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Nova
Quim. Nova, Vol. 24, No. 5, 676-682, 2001. Divulgao

COMPUTAO EM QUMICA TERICA: INFORMAES TCNICAS #

Nelson Henrique Morgon*

Departamento de Fsico-Qumica, Instituto de Qumica, Universidade Estadual de Campinas, CP 6154, 13083-970 Campinas - SP

Recebido em 4/7/00; aceito em 29/11/00

COMPUTATION IN THEORETICAL CHEMISTRY: TECHNICAL INFORMATIONS. The purpose of

this work is to demonstrate the usefulness of low cost high performance computers. It is presented
technics and software packages used by computational chemists. Access to high-performance computing
power remains crucial for many computational quantum chemistry. So, this work introduces the concept
of PC cluster, an economical computing plataform.

Keywords: computers; PC cluster; theoretical chemistry.

INTRODUO do conhecimento tecnolgico. E, o que pode igualar os

povos destas naes a capacidade intelectual de
Considerando-se que a qumica por excelncia uma cincia aprendizado de seus membros.
experimental, do ponto de vista do qumica terico, a frase a Pretende-se, deste modo, fornecer subsdios iniciais para uma
seguir antecipa em aproximadamente 100 anos a expresso anlise de que, no existe limitao de ordem financeira, dentro de
puramente matemtica H ( )
! = E! dada por E. Schroedinger um mnimo aceitvel, que impea atravs de material disponvel
(1926) na descrio da estrutura eletrnica de sistemas e no mercado, a pesquisadores, principalmente iniciantes e de insti-
interaes moleculares. tuies de ensino e pesquisa no to abonadas, a aquisio de
equipamentos e o desenvolvimento e execuo de projetos de pes-
Quanto mais as cincias fsicas progridem, mais elas ten- quisa na rea de qumica terica computacional, com qualidade.
dem a entrar no domnio da Matemtica, que um tipo de A qumica terica, basicamente compreendida em quntica
centro para onde elas convergem. Ns podemos julgar o (mtodos ab initio, semi-emprico, funcional de densidade, ...)
grau de perfeio que a cincia tem alcanado, pela faci- e clssica (mecnica dinmica - determinstico e monte carlo -
lidade com que ela pode ser submetida a CLCULO.- A. estocstico; ...) tem-se tornado bastante popular nas ltimas
Quetelet (1828). dcadas. S a ttulo de informao, considerando-se os nme-
No entanto, M. Planck, um dos fundadores da Mecnica ros de trabalhos tericos na ltima dcada de dois dos princi-
Quntica que propiciou o desenvolvimento da Eq. de Schroedinger, pais eventos para os qumicos tericos no pas, a Reunio
assinala que: Anual da Sociedade Brasileira de Qumica (RASBQ) e o
Experimentos so os nicos meios de conhecimento a nossa Simpsio Brasileiro de Qumica Terica (SBQT) observa-se
disposio, o resto poesia, imaginao.- M. Planck (1901). pela Tabela 1 que, neste perodo, o nmero de trabalhos nestes
encontros tem aumentado significativamente, proporcional
Esta aparente contradio permite assinalar uma das gran-
claro, ao aumento do nmero de participantes nestes eventos.
des virtudes atuais da qumica terica, a de atuar como ferra-
menta de apoio na anlise e interpretao de dados experimen-
tais, atravs de informaes que muitas vezes no so poss- Tabela 1. Nmero de trabalhos em Qumica Terica (a) da Reu-
veis de serem obtidas diretamente dos experimentos 1-4, ou na nio da SBQ e SBQT.
previso de propriedades diversas.
Na primeira parte do trabalho apresentado um panorama Ano No de Trabalhos
suscinto da qumica terica (de estrutura eletrnica e mecnica RASBQ(b) SBQT(c)
clssica), enfatizando aplicaes e evoluo. Posteriormente,
sero abordados aspectos tcnicos relacionados a computadores 1.991(d) - 124
como instrumento de trabalho utilizados pelos qumicos teri- 1.992(d) - -
cos, destacando-se informaes bsicas de seus principais com- 1.993(d) 22 189
ponentes e a descrio de alguns programas de clculos e sis- 1.994(d) 24 -
tema operacional, enfatizando-se o carter gratuito dos mes- 1.995(d) 37 216
mos. Finalmente, ser apresentada a idia de computao de 1.996(d) 35 -
alto desempenho a baixo custo, trazendo informaes recentes 1.997(d) 25 300
sobre construo de cluster e aspectos relacionados a eles. 1.998(d) 23 -
No se objetiva citaes to brilhantes quanto as preceden- 1.999(d) 32 386
tes, mas to somente que ao final do trabalho tenha ficado 2.000(d) 44 -
algo, sob o ponto de vista do autor, como: (a)
Fonte: Livros de Resumo; (b)Especificamente na Seo de
O que diferencia uma nao tecnologicamente desen- Qumica Terica, embora existam outras sees que utilizem
volvida, de uma em desenvolvimento a propriedade clculos tericos; (c) Encontro Bianual; (d) Nos anos anteriores a
1.993, os trabalhos de Qumica Terica na RASBQ constavam
na Seo de Fsico-Qumica.
#
Parcialmente apresentado no curso Qumica Computacional
da 23 a Reunio Anual da Sociedade Brasileira de Qumica,
Poos de Caldas, MG, Maio/2000. Para explicar o porqu deste aumento, alguns fatores tm
* contribudo, como:
e-mail: morgon@iqm.unicamp.br - http://canario.iqm.unicamp.br
Vol. 24, No. 5 Computao em Qumica Terica: Informaes Tcnicas
1. o crescimento da comunidade cientfica;
2. a popularizao de pacotes computacionais de qumica teri-
ca, como por exemplo a srie de programas Gaussian 5;
3. a implementao de algoritmos matemticos e mtodos teri-
cos mais eficientes; e
4. equipamentos (computadores e perifricos) com melhor
desempenho em processamento e transmisso de dados, e a
custos menores.
Estes fatores refletem principalmente na qualidade dos resultados
calculados de propriedades moleculares (comparveis preciso
qumica) e na possibilidade de estender os clculos a sistemas de
interesse qumico (experimental), destacando-se aqueles sistemas de
tamanho mdio, principalmente empregando metodologias de alto
nvel (ab initio e funcional de densidade). Isto fato atualmente,
visto que muitos dos trabalhos apresentados nestes encontros so
frutos de colaborao entre tericos e experimentais.
Um resumo da evoluo e desenvolvimento computacional de
mtodos de qumica quntica utilizados no estudo de proprieda-
des de estrutura eletrnica de tomos e molculas foi apresenta-
do com bastante propriedade recentemente nesta revista6.
No caso da implementao de mtodos, os dois exemplos a
seguir so marcantes. O primeiro refere-se Teoria de Pertur-
bao (MPn), fundamentada nos trabalhos de Mller e Plesset7
da dcada de 30, mas que apenas a partir da dcada de 70 teve
clculos de energias e gradientes implementados eficientemen-
te nos programas computacionais. O segundo exemplo, mais
recente, trata-se da Teoria do Funcional de Densidade, formu-
lada a partir dos trabalhos de Kohn, Hohenberg e Sham 8,9, que
se tornou popular a partir de meados da dcada de 8010, ou
seja 20 anos depois. E, com relao a algoritmos mais eficien-
tes destacam-se implementaes de clculo direto de integrais
eletrnicas, mtodos de otimizao global, de integrao num- uma possibilidade descrever partes do sistema por um ou
rica (DFT), clculos analticos de gradientes de energia, da
matriz hessiana (freqncia e intensidades), busca na superfcie
de energia potencial de estado de transio, entre outros.
No caso dos equipamentos, o entendimento fica claro consi-
derando-se a prpria evoluo histrica do processo. De acordo
com Clementi11, a primeira gerao de computadores (1946-
1955) comea com o computador ENIAC e termina com o mo-
delo IBM-704 (a primeira mquina comercial) capaz da proeza em
obter desempenho de aproximadamente 5 kFlop/s12,13. Ainda,
segundo Clementi, deve-se estar agora na stima gerao (199X-
2010), cuja principal caracterstica a de ser definida por
mquinas multiprocessadas14, que alcanam desempenho de
TFlop/s15,16 ou seja, isto equivale a uma evoluo em Flop/s da
ordem de 200 milhes de vezes (num perodo de meio sculo),
usando-se como parmetro o que h de equipamento mais avan-
ado. No entanto, mesmo computadores pessoais conseguem
processamento bastante significativo, na faixa de MFlop/s 17. Al-
guns projetos cientficos esto comeando a pensar em computa-
dores PetaFlop/s, so mquinas que iro necessitar de um nme-
ro expressivo de processadores trabalhando em paralelo num
mesmo problema18,19.
Um outro avano que disseminou o uso de clculos tericos
foi o surgimento da Internet, marcante principalmente por faci-
litar: a) a divulgao de conhecimento muito rpido; b) consul-
tas on line de bancos de dados; e c) acesso a revistas cientficas.
Graas aos avanos citados acima, observa-se uma forte
interao entre qumicos tericos e experimentais, e com uma
freqncia crescente o surgimento, em bancadas dos laborat-
rios, de estaes de trabalho e computadores pessoais voltados
exclusivamente para clculos tericos. Aplicaes rotineiras
podem ser encontradas, nas diversas reas da Qumica, como:
Fsico-Qumica - no clculo de propriedades termodinmicas
de gases; na interpretao de espectro molecular; na determina-
o de propriedades estruturais (comprimentos e ngulos de li-
gao); na obteno de diferenas de energias conformacionais
e de barreiras de energias rotacionais; na caracterizao de esta-
dos de transio e estimativa de constantes de velocidade;
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Qumica Orgnica - no estudo de estabilidade relativa de
ismeros; na caracterizao de intermedirios, teis no estabe-
lecimento e entendimento de mecanismos de reao; no estudo
de aromaticidade de compostos; na obteno e anlise de es-
pectros de RMN;
Qumica Inorgnica - no uso da teoria do campo ligante -
mtodo quntico aproximado; na utilizao do estudo de ons
de complexos de metais de transio; em catlises homognea
e heterognea; em processos de adsoro;
Qumica Analtica - no uso de mtodos espectroscpicos de
anlise (freqncias e intensidades de espectros); no estudo de
compostos de interesse ambiental; e em
Bioqumica - na anlise conformacional de grandes sistemas
moleculares de importncia biolgica (macromolculas, prote-
nas, enzimas); no estudo da interao enzima-substrato; em pro-
cessos sob efeito de solventes. Especificamente no caso da bio-
qumica, a potencialidade nesta rea muito grande, como por
exemplo no planejamento racional de frmacos. Enfim, o espec-
tro de aplicaes transcende os exemplos enumerados acima.
H ainda um novo cenrio surgindo com o aparecimento de
uma nova estratgia de clculos, fruto do casamento entre
mtodos de Qumica Quntica (estrutura eletrnica) e Mecni-
ca/Dinmica Molecular, conhecida por: Quantum Mechanics/
Molecular Mechanics - QM/MM, ou mtodos hbridos. As
vantagens de uns sanando desvantagens de outros, por exem-
plo, sabido que mtodos de mecnica molecular falham na
descrio de propriedades onde h a necessidade explcita da
participao de eltrons, como na quebra e formao de liga-
es qumicas, mas so extremamente teis em sistemas mole-
culares grandes, para os quais existam parmetros 20. Assim,
outro mtodo, mas isto ser objeto de um outro trabalho.
A discusso a seguir aborda aspectos da evoluo
tecnolgica, que propiciou esta difuso de pesquisa na rea
terica, porm tendo como princpio apresentar, do ponto de
vista tcnico, um estudo que possibilite a criao de um ambi-
ente computacional. Isto ser feito atravs de informaes e
ferramentas teis para iniciantes e para quem se aventura na
rea de clculos tericos. A principal caracterstica que este
trabalho ambiciona, a de dar informaes para a construo
deste ambiente, e que seja um ambiente de alto desempenho
computacional a um baixo custo financeiro, assim toda a nfa-
se ser dada, de modo a que o interessado gaste somente na
aquisio de equipamentos (dentro da tica de menor custo), e
que toda a infraestrutura de software seja sem nenhum custo
adicional. Deste modo, quem o pblico-alvo deste trabalho?
a) jovens pesquisadores; b) pesquisadores de instituies com
limitados oramentos destinados pesquisa; e c) aqueles que
optam por no ficar dependentes de pacotes comerciais.
Um primeiro passo so os computadores pessoais,
conectados rede mundial, esquematizado na Figura 1. So
equipamentos de baixo custo, na faixa de R$ 2.000,00 a
R$ 5.000,00 e que podem desempenhar uma variedade de
tarefas: clculos para uma grande diversidade de sistemas e
propriedades (em grandes sistemas, mtodos de Mecnica
Clssica - Mecnica/Dinmica Molecular e Monte Carlo; para
sistemas intermedirios e/ou baixa preciso, mtodos semi-
empricos e/ou Hartree-Fock com conjuntos de funes de
base modestos, e para pequenos sistemas - alguns tomos,
possvel clculos mais precisos com correlao eletrnica e
conjuntos de base estendidos). Podem ser utilizados tambm
para edio e preparao de artigos, projetos, relatrios cien-
tficos, produo de material didtico (textos, hipertextos, gr-
ficos, imagens) e conectados internet, que permite, entre
tantas outras utilidades, acessar bibliotecas virtuais (Web of
Science21, ProBE22 e SciELO 23), o que possibilita a constante
atualizao e aquisio tanto de conhecimento cientfico quan-
to de novos softwares.
678 Morgon Quim. Nova

10. Pacotes Grficos para edio e visualizao de estruturas e

propriedades moleculares:
* molden41, programa de pr- e ps-processamento grfico, utili-
zado na visualizao de estrutura eletrnica e edio de estrutu-
ras moleculares. Capaz de permitir a visualizao de orbitais
moleculares, densidades eletrnica, potencial eletrosttico, en-
tre outras propriedades e potencialidades. Na Figura 2 tem-se
uma amostra do editor de estruturas moleculares.

Figura 1. Equipamento de uso pessoal como infraestrutura m-

nima necessria para desenvolver pesquisas em qumica
computacional.

Abaixo esto alguns aplicativos com descries bsicas e

informaes tcnicas, bastante teis para o qumico terico.
1. Equipamento computacional (caractersticas mnimas neces-
srias): PC com processador (a partir de 200MHz), poden-
do ser simples ou dual, do tipo Intel (Pentium Pro, II, III
e IV), Cyrix, AMD (Duron, Athlon K7), ...; placa de rede
(10Mb/s) para acesso internet; disco (5GB) IDE ou SCSI
com controladora (melhor desempenho), memria RAM
(128MB) e placa de vdeo (2MB) para aplicaes envol-
vendo visualizao grfica, monitor e impressora.
2. Sistema Operacional: UNIX24, trata-se de um sistema conce-
bido a partir do projeto MULTICS (MULTiplexed Information
Figura 2. Editor e visualizador de estruturas moleculares do
and Computing Service) e desenvolvido por Massachussets
pacote Molden.
Institute of Technology (MIT), Bell Labs e General Eletric
(GE), na dcada de 60. Origina-se como um sistema
operacional experimental e especfico para computador Outros pacotes grficos de edio e visualizao molecular so:
GE635. Foi criado para ser flexvel e interativo, posterior- * rasmol42, manipula com bastante rapidez e qualidade de
mente Ken Thompson e Dennis Ritche alteraram o complexo imagem grfica, estruturas com muitos tomos, por exem-
sistema operacional inicial e criaram um sistema de arquivos plo, protenas, como mostra a Figura 3. L diversos forma-
simples denominado UNICS (UNIplexed Information and tos de dados, principalmente pdb (Protein Data Bank).
Computing Service) - UNIX. Como caractersticas gerais, des- * garlic43
taca-se por ser multiusurio e multitarefa, possuir sistema de
arquivos (e a prpria concepo de arquivo), ter facilidade em * qmol44
ser usado em rede e possuir um conjunto de utilitrios. Existe * xcrysden45, programa de visualizao de estrutura e densi-
uma grande variedade de verses comerciais (AIX, Ultrix, dade molecular e cristalina
Sun-OS, Convex, SGI, Cray, OSF) e de domnio pblico
(FreeBSD25,26 e LINUX27,28).
3. Compiladores para fortran, C, C++: GNU (gcc, g77),
egcs, f2c 29.
4. Editores de texto cientfico: latex30, um conjunto de macros
para TeX, um sistema de processamento de texto de alta
qualidade voltado para a produo de documentos tcnicos e
cientficos. Vale salientar que revistas cientficas internacio-
nais31,32 aceitam artigos preparados com LaTeX, dispondo
de etilos prprios facilmente implementados.
5. Construtores de estruturas e gerao de figuras: xfig33
6. Visualizadores de imagens e textos: xv34, gv35, xdvi, ...
7. Web Pages: latex2html36, conversor de alta qualidade de
documentos preparados em LaTeX para HTML e de gran-
de utilidade na preparao de material tcnico, cientfico e
educacional a ser disponibilizado em rede.
8. Conversor de formatos de arquivos: babel37, um progra-
ma voltado para interconverter inmeros formatos muito
usados em modelagem molecular. Por exemplo, arquivos
em coordenadas cartesianas (xyz) para matriz-Z.
9. Pacotes Grficos:
* gnuplot38, pacote grfico iterativo que plota funes, con-
juntos de dados em 2D e superfcies (3D);
* xmgr39, pacote para plotar em 2D usado em sistema X
Figura 3. Estrutura da protena crambin encontrada em semen-
Window e que utiliza interface OSF/Motif. tes e composta por 45 grupos, 752 tomos e 1003 ligaes, vi-
* glace40, sucessor do xmgr. sualizada pelo pacote grfico Rasmol.
Vol. 24, No. 5 Computao em Qumica Terica: Informaes Tcnicas 679

11. Pacotes de programas de clculo terico:

* Gamess46: pacote geral de qumica quntica para clculos
ab initio, funcional de densidade e semi-emprico (MNDO,
AM1 e PM3).
* Deft47: um software de mecnica quntica computacional,
baseado na teoria do funcional de densidade. Utiliza funcio-
nais de densidade do tipo gaussianos.
* Molfdir48: cdigo de qumica quntica que faz clculos de
sistemas moleculares multi-eletrnicos usando formalismo
de Fock-Dirac e clculos adicionais de correlao.
* Moldy49, um programa de propsitos gerais, voltado para
simulao de dinmica molecular. suficientemente flex-
vel, devendo ser til para uma grande faixa de clculos de
simulao de sistemas atmicos, inicos e moleculares.
* Dalton50: programa de qumica quntica, cujo forte est
nas reas de propriedades eltricas e magnticas e no estu-
do de superfcies de energia potencial para ambas as inves-
tigaes esttica e dinmica.
* Dirac51: cdigo para clculos moleculares relativsticos
baseados no hamiltoniano Dirac-Coulomb.
* Tinker52 pacote de modelagem molecular. concebido
para ser um sistema de uso fcil e flexvel empregado em Figura 5. Densidade eletrnica para C 2 H 4 , calculada pelo
mecnica e dinmica molecular. Gamess e visualizada pelo Molden.

12. Outros aplicativos.

Existe uma grande quantidade de aplicativos. Para obter
outros programas e informaes adicionais consultar: http://
sal.engnux.ufsc.br/index.shtml.
Como exemplo de aplicao geral, fez-se um clculo de
estrutura eletrnica ab initio para a molcula de C2H4, usan-
do-se o progama Gamess. A partir da funo de onda obtida
a nvel HF/4-31G, possvel, usando o programa Molden,
visualizar algumas propriedades eletrnicas deste sistema. Nas
Figuras 4, 5 e 6 esto, respectivamente, as imagens do orbital
molecular correspondente ligao dupla, do contorno da dis-
tribuio eletrnica total sobre a molcula e do potencial
eletrosttico (e as cargas) derivado da anlise populacional
de Mlliken.

Figura 6. Potencial eletrosttico para C 2H 4 , calculado pelo

Molden a partir da anlise populacional obtida pelo Gamess.

As vantagens da internet so bem conhecidas, e algumas j

Figura 4. Orbital Molecular para C 2H 4 , obtido pelo Gamess e
visualizado pelo Molden.
foram enumeradas e comentadas anteriormente, no entanto um
conceito particular da conexo em rede entre computadores e
que ser abordado a seguir, envolve o processo de transfern-
cia de dados entre computadores "prximos". Este procedimen-
to permite a criao de um ambiente com mais de um
processador trabalhando em paralelo numa determinada tarefa.
Tais equipamentos so denominados de clusters. So mqui-
nas com grande poder de processamento criando um ambiente
de alto desempenho em computao paralela 14.
Com o desempenho e o baixo custo atualmente dos PCs e
a disponibilidade de conexo por ethernet (fastethernet:
100Mbit/s ou gigaethernet: 1000Mbit/s), tornou-se possvel
combin-los e construir ambientes de computao paralela de
alto desempenho, da ordem de GFlop/s, a um custo reduzido,
680 Morgon Quim. Nova

se comparado a mquinas multiprocessadas comerciais. Com qumica computacional tem implementao paralela disponvel,
verses livres de UNIX e pacotes de software de domnio principalmente para mquinas com memria distribuda (como
pblico, nenhum sistema de computao paralela, disponvel os clusters). Eles trabalham tanto em ambiente seqencial quan-
comercialmente, pode competir com o preo de tais equipa- to em paralelo, como por exemplo, o pacote Gamess46. Eles
mentos. O argumento contrrio a esta concepo de arquite- utilizam-se de bibliotecas especficas envolvidas nas trocas (en-
tura, freqentemente apontado como a no existncia de vio e recebimento) de mensagens entre os processadores na rede
um centro de suporte quando um problema surgir, mas existe (conexo local) . As mais populares so: mpich57 e pvm58. So
uma grande variedade de informaes disponveis em sites de aplicativos que tambm permitem o desenvolvimento de progra-
ftp, web e newgroups53, que auxiliam. Alm do aspecto da mas paralelos.
formao de recursos humanos, isto , permite a educao de
estudantes e a criao de uma cultura em ambiente de proces-
samento de alto desempenho 54.
Deste modo, tem se tornado muito populares os clusters de
PCs ao redor do mundo, com dezenas e centenas de
processadores e com inmeras aplicaes teis em qumica
computacional 55. Uma verso modesta foi construda no IQ/
UNICAMP em 1.997, usando 4 unidades, sendo cada uma
composta por Pentium Pro 200 MHz, com 128 MB de mem-
ria RAM e 1GB de disco SCSI, placa Ethernet 100 Mbit/s e
conectados via rede atravs de um hub de 8 portas. Equipa-
mentos com no mnimo 16 processadores, so uma classe es-
pecial de cluster denominados Beowulf56. Eles tm se tornado
muito populares em muitos centros de pesquisa no exterior
como uma opo barata e de alta performance.
A conexo dos processadores pode ser feita por hubs ou
switches, e placas de rede ethernet (Gigabit Ethernet e
FastEthernet), que so relativamente de baixo custo, compara-
das a outras tecnologias como fibra tica (Fiber Distributed
Data Interface - FDDI) e ATM (Asynchronous Transfer Mode).
A principal diferena entre hubs e switches est em como as
mensagens so distribudas entre os processadores. No caso do
hub, para uma mensagem ser enviada a partir de um dado Figura 7. Cluster de PCs.
processador para um outro processador, feito um broadcast
para todos os computadores da rede, ao passo que com switch, De um modo geral, na estrutura descrita pela Figura 7, todo
as mensagens so trocadas em canais exclusivos estabelecidos o sistema de gerenciamento de contas de usurios e localizao
pelos dois processadores, em questo. Isto permite s switches de programas e arquivos, feita por um computador mais ro-
suportarem comunicao denominada full duplex, ou seja, elas busto (o servidor). Isto simplifica muito a manuteno e atua-
tm a habilidade em dobrar a velocidade de cada link, por lizao dos programas e o prprio gerenciamento e controle do
exemplo de 100Mb/s a 200Mb/s. Hoje existe uma grande va- ambiente. Alm de uma substancial economia no armazenamen-
riedade de switches disponveis, contendo de 8 a 100 portas, to de dados. As reas comuns so propagadas do servidor via
que podem alcanar desempenho na transferncia de dados da sistema de arquivos para os processadores (clientes) (Network
ordem de Gigabit/s. Elas tm-se tornado to baratas que no File System - NFS).
existem motivos para construir clusters interconectando-se os Na Tabela 2 esto colocados os tempos de processamento para
processadores usando hubs ou outra conexo. os clculos de otimizao de geometria e freqncia vibracional
Clusters de PCs em rede podem ser usados para processa- harmnica, para o sistema formamida solvatada por trs molcu-
mento de mltiplos clculos em seqencial e podem tambm dar las de gua (representadas por EFP - effective fragment potentials),
suporte para processamento em paralelo. Na Figura 7 tem-se um como mostra a Figura 8, no nvel HF e otimizao de geometria
exemplo esquemtico de um ambiente para execuo de progra- a MP2, usando-se conjuntos de funes de base de Dunning,
mas em processamento paralelo. A maioria dos programas de DH(p,d). Apenas como comparao foram feitos testes usando

Tabela 2. Anlise do tempo de processamento (em s) nos clculos de otimizao de geometria e freqncia vibracional harmnica
para o sistema formamida solvatada por trs molculas de gua (descritas por EFP), usando-se metodologias HF e otimizao de
geometria a MP2, com conjuntos de funes de base DH(p,d). Os clculos foram feitos em ambintes de cluster de PCs e de
estaes de trabalho do CENAPAD/SP.
Mtodo Clculo No de PCs(a) CENAPAD/SP (b),(c)
1 4 Thin66 Thin120 PWR3
HF Otimizao 5.758,3 (1.411,3) 1.547,2 3.066,5 966,4 1.065,5
Freqncia 3.695,5 (829,4) 1.001,0 1.825,0 592,5 656,7
MP2 Otimizao 8.002,0 (5.160,3) 4.215,1 8.545,3 2.553,2 3.005,3
(a)
Pentium Pro 200@MHz (em parnteses, AMD Athlon(tm) 700@MHz) com 128MB de memria (RAM) e 1GB de disco local. Os
processadores esto em uma rede ethernet de 100Mb/s; (b)Thin66: 4 IBM RISC/6000-370 66@MHz com 256MB RAM e 2GB de
disco cada. Thin120: 4 IBM RISC/6000-Power2 Super 120@MHz com 512MB RAM e 4,5GB de disco cada. Interface SPS - 150Mb/s
bi-direcional. PWR3: 1 CPU PowerPC 630 200@MHz (com 2 processadores) com 256MB de memria RAM, 4MB de cache L2 e
6GB de disco e Interface de rede Fast Ethernet (100Mb/s) 59; (c)O CENAPAD/SP possui mquinas mais rpidas, como: IBM RISC/
6000-Power2 Super 160@MHz com 1GB RAM e 9GB de disco conectados por interface SPS - 150Mb/s bi-direcional e SILVER -
1 CPU com 4 processadores 200@MHz com 2GMB de memria RAM, e 40GB SSA de disco no usadas no teste (ver texto).
Vol. 24, No. 5 Computao em Qumica Terica: Informaes Tcnicas
PC e cluster de PCs do IQ/UNICAMP e estaes de trabalho
disponveis no Centro Nacional de Processamento de Alto De-
sempenho em So Paulo (CENAPAD/SP)59.
Figura 8. Estrutura molecular para a formamida solvatada por
trs molculas de gua.
Analisando-se os resultados da Tabela 2 observa-se que
otimizao de geometria e freqncia usando-se mtodo HF processador e memria, placas de rede e de vdeo, ...) e da
tem taxa de paralelizao bastante alta da ordem de 93%, en-
quanto otimizao com MP2 esta taxa fica abaixo de 50%. A
quantidade de memria influencia o desempenho de processa-
mento, pois comparando-se o ambiente Thin120 (120@MHz e
512MB) com os 4 processadores PPro (200@MHz e 128MB)
observa-se que o primeiro tem um desempenho superior. Ou-
tras anlises podem ser feitas a partir da Tabela 2, como pro-
cessamento do tipo SPMD (mquinas com mais de 1 CPU) 14,
tipo de interface de rede, memria cache, discos, etc. Verses
mais novas de processadores, como AMD Athlon(tm) -
700@MHz, apresentam desempenho prximo ao de 4
processadores PPro 200@MHz. Embora, no se pretenda ana-
lisar exclusivamente custos de PCs x Estaes de Trabalho, um
dado interessante refere-se disponibilidade das mquinas.
Testes envolvendo mquinas mais rpidas do CENAPAD/SP
(como as denominadas por Thin160 e SILVER, ver Tabela 2)
no foram possveis de serem feitos, pois os Jobs submetidos
ficaram nas filas de submisso por vrios dias, inviabilizando-
se a anlise. Isto um dado interessante, pois com o cluster de
PCs tem-se uma maior exclusividade.
De um modo geral, a preocupao em fornecer informaes
tcnicas a respeito de processamento computacional para os
qumicos tericos deve-se ao fato dos mesmos serem respon-
sveis por grande demanda de tempo de processamento. Para
se ter uma idia do que isto representa, o CENAPAD/SP tem
aproximadamente 180 usurios cadastrados atualmente, sendo
que os Qumicos representam 40% destes usurios e no entan-
to, so responsveis por 80% do tempo de processamento
disponibilizado pelo Centro. Isto representa algo em torno de
10 GFlop/s.
Por que a necessidade de tanta demanda computacional ?
Basicamente pela natureza dos clculos envolvidos. Consi-
dere-se os seguintes aspectos bsicos nos exemplos ilustrativos
de clculos tericos:
a) usando-se o mtodo Hartree-Fock-Roothaan (mtodo bas-
tante utilizado na soluo aproximada da Equao de
Schroedinger), tem-se a necessidade de clculo de um grande
nmero de integrais de 1 e 2 eltrons, oriundos de um grande
nmero de funes de base usadas na construo dos orbitais
atmicos, combinados na formao dos orbitais moleculares.
E, este nmero aumenta significativamente com o aumento do
nmero de tomos;
681
b) usando-se mtodos correlacionados (usados para
minimizar os efeitos da aproximao do mtodo HFR), alm da
etapa precedente, h a necessidade de calcular um grande n-
mero de configuraes, geradas como funo do nmero de
orbitais necessrios na construo da funo de onda; e
c) j para os mtodos de Mecnica, Dinmica ou Simula-
o de Monte Carlo, o que existe um grande nmero de
molculas componentes do sistema e/ou so sistemas macro-
moleculares;
Assim,
o que limita o uso de clculos tericos, no o sistema
estudado ou a metodologia empregada, mas o equipamen-
to disponvel.
CONCLUSO
Com este trabalho procurou-se apresentar alternativas de
baixo custo, bom desempenho de processamento e um rotei-
ro bsico inicial, para quem pretende utilizar-se de clculos
tericos como mecanismo de apoio ao entendimento de as-
pectos relacionados estrutura eletrnica e molecular de sis-
temas qumicos.
Os equipamentos podem ser desde um PC, at um cluster. O
custo para a construo do cluster de PCs, depende apenas do
nmero de unidades (cada uma em torno de R$ 2.000,00 e
R$ 5.000,00, variando-se o tipo e quantidade de disco,
conexo destes processadores que pode ser feita por hubs ou
switches, que so relativamente de baixo custo (de R$ 1.000,00
e R$ 2.000,00 dependendo tambm do nmero de portas).
Comparativamente aos custos de aquisio de estaes de traba-
lho, os valores seriam dependentes de outros fatores, como mar-
ca (fabricante), modelo, suporte tcnico, sistema operacional, bi-
bliotecas matemticas, compiladores, etc.
As grandes vantagens de equipamentos como os apresenta-
dos neste manuscrito o de serem uma alternativa de baixo
custo e bom desempenho e propiciar a formao de recursos
humanos em atividades outras, que no a de meros executores
de programas. E por desvantagem, se se considerar isto des-
vantagem, o da manuteno, instalao de pacotes, etc.
AGRADECIMENTOS
O autor gostaria de agradecer ao Instituto de Qumica da
UNICAMP pelas facilidades computacionais e ao Conselho
Nacional de Desenvolvimento Cientfico (CNPq) pelo suporte
financeiro. Um agradecimento especial aos Profs. Pedro
Vazquez e Rogrio Custdio do IQ-UNICAMP pelas informa-
es e discusses relacionadas a sistemas operacionais, redes e
programas de clculos tericos.
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