Inhibidor enzimtico

inhibidor redirige aqu. Para otras acepciones, vase perturbador.

Modelo estructural de la proteasa del virus del sida unida a un inhibidor de la proteasa,
el ritonavir. La estructura de la proteasa se muestra mediante cintas de color rojo, azul y
amarillo, mientras que el inhibidor es representado por una estructura de esferas y
varillas cerca del centro de la proteasa. Modelo creado a partir del PDB 1HXW.

Los inhibidores enzimticos son molculas que se unen a enzimas y disminuyen su

actividad. Puesto que el bloqueo de una enzima puede matar a un organismo patgeno o
corregir un desequilibrio metablico, muchos medicamentos actan como inhibidores
enzimticos. Tambin son usados como herbicidas y pesticidas. Sin embargo, no todas
las molculas que se unen a las enzimas son inhibidores; los activadores enzimticos se
unen a las enzimas e incrementan su actividad.

La unin de un inhibidor puede impedir la entrada del sustrato al sitio activo de la

enzima y/u obstaculizar que la enzima catalice su reaccin correspondiente. La unin
del inhibidor puede ser reversible o irreversible. Normalmente, los inhibidores
irreversibles reaccionan con la enzima de forma covalente y modifican su estructura
qumica a nivel de residuos esenciales de los aminocidos necesarios para la actividad
enzimtica. En cambio, los inhibidores reversibles se unen a la enzima de forma no
covalente, dando lugar a diferentes tipos de inhibiciones, dependiendo de si el inhibidor
se une a la enzima, al complejo enzima-sustrato o a ambos.

Muchos medicamentos son inhibidores enzimticos, por lo que su descubrimiento y

mejora es un campo de investigacin activo en la bioqumica y la farmacologa. La
validez de un inhibidor enzimtico medicinal suele venir determinada por su
especificidad (su incapacidad de unirse a otras protenas) y su potencia (su constante de
disociacin, la cual indica la concentracin necesaria para inhibir a una enzima). Una
alta especificidad y potencia asegura que el medicamento va a tener pocos efectos
secundarios y por tanto una baja toxicidad.

Los inhibidores enzimticos tambin son usados en la naturaleza y estn implicados en

la regulacin del metabolismo. Por ejemplo, las enzimas en una ruta metablica pueden
ser inhibidas por los productos resultantes de sus respectivas rutas. Este tipo de
retroalimentacin negativa retarda el flujo a travs de la ruta cuando los productos
comienzan a acumularse y es una manera importante de mantener la homeostasis en una
clula. Otros inhibidores enzimticos celulares son protenas que se unen
especficamente e inhiben una diana enzimtica. Esto puede ayudar a controlar enzimas
que pueden ser dainas para la clula, como las proteasas o nucleasas. Un buen ejemplo
es el inhibidor de la ribonucleasa, que se une a esta enzima en una de las interacciones
protenaprotena ms fuertes conocidas.1 Como inhibidores enzimticos naturales
tambin cabe destacar los venenos, que son usados como defensa contra los
depredadores o como forma de matar a una presa.

ndice
1 Inhibidores o sustratos reversibles
o 1.1 Tipos de inhibidores reversibles
o 1.2 Descripcin cuantitativa de la inhibicin reversible
o 1.3 Medicin de las constantes de disociacin en un inhibidor reversible
o 1.4 Casos especiales
o 1.5 Ejemplos de inhibidores reversibles
2 Inhibidores irreversibles
o 2.1 Tipos de inhibiciones irreversibles
o 2.2 Anlisis de la inhibicin irreversible
o 2.3 Casos especiales
o 2.4 Ejemplos de inhibidores irreversibles
3 Descubrimiento y diseo de inhibidores
4 Aplicaciones de los inhibidores
o 4.1 Frmacos
o 4.2 Control metablico
o 4.3 Inhibidores artificiales
4.3.1 Inhibidores de la acetilcolinesterasa
4.3.2 Herbicidas
4.3.3 Desinfectantes
o 4.4 Venenos naturales
5 Vase tambin
6 Referencias
7 Enlaces externos

Inhibidores o sustratos reversibles

Los inhibidores reversibles se unen a las enzimas mediante interacciones no covalentes
tales como los puentes de hidrgeno, las interacciones hidrofbicas y los enlaces
inicos. Los enlaces dbiles mltiples entre el inhibidor y el sitio activo se combinan
para producir una unin fuerte y especfica. Al contrario de lo que ocurre con el sustrato
y los inhibidores irreversibles, los inhibidores reversibles generalmente no
experimentan reacciones qumicas cuando se unen a la enzima y pueden ser eliminados
fcilmente por dilucin o por dilisis.

Tipos de inhibidores reversibles

Inhibicin competitiva: el sustrato (S) y el inhibidor (I) compiten por el sitio activo
(cavidad de la enzima).

Existen tres tipos de inhibidores reversibles. Se clasifican en base al efecto producido

por la variacin de la concentracin del sustrato de la enzima en el inhibidor.2

En la inhibicin competitiva, el sustrato y el inhibidor no se pueden unir a la

misma enzima al mismo tiempo, como se muestra en la figura de la derecha.
Esto generalmente ocurre cuando el inhibidor tiene afinidad por el sitio activo de
una enzima en el que tambin se une el sustrato; el sustrato y el inhibidor
compiten para el acceso al sitio activo de la enzima. Este tipo de inhibicin se
puede superar con concentraciones suficientemente altas del sustrato, es decir,
dejando fuera de competicin al inhibidor. Los inhibidores competitivos son a
menudo similares en estructura al sustrato verdadero (ver ejemplos expuestos
ms abajo).

En la inhibicin no competitiva, el inhibidor se puede unir a la enzima al

mismo tiempo que el sustrato. Sin embargo, la unin del inhibidor afecta la
unin del sustrato, y viceversa. Este tipo de inhibicin se puede reducir, pero no
superar al aumentar las concentraciones del sustrato. Aunque es posible que los
inhibidores de tipo mixto se unan en el sitio activo, este tipo de inhibicin
resulta generalmente de un efecto alostrico donde el inhibidor se une a otro
sitio que no es el sitio activo de la enzima. La unin del inhibidor con el sitio
alostrico cambia la conformacin (es decir, la estructura terciaria o la forma
tridimensional) de la enzima de modo que la afinidad del sustrato por el sitio
activo se reduce.
La inhibicin mixta, ,es una forma de inhibicin mixta donde la unin del
inhibidor con la enzima reduce su actividad pero no afecta la unin con el
sustrato. Como resultado, el grado de inhibicin depende solamente de la
concentracin de inhibidor.

Descripcin cuantitativa de la inhibicin reversible

La inhibicin reversible puede ser descrita cuantitativamente en trminos de la unin del
inhibidor a la enzima y al complejo enzima-sustrato, y sus efectos en las constantes
cinticas de la enzima. En el esquema clsico de Michaelis-Menten mostrado abajo, una
enzima (E) se une a su sustrato (S) para formar el complejo enzima-sustrato (ES). En la
catlisis, este complejo se rompe para liberar el producto (P) y la enzima (E). El
inhibidor (I) puede unirse tanto a (E) como a (ES) con las constantes de disociacin Ki o
Ki', respectivamente.

Los inhibidores competitivos

se pueden unir a (E), pero no a
(ES). La inhibicin competitiva
aumenta el valor de Km (es
decir, el inhibidor interfiere con
la unin del sustrato), pero no
afecta a la Vmax (el inhibidor no
obstaculiza la catlisis en (ES)
porque no se puede unir a
(ES)).3

Los inhibidores no
competitivos tienen afinidades
idnticas por (E) y (ES) (Ki =
Ki'). La inhibicin no
competitiva no cambia la Km (es
decir, no afecta a la unin del
sustrato) pero disminuye la Vmax
(es decir, la unin del inhibidor
obstaculiza la catlisis).3

Los inhibidores de tipo mixto

se unen tanto a (E) como a (ES),
pero sus afinidades por estas
dos formas de enzimas son
distintas (Ki Ki'). Por lo tanto,
los inhibidores de tipo mixto
interfieren con la unin del
sustrato (incremento de Km) y
dificulta la catlisis en el
complejo (ES) (disminucin de
la Vmax).3

Esquema cintico aplicable a los inhibidores enzimticos reversibles.

Cuando una enzima tiene mltiples sustratos, los inhibidores pueden mostrar distintos
tipos de inhibiciones dependiendo del sustrato que se considere, ya que el sitio activo
posee dos diferentes lugares para la unin con el sustrato en el mismo sitio activo, uno
para cada sustrato. Por ejemplo, un inhibidor puede competir con el sustrato A por el
primer sitio de unin, pero ser un inhibidor no competitivo con respecto al sustrato B en
el segundo sitio de unin.3
Medicin de las constantes de disociacin en un inhibidor reversible

Diagramas de Lineweaver-Burke de los diferentes tipos de inhibidores enzimticos

reversibles. La flecha muestra el efecto producido por el incremento de las
concentraciones de inhibidor.

Segn lo observado arriba, un inhibidor enzimtico est caracterizado por sus dos
constantes de disociacin, Ki y Ki', de la enzima y del complejo enzima-sustrato,
respectivamente. La constante del complejo enzima-inhibidor Ki puede ser medida
directamente por varios mtodos. Un mtodo extremadamente exacto es la calorimetra
isoterma de titulacin, en donde el inhibidor es titulado en una solucin de enzimas y el
calor liberado o absorbido es medido.4 Sin embargo, la otra constante de disociacin Ki'
es difcil de medir directamente, ya que el complejo enzima-sustrato tiene un periodo de
vida muy corto y est dando lugar a la reaccin qumica para formar el producto. Por lo
tanto, Ki' suele medirse de forma indirecta, observando la actividad enzimtica bajo
varias concentraciones de sustrato e inhibidor, y ajustando los datos5 a una ecuacin de
MichaelisMenten modificada:

donde los factores de modificacin y ' son definidos por la concentracin del
inhibidor y sus dos constantes de disociacin
As, en presencia del inhibidor, la efectividad de la enzima Km y Vmax es ahora (/')Km
y (1/')Vmax, respectivamente. Sin embargo, la ecuacin de Michaelis-Menten
modificada asume que la unin del inhibidor a la enzima alcanza el equilibrio, el cual
puede ser un proceso muy lento para los inhibidores con constantes secundarias
nanomolares de disociacin. En estos casos, es usualmente ms prctico tratar al
inhibidor de unin fuerte como un inhibidor irreversible (ver abajo). Sin embargo,
todava puede ser posible estimar Ki' cinticamente si Ki es medido
independientemente.5

Los efectos de diferentes tipos de inhibidores enzimticos reversibles en la actividad

enzimtica pueden ser visualizados usando la representacin grfica de la ecuacin de
MichaelisMenten, mediante los diagramas de Lineweaver-Burke o de Eadie-Hofstee.
Por ejemplo, en los diagramas de Lineweaver-Burk a la derecha, las lneas de la
inhibicin competitiva intersecan el eje-y, ilustrando que tales inhibidores no afectan a
la Vmax. De igual manera, las lneas de la inhibicin no competitiva intersecan el eje-x,
mostrando que estos inhibidores no afectan a la Km. Sin embargo, puede ser complicado
estimar Ki y Ki' con precisin en estos diagramas, por lo que es recomendable estimar
estas constantes usando mtodos ms fiables de regresin no lineal,6 segn lo descrito
arriba.

Casos especiales

El mecanismo de la inhibicin parcialmente competitiva es similar al de la

inhibicin no competitiva, excepto que el complejo EIS tiene actividad
cataltica, la cual decrece o incluso aumenta (activacin parcialmente
competitiva) en comparacin al complejo enzima-sustrato (ES). Esta inhibicin
suele exhibir un valor ms bajo de Vmax, pero un valor de Km inalterado.3

La inhibicin acompetitiva se produce cuando el inhibidor se une slo al

complejo enzima-sustrato, no a la enzima libre. El complejo EIS es
catalticamente inactivo. Esta forma de inhibicin es rara y causa una
disminucin tanto en el valor de Vmax como en el de Km.3

La inhibicin por sustrato y por producto es donde el sustrato o el producto

de una reaccin enzimtica inhiben la actividad enzimtica. Este tipo de
inhibicin puede seguir los patrones competitivos, no competitivos o mixtos. En
la inhibicin por sustrato hay una disminucin progresiva de la actividad a altas
concentraciones de sustrato. Esto puede indicar la existencia de dos sitios de
unin entre sustrato y enzima. Cuando hay poco sustrato, se ocupa el sitio de
alta afinidad y sigue la cintica normal. Sin embargo, a altas concentraciones, el
segundo sitio de inhibicin se ocupa, inhibiendo a la enzima.7 La inhibicin por
parte del producto es a menudo una caracterstica reguladora en el metabolismo
y puede ser una forma de retroalimentacin negativa.

La inhibicin lenta y fuerte se produce cuando el complejo enzima-inhibidor

EI inicial experimenta una isomerizacin a un segundo complejo ms
 fuertemente unido, EI*, pero el proceso total de la inhibicin es reversible. Esto
se manifiesta como un lento aumento en la inhibicin enzimtica. En estas
condiciones, la tradicional cintica de MichaelisMenten da un valor falso para
Ki, el cual depende del tiempo. El verdadero valor de Ki puede ser obtenido a
travs de un anlisis ms complejo de las constantes de rango de encendido (kon)
y apagado (koff) para la asociacin del inhibidor (vase la inhibicin irreversible
para ms informacin).3 7

Ejemplos de inhibidores reversibles

Estructura molecular del ritonavir, un inhibidor de proteasa de carcter peptdico.

Puesto que las enzimas han evolucionado para unirse a sus sustratos fuertemente, y la
mayora de los inhibidores reversibles se unen al sitio activo de las enzimas, es poco
sorprendente que algunos de estos inhibidores sean muy similares en estructura a los
sustratos de sus dianas. Como ejemplo de estos imitadores de sustratos caben destacar
los inhibidores de la proteasa, una clase muy efectiva de frmacos antirretrovirales
usados para tratar el VIH. La estructura del ritonavir (figura de la derecha), un inhibidor
de la proteasa, consiste en un pptido con tres enlaces peptdicos. Dicha estructura se
asemeja a la protena que es el sustrato de la proteasa del VIH, por lo que ambos
compiten por la unin al sitio activo de la enzima.8
Los inhibidores enzimticos son a menudo diseados para imitar el estado de transicin
o intermedio de una reaccin catalizada por una enzima. Esto asegura que el inhibidor
cambie el estado de transicin estableciendo un efecto en la enzima, lo que resulta en
una afinidad de unin mejor (baja Ki) que los diseos basados en sustratos. Un ejemplo
de un inhibidor en ese estado de transicin es el frmaco antiviral oseltamivir, que imita
la naturaleza plana del anillo del ion oxonio en la reaccin de la neuraminidasa, una
enzima del virus.9
Estructura molecular del tipranavir, un inhibidor de proteasa de carcter no peptdico.

Sin embargo, no todos los inhibidores estn basados en la estructura del sustrato. Por
ejemplo, la estructura de otro inhibidor de la proteasa del VIH, el tipranavir,
(representada a la derecha), no est basada en un pptido y no tiene similitudes
estructurales obvias con la protena sustrato. Estos inhibidores no peptdicos pueden ser
ms estables que los inhibidores que contienen enlaces peptdicos porque estos no son
sustratos para las peptidasas, con lo que son menos propensas a ser degradadas en la
clula.10

En el diseo de frmacos es importante considerar las concentraciones de sustrato a las

cuales se expondr la enzima en cuestin. Por ejemplo, algunos inhibidores de protenas
quinasas tienen estructuras qumicas que son similares al adenosn trifosfato, uno de los
sustratos de esta enzima. Sin embargo, ciertos frmacos que son simplemente
inhibidores competitivos tendrn que competir con altas concentraciones de ATP en la
clula. Las protenas quinasas tambin pueden ser inhibidas por competencia en el sitio
de unin donde la quinasa interacta con sus protenas sustrato, y la mayora de las
protenas presentes en el interior de una clula se encuentran a concentraciones mucho
menores que las concentraciones de ATP. En consecuencia, si dos inhibidores de
protenas quinasas se unen en sus sitios activos con afinidad similar, pero solo uno tiene
que competir con el ATP, entonces el inhibidor competitivo en el sitio de unin de la
protena inhibir a la enzima ms eficientemente.11

Inhibidores irreversibles

Reaccin del inhibidor irreversible diisopropilfluorofosfato (DFP) con una sern-

proteasa.
Los inhibidores irreversibles normalmente modifican una enzima covalentemente, con
lo que la inhibicin no puede ser invertida. Los inhibidores irreversibles suelen contener
grupos funcionales reactivos como mostazas nitrogenadas, aldehdos, haloalcanos o
alquenos. Estos grupos electroflicos reaccionan con las cadenas de aminocidos para
formar uniones covalentes. Los residuos modificados son aquellos que contienen en sus
cadenas laterales nuclefilos como por ejemplo un grupo hidroxilo o un grupo
sulfhidrilo. Esto incluye a los aminocidos serina (como en el DFP, a la derecha),
cistena, treonina o tirosina.12

Tipos de inhibiciones irreversibles

La inhibicin irreversible es diferente de la inactivacin enzimtica reversible. Los

inhibidores irreversibles son generalmente especficos para un tipo de enzima y no
inactivan a todas las protenas. No funcionan destruyendo la estructura protenica, sino
alterando especficamente la estructura tridimensional del sitio activo inhabilitndolo.
Por ejemplo, el pH y las temperaturas extremas causan la desnaturalizacin de casi
todas las protenas, pero este no es un efecto especfico. De forma similar, algunos
tratamientos qumicos no especficos destruyen la estructura de la protena: por ejemplo,
si son sometidas a una elevada concentracin de cido clorhdrico, el cual hidrolizar
los enlaces peptdicos que mantienen unidos los aminocidos de las protenas.13

Los inhibidores irreversibles dan lugar a una inhibicin dependiente del tiempo y, por
ello, su potencia no puede ser caracterizada mediante la determinacin del valor IC50.
Esto se debe a que la cantidad de enzima activa a una concentracin dada de inhibidor
irreversible ser diferente dependiendo del tiempo de pre-incubacin del inhibidor con
la enzima. Por ello, en lugar del valor IC50, se utiliza el parmetro kobs/[I],14 donde kobs
es el primer valor observado de la tasa de inactivacin (obtenido al representar en una
grfica log (actividad) VS. tiempo) e [I] es la concentracin de inhibidor. El parmetro
kobs/[I] es vlido siempre y cuando el inhibidor no se encuentre a concentraciones
saturantes (en cuyo caso tendramos que kobs = kinact).14

Anlisis de la inhibicin irreversible

Esquema de la cintica enzimtica de los inhibidores irreversibles.

Como se muestra en la figura de la izquierda, los inhibidores irreversibles forman

inicialmente un complejo reversible y no covalente con la enzima (EI o ESI), que
reaccionar posteriormente para producir una modificacin covalente en lo que se
denomina el "complejo del punto muerto" EI*. La tasa a la cual se forma EI* es llamada
tasa de inactivacin o kinact. Puesto que la formacin de EI puede competir con ES, la
unin de los inhibidores irreversibles puede ser prevenida por competencia tanto con el
sustrato como con un segundo inhibidor reversible. Este efecto de proteccin es una
buena evidencia de una reaccin especfica del inhibidor irreversible con el sitio
activo.15

Los pasos de unin e inactivacin de esta reaccin son analizados incubando la enzima
con el inhibidor y midiendo la actividad que va quedando a lo largo del tiempo. La
actividad ir disminuyendo de forma paulatina con tiempo, generalmente siguiendo una
dinmica de decaimiento exponencial. Ajustando estos datos a una ecuacin de rango
podemos obtener la tasa de inactivacin a esta concentracin de inhibidor. Esto se hace
a diferentes concentraciones de inhibidor. Si un complejo EI reversible est involucrado
el rango de inactivacin ser saturable y al ajustarla a esta curva obtendremos los
valores de kinact y Ki.15

Otro mtodo que es ampliamente utilizado en estos anlisis es la espectrometra de

masas. En este caso, la medida exacta de la masa de la enzima nativa sin modificar y de
la enzima inactivada, nos da el aumento en la masa causado por la reaccin con el
inhibidor, con lo que obtenemos la estequiometra de la reaccin. Para llevar a cabo esta
tcnica suele ser necesario el uso de un espectrmetro de masas MALDI-TOF. Una
tcnica complementaria a esta es la huella peptdica, que implica la digestin de
protenas nativas o modificadas con una peptidasa como la tripsina. Esto genera una
serie de pptidos que pueden ser analizados usando un espectrmetro de masas. El
pptido que cambie su masa despus de llevar a cabo la reaccin con el inhibidor ser
aquel que contenga el sitio de la modificacin.16

Casos especiales

Mecanismo qumico para inhibicin irreversible de la ornitina descarboxilasa por medio

de DFMO. El piridoxal 5'-fosfato (Py) y la enzima (E) no se muestran.17 (Adaptado del
artculo que figura en la referencia).

No todos los inhibidores irreversibles forman uniones covalentes con la enzima que
tienen como diana. Algunos inhibidores reversibles se unen tan fuertemente a su
objetivo que son prcticamente irreversibles. Estos inhibidores de unin fuerte suelen
mostrar una cintica similar a la de los inhibidores irreversibles que forman enlaces
covalentes. En estos casos, algunos de estos inhibidores se unen rpidamente a la
enzima formando un complejo EI de baja afinidad, que despus experimenta una
reaccin ms lenta hacia un complejo EI* muy fuertemente unido (ver la imagen
arriba). Este comportamiento cintico es denominado unin lenta.18 Este lento reajuste
posterior normalmente implica un cambio conformacional cuando la enzima se pliega
alrededor de la molcula inhibidora. Como ejemplos de inhibidores de unin lenta cabe
destacar algn frmaco importante como el metotrexato,19 el alopurinol20 y la forma
activada del aciclovir.21

Ejemplos de inhibidores irreversibles

Tripanotin reductasa donde se muestran dos molculas unidas al centro activo: la

inferior es un inhibidor unido de forma irreversible y la superior un inhibidor unido de
forma reversible. Creado mediante PDB 1GXF.

El diisopropilfluorofosfato (DFP) se muestra como un ejemplo de inhibidor irreversible

de la proteasa en el apartado "Inhibidores irreversibles" arriba a la derecha. La enzima
hidroliza el enlace entre el fsforo y el flor, pero el residuo de fosfato se mantiene
unido a una serina en el centro activo, inactivndolo.22 Adems, el DFP tambin
reacciona con el centro activo de la acetilcolinesterasa en la sinapsis de las neuronas, lo
que lo convierte en una potente neurotoxina, con una dosis letal a partir de cantidades
inferiores a 100 mg.23

La inhibicin suicida es un tipo comn de inhibicin irreversible donde la enzima

convierte al inhibidor en una sustancia reactiva en su centro activo. Un ejemplo de esto
es el inhibidor de biosintetizadores de poliaminas -difluorometilornitina o DFMO, que
es un anlogo del aminocido ornitina, y es usado para tratar la Tripanosomiasis
Africana (enfermedad del sueo). La ornitina decarboxilasa puede catalizar la
descarboxilacin del DFMO sustituyendo a la ornitina, como se muestra en la figura del
apartado anterior. Sin embargo, esta reaccin de descarboxilacin es seguida por la
eliminacin del tomo de flor, lo que convierte a este intermediario en una imina, una
especie altamente electroflica. Esta forma reactiva del DFMO reacciona posteriormente
con un residuo de cistena o lisina en el centro activo para inactivar la enzima
irreversiblemente.17

Puesto que la inhibicin irreversible implica a menudo la formacin inicial de un

complejo EI covalente, a veces es posible que un inhibidor pueda unirse a una enzima
de diversas formas. Como ejemplo cabe destacar el caso de la enzima tripanotin
reductasa perteneciente al protozoo y parsito humano Trypanosoma cruzi, donde dos
molculas de un inhibidor llamado mostaza quinacrina, presentan la capacidad de
unirse a su centro activo. La molcula superior se une de forma reversible, pero la de
abajo se une de forma covalente al reaccionar con un residuo de aminocido a travs de
su grupo de mostaza nitrogenada.24
Descubrimiento y diseo de inhibidores
La investigacin y desarrollo de nuevos frmacos es un largo proceso en el cual el
primer paso casi siempre es el descubrimiento de un nuevo inhibidor enzimtico. En el
pasado, la nica forma de descubrir estos nuevos inhibidores era mediante el sistema de
prueba y error: probando un elevado nmero de compuestos contra la enzima a la cual
se quiere inhibir y esperando conseguir alguno que sea efectivo. Esta aproximacin, si
bien se basa en la fuerza bruta, sigue logrando actualmente un gran xito gracias a
nuevos sistemas de barrido, como la qumica combinatoria, que rpidamente producen
un gran nmero de compuestos novedosos, y a la tecnologa basada en la investigacin
de procesamiento de alto-rendimiento, mediante la cual se pueden revisar rpidamente
estas enormes bibliotecas qumicas de inhibidores tiles.25

Ms recientemente, se ha comenzado a aplicar un nuevo tipo de investigacin

alternativa: el diseo racional de frmacos que usa la estructura tridimensional del sitio
activo de una enzima para predecir qu molculas podran ser inhibidores.26 Una vez
realizada la prediccin, se prueban y se selecciona el mejor. Este nuevo inhibidor es
usado despus para tratar de obtener una estructura de la enzima en un complejo
enzima-sustrato para mostrar cmo se une la molcula al sitio activo. Esta estructura es
despus inspeccionada y se llevan a cabo ciertos cambios en la estructura del inhibidor
con el fin de optimizar la unin con la enzima. Este ciclo de prueba y optimizacin se
repite de forma sucesiva hasta obtener un inhibidor lo suficientemente potente, es decir,
cuando se alcanza un valor de la constante de disociacin que est en torno a <10-9 M.27

Aplicaciones de los inhibidores

Los inhibidores enzimticos pueden ser encontrados en la naturaleza, pero tambin son
diseados y producidos como parte de la farmacologa y la bioqumica. Los venenos
naturales son a menudo inhibidores enzimticos que han evolucionado para defender a
una planta o animal contra sus depredadores. Estas toxinas naturales incluyen algunos
de los compuestos ms venenosos conocidos hasta hoy. Los inhibidores artificiales son
a menudo usados como medicamentos, pero tambin existen algunos utilizados como
insecticidas (como el malathion), herbicidas (como el glifosato) o desinfectantes, (como
el triclosn).

Frmacos

Estructura del sildenafil (Viagra).

Comparacin de la estructura del cido flico, un coenzima (izquierda), con la
estructura del metotrexato, un frmaco anti-cancergeno (derecha).

Estructura tridimensional del complejo formado por la penicilina G unida a la

transpeptidasa de Streptomyces. Generado mediante PDB 1PWC.
Los inhibidores enzimticos son utilizados principalmente como frmacos en el
tratamiento de diversas enfermedades. Muchos de estos inhibidores son capaces de
actuar sobre enzimas humanas y as corregir determinadas patologas. Sin embargo, no
todos los frmacos son inhibidores enzimticos. Algunos de ellos, tales como los
frmacos anti-epilpticos, alteran la actividad enzimtica de forma indirecta,
aumentando o disminuyendo la sntesis de dicha enzima. Estos efectos son
denominados induccin e inhibicin enzimtica y consisten en alteraciones en el patrn
de expresin gnica, lo cual no est relacionado con el tipo de inhibicin enzimtica
discutido aqu. Otras drogas interactan con otras dianas celulares que no son enzimas,
como los canales inicos o los receptores de membrana.28 29

Un ejemplo de inhibidor enzimtico teraputico es el sildenafil (Viagra), utilizado como

tratamiento de la disfuncin erctil. Este compuesto es un potente inhibidor de la
fosfodiesterasa tipo 5 especfica de GMPc, una enzima que degrada una molcula de
sealizacin celular, el GMPc.30 Esta molcula de sealizacin es la responsable de la
relajacin del msculo liso y permite el flujo de sangre hacia el interior de los cuerpos
cavernosos del pene, lo cual causa la ereccin. El sildenafil inhibe la actividad de la
enzima que degrada la seal, el GMPc, unindose al mismo sitio que ste debido a su
similaridad estructural. Esto permite que el GMPc no sea degradado y pueda
permanecer activo durante perodos ms largos de tiempo.30

Otro ejemplo de similaridad estructural entre inhibidores y sustratos enzimticos es que

el que se muestra en la figura de la derecha, entre el metotrexato, un frmaco, y el cido
flico, un coenzima. El cido flico es la forma oxidada del sustrato de la dihidrofolato
reductasa, una enzima implicada en la biosntesis de timidina, purinas y aminocidos. El
metotrexato es un potente inhibidor de esta enzima que, al estar relacionada con la
sntesis de nucletidos, presenta una toxicidad especfica de aquellas clulas con una
rpida tasa de crecimiento. Por ello, el metotrexato se utiliza a menudo como frmaco
anticancergeno en quimioterapia.31
Otro tipo de inhibidores enzimticos son utilizados con el fin de inhibir aquellas
enzimas necesarias para la supervivencia de patgenos. Por ejemplo, las bacterias
presentan una gruesa pared celular compuesta principalmente de un polmero
denominado peptidoglicano. Ciertos antibiticos como la penicilina y la vancomicina
inhiben a la enzima responsable de la produccin y el entrecruzamiento de las hebras de
peptidoglicano,32 lo cual da lugar a una prdida de fuerza de la pared celular y, por
consiguiente, a la lisis de la clula, incapaz ahora de resistir la elevada presin osmtica.
En la figura se puede apreciar una molcula de penicilina unida a su diana, la
transpeptidasa de la bacteria Streptomyces R61 (la protena se muestra en un formato de
cintas y la penicilina en un formato de esferas y barras). Tambin se utilizan otro tipo de
toxicidades selectivas mediante antibiticos que aprovechan las diferencias presentes en
la estructura de los ribosomas o en la sntesis de cidos grasos. El diseo de frmacos se
ve muy facilitado en estos casos en los que la enzima diana es esencial para la
supervivencia del patgeno y no est presente o es muy diferente en humanos.32

Control metablico

Los inhibidores enzimticos son tambin importantes a nivel del control metablico.
Muchas de las rutas metablicas que tienen lugar en la clula son inhibidas por
metabolitos que controlan la actividad enzimtica mediante procesos de regulacin
alostrica o inhibicin por sustrato. A modo de ejemplo cabe destacar la regulacin
alostrica de la gluclisis. Esta ruta catablica consume glucosa y produce ATP, NADH
y piruvato. Una de las etapas clave en la regulacin de la gluclisis es la reaccin
catalizada por la fosfofructoquinasa-1 (PFK1). Cuando los niveles de ATP aumentan, el
ATP se une a un sitio alostrico de la PFK1, con lo que se reduce la actividad de la
enzima, la gluclisis se inhibe y los niveles de ATP se reducen de nuevo. Este control
por retroalimentacin negativa (feedback negativo) ayuda a mantener los niveles de
ATP constantes en la clula. Sin embargo, las rutas metablicas no estn nicamente
reguladas por medio de la inhibicin, la activacin enzimtica es igualmente importante.
La enzima PFK1 presenta activadores alostricos, como son la fructosa 2,6-bifosfato y
el ADP.33

La inhibicin enzimtica fisiolgica tambin puede ser producida por inhibidores

proteicos especficos. Este mecanismo se puede observar en el pncreas, donde se
sintetizan multitud de precursores de enzimas digestivas denominadas zimgenos.
Muchos de ellos son activados por la tripsina, una proteasa, por lo que es muy
importante inhibir la actividad de la tripsina en el pncreas con el fin de prevenir
fenmenos de autodigestin. Uno de los mecanismos para mantener la tripsina inactiva
es la produccin de un potente y especfico inhibidor de tripsina en el pncreas. Este
inhibidor se une con una alta afinidad a la tripsina, previniendo as su actividad.34
Aunque el inhibidor de tripsina es una protena, no es hidrolizado por la propia tripsina,
ya que elimina las molculas de agua de su centro activo y desestabiliza el estado de
transicin.35 Otros ejemplos de inhibidores enzimticos fisiolgicos son el inhibidor
barstar, cuya funcin es inhibir la actividad de una ribonucleasa bacteriana denominada
barnasa,36 y los inhibidores de las protein-fosfatasas.37

Inhibidores artificiales
Con el fin de disuadir a los depredadores de semillas, las legumbres incorporan
inhibidores de tripsina, que interfieren con la digestin.

Inhibidores de la acetilcolinesterasa

La acetilcolinesterasa (AChE) es una enzima que se encuentra en los animales, desde

los insectos hasta los humanos. Es esencial en la actividad que desempean las
neuronas, ya que su funcin consiste en la ruptura del neurotransmisor acetilcolina en
sus constituyentes, acetato y colina.38 39 Es un caso nico entre los neurotransmisores,
ya que la mayora de ellos, como la serotonina, la dopamina o la noradrenalina, son
reabsorbidos en la brecha sinptica. Existe un amplio nmero de inhibidores de la
AChE que son utilizados tanto en el campo de la medicina como en el campo de la
agricultura. Algunos de estos inhibidores son reversibles, como el edrofonio, la
fisostigmina, y la neostigmina,40 los cuales son utilizados en el tratamiento de la
miastenia gravis y en la aplicacin de anestesia. Los pesticidas del tipo carbamato son
otro ejemplo de inhibidores reversibles de la AChE. Como ejemplo de inhibidores
irreversibles de la AChE caben destacar los insecticidas organofosforados, como el
malathion, el paratin y el clorpirifs.40

Herbicidas

El glifosato es un herbicida no selectivo de amplio espectro, desarrollado para la

eliminacin de hierbas y arbustos, en especial de aquellos de naturaleza perenne. Es
absorbido por las hojas y no por las races. Se puede aplicar a las hojas, inyectarse a
troncos y tallos, o asperjarse a tocones como herbicida forestal. La aplicacin de
glifosato mata las plantas debido a que suprime su capacidad de generar aminocidos
aromticos. Su modo de accin se basa en la inhibicin de la enzima 5-enolpiruvil-
siquimato-3-fosfato sintetasa (EPSPS), enzima responsable de la sntesis de los
aminocidos aromticos fenilalanina, tirosina y triptfano. Esta ruta bioqumica no se
encuentra presente en animales pero es consumo en humanos.41

Desinfectantes

El triclosn es un potente agente antibacteriano y fungicida, actuando como biocida a

nivel de diversas dianas en el citoplasma y la membrana celular.42 No obstante, a bajas
concentraciones, el triclosn acta como agente bacteriosttico principalmente a nivel
de la inhibicin de la sntesis de cidos grasos. El triclosn se une a la protena
transportadora enoilacil reductasa (ENR), codificada por el gen FabI. Esta unin
aumenta la afinidad de la enzima por el NAD+, lo cual desemboca en la formacin de un
complejo ternario estable de ENR-NAD+-triclosn incapaz de participar en la sntesis de
cidos grasos (molculas imprescindibles en la construccin y mantenimiento de las
membranas celulares). El ser humano no posee la enzima ENR, de modo que no se ve
afectado por el triclosn.42

Venenos naturales

Tanto algunos animales como algunas plantas son capaces de sintetizar una amplia
gama de sustancias venenosas de diverso origen: metabolitos secundarios, pptidos y
protenas, que pueden actuar como inhibidores enzimticos. Las toxinas naturales suelen
ser pequeas molculas orgnicas con tanta diversidad que probablemente existan
inhibidores para la mayora de los procesos metablicos.43 Dicha inhibicin puede
producirse a diferentes niveles en la clula: inhibicin de receptores de membrana, de
canales inicos o de protenas estructurales. Por ejemplo, el paclitaxel (taxol), una
molcula orgnica obtenida del tejo (Taxus), se une con una elevada afinidad a los
dmeros de tubulina, impidiendo as el proceso de polimerizacin de los microtbulos,
crucial, entre otras cosas, en la divisin celular.44

Muchos de estos venenos naturales actan como neurotoxinas capaces de causar

parlisis que pueden llevar a la muerte, pudiendo ser utilizados como estrategia
defensiva frente a los depredadores o como sistema de caza en la captura de presas.
Algunos de estos inhibidores naturales, a pesar de sus caractersticas txicas, son muy
valorados por sus potenciales usos teraputicos cuando son administrados en dosis
adecuadas.45 Como ejemplo de neurotoxina cabe destacar los glicoalcaloides, obtenidos
a partir de las plantas pertenecientes a la familia Solanaceae (entre las que se incluyen la
patata, el tomate y la berenjena), que son inhibidores de la acetilcolinesterasa. La
inhibicin de esta enzima causa un aumento descontrolado de los niveles del
neurotransmisor acetilcolina, lo que conlleva parlisis muscular y muerte. La
neurotoxicidad tambin puede ser el resultado de la inhibicin de receptores, como en el
caso de la atropina, obtenida a partir de la especie Atropa belladonna, que funciona
como un antagonista competitivo de los receptores muscarnicos de acetilcolina.46

Aunque muchas de las toxinas naturales son metabolitos secundarios, algunas son
pptidos o protenas. Como ejemplo cabe destacar a la toxina peptdica alfa-amanitina,
encontrada en los hongos de la especie Amanita phalloides, que es un potente inhibidor
enzimtico capaz de impedir la actividad de la ARN polimerasa II en la transcripcin
del ADN.47 Otra toxina peptdica es la microcistina, encontrada en ciertas algas y capaz
de inhibir ciertas protein-fosfatasas.48 Esta toxina puede contaminar las reservas de agua
si las algas que la producen alcanzan determinados niveles de concentracin. Se ha
demostrado su alto potencial carcinognico y su capacidad de causar hemorragia
heptica aguda y muerte tras una exposicin a altas dosis.49

Las protenas tambin pueden llegar a ser venenos naturales, como es el caso del
inhibidor de tripsina (discutido anteriormente) encontrado en algunas legumbres. Menos
comunes son las enzimas txicas. Este tipo de enzimas actan como inhibidores
irreversibles de dianas enzimticas que modifican qumicamente sus sustratos
enzimticos. Un ejemplo es el ricino, una protena txica extremadamente potente, que
se encuentra en la planta Ricinus communis. Esta enzima es una glicosidasa que inactiva
a los ribosomas. Como el ricino es un inhibidor cataltico irreversible, esto permite que
tan solo una molcula de ricino pueda matar una clula.50
Inhibidores de la Sntesis de Aminocidos
Aromticos
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Inhibicin de la Sntesis de Aminocidos Aromticos

Ahora que se ha entendido la importancia de la enzima EPSP sintasa,
explicaremos como es que el glifosato funciona como un herbicida. Como
puede verse en la Figura 11, las estructuras qumicas del fosfoenolpiruvato
(PEP) y del glifosato son muy similares.

El glifosato acta como un inhibidor competitivo

del PEP y se combina mas fuertemente al
complejo EPSP sintasa-S3P de lo que lo hace
PEP (el substrato natural). Sin embargo, al igual
que el PEP, el glifosato no presenta afinidad por
la enzima aislada; es decir, PEP o glifosato no
se combinan con EPSP sintasa, sino al
complejo EPSP sintasa-S3P. Una gran
Figura 11: Estructuras qumicas del
diferencia entre PEP y glifosato es que la tasa
PEP y el glifosato. de disociacin del complejo EPSP sintasa-S3P-
glifosato es 2300 veces mas lenta que la tasa
de disociacin de EPSP sintasa-S3P-PEP. Debido a esto, una vez que el
glifosato se combina con el complejo EPSP sintasa-S3P la enzima es
virtualmente inactivada (Figura 12), por lo que los aminocidos aromticos no
pueden ser sintetizados. Esto es lo que le da al glifosato su carcter herbicida.
 El glifosato puede tambin ser considerado como
un inhibidor no competitivo de la EPSP sintasa,
con respecto a S3P. Hay ademas otros factores
que contribuyen a la actividad herbicida del
glifosato. La ruta metablica del shikimato es
normalmente controlada por un proceso conocido
como inhibicin por retroalimentacin. En esta
ruta metablica, el arogenato (uno de los
Figura 12: Efecto del glifosato en
productos de esta ruta) es un potente inhibidor de
EPSP sintasa. la primera enzima dentro de la ruta metablica del
shikimato, 3-deoxi-D-arabino-heptolusonato-7-
fosfato sintasa (DAHP sintasa) (Figura 13). La inhibicin de EPSP sintasa por
el glifosato resulta en menores niveles de arogenato, lo que causa una
alteracin de la ruta metablica del shikimato debido a una mayor actividad de
la DAHP sintasa.

Esta animacin es sobre la

naturaleza competitiva del
glifosato.
El glifosato puede tambin ser considerado como
un inhibidor no competitivo de la EPSP sintasa,
con respecto a S3P. Hay ademas otros factores
que contribuyen a la actividad herbicida del
glifosato. La ruta metablica del shikimato es
normalmente controlada por un proceso conocido
como inhibicin por retroalimentacin. En esta
ruta metablica, el arogenato (uno de los
productos de esta ruta) es un potente inhibidor de
la primera enzima dentro de la ruta metablica del
shikimato, 3-deoxi-D-arabino-heptolusonato-7-
fosfato sintasa (DAHP sintasa) (Figura 13). La
inhibicin de EPSP sintasa por el glifosato resulta
en menores niveles de arogenato, lo que causa Figura 13: DAHP sintasa
una alteracin de la ruta metablica del shikimato
debido a una mayor actividad de la DAHP sintasa.

Ahora que se ha entendido la importancia de la enzima EPSP sintasa, explicaremos

como es que el glifosato funciona como un herbicida. Como puede verse en la Figura
11, las estructuras qumicas del fosfoenolpiruvato (PEP) y del glifosato son muy
similares.