Grado en Biotecnología. Curso 2016-17 Bioquímica Funcional.

Tema 6
1. El código genético. Características
2. Relación de apareamiento codón-anticodón
3. Activación de los aminoácidos
– Aminoacil-tRNA sintetasas
 Dos clases de Aminoacil-Trna sintetasas
 Sistema de edición o de corrección de pruebas de las aminoacil-tRNA sintetasas
 Principales zonas de reconocimiento del t-RNA por las aa-tRNA sintetasas
 Síntesis del f-Met-tRNAi
 Síntesis de otros aa-tRNA
 Ruta eucariotas
 Ruta procariotas
 Síntesis de Pyl-tRNA en las bacterias productoras de metano
4. Síntesis de proteínas en procariotas
– Fase de inicio de la síntesis de proteínas en procariotas
– Fase de elongación de la síntesis de proteínas en procariotas:
1) Entrada de aa-tRNA
2) Formación del enlace peptídico
3) Translocación
 Semejanza entre el factor EF-Tu unido a un aminoacil-tRNA (izquierda) y el factor
EF-G (izquierda). En verde aparece la parte proteica (EF-Tu) y en rojo la
correspondiente al tRNA.
– Fase de terminación de la síntesis de proteínas en procariotas
5. Síntesis de proteínas en eucariotas
5.1. Fase de inicio de la síntesis de proteínas en eucariotas
a) Formación del complejo de iniciación
5.2 Fase de elongación de la síntesis de proteínas en eucariotas
5.3 Fase de terminación de síntesis de proteínas en eucariotas
a) Modelo de la terminación de traducción eucariótica y vías de reciclaje
b) Envío de las proteínas eucarióticas con la señal adecuada al retículo endoplásmico
6. Incorporación de Selenocisteina durante la síntesis de proteínas.
7. Control de calidad en la síntesis de proteínas
8. Regulación de la síntesis de proteínas en procariotas
 Ejemplo de Regulación en trans de la traducción de un mRNA bacteriano por sRNA
 Ejemplo de Regulación en cis de la traducción de un mRNA bacteriano
9. Regulación de la síntesis de proteínas en eucariotas (Regulación de la traducción)
10. Modificaciones postraduccionales
Modificaciones postraduccionales:
a) Modificaciones covalentes
b) Rotura de enlaces covalentes por proteólisis
c) Modificaciones en aminoácidos concretos
d) Glicosilación
e) Adición de lípidos
f) Corte y empalme proteínico
11. Degradación de proteínas en eucariotas
12. Inhibidores de la síntesis proteica

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1. El código genético. Características.
1. Cada codón especifica para un solo aminoácido y esta relación es casi universal.
2. Determinados codones especifican el inicio (AUG) y el fin (UAA, UAG y UGA) de la cadena
polipeptídica.
3. En ocasiones los codones de terminación UGA y UAG pueden especificar el inicio y el fin de la cadena
polipeptídica.
4. Carece de solapamiento, es decir los tripletes no comparten bases nitrogenadas
5. Es unidireccional, pues los tripletes se leen en el sentido 5´-3´
6. Un aminoácido puede estar especificado por más de un codón, se dice que el código genético es
degenerado.

2. Relación de apareamiento codón-anticodón.

El t-RNA actúa como adaptador entre el alfabeto de cuatro bases del RNA y el de 20
aminoácidos de las proteínas, de manera que parte de la molécula de t-RNA se fija a un
aminoácido específico mientras que la otra parte reconoce una secuencia nucleotídica corta en
el mRNA.

Relación de apareamiento codón-

anticodón.

El balanceo de la primera base del anticodón, permite que se den apareamientos no canónicos con la tercera base del codón.
Así G puede interaccionar con U, e Inosina con A

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 La hipótesis del “balanceo” o “tambaleo” (wobbling) fue propuesta para explicar que un mismo
anticodón puede establecer interacción con distintos codones, que se diferencian en su tercera base.
Consiste en que las bases 3ª (3') y 2ª (central) del anticodón reconocen a las bases respectivas, 1ª (5')
y 2ª (central), del codón de forma estricta, según las reglas de emparejamiento de Watson y Crick (A-T,
C-G), mientras que la primera base del anticodón (5') es menos selectiva y puede establecer con la 3ª
base del codón (3') un par de Watson y Crick o, mediante un pequeño desplazamiento, un par distinto.
Esto permite
a G emparejarse con C o con U en el codón
a U emparejarse con A o con G en el codón
a I (inosina) emparejarse con A, C o U en el codón

Como excepción, en ocasiones se puede dar un par de bases no estándar G.U entre
la posición 3 del anticodón y la 1 del codón, lo que permite que 4 de los 6 codones de Leu sean reconocidos por el
mismo anticodón.

3. Síntesis de proteínas: 1) Activación de los aminoácidos.

Aminoacil-tRNA sintetasas.
1. El grupo carboxilo del aminoácido ataca al fosfato α del ATP

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2 a) El grupo aminoacilo es transferido al OH-2’ del residuo 3’-A del tRNA y se libera AMP

2 b) El grupo aminoacilo es transferido directamente al OH-3’ del residuo 3’-A del tRNA produciéndose el aminoacil-tRNA

3 a) La transesterificación mueve el grupo aminoacilo desde el OH-2’ al OH-3’, lo que genera el aminoacil-Trna

Las dos clases de Aminoacyl-TRNA sintetasas.

Sistema de edición o de corrección de pruebas de las aminoacil-tRNA sintetasas.

Corrección de pruebas de la Ile-tRNA sintetasa. Posee un centro de edición con actividad hidrolítica en el que cabe Val pero no
Ile. De manera que el intermedio Val-AMP es hidrolizado por la sintetasa.

Corrección de pruebas de la Val-tRNA sintetasa. Posee un centro de edición en el que cabe Thr pero no Val. De manera que el
producto Thr-tRNAVal es hidrolizado por la sintetasa.

Principales zonas de reconocimiento del t-RNA por las aa-tRNA sintetasas.

Síntesis del formil-Met-tRNAi.

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Síntesis de otros aa-tRNA.

Síntesis de Pyl-tRNA en las bacterias productoras de metano.

4. Síntesis de proteínas en procariotas ,

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El ribosoma posee tres sitios de unión para los aminoacil-tRNA.

4.1. Fase de inicio. Síntesis de proteínas en procariotas.

Las secuencias de Shine-Dalgarno se aparean con una secuencia cerca del extremo 3’ del rRNA 16S

1. Los factores IF-1 e IF-3 se unen a la subunidad 30S, luego se les une el mRNA
2. Unión de IF-2*fMet-tRNAi al sitio P, se aparean las bases del anticodón con las del codón de inicio
3. IF-2 hidroliza el GTP, se liberan todos los factores de inicio y entra la subunidad 50S

4.2 Fase de Elongación de la síntesis de proteínas en procariotas.

1) Entrada de aa-tRNA
2) Formación del enlace peptídico
3) Translocación

Semejanza entre el factor EF-Tu unido a un aminoacil-tRNA (izquierda) y el factor EF-G (izquierda). En
verde aparece la parte proteica (EF-Tu) y en rojo la correspondiente al tRNA.

4.3 Fase de terminación de la síntesis de proteínas en procariotas.

5. Síntesis de proteínas en eucariotas.

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5.1 Fase de Inicio de síntesis de proteínas en eucariotas.

1) Las subunidades ribosómicas se separan, y los factores de inicio eIF 1, 1A y 3 se unen a la subunidad pequeña impidiendo su
reasociación

2) El eIF2 con GTP unido se une al Met-tRNAi después complejo ternario se une a la subunidad ribosómica ayudado por el eIF5. El
tRNA queda localizado con el anticodón en el sitio P. El eIF2B es necesario para que el eIF2 intercambie GDP por GTP

3) Al mRNA se unen varios factores de inicio, tanto a 5’-CAP como a la cola poliA. El mRNA queda formando un círculo. El mRNA
activado se une a la subunidad pequeña del ribosoma y forman el complejo de iniciación 48S.

4) El complejo recorre el RNA hasta encontrar el codón de inicio, en un proceso que consume ATP

5) Se separan los factores de inicio y se une la subunidad grande formándose el complejo de iniciación 80S ATP

5.2 Fase de elongación de la síntesis de proteínas en eucariotas.

eEF1A sim EF-Tu
eEF1B sim eF-Ts
eEF2 sim EF-G

5.3 Fase de terminación de síntesis de proteínas en eucariotas.

En eucariotas existen dos factores de terminación
eRF-1 que reconoce los tres codones de terminación y se une a la subunidad pequeña del ribosoma
eRF-3 que con GTP se une a la la subunidad grande, actuando de manera similar a la terminación en
procariotas.

Figura 2: Modelo de la terminación de traducción eucariótica y vías de reciclaje. En este modelo, la gran subunidad ribosomal se
dibuja como transparente para visualizar los ARNt, los factores y la unión del ARNm al centro de decodificación en la interfaz
entre los grandes y los pequeños. A lo largo, GTP se representa como una bola verde y GDP como una bola roja; también, las
posiciones del ARNm, los ARNt y los factores se dibujan para mayor claridad y no están destinados a especificar sus lugares
exactos en el ribosoma. En el reconocimiento de un codón de parada, la eRF1: eRF3: GTP complejo ternario se une al sitio A del
ribosoma en un estado preaccommodated, se produce la hidrólisis de GTP, y eRF3 se libera. ABCE1 / Rli1 se une y facilita el
alojamiento de eRF1 en una configuración óptimamente activa.

Envío de las proteínas eucariótícas con la señal adecuada al retículo endoplásmico.

6. Incorporación de Selenocisteina durante la síntesis de proteínas.

En los mRNA que tienen que incorporar Sec, después de UGA hay una secuencia con una estructura
secundaria específica. Además la Sec-tRNASec llega unida a un factor de elongación específico
La selenocisteína, se considera el aminoácido número 21 entre los aminoácidos proteicos. Su
abreviatura normalizada de 3 letras es Sec. Se codifica en el ARNm mediante un triplete UGA. Este
codón, conocido por el nombre ópalo, codifica habitualmente la finalización de la traducción, pero en
conjunción con una región del ARNm denominada SecIS (secuencia de inserción de la selenocisteína)
pasa a codificar la incorporación de selenocisteína a la cadena polipeptídica. La secuencia SecIS se
localiza en la región 3' no traducida (3'UTR) en arqueas y eucariotas, e inmediatamente después del
codón ópalo en bacterias.

7. Control de calidad de proteínas.

Cuando el procesado de un mRNA ha sido correcto después de la primera lectura por el ribosoma no debe
quedar ningún complejo EJC en las uniones entre exones ya que el codón STOP correcto está en el último
exon. Pero si hay un STOP dentro del ORF, quedarán sobre el mRNA complejos sin eliminar esto señala a
este mRNA como incorrecto y será inmediatamente degradado.

8. Regulación de la síntesis de proteínas en procariotas.

1. Proteínas reguladoras. Ej. Represión de la síntesis de proteínas ribosómicas por retroalimentación.

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2. Por RNAs que pueden actuar en cis o en trans

Ejemplo de Regulación en trans de la traducción de un mRNA bacteriano por sRNA

Activación. El sRNA se une a la hebra de una horquilla que bloqueaba el sitio de inicio
Represión. El sRNA se une al mRNA bloqueando el sitio de inicio

Ejemplo de Regulación en cis de la traducción de un mRNA bacteriano.

 El riboswitch es capaz de reconocer específicamente a pequeñas moléculas y unirse a ellas. La unión
del ligando al aptámero provoca un cambio de conformación que impide la unión del ribosoma al
mRNA y por tanto su traducción
 Ejemplo, en E. coli la unión pirofosfato de tiamina (TPP) a un aptámero provoca un cambio
conformacional que bloquea el sitio de inicio, suprimiendo la traducción de los mRNA de los genes de
biosíntesis y transporte de TPP

9. Regulación de la síntesis de proteínas en eucariotas.

1. Por fosforilación de los factores de inicio.

2. Por proteínas represoras que se unen a determinadas secuencias en el mRNA.

3. Por proteínas que impiden la unión entre los factores eIF4E e eIF4G.

4. Por pequeños RNA de interferencia mi/siRNA (microRNA, small interference RNA), que son complementarios
con el mRNA, se unen a él y pueden impedir latraducción (miRNA) o provocar su destrucción (siRNA).

10. Modificaciones postraduccionales .

a) Modificaciones covalentes de la estructura de una proteína.

Función:
Regulan la funcionalidad de las proteínas
Controlan la localización celular
Afectan a la interacción con otras proteínas
>200 tipos
Están presentes en el 80% de las proteínas de eucariotas

b) Rotura de enlaces covalentes por proteólisis.

Eliminación en el extremo N de formil-Met en procariotas y Met en eucariotas
Pérdida de la secuencia señal
Eliminación de algunos aa del extremo C.
La rotura proteolítica también se utiliza para convertir proteínas precursoras
inactivas (proproteínas) en sus formas activas.
Ej. Tripsinógeno a tripsina, proinsulina a insulina.

c) Modificaciones postraduccionales en aminoácidos concretos

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d) Glicosilación.
Es una de las más importantes y más complejas, consiste en la adición de unidades glucídicas (glucosa, manosa,
galactosa, N-acetilglucosamina, Naacetilgalactosamina, fucosa y ácido siálico) a residuos de:

Ser o Thr

e) Adición de lípidos.

Isoprenilo
Ácido mirístico
Ácido palmítico
Glicolípido conteniendo fosfatidilinositol

f) Corte y empalme proteínico.

11. Degradación de proteínas en eucariotas.

Las proteínas son señaladas mediante su unión a ubiquitina

Las ptoteínas ubiquitinadas son degradadas por el proteosoma

Pueden presentar varias modificaciones postraduccionales.

12.Inhibidores de la síntesis de proteínas.

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• Toxina diftérica
• Ricina

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