminocidos Trp e
Phe Tyr Tyr absorvem luz UV

F Y Permite
monitoramento e
quantificao

Triptofano

Trp

W
Aminocidos de cadeia Lateral hidroflica
So aminocidos polares no carregados

Serina Glutamina
Ser Gln
S Q

Treonina
Thr
T
Asparagina
Asn

Cistena N

Cys
C
Aminocidos de cadeia Lateral Carregada

Lisina Arginina Histidina

Carga Positiva Lys Arg His

K R H
Bsicos

Aspartato Glutamato
Carga Negativa
Asp Glu
cidos
D E

(c. Asprtico) (c. Glutmico)


Aminocidos
Curva de ionizao de aminocidos
Aminocidos so ons dipolares ou Zwitterions Anfteros ou Anflitos.
Aminocidos
Curva de ionizao de aminocidos

Ponto Isoeltrico: pI

pH no qual o somatrio das cargas de uma


molcula inica dipolar igual a ZERO

Quanto mais distante o pH da soluo do


pI da molcula, maior ser a carga desta
Aminocidos
A acidez de um aminocido maior do que o cido correspondente
1- Repulso entre o grupo NH3+ e o H+ do grupo COOH
2- As cargas opostas dos grupos carregados estabiliza a espcie inica dipolar
Aminocidos
Cadeia Lateral Ionizvel
Aminocidos

Cadeia Lateral Ionizvel


A capacidade de ionizao
influencia a reatividade qumica do
aminocido.

As Cargas eltricas das cadeias


laterais dos aminocidos nas
protenas geram protenas carregadas
e portanto com pI
Aminocidos: Outras modificaes
Fosforilao, Hidroxilao, Carboxilao,
Acetilao, Metilao, Glicosilao, Pontes Dissulfeto
Aminocidos: Outras modificaes
Fosforilao, Hidroxilao, Carboxilao,
Acetilao Glicolizao, Pontes Dissulfeto
Aminocidos: Derivados e variaes
Aminocidos moldam as propriedades das protenas

Diferentes cadeias laterais tamanhos, formas, cargas;


Capacidade de preencher o interior da protena;
Capacidade de formao de estruturas secundrias;
Capacidade de ionizao e reatividade qumica;
Capacidade de interao com ons;
Capacidade de formar ligaes de Hidrognio.

INTERAO COM A GUA!!!!!

Observao
As funes das protenas derivam da diversidade e versatilidade
dos 20 aminocidos naturais e suas variaes
Polmeros de aminocidos
Resultado da unio do grupo -carboxil no aminocido n com o grupo -amino do n+1

Ligao Peptdica
Equilbrio: hidrlise
Resduo Unidade Repetitiva
t1/2= 7 anos em condies brandas

Nomenclatura:
NH2------------------COOH
Sequncia de aminocidos
XYZ # XZY

Peptdeos
Composio varivel de aminocidos
Variao dependente de 20n
n: nmero de aminocidos no polmero
202: 400 dipeptdeos com aa padro
203: 8000 tripeptdeos
Polmeros de aminocidos
Peptdeos: < 50 aminocidos muitos com atividade biolgica
Polipeptdios: >50 e <100 aminocidos
Protenas: a priori > 100 aminocidos
n=100 20100 = 1,27x10130 protenas diferentes de 100 aminocidos padro
A Ligao Peptdica
Rgida e Planar
- Ressonncia: Caracterstica de ligao dupla
Ligao peptdica
Rgida e Planar

Restrio
conformacional
angulao Phi e Psi
Estrutura
tridimensional

Conformao Trans favorecida por - Exceto para a Prolina, choques


reduzir choques estricos entre os grupos R ocorrem em ambas conformaes
Ligao peptdica
Rigidez e Planaridade
ngulos Phi e Psi em 0o Impedimento estrico devido sobreposio entre:
1) Hidrognio alfa-Amino do Aminocido n e o Oxignio alfa-carboxil n + 1
2) Grupos R

Diagrama de Ramachandram
Mostra os ngulos e permitidos
Protenas: Nveis estruturais
Estrutura Primria
Estrutura Primria
sequencia de aminocidos

Estrutura Secundria
Hlice-
Folhas-
Outras

Estrutura nativa = Funcional


Estrutura 3D Existem excees
Protenas naturalmente
desenoveladas
Estrutura terciria Regies desprovidas de estrutura
organizada
3D
G < 0

Conjunto de estruturas Estrutura


em conformaes Quaternria
termodinamicamente Protmeros
similares
Protenas: Nveis estruturais
Estrutura Primria
Protenas: Nveis estruturais
Linus Robert
Pauling Corey
1901- 1897-
1994 1971
Hlice
Estrutura helicoidal direita

L-aa D-aa n n+1 n+2 n+3 n+4 n+5

Estabilizao por ligaes de H entre


AA prximos
CC=O----HNC n + 4 paralelas
direo da cadeia

Distncia entre resduos


adjacentes = 1,5
Rotao de 100o entre AA
adjacentes = 3,6 resduos por volta =
passo
1 Passo = 5,4
Hlice
Interaes entre cadeias laterais adjacentes podem estabilizar ou desestabilizar a Hlice
Gly e Pro no participam por flexibilidade e rigidez, respectivamente

Plot de Ramachandram
de Hlice
- Angulao Phi e Psi Toro de
caractersticos hlice

Favorece
interaes
produtivas
nas faces
5
da hlice
Predileo de
aminocidos

Depende das
caractersticas da cadeia
lateral e volume de
aminocidos adjacentes
Hlice
Interaes entre cadeias laterais adjacentes podem estabilizar ou desestabilizar a Hlice

Momento dipolo
da Hlice

As extremidades da
hlice no realiza
Hlice e suas faces ligaes de H
Volume e carga dos aminocidos na faces
adjacentes (a cada 3-4 aminocidos) afetam a Podem ser
estabilidade estabilizadas por
Aminocidos de
carga oposta
Hlice
Padro de Ligaes de H em hlices polipeptdicas

N de tomos conectados pela volta completa

N de resduos
envolvidos na
volta completa
Hlice
Padro de Ligaes de H em hlices polipeptdicas

Passo Passo Passo


6,0 5,4 5,2
Folha -pregueada
Estrutura estendida em ziguezague
Estabilizada por ligaes de H pela CC=O e HNC da cadeia principal de AA distantes
na sequncia de aminocidos
Requer segmento adjacente para formao das ligaes de H
Distncia entre os Carbono alfa de AA adjacentes de 3,5
Ligaes de H perpendiculares direo da cadeia

Cadeia lateral se projetam da estrutura em ziguezague

Estrutura distendida da cadeia peptdica em folha beta


Folha -pregueada
2 tipos com diferenas estruturais e padro de formao de ligao de H

Plot de Ramachandram de Folha Beta


- Angulao Phi e Psi mais ampla
Voltas
Conectam os segmentos de Hlices Alfa e Folhas beta
Mudam a direo da cadeia

So estruturas estabilizadas por

ligaes de H entre os grupos C

C=O e HNC da cadeia principal

do AA n e n + 3.

Pro: anel rgido e assume conformao Cis comum no tipo I


Gly: pequeno e flexvel comum no tipo II

Alas
So segmentos maiores de 8
a 16 resduos de AA com
estrutura varivel
Estrutura Secundria
Diagrama de
Ramachandram dos
diferentes tipos de Estruturas
secundrias
Permite analisar a
estereoqumica de modelos
3D de protenas

Diagrama de Ramachandram da Piruvato


Kinase
- Cada ponto representa 1 resduo (Exceto Gly)
Ferramenta de anlise da qualidade de
estruturas de protenas
Estrutura Secundria
Preferncia relativa de estrutura Secundria pelos diferentes AA
Depende da seqncia de AA estrutura primria
possvel predizer a estrutura secundria de uma seqncia por Bioinformtica

Preferncia relativa dos


diferentes aminocidos em
assumir estrutura
secundria tipo:
Hlice
Folha
Voltas
Estrutura terciria
Relacionamento espacial entre todos os aminocidos de um polipeptdio
Representada pela Estrutura tridimensional (3D)
Depende do balano geral das interaes no-covalentes
Estabilizada por interaes diversas entre as cadeias laterais e pontes dissufeto
Ligaes de H tm pequena contribuio devido competio com a gua
- Especificam a estrutura secundria

Coordenao por on Interaes Atrao


metlico hidrofbicas eletrosttica

Hlice-

Folha-
Pontes dissulfeto Ligaes de H entre grupos R
Motivos estruturais
Estrutura Supersecundria
Combinaes entre diferentes arranjos de estrutura secundria
Formam padres comuns/recorrentes de enovelamento:
Formam domnios caractersticos de famlias de protenas

Unidade Meandro

Chave grega
Unidade alfa-alfa (Barril )
Domnios
Estruturas autnomas funcionalmente;
Consistem em combinaes de motivos;
Protenas pequenas tem 1 domnio: a prpria protena
Varia de 25 a 300 resduos de aminocidos;
Protenas com mais de 200 resduos multidomnios
Geralmente conectados por loops, dobradias
ou segmentos flexveis ou por interaes fracas;
Conservao de domnios: famlias de protenas.
Relao Estrutura Funo Biolgica
Ausncia de estrutura nativa Ausncia de funo

BSA: ~600 AA

Protenas pequenas 1 domnio globular

Lisozima
Mioglobina
Domnios

Barril

Domnio N-terminal da
imunoglobulina humana
(PDB acc. Number: 7FAB)

Sanduche

Protena de ligao ao retinol (PDB acc.


Number: 1RBP)
Domnios

Triose-fosfato-isomerase
(TIM)
247 resduos
Enzima de galinha
(PDB acc. number: 1TIM)
Enovelamento de protenas
Algumas protenas desnaturadas podem renaturar in vitro

Agentes desnaturantes de
protenas freqentemente
utilizados no Lab de Bioqumica:

- Acidez
- Temperatura
- Detergentes
Enovelamento de protenas
A Rnase A pode ser renaturada pela dilise na presena de um agente redutor
- Agente redutor catalisa o enovelamento correto

Ureia
Reenovelamento
-mercaptoetanol
Incorreto

Atividade= ~1%
Denatured and reduced ribonuclease
Native ribonuclease
Atividade = 100% Atividade = 0%

RNase A possui 4 pontes dissulfeto:

Atividade
~ 100%

105 combinaes diferentes possveis


1 delas est relacionada a estrutura funcional
Enovelamento de protenas

-Cristian Anfinsen

As informaes necessrias para uma protena obter sua Cristian


Anfisen
estrutura nativa esto na seqncia de aminocidos da
1926-1995
protena. Nobel Prize
in Chemistry
Dogma de Anfinsen in 1972

Anfinsen escreveu em 1964:

Me ocorreu recentemente que algum deveria considerar a SEQUNCIA de uma molcula


PROTICA, enovelada em uma forma GEOMTRICA precisa, como uma linha de uma
MELODIA escrita de forma CANNICA e ento desenhada pela NATUREZA para enovelar
SOZINHA, criando acordes HARMNICOS de interao consistente com a FUNO
BIOLGICA....
Dogma central da Biologia
A Informao :
Armazenada Decodificada Executada

= =
MSICA VIDA
Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
A introduo de um composto hidrofbico perturba a rede de gua;
A gua tende em minimizar seu contato com as molculas hidrofbicas;
A organizao de camadas ou gaiolasde gua entorno de compostos apolares
Alto custo entrpico.

Excluso do composto apolar da fase aquosa Interaes hidrofbicas (H < 0)


Formao de aglomerados apolares reduz a rea de contato com a gua
Liberao de molculas de H20 das gaiolas Menor perda total de Entropia

14 H20 presas na gaiola 9 H20 presas na gaiola


Gaiola de H20 5 H20 livres no meio
Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
Ex: Mioglobina
John Kendrew et al., 1950.
- Polipeptdio de 153 resduos - 45 x 35 x 25 muito compacta
- 8 hlices (70% dos resduos) - Algumas hlices so anfipticas
- Azul: Aminocidos Hidrofbicos enterrados no interior Excludos da gua
- Resduos polares no interior esto interagindo com o Ferro e Oxignio

Aminocidos hidrofbicos (em amarelo) esto, na maioria, protegidos do solvente!


A estabilidade depende do empacotamento hidrofbico
Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
Existem excees regra protenas de membrana

Linguagem de 20 aminocidos
permite a diversidade estrutural
das protenas
O Enovelamento de Protenas
em termos da G
Um conjunto de protenas no-enoveladas no meio aquoso enovelam-se,
espontaneamente (G < 0), para atingirem um estrutura organizada com baixa S.
Protenas so marginalmente estveis!
G= -20-65 kJ/mol

G = H System T S System < 0


Enovelamento de protenas
O enovelamento ou a desnaturao cooperativo ou abrupto
O enovelamento ocorre de maneira hierrquica pores locais enovelam primeiro e
sucessivamente
Intermedirios do enovelamento so observados
Falhas no enovelamento ocorrem doenas
Enovelamento de protenas

Paradoxo de Levinthal
1 protena de 100 resduos
- Cada resduo experimentando 3 posies 3100
- Tempo de teste para cada posio 10-13 seg

Tempo total = 3100 x 1e-13 seg = 1087seg = 1,6e27 anos

o tempo necessrio para uma protena de 100 aminocidos enovelar-se testando 3 de


todas as possibilidades conformacionais possveis, ou seja randomicamente, seria maior do
que o tempo do Universo

t= 13,7 bilhes de anos = 4,3x1017 seg

In vitro
O enovelamento ocorre em menos de 1 segundo
In vivo
Ns estamos aqui!!!!
O Enovelamento de Protenas Hierrquico
Protenas se enovelam por uma srie de ajustes conformacionais que reduzem
sua energia livre e entropia at atingir o estado nativo
Tem controle termodinmico
Tem controle Cintico
Vias de Enovelamento Teoria do Funil
O Enovelamento de Protenas Hierrquico
Diagrama energia-entropia: funil de energia

Funil direto
Funil simples - Sem intermedirios
- Parede suave - Processo lento de busca
- Mltiplas vias pela estrutura nativa
- Enovelamento aleatrio e estvel
rpido - Espao conformacional
- Sem intermedirios aleatrio amplo

Funil com
intermedirio
- Intermedirio estvel Funil + comum
- Enovelamento rpido - Mltiplos intermedirios
para o intermedirio semi-estveis
- Lento para a protena - Vias definidas
Nativa - Protenas multidomnios
Enovelamento de protenas

Segue vias ou rotas sem testar todas as possibilidades!

1) Segmentos locais de estrutura secundria < 5 ms


fase explosiva envolve a formao de estrutura secundria local
foldons: elementos locais estruturados Choque de foldons
Formao de cernes hidrofbicos locais
Colapso hidrofbico molten globule ou glbulo fundido
Rg 10-15% do que o da protena enovelada

2) Estabilizao da estrutura secundria


Formao da estrutura terciria 5 a 1000 ms
Estruturas domain-like

3) Organizao sutil e rgida das interaes


Direcionamento das ligaes de H
Expulso da gua do cerne hidrofbico
Enovelamento de protenas
O enovelamento auxiliado ou assistido

Chaperonas moleculares

15 a 20 % das protenas bacterianas em condies no estresse necessitam de auxlio


para o enovelamento

As chaperones moleculares auxiliam o enovelamento e previnem a agregao de


protenas em condies de estresse

Elas no interferem na estrutura final das protenas

O Princpio de Anfinsen respeitado A estrutura de uma protena codificada pela


seqncia de aminocidos
Enovelamento de protenas
O enovelamento auxiliado ou assistido
Enovelamento de protenas
O enovelamento auxiliado ou assistido
Enovelamento de protenas
O enovelamento auxiliado ou assistido
Foldases
Pontes dissulfeto errneas
Prolil-peptidil-cis-trans
Protena inativa isomerases
Isomerizao de cis-
trans de prolinas

Pontes dissulfeto
Protena Dissulfeto isomerase corretas

Isomerizao de pontes Protena ativa


dissulfeto
Reaes de oxido-reduo
Enovelamento de protenas
Balano de sntese, enovelamento e depurao de protenas
O enovelamento incorreto causa doenas degenerativas e amiloides
Ex: mal de Parkinson e Alzheimer
Enovelamento de protenas
- Causa doenas degenerativas e amiloides Ex: Doena da vaca louca
- Ex: mal de Parkinson e Alzheimer
Protenas naturalmente desenoveladas
IUPs: intrinsically unfolded proteins
- 1/3 das protenas humanas so ou possuem regies desordenadas
- carecem de estrutura terciria ordenada
- ricas em aminocidos hidroflicos (Arg, Lys, Glu, entre outros)
- desprovidas de aminocidos hidrofbicos volumosos dificuldade em compactar
- protenas regulatrias enovelam-se quando interagem com o alvo molecular

- maximiza - Podem
superfcie de funcionar
contato devido como
a flexibilidade inibidores por
molecular se enrolarem
reduz tamanho nas protenas
relativo a uma parceiras
protena
globular
Protenas naturalmente desenoveladas
IUPs: intrinsically unfolded proteins
- Podem funcionar como linkers entre domnios ou regies de recrutamento de ligantes
- 1 IUP pode interagir com dezenas de parceiras

p53 e alguns
de seus
parceiros
Dinmica de protenas
As protenas Pulsam ou respiram
Medidas termodinmicas mostram que as protenas so marginalmente estveis
- Protenas de termfilos
- Mutaes stio-dirigidas
- Colgeno de diferentes espcies tm diferentes estabilidades

Movimentos intramoleculares
oscilaes atmicas: deslocamento espacial das ligaes levando variaes de 0,01 1
com tempos de 10-15-10-11 seg.

movimentos coletivos de grupos de tomos covalentemente ligados de 0,01 5 com


tempos de 10-12-10-13 seg. Frequncia varivel.

ajuste induzido: deslocamento espacial de grupos/domnios com variaes de 0,01 10


com tempos de 10-9-10-3 seg.
Dinmica de protenas
Experimentos de troca Trtio-H+

- troca de deutrio no ncleo


compacto da protena dependente
de temperatura e tempo

- desenovelamento local
transiente devido ao movimento
de inflar/desinflar
Dinmica de protenas

- estrutura por difrao de


Raios X fotografia
instantnea

- RMN mais realstico

A estabilidade das protenas controlada para manter suas funes


Mudanas conformacionais e flexibilidade estabilidade maior rigidez
Permitir regulao por ligantes diversos Alosteria ativao e inativao regulada
Permitir rpida degradao quanto maior a estabilidade mais difcil seria a degradao
Permitir transporte por membranas os poros e canais so pequenos
Permitir o escape de armadilhas nas vias de enovelamento
Estrutura Quaternria
Reunio de diferentes subunidades
Interaes entre grupos laterais de cadeias diferentes
Mesmas interaes que na estrutura terciria
Possuem diversos eixos de simetria cristalina

Holohemoglobina
Estrutura Quaternria
Possuem diversos eixos de simetria cristalina
Estrutura Quaternria
Reunio de diferentes subunidades
Protenas Globulares
Protenas assume uma forma aproximadamente esfrica
A cadeia se enovela entorno de si mesma formando uma estrutura compacta
Geralmente solveis em gua
Mioglobina e Triose fosfato isomerase
Protenas Fibrosas
Protenas filamentosas com a cadeia distendida ao longo de um eixo
Funo estrutural e de sustentao
Insolveis em gua
Colgeno e Queratina helicoidal

Fibrona (seda) Folha antiparalela


Presente em insetos e aranhas
Flexibilidade devido ao deslisamento dos planos de folhas

Fiandeiras da aranha
Protenas Fibrosas
Colgeno
Principal protena de sustentao
Repetio do tripeptdeo
30 genes 19 tipos diferentes de colgeno
Gly-X-Y
- Tendes, cartilagens, matriz orgnica ssea e crnea
X= Pro
Y= Hyp
~ 1000 resduos
35%= Gly 11%= Ala 21% = Pro ou Hyp
Forma uma tripla-hlice a
Baixo valor nutricional: gelatina
direita
Somente Gly pode ser acomodada
entre as cadeias
Protenas Fibrosas
Colgeno
Hlice com volta esquerda cadeias alfa 3 aminocidos por volta:
Tripla-hlice com giro sutil direita -Gly no interior
- 3 cadeias supertorcidas entre si
Protenas Fibrosas
Colgeno

-ligaes de H intercadeias
Pro e 4-Hyp induz toro acentuada
da hlice
Protenas Fibrosas
Colgeno
A Conformao do C gama da Pro e HyPro interferem no enovelamento da cadeia G-P-
HyP

Resistncia trmica
Sem HyPro Com HyPro
Tm 41oC Tm 69oC
A reao de hidroxilao da Pro independente de Vitamina C Prolina-4-hidroxilase
- Entretanto, a mesma enzima participa de outra reao que gera Fe3+ sem atividade
HyPro
- A Vitamina C regenera o Fe2+
Protenas Fibrosas
Colgeno

O entrelaamento do colgeno suporta a


presso

Pontes covalentes entre Lys-HyLys

Acmulo destas ligaes causa perda de flexibilidade


do colgeno
Protenas Fibrosas
Alfa-Queratina
Mamferos tem 50 genes para alfa-queratina expresso tecido-especfico
-protena do cabelo, pelos, unhas, chifres, garras, cascos e camada externa da pele
- Contedo de Cys forma alfa-queratina com diferentes graus resistncia
Forma uma hlice alfa a direita em um Coiled-coil: duas hlices alfa entrelaadas
- Passo de 5,15-5,20 devido a toro de hlice

- Rica em Ala, Val, Leu, Ile, Met e Phe


Classificao de protenas
Protenas simples
Compostas apenas por aminocidos naturais

Protenas Conjugadas
Contm aminocidos modificados ou outros grupos ligados
Grupo prosttico (ex: grupo heme)

Holoprotenas protena + grupo prosttico (ex: holomioglobina)


Apoprotenas protena sem o grupo prosttico (ex: apomioglobina)

Protenas monomricas
Formada por apenas uma cadeia polipeptdica
Desprovidas de estrutura quaternria
Classificao de protenas

Protenas oligomricas
Formadas por associaes de subunidades polipeptdicas
Homo = associao de cadeias idnticas
Hetero = associao de diferentes cadeias

Protenas Estruturais
Do forma e sustentao ao organismo
Ex: colgeno

Protenas Funcionais
Desempenham funes diversas
Ex: Catlise enzimtica; transporte, defesa, etc.

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