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PRODUCTO
CURSO : BIOQUÍMICA
CICLO : IV
LIMA - PERÚ
2016
Informe acerca de la bioquímica estructural: Agua, aminoácidos,
proteínas y enzimas
INTRODUCCIÓN
El interés para los biólogos es saber cómo se lleva a cabo la mayoría de las
funciones de las células, y porque es sólo por acciones en formas
tridimensionales específicas que son capaces de realizar estas funciones. Esta
estructura, la "estructura terciaria" de moléculas, es dependiente de una
manera poco complicada en la composición básica de las moléculas.
BIOQUÍMICA ESTRUCTURAL
DEFINICION
AGUA
El agua está formado por moléculas de H2O cuya similaridad es con la del
metano CH4, significa que tres átomos se unen entre sí (enlaces por puentes de
hidrogeno) para formar una molécula de agua, es decir, se necesitan dos átomos
de hidrógeno y un átomo de oxígeno.
Los dos átomos de hidrógeno forman un ángulo de 104,5º con átomo de oxígeno,
haciendo molécula polarizada. Esta polaridad explica mucho acerca de las
propiedades del agua.
Los flujos de agua en estado líquido tienen fluctuación, debido a que los enlaces
de hidrógeno se rompían constantemente y rehacer
Se convierte en hielo debido a la baja temperatura, las moléculas de agua se
mueven muy poco, enlaces de hidrógeno no se colapsan fácilmente, son
estables, formando una estructura cristalina (clusters).
AMINOÁCIDOS
Los aminoácidos (ácidos aminocarboxílicos) componen un grupo importante de
biomoléculas con múltiples funciones. Según sea la posición del grupo amino se
diferencian los aminoácidos alfa, beta y delta. Los aminoácidos naturales
pertenecen principalmente a los aminoácidos a (2-aminocarboxílicos).
Constituyen las unidades básicas de los péptidos y las proteínas, entre otras
funciones. Menos comunes son los aminoácidos (p. ej., beta-alanina) y los
aminoácidos y como el GABA. Cumplen distintas funciones, por ejemplo, como
unidades básicas de biomoléculas o de neurotransmisores.
Hay 20 aminoácidos principales, con ácidos amino primarios o estándar llamada,
pero, además, hay algunos aminoácidos especiales, que aparecen sólo en
algunos tipos de proteínas. 20 de estos nueve se dice que son esenciales:
isoleucina, leucina, valina, fenilalanina, metionina, treonina, triptófano, lisina e
histidina. El cuerpo humano es incapaz de producir, y lo que es necesario su
ingesta a través de alimentos para evitar su deficiencia en el cuerpo. Una cadena
de aminoácidos se llama un "péptido" puede poseer estos dos aminoácidos
(dipéptido), tres aminoácidos (tripéptido), cuatro aminoácidos (tetrapéptidos), o
muchos aminoácidos (polipéptidos). Se da el término proteína cuando la
composición de polipéptido a partir de cientos o miles de aminoácidos.
La forma más importante de los aminoácidos, los ácidos alfa-amino que forman
las proteínas, tienen en general a la estructura un carbono central (el carbono
alfa, casi siempre quiral) al que están unidos cuatro grupos: el grupo amino
(NH2), un grupo carboxilo (COOH), hidrógeno y una característica de cada
sustituyente de aminoácidos.
Se clasifican en:
Los aminoácidos esenciales
Los aminoácidos esenciales son aquellos que no pueden ser producidos por el
cuerpo humano. En consecuencia, sólo ellos son adquiridos por la ingestión de
plantas de alimentos o animales. Ellos son: fenilalanina, isoleucina, leucina,
valina, lisina, metionina, treonina, triptófano, histidina.
Aminoácidos esenciales solo en ciertas condiciones fisiológicas
Condicionalmente aminoácidos esenciales son los aminoácidos que, debido a
ciertas enfermedades no pueden ser sintetizados por el cuerpo humano. Por
tanto, es necesario para obtener estos aminoácidos a través de alimentos, para
satisfacer las necesidades metabólicas del organismo. Ellos son: cisteína,
glicina, prolina, tirosina.
Aminoácidos no esenciales
Los aminoácidos no esenciales o prescindibles: Son aquellas el cuerpo humano
puede sintetizar.são ellos: glutamina, alanina, asparagina, ácido aspártico, ácido
glutámico, serina y "taurina" (dudoso).
PROTEÍNAS
Todos los organismos contienen miles de proteínas distintas y con funciones
diferentes. La ilustración muestra en forma semiesquemática la estructura de
algunas proteínas intracelulares y extracelulares, con un aumento aproximado
de 1,5 millones de veces, para dar una idea de su gran variedad. Las proteínas
pueden ser clasificadas según sus funciones, de la siguiente manera: Proteínas
estructurales. Las proteínas estructurales son responsables de la forma y la
estabilidad de las células y los tejidos. Como ejemplo de una proteína estructural
se muestra un fragmento de la molécula de tropocolágeno. El tamaño de la
molécula completa es de aproximadamente 1,5 • 300 nm pero si se presentara
la medida real en las unidades indicadas ocuparía unas tres páginas del
siguiente trabajo. Las histonas (arriba a la derecha) organizan la disposición
(enrollado) del DNA en el núcleo ceular y rigen la transcripción las unidades
básicas de la cromatina, los nucleosomás, están formados por histonas un
complejo de histonas sobre el cual se enrolla el DNA.
Proteínas de transporte conocida es la hemoglobina de los eritrocitos (izquierda
abajo) Tiene a su cargo el transporte de oxigeno y dóxido de carbono entre los
pulmones y los tejidos. También el plasma de la sangre contiene muchas
proteínas con unción de transporte; por ejemplo, la prealbúmina (transtíretina)
transporta las hormonas tiroideas tiroxina y triiodotironina. Los canales iónicos y
otras proteínas integrales de membrana posibilitan el transporte de iones y de
meta-bolitos a través de las membranas biológicas. Proteínas de defensa. El
sistema inmune protege al organismo de los gérmenes patógenos y de las
sustancias extrañas. Como componente importante del sistema inmune se
muestra la inmunoglobulina tipo G (igG); como anticuerpo, esta sustancia
respalda la defensa inmunitaria específica.
Proteínas reguladoras. En las cadenas de señales bioquímicas las proteínas
funcionan como compuestos de señal (hormonas) y también como receptores de
hormonas. Como ejemplo se muestra el complejo formado entre la hormona de
crecimiento somatotropina y su receptor. En este tipo de unión, los dominios
extracelulares de dos moléculas de receptores se unen a una molécula de la
hormona, lo que activa los dominios citoplasmáticos de los complejos y facilita la
transmisión de la señal hacia el interior de la célula (transducción de señales).
La hormona insulina (abajo a la Izquierda) es analizada detalladamente en otras
secciones. En la regulación del metabolismo y en los procesos de diferenciación
participan proteínas que se unen al DNA (factores de transcripción). La
estructura y la función de las proteínas activadoras de metabolitos (arriba,
derecha) y de otros factores de transcripción bacterianos han sido muy bien
estudiadas.
Proteínas catalíticas. Con más de 2000 representantes conocidos, las enzimas
constituyen el grupo más grande de proteínas. Las enzimas más pequeñas
tienen una masa de 10-15 KDa. Las enzimas medianas como la deshidrogenasa
del alcohol (arriba, izquierda) tienen 100-200 kDa, mientras que las más grandes
como la glutamina sintetasa, que consta de 12 subunidades, puede llegar hasta
500 kDa.
Proteínas motoras. La acción conjunta de la actina y la miosina es responsable
de la contracción muscular y de otros procesos de movimiento. El hexámero
miosina (derecha), con una longitud superior a los 150 nm, pertenece a las
proteínas más grandes. Los filamentos de actina (actina-F) se obtienen por la
polimerización de subunidades relativamente pequeñas (actina-G). La
tropomiosína, asociada con la actina-F y otras proteínas, dirige la contracción
muscular.
Proteínas almacenadoras (no incluidas en la ilustración). En vegetales se hallan
proteínas almacenadoras especiales, que también son importantes para la
nutrición humana, por ejemplo, el gluten del trigo. En los organismos animales
las proteínas musculares constituyen un material de reserva que 2_ puede
movilizar en caso de necesidad. De este modo el ser humano se asegura la
provisión de glucosa durante períodos de hambre prolongados, mediante la
degradación de hasta 6 kg de proteínas musculares.
ENZIMAS
Las proteínas pueden actuar como enzimas en la célula, que son catalizadores
para reacciones químicas. Las enzimas son generalmente altamente específico
y acelerar sólo una o muy pocas reacciones químicas. Las enzimas llevan a cabo
la mayoría de las reacciones que son parte del metabolismo y el ADN manipular
en diversos procesos tales como la replicación del ADN, la reparación del ADN,
la transcripción de genes. Algunas enzimas actúan sobre otras proteínas con el
fin de añadir o eliminar grupos químicos, un proceso llamado modificación post-
traduccional. Acerca de 4000 las reacciones químicas son conocidas catalizadas
por tasa de aceleración enzimas. La proporción por catálisis es a menudo
enorme, alcanzando valores en la magnitud de 1017 en comparación con la
reacción no catalizada, lo que provoca un proceso que, naturalmente, tendría
78000000 años, con la enzima de ser completo en sólo 18 milisegundos. Los
compuestos químicos que se someten a reacciones enzimáticas se conocen
como sustratos. Aunque las enzimas pueden estar compuestos de cientos de
aminoácidos, sólo un pequeño porcentaje de residuos es que entra en contacto
con el sustrato y una más pequeña proporción - de tres a cuatro residuos de
media - que está directamente implicado en la catálisis.
Clasificación de las enzimas, actualmente se conocen más de 2000 tipos
diferentes de enzimas. En un intenso de clasificarlas, se .desarrolló un esquema
que incluye la especificidad de efecto y la de sustrato. Cada enzima está
registrada en el catálogo de enzimas bajo un número EC de cuatro cifras. Estos
números representan una clasificación progresivamente más específica la
primera cifra indica la pertenencia a uno a de los seis principales grupos de
enzimas, la siguiente define el subgrupo y así sucesivamente hasta llegar a la
cuarta cifra, que indica el número de la nueva enzima obedeciendo un orden
correlativo. Siguiendo esta línea la lactato deshidrogenasa lleva el número EC
1.1.1.27 (clase: 1 oxidorreductasa; subclase: 1.1 grupo CH-OH como donante de
electrones; sub-subclase: 1.1.1 NAD (P)+ como aceptador). En cada una de las
seis clases de enzimas se encuentran aquellas que tienen una especificidad de
efecto similar. La tabla muestra la clasificación de las enzimas, sus nombres, los
diferentes tipos de reacciones catalizadas y algunas de las subclases más
importantes. Las oxidorreductasas (clase 1) catalizan reacciones redox, es decir
la transferencia de electrones entre sistemas redox. Las transferasas (clase 2)
son las encargadas de transferir otros grupos tales como los aminos y los restos
de fosfato. Tanto las oxidorreductasas como las transfer asas necesitan siempre
la presencia de coenzimas. Las hidrolasas (clase 3) también transfieren grupos,
pero el aceptador no es una coenzima sino una molécula de agua. Las, lasas
(clase 4), también llamadas "sintasas” según el sentido en el que se produzca
La reacción, catalizan la división o formación de conexiones químicas, proceso
en el cual se genera o desaparecen duplicados. Las isomerasas (clase 5)
desplazan grupos dentro de una molecula sin modificar la fórmula sumatoria del
sustrato. Las reacciones de unión catalizadas por medio de las ligasas
("sintetasas”, clase 6) son endergónicas y por tanto, energéticas a la división del
nucleosido trifosfato (generalmente ATP)
TÉCNICAS ESPECTROFOTOMÉTRICAS
ESPECTROMETRÍA DE ABSORCIÓN
La espectrometría de absorción es una técnica en la cual la energía de un haz
de luz se mide antes y después de la interacción con una muestra. Cuando se
realiza con láser de diodo ajustable, se la conoce como espectroscopia de
absorción con láser de diodo ajustable. También se combina a menudo con una
técnica de modulación, como la espectrometría de modulación de longitud de
onda, y de vez en cuando con la espectrometría de modulación de frecuencia a
fin de reducir el ruido en el sistema.
ESPECTROMETRÍA DE FLUORESCENCIA
ESPECTROMETRÍA DE RAYOS X
Cuando los rayos X con suficiente frecuencia (energía) interaccionan con una
sustancia, los electrones de las capas interiores del átomo se excitan a orbitales
vacíos externos, o bien son eliminados completamente, ionizándose el átomo. El
"agujero" de la capa interior se llena entonces con electrones de los orbitales
externos. La energía disponible en este proceso de excitación se emite como
radiación (fluorescencia) o quitará otros electrones menos enlazados del átomo
(efecto Auger). La absorción o frecuencias de emisión (energías) son
características de cada átomo específico. Además, para un átomo específico se
producen pequeñas variaciones de frecuencia (energía) que son características
del enlace químico. Con un aparato apropiado pueden medirse estas frecuencias
de rayos X características o energías de electrones Auger. La absorción de rayos
X y la espectroscopia de emisión se usan en química y ciencias de los materiales
para determinar la composición elemental y el enlace químico.
La cristalografía de rayos X es un proceso de dispersión. Los materiales
cristalinos dispersan rayos X en ángulos bien definidos. Si la longitud de onda de
los rayos X incidentes es conocida, se pueden calcular las distancias entre
planos de átomos dentro del cristal. Las intensidades de los rayos X dispersados
dan información sobre las posiciones atómicas y permiten calcular la
organización de los átomos dentro de la estructura cristalina.
ESPECTROMETRÍA DE LLAMA
ESPECTROMETRÍA VISIBLE
Todos los átomos absorben en la región ultravioleta (UV) ya que estos fotones
son bastante energéticos para excitar a los electrones externos. Si la frecuencia
es lo bastante alta, se produce la fotoionización. La espectrometría UV también
se usa para la cuantificación de proteínas y concentración de ADN, así como
para la proporción de proteínas y ADN en una solución. En las proteínas se
encuentran generalmente varios aminoácidos, como el triptófano, que absorben
la luz en el rango de 280nm. El ADN absorbe la luz en el rango de 260nm. Por
esta razón, la proporción de absorbancia 260/280nm es un buen indicador
general de la pureza relativa de una solución en términos de estas dos
macromoléculas. También pueden hacerse estimaciones razonables de la
concentración de ADN o proteínas aplicando la ley de Beer.
ESPECTROMETRÍA INFRARROJA
ESPECTROMETRÍA RAMAN
ESPECTROMETRÍA DE FOTOEMISIÓN
ESPECTROMETRÍA MÖSSBAUER
BIBLIOGRAFÌA