Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
Ribeiro Preto - SP
2015
ARTHUR BERTOLDI PEREIRA
rea de Concentrao:
Fsica Aplicada Medicina e Biologia.
Orientador:
Prof. Dr. Antonio Adilton Oliveira Carneiro.
Verso original
Disponvel na FFCLRP - USP
Ribeiro Preto - SP
2015
ii
FICHA CATALOGRFICA
Aprovado em: / / .
Banca Examinadora
Julgamento: Assinatura:
Julgamento: Assinatura:
Julgamento: Assinatura:
iv
Dedico esse trabalho minha esposa, aos meus pais, irmos, sobrinhos e
cunhados, por terem aceitado estar ao meu lado nessa encarnao.
v
Agradecimentos
HC, por toda ajuda prestada para a realizao dese trabalho e por terem aberto as
portas do HC para que tudo isso se tornasse realidade.
A todos os meus colegas e tcnicos de laboratrio, por toda ajuda prestada e
por compartilharem comigo nossas angstias e anseios nessa caminhada acadmica.
Faculdade de Filosofia, Cincias e Letras de Ribeiro Preto, pela
oportunidade da realizao do curso de Mestrado.
Coordenao de Aperfeioamento de Pessoal de Nvel Superior CAPES,
pelo apoio financeiro para a realizao desta pesquisa e pela concesso da bolsa de
Mestrado.
Arthur.
vii
Resumo
Este trabalho teve como objetivo estudar um caso especfico de epilepsia refratria
causada por uma m formao no tecido cerebral, denominada displasia cortical
focal (DCF). Por ser uma m formao no crebro, suas consequncias aparecem
desde a infncia, em que ela, a DCF, a principal causadora das epilepsias de caso
refratrio. O mapeamento da regio com DCF geralmente feito atravs de imagens
de ressonncia magntica em conjunto com outras tcnicas, como, por exemplo,
o PET (position emition tomography), o EEG (eletroencefalograma) intracraciano,
entre outras. Contudo, por serem tcnicas muito caras, de difcil realizao ou muito
invasivas, e por sabermos que as regies displsicas possuem uma rigidez diferente da
do restante do crebro, foi proposto nesta dissertao o estudo desses casos utilizando
uma tcnica barata, simples, no invasiva e sensvel rigidez tecidual, a elastografia
por ultrassom, na qual, para causar a deformao do tecido cerebral, foram usadas
prprias artrias internas do crebro.
Para tal estudo, criamos um algoritmo de processamento de dados com uma
interface grfica GUI (graphical user interface) capaz de mudar os parmetros de
processamento e ver seus resultados em tempo real. Em seguida, esse algoritmo
foi estudado em um ambiente controlado in phantom, no qual construmos um
bloco de 10 x 10 x 12cm3 , preenchido com material que mimetiza as propriedades
mecnicas e acsticas do tecido mole e inserimos nele uma bexiga canudo preenchida
com um fluido simulador de sangue e uma incluso mais rgida do que a base
do material, posicionada acima do canudo. Foi utilizado, tambm, um acionador
ix
Abstract
The mainly goal of this work was to study a specific case of refractory epilepsy
generated by a malformation in the brain tissue, called focal cortical dysplasia
(FCD). Due the fact it is a brain malformation its effects show up since the childhood
where it is the principal epilepsy generator. The mapping of this region is usually
made by magnetic resonance images with another technique, such as, for instance,
the PET (position emition tomography), the EEG (electrocardiogram), and others.
However, for the fact that these techniques are expensive, difficult to perform or
invasive, and knowing that the dysplastic regions are stiffer than the regular brain
tissue, it was proposed in this dissertation the use of ultrasound elastography as a
cheaper, simpler and noninvasive image modality capable to detect differences in
the tissue stiffness of the FCD region. To generate the strain in the brain tissue it
was used the pulsation of the local arteries.
To achieve our goal, we created a data processing algorithm in MATLAB
with a graphic user interface (GUI) capable to change the processing parameters
to see its results in real time. This algorithm was tested in phantom using a block
of tissue mimicking material (10 x 10 x 12cm3 ). A balloon of latex filed with a
blood mimicking fluid was immersed in the middle of the phantom and a cylindrical
inclusion of 1cm of diameter was immersed above the balloon. The bulb of the
balloon was keep outside of the phantom to be mechanically pressured by a dedicated
magnetic actuator, simulating the mechanical pulsation of the brain arteries. The
velocity and elastography images were studied using just the strain caused by the
displacement of the wall of the balloon tube inside the phantom. The period of
xi
Lista de Figuras
4.4 Mdia das ROIs ao longo do tempo com filtro passa banda de
frequncias de corte de fh = 60 BP M e fl = 240 BP M . . . . . . . . 41
4.5 FFT da mdia das ROIs ao longo do tempo com filtro passa banda
de frequncias de corte de fh = 60 BP M e fl = 240 BP M . . . . . . . 42
4.6 Estudo do processo de construo de uma imagem elastogrfica. (a)
imagem modo B; (b) imagem da velocidade axial. Nesta etapa
aplicamos um filtro de mediana de 3 x 3 pxs duas vezes, para
retirarmos os pontos de baixa correlao; (c) imagem da deformao
axial; (d) mdulo da imagem (c); (e) imagem (d) na escala de cores
mais utilizada na literatura; (f ) parte da imagem (e) sobreposta
imagem (a). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
4.7 Imagens (b) e (c) da Figura 4.6 (sem scan conversion) mostrando
a localizao das regies de interesse nos mapas de: (a) Velocidade
Axial; e (b) Deformao Axial. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
4.8 Curvas em azul: mdia das ROIs ao longo do tempo. Curvas em
vermelho: mdia filtrada das ROIs ao longo do tempo, onde as
frequncias de cortes so fh = 48 BP M e fl = 78 BP M . . . . . . . . 45
4.9 FFT das mdias da ROI ao longo do tempo com filtro passa banda
de frequncias de corte de fh = 48 BP M e fl = 78 BP M . . . . . . . 46
4.10 Estudo do processo de construo de uma imagem elastogrfica. (a)
imagem modo B; (b) imagem da velocidade axial. Nesta etapa
aplicamos um filtro de mediana de 3 x 3 pxs trs vezes, para
retirarmos os pontos de baixa correlao; (c) imagem da deformao
axial; (d) mdulo da imagem (c); (e) imagem (d) na escala de cores
mais utilizada na literatura; (f ) parte da imagem (e) sobreposta
imagem (a). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
4.11 Imagens (b) e (c) da Figura 4.10 (sem scan conversion) mostrando
a localizao das regies de interesse nos mapas de: (a) Velocidade
Axial; e (b) Deformao Axial. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
4.12 Curvas em azul: mdia das ROIs ao longo do tempo. Curvas em
vermelho: mdia filtrada das ROIs ao longo do tempo, onde as
frequncias de cortes so fh = 60 BP M e fl = 120 BP M . . . . . . . 50
xv
4.13 FFT das mdias da ROI ao longo do tempo com filtro passa banda
de frequncias de corte de fh = 60 BP M e fl = 120 BP M . . . . . . . 51
xvi
Lista de Tabelas
Sumrio
1 Introduo 1
1.1 Displasia cortical focal, ultrassom e elastografia . . . . . . . . . . . . 1
1.2 Objetivos da dissertao . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.3 Estrutura da dissertao . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
2 Teoria 4
2.1 Displasia cortical focal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
2.1.1 Definio e formao . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
2.1.2 Classificao e traos caractersticos . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.2 Fundamentos do ultrassom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.2.1 Funcionamento do ultrassom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.2.1.1 Reflexo e refrao de uma onda mecnica num tecido 8
2.2.1.2 Espalhamento de uma onda mecnica num tecido . . 9
2.2.1.3 Atenuao de uma onda mecnica num tecido . . . . 10
2.2.2 Processamento de imagem: o modo B . . . . . . . . . . . . . . 11
2.2.3 A tcnica elastogrfica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.2.3.1 Mapa de velocidade . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.2.3.2 Mapa de deformao . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.2.3.3 Ps Processamento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3 Materiais e mtodos 18
3.1 Teste experimental in phantom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.1.1 O simulador de tecido biolgico desenvolvido . . . . . . . . . . 19
3.1.2 Montagem experimental . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.1.3 Medida da frequncia do batimento . . . . . . . . . . . . . . . 21
xviii
4 Resultados e discusso 37
4.1 Teste Experimental in phantom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
4.2 Anlise in vivo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
4.2.1 Cirurgia 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
4.2.2 Cirurgia 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
5 Concluso 52
Referncias Bibliogrficas 53
1 Introduo
2 Teoria
pi + p r = pt (2.3)
Figura 2.2: Ilustrao de uma onda mecnica plana viajando entre dois meios
homogneos de impedncias mecnicas diferentes.
Figura 2.3: Ilustrao de como duas ondas se propagando num meio em que no
h atenuao, onda vermelha, e em que h, onda azul.
=| H(r(z)) | (2.9)
O resultado dessas operaes pode ser aferido na Figura 2.4. A curva em azul
uma coluna de RF mostrada na ntegra, j a vermelha, o mdulo da transformada
de Hilbert da primeira. Note como a curva vermelha envolve a azul, ela nos apresenta
somente o envelope da outra curva.
B = B log(C + ) (2.10)
(a) (b)
no temos controle nenhum sobre a fora que est gerando a deformao do tecido
e, dessa forma, para provar que realmente eram as artrias cerebrais que estavam
pressionando o tecido cerebral, foi feito uma anlise das frequncias que existem em
nossos dados e comparou-se com a frequncia cardaca do paciente no momento da
aquisio.
Alm disso, diferentemente do modelo de Ophir, utilizou-se um transdutor
micro convexo ao invs do linear. Seu modelo e as razes dessa escola sero melhor
discutidos no prximo captulo.
r = r[m, n, k] (2.11)
Figura 2.6: Ilustrao das ROIs e dos kernels nos dois mapas de RF.
(a) (b)
Figura 2.7: Correlao Cruzada. (a) Grfico mostrando dois kernels de pares de
frames; (b) Grfico que mostra o processamento da correlao cruzada no espao
K.
v[m] = a m + b (2.18)
2.2.3.3 Ps Processamento
3 Materiais e mtodos
Figura 3.4: Esquema que mostra como eram realizadas as aquisies durante as
cirurgias.
como era feito o processamento; 3. alm disso ele era bastante lento, pois utilizava
cdigos genricos do MATLAB, nada especfico para o nosso estudo.
Para solucionarmos o primeiro problema, adaptamos um framework em
ambiente MATLAB que estava sendo desenvolvido por outro aluno de mestrado de
nosso grupo, [Sampaio 2014], com uma interface grfica de usurio (GUI - graphical
user interface), para atender aos nossos casos clnicos. Esse cdigo permite ao
usurio verificar, em tempo real, como uma alterao em algum parmetro na
cadeia do processamento altera seu resultado final, ou seja, podemos estudar a
anlise de dados em cada etapa. Essa modificao no s aumentou a velocidade da
otimizao de parmetros como tambm, tornou a compreenso de diferentes partes
do processamento mais fceis.
Para a soluo dos outros dois problemas fizemos duas aes: substitumos o
algoritmo de Block Matching 2D pela tcnica de elastografia 1D tradicional porm
com uma diferena, a correlao cruzada normalizada calculada no espao de
frequncia, onde uma convoluo simplesmente uma multiplicao, o que torna o
cdigo muito mais veloz; e substitumos o algoritmo do MATLAB do mtodo dos
mnimos quadrados, por um algoritmo, desenvolvido por ns, feito para o nosso
caso clnico, para o clculo do mapa de deformao. Essas mudanas esto melhor
descritas no Captulo 2 dessa dissertao.
Na Figura 3.5 mostramos um print screen de nosso MATLAB GUI. Todos
seus botes e sua funcionalidade sero discutidas a seguir.
6. Cursor que escolhe qual imagem entre as processadas ser mostrada na parte
1. dessa etapa;
Vejamos agora, pela Figura 3.11, mostrada acima, quais so as partes que
3.3 - Implementao computacional 34
Jan. (t0,tf ): janela temporal (tempo inicial e final) onde ser estudado
o comportamento da ROI, em milisegundos (ms);
Aps a etapa de aquisio dos dados, fazemos a correlao entre seus frames,
encontramos sua mxima correlao, por meio de de um ajuste parablico, e, ento,
conseguimos calcular o mapa de velocidade (todos os passos aqui mencionados so
encontrados detalhadamente no Captulo 2).
3.4 - Fluxo do processamento de dados 36
4 Resultados e discusso
(a) (b)
Figura 4.2: Imagens (b) e (c) da Figura 4.1 (sem scan conversion) mostrando
a localizao das regies de interesse nos mapas de: (a) Velocidade Axial; e (b)
Deformao Axial.
menor do que as outras duas. Este resultado faz todo sentido porque a incluso
mais rgida que o restante do phantom, ou seja, ao aplicarmos uma compresso no
tecido, ela dever se deformar menos que o restante do phantom. Note que, mesmo
na imagem filtrada esse comportamento se repete.
4.1 - Teste Experimental in phantom 41
Figura 4.4: Mdia das ROIs ao longo do tempo com filtro passa banda de
frequncias de corte de fh = 60 BP M e fl = 240 BP M .
Figura 4.5: FFT da mdia das ROIs ao longo do tempo com filtro passa banda
de frequncias de corte de fh = 60 BP M e fl = 240 BP M .
4.2.1 Cirurgia 1
Processamento e imageamento
Para construirmos as imagens de modo B, de velocidade e de deformao
dos dados in vivo, utilizamos do mesmo mtodo citado no primeiro pargrafo da
seo anterior, a anlise in phantom. O resultado desse processamento mostrado
na Figura 4.6 logo abaixo.
(a) (b)
Figura 4.7: Imagens (b) e (c) da Figura 4.6 (sem scan conversion) mostrando
a localizao das regies de interesse nos mapas de: (a) Velocidade Axial; e (b)
Deformao Axial.
Figura 4.8: Curvas em azul: mdia das ROIs ao longo do tempo. Curvas em
vermelho: mdia filtrada das ROIs ao longo do tempo, onde as frequncias de
cortes so fh = 48 BP M e fl = 78 BP M .
Figura 4.9: FFT das mdias da ROI ao longo do tempo com filtro passa banda
de frequncias de corte de fh = 48 BP M e fl = 78 BP M .
Resultados Clnicos
Alm de j sabermos pelos neurocirurgies que aquela regio que analisamos
era mais rgida que a restante, sabemos os resultados da anlise histolgica de
clulas retiradas do tecido supostamente displsico durante a cirurgia. Segundo
esses dados, a regio que analisamos era um tumor neuroepitelial disembrioblasico
grau I - displasia cortical focal tipo III-B, pelo critrio de ILAE.
A partir de tudo que foi mostrado nesta subseo, podemos afirmar que as
imagens produzidas por nossa tcnica de imageamento so, de fato, imagens da
displasia cortical presente no crebro do paciente.
4.2.2 Cirurgia 2
Processamento e imageamento
Seguindo o mesmo mtodo de processamento descrito na subseo anterior,
porm com a diferena de que aplicamos filtro de mediana trs vezes nesse caso,
chegamos s imagens da Figura 4.10 logo abaixo.
Note que, neste exemplo j possvel ver que existe um tecido diferente
at mesmo no modo B, no entanto, ao compararmos as imagens de velocidade e
deformao, (b) e (c), respectivamente, com a modo B, (a), notamos que existem
regies, identificadas como displsicas, nas imagens (b) e (c) que no possvel de
enxergarmos na imagem (a). Essas regies mostram que mesmo quando trabalhamos
com displasias visveis ao modo B ou at mesmo ressonncia magntica possvel
que no estejamos visualizando toda a sua extenso. Dessa forma, a partir desse
fato podemos entender a preocupao dos mdicos de no darem um diagnstico
baseado apenas nas imagens de ressonncia magntica e usarem de outras tcnicas de
imagem diagnstico para basearem seus procedimentos (assim como j foi discutido
no Captulo 2).
Aqui nessas imagens tambm vemos o mesmo fenmeno de falsa rigidez nas
regies prximas ao transdutor. A explicao para esse efeito j foi discutido na
seo anterior.
4.2 - Anlise in vivo 48
(a) (b)
Figura 4.11: Imagens (b) e (c) da Figura 4.10 (sem scan conversion) mostrando
a localizao das regies de interesse nos mapas de: (a) Velocidade Axial; e (b)
Deformao Axial.
Figura 4.12: Curvas em azul: mdia das ROIs ao longo do tempo. Curvas em
vermelho: mdia filtrada das ROIs ao longo do tempo, onde as frequncias de
cortes so fh = 60 BP M e fl = 120 BP M .
4.2 - Anlise in vivo 51
Figura 4.13: FFT das mdias da ROI ao longo do tempo com filtro passa banda
de frequncias de corte de fh = 60 BP M e fl = 120 BP M .
Resultados Clnicos
Neste caso, j sabamos que havia uma DCF nessa regio pois a ressonncia
magntica a havia detectado. Contudo, ainda assim foi feita uma bipsia e uma
anlise histolgica das clulas do tecido no sadio, e o resultado encontrado foi que
o tecido era de fato uma displasia cortical focal, do tipo II-B, pelo critrio de ILAE.
Portanto, mostramos aqui nesta seo que nosso processamento capaz de
detectar este tipo de patologia durante as neurocirurgias. Alm disso, mostramos
que mesmo que a DCF j tenha sido detectada por outras tcnicas de imagem
diagnstico, para casos como esse, ainda assim necessrio uma segunda tcnica
para podermos confirmar o resultado da primeira.
52
5 Concluso
Referncias Bibliogrficas
A Perspectivas de trabalhos
futuros