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Tema:
Importncia e Funo
Catlise enzimtica;
Transporte e estoque;
Movimento;
Suporte mecnico;
Proteo imune;
Sinalizao intra e extracelular;
etc.
Diferem entre si
pela cadeia lateral
(grupo R).
Aminocidos: Propriedades
Asparagina aspargo
Glutamato glten de trigo
Tirosina queijo (do grego: tyros = queijo)
Glicina doce (do grego glykos = doce)
Aminocidos de cadeia Lateral aliftica
G L I
Alanina
Ala
A
Metionina Prolina Pro P
Valina Met
Val M
Iminocido
Aminocidos de cadeia Lateral Aromtica
Fenilalanina Tirosina
Os Aminocidos Trp e
Phe Tyr Tyr absorvem luz UV
F Y Permite
monitoramento e
quantificao
Triptofano
Trp
W
Aminocidos de cadeia Lateral hidroflica
So aminocidos polares no carregados
Serina Glutamina
Ser Gln
S Q
Treonina
Thr
T
Asparagina
Asn
Cistena N
Cys
C
Aminocidos de cadeia Lateral Carregada
K R H
Bsicos
Aspartato Glutamato
Carga Negativa
Asp Glu
cidos
D E
Ponto Isoeltrico: pI
Observao
As funes das protenas derivam da diversidade e versatilidade
dos 20 aminocidos naturais e suas variaes
Polmeros de aminocidos
Resultado da unio do grupo -carboxil no aminocido n com o grupo -amino do n+1
Ligao Peptdica
Equilbrio: hidrlise
Resduo Unidade Repetitiva
t1/2= 7 anos em condies brandas
Nomenclatura:
NH2------------------COOH
Sequncia de aminocidos
XYZ # XZY
Peptdeos
Composio varivel de aminocidos
Variao dependente de 20n
n: nmero de aminocidos no polmero
202: 400 dipeptdeos com aa padro
203: 8000 tripeptdeos
Polmeros de aminocidos
Peptdeos: < 50 aminocidos muitos com atividade biolgica
Polipeptdios: >50 e <100 aminocidos
Protenas: a priori > 100 aminocidos
n=100 20100 = 1,27x10130 protenas diferentes de 100 aminocidos padro
A Ligao Peptdica
Rgida e Planar
- Ressonncia: Caracterstica de ligao dupla
Ligao peptdica
Rgida e Planar
Restrio
conformacional
angulao Phi e Psi
Estrutura
tridimensional
Diagrama de Ramachandram
Mostra os ngulos e permitidos
Protenas: Nveis estruturais
Estrutura Primria
Estrutura Primria
sequencia de aminocidos
Estrutura Secundria
Hlice-
Folhas-
Outras
Plot de Ramachandram
de Hlice
- Angulao Phi e Psi Toro de
caractersticos hlice
Favorece
interaes
produtivas
nas faces
5
da hlice
Predileo de
aminocidos
Depende das
caractersticas da cadeia
lateral e volume de
aminocidos adjacentes
Hlice
Interaes entre cadeias laterais adjacentes podem estabilizar ou desestabilizar a Hlice
Momento dipolo
da Hlice
As extremidades da
hlice no realiza
Hlice e suas faces ligaes de H
Volume e carga dos aminocidos na faces
adjacentes (a cada 3-4 aminocidos) afetam a Podem ser
estabilidade estabilizadas por
Aminocidos de
carga oposta
Hlice
Padro de Ligaes de H em hlices polipeptdicas
N de resduos
envolvidos na
volta completa
Hlice
Padro de Ligaes de H em hlices polipeptdicas
do AA n e n + 3.
Alas
So segmentos maiores de 8
a 16 resduos de AA com
estrutura varivel
Estrutura Secundria
Diagrama de
Ramachandram dos
diferentes tipos de Estruturas
secundrias
Permite analisar a
estereoqumica de modelos
3D de protenas
Hlice-
Folha-
Pontes dissulfeto Ligaes de H entre grupos R
Motivos estruturais
Estrutura Supersecundria
Combinaes entre diferentes arranjos de estrutura secundria
Formam padres comuns/recorrentes de enovelamento:
Formam domnios caractersticos de famlias de protenas
Unidade Meandro
Chave grega
Unidade alfa-alfa (Barril )
Domnios
Estruturas autnomas funcionalmente;
Consistem em combinaes de motivos;
Protenas pequenas tem 1 domnio: a prpria protena
Varia de 25 a 300 resduos de aminocidos;
Protenas com mais de 200 resduos multidomnios
Geralmente conectados por loops, dobradias
ou segmentos flexveis ou por interaes fracas;
Conservao de domnios: famlias de protenas.
Relao Estrutura Funo Biolgica
Ausncia de estrutura nativa Ausncia de funo
BSA: ~600 AA
Lisozima
Mioglobina
Domnios
Barril
Domnio N-terminal da
imunoglobulina humana
(PDB acc. Number: 7FAB)
Sanduche
Triose-fosfato-isomerase
(TIM)
247 resduos
Enzima de galinha
(PDB acc. number: 1TIM)
Enovelamento de protenas
Algumas protenas desnaturadas podem renaturar in vitro
Agentes desnaturantes de
protenas freqentemente
utilizados no Lab de Bioqumica:
- Acidez
- Temperatura
- Detergentes
Enovelamento de protenas
A Rnase A pode ser renaturada pela dilise na presena de um agente redutor
- Agente redutor catalisa o enovelamento correto
Ureia
Reenovelamento
-mercaptoetanol
Incorreto
Atividade= ~1%
Denatured and reduced ribonuclease
Native ribonuclease
Atividade = 100% Atividade = 0%
Atividade
~ 100%
-Cristian Anfinsen
= =
MSICA VIDA
Enovelamento protico
O efeito ou colapso hidrfobo
A introduo de um composto hidrofbico perturba a rede de gua;
A gua tende em minimizar seu contato com as molculas hidrofbicas;
A organizao de camadas ou gaiolasde gua entorno de compostos apolares
Alto custo entrpico.
Linguagem de 20 aminocidos
permite a diversidade estrutural
das protenas
O Enovelamento de Protenas
em termos da G
Um conjunto de protenas no-enoveladas no meio aquoso enovelam-se,
espontaneamente (G < 0), para atingirem um estrutura organizada com baixa S.
Protenas so marginalmente estveis!
G= -20-65 kJ/mol
Paradoxo de Levinthal
1 protena de 100 resduos
- Cada resduo experimentando 3 posies 3100
- Tempo de teste para cada posio 10-13 seg
In vitro
O enovelamento ocorre em menos de 1 segundo
In vivo
Ns estamos aqui!!!!
O Enovelamento de Protenas Hierrquico
Protenas se enovelam por uma srie de ajustes conformacionais que reduzem
sua energia livre e entropia at atingir o estado nativo
Tem controle termodinmico
Tem controle Cintico
Vias de Enovelamento Teoria do Funil
O Enovelamento de Protenas Hierrquico
Diagrama energia-entropia: funil de energia
Funil direto
Funil simples - Sem intermedirios
- Parede suave - Processo lento de busca
- Mltiplas vias pela estrutura nativa
- Enovelamento aleatrio e estvel
rpido - Espao conformacional
- Sem intermedirios aleatrio amplo
Funil com
intermedirio
- Intermedirio estvel Funil + comum
- Enovelamento rpido - Mltiplos intermedirios
para o intermedirio semi-estveis
- Lento para a protena - Vias definidas
Nativa - Protenas multidomnios
Enovelamento de protenas
Chaperonas moleculares
Pontes dissulfeto
Protena Dissulfeto isomerase corretas
- maximiza - Podem
superfcie de funcionar
contato devido como
a flexibilidade inibidores por
molecular se enrolarem
reduz tamanho nas protenas
relativo a uma parceiras
protena
globular
Protenas naturalmente desenoveladas
IUPs: intrinsically unfolded proteins
- Podem funcionar como linkers entre domnios ou regies de recrutamento de ligantes
- 1 IUP pode interagir com dezenas de parceiras
p53 e alguns
de seus
parceiros
Dinmica de protenas
As protenas Pulsam ou respiram
Medidas termodinmicas mostram que as protenas so marginalmente estveis
- Protenas de termfilos
- Mutaes stio-dirigidas
- Colgeno de diferentes espcies tm diferentes estabilidades
Movimentos intramoleculares
oscilaes atmicas: deslocamento espacial das ligaes levando variaes de 0,01 1
com tempos de 10-15-10-11 seg.
- desenovelamento local
transiente devido ao movimento
de inflar/desinflar
Dinmica de protenas
Holohemoglobina
Estrutura Quaternria
Possuem diversos eixos de simetria cristalina
Estrutura Quaternria
Reunio de diferentes subunidades
Protenas Globulares
Protenas assume uma forma aproximadamente esfrica
A cadeia se enovela entorno de si mesma formando uma estrutura compacta
Geralmente solveis em gua
Mioglobina e Triose fosfato isomerase
Protenas Fibrosas
Protenas filamentosas com a cadeia distendida ao longo de um eixo
Funo estrutural e de sustentao
Insolveis em gua
Colgeno e Queratina helicoidal
Fiandeiras da aranha
Protenas Fibrosas
Colgeno
Principal protena de sustentao
Repetio do tripeptdeo
30 genes 19 tipos diferentes de colgeno
Gly-X-Y
- Tendes, cartilagens, matriz orgnica ssea e crnea
X= Pro
Y= Hyp
~ 1000 resduos
35%= Gly 11%= Ala 21% = Pro ou Hyp
Forma uma tripla-hlice a
Baixo valor nutricional: gelatina
direita
Somente Gly pode ser acomodada
entre as cadeias
Protenas Fibrosas
Colgeno
Hlice com volta esquerda cadeias alfa 3 aminocidos por volta:
Tripla-hlice com giro sutil direita -Gly no interior
- 3 cadeias supertorcidas entre si
Protenas Fibrosas
Colgeno
-ligaes de H intercadeias
Pro e 4-Hyp induz toro acentuada
da hlice
Protenas Fibrosas
Colgeno
A Conformao do C gama da Pro e HyPro interferem no enovelamento da cadeia G-P-
HyP
Resistncia trmica
Sem HyPro Com HyPro
Tm 41oC Tm 69oC
A reao de hidroxilao da Pro independente de Vitamina C Prolina-4-hidroxilase
- Entretanto, a mesma enzima participa de outra reao que gera Fe3+ sem atividade
HyPro
- A Vitamina C regenera o Fe2+
Protenas Fibrosas
Colgeno
Protenas Conjugadas
Contm aminocidos modificados ou outros grupos ligados
Grupo prosttico (ex: grupo heme)
Protenas monomricas
Formada por apenas uma cadeia polipeptdica
Desprovidas de estrutura quaternria
Classificao de protenas
Protenas oligomricas
Formadas por associaes de subunidades polipeptdicas
Homo = associao de cadeias idnticas
Hetero = associao de diferentes cadeias
Protenas Estruturais
Do forma e sustentao ao organismo
Ex: colgeno
Protenas Funcionais
Desempenham funes diversas
Ex: Catlise enzimtica; transporte, defesa, etc.