1.

Que son las sondas de cidos nucleicos y cul es su importancia para la ecologa
microbiana?

Sondas de cidos nucleicos:

Una sonda es un pequeo fragmento de DNA o RNA complementario, en secuencia de

bases, a la parte de un gen con el cual puede hibridarse.
Algunas sondas emplean secuencias rRNA 16S como herramientas para diferenciar M.O.
en ambientes naturales.
Actualmente se cuenta con una gran cantidad de secuencias de rRNA 16S por lo que es
posible construir sondas muy especficas, capaces de diferenciar organismos dentro de un
mismo dominio y tambin diferenciar entre especies en una misma muestra.

Las sondas de cidos nucleicos son fragmentos de cido desoxirribonucleico (ADN) o de

cidoribonucleico (ARN) marcados con algn elemento que les permite revelar, mediante una seal,
su presencia. Estos fragmentos pueden cumplir su tarea como sondas debido a que tienen la
capacidad de unirse a fragmentos complementarios eventualmente presentes en la muestra que se
desea analizar. La descripcin de la estructura de los cidos nucleicos nos llevar a comprender
hasta qu punto es inherente a ellos el unirse a un complemento.
En sondas filogenticas se utilizan dos formas de marcado: los istopos radiactivos y las
tinciones fluorescentes.
El mtodo de los istopos radiactivos emplea sondas marcadas con 35S o 32P, que se
aaden a clulas fijadas, previamente permeabilizadas de modo que penetre a la clula y se
fije a un ribosoma. El marcado de las clulas se verifica haciendo una autoradiografa
(exposicin de una emulsin fotosensible a la radiactividad de los ribosomas.
En las tinciones fluorescentes se emplean colorantes fluorescentes que se unen
qumicamente a la sonda, lo que permite hacer visibles a las clulas cuando se observan
mediante microscopio de fluorescencia.
Utilizando sondas unidas a distintos colorantes es posible identificar y cuantificar distintos
tipos de clulas en una determinada muestra.
Sondas de cidos nucleicos para identificacin de m.o.: contraste de fase, teidas con
sonda universal (rnar) y teidas con sonda eucaritica estudio de comunidades
microbianas por medio de sondas
Se puede estudiar la biodiversidad de las comunidades microbianas utilizando sondas de
RNA ribosmico.
Los mtodos se basan en la extraccin total del DNA o RNA de toda la comunidad
microbiana y a continuacin utilizando sondas especficas de cidos nucleicos, se hace
amplificacin de los genes RNA ribosmicos mediante la reaccin en cadena de la
polimerasa (PCR), lo que generar clones de RNA ribosmico, los que pueden secuenciarse
y utilizarse para construir los rboles filogenticos que muestren la composicin en
especies de la comunidad microbiana.
Estudio de comunidades microbianas por medio de sondas
Los anlisis filogenticos de las comunidades microbianas han demostrado en casi todos los
casos la existencia de M.O. que no haban sido detectados previamente por mtodos de
cultivos. Tambin se pueden utilizar sondas en tareas de seguimiento de M.O. en
determinados hbitats. Es una excelente metodologa que slo permite la deteccin,
enumeracin o localizacin filogentica de los M.O. en una muestra pero no da cuenta de
su actividad.

2. Explica por qu la produccin de clulas en el ambiente natural es mucho menor

que en el laboratorio?

La produccin de clulas en el ambiente es mucho menor que en el laboratorio,

debido a algunas caractersticas del medio natural:

Disponibilidad de nutrientes, suele ser baja.

La distribucin de dichos nutrientes a lo largo del hbitat microbiano no suele ser

uniforme.

Salvo raras excepciones los microorganismos no se encuentran en cultivos axnicos

en los medios naturales, por lo que deben competir por los nutrientes.

3. Qu ventajas presentan los mtodos de cidos nucleicos (independientes de cultivo)

de los mtodos tradicionales de cultivo?
Los tradicionales mtodos microbiolgicos no permiten una comprensin completa de la
ecologa microbiana de estos sistemas complejos. Esto se debe principalmente a la
capacidad de ciertos microorganismos de crecer en medios microbiolgicos
preferentemente con respecto a otros. Adems, con estos mtodos, las clulas con estrs o
daadas no pueden ser detectados en las placas. En los ltimos 10 aos se han desarrollado
nuevos mtodos basados en el anlisis de los cidos nucleicos (DNA y RNA) que se
extraen directamente de la muestra sin necesidad de cultivo microbiano.
La dinmica microbiana de levaduras y bacterias se estudia desde los aos 1970 (Barnett et
al., 1972). Mediante el uso de los mtodos clsicos, se realizan recuentos de
microorganismos y se determina su diversidad en medios sintticos con agar, pero en
algunos casos se requiere un perodo de incubacin en medio lquido, para promover el
crecimiento de microorganismos especficos o seleccionarlos, ya que su aislamiento sera
imposible sin este paso. El gran inconveniente de los mtodos microbiolgicos clsicos
dependientes de cultivo es la imposibilidad de llegar a tener una visin precisa de la
biodiversidad de estos ecosistemas complejos. Al utilizar los mtodos de enriquecimiento y
crecimiento en medios microbiolgicos, la micro biota originalmente presente en la muestra
es sometida a importantes cambios debido a la capacidad de ciertas especies para dominar
el entorno y superar a los otros componentes microbianos. Por esta razn la poblacin
numricamente menos importante, o en condiciones de estrs, apenas es recuperada e
identificada. Con los mtodos dependientes de cultivo hay un alto riesgo de errores de
identificacin de la ecologa de los complejos ecosistemas microbianos (Hugenholtz et al.,
1998).

Web grafia:

https://www.u-
cursos.cl/ingenieria/2007/1/BT45A/1/material_docente/previsualizar?id_material=127942

[PPT]ecologia microbiana - U-Cursos

http://www.acenologia.com/cienciaytecnologia/ecologia_microbiana_fermenta_2cienc0810
.htm