Contenidos

Contenidos .................................................................................................................................. 2
Objetivos ..................................................................................................................................... 3
Introduccin ............................................................................................................................... 4
Sistemas de Recuperacin de la Informacin ............................................................................ 5
Qu es PUBMED? ...................................................................................................................... 5
Caractersticas de Medline ......................................................................................................... 6
Ingreso a PubMed ................................................................................................................... 6
Modos de Bsqueda en PubMed ............................................................................................... 8
Bsqueda Bsica ..................................................................................................................... 8
Formatos de Visualizacin ........................................................................................................ 13
Formato Resumido (Summary): ............................................................................................ 13
Formato Abstract: ................................................................................................................. 15
Otras Opciones de Visualizacin ........................................................................................... 15
Qu Hacemos con las Citas? ................................................................................................... 16
Enviar a Archivo .................................................................................................................... 16
Enviar al Portapapeles .......................................................................................................... 16
Enviar e-mail ......................................................................................................................... 18
Conclusin ................................................................................................................................ 19

Bsqueda de Informacin Biomdica 2

Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Objetivos
Al finalizar la clase habremos logrado:
Definir y aplicar correctamente el concepto de base de datos y motor de bsqueda.
Identificar y describir la organizacin general de PubMed y sus principales
funcionalidades.

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Introduccin
En los prximos prrafos profundizaremos en la Recuperacin y Anlisis de la informacin
biomdica, centrndonos en uno de los motores de bsqueda principales: PubMed. Antes de
iniciar el camino, es necesario tener en cuenta que el usuario debe definir un problema o
necesidad de informacin e identificar para qu rol lo est necesitando. Sobre esta base
debe transformar al problema en una pregunta y definir las fuentes de informacin que
utilizar. Esto lleva a que arme una estrategia, realice la bsqueda, revise los resultados
obtenidos y extraiga la informacin que finalmente utilizar.

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Sistemas de Recuperacin de la Informacin
Los sistemas de Recuperacin de la Informacin (RI) estn compuesto de contenidos, un
sistema que los almacena (hardware) y otro que los recupera (software).
Se denomina hardware al conjunto de elementos tangibles que conforman un sistema
informtico. Entran dentro de esta categora sus componentes elctricos, electrnicos,
electromecnicos y mecnicos. A partir del soporte fsico es que podemos acceder,
almacenar y recuperar informacin en formato digital.
Centrmonos ahora en la informacin, que como ya dijimos, est compuesta por
contenidos. Las colecciones de contenido pueden ser definidas con una variedad amplia de
trminos como: bases de datos, colecciones o sitios Web.
Una base de datos es la organizacin estructurada de un conjunto de informacin que
comparte al menos una caracterstica en comn. Las unidades de informacin se denominan
registros o documentos, pudiendo ser un artculo, un captulo de un libro o una pgina Web.
En el marco de nuestro curso, podemos clasificar a las bases de datos segn organicen
informacin bibliogrfica (referencias, resmenes) o el texto completo. Otra diferencia que
podemos reconocer entre distintas bases de datos es en relacin a los lugares desde donde
recopilan la informacin: local, regional, nacional o internacional. A su vez podemos
diferenciar segn el nivel de especificacin de la informacin en relacin a un rea de
conocimiento, como ser el campo de las ciencias de la salud.
Para localizar un documento dentro de la red de informacin, recurrimos a un software
especfico, un motor de bsqueda o buscador. Un motor de bsqueda es el software
que permite encontrar los puntos en comn entre lo ingresado en la consulta y los trminos
y atributos que poseen los documentos devueltos como resultado de la bsqueda. Los
motores de bsqueda o buscadores pueden clasificarse en generales (ej. Google) o
especficos (ej. PubMed).
Nos centraremos ahora en el motor de bsqueda ms utilizado para la recuperacin de
Informacin Biomdica: PUBMED.

Qu es PUBMED?
PubMed es un sistema de recuperacin de informacin basado en tecnologa Web
desarrollado por el National Center for Biotechnology Information (NCBI) de la NLM. Se trata
de un motor de bsqueda de acceso libre y gratuito que permite acceder a los contenidos de
diferentes bases de datos biomdicas (bibliogrficas y no bibliogrficas) desarrolladas y
mantenidas por la NLM.
Entre estas bases de datos se encuentra la base de referencias bibliogrficas MEDLINE.
MEDLINE es una de las bases de datos ms consultadas, por lo tanto PubMed recurre a ella
por defecto. Es muy comn encontrar usuarios que confunden PubMed con MEDLINE al
referir a su proceso de bsqueda, pero como ya vimos PubMed es un software para

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recuperar informacin, mientras que MEDLINE es una fuente o base de datos bibliogrfica
de informacin biomdica.

Caractersticas de Medline
MEDLINE posee alrededor de 24 millones de citas de artculos que datan desde 1948 el 80%
de estas citas posee un resumen al cual hacen referencia. Estas citas provienen de
aproximadamente 5.200 revistas publicadas peridicamente en EE.UU. y en ms de 80
pases y que estn relacionadas con las siguientes disciplinas:
Medicina
Enfermera
Odontologa
Veterinaria
Farmacia
Salud Pblica
Ciencias preclnicas
Adems, contiene temas relacionados con la asistencia, investigacin y educacin
biomdica: Biologa, Biologa ambiental, Biologa marina, Biofsica, Qumica, Fitologa,
Zoologa, entre otros. Algunas de las publicaciones que incluye son amplias en cuanto al tipo
de temas que tratan en sus artculos, esto sucede con las revistas como Nature o Science. Sin
embargo, MEDLINE no considera publicaciones que se limitan a reprints, resmenes,
noticias, revisiones sobre libros o revistas que reportan actividades de asociaciones. A la
informacin bibliogrfica que contiene MEDLINE se accede a travs del sistema de
recuperacin denominado PubMed (acrnimo de Public Medline).

Ingreso a PubMed
La URL para ingresar a PubMed es: http://www.pubmed.gov. Les recomendamos que una
vez que hayan accedido a la pgina de inicio de PubMed, guarden la direccin en la carpeta
Favoritos de su navegador. La usaremos mucho durante el curso. Inicialmente se
encontrarn esta pantalla (
Figura 1). A grandes rasgos la pgina de inicio presenta seis reas claramente definidas:
1. Men del Sistema Entrez: tiene los accesos directos a otras bases de datos de la NLM
como Nucleotide, Protein, Genome, Structure, OMIM, Journals, etc.
2. Casillero de bsqueda: permite ingresar los trminos de la bsqueda.
3. Bsqueda avanzada: una serie de herramientas que les permitirn refinar las
estrategias de bsqueda.
4. Usando PubMed: le permite ingresar a Instrucciones de uso de PubMed paso a paso
y ejemplos, Noticias y destacados, Tutoriales, Artculos de texto completo y
Preguntas frecuentes.
5. Herramientas de PubMed: para buscar citas individuales y en forma grupal
6. Ms recursos: puede acceder a otros recursos tales como el buscador de trminos
Mesh, de publicaciones, el portal de Clinical Trials.

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7. My NCBI: este es un servicio gratuito de la NLM que permite el acceso a la
informacin guardada desde cualquier computadora con conexin a internet.

Figura 1: Pantalla inicial de Pubmed.

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Modos de Bsqueda en PubMed
PubMed ofrece una variedad de modos de bsqueda que lo acercan a las necesidades
individuales de los usuarios, que podran agruparse en bsquedas:
Bsicas: ingresando algunos trminos en el casillero de bsqueda y aguardando los
resultados
Intermedias: utilizando trminos MeSH, los filtros (antes denominados lmites) y las
herramientas de PubMed
Avanzadas: empleando calificadores de campo y unindolos con operadores
booleanos.
En este mdulo comenzarn con las bsquedas bsicas. En los mdulos siguientes
profundizaremos en los mecanismos de bsqueda intermedia y est fuera del alcance de
este curso las estrategias de avanzada.

Bsqueda Bsica
Ahora haremos una bsqueda bsica partiendo de la siguiente necesidad de informacin:

En pacientes ancianos con hipertensin arterial es efectivo como nico

tratamiento la dieta sin sal?

En primer lugar, debemos abstraer de la pregunta los trminos que mejor la representan y
escribirlos correctamente en ingls. Para ello podemos aplicar el modelo PICO e identificar
los trminos adecuados:

y luego utilizar diccionarios mdicos de ingls-espaol o traductores online tales como:

The Word reference: www.wordreference.com
The free dictionary: www.thefreedictionary.com
Google translator: https://translate.google.es/

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Recuerden que definir los trminos es muy importante y muchas veces hacerlo mal es la
causa de no encontrar lo que estn buscando. Como decamos, una bsqueda bsica se hace
ingresando uno o ms trminos en el casillero de bsqueda y aguardando los resultados
luego de presionar la tecla Enter u oprimir el botn Search. sta es la opcin que utilizan la
mayora de los usuarios al momento de buscar. Para buscar con PubMed debe ingresar uno
o ms trminos en ingls y separados por espacios en el casillero de bsqueda. Ingresemos
entonces los trminos traducidos al ingls: high blood pressure diet therapy elderly en el
casillero de bsqueda y presione la tecla Enter o haga clic en el botn Search. (
Figura 2).

Figura 2: Casillero de bsqueda.

PubMed combina dichos trminos por defecto con el operador booleano AND y los compara
con los trminos contenidos en la base de datos, luego devuelve como resultados una cierta
cantidad de citas. Esta es la Pgina de Resultados con las referencias bibliogrficas que se
corresponden con la estrategia ingresada (Figura 3).

Figura 3: Pagina de resultados.

Vamos a describir su contenido:

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 1. Men de acceso a las bases del sistema Entrez (Nucleotide, Protein, OMIM, PMC,
etc.)
2. Casillero de Bsqueda: contiene la estrategia de bsqueda con los trminos definidos
3. Filtros de seleccin: permiten agrupar los resultados segn ciertas caractersticas
(edad, tipo de publicacin, con abstract, full text, etc.)
4. Send to: esta opcin le permite exportar las citas en diferentes formatos.
5. Pgina de Resultados propiamente dicha: devuelve las citas que, por defecto,
aparecen en grupos de a 20 por pgina y en formato resumido (Summary). Veremos
luego que todo esto es configurable
6. Manage Filters: permiten seleccionar una serie de filtros predeterminados para filtrar
los resultados, es necesario estar suscripto a My NCBI.
7. Discovery Tools: Se trata de dos funcionalidades: Results by year (
Figura 4) y PMC images search (
Figura 5). Resultados por ao (Results by year) muestra un grfico en una lnea de
tiempo (solo se visualizar en resultados de bsqueda con 10.000 o ms citas). Al
pasar el mouse por las barras se ve la cantidad de citas de cada ao, y al hacer click se
aplica el filtro del ao correspondiente.
La Bsqueda de Imgenes en Pubmed Central (PMC) (PMC images search) no siempre ser
visible, ya que la bsqueda debe cumplir varios criterios (mnimo de 250 citas, filtros no
activos, sin operadores booleanos, un mnimo de 4 imgenes relevantes, etc.).

Figura 4: Resultados por ao.

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
 Figura 5: Bsqueda de imgenes.

8. Free Full Text in PubMed Central: PubMed Central es una base de datos con
publicaciones peridicas en texto completo de acceso libre y gratuito. (
Figura 6)
Los siguientes tems tambin se encuentran en la pgina de resultados:

Figura 6: Pagina de resultados - continuacin

9. Find related data: permite buscar contenido relacionado a la bsqueda realizada en

cualquiera de las bases de datos incluidas en PubMed.
10. Search details: le permite ver la estrategia de bsqueda ingresada y traducida por
PubMed. Desde este lugar se puede modificar la bsqueda realizada. (
Figura 7)

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
 Figura 7: Detalle de la bsqueda.

Al hacer click en see more se puede ver con ms detalle. (

Figura 8)
11. Recent Activity: muestra a modo de histrico las bsquedas realizadas previamente.
Otros cuadros de informacin que aparecen segn la bsqueda realizada son:
Also try: muestra otras opciones de bsqueda similares a la utilizada en ese
momento
Titles with your search terms: muestra ttulos de citas que contengan los trminos
previamente utilizados en una bsqueda.

Figura 8: Ver ms detalles.

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Formatos de Visualizacin
En la parte superior de la pantalla de resultado se visualizan tres mens desplegables que
permiten modificar el formato con el cual se visualiza cada una de las citas (
Figura 9)

Figura 9: Formato de visualizacin.

Describiremos las principales opciones del men Formato (Format):

Formato Resumido (Summary):

Las citas que PubMed nos ofrece como resultados son presentadas, por defecto, en este
formato y contempla los siguientes elementos (
Figura 10):

Figura 10: Formato resumido

Casillero de seleccin: este cuadradito permite seleccionar las citas que son de
inters haciendo clic en l.
Nmero de la cita: por debajo del casillero de seleccin se muestra el nmero de la
cita.
Ttulo del artculo al cual hace referencia la cita: Si el artculo no fue originalmente
escrito en ingls el ttulo queda encerrado entre corchetes. El ttulo es un enlace que
permite ver la cita en una nueva pgina en formato Abstract.

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 Nombre de los autores: en el formato MEDLINE (Apellido e Iniciales de/los nombre/s,
cada uno separado por comas).
Fuente: el nombre de la publicacin (con el formato abreviado MEDLINE) se
encuentra en la siguiente lnea, junto con la fecha de publicacin, volumen, nmero y
pginas.
Al final de los datos de publicacin pueden aparecer los siguientes elementos
informativos:
o La lengua del documento si el original no est escrito en ingls. Por ejemplo
Polish.
o Una indicacin para ciertos tipos particulares de documento. Por ejemplo:
Review.
o Los artculos que no poseen abstract se informan con la siguiente nota: No
abstract available.
Nmeros identificatorias y estado de la cita: en la ltima lnea de este formato de
presentacin se muestran los nmeros correspondientes al PubMed (PMID) y los
distintos estados de la cita entre los que podemos encontrar:
o [PubMed - as supplied by publisher]: cuando la cita recin ingres al PubMed
a travs de un envo electrnico.
o [PubMed - in process]: permite inferir que la cita est en proceso de
indexacin mediante la asignacin de los trminos MeSH que le
correspondan.
o [PubMed - indexed for MEDLINE]: cuando aparece este mensaje es porque la
cita ya se encuentra indexada en PubMed, con trminos MeSH, tipo de
publicacin, nombres de sustancias, etc.
o [PubMed]: citas que fueron normalizadas pero que an no recibieron
indexacin para MEDLINE.
o PubMed - OLDMEDLINE para las citas de 1948 -1965 que aun no fueron
indexadas con el MeSH.
Enlaces: en la ltima lnea se encuentran los enlaces a los artculos relacionados
(Related Articles) y otros vnculos:
o Free article in PMC: enlace al texto completo en una base de datos de la NLM
que se llama PubMed Central (PMC).
o Free article at journal site: enlace al texto completo en el sitio editor de la
revista.
A continuacin describiremos otro formato de visualizacin que puede resultar de utilidad:
el formato Abstract. Para acceder a otro formato deben seleccionar la o las citas de inters
haciendo clic en el casillero de seleccin y luego deben desplegar el men Format tal como
vimos anteriormente (
Figura 9). Tambin se accede a este formato haciendo click en el ttulo de la cita que se
desea visualizar.

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Formato Abstract:
Muestra el Ttulo de la publicacin abreviada, fecha de publicacin, volumen, nmero,
pginas, ttulo del artculo, autores (al hacer clic en el nombre de un autor, PubMed busca
otras referencias a artculos del autor elegido), direccin de correo electrnico y/o datos
filiatorios del primer autor, resumen (cuando lo hay), PMID / etiqueta de estado, imagen que
constituye un enlace a la pgina de la revista o al editor de la misma, tipo de publicacin,
trminos Mesh, sustancia/s (en el caso de frmacos, sustancias bioqumicas, etc. (Figura 11)

F
igura 11: Abstract

Otras Opciones de Visualizacin

Inicialmente PubMed muestra los resultados de a 20 citas por pgina. Para cambiar esta
cantidad hay que desplegar el men Items per page y elegir la cantidad de citas que se
desea mostrar por pgina de resultados. Si se recupera un nmero importante de citas, es
recomendable que aumente la cantidad de referencias que se visualizan por pgina. De esta
manera, tendr menos pginas para navegar, lo que agilizar la visualizacin de los
resultados, sobre todo si su conexin a Internet no es de banda ancha.
El ltimo men, Sort by, permite ordenar los resultados. La visualizacin por defecto es
por fecha de ingreso a la base de datos (generalmente sincrnica con la fecha de publicacin
del artculo). Las opciones disponibles son Relevancia, Fecha de publicacin, Primer autor,
ltimo autor, Revista y Ttulo; en el caso de las ltimas cuatro opciones, el orden es
alfabtico.

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Ya vimos como podemos personalizar la pgina de resultados. Veamos ahora que podemos
hacer con las citas que recuperamos y que podemos hacer con aquellas que satisfacen
nuestra necesidad de informacin.

Qu Hacemos con las Citas?

A travs del men Send to (enviar a) es posible elegir una serie de acciones para realizar
con las citas seleccionadas. La seleccin de citas se realiza a travs del casillero de seleccin
a la izquierda de la misma. Si no hay ninguna cita seleccionada, la opcin seleccionada se
aplicar a TODAS las citas VISIBLES en la pgina de resultados (no a todas las citas
obtenidas).
Una opcin es guardar las citas, ya sea en un archivo, en la web o enviarlas a nuestro mail.

Enviar a Archivo
La opcin File (
Figura 12) permite guardar las citas seleccionadas como archivo de texto en algn directorio
de la PC. Esto es muy til para:
Imprimir las citas, ya que evita derrochar tinta
Copiarlas y pegarlas en algn procesador de texto como el Word, de esta manera no
se importa ningn formato predefinido.
Guardarlas sin formato, as ocupan menos espacio en el disco de nuestra
computadora.

Figura 12: Enviar un archivo

Al seleccionar File, se muestran dos opciones que le permitirn elegir el formato de la cita y
la forma en que se ordenarn. Para terminar debe hacer click en Create File.

Enviar al Portapapeles
Para enviar una cita al portapapeles deben seleccionarla y luego elegir la opcin Clipboard
del men Send to (

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Figura 13). Pueden enviar citas que se recuperaron luego de utilizar una o varias estrategias
de bsqueda. Y no se preocupen por la cantidad ya que el Clipboard permite acumular hasta
500 citas por un lapso de 8 horas.

Figura 13: Enviar al portapapeles

Cada cita agregada al portapapeles mostrar la leyenda Item in Clipboard en verde. De

esta forma, si ustedes aplican distintas estrategias para recuperar informacin sobre un
mismo tema, sabrn qu citas ya seleccionaron de bsquedas anteriores. Para visualizar las
citas que se guardaron en el Clipboard debe ingresar en el enlace que se muestra en el lado
izquierdo de la pantalla. (Figura 14)

F
igura 14: Clipboard

Una vez que finalizaron su bsqueda pueden, desde el portapapeles, utilizar todas las
opciones descriptas para enviar las citas a un archivo en la PC, a una coleccin o bien
envirselas a s mismos o a un colega por e-mail.

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Enviar e-mail
Cuando seleccione esta opcin aparecer una pantalla desde la cual se puede configurar el
formato y el ordenamiento en el cual las citas llegarn a la casilla de correo electrnico del
destinatario (
Figura 15).

Figura 15: Enviar mail

Aconsejamos incluir informacin adicional en el cuadro correspondiente (sobre todo quien

es el remitente del correo), para que el destinatario del mensaje sepa de qu se trata el
correo recibido.

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica
Conclusin
En este mdulo pudimos definir y aplicar los conceptos de base de datos y motor de
bsqueda, utilizando y describiendo uno de los motores de bsqueda ms usados PubMed.
Dejamos marcada diferencia entre PubMed y Medline y describimos las diferencias entre la
bsqueda bsica, intermedia y avanzada, as como los contenidos y funcionalidades de la
pantalla inicial. Tambin pudimos ver los formatos de visualizacin, as como describimos
que hacer con las citas que obtuvimos como resultado de nuestra bsqueda.

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Mdulo 2: Bsqueda Bsica