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Revista ECIPer Volumen 13, nmero 1 Julio 2016

Estudio fractal de la superficie de la hoja de la especie vegetal Copaifera sp. haciendo


uso del Microscopio de Fuerza Atmica-AFM

Study fractal leaf surface of the plant species Copaifera sp. using the Microscope
Atomic-Force-AFM
Mario Omar Calla Salcedo1, Robert Ronald Maguia Zamora2, y Jos Carlos Tavares Carvalho 3

1,2,3
Universidade Federal de Amap,
Rodovia Juscelino Kubitschek de Oliveira, Km 02 - s/n, Bairro Jardim Marco Zero - Macap -AP, CEP 68.902-
280

Resumen

Las especies de copaifera sp, que tambin son denominadas de copaba y que son ampliamente utilizadas en
la medicina popular debido a sus propiedades etnofarmacolgicas. Este trabajo fue realizado con el objetivo
de padronizar las hojas, mediante el estudio de la textura superficial da la hoja, para eso se necesita la
obtencin de los parmetros fractales como la dimensin Fractal, Lagunaridad y succolaridad, haciendo uso
de los datos que proporciona el Microscopio de Fuerza Atmica, ms conocido como AFM (por las siglas en
ingls) se trabaj con la rea ptima (25x25 m2), con el procesamiento de datos y aplicando la geometra
fractal, se desarrollaron los algoritmos haciendo uso del programa computacional Fortran 77, el estudio fue
realizado a partir de la dificultad que se tiene al diferenciar una especie de otra de la Copaifera sp, ya que
para hacer tal identificacin se necesita la flor y hoja, esto es porque la planta solo florece una vez al ao, y
por eso se est proponiendo una manera ms fcil, y efectiva da tal identificacin solo haciendo uso de la
hoja de la Copaifera sp, para el clculo de la dimensin fractal se hizo uso del mtodo de conteo de cajas
(Box-Counting), se us este mtodo por su simplicidad y exactitud, la dimensin fractal va a servir para
calcular la rugosidad y porosidad de la superficie de la hoja de la Copaifera sp., donde el valor de la rugosidad
obtenido por medio de la dimensin fractal es ms exacto que el clculo de la rugosidad por medio de la
geometra Euclidiana. La lagunaridad, es otro parmetro fractal, que sirve para medir el grado de uniformidad
de los huecos en la superficie de la hoja de la Copaifera sp, para el clculo de la lagunaridad se hizo uso de
mtodo conteo de Caja Diferencial (Differential Box Counting) que es un mtodo basado en el conteo de caj
(Box-Counting), si la lagunaridad es mucho mayor que 1, existe mayor desorden de los huecos, si la
lagunaridad es ms prximo a 1, existe menor desorden, ahora si la lagunaridad es igual 1, la superficie es
completamente uniforme, seria invariante a la rotacin. La succolaridad es el ltimo parmetro fractal que se
aplic al estudio de la superficie de la hoja, que mide la capacidad de un flujo de agua de atravesar toda la
superfcie en una determinada direccin, a este proceso se le llama percolacin, se midi la succolaridad en
las cuatro direcciones es decir de arriba hacia abajo, de abajo hacia arriba, de izquierda a la derecha, y por
ultimo de derecha a la izquierda. Teniendo calculado los tres parmetros fractales: dimensin fractal,
lagunaridad, y succolaridad, se tiene caracterizado completamente la superficie foliar.

Descriptores: Copaifera. Dimensin Fractal. Lagunaridad. Succolaridad. Textura.

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Abstract

The species of Copaifera sp. which are also called copal are widely used in folk medicine due to its
ethnopharmacological properties. This work was accomplished with the purpose of the possibility of
standardization of the leaves, on the study of the surface texture of the leaf, for this you need to obtain the
fractal parameters as fractal dimension (roughness, porosity), lacunarity (rotational invariance of the holes )
and succolarity (percolation), making use of the data of the Atomic Force Microscopy (AFM) worked with the
optimal area (25x25 m2), with the data process and applying fractal mathematics, algorithms were developed
with the computer program Fortran 77. The study was conducted from difficulty that one has to distinguish one
species from another of Copaifera sp., and to make such identification is needed flower and leaf Copaifera sp.,
this is because the plant blooms only once a year. That's why it is proposing an easier and effective way to
such identification, only making use of leaf Copaifera sp. for the calculation of the fractal dimension. It will
make use of Box Counting method for its simplicity and exactitude, which will serve to calculate the roughness
and porosity of the surface of the sheet Copaifera sp. It is expected that the value of roughness obtained by
the Fractal geometry is more accurate, the calculation of roughness with Euclidean mathematics. The
Lacunarity is another fractal parameter used to determine readily the uniformity of the holes for the calculation
of lacunarity be made using the method of the counting boxes (Differential Box Counting) which is a method
based on the counting boxes (Box-Counting), but the lacunarity is much greater than one, there is greater
disorder of the holes.The lacunarity is closer to 1, there is less clutter, now the lacunarity is equal to 1, the
surface is completely uniform, is down is invariant rotation, it is expected that lacunarity of Copaifera sp leaf is
close to an a succolarity is the last fractal parameter that is doing applied to the study of surfaces, which
measures the ability of a flow through the entire surface that serves to measure the percolation surface level. It
is measured succolarity in the four directions is down from above down, bottom-up, from left to right, and finally
from right to left. When it has calculated the three fractal parameters: fractal dimension, lacunarity and
succolarity, it is possible to have fully characterized the leaf surface.

Keywords: Copaifera. Fractal Dimension. Lacunarity. Succolarity. Texture

1. Introduccin son simplemente no contemplan para su anlisis,


tales como las hojas, por ejemplo [7]
En la literatura los datos divergen en cuanto al Este trabajo tratara sobre el anlisis y la
nmero exacto de especies pertenecientes al gnero caracterizacin por microscopia de fuerza atmica
Copaifera, de acuerdo con Mabbeley (1990), este (AFM, sigla en ingls de Atomic Force Microscopy)
gnero posee 30 especies. Sin embargo, fueron el cual es posible el acceso directo a la topografa de
encontrados 118 registros de nombres especficos y superficies en crecimiento de la hoja de la Copaifera
variedades en el banco de datos taxonmicos del sp. Con eso, surge la necesidad de desenvolver
Missouri Botanical Garden (www.tropicos.org), de mtodos matemticos y computacionales que
esas 82 especies consideradas validas y 116 en el permitan describir las superficies rugosas e asociar
International Plant Name Index(www.ipni.org), sus caractersticas morfolgicas al proceso de
siendo 72 especies vlidas. La discordancia de los crecimiento de la superficie de las hojas Copaifera
nmeros exactos en relacin las especies del gnero sp.
debe estar ligada a varias sinonimias botnicas En general, las imgenes de la superficie de hojas
asociadas a algunas especies, reforzando la tienen formas irregulares y la geometra euclidiana
necesidad de estudios ms detallados sobre el se utiliza con frecuencia para describir esferas,
gnero y una revalidacin de las especies validas [4] conos, etc, es inadecuada para ciertas topologas
El profesional del rea taxonmica debe tener un que analizan muchos fragmentos (de forma
amplio conocimiento y las habilidades, lo que irregular). Por lo tanto, es necesario utilizar una
requiere un largo perodo de formacin; A pesar de geometra capaz de proporcionar mtodos para
las caractersticas ofrecidas por las flores y los frutos describir cuantitativamente la forma general de un
han sido muy tiles, no siempre estn disponibles objeto.
para el estudio; algunas de las caractersticas se
pierden durante el proceso de desecamiento, como
el color, el brillo, etc. y algunas partes de la planta

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2. Materiales y mtodos

2.1 Colecta de material vegetal y anlisis


microscpico

Las hojas de la Copaifera sp. se recogen de una


planta adulta en la maana., sern obtenidos de un
rea del museo Sacaca en la ciudad de Macap,
ubicada en la Avenida 1583 Feliciano Coelho, las
hojas se eligen situados en las partes intermedias de
la planta que no han sido afectados por agentes
patgenos, ya que afectan a la estructura de la hoja.
Todas las hojas se lavaron inicialmente con agua Figura 1: Topografia de la superficie de la Copaifera
corriente, por lo que las impurezas se retiran a sp.
travs del proceso de auto-limpieza, y se coloca en
recipientes que contienen una pequea cantidad de
agua para evitar que se sequen. Se llevan al
Laboratorio de Materiales (LABMAT) de Fsica de la
Universidad Federal de Amap (UNIFAP) para el
anlisis y caracterizacin por AFM.

2.2 Caracterizacin Microscopio de Fuerza


Atmica-AFM

Las muestras se lavaron de nuevo en corriente de


agua y se dejaron en condiciones ambientales
durante un cuarto de hora para que posibles gotas
de agua que quedan en su superficie se evaporen y
no afectan a la calidad de la imagen por AFM. A
continuacin, las muestras se cortan a 1,5 cm2 rea
en la regin central de las hojas y se llevan a cabo Figura 2 Perfil horizontal de la imagen de la
su anlisis bajo AFM. Copaifera sp.
El anlisis se llevaron a cabo en condiciones
ambientales en una microscopio de fuerza atmica, Una de las caracterisiticas generales de sistemas
modelo Nanosurf Easyscan 2 midiendo en modo biolgicos, donde se incluyen a las superficies de las
Tapping, es decir, utilizando un cantilever NCST-50 hojas vegetales es su naturaleza fractal [5]
de Silicio con recubrimiento reflectante de aluminio, Se aprecia en la figura 1, la topografia de la hoja de
con una frecuencia 160 resonancia kHz y constante la Copaifera sp. Donde se trazo una linea oblicua
elstica de 7,4 N/m, espesor 28 m, longitud 150 donde obtenemos el perfil, y se observa en la figura
m, ancho 26 m opera en el modo de contraste de 2 que existen formas parecidas y cada vez mas
fase en una proporcin de 1 lnea de escaneo por 3 pequea (encerrada con circulos de color rojo). Lo
segundos. cual de se demuestra que la superficie foliar a nivel
nanomtrico tiene un comportamiento fractal.
3. Fractales
3.1.1. Mtodo Box-Counting
3.1 Dimensin fractal
La palabra fractal fue acuado en 1975 por el El Metodo Box-Counting es el mas conocido, debido
matemtico Benoit Mandelbrot. Tomando esta a su facilidad de implementacion. Consiste en dividir
palabra del latn fractus o frangere, lo que sugiere en mitad la imagen, con cuadrados de tamaos
"fragmentada, rota, discontinua e irregular (E diferentes y contar la cantidad de cuadrados
RIVERA ; R LPEZ; 2011) necesarios para cubrir toda la forma presente en la
imagen, tal como se representa en la figura 3 [9]
Matemticamente se calcula la Dimension Fractal
(Df) de la siguiente manera

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() Fractal RMS (m)
= . . . (1)
() 0,78x0,78 2,1050 0,0351
1,56x1,56 2,1460 0,0337
Donde es el numero de divisiones por lado, y es 3,13x3,13 2,1161 0,0518
el numero de cuadrados que contiene la imagen 6,25x6,25 2,1095 0,1234
(cuadrado de color amarillo) 12,5x12,5 2,1094 0,2263
25x25 2,1263 0,4436
50x50 2,1579 0,7026
100x100 2,2213 1,1205

Los valores de la dimensin fractal fueron obtenidos


por medio del software Gwyddion que es software
libre y de cdigo abierto cubierto por la Licencia
Pblica General de GNU. El cual hace uso del
mtodo Box-Counting.
Los valores de la rugosidad fueron obtenidos por
medio del software libre WSxM 5.0 develop 7.0

3.2. Lagunaridad

La Lagunaridad es una medida adimensional de la


heterogeneidad de un conjunto de datos, con la cual
se busca medir el grado de aglomeraciones de los
Figura 3. Mtodo Box-Counting mismos y los padrones espaciales a diferentes
escalas. (Mandelbrot-1982)
4 Entre las aplicaciones para la medida de lagunaridad
y = 1.0919x + 0.3879 podemos citar
3.5
R = 0.9969 1. Diagnostico automtico de clulas de
3 tumores (Plotnick R. E.1993, Einstein A. J.
Ln(n)

2.5 1998)
2 2. Estudio de ecosistemas (Plotnick R. E.1993)
3. Estudio de morfometra de slidos
1.5 porosos.(Armatas G.S.2002)
1 4. Caracterizacin de neuronas. (Smith
0.5 1.5 2.5 3.5 A.J.1996)
Ln(N) 5. Caracterizacin da distribucin espacial en
clulas retnales.(Costa L,da F, 2004)
Grafica 1: Dimensin Fractal 6. Padrones de expresin gentica. .(Costa
L,da F, 2004)
() Para las superficies fractales la lagunaridad
= = 1,0919 disminuye con el aumento del tamao de la caja
() seleccionada, de acuerdo a la ley de potencia
() =
Para calcular la rugosidad usando la geometra
Donde <0, este valor puede ser calculado de la
fractal hacemos uso de la formula (Persson-Tosatti;
pendiente de la grfica Ln(L(r)) versus Ln(r)
2001)
La lagunaridad es definida como la razn entre el

= ( ) .(2) segundo momento (2 ) de la distribucin y el

cuadrado do primero momento (1 )
2
Donde h es la rugosidad fractal y H (H=3-Df) se () =
[1 ]2
llama parmetro de Hurts,y ha es la amplitud de la
rugosidad sobre la escala de longitud .
2 = 2 . (, )

Tabla 1: Valores de la rugosidad y dimensin fractal
en funcin del rea. 1 = . (, )

AREA (m2) Dimensin Rugosidad

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2 . (, )
() = . (3)
[ . (, )]2
Donde
(, ) = + 1 (4)
Es la altura relativa, siendo i, j las coordenadas de la
imagen
= , (, ) ..(5)
Dada una imagen de una tabla de 4x4 (figura 4), y
usando el mtodo Box-Counting Diferencial, que
pasa por toda la imagen (figura 5)para cada posicin
se busca el mayor e menor alturas, por ejemplo la
figura 5a se tiene el mayor y menor valor 17 y 8.
Dado un cubo 2x2x2, la cantidad de cubos
necesarios para cubrir todo esos valores mximos y
mnimos, est dado por la siguiente relacin
intensidad\dimensin, o sea la cantidad de cajas Figura 5: Deslizamiento de las cajas usando el
para u ser mtodo Box-Counting Diferencial

17 Donde se obtiene la lacunaridad


= 8,5
2
L=1,032

Este es el valor del clculo de la lagunaridad de


acuerdo al ejemplo que hemos considerado (cuadro
de la figura 4)

1.14
Lacunaridad

y = 1.2818x-0.045
R = 0.99
Figura 4: Representacin de cajas apiladas 1.09

Donde se considera 9 cajas, y para v 1.04

8 0.99
=4 0 100 200
4
Tamao de las cajas
Entonces tenemos
Grafica 2. Lagunaridad de la hoja Copaifera sp.
+1=94+1=6
Esta grafica corresponde a los diferentes valores de
As se contina de acuerdo al orden que se presenta lagunaridad respecto al tamao de las cajas, de la
topografa de la Copaifera sp. figura 1, estos valores
fueron calculados mediante el programa cientfico
FORTRAN 77, que es un software libre. La
lagunaridad es un parmetro fractal que depende de
la escala en que se est trabajando, y se rige bajo la
ley de potencia, y como la lagunaridad no tiene un
valor fijo se obtiene una grfica de Ln(lagunaridad)
versus Ln(tamao de las cajas), para as poder
linealizar la grfica y obtener un valor constante
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(pendiente de la recta) para cualquier tamao de la
caja, tal como se muestra en la grfica 3

0.2
y = -0.0451x + 0.2483
Ln(Lacunaridad)

0.15
R = 0.99
0.1

0.05 Figura 7: Las cuatros direcciones de percolacin del


fluido
0
1.5 3.5 5.5 Segn Melo para calcular la Succolaridad, cuatro
-0.05
Ln(Tamao de las cajas) pasos se deben seguir
1.Desde la parte superior de la imagen binaria, todo
Grafica 3 Linealizacin de los datos de la hoja de la el borde superior se considera, si el pixel est vaca,
Copaifera Sp. significa que el fluido puede pasar y la inundacin de
esta zona, ya que el pixel est ocupado, la
3.3 Succolaridad trayectoria se considera un obstculo para el fluido.
Succolaridad fue definida por Mandelbrot (1977) Toda la zona se inunda, de forma recursiva, a partir
como un parmetro que informa sobre a de su vecindario.
conectividad e intercomunicacin. 2. El siguiente paso consiste en dividir las zonas de
Succolaridad puede ser representado como o grado inundacin en las mismas cajas de tamao (BS (n),
de penetracin de un lquido dentro de un objeto de donde n es el nmero de posible divisin de una
acuerdo con a direccin de entrada do lquido [5] imagen en cajas) similar al mtodo de conteo de
cajas. En la secuencia, el porcentaje de ocupacin
3.3.1 Calculo de la succolaridad (OP). Se calcula para cada caja.
3. Para cada cuadro de tamao k, resumir la
Se tiene el siguiente cuadro multiplicacin de OP (BS (k)), y k es de 1 a n, la
presin PR (BS (k), PC), y el PC es la posicin (x, y)
del centro de gravedad en el cuadro rango de
presin aplicada a la caja calculado. La presin vara
con el tamao de la caja tal como se aplica al
centroide caja. El centroide caja est dada por x
(Horizontal) e y (vertical).
4. Para el clculo de la succolaridad tiene la
ecuacin 6. Segn Melo son dos maneras de dividir
las figuras, causadas por la presin horizontal y
vertical, en las mismas cajas de tamao, dividindolo
por un factor d = 9 (Figura 7A) obteniendo cajas de
1x1, o por un factor d=3, produciendo cajas del
tamao 3x3 (Figura 8).
Figura 6: Pixeles negros representan posicin vaca
o lagunas =1 (())((), )
((), ) = (6)
=1 ((), )
Se supone que cada posicin del pixel puede ser
considerada como vaca (pixel negro) o con masa 1,7
impenetrable (pixel blanco). Se va a simular la = = 0,085
capacidad de drenaje o de percolacin de un fluido a 20
travs de la imagen. A partir de la imagen a ser
7
analizada (figura 6), se obtienen las cuatro = = 0,350
direcciones donde un fluido puede inundar la imagen 20
tal como se muestra en la figura 7
4,3
= = 0,215
20

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5,8 Referencias
= = 0,290
20
[1] J. I. R. Cojocaru, D. P. A. I. E. N. "Texture
Esto son los valores de la succolaridad del cuadro classification based on succolarity.
de la figura 6, mientras ms alto sea el valor de la Telecommunications Forum (TELFOR),
succolaridad, mayor es la penetracin del fluido Belgrade, p. 498-501., 2013.
sobre la superficie. [2] V. Hotar, S. Petr, Surface Evaluation by
Estimation of Fractal Dimension and Statistical
4. Resultados y discusin Tools. Hindawi Publishing Corporation, New
York, v. 2014, p. 10, August 2014.
De acuerdo a la tabla 1, el valor real de la dimensin [3] J. M. Athira Chandra, Finger Vein Based User
fractal es 2,13640,0138 (0,65%), lo cual indica Identification Using Differential Box Counting.
que el rea ptima para trabajar es de 25x25 m2, International Journal of Research in Computer
La rugosidad va aumentando de acuerdo va and Communication Technology, Coimbatore,
aumentando el rea de trabajo; pero haciendo un India, v. 3, p. 138-142, January 2014.
ajuste lineal en dos tramos de los valores de [4] K. D. S. Barbosa, Distribuio das espcies do
0,78x0,78 hasta 12,5x12,5 m2 y 25x25 hasta 100 gnero Copaifera L. na Amaznia Legal e
x100 m2 e igualando las ecuaciones lineales se aspectos morfolgicos de C. multijuga Hayne
obtiene que el rea oprima seria de 25x25 m2 , con da Reserva de Desenvolvimento Sustentvel
un error de 3,90% do Tup, Manaus-Am. Diversidade Biolgica e
De acuerdo a la grfica 2, se observa que la Sociocultural do Baixo Rio Negro, Manaus, v.
Lagunaridad de la superficie de la hoja de la 2, p. 135-142, 2009.
Copaifera sp. se rige por la ley de potencia, donde el [5] R. H. C. Melo, Using fractal characteristics
valor exponencial es -0,045, este mismo valor se such as fractal dimension, lacunarity and
obtiene en la grfica 3, donde se hizo un ajuste lineal succolarity to characterize texture patterns on
al graficar Ln (Lagunaridad) versus Ln(tamao de las images. Universidade Federal Fluminense. Rio
cajas) y el valor de la pendiente es -0,0451, este de Janeiro, p. 115. 2007.
valor es lo que caracteriza a la superficie de la hoja [6] R. Plotnick, et al. Lacunarity analysis: A
de la Copaifera sp. general technique for the analysis of spatial
La Succolaridad va a depender del sentido del patterns. Physical Review E, Chicago, v. 53, n.
movimiento del fluido a travs de la superficie de la 5, maio 1996.
hoja, ya que de acuerdo a los valores obtenidos el [7] J. J. Junior, et al.. Shape classification using
mayor valor se obtuvo cuando el fluido va de abajo line segment statistics. Elsiever, Brazil, v. 305,
p. 349356, 7 February 2015.
hacia arriba ( = 0,35), y el menor valor se obtuvo
[8] E. Rivera et al. Geometra fractal y
arriba hacia abajo( = 0,085) transformada de Fourier. Scientia et Technica
Ao XV, v. 48, p. 269-274, Agosto 2011
[9] R. C. Coelho, et al.,. The Box Counting
5. Conclusiones Fractal. Dimension: Does it provide an
Accurate Subsidy for Experimental Shape
La superficie de la hoja de la Copaifera tiene un Characterization. Anais do VIII SIBGAPI, Sao
comportamiento fractal, y por lo tanto y se rige por la Paolo, p. 183-190, october 1995.
ley de potencia. [10] A. Ash, et al. Manual of leaf
La matemtica Fractal es una herramienta muy Architecture:Morphological description and
importante para caracterizar superficies, y es muy categorization of dicotyledonous and net-
fcil su manejo. veined monocotyledonous angiosperms. Leaf
Los parmetros fractales: Dimensin Fractal, Architecture Working Group c/o Scott Wing. ,
Lagunaridad y Succolaridad se complementa y dan Washington DC, Estados Unidos, p. 15-44,
una caracterstica de la superficie. 1999
Agradecimientos
E-mail: mcalla@pucp.pe, jctcarvalho@gmail.com,
Mario Calla, agradece a la Universidad Federal de robert@unifap.b
Amapa (UNIFAP), por su apoyo tecnolgico y
cientfico.

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