Bioquímica Funcional.

Tema 5
La transcripción tiene lugar sobre pequeñas porciones de una sola hebra del DNA, que no es siempre la misma

 Los mRNA de los procariotas suelen ser policistrónicos

 Los de eucariotas son siempre monocistrónicos

Reacción catalizada por las Transcripción en procariotas

RNA polimerasas
Núcleo de la RNA polimerasa de E.Coli
El núcleo de la RNA polimerasa está formado por:
•Dos subunidades α, son proteínas de andamiaje que ayudan a la formación del complejo y también
tiene un papel regulador que media en la interacción con los promotores
•Subunidades β y β’, el centro activo está en la hendidura entre estas dos subunidades.
•Subunidad ω, tiene un papel regulador.

El holoenzima RNA polimerasa completo está constituido por

 el núcleo
 una sexta subunidad denominada factor σ, de la que hay múltiples variantes.

Distintos factores sigma reconocen distintos promotores

1
Promotores de los genes de procariotas reconocidos por el factor σ70

Modelo de transcripción por la RNA polimerasa de procariotas

Fase de reconocimiento:
1º Unión de una holoenzima polimerasa y migración hacia el promotor
2º Formación de un complejo promotor cerrado
3º Formación de un complejo promotor abierto

Fase de inicio
1º Formación de un complejo promotor abierto
2º Iniciación de la síntesis del mRNA , casi siempre por una purina
3º Elongación del mRNA unos 8 nucleótidos más

Modelo de transcripción por la RNA polimerasa de procariotas

2
Modelo de una burbuja de transcripción durante la fase de elongación del transcrito de RNA

Fase de terminación de la transcripción en procariotas

3
Zona de terminación de los genes con terminación independiente de ρ (rho)

Regulación de la transcripción en procariotas. Fase de inicio

4
Proteínas reguladoras de la transcripción en procariotas
 Presentan el motivo estructural hélice-giro- hélice, con una de las hélices interaccionan con el
surco mayor del DNA

Regulación de la terminación de la transcripción en procariotas por riboswitch

 En procariotas con operones
 la existencia de señales de terminación al final de un gen impide la transcripción no
deseada de los genes situados aguas abajo en el operón.
 Un riboswitch es un segmento del propio mRNA cuyo plegamiento puede impedir o no la
terminación
 esta actividad reguladora se basa en la formación dependiente de ligando de
conformaciones mutuamente excluyentes

 Transcripción en eucariotas
RNA polimerasas de eucariotas
RNA pol I nucleolo Pre rRNA 45S que lleva genes clase I
los RNA ribosomales no se inhibe por α-
28S, 18S, 5.8S amanitina
RNA pol II nucleoplasma RNA mensajeros genes clase II
RNA nucleares muy sensible a α-
pequeños amanitina
RNA pol III nucleoplasma RNA transferencia, genes clase III
rRNA 5S, nucleares y moderadamente

5
 citoplasmáticos sensible a α-
pequeños amanitina

Composición de la RNA polimerasas de eucariotas. Comparación con la de procariotas

Promotores de los genes estructurales de eucariotas

6
Resumen de las interacciones entre los GTFs y el DNA en la región de los promotores

 La línea superior representa la posición de los promotores

 las líneas de abajo la extensión de la zona de unión de los GTFs y de la RNA pol II.

Estructura de la proteína TBP (proteína de unión a TATA)

Factores de transcripción generales y otros componentes del PIC

7
  Por mecanismos que dependen del promotor y del tipo de célula se produce el reclutamiento de los
factores de transcripción en la zona de los promotores y de la RNA pol II formándose un complejo de
preiniciación (PIC), que es inactivo.
 Después se produce un cambio a un estado abierto y comienza la transcripción.

Modelo para la transcripción por la RNA polimerasa II de eucariotas

8
 Modelo para la transcripción por la RNA polimerasa I de eucariotas

Modelo para la transcripción por la RNA polimerasa III de eucariotas

9
Regulación de la transcripción en eucariotas
El modelo de activación podría ser como sigue:
1) Un TF (activador) reconoce una secuencia en el DNA. La unión de un TF puede facilitar la entrada de otros.
2) Modificación y remodelación de la cromatina, lo que permite la entrada de otros TF.
3) Los TF unidos interaccionan con el mediador lo que permite la entrada de los GTFs y de la RNA pol-II en el
promotor

10
La transcripción de algunos genes como el de la PEP carboxiquinasa está regulada por muchos TF

Modificaciones en el extremo 5’

11
  El extremo 5’ de los mRNA de los eucariotas es rápidamente modificado.
 Modificación catalizada por el complejo sintetizador de la caperuza que va asociado al dominio
CTD de la RNA polimerasa II.
 En primer lugar una de las subunidades elimina el fosfato γ del extremo 5’ de RNA naciente
 después otra subunidad transfiere una unidad de GMP de un GTP al extremo 5’-difosfato para
formar una guanosina 5’-5’ trifosfato, esta terminación se denomina casquete caperuza o CAP.
 Otras enzimas actuaran después realizando una serie de metilaciones que dan lugar a distintos
tipos de CAP .
 La caperuza se mantiene unida al dominio CTD de la RNAPol-II a través de una proteína
denominada complejo de unión a la caperuza CBC

Procesos de corte y empalme o “splicing”

 En los eucariotas las regiones codificantes de la mayoría de los genes están intercaladas con
regiones no expresadas.
 A las regiones codificantes se les denomina exones y a las no codificantes intrones.
 En el hombre el gen más grande es el de la distrofina, está en el cromosoma X tiene más de 2
millones de pb y 79 exones.
 Además de en los mRNA también se dan procesos de corte y empalme en algunos rRNA y t-RNA.
 Podemos decir que existen tipos diferentes de intrones dependiendo de cómo realizan el
proceso de corte y empalme.

Intrones Catálisis Presencia

Tipo I Autocatalíticos genes nucleares, mitocondriales y de cloroplastos de
algunos eucariotas inferiores
Tipo II Autocatalíticos mRNA de mitocondrias y cloroplastos de algunas algas,
hongos y plantas
Tipo III espliceosoma mRNA de eucariotas
Tipo IV Nucleasas y tRNA de eucariotas
ligasas

Mecanismo de la reacción de corte y empalme o “splicing” de los intrones del grupo I

 Se requiere la presencia de un nucleótido de guanina (GMP,GDP o GTP) que actúa como
nucleófilo sobre el enlace fosfodiéster del extremo 5’ del intrón formándose un nuevo enlace
fosfodiéster entre el nucleótido de guanina y el extremo 5’ del intrón.
 El extremo 3’ del exón liberado ataca ahora al enlace del extremo 3’ del intrón.
 El resultado es un corte preciso del intrón y la unión de los dos exones. El intrón liberado
contiene un nucleótido de guanina en su extremo 5’.
Mecanismo de la reacción de corte y empalme o “splicing” de los intrones del grupo II
 No es necesario el nucleótido de guanina, como nucleófilo actúa el OH 2’ del centro de
ramificación del intrón, por lo que el intrón forma un lazo.
 El extremo 3’ del exón liberado ataca ahora al enlace del extremo 3’ del intrón.
 El resultado es un corte preciso del intrón y la unión de los dos exones. El intrón liberado tiene
un lazo.

12
Mecanismo de la reacción de corte y empalme o “splicing” de los intrones de los mRNA
de eucariotas por los espliceosomas
 El mecanismo es similar al splicing de los intrones del grupo II,
 el primer nuclleófico es una adenosina del centro de ramificación, pero es necesaria la formación
de un espliceosoma que contiene al RNA y a ribonucleoproteínas (U1, U2, U4, U5 y U6) cuyos
RNA tienen secuencias complementarias con el RNA que se está procesando en los sitios de
corte y en el centro de ramificación.
 Algunos componentes del espliceosoma están unidos al CTD de la RNA polimerasa II
Mecanismo para el reconociminto de los sitios de splicing en organismos superiores

 Los sitios de splicing correctos de los intrones son reconocidos gracias a su proximidad a
los exones.
 Los exones poseen unas secuencias (ESE, exonic splicing enhancers) que son reconocidas
por unas proteínas (SR), estás proteínas median la unión cooperativa de las
ribonucleoproteínas a los centros de empalme y de ramificación).
Adición de la cola poli(A) al extremo 3’

13
Maduración de los mRNA de eucariotas
 Los transcritos primarios pueden ser:

 simples, cuando producen un solo mRNA maduro,

 o complejos, cuando pueden seguir diferentes rutas de maduración que dan lugar a
diferentes mRNA maduros
Diferentes rutas de maduración de los RNA mensajeros de eucariotas
 El splicing alternativo de un pre-mRNA da lugar a distintos mRNAs maduros dependiendo
del tejido

14
Maduración de los transcritos de rRNA en procariotas

Maduración de los transcritos de rRNA en eucariotas

Durante el proceso de maduración el pre-rRNA 45S es intensamente metilado en la posición 2’-

OH de la ribosa de más de 100 nt. Estas modificaciones tienen lugar en posiciones específicas,
que son localizadas gracias a pequeños RNA denominados snoRNA (de small nucleolar RNA) que
hibridan con la zona del RNA a modificar y dirigen allí a las enzimas modificadoras.

15
 Maduración de los tRNA

a) eliminación de nucleótidos extra en los extremos 5’ y 3’ catalizados por la RNasa P y Rnasa D

respectivamente.
b) Eliminación de intrones (tipo IV) por endonucleasas específicas que cortan los extremos del intrón y
posteriormente unen los exones, con gasto de energía
c) Adición del extremo CCA por la tRNA nucleotidil transferasa, que une los tres nucleótidos en un solo paso.
d) Modificación de algunas bases de los tRNA por procesos de metilación, desaminación o reducción

Síntesis de otros RNA especializados

 snoRNA de las snoRNPs, muchos están codificados en los intrones de otros genes y son
sintetizados por la RNA polimerasa II .
 snRNA de los espliceosomas, son sintetizados como pre-snRNA por la RNA polimerasa II.
 miRNA, unos son sintetizados por la RNA polimerasa II y otros por la III

16
Exportación de los RNA desde el núcleo al citoplasma

Degradación del RNA en procariotas y eucariotas

17
Degradación de los mRNAs en eucariotas

18