Introducción Biología Molecular 2017 RAQUEL WATANABE 1 PDF

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Contenido
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I. Definicin de Biologa molecular
II. Avances histricos en la Biologa molecular
III. Eras de la Biologa molecular
IV. Aplicaciones de la Biologa molecular
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Biologa molecular
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Mg. MV. Raquel Watanabe Watanabe 2 Mg. MV. Raquel Watanabe Watanabe 3
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1.1 Biologa molecular: definicin 1.2 Biologa molecular: composicin

a
Ciencia que
Ciencia que estudia la
Biologa estructura,
a estudia la
a
Ciencia que estudia la estructura de los estructura de propiedades,
los seres composicin y
seres vivos y de sus procesos vitales. Qumica transformacin
vivos y sus
Contribuye al conocimiento de los procesos de la materia
el
procesos que ocurren en las clulas. vitales Biologa
Biologa molecular
Es una ramificacin de la ciencia
referente a la actividad biolgica en
el nivel molecular.
Biologa molecular
Es la disciplina cientfica que tiene como Bioqumica
objeto de estudio los procesos que se
desarrollan en los seres vivos a nivel Parte de la biologa que
molecular. estudia los genes y los
Gentica Parte de la qumica que estudia
Consiste en el estudio de la estructura, mecanismos que regulan la
los elementos que forman parte
funcin y composicin de las molculas transmisin de los caracteres
de la naturaleza de los seres
biolgicamente importantes. hereditarios
vivos
el
Mg. MV. Raquel Watanabe Watanabe 4 Mg. MV. Raquel Watanabe Watanabe 5 Mg. MV. Raquel Watanabe Watanabe 6
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2.1 Avances histricos 1941-1979 2.2 Avances histricos: 1979-2001 2.3 Genomas procariotas secuenciados
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Ao Acontecimiento Ao Acontecimiento
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1941 Los genes codifican protenas? 1979-1981 Genes humanos clonados y secuenciados
1944 Avery et al. prueban que el ADN porta la informacin gentica 1982 Tabaco, la primera planta modificada genticamente
1953 Watson y Crick determinaron la estructura del ADN 1983 Kary Mullis concibe el PCR / Fred Sanger et al. publican la secuencia del fago
1961 Crick et al. Cdigo gentico, ARN mensajero, regulacin gnica 1986 La secuenciacin del ADN es automatizada
1967 Wise y Richardson aislaron la ADN ligasa 1987-1990 Inicia el proyecto del Genoma Humano
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1970 Smith et al. aislaron y caracterizaron la enzima de restriccin Hind III 1995 Es secuenciada la bacteria Haemophilus influenzae / Mycoplasma genitalum
1972 Janet Mertz y Ron Davis cortaron y pegaron molculas de ADN 1996 Es secuenciada la levadura Saccharomyces cerevisiae (primer eucariota)
1973 Stanley Cohen y H. Boyer ADN en bacterias 1998 Es secuenciado el nemtodo Caenorhabditis elegans
1974 Demostracin directa de deteccin gnica humana 1999 Es secuenciado el cromosoma 22 humano
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1975 Southern Blotting 2000 Es secuenciada la mosca de la fruta Drosophila melanogaster / 26 de junio se
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presenta el borrador del genoma humano
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1977 Fred Sanger secuenci el virus de ADN X174
2000 14 de diciembre se publica la secuencia de la planta Arabidopsis thaliana
1978 Biblioteca gnica humana
2001 26 de enero se presenta el borrador del genoma del arroz Oriza sativa
1979 RFLP para diagnstico prenatal, oncogenes celulares
2001 Se anuncia la culminacin del genoma humano Fuente: http://bioinformatica.uab.es/genomica/swf/genomas.swf
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2.4 Genomas eucariotas secuenciados 3.1 Definicin de conceptos

a
Genoma: totalidad de la informacin gentica que posee un
a
a
organismo o una especie en particular.
Transcriptoma: conjunto de genes que se estn expresando en un

el
momento dado en una clula. Clulas de un mismo organismo y con

un mismo genoma pueden llegar a ser tipos celulares muy dispares
dependiendo de la combinacin de genes que exprese cada una, es
decir, de su transcriptoma.
Biologa molecular
Proteoma: totalidad de protenas expresadas en una clula particular

bajo condiciones medioambientales y etapa de desarrollo especficas.
El proteoma completo de un organismo puede ser conceptualizado
como las protenas de todas las variedades de proteomas celulares.
Fuente: http://bioinformatica.uab.es/genomica/swf/genomas.swf
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3.2 Descubrimiento de los genes de
3.1 Definicin de conceptos 3.3 Era genmica: genomas
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virulencia en las eras Pre y Posgenmica
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Bases de datos y
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Bioinformtica
Metaboloma: conjunto cuantificado de molculas de bajo peso Secuenciacin de genomas completos anlisis de secuencias
molecular (metabolitos, tales como intermediarios metablicos, Caracterizacin estructural de todos los
Genmica
hormonas, molculas de sealizacin y metabolitos secundarios) genes de un organismo Genmica individual
presentes en ciertas clulas o tejidos en un determinado estado Anlisis de variacin gentica a nivel Genmica comparativa
global, abarcando todo el genoma Era posgenmica
fisiolgico o del desarrollo.
Protemica
Como el transcriptoma y el proteoma, el metaboloma es dinmico y
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Anlisis de expresin gnica Biologa de sistemas
cambia segundo a segundo. Transcriptmica
Variacin en la expresin La integracin de los datos puede
conducir a una visin completa
de los procesos celulares o
Anlisis estructural de protenas incluso organsmicos.
Caracterizacin de la variabilidad
Protemica
proteica (tipos, cantidad, actividad)
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Interacciones prot-prot y coordinacin
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de la funcin de protenas (interactoma) Impacto de la expresin
Metabolmica gnica al analizar el estado
final metablico de la clula
Interactoma: interaccin
proteica/complejos proteicos
Fuente: PUBMED (julio 2015)
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3.3 Era genmica: genoma del perro 3.3 Era genmica: genoma de la alpaca 3.3 Era genmica: anlisis de genomas
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Fuente: PUBMED (julio 2015) Fuente: PUBMED (julio 2015) Fuente: NCBI BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
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3.4 Posgenmica: comparacin de
3.4 Posgenmica: genmica comparativa 3.4 Posgenmica: genmica comparativa
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secuencias de especies de espiroquetas
Indica el incremento de dependencia
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de los nutrientes del hospedero
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Genmica comparativa: comparacin de secuencias en especies
distintas. La importancia radica en la comprensin de la evolucin de
las especies y, en general, en ver cmo es que se ha organizado la
vida.
Cul es el nmero mnimo de genes que son indispensables para crear
56 genes: transportadores ABC, reguladores
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un organismo?
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transcripcionales, enzimas del metabolismo
de aminocidos y glucgeno, proteasas
Qu familia de protenas son universales y cules son las especficas de
un organismo?
618 de 2786 genes de T. denticola son
conservados en las otras tres especies:
European Bioinformatics Institute (EBI): sitio web donde recopila el housekeeping genes. Un pequeo subconjunto
est conformado por genes que codifican
propiedades especficas de las espiroquetas
estado actual de los proyectos de secuenciamiento en eucariotas.
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(morfologa e interacciones hospedero-
a
http://www.ebi.ac.uk/ patgeno), no encontradas en otros filos.
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1/6 of 1700 T. denticola
genes tienen homologa
con B. burdogferii y L.
interrogans
Fuente: EBI (julio 2015) Fuente: Raskin DM, Seshadri R, Pukatzki SU, Mekalanos JJ. 2006. Bacterial genomics and pathogen evolution. Cell 124(4): 703-714.
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3.4 Posgenmica: comparacin de

3.5 Transcriptmica
secuencias de especies de estafilococos
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Expresin relativa de ARNm de IL-2 a distintas concentraciones
de antgeno clostridial a la 1, 12 y 24 horas
30,00
Profagos, islas genmicas y Factores de virulencia y genes 27,97
elementos mviles
a de resistencia antibitica
a
(transposones, plsmidos) 25,00
22,80
el
Expresin relativa
20,00
Expresin relativa del ARNm 16,78
Anlisis comparativo de 454 286 Adquisicin de factores de virulencia de IL-2 a las 1, 12 y 24 horas 14,08
aislados sugieren que las islas 7% 1681 9% por plsmidos y otras bacterias a dosis de 400, 16, 0.8 y 0.2 15,00
13,23 12,77
genmicas son movilizadas (COL) (RP62a) grampositivas con menor contenido g/ml de extracto clostridial
por profagos residentes a de GC. Ej. opern cap (cpsula de 10,60
otros miembros de la especie poliglutamato) de B. anthracis que en
(p>0.05). 10,00
S. epidermitis sirve para biofilms 6,45
Biologa molecular
5,00
7 islas de patogenicidad especficas de S. aureus codifican toxinas (enterotoxina, 3,18 2,35 2,78
exotoxina, leucotoxina, etc.)
SNPs son numerosos en las protenas de la envoltura celular y resultan en sustituciones 0,12 1,00
0,00
1 Hora 12 Horas 24 Horas
aminoacdicas no sinnimas que favorecen la evasin inmune.
SF 1,00 1,00 1,00
19000 a 22000 en S. aureus COL en comparacin con otras cepas de S. aureus 400 g/ml 0,12 2,35 2,78
Watanabe R. 2014. Expresin in vitro de las
10000 en S. epidermidis ATCC 12228 en comparacin con la cepa RP62a interleucinas 2 y 10 de linfocitos de alpacas 16 g/ml 3,18 10,60 12,77
(Vicugna pacos) en presencia de antgenos 0.8 g/ml 6,45 13,23 22,80
clostridiales. Rev Inv Vet Per 25(3): 419-429. 0.2 g/ml 14,08 16,78 27,97
Fuente: Raskin DM, Seshadri R, Pukatzki SU, Mekalanos JJ. 2006. Bacterial genomics and pathogen evolution. Cell 124(4): 703-714.
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4.1 Investigacin en Biologa molecular 4.2 Diagnstico molecular 81.4 + 0.3C eaeA 85.9 + 0.3C
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83.9 + 0.3C stx2
89.6 + 0.3C
stx1
87.4 + 0.3C
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ipaH
an ab e
91.5 + 0.3C
daaD
Biologa molecular en publicaciones 93.8 + 0.4C
Biotechnology 232186 aggR

77.1 + 0.7C
Molecular cellular biology 94052
Molecular epidemiology 71247 enterotoxignica
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Molecular diagnosis 101304 EAEC ETEC ETEC
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Bioinformatics 164321 enteroagregativa EPEC enteroinvasiva
Nmero de publicaciones
Molecular genetics 1250038 STEC STEC STEC EIEC
Molecular biotechnology 80576 enteropatgena enterohemorrgica Adherencia difusa

Molecular medicine 376045 DAEC
Molecular biology 442041
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0 500000 1000000 1500000
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Fuente: PUBMED (julio 2015) Guion CE, Ochoa TJ, Walker CM, Barletta F, Cleary TG. 2008. Detection of Diarrheagenic Escherichia coli by use of melting-curve analysis and
Real-Time Multiplex PCR. J Clin Microbiol 46(5): 1753-1757.
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4.3 Epidemiologa molecular 4.3 Epidemiologa molecular 4.3 Epidemiologa molecular

a
Metodologa
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a
Herramientas de informtica
Estimacin de
el
estado/situacin de
Herramientas moleculares
enfermedad en un
Anlisis rea determinada
estadstico
Estudio longitudinal, transversal Recopilacin
de datos
Diseo del
estudio
Problemtica, control,
vigilancia? Hiptesis
Problema
Objetivo: identificacin de los agentes responsables de
Enfermedad? enfermedades infecciosas, determinacin de las fuentes
Hospital Dos de Mayo , 21 quistes de los Andes centrales del Per.
de contagio, relaciones biolgicas, vas de transmisin y Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (ANLIS, Argentina)
los genes de virulencia.
Santivaez SJ, Gutierrez A, Gonzalez AE, Gilman RH, et al. (2008). Human hydatid disease in Peru is basically restricted to Echinococcus Santivaez SJ, Gutierrez A, Gonzalez AE, Gilman RH, et al. (2008). Human hydatid disease in Peru is basically restricted to Echinococcus
granulosus genotype G1. Am J Trop Med Hyg 79(1): 89-92. granulosus genotype G1. Am J Trop Med Hyg 79(1): 89-92.
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4.4 Filogenia
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Pardo I, Johnson G, Kleiboeker S. 2005.
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Phylogenetic characterization of canine distemper
virus detected in naturally infected dogs in North
America. J Clin Microbiol 43(10): 5009-5017.
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1.1 Biologa molecular: definicin 1.2 Biologa molecular: composicin

procesos que ocurren en las clulas. vitales Biologa

2.4 Genomas eucariotas secuenciados 3.1 Definicin de conceptos

Transcriptoma: conjunto de genes que se estn expresando en un

momento dado en una clula. Clulas de un mismo organismo y con

Proteoma: totalidad de protenas expresadas en una clula particular

3.4 Posgenmica: comparacin de

Biotechnology 232186 aggR

Molecular biotechnology 80576 enteropatgena enterohemorrgica Adherencia difusa

4.3 Epidemiologa molecular 4.3 Epidemiologa molecular 4.3 Epidemiologa molecular

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