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Felipe Trajtenberg
!
Unidad de Cristalografa de Protenas
Institut Pasteur de Montevideo
Por qu estudiar las macromolculas
biolgicas desde un punto de vista
estructural?
Comunidades Ecologa
Poblaciones
Organismos
Fisiologa
In vitro In vivo
Tejidos
Histologa
Clulas Biologa Celular
Molculas
Biologa Molecular/Bioqumica
Atomos Biologa Estructural
Contexto Biolgico
Sequencia
Escalas
estructurales
3D
MESDAMESETMESSRSMYNAMEI
SWALTERYALLKINCALLMEWALL Structure
YIPREFERDREVILMYSELFIMACE
NTERDIRATVANDYINTENNESSE
EILIKENMRANDDYNAMICSRPAD
NAPRIMASERADCALCYCLINNDR
KINASEMRPCALTRACTINKARKI
polymerase
CIPCDPKIQDENVSDETAVSWILL
WINITALL
SSBs
Complexes
helicase
Organism primase
Assemblies
Cell
Structures
Cell
Por qu nos interesan las estructura atmicas
de las macromolculas biolgicas?
etc...
Diagramas 2D
Sitio activo en 3D
Diagramas 2D
Un ejemplo sera como disear nuevas drogas
en forma racional:
Un ejemplo sera como disear nuevas drogas
en forma racional:
Gleevec o Imatinib
SAXS (>30)
RMN
no necesita cristales (aunque la solucin es MUY concentrada) -->>
DINAMICA
est limitada a protenas 'pequeas' (30 kDa ya es difcil)
es fcil detectar qu parte de una protena interacta con ligandos
las estructuras no son muy precisas
(depende del nmero de interacciones que restringan la construccin de
los modelos)
IBR (Rosario), LNLS (Campinas), CNRMN (Rio), prox. FIL (Bs As)
PX
necesita cristales (frecuentemente es difcil)
las estructuras pueden ser muy precisas (depende de la resolucin)
no hay lmite de tamao (se han resuelto estructuras de >106 daltons)
IFSC (So Carlos), IPMONT (Montevideo), LNLS (Campinas)
EM vs cristalografa de protenas
PX
necesita mucha muestra
necesita obtener cristales (frecuentemente 'difcil')
genera estructuras con resolucin atmica - se pueden interpretar los resultados
estructurales en trminos de conformaciones moleculares muy precisas
no tiene un lmite de tamao en la muestra (se han resuelto estructuras de >106
daltons)
EM
no necesita cristales
se necesita menos material
resolucin de 10 o peor- no hay atomicidad, slo blobs
se puede aplicar slo a molculas suficientemente grandes como para ser
"vistas" (ms de 150-300 kDa) - no hay tamaos mximos.
EM vs cristalografa de protenas
PX
necesita mucha muestra
necesita obtener cristales (frecuentemente 'difcil')
genera estructuras con resolucin atmica - se pueden interpretar los resultados
estructurales en trminos de conformaciones moleculares muy precisas
no tiene un lmite de tamao en la muestra (se han resuelto estructuras de >106
daltons)
EM
no necesita cristales
se necesita menos material
resolucin de 10 o peor- no hay atomicidad, slo blobs
se puede aplicar slo a molculas suficientemente grandes como para ser
"vistas" (ms de 150-300 kDa) - no hay tamaos mximos.
Reconstruccin EM de la RNA
Polimerasa de levadura, mostrando
la interaccin entre el ncleo (rojo)
y dos subunidades adicionales (azul)
EM vs cristalografa de protenas
Son tcnicas complementarias!
C u a n d o la e st r u ct u ra d e lo s
co mp o n ente s in divi duale s de u n
complejo ha sido determinada por PX,
pero la forma en la que se ensamblan
no es conocida, un mapa EM a una
resolucin de 15-30 puede ser usado
para ajustar cuantitativamente las
estructuras atmicas y entender las
interacciones moleculares
Reconstruccin EM de la RNA
Polimerasa de levadura, mostrando
la interaccin entre el ncleo (rojo)
y dos subunidades adicionales (azul)
EM vs cristalografa de protenas
Son tcnicas complementarias!
C u a n d o la e st r u ct u ra d e lo s
co mp o n ente s in divi duale s de u n
complejo ha sido determinada por PX,
pero la forma en la que se ensamblan
no es conocida, un mapa EM a una
resolucin de 15-30 puede ser usado
para ajustar cuantitativamente las
estructuras atmicas y entender las
interacciones moleculares
Reconstruccin EM de la RNA
Polimerasa de levadura, mostrando
la interaccin entre el ncleo (rojo)
y dos subunidades adicionales (azul)
Algo de historia
First structural
image by EM
1964
First MD simulation
First protein structure
1977
1958
1953 1978
First structural
image by EM
1964
First MD simulation
First protein structure
1977
1958
1953 1978
First structural
image by EM
1964
First MD simulation
First protein structure
1977
1958
1953 1978
First structural
image by EM
1964
First MD simulation
First protein structure
1977
1958
1953 1978
Rntgen
1889
1934
D. Crowfoot
1949
L. Pauling
1920-1960
1953
1953
1960
myoglobin
Arquitectura, Ingeniera,
Forma, Topologa, Distancias,
Flexibilidad
protein A
Los 20 aminocidos encontrados en las protenas naturales
los aminocidos son
molculas quirales (a
excepcin de la glicina)
La secuencia lineal de
aminocidos define la
estructura primaria
Niveles de complejidad estructural
La secuencia lineal de
aminocidos define la
estructura primaria
Enlace peptdico es planar:
ojo! L vs D no es lo mismo que pptidos cis vs trans
trans cis
ojo! L vs D no es lo mismo que pptidos cis vs trans
trans cis
con lo que aparece el concepto de ngulos dihedros, 3 por
aminocido , y . Estos tres definen el plegamiento!!!
con lo que aparece el concepto de ngulos dihedros, 3 por
aminocido , y . Estos tres definen el plegamiento!!!
= 0 180
pero y pueden tomar cualquier
valor? en teora s (son enlaces
simples)
Grfico de Ramachandran
(distribucin de combinacin de
dihedros de la cadena principal)
Grfico de Ramachandran
(distribucin de combinacin de
dihedros de la cadena principal)
no Gly Gly
efecto estrico de
la cadena lateral
En cuanto a los dihedros de las cadenas laterales (!),
mucha mayor dispersin, aunque energticamente hay
conformaciones preferidas : rotmeros
Estructura terciaria
plegamiento 3D (clases)
Estructura cuaternaria
multmeros y complejos
Las fuerzas no covalentes juegan un rol fundamental
para entender las interacciones : por qu se pliegan la
protenas, cmo interactan con otras molculas
El problema del plegamiento de las protenas...
El problema del plegamiento de las protenas...
Por qu nos interesan las estructura atmicas
de las macromolculas biolgicas?
etc...
Uno de los grandes desafos de la
biologa (estructural)
llenar el 'hueco' entre el mundo molecular y la
clulas vivas un problema de "escala espacial "
Protenas recombinantes
Biosimulaciones
Mutagnesis basada en
Moleculares estructura
Estudios funcionales
(UPR)
Unidad de Cristalografa
de Protenas