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Equipe de tradução

Ana Beatriz Gorini da Veiga (Capítulo 6) Henrique Bunselmeyer Ferreira (Capítulos 7, 29, 33 e 34)
Professora adjunta da Universidade Federal de Ciências da Saúde Professor associado, Departamento de Biologia Molecular e
de Porto Alegre (UFCSPA). Biotecnologia e Centro de Biotecnologia, UFRGS.
Doutora em Biologia Celular e Molecular, Universidade Doutor em Genética e Biologia Molecular, UFRGS.
Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS).
Karina Mariante Monteiro (Capítulos 29, 33 e 34)
Carla Dalmaz (Capítulos 4, 16, 21, 22 e 26) Doutora em Biologia Celular e Molecular, UFRGS.
Professora associada, Departamento de Bioquímica, UFRGS.
Lúcia Rebello Dillenburg (Capítulo 24)
Doutora em Bioquímica, UFPR. Professora associada, Departamento de Botânica, UFRGS.
Carlos Alexandre Sanchez Ferreira (Capítulo 5) Doutora em Botânica, University of Maryland (College Park, EUA).
Professor/Pesquisador, Pontifícia Universidade Luciane Passaglia (Capítulos 30 e 32)
Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS). Professora nível associado IV, Departamento de Genética, UFRGS.
Doutor em Bioquímica, UFRGS. Doutora em Genética e Biologia Molecular, UFRGS.
,
Carlos Termignoni (Capítulos 2, 3, 13, 14 e 15) Luís Fernando Marques Do111illé (segunda parte Indice)
Professor associado, Centro de Biotecnologia e Professor adjunto de Ciências Biológicas, Departamento de Ciências,
Departamento de Bioquímica, UFRGS. Universidade do Estado do Rio de Janeiro.
Doutor em Biologia Molecular, Escola Paulista de Doutor em Educação, Universidade Federal Fluminense.
Medicina-Universidade Federal de São Paulo (EPM-UNIFESP).
Maria Luiza Pereira (Capítulos 11, 17 e 18)
Débora Vom Endt (Capítulos 28 e 31) Professora associada, Departamento de Bioquímica, UFRGS.
Professora adjunta no curso de Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia Doutora em Biologia Molecular, United Medical and Dental Schools of
da Universidade Estadual do Rio Grande do Sul (UERGS). Guy' s and St Thomas's Hospitals, Universidade de Londres, Grã-Bretanha.
Doutora em Biologia Molecular Vegetal pela
Universidade de Leiden (Holanda, 2004).
Maria Martha Guedes Chaves (Capítulos 8 e 9)
Bióloga, Universidade de São Paulo.
Pós-doutora no Centro de Biotecnologia da UFRGS.
Michele Bastiani (Capítulos 23 e 25)
Fabiana Horn (Capítulo 7)
Farmacêutica. Mestre em Biologia Celular e Molecular pelo Programa
Professora associada, Departamento de Biofísica, UFRGS. Doutora em
de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular (PPGBCM) do
Bioquímica, Universidade de Oxford, Grã-Bretanha. Centro de Biotecnologia, UFRGS.
Gaby Renard (Capítulo 5) Doutora em Biologia Celular pelo Institute for Molecular Bioscience
Pesquisadora da Quatro G Pesquisa e Desenvolvimento Ltda., da University of Queensland, Austrália.
TECNOPUC. Mestre e Doutora em Ciências Biológicas: Sandra Estrazulas Farias (Capítulos 1, 10, 12, 20 e 27)
Bioquímica pela UFRGS. Professora associada, Departamento de Fisiologia e Centro de Biotecnologia,
UFRGS. Doutora em Bioquímica e Biologia Molecular, EPM-UNIFESP.
Giancarlo Pasquali (Capítulos 28 e 31)
Professor associado, Departamento de Biologia Molecular e Biotecnologia Simone Kobe de Oliveira
,
(Capítulos 8, 9, 19, 35, primeira parte
do Instituto de Biociências e Centro de Biotecnologia, UFRGS. Indice, Iniciais e Apêndices)
Doutor em Biologia Molecular Vegetal, Doutora em Ciências, UFRGS. Pós-Doutoranda em Biotecnologia e
Universidade de Leiden, Holanda. Biociências, Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC).

V876b Voet, Donald.


Bioquímica [recurso eletrônico]/ Donald Voet, Judith G . Voet;
[tradução: Ana Beatriz Gorini da Veiga ... et al.] ; revisão técnica: Carlos
Termignoni ... [et al.]. - 4. ed. - Dados eletrônicos. -Porto Alegre: Artmed,
2013.

Editado também como livro impresso em 2013.


ISBN 978-85-8271-005-0

1. Bioquímica. 1. Voet, Judith G . II. Título.

CDU 577.1

Catalogação na publicação: Ana Paula M . Magnus - CRB 10/2052


Donald Voet Judith G. Voet
University of Pennsylvania Swarthmore College

4ª Edição

Consultoria, supervisão e revisão técnica desta edição:


Carlos Termignoni
Professor associado, Centro de Biotecnologia e Departamento de Bioquímica, UFRGS.
Doutor em Biologia Molecular, EPM-UNIFESP.
GabyRenard
Pesquisadora da Quatro G Pesquisa e Desenvolvimento Ltda., TECNOPUC.
Mestre e Doutora em Ciências Biológicas: Bioquímica pela UFRGS.
Henrique Bunselmeyer Ferreira
Professor adjunto, Departamento de Biologia Molecular e Biotecnologia e Centro de Biotecnologia, UFRGS.
Doutor em Genética e Biologia Molecular, UFRGS.

Hugo Verti
Professor adjunto, Departamento de Biologia Molecular e Biotecnologia, UFRGS.
Doutor em Biologia Celular e Molecular pela UFRGS.
Luciane Passaglia
Professora nível associado IV, Departamento de Genética, UFRGS.
Doutora em Genética e Biologia Molecular, UFRGS.

Maria Luiza Pereira


Professora associada, Departamento de Bioquímica, UFRGS.
Doutora em Biologia Molecular, United Medical and Dental Schools of Guy's and
St Thomas's Hospitais, Universidade de Londres, Grã-Bretanha.

Sandra Estrazulas Farias


Professora associada, Departamento de Fisiologia e Centro de Biotecnologia, UFRGS.
Doutora em Bioquímica e Biologia Molecular, EPM-UNIFESP.

Simone Kobe de Oliveira


Doutora em Ciências, UFRGS. Pós-Doutoranda em Biotecnologia e Biociências,
Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC).

Versão impressa
desta obra: 2013

2013
Obra originalmente publicada sob o título Biochemistry, 4th edition
ISBN 9780470570951/0470570954

Copyright ©2011 by Donald Voet, Judith G.Voet. Ali rights reserved.


This translation published under license with the original publisher John Wiley & Sons, Inc.

Gerente editorial: Letícia Bispo de Lima

Colaboraram nesta edição

Editora: Simone de Fraga

Arte sobre capa original: VS Digital Ltda.

Leitura final: Cecília Jabs Eger e Henrique de Oliveira Guerra

Editoração: Techbooks

Nota
A medicina é uma ciência em constante evolução. A' medida que novas pesquisas e a experiência clínica am-
pliam o nosso conhecimento, são necessárias modificações no tratamento e na farmacoterapia. Os organizado-
res desta obra consultaram as fontes consideradas confiáveis, num esforço para oferecer informações completas
e, geralmente, de acordo com os padrões aceitos à época da publicação. Entretanto, tendo em vista a possibi-
lidade de falha humana ou de alterações nas ciências médicas, os leitores devem confirmar estas informações
com outras fontes. Por exemplo, e em particular, os leitores são aconselhados a conferir a bula de qualquer me-
dicamento que pretendam administrar, para se certificar de que a informação contida neste livro está correta e
de que não houve alteração na dose recomendada nem nas contraindicações para o seu uso. Essa recomenda-
ção é particularmente importante em relação a medicamentos novos ou raramente usados.

Reservados todos os direitos de publicação, em língua portuguesa, à


ARTMED EDITORA LTDA., uma empresa do GRUPO A EDUCAÇÃO S.A.
Av. Jerônimo de Ornelas, 670 - Santana
90040-340 - Porto Alegre - RS
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,
E proibida a duplicação ou reprodução deste volume, no todo ou em parte, sob quaisquer
formas ou por quaisquer meios (eletrônico, mecânico, gravação, fotocópia, distribuição na Web
e outros), sem permissão expressa da Editora.

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Para nossos netos: Maya, Leo, Cora e Elisabeth.
Agradecimentos
Este livro-texto é o resultado do esforço e dedicação de diver- Charles L. Borders, Jr., The College of Wooster
sos profissionais, muitos dos quais merecem menção especial: Charles Shopsis, Adelphi University
Laura Ierardi habilmente combinou textos, figuras e ta- Christopher R. Meyer, California State University at Fullerton
belas, projetando cada uma das páginas deste livro. Daniel J. Kosman, State University of New York at Buffalo
Suzanne Ingrao, nossa coordenadora de produção, con-
David Eisenberg, University of California at Los Angeles
duziu habilmente a produção do livro. Madelin Lesure de-
David Fahrney, Colorado State University
senvolveu o projeto gráfico do livro e da capa. Joan Kalkut,
nosso editor, organizou e dirigiu com destreza todo o pro- Dennis Lohr, Arizona State University
jeto. Hilary Newman e Elyse Rieder adquiriram muitas das Don Dennis, University of Delaware
fotografias do livro e mantiveram registro de todas elas. E. J. Berhman, Ohio State University
Connie Parks, nosso preparador de originais, deu a polida Edward Harris, Texas A&M University
final no manuscrito e eliminou um grande número de er- Eileen J affe, Fox Chase Cancer Center
ros gramaticais e de digitação. Agradecimentos especiais Eugene Davidson, Georgetown University
a Alyson Rentrop, nosso editor associado, que coordenou Francis Vella, University of Saskatchewan
e dirigiu um pacote excepcional de suplementos e a Tom
Frank M. Raushel, Texas A&M University
Kulesa, editor de mídia sênior, e Marc Wezdecki, editor
de mídia, que melhoraram substancialmente e desenvol- Frederick Rudolph, Rice University
veram os recursos de mídia. Muito da arte desta 4ª edição Gary L. Powell, Clemson University
de Bioquímica é o legado criativo dos desenhos feitos para Glenn Cunningham, University of Central Florida
as suas 1ª e 2ª edições por John e Bette Woolsey e Patrick Guido Guidotti, Harvard University
Lane, dal/B Woolsey Associates. Harold G. Martinson, University of California at Los Angeles
O falecido Irving Geiss nos agraciou com sua extraordi- Harold White, University of Delaware
nária arte molecular e seus sábios e desobrigados conselhos. Harry F. Noller, University of California at Santa Cruz
As coordenadas atômicas da maioria das proteínas e Ivan Rayment, University ofWisconsin
ácidos nucleicos que elaboramos para uso neste livro fo-
James H. Hageman, New Mexico State University
ram obtidas no Banco de Dados de Proteínas (PDB), que
James H. Hammons, Swarthmore College
é administrado pela Research Collaboratory for Structural
Bioinformatics (RCSB). Criamos esses desenhos utili- James Zimmerman, Clemson University
zando os programas de gráficos moleculares PyMOL de Jan G. Jaworski, Miami University
Warren DeLano; RIBBONS, de Mike Carson; e GRASP, de Jason D. Kahn, University of Maryland
Anthony Nicholls, Kim Sharp e Barry Honig. Jeffery T. Wong, University of Toronto
Os diagramas gráficos interativos de computador apresenta- Jeffrey Evans, University of Southern Mississippi
dos no website que acompanha este livro-texto são imagens JoAnne Stubbe, Massachusetts Institute of Technology
em Jmol ou Cineimagens. Jmol é um aplicativo da Web in- Jochanan Stenish, Westem Michigan University
terativo, aberto e livre, para manipular moléculas em três di-
John Ohlsson, University of Colorado
mensões. Ele tem como base o programa RasMol de Roger
John Tooze, European Molecular Biology Organization
Sayle, generosamente disponibilizado ao público.
As cineimagens são apresentadas pelo programa KiNG, Joseph Babitch, Texas Christian University
escrito e disponibilizado por David C. Richardson, que também Karl D. Bishop, Bucknell University
escreveu e disponibilizou o programa PREKIN, que utilizamos Kelsey R. Downum, Florida Intemational University
para ajudar a gerar as cineimagens. KiNG (Kinemage, Next Ken Willeford, Mississippi State University
Generation) é um sistema interativo de vetores gráficos tri- Kenneth Brown, University of Texas at Arlington
dimensionais que roda nos sistemas operacionais Windows, Larry G. Butler, Purdue University
Mac OS X e Linux/Unix. Larry Louters, Calvin College
Desejamos especialmente agradecer àqueles colegas que
Lauren Williams, Georgia Institute of Technology
revisaram este livro, tanto nesta edição como em suas edições
Lowell Hager, University of Illinois at Urbana-Champaign
anteriores, e que nos ofereceram conselhos fundamentais:
Marvin A. Smith, Brigham Y oung University
Alan R. Price, University of Michigan Mary Ellen Jones, University of North Carolina
Albert Light, Purdue University Mary Lynn Trawick, Baylor University
Allen Scism, Central Missouri State University Michael Mendenhall, University of Kentucky
Angela Hoffman, University of Portland Norbert C. Furumo, Eastern Illinois University
Barrie Kitto, University of Texas at Austin Paul F. Cook, University of Oklahoma
Beulah M. Woodfin, The University of New Mexico Paul Fitzpatrick, Texas A&M University
Carol Caparelli, Fox Chase Cancer Center Paul Price, University of California at San Diego
viii Agradecimentos

Paul R. Schimmel, The Scripps Research Institute Thomas Laue, University of New Hampshire
Phyllis Strauss, Northeastern University Thomas Schleich, University of California at Santa Cruz
Raghupathy Sarma, State University of New York at Stony Thomas Sneider, Colorado State University
Brook Tokuji Kimura, Wayne State University
Ralph A. J acobson, Califo mia Polytechnic State University W. Scott Champney, East Tennessee State University
Robert Blankenshop, Arizona State University Walter A. Deutsch, Louisiana State University
Robert D. Kuchta, University of Colorado, Boulder William A. Eaton, National Institutes of Health
Robert D. Lynch, University of Lowell William P. Jencks, Brandeis University
Robert Fletterick, University of California at San Francisco William Sweeney, Hunter College
Ronald Montelaro, Louisiana State University William Widger, University of Houston
Sabeeha Merchant, University of California at Los Angeles
Scott Gilbert, Swarthmore College
Scott Moore, Boston University Donald Voet
Thomas I. Pynadath, Kent State University Judith G. Voet
Prefácio
A bioquímica é um campo extremamente fascinante e de DNA, sequenciamento rápido de DNA, RNAi, microscopia
grande utilidade, que tem origem, sem dúvida, a partir do crioeletrônica, espectroscopia de massas, técnicas de molé-
interesse em nós mesmos. O bem-estar humano, em espe- cula única e dispositivos robóticos, são hoje rotineiramente
cial seus aspectos médicos e nutricionais, foi imensamente usados em laboratórios para responder questões que pare-
beneficiado pelo rápido crescimento de nosso conhecimento ciam totalmente fora de alcance uma década atrás. De fato,
sobre bioquímica. De fato, é rara a passagem de um dia se- esses avanços afetaram o nosso dia a dia, pois mudaram a
quer sem que haja o relato de uma descoberta bioquímica maneira como a medicina é praticada, o modo como cuida-
que beneficie uma parcela significativa da população. Novos mos da nossa própria saúde e a maneira como os alimentos
avanços nesse campo em rápida expansão levarão, sem dúvi- são produzidos.
da, a ganhos ainda mais espetaculares em nossa capacidad~
de compreender a natureza e de controlar nossos destinos. E
essencial, portanto, que indivíduos que iniciam uma carreira CAPA
em ciências biomédicas sejam bem versados em bioquímica. A capa contém duas pinturas de citocromo e de coração
Este livro foi elaborado a partir de nossa experiência equino. A pintura superior, que foi desenhada por Irving
de ensino com estudantes de graduação e pós-graduação Geis em colaboração com Richard Dickerson, represen-
na University of Pennsylvania e no Swarthmore College, e ta a influência das cadeias laterais dos aminoácidos sobre
seu objetivo é fornecer a esses estudantes um embasamen- o padrão de enovelamento tridimensional da proteína. A
to completo em bioquímica. Acreditamos que os estudantes pintura inferior, também feita por Geis, é o citocromo e ilu-
que utilizarão este livro têm conhecimento suficiente em minado por seu único átomo de ferro em que suas cadeias
química geral e em química orgânica, de modo que se encon- laterais hidrofóbicas estão desenhadas em verde. Essas pin-
tram familiarizados com os princípios básicos e a nomencla- turas foram feitas nos anos 1970, quando apenas algumas
tura. Também acreditamos que os estudantes já estudaram estruturas de proteínas eram conhecidas (hoje, em torno de
biologia geral, na qual conceitos bioquímicos elementares 70.000 o são); além disso, hoje os computadores pessoais
foram discutidos. Aconselha-se, em função dessas necessi- que usamos para visualizá-las são muito mais avançados.
dades, que estudantes não possuidores de tais pré-requisitos Ele nos lembra que a bioquímica é um processo movido
consultem livros introdutórios adequados daqueles assuntos. pela criatividade da mente humana. Nossas ferramentas
de visualização evoluíram da caneta, tinta e lápis coloridos
para computadores e programas sofisticados. Sem criativi-
NOVIDADES DESTA EDIÇÃO
dade, contudo, essas ferramentas são de pouca utilidade.
Desde que a 3ª edição de Bioquímica foi publicada em 2004,
essa área de conhecimento tem crescido muito, com uma
taxa de aceleração cada vez mais rápida. Essa impressionan- TEMAS
te expansão de nosso conhecimento, o trabalho de milhares Na elaboração deste livro, levamos em consideração diferen-
de cientistas talentosos e dedicados, vem se caracterizando tes aspectos. Primeiro, que a bioquímica é um conjunto de co-
pelo surgimento de muitos novos paradigmas, bem como por nhecimentos compilados pelos pesquisadores por meio da ex-
um enorme enriquecimento de praticamente todos os aspec- perimentação. Portanto, ao apresentarmos o que é conhecido,
tos dessa área de estudo. Por exemplo, o número de estrutu- reforçamos o modo pelo qual esse conhecimento foi adquiri-
ras de proteínas e ácidos nucleicos conhecidas determinadas do. Acreditamos que o esforço adicional que o estudante deve
por técnicas de raios X ou por RM aumentou mais de três fazer para acompanhar essa postura é bem-recompensado,
vezes. Além disso, a qualidade e a complexidade dessas es- pois leva à visão crítica necessária ao sucesso em todo esforço
truturas, que incluem numerosas proteínas de membrana, científico. Embora a ciência seja em geral representada como
foram significativamente melhoradas, permitindo, assim, um assunto impessoal, ela é, de fato, uma disciplina molda-
enormes avanços na compreensão da bioquímica estrutu- da por esforços frequentemente individuais de cientistas. Por
ral. A bioinformática passou a dominar a maneira pela qual isso, identificamos alguns dos principais nomes que contribuí-
muitos aspectos da bioquímica são concebidos e praticados. ram para a bioquímica (a maioria dos profissionais que ainda
Desde que a 3ª edição deste livro foi publicada, o número estão ativos) e, em muitos casos, consideramos as abordagens
de sequências genômicas conhecidas aumentou mais de 10 experimentais que eles utilizaram para solucionar determina-
vezes, e o objetivo da medicina personalizada para deter- dos problemas bioquímicos. Os estudantes deverão perceber,
minar a sequência genômica de cada indivíduo parece estar contudo, que a maior parte do trabalho descrito não poderia
perto. De maneira similar, aumentou de modo significativo ter sido executada sem o esforço dedicado e frequentemente
o conhecimento em subáreas como a biologia molecular de indispensável de numerosos colaboradores.
eucariotos e procariotos, o controle metabólico, o enovela- A unidade da vida e a sua variação durante a evolução
mento de proteínas, o transporte de elétrons, o transporte constituem
, o segundo tema dominante ao longo de todo o
pelas membranas, a imunologia, a transdução de sinais, etc. livro. E certo afirmar que, entre as características mais mar-
Metodologias novas e aperfeiçoadas, como microarranjos de cantes da vida na Terra, estão as suas enormes variedade e
X Prefácio

adaptabilidade. Apesar disso, a pesquisa bioquímica vem de- V. Expressão e transmissão da informação genética: am-
monstrando que todos os seres vivos estão estreitamente rela- plia a discussão sobre estrutura de ácidos nucleicos apresen-
cionados em nível molecular. Por consequência, as diferenças tada na Parte II, seguida pela exposição da biologia molecu-
moleculares entre as várias espécies forneceram indicações lar tanto de procariotos como de eucariotos.
intrigantes de como os organismos evoluíram uns a partir de
Essa organização nos permite abranjer as principais áreas da
outros e auxiliaram no delineamento de porções funcional-
bioquímica de maneira lógica e coerente. Contudo, a bioquí-
mente significativas de suas maquinarias moleculares.
mica moderna é assunto de tal abrangência que, para man-
O terceiro tema principal diz respeito à organização dos
termos a profundidade de cobertura relativamente uniforme
processos biológicos em redes de controle elaboradas e in-
ao longo de todo o livro, incluímos mais conteúdo do que
terdependentes. Esses sistemas permitem que os organismos
a maioria dos cursos de bioquímica é capaz de abordar em
mantenham ambientes internos relativamente constantes,
detalhes em um ano. Acreditamos que essa profundidade
que respondam rapidamente a estímulos externos e que cres-
de abordagem é um dos pontos fortes deste livro; ele per-
çam e se diferenciem.
mite que o professor ministre o curso conforme seu projeto
Um quarto tema diz respeito à relação bioquímica e
próprio e ainda representa para o estudante uma fonte de
medicina. Para isso, frequentemente ilustramos princípios
consulta sobre assuntos bioquímicos não abordados em um
bioquímicos com exemplos normais e anormais da fisiolo-
curso padrão.
gia humana e discutimos os mecanismos de ação de vários
A ordem na qual o assunto é apresentado é mais ou
fármacos.
menos similar àquela da maioria dos cursos de bioquímica.
Porém, há aspectos da organização deste livro que merecem
ORGANIZAÇÃO E COBERTURA um comentário especial:
Com a explosão da informação em bioquímica, os profes- 1. O Capítulo 5 introduz a biologia molecular mais cedo
sores passaram a explorar métodos de ensino mais efica- na narrativa, em resposta ao papel central que a tecnologia
zes, como o aprendizado com base na solução de proble- de DNA recombinante passou a desempenhar na bioquí-
mas, na descoberta e na cooperação. Essas novas técnicas mica moderna. O mesmo aconteceu com o próspero cam-
de ensino e aprendizagem envolvem maior interação entre po da bioinformática, discutido em uma seção separada no
estudantes e professores e, o que é mais importante, exi- Capítulo 7.
gem mais tempo em sala de aula. Portanto, na elaboração 2. Dividimos nossa apresentação da termodinâmica em dois
da 4ª edição deste livro, tivemos de lidar com uma dupla capítulos. Os princípios termodinâmicos básicos - entalpia, en-
pressão: a de aumento do conteúdo e a da inovação pe- tropia, energia livre e equihbrio - são discutidos no Capítulo 3,
dagógica. Para tanto, buscamos apresentar a bioquímica pois são pré-requisitos para a compreensão da bioquímica es-
da maneira mais acurada e abrangente possível, para ser trutural e da mecânica e da cinética enzimáticas. Aspectos me-
transmitida tanto para estudantes como para professo- tabólicos da termodinâmica - a termodinâmica dos compostos
res, à medida que eles são o foco de várias estratégias de de fosfato e as reações de oxidação-redução - são apresentados
aprendizado inovadoras. Tratamos do assunto, contudo, no Capítulo 16, visto que o conhecimento desses assuntos não é
com a preocupação de que esses novos métodos tendem a necessário antes dos capítulos que se seguem.
diminuir significativamente o conteúdo do curso. Por isso, 3. Técnicas de purificação de proteínas são descritas em um
elaboramos um livro que permite aos professores direcio- capítulo separado (Capítulo 6), que precede as discussões
narem seus estudantes para áreas de conteúdo que podem sobre a estrutura e a função de proteínas. Escolhemos essa
ser exploradas fora da sala de aula e que também fornece ordem para que os estudantes não tenham a sensação de que
material para discussão em aula. as proteínas são, de algum modo, "tiradas da cartola". Mas o
Relatamos muitos dos avanços que ocorreram nos úl- Capítulo 6 foi elaborado como um capítulo de referência, a
timos sete anos nesta 4ª edição de Bioquímica e, portanto, ser consultado sempre que houver necessidade. As técnicas
enriquecemos substancialmente quase todas as suas seções. de purificação de ácidos nucleicos são também discutidas na-
Apesar disso, a organização básica da 4ª edição permanece a quele capítulo, pelas razões antes descritas.
mesma da 3ª edição. 4. O Capítulo 10 descreve em detalhes as propriedades da
O livro está organizado em cinco partes: hemoglobina, para ilustrar concretamente as discussões pre-
I. Introdução e conhecimentos básicos: abrange um capítu- cedentes sobre estrutura e função de proteínas. Ele apresen-
lo introdutório seguido por capítulos que revisam as proprie- ta a teoria alostérica, para explicar a natureza cooperativa
dades das soluções aquosas e os elementos de termodinâmica. da interação do oxigênio com a hemoglobina. A subsequente
II. Biomoléculas: descreve as estruturas e funções das pro- extensão da teoria alostérica para a enzimologia, no Capítulo
teínas, dos ácidos nucleicos, dos carboidratos e dos lipídeos. 13, é o assunto seguinte.
III. Mecanismos de ação de enzimas: introduz as proprieda- 5. Conceitos de controle metabólico são apresentados nos
des, cinéticas de reação e mecanismos catalíticos das enzimas. capítulos sobre glicólise (Capítulo 17) e metabolismo do gli-
cogênio (Capítulo 18), abordando geração de fluxo, regula-
IV. Metabolismo: discute como os seres vivos sintetizam e
ção alostérica, ciclos de substrato, modificação enzimática
degradam carboidratos, lipídeos, aminoácidos e nucleotídeos,
covalente e cascatas cíclicas, bem como analisa-se o contro-
com ênfase na geração e no consumo de energia.
le metabólico. Acreditamos que esses conceitos são melhor
Prefácio xi

compreendidos quando estudados no contexto metabólico 13. Os Capítulos 33, 34 e 35 estão disponíveis em português
do que quando considerados como tópicos independentes. somente em www.grupoa.com.br, tendo recebido o mesmo
6. O rápido crescimento de nosso conhecimento sobre a cuidado editorial dos demais capítulos.
transdução biológica de sinais tomou necessário que esse O velho adágio de que se aprende melhor um assunto
importante assunto tivesse um capítulo próprio, agora o ao ensiná-lo, simplesmente indica que o aprendizado é um
Capítulo 19. processo mais ativo do que passivo. Os problemas que apre-
7. Não há um capítulo separado para coenzimas. Acredita- sentamos no final de cada capítulo foram por isso elabora-
mos que essas substâncias são mais logicamente estudadas no dos, para permitirem que os estudantes reflitam, em vez de
contexto das reações enzimáticas das quais elas participam. meramente repetirem informações pobremente assimiladas
8. A glicólise (Capítulo 17), o metabolismo do glicogênio e logo esquecidas. Poucos dos problemas são triviais, e al-
(Capítulo 18), o ciclo do ácido cítrico (Capítulo 21) e o trans- guns deles (sobretudo aqueles marcados com um asterisco)
porte de elétrons e a fosforilação oxidativa (Capítulo 22) são são bastante difíceis. Acreditamos que resolução correta
detalhados como modelos de rotas metabólicas gerais, dando desses problemas seja um dos aspectos mais compensatórios
ênfase aos muitos mecanismos catalíticos e de controle das do processo de aprendizagem. Somente ao raciocinarem por
enzimas envolvidas. Os princípios ilustrados nesses capítulos conta própria, de forma longa e intensa, os estudantes po-
são revistos, mas com menos detalhes, nos outros capítulos derão formar um corpo de conhecimento verdadeiramente
da Parte IV.
, .
propr10.
9. O transporte pelas membranas (Capítulo 20) é visto an- Incluímos listas de referências no final de cada capítu-
tes das rotas metabólicas baseadas em mitocôndrias, como o lo para fornecer aos estudantes pontos de partida para ex-
ciclo do ácido cítrico, o transporte de elétrons e a fosforila- plorações bioquímicas independentes. A vasta literatura de
ção oxidativa. Dessa maneira, a ideia de compartimentaliza- pesquisa bioquímica nos impede de citar mais do que alguns
ção dos processos biológicos pode ser facilmente assimilada. poucos relatos de pesquisa mais fundamentais. Listamos en-
O Capítulo 20 discute também neurotransmissão, na medida tão, preferencialmente, o que acreditamos serem as revisões
em que está intimamente envolvida com o transporte pelas e monografias mais úteis sobre os vários assuntos abordados
membranas. em cada capítulo.
10. As discussões sobre a síntese e a degradação de lipídeos Finalmente, embora tenhamos feito todo esforço possí-
foram colocadas em um único capítulo (Capítulo 25), assim vel para que este livro ficasse livre de erros, não temos qual-
como as discussões análogas sobre aminoácidos (Capítulo quer ilusão de que tenhamos alcançado esse objetivo em sua
26) e nucleotídeos (Capítulo 28). totalidade. Assim, somos particularmente gratos aos muitos
11. O metabolismo energético é resumido e integrado em leitores das edições anteriores, estudantes ou professores,
termos de especialização de órgãos no Capítulo 27, seguindo que nos escreveram para trazer sugestões de como melhorar
as descrições dos metabolismos de carboidratos, lipídeos e o livro e para indicar erros que encontraram. Esperamos sin-
aminoácidos. ceramente que os leitores desta 4ª edição mantenham essa
12. Os princípios da biologia molecular de procariotos e prática.
eucariotos são expandidos, a partir da sua introdução no
Capítulo 5, em capítulos sequenciais sobre replicação, re-
paração e recombinação de DNA (Capítulo 30), transcri-
ção (Capítulo 31) e tradução (Capítulo 32). A seguir, os
vírus (Capítulo 33) são explorados como paradigmas de
funções celulares mais complexas, seguindo-se as discus- Donald Voet
sões sobre expressão gênica em eucariotos (Capítulo 34). Judith G. Voet
Materiais Complementares

PARA PROFESSORES questões específicas e induzem os estudantes a obterem in-


formações a partir de bases de dados on-line, bem como aces-
•Apresentações em PowerPoint de todas as figuras e ta-
sarem as ferramentas de software para analisar tais dados.
belas do texto estão otimizadas com linhas líder em negrito (Disponível em inglês em www.grupoa.com.br.)
e etiquetas grandes para projeção em sala de aula. As figuras
e as tabelas também estão disponíveis para importação como Explorações guiadas: 30 apresentações, muitas delas com
arquivos em .jpeg da Galeria de imagens Wiley. (Disponíveis narração, utilizam o recurso de animação de computação
em inglês em www.grupoa.com.br*.) gráfica para aumentar a compreensão do estudante para cer-
tos tópicos-chaves. (Disponível em inglês em http://bcs.wiley.
• Banco de teste feito por Marilee Benore, University of com/he-bcs/Books?action=mininav&bcsld=6123&itemld=0
Michigan-Dearborn, Dearborn, Michigan e Robert Kane,
470570954&assetld=238587&resourceld=23387 &newwindo
Baylor University,Waco,Texas, possui mais de 1.000 ques- w=true.)
tões contendo uma variedade de tipos (múltipla escolha,
correspondência, preencher o espaço em branco, e respos- Exercícios interativos: 58 estruturas moleculares do livro fo-
ta curta). Cada pergunta é avaliada por grau de dificuldade. ram apresentadas em Jmol por Stephen Rouse. Jmol é uma
(Disponível em inglês em www.grupoa.com.br* .) interface independente de navegador para a manipulação de
estruturas em três dimensões, e as estruturas estão empare-
• Resposta das questões de sala de aula por Rachel lhadas com perguntas destinadas a facilitar a compreensão de
Milner e Adrienne Wright, University of Alberta, Edmonton,
conceitos. Um tutorial para o uso do Jmol também está dispo-
Alberta, Canadá, são questões interativas para serem res- nível. (Disponível em inglês em http://bcs.wiley.com/he-bcs/
pondidas em sala de aula, a fim de facilitar a participação e Books?action=mininav&bcsld=6123&itemld=0470570954&a
a discussão dos alunos. Essas perguntas também podem ser ssetld=240959&resourceld=23667&newwindow=true.)
utilizadas por professores como questões de pré-teste para
ajudar a medir o conhecimento dos estudantes de conceitos Cineimagens: 22 exercícios compreendendo 55 imagens tridi-
gerais, abordando simultaneamente equívocos comuns. mensionais de proteínas e ácidos nucleicos selecionados que
(Disponível em inglês em www.wiley.com/college/voet.) podem ser manipulados pelos usuários da maneira sugerida
no texto. (Disponível em inglês em http://bcs.wiley.com/he-
-bcs/Books?action=mininav&bcsld=6123&itemld=04705709
PARA ESTUDANTES 54&assetld=23844l&resourceld=23369&newwindow=true.)
Em www.wiley.com/college/voet há recursos on-line (em in- Figuras animadas: 67 figuras do texto, ilustrando vários con-
glês) para estudantes e professores. Esses recursos são pro- ceitos, técnicas e processos, estão apresentadas como anima-
jetados para aumentar a compreensão por parte do aluno ções resumidas para facilitar o aprendizado. (Disponível em
sobre a bioquímica. Ao longo dos capítulos desta obra, eles inglês em http://bcs.wiley.com/he-bcs/Books?action=mininav
estão indicados com o ícone de um mouse vermelho (~). &bcsld=6123&itemld=0470570954&assetld=238588&resour
Exercícios de bioinformática: Um conjunto de exercícios celd=23388&newwindow=true.)
abarca os conteúdos e os usos de bases de dados de ácidos Estudos de caso: 30 estudos de casos relatado por Kathleen
nucleicos, sequências e estruturas proteicas, inibidores enzi- Cornely, Providence College, Providence, Rhode Island,
máticos e outros tópicos. Esses exercícios, escrito por Paul utilizam a aprendizagem baseada em problemas para pro-
Craig, do Instituto de Tecnologia de Rochester, Rochester, mover a compreensão de conceitos bioquímicos. Cada caso
Nova York, utilizam conjuntos de dados reais, exemplificam apresenta dados da literatura e faz perguntas que exigem
dos alunos a aplicação de princípios sobre novas situações,
* Recursos restritos. O professor deverá preencher um cadastro e com-
frequentemente envolvendo tópicos de vários capítulos do
provar a docência para poder acessá-los na área do professor. livro. (Disponível em inglês em www.grupoa.com.br.)
xiv Materiais Complementares

LISTA DOS RECURSOS IDENTIFICADOS COM ~ AO LONGO DO LIVRO


Em www.wiley.com/college/voet são encontrados os seguintes recursos, identificados no texto com o ícone de um mouse ver-
melho ou nota de margem.

Capítulo Tipo de mídia Título Referência no texto Página

2 Ácidos, Bases Figura Animada Curvas de titulação ácido-base de soluções de lL de Figura 2. 11 47


e Tampões, ácido acético, H 2 P04 e NHt lM, por uma base forte
Figura Animada Curva de titulação de uma solução de lL de H 3 P04 1M Figura 2.13 49

4 Aminoácidos Figura Animada Curva de titulação da glicina Figura 4.6 72

5 Ácidos Exercício de Cineimagem 2.1. B-DNA Figura 5.11 89


Nucleicos, Exercício Interativo 1. B-DNA Figura 5.11 89
Expressão
A

genica e
o
Exercício de Cineimagem 2.2,17.2.0 par de bases de Watson-Crick Figura 5.12 89
tecnologia Figura Animada Demonstração da natureza semiconservativa da Figura 5.13 91
do DNA
replicação do DNA em E. coli por ultracentrifugação
recombinante
de gradiente de densidade
Figura Animada Espectro de absorbância UV das bases de ácido Figura 5. 15 92
nucleico e de DNA
Figura Animada Exemplo de uma curva de fusão do DNA Figura 5.16 93
Exploração Guiada 1: Visão geral da transcrição e da tradução Seção 5.4 95
Exploração Guiada 2: Regulação da expressão gênica pelo sistema repressor Figura 5.25 97
lac
Figura Animada Construção de uma molécula de DNA recombinante Figura 5.44 109
Figura Animada Clonagem de DNA externo em fagos À Figura 5.47 111
Exploração Guiada 3: PCR e mutagênese sítio-dirigido Seção 5.5F 114
Figura Animada Mutagênese sítio-dirigida Figura 5.55 119
6 Técnicas de Figura Animada Um ensaio Elisa (enzyme-linked immunosorbent assay) Figura 6.1 132
Purificação de
Proteínas e
Figura Animada Cromatografia de troca iônica usando eluição passo a passo Figura 6.6
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
136
ácidos Nucleicos Figura Animada Cromatografia de gel filtração Figura 6.9 139

7 Estruturas Exploração Guiada 4: Determinação da sequência proteica Seção 7. 1 164


Covalentes de Figura Animada Degradação de Edman Figura 7.4 167
Proteínas e -
Ácidos Nucleicos Figura Animada A sequencia de aminoácidos de uma cadeia polipeptídica Figura 7. 6 171
determinada por comparação de sequências de dois
grupos de fragmentos peptídicos mutuamente
sobrepostos
Exploração Guiada 5: Determinação da sequência de DNA pelo Seção 7.2A 176
método de terminação de cadeia
Exploração Guiada 6: Bioinformática Seção 7.4 194
8 Estruturas Exercício de Cineimagem 3.1. O grupo peptídico Figuras 8. 1, 8.2, 221,
Tridimensionais 8.4 222,
de Proteínas 223
Exploração Guiada 7: Hélices estáveis em proteínas: a a-hélice Seção 8.18 225
Exercício de Cineimagem 3.2. A a-hélice Figuras 8.11, 226,
8.12 227
Materiais Complementares XV

Capítulo Tipo de mídia Título Referência no texto Página

Figura Animada A a-hélice voltada para direita Figura 8.11 226


Exploração Guiada 8: Ligação de hidrogênio em folhas f3 Seção 8.1C 229
Exploração Guiada 9: Estruturas secundárias em proteínas Seção 8.1C 229
Exercício de Cineimagem 3.3. Folhas f3 plissadas Figuras 8. 16, 229,
8.17, 8.18 230,
231
Figura Animada Folhas f3 plissadas Figura 8.16 229
Exercício Interativo 2. Triose-fosfato isomerase Figura 8.19 231
Exercício de Cineimagem 3.4. Curvas beta (volta reversa) Figura 8.22 233
Exercício de Cineimagem 4.1, 4.2. Super-hélices Figura 8.26 235
Exercício de Cineimagem 4.3, 4.4. Colágeno Figuras 8.29, 237
8.30
Exercício de Cineimagem 6.1. Desoximioglobina Figura 8.39 245
Exercício Interativo 3. Anidrase carbônica humana Figura 8.41 246
(também (também
Figura 15.5) 512)
Exercício Interativo 4. Citocromo e cardiac equino Figura 8.42 247
Exercício de Cineimagem 5.1 Citocromos e Figura 8.42 247
Exercício de Cineimagem 3.2. A a -hélice Figura 8.43 248
Exercício de Cineimagem 3.3. Folhas f3 plissadas Figura 8.44 249
Exercício Interativo 5. Gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase Figura 8.45 249
Figura Animada Algumas simetrias possíveis de proteínas com Figura 8.65 268
protômeros idênticos

9 Dobramento Figura Animada Reações catalisadas pela proteína dissulfeto Figura 9.15 290
e Dinâmica isomerase (PD 1)
Proteico e
Exploração Guiada 10: Evolução proteica Seção 8.6A 316
Evolução
Estrutural Exploração Guiada 5.1. Citocromos e Figura 9.41 317
xvi Materiais Complementares

Capítulo Tipo de mídia Título Referência no texto Página

1 O Hemoglobina: Figura Animada Curvas de dissociação de oxigênio de Mb e de Hb Figura 10.3 326


Função Proteica em sangue total
no Microcosmo
Figura Animada O efeito de BPG e C02 , separado ou em combinação, Figura 10.8 330
sobre a curva de dissociação de 0 2 da hemoglobina
comparada com aquela do sangue total (curva
vermelha)
Exercício de Cineimagem 6.1. Desoximioglobina Figuras 1O. 11, 332,
10.12 333
Exercício de Cineimagem 6.2, 6.3. Hemoglobina e mioglobina Figura 1O. 13 334
Exercício de Cineimagem 6.4. Estrutura da hemoglobina Figuras 1O. 15, 336
10.16
Figura Animada Mecanismo de disparo para transição de Hb T ~ R Figura 1O. 16 336

Exercício de Cineimagem 6.5. Mudanças conformacionais na interface a 1- 132 Figura 1O. 17 337
da hemoglobina
Exercício de Cineimagem 6.3. Ligação de BPG na desoxiHb Figura 10.21 341

11 Açúcares e Exercício de Cineimagem 7.1. n-Glicopiranose Figuras 11.5, 362,


Polissacarídeos 11.7 363
Exercício de Cineimagem 7 .2. Sacarose Figura 11.13 367
,
Exercício de Cineimagem 7.3. Acido hialurônico Figura 11.21 371
Exercício de Cineimagem 7 .4. Estrutura de um carboidrato complexo Figura 11.32 379

1 2 Lipídeos e Exploração Guiada 11: Estrutura da membrana e o modelo do Figuras 12. 15, 396,
Membranas mosaico fluido 12.16, 12.20 397,
400
Exercício de Cineimagem 8.1. Bacteriorrodopsina Figura 12.25 403
Exercício de Cineimagem 8.2. Centro de reação fotossintética Figura 12.26 404
Exercício de Cineimagem 8.3. Porina Figura 12.27 405
Figura Animada A síntese ribosomal, inserção na membrana, e Figura 12.46 421
glicosilação inicial de uma proteína integral pela
via secretória
Figura Animada Modelo para o transporte de triacilglicerol e Figura 12.86 452
colesterol plasmáticos em humanos
Materiais Complementares xvii

Capítulo Tipo de mídia Título Referência do texto Página

1 3 Introdução Figura Animada A velocidade da reação catalizada pela ATCase Figura 13.5 475
'
as .
enzimas em função da concentração de aspartato
Exercício de Cineimagem 11.1. Estrutura da ATCase Figuras 13. 7, 476,
13.9 478
Exercício de Cineimagem 11.2. Mudanças conformacionais na ATCase Figura 13.9 478
1 4 Velocidade Exploração Guiada 12: Cinética de Michaelis-Menten, gráficos de Seção 14.2 487
das Reações Lineweaver-Burk e inibição enzimática
Enzimáticas
Figura Animada Curvas do progresso dos componetes de uma reação Figura 14. 7 488
de Michaelis-Menten simples
Figura Animada Gráfico da velocidade inicial de uma reação de Figura 14.8 489
Michaelis-Menten simples versus a concentração
do substrato [S]
Figura Animada Um gráfico duplo-recíproco (Lineweaver-Burk) Figura 14.9 490
Figura Animada Gráfico de Lineweaver-Burk de uma enzima de Figura 14. 12 494
Michaelis-Menten competitivamente inibida
~~~~~~~~~~~-d_e_s_
c_n._
ta_pelaFig~
u_ra~14
_._1_
1~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Gráfico de Lineweaver-Burk de uma enzima de
Figura Animada Michaelis-Menten simples na presença de um Figura 14. 13 495
inibidor não com12etitivo
Figura Animada Gráfico de Lineweaver-Burk de uma enzima de Figura 14. 14 496
Michaelis-Menten simples na presença de um
inibidor misto
15 Catál ise Exercício Interativo 3. Anidrase carbônica humana Figura 15.5 512
Enzimática
Figura Animada Diagrama de reação coordenada para uma reação Figura 15. 7 516
hipotética catalisada enzimaticamente envolvendo
um único substrato (azul) e a reação não catalisada
correspondente (vermelho)
Exercício Interativo 6. Lisozima HEW complexada com (NAG) 6 Figura 15.10 518

Exercício de Cineimagem 9. Lisozima Figuras 15. 1O, 518,


15.12, 15.14, 519,
521
Figura Animada Conformações em cadeira e em barco Figura 15. 11 519
Exercício de Cineimagem 10.1. Visão geral da estrutura de um complexo Figura 15. 19 528
tripsina/inibidor
Exploração Guiada 12: O mecanismo catalítico das serino-proteases Seção 15.3C 531
Exercício de Cineimagem 10.2. Comparação evolucionária de tripsina, Figura 15.22 531
quimotripsina e subtilisina
xviii Materiais Complementares

Capítulo Tipo de mídia Título Referência do texto Página

Exercício de Cineimagem 10.3. Um estado de transição de um análogo ligado Figura 15.25 534
à quimotripsina
Exercício de Cineimagem 10.4. Compração entre quimotripsina e Figura 15.28 538
quimotripsinogênio
Exercício Interativo 7. Protease do HIV-1 Figura 15.38 548

1 7 G licólise Exploração Guiada 14: Visão geral da glicólise Seção 17.2 595
Figura Animada Degradação de glucose via glicolítica Figura 17.3 596
Exercício Interativo 8. Mudanças conformacionais na hexocinase de Figura 17.5 598
levedura ligada à glicose
Figura Animada Mecanismo enzimático da aldolase classe I Figura 17.9 602
Exercício Interativo 2. TIM complexado com seu análogo 2-fosfoglicolato Figura 17.11 605
no estado de transição

Exercício de Cineimagem 12.1, 12.2 Triose-fosfato-isomerase Figura 17. 11 605


Figura Animada Mecanismo enzimático da gliceraldeído-3-fosfato Figura 17. 14 608
desidrogenase
Exercício Interativo 9. Piruvato descarboxilase complexada com seu Figura 17.28 617
cofatorTPP
Exercício de Cineimagem 13.1, 13.2 Fosfofrutocinase Figura 17.32 626
Figura Animada Atividade da PFK versus a concentração de F6P Figura 17.33 627

1 8 Metabolismo Exercício de Cineimagem 14.1. Glicogênio Figura 18.2 640


do Glicogênio
Exercício de Cineimagem 14.2, 14.3. Mudanças conformacionais na glicogênio- Figura 18. 11 649
-fosforilase
Exploração Guiada 16: Controle da quebra de glicogênio
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-
Figura 18.14 652
Figura Animada Diagrama esquemático do principal sistema de Figura 18.14 652
modificação/demodificação envolvido no controle
do metabolismo de glicogênio no músculo
Exercício Interativo 10. Subunidade catalítica (C) da Proteína-cinase A Figura 18.15 654
murina (PKA)
Exercício de Cineimagem 15.1. Proteína-cinase A murina (PKA) Figura 18.15 654
------
Exercício de Cineimagem 16.1. Estrutura da calmodulina Figuras 18.17. 656
18.18
Exercício de Cineimagem 16.2. Calmodulina complexada com seu Figura 18. 19 657
polipeptídeo alvo
Materiais Complementares xix

Capítulo Tipo de mídia Título Referência no texto Página

1 9 Transdução Exercício Interativo 11. Hormônio de crescimento humano (hGH) Figura 19. 1O 684
de sinal complexado com duas moléculas do domínio
extracelular de seu receptor (hGHbp)
Exploração Guiada 16: Mecanismos de sinalização hormonal envolvendo Seção 19.2A 688
o sistema da adenilato-ciclase
Exercício Interativo 12. Proteína G heterotrimérica Figura 19.19 694
Exploração Guiada 17. Mecanismos de sinalização hormonal envolvendo Seção 19.3 699
o sistema do receptor tirosina-cinase
Exercício Interativo 13. O receptor de insulina Figura 19.28 702
Figura Animada A cascata ativada por Ras da MAP-cinase Figura 19.40 712
Figura Animada Papel de PIP2 na sinalização intracelular Figura 19.54 726

20 Transporte Figura Animada Modelo de conformação alternada para o Figura 20.1 O 751
através de transporte de glicose
Membranas
Figura Animada Regulação da captação de glucose em músculo e em Figura 20. 11 751
células de gordura
Exercício Interativo 14. O canal de K+ KcsA Figura 20. 13 754

21 C ic lo do Exploração Guiada 18: Visão geral do ciclo do ácido cítrico Seção 21.1 789
Ácido C ítrico Figura Animada Figura 21.1
Regulação do ciclo do ácido cítrico 790
Exercício Interativo 15. Mudanças conformacionais na citrato-sintase Figura 21.18 806
Figura Animada Regulação do ciclo do ácido cítrico Figura 21.25 816
Figura Animada Funções anfibólicas do ciclo do ácido cítrico Figura 21.26 818
22 Transporte Exploração Guiada 19. Visão geral do transporte de elétrons e Seção 22.28 829
de e lé tron s e fosforilação oxidativa
Fosforilação
oxidativa
Figura Animada A cadeia transportadora de elétrons mitocondrial Figura 22. 14 834
Exercício Interativo 16. Ferrodoxina Figura 22. 16 835
Exercício Interativo 17. Complexo III Figura 22.23 840
Exercício Interativo 18. Citocromo e oxidase de coração bovino Figura 22.24 842
Figura Animada Acoplamento da cadeia transportadora de elétrons Figura 22.29 846
(seta verde) e a síntese de ATP
Exploração Guiada 20: O ciclo Q Seção 22.3Be 847
Exploração Guiada 21: F 1Fo-ATP sintase e o mecanismo de mudança Seção 22.3C 852
da ligação
XX Materiais Complementares

Capítulo Tipo de mídia Título Referência no texto Página

Exercício Interativo 19. F 1- ATP sintase Figura 22.38 854

Figura Animada Mecanismo de mudança da ligação dependente de Figura 22.42 857


energia para síntese de ATP pela A TP-sintase
transladadora de prótons
Figura Animada Diagrama esquemático representando o controle Figura 22.49 863
coordenado da glicólise e o ciclo do ácido cítrico por
ATP, ADP, AMP, P, Ca2 + e razão [NADH]/[NAD+]
(as setas verticais indicam o aumento nessa razão)

23 Outras v ias Figura Animada Transporte de PEP e oxalacetato da mitocôndria Figura 23.7 877
de Metabolismo para o citosol
de Carboidratos
Figura Animada Vias da gliconeogênese e glicólise Figura 23.8 878
Figura Animada O ciclo de Cori Figura 23.1 O 880
Figura Animada Via da síntese de dolicol-PP-oligossacarídeo Figura 23. 16 884
24 Figura Animada Diagrama energético indicando os estados eletrônicos Figura 24.4 905
Fotossíntese da clorofila e os seus modos de interconvenção
mais importantes
Exercício Interativo 20. Complexo coletor de luz L~ Figura 24.8 907
Exercício Interativo 21. Centro de reação fotossintético (RC) Figura 24. 11 910
de Rb. sphaeroides
Exercício de 8-2. Centro de reação fotossintético Figuras 24.11, 910,
Cineimagem 24.12 911
Exploração Guiada 22: Visão geral dos dois centros fotossintéticos Seção 24.2C 913
(esquemaZ)
Exercício Interativo Ferrodoxina-NADP+-redutase Figura 24.28 924
Figura Animada O cilco de Calvin Figura 24.31 929
Figura Animada Provável mecanismo da reação de carboxilação Figura 24.34 931
catalisada pela RuBP-carboxilase

25 Metabolismo Figura Animada A via de 13-oxidação de acil-graxo-CoA Figura 25. 12 947


dos L ipídeos 23. Acil-CoA desidrogenase de cadeia média de Figura 25. 13
Exercício Interativo 948
mitocôndria hepática de porco complexada
com octanoil-CoA
Exercício Interativo 24. Metilmalonil-CoA-redutase Figura 25.22 955
Figura Animada Comparação entre a 13-oxidação e a biossíntese Figura 25.29 962
de ácidos graxos
Figura Animada Ciclo de reação da biossíntese de ácidos graxos Figura 25.32 964
Figura Animada Endocitose mediada pelo receptor de LDL em Figura 25.60 986
células de mamíferos
Materiais Complementares xxi

Capítulo Tipo de mídia Título Referência no texto Pág ina

26 Metabolismo Figura Animada O mecanismo da transaminação dependente Figura 26.2 1021


de Aminoácidos catalisada por enzima de PLP
Figura Animada O cilco da glucose-alanina Figura 26.3 1022
Figura Animada O ciclo da ureia Figura 26.7 1027
Exercício Interativo 25. A enzima bifuncional triptofano-sintase de Figura 26.64 1078
S. typhimurium
Exercício Interativo 26. Nitorgenase de A. vinelandii Figura 26.67 1080
27 Metabolismo Exercício Interativo 27. Leptina humana Figura 27.7 1098
Energético:
Integração e
Especial ização
dos órgãos

28 Metabolismo Figura Animada A via metabólica para a biossíntese de novo Figura 28.2 1108
de Nucleotídeos deIMP
Figura Animada Rede de controle para a via de biossíntese de purinas Figura 28.5 1113
Figura Animada A via metabólica para a síntese de novo de UMP Figura 28.7 1115
Figura Animada Regulação da biossíntese de pirimidinas Figura 28. 11 1118
Exercício Interativo 28. Ribonucleotídeo redutase classe I de E. coli Figura 28. 12 1120
Exercício Interativo 29. Hidrofolato-redutase humana Figura 28.22 1129
Exercício Interativo 30. Adenosina-desaminase Figura 28.24 1131
29 Estruturas de Exploração Guiada 23: Estruturas do DNA Seção 29.1 1145
Ácidos Nucleicos -Ex
- -.-.- d- C
- .- -
. _ _ _1_7_1_ 1_7_4_ 1_7_5_ 1_7_6_ E_ t - t- -d- A- -
B- - - - - -r:
-,g
- u-ra_2_9_._1_ _ _1-14_7_
erc1c10 e 1ne1magem - , - , - , - . s ru uras e -, - e rt' ,,
Z-DNAs
Exercício Interativo 31. Uma hélice hfbrida de 10 pb de RNA-DNA Figura 29.4 1151
Exercício de Cineimagem 17.3 Conformações dos açúcares dos nucleotídeos Figura 29.8 1153
Exploração Guiada 24. DNA supertorcido Section 29.3 1158
Exercício Interativo 32. Topoisomerase II de levedura Figura 29.30 1168
30 Replicação, Exercício Interativo 33. Fragmento Klenow da DNA-polimerase Ide Figura 30.8 1178
Reparo e E. coli complexada com dsDNA
Recombinação
Exploração Guiada 25: A replicação do DNA em E. coli Seção30.3C 1193
do DNA
Exercício Interativo 34. Estrutura por raios X da proteína Tus de E. coli Figura 30.37 1199
complexada com um DNA contendo Ter de 15 bp
Exercício Interativo 35. PCNA humano Figura 30.42 1204
Exercício Interativo 36. A transcriptase reversa do HIV-1 Figura 30.48 1209
Figura Animada O modelo de Holliday para a recombinação homóloga Figura 30.67 1226
entre pares de DNA homólogos
xxii Materiais Complementares

Capítu lo Tipo de mídia Título Referência no texto Pág ina

31 Transcrição Exploração Guiada 2: Regulação da expressão gênica pelo sistema Seção 31.18 1264
repressor lac
Exercício Interativo 37. Complexo de elongação RNAP II Figura 31.22 1279
Exercício Interativo 38. O complexo CAP-AMPc-dsDNA Figura 31.31 1287
Exploração Guiada 30: Interações entre fator de transcrição-DNA Seção 31.3Da 1288
Exercício Interativo 39. O domínio N-terminal do fago repressor 434 Figura 31.32 1289
complexado a um dsDNA de 20 pb contendo
sua sequência-alvo
Exercício de Cineimagem 18.1. Interações repressor-DNA Figura 31.32 1289
Exercício Interativo 40.0 complexo trp repressor-operador de triptofano Figura 31.34 1290
de E. coli
Exercício Interativo 41. O complexo repressor met-operador SAM de E. coli Figura 31.35 1291
Exercício Interativo 42. O íntron grupo I de Tetrahymena thermophila Figura 31.55
~~~~~~~~~~~~~-
1309
Exercício Interativo 43. A ribozima cabeça de martelo de Schistosoma
mansoni• Figura 31.57 1311

32 Tradução Exploração Guiada 26: A estrutura do tRNA Seção 32.2A, 1345,


B 1346
Exercício de Cineimagem 19.1, 19.2. Estrutura de tRNAPhe de levedura Figura 32. 11 1348
Exercício de Cineimagem 19.3. Interações de pareamento de bases terciárias Figura 32. 12 1349
em tRNA Phe em levedura
Exploração Guiada 27: As estruturas das aminoacil-tRNA-sintetases e Seção32.2C 1349
~~~~~~~~~~~~~~~~
suas interações com tRNAs~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Exercício de Cineimagem 20.1. Estrutura do GlnRS · tRNA G tn • ATP de E. coli Figura 32. 17 1353
-
Exercício Interativo 44. Ribossomo de T. thermophilus Figura 32.34 1369
Exploração Guiada 28: Início da tradução
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~-
Seção 32.3Cc 1375
Exploração Guiada 29: Elongação traducional Seção 32.3D 1379
--
Exercício Interativo 45. EF-Tu em seu complexo com GDP e GMPPNP Figura 32.48 1381
Exercício Interativo 46. Ubiquitina humana Figura 32. 75 1409
Materiais Complementares xxiii

Capítulo Tipo de mídia Título Referência no texto Página

33 Vírus: Exercício Interativo 47. O repressor À Figura33.45 1463


Paradigmas de Exercício Interativo 48. O dímero da proteína Cro em complexo com seu Figura 33.46 1463
Funções Celulares
D NA-alvo

34 Expressão Exercício Interativo 49. Proteína ligadora de TATA (TBP) Figura 34.53
A o
genica
eucariótica Exercício Interativo 50. Três segmentos dedo de zinco de Zif268 Figura 34. 62
complexada com seu DNA-alvo
Exercício Interativo 51. Domínio de ligação ao DNA do receptor de Figura 34. 62
glicocorticoide (GR) complexado com seu
D NA-alvo
Exercício Interativo 52. Domínio de ligação ao DNA de GAL4 de Figura 34. 63
levedura complexado com seu DNA-alvo
Exercício de Cineimagem 21.1. Motivo zier de leucina GCN4 Figura 34. 64
Exercício Interativo 53. A região do bZIP de GCN4 complexada com Figura 34. 65
seu DNA-alvo
Exercício Interativo 54. Dímero Max (22.113) complexado com seu Figura 34. 66
D NA-alvo
Exercício Interativo 55. Homeodomínio da proteína Engrailed Figura 34. 104
complexada com seu DNA-alvo
Exercício Interativo 56. Cinase 2 dependente de ciclina (Cdk-2) Figura 34. 109
Exercício Interativo 57. Domínio de ligação ao DNA de p53 Figura 34. 113
complexado com seu DNA-alvo
35 Fisiologia Exercício Interativo 58. Um anticorpo murino (Capítulo 35)
Molecular
Sumário Resumido

PARTE 1 INTRODUÇÃO E CONHECIMENTOS BÁSICOS 1


Capítulo 1 Vida 3
Capítulo 2 Soluções Aquosas 40
Capítulo 3 Princípios da Termodinâmica: Uma Revisão 52

PARTE li BIOMOLÉCULAS 65
Capítulo 4 Aminoácidos 67
Capítulo 5 Ácidos Nucleicos, Expressão Gênica e Tecnologia do DNA Recombinante 82
Capítulo 6 Técnicas de Purificação de Proteínas e Ácidos Nucleicos 1.29
Capítulo 7 Estruturas Covalentes de Proteínas e Ácidos Nucleicos 1.63
Capítulo 8 A Estrutura Tridimensional das Proteínas 221.
Capítulo 9 Dobramento Proteico, Dinâmica e Evolução Estrutural 278
Capítulo 10 Hemoglobina: Função Proteica no Microcosmo 323
Capítulo 11 Açúcares e Polissacarídeos 359
Capítulo 12 Lipídeos e Membranas 386

PARTE Ili MECANISMOS DE AÇÃO DE ENZIMAS 467


Capítulo 13 Introdução ao Estudo das Enzimas 469
Capítulo 14 Velocidades das Reações Enzimáticas 482
Capítulo 15 Catálise Enzimática 506

PARTE IV METABOLISMO 557


Capítulo 16 Introdução ao Metabolismo 559
Capítulo 17 Glicólise 593
Capítulo 18 Metabolismo do Glicogênio 638
Capítulo 19 Transdução de Sinal 671.
Capítulo 20 Transporte através de Membranas 744
Capítulo 21 O Ciclo do Ácido Cítrico 789
Capítulo 22 Transporte de Elétrons e Fosforilação Oxidativa 823
Capítulo 23 Outras Rotas para o Metabolismo de Carboidratos 871.
Capítulo 24 Fotossíntese 901.
Capítulo 25 Metabolismo dos Lipídeos 940
Capítulo 26 Metabolismo dos Aminoácidos 1.01.9
Capítulo 27 Metabolismo Energético: Integração e Especialização dos órgãos 1.088
Capítulo 28 Metabolismo dos Nucleotídeos 1.1.07

PARTE V EXPRESSÃO E TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO GENÉTICA 1143


Capítulo 29 Estruturas de Ácidos Nucleicos 1.1.45
Capítulo 30 Replicação, Reparação e Recombinação do DNA 1.1.73
Capítulo 31 Transcrição 1.260
Capítulo 32 Tradução 1.338
xxvi Sumário Resumido

Os capítulos 33, 34 e 35 e o índice referente a esses capítulos estão disponíveis, em português, em www.grupoa.com.br
Capítulo 33 Vírus: Paradigmas de Funções Celulares W-1.
Capítulo 34 Expressão Gênica Eucariótica W-53
Capítulo 35 Fisiologia Molecular W-1.65
A letra W que antecede o número da página representa a palavra website
Sumário Detalhado

PARTE 1 5 Síntese química de polipeptídeos 205


INTRODUÇÃO E CONHECIMENTOS BÁSICOS 1 6 Síntese química de oligonucleotídeos 211

Capítulo 1 Vida 3 Capítulo 8 A Estrutura Tridimensional das


1 Procarlotos 3 Proteínas 221
2 Eucariotos 6 1 Estrutura secundária 221

3 Bioquímica: prólogo 14 2 Proteínas fibrosas 232


4 Genética: uma revisão 19 3 Proteínas globulares 241
5 A origem da vida 28 4 Estabilidade proteica 259

6 A literatura bioquímica 34 5 Estrutura quaternária 267

Capítulo 2 Soluções Aquosas 40 Capítulo 9 Dobramento Proteico, Dinâmica e


1 Propriedades da água 40 Evolução Estrutural 278
2 Ácidos, bases e tampões 45 1 Dobramento proteico: teoria e experimentação 278
2 Proteínas acessórias de dobramento 290
Capítulo 3 Princípios da Termodinâmica:
Uma Revisão 52 3 Estrutura proteica: predição e engenharia 302
4 Dinâmica proteica 306
1 Primeira lei da termodinâmica: conservação da energia 52
5 Doenças conformacionais: amiloides e príons 309
2 Segunda lei da termodinâmica: o universo tende ao máximo
de desordem 54 6 Evolução estrutural 316

3 Energia livre: indicador de espontaneidade 57 Capítulo 10 Hemoglobina: Função Proteica no


4 Equilíbrio químico 58 Microcosmo 323
1 Função da hemoglobina e da mioglobina 323
PARTE li 2 Estrutura e mecanismo 331
BIOMOLÉCULAS 65 3 Hemoglobinas anormais 341
4 Regulação alostérica 347
Capítulo 4 Aminoácidos 67
Capítulo 11 Açúcares e Polissacarídeos 359
1 Os aminoácidos proteicos 67
1 Monossacarídeos 359
2 Atividade óptica 73
2 Polissacarídeos 365
3 Aminoácidos "não padrão" 78
3 Glicoproteínas 373
Capítulo 5 Ácidos Nucleicos, Expressão Gênica e
Capítulo 12 Lipídeos e Membranas 386
Tecnologia do DNA Recombinante 82
1 Classificação dos llpídeos 386
1 Nucleotídeos e ácidos nucleicos 82
2 Propriedades dos agregados lipídicos 393
2 O DNA é o portador da informação genética 85
3 Membranas biológicas 399
3 DNA de dupla-hélice 88
4 Montagem da membrana e direcionamento das proteínas 418
4 Expressão gênica e replicação: uma visão geral 95
5 Lipoproteínas 449
5 Clonagem molecular 104
Capítulo 6 Técnicas de Purificação de Proteínas e
PARTE Ili
Ácidos Nucleicos 129
MECANISMOS DE AÇÃO DE ENZIMAS 467
1 Isolamento de proteínas 129
2 Solubilidade das proteínas 133 Capítulo 13 Introdução ao Estudo das
3 Separação cromatográfica 135 Enzimas 469
4 Eletroforese 146 1 Perspectiva histórica 469
5 Ultracentrifugação 152 2 Especificidade pelo substrato 470
6 Fracionamento de ácidos nucleicos 156 3 Coenzimas 4 73

Capítulo 7 Estruturas Covalentes de Proteínas e 4 Controle da atividade enzimática 474


Ácidos Nucleicos 163 5 Princípios da nomenclatura das enzimas 479
1 Determinação da estrutura primária de proteínas 164 Capítulo 14 Velocidades das Reações
2 Sequenciamento de ácidos nucleicos 174 Enzimáticas 482
3 Evolução química 185 1 Cinética química 482
4 Bioinformática: uma introdução 194 2 Cinética enzimática 487
xxviii Sumário Deta lhado

3 Inibição 492 3 Fosforilação oxidativa 845


4 Efeitos do pH 496 4 Controle da produção de ATP 862
5 Reações de bissubstrato 497 Capítulo 23 Outras Rotas para o Metabolismo de
Capítulo 15 Catálise Enzimática 506 Carboidratos 87.:L
1 Mecanismos de catálise 506 1 A Gliconeogênese 871
2 Lisozima 517 2 O ciclo do glioxalato 880
3 Serino-proteases 525 3 Biossíntese de oligossacarídeos e glicoproteínas 880
4 Desenho de fármacos 538 4 A via das pentoses-fosfato 892
Capítulo 24 Fotossíntese 90.:L
PARTE IV 1 Cloroplastos 901
METABOLISMO 557 2 As reações de luz 903
3 As reações de escuro 926
Capítulo 16 Introdução ao Metabolismo 559
1 Vias metabólicas 559
Capítulo 25 Metabolismo dos Lipídeos 940
2 Mecanismos de reações o rgânicas 562 1 Digestão, absorção e transporte de lipídeos 940

3 Abordagens experimentais para o estudo do metabolismo 569 2 Oxidação de ácidos graxos 945

4 A termodinâmica dos compostos contendo fosfato 578 3 Corpos cetônicos 959

5 Reações de oxidação-redução 583 4 Biossíntese de ácidos graxos 961

6 A termodinâmica da vida 586 5 Regulação do metabolismo de ácidos graxos 973


6 Metabolismo do colesterol 975
Capítulo 17 Glicólise 593
7 Metabolismo de e icosanoides: prostaglandinas, prostaciclinas,
1 A via glicolítica 593
Tromboxanas, leucotrienos e lipoxinas 993
2 As reações da glicólise 595
8 Metabolismo de fosfolipídeos e glicolipídeos 1004
3 Fermentação: o destino anaeróbio do piruvato 614
Capítulo 26 Metabolismo dos Aminoácidos .:LO.:l.9
4 Controle e regulação metabólicos 619
1 Desaminação dos aminoácidos 1019
5 Metabolismo de outras hexoses 630
2 O ciclo da ureia 1025
Capítulo 18 Metabolismo do Glicogênio 638
3 Degradação metabólica dos aminoácidos 1029
1 Degradação do glicogênio 638
4 Aminoácidos como precursores biossintéticos 1047
2 Síntese de glicogênio 644
5 Biossíntese dos aminoácidos 1064
3 Controle do metabolismo do glicogênio 647
6 Fixação do nitrogênio 1078
4 Doenças de armazenamento do glicogênio 666
Capítulo 27 Metabolismo Energético: Integração e
Capítulo 19 Transdução de Sinal 67.:L
Especialização dos órgãos .:l.088
1 Hormônios 671
1 As principais rotas e estratégias do metabolismo energético:
2 Proteínas G heterotriméricas 688
resumo 1088
3 Sinalização com base em tirosina-cinase 699
2 Especialização dos órgãos 1090
4 A Cascata do fosfoinositídeo 725
3 Homeostasia metabólica: regulação do apetite, gasto energético e
Capítulo 20 Transporte através de peso corporal 1095
Membranas 7 44 4 Adaptação metabólica 1101
1 A termodinâmica do transporte 744
Capítulo 28 Metabolismo dos Nucleotídeos .:L.:l.07
2 A cinética e os mecanismos de transporte 7 45
1 Síntese dos ribonucleotídeos de purina 1107
3 Transporte ativo impulsionado por ATP 758
2 Síntese dos ribonucleotídeos de pirim idina 1114
4 Transporte ativo impulsionado por gradiente iônico 768
3 Formação de desoxirribonucleotídeos 1119
5 Neu rotransmissão 771 4 Degradação de nucleotídeos 1130
Capítulo 21 O Ciclo do Ácido Cítrico 789 5 Biossíntese das coenzimas de nucleotídeos 1136
1 Visão geral do ciclo 789
2 Fontes metabólicas da acetil-coenzima A 792 PARTE V
3 Enzimas do ciclo do ácido cít rico 806 EXP~ESSÃO E TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO
4 Regulação do ciclo do ácido cít rico 815 GENETICA 1143
5 A natureza anfibólica do ciclo do ácido cítrico 817
Capítulo 29 Estruturas de Ácidos Nucleicos .:L.:l.45
Capítulo 22 Transporte de Elétrons e Fosforilação
1 Estruturas helicoidais duplas 1145
Oxidativa 823
2 Forças que estabilizam estruturas de ácidos nucleicos 1151
1 A mitocôndria 823
3 DNA superenrolado 1158
2 Transporte de elétrons 828

Sumário Detalhado X.XIX

Capítulo 30 Replicação, Reparo e Recombinação do Os capítulos 33, 34 e 35 e o índice referente a esses


DNA :1:173 capítulos estão disponíveis, em português, em
1 Replicação do DNA: Uma Visão Geral 1173 www.grupoa.com.br
2 Enzimas da replicação 1176
Capítulo 33 Vírus: Paradigmas de Funções
3 Replicação procariótica 1190
Celulares W-:1
4 Replicação eucariótica 1201
1 Vírus do mosaico do tabaco W-3
5 Reparo do DNA 1213
2 Vírus icosaédricos W-8
6 Recombinação e elementos genéticos móveis 1225
3 Bacteriófago À W-20
7 Metilação do DNA e expansões de repetições
4 O vírus da gripe (influenza) W-40
trinucleotídicas 1246
Capítulo 34 Expressão Gênica Eucariótica W-53
Capítulo 31 Transcrição :1260
1 Estrutura cromossômica W-53
1 o papel do RNA na síntese de proteínas 1260
2 Organização genômica W-68
2 RNA-polimerase 1265
3 Controle da expressão W-83
3 Controle da transcrição em procariotos 1283
4 Diferenciação celular e crescimento W-121
4 Processamento pós-transcricional 1301
Capítulo 35 Fisiologia Molecular W-:165
Capítulo 32 Tradução :1338
1 Coagulação do sangue W-165
1 O código genético 1338
2 Imunidade W-179
2 RNA transportador e sua aminoacilação 1345
3 Motilidade: músculos, transporte de vesículas, cílios e
3 Ribossomos e a síntese de polipeptídeos 1362
flagelos W-211
4 Controle da tradução em eucariotos 1398
Índice W-259
5 Modificação pos-traducionais 1403
6 Degradação de proteínas 1408
A letra W que antecede o número da página representa a palavra website
Índice 1429
Representação do
DNA iluminada pelo
eixo de sua hélice.

PARTE 1
Vida
,,..
CAPITULO 1

1 Procariotos A bioquímica é o estudo da vida no seu nível molecular.


A. Forma e função O significado desse estudo é bastante aprimorado se estiver
B. Classificação dos procariotos relacionado com a biologia dos organismos correspondentes
2 Eucariotos ou mesmo de comunidades de tais organismos. Por isso, este
A. Arquitetura celular capítulo introdutório começa com uma sinopse do campo
B. Filogenia e diferenciação biológico. A sinopse é seguida por um resumo de bioquímica,
uma revisão de genética, uma discussão da origem da vida e,
3 Bioquímica: Prólogo finalmente, uma introdução à literatura bioquímica.
A. Estruturas biológicas
B. Processos metabólicos
C. Expressão e transmissão da informação genética 1 PROCARIOTOS
4 Genética: Uma revisão Há muito tempo se reconhece que a vida baseia-se em uni-
A. Cromossomos dades morfológicas conhecidas como células. A formulação
B. A herança mendeliana
deste conceito é atribuída a um artigo de 1838 de autoria de
C. Teoria cromossômica da herança
Matthias Schleiden e Theodor Schwann, mas sua origem
D. Genética bacteriana
E. Genética vira i pode estar em observações feitas, no século XVII, pelos pri-
meiros microscopistas, como Robert Hooke. As células são
5 A origem da vida classificadas em dois grupos principais: os eucariotos (do
A. As propriedades exclusivas do carbono grego: eu, bom ou verdadeiro + karion, grão ou noz), que
B. Evolução química possuem um núcleo envolto por uma membrana contendo o
C. O surgimento dos sistemas vivos DNA (ácido desoxirribonucleico), e os procariotos (do gre-
6 A literatura bioquímica go: pro, antes), que não possuem núcleo. Os procariotos, que
A. A realização de uma pesquisa bibliográf ica compreendem os vários tipos de bactérias, possuem estrutu-
B. A leitura de um artigo científico ras relativamente simples e são invariavelmente unicelulares
(embora possam formar filamentos ou colônias de células
independentes). Estima-se que representem a metade da
biomassa da Terra. Os eucariotos, que podem ser tanto uni-
Em geral, é fácil determinar se alguma coisa é viva ou não. celulares como multicelulares, são muito mais complexos do
Isso porque os seres vivos apresentam muitos atributos em que os procariotos (os vírus são entidades que, embora muito
comum, como a capacidade de extrair energia dos nutrientes mais simples do que as células, não são classificadas como or-
para realizar suas várias funções, o poder de responder ativa- ganismos vivos, pois não possuem o aparato metabólico para
mente a mudanças no seu ambiente e a capacidade de cres- se reproduzir fora de suas células hospedeiras. Os vírus são,
cer, diferenciar-se e - talvez o mais característico de todos
~ essencialmente, grandes agregados moleculares). Esta seção
- reproduzir-se. E claro que um dado organismo pode não apresenta os procariotos. Os eucariotos serão estudados na
ter todas essas características. As mulas, por exemplo, que seção seguinte.
obviamente são seres vivos, raramente se reproduzem. Já, a
matéria inanimada pode apresentar algumas propriedades
vitais. Por exemplo, os cristais podem aumentar de tamanho A. Forma e função
quando imersos em uma solução supersaturada do material Os procariotos são os organismos mais numerosos e mais
que os compõe. Por isso, a vida, assim como muitos outros disseminados na Terra. A razão está no seu metabolismo
fenômenos complexos, talvez não possa ser definida de uma variado e muitas vezes altamente adaptável, que os ajusta
forma precisa. Contudo, Norman Horowitz propôs um con- a uma enorme variedade de habitats. Além de habitar nos-
junto de critérios úteis para os sistemas vivos: a vida possui as so meio ambiente moderado e aeróbio, certos tipos de bac-
propriedades de replicação, catálise e mutabilidade. A maior térias proliferam, ou mesmo requerem, condições que são
parte deste texto se refere à maneira pela qual os organismos hostis para os eucariotos, como por exemplo meio químico
vi vos demonstram essas propriedades. incomum, altas temperaturas (até 130ºC) e até mesmo falta
4 Dona ld Voet / Judith G. Voet

de oxigênio. Além do mais, sua alta taxa reprodutiva (divi-


são celular a cada 20 minutos para muitas espécies) permite
que tirem proveito das condições temporariamente favorá-
veis; já, a capacidade que muitas bactérias apresentam de
formar esporos resistentes permite a sobrevivência em con- Espiroqueta
dições adversas.
Anabaena (cianobactéria)
a. Os procarlotos têm uma anatomia relativamente simples
As células procarióticas, observadas pela primeira vez
em 1683 pelo inventor do microscópio, Antonie van
Leeuwenhoek, têm tamanhos que variam de 1 a 10 µm. Elas
apresentam três formas básicas (Fig. 1.1): esferoidal (cocos),
em forma de bastão (bacilos), ou helicoidal (espirilos), mas Escherichia coli
todas apresentam o mesmo esquema geral (Fig. 1.2). Como
Bacillus grande
todas as células, elas são delimitadas por uma membrana
celular de - 70 A de espessura (membrana plasmática), que
consiste em uma bicamada lipídica contendo proteínas inse- Staphylococcus
ridas que controlam a passagem de moléculas para dentro
e para fora da célula e catalisam uma grande variedade de Três espécies de
reações. As células da maioria das espécies procarióticas são Mycoplasma
envoltas por uma parede celular polissacarídica rígida e com
espessura de 30 a 250 A que protege a célula contra dano me-
cânico e impede sua ruptura em meio hipotônico. Algumas FIGURA 1.1 Ilustrações em escala de algumas células proca-
bactérias ainda são revestidas por uma cápsula polissacarí- rióticas.
dica gelatinosa que as protege das defesas dos organismos
superiores. Apesar dos procariotos não possuírem as orga-
nelas subcelulares características dos eucariotos (Seção 1.2), ções específicas) e muitos milhares de partículas com diâme-
sua membrana plasmática pode ser dobrada em estruturas tro de 250 A, conhecidas como ribossomos, que são os locais
multicamadas conhecidas como mesossomos. Os mesosso- de síntese proteica.
mos serviriam de local para a replicação do DNA e outras Muitas células bacterianas possuem apêndices semelhan-
reações enzimáticas especializadas. tes a chicotes, conhecidos como flagelos, que são usados para
O citoplasma procariótico (conteúdo celular) não é uma locomoção (Seção 35.31). Determinadas bactérias possuem
sopa homogênea. Seu cromossomo único (molécula de DNA também projeções filamentosas denominadas pili, sendo que
que pode estar presente em várias cópias em uma célula em algumas delas funcionam como canais para o DNA durante
rápida proliferação) se condensa e forma uma estrutura co- a conjugação (processo no qual o DNA é transferido de uma
nhecida como nucleoide. O citoplasma contém também nu- célula para outra; os procariotos em geral se reproduzem por
merosas espécies de RNA (ácido ribonucleico), uma grande fissão binária) ou auxiliam na adesão das bactérias às células
variedade de enzimas solúveis (proteínas que catalisam rea- do organismo hospedeiro.

Ribossomos

Membrana celular ~ ~ •


~ \
Parede celular

Flagelos

Mesossomo

FIGURA 1.2 Desenho esquemático de uma célula procariótica.


Bioquímica 5

............. Flagelos

\
- - - Pi/i

(a) (b)

FIGURA 1.3 Microgratias eletrônicas de células de E. coli. (a) Coloração mostrando a estrutura interna.
(b) Coloração mostrando flagelos e pili. (Cortesia de Howard Berg, Harvard University, EUA.)

A bactéria Escherichia coli (abreviada como E. coli TABELA 1.1 Composição molecular de E. coli
e denominada de acordo com o seu descobridor Theodor Componente Porcentagem por peso
Escherich) é o organismo melhor caracterizado biologica-
mente devido ao seu estudo genético e bioquímico intensivo H 20 70
ao longo dos últimos 70 anos. Na verdade, muitos dos assun- Proteína 15
,
tos deste texto tratam da bioquímica da E. coli. As células Acidas nucleicos:
deste habitante normal do colo de mamíferos superiores (Fig. DNA 1
1.3) têm a forma de bastão com 2 µm de comprimento, 1 µm
RNA 6
de diâmetro e peso de ~2 X 10- 12 g. Seu DNA, com uma
massa molecular de 2,5 X 109 daltons (Da)*, codifica cerca de Polissacarídeos e precursores 3
4.300 proteínas (das quais foram identificadas somente cerca Lipídeos e precursores 2
de 60 a 70o/o ), embora estejam presentes na célula somente Outras moléculas orgânicas pequenas 1
,
cerca de 2.600 em um dado momento. De modo geral, uma lons inorgânicos 1
célula de E. coli contém de 3 a 6 mil tipos diferentes de molé-
Fonte: Watson, J.D., Molecular Biology ofthe Gene (3rd ed.), p. 69, Benjamin
culas, incluindo proteínas, ácidos nucleicos, polissacarídeos,
(1976).
lipídeos e várias moléculas pequenas e íons (Tabela 1.1).

b. Os procariotos utilizam uma ampla variedade de fontes de


energia metabólica De fato, estudos revelaram a existência de grandes colônias
As necessidades nutricionais dos procariotos são muito varia- quimiolitotróficas de crescimento extremamente lento, que
das. Os autotróficos (do grego: auto, próprio + trophikos, ali- vivem a uma profundidade de 5 quilômetros abaixo da terra
mentar) sintetizam todos os seus constituintes celulares a partir e cuja biomassa total parece rivalizar com a dos organismos
de moléculas simples como H 20, C02 , NH3 e H 2S. Obviamente, habitantes da superfície.
necessitam de uma fonte de energia para isso, assim como para Os fotoautotróficos são os autotróficos que obtêm ener-
realizar suas outras funções. Os quimiolitotróficos (do grego: gia por meio da fotossíntese (Capítulo 24), um processo no
lithos, pedra) obtêm sua energia pela oxidação de compostos qual a energia luminosa impulsiona a transferência de elé-
inorgânicos como NH3 , H 2S, ou mesmo Fe2 +: trons de doadores inorgânicos para o C02 , gerando carboi-
dratos [(CH2 0)nl· Na forma mais difundida de fotossíntese,
2 NH3 + 4 0 2 -~ 2 HN03 + 2 H 2 0 a H 20 é o doador de elétrons na sequência de reações impul-
H 2S + 2 0 2 H2 S04 sionadas pela luz.
4 FeC03 + 0 2 + 6 H 20 4 Fe ( OH) 3 + 4 C02

Esse processo é realizado pelas cianobactérias (p. ex., os or-


ganismos verdes viscosos que crescem nas paredes dos aquá-
* A massa molecular de uma partícula pode ser expressa em unidades rios; estas bactérias eram antigamente conhecidas como al-
de daltons, definidas como 1/12 da massa de um átomo de 12C (unidade
gas azul-esverdeadas) e também pelas plantas. Acredita-se
de massa atômica [uma]). Esta quantidade também pode ser expressa
em termos de peso molecular, definida como a relação da massa da par- que essa forma de fotossíntese tenha gerado o 0 2 na atmos-
tícula com 1/12 da massa do átomo de12C e simbolizada por Mr (massa fera terrestre. Algumas cianobactérias têm a capacidade de
molecular relativa). Neste texto, será feita referência à massa molecular converter o N2 da atmosfera em compostos orgânicos nitro-
de uma partícula e não ao seu peso molecular. genados. Essa capacidade de fixação de nitrogênio lhes su-
6 Dona ld Voet / Judith G. Voet

pre as necessidades nutricionais mais simples entre todos os parede celular rígida, encontrada nos demais procariotos.
organismos: com exceção de sua necessidade de pequenas Eles são os menores seres vivos (com 0,12 µm de diâmetro,
quantidades de minerais, elas podem viver literalmente do Fig. 1.1) e possuem ~20% do total de DNA de uma E. coli.
ar e da luz do sol. Presumivelmente, essa quantidade de informação genética
Em uma forma mais primitiva de fotossíntese, substân- está próxima da quantidade mínima necessária para espe-
cias como H 2 , H 2S, tiossulfato ou compostos orgânicos são cificar a maquinaria metabólica essencial requerida para a
os doadores de elétrons nas reações impulsionadas pela luz vida celular. As bactérias gram-positivas são distinguidas
das gram-negativas de acordo com a capacidade de cap-
tar a coloração de Gram (procedimento desenvolvido por
As bactérias fotossintéticas púrpuras e verdes, que rea- Christian Gram em 1884, no qual as células fixadas pelo
lizam esses processos, ocupam habitats sem oxigênio, como calor são tratadas sucessivamente com corante roxo cristal
lagoas rasas e barrentas, nos quais a putrefação da matéria e iodo e descoradas com etanol ou acetona). As bactérias
orgânica gera H 2S. gram-negativas possuem uma membrana externa comple-
Os heterotróficos (do grego: hetero, diferente) obtêm xa que envolve sua parede celular e exclui a coloração de
energia por meio da oxidação de compostos orgânicos, sen- Gram, enquanto as gram-positivas não possuem essa mem-
do dependentes dos autotróficos para essas substâncias. Os brana (Seção 11.3B).
aeróbios obrigatórios (que incluem os animais) utilizam o O desenvolvimento, nas últimas décadas, de técnicas
0 2, enquanto os anaeróbios utilizam agentes oxidantes como para a determinação das sequências de aminoácidos das
sulfato (bactérias redutoras de sulfato) ou nitrato (bactérias proteínas (Seção 7 .1) e das sequências de bases dos áci-
desnitrificantes). Muitos organismos degradam parcialmente dos nucleicos (Seção 7.2A) tem proporcionado indicações
vários compostos orgânicos por meio de um processo intra- abundantes das relações genealógicas entre os organismos.
molecular de oxidação-redução conhecido como fermen- Na verdade, essas técnicas tornam possível colocar essas re-
tação. Os anaeróbios facultativos, como a E. coli, podem lações em termos quantitativos e, assim, construir um siste-
proliferar tanto na presença como na ausência de 0 2 • Já os ma de classificação com embasamento filogenético para os
anaeróbios obrigatórios são envenenados na presença do procariotos.
0 2• Acredita-se que seu metabolismo seja semelhante ao das Por meio da análise das sequências do RNA ribossômi-
formas vivas mais primitivas (que surgiram há mais de 3,8 co, Carl Woese mostrou que um grupo de procariotos que
bilhões de anos, quando não havia 0 2 na atmosfera da Terra; ele denominou Archaea (também conhecido como células
Seção 1.5B). De qualquer forma, existem poucos compostos arqueais) tem uma relação tão distante com os outros pro-
orgânicos que não possam ser metabolizados por organismos cariotos, as Bacteria (também chamadas de eubactérias),
procarióticos. quanto os dois grupos de procariotos estão em relação aos
Eukarya (os eucariotos). O grupo Archaea pareceu, a princí-
B. Classificação dos procariotos pio, constituir três tipos de organismos incomuns: os metano-
gênicos, anaeróbios obrigatórios que produzem metano (gás
Os métodos tradicionais de taxonomia (a ciência da classi- do pântano) pela redução do co2 com Hz; as halobactérias,
ficação biológica) que se fundamentam primariamente nas que vivem somente em soluções salinas concentradas(> 2 M
comparações anatômicas entre organismos atuais e fósseis NaCl); e determinadas termoacidófilas, organismos que ha-
não são aplicáveis aos procariotos. Isso se deve às suas estru- bitam fontes termais ácidas ( ~90ºC e pH < 2). No entanto,
turas celulares relativamente simples, inclusive as das bacté- evidências recentes indicam que ~40o/o dos microrganismos
rias ancestrais reveladas pelos vestígios microfósseis, que for- marinhos são Archaea, sendo assim a forma de vida mais co-
necem pouca indicação de seu relacionamento filogenético mum na Terra.
(filogenia: desenvolvimento evolutivo). Parte desse proble- Com base no número de características bioquímicas fun-
ma está no fato de que os procariotos exibem uma correlação
damentais diferenciais entre os grupos Archaea, Bacteria e
pequena entre forma e função metabólica. Além disso, a de- Eukarya, mas que são comuns dentro de cada grupo, Woese
finição eucariótica de espécie como uma população que pode
propôs que esses grupos de organismos constituíssem os três
cruzar não tem sentido no caso dos procariotos, que se re-
super-reinos ou domínios primários de descendência evolu-
produzem assexuadamente. Consequentemente, os sistemas
tiva (em vez da divisão tradicional em procariotos e euca-
convencionais de classificação procariótica são arbitrários e
riotos ). Contudo, determinações de sequências revelaram
carentes das conexões evolutivas do sistema de classificação
que os Eukarya compartilham com os Archaea similaridades
eucariótico (Seção 1.2B).
de sequência que não compartilham com o grupo Bacteria.
No sistema de classificação mais amplamente utilizado,
Evidentemente, Archaea e Bacteria divergiram a partir de
os procariotos (também conhecidos como monera) dividem-
-se em dois grupos: as cianobactérias e as bactérias. As bacté- alguma forma de vida primordial e Eukarya divergiu de
Archaea, como indica a árvore filogenética da Fig. 1.4.
rias são subdivididas em 19 subgrupos com base em suas ca-
racterísticas distintas, particularmente a estrutura celular, o
comportamento metabólico e as propriedades de coloração. 2 EUCARIOTOS
Uma classificação mais simples, com base nas proprie-
dades da parede celular, distingue três tipos principais de As células eucarióticas em geral têm um diâmetro de 10 a
procariotos: os micoplasmas, as bactérias gram-positivas e 100 µm, tendo por isso um volume até um milhão de vezes
as bactérias gram-negativas. Os micoplasmas não possuem maior do que o das procarióticas. Contudo, o que melhor
Bioquímica 7

Eukarya FIGURA 1.4 Árvore filogenética. Esta "ár-


Animais vore genealógica" indica as relações evolutivas
Archaea entre os três domínios de seres vivos. A raiz
Fungos representa o último ancestral comum a todas
Fungos gelatinosos as formas de vida da Terra. (Segundo Wheelis,
Bacterla Plantas
M.L., Kandler, O., and Woese, C.R., Proc.
__._ Ciliados
Halófilas Flagelados
Natl. Acad. Sei. 89, 2931 [1992].)
Bactérias púrpuras Gram-positivas
Methanococcus Microsporídeos
Thermoproteus
Cianobactérias

Flavobactérias

caracteriza as células eucarióticas não é o tamanho, mas sim rentes. Os procariotos exploraram as vantagens da simpli-
uma profusão de organelas delimitadas por membranas, e cidade e da miniaturização: sua rápida velocidade de cres-
cada uma delas com uma função especializada (Fig. 1.5). Na cimento lhes permite ocupar nichos ecológicos onde podem
verdade, a estrutura e as funções eucarióticas são mais com- acontecer flutuações drásticas nos nutrientes disponíveis. A
plexas do que as procarióticas em todos os níveis de organi- complexidade dos eucariotos, por lhes conferir um tamanho
zação, começando pelo nível molecular. maior e um crescimento mais lento do que os procariotos,
Os eucariotos e os procariotos se desenvolveram de proporciona uma vantagem competitiva em ambientes está-
acordo com estratégias evolutivas fundamentalmente dife- veis com recursos limitados (Fig. 1.6). Por isso, é errado con-

- - Cromatina

Ribossomos _,,,_-_,,
livres
Vacúolo
Retículo
- - - - - - endoplasmático

Mitocôndria

Lisossomo Membrana celular

Retículo
endoplasmático
rugoso

Retículo endoplasmático liso

FIGURA 1.5 Desenho esquemático de uma célula animal, juntamente com micrografias eletrônicas de suas organelas. (Núcleo:
Tektoff-RM, CNRl/Photo Researchers; retículo endoplasmático rugoso: Pietro M. Mota & Tomonori Naguro/Photo Researchers
e aparelho de Golgi: Secchi-Lecaque/Roussel-UCLAF/CNRl/Photo Researchers; retículo endoplasmático liso: David M. Phillips/
Visuais Unlimited; mitocôndria: CNRl/Photo Researchers; lisossomo: Biophoto Associates/Photo Researchers.)
8 Dona ld Voet / Judith G. Voet

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FIGURA 1.6 (Desenho de T.A. Bramley, in Carlile, M., Trends Biachem. Sei 7, 128 [1982].
Figura impressa com a permissão de Elsevier Biomedical Press.)

siderar os procariotos evolutivamente primitivos em relação mente a grande quantidade de membranas intracelulares en-
aos eucariotos. Ambos são bem adaptados aos seus respecti- contradas nos eucariotos (a membrana plasmática constitui
vos estilos de vida. < 10°/o do total de membranas em uma célula eucariótica).
Os mais antigos microfósseis de eucariotos conhecidos Uma vez que todas as substâncias que entram ou saem da cé-
datam de 1,4 bilhão de anos, ou seja, 2,4 bilhões de anos após lula devem de alguma forma atravessar a membrana plasmá-
o surgimento da vida. Essa observação apoia a noção clássi- tica, a superfície de muitas células eucarióticas é aumentada
ca de que os eucariotos são descendentes de um procarioto por numerosas projeções e/ou invaginações (Fig. 1.7). Além
altamente desenvolvido, possivelmente um micoplasma. No disso, porções da membrana plasmática frequentemente in-
entanto, as diferenças entre os eucariotos e os procariotos vaginam, em um processo conhecido como endocitose, de
modernos são tão profundas que tornam essa hipótese im- forma que a célula engloba porções do meio externo. Assim,
provável. Talvez os eucariotos primitivos que, de acordo com as células eucarióticas podem englobar e digerir partículas de
as evidências de Woese, teriam evoluído de uma forma de alimento, como bactérias, enquanto os procariotos são limi-
vida primordial tenham sido relativamente mal sucedidos e tados à absorção de moléculas individuais de nutrientes. O
por isso são raros. Somente após terem desenvolvido algu- inverso da endocitose, conhecido como exocitose, é um me-
mas das complexas organelas descritas na seção seguinte eles canismo secretor eucariótico comum.
se tornariam suficientemente abundantes para gerar rema-
nescentes fósseis significativos. a. O núcleo contém o DNA celular
O núcleo, a organela mais visível da célula eucariótica, é o
repositório da informação genética. Essa informação está co-
A. Arquitetura celular dificada na sequência de bases das moléculas de DNA que
As células eucarióticas, assim como as procarióticas, estão formam o número de cromossomos característico de cada
envoltas por uma membrana plasmática. O grande tamanho espécie. Os cromossomos consistem em cromatina, um com-
das células eucarióticas faz com que as relações superfície- plexo de DNA e proteínas. A quantidade de informação ge-
-volume sejam muito menores do que as dos procariotos (a nética contida nos eucariotos é enorme; uma célula humana,
área da superfície de um objeto aumenta com o quadrado de por exemplo, possui 700 vezes mais DNA do que E. coli (em
seu raio, enquanto o volume aumenta com o cubo). Essa res- termos comumente associados com a memória dos computa-
trição geométrica, acoplada ao fato de que muitas enzimas dores, o genoma [complemento genético] de cada célula hu-
essenciais estão associadas à membrana, racionaliza parcial- mana corresponde a 800 megabytes de informação - cerca de
Bioquímica 9

do em uma pilha de sacos membranosos achatados, nos quais


esses produtos são processados (Seção 23.3B).

c. As mitocôndrias são os locais do metabolismo oxidativo


As mitocôndrias (do grego: mitos, fio+ chondros, grânulo)
são os locais onde ocorre a respiração celular (metabolismo
aeróbio) em quase todos os eucariotos. Essas organelas ci-
toplasmáticas, que são suficientemente grandes para terem
sido visualizadas pelos citologistas do século XIX, variam
em tamanho e forma, mas com frequência são elipsoidais
com dimensões em tomo de 1,0 X 2,0 µm - muito seme-
lhante a uma bactéria. Uma célula eucariótica contém cerca
de 2.000 mitocôndrias, que ocupam cerca de um quinto do
volume celular total.
A mitocôndria possui duas membranas, de acordo com
os primeiros estudos de microscopia eletrônica realizados
por George Palade e Fritjof Sjõstrand: uma membrana ex-
FIGURA 1.7 Microgratia eletrônica de varredura de um terna lisa e uma membrana interna extremamente dobra-
fibroblasto. (Cortesia de Guenther Albrecht-Buehler, da, cujas invaginações são denominadas cristas (do latim:
Northwestern University, EUA.) cristae). Assim a mitocôndria possui dois compartimentos,
o espaço intermembranas e o espaço interno ou matriz. As
enzimas que catalisam as reações da respiração são compo-
200 vezes o conteúdo de informação deste texto). Dentro do nentes tanto da matriz, semelhante a gel, como da membrana
núcleo, a informação genética codificada pelo DNA é trans- mitocondrial interna. Essas enzimas acoplam a oxidação de
crita em moléculas de RNA (Capítulo 31), as quais, após ex- nutrientes geradora de energia à síntese de trifosfato de ade-
tenso processamento, são transportadas para o citoplasma nosina (adenosine triphosphate [ATP], comumente chamado
(nos eucariotos, é o conteúdo celular fora do núcleo), onde adenosina trifosfato, Seção l.3B e Capítulo 22), que requer
direcionam a síntese ribossômica de proteínas (Capítulo 32). energia. O ATP exportado para o resto da célula provê a
O envelope nuclear é constituído de uma membrana
o
dupla energia para os diversos processos celulares que consomem
perfurada por numerosos poros com ~90 A de largura que •
energia.
regulam o fluxo de proteínas e de RNA entre o núcleo e o As mitocôndrias são semelhantes às bactérias não so-
citoplasma. mente no tamanho e na forma. Sua matriz contém DNA,
O núcleo da maioria das células eucarióticas contém RNA e ribossomos específicos que participam na síntese de
pelo menos um corpo escuro, conhecido como nucléolo, que vários componentes mitocondriais. Além disso, elas se repro-
consiste no local de montagem dos ribossomos. Ele contém duzem por fissão binária, e os processos respiratórios media-
segmentos cromossômicos que carregam múltiplas cópias de dos por elas guardam uma semelhança notável com aqueles
genes que codificam o RNA ribossômico. Esses genes são das bactérias aeróbias modernas. Essas observações con-
transcritos no nucléolo, e o RNA resultante se combina com duziram à hipótese defendida por Lynn Margulis e ampla-
as proteínas ribossômicas que foram importadas de seus lo- mente aceita atualmente de que as mitocôndrias evoluíram
cais de síntese no citosol (porção do citoplasma sem as orga- a partir de bactérias aeróbias gram-negativas de vida livre,
nelas delimitadas por membranas). Os ribossomos imaturos as quais formaram uma relação simbiótica com um eucarioto
são então exportados para o citosol, onde é completada sua anaeróbio primitivo. Os nutrientes supridos pelo eucarioto e
montagem. Assim, a síntese proteica ocorre quase totalmen- consumidos pelas bactérias foram várias vezes recompensa-
te no citosol. dos pelo metabolismo oxidativo altamente eficiente que as
bactérias forneceram ao eucarioto. Essa hipótese é corrobo-
b. O retículo endoplasmático e o aparelho de Golgi atuam rada pela observação que a ameba Pelomyxa palustris, um
na modificação das proteínas de secreção e das ligadas dos poucos eucariotos que não possui mitocôndrias, alberga
as membranas bactérias aeróbias em uma relação simbiótica.
A membrana celular mais extensa, descoberta por Keith
Porter em 1945, forma um compartimento labiríntico deno- d. Os lisossomos e os peroxissomos são receptáculos de
minado retículo endoplasmático. Uma grande porção dessa enzimas degradativas
organela, chamada de retículo endoplasmático rugoso, pos- Os lisossomos, descobertos em 1949 por Christian de Duve,
sui ribossomos associados que estão engajados na síntese de são organelas delimitadas por uma única membrana que
proteínas destinadas à secreção ou aquelas ligadas a mem- apresentam tamanhos e morfologia variáveis embora a maio-
branas. O retículo endoplasmático liso, sem ribossomos, é o ria tenha diâmetros entre 0,1 e 0,8 µm. Os lisossomos, que
local de síntese de lipídeos. Muitos dos produtos sintetizados consistem essencialmente em sacos membranosos contendo
no retículo endoplasmático são, no final, transportados para várias enzimas hidrolíticas, atuam na digestão de materiais
o aparelho de Golgi (assim denominado devido a Camillo ingeridos por endocitose e na reciclagem de componentes ce-
Golgi, que o descreveu pela primeira vez em 1898), consistin- lulares (Seção 32.6). Investigações citológicas revelaram que
10 Dona ld Voet / Judith G. Voet

os lisossomos se formam por brotamento a partir do apare- formam a estrutura de sustentação que guia os movimentos
lho de Golgi. das organelas dentro da célula. Por exemplo, o fuso mitótico
Os peroxissomos (também conhecidos como microcor- é um arranjo de microtúbulos e proteínas associadas que par-
pos) são organelas com 0,5 µm de diâmetro, envoltas por ticipam da separação dos cromossomos duplicados durante
membrana e que contêm enzimas oxidativas. Eles têm esse a divisão celular. Os microtúbulos são também os principais
nome porque algumas reações peroxissômicas geram peró- constituintes dos cílios, apêndices semelhantes a cabelos que
xido de hidrogênio (H20 2), uma substância reativa que pode se projetam de muitas células, cujos movimentos de chico-
ser tanto utilizada na oxidação enzimática de outras substân- te movem o fluido circundante ou propulsionam as células
cias como pode ser degradada por meio da reação catalisada através da solução. Cílios muito longos, como a cauda dos es-
pela enzima catalase: permatozoides, são denominados flagelos (os flagelos proca-
rióticos, compostos pela proteína ftagelina, são totalmente di-
ferentes e não têm nenhuma relação com os dos eucariotos).o
Acredita-se que os peroxissomos atuem na proteção de Os microfilamentos são fibras com diâmetro de ~90 A
componentes celulares sensíveis ao ataque oxidativo pelo formadas pela proteína actina. Tal como os microtúbulos,
H 20 2• Determinadas plantas contêm um tipo especial de pe- eles possuem uma função de suporte mecânico. Além dis-
roxissomo, o glioxissomo, assim chamado porque é o local so, os microfilamentos, por meio de suas interações com a
de uma série de reações que constituem a rota do glioxilato proteína miosina, formam arranjos contráteis responsáveis
(Seção 23.2). por muitos tipos de movimentos intracelulares, como o fluxo
citoplasmático e a formação de protuberâncias ou de inva-
e. O cltoesqueleto organiza o citosol ginações celulares. Notável, no entanto, é que a actina e a
O citosol, longe de ser uma solução homogênea, é um gel miosina são os principais componentes proteicos das células
altamente organizado cuja composição pode variar de forma musculares (Seção 35.3A).
significativa ao longo da célula. Muito de sua variabilidade Os filamentos intermediários, que constituem o tercei-
interna resulta da ação do citoesqueleto, um arranjo extenso ro componente importante do citoesqueleto, são fibras pro-
º
de filamentos que provê a forma da célula e sua capacidade teicas com diâmetro de 100 a 150 A. Sua proeminência em
de se locomover, sendo também responsável pela organiza- regiões da célula sujeitas a estresse mecânico sugere que te-
ção e pelos movimentos de suas organelas (Fig. 1.8). nham função de suporte de carga. Por exemplo, a pele dos
Os microtúbulos, os componentes mais evidentes do ci- animais superiores contém uma rede extensa de filamen-
toesqueleto, são tubos com cerca de 250 Aº de diâmetro com- tos intermediários formada pela proteína queratina (Seção
postos pela proteína chamada tubulina (Seção 35.3G). Eles 8.2A), responsável pela resistência desta cobertura externa

(a) (b)

(e) (d)

FIGURA 1.8 Componentes do citoesqueleto mostrados por imunofluorescência. As células foram tratadas com anticorpos produzi-
dos contra (a) tubulina, (b) actina, (e) queratina e (d) vimentina (uma proteína componente de um tipo de filamento intermediário) e
a seguir coradas com anticorpos fluorescentes que reconhecem os anticorpos precedentes. (a e d: K.G. MurtiNisuals Unlimited; b: M.
Schliwa/ Visuais Unlimited; e: cortesia de Mary Osborn, Max-Planck Institute for Biophysical Chemistry Gõttingen, Alemanha.)
Bioquímica 11

protetora. Ao contrário do que ocorre com os microtúbulos funcionam como locais de estoque de nutrientes, dejetos e
e microfilamentos, as proteínas que formam os filamentos in- produtos especializados, como pigmentos. A concentração
termediários variam muito em tamanho e composição entre relativamente alta de solutos dentro dos vacúolos das cé-
as diferentes células de um mesmo organismo e entre os mes- lulas vegetais faz com que absorvam água osmoticamente,
mos tipos celulares em organismos diferentes. aumentando, assim, sua pressão interna. Esse efeito, combi-
nado com a resistência da parede celular ao rompimento, é
f. As células vegetais são envolvidas por paredes celulares responsável em grande parte pela rigidez túrgida das plantas
rígidas não lenhosas.
As células vegetais (Fig. 1.9) possuem todas as organelas pre-
viamente descritas. Elas apresentam também várias carac- g. Os cloroplastos são os locais de fotossíntese nos
terísticas adicionais, sendo a mais evidente a parede celular vegetais
rígida no lado externo da membrana plasmática. Essa parede Uma das características das plantas é sua capacidade de rea-
celular, cujo principal componente é a celulose, um polissa- lizar fotossíntese. Isso acontece em uma organela conhecida
carídeo fibroso (Seção l l.2C), é responsável pela resistência como cloroplasto, que, embora em geral seja muito maior do
estrutural das plantas. que uma mitocôndria, assemelha-se a ela, pois também possui
O vacúolo é um espaço rodeado por membrana e cheio duas membranas, uma interna e outra externa. Além disso,
de fluido. Embora os vacúolos ocorram em células animais, o espaço delimitado pela membrana interna do cloroplasto,
eles são mais proeminentes nas células vegetais, onde ocu- o estroma, é semelhante à matriz mitocondrial, porque con-
pam 90°/o do volume de uma célula adulta. Os vacúolos tém muitas enzimas solúveis. Contudo, a membrana interna

- Plasmodesmo

.- Aparelho de
Golgi

- Mitocôndria

Vacúolo

Retículo
- -
endoplasmatico

Cloroplasto
Amiloplasto

/ Parede celular
1
Membrana plasmática
I

••
••
o ~

FIGURA 1.9 Desenho de uma célula vegetal, juntamente com micrografias eletrônicas de suas organelas. (Plasmodesmo: Corte-
sia de Hilton Mollenhauer, USDA, EUA; núcleo: Cortesia de Myron Ledbetter, Brookhaven National Laboratory, EUA; aparelho
de Golgi: Cortesia de W. Gordon Whaley, University of Texas, EUA; cloroplasto: Cortesia de Lewis Shumway, College of Bastem
Utah, EUA; amiloplasto: Biophoto Associates; retículo endoplasmático: Biophoto Associates/Photo Researchers.)
12 Dona ld Voet /Judith G. Voet

do cloroplasta não apresenta cristas. O estroma possui um O sistema taxonómico com base na morfologia geral e
terceiro sistema de membranas que forma pilhas de sacos no nas sequências de proteínas e de ácidos nucleicos (Seções 7.1
formato de discos interconectados, chamados tilacoides, que e 7.2) indica que os eucariotos podem ser classificados em
contêm o pigmento fotossintético clorofila. O tilacoide usa a três reinos: Fungi, Plantae (vegetais) e Animalia (animais).
energia luminosa capturada pela clorofila para gerar ATP, Contudo, a simplicidade estrutural relativa de muitos euca-
que é utilizado, no estroma, para as reações biossintéticas ge- riotos unicelulares toma sua classificação muito arbitrária
radoras de carboidratos e outros produtos (Capítulo 24). sob esse esquema. Em consequência, esses organismos ge-
Assim como as mitocôndrias, os cloroplastos possuem ralmente são classificados em um quarto reino eucariótico,
o seu próprio DNA, RNA e ribossomos e reproduzem-se o Protista. (Notar que os sistemas de classificação biológica
por fissão. Aparentemente, os cloroplastos, tal como as mi- são uma conveniência para os biólogos; a natureza raramen-
tocôndrias, evoluíram de uma cianobactéria ancestral que te é ordenada de forma tão clara.) A Fig. 1.11 apresenta uma
estabeleceu uma relação simbiótica com um eucarioto ances- árvore filogenética para os eucariotos.
tral não fotossintetizante. Na verdade, vários eucariotos não As comparações anatômicas entre os organismos vivos
fotossintetizantes modernos têm tal relação simbiótica com e os fósseis indicam que os diferentes reinos de organismos
cianobactérias autênticas. Consequentemente, os eucariotos multicelulares evoluíram a partir dos protistas de forma inde-
modernos em sua maioria são "híbridos" genéticos, uma vez pendente (Fig. 1.11). Os programas de crescimento, diferen-
que possuem simultaneamente linhagens de origem nuclear, ciação e desenvolvimento seguidos pelos animais multicelu-
mitocondrial, e - no caso de plantas - cloroplástica. lares (os metazoa) na sua transformação de ovos fertilizados
a organismos adultos proporcionam uma notável indicação
B. Filogenia e diferenciação de sua história evolutiva. Por exemplo, todos os vertebrados
possuem bolsas branquiais nos estágios embrionários ini-
Uma das características mais marcantes dos eucariotos é sua ciais, as quais provavelmente refletem sua origem comum a
enorme diversidade morfológica, tanto no nível celular quan-
partir de peixes (Fig. 1.12). Na verdade, esses embriões são
to no do organismo como um todo. Pode-se comparar, por similares em tamanho e anatomia, mesmo que as respectivas
exemplo, a arquitetura das diversas células humanas desenha- formas adultas exibam vastas diferenças nessas característi-
das na Fig. 1.10. Recordem-se, também, as grandes diferenças cas. Tais observações levaram Ernst Haeckel a formular sua
anatômicas entre uma ameba, um carvalho e um ser humano.
famosa (embora exagerada) máxima: a ontogenia resume a

(a) Osteócito

(b) Espermatozoide

(d) Neurônio

(e) Célula
. -
ac1nana.
pancreática

FIGURA 1.10 Desenhos de algumas células humanas. (a) Um osteócito (célula óssea), (b) um espermatozoide,
(e) uma célula acinária pancreática (secretora de enzimas digestivas) e (d) um neurônio (célula nervosa).
Bioquímica 13

Plantas Fungos Animais

_,, Ascobolus


Gimnospermas Angiospermas
Urocordados
1
:a
Neurospora
1
:a
"
Artrópodos
E
Equinodermas
Samambaias

Nematódeos
Líquens,
briófitas
Algas
(hepáticas)
marrons Moluscos

..
Algas Algas
vermelhas azuis-esverdeadas Celenterados Fungos
Esponjas
gelatinosos

Cianobactérias

""---- _---i - - - - -
•• ;;. Mitocôndria
Archaea
Bactérias púrpuras ~ Gra m-positivas

Mixobactérias

Procarloto
ancestral

,
FIGURA 1.11 Arvore evolutiva que indica as linhas de origem da vida celular na Terra.
14 Dona ld Voet /Judith G. Voet

tema unificador para estudá-los. Por exemplo, a informação


genética é codificada e expressa de uma maneira quase idên-
tica em todas as formas de vida. Além disso, a série de rea-
ções bioquímicas, conhecidas como rotas metabólicas, assim
como as estruturas das enzimas que as catalisam, são, para
muitos processos básicos, quase idênticas entre um organis-
mo e outro. Isso sugere fortemente que todas as formas co-
nhecidas de vida descendam de um único ancestral primitivo,
no qual essas características bioquímicas se desenvolveram
pela primeira vez.
Embora a bioquímica seja um campo altamente diver-
sificado, trata basicamente de um número limitado de ques-
tões inter-relacionadas, enumeradas a seguir:
1. Qual é a estrutura química e tridimensional das molé-
culas biológicas, como elas formam estas estruturas e como
suas propriedades variam com elas?
2. Como as proteínas funcionam; ou seja, quais são os me-
canismos moleculares da catálise enzimática, como os recep-
tores reconhecem e se ligam a moléculas específicas e quais
são os mecanismos intra e intermoleculares pelos quais os re-
ceptores transmitem informações de acordo com o seu sítio
de ligações?
3. Como a informação genética é expressa e como é trans-
mitida para as futuras gerações celulares?
4. Como são sintetizadas as moléculas biológicas e as orga-
nelas?
5. Quais são os mecanismos de controle que coordenam a
grande variedade de reações bioquímicas que acontecem nas
células e nos organismos?
Peixe Salamandra Galinha Humano 6. Como as células e os organismos crescem, se diferenciam
e se reproduzem?
FIGURA 1.12 Desenvolvimento embrionário de um peixe, um
anfíbio (salamandra), uma ave (galinha) e um mamífero (hu- Estas questões serão abordadas preliminarmente nesta
mano). Nos estágios iniciais, eles são semelhantes tanto em ta- seção e esclarecidas nos capítulos subsequentes. Contudo, o
manho como em anatomia (os desenhos no topo da figura estão conhecimento em todos os casos, apesar de extenso, é muito
aproximadamente na mesma escala), embora agora se saiba que pequeno se comparado à ignorância, como se tomará obvio
suas similaridades não são tão grandes como indicam esses de- à medida que a leitura avançar.
senhos clássicos. Posteriormente eles divergem em ambas as ca-
racterísticas. (De acordo com Haeckel, E., Anthropogenie oder A. Estruturas biológicas
Entwickelungsgeschichte des Menschen, Engelmann [1874].)
Os seres vivos são bastante complexos. Conforme está indi-
cado na Seção l.lA, mesmo as células relativamente simples
de E. coli contêm de 3 a 6 mil compostos diferentes, a maioria
filogenia (ontogenia = desenvolvimento biológico). A elu-
dos quais é exclusiva deste organismo (Fig. 1.13). Os organis-
cidação do mecanismo da diferenciação celular nos eucario-
mos superiores apresentam uma complexidade ainda maior.
tos é uma das principais metas de longo prazo da bioquímica
O Homo sapiens (ser humano), por exemplo, pode possuir
moderna.
100.000 tipos diferentes de moléculas, embora tenha sido
caracterizada somente uma pequena fração delas. Por isso,
3 BIOQUÍMICA: PRÓLOGO poderia-se supor que seria uma tarefa muito difícil obter-se
uma compreensão bioquímica coerente de um determinado
A bioquímica, como o nome indica, é a química da vida. Por organismo. Esse, entretanto, não é o caso. Os seres vivos têm
conseguinte, ela liga a química, o estudo das estruturas e in- uma regularidade básica que deriva do fato de serem construí-
terações de átomos e moléculas, com a biologia, o estudo dos de uma maneira hierárquica. Estudos anatômicos e cito-
das estruturas e interações de células e organismos. Uma vez lógicos têm mostrado que os organismos multicelulares são
que os seres vivos são compostos de moléculas inanimadas, organizações de órgãos, os quais são constituídos de tecidos,
a vida, no seu nível mais básico, é um fenômeno bioquímico. que consistem em células compostas de organelas subcelu-
Embora os organismos vivos mostrem uma enorme di- lares (p. ex., Fig. 1.14). Neste ponto da origem hierárquica,
versidade nas suas propriedades macroscópicas, existe uma entra-se no campo da bioquímica, uma vez que as organelas
notável similaridade na sua bioquímica, o que provê um consistem em arranjos supramoleculares como as membra-
Bioquímica 15

Proteínas Lipopolissacarídeos

E. coli
mRNA tRNA DNA Fosfolipídeo

~ Lipoproteína
- - Pept ideoglicano

FIGURA 1.13 Corte transversal simulado de uma célula de E. coli ampliada cerca de um milhão de vezes. O lado direito do de-
senho mostra a membrana celular e a parede celular camadas com sua superfície externa adornada por lipopolissacarídeos (Seção
11.3Bc). Um flagelo (abaixo, à direita) é movido por um motor ancorado na membrana interna (Seção 35.31). O citoplasma, que
ocupa a região central do desenho, é ocupado, predominantemente, pelos ribossomos envolvidos na síntese proteica (Seção 32.3).
O lado esquerdo do desenho contém um emaranhado de DNA complexado com proteínas específicas. Somente as macromoléculas
maiores e os grupos de moléculas estão sendo mostrados. O espaço remanescente do citoplasma em uma célula viva está cheio de
moléculas menores e de água (uma molécula de água tem o tamanho do ponto no final desta frase). (Segundo desenho feito por
David Goodsell, UCLA, EUA.)

nas ou fibras, que estão organizadas em grupos de macro- como macromoléculas, mas também apresentam uma cons-
moléculas (moléculas poliméricas com massas moleculares trução modular (Seção 12.1).
acima de mil daltons ). A tarefa do bioquímico foi bastante simplificada pela
A Tabela 1.1 indica que E. coli e os seres vivos em ge- descoberta da existência de relativamente poucas espécies de
ral possuem apenas alguns tipos diferentes de macromolé- unidades monoméricas que ocorrem em cada uma das classes
culas: proteínas (do grego: proteios, de fundamental impor- de macromoléculas biológicas. Todas as proteínas são sinteti-
tância; um termo cunhado por Jacob Berzelius em 1838), zadas a partir dos mesmos 20 tipos de aminoácidos, os ácidos
ácidos nucleicos e polissacarídeos (do grego: sakcharon, nucleicos são formados a partir de 8 tipos de nucleotídeos
açúcar). Todas essas substâncias são construídas de forma (4 no DNA e 4 no RNA), e cerca de 8 tipos de açúcares for-
modular; elas consistem em unidades monoméricas unidas mam os polissacarídeos. A grande variação observada nas
que ocupam o nível mais baixo da hierarquia estrutural. propriedades de cada tipo de macromolécula tem origem
Assim, como indica a Fig. 1.15, as proteínas são polímeros basicamente no enorme número de maneiras pelas quais as
de aminoácidos (Seção 4.lB), os ácidos nucleicos são polí- unidades monoméricas podem ser combinadas e, em muitos
meros de nucleotídeos (Seção 5.1) e os polissacarídeos são casos, modificadas.
polímeros de açúcares (Seção 11.2). Os lipídeos (do gre- Uma das questões centrais na bioquímica é como são
go: tipos, gordura), a quarta classe principal de moléculas formadas as estruturas biológicas. Conforme será explicado
biológicas, são pequenos demais para serem classificados nos capítulos subsequentes, as unidades monoméricas das
16 Donald Voet /Judith G. Voet

(b) ó rgão: pele r l mm-1

(a) Organismo: ser humano

~_ Cade ia (e) Tecido: epiderme


polipeptídica
f100 µmi

(d) Célula : célula basal

Heme - -

1---10 Â- - - i •

(g) Macromolécula: •
citocromo e

(e) Organela: mitocôndria


~5 µm~
(f) Organização supramolecular:
membrana mitocondrial interna

Lipídeo

l---1µm----<
r---100 A--1
FIGURA 1.14 Exemplo da organização hierárquica das estruturas biológicas.
Bioquímica 17

Resíduos de aminoácidos FIGURA 1.15 Organização polimérica de


proteínas, ácidos nucleicos e polissacarídeos.
Proteína • • • - Alanina - Tirosina - Leucina - Se ri na - Prolina - • • •

Nucleotídeos

'
Acido nucleico • • • Adenina Guanina Ti mina Adenina Citosina • • •

Resíduos de açúcar

Manose ~ Glicose • • •

Polissacarídeo ••• Glicose Galactose

macromoléculas são obtidas diretamente pela célula como trifosfato de adenosina (ATP). Por exemplo, os processos
nutrientes ou sintetizadas enzimaticamente a partir de subs- geradores de energia, como a fotossíntese e a oxidação bio-
tâncias mais simples. As macromoléculas são sintetizadas a lógica dos nutrientes, produzem ATP a partir de difosfato de
partir de seus precursores monoméricos por processos com- adenosina (ADP - adenosine diphosphate) e um íon fosfato.
plexos mediados enzimaticamente.
As proteínas recém-sintetizadas adotam espontanea-
mente sua conformação nativa (Seção 9.lA), isto é, elas
passam por uma automontagem. Aparentemente, suas se- N;?'

~N
quências de aminoácidos especificam as suas estruturas
tridimensionais. Da mesma forma, as estruturas dos outros o o
tipos de macromoléculas são especificadas pela sequência 11 li
HO - P - O - P - O - CH
de suas unidades monoméricas. O princípio da automonta- 1 1 2 o
gem estende-se até o nível da organização supramolecular. o- o- H H
Contudo, é muito pouco conhecida a maneira pela qual são
gerados os níveis mais altos das estruturas biológicas. A elu- OH OH
cidação dos mecanismos do crescimento e da diferenciação
das células e dos organismos é uma das principais áreas da Difosfato de adenosina (ADP)
pesquisa biológica.

B. Processos metabólicos
Existe um conjunto gigantesco de reações químicas que ocor-
rem simultaneamente em qualquer célula viva. Porém, essas
reações seguem um padrão que as organiza em um processo
coerente denominado vida. Por exemplo, a maioria das rea- o o o
ções biológicas faz parte de rotas metabólicas, isto é, elas fa- 11 li li
- o - P - 0 - P - O- P - O - CH2 +
zem parte de uma sequência de reações que gera um ou mais 1 1 1 o
produtos específicos. Além disso, uma das características da o- o- o- H H
vida é que as velocidades de suas reações são controladas de
forma tão rígida que raramente a necessidade por um rea- OH OH
gente em uma rota metabólica não é satisfeita, ou que algum
produto desnecessário seja gerado. Trifosfato de adenosina (ATP)
O metabolismo é tradicionalmente dividido (embora
não necessariamente de forma lógica) em duas grandes ca- Reciprocamente, os processos que consomem energia, como
tegorias: a biossíntese, o transporte de moléculas contra um gradiente
1. Catabolismo ou degradação, no qual os nutrientes e os de concentração e a contração muscular, ocorrem pela rever-
constituintes celulares são degradados para recuperar seus são dessa reação, ou seja, pela hidrólise do ATP:
componentes e/ou para gerar energia.
ATP + H 2 0 ~~ ADP + HPO~-
2. Anabolismo ou biossíntese, no qual as biomoléculas são
sintetizadas a partir de componentes mais simples.
Assim, os processos catabólicos e anabólicos estão acopla-
A energia necessária para os processos anabólicos é forne- dos por intermédio do ATP, a "moeda" energética biológica
cida pelos processos catabólicos basicamente na forma de universal.
18 Dona ld Voet /Judith G. Voet

e. Expressão e transmissão da informação genética


O ácido desoxirribonucleico (DNA) é o principal depósito
da informação genética. Esta macromolécula, cujo esquema
está na Fig. 1.16, consiste em duas cadeias de nucleotídeos,
sendo cada um deles composto por um resíduo do açú-
car desoxirribose, um grupo fosforil e uma das quatro bases:
adenina (A), timina (T), guanina (G) ou citosina (C). A in-
formação genética está codificada na sequência dessas bases.
Cada base do DNA está ligada, por ligações de hidrogênio, a
uma base na cadeia oposta, formando uma entidade conhe-
cida como um par de bases. No entanto, A só pode formar li-
gação de hidrogênio com T, enquanto G só pode formar com

Esqueleto de Pareamento de Esqueleto de


açúcar-fosfato bases complementares açúcar-fosfato

... -... ---

T
A
~- e
~- C· · ·G-
------ ...,__ C· · ·G-
G Nova
e --- - - - G

-- - -
Desoxirribose
--- ---

G ---- e

-- - - - - ~- T· · ·A- -7
- - ...... - Velha Nova Nova Velha

FIGURA 1.17 Desenho esquemático da replicação do DNA.


T --- - -- Cada fita de DNA parental (em vermelho) serve como molde
A
para a síntese de uma fita-filha complementar (em verde). Con-
sequentemente, as moléculas resultantes com fita dupla são
o H
idênticas.
º~ p
\
,--< N- H - - - O "'"----< Nl o
f C ~ - - - H- N G~ N
o '-~
p //
C, de modo que as duas cadeias são complementares, isto é, a
'o-

HC
CH
/ 0 --- H- N
'>=N \
\
HC
~
/
o
CH
sequência de uma cadeia implica na sequência da outra.
A divisão de uma célula deve ser acompanhada da re-
/
o e~ H
H plicação do seu DNA. Nesse processo mediado enzimatica-
0 \
N- H- - - - 0 mente, cada cadeia de DNA atua como um molde na for-
mação de sua cadeia complementar (Fig. 1.17; Seção 5.4C).
CH2
/ O N~ Consequentemente, cada célula da progênie contém uma
HC j molécula completa de DNA (ou um grupo de moléculas de
CH
H DNA) consistindo, cada uma delas, em uma cadeia paren-
o e~ tal e uma cadeia-filha. As mutações surgem quando uma ou
/
mais bases erradas são incorporadas à cadeia-filha por meio
de erros raros de leitura ou por dano na cadeia parental. A
maioria das mutações é inócua ou prejudicial. Contudo, oca-
FIGURA 1.16 DNA fita dupla. As duas cadeias polinucleo- sionalmente uma delas pode resultar em uma nova caracte-
tídicas associam-se por meio do pareamento de bases comple- rística que confere algum tipo de vantagem seletiva ao orga-
mentares. A base A pareia com T e a base G pareia com C por nismo. De acordo com os princípios da teoria Darwiniana,
meio de ligações de hidrogênio específicas. os indivíduos com tais mutações têm uma probabilidade au-
Bioquímica 19

mentada de reprodução. Por meio da sucessão dessas muta-


- , .
çoes, surgem novas espec1es.
A expressão da informação genética é um processo com
dois estágios. No primeiro estágio, chamado transcrição, uma
das fitas do DNA serve de molde para a síntese de uma fita
complementar de ácido ribonucleico (RNA; Seção 31.2).
Esse ácido nucleico, que em geral possui uma única fita, di-
fere quimicamente do DNA (Fig. 1.16) por ter a ribose como
o resíduo de açúcar no lugar da desoxirribose do DNA, e a
base uracila (U) substituindo a timina.
o
H0-9yo OH H,
N
H
t\.1:1 H 1
H "--Ir OAN H
OH OH 1
H
Ribose Uracila
FIGURA 1.18 Cromossomos. Fotomicrografia de uma célula
No segundo estágio da expressão gênica, conhecido vegetal (Scadoxus katherinae Bak.) durante a anáfase da mitose,
como tradução, os ribossomos catalisam a ligação dos ami- que mostra os cromossomos sendo puxados pelo fuso mitótico
noácidos para formar as proteínas (Seção 32.3). A ordem de para os polos opostos da célula. Os microtúbulos formadores do
ligação dos aminoácidos é determinada pela sequência de fuso estão corados em vermelho e os cromossomos estão em azul.
bases do RNA. Consequentemente, uma vez que as proteí- (Cortesia de Andrew S. Bajer, University of Oregon, EUA.)
nas são automontadas, a informação genética codificada pelo
DNA especifica a estrutura e a função das proteínas, por
intermédio do RNA. Sistemas regulatórios complexos, cuja mundongos que tiveram suas caudas cortadas tinha cauda
atuação é ainda pouco esclarecida, controlam exatamente a de comprimento normal.
expressão dos genes em uma dada célula sob determinadas
circunstâncias. A. Cromossomos
Em 1860, observou-se que o núcleo das células eucarióticas
continha corpos lineares, que foram denominados cromos-
4 GENÉTICA: UMA REVISÃO somos (do grego: chromos, cor + soma, corpo) porque eram
,
E suficiente observar as semelhanças entre pais e filhos fortemente corados por determinados corantes básicos (Fig.
para se perceber que as características físicas são herda- 1.18). Existem, normalmente, duas cópias de cada cromosso-
das. No entanto, o mecanismo da herança era desconheci- mo (pares homólogos) em cada célula somática. O número
do até a metade do século XX. A teoria da pangenia, que (N) de cromossomos dessa célula é conhecido como o nú-
teve origem na Grécia antiga, sustenta que o sêmen, que mero haploide, e o total (2N) é o número diploide. Espécies
claramente está relacionado com a procriação, consiste em diferentes diferem no seu número haploide de cromossomos
partículas representativas de todas as partes do corpo (pan- (Tabela 1.2).
gênese). Essa ideia foi ampliada no final do século XVIII
por Jean Baptiste de Lamarck, cuja teoria, conhecida como TABELA 1.2 Número de cromossomos (2N) em alguns
lamarquismo, propunha que características individuais ad- eucariotos
quiridas, como, por exemplo, músculos mais desenvolvidos
resultantes de exercício, seriam transmitidas para a progê- Organismo Cromossomos
nie. A pangênese e alguns aspectos do lamarquismo foram Homem 46
aceitos pela maioria dos biólogos do século XIX, inclusive Cão 78
por Charles Darwin. Rato 42
A compreensão, em meados do século XIX, de que
Peru 82
todos os organismos são derivados de uma única célula
definiu o início do desenvolvimento da biologia moderna. Sapo 26
Na sua teoria do plasma germinal, August W eismann ob- Mosca-das-frutas 8
servou que as células germinativas, o espermatozoide e o Caranguejo eremita ~254
óvulo (cujas células primordiais são reservadas já no início Ervilha 14
do desenvolvimento embrionário), descendem diretamente
Batata 48
das células germinativas da geração anterior, enquanto as
outras células do corpo, as células somáticas, embora sejam Levedura 34
derivadas das germinativas, não dão origem a elas. Ele refu- Algas azul-esverdeadas ~20

tou as ideias da pangênese e do lamarquismo pela demons- Fonte: Ayala, F.J. & Kiger, J.A., Jr., Modern Genetics (2nd ed.), p. 9,
tração que a progênie de muitas gerações sucessivas de ca- Benjamin/ Cummings (1984).
20 Dona ld Voet /Judith G. Voet

a. As células somáticas dividem-se por mitose


Mitose
O processo de divisão das células somáticas, conhecido como lnterfase (2N)
mitose (Fig. 1.19), é precedido pela duplicação dos cromos- Os cromossomos não
somos para formar uma célula 4N. Durante a divisão celular, - v1s1
sao . ""ve1s
. como

cada cromossomo se liga pelo centrômero ao fuso mitótico, estruturas distintas


de forma que os membros de cada par duplicado se posicio-
1
nam na placa equatorial da célula. Eles são então puxados Replicação do DNA
pela ação do fuso para os polos opostos da célula em divisão, t
gerando células-filhas diploides que possuem o mesmo nú-
mero 2N de cromossomos da célula parental. Prófase (4N)

As cromátides
b. As células germinativas são formadas por meiose tornam-se visíveis

O processo de formação das células germinativas, conhecido


como meiose (Fig. 1.20), requer duas divisões celulares su-
cessivas. Antes da primeira divisão meiótica, cada cromosso-
mo é replicado, mas as cromátides-irmãs permanecem unidas
pelos centrômeros. Os pares homólogos dos cromossomos
duplicados posicionam-se no plano equatorial da célula em
uma forma semelhante a um zíper, o que permite uma troca
entre partes correspondentes dos cromossomos homólogos
em um processo conhecido como recombinação. O fuso en-
tão conduz os membros de cada par homólogo para os polos
opostos da célula, de modo que, depois da primeira divisão
meiótica, cada célula-filha contém um número 2N de cro- Metáfase (4N)
Os cromossomos
mossomos. Na segunda divisão meiótica, as cromátides-ir- •
se alinham ao
mãs separam-se para formar os cromossomos e deslocam-se fuso
para os polos opostos da célula, gerando um total de quatro
células haploides conhecidas como gametas. A fertilização
consiste na fusão de um gameta masculino (espermatozoi-
de) com um gameta feminino (óvulo), gerando uma célula
Anáfase (4N)
diploide conhecida como zigoto que recebeu N cromossomos
Cada cromátide
de cada um de seus pais. se move para
polos opostos /
B. A herança mendeliana Começa a divisão
As leis básicas da herança foram enunciadas em 1866 por celular (citocinese)
Gregor Mendel. Elas foram elucidadas por meio da análise
de uma série de cruzamentos genéticos entre Jinhagens puras
(que produzem uma progênie que possui as mesmas caracte-
rísticas dos pais) de ervilhas, Pisum sativum, que diferem em
determinadas características bem-definidas, como forma da
semente (lisa versus rugosa), cor da semente (amarela versus
verde) ou cor da flor (púrpura versus branca). Mendel desco-
briu que o cruzamento entre pais (P) que diferem em uma úni-
ca característica, por exemplo, forma da semente, produz uma
progênie (F1; primeira geração) em que todos os indivíduos
possuem a característica de um dos pais, neste caso, sementes
lisas (Fig. 1.21). A característica que aparece na F 1 é dita do-
minante, enquanto a característica alternativa é chamada de
recessiva. Na F2 , ou seja, a progênie da F 1, três quartos têm a
característica dominante e um quarto, a característica recessi- Telófase
va. Aquelas ervilhas com a característica recessiva fornecem Citocinese quase
uma linhagem pura, isto é, o autocruzamento da progênie F2 completa.
recessiva resulta em uma progênie (F3) que também possui a
As células resultantes
característica recessiva. Aquelas que exibem a característica são 2N
dominante de F2 , contudo, pertencem a duas categorias: um Divisão celular
terço delas fornece Jinhagens puras, enquanto as demais for-
nece uma progênie com a mesma relação dos membros da F21 FIGURA 1.19 Mitose, a forma mais usada de divisão celular
ou seja, 3:1 de característica dominante para recessiva. nos eucariotos. A mitose dá origem a duas células-filhas, cada
Mendel justificou suas observações com a hipótese que uma contendo o mesmo número de cromossomos da célula
os vários pares de características contrastantes resultam de parental.
Bioquímica 21

Meiose GeraçãoP

lnterfase (2N)

Sement es X
lisas
1
Replicação do DNA

Prófase intermediária 1(4N)


' Geração F 1
(todas as sementes lisas)
Par de cromossomos .-
homólogos; a duplicação
não é visível
X
X

!
Prófase tardia 1(4N)

A duplicação já é visível •

Geração F 2

Metáfase 1(4N)
Os cromossomos +
homólogos alinham-se
ao longo do fuso

~ com sementes lisas + l com sementes rugosas

Anáfase 1(2N) FIGURA 1.21 Cruzamentos genéticos. O cruzamento de uma


Cromossomos com planta de ervilha de sementes lisas com uma de sementes rugo-

cromátides-irmãs
sas gera uma progênie F1 na qual todas as sementes são lisas.
movem-se para
polos opostos O cruzamento de indivíduos da F1 dá origem a uma geração F 2 ,
na qual três quartos possuem sementes lisas e um quarto tem
1
Divisão celular 1
sementes rugosas.

Metáfase li (2N)
t um fator (agora chamado gene) que tem formas alternativas
' (a/elos). Cada planta contém um par de genes para uma ca-
racterística em particular, um herdado do pai e outro da mãe.
Os alelos para a forma da semente são simbolizados com a
letra R para as sementes lisas e r para as rugosas (os símbolos
dos genes em geral são grafados em itálico). As plantas puras
com sementes lisas e rugosas têm, respectivamente, genóti-
Anáfase li (2N) pos RR e rr (composição genética) e são ambas homozigotas
para a forma da semente. As plantas com o genótipo Rr são
heterozigotas para a forma da semente e têm o fenótipo de
semente lisa (aparência ou caractere), porque R é dominante
sobre r. Os dois a/elos não se combinam nem se misturam na
Telófase li planta e são transmitidos independentemente, pelos gametas,
Citocinese quase para a progênie (Fig. 1.22).
completa Mendel descobriu também que características diferentes
Os gametas são herdadas independentemente. Por exemplo, o cruzamen-
resultantes to de ervilhas com sementes lisas e amarelas (RRYY) com
são N
Divisão celular li ervilhas com sementes rugosas e verdes (rryy) resulta em
uma progênie F 1 (RrYy) que tem sementes lisas amarelas
FIGURA 1.20 Meiose, processo que leva à formação dos game- (sementes amarelas são dominantes sobre sementes ver-
tas (células sexuais). Na meiose, ocorrem duas divisões celulares des). O fenótipo da F 2 aparece na proporção de 9 amarelas
consecutivas, originando quatro células-filhas, cada uma conten- lisas, 3 verdes lisas, 3 amarelas rugosas, 1 verde rugosa. Esse
do a metade do número de cromossomos da célula parental. resultado indica que não existe tendência para os genes de
22 Dona ld Voet /Judith G. Voet

Geração P Geração P
()
Lisa (RR) Rugosa (rr)
o
Amarela lisa Verde rugosa
RR YY rr yy
Gametas R X r
Gametas RY X ry

l l
()
Geração F 1
Todas lisas (Rr)
Geração F 1 o
Amarela lisa ------
Rr Yy
~ Gametas tR <J Gametas
9 Gametas ô Gametas
()
RR
1
"2" r o
Geração F 2 o
Rr
o
Rr
l rY
o
RRYY

o
1
4rY

0 4Ry lRy

rr
1
4 ry
o
RRYy
o
RRYy
1
4ry

lRR + ~Rr - -! sementes lisas o o o o


lrr - l sementes rugosas
FIGURA 1.22 Genótipos e fenótipos. Em um cruzamento
0 o
RRyy
0
entre ervilhas de sementes lisas e ervilhas de sementes rugo-
sas, a geração F1 apresenta o fenótipo liso porque o genótipo () ()
liso é dominante sobre o genótipo rugoso. Na geração F2,, três Rryy
Geração F 1
quartos têm sementes lisas e um quarto tem sementes rugosas,
porque os genes para esses alelos são transmitidos independen-
0
temente por gametas haploides.

1~ (RR YY) + 126 (Rr YY) +


algum dos pais de se agrupar (Fig. 1.23). Posteriormente foi 1~ (RR Yy) + {s (Rr Yy) - {6 sementes amarelas e lisas
mostrado, no entanto, que somente os genes que estão em 1~ (RR yy) + 126 (Rr yy) - 136 sementes verdes e 1isas
1
cromossomos diferentes possuem essa independência. 16 (rr YY) + 162 (rr Yy) - 163 sementes amarelas e rugosas
A dominância de uma característica sobre outra é um l6 (rr yy) - 1~ sementes verdes e rugosas
fenômeno comum, mas não universal. Por exemplo, o cru-
zamento de uma variedade pura vermelha da boca-de-leão FIGURA 1.23 Agrupamento independente. Os genes para
Antirrhinum com uma variedade pura branca resulta em uma as sementes de ervilha do tipo liso (R) versus rugoso (r) e ama-
progênie F 1 cor-de-rosa. A progênie F2 tem flores vermelhas, relo (Y) versus verde (y) se agrupam independentemente. A
geração F2 consiste em nove genótipos abrangendo os quatro
cor-de-rosa e brancas na proporção de 1:2:1, porque os ho-
fenótipos possíveis.
mozigotos para a cor vermelha (AA) possuem mais pigmento
do que os heterozigotos (Aa; Fig. 1.24). A característica ver-
melha e a branca são, por isso, denominadas codominantes.
é porque ela estava adiante do seu tempo: o conhecimento
No caso de codominância, o fenótipo revela o genótipo.
contemporâneo da anatomia e da fisiologia não fornecia
Um dado gene pode ter alelos múltiplos. Um exemplo
dados suficientes para a sua compreensão. Por exemplo, a
bem conhecido é o do sistema de grupo sanguíneo ABO
mitose e a meiose ainda não tinham sido descobertas. Não
(Seção 12.3E). Uma pessoa pode ter o tipo A, B, AB ou tipo
obstante, depois que o trabalho de Mendel foi redescober-
O, dependendo de quais antígenos, A, B, ambos ou nenhum,
to em 1900, ficou claro que os seus princípios explicavam
existem nas suas hemácias. Os antígenos A e B são determi-
a herança dos animais assim como a das plantas. Em 1903,
nados pelos alelos codominantes IA e 'f respectivamente, e o
como resultado da constatação que cromossomos e genes se
tipo O é homozigoto para o alelo recessivo i.
comportam de forma semelhante, Walter Sutton formulou a
teoria cromossômica da herança, na qual ele supunha que os
C. Teoria cromossômica da herança genes eram fragmentos dos cromossomos.
A teoria da herança de Mendel foi praticamente ignorada A primeira característica a ter sua localização cromossô-
por seus contemporâneos. Em parte porque, para analisar mica determinada foi a do sexo. Na maioria dos eucariotos,
os dados, ele usou a teoria das probabilidades, um assunto as células das fêmeas possuem duas cópias do cromossomo
estranho para a maioria dos biólogos da época. No entan- X(XX), enquanto as células dos machos possuem uma cópia
to, a principal razão para que sua teoria tenha sido ignorada do X e um cromossomo Y, morfologicamente diferente (XY;
Bioquímica 23

Geração P Geração P

Vermelha (AA) Branca (aa)

Gametas A X a
X X X y

Mãe Pai

Geração F 1
Gametas
!
óvulo ......--..
!
Espermatozoide

------ Todas cor-de-rosa (Aa) --~ X

9 Gametas o Gametas X X y

~a
~X ~ X
GeraçãoF2 Progênie
Aa li
~ X ~y

!AA
1
= ! vermelha
1
2Aa - 2 cor-de-rosa
li ~
1
!aa = 4 branca

FIGURA 1.24 Codominância. No cruzamento de boca-de-leão


com flores vermelhas (AA) e com flores brancas (aa), a geração
F1 tem flores cor-de-rosa (Aa), o que demonstra que os alelos A o (XY)
e a são codominantes. As flores da F2 são vermelhas, cor-de-rosa
e brancas na proporção 1:2:1.
~ 9 (XX) + ~ ô (XY)

FIGURA 1.25 Segregação independente. A segregação inde-


Fig. 1.25). Portanto, o óvulo deve ter somente um cromosso- pendente dos cromossomos sexuais, X e Y, resulta na propor-
mo X, enquanto o espermatozoide pode ter um X ou um Y ção 1:1 de fêmeas e de machos.
(Fig. 1.25). A fertilização por um espermatozoide portando
um X resulta em zigoto fêmea, e a fertilização por um es-
permatozoide portando um Y, resulta em zigoto macho. Isso
explica a relação 1:1 de machos para fêmeas, observada na
maioria das espécies. Os cromossomos X e Y são denomina-
dos cromossomos sexuais, e os demais são conhecidos como
autossômicos.

a. A mosca-das-frutas é o modelo genético favorito


O ritmo das pesquisas genéticas foi bastante acelerado depois '9' • •

que Thomas Hunt Morgan começou a utilizar a mosca-das-


-frutas Drosophila melanogaster como modelo experimental.
Esse pequeno e prolífico inseto (Fig. 1.26), que frequente-
mente é visto pairando sobre frutas maduras no verão e no
outono, é facilmente mantido no laboratório, produzindo
uma nova geração a cada 14 dias. Utilizando a Drosophila,
os resultados dos cruzamentos genéticos podem ser determi-
nados 25 vezes mais rapidamente do que com as ervilhas. A
Drosophila é atualmente o organismo superior melhor carac-
terizado geneticamente. FIGURA 1.26 A mosca-das-frutas Drosophila melanogaster.
A primeira linhagem mutante de Drosophila conhecida O macho (à esquerda) e a fêmea (à direita) estão representados
tem olhos brancos em vez dos olhos vermelhos do tipo sel- em seus tamanhos relativos; seu tamanho real é de -2 mm de
vagem (que ocorre na natureza). Por meio de cruzamentos comprimento e pesam -1 mg.
24 Dona ld Voet /Judith G. Voet

genéticos entre a linhagem de olhos brancos e o tipo selva- um homozigoto para a outra. Se as duas características são
gem, Morgan mostrou que a distribuição do gene para olho não alélicas, a progênie terá o fenótipo selvagem, porque um
branco ( wh) se assemelha à do cromossomo X. Isso indica dos cromossomos homólogos supre a função selvagem que o
que o gene wh está localizado no cromossomo X e que o cro- outro não possui; isto é, eles se complementam. Por exem-
mossomo Y não o possui. Diz-se, portanto, que esse gene é plo, o cruzamento de uma Drosophila homozigota para uma
ligado ao sexo.

b. Os mapas genéticos podem ser construídos a partir de


Centrômero
uma análise das velocidades de recombinação
Nos anos subsequentes, foi determinada a localização cro-
mossômica de muitos genes da Drosophila. Os genes que
estão no mesmo cromossomo não segregam independente- Células diploides A B
mente. No entanto, quaisquer pares de tais genes ligados
recombinam (trocam posições relativas com seus alelos no a b
cromossomo homólogo) com uma frequência característica.
Duplicação de cada
Foi observado que a base citológica desse fenômeno ocor- cromossomo para
re no início da meiose, quando os cromossomos homólogos formar duas cromátides
duplicados se dispõem em paralelo (metáfase I; Fig. 1.20).
As cromátides homólogas trocam segmentos equivalentes
por recombinação (Fig. 1.27). A localização cromossômi-
ca do ponto de recombinação varia, ao acaso, de evento
para evento. Consequentemente, a frequência de recom-
binação de um par de genes ligados varia diretamente com
a sua separação física ao longo do cromossomo. Morgan e a b
Alfred Sturtevant utilizaram esse fenômeno para mapear Pareamento das
(localizar) as posições relativas dos genes nos quatro cro- cromátides homólogas,
mossomos da Drosophila. Esses estudos demonstraram que seguido da recombinação
os cromossomos são estruturas lineares e não ramificadas. do par de cromátides
Sabe-se agora que tais mapas genéticos (Fig. 1.28) são pa-
A __
ralelos à sequência correspondente de bases do DNA nos
cromossomos.
c. Os genes não alélicos se complementam
Um teste de complementação pode determinar se duas ca-
racterísticas recessivas que afetam funções similares são ou a
não alélicas (diferentes formas do mesmo gene). Nesse teste, Primeira divisão
um homozigoto para uma das características é cruzado com meiótica

A B a b

A b a B
Segunda
divisão
meiótica

A B a b

A b a B

4 Células haploides
(a) (b)

FIGURA 1.27 Recombinação. (a) Micrografia eletrônica, juntamente com um desenho interpretativo, de dois pares de cromáti-
des homólogas durante a meiose no gafanhoto Chorthippus parallelus. As cromátides não irmãs (cores diferentes) podem recom-
binar em qualquer um dos pontos onde se cruzam. (Cortesia de Bernard John, The Australian National University, Austrália.) (b)
Desenho esquemático da recombinação dos pares de genes alelos (A, B) e (a, b) durante a permutação.
Bioquímica 25

mutação de cor de olho conhecida como púrpura (pr) com Em contraste , no cruzamento de uma fê me a de
uma homozigota para outra mutação de cor de olho conheci- Drosophila homozigota para o alelo branco de cor de olho
da como castanho ( bw) gera uma progênie com cor de olho ligado ao sexo ( wh) com um macho que possui o alelo café
selvagem, demonstrando, assim, que esses dois genes não são de cor de olho também ligado ao sexo (cf), a progênie fêmea
alelos (Fig. l.29a). não apresenta a cor de olho do tipo selvagem (Fig. l .29b). Os
genes wh e cf, portanto, devem ser alelos.

Tipo selvagem Mutante d. Os genes comandam a expressão de proteínas


Unidades Símbolo de A questão de como os genes controlam as características
mapa do gene
~
dos organismos levou algum tempo para ser respondida.
Arist as longas O al R1' Archibald Garrod foi o primeiro a sugerir uma conexão es-
Sem arist as ?J--~
(arist as curtas) pecífica entre genes e enzimas. Os indivíduos com alcapto-
nuria produzem urina que escurece em contato com o ar,

Asas longas Asas curtas


13 dp
(a) Características não alélicas recessivas

Pais bw + pr+ bw

pr bw + pr+
Pernas longas Pernas curtas
~ 31 d
4 tars~
Olho púrpura Olho cast anho
V 5 t arsos
bw +
Progênie

Corpo cinza Corpo preto pr+ bw


48,5 b
Olho vermelho (tipo selvagem)
Olhos Olhos púrpura
vermelhos 54,5 pr (b) Característ icas alélicas recessivas

wh cf


Pais
X( 1 1 ) xc )
X
Asas longas
67
Asas
vg vestigiais X(
wh
1 1 ) y\5 )

Asas ret as Asas curvas Fêmea com Macho com


75,5 e olho branco olho cor café
wh
Progênie X C~_~I~1-~)
cf
x c~~.~~)

Cor do olho diferent e


do tipo selvagem
Asas retas
FIGURA 1.29 O teste de complementação indica se duas ca-
99,2 a
racterísticas recessivas são alélicas. São mostrados dois exem-
Olhos plos em Drosophila. (a) O cruzamento de um homozigoto para
ermelhos 104 bw castanhos cor de olho púrpura (pr) com um homozigoto para cor de olho
castanho (bw) gera uma progênie com cor de olho tipo selva-
gem. Isso indica que pr e bw não são alelos. O índice "+" indica
o alelo tipo selvagem. (b) No cruzamento de uma fêmea homo-
FIGURA 1.28 Segmento do mapa genético do cromossomo 2 zigota para o gene wh, cor de olho branco, ligado ao sexo, com
de Drosophila. As posições dos genes são dadas em unidades um macho que possui o gene cf de cor de olho café também
de mapa. Dois genes separados por uma unidade de mapa m ligado ao sexo, a progênie feminina não tem a cor de olho tipo
recombinam com uma frequência de m %. selvagem. Portanto, os genes wh e cf devem ser alelos.
26 Dona ld Voet /Judith G. Voet

como consequência da oxidação do ácido homogentísico ex- ~ Suporte


cretado (Seção 16.3Ab). Em 1902, Garrod mostrou que essa
doença metabólica benigna (seu único efeito adverso é artri-
te na idade avançada) resulta de uma característica recessi- 1. Crescimento de
colônias na placa-mãe
va herdada com padrão mendeliano. Ele demonstrou ainda em meio completo
que os alcaptonúricos são incapazes de metabolizar o ácido
homogentísico da alimentação e, por isso, concluiu que eles
não possuem uma enzima que metaboliza essa substância.
Garrod descreveu a alcaptonuria e várias outras doenças
2. O veludo é
humanas herdadas, estudadas por ele, como erros inatos do pressionado na
metabolismo. placa-mãe e transfe-
No início de 1940, George Beadle e Edward Tatum mos- rido para a placa com
traram, em uma série de investigações que marcou o início o meio diferente
da genética bioquímica, que existe uma correspondência de
um para um entre uma mutação e a falta de uma enzima espe-
cifica. O tipo selvagem do fungo Neurospora cresce em um Colônia
"meio mínimo", em que glicose e NH3 são as únicas fontes mutante ausente
de carbono e nitrogênio. Determinadas variedades mutantes
de Neurospora, geradas por meio de irradiação com raios X,
contudo, requerem uma substância adicional para crescerem. ,,
,,
' '
Beadle e Tatum demonstraram, em vários casos, que os mu-
tantes não possuem uma enzima que participa da biossíntese
da substância requerida (Seção 16.3Ac). Isso resultou na fa- 3. Crescimento de
colônias na placa
mosa máxima um gene - uma enzima. Hoje, sabe-se que esse répl ica
princípio é somente parcialmente verdadeiro, pois muitos ge-
nes codificam proteínas que não são enzimas e muitas proteí- 4. Comparação entre a
nas consistem em subunidades codificadas de modo indepen- placa-mãe e a réplica; a
dente (Seção 8.5). Uma máxima mais correta deveria ser um colônia mutante está
gene - um polipeptídeo. Mas até isso não é completamente ausente na placa réplica
correto, pois os RNAs com funções estruturais e funcionais FIGURA 1.30 Replica plating. Uma técnica para transferir
também são codificados geneticamente. colônias, de forma rápida e adequada, de uma placa de cultura
"mãe" (placa de Petri) para um meio diferente ou para outra
D. Genética bacteriana placa de cultura. A identificação dos mutantes torna-se fácil
As bactérias oferecem várias vantagens para o estudo ge- porque as colônias na placa-mãe e nas réplicas têm a mesma
distribuição espacial.
nético. A principal delas é que, sob condições favoráveis,
muitas têm um tempo de geração de menos de 20 minutos.
Consequentemente, os resultados de um experimento genéti-
que as bactérias possuem poucas características morfológicas
co com bactérias podem ser obtidos em questão de horas, ao
facilmente reconhecíveis, seus mutantes são detectados (se-
contrário das semanas ou anos necessários para um estudo
lecionados) por sua capacidade ou não de crescer sob deter-
análogo com organismos superiores. O enorme número de
minadas condições. Por exemplo, E. coli tipo selvagem pode
bactérias que proliferam rapidamente (~Idº mL- 1) permite
crescer em um meio contendo glicose como única fonte de
a observação de eventos biológicos extremamente raros. Por
carbono. Os mutantes incapazes de sintetizar o aminoácido
exemplo, um evento que ocorre com uma frequência de 1
leucina, por exemplo, requerem a presença desse aminoáci-
por um milhão pode ser detectado facilmente nas bactérias
do no meio de cultivo. Os mutantes resistentes a um deter-
em alguns minutos. Seria um enorme esforço, e provavel-
minado antibiótico, por exemplo, ampicilina, podem crescer
mente inútil, fazer o mesmo com a Drosophila. Além disso,
na presença desse antibiótico, enquanto o tipo selvagem não
as bactérias geralmente são haploides, e seu fenótipo reflete
cresce. Os mutantes em que alguma proteína essencial se te-
seu genótipo. Não obstante, os princípios básicos da genéti-
nha tornado sensível à temperatura crescerão a 30ºC, mas
ca foram elucidados pelo estudo de plantas e animais supe-
não a 42ºC, enquanto o tipo selvagem cresce em ambas as
riores. Isso porque as bactérias não se reproduzem sexuada-
temperaturas. Usando um protocolo de triagem adequado,
mente como o fazem os organismos superiores, de modo que
pode ser selecionada uma colônia bacteriana contendo uma
a técnica básica da genética clássica, o cruzamento genético,
mutação ou uma combinação de mutações. Isso é feito pelo
não é aplicável às bactérias. Na verdade, antes de ter sido
método da replica plating (Fig. 1.30).
mostrado que o DNA era o portador da informação here-
ditária, não era inteiramente claro se as bactérias possuíam
cromossomos. E. Genética virai
O estudo da genética bacteriana começou efetivamen- Os vírus são partículas infecciosas que consistem em uma
te nos anos de 1940, quando foram desenvolvidos procedi- molécula de ácido nucleico envolto por um capsídeo (reves-
mentos para o isolamento de bactérias mutantes. Uma vez timento) protetor formado inteiramente ou em grande parte
Bioquímica 27

Partícula virai
Adsorção
- - - à célula ~
hospedei r;--..,.
-:::::=-::::!::::=====::::=:::::::
Capsídeo Cromossomo
virai Hospedeira

Injeção do
r
Lise da célula hospedeira
cromossomo virai
dentro da célula
liberando as partículas
\
I'===:=::::::=::::::/

Cromossomos virais ~ação do


encapsulados por um cromossomo virai
envoltório protetor

FIGURA 1.31 Ciclo de vida de um vírus.

por proteína. Um vírus adsorve especificamente a uma célula


suscetível e introduz nela seu ácido nucleico. No processo da
infecção (Fig. 1.31), o cromossomo viral redireciona o me-
tabolismo celular para que este produza novos vírus. Uma
infecção viral em geral culmina com alise (rompimento) da
célula hospedeira, liberando um grande número (dezenas de
milhares) de partículas virais maduras que podem iniciar um
novo ciclo de infecção. Como não possuem seu próprio me-
tabolismo, os vírus são parasitas por completo. Eles não são
organismos vivos, pois, fora de seu hospedeiro, são biologica-
mente inertes como qualquer macromolécula.

a. Os vírus estão sujeitos a complementação


e recombinação
A genética dos vírus pode ser estudada em grande parte da
mesma maneira que a dos organismos celulares. Contudo,
uma vez que os vírus não têm metabolismo, sua presença
FIGURA 1.32 Triagem de vírus mutantes. Placa de cultura
em geral é detectada pela capacidade de matar seu hos-
coberta por uma camada de bactérias sobre a qual o bacterió-
pedeiro. A presença de bacteriófagos viáveis (vírus que
fago formou placas. (Jack Bostrack/Visuals Unlimited.)
infectam bactérias, abreviadamente fagos; do grego: pha-
gein, comer) é indicada por placas (manchas claras) em
uma "camada" de bactérias em uma placa de cultura (Fig. produzir. Caso isso ocorra, um dos mutantes deve ter suprido
1.32). As placas marcam os locais onde as partículas virais uma função que não poderia ser desempenhada pelo outro.
se multiplicaram, com a consequente lise das bactérias. Um Diz-se que essas mutações pertencem a diferentes grupos de
fago mutante que pode se reproduzir sob determinadas complementação, um termo sinônimo de gene.
condições permissivas é detectado devido à sua incapaci- Os cromossomos virais também estão sujeitos à recom-
dade de fazê-lo sob condições restritivas, nas quais o fago binação. Isso ocorre quando uma célula isolada é infectada
tipo selvagem é viável. Essas condições em geral envolvem simultaneamente por duas linhagens mutantes de um vírus
diferenças na linhagem da bactéria hospedeira utilizada ou (Fig. 1.33). A dinâmica da recombinação viral difere da dos
na temperatura. eucariotos ou das bactérias porque o cromossomo viral é
Os vírus estão sujeitos à complementação. A infecção submetido à recombinação por meio de vários ciclos de re-
simultânea de uma bactéria por duas variedades mutantes di- plicação do DNA que ocorrem durante o ciclo de vida viral.
ferentes de um fago pode gerar uma progênie sob condições Portanto, a progênie viral recombinante consiste em muitos,
nas quais os fagos mutantes isoladamente não podem se re- senão todos, tipos recombinantes possíveis.
28 Dona ld Voet /Judith G. Voet

Ab ~ (a) Mutações eis (b) Mutações trans

p p p p
Infecção de célula
bacteriana hospedeira Célula hospedeira
por duas linhagens
de fagos
Q q q Q

Fenótipo Fenótipo
selvagem mutante

Recombinação do
\) 4 FIGURA 1.34 O teste cis-trans. Considere um cromossomo
DNA dos fagos B b que esteja presente em duas cópias nas quais duas posições do
~~ mesmo gene, P e Q, tenham mutantes defeituosos (recessivos),
p e q, respectivamente. (a) Se as duas mutações são eis (fisica-
mente no mesmo cromossomo), um gene será do tipo selvagem,
de forma que o organismo terá o fenótipo do tipo selvagem. (b)
Se as duas mutações são trans (fisicamente em cromossomos
Formação dos diferentes), os dois genes serão defeituosos e o organismo terá
fagos recombinantes o fenótipo do tipo mutante.
Lise da célula

complementação gera progênie no hospedeiro restritivo


quando as mutações estão na configuração eis (no mesmo
cromossomo; Fig. l .34a), mas não o faz quando estão na
FIGURA 1.33 Recombinação virai. A recombinação dos cro- configuração trans (em cromossomos fisicamente diferen-
mossomos dos bacteriófagos ocorre após a infecção simultânea tes; Fig. l.34b). Isso ocorre porque somente qu.a ndo ambas
de uma célula bacteriana com duas linhagens de fagos que car- as mutações estão fisicamente no mesmo gene o outro gene
regam os genes Ab e aB. será funcionalmente intacto. O termo cístron foi cunhado
para descrever uma unidade genética funcional definida de
acordo com o teste cis-trans. Essa palavra tomou-se sinôni-
b. O par de bases é a unidade de recombinação mo de gene ou grupo de complementação.
A enorme velocidade com que os bacteriófagos se repro- A recombinação de pares de mutantes rll ocorre com
duzem permite a detecção de eventos de recombinação que frequência baixa de 0,01 o/o (embora tenham sido detecta-
ocorrem com uma frequência de 1 em 108• Na década de das frequências mais baixas, de 0,0001 °/o ). Uma vez que a
1950, Seymour Benzer realizou estudos genéticos de alta re- frequência de recombinação de 1 % em T4 corresponde a
solução da região rll do cromossomo do bacteriófago T4. uma distância de 240 pares de bases dos sítios de mutação,
Essa região com 4.000 pares de bases e que representa 2 % a unidade de recombinação não pode ser maior do que 0,01
do cromossomo do T4 consiste em dois grupos de comple- X 240 = 2,4 pares de bases. Por razões ligadas ao meca-
mentação adjacentes, designados ri/A e rl/B. No hospedei- nismo de recombinação, esse valor é superestimado. Com
ro permissivo, E. coli B, uma mutação que inativa o produto base no mapeamento genético de alta resolução, concluiu-
de ambos os genes causa a formação de placas facilmente -se que a unidade de recombinação tem o tamanho de um
identificáveis por serem muito maiores do que aquelas ge- par de bases.
radas pelos fagos selvagens (a designação r significa lise rá-
pida). No entanto, somente o fago tipo selvagem irá lisar o
hospedeiro restritivo, E. coli K12(Ã). A presença de placas 5 A ORIGEM DA VIDA
em uma cultura de E. coli K12(Ã) infectada simultanea-
As pessoas têm refletido sempre sobre o enigma da exis-
mente por dois mutantes rll diferentes no mesmo grupo de
tência. Na verdade, todas as culturas conhecidas, passadas,
complementação demonstra que a recombinação pode ocor-
presentes, primitivas e sofisticadas, têm algum tipo de mito
rer dentro do mesmo gene. Isso refutou o modelo do cro-
da criação que apresenta razões para explicar como a vida
mossomo, então amplamente defendido, no qual os genes
surgiu. Somente na era moderna, contudo, tem sido possível
seriam entidades discretas, semelhantes às contas de um co-
estudar a origem da vida sob uma ótica científica, isto é, de
lar, de forma que a recombinação poderia ocorrer somente
uma forma sujeita à verificação experimental. Um dos pri-
entre genes intactos. O mapeamento genético de mutações
meiros a fazer isso foi Charles Darwin, o criador da teoria da
em mais de 300 locais distintos nas regiões ri/A e rl/B indica
evolução. Em 1871, ele escreveu em uma carta a um colega:
que os genes, assim como os cromossomos, são estruturas li-
neares não ramificadas. Diz-se com frequência que todas as condições para a
Benzer também demonstrou que um teste de comple- primeira produção de um organismo vivo estão agora
mentação entre duas mutações dentro do mesmo grupo de presentes, as quais poderiam estar presentes desde sempre.
Bioquímica 29

Mas se (e, oh, que grande se!) pudéssemos imaginar que, mos atuais é possível deduzir modelos razoáveis das mensa-
em alguma pequena e quente lagoa, na presença de todos gens primitivas a partir das quais eles se originaram.
os tipos de amônia e sais fosfóricos, luz, calor, eletricidade, Geralmente aceita-se que o desenvolvimento da vida
etc., um composto proteico tenha formado-se quimicamente, ocorreu em três estágios (Fig. 1.36):
pronto para ser submetido a mudanças ainda mais
L A evolução química pela qual as moléculas geologica-
complexas, atualmente tal substância seria devorada ou
mente simples reagiram para formar polímeros orgânicos
absorvida instantaneamente, o que não ocorreria antes da
formação das criaturas vivas. complexos.
2. A auto-organização de grupos desses polímeros para for-
Estudos de datação radioativa indicam que a Terra se mar entidades replicativas. Em algum momento nesse pro-
formou há 4,6 bilhões de anos, mas, devido aos impactos de cesso, ocorreu a transição desses grupos de moléculas inani-
numerosos objetos grandes, sua superfície permaneceu, por madas para um sistema vivo.
varias centenas de milhões de anos, quente demais para per- 3. A evolução biológica para formar a rede complexa da
mitir a vida. As evidências mais primitivas de vida celular, vida atual.
microfósseis do que parecem ser organismos semelhantes às
cianobactérias modernas (Fig. 1.35), têm 3,5 bilhões de anos. Nesta seção, resume-se o que se supõe a respeito desse
No entanto, as rochas sedimentares mais antigas conhecidas processo. Inicia-se essa discussão com uma consideração so-
na Terra, com 3,8 bilhões de anos, foram sujeitas a forças me- bre por que somente o carbono, dentre todos os elementos,
tamórficas tão extremas (500ºC e 5.000 atm) que quaisquer é adequado para ser a base da complexa química necessária
microfósseis que contivessem teriam sido destruídos. Não à vida.
obstante, a análise geoquímica indica (embora com contro-
vérsia) que essas rochas contêm inclusões carbonadas que A. As propriedades exclusivas do carbono
parecem ser de origem biológica e, portanto, teria existido Conforme mostra a Tabela 1.3, a matéria viva é composta
vida na época em que essas rochas sedimentares se deposi- por um número relativamente pequeno de elementos. c,
taram. Se for assim, a vida na Terra deve ter surgido dentro H, O, N, P e S formam ligações covalentes e compõem 92°/o
de um intervalo de tempo tão curto quanto cem milhões de do peso seco das criaturas vivas (a maioria dos organismos
anos, há 4 bilhões de anos atrás. possui 70o/o de água). O restante consiste em elementos que
Uma vez que a era pré-biótica não deixou registro di- estão presentes principalmente na forma de íons e na sua
reto, não há esperança de determinar com exatidão como a maioria ocorrem somente em microquantidades (em geral
vida surgiu. No entanto, por meio de experimentação em labo- exercem suas funções nos sítios ativos de enzimas). Observe,
ratório pode-se, pelo menos, demonstrar que tipo de reações no entanto, que não se conhece as necessidades biológicas
químicas abióticas podem ter levado à formação dos sistemas para 64 dos 90 elementos que ocorrem naturalmente (Fig.
vivos. Além disso, não se está totalmente desprovido de in- 1.37). Por outro lado, com exceção do oxigênio e do cálcio, os
dícios de desenvolvimento pré-biótico. A unidade bioquími- elementos biologicamente mais abundantes são aqueles que
ca e genética básica dos organismos modernos sugere que a
vida tal como a se conhece surgiu somente uma vez (se surgiu
mais de uma vez, as outras formas devem ter se extinguido
rapidamente, possivelmente por terem sido "comidas" pelas TABELA 1.3 Composição elementar do corpo humano
formas atuais). Assim, pela comparação de mensagens gené- Elementos presentes em
ticas correspondentes de uma grande variedade de organis- Elemento Peso seco (o/o)* microquantidades
c 61,7 B
• N 11,0 F
o 9,3 Si
H 5,7 V
Ca 5,0 Cr
p 3,3 Mn
K 1,3 Fe
s 1,0 Co
Cl 0,7 Ni
E Na 0,7 Cu
::i
o o
N ...... o Mg 0,3 Zn
Se
FIGURA 1.35 Microfóssil do que parece ser uma cianobac-
Mo
téria. Este fóssil, mostrado aqui juntamente com seu desenho
explicativo, foi encontrado em uma rocha com cerca de 3,5 Sn
bilhões de anos no oeste da Austrália. (Cortesia de J.William 1
Schopf, UCLA, EUA.) *Cálculo com base em Frieden, E., Sei. Am. 227(1), 54-55 (1972).
30 Dona ld Voet /Judith G. Voet

Substratos catalisadores

1. Evolução química, na qual os


biopolímeros se formaram a
partir de pequenas moléculas

Proteínas e
ácidos nucleicos

2. Auto-organização, na qual os
biopol ímeros desenvolveram
a capacidade de autorreplicação

3. Evolução biológica, na qual as


células vivas primitivas geraram
sistemas metabólicos sofisticados
e a capacidade de formar
organismos multicelulares

LN

FIGURA 1.36 Os três estágios da evolução da vida.


Bioquímica 31

1
H
D Elementos principais 2
He
3 4
D Elementos traços
5 6 7 8 9 10
Li Be B e N o F Ne
11 12 13 14 15 16 17 18
Na Mg AI Si p s Cl Ar
19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
K Ca Se Ti V Cr Mn Fe Co Ni Cu Zn Ga Ge As Se Br Kr
37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
Rb Sr y Zr Nb Mo Te Ru Rh Pd Ag Cd ln Sn Sb Te 1 Xe
55 56 57-70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86
Cs Ba Lantanoide.s Lu Hf Ta w Re Os Ir Pt Au Hg TI Pb Bi Po At Rn
87 88 89-102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112
Fr Ra /u:tinoides Lr Rf Db Sg Bh Hs Mt Ds Rt Uub

FIGURA 1.37 Tabela periódica em que os 26 elementos utilizados por sistemas biológicos estão salientados em azul.

existem em menor quantidade na crosta terrestre (na qual o grande raio atômico do silício impede que dois átomos
os componentes mais abundantes são O, 47°/o; Si, 28°/o; Al, possam ficar suficientemente próximos para atingir a so-
7,9o/o; Fe, 4,5°/o; e Ca, 3,5% ). breposição orbital. Consequentemente, as ligações Si- Si
A predominância do carbono na matéria viva é sem dú- são fracas (177 kJ · mol- 1) e as ligações múltiplas raramente
vida o resultado de sua enorme versatilidade química, compa- são estáveis. Em contraste, as ligações Si-O são tão está-
rada com os demais elementos. O carbono tem a habilidade veis (369 kJ · mol- 1) que as cadeias formadas por esses dois
exclusiva de f armar um número praticamente infinito de com- elementos em disposição alternada são inertes (os minerais
postos como resultado de sua capacidade de fazer até qua- de silicato, cuja estrutura consiste em tais ligações, formam a
tro ligações covalentes altamente estáveis (ligações simples, crosta terrestre). Os escritores de ficção científica especulam
duplas ou triplas), combinada com a capacidade de formar que os silicones, compostos orgânicos de silício oleosos ou
cadeias de C-C em ligação covalente de tamanho ilimitado. com consistência de borracha, formados por um esqueleto de
Assim, ~90°/o dos cerca de 40 milhões de compostos quími- unidades Si-O como, por exemplo, metil-silicones,
cos conhecidos atualmente são substâncias orgânicas (que
contêm carbono). Serão examinados os outros elementos da CH3 CH3 CH3 CH3
1 1 1 1
tabela periódica para averiguar por que eles não possuem es- ·· ·- Si - O - Si - O - Si - O - Si - O - ·· ·
1 1 1 1
sas propriedades.
CH3 CH3 CH3 CH3
Somente cinco elementos, B, C, N, Si e P, têm a capaci-
dade de fazer três ou mais ligações, e assim formar cadeias
poderiam formar a base química de formas de vida extra-
de átomos ligados covalentemente que também podem apre- terrestres. Todavia, a total inércia da ligação Si-O faz isso
sentar cadeias laterais. Os outros elementos são metais, que
parecer improvável. O fósforo, que está abaixo do N na tabe-
tendem a formar ligações iônicas em vez de covalentes, gases
la periódica, forma cadeias de átomos em ligação covalente
nobres, que são quimicamente inertes, ou átomos, como H
ainda menos estáveis.
ou O, que podem formar somente uma ou duas ligações co- A partir do que foi exposto, não se deve concluir que
valentes. No entanto, apesar de B, N, Si e P poderem partici-
as ligações heteronucleares sejam instáveis. Ao contrário, as
par de pelo menos três ligações covalentes, esses elementos proteínas possuem ligações C-N-C, os carboidratos têm
são impróprios como base de uma química complexa, pelas ligações C-0-C e os ácidos nucleicos possuem ligações
razões que estão indicadas a seguir. C-O- P- 0 - C. No entanto, essas ligações heteronuclea-
O boro é deficiente em elétrons por possuir menos elé- res são menos estáveis do que as ligações C-C. Na verdade,
trons de valência (3) do que orbitais de valência (4 ). Isso li- elas em geral formam os locais de quebra de ligações quími-
mita muito os tipos e a estabilidade dos compostos que esse cas na degradação das macromoléculas e, inversamente, são
elemento pode formar. O nitrogênio tem o problema oposto:
as ligações formadas quando as unidades monoméricas são
seus 5 elétrons de valência o tomam rico em elétrons. A re-
reunidas para f armar as macromoléculas. Da mesma forma,
pulsão entre os pares de elétrons isolados nos átomos de N ligações homonucleares que não as ligações e-e são tão re-
ligados covalentemente serve para reduzir bastante a ener-
ativas que são extremamente raras nos sistemas biológicos,
gia da ligação N-N (171 kJ · mol- 1, contra 348 kJ · mol- 1
com exceção das ligações S- S nas proteínas.
para a ligação simples C- C), em comparação à ligação
tripla su~reendentemente estável da molécula de N 2 (946
kJ · mol- ). Por isso, mesmo cadeias curtas de átomos de N B. Evolução química
em ligação covalente tendem a se decompor em N 2, em ge- No restante desta seção, será descrito um cenário muito
ral de forma violenta. Quanto ao silício e ao carbono, que mais favorável para a origem da vida. Lembre-se, entretanto,
estão na mesma coluna na tabela periódica, espera-se que que existem objeções científicas válidas a esse cenário assim
tenham propriedades químicas semelhantes. No entanto, como a vários outros que têm sido cogitados seriamente, de
32 Dona ld Voet /Judith G. Voet

modo que se está longe de saber com certeza como a vida se te continha pequenas quantidades de CO, CH4 , NH3 , S02 e
• •
originou. possivelmente H 2 , todas elas moléculas que foram detectadas
Acredita-se que o sistema solar tenha sido formado pelo de forma espectroscópica no espaço interestelar. As proprie-
colapso gravitacional de uma grande nuvem interestelar de dades químicas de tal mistura gasosa a tomam uma atmos-
poeira e gás. A porção central dessa nuvem, composta na sua fera redutora, diferentemente da atual, que é uma atmosfera
maior parte de hidrogênio e hélio, se condensou para formar oxidante.
o sol. O aumento da temperatura e da pressão no centro do Na década de 1920, Alexander Oparin e J.B.S. Haldane
sol primitivo acabou por desencadear a reação termonuclear sugeriram, independentemente, que a radiação ultravioleta
autossustentada que, desde então, passou a servir como fonte do sol (que atualmente é absorvida em grande parte pela ca-
de energia solar. Os planetas, formados por fragmentos me- mada de ozônio [OJ nas camadas altas da atmosfera) ou a
nores de poeira, não possuíam massa suficiente para suportar descarga elétrica induziram as moléculas da atmosfera redu-
tal processo. Na verdade, os planetas menores, entre eles a tora primitiva a reagir e formar compostos orgânicos simples,
Terra, consistem em elementos em sua maioria mais pesados, como os aminoácidos, as bases dos ácidos nucleicos e os açú-
porque suas massas são pequenas demais para reter, por gra- cares. A possibilidade desse processo foi demonstrada expe-
vidade, grande quantidade de H 2 e de He. rimentalmente pela primeira vez em 1953 por Stanley Miller
A atmosfera primitiva da Terra era muito diferente da e Harold Urey, os quais simularam em um aparelho, cujo
atual. E la não poderia conter quantidades significativas de esquema está na Fig. 1.37, os efeitos de tempestades elétri-
0 2 , que é uma substância altamente reativa. Além de H 2 0, cas na atmosfera primitiva pela exposição de uma mistura de
N 2 e C02 que possui atualmente, a atmosfera provavelmen- H 2 0, CH4 , N~ e Hz a descargas elétricas, por uma semana.
(Embora atualmente seja evidente que a atmosfera primiti-
va não tinha a composição fortemente redutora presumida
Eletrodos de tungstênio por Miller e Urey, podem ter existido ambientes redutores
localizados, particularmente próximos a plumas vulcânicas
[materiais de erupções vulcânicas]). A solução resultante
continha quantidades significativas de compostos orgâni-
cos solúveis em água, cujos mais abundantes constam da
- - - . - Faíscas Tabela 1.4, juntamente com uma quantidade substancial de
elétricas alcatrão insolúvel (material polimerizado). Vários dos com-

Mistura X TABELA 1.4 Produtos gerados pela descarga elétrica sobre


de gases
uma mistura de CH4, NH3, H 20 e H 2
Composto Rendimento (o/o)
Glicina* 2,1
,
Acido glicólico 1,9
Torneira para a
Sarcosina 0,25
--n-- coleta de amost ras '4-.---"
durante o processo Alanina* 1,7
,
Acido láctico 1,6
N-metil-alanina 0,07
,
Acido a-amino-n-butírico 0,34
'
Agua
fervente Ácido a -aminoisobutírico 0,007
,
Acido a -hidroxibutírico 0,34
[3-alanina 0,76
,
Acido succínico 0,27
,
Acido aspártico* 0,024
,
o Acido glutâmico* 0,051
,
Acido iminodiacético 0,37
,
Acido iminoaceticopropiônico 0,13
,
Acido fórmico 4,0
FIGURA 1.38 Aparelho para a simulação da síntese de com-
,. .
Acido acético 0,51
,
postos orgânicos na Terra pré-biótica. Uma mistura de gases Acido propiônico 0,66
considerada semelhante à atmosfera redutora da Terra primiti-
Ureia 0,034
va é submetida a uma descarga elétrica para simular os efeitos
de relâmpagos, enquanto a água no frasco reflui de forma que N-metilureia 0,051
os novos compostos formados se dissolvem na água e se acumu- * Aminoácido constituinte de proteínas.
lam no frasco. (Segundo Miller, S.L. & Orgel, L.E., The Origins Fonte: Miller, S.J., & Orgel, L.E., The Origins of Life on Earth, p. 85,
of Life on Earth, p. 84, Prentice-Hall [1974].) Prentice-Hall (1974).
Bioquímica 33

postos solúveis são aminoácidos componentes de proteínas, a. A vida provavelmente surgiu pelo desenvolvimento de
e muitos outros, como será visto, também têm importância moléculas de RNA autorreplicativas
bioquímica. Experimentos similares nos quais foram altera- Acredita-se que o sistema de autorreplicação primitivo tenha
das as condições de reação, a mistura gasosa e/ou a fonte de sido um conjunto de moléculas de ácidos nucleicos, pois,
energia resultaram na síntese de muitos outros aminoácidos. conforme visto na Seção l.3C, essas moléculas podem de-
Esses resultados, além da observação que os meteoritos de terminar a síntese de moléculas complementares a elas. O
carbono contêm muitos dos mesmos aminoácidos, sugerem RNA, assim como o DNA, pode determinar a síntese de
fortemente que essas substâncias estavam presentes em uma fita complementar. De fato, o RNA é o material here-
quantidades significativas na Terra primitiva. De fato, pare- ditário de muitos vírus (Capítulo 33). A polimerização das
ce provável que grandes quantidades de moléculas orgânicas moléculas da progênie, a princípio, teria sido um simples
tenham sido trazidas para a Terra primitiva pelos meteoritos processo químico e portanto dificilmente seria acurado. Por
e pela poeira cósmica que a bombardearam intensamente. isso, as moléculas da progênie inicial seriam apenas apro-
As bases dos ácidos nucleicos também podem ser sinte- ximadamente complementares a seus pais. Não obstante,
tizadas sob pretensas condições pré-bióticas. A adenina, em ciclos repetidos de síntese de ácidos nucleicos teriam no fi-
particular, é formada pela condensação do HCN, um com- nal exaurido o suprimento de nucleotídeos livres de forma
ponente abundante da atmosfera pré-biótica, em uma rea- que a velocidade de síntese de novas moléculas de ácidos
ção catalisada por NH3 (observe que a fórmula química da nucleicos estaria basicamente limitada à velocidade de de-
adenina é [HCN] 5) . As outras bases foram sintetizadas em gradação hidrolítica das moléculas já formadas. Suponha,
reações similares envolvendo HCN e Riº· Os açúcares fo- nesse processo, o surgimento ao acaso de uma molécula de
ram sintetizados pela polimerização do formaldeído (C8i0) ácido nucleico que, pelo dobramento, seria mais resistente
em reações catalisadas por cátions divalentes, trióxido de à degradação do que suas primas. A progênie dessa molé-
alumínio ou argila. Provavelmente não é por acaso que esses cula, ou pelo menos suas cópias mais fiéis, se propagaria às
compostos participem da composição básica das moléculas expensas das moléculas não resistentes; isto é, as moléculas
biológicas. Eles aparentemente foram as substâncias orgâni- resistentes teriam a vantagem darwiniana sobre suas com-
cas mais comuns nos tempos pré-bióticos. panheiras. Estudos teóricos sugerem que um sistema de
~

E provável que as reações pré-bióticas descritas anterior- moléculas desse tipo teria evoluído de forma a aperfeiçoar
mente tenham ocorrido ao longo de um período de centenas sua eficiência de replicação dentro de suas limitações quí-
de milhões de anos. Estima-se que os oceanos possuíssem a micas e físicas inerentes.
consistência orgânica de uma sopa rala de caldo de carne. No estágio seguinte da evolução da vida, imagina-se que
Obviamente, deve ter havido muitos locais, como zonas de os ácidos nucleicos dominantes tenham desenvolvido a ca-
marés e lagos rasos, onde a sopa pré-biótica se tomou muito pacidade de influenciar a eficiência e a exatidão de sua pró-
mais concentrada. Em tais ambientes, suas moléculas orgâni- pria replicação. Esse processo ocorre nos sistemas vi vos por
cas poderiam ter se condensado para formar, por exemplo, meio da síntese ribossômica, controlada por ácido nucleico, ~

polipeptídeos e polinucleotídeos (ácidos nucleicos). Muito de enzimas que catalisam a síntese dos ácidos nucleicos. E
possivelmente essas reações foram catalisadas pela adsorção desconhecido como essa síntese proteica teria ocorrido an-
dos reagentes a minerais como a argila. No entanto, para que tes do surgimento dos ribossomos, pois se sabe que os ácidos
a vida pudesse se formar, as velocidades de síntese desses nucleicos não interagem seletivamente com nenhum ami-
polímeros complexos teriam que ser maiores do que as ve- noácido específico. Essa dificuldade exemplifica o principal
locidades de hidrólise. Por isso, a "lagoa" na qual a vida se problema no rastreamento das vias da evolução pré-biótica.
originou deve ter sido fria em vez de morna, possivelmente Suponha o surgimento de algum tipo de sistema rudimentar
mesmo abaixo de OºC (a água do mar só congela a tempera- influenciado por ácidos nucleicos que tenha aumentado a
tura abaixo de -21ºC), uma vez que as reações de hidrólise eficiência de sua replicação. Esse sistema deve ter sido subs-
são muito retardadas a baixas temperaturas. tituído no final, provavelmente sem deixar quase nenhum
vestígio, pelo sistema ribossômico, muito mais eficiente. O
sistema hipotético de síntese de ácidos nucleicos é, portanto,
C. O surgimento dos sistemas vivos análogo aos andaimes usados na construção de um edifício.
Os sistemas vivos têm a capacidade de autorreplicação. Depois que o edifício está construído, os andaimes são remo-
A complexidade inerente a um processo desse tipo é tal vidos, não deixando nenhuma evidência física de sua existên-
que nenhum aparelho desenvolvido pelo homem sequer se cia. A maioria das afirmações nesta seção deve, portanto, ser
aproxima dessa capacidade. Existe, porém, uma probabili- considerada como suposições com base em fatos ou informa-
dade infinitesimal de que um conjunto de moléculas possa ções. Sem ter presenciado o evento, parece improvável que
simplesmente se reunir ao acaso para formar uma entidade se possa ter certeza de como a vida surgiu.
viva (diz-se que a probabilidade de uma célula viva se formar Uma hipótese plausível para a evolução dos sistemas au-
espontaneamente a partir de moléculas orgânicas simples é torreplicativos é que eles consistiram inicialmente somente de
comparável à montagem de um avião a jato por um torna- RNA, um cenário conhecido como o ''mundo do RNA ''. Essa
do passando por um depósito de lixo). Como então surgiu a ideia baseia-se em parte na observação que determinados ti-
vida? A resposta mais provável é que ela foi guiada de acor- pos de RNA exibem propriedades catalíticas (Seção 31.4A).
do com o princípio darwiniano da sobrevivência do mais apto Além disso, uma vez que os ribossomos são formados por
aplicado no nível molecular. cerca de dois terços de RNA e apenas um terço de proteína,
34 Dona ld Voet / Judith G. Voet

é plausível que os ribossomos primitivos tenham sido forma- vocou o aperfeiçoamento do processo de fotossíntese, que
dos inteiramente por RNA. Uma relação cooperativa entre passou a usar H 2 0 como agente redutor, gerando assim 0 2
RNA e proteína deve ter surgido quando esses protorribos- como subproduto. A descoberta do que parecem ser micro-
somos autorreplicativos desenvolveram a capacidade de in- -organismos fósseis semelhantes a cianobactérias em rochas
fluenciar a síntese de proteínas, que aumentou a eficiência com 3,5 bilhões de anos (Fig. 1.35) sugere que a fotossíntese
e/ou a exatidão da síntese de RNA. Segundo esse ponto de com produção de oxigênio se desenvolveu muito cedo na his-
vista, o RNA é a substância inicial da vida; a participação do tória da vida.
DNA e das proteínas foi um refinamento posterior que au- O desenvolvimento da fotossíntese com produção de
mentou a aptidão darwiniana de um sistema autorreplicativo oxigênio, porém, gerou outro problema. O acúmulo do 0 2
., . altamente reativo, que converteu, ao longo das eras, a atmos-
Jª existente.
Os tipos de sistemas descritos até agora estavam restritos fera redutora da Terra pré-biótica na moderna atmosfera
à "lagoa" primitiva. Um sistema autorreplicativo que desen- oxidante (21 o/o 0 2), interferiu com o sistema metabólico exis-
volvesse um componente mais eficiente teria que comparti- tente que havia evoluído para operar sob condições reduto-
lhar seus benefícios com todos os "habitantes" da "lagoa", ras. Então, o acúmulo de 0 2 estimulou o desenvolvimento
uma situação que minimiza a vantagem seletiva do aprimo- de aperfeiçoamentos metabólicos que protegessem os orga-
ramento. Somente por meio da compartimentalização, isto é, nismos de danos oxidativos. Mais importante ainda, levou à
geração de células, os sistemas biológicos em desenvolvimen- evolução de uma forma muito mais eficiente de metabolismo
to tirariam proveito dos benefícios de qualquer aprimora- energético do que seria possível anteriormente, a respira-
mento que tivessem conseguido. Naturalmente, a formação ção (metabolismo oxidativo ), que usa o 0 2 agora disponível
de células reuniria e protegeria qualquer sistema autorrepli- como um agente oxidante. (A disponibilidade de 0 2 atmosfé-
cativo, auxiliando, assim, a sua disseminação para além da rico é também responsável pela geração da camada estratos-
"lagoa" de origem. De fato, a importância da compartimen- férica de ozônio ( 0 3 ) que absorve a maior parte da radiação
talização é tal que pode ter precedido o desenvolvimento dos ultravioleta danosa que atinge a Terra).
sistemas autorreplicativos. A construção de limites celulares, Conforme foi resumido anteriormente, os sistemas bá-
no entanto, tem seu preço. Como será visto nos capítulos sicos, replicativo e metabólico, dos organismos modernos se
subsequentes, as células despendem muito de seu esforço desenvolveram muito cedo na história da vida na Terra. De
metabólico no transporte seletivo de substâncias através de fato, muitos procariotos modernos se assemelham a seus an-
suas membranas. Não se sabe como surgiram esses limites cestrais. O surgimento dos eucariotos, como está indicado na
nem do que foram feitos. No entanto, uma teoria plausível Seção 1.2, talvez tenha ocorrido 2 bilhões de anos depois que
sustenta que as membranas se originaram de vesículas vazias os procariotos haviam se estabelecido. Os organismos multi-
cujo exterior serviria de local de ligação para entidades como celulares são uma inovação evolutiva relativamente recente,
enzimas e cromossomos, de modo a facilitar suas funções. A só tendo surgido, de acordo com os registros fósseis, há ~700
evolução teria achatado e dobrado essas vesículas, fazendo- milhões de anos.
-as englobar essas moléculas associadas, originando assim as
células primitivas.
6 A LITERATURA BIOQUÍMICA
b. A competição por fontes de energia levou ao
A literatura bioquímica contém os resultados do trabalho
desenvolvimento de rotas metabólicas, fotossíntese e
de dezenas de milhares de cientistas ao longo de um século.
respiração
Consequentemente, um livro-texto pode relatar apenas des-
Neste estágio de desenvolvimento, as entidades descritas se
taques selecionados dessa grande quantidade de informação.
ajustam aos critérios de vida de Horowitz (replicação, catá-
Além disso, a enorme velocidade com que o conhecimento
lise e mutabilidade). As reações de polimerização por meio
em bioquímica é obtido atualmente garante que houve avan-
das quais esses organismos primitivos replicavam eram in-
ços bioquímicos significativos mesmo durante o tempo que
teiramente dependentes do ambiente no suprimento das
foi gasto para produzir o texto final deste livro. Portanto, um
unidades monoméricas necessárias e nos compostos ricos
estudante sério deve ler regularmente a literatura bioquími-
em energia, como o ATP ou, mais provavelmente, somen- , ca para complementar os detalhes de assuntos abordados (ou
te polifosfatos, que forneciam energia para essas reações. A omitidos) neste texto, assim como para se manter informado
medida que alguns desses componentes essenciais foram se
dos novos progressos na área. Esta seção apresenta algumas
tomando escassos na sopa pré-biótica, os organismos desen-
sugestões de como fazê-lo.
volveram os sistemas enzimáticos que poderiam sintetizar
essas substâncias a partir de precursores mais simples e mais
abundantes. Surgiram, como consequência, as rotas metabó- A. A realização de uma pesquisa bibliográfica
licas produtoras de energia. Contudo, esse último progresso A literatura básica em bioquímica, aquelas publicações que
somente postergou uma "crise de energia", pois essas rotas relatam os resultados da pesquisa bioquímica, é gerada atual-
consumiam outras substâncias preexistentes ricas em ener- mente a uma velocidade de dezenas de milhares de artigos
gia. A escassez crescente de todas essas substâncias estimu- por ano, publicados em mais de 200 periódicos. Assim, uma
lou o desenvolvimento da fotossíntese para tirar proveito de pessoa somente pode ler essa volumosa literatura de uma
uma fonte de energia praticamente inexaurível, o sol. Mas maneira altamente seletiva. Na verdade, a maioria dos bio-
esse processo, como foi visto na Seção 1.lAb, consome agen- químicos tende a "ler" somente aquelas publicações que
tes redutores como H 2S. A exaustão dessas substâncias pro- contenham artigos de seu interesse. "Ler" significa que eles
Bioquímica 35

examinam o conteúdo desses periódicos pelos títulos dos ar- TABELA 1.5 Alguns periódicos com publicações bioquímicas
tigos que tenham interesse suficiente para justificar um exa- Accounts of Chemical Research
me aprofundado.
Advances in Protein Chemistry and Structural Biology
E difícil aprender sobre um novo assunto começando
com a literatura básica. Para se obter uma visão geral de um Annual Review of Biochemistry
assunto bioquímico específico, é melhor primeiro ler atenta- Annual Review of Biophysics
mente revisões apropriadas e monografias (os suplementos Annual Review of Cell and Developmental Biology
atualizados deste livro-texto publicado anualmente, e que
estão disponíveis em John Wiley & Sons, também podem ser Annual Review of Genetics
úteis). Elas em geral apresentam uma sinopse dos resulta- Annual Review of Genomics and Human Genetics
dos recentes na área (quando foram publicados), frequente- Annual Review of Immunology
mente a partir do ponto de vista de um autor em particular.
Annual Review of Medicine
Existem basicamente dois tipos de revisão: aquelas que são
essencialmente uma compilação dos fatos e aquelas que ava- Annual Review of Microbiology
liam de forma crítica os dados e tentam colocá-los em um Annual Review of Physiology
contexto mais amplo. Este último tipo é naturalmente o mais Annual Review of Plant Biology
valioso, em particular para um principiante. A maioria das
Biochemical Journal*
revisões é publicada em livros ou periódicos especializados,
embora muitos periódicos que publicam artigos científicos Biochemistry and molecular Biology Education*
também ocasionalmente contenham revisões. A Tabela 1.5 Biochimica et Biophysica Acta*
apresenta uma lista de muitas das publicações bioquímicas BioEssays
importantes que contêm revisões.
Monografias e revisões relevantes em determinado as- Cell*
sunto são encontradas facilmente pelo uso de catálogos de Chemistry and Biology
bibliotecas e em índices por assunto das principais publica- Criticai Reviews in Biochemistry and Molecular Biology
ções de revisões (as referências no final dos capítulos deste Criticai Reviews in Eukaryotic Gene Expression
livro também podem ser úteis). A lista de referências é uma
parte importante das revisões. Ela em geral tem um retros- Current Biology
pecto no mesmo campo ou em campos relacionados, além de Current Opinion in Biotechnology
indicação dos trabalhos mais significativos em determinada Current Opinion in Cell Biology
área. Preste atenção nos autores desses artigos e nos perió-
Current Opinion in Chemical Biology
dicos nos quais costumam publicar. Quando a maioria das
revisões recentes e dos artigos científicos que você encontrar Current Opinion in Genetics and Development
referir o mesmo grupo de artigos anteriores, você pode con- Current Opinion in Structural Biology
fiar que sua busca por esses artigos está basicamente comple- Essays in Biochemistry
ta. Finalmente, para se familiarizar com os últimos avanços
na área, procure a literatura básica recente sobre o trabalho FASEE Journal*
de seus grupos de pesquisa mais ativos e visite os sítios desses Journal of Biological Chemistry*
grupos na internet. Methods in Enzymology
As bibliotecas acadêmicas são assinantes dos serviços de
Molecular Cell*
busca de referências com base na internet, como por exem-
plo MedLine, SciFinder Scholar, BIOSIS Previews Web of Nature*
Science. O MedLine também pode ser consultado sem cus- Nature Reviews Molecular Cell Biology
to pelo Centro Nacional de Infarmação em Biotecnologia Nature Structural & Molecular Biology*
(NCBI) (www.ncbi.n lm.nih.gov/PubMed). O Google
Proceedings of the National Academy of Sciences USA*
Acadêmico (http://scholar.google.com) é um mecanismo de
busca disponível gratuitamente que indexa a literatura eru- Progress in Biophysics and Molecular Biology
dita sobre muitas disciplinas. Esses serviços de pesquisa bi- Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology
bliográfica, quando utilizados de forma adequada, tomam-se Protein Science*
ferramentas altamente eficientes na localização de informa-
Quarterly Reviews of Biophysics
ções específicas. A Wikipedia (http://wikipedia.org/) é tam-
bém uma fonte importante (valiosa) e facilmente disponível. Science*
Scientific American
B. A leitura de um artigo científico Structure*
Todas as publicações de pesquisa apresentam praticamente a Trends in Biochemical Sciences
mesma estrutura de seis partes. Normalmente, possuem um Trends in Cell Biology
pequeno resumo ou sumário antecedendo o corpo do tra-
balho. O trabalho então continua com uma introdução, que Trends in Genetics
em geral contém uma breve sinopse do campo da pesquisa, * Periódicos que publicam principalmente artigos científicos.
36 Dona ld Voet / Judith G. Voet

os motivos pelos quais o pesquisador a realizou e uma ante- erro, principalmente no que se refere à interpretação dos da-
cipação das suas conclusões. A seção seguinte contém uma dos experimentais e às suas especulações.
descrição dos métodos utilizados na obtenção dos dados da Se o título de um trabalho lhe parece interessante, então
pesquisa. Esta é seguida pela apresentação dos resultados da o interesse deve ser confirmado pela leitura do resumo. Na
investigação e por uma seção de discussão na qual as conclu- maioria das vezes, mesmo naqueles artigos que contêm infor-
sões do pesquisador são contextualizadas e comparadas com mações úteis, não é necessário ler mais do que isso. Se você
outros trabalhos sobre o mesmo campo de pesquisa. No final, optar por continuar, provavelmente a melhor forma de fazê-
existe uma lista de referências. Os artigos em sua maioria são -lo é ler a introdução para que possa obter uma visão geral do
"artigos completos", que podem ter dezenas de páginas. No trabalho. Nesse ponto, os cientistas mais experientes fazem
entanto, muitas revistas também contêm "comunicações" ou uma rápida leitura da seção das conclusões para entenderem
"cartas", que normalmente possuem poucas páginas e com melhor o que foi descoberto. Se a continuação da leitura pa-
frequência são publicadas com maior rapidez do que os "arti- recer importante, eles vão para a seção dos resultados e in-
gos completos". Muitos artigos possuem material suplemen- vestigam se os dados experimentais sustentam as conclusões.
tar disponível na página do periódico na internet. Normalmente, a seção dos métodos (que, na maioria dos pe-
A maneira como um artigo científico deve ser lido não é riódicos é, na maior parte, relegada aos materiais suplemen-
óbvia. Talvez a pior forma de leitura seja ler do princípio ao tares) não é lida em detalhes, pois é escrita de uma forma
fim como se fosse uma espécie de história curta. Na verdade, muito condensada que só é completamente inteligível pelos
a maioria dos pesquisadores raramente lê todo um artigo por especialistas na área. Contudo, para esses especialistas, a se-
completo. Isso simplesmente demora muito e raramente é ção dos métodos pode ser a parte mais valiosa do trabalho.
produtivo. Em vez disso, eles selecionam partes de um artigo Neste ponto, o que fazer a seguir, se há algo para ser feito,
e só se aprofundam ao perceberem que a leitura será provei- é determinado pelas dúvidas remanescentes. Em muitos ca-
tosa. A frase a seguir descreve uma maneira razoavelmente sos, essas dúvidas só são eliminadas pela leitura de algumas
eficaz de fazer a leitura de um artigo científico. Deve ser um referências dadas no trabalho. De qualquer maneira, a não
processo ativo no qual o leitor está constantemente avaliando ser que você pretenda repetir uma parte ou todo o trabalho
o que está lendo e relacionando ao seu conhecimento prévio. descrito, raramente é necessário ler um artigo em detalhes.
Além disso, o leitor deve manter um ceticismo saudável, já Você vai descobrir que fazer isso de uma forma crítica, mes-
que em qualquer artigo existe uma possibilidade razoável de mo com um artigo de tamanho médio, demora muitas horas.

RESUMO DO CAPÍTULO
1 Procariotos Procariotos são organismos unicelulares que não ma eucariótico consiste em um citoesqueleto cujos componentes in-
possuem membrana nuclear. A maioria dos procariotos tem ana- cluem microtúbulos, que é composto de tubulina; microfilamentos,
tomia similar: uma parede celular rígida envolvendo a membrana que são compostos de actina; e filamentos intermediários, que são
celular que envolve o citoplasma. O único cromossomo da célula é compostos de diferentes proteínas em diferentes tipos de células. Os
condensado, formando um nucleoide. A bactéria Escherichia coli, o eucariotos têm uma enorme diversidade morfológica tanto no nível
organismo melhor caracterizado bioquímicamente, é um procarioto celular como de organismo. Eles têm sido classificados em quatro
típico. Os procariotos necessitam de uma grande variedade de nu- reinos: Protista, Plantae, Pungi e Animalia. O padrão de desenvol-
trientes. Os quimiolitotróficos metabolizam substâncias inorgânicas. vimento embrionário em organismos multicelulares espelha parcial-
Os fotolitotróficos, como as cianobactérias, realizam a fotossíntese. mente a sua história evolutiva.
Os heterotróficos, que obtêm energia pela oxidação de substâncias 3 Bioquímica: Prólogo Os organismos têm uma estrutura hierár-
orgânicas, são classificados como aeróbios, se utilizam o oxigênio quica que se estende até o nível submolecular. Eles contêm três tipos
neste processo, ou anaeróbios, se utilizam outros agentes oxidantes básicos de macromoléculas: as proteínas, os ácidos nucleicos e os po-
como aceptor terminal de elétrons. O esquema tradicional de classi- lissacarídeos, assim como os lipídeos, e cada um deles é farmado de
ficação procariótica é arbitrário, por causa da escassa correlação en- apenas poucas, mas diferentes espécies de unidades monoméricas.
tre a forma e o metabolismo das bactérias. Entretanto, com a com- As macromoléculas e os arranjos supramoleculares dão origem às
paração de sequências de ácidos nucleicos e proteínas, foi possível suas formas biológicas nativas por meio de um processo de auto-or-
estabelecer que todas as formas de vida podem ser classificadas em ganização. Os mecanismos farmadores de estruturas biológicas mais
três domínios de descendência evolutiva: Archaea (as células arque- complexas são ainda bem desconhecidos. Os processos metabólicos
ais), Bacteria (eubactéria) e Eukarya (eucariotos). são organizados em uma série de rotas firmemente reguladas. Elas
2 Eucariotos As células eucarióticas, que são muitíssimo mais são classificadas como catabólicas ou anabólicas, dependendo se
complexas que as procarióticas, são caracterizadas por possuírem participam ou não de processos de degradação ou biossintéticos. A
várias organelas envoltas por membranas. As mais evidentes delas "moeda" de energia comum desses processos é o ATP, cuja síntese
são o núcleo, que contém os cromossomos, e o nucléolo, onde são é o produto de muitas rotas catabólicas e cuja hidrólise impulsiona a
produzidos os ribossomos. O retículo endoplasmático é o local da maior parte das rotas anabólicas. O DNA, a molécula hereditária da
síntese de lipídeos e proteínas destinados à secreção. O processa- célula, possui a infarmação genética em suas sequências de bases. A
mento desses produtos ocorre no aparelho de Golgi. Acredita-se sequência de bases complementares de suas duas fitas permite que
que a mitocôndria, onde acontece o metabolismo oxidativo, evoluiu elas atuem como um molde para a sua própria replicação e também
de uma relação simbiótica entre uma bactéria anaeróbia e um eu- para a síntese de fitas complementares de RNA. Os ribossomos sin-
carioto primitivo. O cloroplasta, local da fotossíntese nas plantas, tetizam as proteínas ligando os aminoácidos da forma especificada
deve ter evoluído de maneira semelhante a partir de uma cianobac- pela sequência de bases dos RNAs.
téria. Fazem parte das organelas eucarióticas também o lisossomo, 4 Genética: Uma revisão As células eucarióticas contêm um
cuja função é a digestão intracelular, e o peroxissomo, que contém número característico de pares homólogos de cromossomos. Na
enzimas oxidativas (incluindo aquelas que geram H 20 2). O citoplas- mitose, cada célula-filha recebe uma cópia de cada um desses cro-
Bioquímica 37

mossomos, mas na meiose cada gameta resultante recebe somente cadeias estáveis praticamente infinitas de átomos covalentemente
um membro de cada par de homólogo. A fertilização é a fusão de ligados. Estima-se que as reações entre as moléculas na atmosfera
dois gametas haploides para formar um zigoto diploide. As leis de reduzida da Terra na era pré-biótica foram as responsáveis por for-
Mendel quanto à herança definem que formas alternativas de carac- mar os precursores orgânicos simples, a partir dos quais as molé-
terísticas de linhagens puras são determinadas por diferentes alelos culas biológicas se desenvolveram. Assim, nas reações que podem
do mesmo gene. Os alelos podem ser dominantes, codominantes ou ter sido catalisadas por minerais tais como a argila, foram formados
recessivos, dependendo do fenótipo do heterozigoto. Genes diferen- os polipeptídeos e os polinucleotídeos. Estes se desenvolveram sob
tes se agregam independentemente, a menos que estejam localiza- a pressão da competição pelas unidades monoméricas disponíveis.
dos no mesmo cromossomo. A ligação entre genes no mesmo cro- Desse modo, um ácido nucleico, mais provavelmente o RNA, desen-
mossomo, entretanto, nunca é completa, por causa da recombinação volveu a capacidade de atuar em sua própria replicação, conduzindo
entre cromossomos homólogos durante a meiose. A proporção na à síntese de proteínas que catalisam a síntese de polinucleotídeos.
qual os genes se recombinam varia com a sua separação física, pois a Esse processo foi seguido pelo desenvolvimento de membranas
recombinação sempre ocorre ao acaso. Isso permite a construção de celulares, que formaram as entidades vivas. Subsequentemente, os
mapas genéticos. Pelo teste de complementação, pode-se determi- processos metabólicos desenvolveram-se para sintetizar intermediá-
nar se duas características recessivas são alelas ou não. A natureza rios necessários a partir de precursores disponíveis, assim como os
dos genes é bem-definida pelo ditado "um gene - um polipeptídeo" . compostos de alta energia necessária para iniciar essas reações. Da
Variedades mutantes de bacteriófagos são detectadas por sua capa- mesma forma, a fotossíntese e a respiração surgiram em resposta à
cidade de matar seu hospedeiro sob diferentes condições restritivas. pressão ambiental trazida pelas ações de organismos vivos.
A análise da estrutura da região do rll do cromossomo do bacte- 6 A literatura bioquímica O considerável volume e a alta velo-
riófago T4 revelou que a recombinação pode ocorrer dentro de um cidade com que surgem novos artigos exigem uma leitura constante
gene, que genes são estruturas lineares sem ramificações e que a da literatura na área, para alcançar uma atualização completa de
unidade de mutação é de ~ 1 par de bases. todos os aspectos da bioquímica. A revisão literária fornece uma
5 A origem da vida A vida é baseada em carbono, pois somente entrée em uma dada especialidade. Permanecer em dia em qualquer
o carbono, dentre todos os elementos da tabela periódica, tem uma área, entretanto, requer um estudo regular da literatura básica. Essa
química suficientemente complexa unida à capacidade de formar deve ser lida de maneira crítica, mas altamente seletiva.

REFERENCIAS
Procariotos e eucariotos Harbor Laboratory (2007). [Uma série de autobiografias cien-
Becker, W.M., Kleinsmith, L.J., Hardin, J., and Bertoni, G.P., The tíficas escritas por muitos dos pioneiros da biologia molecular.]
World of the Cell (7th ed.), Benjamin Cummings (2009). [Um Hartwell, L.H., Hood, L., Goldberg, M.L. , Reynolds, A .E. , Silver,
texto de biologia celular muito agradável.] L.M. , and Veres, R.C., Genetics. From Genes to Genomes (3rd
Boone, D.R. and Castenholz, R.W. (Eds.), Bergey's Manual ofSys- ed.), Chapters 1-5, McGraw-Hill (2008).
tematic Bacteriology (2nd ed.), Vol. I; and Brenner, D .J., Kreig, Snustad, D.P. and Simmons, M.J. , Principies of Genetics (5th ed.),
N.R., and Staley, J.T. (Eds.) , Bergey's Manual of Systematic Wiley (2009).
Bacteriology (2nd ed.), Vols. IIA, B , & C, Springer (2001 and
2005). Origem da vida
Campbell, N.A. and Reece, J.B. , Biology (8th ed.) Benjamin Berstein, M.P., Sandford, S.A., and Allamandola, S.A., Life's far-
Cummings (2008). [Um texto abrangente de biologia geral. flung raw materials, Sei. Am. 281(1), 42-49 (1999). [Uma dis-
Existem vários outros com conteúdo semelhante.] cussão acerca da possibilidade de que as moléculas orgânicas
Frieden, E., The chemical elements of life, Sei. Am. 227(1) , 52-60 complexas que forneceram a matéria inicial para a vida foram
(1972). entregues à Terra primitiva por meteoritos e poeira.]
Goodsell, D.S., The Machinery of Life, Springer-Verlag (1998). Brack, A. (Ed.), The Molecular Origins of Life, Cambridge
JS11rgensen, B .B. and D'Hondt, S., A starving majority beneath the University Press (1998).
sea floor, Science 314, 932-934 (2006). [Discute os procariotos Doolittle, F.W., Phylogenetic classification and the universal tree,
que vivem em rochas profundas abaixo da superfície da Terra.] Science 284, 2124-2128 (1999). [Uma discussão de como a trans-
Madigan, M.T. , Martinko, J.M. , Dunlap, P.V., and Clark, D .P., ferência lateral de genes dentre as várias formas de vida pode
Brock Biology of Microorganisms (12th ed.), Pearson Benjamin ter confundido a habilidade para elucidar a "árvore universal da
Cummings (2009). vida" se, de fato, tal árvore é um modelo razoável da história da
Margulis, L. and Schwartz, K.V. , Five Kingdoms. An Illustrated vida.]
Guide to the Phyla of Life on Earth (3rd ed.), Freeman (1998). Dyson, F., Origins of Life, Cambridge University Press (1985). [Um
Pace, N.R ., A molecular view of microbial diversity and the bios- discurso filosófico fascinante sobre as teorias da origem vida por
um físico teórico-respeitado.]
phere, Science 276, 734-740 (1997).
Fraústo da Silva, J.R. and Williams, R.J.P. , The Biological Chemistry
Whitman, W.B., Coleman, D .C., and Wiebe, W.J., Prokaryotes: The
unseen majority, Proc. Natl. Acad. Sei. 95, 6578-6583 (1998). of the Elements, Oxford (1991).
[Número estimado de procariotos na Terra (4-6 X 1030 células) e Gesteland, R.F. , Cech, T.R., and Atkins, J.F. (Eds.) , The RNA
a massa agregada de seu carbono celular (3,5-5,5 X 1014 kg, que World (3rd ed.), Chapters 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory
por sua vez compreende 66-100°/o do carbono em plantas).] Press (2006).
Herdewijn, P. and Kisakürek, M.V. (Eds.), Origin of Life. Chemical
Genética Approach, Wiley-VCH (2008).
benzer, S., The fine structure of the gene, Sei. Am. 206(1), 70-84 Knoll, A .H., The early evolution of eukaryotes: A geological pers-
(1962). pective, Science 256, 622-627 (1992).
Cairns, J., Stent, G.S., and Watson, J. (Eds.), Phage and the Origins Lahav, N., Biogenesis. Theories of Life's Origins, Oxford University
of Molecular Biology, The Centennial Edition, Cold Spring Press (1999).
38 Dona ld Voet / Judith G. Voet

Lazcano, A. and Miller, S.L.,The origin and early evolution of life: Mojzsis, S.J., Arrhenius, G. , McKeegan, K.D., Harrison, T .M. ,
Prebiotic chemistry, the pre-RNA world, and time, Cell 85, Nutman, A .P. , and Friend, C.R.L. , Evidence for life on Earth be-
793-798 (1996); Bada, J.L. and Lazcano, A. , Prebiotic soup- fore 3,800 million years ago, Nature 384, 55-57 (1996).
Revisiting the Miller experiment, Science 300, 745-746 (2003); Orgel, L.E. , The origin of life-a review of facts and speculations,
and Johnson, A.P. , Cleaves, H.J., Dworkin, J.P., Glavin, D.P., Trends Biachem. Sei. 23, 491-495 (1998). [Revisa as hipóteses
Lazcano, A., and Bada, J .L., The Miller volcanic spark discharge amplamente aceitas sobre a origem da vida e discute as evidên-
experiment, Science 322, 404 (2008). cias que apóiam as dificuldades.)
Lifson, S., On the crucial stages in the origin of animate matter, J. Schopf, J .W., Fossil evidence of Archean life, Philos. Trans. R. Soe.
Mol. E vol. 44, 1-8 (1997). B 361, 869-885 (2006).
Lurquin, P.F. , The Origins of Life and the Universe, Columbia Shapiro, R., Origins. A Skeptic's Guide to the Creation of Life on
University Press (2003). Earth, Summit Books (1986). [Uma crítica incisiva e divertida so-
McNichol, J. , Primordial soup, fool's gold, and spontaneous gene- bre as teorias predominantes da origem da vida.)
ration, Biachem. Mol. Biol. Ed. 36, 255-261 (2008). [Uma intro-
dução curta sobre a teoria, a história e a filosofia da procura pela
origem da vida.]

PROBLEMAS
,
E muito difícil aprender bem alguma coisa sem participar dela de no Problema 1) Quantas moléculas de glicose uma célula de E. coli
alguma forma. Por isso, os problemas no final dos capítulos cons- contém se a concentração interna de glicose é de 1 mM?
tituem uma parte importante deste livro. Poucos problemas são do 5. O DNA do cromossomo de E. coli, quando estendido, mede
tipo "decoreba" . A maior parte deles foi projetada para fazê-lo pen- 1,6 mm de comprimento e 20 A de diâmetro. Que fração da célula
sar e proporcionar visões não discutidas no texto. Suas dificuldades é ocupada por seu DNA? (As dimensões da E. coli são dadas no
vão desde aquelas que requerem somente alguns momentos de re- Problema 1) Uma célula humana tem 700 vezes mais DNA do que
flexão até aquelas que exigirão uma hora ou mais de concentração a E. coli, e este DNA é esférico, com um diâmetro de 20 µm. Que
para serem resolvidas. Os problemas mais difíceis estão indicados fração da célula humana é ocupada por seu DNA?
por um asterisco (*).As respostas dos problemas estão detalhadas
no Solutions Manual to Accompany Biochemistry (4ª Ed.) de Donald *6. Foi descoberto um novo planeta que tem aproximadamente a
,
mesma órbita ao redor do Sol do que a Terra, mas não é visível a
Voet e Judith G. Voet. E claro que você deve se esforçar ao máximo
partir da Terra porque está sempre do lado oposto do Sol. Sondas in-
para resolver os problemas antes de consultar o Solutions Manual.
terplanetárias já estabeleceram que esse planeta possui uma atmos-
1. Sob condições ótimas para o crescimento, uma célula de E. coli fera significativa. A National Aeronautics and Space Administration
se divide a cada 20 minutos aproximadamente. Se nenhuma célula (NASA) dos Estados Unidos está se preparando para lançar uma
morrer, quanto tempo levará uma única célula de E. coli para al- nova sonda não tripulada que pousará na superfície do planeta.
cançar, sob condições ótimas em um frasco de cultura de 10 L, sua Delineie um experimento simples para testar a presença de vida na
densidade celular máxima de 1010 células? mL- 1 (uma cultura "sa- superfície do planeta (suponha que as formas de vida, se houver al-
turada")? Supondo que a condição ótima possa ser mantida, quan- guma, sejam provavelmente microrganismos e portanto incapazes de
to tempo leva para que o volume total de células alcance 1 km3? se aproximar das câmeras de vídeo da nave e dizer "alô").
(Presuma que uma célula de E. coli tem a forma de um cilindro com 7. Tem sido sugerido que uma guerra nuclear cobriria a Terra
2 µm de comprimento e 1 µm de diâmetro.) com nuvens de poeira e fumaça, que toda a superfície do planeta
2. Sem olhar para elas, faça um desenho esquemático de uma cé- ficaria totalmente escura e, por consequência, intensamente fria
lula bacteriana e de uma célula animal. Quais são as funções de suas (bem abaixo de OºC) por vários anos (o chamado inverno nuclear).
diferentes organelas? Quantas linhas de descendência deve ter uma Cogita-se que, nesse caso, os seres eucarióticos morreriam e as bac-
célula animal típica? térias herdariam a Terra. Por quê?
3. Compare a relação superfície-volume de uma célula de E. coli 8. Um dos métodos que Mendel usou para testar suas leis é co-
(suas dimensões são dadas no Problema 1) e de uma célula eucarió- nhecido como retrocruzamento. Segundo esse método, os F 1 híbri-
tica esférica com 20 µm de diâmetro. De que forma essa diferença dos são cruzados com seus pais recessivos. Qual é a distribuição
afeta o estilo de vida desses dois tipos celulares? As células com bor- esperada da progênie e quais são seus fenótipos em um retrocruza-
da em escova do epitélio intestinal possuem microvilosidades que mento envolvendo ervilhas com sementes de cores diferentes? Qual
revestem o intestino, cuja função é a de aumentar a capacidade de é a distribuição esperada para boca-de-leão com flores de diferentes
absorção de nutrientes. De que forma a relação superfície-volume cores (use o fenótipo parental branco nesse retrocruzamento)?
desta célula eucariótica muda ao se considerar que 20% de sua área 9. A disputa de paternidade de um filho é, com frequência, deci-
de superfície estão cobertos por microvilosidades cilíndricas com dida com base nos testes sanguíneos. Os grupos sanguíneos M , N e
0,1 µm de diâmetro, 1 µm de comprimento, e ocorrem em uma ma- MN (Seção 12.3E) resultam de dois alelos, L M e L N; o grupo sanguí-
triz quadrada com uma distância de 0,2 µm do centro de uma até o neo Rh + resulta do alelo dominante R . Cada grupo de alelos está em
centro da outra? um cromossomo diferente, assim como os alelos responsáveis pelo
4. Muitas proteínas em E. coli estão normalmente presentes na grupo sanguíneo ABO. A tabela abaixo mostra os tipos sanguíneos
concentração de duas moléculas por célula. Qual é a concentração de três crianças, de sua mãe e de possíveis pais. Indique, onde for
molar de uma dessas proteínas? (As dimensões da E. colisão dadas possível, a paternidade de cada filho e justifique sua resposta.
Bioquímica 39

Filho 1 B M Rh- fotossíntese. Especule quanto à composição da atmosfera terrestre


na época do surgimento desses organismos.
Filho 2 B MN Rh+
12. Explore sua biblioteca de bioquímica (ela pode estar disfar-
Filho 3 AB MN Rh+ çada de biblioteca de biologia, química ou medicina). Localize os
Mãe B M Rh+ periódicos atuais, os periódicos encadernados e os livros. Pesquise
Rh+ o conteúdo de um periódico bioquímico atual importante, como
Homeml B MN
Biochemistry, Cell ou Proceedings of the National Academy of
Homem2 AB N Rh+ Sciences, e escolha um título de seu interesse. Examine o artigo cor-
respondente e observe sua organização. Leia também um dos arti-
10. A forma mais comum de cegueira para cores, o daltonismo, gos do último volume do Annual Review of Biochemistry.
acomete quase que somente o sexo masculino. Quais são os genóti- 13. Procure no MedLine as publicações dos últimos 5 anos de seu
pos e fenótipos dos filhos e dos netos de um homem daltônico e de cientista biomédico favorito. Esta pessoa pode ser um ganhador re-
uma mulher sem história genética de daltonismo? Suponha que os cente do Prêmio Nobel ou alguém de sua universidade. Note que,
filhos se casem com indivíduos sem história de daltonismo. mesmo que o nome da pessoa que você escolheu seja pouco comum,
11. Supõe-se que as bactérias fotossintéticas verdes e púrpuras provavelmente outras pessoas com o mesmo nome estarão incluídas
sejam semelhantes aos primeiros organismos capazes de realizar a na sua lista inicial.
.,..
Soluções Aquosas
CAPITULO 2

1 Propriedades da água 1 PROPRIEDADES DA ÁGUA


A. Estrutura e interações
B. A água como solvente As propriedades físicas e de solvatação peculiares da água
C. Mobilidade dos prótons vêm, em grande parte, da sua extraordinária coesão interna,
, quando comparada a qualquer outro líquido. Nesta seção, a
2 Acidos, bases e tampões base física desse fenômeno será explorada.
A. Reações acidobásicas
B. Tampões
,
C. Acidos polipróticos A. Estrutura e interações
A molécula de H 20 tem uma geometria angular,
o
na qual o
comprimento da ligação 0-H é de 0,958 A e o ângulo entre
A vida, como é conhecida pelos seres humanos, ocorre em so- as ligações H-0-H é de 104,5º (Fig. 2.1). A grande diferen-
luções aquosas. A vida na Terra, aparentemente, surgiu em ça de eletronegatividade entre o H e o O dá à ligação 0-H
um mar primitivo (Seção l.5B) e, como registros fósseis mos- um caráter iônico de 33 o/o, indicado pelo momento dipolar
tram, não se aventurou para a terra firme até tempos relati- da água de 1,85 unidades debye. Claramente, a água é uma
vamente recentes. Mesmo os organismos que desenvolveram molécula altamente polar, um fenômeno que tem enormes
a capacidade de viver fora da água carregam o oceano con- implicações para os sistemas vivos.
sigo: a composição dos seus fluidos intracelulares e extrace-
lulares é notavelmente semelhante à água do mar. Isso acon- a. As moléculas de água associam-se por melo de ligações
tece mesmo com os organismos que vivem em ambientes tão de hidrogênio
raros como lagos saturados de sal, fontes de águas termais ou As atrações eletrostáticas entre os dipolos de duas moléculas
ácidas e até mesmo petróleo. de água tendem a orientá-las entre si de tal maneira que a li-
A água é tão familiar que geralmente é considerada como gação 0-H de uma molécula de água volta-se para a nuvem
um líquido insípido de características simples. Entretanto, a dopar de elétrons não compartilhado do átomo de oxigênio da
água é um líquido com reatividade química tão extraordinária outra molécula de água. Isto resulta em uma associação inter-
que, se os químicos a tivessem descoberto recentemente, sem
dúvida, seria classificada como uma substância incomum. Envelope de
As propriedades da água têm um significado biológico van der Waals Raio de
profundo. As estruturas das moléculas nas quais a vida se fun- van der Waals do O
damenta -proteínas, ácidos nucleicos, lipídeos e carboidratos = 1 4Á
' Distância da ligação
complexos -, são consequência direta de suas interações com covalente 0-H
o ambiente aquoso. A combinação das propriedades de um Raio de = o,958 A
solvente que seja responsável pelas associações intramolecu- van der Waals do H
lares e intermoleculares dessas substâncias é peculiar à água; = 12Á
'
quanto a isso, nenhum outro solvente pode assemelhar-se a 1
ela. Mesmo que seja plausível a hipótese de que a vida pudes- 1
1

se ser fundamentada em outros polímeros orgânicos, é total- \


\
\
mente inconcebível que a organização estrutural complexa e \
\
\
a química dos seres vivos pudessem existir em qualquer ou-
tro meio que não o meio aquoso. De fato, observações dire- 104,5 o
tas da superfície de Marte, o único outro planeta do sistema
solar cuja temperatura é compatível com a vida, indicaram
que atualmente ele é desprovido tanto de água como de vida.
As estruturas e os processos biológicos só podem ser
compreendidos considerando-se as propriedades físicas e
químicas da água. Por isso, este capítulo será iniciado com FIGURA 2.1 Estrutura da molécula de água. Este desenho
uma discussão das propriedades da água, tanto propriedades representa o envelope de van der Waals da molécula (em que
moleculares como as propriedades como solvente. Na seção os componentes atrativos das interações de van der Waals equi-
seguinte, será revisto o comportamento químico da água, isto libram os componentes de repulsão). O modelo do esqueleto da
é, a natureza dos ácidos e bases aquosos. molécula indica suas ligações covalentes.
Bioquímica 41

molecular direcionada conhecida como ligação de hidrogênio ••


(Fig. 2.2), uma interação decisiva tanto para as propriedades ••
da própria água como para o seu papel como solvente bio-
químico. De uma maneira geral, uma ligação de hidrogênio
pode ser representada como D-H·· ·A, onde D-H é um "gru-
H• · --H ••• •• •'~H
po doador" fracamente ácido, como os grupos N-H ou 0-H,
e A está carregando um elemento despareado, sendo assim um •• H
"átomo aceptor" fracamente básico, como um N ou O. Desta
forma, uma ligação de hidrogênio é melhor representada FIGURA 2.2 Ligação de hidrogênio entre duas moléculas de
como s- D-H5+· • ·5- A, onde a separação de cargas na ligação água. A força desta interação é máxima quando a ligação cova-
D-H provém da grande eletronegatividade de D em relação lente 0- H de uma molécula aponta diretamente para a nuvem
eletrônica não compartilhada do átomo de oxigênio com o qual
a H. A necessidade peculiar que a ligação de hidrogênio tem
ela se liga por ligações de hidrogênio.
por um átomo central de hidrogênio em vez de qualquer outro
átomo deve-se ao pequeno tamanho do átomo de hidrogênio:
somente o núcleo do hidrogênio pode aproximar-se da nuvem
do par de elétrons de um átomo aceptor a uma distância próxi-
ma o suficiente para possibilitar uma associação eletrostática
que tenha uma magnitude significativa. Mais ainda, medições
por difração de raios X revelaram que as ligações de hidrogê- 1

nio têm um caráter parcialmente covalente ( ~ lOo/o ). 1

As ligações de hidrogênio são estrutura]mente caracteri-


zadas por uma distância H· ··A que é pelo menos 0,5 Aº mais
curta que o calculado para uma distância de van der Waals (a
distância de maior aproximação entre dois átomos que não es-
tejam ligados). Na água, por exemplo,
o
a distância
o
da ligação
O· ··H é aproximadamente 1,8 A, contra os 2,6 A da distância
de van der Waals correspondente. A energia de uma ligação de 1
1
hidrogênio ( ~20 kJ · mol- 1 na água) é pequena quando compa- 1
1

rada às energias das ligações covalentes (p. ex., 460 kJ · mol- 1


para uma ligação covalente 0-H). Contudo, muitas moléculas
biológicas têm um número tão grande de grupos ligados por :Y
ligações de hidrogênio que essas ligações são de extrema im-
portância na determinação das suas estruturas tridimensionais
B :
e das associações intermoleculares que fazem. A ligação de hi-
drogênio será posteriormente discutida na Seção 8.4B.
FIGURA 2.3 Estrutura do gelo. O arranjo tetraédrico das mo-
b. As propriedades físicas do gelo e da água líquida são, em léculas de água é uma consequência da disposição aproximada-
grande parte, consequência de ligações de hidrogênio mente tetraédrica de cada um dos orbitais hibridizados em sp3 e
intermoleculares não compartilhados do átomo de oxigênio (Fig. 2.2). Os átomos
A estrutura do gelo é um bom exemplo do poder cumulati- de oxigênio e de hidrogênio estão representados, respectiva-
vo das ligações de hidrogênio. Estudos de difração de raios mente, por esferas vermelhas e brancas, e as ligações de hidro-
X e de difração de nêutrons mostraram que as moléculas de gênio estão indicadas por linhas tracejadas. Observe a estrutura
água no gelo estão organizadas em uma estrutura aberta in- aberta que dá ao gelo uma densidade menor do que a da água lí-
comum. Cada uma das moléculas de água está rodeada, em quida. (Segundo Pauling, L., The Nature of the Chemical Bound
um arranjo tetraédrico, por quatro vizinhas mais próximas, [3rd ed.),p. 465, Comell University Press, EUA [1960).)
às quais está ligada por ligações de hidrogênio (Fig. 2.3). A
molécula de H 20 central é a "doadora" para duas dessas li- temperatura de sua densidade máxima). A reflexão da luz solar
gações de hidrogênio e a "aceptora" das outras duas ligações. pela superfície desses oceanos congelados e o efeito destes no
Uma consequência dessa estrutura aberta é que a água é uma esfriamento da atmosfera fariam com que a temperatura das
das poucas substâncias que se expande ao congelar (a OºC, a áreas de terra firme fosse muito mais fria do que atua]mente;
água líquida tem uma densidade de 1,00 f, · mL- 1, enquanto o isto é, a Terra estaria em uma idade do gelo permanente. Além
gelo tem uma densidade de 0,92 g · mL- ). disso, uma vez que, aparentemente, a vida evoluiu a partir dos
A expansão da água durante o congelamento tem conse- oceanos, parece muito improvável que a vida pudesse ter se de-
quências de extrema importância para a vida na Terra. Caso senvolvido caso o gelo se contraísse ao congelar.
a água se contraísse ao congelar, tomando-se mais em vez de Embora a fusão do gelo seja uma indicação do colapso co-
menos densa, o gelo ficaria submerso no fundo dos lagos e operativo dessa estrutura mantida por ligações de hidrogênio,
oceanos em vez de flutuar. Esse gelo ficaria então isolado do as ligações de hidrogênio entre as moléculas de água continuam
sol, de modo que os oceanos, com exceção de uma fina camada existindo no estado líquido. O calor de sublimação do gelo a
superficial de água líquida em clima ameno, estariam perma- OºC é 46,9 kJ · mol- 1• Ainda assim, apenas aproximadamente
nentemente congelados (a grandes profundidades, mesmo nos 6 kJ · mol- 1 desse montante pode ser atribuído à energia ciné-
oceanos tropicais, a temperatura da água fica próxima a 4º C, a tica das moléculas de água no estado gasoso. Os 41 kJ · mol- 1
42 Dona ld Voet /Judith G. Voet

restantes devem então representar a energia necessária para


romper as interações por ligações de hidrogênio que mantêm o
cristal de gelo coeso. O calor de fusão do gelo (6,0 kJ · mol- 1) é
de cerca de ~ 15 o/o do total da energia necessária para romper a
estrutura do gelo. A água no estado líquido, portanto, tem ape-
nas cerca de 15% menos ligações de hidrogênio do que o gelo a
r!C. De fato, o ponto de ebulição da água é 264ºC mais alto do
que o do metano ( CH4), uma substância com uma massa mole-
cular muito próxima à da água, mas que não é capaz de formar
ligações de hidrogênio (na ausência de associações intermole-
culares, substâncias com a mesma massa molecular devem ter
pontos de ebulição semelhantes). Esse elevado ponto de fusão
é um reflexo da extraordinária coesão interna da água líquida,
que resulta das ligações de hidrogênio intermoleculares.

e. A água líquida tem uma estrutura altamente oscilante


Análises da água em estado líquido usando difração de raios
X e espalhamento de nêutrons revelam uma estrutura com-
plexa. Próximo a OºC, a água apresenta uma distância média
de 2,82 A entre dois O · · · O vizinhos
o
mais próximos, que é
ligeiramente maior do que os 2,76 A da distância correspon- FIGURA 2.4 Predição teórica e confirmação espectroscópica
dente no gelo, apesar da maior densidade da água no estado da estrutura trimérica, tetramérica e pentamérica da água. Ob-
líquido. Os dados obtidos por raios X indicam também que serve que estes anéis são essencialmente planares, em que cada
cada molécula de água é rodeada, em média, por 4,4 vizinhas, molécula de água atua tanto como doadora como aceptora das
o que sugere fortemente que, à curta distância, a estrutura da ligações de hidrogênio, estando os hidrogênios livres localiza-
dos acima e abaixo do plano dos anéis. (Segundo Liu, K., Cru-
água tem um caráter predominantemente tetraédrico. Isto é
zan, J.D., and Saykelly, R.J., Science 271, 930 [1996].)
corroborado pelo fato de que as distânciaso intermoleculares
na água líquida são de cerca de 4,5 e 7,0 A, distâncias que,
em estruturas tetraédricas como a do gelo, são aproximada- tridimensional de moléculas de H 2 0 associadas por ligações
mente aquelas esperadas para o segundo e o terceiro vizinhos de hidrogênio que, em curtas distâncias, assemelha-se ao gelo.
mais próximos. A água no estado líquido, entretanto, também
apresenta distâncias intermoleculares de 3,5 A, que não po- B. A água como solvente
dem ser explicadas em termos de uma estrutura como a do Solubilidade é uma propriedade que depende da capacidade
gelo. Ademais, essas distâncias médias tornam-se menos de- que um solvente tem em interagir com um soluto de uma ma-
finidas à medida que a temperatura sobe a uma faixa de tem- neira mais forte do que as partículas de soluto têm em inte-
peratura fisiologicamente significativa, indicando que há uma ragirem entre si. A água é chamada de "solvente universal".
ruptura térmica na estrutura da água em curtas distâncias. Embora essa afirmação não seja literalmente verdadeira, é
A estrutura da água líquida não pode ser descrita de um certo que a água dissolve um número maior de substâncias e
modo simples, porque cada molécula de água reorienta-se em maior quantidade do que qu.a lquer outro solvente. O ca-
aproximadamente a cada 10- 12 s, o que torna a determina- ráter polar da água a torna um excelente solvente para mate-
ção da estrutura da água em um dado instante um problema riais polares e iônicos, que são denominados hidrofílicos (do
teórica e experimentalmente difícil (existem poucas técnicas grego: hydro, água + philos, amigo). Substâncias apolares,
experimentais que podem fazer medições em intervalos de por outro lado, são praticamente insolúveis em água ("óleo e
tempo tão curtos). De fato, foi somente com o surgimento água não se misturam") e, consequentemente, são descritas
dos métodos computacionais modernos que os cientistas teó- como hidrofóbicas (do grego: phobos, medo). Substâncias
ricos perceberam que finalmente estavam começando a ter apolares, entretanto, são solúveis em solventes apolares, tais
uma compreensão da água líquida no nível molecular. como CC14 ou hexano. Esse fato pode ser resumido pela má-
Em grande parte, cada uma das moléculas da água no es- xima que diz: semelhante dissolve semelhante.
tado líquido está ligada a quatro vizinhas próximas, do mes- Por que os sais se dissolvem em água? Os sais, como
mo modo que ocorre no gelo. Entretanto, essas ligações de NaCl ou K 2 HP04 , são mantidos associados por forças iôni-
hidrogênio estão distorcidas, de modo que as redes de molé- cas. Os íons de um sal, como qualquer outra carga elétrica,
culas associadas são irregulares e variadas, sendo que o nú- interagem de acordo com a lei de Coulomb:
mero de ligações de hidrogênio formadas por cada molécula
de água pode variar entre 3 e 6. Assim, por exemplo, anéis F = kq1q2
formados por 3 a 7 moléculas associadas por ligações de hi- [2.1]
Dr2
drogênio ocorrem normalmente na água no estado líquido
(Fig. 2.4), contrastando com os anéis de 6 membros seme- onde Fé a força entre duas cargas elétricas q 1 e q2 , que estão
lhantes ao cicloexano característicos do gelo (Fig. 2.3). Mais separadas por uma distância r, D é a constante dielétrica do
ainda, essa rede está constantemente rompendo-se e refazen- meio situado entre elas e k é uma constante de proporcionali-
do-se em intervalos de tempo da ordem de 2 X 10- 11 s. Dessa dade (8,99 x 109 J · m · C- 2). Assim, à medida que a constante
forma, a água no estado líquido consiste em uma instável rede dielétrica de um meio aumenta, decresce a força que une as
Bioquímica 43

TABELA 2.1 Constantes dielétricas e momentos dipolo realidade, a carga elétrica espalha-se por todo o volume do
moleculares permanentes de alguns solventes complexo solvatado. Essa organização atenua muito as forças
comuns de Coulomb entre os íons, sendo esse o motivo pelo qual os
Constante Momento dipolar solventes polares possuem constantes dielétricas tão elevadas.
Substância dielétrica (debye) O efeito de orientação das cargas iônicas sobre molé-
culas dipolares é contraposto pelo movimento cinético, que
Formamida 110,0 3,37
, permanentemente força as moléculas a se reorientarem de
Agua 78,5 1,85 forma aleatória. Em um complexo solvatado, os dipolos
Sulfóxido de dimetila 48,9 3,96 estão apenas parcialmente orientados. A razão pela qual a
Metanol 32,6 1,66 constante dielétrica da água é muito maior do que a de ou-
tros líquidos com momentos dipolares semelhantes reside no
Etanol 24,3 1,68
fato de que a estrutura por ligações de hidrogênio da água
Acetona 20,7 2,72 no estado líquido permite que ela forme estruturas orienta-
Amônia 16,9 1,47 das, que resistem ao movimento cinético aleatório, conse-
Clorofórmio 4,8 1,15 quentemente deixando as cargas iônicas melhor distribuídas.
,
Eter dietílico 4,3 1,15 Efetivamente, quando submetido à alta pressão a constante
dielétrica é 3 porque as suas moléculas de água não podem se
Benzeno 2,3 0,00
reorientar em resposta à um campo elétrico externo.
Tetracloreto de carbono 2,2 0,00 Os dipolos de ligação presentes em moléculas polares
Hexano 1,9 0,00 não carregadas as tomam solúveis em soluções aquosas pe-
Fonte: Brey, W.S., Physical Chemistry and Its Biological Applications, p. 26, los mesmos motivos pelos qu.ais as substâncias iônicas são
Academic Press (1978). soluvéis em água. A solubilidade de substâncias polares e de
substâncias iônicas é aumentada caso elas tenham grupos fun-
cargas nesse meio; então, a constante dielétrica de um solven- cionais, como grupos hidroxila (-OH), carbonila (C=O),
te é uma medida da sua habilidade em manter cargas opostas carboxila (-COOH ou -C02 H) ou amino (-NH2), que
separadas. No vácuo, D tem valor de uma unidade e, no ar, formam ligações de hidrogênio com a água, como ilustrado na
seu valor é minimamente maior. As constantes dielétricas de Fig. 2.6. De fato, biomoléculas hidrossolúveis, como proteí-
vários solventes comuns, assim como seus momentos dipola- nas, ácidos nucleicos e carboidratos, são ricas nesses grupos.
res permanentes, estão listadas na Tabela 2.1. Observe que es- Substâncias apoiares, ao contrário, são deficientes tanto em
sas grandezas têm a tendência de aumentar simultaneamente, doadores como em aceptores de ligações de hidrogênio.
embora de maneira irregular.
A constante dielétrica da água é uma das maiores entre a. Substâncias anfifíllcas formam micelas e bicamadas
A maioria das moléculas biológicas possui tanto porções po-
qualquer líquido puro, enquanto as constantes dielétricas
lares (ou carregadas ionicamente) como porções apoiares, de
de substâncias apoiares, como os hidrocarbonetos, são re-
lativamente pequenas. Assim, a força entre dois íons sepa-
(a) (b)
rados por uma dada distância em líquidos apoiares, como
hexano ou benzeno, é 30 a 40 vezes maior do que em água.
R-0 o
H ....- \
\
Consequentemente, em solventes apoiares (D baixo), íons de H R H R
cargas opostas atraem-se entre si tão intensamente que eles ·.. / ·.. /
O - H··· O O= C
coalescem formando um sal, enquanto as forças muito mais / \ : \
fracas entre íons em solução aquosa (D alto) fazem com que H H •
R'
quantidades significativas dos íons permaneçam separadas.
Um íon imerso em um solvente polar atrai as extremida-
des de carga oposta dos dipolos do solvente, como está repre-
(e) (d)
sentado na Fig. 2.5 para o caso da água. O íon é assim rodeado
por várias camadas concêntricas de moléculas do solvente. H
\
Diz-se que tal íon está solvatado, ou, caso o solvente seja a 0- H

água, hidratado. O campo elétrico formado pelos dipolos do •

solvente opõe-se ao campo elétrico do íon, de modo que, na •



H
• /
R- N
\
H



0- H
H /
• H

FIGURA 2.6 Ligações de hidrogênio por grupos funcio-


nais. As ligações de hidrogênio formadas entre a água e (a)
grupos hidroxila, ( b) grupos cetônicos, (e) grupos carboxílicos e
FIGURA 2.5 Solvatação de íons por moléculas de água orientadas. (d) grupos amino.
44 Dona ld Voet /Judith G. Voet

o
li
CH3 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 - c- o-
Palmitato (C 15 H 31 coo-)

H H O
FIGURA 2. 7 Exemplos de ânions de ácidos gra- 1 1 11
xos. São constituídos por um grupo carboxilato CH3 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 - C = C-CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 - c- o-
polar acoplado a uma longa cadeia hidrocarbonada
apoiar. Oleato (C17 H 33 COO- )

(a) Micela (b) Bicamada


FIGURA 2.8 Associações de moléculas antipáticas em solu-
ções aquosas. As "cabeças" polares são hidratadas, enquanto Grupo da
"cabeça" pala~
as "caudas" apoiares agregam-se de tal maneira que se ex-
cluem da solução aquosa. (a) Agregado esférico de moléculas
"Cauda"
antipáticas conhecido como micela. (b) Agregado planar hidrocarbonad;--)
estendido de moléculas antipáticas denominado de bicamada.
Uma bicamada pode formar uma concha esférica fechada, co-
nhecida como vesícula, que engloba uma pequena quantidade
de solução aquosa.

modo que são simultaneamente hidroftlicas e hidrofóbicas. drofóbicas são peculiares aos ambientes aquosos. Essas asso-
Moléculas desse tipo, como, por exemplo, íons de ácidos gra- ciações não são proporcionadas por outros solventes polares.
xos (sabões iônicos; Fig. 2.7), são chamadas de anfifílicas ou,
pelo sinônimo, antipáticas (do grego: amphi, ambos + pathos, C. Mobilidade dos prótons
paixão). Como moléculas anfifílicas interagem com um sol-
Quando uma corrente elétrica passa por uma solução iônica,
vente aquoso? A água, obviamente, tende a hidratar a porção
hidrofílica da molécula anfipática, mas ela também tende a ex- os íons migram para o eletrodo de polaridade contrária com
cluir a porção hidrofóbica. Consequentemente, moléculas an- uma velocidade diretamente proporcional ao campo elétrico
fifílicas tendem a formar agregados estruturalmente ordena- e inversamente proporcional ao arraste fricciona! que o íon
dos quando dispersos em água. Tais agregados podem tomar sofre ao deslocar-se pela solução. A mobilidade de um íon
a forma de micelas, que são glóbulos de até vários milhares de (mostrada na Tabela 2.2) varia com o tamanho do íon. Note,
moléculas anfifílicas organizadas com os seus grupos hidrofí- entretanto, que as mobilidades iônicas tanto do H 3 0 + como
licos na superfície do glóbulo, de modo que eles podem inte-
ragir com solventes aquosos, enquanto os grupos hidrofóbicos
ficam associados no centro do glóbulo e assim excluem o sol-
vente (Fig. 2.8a). Entretanto, o modelo esquematizado na Fig.
2.9a está muito simplificado porque é geometricamente im-
possível que todos os grupos hidrofóbicos ocupem o centro de
uma micela. Ao contrário, as moléculas anfipáticas compac-
tam-se de uma maneira mais desorganizada e com maior osci-
lação que escondem grandemente os seus grupos hidrofóbicos
e expõem os seus grupos polares (Fig. 2.9). Alternativamente,
as moléculas anfifílicas podem organizar-se formando lâminas
de bicamadas ou vesículas (Fig. 2.8b ), nas quais os grupos po-
lares ficam voltados para a fase aquosa.
As interações que estabilizam uma micela ou uma bica-
mada são coletivamente descritas como forças hidrofóbicas
ou interações hidrofóbicas, para indicar que elas são resul-
FIGURA 2.9 Modelo de micela. Este modelo gerado por com-
tantes da tendência que a água tem em excluir os grupos
putador mostra vinte moléculas de octilglicosídeo (cadeia de oito
hidrofóbicos. As interações hidrofóbicas são relativamente
carbonos ligados a um açúcar) segundo o modelo de volume atô-
fracas, quando comparadas com as ligações de hidrogênio, e mico. Os átomos de O, polares, estão em vermelho e os átomos de
não possuem orientação. Mesmo assim, as interações hidro- C em cinza. Os átomos de H estão omitidos para maior clareza.
fóbicas têm uma importância biológica central porque, como Simulações calculadas em computador indicam que estas micelas
será visto nos capítulos posteriores, em grande parte são elas possuem uma estrutura irregular e que oscilam rapidamente (ao
as responsáveis pela manutenção da estrutura das macromo- contrário do agregado simétrico esboçado na Fig. 2.8a) e de tal
léculas biológicas (Seções 8.4C e 29.2C), e também pela inte- forma que a cada instante partes das caudas hidrofóbicas ficam
gridade de agregados supramoleculares, como, por exemplo,
~
expostas na superfície da micela. (Cortesia de Michael Garavito e
as membranas. E importante observar que as interações hi- Shelagh Ferguson-Miller, Michigan State University, EUA.)
Bioquímica 45

TABELA 2.2 Mobilidades iônicas* em água a 25ºC prótons também é responsável pelo fato de que as reações
,
Ion acidobásicas estão entre as reações mais rápidas que ocor-
rem em soluções aquosas e, como será visto posteriormente
H 30+ 362,4 (Seção 23.3B), tem importância para as reações biológicas de
Li+ 40,1 transferência de prótons.
Na+ 51,9
K+ 76,1
2 ÁCIDOS, BASES E TAMPÕES
NH+4
76,0
Mg2+ 55,0 As moléculas biológicas, como as proteínas e os ácidos nuclei-
cos, têm muitos grupos funcionais, como os grupos carboxi1ico
Ca2+ 61,6 e amino, que podem sofrer reações acidobásicas. Assim, muitas
OH- 197,6 das propriedades dessas moléculas variam conforme a acidez
c1- 76,3 das soluções nas quais elas estejam imersas. Nesta seção, será
Br- 78,3 discutida a natureza das reações acidobásicas e como a acidez é
controlada, tanto fisiologicamente como no laboratório.
C~COO­ 40,9
so 2 -
4
79,8
A. Reações acidobásicas
*A mobilidade iônica é a distância que um íon se movimenta em 1 s sob a ,
influência de um campo elétrico de 1 V · cm - i . Acidos e bases, segundo uma definição feita na década de
Fonte: Brey, W.S., Physical Chemistry and Its Biological Applications, p. 1880 por Svante Arrhenius, são, respectivamente, substân-
172, Academic Press (1978). cias capazes de doar prótons e íons hidroxila. Essa definição
é um tanto limitada porque, por exemplo, ela não leva em
da OH- são anomalamente grandes quando comparadas consideração o fato de que o NH3 , que não tem grupo OH- ,
com as de outros íons. Essa grande velocidade de migração apresenta propriedades básicas. Uma definição mais geral,
do H 3 0 + (o íon hidrônio, que é abreviado H+; um próton que foi formulada em 1923 por Johannes Br!{}nsted e Thomas
não hidratado não é estável em solução aquosa) é o resultado Lowry, diz que um ácido é uma substância que pode doar
da capacidade que os prótons têm de saltarem rapidamen- prótons (como na definição de Arrhenius) e uma base é uma
te de uma molécula de água para outra (esquematizado na substância que pode aceitar prótons. Segundo essa definição,
Fig. 2.9). Embora, fisicamente, um determinado íon hidrônio em uma reação acido básica
possa migrar através de uma solução da mesma maneira que,
por exemplo, um íon Na+, a rapidez desse mecanismo de sal-
to de prótons toma a mobilidade iônica efetiva do íon H 3 0 + Um ácido de Br0nsted (nesse caso, HA) reage com uma base
muito maior do que seria se não houvesse esse ti8o de salto de Br0nsted (nesse caso, H 20), formando a base conjuga-
(a vida média de um determinado H 3 0 + é de 10- s a 25ºC). da do ácido (A- ) e o ácido conjugado da base (H3 0 +) (essa
De maneira semelhante, a anomalamente alta mobilidade reação é geralmente abreviada na forma de HA H+ +
do íon OH- é atribuída ao mecanismo de salto dos prótons. A - , em que está implícita a participação da água). Então, o
Nesse último caso, porém, a migração iônica aparente é em íon acetato (CH3 COO-) é a base conjugada do ácido acético
sentido contrário à direção do salto do próton. O salto de (CH3 COOH) e o íon amônio (NH;) é o ácido conjugado da
amônia (NH3 ) . (Em uma definição ainda mais geral de ácidos
e bases, Gilbert Lewis descreveu um ácido de Lewis como
uma substância que pode receber um par de elétrons, e uma
base de Lewis como uma substância que pode doar um par
Salto de de elétrons. Essa definição, que é aplicável tanto a soluções
. ~ prótons H H aquosas como a soluções não aquosas, é desnecessariamente
: \ ~ / ampla para descrever a maioria dos fenômenos bioquímicos.)
H / O'---
~
\e/._ l
··o/
u·H
.O-@·· ·O
\H
a. A força de um ácido é determinada pela sua constante de
1 ••
dissociação
• A reação de dissociação mostrada anteriormente é caracte-
H O-H
/ rizada por sua constante de equihôrio, que, para uma reação
H acidobásica, é conhecida como constante de dissociação,
H '-.. C@
O··· H - 0
.: K = [H30 +][A - ]
1 \
(2.2]
H H (HA] [H2 0]

FIGURA 2.10 Mecanismo da migração do íon hidrônio em so- A constante de dissociação é uma grandeza que represen-
luções aquosas por meio de salto de prótons. Saltos de prótons, ta as afinidades relativas do próton dos pares conjugados
que ocorrem principalmente ao acaso, ocorrem rapidamente, ácido-base HAIA- e H 3 0 +/H2 0. Tanto aqui como ao lon-
em comparação com a migração molecular direta, sendo res- go de todo o texto, quantidades em colchetes simbolizam as
ponsáveis pela alta mobilidade iônica dos íons hidrônio e hidro- concentrações molares das substâncias indicadas. Uma vez
xila quando em soluções aquosas. que, em soluções aquosas diluídas, a concentração da água é
46 Dona ld Voet / Judith G. Voet

essencialmente constante, com [H20] = 1.000 g · L - 1/18,015 tantes de dissociação menores do que a do H 3 0 + (que, por
g · mol- 1 = 55,5 M, esse termo em geral é combinado com a definição, em soluções aquosas é a unidade) ionizam-se
constante de dissociação, que então toma a forma apenas parcialmente em soluções aquosas e são conhecidos
como ácidos fracos (K < 1). Em contraposição, ácidos fortes
[2.3] têm constantes de dissociação maiores do que a do H 3 0 +,
de maneira que ficam completamente ionizados em soluções
aquosas (K > 1). Todos os ácidos relacionados na Tabela 2.3
Por brevidade, entretanto, daqui em diante o subscrito "a" são ácidos fracos. Entretanto, muitos dos ácidos minerais,
será omitido. As constantes de dissociação dos ácidos mais como HC10 4, HN03 , H Cl e H 2S04 (considerando a primeira
utilizados na preparação de soluções bioquímicas estão lista- ionização), são ácidos fortes. Uma vez que os ácidos fortes
das na Tabela 2.3. transferem rapidamente seus prótons para a H 20, o ácido
Os ácidos podem ser classificados de acordo com suas mais forte que pode haver em forma estável em uma solução
forças relativas, isto é, de acordo com as respectivas
, capaci- aquosa é o H 3 0 +. Da mesma maneira, em soluções aquosas
dades de transferir prótons para a água. Acidas com cons- não existe nenhuma base que seja mais forte do que OH- .

TABELA 2.3 Constantes de dissociação e pK's a 25ºC de alguns ácidos geralmente


usados em laboratórios como tampões bioquímicos
, .
Acido K(M) pK
,
Acido oxálico 5,37 X 10-2 1,27 (pK1)
H 3P04 7,08 X 10-3 2,15 (pK1)
,
Acido cítrico 7,41X10-4 3,13 (pK1)
,
Acido fórmico 1,78 X 10-4 3,75
,
Acido succínico 6,17 X 10-5 4,21 (pK1)
Oxalato- 5,37 X 10-5 4,27 (pK1)
,
Acido acético 1,74 X 10-5 4,76
Citrato- 1,74 X 10-5 4,76 (pK2)
Citrato2- 3,98 X 10-6 5,40 (pK3)
Succinato- 2,29 X 10-6 5,64 (pK2)
,
Acido 2-(N-morfolino) etanossulfônico (MES) 8,13 X 10-7 6,09
,. .
Acido cacodílico 5,37 X 10-7 6,27
H 2C03 4,47 X 10-7 6,35 (pK1)
,
Acido N -(2-acetamido) iminodiacético (ADA) 2,69 X 10-7 6,57
,
Acido piperazina-N ,N' -bis(ácido 2-etanossulfônico) 1,74 X 10-7 6,76
(PIPES)
,
Acido N-(2-acetamido )-2-aminoetanossulfônico (ACES) 1,58 X 10-7 6,80
H2PO~ 1,51X10-7 6,82 (pK2)
,
Acido 3-(N-morfolino)propanossulfônico (MOPS) 7,08 X 10-8 7,15
,
Acido N-2-hidroxietilpiperazina-N' -2-etanossulfônico 3,39 X 10-8 7,47
(HEPES)
,
Acido N-2-hidroxietilpiperazina-N' -3-propanossulfônico 1,10 X 10-8 7,96
(HEPPS)
N-(tris[hidroximetil]metil)glicina (Tricine) 8,91X10-9 8,05
Tris(hidroximetil)aminometano (TRIS) 8,32 X 10-9 8,08
G licilglicina 5,62 X 10-9 8,25
N ,N-bis(2-hidroximetil)glicina (Bicine) 5,50 X 10-9 8,26
,
Acido bórico 5 75 X 10-10 9,24
'
NH4+ 5 62 X 10-10 9,25
'
Glicina 166 X 10-10 9,78
'
HC0-
3
4 68 X 10- 11 10,33 (pK2)
'
Piperidina 7 58 X 10-12 11,12
'
HP024 - 417 X 10- 13 12,38 (pK3)
'
Fonte: Principalmente Dawson, R.M.C., Elliott, D.C., Elliott, W.H. and Jones, K.M., Data for
Biochemical Research (3rd ed.), p. 424-425, Oxford Science Publications (1986); and Good, N.E.,
Winget, G.D., Winter, W., Connolly, T .N., Izawa, S. and Singh, R .M.M., Biochemistry 5, 467 (1966).
Bioquímica 47

A água, sendo um ácido, tem uma constante de disso- B. Tampões


ciação: A adição de uma gota de 0,01 mL de HCl 1 M a 1 L de água
pura altera o pH da água de 7 para 5, o que representa um
aumento de 100 vezes na [H+]. Uma vez que as propriedades
das substâncias biológicas variam significativamente com pe-
quenas alterações de pH, elas necessitam de ambientes nos
Como mostrado anteriormente, a [H2 0] = 55,5 M constante
quais o pH seja refratário à adição de ácidos ou bases. Para
pode ser incorporada na constante de dissociação e a expres-
entender como é que isso é possível, convém considerar a
são para a constante de ionização da água passa a ser
titulação de um ácido fraco com uma base forte.
[2.4] A Fig. 2.11 mostra como os valores de pH de soluções de
1 L de ácido acético 1 M, (H2PO;) 1 Me íon amônia (NH;)
O valor de Kw a 25ºC é 10- 14 M 2 • A água pura deve conter 1 M variam pela adição de OH- . Curvas de titulação como as
uma quantidade equimolecular de H+ e OH- , de maneira mostradas na Fig. 2.11, bem como as curvas de distribuição
que [H+] = [OH- ] = (Kw) 112 = 10- 7 M . Uma vez que [H+] mostradas na Fig. 2.12, podem ser calculadas usando a equa-
e [OH- ] estão reciprocamente relacionados conforme a ção de Henderson-Hasselbalch. Próximo ao início da titula-
Equação [2.4], se [H+] for maior do que esse valor, [OH- ]
deve ser proporcionalmente menor e vice-versa. As soluções
nas quais [H+l = 10- 7 M são denominadas neutras, aquelas Ponto Ponto de inflexão Ponto
com [H+l > 10- 7 M são chamadas de ácidas e aquelas com inicial (pH = pK) final
[H+l < 10- 7 M são chamadas de básicas. A maioria das so-
luções fisiológicas tem uma concentração de íons hidrogênio
perto da neutralidade. Por exemplo, normalmente o sangue 14
+
humano é ligeiramente básico, com [H+l = 4,0 X 10- 8 M. - - - [HA] > [A- ] - -.- ~-- [HA] < [A- ] - -.-
Os valores de [H+l da maioria das soluções são inconve- 13
nientemente pequenos e difíceis de comparar. Uma grandeza
mais prática, proposta em 1909 por S~ren S~rensen, é conhe- 12
cida como pH:
11
[2.51
10
O pH da água pura é 7 ,O, enquanto as soluções ácidas têm pH
< 7,0 e as soluções básicas têm pH > 7,0. Uma solução 1 M 9
de um ácido forte tem, pH = Oe uma solução 1 M de uma base
forte tem pH = 14. E importante observar que, se duas solu- 8
ções diferirem em uma unidade de pH, elas diferirão na [H+l pH
por um fator de 10. O pH de uma solução pode ser determina- 7
do fácil e acuradamente por meio de medidas eletroquímicas
6
com o auxílio de um equipamento conhecido como pH metro.

b. O pH de uma solução é determinado pelas concentrações 5


relativas de ácidos e bases
4
A relação entre o pH de uma solução e as concentrações do
ácido e de sua base conjugada pode ser derivada facilmente 3
rearranjando a Equação [2.3l
2
[
H
l + = ( [HA])
K [A-]
1

e substituindo-a na Equação [2.5] o '-------'----'-----'---'---'---'----'----'---'---'

pH =
[A
- log K + log ( [HA]
-1) o 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1,0
Equivalentes de OH-

FIGURA 2.11 Curvas de titulação addobásicas de soluções de


Definindo pK = -log K, analogamente à Equação [2.5], ob- 1 L de ácido acético 1 M, H 2PO; e NH; por uma base forte. No
tém-se a equação de Henderson-Hasselbalch: ponto inicial de cada titulação, predomina a forma ácida do par

pH =
[A
pK + log ( [HA]
-1) [2.6]
conjugado ácido-base principal. No meio da titulação, quando o
pH = pK, a concentração do ácido é igual à da sua base conjuga-
da. Finalmente, no ponto final da titulação, onde os equivalentes
da base forte que foi adicionada igualam-se aos equivalentes de
Essa equação indica que o pK de um ácido é numericamente ácido no ponto inicial, a base conjugada está em quantidade muito
igual ao pH de uma solução quando as concentrações molares maior do que o ácido. As zonas sombreadas indicam as faixas de
do ácido e de sua base conjugada são iguais. A Tabela 2.3 pH nas quais a solução correspondente pode funcionar efetiva-
relaciona os valores do pK de vários ácidos. mente como um tampão. ~ Ver Figuras animadas
48 Dona ld Voet /Judith G. Voet

pk = 4,76 3. No ponto de inflexão de cada uma das titulações, o pH


1,0 1-- - - é numericamente igual ao pK do seu ácido correspondente;
então, de acordo com a equação de Henderson-Hasselbalch
[HA] =[A- ].
0,8 4. A inclinação de cada uma das curvas de titulação é muito
(/)

~
menor perto do ponto de inflexão do que nas extremidades
e
&l
da curva. Isso indica que quando [HA] = [A -], o pH da so-
~ lução é relativamente refratário à adição de bases ou ácidos
~ 0,6
(].)
fortes. Essas soluções, que são conhecidas como tampões
(..)
'(!) acidobásicos, resistem a mudanças de pH porque pequenas
a.
(/)
(].)
quantidades de H + ou de OH- adicionadas reagem, respecti-
~ 0,4 vamente, com A - ou HA presentes sem mudar significativa-
"O
o mente o valor de log([A -]l[HA]).
ICC
O>
~
u.. a. Tampões estabilizam o pH das soluções
0,2 A capacidade dos tampões em resistir a mudanças de pH pela
adição de ácidos ou bases é diretamente proporcional à con-
centração total do par ácido-base conjugado, [HA] + [A- ].
o 1....-..i........i....-1t.=--L_...L___L~--6=~...i......1.==i.......i,,,.,"""' Essa capacidade é máxima quando pH = pK, diminuindo ra-
o 2 4 6 8 10 12 14 pidamente com a mudança de pH a partir desse ponto. Uma
pH boa regra prática é: um ácido fraco está na sua melhor faixa de
tamponamento no intervalo entre uma unidade de pH acima e
FIGURA 2.12 Curvas de distribuição do ácido acético e do
íon acetato. A fração das espécies presentes na solução é dada uma unidade abaixo do seu pK (regiões sombreadas das Figs.
pela razão das concentrações de CH3COOH ou CH3COO- em 2.10 e 2.11). Acima dessa faixa, quando a relação [A- ]/[HA]
relação à concentração total dessas duas espécies. A faixa de > 10, o pH da solução modifica-se rapidamente com a adição
tamponamento normalmente aceita como útil de pK + 1 está de uma base forte. Um tampão é igualmente incapaz de man-
indicada pela região sombreada. ter o pH quando da adição de um ácido forte quando o pK
for maior que o pH da solução em mais do que uma unidade.
ção, uma fração significativa de A - provém da dissociação Os líquidos biológicos, tanto os intracelulares quanto os
de HA. De uma maneira semelhante, próximo ao ponto fi- extracelulares, são altamente tamponados. Por exemplo, o
nal, a maior parte de HA provém da reação de A - com H 2 0. pH do sangue de pessoas saudáveis é estritamente contro-
Entretanto, durante a maior parte da titulação, praticamente lado em pH 7,4. Os íons fosfato e carbonato que participam
todo o OH- que é adicionado reage completamente com HA como componentes da maior parte dos fluidos biológicos são
para formar A - , de modo que importantes para o tamponamento, pois seus respectivos pKs
estão nessa faixa de pH (Tabela 2.3). Ademais, muitas molé-
[2.7] culas biológicas, como as proteínas, os ácidos nucleicos e os
lipídeos, bem como um grande número de moléculas orgâ-
onde x representa os equivalentes de OH- adicionados e V nicas, possuem muitos grupos acidobásicos que são efetivos
é o volume da solução. Então, usando c0 para representar os como tamponantes na faixa de pH fisiológico.
equivalentes de HA inicialmente presentes, Até o início do século XX, não era dada a devida impor-
Co - X tância ao conceito de que as propriedades das moléculas bio-
[ HA ] = - - [2.8]
V lógicas variam com a acidez das soluções nas quais elas estão
dissolvidas, de modo que a acidez das preparações bioquí-
incorporando essas relações nas Equações [2.6] obtém-se micas feitas antes daquele tempo raramente era controlada.
Consequentemente, os experimentos bioquímicos dessa época
pH = pK + log( x ) [2.9] tinham resultados muito pouco reprodutíveis. Mais recente-
. Co - X
mente, as preparações bioquímicas passaram a ser rotineira-
que descreve com precisão a curva de titulação, exceto nas mente tamponadas para simular as propriedades dos fluidos
extremidades (essas regiões necessitam de um tratamento biológicos naturais. Grande parte dos ácidos relacionados na
mais exato que leve em consideração a ionização da água). Tabela 2.3 em geral é usada em preparações bioquímicas. Na
Vários detalhes da curva de titulação da Fig. 2.10 mere- prática do laboratório, o ácido fraco escolhido e um dos seus
cem ser analisados. sais solúveis são dissolvidos em uma relação molar (pratica-
L As curvas têm formas semelhantes, mas estão deslocadas mente um para um) necessária para produzir o pH desejado e,
com a ajuda de um pHmetro, o pH da solução é ajustado com
verticalmente ao longo do eixo do pH.
precisão por titulação com um ácido ou uma base fortes.
2. No ponto de equivalência de cada uma das titulações
(onde os equivalentes de OH- adicionados são iguais aos ~

equivalentes de HA inicialmente presentes), o pH é maior C. Acidos po/ipróticos


que 7, devido à reação de A - com HzO para formar HA + Substâncias que contêm mais do que um grupo acidobásico,
OH- ; de maneira semelhante, cada um dos pHs iniciais é me- como H 3P04 ou HzC03 , bem como a maioria das biomolécu-
nor do que 7. las, são conhecidas como ácidos polipróticos. As curvas de
Bioquímica 49

Primeiro Segundo Terceiro


Ponto ponto de ponto de ponto de
inicial equivalência equivalência equivalência
Terceiro ponto
de inflexão
14 [HPO! 1= lPO! 1

12
!
10 Segundo ponto
de inflexão
[H2PO-J = [HP0 2 -1
4 4

pH
8
!
6
Primeiro ponto
de inflexão
[H3PO 41 = [H2PO4 -1
FIGURA 2.13 Curva de titulação de 1 L de
4 solução de H3P04 1 M. Os dois pontos de equi-
j valência intermediários ocorrem nas partes mais
inclinadas da curva. Observe que as curvas são
2 achatadas perto dos pontos inicial e final, em
comparação com os finais curvados das curvas
de titulação da Fig. 2.10. Isso indica que H 3P04
o ~~~~-'-~~~-'-~~~--'-~~~--'-~~~__..__~~---'
(pK1 = 2,15) está próximo de ser um ácido forte
o 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 e PO!- (pK3 = 12,38) está próximo de ser uma
Equivalentes de OH- base forte . •~ Ver Figuras animadas
, ,
titulação dessas substâncias, como está ilustrado na Fig. 2.12 a. Acldos poliproticos com valores de pK multo próximos têm
para o H 3PO4, são caracterizadas por vários pKs, um para constantes de Ionização molecular
cada etapa de ionização. O cálculo preciso das concentrações Se os valores de pK de um ácido poliprótico diferirem por
das várias espécies iônicas presentes em cada pH são, evi- menos de aproximadamente 2 unidades de pH, o que ocorre
dentemente, uma tarefa mais complexa do que no caso dos talvez na maioria das biomoléculas, as constantes de ioniza-
ácidos monopróticos. ção medidas por titulação não são as constantes de ionização
Os pK.s de dois grupos acidobásicos proxirruzmente associa- reais, mas refletem a ionização média dos grupos envolvidos.
dos não são independentes. A carga iônica resultante de uma As constantes de ionização resultantes, portanto, passam a
dissociação de um próton inibe eletrostaticamente a dissocia- ser conhecidas como constantes de ion.ização molecular.
ção de um segundo, terceiro e demais prótons da mesma mo- Considere o equihôrio acidobásico mostrado na Fig.
lécula, aumentando assim os valores dos respectivos pKs. Esse 2.13, no qual há dois sítios de protonação não equivalentes.
efeito, de acordo com a lei de Coulomb, diminui à medida que Nesse caso, as grandezas K A, KB> Kc e K 0 , as constantes de
a distância entre os grupos ionizáveis aumenta. Por exemplo, ionização de cada grupo, são alternativamente chamadas
os pKs dos dois grupos carboxi1icos adjacentes do ácido oxálico de constantes de ionização microscópica. A constante de
diferem por 3 unidades de pH (Tabela 2.3), enquanto os grupos ionização molecular para a remoção do primeiro próton de
carboxílicos do ácido succínico, que estão separados por dois HAHé
grupos metilenos, diferem por 1,4 unidades de pH.
o o o o [2.10]
11 11 11 11
H - O- C- C - 0 - H H -O-C-CH2 CH2 - C - O- H
,
Ácido oxálico Acido succínico

Da mesma maneira, ionizações sucessivas do mesmo centro,


como no H 3PO4 ou no HiC0 3 , têm pKs que diferem por 4
a 5 unidades de pH. Se os pKs das ionizações sucessivas de A z-
HAH
um ácido poliprótico diferirem em ao menos 3 unidades de
pH, pode-se supor com grande grau de certeza que, em um
dado pH, apenas os componentes do par ácido-base conjuga-
HA- H
do caracterizados pelos pKs mais próximos estarão presentes
em concentrações significativas. Isso, obviamente, simplifica
muito os cálculos de determinação das concentrações das vá- FIGURA 2.14 Ionização de um ácido que possui dois sítios de
rias espécies iônicas presentes. protonação não equivalentes.
50 Dona ld Voet / Judith G. Voet

De maneira semelhante, a constante de ionização molecular Se K A >> KB, então K 1 = K A, ou seja, a primeira constante
K 2 para a remoção do segundo próton é de ionização molar é igual à constante de ionização micros-
cópica do grupo mais ácido. Da mesma maneira, se K 0 >>
[H+] [A 2 - ] 1 Kc, então K 2 = Kc, de maneira que a segunda constante de
Kz = -------- ionização molecular é a constante de ionização microscópica
[AH - ] + [ HA - ] (1/ Kc) + (1/ Ko) do grupo menos ácido. Caso as etapas de ionização difiram o
suficiente em seus pKs, as constantes de ionização molecular,
como seria de esperar, tomam-se idênticas às constantes de
[2.11] . . - . "' .
1on1zaçao m1croscop1ca.

RESUMO DO CAPÍTULO
,
1 Propriedades da água A água é uma substância extraor- 2 Acidos, bases e tampões Um ácido de Brfl)nsted é uma subs-
dinária, tendo suas propriedades grande importância biológica. tância que pode doar prótons, enquanto uma base de Brfl)nsted pode
Uma molécula de água pode participar simultaneamente de até aceitar prótons. Ao perder um próton, um ácido de Brfl)nsted transfor-
quatro ligações de hidrogênio: duas como doadora e duas como ma-se na sua base conjugada. Em uma reação acidobásica, um ácido
aceptora. Essas ligações de hidrogênio são responsáveis pela es- doa seu próton para uma base. A água pode reagir como um ácido e
trutura aberta e de baixa densidade do gelo. Grande parte dessa formar um íon hidróxido, OH-, ou como uma base e formar um íon
estrutura mantida por ligações de hidrogênio também existe na hidrônio, H 30 +. A força de um ,ácido é indicada pela magnitude de
fase líquida, como é evidenciado pelo alto ponto de ebulição da sua constante de dissociação, K. Acidos fracos, isto é , aqueles que têm
água, quando comparado com o ponto de ebulição de substâncias constante de ionização menor do que H 30 +, dissociam-se apenas par-
de massas moleculares semelhantes. Evidências físicas e teóricas cialmente ~uando em solução aquosa. A água tem constante de ioniza-
4
indicam que a água líquida mantém uma estrutura molecular al- ção de 10- Ma 25ºC. Uma grandeza prática para expressar a acidez
tamente oscilante e associada por ligações de hidrogênio que, em de uma solução é o pH ( = - log[H +]). A relação entre pH, pK e a
distâncias curtas, é semelhante à estrutura do gelo. As proprie- concentração de cada um dos componentes dos seus pares ácido-base
dades singulares da água como solvente provêm tanto da sua po- conjugados é expressa pela equação de Henderson-Hasselbalch. Um
laridade como das propriedades de suas ligações de hidrogênio. tampão ácido-base é uma mistura de um ácido fraco com sua base con-
Em soluções aquosas, as substâncias iônicas e as substâncias po- jugada em uma solução com pH próximo ao pK do ácido. A relação
lares são rodeadas por várias camadas concêntricas de hidratação [A-]/[HA] de um tampão praticamente não se altera devido à adição
formadas por dipolos de água orientados, que agem atenuando de ácidos ou bases fortes , de maneira que o pH de um tampão em
as interações eletrostáticas entre as cargas presentes na solução. geral não é muito afetado pela adição dessas substâncias. Tampões são
A distribuição aleatória das moléculas de água devido à energia funcionalmente efetivos somente na faixa de pH entre pK ± 1. Fora
cinética é contraposta pela associação por meio das ligações de hi- dessa faixa, o pH da solução modifica-se rapidamente pela adição de
drogênio, daí a elevada constante dielétrica da água. Substâncias ácidos ou bases fortes. A capacidade tamponante também depende da
apoiares são essencialmente insolúveis em água. Entretanto, concentração total do par ácido-base. Os líquidos biológicos em geral
substâncias anfipáticas agregam-se quando em soluções aquosas, são tamponados ao redor da neutralidade. Muitos ácidos são polipróti-
formando micelas e bicamadas, devido à combinação de intera- cos. Entretanto, a menos que os pKs das suas várias ionizações difiram
ções hidrofóbicas entre as porções apoiares dessas moléculas e por menos do que 2 ou 3 unidades de pH, para o cálculo do pH, ácidos
as interações hidrofílicas dos seus grupos polares com o solvente polipróticos podem ser tratados como se fossem uma mistura de áci-
aquoso. Os íons H 30 + e OH- possuem uma mobilidade inusita- dos fracos separados. Para os ácidos polipróticos com pKs que difiram
damente grande quando em soluções aquosas, pois a migração menos do que 2 ou 3 unidades de pH, as constantes de ionização ve-
desses íons através da solução ocorre principalmente por saltos de rificadas estão relacionadas às constantes de ionização m icroscópica
prótons de uma molécula de H 2 0 para outra. individuais de cada um dos grupos que se dissociam.

REFERENCIAS
Cooke, R. and Kuntz, l .D. , The properties of water in biological sys- tureza da ligação de hidrogênio e descreve os experimentos de
tems. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 3, 95-126 (1974). difração por raios X que demonstraram que a ligação de hidrogê-
Dill, K.A. , Truskett, T.M. , Vlachy, V . e Hribar-Lee, B. , Modeling nio tem um caráter parcialmente covalente.]
water, the hydrophobic effect, and ion salvation, Annu. Rev. Mohammed, O .F., Pines,D ., Dreyer, J., Pines, E. e Nibbering, E.T.J.,
Biophys. Biorno/. Struct. 34, 173-199 (2005). Sequential proton transfer through water bridges in acid-base re-
Eisenberg, D . and Kauzman, W. , The Structure and Properties of actions, Science 310, 83-86 (2005).
Water, Oxford University Press (1969). [Uma monografia com- Stillinger, F.H., Water revised, Science 209, 451-457 (1980). [Um es-
pleta repleta de informações úteis]. quema da estrutura da água em um nível elementar.]
Finney, J.L, Water? What's so special about it? Philoa. Trans. R. Tanford, C. , The Hydrophobic Effect: Formation of Micelles
Soe. Lond. B Biol. Sei. 29, 1145-1163 (2004). [Inclui uma discus- and Biological Membranes (2nd ed.), Chapters 5, 6, Wiley-
são da estrutura das moléculas de água, estrutura das ligações de Interscience (1980). [Discussão sobre a estrutura da água e das
hidrogênio no gelo e na água líquida e como isso tudo se relacio- micelas.]
na com funções biológicas.] Westhof, E ., Water and Biological Macromolecules, CRC Press
Franks, R., Water, The Royal Society of Chemistry (1993). (1993).
Gestein, M. and Levitt, M., Simulating water and the molecules of Zumdahl, S.S. , Chemical Principies (5th ed.), Chapters 7, 8, Hou-
life, Sei. Am. 279(5), 100-105 (1998). ghton Mifflin (2005). [Discute a química acidobásica. A maioria
Martin, T.W. and Derewenda, Z .S., The name is bond-H bond, dos demais livros-texto de química geral contém informações
Nature Struct. Biol. 6, 403-406 (1999). [Revisa a história e a na- similares.]
Bioquímica 51

PROBLEMAS
1. Desenhe o padrão de ligações de hidrogênio que a água forma 11. Indicadores acidobásicos são ácidos fracos que mudam de cor
com a acetamida (CH3CONRi) e com a piridina (benzeno com um ao mudarem de estado de ionização. Quando uma pequena quan-
grupo CH substituído por N). tidade de um indicador apropriadamente escolhido é adicionada a
2. Explique por que as const antes dielétricas dos seguintes pares uma solução de um ácido ou uma base que está sendo titulada, a
de líquidos têm a ordem dada na Tabela 2.1: (a) tetracloreto de car- mudança de cor "indica" o ponto de final da titulação. A fenolfta-
bono e clorofórmio; (b) etanol e metanol; (c) acetona e formamida. leína é normalmente usada como um indicador acidobásico que,
em soluções aquosas, muda de incolor para vermelho-roxo em
3. Micelas "invertidas" são feitas pela dispersão de moléculas an-
uma faixa de pH entre 8,2 e 10,0. No que concerne às Figs. 2.10
fipáticas em um solvente apolar (como o benzeno), juntamente com
e 2.12, descreva a eficácia da fenolftaleína para detectar acurada-
uma pequena quantidade de água (também são fornecidos contra-
mente o ponto final da titulação, com uma base forte, de (a) ácido
-íons caso os grupos da cabeça polar sejam iônicos). Desenhe a estru-
acético; (b) NH4Cl; e (c)H3PO 4 (em cada um dos seus três pontos
tura de uma micela invertida e descreva as forças que a estabilizam.
de equivalência).
*4. Moléculas anfipáticas em soluções aquosas tendem a se con- *12. A composição formal de uma solução aquosa é ~HP0 4 0,12
centrar em superfícies tais como interfaces sólido-líquido ou gás-
M + KHiP04 0,08 M. Calcule, usando os dados da Tabela 2.3, as
-líquido. E las são portanto chamadas de moléculas de superfície
concentrações de todas as espécies iônicas e moleculares presentes
ativas ou surfactantes. Explique esse comportamento em termos das
na solução e o pH dessa solução.
propriedades das moléculas anfifílicas e indique o efeito que molé-
culas de superfície ativas têm sobre a tensão superficial da água (a 13. A água destilada, em equilíbrio com o ar, dissolve dióxido de
tensão superficial é uma medida da coesão interna de um líquido, carbono em uma concentração de 1,0 X 10-s M. Usando os dados da
expressa pela força necessária para aumentar a área da superfície do Tabela 2.3, calcule o pH dessa solução.
líquido). Explique por que surfactantes como os sabões são efetivos 14. Calcule a concentração de ácido acético e acetato de sódio ne-
na dispersão de substâncias e sujeiras oleosas em soluções aquosas. cessária para preparar uma solução-tampão de pH 5 que tenha 0,20
Por que as soluções aquosas dos surfactantes formam espuma e por M de acetato total. O pK do ácido acético é dado na Tabela 2.3.
que a presença de substâncias oleosas reduzem a espuma? 15. Para purificar certa proteína, precisa-se de tampão glicina
5. Mostre por que as forças da ligação de hidrogênio e as forças 0,1 M em pH 9,4. Infelizmente, o almoxarifado está sem glicina.
hidrofó bicas variam com a constante dielétrica do meio. Entretanto, foi possível encontrar duas soluções-tampão de glicina
6. Usando os dados da Tabela 2.2, mostre os tempos que um íon 0,1 M , uma em pH 9,0 e a outra em pH 10,0. Que volumes de cada
K + e um íon H + levariam para percorrer 1 cm em um campo elétrico uma dessas duas soluções devem ser misturados para que se obte-
de 100 V· cm- 1• nha 200 mL do tampão necessário?
7. Explique por que a mobilidade do H + no gelo é apenas cerca 16. Uma reação enzimática ocorre em 10 mL de uma solução que
de uma ordem de magnitude menor do que na água líquida, enquan- tem uma concentração total de citrato de 120 mM e um pH inicial
to a mobilidade do Na+ em NaCl sólido é zero. de 7,00. Durante a reação (que não envolve o citrato), são produzi-
dos 0,2 miliequivalentes de ácido. Usando os dados da Tabela 2.3,
8. Calcule o pH de: (a) HCl 0,1 M; (b) NaOH 0,1 M; (c) HN03 3 X calcule o pH final da solução. Qual seria o pH final da solução na
10- 5 M; (d) HC104 5 X 10-1ºM; (e) KOH 2 X 10-8 M.
ausência de tampão citrato, supondo que os outros componentes da
9. O volume de uma célula bacteriana típica é da ordem de 1,0 solução não têm efeito tamponante significativo e que inicialmente
µ,m 3• Em pH 7, quantos íons de hidrogênio estão contidos dentro o pH estava em 7?
de uma célula bacteriana? Uma célula bacteriana contém milhares *17. A capacidade tamponante, [3, de uma solução é definida como
de macromoléculas, como proteínas e ácidos nucleicos, cada uma
a relação entre uma quantidade crescente de base que é adicionada,
carregando muitos grupos ionizáveis. O que seu resultado indica em
em equivalentes, e a correspondente mudança de pH. Isso é a recí-
relação à noção comum que os grupos ionizáveis estão permanente-
proca da inclinação da curva de titulação, Equação [2.9]. Derive a
mente banhados por íons H + e OH- ?
equação de f3 e mostre como f3 é máxima quando pH = pK.
10. Usando os dados da Tabela 2.3, calcule as concentrações de 18. Usando os dados da Tabela 2.3, calcule as constantes de io-
todas as moléculas e espécies iônicas e o pH de soluções aquosas
nização microscópica do ácido oxálico e do ácido succínico. Como
com as seguintes composições formais: (a) ácido acético 0,01 M; (b) esses valores se comparam com as correspondentes constantes de
cloreto de amônio 0,25 M ; (c) ácido acético 0,05 M + acetato de
ionização molecular.
sódio 0,10 M ; e (d) ácido bórico 0,2 M [B(OH)3] +borato de sódio
0,05 M [NaB(OH)4 ].
•• •• Princípios da
Termodinâmica:
.,..
Uma Revisão
CAPITULO 3

1 Primeira lei da termodinâmica: Conservação da energia apropriadamente definidas. De fato, os princípios básicos da
A. Energia termodinâmica foram desenvolvidos no século XIX, antes
B. Entalpia mesmo que a teoria atômica da matéria fosse amplamente
2 Segunda lel da termodinâmica: O universo tende ao aceita.
máximo de distúrbio Conhecendo a termodinâmica pode-se determinar o quan-
A. Espontaneidade e distúrbio to um processo físico é possível. A termodinâmica é essencial
B. Entropia para entender por que as macromoléculas arranjam-se nas
C. Medição da entropia suas conformações nativas, como as vias metabólicas estão
concebidas, por que moléculas atravessam membranas bio-
3 Energia livre: Indicador de espontaneidade lógicas, como os músculos geram força mecânica e assim por
A. Energia livre de Gibbs
diante. Esta é uma lista sem fim. Ainda assim o leitor deve
B. Energia livre e traba lho
acautelar-se e ter sempre em mente que a termodinâmica
4 Equilíbrio químico não indica a velocidade na qual um processo possível venha
A. Constantes de equi líbrio a ocorrer. Por exemplo, embora a termodinâmica diga que a
B. Variações na energia livre-padrão glicose e o oxigênio reagem liberando uma grande quantidade
C. Reações acopladas de energia, ela não indica que esta mistura é indefinidamente
Apêndice: A energia livre depende da concentração estável à temperatura ambiente caso as enzimas apropriadas
não estejam presentes. A previsão das velocidades de reação,
como pode ser visto na Seção 14.lC, necessita de uma descri-
ção do mecanismo dos processos moleculares. Ainda assim, a
Não se pode ganhar. termodinâmica é um guia indispensável para formular mode-
Primeira lei da termodinâmica los mecanísticos, uma vez que tais modelos devem obedecer a
Não se pode nem empatar. todos os princípios da termodinâmica.
Segunda lei da termodinâmica Em geral, a termodinâmica, na forma como ela se aplica
Não se pode ficar fora do jogo. à bioquímica, preocupa-se principalmente com a descrição
Terceira lei da termodinâmica das condições sob as quais esses processos ocorrem de forma
espontânea (por si mesmos). Portanto, é importante revisar
os elementos termodinâmicos que possibilitam predizer a es-
pontaneidade química e bioquímica: a primeira e a segunda
Os seres vivos necessitam de um fornecimento contínuo de
leis da termodinâmica, o conceito de energia livre e a nature-
energia. Por exemplo, por meio da fotossíntese as plantas
za dos processos em equihbrio. Ter familiaridade com esses
convertem a energia da radiação do sol, a fonte primária de
princípios é condição indispensável para entender grande
energia para a vida na Terra, em energia química dos car-
parte da discussão que se segue neste livro. Entretanto, a
boidratos e de outras substâncias orgânicas. As plantas, ou
discussão sobre os aspectos termodinâmicos do metabolismo
os animais que delas se alimentam, metabolizam então essas
será postergada até as Seções 16.4 a 16.6.
substâncias para realizarem suas funções, como a síntese de
biomoléculas, a manutenção dos gradientes de concentra-
ção e o movimento dos músculos. Por fim, esses processos 1 PRIMEIRA LEI DA TERMODINÂMICA:
transformam a energia em calor, que é dissipado no ambien-
CONSERVAÇÃO DA ENERGIA
te. Portanto, uma parte considerável do aparato bioquímico
celular deve dedicar-se à aquisição e utilização de energia. Na termodinâmica, um sistema é definido como aquela parte
A termodinâmica (do grego: therme, calor + dynamis, do universo que é interesse de estudo, como, por exemplo,
força) é uma descrição maravilhosamente elegante das rela- um tubo de reação ou um organismo; o resto do universo é
ções que existem entre as várias formas de energia e de como chamado de meio externo ou arredores. Um sistema pode
a energia afeta a matéria no nível macroscópico em contra- ser aberto, fechado, ou isolado, dependendo se troca maté-
posição ao nível molecular; isto é, a termodinâmica trata de ria e energia com o meio externo, se troca apenas energia
quantidades de matéria grandes o suficiente para que suas ou se não troca nem matéria e nem energia. Os seres vivos,
propriedades básicas, como temperatura e pressão, sejam que captam nutrientes, eliminam dejetos e geram trabalho e
Bioquímica 53

calor, são exemplos de sistemas abertos. Se um organismo TABELA 3.1 Unidades e constantes termodinâmicas
fosse colocado dentro de uma caixa fechada, ele pertenceria, Joule (J)
juntamente com a caixa, a um sistema fechado; se a caixa es-
1 J = 1 kg· m 2 • s-2 1 J = 1 C ·V (Coulomb volt)
tivesse hermeticamente isolada, o sistema seria isolado.
1J=1 N · m (Newton metro)
A. Energia Caloria (cal)
1 cal aquece 1 g de HiO de 14,5a15,5ºC
A primeira lei da termodinâmica é uma afirmação matemá- 1 cal = 4,184 J
tica da lei de conservação de energia: a energia não pode ser
Grande caloria (Cal)
criada e nem destruída.
1Cal=1 kcal 1 Cal = 4,184 J
!::.. u = ufinal - uinicial = q +w [3.1] Número de Avogrado (N)
N = 6,0221 X 1023 moléculas· mol- 1
Aqui Ué energia, q representa o calor absorvido pelo sistema
do meio externo e w é o trabalho realizado sobre o sistema Coulomb (C)
pelo meio externo. O calor é o reflexo do movimento aleató- 1 C = 6,241 X 1018 cargas eletrônicas
rio das moléculas, enquanto o trabalho, que é definido como Faraday (9F)
a força vezes a distância percorrida sob sua influência, está re- 1 <g;, = N cargas eletrônicas
lacionado com a organização do movimento. Força pode as- 1 cg;, = 96.485 c. mol- 1 = 96.485 J. y-l. mol- 1
sumir muitas formas diferentes, incluindo a força gravitacio- Escala de temperatura Kelvin (K)
nal exercida por uma massa sobre outra, a força de expansão OK =zero absoluto 273,15 K = OºC
exercida por um gás, a força de tensão exercida por uma mola
Constante de Boltzmann (kB)
ou fibra muscular, a força elétrica de uma carga sobre a outra, k = 1 3807 X 10-23 J · K- 1
ou as forças dissipativas de fricção e viscosidade. Os proces- B '

sos pelos quais os sistemas liberam calor, que, por convenção, Constante dos gases (R)
são designados como q negativo, são chamados de processos R=NkB R = 1,9872 cal· K- 1 • mol- 1
exotérmicos (do grego: exo, para fora) e aqueles nos quais o R = 8 3145 J · K- 1 • mol- 1 R =O 08206 L · atm · K- 1 • mol-1
' '
sistema ganha calor (q positivo) são conhecidos como pro-
cessos endotérmicos (do grego: endon, dentro). Segundo essa
convenção, o trabalho realizado pelo sistema contra uma for- -se ao conteúdo de calor ou de trabalho de um sistema (da
ça externa é definido como tendo um valor negativo. mesma maneira que não tem sentido referir-se ao número de
Na moderna literatura científica, a unidade de energia notas de um real ou de dez reais em uma conta bancária com
do SI (Sistema Internacional de Unidades), o joule (J) é saldo de R$ 85,00). Para indicar essa propriedade, o calor ou o
substituída por caloria (Cal). A grande caloria (Cal, com C trabalho produzido durante uma mudança de estado nunca é
maiúsculo) é a unidade preferida pelos nutricionistas. As re- indicado como t::..q ou !::.. w, mas apenas como q ou w.
lações entre essas grandezas e outras unidades, bem como os
valores das constantes que serão úteis neste capítulo, estão
B. Entalpia
indicadas na Tabela 3.1.
Qualquer combinação que contenha somente funções de esta-
a. As funções de estado são independentes do caminho do deve ser também uma função de estado. Uma dessas com-
seguido pelo sistema binações, que é conhecida como entalpia (do grego: enthal-
Invariavelmente, os experimentos têm demonstrado que a pein, aquecer), é definida como
energia de um sistema depende apenas das propriedades
ou do estado atual, não de como ele atingiu esse estado. H= U+PV [3.2]
Por exemplo, o estado de um sistema composto por uma
onde V é o volume e P é a pressão do sistema. A entalpia é
amostra de determinado gás é totalmente descrito pela sua
uma grandeza muito conveniente para descrever sistemas
pressão e pela sua temperatura. A energia dessa amostra
biológicos, porque, sob pressão constante (uma condição
de gás é função apenas das assim denominadas funções de
estado (grandezas que dependem apenas do estado do sis- típica da maioria dos processos bioquímicos), a variação de
tema), sendo, portanto, ela própria uma função de estado. entalpia entre os estados inicial e final de um processo, t::...H,
Consequentemente, não há variação líquida de energia é o calor que o processo gera ou absorve e pode ser medido
(t::..U =O) em qualquer processo no qual o sistema retorne com facilidade. Para mostrar isso, pode-se dividir o traba-
ao seu estado inicial (processo cíclico). lho em duas categorias: o trabalho do tipo pressão-volume
Separadamente, nem o calor e nem o trabalho são funções (P - V), também chamado trabalho de expansão, que é o
de estado, porque tanto um como o outro depende do caminho trabalho realizado pela expansão contra uma pressão ex-
seguido pelo sistema quando muda de um estado para outro. terna (-Pt::.. V), e trabalho de qualquer outro tipo (w'):
Por exemplo, no processo de mudança de um estado inicial a
um estado final, um gás pode realizar trabalho ao se expandir w = Pt::..V + w' [3.3]
contra uma força externa, ou pode não produzir trabalho por Então, combinando as Equações [3.1], [3.2] e [3.3], observa-
seguir um caminho no qual ele não encontra resistência ex- -se que
terna. Se a Equação [3.1] deve ser obedecida, o calor também
deve depender do caminho. Portanto, não tem sentido referir- t::..H = t::..U + Pt::.. V= qP - w + Pt::..V= qP - w' [3.4]
54 Dona ld Voet /Judith G. Voet

onde qP é o calor transferido sob pressão constante. Então, se Portanto, é possível que um processo espontâneo ocorra em
w' = O, como geralmente é verdadeiro para as reações quími- uma velocidade ínfima.
cas, íl.H = qP. Ademais, como na maioria dos processos bio-
químicos as variações de volume são desprezíveis de forma A. Espontaneidade e distúrbio
que as diferenças entre os valores de íl. U e íl.H em geral são
insignificantes. A segunda lei da termodinâmica, de acordo com todos os
Agora pode-se entender a utilidade das funções de estado. dados experimentais, afirma que processos espontâneos ocor-
Por exemplo, suponha-se que se queira determinar a variação rem na direção que leva a um aumento na desordem total do
de entalpia resultante da oxidação completa de 1 g de glicose universo, isto é, do sistema e do meio externo. A desordem
em C02 e H 20 pelo tecido muscular. Obter tal medida direta- nesse contexto, é definida como o número de maneiras equi-
mente apresentaria grandes dificuldades experimentais. Uma valentes, W, pelas quais os componentes do universo podem
dificuldade seria que as variações de entalpia das numerosas estar organizados. Para ilustrar esse ponto, considera-se um
reações metabólicas que ocorrem normalmente no músculo sistema isolado constituído de dois balões de volumes iguais,
vivo e que não envolvem a oxidação da glicose interfeririam contendo um total de N moléculas idênticas de um gás ideal
bastante com as medições da entalpia. Entretanto, uma vez (Fig. 3.1). Quando a torneira situada na união entre os dois
que a entalpia é uma função de estado, pode-se medir a en- balões é aberta, a probabilidade de uma molécula situar-se
talpia da combustão da glicose em qualquer equipamento que em um balão ou no outro é igual, de modo que a há um total
se escolha, por exemplo, um calorímetro a pressão constante de 2N maneiras igualmente prováveis pelas quais as N molécu-
ao invés de um músculo, e ainda assim obter o mesmo valor. las podem distribuir-se entre os dois balões. Uma vez que as
Obviamente, isso é verdadeiro quer se saiba ou não o meca- moléculas de gás são indistinguíveis entre si, existem apenas
nismo pelo qual o músculo converte glicose em C02 e H 20, (N + 1) estados diferentes do sistema: aqueles com O, 1, 2,...,
desde que fique estabelecido que essas substâncias realmente (N - 1), ou N moléculas no balão da esquerda. A teoria das
sejam os produtos metabólicos finais. Em geral, a variação na probabilidades indica que o número de maneiras (indistinguí-
entalpia de qualquer série de reações hipotéticas pode ser deter- veis), WL, de colocar L das moléculas N no balão esquerdo é
minada a partir da variação de entalpia em qualquer outra série
de reações entre os mesmos reagentes e produtos. N!
Afirmou-se anteriormente neste mesmo capítulo que a
Wz, = L !( N - L )!
termodinâmica serve para indicar o quanto um determinado A probabilidade de que tal estado ocorra é a razão entre o
processo ocorre de forma espontânea. Mesmo assim, a pri- número total de estados possíveis: WLl2N.
meira lei da termodinâmica não pode, por si só, fornecer as Para qualquer valor de N, o estado mais provável, isto
bases para tal afirmativa, como mostra o exemplo a seguir. é, aquele com o maior valor de W L' é aquele no qual meta-
Sabe-se que, quando dois objetos com temperaturas diferen-
de das moléculas está em um dos balões ( L = Nl2 para N
tes são colocados em contato um com o outro, o calor flui
par). A' medida que N toma-se maior, a probabilidade que L
do objeto mais quente para o mais frio, nunca o contrário.
seja quase igual a N/2 aproxima-se da unidade: por exemplo,
Ainda assim, ambos processos são coerentes com a primeira
quando N = 10, a probabilidade de que L fique dentro de um
lei da termodinâmica, uma vez que a energia associada aos
limite de 20o/o de N/2 (i.e., 4, 5 ou 6) é 0,66, enquanto para N
dois objetos é independente da distribuição de suas tempera-
= 50 esta possibilidade (de que L fique na faixa de 20 a 30)
turas. Consequentemente, deve-se procurar um outro crité-
rio de espontaneidade que não seja fundamentado apenas na é 0,88. Para um número de moléculas quimicamente signifi-
primeira lei da termodinâmica.
(a)

.
2 SEGUNDA LEI DA TERMODINÂMICA: O UNIVERSO \
\

'
TENDE AO MÁXIMO DE DESORDEM 1
Quando um nadador cai na água (um processo espontâneo)
a energia do movimento sincronizado do seu corpo é conver-
tida no movimento térmico caótico das moléculas de água
circundantes. O processo inverso, a ejeção do nadador da
águ.a por um repentino movimento coerente das moléculas
de água circundantes nunca foi visto, mesmo que esse fenô-
meno não viole a primeira lei da termodinâmica e nem as leis
de Newton para o movimento. Isto porque os processos es-
pontâneos são caracterizados pela conversão da ordem (nes-
te caso o movimento sincronizado do corpo do nadador) em
caos (aqui o movimento térmico aleatório das moléculas de FIGURA 3.1 Dois balões de volumes iguais conectados por
água). Assim, a segunda lei da termodinâmica, que exprime uma torneira. Em (a), o gás ocupa o balão da esquerda, no ba-
esse fenômeno, fornece um critério para determinar se um
~
lão da direita foi feito vácuo e a torneira está fechada. Quando
processo é espontâneo. E importante observar que a termo- a torneira é aberta (b), as moléculas do gás difundem de um
dinâmica nada diz sobre a velocidade do processo; isso está balão para o outro, distribuindo-se de modo tal que metade do
dentro da abrangência da cinética química (Capítulo 14). número de moléculas ocupa cada um dos balões.
Bioquímica 55

FIGURA 3.2 A improbabilidade de haver mesmo uma peque-


na quantidade de ordem. Considere um "universo simples" for-
mado de um sistema quadrado com 9 posições e que contenha 4
"moléculas" idênticas (pontos vermelhos). Se as 4 moléculas es-
tiverem organizadas em um quadrado, o arranjo será chamado
de "cristal", se estiverem organizadas de outra maneira, o arran- •••
••
jo será chamado de "gás". O número total de formas de organi-
•••• •••
zação diferentes para as 4 moléculas nas 9 posições é dado por

w= 9 . 8 . 7 . 6 = 126
• •••
4·3·2·1

O numerador indica que a primeira molécula pode ocupar qual-


quer uma das 9 posições do universo, a segunda molécula pode
••
ocupar qualquer uma das 8 posições restantes e assim sucessiva-
mente, enquanto o denominador é uma correção para o núme-
ro de arranjos, indistinguíveis entre si, das 4 moléculas idênticas.
Das 126 possibilidades de organização que esse universo pode ter,
apenas 4 são cristais (quadrados pretos). Então, mesmo que esse
seja um universo simples, a possibilidade de que ele contenha um
gás desordenado, quando arranjado aleatoriamente, é mais de 30
vezes superior do que a possibilidade de haver um cristal organi-
zado. (Figura impressa com a permissão de Irving Geis.) •• •
•••
cativo, isto é, N = 1023, a probabilidade de que o número de
moléculas no balão esquerdo difira do número de moléculas
no balão direito por uma proporção tão insignificante quan-
434
to uma molécula em cada 10 bilhões de moléculas é 10- ,
o que, para todos os propósitos, é zero. Assim, a proporção
pela qual o número de moléculas em cada um dos balões do
sistema da Fig. 3.lb é sempre igual não é por causa de qual- •
•••••
quer lei cinética; a energia do sistema é a mesma para qual-
quer arranjo de moléculas. Isso porque a combinação entre
as probabilidades de todos os outros estados é totalmente in-
••
significante (Fig. 3.2). Do mesmo modo, o motivo pelo qual
o nadador do exemplo citado anteriormente nunca é jogado
para fora da água ou mesmo minimamente perturbado pela
energia cinética coerente das moléculas de água circundantes
é que a probabilidade da ocorrência de tal evento é nula.
••
B. Entropia
Nos sistemas químicos, o número de maneiras equivalen-
•••
tes (W) de arranjar um sistema em determinado estado é,
de modo geral, inconvenientemente imenso. Por exemplo,
quando o sistema de dois balões mostrado anteriormente
••
contiver N moléculas de um gás, WN12 = 10M02, de modo que Um cristal Um gás
23 7 1 2
para N = 10 , W 5 x 1022 = 10 x o2 • Para lidar com W mais fa-
cilmente, define-se, como fez Ludwig Boltzmann em 1877,
uma grandeza conhecida como entropia (do grego: en, para nização mais provável, aquela na qual a entropia é máxima,
dentro + trope, voltar-se): simplesmente porque esse estado é extremamente provável.
Por exemplo, suponha que todas as moléculas N do sistema
[3.5] de dois balões estejam inicialmente posicionadas no balão
que também aumenta com W, mas de uma maneira mais fácil esquerdo (Fig. 3.la; WN = 1 e S =O, pois há apenas uma úni-
de trabalhar. kB é a constante de Boltzmann (Tabela 3.1). Para ca maneira de fazer isso). Depois que a torneira é aberta, as
o sistema de dois balões iguais, S = kBN ln 2, de modo que a moléculas irão difundir-se aleatoriamente para dentro e para
entropia de um sistema em seu estado mais provável é propor- fora do balão direito, até que o estado mais provável (entro-
cional ao número de moléculas de gás que o sistema contém. pia máxima) seja atingido, aquele com metade das moléculas
Observe que a entropia é uma função de estado, porque ela em cada balão. A seguir, as moléculas de gás continuarão a
depende apenas dos parâmetros que descrevem um estado. se difundir para fora e para dentro, entre os dois balões, mas
As leis das probabilidades determinam que qualquer não haverá mais mudança líquida macroscópica no sistema.
sistema de tamanho razoável adote espontaneamente a orga- Diz-se que o sistema atingiu o equilíbrio.
56 Dona ld Voet / Judith G. Voet

De acordo com a Equação [3.5], o processo anterior de da desorganização dos nutrientes que consomem. Assim, co-
expansão espontânea leva a um crescimento da entropia. De mer é tanto uma maneira de adquirir ordem como de ganhar

maneira geral, para qualquer processo de energia constante energia.
(ô.U = O), um processo espontâneo é caracterizado por ô.S > O estado de um sistema pode ser constituído por um
O. Uma vez que a energia do universo é constante (a ener- conjunto de grandezas ainda mais complicadas do que aque-
gia pode adotar formas diferentes, mas não pode ser criada las de moléculas de um gás em um balão ou de moléculas de
e nem destruída), qualquer processo espontâneo leva a um um soluto em um solvente. Por exemplo, se um sistema for
aumento na entropia do universo: constituído por moléculas de uma proteína em uma solução
aquosa, seus vários estados variarão, como será visto adian-
f:..Ssistema + f:..Smeio externo = f:..Suniverso > O [3·6] te, tanto nas conformações dos resíduos de aminoácidos da
A Equação [3.6] é a expressão normalmente usada para de- proteína como na distribuição e reordenação das molécu-
finir a segunda lei da termodinâmica. Ela mostra a tendência las de água associadas a esses resíduos. A segunda lei da
normal de todo processo espontâneo em desorganizar o uni- termodinâmica aplica-se a esse caso porque uma molécula
verso, isto é, a entropia do universo tende ao máximo. de proteína em uma solução aquosa adota sua conformação
As conclusões com base no aparato de dois balões po- nativa sobretudo em resposta à tendência que a estrutura
dem ser aplicadas para explicar, por exemplo, por que o san- da água circundante tem de ficar desordenada ao máximo
gue transporta 0 2 e C02 entre os pulmões e os tecidos. Osso- (Seção 8.4C).
lutos em solução comportam-se de maneira similar aos gases,
no que se refere à tendência de manterem uma concentração C. Medição da entropia
uniforme em todo o volume que ocupam, porque essa é a or- Nos sistemas químicos e biológicos, não é prático, se não
ganização mais provável. Nos pulmões, onde a concentração impossível, determinar a entropia de um sistema contando
de 0 2 é maior do que no sangue venoso que está atraves- o número de maneiras, W, pelas quais ele pode atingir seu
sando os pulmões, a quantidade de 0 2 que entra no sangue estado mais provável. Uma definição equivalente e mais prá-
é maior do que aquela que deixa o sangue. Já, nos tecidos, tica da entropia foi proposta em 1864 por Rudolf Clausius.
onde a concentração de 0 2 é menor do que no sangue arte- Para um processo espontâneo
rial, há uma difusão de 0 2 do sangue para os tecidos. Com o
transporte de C02 ocorre o contrário, pois a concentração de final dq
C02 é menor nos pulmões e maior nos tecidos. Deve-se ficar ô.S > f .. - [3.7]
atento para o fato de que a termodinâmica não revela nada inicial
T
sobre a velocidade com que o 02 e o co2 são transportados
para e a partir dos tecidos. As velocidades desses processos onde T é a temperatura absoluta na qual ocorre a troca de
dependem das propriedades físico-químicas do sangue, dos calor. A prova da equivalência das duas definições de en-
pulmões e do sistema cardiovascular. tropia, que requer conhecimentos elementares de mecânica
A validade da Equação [3.6] não implica que um de- estatística, pode, ser encontrada em muitos livros-texto de
terminado sistema não possa aumentar seu grau de ordem. físico-química. E evidente, entretanto, que qualquer sistema
Entretanto, como foi explicado na Seção 3.3, um sistema só toma-se progressivamente mais desordenado (sua entropia
pode ter um aumento na sua ordem à custa de um distúrbio aumenta) à medida que a temperatura aumenta (p. ex., Fig.
ainda maior do meio externo por meio da aplicação de ener- 3.3). A igualdade da Equação [3.7] é mantida apenas para os
gia ao sistema. Por exemplo, os seres vivos, que são organi- processos nos quais o sistema mantém-se em equilíbrio ao
zados desde o nível molecular para cima, especialmente bem longo da troca; esses processos são conhecidos como proces-
organizados, atingem esse grau de organização às expensas
, .
sos revers1ve1s.

+
1

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'
' '1 1
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I
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--' 1

Gelo Gelo derretido '


Agua '
liquida Água fervente
(de -273 a OºC) (OºC) (de O a 100ºC) (100ºC)

FIGURA 3.3 Relação entre entropia e temperatura. A estrutura da água, ou de qualquer outra substância, torna-se progressiva-
mente desordenada, isto é, a entropia aumenta à medida que a temperatura aumenta.
Bioquímica 57

No caso das condições de temperatura constante típicas TABELA 3.2 Variação da espontaneidade de uma reação
dos processos biológicos, a Equação [3.7] reduz-se a (valor negativo de AG) em função dos sinais de
4.He4S
[3.8] !lH !lS !lG = !lH - T !lS
+ A reação é favorecida tanto pela entalpia ( exotérmi-
Então, a variação de entropia de um processo reversível que ca) como pela entropia. Ela é espontânea ( exergôni-
ocorre a temperatura constante pode ser determinada dire- ca) em todas as temperaturas.
tamente a partir da determinação quantitativa do calor trans- A reação é favorecida pela entalpia, mas desfavoreci-
ferido e da temperatura na qual isso ocorre. Entretanto, uma da pela entropia. Ela será espontânea somente em
vez que um processo em equilíbrio pode mudar somente a temperaturas abaixo de T = !lH/ M.
uma velocidade ínfima (por definição, os processos em equi- + + A reação é desfavorecida pela entalpia (endotérmica),
hôrio são invariáveis), os processos reais podem, reversivel- mas favorecida pela entropia. Ela será espontânea
mente, aproximar-se, mas nunca atingir de fato o equilíbrio. somente em temperaturas acima de T = !lHI !lS.
Consequentemente, em qualquer processo real, a variação de + A reação é desfavorecida tanto pela entalpia como
entropia do universo é sempre maior do que o valor (rever- pela entropia. Ela é não espontânea ( endergônica)
sível) ideal. Isso significa que, quando um sistema volta ao em qualquer temperatura.
estado de partida por meio de um processo real, a entropia
do universo deve aumentar mesmo que a entropia do sistema
(uma função de estado) não se altere. de espontaneidade para as condições com T e P constantes,
que são as condições típicas dos processos bioquímicos.
Os processos espontâneos, isto é, aqueles com valores de
3 ENERGIA LIVRE: INDICADOR DE ó.G negativos, são denominados de exergônicos (do grego:
ESPONTANEIDADE ergon, trabalho) e podem ser utilizados para realizar traba-
lho. Processos que não são espontâneos, aqueles com valores
Usar o aumento da desorganização do universo por um proces- ó.G positivos, são denominados de endergônicos, e só podem
so espontâneo não é uma maneira prática de determinar a es- ocorrer pelo fornecimento de energia (por meio de mecanis-
pontaneidade do processo, pois raramente é possível monitorar mos que serão discutidos na Seção 3.4C). Os processos em
a entropia de todo o universo. E também não se pode predizer equilíbrio, aqueles nos quais as reações direta e inversa estão
a espontaneidade de um processo apenas a partir do conheci- perfeitamente balanceadas, são caracterizados por ó.G = O.
mento da variação de entropia. Isso porque os processos exo- Observe
, que o valor de ó.G varia diretamente com a tempera-
térmicos (ó.Hsistema <O) podem ser espontâneos mesmo se eles tura. E por isso, por exemplo, que a estrutura nativa de uma
forem caracterizados por ó.Ssistema < O. Por exemplo, 2 moles proteína, cuja formação a partir de sua forma desnaturada
de ~ e 1 mol de 0 2, quando recebem uma centelha, reagem tem ó.H < Oe ó.S < O, predomina em temperaturas inferiores
em uma reação que, definitivamente, é exotérmica, formando àquela em que ó.H = T ó.S (a temperatura de desnaturação),
2 moles de H 20. Mesmo assim, duas moléculas de água (nas enquanto acima dessa temperatura predomina a forma des-
quais os três átomos de cada uma delas estão forçados a perma- naturada. A variação da espontaneidade de um processo em
necerem juntos) são mais organizadas do que as três moléculas relação aos sinais de ó.H e ó.S está resumida na Tabela 3.2.
diatômicas que as formam. De maneira similar, sob condições
apropriadas, muitas proteínas desnaturadas organizam-se de
B. Energia livre e trabalho
forma espontânea de modo a adotarem suas conformações
nativas, que são altamente organizadas (Seção 9.lA). O que Quando um sistema a temperatura e pressão constantes rea-
realmente é necessário, portanto, é uma função de estado que liza um trabalho não seja do tipo P-V, a Equação [3.10] deve
possa prever se um determinado processo é espontâneo ou não. ser expandida para
Uma função desse tipo será considerada nesta seção.
ó.G = qP - T ó.S + w' [3.11]

A. Energia livre de Gibbs ou, uma vez que T ó.S > qP (Equação [3.8]),
A energia livre de Gibbs, ó.G < w'
G=H-TS [3.9] de modo que

formulada por J. Willard Gibbs em 1878, é o indicador de ó.G > -w' [3.12]
espontaneidade dos processos que ocorrem a temperatura
Uma vez que nos processos biológicos trabalho do tipo P-V
e pressão constantes. Para o caso de sistemas que realizam
não tem importância, ó.G representa a maior energia que pode
apenas trabalho a pressão e volume constantes (w' = O),
ser recuperada na forma de trabalho. Desse modo, o ó.G de um
combinando as Equações [3.4] e [3.9] e mantendo Te P cons-
tantes, obtém-se processo é indicativo, por exemplo, do máximo de separação de
cargas que pode ocorrer em um processo, do gradiente de con-
ó.G = ó.H - T ó.S = qP - T ó.S [3.10] centração máximo que pode ser gerado (Seção 3.4A), da ati-
vidade muscular máxima que pode ser produzida, e assim por
A Equação [3.8] indica que T ó.S q para processos espontâ- diante. Na verdade, em processos reais, os quais podem apenas
neos a T constante. Consequentemente, ó.G < O é o critério aproximar-se da reversibilidade, a não igualdade da Equação
58 Dona ld Voet /Judith G. Voet

[3.12] permanece, de forma que o trabalho investido em qual- ll. G = cG e + dG D - aG A - bG B [3.14]


quer sistema nunca poderá ser recuperado totalmente. Isso é um
dos indicativos do caráter dissipativo inerente da natureza. De Substituindo esta relação na Equação [3.13]
fato, como foi visto anteriormente, é exatamente esse caráter
dissi~ativo que fornece a força motora para qualquer mudança. [C]c [D] d
E importante reiterar que um valor grandemente nega- ô. G = ll. G º + RT ln [3.15]
tivo de ll.G não garante que uma reação química ocorrerá a [A]ª[B]b
uma velocidade mensurável. Isso depende dos detalhes do
mecanismo da reação, que é independente de ll.G. Por exem- sendo que ll.Gº é a variação de energia livre da reação quan-
plo, a hidrólise de muitas moléculas biológicas, incluindo as do todos os seus reagentes e produtos estiverem em seus es-
proteínas, os ácidos nucleicos, os carboidratos e os lipídeos, é tados padrão. Assim, a expressão para a variação de energia
termodinamicamente favorecida, mas, mesmo assim, a hidró- livre de uma reação consiste em duas partes: (1) um termo
lise espontânea dessas moléculas ocorre apenas a velocidades constante, cujo valor depende apenas da ocorrência da rea-
insignificantes. Somente com a introdução de enzimas apro- ção, e (2) um termo variável, que depende da concentração
priadas é que a hidrólise dessas moléculas ocorrerá a uma ve- dos reagentes e dos produtos, da estequiometria da reação e
locidade razoável. Ainda assim, um catalisador (que, por defi- da temperatura.
nição, não é modificado pelas reações) não pode afetar o ll.G No caso de uma reação que atingiu o equilíbrio, não há
de uma reação. Consequentemente, uma enzima pode somen- variação líquida, pois a energia livre da reação direta é per-
te acelerar a chegada ao equilíbrio; ela não pode, por exemplo, feitamente contrabalançada pela energia livre da reação in-
possibilitar que ocorra uma reação que tenha um ll.G positivo. versa. Consequentemente, ll.G = O e então a Equação [3.15]
toma-se

4 EQUILÍBRIO QUÍMICO ll.Gº = -RTln K eq [3.16]

A entropia (desordem) de uma substância aumenta com seu onde K eq é a conhecida constante de equilíbrio da reação
volume. Por exemplo, como visto no caso do aparato de dois
balões (Fig. 3.1), um conjunto de moléculas de gás, ao ocupa- - (C]~q [D] ~q - - t>.Gº/RT
rem todo o volume disponível, maximizam sua entropia. De Keq - a b - e [3.17]
maneira similar, moléculas dissolvidas distribuem-se unifor- [A]eq [B] eq
memente por todo o volume da solução. Portanto, entropia é
função da concentração. e o subscrito "eq" no termo de concentração indica os valores
Se a entropia varia com a concentração, a energia livre no equilíbrio. (Como normalmente a condição de equilíbrio é
também deve variar. Assim, como mostrado nesta seção, a tão óbvia dentro desse contexto, as concentrações de equilí-
variação da energia livre de uma reação química depende das brio em geral são expressas sem esse subscrito.) A constante de
concentrações dos seus reagentes e produtos. Esse fenômeno equilíbrio de uma reação pode então ser calculada a partir dos
é de grande importância bioquímica, pois reações enzimáticas dados de energia livre padrão e vice-versa. A Tabela 3.3 indica
podem proceder em qualquer direção, dependendo das con- a relação numérica entre ll.Gº e K eq· Observe que uma varia-
centrações relativas de seus reagentes e produtos. De fato, ção de 10 vezes na K eq a 25ºC corresponde a uma variação no
as direções de muitas reações catalisadas por enzimas depen- ll.Gº de 5,7 kJ · mol- 1, isto é menos da metade da energia livre
dem da disponibilidade de seus substratos (reagentes) e da de uma ligação de hidrogênio, que é uma ligação fraca.
demanda metabólica de seus produtos (embora muitas rotas As Equações de [3.15] a [3.17] indicam que, quando os
metabólicas operem em uma única direção; Seção 16.6C). reagentes de um processo estão em excesso em relação a suas
concentrações de equilíbrio, a reação seguirá no sentido dire-
to até que o excesso de reagentes seja convertido nos produ-
A. Constantes de equilíbrio tos e o equilíbrio alcançado. D e maneira semelhante, quando
A relação entre a concentração e a energia livre de uma subs- os produtos estão em excesso, a reação seguirá no sentido
tância A, cuja dedução encontra-se no apêndice deste capítu-
lo, é, aproximadamente,
TABELA 3.3 Variação da Kcq em função do 4.Gº a 25ºC
GA - G~ = RT ln[A] [3.13] dGº (kJ · mol- 1)
onde G A é conhecido tanto como energia livre molar parcial 106 -34,3
ou potencial químico de A (a barra indica a quantidade por 104 -22,8
mol), GA. é a energia livre molar parcial de A em seu estado- 102 -11,4
-padrão (ver Seção 3.4B), Ré a constante dos gases (Tabela
101 -5,7
3.1) e [A] é a concentração molar de A . Então, no caso da
reação geral, uma vez que as energias livres se somam e ava- 10º 0,0
riação de energia livre da reação é a soma das energias livres 10-1 5,7
dos produtos menos a energia livre dos reagentes, a variação 10-2 11,4
de energia livre desta reação é 10-4 2,8
aA + bB cC + dD 10-6 34,3
Bioquímica 59

inverso da reação de modo a converter os produtos em rea- TABELA 3.4 Energia livre de formação de alguns compostos
gentes até que a relação entre as concentrações de equiliôrio de interesse bioquímico
sejam também alcançadas. Assim, como o princípio de Le Composto
Châtelier estabelece, qualquer desvio do equilíbrio estimula
um processo que tende a restabelecer o equilíbrio do sistema. Acetaldeído 139,7
Todos os sistemas isolados devem inevitavelmente alcançar o Acetato- 369,2
equilíbrio. Sistemas vivos fogem desse impasse termodinâmi- Acetil-CoA 374,1 *
co por serem sistemas abertos (Seção 16.6A). cis'-Aconitato3- 920,9
A variação da constante de equilíbrio em função da tem-
C02(g) 394,4
peratura pode ser vista substituindo-se a Equação [3.10] na
Equação [3.16] e rearranjando: C02(aq) 386,2
HC03 - 587,1

ln Keq -
_ -AHº (_!__) + ASº
[3.18]
Citrato3- 1.166,6
R T R Di-hidroxiacetona fosfato2- 1.293,2
Etanol 181,5
onde Hº e Sº representam, respectivamente, entalpia e en-
tropia no estado-padrão. Se AHº e ASº são independentes da Frutose 915,4
temperatura (geralmente uma aproximação razoável), um Frutose-6-fosfato2- 1.758,3
gráfico de ln K eq versus l/T (conhecido como gráfico de van't Frutose-1,6-bifosfato4 - 2.600,8
Hoff) produz uma linha reta com inclinação de -AHºIR e in- Fumarato2- 604,2
terseção de ASº IR. Essa relação permite calcular os valores
a-D-Glicose 917,2
de AHº e ASº a partir da determinação de Keq em duas (ou
mais) temperaturas. Portanto, determinações calorimétricas, Glicose-6-fosfatoz- 1.760,2
que até poucas décadas atrás eram difíceis de serem medi- Gliceraldeído-3-fosfato2- 1.285,6
das no caso dos processos bioquímicos, não são necessárias H+ 0,0
para a obtenção dos valores de AHº e ASº. Em vista disso,
Hz(g) 0,0
a maioria dos dados termodinâmicos bioquímicos foi obti-
da por meio da aplicação da Equação [3.18]. Entretanto, o H 20(f) 237,2
desenvolvimento do microcalorímetro de varredura fez com Isocitrato3- 1.160,0
que a determinação direta do AH (qP) de um processo bioquí- a -Cetoglutarato2- 798,0
mico passasse a ser uma alternativa prática para a obtenção Lactato- 516,6
desses dados. Efetivamente, discrepâncias entre os valores de
L-Malato2- 845,1
AHº de uma reação determinados calorimetricamente e pelo
gráfico de van't Hoff sugerem que a reação ocorra via um ou OH- 157,3
mais estados intermediários, além dos estados iniciais e finais Oxalacetato2- 797,2
implícitos na formulação da Equação [3.18]. Fosfoenolpiruvato3 - 1.269,5
2-Fosfoglicerato3- 1.285,6
B. Variação na energia livre padrão 3-Fosfoglicerato3- 1.515,7
Uma vez que se pode medir apenas variação na energia li- Piruvato- 474,5
vre, AG, e não as energias livres absolutas, é necessário re-
Succinato2- 690,2
lacionar essas diferenças com algum estado-padrão para se
poder comparar as energias livres de substâncias diferentes Succinil-CoA 686,7*
(da mesma maneira, relaciona-se a altitude de um local ao ní- *Para a formação dos elementos livres + CoA (coenzima A) livre.
vel do mar, que é arbitrariamente considerado como altitude Fonte: Metzler, D.E., Biochemistry, The Chemical Reactions of Living Cells,
p. 162-164, Academic Press (1977).
zero). Por convenção, a energia livre de cada elemento puro
em seu estado-padrão a 25ºC, 1 atm e em suas formas mais
estáveis (p. ex., 0 2 e não 0 3), é definida como zero. A ener- a. Convenções de estade>-padrão em bioquímica
gia livre de formação de qualquer substância não elementar, A convenção para referir-se ao estado-padrão normalmente
AGºt, é definida como a variação de energia livre que acom- usada em físico-química define o estado-padrão de um so-
panha a formação de 1 mol da substância, em seu estado-pa- luto com atividade igual a um a 25ºC e 1 atm (atividade é a
drão, a partir dos elementos (em seus estados-padrão) que concentração do soluto corrigida para compensar o compor-
a compõem. A variação de energia livre de qualquer reação tamento não ideal, como está explicado no apêndice deste
pode ser calculada segundo a relação capítulo; no caso das soluções diluídas, típicas das reações
bioquímicas realizadas em laboratório, tais correções são
A Gº = ~A G 1 (produtos) - ~A G1 (reagentes) pequenas, de modo que as atividades podem ser substituí-
[3.19] das pelas concentrações). Entretanto, devido ao fato de que
as reações bioquímicas quase sempre ocorrem em soluções
A Tabela 3.4 mostra os valores da energia livre padrão aquosas diluídas próximas ao pH neutro, foi adotada uma
de formação, AGº t' de algumas substâncias de importância convenção um pouco diferente para os estados-padrão dos
bioquímica. sistemas biológicos.
60 Dona ld Voet / Judith G. Voet

• O estado-padrão da água é definido como aquele 3. Quando uma reação envolve íons hidrogênio,
do líquido puro. Então a atividade da água pura é toma-
da como a unidade, embora sua concentração seja 55,5 M . A + B C + HD
Essencialmente, o termo [Iliü] está incorporado no valor
da constante de equihôrio. Esse procedimento simplifica as
expressões da energia livre das reações em soluções aquosas
diluídas envolvendo a água como reagente ou produto, por-
que o termo [H2 0] pode ser ignorado. onde
• A atividade do íon de hidrogênio é definida como unitá-
ria em pH fisiologicamente relevante, 7 ,O, e não no estado-
-padrão físico-químico de pH O, no qual muitas substâncias K=
biológicas são instáveis.
• O estado-padrão das substâncias que podem sofrer uma manipulações matemáticas similares às anteriores levam à
reação acidobásica é definido em termos da concentração relação
total da mistura de íons que ocorre naturalmente em pH 7.
Diversamente, a convenção físico-química refere-se a espé- tl.Gº' = tl.Gº - RT ln(l + K/[H+ ] 0) +
cies puras, independentemente se elas existem ou não em pH
RT ln[H+]0 [3.21]
O. A vantagem da convenção bioquímica reside no fato de
que a concentração total de uma substância que tenha múlti-
onde [H+]0 = 10- 7 M (esse é o único valor de [H+] para o
plos estados de ionização, como é o caso de muitas moléculas
biológicas, em geral é mais fácil de determinar do que a con- qual essa equação é válida). Obviamente, se mais do que
centração dos seus estados iônicos. Entretanto, uma vez que uma espécie ionizável participar da reação e/ou se alguma
a composição iônica de um ácido ou de uma base varia com das espécies participantes for poliprótica, a Equação [3.21]
o pH, as energias livres padrão calculadas de acordo com a será proporcionalmente mais complicada.
convenção bioquímica são válidas apenas em pH 7 ,O.
C. Reações acopladas
Segundo a convenção bioquímica, a variação de energia
livre padrão das substâncias são normalmente simbolizadas Em condições apropriadas, a somatória das variações de ener-
por tl.Gº', para diferenciá-las da variação de energia livre gia livre possibilita que uma reação endergônica seja levada
padrão da físico-química, tl.Gº (observe que, ao ser medido adiante por uma reação exergônica. Esse fenômeno constitui
experimentalmente, o valor de tl.G de qualquer processo não a base termodinâmica da operação das vias metabólicas, pois
depende do estado-padrão escolhido, isto é, tl.G = tl.G'). a maioria dessas sequências de reações contém tanto reações
Da mesma forma, a constante de equihôrio bioquímico, que endergônicas como exergônicas. Considerando o seguinte
é definida pelo uso de tl.Gº' no lugar de tl.Gº na Equação processo de duas reações:
[3.17], é representada por K~q·
(1) A+ B C+D
Em geral, a relação entre tl.Gº' e tl.Gº é simples.
Normalmente, existem três situações: (2) D+ E F+G
1. Quando as espécies reativas não incluem H 20 e nem H +,
as expressões para tl.Gº' e tl.Gº coincidem. Se tl.G 1 >O, a reação (1) não ocorrerá de forma espontânea.
2. Quando a reação, em solução aquosa diluída, produz n Entretanto, se tl.G2 for suficientemente exergônico de modo
que tl.G 1 + tl.G2 <O, então, embora a concentração de equilí-
moléculas de H 2 0:
brio de D na reação (1) seja relativamente pequena, ela será
A + B C +D + n H20 maior do que aquela da reação (2). A' medida que a reação
(2) converte D em produtos, a reação (1) seguirá no sentido
as Equações [3.16] e [3.17] indicam que direto para restabelecer a concentração de equilíbrio de D.
Assim, a reação altamente exergônica (2) fará com que a rea-
tl.Gº = - RT ln K = - RT ln [C] [D] [H20]n ção endergônica (1) ocorra. Diz-se que as duas reações estão
eq [A] [B] acopladas pelo intermediário comum D. O fato de que essas
reações acopladas ocorrem de forma espontânea (embora
Segundo
,
a convenção
. , bioquímica,
. que define a atividade da não necessariamente a uma velocidade finita) também pode
agua pura como un1tana, ser verificado somando-se as reações (1) e (2), para se obter
a reação total
tl.Gº' = - RTln K' = -RTln( [C] [D])
eq [A] [B] (1 + 2) A+B+E C+F+G

Então, Sendo que tl.G3 = tl.G1 + tl.G2 <O. Desde que a via total (se-
quência de reações) seja exergônica, ela ocorrerá no sentido
tl.Gº' = tl.Gº + nRT ln[H20] [3.20]
direto. Assim, a energia livre da hidrólise do ATP, um pro-
onde [H2 0] = 55,5 M (a concentração de água em uma so- cesso altamente exergônico, é atrelada a muitos outros pro-
lução aquosa), então para uma reação a 25ºC que produza 1 cessos biológicos, que de outro modo seriam endergônicos,
mol de H 20, tl.Gº' = tl.Gº + 9,96 kJ · mol- 1• permitindo assim que eles ocorram até o fim (Seção 16.4C).
Bioquímica 61

APÊNDICE: A ENERGIA LIVRE DEPENDE DA CONCENTRAÇÃO


Para estabelecer que a energia livre de uma substância é onde GºA é a energia livre de A no estado-padrão, sendo que
uma função da sua concentração, considerar a variação de [A] representa realmente a relação de concentração [A]/1.
energia livre de um gás ideal durante uma mudança reversí- Entretanto, uma vez que a lei de Henry é válida para solu-
vel de pressão sob temperatura constante ( w' = O, uma vez ções reais apenas no limite de diluição infinita, o estado-
que um gás ideal é incapaz de realizar um trabalho P-V). -padrão é definido como o estado totalmente hipotético de 1
Substituindo as Equações [3.1] e [3.2] na Equação [3.9] e cal- M de soluto com as propriedades que teria em uma diluição
culando a diferencial, o resultado leva a infinita.
Os termos de energia livre da Equação [3.A8] podem
dG = dq + dw + P dV + V dP - T dS [3.Al] ser convertidos de grandezas extensivas (que dependem da
A substituição das formas das diferenciais das Equações [3.3] quantidade de matéria) para grandezas intensivas (que in-
e [3.8] nesta expressão a reduz a dependem da quantidade de matéria), dividindo-se os dois
lados da equação por nA. Isso resulta em
dG = VdP [3.A2]
GA - G1 = RT ln[A] [3.A9]
A equação de um gás ideal é PV = nRT, onde n é o número
de móis do gás. Assim, A Equação [3.A9] tem a limitação de poder referir-se
apenas a soluções que seguem perfeitamente a lei de Henry,
embora as soluções reais só obedeçam a essa lei quando es-
dP
dG = nRT = nRT d ln P [3.A3] tão no limite de uma diluição infinita e ainda se o soluto for
p realmente volátil. Essas dificuldades só podem ser elimina-
das substituindo-se [A] na Equ.a ção [3.A9] pela grandeza aA,
Esse resultado, que é válido para a fase de um gás, pode ser conhecida como a atividade de A. Isso é definido como
estendido para a área da química das soluções, de maior re-
levância para a bioquímica, por meio da aplicação da lei de [3.Alü]
Henry a uma solução que contenha um soluto volátil A em
equilíbrio com a fase gasosa correspondente: onde 'YA é o coeficiente de atividade de A. Então, a Equação
[3.A9] toma a forma de
[3.A4]
[3.All]
Aqui P A é a pressão parcial de A quando a fração molar
de A na solução for XA e KA é a constante da lei de Henry de na qual todos os pressupostos de um comportamento ideal,
A no solvente que está sendo usado. Porém, normalmente é incluindo o fato de que o sistema pode realizar um trabalho
mais conveniente expressar as concentrações das soluções de de não expansão, foram incorporados no coeficiente de ati-
sistemas químicos e biológicos que sejam relativamente di- vidade, que é uma grandeza experimentalmente mensurável.
luídas em termos de molaridade e não de fração molar. Para O comportamento ideal somente será alcançado quando a
uma solução diluída diluição for infinita, isto é, -y A ---+ 1, assim como [A] ---+ O. O
estado-padrão da Equação [3.All] é redefinido como estado
nA (A] da unidade de atividade.
XA= [3.A5] As concentrações dos reagentes e produtos da maioria
nsolvente [solvente]
das reações realizadas nos laboratórios de bioquímica em ge-
na qual a concentração do solvente [solvente] é praticamente ral são tão baixas (da ordem do milimolar ou menos ainda)
constante. Então que os coeficientes de atividade dessas diversas espécies são
praticamente iguais à unidade. Consequentemente, as ativi-
PA = KÁ[A] [3.A6] dades da maioria das espécies bioquímicas em condições de
laboratório podem ser aproximadas de maneira satisfatória
onde K~ = KI [solvente]. A substituição dessa expressão na pelos valores de suas concentrações molares:
Equação [3.A3] resulta em
GA - G1 = RT ln[A] [3.13]
dGA = nART d(ln KÁ + ln[A]) = nART d ln[A]
[3.A7] Entretanto, os coeficientes de atividade de determinadas es-
pécies variam com a somatória da concentração de todas as
A energia livre, assim como a energia e a entalpia, é uma demais espécies presentes, e também com suas próprias con-
grandeza relativa que somente pode ser definida em relação centrações. Assim, embora a concentração da maioria das
a algum estado-padrão arbitrário. O estado-padrão é nor- espécies bioquímicas dentro de uma célula seja baixa, a con-
malmente tomado a 25ºC, 1 atm de pressão, sendo que, para centração extraordinariamente alta da combinação de suas
fins de simplificação matemática, [A] = 1. A integração da concentrações (p. ex., Fig. 1.13) faz com que os coeficientes de
Equação [3.A7] a partir do estado-padrão, [A] = 1, para o atividade de cada espécie desviem-se de forma significativa da
estado final [A] = [A], resulta em unidade. Infelizmente, é difícil determinar os valores dessas
grandezas em um compartimento celular (onde também é di-
[3.A8] fícil determinar as concentrações de qualquer espécie).
62 Dona ld Voet / Judith G. Voet

RESUMO DO CAPÍTULO
1. Primeira lei da termodinâmica: conservação da energia A diminui em um processo espontâneo sob pressão constante. Em um
primeira lei da termodinâmica, processo em equilíbrio, o sistema não sofre nenhuma variação efeti-
va, de modo que liG = O. Diz-se que um processo ideal, no qual o sis-
liU=q+w [3.1] tema está em equilíbrio permanente, é um processo reversível. Todos
. .... . , .
os processos reais sao irrevers1ve1s, uma vez que os processos em
onde q é calor e w trabalho, é uma reafirmação da lei da conserva- equihbrio podem ocorrer somente em velocidades muito pequenas.
ção de energia. Energia é uma função de estado, pois a energia de
4. Equilíbrio químico Para uma reação química
um sistema depende apenas do estado do sistema.
A entalpia, aA + bB cC + dD
H = U + PV [3.2] a variação na energia livre de Gibbs é expressa por
onde P é a pressão e V é o volume, é uma função de estado muito
relacionada à anterior que representa o calor em pressão constante, [3.15]
sob condições nas quais apenas é possível realizar um trabalho de
expansão (do tipo pressão-volume).
onde liGº (a variação de energia livre padrão) é a variação na ener-
2. Segunda lei da termodinâmica: o universo tende ao máximo
gia livre a 25ºC, 1 atm de pressão e com uma unidade de atividade
de desordem A entropia, que também é uma função de estado, é dos reagentes e produtos. O estado-padrão em bioquímica, liGº', é
definida como definido de maneira similar, mas em soluções aquosas diluídas de
pH 7, nas quais as atividades da água e do H + são definidas como
S = kBln W [3.5] unitárias.
onde W, a desordem é o número de maneiras equivalentes pelas No equihbrio,
quais o sistema pode ser organizado dentro das condições que o
governam e Ka é a constante de Boltzmann. A segunda lei da ter- I [C] ~ [D]~
modinâmica estabelece que o universo tende para um máximo de
= -RT ln K eq = -RT ln a b
[A] eq [B] eq
desordem assim, para qualquer processo real, liSuniverso > O.
3. Energia livre: indicador de espontaneidade A energia livre de sendo que K 'eq é a constante de equilibrio segundo a convenção bio-
Gibbs de um sistema química. Uma reação endergônica (liG >O) pode ser impelida por
uma reação exergônica (liG <O) caso elas estejam acopladas e a
G = H - TS [3.9] reação total for exergônica.

-
REFERENCIAS
Allen, J .P., Biophysical Chemistry Chapters 1-5, Wiley-Blackwell Tinoco, 1., Jr. , Sauer, K. , Wang, J.C. e Puglisi, J.C., Physical Chemis-
(2008). try. Principies and Applications in Biological Sciences (4th ed.),
Atkins, P.W e de Paula, J. , Physical Chemistry for the Life Sciences, Chapters 2-5, Prentice-Hall (2002).
Chapters 1-5, Freeman (2006). [A maioria dos livros de físico-
-química aborda a termodinâmica com alguns detalhes.] van Holde, K.E., Johnson, W.C. e Ho, P.S., Principies of Physical
Edsall, J.T. e Gutfreund, H ., Biothermodynamics, Wiley (1983). Biochemistry, Chapters 1-3, Prentice-Hall (1998). [A equiva-
Hammes, G.G., Physical Chemistry for the Biological Sciences, lência entre as formulações de Boltzmann e de Clausius para a
Chapters 1 e 2, Wiley (2007). segunda lei da termodinâmica está demonstrada na Seção 2.3.]

PROBLEMAS
1. O versículo bíblico "Ao pó e às cinzas voltarás" é frequente- em um teclado de 46 teclas (incluindo a tecla de espaços, mas não a
mente recitado nos funerais. Como poderia uma família de estudio- de maiúsculas) escrevesse a famosa frase "ser ou não ser" ? Quanto
sos da termodinâmica enlutada ser consolada pela declamação da tempo um macaco levaria, em média, para fazer o mesmo em um
segunda lei da termodinâmica? computador se o computador aceitasse apenas a letra certa da frase
2. Quantos andares (4 metros de altura cada um) com lances de e então movesse o cursor para a próxima letra (i.e., se o computador
escadas uma pessoa de 75 kg, acima do peso normal, deve subir para já soubesse a frase desejada)? O que esses resultados indicam sobre
redimir-se por ter comido um hambúrguer de 500 Cal? Suponha que a probabilidade de um estado organizado originar-se ao acaso da
a eficiência da conversão da energia química em mecânica seja de desordem em comparação com o surgimento de ordem por meio de
20%. A força da gravidade de um objeto de massa m kg é F = mg, um processo evolutivo?
sendo que a constante da gravidade (g) é 9,8 m · s-2 • 5. Demonstre que a transferência de calor de um objeto de alta
3. Por que, em termos termodinâmicos, é mais difícil estacionar temperatura para um outro de temperatura menor, mas não o con-
um carro em uma vaga pequena do que manobrar o carro para fora trário, obedece a segunda lei da termodinâmica.
dessa mesma vaga? 6. O monóxido de carbono cristaliza com suas moléculas de
4. Tem-se afirmado que um exército de macacos muito dedicados CO organizadas em linhas paralelas. Uma vez que, na ausência de
ao trabalho, datilografando ao acaso, poderia produzir toda a obra efeitos polarizantes, o CO é uma molécula com uma forma apro-
de Shakespeare. Em média, quanto tempo seria preciso para que ximadamente elipsoide, as moléculas adjacentes de CO poderiam
um milhão de macacos digitando, a um ritmo de 1 tecla por segundo, perfeitamente alinhar-se em uma estrutura cabeça-com-cauda ou
Bioquímica 63

cabeça-com-cabeça. Em um cristal constituído de 1023 moléculas,


Temperatura [Ribonuclease A [Ribonuclease A
qual seria a entropia se todas as moléculas de CO estivessem alinha-
(ºC) (desnaturada)] (M) (nativa)] (M)
das cabeça-com-cauda?
7. O departamento de patentes dos Estados Unidos recebeu, e 50 5,1X10-6 2,0 X 10-3
continua recebendo, numerosos pedidos de registro de máquinas de 100 2,8 X 10-4 1,7 X 10-3
moto contínuo. Essas máquinas são classificadas como de primeiro
tipo quando violam a primeira lei da termodinâmica e de segundo
tipo quando violam a segunda lei da termodinâmica. Em geral, a (a) Determine tl.Hº e tl.Sº para a reação de renaturação supondo
falácia presente nas propostas de máquinas de moto contínuo do que essas grandezas não dependam da temperatura. (b) Calcule
primeiro tipo é de fácil detecção. Um dos exemplos seria um gera- tl.Gº para a renaturação da ribonuclease A a 25ºC. Sob condições
dor elétrico de energia elétrica que produzisse mais energia do que de estado-padrão, o processo é espontâneo a essa temperatura? (c)
consumisse. A falácia presente nas propostas de máquinas de moto Qual a temperatura de desnaturação da ribonuclease A nas condi-
contínuo do segundo tipo, porém, costuma ser mais sutil. Considere, ções de estado-padrão?
por exemplo, um navio que usasse energia térmica extraída do mar *10. Calcule, usando os dados da Tabela 3.4, o valor de !l.G/ ' para
por uma bomba de calor para ferver água e então movimentar um os seguintes compostos a 25ºC: (a) H 2 0(e); (b) sacarose (sacarose
mecanismo a vapor que acionasse tanto o navio como a bomba de + H 20 glicose+ frutose: !l.Gº ' = -29,3 kJ · mol- 1); e (c) ace-
calor. Mostre, em termos gerais, que um sistema de propulsão des- tato de etila (acetato de etila + H 20 etanol + acetato- + H +:
ses viola a segunda lei da termodinâmica. tl.Gº ' = -19,7 kJ · mol- 1; o pK do ácido acético é 4,76).
8. Calcule, usando os dados da Tabela 3.4, os valores de !l.Gº a 11 Calcule as constantes de equilíbrio da hidrólise dos seguintes
25ºC para as seguintes reações metabólicas: compostos em pH 7 e 25ºC: (a) fosfoenolpiruvato (!l.Gº ' = -61,9 kJ ·
(a) C~ 120 6 + 6 02 ~ 6C0 2 (aq) + 6H 20(e) mol- 1) ; (b) pirofosfato (!l.Gº ' = -33,5 kJ · mol- 1); e (c) glicose-1-
Glicose -fosfato (!l.Gº ' = -20,9 kJ · mol- 1) .
12. O !l.Gº ' para a reação de isomerização
(b) C~1206 ~ 2CH3CH20H + 2C02(aq)
Glicose Etanol Glicose-1-f osfato(G lP) glicose-6-fosfato(G6P)
(c) C~1206 =~ 2CH3CHOHCOO - + 2H + é 7,1 kJ · mol- 1• Calcule a relação de equihôrio de [GlP] para [G6P]
Glicose Lactato a25ºC.
(Essas reações constituem, respectivamente, o metabolismo oxida- 13. Para a reação A ~ B a 298 K, a variação na entalpia é
tivo, a fermentação alcoólica em levedura em ausência de oxigênio -7kJ · mol- 1 e a variação na entropia é -25 J · K- 1 • mol- 1• A rea-
e a fermentação homoláctica em um músculo esquelético que esteja ção é espontânea? Caso contrário, um aumento ou diminuição de
necessitando de mais energia do que aquela que pode ser fomecida temperatura poderia tornar a reação espontânea?
apenas pelo metabolismo oxidativo [Seção 17.3B].)
14. Duas reações bioquímicas tem o mesmo K eq = 5 X 10-8 na
*9. As formas nativa e desnaturada de uma proteína geralmente temperatura T 1 = 298 K. Entretanto, a reação 1 tem tl.Hº = -28
estão em um equihôrio como descrito abaixo kJ · mol- 1 e a reação 2 tem tl.Hº = + 28 kJ · mol- 1• As duas reações
Proteína (desnaturada) proteína (nativa) utilizam os mesmos reagentes. Seu colega de laboratório propôs que
você pegasse mais dos reagentes para que reação ocorresse segundo
Para uma determinada solução da proteína ribonuclease A (com con- a reação 2 ao invés da reação 1. Esta estratégia funciona? Por que
centração total de 2,0 X 10-3 M), as concentrações da proteína des- sim ou por quê não? Quanto a temperatura deveria aumentar ou
naturada e nativa tanto a 50 como a lOOºC estão na tabela a seguir: diminuir para mudar o valor da relação K 2/K 1 de1para10?
A enzima digestiva
bovina carboxipeptidase
A, mostrando sua folha 13
central.

PARTE li
Aminoácidos ,,..
CAPITULO 4

1 Os aminoácidos proteicos Capítulo 32. Aminoácidos são também metabólitos energé-


A. Propriedades gerais ticos e, em animais, muitos deles são nutrientes essenciais
B. Ligações peptídicas (Capítulo 26). Além disso, como será visto, muitos aminoá-
C. Classificação e características cidos e seus derivados são biologicamente importantes por si
D. Propriedades acidobásicas próprios (Seção 4.3B).
E. Algumas observações sobre a nomenclatura

2 Atividade óptica
A. Uma classificação operacional 1 OS AMINOÁCIDOS PROTEICOS
B. A convenção de Fischer A análise de um grande número de proteínas obtidas de
C. O sistema Cahn-lngold-Prelog
praticamente todas as fontes imagináveis tem mostrado que
D. Quiralidade e bioquím ica
todas as proteínas são constituídas dos 20 aminoácidos "pa-
3 Aminoácidos "não padrão" drão", listados na Tabela 4.1. Estas substâncias são conheci-
A. Derivados de aminoácidos nas proteínas das como a-aminoácidos porque, com a exceção da prolina,
B. Funções especializadas de aminoácidos apresentam um grupo amino primário e um grupo carboxila
ligados ao mesmo átomo de carbono (Fig. 4.1; a prolina apre-
senta um grupo amino secundário).
Não é de surpreender que grande parte da pesquisa inicial
em bioquímica estivesse voltada para o estudo das proteínas. A. Propriedades gerais
As proteínas formam a classe de macromoléculas biológicas Os valores de pK para os 20 a-aminoácidos "padrão" das
que apresenta propriedades físico-químicas melhor defini- proteínas estão apresentados na Tabela 4.1. Aqui, pK1 e
das e, consequentemente, eram isoladas e caracterizadas de pK2 referem-se, respectivamente, aos grupos a-carboxila e
maneira mais fácil que ácidos nucleicos, polissacarídeos ou a-amino e pKR refere-se aos grupos da cadeia lateral com
lipídeos. Além disso, as proteínas, em especial na forma de propriedades acidobásicas. A Tabela 4.1 indica que os va-
enzimas, apresentam óbvias funções bioquímicas. O papel lores de pK dos grupos ácidos a-carboxi1icos situam-se em
central desempenhado pelas proteínas nos processos biológi- uma limitada faixa, ao redor de 2,2, de forma que acima
cos foi, portanto, reconhecido desde os primeiros tempos da do pH 3,5 esses grupos encontram-se quase completamen-
bioquímica. Já o papel dos ácidos nucleicos na transmissão e te em suas formas de carboxilatos (ionizados). Os grupos
na expressão da informação genética não foi constatado até a-amino apresentam, todos eles, valores de pK próximos a
o final da década de 1940, e sua função catalítica somente 9,4 e estão, portanto, quase completamente em suas formas
começou a ser identificada na década de 1980. O papel dos ionizadas abaixo de pH 8,0. Isso leva a uma importante ob-
lipídeos nas membranas biológicas não foi verificado até a servação estrutural: na faixa de pH fisiológico, tanto o grupo
década de 1960, e as funções biológicas dos polissacarídeos carboxila quanto o grupo amino dos a-aminoácidos encon-
ainda são, de certo modo, misteriosas. tram-se completamente ionizados (Fig. 4.2). Um aminoácido
Neste capítulo, serão estudadas as estruturas e as pro- pode, portanto, atuar seja como um ácido, seja como uma
priedades das unidades monoméricas das proteínas, os ami-
~
base. Substâncias com essa propriedade são ditas anfotéricas
noácidos. E a partir dessas substâncias que as proteínas são e são chamadas anfólitos (eletrólitos anfotéricos). Na Seção
sintetizadas, por meio de processos que serão discutidos no 4.lD, serão estudadas mais profundamente as propriedades
acidobásicas dos aminoácidos.

R
+ 1
H N- c - coo-
ª 1
H
FIGURA 4.1 Estrutural geral dos a-aminoácidos. Há 20 dife-
rentes grupos R nos aminoácidos de ocorrência comum (Tabela FIGURA 4.2 Forma zwitteriônica de a-aminoácidos que ocor-
4.1). rem em valores fisiológicos de pH.
68 Dona ld Voet / Judith G. Voet

TABELA 4.1 Estruturas covalentes e abreviaturas dos aminoácidos ''padrão'' das proteínas, sua ocorrência e valores de pK de
. .
,
seus grupos 1omzave1s
.
Nome, símbolo de três letras Massa do Ocorrência média pK1 pKR
e símbolo de uma letra Fórmula estruturalª resíduo (D)b em proteínas ( 0/o)c a-COOHd cadeia laterald
Aminoácidos com cadeias laterais apoiares
Glicina coo- 57,0 7,1 2,35 9,78
Gly 1
H-C- H
G 1
NHj
Alanina coo- 71,1 8,3 2,35 9,87
Ala 1
A H- C - CH3
1
NHj
Valina 99,1 6,9 2,29 9,74
coo-cH
Val 1 / 3
V H - C- CH
NHj
1 "
CH3

Leucina coo- CH 113,2 9,7 2,33 9,74


Leu 1 / 3
H- C- CH2- CH
L
NHj
1 "
CH3

Isoleucina coo- CH3 113,2 6,0 2,32 9,76


Ile
H-C
1 1 *
C- CH2 - CH3
1 1 1
NHj H
Metionina coo- 131,2 2,4 2,13 9,28
Met
H-C-CH2-CH2-S-CH3
M 1
'
NHj
Prolina H2 97,1 4,7 1,95 10,64
Pro c90-1 S - cH2
p ---c2 41
\1 + S
/
N.--- CH2
H H2

Fenilalanina coo- 147,2 3,9 2,20 9,31


Phe 1
F H-C- CH2
1
NHj
Triptofano coo- 186,2 1,1 2,46 9,41
Trp 1 4
w H-C- CH2
1
NHj
3
21
N
o:
7

H
(continua)
ªAs formas iônicas apresentadas são aquelas predominantes em pH 7,0 (exceto para a histidina"), embora a massa do resíduo seja dada com relação ao com-
posto neutro. Os átomos C", assim como os átomos marcados com um asterisco (*),são centros quirais, com configurações conforme indicado pelas fórmulas
de projeção de Fischer. A numeração orgânica padrão é fornecida para compost os heterocícliclos.
bAs massas dos resíduos são dadas considerando as formas neutras dos resíduos de aminoácidos. Para obt er a massa molecular dos aminoácidos originais,

adicione 18,0 D, a massa molecular da HiO, à massa do resíduo. Para as massas das cadeias laterais, subtraia, da massa do resíduo, 56,0 D, que é a massa de
um grupo peptídico.
ccomposição média dos aminoácidos, calculado a partir do banco de dados SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/relnotes/relstat.html), versão 55.11.
d Dados obtidos de Dawson, R.M.C., Elliott, D.C., Elliott, W.H. e Jones, K.M. Data for Biochemical Research (3ª Ed.), pp.1-31, Oxford Science Publications (1986).

'Ambas as formas da histidina, neutra e protonada, estão presentes em pH 7,0, pois seu pKR é próximo de 7,0. O anel imidazol da histidina está numerado de
acordo com a convenção em bioquímica. Na convenção da IUPAC, o N3 da convenção bioquímica é designado como Nl e a numeração aumenta no sentido
dos pont eiros do relógio ao redor do anel.
10s símbolos de três letras e de uma letra para a asparagina ou o ácido aspártico são Asx e B, enquanto para a glut amina ou o ácido glutâmico são Glx e Z. O
símbolo de uma letra para um aminoácido indeterminado ou "não padrão" é X.
Bioquímica 69

TABELA 4.1 Estruturas covalentes e abreviaturas dos aminoácidos ''padrão'' das proteínas, sua ocorrência e valores de pK de
seus grupos ionizáveis (continuação)
Norne, símbolo de Ocorrência
três letras e símbolo Massa do média em pK1 pKR
de uma letra Fórmula estruturalª resíduo (D )b proteínas (o/o) e a-COOH d cadeia laterald
Aminoácidos com cadeias laterais polares sem carga
Serina coo- 87,1 6,5 2,19 9,21
Ser 1
H-C- CH2- 0H
s 1

NHj
Treonina 101,1 5,3 2,09 9,10
coo- H
Thr 1 1*
T H-C C- CH3
1 1
NHj OH
Asparagina! coo- o 114,1 4,0 2,14 8,72
Asn 1 //
H - C- CH2- C
N 1 \

NHj NH2
Glutamina! coo- o 128,1 3,9 2,17 9,13
Gln 1 //

Q
H - C- CH2 - CH2 - C
1 \

NHj NH2
Tirosina coo- 163,2 2,9 2,20 9,21 10,46 (fenol)
Tyr
y H-9 - CH2 o OH
NHj
Cisteína coo- 103,l 1,4 1,92 10,70 8,37 (sulfidril)
Cys 1

c H-C- CH2 - SH
1
Nlf1
Aminoácidos com cadeias laterais polares com carga
Lisina 128,2 5,9 2,16 9,06
Lys
K

Arginina Coo- NH2 156,2 5,5 1,82 8,99 12,48


Arg 1 / (guanidino)
H-C- CH2- CH2 - CH2 - NH- C
R 1 ~
NHj NHi
Histidinae coo- 137,1 2,3 1,80 9,33 6,04
His (imidazol)
H ' CH2
H - C-
1

NHj

Ácido aspárticd coo- o 115,1 5,4 1,99 9,90 3,90


Asp 1 // (13-COOH)
H - C- CH2- C
D 1 \
NHj o-

Ácido glutâmicd coo - o 129,1 6,8 2,10 9,47 4,07


Glu 1 // (')'-COOH)
H-C- CH2 - CH2 - C
E 1 \
NHj o-
70 Dona ld Voet / Judith G. Voet

Moléculas que apresentam grupos com cargas elétricas Isso permite uma correspondência direta entre a sequência
de polaridades opostas são conhecidas como zwitterions (do de monômeros (nucleotídeos) de um ácido nucleico e a se-
alemão, zwitter, lubrido) ou íons dipolares. O caráter de zwit- quência de monômeros (aminoácidos) do polipeptídeo cor-
terion dos ex-aminoácidos foi estabelecido por diversos méto- respondente, sem a complicação adicional de especificar as
dos, incluindo medidas espectroscópicas e determinações da posições e sequências de quaisquer cadeias em ramificações.
estrutura cristalina por raios X (no estado sólido os ex-ami- Com 20 diferentes possíveis escolhas disponíveis para
noácidos são zwitterions pois o grupo amino básico recebe cada resíduo de aminoácido incorporado em uma cadeia po-
um próton do grupo carboxílico ácido vizinho). Uma vez que lipeptídica, é fácil observar que pode existir um enorme nú-
aminoácidos são zwitterions, suas propriedades físicas são mero de diferentes moléculas proteicas. Por exemplo, para
características de compostos iônicos. Por exemplo, a maio- dipeptídeos, cada uma das 20 diferentes escolhas para o pri-
ria dos ex-aminoácidos apresenta ponto de fusão ao redor dos meiro resíduo de aminoácido pode ter 20 diferentes escolhas
2
300° C, enquanto seus derivados não iônicos normalmente para o segundo resíduo de aminoácido, com um total de 20
possuem pontos de fusão ao redor dos 100° c. Além disso, = 400 dipeptídeos distintos. Do mesmo modo, para tripeptí-
aminoácidos, como outros compostos iônicos, são mais so- deos há 20 possibilidades para cada uma das 400 escolhas de
lúveis em solventes polares que em solventes apolares. De dipeptídeos, dando um total de 203 = 8.000 tripeptídeos di-
fato, a maioria dos ex-aminoácidos é muito solúvel em água, ferentes. Uma molécula de proteína relativamente pequena
e bastante insolúvel na maior parte dos solventes orgânicos. consiste em uma única cadeia polipeptídica de 100 resíduos.
Há 20 100 = 1,27 x 10130 possibilidades de cadeias polipeptídi-
B. Ligações peptídicas cas diferentes com esse tamanho, uma quantidade bastante
Os ex-aminoácidos polimerizam, pelo menos conceitualmente, maior que o número estimado de átomos no universo (9 X
78
pela eliminação de uma molécula de água, conforme indica- 10 ). Obviamente, a natureza criou apenas uma pequenina
do na Fig. 4.3. A ligação CO - NH resultante, que foi carac- fração das diferentes possíveis moléculas proteicas. Ainda
terizada independentemente em 1902 por Emil Fisher e por assim, os vários organismos na Terra sintetizam, coletivamen-
Franz Hofmeister, é conhecida como uma ligação peptídica. te, um número enorme de diferentes moléculas proteicas, cuja
Polímeros compostos por dois, três, alguns poucos (3.10) ou enorme gama de características físico-químicas advém, prin-
por muitos resíduos de aminoácidos (alternativamente de- cipalmente, das propriedades variadas dos 20 aminoácidos
nominados unidades peptídicas) são conhecidos, respectiva- "padrão".
mente, como dipeptídeos, tripeptídeos, oligopeptídeos e poli-
peptídeos. Essas substâncias, entretanto, frequentemente são C. Classificação e características
denominadas simplesmente "peptídeos". Proteínas são mo- A forma mais comum e, talvez, mais útil de classificar os 20
léculas que consistem em uma ou mais cadeias polipeptídicas. aminoácidos "padrão" é de acordo com as polaridades de
Esses polipeptídeos apresentam um comprimento variável, suas cadeias laterais (os grupos R). Isso ocorre porque as
indo de aproximadamente 40 a aproximadamente 34.000 re- proteínas dobram-se, obtendo suas conformações nativas,
síduos de aminoácidos (embora poucos tenham mais de 1.500 principalmente em resposta à tendência de remover suas ca-
resíduos) e, uma vez que a massa média de um resíduo de ami- deias laterais hidrofóbicas do contato com a água, e de sol-
noácido é aproximadamente 110 D, apresentam massas mo- vatar suas cadeias laterais hidrofílicas (Capítulos 8 e 9). De
leculares que variam entre aproximadamente 40 e 3.700 kDa. acordo com esse esquema de classificação, há três tipos prin-
Polipeptídeos são polímeros lineares, isto é, cada resíduo cipais de aminoácidos: (1) aqueles com grupos R apolares,
de aminoácido está ligado a seus vizinhos de forma cabeça- (2) aqueles com grupos R polares, sem carga elétrica e (3)
-cauda, não formando cadeias ramificadas. Esta observação aqueles com grupos R polares com carga.
reflete a elegante simplicidade inerente ao modo como os sis-
temas vivos constrõem suas macromoléculas pois, como será a. As cadeias laterais dos aminoácidos apoiares apresentam
visto, os ácidos nucleicos que codificam as sequências de ami- uma variedade de formas e tamanhos
noácidos nos polipeptídeos também são polímeros lineares. Nove aminoácidos são classificados como tendo cadeias la-
terais a polares. A glicina (que, quando foi descoberta como
um componente da gelatina em 1820, tornou-se o primeiro
Ri O H Rz O
+ 1 // +I 1 // aminoácido a ser identificado em hidrolisados de proteínas)
HaN- C- C + H-N-C-C tem a menor cadeia lateral possível, um átomo H. A alani-
H
1 'o- 1
H H
1 'o- na (Fig. 4.4), a valina, a leucina e a isoleucina apresentam
cadeias laterais hidrocarbonadas alifáticas que variam em
tamanho, desde um grupo metila para a alanina até grupos
isobutila para a leucina e a isoleucina. A metionina apresenta
H20 uma cadeia lateral tiol éter, que assemelha-se a um grupo n-
-butila em muitas de suas propriedades físicas (C e S apresen-
Ri O Rz o tam eletronegatividades aproximadamente iguais, e o S tem
+ 1 li 1 //
HN-c-c- N-C-C o tamanho aproximadamente igual ao de um grupo metile-
3 \
1 1 1 o- no). A prolina, um aminoácido secundário cíclico, apresenta
H H H restrições conformacionais impostas pela natureza cíclica de
FIGURA 4.3 Condensação de dois a-aminoácidos para formar sua cadeia lateral pirrolidina, única entre os 20 aminoácidos
um dipeptídeo. A ligação peptídica é mostrada em vermelho. "padrão". A fenilalanina, com sua metade fenila (Fig. 4.4),
Bioquímica 71

Alanina Glutamina Fenilalanina

FIGURA 4.4 Estruturas dos a-aminoácidos alanina, glutamina e fenilalanina. Os aminoácidos são mostrados em modelos de
esferas e bastões inseridos em seus modelos transparentes de volume atômico. Os átomos estão coloridos de acordo com o tipo (C
verde, H branco, N azul e O vermelho).

e o triptofano, com seu grupo indol, contêm cadeias laterais cebem, na literatura bioquímica mais antiga, a denominação
aromáticas, caracterizados por seu tamanho assim como por cistina, pois originalmente se pensava que formassem um
sua apolaridade. único aminoácido. Entretanto, a descoberta de que a cistina
surge pela ligação cruzada de dois resíduos de cisteína após
b. Cadeias laterais polares sem carga elétrica apresentam a biossíntese do polipeptídeo fez o nome cistina ser menos
grupos hldroxlla, amida ou tiol comumente utilizado.
Seis aminoácidos são normalmente classificados como tendo
cadeias laterais polares desprovidas de carga elétrica. A seri- c. Cadelas laterais polares com carga elétrica podem ser
na e a treonina possuem grupos R hidroxílicos de diferentes positivamente ou negativamente carregadas
tamanhos. A asparagina e a glutamina (Fig. 4.4) apresentam Cinco aminoácidos apresentam cadeias laterais carregadas.
cadeias laterais de diferentes tamanhos contendo uma ami- Os aminoácidos básicos são carregados positivamente em va-
da. A tirosina possui um grupo fenólico, o qual, juntamento lores fisiológicos de pH. São eles: a lisina, que apresenta uma
com os grupos aromáticos da fenilalanina e do triptofano, cadeia lateral butilamônio, a arginina, que possui um grupo
é responsável pela maior parte da absorbância no UV e da guanidino, e a histidina, que apresenta um grupo imidazol.
fluorescência exibida pelas proteínas (Seção 9.l Cb). A ciste- Dos 20 a-aminoácidos, apenas a histidina, com pKR = 6,0,
ína apresenta um grupo tiol que é único entre os 20 aminoá- ioniza nos valores fisiológicos de pH. Em pH 6,0, seu grupo
cidos, pelo fato de que frequentemente forma uma ligação lateral imidazol está apenas 50o/o carregado, de forma que a
dissulfeto com outro resíduo de cisteína pela oxidação de histidina é neutra nos limites básicos dos valores fisiológicos
seus grupos tiol (Fig. 4.5). Essa ligação dissulfeto apresenta de pH. Como consequência, as cadeias laterais de resíduos de
grande importância para a estrutura das proteínas: ela pode histidina frequentemente participam das reações catalisadas
unir cadeias polipeptídicas diferentes ou estabelecer ligações por enzimas. Os aminoácidos ácidos, ácido aspártico e ácido
cruzadas entre dois resíduos de cisteína na mesma cadeia. glutâmico, são carregados negativamente acima do pH 3; nes-
Duas cisteínas unidas por meio de uma ligação dissulfeto re- se estado ionizado, são frequentemente denominados aspar-
tato e glutamato. A asparagina e a glutamina são, respecti-
vamente, as amidas do ácido aspártico e do ácido glutâmico.
1 1
Evidentemente, a alocação dos 20 aminoácidos entre os
C=O NH três diferentes grupos é, de certo modo, arbitrária. Por exem-
1
+
1 plo, a glicina e a alanina, os menores aminoácidos, e o tripto-
H - C- CH2 - SH HS - CH2 - C - H
fano, com seu anel heterocíclico, poderiam também ser classi-
1 1
NH C=O ficados como aminoácidos polares não carregados. Da mesma
1 1 forma, a tirosina e a cisteína, com suas cadeias laterais ionizá-
Resíduo de Resíduo de veis, poderiam ser consideradas aminoácidos polares carrega-
cisteína cisteína dos, especialmente em valores de pH mais altos, enquanto a
asparagina e a glutamina são quase tão polares quanto seus car-
boxilatos correspondentes, o aspartato e o glutamato.
1

C=O
1

NH
Os 20 aminoácidos variam consideravelmente em suas
1 1
propriedades fisico-químicas, tais como polaridade, acidez,
H-C- CH 2 - S - S- CH 2 - C - H basicidade, aromaticidade, tamanho, flexibilidade conforma-
1 1 cional, capacidade de estabelecer ligações cruzadas, capaci-
NH C=O
1 1
dade de formar ligações de hidrogênio e reatividade química.
Essas diversas características, muitas das quais são interrela-
FIGURA 4.5 Reação unindo dois resíduos de cisteína por cionadas, são grandemente responsáveis pela ampla gama de
meio de uma ligação dissulfeto. propriedades das proteínas.
72 Dona ld Voet /Judith G. Voet

D. Propriedades acidobásicas em que Ki e Kj são as constantes de dissociação das duas ioni-


Aminoácidos e proteínas apresentam óbvias propriedades zações envolvendo a espécie neutra. Para ácidos monoamino
acidobásicas. Os a-aminoácidos possuem dois ou, para aque- e monocarboxílicos, tais como a glicina, Ki e Kj representam
les com cadeias laterais ionizáveis, três grupos acidobásicos. K 1e K2• Entretanto, para os ácidos aspártico e glutâmico, Ki e
A curva de titulação da glicina, o mais simples dos aminoáci- Kj são K 1e KR, enquanto para arginina, histidina e lisina esses
dos, é mostrada na Fig. 4.6. Em valores baixos de pH, ambos valores são KR e K2•
os grupos acidobásicos da glicina encontram-se completa- O pK do ácido acético (4,76), que é típico de ácidos alifá-
mente protonados, de modo que ela assume a forma catiôni- ticos monocarboxílicos, é aproximadamente 2,4 unidades de
ca +H 3NCH2COOH. No decurso da titulação com uma base pH maior que o pK1 de seu a-aminoácido derivado, a glicina.
forte, como NaOH, a glicina perde dois prótons, o que ocorre Essa grande diferença nos valores de pK do mesmo grupo
em etapas, na forma característica de um ácido poliprótico. funcional é causada, conforme discutido na Seção 2.2C, pela
Os valores de pK dos dois grupos ionizáveis da glicina influência eletrostática do grupo amino carregado positiva-
são suficientemente diferentes, de modo que a equação de mente da glicina, ou seja, seu grupo -NH; ajuda a repelir o
Henderson-Hasselbalch: próton de seu grupo COOH. Da mesma forma, o grupo car-
boxi1ico da glicina aumenta a basicidade de seu grupo amino
pH = pK + log ~~~~ [2.6] (pK2 = 9,78), em comparação com o metiléster da glicina (pK
= 7,75). Já os grupos -NH; da glicina e de seus ésteres são
significativamente mais ácidos que as aminas alifáticas (pK
nos dá uma estimativa bastante aproximada para cada pla- = 10,7) devido ao caráter atrator de densidade eletrônica do
tô da curva de titulação. Consequentemente, o pK para grupo carboxi1ico.
cada passo da ionização é dado pelo ponto médio de seu A influência eletrônica de um grupo funcional sobre ou-
platô correspondente da curva de titulação (Seções 2.2A tro é rapidamente atenuada à medida que a distância entre
e 2.2C): no pH 2,35, as concentrações da forma catiônica, os grupos aumenta. Desse modo, os valores de pK dos gru-
+H 3NCH2COOH, e da forma zwitteriônica, +~NCHzCOO-, pos a-carboxílicos dos aminoácidos e as carboxilas das ca-
são iguais; da mesma forma, no pH 9,78, as concentrações da
deias laterais dos ácidos aspártico e glutâmico formam uma
forma zwitteriônica e da forma aniônica, HzNCHzCOO- , são
série que é progressivamente mais próxima dos valores de
iguais. Observe que os aminoácidos nunca assumem a forma
pK de um ácido monocarboxílico alifático. Do mesmo modo,
neutra em solução aquosa.
a constante de ionização do grupo amino da cadeia lateral da
O pH no qual uma molécula não apresenta carga elétrica
lisina é indistinguível daquela de uma amina alifática.
líquida é conhecido como seu ponto isoelétrico, pi . Para os
a-aminoácidos, a aplicação da equação de Henderson-Has- a. Proteínas apresentam curvas de titulação complexas
selbalch indica que, com um alto grau de precisão, As curvas de titulação dos a-aminoácidos com cadeias late-
rais ionizáveis, como aquela do ácido glutâmico, mostram
[4.1] os três esperados valores de pK. As curvas de titulação de
polipeptídeos e proteínas, entretanto, um exemplo das quais
é mostrado na Figura 4.7, raramente fornecem qualquer in-
12 dicação de valores individuais de pK, devido ao grande nú-
mero de grupos ionizáveis que representa (geralmente 30o/o
das cadeias laterais dos aminoácidos de uma proteína são
ionizáveis; Tabela 4.1). Além disso, a estrutura covalente e
tridimensional de uma proteína pode fazer o pK de cada gru-
po ionizável ser deslocado em até diversas unidades de pH
8 a partir de seu valor no a-aminoácido livre, em resultado da
influência eletrostática de grupos carregados na vizinhança,
p/ efeitos do meio, em razão de grupos próximos com baixas
pH 6 constantes dielétricas e dos efeitos de associações por liga-
ções de hidrogênio. A curva de titulação de uma proteína
também é função da concentração de sal, como mostrado na
Fig. 4.7, pois os íons do sal atuam eletrostaticamente, prote-
gendo as cadeias laterais carregadas umas das outras, assim
atenuando essas interações entre cargas.

E. Algumas palavras sobre a nomenclatura


As abreviaturas de três letras para os 20 resíduos de aminoá-
o 0,5 1 ,0 1,5 2 ,0
cidos são dadas na Tabela 4.1. Vale a pena memorizar esses
íons H+ dissociados/molécula
símbolos, pois são amplamente utilizados em toda a literatu-
FIGURA 4.6 Curva de titulação para a glicina. Outros ácidos mo- ra bioquímica, incluindo este texto. Essas abreviaturas são,
noamino monocarboxílicos ionizam de forma semelhante. (Obtido na maioria dos casos, retiradas das primeiras três letras do
de Meister, A., Biochemistry of the Amino Acids (2nd Ed.), Vol. 1, nome do aminoácido correspondente; na conversação, são
p. 30, Academic Press [1965].) ~ Ver Figuras animadas pronunciadas como são lidas.
Bioquímica 73

12 OH

10
Ponto - -
o coa-
isoelétrico i
CHa H CH2 H CH2 H H
+ 1 1 1 1 1 1 1
8 HaN-C- C-N- C- C-N-C-C-N-c-coo-
1 11 1 11 1 11 1
H O H O H O H
pH Ala Tyr - Asp Gly
6

FIGURA 4.8 O tetrapeptídeo Ala-Tyr-Asp-Gly.

4
forem utilizados os símbolos de uma letra. Observe que essas
abreviaturas são sempre escritas de forma que a extremidade
N-terminal da cadeia do polipeptídeo esteja para a esquerda
2 e a extremidade e-terminal esteja para a direita.
Os vários átomos que não sejam o hidrogênio das cadeias
o ~~~~~~~~~~~~~~~~~~

laterais dos aminoácidos são frequentemente designados em


o 5 10 15 20 25 30
,
lons H+ dissociados/molécula
sequência, com letras do alfabeto grego ( n, 13, "Y, 8, e, ~' 11,
...),começando com o átomo de carbono adjacente ao gru-
FIGURA 4. 7 Curvas de titulação da enzima ribonudease A a po carbonila da ligação peptídica (o átomo Cª). Assim, como
25º C. A concentração de KCI é 0,01 M para a curva azul, 0,03 indica a Fig. 4.9, o Glu apresenta um grupo 'Y-carboxílico e a
M para a curva vermelha e 0,15 M para a curva verde. (Obtido de Lys apresenta um grupo ~-amino (alternativamente conhe-
Tanford, C. e Hauenstein, J.D., J. Am. Chem. Soe. 78, 5287 [1956).) cido como e-amino, pois o átomo de N é substituinte do Ce).
Infelizmente, esse sistema de marcação é ambíguo para di-
versos aminoácidos. Em consequência, a numeração padrão
O símbolo Glx significa G lu ou Gln e, do mesmo modo, planejada para moléculas orgânicas também é utilizada. Esta
Asx significa Asp ou Asn. Esses símbolos ambíguos origi- numeração está indicada na Tabela 4.1 para cadeias laterais
nam-se da experiência em laboratório: Asn e Gln são facil- heterocíclicas.
mente hidrolisadas a ácido aspártico e ácido glutâmico, res-
pectivamente, nas condições ácidas ou básicas normalmente
utilizadas para removê-las das proteínas. Assim, sem precau- 2 ATIVIDADE ÓPTICA
ções especiais, não se pode determinar se um Glu detectado
era originalmente um G lu ou uma Gln, da mesma forma para Os aminoácidos isolados das proteínas por meio de hidrólise
Asp eAsn. branda são, com exceção da glicina, todos opticamente ati-
Os símbolos de uma letra para os aminoácidos também vos, ou seja, causam uma rotação no plano da luz polarizada
são fornecidos na Tabela 4.1. Esse código mais compacto é (ver a seguir).
frequentemente utilizado quando se comparam as sequên- Moléculas opticamente ativas apresentam uma assime-
cias de aminoácidos de diversas proteínas semelhantes e, tria, de tal forma que não se sobrepõem a suas imagens no
portanto, também deve ser memorizado. Observe que os espelho, da mesma forma que a mão esquerda não pode se
símbolos de uma letra são, normalmente, a primeira letra do sobrepor a sua imagem especular, a mão direita. Essa situa-
ção é característica de substâncias que contenham átomos
nome do resíduo de aminoácido. Para aqueles grupos de re-
de carbono tetraédrico com quatro diferentes substituintes.
síduos que possuem a mesma primeira letra, no entanto, essa
regra vale apenas para o resíduo mais abundante do grupo.
Resíduos de aminoácidos em polipeptídeos são desig- H O H O
nados retirando-se o sufixo -ina do nome do aminoácido e 1 11 1 li
acrescentando o sufixo -il. Cadeias polipeptídicas são des- - NH - C- C- - NH - C- C-
1 ª 1 ª
critas começando-se pelo terminal amino (conhecido como H 2 C~ H29~
N-terminal) e designando sequencialmente cada resíduo até 1

o terminal carboxila (o e-terminal). O resíduo de aminoáci- H 2C1 H 2C1


1 1
do no e-terminal recebe o nome do aminoácido livre. Assim, coo- H2Cs
o composto mostrado na Fig. 4.8 é o alaniltirosilaspartilglici- 1

na. Naturalmente, tais nomes para cadeias polipeptídicas de H2Ce


mais de uns poucos resíduos são extremamente complicados +I
H 3 Nç
para se utilizar. O uso das abreviaturas para resíduos de ami-
Glu Lys
noácidos resolve parcialmente esse problema. Dessa forma,
o tetrapeptídeo citado anteriormente é Ala-Tyr-Asp-Gly se FIGURA 4.9 Esquema utilizando letras gregas, usado para
forem utilizadas as abreviaturas de três letras e A YDG se identificar os átomos nos grupos R glutamil e lisil.
74 Dona ld Voet /Judith G. Voet

'' querda), dependendo do lado para o qua~ causa~ .uma ro-


/Cl '' c1,
H-C ····· F ' F ····· C-H
tação no plano da luz polarizada, no sentido horano ou no
''
sentido contrário, do ponto de vista do observador. Isso pode
~Br '
'
'
Br
/
ser determinado por um instrumento conhecido como pola-
'
Plano do espelho rímetro (Fig. 4.11). Uma medida quantitativa da atividade
óptica da molécula é conhecida como sua rotação específica:
FIGURA 4.10 Os dois enantiômeros do Duoroclorobromome-
tano. Os quatro substituintes estão arranjado.s formand? um 25 _rotação observada (graus) [ .
tetraedro ao redor do átomo central, com as linhas pontilhadas 4 21
[ª]D - comprimento concentração
indicando que um substituinte situa-se atrás do plano do papel, do caminho X (g . cm- 3 )
a linha triangular indicando que ele situa-se acima do plano do óptico (dm)
papel e uma linha fina indicando que ele se situa no plano do
papel. O plano do espelho relacionando os dois enantiômeros onde o sobrescrito 25 se refere à temperatura na qual medidas
está representado por uma linha tracejada vertical. no polarímetro são normalmente realizadas (25ºC) e o subes-
crito D indica a luz monocromática que é tradicionalmente em-
pregada em polarimetria, a assim chamada Jinha D do espectro
As duas moléculas desse tipo mostradas na Fig. 4.10 não são
do sódio (589,3 nm). Moléculas dextrorrotatórias e levorrota-
sobreponíveis, pois são imagens especulares uma da outra.
tórias apresentam valores de [cx]~ com sinais positivos e nega-
5

Os átomos centrais de tais constelações atômicas são conhe-


tivos. Assim, moléculas dextrorrotatórias são designadas pelo
cidos como centros assimétricos ou centros quirais e diz-se
prefixo ( +) e seus enantiômeros levorrotatórios apresentam ?
que têm a propriedade de quiralidade (do grego: cheir, mão~·
prefixo(-). Em uma nomenclatura equivalente, embora arcai-
Os átomos C de todos os aminoácidos, com a exceção da gli-
ca, são utilizadas as letras minúsculas d ( dextro) e l (levo).
cina são centros assimétricos. A glicina, que apresenta dois
O sinal e a magnitude da rotação específica de uma molé-
átodios de H substituintes em seu átomo Cª, é sobreponível
cula dependem, de forma complicada e ainda mal e11:tendida,
a sua imagem especular e não é, portanto, opticamente ª!iv~.
da estrutura da molécula. Ainda não é possível predizer com
Moléculas que são imagens especulares não sobreponiveis
confiança a magnitude ou mesmo o sinal da rotação específica
são conhecidas como enantiômeros uma da outra. Moléculas
de uma dada molécula. Por exemplo, os aminoácidos prolina,
enantiômeras são física e quimicamente indistinguíveis pela
leucina e arginina, quando isolados das proteínas, apresentam,
maior parte das técnicas. Apenas quando verificadas assime-
em soluções aquosas puras, rotações específicas de -86,2º,
tricamente, por exemplo, por luz polarizada ou por reagentes
-10 4° e +12,5°, respectivamente. Seus enantiômeros apre-
que também contêm centros quirais, podem essas moléculas ser
distinguíveis e/ou diferentemente manipuladas. ..
sent~ valores de [cx]~ da mesma magnitude, mas de sinais
5
opostos. Como se poderia esperar da natureza acidobásica dos
Há três sistemas de nomenclatura comumente utilizados,
aminoácidos, esses valores variam com o pH da solução.
por meio dos quais um determinado este~e?isômero de ~ma
Um problema com esse sistema de classificação opera-
molécula opticamente ativa pode ser classificado. Esses siste-
cional para isômeros ópticos é que ele não fornece,_presen-
mas são explicados nas seções seguintes.
temente, uma indicação interpretável da configuraçao abso-
luta (arranjo espacial) dos grupos químicos ao red?r de um
A. Uma classificação operacional centro quiral. Além disso, uma molécula com mais de um
Moléculas são classificadas como dextrorrotatórias (do gre- centro assimétrico pode apresentar uma rotação óptica não
go: dexter, direita) ou levorrotatórias (do grego: laevus, es- relacionada de maneira óbvia com os poderes rotatórios dos

Analisador +
(pode ser girado) ----
00

Escala em graus ==- t


(fixa)

Tubo do
polarímetro
O plano de polarização da
luz que emerge não é o
fixo mesmo que o da luz
Fonte polarizada que entra
Substância opticamente
ativa em solução em um
tubo causa uma rotação
no plano da luz polarizada

FIGURA 4.11 Diagrama esquemático de um polarímetro. Este aparelho é utilizado para medir a rotação óptica.
Bioquímica 75

centros assimétricos individuais. Por essa razão, o sistema de CHO


.. coo-
...
classificação relativa que se segue é mais útil. ..• + :
HO-C-H
... H 3N-Ç-H
.•
B. A convenção de Fischer CHzOH R
Nesse sistema, a configuração dos grupos ao redor de um L-Gliceraldeído L-cx-aminoácido
centro assimétrico é relacionada com aquela do gliceral-
FIGURA 4.13 Configurações do L-gliceraldeído e de
deído, uma molécula com um centro assimétrico. Por uma
L-a-aminoácidos.
convenção, introduzida por Fischer em 1891, os estereoisô-
meros ( +) e (-) do gliceraldeído são designados n-glice-
raldeído e L-gliceraldeído, respectivamente (observe a uti- configurações relativas (Fig. 4.13). Pela utilização desse méto-
lização de letras em caixa alta). Sabendo que havia apenas do, as configurações dos a-aminoácidos podem ser descritas
50o/o de chance de estar correto, Fischer presumiu que as sem referências às suas rotações específicas.
configurações dessas moléculas eram aquelas mostradas na Todos os a-aminoácidos originários das proteínas apre-
Fig. 4.12. Fischer também propôs um conveniente sistema sentam configuração estereoquímica L, ou seja, todos eles
de representação utilizando símbolos para essas moléculas, apresentam a mesma configuração relativa ao redor de seus
conhecido como projeções de Fischer, que também são mos- átomos de Cª. Em 1949, foi demonstrada por uma técnica en-
trados na Fig. 4.12. Pela convenção de Fischer, ligações hori- tão nova de cristalografia por raios X que a escolha arbitrária
zontais estendem-se para cima do plano do papel e ligações de Fischer estava correta: a designação da configuração rela-
verticais estendem-se para baixo do plano do papel, como tiva dos centros quirais é a mesma que sua configuração abso-
está explicitamente indicado nas fórmulas geométricas que luta. A configuração absoluta dos resíduos de L-a-aminoáci-
acompanham essas representações. dos pode ser facilmente lembrada pelo mnemônico "CORN",
A configuração dos grupos ao redor de um centro quiral que está diagramado na Fig. 4.14.
pode ser relacionada àquela do gliceraldeído, convertendo-se
quimicamente esses grupos àqueles do gliceraldeído, utilizan- a. Diastereoisômeros são química e fisicamente distintos
do-se reações de estereoquímica conhecida. Para os a-amino- Uma molécula pode apresentar múltiplos centros assimétri-
ácidos, o arranjo dos grupos amino, carboxila, R e H ao redor cos. Para essas moléculas, os termos estereoisômeros e isô-
do átomo de c(X está relacionado àquele dos grupos hidroxila, meros ópticos se referem às moléculas com diferentes confi-
aldeído, CH20H e H do gliceraldeído, respectivamente. Dessa gurações ao redor de pelo menos um de seus centros quirais,
forma, o L-gliceraldeído e os L-a-aminoácidos têm as mesmas mas que, no mais, são idênticas. O termo enantiômero refe-
re-se a uma molécula que seja a imagem especular de outra
molécula que esteja sendo considerada, ou seja, diferente
Fórmulas geométricas em todos os seus centros quirais. Uma vez que cada centro
assimétrico, em uma molécula quiral, pode apresentar duas
CHO • CHO configurações possíveis, uma molécula com n centros qui-
••
•• rais apresenta 2n diferentes estereoisômeros possíveis e 2n- l
HO-C-H • H-C-OH
•• pares de enantiômeros. Treonina e isoleucina apresentam

• dois centros quirais cada uma e, portanto, 22 = 4 estereoisô-
••
meros possíveis. As formas da treonina e da isoleucina que
Projeção de Fischer são isoladas das proteínas, que são, por convenção, desig-
CHO CHO nadas formas L, estão indicadas na Tabela 4.1. As imagens
1 1
especulares das formas L são as formas D. Seus outros dois
HO - C-H H-C - OH isômeros ópticos são diastereoisômeros (ou formas alio) das
1 1
CH20H CH2 0H

Plano do espelho
L-Gliceraldeído n-Gliceraldeído

FIGURA 4.12 Configurações para a designação dos enantiôme-


ros do gliceraldeído de acordo com a convenção de Fischer. Os
enantiômeros do gliceraldeído são representados por fórmulas
geométricas (parte superior) e suas fórmulas com as projeções
,co ~ H

de Fischer correspondentes (parte inferior). Observe que, nas


projeções de Fischer, todas as ligações horizontais apontam para FIGURA 4.14 Mnemônico ''CORN'' para a configuração
cima do plano da página e todas as ligações verticais apontam de L-aminoácidos. Observando-se o átomo de c(X a partir do
para baixo da página. Os planos dos espelhos relacionando os átomo de H, seu substituinte, os outros substituintes devem ser
enantiômeros estão representados por uma linha vertical traceja- lidos CO-R-N seguindo o sentido horário, conforme mostrado.
da. (As fórmulas de projeção de Fischer, como tradicionalmente Aqui, CO, R e N representam, respectivamente, o grupo car-
apresentadas, omitem o C central simbolizando o átomo de car- boxil, a cadeia lateral e a principal cadeia contendo o átomo
bono quiral. As fórmulas de projeção de Fischer neste texto, no de N. (Obtido de Richardson, J.S., Adv. Protein Chem. 34, 171
entanto, normalmente apresentarão um C central.) [1981].)
76 Dona ld Voet / Judith G. Voet

coo- coo- C. O sistema Cahn-lngold-Prelog


+ 1 1 +
H N-C-H H-C-NH Apesar de sua utilidade, o esquema de Fischer é complica-
3 1 1 3
do e frequentemente ambíguo para moléculas com mais de
H - C- OH HO - C- H
1 1 um centro assimétrico. Por essa razão, o esquema a seguir
CH3 CH3 de nomenclatura absoluta foi formulado em 1956 por Robert
L-Treonina n-Treonina
Cahn, Christopher Ingold e Vladimir Prelog. Nesse esquema,
os quatro grupos que cercam um centro quiral são ordenados
Plano do de acordo com um esquema específico, embora arbitrário, de
espelho
prioridades: átomos de maior número atômico ligados a um
coo- coo- centro quiral são ordenados acima daqueles de menor número
+ 1 1 + atômico. Por exemplo, o átomo de oxigênio de um grupo OH
H N - C- H H - C- NH
3 1 1 3
precede o átomo de carbono de um grupo CH3 que está liga-
HO-C-H H-C-OH
1 1
do ao mesmo átomo de carbono quiral. Se entre os primeiros
CH3 CH3 átomos substituintes houver alguns do mesmo elemento, a
prioridade desses grupos é estabelecida pelos números atô-
L-allo-Treonina n-allo-Treonina
micos dos segundos, terceiros, etc., átomos, a partir do cen-
FIGURA 4.15 Projeções de Fischer para os quatro estereoi- tro assimétrico. Desse modo, um grupo CH20H precede um
sômeros da treonina. As formas D e L são imagens especulares, grupo CH3 • Há ainda outras regras (que são dadas nas refe-
assim como as formas D-alio e L-allo. D- e L-treonina são diaste- rências e em muitos livros-texto de química orgânica) para a
reoisômeros de ambas, D-alio- e L-allo-treonina. determinação da prioridade em substituintes com múltiplas
ligações ou diferentes isótopos. A ordem de prioridade para
alguns grupos funcionais comuns é
formas enantiômeras D e L. As configurações relativas dos
quatro estereoisômeros da treonina estão representados na SH > OH>~> COOH > CHO
Fig. 4.15. Observe os seguintes pontos: >CH20H>C6H 5 > eH 3 > 2H> 1H
1. As formas D-alio e L-allo são imagens especulares uma Observe que cada um dos grupos substituintes de um centro
da outra, assim como as formas D e L. Nenhuma das formas quiral deve possuir uma ordem de prioridade distinta, ou o
alio está simetricamente relacionada a quaisquer das formas centro não poderia ser assimétrico.
DOUL. Os grupos priorizados são designados pelas letras W, X,
2. Ao contrário do que ocorre para pares de enantiômeros, Y, Z, de tal modo que a ordem de prioridade é W >X> Y
diastereoisômeros são quimicamente e fisicamente distinguí- > Z. Para estabelecer a configuração do centro quiral, ele é
veis um do outro por meio de avaliações simples, como pon- visto a partir do centro assimétrico em direção ao grupo Z
tos de fusão, espectro e reatividade química, ou seja, eles são (de menor prioridade). Se a ordem dos grupos W ~X~ Y,
compostos realmente diferentes, no sentido comum. considerada neste sentido, segue no sentido horário, então a
Um caso especial de diastereoisomeria ocorre quando os configuração do centro assimétrico é designada (R) (do latim:
dois centros assimétricos são quimicamente idênticos. Duas rectus, direito). Se a ordem de W ~X~ Y seguir no sentido
das quatro projeções de Fischer, do tipo mostrado na Fig. anti-horário, o centro assimétrico é designado (S) (do latim:
4.15, representam então a mesma molécula. Isso ocorre por- sinister, esquerdo). O L-gliceraldeído é, portanto, designado
que os dois centros assimétricos nessa molécula são imagens (S)-gliceraldeído (Fig. 4.17) e, da mesma forma, a L-alanina
especulares um do outro. Tal molécula é sobreponível à sua é a (S)-alanina (Fig. 4.18). De fato, todos os L-aminoácidos
imagem especular e é, portanto, opticamente inativa. Essa obtidos das proteínas são (S)-aminoácidos, com exceção da
forma, denominada forma meso, é dita internamente com- L-cisteína, que é (R)-cisteína.
Uma grande vantagem do chamado sistema de Cahn-
pensada. Os três isômeros ópticos da cistina são mostrados
na Fig. 4.16, onde se pode observar que os isômeros D e L ·lngold-Prelog ou sistema (RS) é que as quiralidades dos
são imagens especulares um do outro. Apenas a L-cistina está compostos com múltiplos centros assimétricos podem ser
presente nas proteínas. descritas sem ambiguidade. Assim, no sistema (RS), a L-tre-
onina é (2S,3R)-treonina, enquanto a L-isoleucina é (2S,3S)-
-isoleucina (Fig. 4.19).

coo- coo- coo- coo- coo- coo-


+ 1 + 1 1 + 1 + + 1 1 1 +
H N-C-H H N-C-H H-C-NH H-C-NH H N-C-H : H-C-NH
3 1 3 1 1 3 1 3 3 1 : 1 3
CH2 - S - S- CH2 CH2 - S- S- CH2 CH 2 - S+ S- CH 2
1
1
1
Plano do espelho Plano do espelho

L-Cistina n-Cistina meso -Cistina

FIGURA 4.16 Os três estereoisômeros da cistina. As formas D e L estão relacionadas por simetria especular, enquanto a forma
meso possui simetria especular interna e, portanto, não apresenta atividade óptica.
Bioquímica 77

C~~-~.' Xl \
(a)
CHO
.
...• OH
HO-C-H :~......
(Z}) - OH(Wl

CHzOHm

L-Gliceraldeído (S)-Gliceraldeído
(b) (e)
~
FIGURA 4.17 Fórmula estrutural do L·gliceraldeído. Sua H b (pró-R) H3c, _....... , ., ,. oH
representação equivalente pelo sistema (RS) indica que é o
(S)-gliceraldeído. No último desenho, o átomo C quiral está
representado pelo círculo maior e o átomo H, que se localiza
'
..... ~.

:'._ H a ·:;
~ ·... . . ·· ........
:'..H b·..;
·~ ....

i
H 3C '-.___-/ OH Ha (pró-S)
atrás do plano do papel, está representado pelo círculo traceja-
do concêntrico, menor.
FIGURA 4.20 Vistas do etanol. (a) Observe que Hª e Hb,
embora quimicamente idênticos, são distinguíveis: girando-
-se a molécula 180º sobre o eixo vertical de modo a sobrepor
coo-
.

-oo\x!. ....: \ esses dois átomos de hidrogênio não será produzida uma vista
+ : indistinguível da molécula, pois a rotação também modifica as
HN-C-H
3 . - (~<Z},l NH3(W)
..... posições dos grupos quimicamente diferentes OH e CH3• (b)
Olhando-se de Cl para Hª, observa-se o átomo de hidrogênio
pró-S (círculo pontilhado). (e) Olhando-se de Cl para Hb,
L-Alanina (S)-Alanina observa-se o átomo de hidrogênio pró-R

FIGURA 4.18 Fórmula estrutural da L-alanina. Sua represen-


tação equivalente pelo sistema (RS) indica que é a (S)-alanina. Objetos planares, sem simetria rotacional, também
apresentam a propriedade de pró-quiralidade. Por exem-
plo, em muitas reações enzimáticas, adição estereoespe-
H H
cífica a um átomo de carbono trigonal ocorre em um de-
OH CH 2 CH 3 terminado lado daquele átomo de carbono, para produzir
um centro quiral (Seção 13.2A). Se um carbono trigonal
está em frente ao observador de tal modo que a ordem de
NH 3+ H+
3 prioridade de seus substituintes diminui no sentido horário
(Fig. 4.21a), esta face da molécula é designada face re (de
H H
rectus ). A face oposta é designada face si (de sinister), uma
(2S,3R )-Treonina (2S,3S )-Isoleucina vez que as prioridades de seus substituintes diminuem no
sentido anti-horário (Fig. 4.2lb ). Uma comparação entre
FIGURA 4.19 Diagramas com projeções de Newman dos as Figs. 4.20b e 4.21a indica que um átomo de H adiciona-
estereoisômeros da treonina e da isoleucina derivadas das do ao lado re do átomo Cl do acetaldeído ocupa a posição
proteínas. Nesta representação, a ligação Co: - C13 é observada
pró-R do centro tetraédrico resultante. Ao contrário, um
perpendicularmente ao papel. O átomo mais próximo, Co:, é re-
átomo de H pró-S é gerado por uma adição ao lado si deste
presentado pela confluência das três ligações de seus substituin-
tes, enquanto o átomo mais distante, C 13, é representado por um centro trigonal (Figs. 4.20c e 4.2lb ).
círculo a partir do qual seus três substituintes se projetam. Compostos proximamente relacionados que apresentam
a mesma representação de configuração na convenção DL de
Fischer podem apresentar representações diferentes no sis-
a. Centros pró-quirais apresentam substituintes distinguíveis tema (RS). Consequentemente, será usada a convenção de
Dois substituintes quimicamente idênticos para um centro Fischer na maioria dos casos. O sistema (RS), entretanto, é
tetraédrico que, não fosse por esses substituintes, seria quiral indispensável para descrever pró-quiralidade e reações este-
são geometricamente distintos; ou seja, o centro não apresen- reoespecíficas, de forma que será extremamente valioso para
ta simetria rotacional, de forma que é possível determinar, a descrição de reações enzimáticas.
sem ambiguidade, seus lados esquerdo e direito. Considere,
por exemplo, os substituintes para o átomo Cl do etanol (o
grupo CHz; Fig. 4.20a). Se um dos átomos de H fosse conver-
tido em outro grupo (que não fosse CH3 ou OH), Cl seria
um centro quiral. Diz-se, então, que os dois átomos de H são
pró-quirais. Se arbitrariamente se designassem os dois áto- (a)
mos de H com os subscritos a e b (Fig. 4.20), então Hb é dito (b) HaC ~ O
........._ 'i"'
pró-R pois, ao se observar a partir de Cl em direção a Hª e
(como se ele fosse o grupo Z de um centro quiral), a ordem 1

de prioridade dos outros substituintes diminui no sentido H


horário (Fig. 4.20b ). Pelo mesmo raciocínio, Hª é dito pró-S FIGURA 4.21 Vistas do acetaldeído. (a) Sua face re e (b) sua
(Fig. 4.20c). face si.
78 Dona ld Voet /Judith G. Voet

D. Quiralidade e bioquímica H O
A síntese química normal de moléculas quirais produz mistu-
ras racêmicas dessas moléculas (iguais quantidades de cada
o
'N-<e·-..!!. . . o
membro de um par de enantiômeros), pois processos quími- N
cos e físicos usuais não apresentam viéses estereoquímicos.
Consequentemente, há iguais probabilidades de um centro
assimétrico D ou L ser produzido por esses processos. A fim o
de obter um produto com atividade óptica, um processo qui- Talidomida
ral deve ser utilizado. Isso normalmente ocorre com a utiliza-
ção de reagentes quirais, embora, pelo menos em princípio, o FIGURA 4.23 Talidomida. Esse fármaco foi amplamente
uso de qualquer influência assimétrica, como luz polarizada utilizado na Europa como um sedativo moderado no início da
em uma direção, possa produzir uma assimetria no produto década de 1960. Seu enantiômero inativo (não mostrado), que
de uma reação. estava presente em iguais quantidades nas formulações utiliza-
Uma das características mais marcantes da vida é sua das, causa graves defeitos teratogênicos em humanos, quando
produção de moléculas opticamente ativas. A biossíntese de ingerido no primeiro trimestre da gestação. A talidomida era
uma substância que possui centros assimétricos quase inva- frequentemente prescrita para aliviar náuseas (enjoos), comuns
riavelmente produz um estereoisômero puro. O fato de que durante esse período.
os resíduos de aminoácidos das proteínas apresentam todos
a configuração L é apenas um exemplo desse fenômeno. da mistura racêmica. O exemplo mais marcante dessa situa-
Essa observação levou à sugestão de que um simples teste ção é o fármaco talidomida (Fig. 4.23), um sedativo brando,
diagnóstico para a existência passada ou presente de vida cujo enantiômero "inativo" causa graves defeitos no feto.
extraterrestre, seja em rochas lunares ou em meteoritos que Parcialmente devido a problemas imprevistos causados por
tenham caído sobre a Terra, poderia ser a detecção de ativi- enantiômeros "inativos" de fármacos, a síntese orgânica qui-
dade óptica líquida nesses materiais. Um tal achado sugeri- ral tem se tomado uma área ativa da química médica.
ria que moléculas assimétricas assim detectadas teriam sido
produzidas biossinteticamente. Desse modo, embora ex-ami-
noácidos tenham sido extraídos de meteoritos carbonáceos, 3 AMINOÁCIDOS "NÃO PADRÃO"
a observação de que eles aparecem em misturas racêmicas
sugere que eles sejam de origem química e não biológica. Os 20 aminoácidos comuns não são, de forma alguma, os únicos
Um dos enigmas a respeito da origem da vida considera aminoácidos que ocorrem em sistemas biológicos. Resíduos de
a razão pela qual a vida extraterrestre seria baseada em cer- aminoácidos "não padrão" são frequentemente constituintes
tas moléculas quirais e não em seus enantiômeros, ou seja, importantes de proteínas e polipeptídeos biologicamente ati-
em L-aminoácidos, por exemplo, e não em D-aminoácidos. vos. Muitos aminoácidos, entretanto, não são constituintes das
Argumentos de que efeitos físicos, como luz polarizada, po- proteínas. Juntamente com seus derivados, eles desempenham
deriam ter promovido significante assimetria em moléculas uma série de papéis biologicamente importantes.
prebioticamente sintetizadas (Seção 1.5B) não são convin-
centes. Talvez formas de vida baseadas em L-aminoácidos te- A. Derivados de aminoácidos nas proteínas
nham surgido ao acaso, e simplesmente "comido" quaisquer O código genético "universal", que é aproximadamen-
formas de vida baseadas em D-aminoácidos. te idêntico em todas as formas de vida conhecidas (Seção
A importância da estereoquímica em organismos vivos 5.4Bb), especifica apenas os 20 aminoácidos "padrão" da
é também considerada pela indústria farmacêutica. Muitos Tabela 4.1. Ainda assim, muitos outros aminoácidos, uma
fármacos são sintetizados quimicamente como misturas ra- seleção dos quais é apresentada na Fig. 4.24, são compo-
cêmicas, embora apenas um enantiômero tenha atividade nentes de certas proteínas. Em todos os casos conhecidos,
biológica. Na maioria dos casos, o enantiômero oposto é com duas únicas exceções (Seção 32.2De), entretanto, esses
biologicamente inerte e é então empacotado com sua con- aminoácidos incomuns resultam de modificações específi-
traparte ativa. Isso é verdade, por exemplo, para o anti- cas em um resíduo de aminoácido, após a síntese da cadeia
-inflamatório amplamente empregado, o ibuprofeno, que polipeptídica. Entre os mais proeminentes desses resíduos
possui apenas um enantiômero fisiologicamente ativo (Fig. modificados de aminoácidos estão a 4-hidroxiprolina e a
4.22). Ocasionalmente, o enantiômero inativo de um fárma- 5-hidroxilisina, ambos importantes constituintes estruturais
co útil produz efeitos nocivos e deve, portanto, ser eliminado da proteína fibrosa colágeno, a mais abundante proteína
nos mamíferos (Seção 8.2B). Aminoácidos de proteínas
que formam complexos com ácidos nucleicos são frequen-
H
1
temente modificados. Por exemplo, as proteínas cromosso-
C- COOH mais conhecidas como histonas podem apresentar-se com
1 metilações, acetilações e/ou fosforilações em resíduos espe-
CH3
cíficos de Lys, Arg e Ser (Seção 34.3Baa). Diversos desses
lbuprofeno
resíduos de aminoácidos modificados são apresentados na
FIGURA 4.22 lbuprofeno. Apenas o enantiômero apresenta Fig. 4.24. A N-formilmetionina é, inicialmente, o resíduo
ação anti-inflamatória. O carbono quiral está em vermelho. N-terminal de todas as proteínas procarióticas, mas normal-
Bioquímica 79

+
N (CH3 )3 NH+
1 3
1
CH2 CH 2
EI 61
CH2 CH - OH
H OH si 51
4 CH2 CH 2
5 3 'Y 1 41
1 2 CH2 CH 2 CH 2
N - CH
/ "
coo-
~1
-NH-CH-CO-
ª
- NH-
1
CH - co-
ª1
-NH-CH-C0-
2 1

4-hidroxiprolina E-N,N,N-trimetil-lisina 3-metil-histidina 5-hidroxilisina

- ooc coo-
o - Po2- " /
'YCH
I ª 1
CH2 ~CH2
1 1
-NH-CH - CO- - NH- CH - CO-
ª
0-fosfoserina y-carboxiglutamato E-N-acetil-lisina ro-N-metil-arginina

S- CH
1 3
CH2
1
O CH 2 - 0H CH3 O CH2
11 1 + 1 11 1
CHa- C- NH- CH- CO - (CH8 ) 3N - CH- CO - H C-NH-CH-CO-

N-acetil-serina N,N,N-trimetilalanina N-formilmetionina

FIGURA 4.24 Alguns resíduos incomuns de aminoácidos que são componentes de certas proteínas. Todos esses resíduos são
modificações obtidas a partir de um dos 20 aminoácidos "padrão", após a biossíntese da cadeia polipeptídica. Aqueles resíduos de
aminoácidos que são modificados em suas posições Nª ocorrem na porção N-terminal das proteínas.

mente é removido como parte do processo de maturação origem procariótica quanto eucariótica. Esses resíduos de
das proteínas (Seção 32.3Ca). O ácido -y-carboxiglutâmico é D-aminoácidos são produzidos após a tradução, provavel-
um constituinte de diversas proteínas envolvidas no proces- mente por inversão, mediada por enzimas, de resíduos de L-
so de coagulação do sangue (Seção 35.lBa). Observe que, -aminoácidos preexistentes.
na maioria dos casos, essas modificações são importantes,
se não essenciais, para a função da proteína. B. Funções especializadas dos aminoácidos
Resíduos de D-aminoácidos são componentes de muitos
polipeptídeos de bactérias relativamente pequenos (com me- Além de seu papel nas proteínas, os aminoácidos e seus deri-
nos de 20 resíduos de aminoácidos), que são sintetizados en- vados desempenham muitas funções biológicas importantes.
zimaticamente em vez de serem sintetizados via ribossomos. Uns poucos exemplos dessas substâncias são mostrados na
Esses polipeptídeos são talvez mais amplamente distribuídos Fig. 4.25. Essa utilização alternativa de aminoácidos é um
como constituintes de paredes celulares das bactérias (Seção exemplo do oportunismo biológico que será encontrado re-
ll.3Ba), nas quais a presença de D-aminoácidos confere me- petidamente: a natureza tende a adaptar materiais e processos
nor suscetibilidade ao ataque por peptidases (enzimas que já existentes para novas funções.
hidrolisam ligações peptídicas), que muitos organismos uti- Aminoácidos e seus derivados funcionam frequentemente
lizam para digerir paredes celulares de bactérias. Da mesma como mensageiros químicos para a comunicação entre célu-
forma, D-aminoácidos são componentes de muitos peptídeos las. Por exemplo, a glicina, o ácido 'Y-aminobutírico (GABA;
produzidos por bactérias e que funcionam como antibióticos, um produto da descarboxilação do glutamato) e a dopamina
incluindo a valinomicina, a gramicidina A (Seção 20.2C) e a (um derivado da tirosina) são neurotransmissores (substâncias
actinomicina D (Seção 31.2Cc). Resíduos de D-aminoácidos liberadas pelos neurônios que alteram o comportamento das
são também componentes funcionalmente essenciais de di- células vizinhas; Seção 20.5C); a histamina (produto da des-
versos polipeptídeos sintetizados nos ribossomos, tanto de carboxilação da histidina) é um potente mediador local em
80 Dona ld Voet /Judith G. Voet

HO 1 1
N
- ooc -ªCH2 -~CH2 !( N ~ CH2 HO
o CH2 HO
o o
o CH2
+ 1 H + 1 + 1 + 1

H 3N -YCH2 H 3N - CH2 HaN - CH2 1 H 3N - CH - coo-


1
Ácido y-aminobutírico (GABA) Histamina Dopamina Tiroxina

o
li CH2- C = N CH - CH - SH
N
HN - C - NH NH + + 1 2 2 N :;::::"
+
2 1 3 1
)
~N
1
H 3N-CH-coo- H 3N-CH-coo-
CH2 CH2 N
CHa
~-cianoalanina Homocisteína
1
CH2
1
CH2 +IS - CH2 O
1 1
1
CH2 CH2 o
+ 1 + 1 11 IH2 H
H 3N-CH-coo- H 3N-CH-coo- CH 2 - 0 - C - CH = N+ = ~ OH OH
CH2
+ 1 + 1
HaN - CH - Coo- HaN- CH - Coo-
Citrulina Ornitina Azasserina S-adenosilmetionina

FIGURA 4.25 Alguns derivados produzidos biologicamente a partir de aminoácidos ''padrão'' e alguns aminoácidos que não são
componentes de proteínas.

reações alérgicas; e a tiroxina (um derivado da tirosina) é um E notável a diversidade na natureza. Mais de 700 ami-
hormônio tireóideo, que contém iodo e que geralmente esti- noácidos já foram encontrados em várias plantas, fungos e
mula o metabolismo em vertebrados (Seção 19.lD). bactérias, a maioria deles a-aminoácidos. Na maior parte dos
Certos aminoácidos são importantes intermediários casos, seu papel biológico é desconhecido, embora o fato de
em vários processos metabólicos. Entre eles, pode-se ci- muitos serem tóxicos possa sugerir que tenham uma função
tar a citrulina e a ornitina, intermediários na biossíntese de proteção. De fato, alguns deles, como a azasserina, são an-
da ureia (Seção 26.2B), a homocisteína, um intermediá- tibióticos úteis na medicina. Muitos desses aminoácidos são
rio do metabolismo dos aminoácidos (Seção 26.3Ea) e a simples derivados dos 20 aminoácidos "padrão", embora al-
S-adenosilmetionina, um reagente biológico para metilações guns deles, como a azasserina e a Jl-cianoalanina (Fig. 4.25),
(Seção 26.3Ea). tenham estruturas incomuns.

RESUMO DO CAPÍTULO
1. Os aminoácidos das proteínas Proteínas são polímeros linea- cada um e são, portanto, centros quirais. De acordo com a conven-
res, sintetizados a partir dos mesmos 20 O'.-aminoácidos "padrão" ção de Fischer, que relaciona a configuração do D - ou L-gliceraldeí-
por meio de reações de condensação, para formar ligações peptídi- do com aquela do centro assimétrico de interesse, todos os aminoá-
cas. Todos esses aminoácidos apresentam um grupo carboxila, com cidos das proteínas apresentam configuração L, ou seja, todos eles
um pK de aproximadamente 2,2, e um substituinte amino com um apresentam a mesma configuração absoluta ao redor de seu átomo
pK ao redor de 9,4, ligado ao mesmo átomo de carbono, o átomo Cª. de Cª . De acordo com o sistema Cahn-Ingold-Prelog (RS) de no-
Na faixa fisiológica de pH, os O'.-aminoácidos são compostos zwitte- menclatura de centros quirais, eles são, com exceção da cisteína, to-
riônicos, +H 3N - CHR - coo-. Os vários aminoácidos são normal- dos (S)-aminoácidos. As cadeias laterais da treonina e da isoleucina
mente classificados de acordo com as polaridades de suas cadeias também contêm centros quirais. Um centro pró-quiral não apresen-
laterais, R, as quais são substituintes do átomo C. Glicina, alanina, ta simetria rotacional, de modo que seus substituintes, no caso de
valina, leucina, isoleucina, metionina, prolina (que é , na verdade, um átomo central, ou suas faces, no caso de uma molécula planar,
um aminoácido secundário), fenilalanina e triptofano são aminoá- são distintas entre si.
cidos apoiares; serina, treonina, asparagina, glutamina, tirosina e 3. Aminoácidos "não padrão" Outros resíduos de aminoácidos,
cisteína são aminoácidos polares sem carga elétrica; lisina, arginina, além dos 20 a partir dos quais as proteínas são sintetizadas, tam-
histidina, ácido aspártico e ácido glutâmico são aminoácidos polares bém apresentam importantes funções biológicas. Esses resíduos
com carga. As cadeias laterais de muitos desses aminoácidos apre- "não padrão" resultam de modificações químicas específicas de
sentam grupos acidobásicos e, dessa forma, as propriedades das pro- resíduos de aminoácidos em proteínas preexistentes. Aminoácidos
teínas contendo esses aminoácidos são dependentes do pH. e seus derivados também apresentam papéis biológicos indepen-
2. Atividade óptica Os átomos Cª de todos os Q'.-aminoácidos, dentes, como neurotransmissores, intermediários metabólicos e
com exceção da glicina, apresentam quatro substituintes diferentes venenos.
Bioquímica 81

REFERENCIAS
História Huheey, J.E., A novel method for assigning R,S labels to enantio-
Vickery, H.B. and Schmidt, C.L.A. , The history of the discovery of mers, J. Chem. Ed., 63, 598-600 (1986).
amino acids, Chem. Rev. 9, 169-318 (1931). Lamzin, V.S., Dauter, Z . and Wilson, K.S., How nature deals
Vickery, H.B., The history of the discovery of the amino acids. A with stereoisomers, Curr. Opin. Struct. Biol. 5, 830-836 (1995).
review of amino acids discovered since 1931 as components of [Discussão sobre proteínas sintetizadas com D-aminoácidos.]
native proteins, Adv. Protein Chem. 26, 81-171 (1972). Mislow, K., lntroduction to Stereochemistry, Benjamin (1966).
Solomons, T.W.G. and Fryhle, C.B., Organic Chemistry (9th ed.),
Propriedades dos aminoácidos
Chapter 5, Wiley (2008). [Uma discussão acerca da quiralidade.
Barrett, G.C. and Elmore, D.T. , Amino Acids and Peptides, Chap-
A maior parte dos outros livros-texto de química orgânica con-
ters 1-4, Cambridge University Press (1998).
tém material semelhante.]
Cohn, E.J. and Edsall, J.T. , Proteins, Amino Acids and Peptides as
Íons and Dipolar Íons, Academic Press (1943). [Um trabalho Aminoácidos "não padrão"
clássico em seu campo.] Fowden, L., Lea, P.J. and Bell, E.A., The non-protein amino acids of
Meister, A. , Biochemistry of the Amino Acids (2nd ed.), Vol. 1, plants, Adv. Enzymol. 50, 117-175 (1979).
Academic Press (1965). [Um compêndio de informações sobre as Fowden, L., Lewis, D. and Tristram, H. , Toxic amino acids: their
propriedades dos aminoácidos.] action as antimetabolites, Adv. Enzymol. 29, 89-163 (1968).
Kleinkauf, H. and Dõhren, H., Nonribosomal polypeptide forma-
Atividade óptica
tion on multifunctional proteins, Trends Biachem. Sei. 8, 281-283
Cahn, R.S. , An introduction to the sequence rule, J. Chem. Ed, 41,
(1993).
116-125 (1964). [Uma apresentação do sistema de nomenclatura
Cahn-Ingold-Prelog.] Mor, A. , Amiche, M. and Nicholas, P. , Enter a new posttranscrip-
tional modification: D-amino acids in gene-encoded peptides,
Trends Biachem. Sei. 17, 481-485 (1992).

PROBLEMAS
1. Cite os 20 aminoácidos padrão sem olhar o texto. Dê seus sím- 9. Indique se os seguintes objetos conhecidos são quirais, pró-
bolos de três e de uma letra. Identifique os dois aminoácidos padrão
• •
-qurrais - qurrais.
ou nao • •

que são isômeros e os dois outros que, embora não sejam isômeros, (a) Umaluva (g) Um floco de neve
apresentam essencialmente a mesma massa molecular em moléculas
neutras. (b) Uma bola de tênis (h) Uma escada em espiral
(c) Um bom par de tesouras (i) Um lance normal de esca-
2. Desenhe os seguintes oligopeptídeos em suas formas iônicas
predominantes em pH 7: (a) Phe-Met-Arg, (b) triptofanil-lisil-ácido (d) Um parafuso das
aspártico e (c) Gln-Ile-H is-Thr. (e) Esta página (j) Um clipe para papel
3. Quantos pentapeptídeos diferentes podem existir que conte- (f) Um rolo de papel higiênico (k) Um sapato
nham um resíduo de cada um dos aminoácidos Gly, Asp, Tyr, Cys e (1) Um par de óculos
Leu? 10. Desenhe quatro fórmulas equivalentes para a L-alanina com
4. Desenhe as estruturas dos dois oligopeptídeos seguintes com projeções de Fischer (ver Figuras 4.12 e 4.13).
seus resíduos de cisteína estabelecendo ligações cruzadas por meio *11. (a) Desenhe a fórmula estrutural e a fórmula de projeção de
de ligações dissulfeto: Val-Cys, Ser-Cys-Pro. Fischer do (S)-3-metil-hexano. (b) Desenhe todos os estereoisôme-
*5. Em uma solução 0,1 M de lisina, em pH 4, 7 e 10, quais as con- ros do 2,3-diclorobutano. Nomeie esses isômeros de acordo com o
centrações das várias formas iônicas? sistema (RS) e identifique qual deles apresenta a forma meso.
6. Derive a equação 4.1 para um ácido monoamino monocarboxí- 12. Identifique e nomeie os centros ou faces pró-quirais das se-
lico (utiliza a equação de Henderson-Hasselbalch). guintes moléculas:
*7. O ponto isoiônico de um composto é definido como o pH de (a) Acetona (d) Alanina
uma solução do composto em água pura. Qual o ponto isoiônico de
(b) Propeno (e) Lisina
uma solução 0,1 M de glicina?
(c) Glicina (f) 3-Metilpiridina
8. A hemoglobina humana normal apresenta um ponto isoelé-
trico de 6,87. Uma variedade mutante da hemoglobina, conhecida 13. Escreva a fórmula estrutural predominante do pentapeptídeo
como hemoglobina de células falciformes, apresenta um ponto iso- Thr-Tyr-His-Cys-Lys em pH 12,0. Indique as posições de seus cen-
elétrico de 7 ,09. A curva de titulação da hemoglobina indica que, tros quirais e seus centros pró-quirais. Para responder essa questão,
nesta faixa de pH, 13 grupos mudam de estado de ionização a cada considere os pKs de seus grupos ionizávies como os mesmos que
unidade de pH. Calcule a diferença na carga iônica entre as molécu- aqueles dos aminoácidos livres correspondentes.
las de hemoglobina normal e de células falciformes.
..-
Ac idos N ucleicos,
Expressão Gênica e
Tecnologia do DNA
.,..
Recombinante
CAPITULO 5

1 Nucleotídeos e ácidos nucleicos 1 NUCLEOTÍDEOS E ÁCIDOS NUCLEICOS


A. Nucleotídeos, nucleosídeos e bases
B. As estruturas químicas do DNA e do RNA
Nucleotídeos e seus derivados são substâncias biologicamen-
te ubíquas, que participam de praticamente todos os proces-
2 O DNA é o portador da informação genética sos bioquímicos:
A. O princípio transformante é o DNA
B. A molécula hereditária de muitos bacteriófagos é o DNA 1. Elas formam as unidades monoméricas dos ácidos nu-
cleicos e, assim, desempenham funções centrais tanto na es-
3 DNA de dupla-hélice tocagem como na expressão da informação genética.
A. A estrutura de Watson-Crick: 8-DNA 2. Os nucleosídeos trifosfatados, mais evidentemente o tri-
B. O DNA é replicado sem iconservativamente
fosfato de adenosina (ATP, de adenosine triphosphate) (Seção
C. Desnaturação e renaturação
1.3B), são os produtos finais "ricos em energia" da maioria das
D. O tamanho do DNA
vias que liberam energia, e as substâncias cuja utilização movi-
4 Expressão gênica e replicação: Uma visão geral menta a maioria dos processos que requerem energia.
A. Síntese de RNA: Transcrição 3. A maior parte das vias metabólicas é regulada, pelo me-
B. Síntese de proteínas: Tradução nos em parte, pelos níveis de nucleotídeos, tais como o ATP
C. Replicação do DNA e o ADP. Além disso, certos nucleotídeos, como será visto,
5 Clonagem molecular
funcionam como sinais intracelulares que regulam as ativida-
A. Endonucleases de restrição
des de numerosos processos metabólicos.
B. Vetores de clonagem 4. Derivados de nucleotídeos, como o dinucleotídeo nicotina-
C. Manipulação gênica mida-adenina (Seção 13.2A), o dinucleotídeo Oavina-adenina
D. A identificação de sequências específicas de DNA: (Seção 16.2C) e a coenzima A (Seção 21.2), são participantes
Southern blotting necessários em muitas reações enzimáticas.
E. Bibliotecas genômicas 5. Como componentes de ácidos nucleicos que funcionam
F. A reação em cadeia da polimerase como enzimas, conhecidos como ribozimas, os próprios nu-
G. Produção de proteínas cleotídeos possuem importantes atividades catalíticas.
H. Organismos transgênicos e terapia gênica
1. Considerações sociais, éticas e legais
A. Nucleotídeos, nucleosídeos e bases
Os nucleotídeos são ésteres de fosfato de um açúcar de cinco
carbonos (que é, portanto, conhecido como uma pentose; Seção
O conhecimento de como os genes são expressos e como II.IA) nos quais uma base nitrogenada está cova/entemente li-
podem ser manipulados está se tornando cada vez mais gada ao CI' do resíduo de açúcar. Em ribonucleotídeos (Fig.
importante para o entendimento de praticamente todos 5.la), as unidades monoméricas do RNA, a pentose é a D-ri-
os aspectos da bioquímica. Consequentemente, embora bose, enquanto, em desoxirribonucleotídeos (ou simplesmente
não apresente-se uma discussão detalhada destes proces- desoxinucleotídeos; Fig. 5.lb), as unidades monoméricas do
sos até a Parte V deste livro, resume-se seus princípios DNA, a pentose é a 2'-desoxi-n-ribose (note que os números
gerais neste capítulo. Descreve-se as estruturas químicas
dos ácidos nucleicos, como se conseguiu reconhecer que o (a) (b)
DNA é o portador da informação genética, a estrutura da 5• Base 5, Base
- 0 3 PO-C~H2O
2
- 0 3 PO-C~H2O
2
forma majoritária do DNA e os princípios gerais de como
a informação nos genes direciona a síntese de RNA e pro- 4'H Hl' 4'H Hl'
3 ' 2' 3' 2'
teínas (como os genes são expressos) e de como o DNA é H H H H
replicado. O capítulo termina com uma discussão de como OH OH OH H
o DNA é manipulado e expresso experimentalmente, pro- Ribonucleotídeos Desoxirribonucleotídeos
cessos que são coletivamente referidos como engenharia
genética. Esses processos têm revolucionado a prática da FIGURA 5.1 Estruturas químicas de (a) ribonucleotídeos e
bioquímica. ( b) desoxirribonucleotídeos.
Bioquímica 83

"com apóstrofos" referem-se aos átomos do resíduo da ribose;


números "sem apóstrofos" referem-se aos átomos da base ni-
trogenada). O grupo fosfato pode estar ligado ao C5' da pen-
tose, para formar um nucleotídeo-5' (Fig. 5.1), ou ao seu C3',
para formar um nucleotídeo-3'. Se o grupamento fosfato está
ausente, o composto é conhecido como nucleosídeo. Um nu- Purina Pirimidina
cleotídeo-5', por exemplo, pode, portanto, ser referido como
um nucleosídeo-5' -fosfato. Em todos os nucleotídeos e nucleo- As estruturas, os nomes e as abreviações das bases, dos nu-
sídeos que ocorrem naturalmente, a ligação entre a base nitro- cleosídeos e dos nucleotídeos comuns são dados na Tabela
genada e o átomo Cl' da pentose (que é chamada de ligação
5.1. Os principais componentes purínicos dos ácidos nuclei-
glicosídica; Seção 11.lCa) estende-se a partir do mesmo lado
cos são os resíduos de adenina e guanina; os resíduos pirimí-
do anel da ribose, assim como a ligação C4'-C5' (a chamada
dicos principais são os de citosina, uracila (que ocorre prin-
configuração~; Seção 11.lBa), em vez de fazer isso pelo lado
oposto (a configuração ex). Note que os grupos fosfato dos nu- cipalmente no RNA) e timina (5-metiluracila, que ocorre
cleotídeos estão duplamente ionizados em pH fisiológico; ou principalmente no DNA). As purinas formam ligações gli-
seja, os nucleotídeos são ácidos moderadamente fortes. cosídicas com a ribose através dos seus átomos de N9, en-
As bases nitrogenadas são moléculas planas, aromáticas e quanto as pirimidinas o fazem através dos seus átomos de
heterocíclicas, que, na sua maior parte, são derivadas de puri- Nl (notar que purinas e pirimidinas possuem esquemas de
nas ou pirimidinas. numeração de átomos distintos).

TABELA 5.1 Nomes e abreviaturas das bases dos ácidos nucleicos, nucleosídeos e nucleotídeos
Base Nucleosídeo Nucleotídeo**
Fórmula da base (X =H) (X = ribose*) (X= fosfato da ribose*)
,
Adenina Adenosina Acido adenílico
Ade Ado Adenosina-monofosfato
N
N:?' . . . . . . - ~
A A AMP
~ 1 N/
N 1
X
,
Guanina Guanosina Acido guanosílico
Gua Guo Guanosina-monofosfato
G G GMP

,
Citosina Citidina Acido citidílico
Cyt Cyd Citidina monofosfato
c c CMP

Uracila Uridina Ácido uridílico


Ura Urd Uridina-monofosfato
u u UMP

,
Timina Desoxitimidina Acido desoxitimidílico
Thy dThd Desoxitimidina-monofosfato
T dT dTMP

*A presença de uma unidade de desoxirribose-2' no lugar da ribose, como ocorre no DNA, está indicada pelos prefixos "desoxi"
ou "d". Por exemplo, o desoxinucleotídeo da adenina é a desoxiadenosina ou dA. Entretanto, para resíduos contendo timina,
que raramente ocorrem no RNA, o prefixo é redundante e pode ser eliminado. A presença de uma unidade de ribose pode ser
explicitamente indicada pelos prefixos "ribo" ou "r". Assim, o ribonucleotídeo da timina é a ribotimidina ou rT.
**A posição do grupo fosfato em um nucleotídeo pode ser explicitamente especificada como, por exemplo, no 3'-AMP e no
5'-GMP.
84 Dona ld Voet / Judith G. Voet

B. As estruturas químicas do DNA e do RNA por Erwin Chargaff, que foi quem primeiro desenvolveu
As estruturas químicas dos ácidos nucleicos foram elucida- métodos quantitativos confiáveis de separação e análise de
das, no início da década de 1950, graças, em grande parte, hidrolisados de DNA. Chargaff também descobriu que a
aos esforços de Phoebus Levene, seguidos pelo trabalho de composição de bases do DNA de um dado organismo é ca-
Alexander Todd. Os ácidos nucleicos são, com poucas exce- racterística daquele organismo; ou seja, é independente do
ções, polímeros lineares de nucleosídeos cujos grupos fosfato tecido do qual o DNA foi obtido, assim como da idade do
interligam as posições 3' e 5' de resíduos de açúcar sucessivos organismo, do seu estado nutricional ou de qualquer outro
(p. ex., Fig. 5.2). Os fosfatos desses polinucleotídeos, os grupos fator ambiental. A base estrutural para as regras de Chargaff
fosfodiéster, são acídicos, de modo que, em pHs fisiológicos, é a de que, na fita dupla de DNA, G sempre forma ligações
os ácidos nucleicos são poliânions. Os polinucleotídeos pos- de hidrogênio (forma um par de bases) com C, enquanto A
suem direcionalidade, ou seja, cada um possui uma extremida- sempre forma um par de bases com T (Fig. 1.16).
de 3' (a extremidade cujo átomo de C3' não está ligado ao nu- A composição de bases de DNA varia amplamente en-
cleotídeo vizinho) e uma extremidade 5' (a extremidade cujo tre os diferentes organismos. Ela varia de ~25o/o
,, a 75% de
átomo de C5' não está ligado com um nucleotídeo vizinho). G + C em diferentes espécies de bactérias. E, entretanto,
mais ou menos constante entre espécies relacionadas; por
a. A composição de bases do DNA é governada pelas regras exemplo, em mamíferos, o conteúdo de G + C varia de
de Chargaff 39°/o a 46%.
O DNA possui números idênticos de resíduos de adenina e ORNA, que normalmente ocorre como moléculas de
timina (A = T) e números iguais de resíduos de guanina e fita simples, não possui restrições aparentes à sua composi-
citosina (G = C). Essas relações, conhecidas como regras ção de bases. Entretanto, RNAs de fita dupla, que consti-
de Chargaff, foram descobertas no final da década de 1940 tuem o material genético de certos vírus, também obedecem

(a) (b)
NH2 A u e G

N ;:/"6 N

~ :1 :N~ A 2' OH 2' OH 2 ' -OH 2' OH


3
N5' 3' 3' 3' 3'
Extremidade .. HOCH20
5' p p p p
H l'

3' 2' H o
OH HO
4
HN 3 5 5' 5' 5' 5'

o
1 5'
k1
O N
6
FIGURA 5.2 Estrutura química de um ácido nucleico.
- o - P - O-CH (a) O tetranucleotídeo adenil-3',5'-uridil-3' ,5'-citidil-
li 2 o
O 4' H H l' -3',5'guanilil-3'-fosfato. Os números dos átomos do
5'
H 2'
açúcar apresentam apóstrofo para distingui-los das posi-
OH ções atômicas das bases. Por convenção, uma sequência
;:/"4 polinucleotídica é escrita com a sua extremidade 5' à es-

o
1 5'
Jt
O N
1 :1 e querda e a sua extremidade 3' à direita. Assim, lendo da
esquerda para a direita, a ligação fosfodiéster conecta re-
síduos de ribose vizinhos na direção 5' ~ 3'. A sequência
3' - O- P - 0 -CH
li 2 o acima pode ser abreviada por ApUpCpGp ou somente
o 4' 1' por AUCGp (onde um "p" à esquerda e/ou à direita de
um símbolo de nucleosídeo indica um grupo fosfato 5' e/
o ou 3', respectivamente; ver Tabela 5.1 para outras defini-
ções de símbolos). O desoxitetranucleotídeo correspon-
6 N dente, no qual os grupos 2'-OH estão substituídos por
,~ 5 :~ G átomos de H e a base de uracila (U) está substituída por
N ~ N3
4 timina (5-metiluracil; T), é abreviado por d(ApTpCpGp)
H ,,....__ N
2 ou d(ATCGp). (b) Uma representação esquemática de
o
1 5' AUCGp. Aqui, uma linha vertical indica um resíduo de
O - P - O- CH ribose, a base associada a ela é indicada pela abrevia-
li 2 o
O 4' H H 1' ção correspondente de uma letra e uma linha diagonal
flanqueando um "p" opcional representa uma ligação
~3'-"'2' H
fosfodiéster. A numeração dos átomos dos resíduos de
OH
OP02-
ribose, que está indicada aqui, é normalmente omitida.
t 3
A representação equivalente de desoxipolinucleotídeos
difere somente pela ausência do grupo 2'-0H e a substi-
Extremidade 3 ' tuição de U por T .
Bioquímica 85

às regras de Chargaff (aqui A pareia com U, da mesma ma-


••
neira que o faz com T no DNA; Fig. 1.16). Já o DNA de fita
simples, que ocorre em certos vírus, não obedece às regras de )
Chargaff. Ao entrar nos organismos hospedeiros, entretanto, 2' O- H OH
esse DNA é replicado para formar uma molécula de fita du- 3' o ...
pla, que então obedece às regras de Chargaff.
b. As bases dos ácidos nucleicos podem ser modificadas
Alguns DNAs contêm bases que são derivados químicos ••• 5'
do conjunto-padrão. Por exemplo, a dA e a dC nos DNAs
RNA
de muitos organismos são parcialmente substituídas pela
N6-metil-dA e pela 5-metil-dC, respectivamente.

NH2

N -:/" CHa
N ~,_....- N~ OH
ll ~ N/ O~N + o ...
N 1 1
dR dR
N6-Metil-dA 5-Metil-dC
••• HO
As bases alteradas são geradas por modificações enzimáticas
Nucleotídeo 2' ,3' -cíclico
sequência-específicas do DNA normal (Seções 5.5A e 30.7).
HzO HzO
Os DNAs modificados obedecem às regras de Chargaff se
as bases derivadas forem consideradas como equivalentes
de suas bases originais. Da mesma forma, muitas bases nos
RNAs, particularmente aquelas nos RNAs transportadores
(tRNAs; Seção 32.2Aa), são derivadas. OH
c. O RNA, mas não o DNA, é suscetível à hidrólise catalisada OH ou 0 - P 0 32 -
por bases
O RNA é altamente suscetível à hidrólise catalisada por ba-
ses pelo mecanismo de reação esquematizado na Fig. 5.3, de
maneira a produzir uma mistura de nucleotídeos 2' e 3'. Já ••• •••
o DNA, que não possui grupos 2'-0H, é resistente à hidró- Nucleotídeo-2' Nucleotídeo-3'
lise catalisada por bases e, portanto, é quimicamente muito
~
FIGURA 5.3 Mecanismo de hidrólise do RNA catalisada por
mais estável do que o RNA. E provavelmente por isso que bases. A desprotonação induzida por bases do grupo 2'-0H
o DNA, e não o RNA, evoluiu para ser o arquivo genético facilita o seu ataque nucleofílico ao átomo de fósforo adjacente,
celular. clivando assim o esqueleto do RNA. O grupo de fosfato 2',3'-cí-
clico é hidrolisado subsequentemente a fosfato 2' ou 3'.
2 O DNA É O PORTADOR DA INFORMAÇÃO GENÉTICA
Os ácidos nucleicos foram inicialmente descobertos em A. O princípio transformante é o DNA
1869, por Friedrich Miescher, e foram assim denominados A forma virulenta (capaz de causar doença) do pneumo-
porque ele os encontrou em núcleos de leucócitos (células coco (Diplococcus pneumoniae), uma bactéria que causa
do pus) obtidos de ataduras cirúrgicas descartadas. Apre- pneumonia, é encapsulada por uma cobertura gelatinosa de
sença dos ácidos nucleicos em outras células foi demonstra- polissacarídeos que contém os sítios de ligação (conhecidos
da alguns anos mais tarde, mas somente depois de decor- como antígenos-O; Seção ll.3Bc) por meio dos quais ela re-
ridos cerca de 75 anos de sua descoberta, a sua atividade conhece as células que infecta. Pneumococos mutantes que
biológica foi elucidada. Além disso, nas décadas de 1930 e não possuem essa cobertura, devido a um defeito na enzima
1940 era amplamente sustentado, no que foi denominado envolvida na sua formação, não são patogênicos (capazes de
de hipótese do tetranucleotídeo, que os ácidos nucleicos causar doença). Os pneumococos virulentos e não patogêni-
possuíam uma sequência monotonamente repetitiva de cos são conhecidos como as formas Se R, respectivamente,
todas as quatro bases, de modo que não se suspeitava que devido às aparências lisa (smooth) e rugosa (rough) de suas
eles possuíssem uma função genética. Em vez disso, em ge- colônias em cultura (Fig. 5.4).
ral assumia-se que os genes seriam proteínas, pois eram as Em 1928, Frederick Griffith fez uma descoberta sur-
únicas entidades bioquímicas que, naquela época, pareciam preendente. Ele injetou camundongos com uma mistura de
capazes de suprir a especificidade necessária. Nesta seção pneumococos R vivos e S mortos por calor. O experimento
os experimentos que estabeleceram a função genética do resultou na morte da maioria dos camundongos. Mais sur-
DNA serão resumidos. preendente ainda foi o fato do sangue dos camundongos
86 Dona ld Voet / Judith G. Voet

o
(;

FIGURA 5.4 Pneumococos. As colônias grandes e brilhantes


são pneumococos virulentos do tipo S, que resultaram da trans-
formação de pneumococos não patogênicos do tipo R (colônias
menores) por DNA de pneumococos S mortos por calor. (De FIGURA 5.5 Camundongo transgênico. O camundongo gi-
Avery, O.T., MacLeod, C.M., and McCarty, M., J. Exp. Med. gante (à esquerda) cresceu a partir de um óvulo fecundado que
79, 153 [1944]. Impressa com a permissão de Rockefeller Uni- havia sido microinjetado com DNA carregando o gene do hor-
versity Press, EUA.) mônio de crescimento de ratos. O seu irmão da mesma ninhada
(à direita), com tamanho normal, é mostrado para comparação.
(Cortesia de Ralph Brinster, University of Pennsylvania, EUA.)
mortos conter pneumococos S vivos. Os pneumococos S
mortos injetados inicialmente nos camundongos haviam de
algum modo transformado os pneumococos R, anteriormen- camundongos (uma técnica discutida na Seção 5.5H) e im-
te inócuos, para a forma S virulenta. Além disso, a progênie plantou esses óvulos no útero de mães adotivas. Os "super-
dos pneumococos transformados também era S; a transfor- camundongos" resultantes (Fig. 5.5), que possuíam níveis
mação era permanente. Finalmente, foi demonstrado que a elevados do hormônio de crescimento de ratos no seu soro,
transformação poderia ser feita in vitro (fora de um organis- cresceram até um peso cerca de duas vezes maior que o de
mo vivo; literalmente "em vidro"), misturando-se células R seus irmãos normais da mesma ninhada. Esses animais gene-
com um extrato acelular de células S. A questão permane- ticamente alterados são chamados de transgênicos.
ceu: Qual é a natureza do princípio transformante?
Em 1944, Oswald Avery, Colin MacLeod e Maclyn
B. A molécula hereditária de muitos bacteriófagos é o DNA
McCarty, após uma investigação de 10 anos, anunciaram que
o princípio transformante era o DNA. A conclusão foi baseada Micrografias eletrônicas de bactérias infectadas com bacte-
nas observações de que o laboriosamente purificado (poucas riófagos mostram fagos "fantasmas" com capsídeos vazios
técnicas modernas de fracionamento eram disponíveis então) aderidos à superfície bacteriana (Fig. 5.6). Essa observação
princípio transformante possuía todas as propriedades físicas levou Roger Herriott a sugerir que "o vírus poderia atuar
e químicas do DNA, não continha qualquer proteína detectá- como uma pequena agulha hipodérmica cheia do princípio
vel, não era afetado por enzimas que catalisavam a hidrólise transformante", que ele injetaria no hospedeiro bacteria-
de proteínas e RNA e era totalmente inativado pelo trata- no (Fig. 5.7). Essa proposta foi testada em 1952 por Alfred
mento com uma enzima que catalisava a hidrólise de DNA. Hershey e Martha Chase, como esquematizado na Fig. 5.8. O
O DNA deve, portanto, ser o portador da informação genética. bacteriófago T2 foi multiplicado em E. coli em um meio con-
. ,
tendo os 1sotopos rad'1oat1vos
. ,
32p e 3ss. 1sso marcava o caps1-
A descoberta de Avery foi outra ideia adiante de seu
tempo. Esse avanço original foi inicialmente recebido com
ceticismo e, depois, foi essencialmente ignorado. De fato,
mesmo Avery não afirmou diretamente que o DNA era o
material hereditário, mas simplesmente que ele possuía "es-
pecificidade biológica". Seu trabalho, entretanto, influenciou
muitos bioquímicos, inclusive Erwin Chargaff, cujas determi-
nações acuradas subsequentes das relações entre as bases
do DNA refutaram a hipótese do tetranucleotídeo e, assim,
indicaram que o DNA poderia ser uma molécula complexa.
Mais tarde, foi demonstrado que os eucariotos também
estão sujeitos à transformação por DNA. Assim, o DNA,
que, como demonstrado por estudos citológicos, residia nos
cromossomos, também deveria ser o material hereditário dos FIGURA 5.6 Bacteriófagos aderidos à superfície de uma bac-
eucariotos. Em uma demonstração espetacular da transfor- téria. Esta micrografia eletrônica primitiva mostra uma célula
mação de eucariotos, Ralph Brinster, em 1982, microinjetou de E. coli à qual bacteriófagos TS estão adsorvidos pelas suas
DNA carregando o gene do hormônio de crescimento (um caudas. (Cortesia de Thomas F. Anderson, Fox Chase Cancer
polipeptídeo) de ratos em núcleos de óvulos fecundados de Center, EUA.)
Bioquímica 87

Fago infectante

- Cabeça

Cobertura proteica

Fago livre
Colar Bainha da cauda
Parede celular
de E. co/i

Fibras da cauda

'
DNA

FIGURA 5. 7 Representação do bacteriófago T2 injetando o seu DNA em uma célula de E. coli.

deo do fago, que não contém P, com 35S, e o seu DNA, que
Partícula de fago
não contém S, com 32P. Esses fagos foram adicionados a uma com cápsula marcada
cultura não marcada de E. coli e, depois de dado um tempo com 35S e DNA
suficiente para que os fagos infectassem as células bacteria- marcado com 32p
nas, a cultura foi agitada em um liquidificador de cozinha, de
modo a remover os fantasmas dos fagos das células bacteria-
nas. Esse tratamento rigoroso não danificou as bactérias nem
alterou o curso da infecção pelos fagos. Quando os fantasmas
dos fagos foram separados das bactérias (por centrifugação;
Seção 6.5), observou-se que os fantasmas continham a maior
5
parte do S, enquanto as bactérias continham a maior parte
32 32
do P. Além disso, 30o/o do P apareciam na progênie de fa- O fago infecta E. coli;
somente o DNA marcado
gos, na qual aparecia somente 1 % do 35S. Hershey e Chase entra na célula
concluíram então que somente o DNA do fago era essencial
para a produção da progênie. O DNA, portanto, deve ser o Cápsulas do fago
material hereditário. Em anos posteriores foi mostrado que, marcadas com 35S
em um processo conhecido como transfecção, o DNA de fa-
gos purificado pode, por si só, induzir uma infecção normal
de fagos em um hospedeiro bacteriano adequadamente tra-
tado (a transfecção diferencia-se da transformação porque DNA marcado
com 32p
esta última resulta da recombinação do cromossomo bacte-
riano com um fragmento de DNA homólogo). ::::==::=========/
Em 1952, o estado do conhecimento da bioquímica era tal O DNA parental marcado ~~ ~ Qf
que a descoberta de Hershey foi muito mais prontamente acei-
ta do que a identificação de Avery do princípio transformante
com 32p se replica.
O DNA-réplica não está ~ ~,...l)
havia sido cerca de 8 anos antes. Em poucos meses, surgiram marcado ~~ ~
as primeiras especulações sobre a natureza do código genético
DNA-réplica
(a correspondência entre a sequência de bases de um gene e não marcado
a sequência de aminoácidos de uma proteína, Seção 5.4Bb) e
James Watson e Francis Crick foram inspirados a investigarem Montagem dos fagos:
a estrutura do DNA. Em 1955, foi mostrado que as células so- somente o DNA parental
máticas de eucariotos possuem o dobro do DNA das células está marcado com 32p,
Alguns fagos da progênie
não estão marcados.
FIGURA 5.8 O experimento de Hershey-Chase. Esse experi- Nenhuma marcação com
mento demonstrou que somente o componente de ácido nuclei- 35S das cápsulas permanece
co dos bacteriófagos entra no hospedeiro bacteriano durante a
infecção pelo fago.
88 Dona ld Voet / Judith G. Voet

germinativas correspondentes. Quando essa observação foi 3. Informações de que o DNA é uma molécula helicoidal.
proposta como um indicador adicional da função genética do Isto foi fornecido por uma fotografia de difração por raios
DNA, houve poucos comentários, ainda que o mesmo pudesse X de uma fibra de DNA obtida por Rosalind Franklin (Fig.
ser dito de qualquer outro componente cromossômico. 5.10; o DNA, sendo uma molécula linear, não cristaliza, mas
pode ser esticado em fibras consistindo em feixes paralelos
de moléculas). Esta fotografia possibilitou a Crick, um cris-
3 DNA DE DUPLA-HÉLICE talógrafo por raios X por treinamento, que havia anterior-
mente derivado as equações descrevendo a difração por mo-
A determinação da estrutura do DNA por Watson e Crick,
léculas helicoidais, deduzir (a) que o DNA é uma molécula
em 1953, é frequentemente referida como o marco do nas-
helicoidal e (b) que as suas bases aromáticas planares for-
cimento da biologia molecular moderna. A estrutura de
mam uma pilha de anéis paralelos, a qual é paralela ao eixo
Watson-Crick do DNA é tão importante porque, além de
da fibra.
fornecer a estrutura daquela que pode ser considerada a mo-
lécula central da vida, ela sugeriu o mecanismo molecular Essa informação somente forneceu alguns pontos de
da hereditariedade. A realização de Watson e Crick, que é referência gerais, que guiaram a elucidação da estrutura do
categorizada como um dos maiores avanços intelectuais da DNA. A estrutura surgiu principalmente a partir das ima-
ciência, reuniu resultados quase universalmente aceitos de ginações de Watson e Crick, por meio de estudos para a
vários estudos distintos: construção de modelos. Depois do modelo de Watson-Crick
ter sido publicado, contudo, a sua simplicidade básica, com-
1. Regras de Chargaff. Naquela época, as relações A Te =
binada à sua óbvia relevância biológica, levou a sua rápida
G = C eram bastante obscuras, pois sua significância não era aceitação. Investigações posteriores confirmaram a essencial
aparente. De fato, mesmo Chargaff não as enfatizava. correção do modelo de Watson-Crick, embora os seus deta-
2. Formas tautoméricas corretas das bases. Investigações lhes tenham sido modificados.
por raios X, ressonância magnética (RM) e espectroscopia
estabeleceram firmemente que as bases dos ácidos nuclei-
A. A estrutura de Watson-Criclc EJ..DNA
cos estão predominantemente nas formas tautoméricas
ceto, mostradas na Tabela 5.1. Entretanto em 1953, isto As fibras de DNA assumem a chamada conformação B,
não era considerado de forma geral. De fato, acreditava-se como indicado pelos seus padrões de difração por raios X,
que a guanina e a timina estavam nas suas formas enólicas quando o contra-íon é um metal alcalino, como o Na+, e a
(Fig. 5.9), pois pensava-se que a estabilidade de ressonân- umidade relativa é> 92o/o. O B-DNA é considerado como
cia dessas moléculas aromáticas seria assim maximizada. a forma nativa (funcional biologicamente) do DNA porque,
O conhecimento das formas tautoméricas dominantes, que por exemplo, o seu padrão por raios X lembra aquele do
foi um pré-requisito para a predição das associações corre- DNA em cabeças de espermatozoides intactos.
tas por ligações de hidrogênio das bases, foi fornecido por
Jerry Donohue, um colega de trabalho de Watson e Crick
e perito em estruturas por raios X de pequenas moléculas
A '

organ1cas.

(a) H . . . __
o o

-·-- --
H H ~-

Timina Timina
(forma ceto ou lactam) (forma enol ou lactim)

(b)
o
..........-- N
}-H FIGURA 5.10 Fotografia de difração por raios X de uma fi-
bra de Na+-DNA orientada verticalmente na conformação B,
N
1
obtida por Rosalind Franklin. Esta é a fotografia que forneceu
R a informação-chave para a elucidação da estrutura de Watson-
Guanina Guanina -Crick. O padrão central em forma de X dos pontos é indicativo
(forma ceto ou lactam) (forma enol ou lactim) de uma hélice, enquanto os arcos negros densos nas porções su-
perior e inferior do padrão de difração correspondem à distân-
FIGURA 5.9 Algumas conversões tautoméricas possíveis para as cia de 3,4 Á e indicam que a estrutura de DNA repete-se na sua
bases. (a) Resíduos de timina e (b) guanina. Resíduos de citosina maior parte a cada 3,4 A ao longo da eixo da fibra. (Cortesia de
e adenina podem sofrer deslocamentos de prótons semelhantes. Maurice Wilkins, King's College, Londres, Reino Unido.)
Bioquímica 89

A estrutura de Watson-Crick do B-DNA possui as se- gênio, um fenômeno conhecido como pareamento de bases
guintes características principais: complementares, que resultam na associação específica das
duas cadeias da dupla-hélice.
1. Ela consiste em duas fitas polinucleotídicas que se enro-
lam ao redor de um eixo comum com uma torção para a di- 3. A hélice de B-DNA "ideal" possui 10 pares de bases
reita, formando uma dupla-hélice de 20 À de diâmetro (Fig. (pb) por volta (uma torção helicoidal de 36º por pb) e, como
5.11 ). As duas fitas são antiparalelas (correm em direções as bases
o
aromáticas possuem espessuras de van der Waals de
opostas) e se enrolam uma sobre a outra de maneira que não 3,4 A e estão parcialmente empilhadas umas sobre as outras
podem ser separadas sem o desenrolamento da hélice. As ba- (empilhamento de bases, Fig. 5.11),
o
a hélice possui um passo
ses ocupam o centro da hélice e as cadeias de açúcar-fosfato (pitch, elevação por volta) de 34 A.
enrolam-se em torno da sua periferia, minimizando assim as A característica mais marcante da estrutura de Watson-
repulsões entre os grupos fosfato carregados. -Crick é a de que ela acomoda somente dois tipos de pares de
2. Os planos das bases são aproximadamente perpendicula- bases: cada resíduo de adenina deve parear com um resíduo
res ao eixo da hélice. Cada base forma ligações de hidrogênio de timina e vice-versa e cada resíduo de guanina deve parear
com uma base da fita oposta para formar um par de bases com um resíduo de citosina e vice-versa. As geometrias desses
planar (Fig. 5.11). São essas interações por ligações de hidro- pares de bases A · T e G · C, os assim chamados pares de ba-
ses de Watson-Crick, estão mostradas na Fig. 5.12. Pode ser
observado que os dois tipos de pares de bases são intercambi-

Cavidade maior

•••

~51,5º 51,5º(
10,85 A

Cavidade menor

Cavidade maior
6
•••

Cavidade
maior

/
....51,5º 51,5º(

2
Cavidade menor

B-DNA
CD
1
FIGURA 5.11 Estrutura tridimensional do B-DNA. A hélice
repetitiva nesta representação de esferas-e-bastões é baseada FIGURA 5.12 Pares de bases de Watson-Crick. A linha que
na estrutura por raios X do dodecâmero autocomplementar une os átomos de Cl' tem a mesma extensão em ambos os
d(CGCGAATICGCG), determinada por Richard Dickerson pares de bases e forma ângulos idênticos com as ligações glico-
e Horace Drew. A vista é perpendicular ao eixo da hélice. Os sídicas para as bases. Isso confere ao DNA uma série de eixos
esqueletos de açúcar-fosfato (em azul, com contornos de fita em de simetria pseudoduplicada (frequentemente referida como
verde) enrolam-se em tomo da periferia da molécula em direções eixos de díades) que passam através do centro de cada par de
opostas. As bases (em vermelho), que ocupam o centro da molé- bases (linha vermelha) e são perpendiculares ao eixo da hélice.
cula, formam pares de bases ligados por ligações de hidrogênio. Note que os pares de bases A· T associam-se através de duas
Os átomos de H foram omitidos para manter a clareza. (Ilustra- ligações de hidrogênio, enquanto os pares C · G são ligados por
ção, Irving Geis. Imagem de Irving Geis Collection, Howard Hu- três ligações de hidrogênio. (Segundo Amott, S., Dover, S.D.,
ghes Medical Institute, EUA. Reproduzido com permissão.) and Wonacott, A.J., Acta Cryst. B25, 2192 [1969].)
.~ Ver Exercício interativo 1 e exercício de cineimagem 2.1 '1t Ver Exercícios de cineimagem 2.2 e 17.2
90 Dona ld Voet /Judith G. Voet

áveis, de modo que um pode substituir o outro na dupla-hélice técnica para a separação de macromoléculas de acordo com
sem alterar as posições dos átomos de Cl' do esqueleto de açú- as suas densidades, que Meselson, Stahl e Jerome Vinograd
car-fosfato. Da mesma forma, a dupla-hélice não é alterada haviam desenvolvido com o objetivo de distinguir o DNA
pela troca de parceiros em par de bases de Watson-Crick, ou marcado com 15N do DNA não marcado; Seção 6.5Bb).
seja, pela troca de um G • C por um C • G ou de um A • T por Os resultados do experimento de Meselson-Stahl estão
um T · A. Porém, qualquer outra combinação de bases (p. mostrados na Fig. 5.13. Após uma geração (duplicação da
ex., A · G ou A · C) distorceria significativamente a dupla- população celular), todo o DNA possuía uma densidade exa-
-hélice, pois a formação de um par de bases que não seja de tamente intermediária entre as densidades do DNA comple-
Watson-Crick requer uma reorientação considerável da ca- tamente marcado com 15N e o DNA não marcado. Esse DNA
deia de açúcar-fosfato. deve, portanto, conter quantidades iguais de 14N e 15N, como
O B-DNA possui duas cavidades exteriores profundas esperado após uma geração de replicação semiconservativa.
que se estendem entre as cadeias de açúcar-fosfato, em con- A replicação conservativa do DNA, ao contrário, resultaria
sequência do eixo da hélice passar através do centro aproxi- na preservação do DNA parental, de maneira que ele man-
mado de cada par de bases. Entretanto, as cavidades são de teria a sua densidade original, e na geração de uma quantida-
tamanhos diferentes (Fig. 5.11), porque (1) a borda superior de igual de DNA não marcado. Após duas gerações, metade
de cada par de bases, como esquematizado na Fig. 5.12, é das moléculas de DNA não estavam marcadas e as restantes
estruturalmente distinta da borda inferior; e (2) os resíduos eram híbridas 14N- 15N. Isso está de acordo com as predições
de desoxirribose são assimétricos. A cavidade menor expõe do modelo de replicação semiconservativa e em desacordo
aquela borda de um par de bases a partir da qual se estende com o modelo de replicação conservativo. Em gerações sub-
o seu átomo de Cl' (abrindo em direção à porção inferior na sequentes, a quantidade de DNA não marcado aumentou
Fig. 5.12), enquanto a cavidade maior expõe a extremidade em relação à quantidade de DNA híbrido, embora o híbri-
oposta de cada par de bases (a superior na Fig. 5.12). do nunca desaparecesse totalmente. Isso novamente está em
Embora o B-DNA seja, de longe, a forma mais prevalen- harmonia com a replicação semiconservativa, mas em confli-
te de DNA na célula, DNAs e RNAs de dupla-hélice podem to com a replicação conservativa, a qual prevê que o DNA
assumir várias estruturas distintas. As estruturas destes outros parental totalmente marcado sempre estaria presente e que
ácidos nucleicos de dupla-hélice são discutidas na Seção 29.lB. o DNA lubrido nunca seria formado.

B. O DNA é replicado semiconservativamente C. Desnaturação e renaturação


A estrutura de Watson-Crick pode acomodar qualquer se- Quando uma solução de DNA de fita dupla é aquecida aci-
quência de bases em uma fita polinucleotídica se a fita opos- ma de uma temperatura característica, a sua estrutura nativa
ta possuir a sequência de bases complementar. Isso explica se colapsa e as duas fitas complementares se separam e assu-
prontamente as regras de Chargaff. Mais importante ainda, mem um estado conformacional flexível e rapidamente flutu-
sugere que a informação genética está codificada na sequência ante, chamado de enrolamento aleatório (random coil) (Fig.
de bases de cada uma das duas fitas. Além disso, cada fita 5.14). Esse processo de desnaturação é acompanhado por
polinucleotídica pode atuar como um molde para a forma- uma mudança qualitativa nas propriedades físicas do DNA.
ção de sua fita complementar, por meio de interações por Por exemplo, a alta viscosidade característica das soluções
pareamento de bases (Fig. 1.17). As duas fitas da molécula de DNA nativas, que surge da resistência à deformação das
parental devem, portanto, se separar, de maneira que uma suas moléculas de dúplex rígidas e em forma de bastão, di-
fita-filha complementar possa ser sintetizada enzimatica- minui drasticamente quando o dúplex DNA se decompõe
mente sobre a superfície de cada fita parental. Isso resulta (desnatura-se) em duas fitas simples que interagem entre si
em duas moléculas de um dúplex (com duas fitas) de DNA, de forma relativamente livre.
consistindo em uma fita polinucleotídica da molécula paren-
tal e uma fita complementar recém-sintetizada. Tal modo de a. A desnaturação do DNA é um processo cooperativo
replicação é denominado de semiconservativo, em contraste A maneira mais conveniente de monitorar a quantidade de
com a replicação conservativa, a qual, se ocorresse, resultaria DNA presente é pelo seu espectro de absorbância de ultra-
em uma cópia em dúplex recém-sintetizada da molécula de violeta (UV). Uma solução contendo um soluto que absorve
DNA original, com a molécula de DNA parental permane- luz, o faz de acordo com a lei de Beer-Lambert,
cendo intacta. O mecanismo de replicação do DNA é o prin-
= - log(~) = ecl
cipal assunto do Capítulo 30. [5.1]
A
A natureza semiconservativa da replicação do DNA foi
elegantemente demonstrada em 1958 por Matthew Meselson
e Franklin Stahl. A densidade do DNA foi aumentada por onde A é a absorbância do soluto (alternativamente, sua den-
sua marcação com 15N, um isótopo pesado do nitrogênio sidade óptica), 10 é a intensidade da luz incidida a um deter-
1
( 4N é o isótopo abundante naturalmente). Isso foi obtido minado comprimento de onda À., I é a intensidade transmitida
por meio da multiplicação de E. coli por 14 gerações em um em À., e é o coeficiente de extinção molar do soluto em À., c é
15
meio que continha NH4 Cl como a única fonte de nitrogê- sua concentração molar e l é o comprimento do caminho óp-
nio. A bactéria marcada foi então abruptamente transferida tico em centímetros. O valor de e varia com X.; um gráfico de e
14
para um meio contendo N e a densidade do seu DNA foi versus À. para o soluto é chamado espectro de absorbância. O
monitorada em função da multiplicação bacteriana por ultra- espectro de absorbância das cinco bases de ácidos nucleicos
centrifugação de equihôrio em gradiente de densidade (uma está mostrado na Fig. 5.15a. Os espectros dos nucleosídeos
Bioquímica 91

l Densidade JDensidade Gerações

1
\ -
o DNA 15N (pesado)

J
• 0 ,3

0 ,7

1,0 + DNA hibrido

,, ~
1,1

l/i
1,5

\)
J \
1 ,9 = == zs
DNA 14N (leve)
1
\!.\
1

J 2 ,5

'
\
3 ,0 UE

I 4 ,1

-i:::.
yi\i O e 1,9
7
mist urados 8 + 8

I
~
O e 4,1
mist urados
~ ~
) ~
14N 15N 14N 15N
DNA DNA DNA DNA
DNA DNA
hibrido hibrido

FIGURA 5.13 Demonstração da natureza semiconservativa da replicação do DNA em E. coli por ultracentrifugação em gradiente
de densidade. O DNA foi dissolvido em uma solução aquosa de CsCl com densidade de 1,71 g · cm- 3 e foi submetido a uma acelera-
ção de 140.000 vezes a da gravidade em uma ultracentrífuga analítica (um equipamento no qual a amostra que gira rapidamente pode
ser observada opticamente). Essa enorme aceleração induziu o CsCl a redistribuir-se na solução, de modo que a sua concentração au-
mentou em função do seu raio em relação ao eixo da ultracentrífuga. Consequentemente, o DNA migrou no interior do gradiente de
densidade resultante para a sua posição de densidade de flutuação. Os painéis à esquerda são fotografias de absorção de ultravioleta
de células da ultracentrífuga (o DNA absorve fortemente a luz ultravioleta) e estão arranjados de modo que as regiões de densidades
iguais possuem as mesmas posições horizontais. Os painéis centrais são aferições das fotografias correspondentes feitas por um micro-
densitômetro, nas quais o deslocamento vertical é proporcional à concentração de DNA. A densidade de flutuação do DNA aumenta
com o seu conteúdo de 15N. As bandas mais à direita (com os maiores raio e densidade) surgiram a partir do DNA que está totalmen-
te marcado com 15N, enquanto o DNA não marcado, que é 0,014 g · cm- 3 menos denso, forma as bandas mais à esquerda. As bandas
na posição intermediária resultam de DNA de fita dupla no qual uma fita está marcada com 15N e a outra fita não está marcada. Os
esquemas interpretativos que acompanham os painéis (à direita) indicam os números relativos de fitas de DNA a cada geração que
foram doadas pelas moléculas parentais originais (em azul, marcadas com 15N) e que foram sintetizadas por gerações sucessivas (em
vermelho, não marcadas). (Segundo Meselson, M., and Stahl, F.W., Proc. Natl. Acad. Sei. 44, 671 [1958).) ~ Ver Figuras animadas
92 Dona ld Voet /Judith G. Voet

e nucleotídeos correspondentes são bastante similares aci-


ma de 190 nm pois, nesta faixa de comprimento de onda, os
coeficientes de extinção molar da ribose e dos grupamentos
fosfato são extremamente pequenos em relação àqueles das
Nativo (dupla-hélice}
bases aromáticas. Como esperado, o espectro do DNA na-
tivo (Fig. 5.l5b) lembra, no formato, aquele das suas bases
componentes.
Quando o DNA desnatura-se, a sua absorbância de UV,
que é quase que inteiramente devida a suas bases aromáti-
cas, aumenta ~40°/o em todos os comprimentos de onda (Fig.
Desnaturado 5.15b ). Esse fenômeno, que é conhecido como efeito hiper-
(enrolamento
crômico (do grego: hyper, acima+ chroma, cor), resulta do
aleatório}
rompimento das interações eletrônicas entre as bases próxi-
mas. Alterações hipercrômicas no DNA, como monitorado
em um determinado comprimento de onda (normalmente
260 nm), ocorrem ao longo de uma faixa estreita de tempe-
raturas (Fig. 5.16). Isso indica que o colapso de uma parte
da estrutura do dúplex de DNA desestabiliza o restante, um
FIGURA 5.14 Representação esquemática da separação das fenômeno conhecido como processo cooperativo. A desnatu-
fitas no DNA de fita dupla resultante de sua desnaturação por ração do DNA pode ser descrita como a fusão de um sólido
calor.

(a)
25~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

20

15 (b)
Adenina -
10

5
1,0
(")
.......__ _--1 20
b o
~
Desnaturado (82ºC}
X 0,8
15
..: ctl
Guanina - -~
ctl ......
o 10 ctl
E ~ 0,6
o
lctl
ctl
O' 20 5 (.)
e e
<ctl
.o
..... 0,4
15 15 o o(/)
Q.)
-o ~
$ 10
e Citosina - 0,2
Q.)
(.)
Nativo (25ºC}
'to 5
ü o~~~~~~~~~~~~~~~~~~-

o 180 200 220 240 260 280 300


10
Comprimento de onda (nm}
Uracila -
5
FIGURA 5.15 Espectro de absorbância de UV das bases dos
........__ _--! o ácidos nucleicos e do DNA. (a) Espectro da adenina, guanina,
10 citosina, timina e uracila próximo ao pH 7. (b) Espectro do DNA
Timina - de E. coli nativo e desnaturado pelo calor. Note que a desnatu-
5 ração não altera a forma geral do espectro de absorbância, mas
O L-___L___J~_..L_--1.~...L._--L~..L____L~.J____.1_~~-'---'
aumenta a sua absorbância em todos os comprimentos de onda.
180 200 220 240 260 280 300
(Segundo Voet, D., Gratzer, W.B., Cox, R.A., and Doty, P., Bio-
Comprimento de onda (nm} polymers 1, 193 [1963].) .~ Ver Figuras animadas
Bioquímica 93

1,4 100
Amplitude da NaCI 0,15M +
transição Citrato de Na 0,015 M

80

E
e
1,3
-'* 60
o o
<O
C\I
ctl ü
-E

ctl
>
+:i
+
ctl ~ 40
(].)
1,2
'--
ctl
(.)
e
<ctl
-eo 20
(J)

~
1,1
Tm /
o
60 70 80 90 100 110
T m(ºC)

FIGURA 5.17 Variação das temperaturas de fusão, Tm, do DNA


50 70 90 com seu conteúdo de G + C. Os DNAs foram dissolvidos em
Temperatura (ºC) uma solução contendo NaCl 0,15 Me citrato de sódio 0,015 M.
(Segundo Marmur, J., and Doty, P., J. Mol. Biol. 5, 113 (1962].)
FIGURA 5.16 Exemplo de uma curva de fusão de DNA. A
absorbância relativa é a razão entre a absorbância (habitual-
mente medida a 260 nm) na temperatura indicada e aquela -se completamente. Da mesma forma, fitas complementares
medida a 25ºC. A temperatura de fusão, T m• é definida como a de RNA e DNA, em um processo conhecido como hibridiza-
temperatura na qual metade do aumento máximo na absorbân- ção, formam lubridos de dupla-hélice de RNA-DNA que são
cia é atingida. #l Ver Figuras animadas apenas um pouco menos estáveis do que as dupla-hélices de
DNA correspondentes.

unidimensional, motivo pelo qual a Fig. 5.16 é referida como


uma curva de fusão e a temperatura em seu ponto médio é
conhecida como temperatura de fusão, T m (em inglês, mel-
ting temperature).
A estabilidade da dupla-hélice do DNA e, portanto, a
sua Tm dependem de vários fatores, incluindo a natureza do
solvente, as identidades e concentrações dos íons na solução
e o pH. Por exemplo, o dúplex de DNA desnatura (a sua Tm
diminui) sob condições alcalinas que determinem a ionização
de algumas das bases e, portanto, o rompimento das intera-
ções que mantêm o pareamento de bases. A Tm aumenta li-
nearmente com a fração molal de pares de bases G · C (Fig.
5.17), o que indica que esses pares, com três ligações de hi-
drogênio, são mais estáveis do que pares de bases A· T, com
duas ligações de hidrogênio.

b. O DNA desnaturado pode ser renaturado


Se uma solução de DNA desnaturado é rapidamente resfria-
da até abaixo da sua Tm, o DNA resultante ficará somente
parcialmente pareado (Fig. 5.18), pois suas fitas complemen-
tares não terão tido tempo suficiente para encontrarem umas
às outras antes das estruturas parcialmente pareadas terem Agregação
se tornado efetivamente "congeladas" . Se, no entanto, a tem- intermolecular
peratura é mantida ~25ºC abaixo da Tm• a energia térmica FIGURA 5.18 DNA parcialmente renaturado. Uma repre-
suficiente estará disponível para que pequenas regiões pare- sentação esquemática mostrando as estruturas imperfeitamente
adas rearranjem-se por fusão e reformação, mas não será su- pareadas assumidas por DNA que foi desnaturado por calor
ficiente para a fusão de longos trechos complementares. Sob e depois rapidamente resfriado para uma temperatura bem
tais condições de anelamento, como descoberto por Julius abaixo da sua Tm. Notar que podem ocorrer agregações tanto
Marmur em 1960, o DNA desnaturado acaba por renaturar- intramoleculares como intermoleculares.
94 Dona ld Voet / Judith G. Voet

D. O tamanho do DNA
As moléculas de DNA são geralmente enormes (Fig. 5.19).
A massa molecular do DNA tem sido determinada por uma
variedade de técnicas, incluindo a ultracentrifugação (Seção
6.5A), e por medidas de comprimento por microscopia ele-
trônica (um par de bases de B-DNA Na+ possui uma massa
molecular
o
média de 660 D e um comprimento [espessura]
de 3,4 A) e autorradiogratia (uma técnica na qual a posição
de uma substância radioativa em uma amostra é registrada
pelo escurecimento de uma emulsão fotográfica sobre a qual
a amostra é colocada ou na qual ela é embebida; Fig. 5.20).
O número de pares de bases e as extensões de contorno (as
extensões de ponta a ponta das moléculas nativas estendidas)
de DNAs de uma seleção de organismos de complexidade
crescente estão listados na Tabela 5.2. Não surpreendente-
mente, a quantidade haploide (quantidade única) de DNA
de um organismo varia mais ou menos de acordo com a sua
complexidade (embora existam notáveis exceções a essa ge-
neralização, como a da última entrada da Tabela 5.2).
A visualização de DNAs de procariotos demonstrou
que todo o genoma (informação genética completa) desses
organismos está contido em uma única molécula de DNA,
geralmente circular. De maneira similar, Bruno Zimm de-
monstrou que o maior cromossomo da mosca-das-frutas.
FIGURA 5.19 Microgratia eletrônica de um bacteriófago T2
Drosophila melanogaster, contém uma única molécula de e do seu DNA. O fago foi lisado (aberto) osmoticamente em
DNA, comparando a massa molecular desse DNA com a água destilada, de modo que o seu DNA extravasou. Sem um
extensão do DNA contido no cromossomo, medida citologi- tratamento especial, o DNA dúplex, que tem apenas 20 A de
camente. Da mesma maneira, outros cromossomos eucarió- diâmetro, é difícil de ser visualizado ao microscópio eletrôni-
ticos também contêm somente uma única molécula de DNA. co. No procedimento de Kleinschmidt, usado aqui, o DNA é
A forma altamente alongada o
do DNA dúplex (lembrar espessado até -200 A de diâmetro por revestimento com uma
que o B-DNA tem somente 20 A de diâmetro), junto com a proteína básica desnaturada. (De Kleinschmidt, A.K., Lang, D.,
sua rigidez, o tornam extremamente suscetível a danos me- Jacherts, D., and Zahn, R.K., Biochim. Biophys. Acta 61, 857
cânicos quando fora do ambiente protetor da célula (p. ex., [1962].)
se o DNA de Drosophila da Fig. 5.20 fosse ampliado por um
fator de 500.000, ele teria a forma e algumas das proprieda-
des mecânicas de uma fita de 6 km de extensão de espaguete mistura, agitação e pipetagem, fragmentam o DNA em pe-
cru). As forças hidrodinâmicas capazes de introduzir quebras, daços relativamente pequenos, de modo que o isolamento de
geradas por manipulações de laboratório tão comuns como uma molécula de DNA intacta requer um manuseio extre-

TABELA 5.2 Tamanhos de algumas moléculas de DNA


Organismo Número de pares de bases (kb)* Extensão de contorno (µm)
Vírus
Polioma, SV40 5,2 1,7
Bacteriófago À 48,6 17
Bacteriófagos T2, T4, T6 166 55
Vírus da bouba aviária 280 193
Bactérias
Mycoplasma hominis 760 260
Escherichia coli 4.600 1.600
Eucariotos
Leveduras (em 17 cromossomos haploides) 12.000 4.100
Drosophila (em 4 cromossomos haploides) 180.000 61.000
Seres humanos (em 23 cromossomos haploides) 3.000.000 1.000.000
Peixes pulmonados (em 19 cromossomos haploides) 102.000.000 35.000.000
*kb = quilopares de bases = 1.000 pares de bases (pb).
Fonte: Principalmente Kornberg, A ., e Baker, T.A., DNA Replication (2nd ed.), p. 20, Freeman (1992).
Bioquímica 95

Replicação

...... ~
DNA -- ...................
... ...
"' "' ...
,, "' ' '\
Transcrição \
I \
I
1
, 1 mm
,
1 I
1
1 I
1
\

FIGURA 5.20 Autorradiogratia do DNA de Drosophila me-


RNA ~
f \
1 I
lanogaster. Lisados de células de D. melanogaster que foram \ I Tradução
.... _"'
cultivados com timidina marcada com 3If foram espalhados
sobre uma lâmina de vidro e cobertos com uma emulsão fo- FIGURA 5.21 O dogma central da biologia molecular. As
tográfica, que foi revelada após uma exposição de 5 meses. A setas sólidas indicam os tipos de transferências de informação
curva branca, que resultou do decaimento radioativo do 3H, tra- genética que ocorrem em todas as células. Transferências espe-
ça a extensão do DNA neste positivo fotográfico. A extensão ciais estão indicadas pelas setas tracejadas: a RNA-polimerase
de contorno medida para o DNA é de 1,2 cm. (De Kavenoff, dirigida por RNA é expressada por certos vírus de RNA e
R., Klotz, L.C., and Zimm, B.H., Cold Spring Harbor Symp. em alguns vegetais (onde ela não tem função conhecida); a
Quant. Biol. 38, 4 [1973]. Impressa com a permissão de Cold DNA-polimerase dirigida por RNA (transcriptase reversa) é
Spring Harbor Laboratory Press, EUA, 1974.) expressada por outros vírus de RNA; e DNA especificando
diretamente uma proteína é algo ainda desconhecido, mas que
mamente cuidadoso. Antes de 1960, quando foi reconhecido não parece além dos limites do possível. Entretanto, as setas
pela primeira vez, as massas moleculares medidas do DNA faltantes correspondem a processos que nunca ocorrem: proteí-
não eram maiores do que ~ 10 milhões de D ( ~ 15 kb, onde 1 nas especificando DNA, RNA ou proteína. Em outras palavras,
kb = 1 quilopar de bases = 1.000 pb). Fragmentos de DNA
as proteínas podem somente ser as receptoras da informação
genética. (Segundo Crick, F., Nature 227, 561 [1970).)
de massas moleculares uniformes e com tamanhos pequenos,
em tomo de poucas centenas de pares de bases, podem ser
gerados pela degradação por quebras do DNA, feita de uma a linguagem codificando a informação permanece a mesma,
maneira controlada; por exemplo, forçando a passagem da aquela das sequências de bases, enquanto o termo "tradução"
solução de DNA por um orifício pequeno ou por sonicação indica que, ao transferir a informação do RNA para as pro-
(exposição a intensas ondas de som de alta frequência). teínas, a "linguagem" altera-se daquela das sequências de ba-
ses para aquela das sequências de aminoácidos (Fig. 5.22). A
4 EXPRESSÃO GÊNICA E REPLICAÇÃO: UMA VISÃO maquinaria necessária para cumprir as complexas tarefas de
GERAL expressão gênica e replicação do DNA de uma maneira orga-
nizada e com alta fidelidade ocupa uma porção importante de
~ Ver Exploração guiada 1: Visão geral da transcrição e da tradução cada célula. Nesta seção, resume-se como a expressão gênica
Como os genes funcionam, ou seja, como eles dirigem a síntese e a replicação ocorrem, a fim de fornecer os conhecimentos
de RNA e proteínas e como eles são replicados? As respostas necessários para o entendimento das técnicas da tecnologia
a essas questões formam a disciplina multifacetada conhecida do DNA recombinante (Seção 5.5). Esse assunto é explorado
como biologia molecular. Em 1958, Crick claramente resumiu bem mais detalhadamente nos Capítulos 29 a 34.
as linhas gerais desse processo em um fluxograma que ele cha-
mou de dogma central da biologia molecular: o D NA dirige
a sua própria replicação e a sua transcrição para produzir o A. Síntese de RNA: Transcrição
RNA, o qual, por sua vez, dirige a sua tradução para a for- A enzima que sintetiza o RNA é denominada RNA-poli-
mação das proteínas (Fig. 5.21). Aqui, o termo "transcrição" merase. E la catalisa o acoplamento dirigido por DNA dos
indica que, ao transferir a informação do DNA para o RNA, nucleosídeos trifosfatados (NTPs) trifosfato de adenosina

DNA 5' - A-G-A-G-G-T-G-C-T- 3'


3' - T-C-T-C-C-A-C-G-A- 5' FIGURA 5.22 Expressão gênica. Uma fita de DNA dirige a
transcrição t síntese de RNA, um processo conhecido como transcrição. A
sequência de bases do RNA transcrito é complementar à da
mRNA 5 ' - A-G-A-G-G-U-G-C-U - 3 ' fita de DNA. Os RNAs conhecidos como RNAs mensageiros
tRNAs U-C-U C-C-A C-G-A (mRNAs) são traduzidos quando moléculas de RNA transpor-
1 1 1 1 1 1 tador (tRNA) alinham-se com o mRNA pelo pareamento de
1 1 bases complementares entre segmentos de três nucleotídeos
Arginina Glicina Alanina
consecutivos conhecidos como códons. Esses aminoácidos são
Tradução t covalentemente ligados pelo ribossomo para formarem um po-
lipeptídeo. Assim, as sequências de bases no DNA especificam
Polipeptídeo -Arg-Gly-Ala- a sequência de aminoácidos em uma proteína.
96 Dona ld Voet /Judith G. Voet

o o
DNA-Molde 11 li
-O-P-O-P-0-
3' 5' 1 1
o- o-
••• p p p p p p ••• , .
Ion p1rofosfato ••• p p p p p p •••

RNA-polimerase
81' 82' 83' 84' 85' 81' 82' 83' 84' 85'
• • • • • • •
•• •• •• •• •• •• ••
81 82 83 84 81 82 83 84
OH OH OH OH OH OH OH OH
OH + OH OH
••• p p p ppp ••• p p p p

5' -•)lo 3' RNA rec.ém-slntetlzado

FIGURA 5.23 Ação das RNA-polimerases. Essas enzimas reúnem ribonucleotídeos trifosfatados sequencialmente sobre moldes que
consistem em segmentos de DNA de fita simples, de modo que a fita que está sendo produzida é alongada na direção de 5' para 3'.

(ATP, adenosine triphosphate), trifosfato de citidina (CTP, Todas as células contêm RNA-polimerase. Em bactérias,
de cytidine triphosphate ), trifosfato de guanosina ( GTP, de uma espécie dessa enzima sintetiza quase todo o RNA da cé-
guanosine triphosphate) e trifosfato de uridina (UTP, de uri- lula. Alguns vírus geram RNA-polimerases que sintetizam
dine triphosphate) em uma reação que libera o íon pirofosfa- somente RNAs virais específicos. Células eucarióticas con-
to (P20 j-): têm quatro ou cinco tipos diferentes de RNA-polimerases,
cada uma delas sintetizando uma classe diferente de RNA.
(RNA)nresíduos + NTP ) (RNA)n + 1 resíduos + P2Ü~-
a. A iniciação transcricional é um processo controlado de
A síntese de RNA prossegue em etapas na direção 5'---+ maneira precisa
3', isto é, o nucleotídeo que chega é adicionado ao grupo A fita-molde de DNA contém sítios de controle que con-
3'-0H livre da cadeia de RNA em crescimento (Fig. 5.23). sistem em sequências específicas de bases que especificam
A RNA-polimerase seleciona o nucleotídeo que ela vai tanto o sítio no qual a RNA-polimerase inicia a transcrição
incorporar na cadeia de RNA nascente (em crescimento) (o sítio no DNA no qual os dois primeiros nucleotídeos do
com base na exigência da formação de um par de bases de RNA são ligados) e a frequência na qual a RNA-polimerase
Watson-Crick com a fita de DNA que está sendo transcri- inicia a transcrição nesse sítio. Proteínas específicas, conheci-
ta, a fita-molde (somente uma das fitas do DNA dúplex é das em procariotos como ativadores e repressores e, em eu-
transcrita de cada vez). Isso é possível porque, à medida que cariotos, como fatores de transcrição, ligam-se a esses sítios
a RNA-polimerase move-se ao longo do DNA dúplex que controladores ou a outras dessas proteínas que fazem isso e,
ela está transcrevendo, ela separa um segmento curto ( ~ 14 assim, estimulam ou inibem a iniciação transcricional pela
pb) das duas fitas para formar a denominada bolha de trans- RNA-polimerase. Para os RNAs que codificam proteínas,
crição, o que permite que essa porção da fita-molde forme que são chamados de RNAs mensageiros (mRNAs), esses
transitoriamente uma hélice híbrida curta de DNA-RNA sítios de controle precedem o sítio de iniciação (ou seja, eles
com o RNA recém-sintetizado (Fig. 5.24). Assim como o estão "a montante" do sítio de iniciação em relação à direção
DNA dúplex, uma hélice hfbrida de DNA-RNA consiste em na qu.al a RNA-polimerase se move).
fitas antiparalelas e, portanto, a fita-molde de DNA é lida na A frequência na qual uma célula sintetiza uma proteína
sua direção 3' ---+ 5'. ou, até, se a proteína é ou não sintetizada, depende principal-

RNA nascente RNA- ~ Fita-molde de


-polimerase~ DNA
5' (5' 3') 3'
5')
5'

3' Bolha de
3'
transcrição

FIGURA 5.24 Funcionamento da bolha de transcrição. A RNA-polimerase desenrola a dupla-hélice do DNA em aproximada-
mente uma volta na região que está sendo transcrita, permitindo, assim, que a fita-molde do DNA forme um pequeno segmento
de dupla-hélice hfbrida de DNA-RNA com a extremidade 3' do RNA recém-sintetizado. Enquanto a RNA-polimerase avança ao
longo do molde de DNA (aqui, para a direita), o DNA desenrola-se à frente da extremidade 3' do RNA em crescimento e enrola-
-se novamente depois dela, separando assim o RNA recém-sintetizado da fita-molde.
Bioquímica 97

mente do controle da frequência na qual a síntese do mRNA desnecessárias. Entretanto, quando a lactose está disponível,
correspondente é iniciada. O modo pelo qual os procariotos a bactéria modifica metabolicamente uma pequena quanti-
regulam a frequência na qual muitos genes têm a transcrição dade dela, formando o açúcar relacionado alolactose. Este
iniciada pode ser relativamente simples. Por exemplo, a ini- chamado indutor liga-se especificamente ao repressor lac,
ciação transcricional de muitos genes procarióticos requer causando, desse modo, a sua dissociação do DNA operador,
somente que a RNA-polimerase ligue-se a uma sequência o que permite que a RNA-polimerase inicie a transcrição dos
controladora, conhecida como promotor, que precede o sítio genes do óperon lac (Fig. 5.25b).
de iniciação transcricional. Entretanto, nem todos os promo- Em eucariotos, os sítios controladores que regulam a
tores são iguais: a RNA-polimerase inicia a transcrição mais iniciação transcricional podem ser bem extensos e surpreen-
frequentemente nos chamados promotores eficientes do que dentemente distantes do sítio de início da transcrição (po-
naqueles com outras sequências, mesmo que apenas levemen- dem estar a distâncias de até várias dezenas de milhares de
te diferentes. Assim a frequência na qual um gene é transcrito pares de bases; Seção 34.3). Além disso, a maquinaria trans-
é determinada pela sequência do promotor associado a ele. cricional eucariótica que se liga a estes sítios e, assim, induz a
Uma maneira mais complexa pela qual os procariotos RNA-polimerase a começar a transcrição pode ser enorme-
controlam a frequência de início da transcrição é exempli- mente complexa (consistindo em até 50 ou mais proteínas;
ficada pelo óperon lac de E. coli, um conjunto de três genes Seção 34.3).
consecutivos (Z, Y e A) codificando proteínas que a bactéria
necessita para metabolizar o açúcar lactose (Seção 11.2B). b. A terminação transcricional é um processo relativamente
Na ausência de lactose, uma proteína chamada de repressor simples
lac liga-se especificamente a um sítio controlador no óperon O sítio da fita-molde no qual a RNA-polimerase termina a
lac, conhecido como operador (Seção 31.3B). Isso impe- transcrição e libera o RNA completo é governado pela se-
de a RNA-polimerase de iniciar a transcrição dos genes do quência de bases dessa região. Entretanto, o controle da
óperon lac (Fig. 5.25a), o que impede a síntese de proteínas terminação transcricional raramente está envolvido na re-
gulação da expressão gênica. Em concordância com isso, a
maquinaria celular que faz mediação com o término da trans-
(a) Ausência de Indutor crição é relativamente simples, em comparação com aquela
- - - - - - - - - óperon lac - - - -- envolvida na iniciação transcricional (Seção 31.2D).

c. Os RNAs eucarióticos sofrem modificações


pós-transcricionais
O repressor liga-se
ao operador, impedindo a A maior parte dos transcritos de mRNA procarióticos par-
transcrição do óperon lac ticipa da tradução sem alterações adicionais. Entretanto, a
maioria dos transcritos primários de eucariotos requer mo-
dificações pós-transcricionais extensas para se tomar funcio-
-
Repressor
nal. Para os mRNAs, essas modificações incluem a adição de
um "quepe" (cap) constituído de uma 7-metilguanosina, que
é enzimaticamente adicionado à extremidade 5' do transcri-
(b) Presença de Indutor
to, e de uma "cauda" de ácido poliadem1ico (poli [A]) de
~250 nucleotídeos, que é enzimaticamente adicionada à ex-
p o z y ,,._li
tremidade 3' do transcrito. Entretanto, a modificação mais
surpreendente que a maioria dos transcritos eucarióticos
'
RNA- -----
-polimerase
1

mRNA lac
t t t sofre é um processo chamado de splicing gênico, no qual
um ou, mais frequentemente, muitos segmentos de RNA co-
nhecidos como íntrons (de "sequências intervenientes") são
removidos precisamente do RNA e os éxons (de "sequências

Transcrição dos ' '


genes lac estruturais lntron Exon
5' / 3'
1
1 1J 2 'I li 3 111 4 1
Transcrito primário
Complexo
indutor-repressor Adição do quepe,
não se liga ao operador ITJ+I li 1+1 111 poliadenilação e splicing
5' 3'
FIGURA 5.25 Controle da transcrição do óperon lac de Quepe~ 1 2 1
3 1 4 1 ~Cauda de
E. coli. (a) Na ausência de um indutor como a alolactose, o mRNA poli (A)
repressor lac liga-se ao operador (O), o que impede a RNA
-polimerase de transcrever os genes Z, Y e A do óperon lac. (b) FIGURA 5.26 Processamento pós-transcricional dos mRNAs
Ao ligar-se ao indutor, o repressor lac dissocia-se do operador, eucarióticos. A maioria dos transcritos primários requer modifi-
o que permite que a RNA-polimerase ligue-se ao promotor (P) cações covalentes adicionais para tomar-se funcional, incluindo
e transcreva os genes Z, Ye A. #'l Ver Exploração guiada 2: a adição de um quepe 5' e de uma cauda de poli(A) 3' e a exci-
Regulação da expressão gênica pelo sistema do repressor /ac são, por splicing dos seus íntrons, que estão entre os seus éxons.
98 Dona ld Voet /Judith G. Voet

expressas") restantes são religados na sua ordem original NHt


para formarem o mRNA maduro (Fig. 5.26; Seção 31.4A). Resíduo de
1
aminoácido
Diferentes mRNAs podem ser gerados a partir do mesmo R - C- H
1
gene pela seleção de sítios de iniciação transcricional alterna-
C= O
tivos e/ou de sítios alternativos de splicing, levando à produ- 1
ção de proteínas de algum modo diferentes, normalmente de o
maneira tecido-específica (Seção 34.3C).
3'

B. Síntese de proteínas: Tradução


Os polipeptídeos são sintetizados, sob a direção dos mRNAs
correspondentes, pelos ribossomos, organelas citosólicas
numerosas que consistem em aproximadamente dois terços
de RNA e de um terço de proteína e possuem massas mo-
leculares de ~2.500 kDa, em procariotos, e ~4.200 kDa, em
eucariotos. Os RNAs ribossômicos (rRNAs), dos quais exis-
tem vários tipos, são transcritos a partir de moldes de DNA,
como são todos os outros tipos de RNA.

a. Os RNAs transportadores levam os aminoácidos para o


ribossomo
Os mRNAs são, essencialmente, uma série de segmentos Anticódon
consecutivos de três nucleotídeos, conhecidos como códons, FIGURA 5.27 ORNA transportador (tRNA) representado
cada um dos quais especifica um determinado aminoácido. na sua forma de ''trevo''. O resíduo de aminoácido covalente-
Entretanto, os códons não se ligam aos aminoácidos. Em vez mente ligado a ele forma um aminoacil-tRNA (topo) , e o seu
disso, o que acontece no ribossomo é que eles se ligam especi- anticódon (embaixo) , um segmento de três nucleotídeos, pareia
ficamente a moléculas de RNA transportador (tRNA) e cada com o códon complementar no mRNA durante a tradução.
uma dessas moléculas está cova/entemente ligada ao amino-
ácido correspondente (Fig. 5.27). Um tRNA normalmente
consiste em ~76 nucleotídeos (o que o torna comparável em tRNA correspondente para formar um aminoacil-tRNA (um
massa e complexidade estrutural a uma proteína de tama- processo chamado de "carregamento") pela ação de uma
nho médio) e contém uma sequência de três nucleotídeos, enzima que reconhece especificamente tanto o tRNA como
o seu anticódon, que é complementar ao(s) códon(s) que o aminoácido (ver a seguir). Durante a tradução, o mRNA
especifica(m) o aminoácido ligado a ele (ver a seguir). Um é passado através do ribossomo, de modo que cada um dos
aminoácido é ligado covalentemente à extremidade 3' do seu códons, na sua vez, liga-se ao seu aminoacil-tRNA corres-

Cadeia pol ipeptídica NH3 +


em crescimento NH3 +

NH3 +
OH aminoácido

RNA
transportador

5' L----'------'-----'-~-'---L-----'-'"---''---'--_._---'-~'----'------'---1~-'---L-----'------'~-'--~
3'
RNA mensageiro Ribossomo

direção do movimento do
ribossomo sobre o mRNA

FIGURA 5.28 Diagrama esquemático da tradução. O ribossomo liga-se ao mRNA e a dois tRNAs e facilita a associação específica
entre eles por interações códon-anticódon consecutivas. O sítio de ligação ribossômico mais próximo da extremidade 5' do mRNA
liga-se ao peptidil-tRNA (à esquerda, um tRNA ao qual a cadeia polipeptídica em crescimento está covalentemente ligada) e é, por-
tanto, conhecido como sítio P. O sítio ribossômico mais próximo da extremidade 3' do mRNA liga-se a um aminoacil-tRNA (à direi-
ta) e, portanto, é chamado de sítio A. O ribossomo catalisa a transferência do polipeptídeo do peptidil-tRNA para o aminoacil-tRNA,
formando assim um novo peptidil-tRNA, cuja cadeia polipeptídica aumentou de tamanho em um resíduo na sua extremidade e-
-terminal. O tRNA descarregado no sítio Pé então ejetado e o peptidil-tRNA, juntamente com o mRNA ligado a ele, é deslocado do
sítio A para o sítio P, permitindo assim que o próximo códon ligue-se ao seu aminoacil-tRNA correspondente no sítio ribossômico A.
Bioquímica 99

Sítio P Sítio A Sítio P Sítio A





1

NH
1
R - CH
n- 1 I


• O= C
1 1
NH NH
1 1
Rn-1CH Rn - CH
1
~ 1

O= C O= C
1 1
NH :NH2 NH
1 1 1
R - CH Rn+T yH Rn+1 CH
n 1
1
O= C O=C O=C
c6 1
o
1

1
OH
1
1
o
1

tRNAn tRNAn+l tRNAn tRNAn+l


Peptidil-tRNA Aminoacil-tRNA tRNA descarregado Peptidil-tRNA

FIGURA 5.29 A reação ribossômica formando uma ligação peptídica. O grupo amino do aminoacil-tRNA no sítio A ribossômico
desloca nucleofilicamente o tRNA do éster de peptidil-tRNA no sítio P ribossômico, formando assim uma nova ligação peptídica e
transferindo o polipeptídeo em crescimento tRNA no sítio A.

pondente (Fig. 5.28). Quando isso ocorre, o ribossomo trans- Um tRNA pode reconhecer até três códons sinônimos,
fere o resíduo de aminoácido do tRNA para a extremidade pois a base 5' de um códon e a base 3' do anticódon cor-
e-terminal da cadeia polipeptídica em crescimento (Fig. respondente não interagem necessariamente por meio de
5.29). Portanto, a cadeia polipeptídica cresce da sua extremi- um par de bases de Watson-Crick (Seção 32.2D; lembre-se
dade N-terminal para a sua extremidade C-terminal. que o códon e o anticódon associam-se de maneira anti-
paralela, formando um curto segmento de dupla-hélice de
b. O código genético RNA). Assim, as células podem possuir menos do que os 61
A correspondência entre a sequência de bases em um códon tRNAs que seriam necessários para uma representação de
e o resíduo de aminoácido que ele especifica é conhecida 1:1 dos 61 códons que especificam os aminoácidos. Porém,
como código genético (Tabela 5.3). A sua quase universa- algumas células eucarióticas contêm, de fato, mais de 500
lidade entre todas as formas de vida é uma evidência que tRNAs diferentes.
indica que a vida na Terra surgiu a partir de um ancestral
comum, e isso torna possível, por exemplo, expressar genes c. Os tRNAs adquirem os aminoácidos por meio das ações
humanos em E. coli (Seção 5.5Ga). Existem quatro bases das aminoacil-tRNA-sintases
possíveis (U, C, A e G) que podem ocupar cada uma das Ao sintetizar um polipeptídeo, um ribossomo não reconhece
três posições em um códon e, portanto, existem 43 = 64 o aminoácido ligado ao tRNA, mas apenas se o anticódon
códons possíveis. Destes códons, 61 especificam aminoá- está ou não ligado ao códon do mRNA (o anticódon e o ami-
cidos (dos quais existem somente 20) e os três restantes, noácido no tRNA carregado estão de fato muito distantes
UAA, UAG e UGA, são códons de Parada, que instruem um do outro, como a Fig. 5.27 sugere). Assim, o carregamen-
o ribossomo a terminar a síntese do polipeptídeo e liberar to de um tRNA com o aminoácido apropriado é uma etapa tão
o transcrito resultante. Todos os aminoácidos, com duas ex- crítica para uma tradução acurada como o reconhecimento
ceções (Mete Trp), são especificados por mais de um códon apropriado de um códon por seu anticódon correspondente.
e três (Leu, Ser e Arg) são especificados por seis códons. As enzimas que catalisam essas adições são conhecidas como
Consequentemente, em um termo emprestado da matemá- aminoacil-tRNA-sintases (aaRSs). As células normalmente
tica, o código genético é dito como degenerado (assume vá- contêm 20 aaRSs, uma para cada aminoácido e, assim, uma
rios valores discretos). determinada aaRS irá carregar todos os tRNAs que apre-
Note que o arranjo do código genético não é aleatório. A sentam códons especificando o seu aminoácido correspon-
maioria dos códons que especificam um dado aminoácido, os dente. Consequentemente, cada aaRS deve de alguma forma
quais são chamados de sinônimos, ocupa o mesmo retângulo diferenciar o seu tRNA cognato (correspondente) dentre os
na Tabela 5.3, ou seja, eles diferem em sequência somente no muitos outros tipos de tRNAs estrutural e fisicamente muito
terceiro nucleotídeo (3'). Além disso, a maioria dos códons similares que cada célula contém. Embora muitas aaRSs re-
especificando resíduos de aminoácidos não polares possui conheçam os anticódons de seus tRNAs cognatos, nem todas
um G na sua primeira posição e/ou um Una sua segunda elas fazem isso. Elas podem, em vez disso, reconhecer outros
posição (Tabela 5.3). sítios nos seus tRNAs cognatos.
100 Dona ld Voet /Judith G. Voet

H
+ 1 ~º
H 3N-C-C
1 ""-o -
TABELA 5.3 O código genético ''padrão''ª R
Primeira Terceira
-
pos1.çao . -
pos1çao
(extremi- Segunda posição (extremi-
dade 5') dade 3')
u e A G
uuu 1 ucu UAU 1
CH 2
UGU 1
u
CH 2 CH2
Phe Tyr Cys
uuc ucc ~I UGC
1
e
/ UAC ~
SH
1 1
~
CH2 OH
u UCA
Ser 1
UAA UGA PARADA A
UUA OH
Leu PARADA
1
UUG UCG UAG UGG Trp CH2 ~ G
1
N ~
H

cuu ccu H
1
o
1
CAU CH2
1 CGU u
1
- N - C- C- 1 CH2
1 1 His HC-NH
cuc 1 ccc H 2C
\/
CH2 CAC \
C- H CGC 1
CH2 e
CH2 CH2 +li 1
HC-NH
e CH
1
Arg CH2
Leu / '-..,
Pro 1
CUA CCA CAA 1 CGA NH A
H3 C CH3 9H2
1 +
Gln CH2 C=NH2
CUG CCG CAG 1
CGG 1
G
C= O
/ NH2
HzN

AUU ACU AAU 1


AGU u
1 CH2 1

Ile H3C-CH Asn 1 Ser 9H2


AUC 1 ACC AAC C= O AGC e
CH2 / OH
1
1 H2N
A CH3 Thr CH
/ '-..,
AUA ACA HO CH3 AAA AGA A

AUG Met** Lys Arg


ACG AAG AGG G
1
+ 1
HsC- S- CH2- CH2 HgN - CH2 - CH2 - CH2 - CH2

GUU GCU GAU 1


GGU u
~H2
GUC GCC GAC Asp GGC e
C= O
- /
CH
1 o
G Vai / '-.., Ala 1
Gly 1

GUA GCA CH3 GAA GGA H A


H3C CH3 1
CH2
1

GUG GCG GAG Glu CH2


GGG G
1
C= O
- /
o
*Resíduos a polares estão em cor de laranja, resíduos básicos estão em azul, resíduos ácidos estão em vermelho e resíduos polares não carregados estão em
púrpura.
** AUG forma parte do sinal de iniciação, além de codificar resíduos int ernos de Met.

d. A tradução é iniciada em códons AUG específicos reconhece este códon de iniciação difere do tRNA que trans-
Os ribossomos leem o mRNA na direção de 5' para 3' (de port a resíduos de Met internos dos polipeptídeos para o ri-
"montante" para "jusante"). O códon de iniciação é AUG, bossomo, embora ambos os tipos de tRNA sejam carregados
que especifica um resíduo de Met. Entretanto, o tRNA que pela mesma metionil-tRNA-sintase (MetRS).
Bioquímica 101

Início da primeira fase de leitura ser transportados do núcleo para o citosol para que possam
participar da tradução. Os mRNAs eucarióticos tendem, por
rInício da segunda fase de leitura
Início da terceira fase de leitura isso, a apresentar tempos de vida da ordem de vários dias.

f. As proteínas estão sujeitas a modificações


• G • U • U • C •A • G • C • C •U •A •A • G •A • · ·
pós-traducionais e degradação
1( Vai ) ( Gln ) ( Pro ) ( Lys ) · · · -~ Polipeptídeos recém-sintetizados muitas vezes requerem mo-
1( Phe ) ( Ser ) ( Leu ) ( Arg )-- · · · .._____~
dificações pós-traducionais para tornarem-se funcionais. Em
muitas proteínas, o resíduo iniciador (N-terminal) que foi es-
1( Ser ) ( Ala ) ( Stop ) ...._,.,. pecificado por seu códon de iniciação do mRNA é removido
Terceira fase de leitura ---~ por uma protease (uma enzima que cliva hidroliticamente
Segunda fase de leitura --------' as ligações peptídicas) específica. As proteínas são, então,
Primeira fase de leitura ----~ sujeitas a várias outras modificações químicas em resíduos
específicos, incluindo clivagens proteolíticas, acetilação, hi-
FIGURA 5.30 Fases de leitura dos nucleotídeos. Um mRNA droxilação, metilação e fosforilação específicas (Seção 4.3A).
pode ser lido em qualquer uma das três fases de leitura diferen- Além disso, as proteínas eucarióticas, mas não as procarióti-
tes, cada uma das quais produz um polipeptídeo diferente. cas, estão sujeitas a glicosilação (a adição de polissacaríde-
os) em sítios específicos (Seções 11.3C e 23.3B). De fato, as
Se um polipeptídeo deve ser sintetizado com a sequência glicoproteínas (proteínas que foram glicosiladas) são o tipo
de aminoácidos correta, é essencial que o ribossomo man- mais comum de proteína eucariótica e podem ter a sua massa
tenha o registro adequado entre o mRNA e os tRNAs que consistindo em até 90o/o ou mais de grupos polissacarídicos.
chegam, ou seja, que o ribossomo mantenha a fase de leitura Todas as células possuem vários mecanismos para a de-
correta. Como ilustrado na Fig. 5.30, um deslocamento de até gradação das proteínas em seus aminoácidos componentes.
mesmo um único nucleotídeo ao longo de um mRNA levará Isso permite que a célula elimine proteínas danificadas ou
à síntese de um polipeptídeo totalmente diferente do ponto anormais, destrua proteínas que não são mais necessárias e
de deslocamento em diante. Portanto, o códon AUG que ini- utilize proteínas como nutrientes. O tempo de vida de uma
cia a síntese polipeptídica também ajusta a fase de leitura do proteína em uma célula pode ser surpreendentemente cur-
polipeptídeo. Contudo, o AUG também especifica resíduos to, tão breve quanto uma fração de minuto, embora muitas
de Met internos nos polipeptídeos e um mRNA provavel- proteínas de eucariotos tenham tempos de vida de dias ou se-
mente contém numerosos AUGs em diferentes fases de lei- manas. Portanto, células são entidades dinâmicas que estão
tura. Como, então, o ribossomo seleciona o códon de inicia- constantemente reciclando os seus componentes, em particu-
ção dentre os muitos AUGs em um mRNA? Em procariotos, lar os seus RNAs e suas proteínas.
a resposta é a de que cada mRNA contém uma sequência na
porção a montante (5') do códon de iniciação (uma região
C. Replicação do DNA
que não codifica uma cadeia polipeptídica), por meio da qual
o ribossomo identifica esse códon. Em eucariotos, a resposta A reação química pela qual o DNA é replicado (Fig. 5.31)
é mais simples; o códon de iniciação é normalmente o pri- é quase idêntica àquela que sintetiza RNA (Fig. 5.23), mas
meiro AUG a jusante do quepe 5' do mRNA. com duas diferenças principais: (1) os reagentes são desoxi-
nucleosídeos trifosfatados (dNTPs, de deoxynucleoside tri-
e. Os mRNAs procarióticos possuem tempos de vida curtos phosphates) em vez de NTPs e (2) a enzima que catalisa a
Em procariotos, a transcrição e a tradução ocorrem no reação é a DNA-polimerase, em vez da RNA-polimerase. As
mesmo compartimento celular, o citosol (Figs. 1.2 e 1.3). propriedades da DNA-polimerase resultam em uma terceira
Consequentemente, os ribossomos muitas vezes se ligam à ex- diferença importante entre a síntese de RNA e a de DNA:
tremidade 5' de um mRNA antes que sua síntese esteja com- enquanto a RNA-polimerase é capaz de ligar dois nucleotí-
pleta e começam a síntese do polipeptídeo correspondente. deos sobre um molde de DNA, a DNA-polimerase somente
Isso é essencial porque, como os mRNAs de procariotos pos- é capaz estender (na direção de 5' para 3') um polinucleotí-
suem tempos de vida médios de apenas 1 a 3 minutos antes de deo já existente que esteja pareado com a fita-molde de DNA.
serem degradados hidroliticamente por enzimas conhecidas Assim, enquanto a RNA-polimerase pode iniciar a síntese de
como nucleases, a extremidade 5' de um mRNA pode ser de- novo (a partir do seu início) de RNA, a DNA-polimerase re-
gradada antes da sua extremidade 3' ser sintetizada. Essa re- quer um iniciador (primer) oligonucleotídico, o qual é alon-
ciclagem rápida dos mRNAs permite a um procarioto respon- gado por ela.
der rapidamente a mudanças no seu ambiente, sintetizando as
proteínas apropriadas para a sua nova situação minutos após a. Os iniciadores são RNAs
a ocorrência da alteração (lembre-se que os procariotos estão Se uma DNA-polimerase não é capaz de sintetizar o DNA de
adaptados à vida em ambientes nos quais existem flutuações novo, de onde vêm os iniciadores? Acontece que eles não são
rápidas nos nutrientes disponíveis; Seção 1.2). de DNA, como seria esperado, mas sim de RNA. Em E. coli,
As células eucarióticas, ao contrário, apresentam, em sua esses iniciadores (primers) de RNA são sintetizados tanto
maioria, uma existência mais sedentária. Os seus RNAs são pela RNA-polimerase (a mesma enzima que sintetiza todos
transcritos e modificados pós-transcricionalmente no núcleo, os outros RNAs) como por uma RNA-polimerase especial
enquanto os ribossomos ocupam o citosol, que é onde a tra- conhecida como primase. A DNA-polimerase depois esten-
dução ocorre (Fig. 1.5). Assim, os mRNAs maduros devem de esse iniciador de RNA, que, no final, é removido e substi-
102 Dona ld Voet /Judith G. Voet

o o
DNA-Molde 11 11
- O-P-O-P-0-
3' 5' 1 1
o o
... p p p p p P ••• Íon plrofosfato ··· P p p p p p ...

DNA-polimerase
8 I 8 I 8 I 8 4I 8 I 8 I 8 I 8 I 8 4I 8 I
1

2

3

5 1
• •
2 3
• •
5
• • • • • • ••
• • • • • •
81 82 83 84 81 82 83 84

OH + OH OH
..• p p p ppp ... p p p p

5' -~)lo 3' DNA replicado

FIGURA 5.31 Ação das DNA-polimerases. As DNA-polimerases reúnem sequencialmente os dNTPs que são incorporados so-
bre moldes de DNA de fita simples, de modo que a fita em crescimento é alongada na direção de 5' para 3'.

tuído por DNA, como explicado a seguir. Essa complexidade DNA, para substituí-lo seletivamente por um DNA sintetiza-
adicional na síntese de DNA aumenta a fidelidade da sua re- do de modo mais preciso. Porém, como o iniciador é de RNA,
plicação. Enqu.a nto uma célula produz muitas cópias de um ele é prontamente identificado e substituído.
RNA e, por isso, pode tolerar um erro ocasional na sua sín-
tese, um erro (uma mutação) na síntese do DNA, o arquivo b. As duas fitas do DNA são replicadas de maneiras diferentes
da informação genética, pode ser passado para todos os des- Uma quarta diferença importante entre a síntese de RNA
cendentes da célula. Como um par de bases de Watson-Crick e a de DNA é a de que, na maior parte dos casos, enquan-
é parcialmente estabilizado por seus pares de bases vizinhos to somente uma fita de DNA é transcrita de cada vez, am-
(uma interação cooperativa), os primeiros pares de bases que bas as fitas são replicadas simultaneamente. Isso aconte-
são formados em um polinucleotídeo recém-sintetizado se- ce em uma forquilha de replicação, a junção onde as duas
rão inicialmente menos estáveis do que os pares de bases que fitas do DNA parental são abertas e as duas fitas-filha são
se formarão mais tarde. Consequentemente, esses primeiros sintetizadas (Fig. 1.17), cada uma delas por uma molécula
poucos pares de bases têm uma maior probabilidade de se- diferente de DNA-polimerase. Uma dessas moléculas de
rem incorporados erroneamente devido a malpareamentos DNA-polimerase copia continuamente a fita parental que se
do que aqueles no final de uma cadeia longa. Se um iniciador estende na direção de 3' para 5' a partir da forquilha de repli-
fosse de DNA, não haveria maneira de diferenciá-lo de outro cação, sintetizando assim a fita-filha resultante, que é conhe-

FIGURA 5.32 Replicação do DNA dúplex em E. coli. (a)


(a) Movimento da Como as duas moléculas de DNA-polimerase estão unidas na
- - - - - - - - - - - - - - . _ forquilha de forquilha de replicação e a enzima somente é capaz de sinteti-
replicação zar DNA na direção de 5' para 3', a fita-líder pode ser sinteti-
3' i'i'TTTT1iTi'TTiriTi'TTTT1~.,..,..,___
zada de maneira contínua, mas a fita tardia deve ser sintetizada
5' ""'-'-.i..i...ll..l..l.""'-'-.i..i...11..1..1.""'-'-.i...i...l..l..I.~ 3 I 5' descontínuamente, ou seja, em segmentos. (b) Isso acontece
Fita-líder porque o molde da fita tardia somente pode ser copiado se ele
3'
Fita tardia formar uma alça, de modo a apresentar-se para a DNA-poli-
3' ............,..,.., ~TT"m 5' Fitas parentais merase na direção de 3' para 5'. Consequentemente, quando a
DNA-polimerase que está sintetizando a fita tardia encontrar
o segmento previamente sintetizado dessa fita, ela libera o seu
molde e religa-se a ele mais a montante, de modo a estender o
próximo iniciador de RNA a ser sintetizado.
(b)
DNA-
Fita-l íder -polimerases Molde da
fita-líder
5' \ /
3' ~y_;
Molde ""- __..-------~-/4Í
da fita
tardia
Primase sintetizando ~!:
Iniciador de RNA /
um novo iniciador de RNA
/
Segmento da fita tardia
sintetizado previamente
Bioquímica 103

Sítio de hidrólise da iniciadores da fita-líder, um evento muito mais raro, ocorre


exonuclease 5' - 3' de maneira eficiente mais quando tanto a primase como a
5' RNA-polimerase estão presentes.
e A e
G A c. A síntese da fita tardia requer várias enzimas


• • Escherichia coli contém duas espécies de DNA-polimerase
• • •
• •
• • • que são essenciais para a sua sobrevivência. Dessas duas, a

DNA-polimerase III (Pol III) é a DNA-replicase, ou seja,
e A ela sintetiza a fita-líder e a maior parte da fita tardia. A
DNA-polimerase I (Pol I) tem uma função diferente, que é a
3' 3' de remover os iniciadores de RNA e substituí-los por DNA.
Quebra de fita simples (nick}
A Pol 1 é capaz de fazer isso porque possui uma segunda ati-
FIGURA 5.33 A função de exonuclease 5' ~ 3' da DNA- vidade enzimática além da de DNA-polimerase; ela também
·polimerase L Essa atividade enzimática remove até 10 nucleo- é uma exonuclease 5' ~ 3' (uma exonuclease remove hidro-
tídeos a partir da extremidade 5' de uma quebra de fita simples liticamente um ou mais nucleotídeos da extremidade de um
(nick). O nucleotídeo imediatamente após a quebra (X) pode polinucleotídeo, em vez de clivá-lo em uma posição interna).
estar pareado ou não. A exonuclease 5' ~ 3' funciona ligando-se a quebras (nicks)
de fita simples (locais onde nucleotídeos sucessivos não es-
cida como fita-líder, na sua direção de 5' para 3'. Entretanto, tão ligados covalentemente, como no lado 5' de um iniciador
como a segunda DNA-polimerase na forquilha de replicação de RNA depois do segmento da fita tardia seguinte ter sido
também sintetiza DNA na direção de 5' para 3', mas deve sintetizado). Ela então remove um segmento de 1 a 10 nu-
deslocar-se juntamente com a forquilha de replicação, como cleotídeos da fita com a quebra na direção de 5' para 3' (5'
ela copia a fita parental que se estende a partir da forquilha ~ 3') além da quebra (Fig. 5.33). As atividades de exonu-
de replicação na direção de 5' para 3'? A resposta é que ela clease 5' ~ 3' e de DNA-polimerase da Pol I funcionam em
sintetiza a chamada fita tardia de maneira descontínua, ou conjunto, de maneira que enquanto a exonuclease 5' ~ 3' da
seja, em pedaços (Fig. 5.32a, oposta). Ela faz isto se ligando Pol I remove o iniciador, a sua atividade de DNA-polimerase
ao molde da fita descontínua que forma uma alça, de modo a substitui esse RNA por DNA (Fig. 5.34).
estender o seu iniciador de RNA recém-sintetizado na dire- A síntese da fita-líder é completada pela substituição do
ção de 5' para 3' (Fig. 5.32b; na verdade, invertendo a direção seu único iniciador de RNA por DNA. Entretanto, o término
do deslocamento), até que ela encontre o iniciador previa- da síntese da fita tardia requer que as quebras (nicks) entre
mente sintetizado. A DNA-polimerase depois se desprende os seus múltiplos segmentos sintetizados descontinuamente
do molde da fita descontínua e religa-se a ele em uma posição sejam seladas. Essa é a função de uma enzima independente,
a montante da sua posição prévia, onde ela depois estende o chamada de DNA-ligase, a que liga covalentemente grupos
próximo iniciador de RNA a ser sintetizado. Assim, a fita 3'-0H e 5'-fosfato adjacentes (Fig. 5.35).
tardia é sintetizada descontinuamente, enquanto a fita-líder
é sintetizada continuamente. A síntese dos iniciadores da fita d. Erros nas sequências de dna estão sujeitos a correção
tardia em E. coli é catalisada pela primase, que acompanha Em E. coli, a RNA-polimerase possui uma frequência de erros
4
a forquilha de replicação (Fig. 5.32b ), enquanto a síntese dos de 1 base incorreta para cada 10 nucleotídeos que ela trans-
creve. Em contraste, DNAs recém-replicados contêm somen-
te 1 erro a cada 108 - 1010 pb. Já foi visto que o uso dos inicia-
DNA-Molde dores de RNA aumenta a fidelidade da fita tardia. Entretanto,
:: • 111 1111 ~ 1
111 1111 111 [1 11 1111 111111 111111 1111 . ::
a maior razão para a enorme fidelidade da replicação do DNA
é o fato de tanto a Pol I como a Pol III possuírem atividades
7
e orte
Iniciador DNA
de RNA

111:( 1111 + ATP


DNA-polimerase I
OH
O
~p /
O
"
3'
.
5'
-o/ o- "
5' 3' DNAligase
+
DNA
recém-sintetizado
4-
Ribonucleotídeos o + AMP + P20 7
~ 11

FIGURA 5.34 Substituição dos iniciadores de RNA por DNA


0- P-0'<Ili
na síntese da fita tardia. Em E. coli, o iniciador de RNA na
extremidade 5' de um segmento de DNA recém-sintetizado
é removido pela ação da atividade de exonuclease 5' ~ 3' da FIGURA 5.35 A função da DNA-ligase. A DNA-ligase sela
DNA-polimerase 1 e é simultaneamente substituído por DNA cortes de fita simples do DNA dúplex. Ela faz isso em uma rea-
pela atividade de DNA-polimerase catalisada pela enzima. ção movida pela hidrólise de ATP ou de um composto similar.
104 Dona ld Voet /Judith G. Voet

Bases DNA recombinante, merecem muito do crédito pelo enorme


ma lpareadas progresso da bioquímica e pela ascensão dramática da indús-
tria biotecnológica desde o final da década de 1970.
3' A A ideia principal da clonagem molecular é a de inserir
G T
• e
5' um segmento de DNA de interesse em uma molécula de DNA





T e com replicação autônoma, um chamado vetor ou veículo de
• •

• G clonagem, de modo que o segmento de DNA seja replicado
A com o vetor. A clonagem de vetor quimérico (quimera: um
e G monstro da mitologia grega que possui uma cabeça de leão,
um corpo de cabra e uma cauda de serpente) como esse em
Sítio de hidrólise
3' um organismo hospedeiro apropriado, como E. coli ou le-
da exonuclease vedura, resulta na produção de grandes quantidades do seg-
3' - 5' mento de DNA inserido. Se um gene clonado é flanqueado
FIGURA 5.36 A função de exonuclease 3' ~ 5' da DNA-poli- pelas sequências controladoras apropriadamente posiciona-
merase 1 e da DNA-polimerase III. Em E. coli, essa atividade das para a transcrição e a tradução, o hospedeiro também
enzimática remove nucleotídeos malpareados da extremidade pode produzir grandes quantidades do RNA e da proteína
3' de uma fita de DNA em crescimento. especificados por aquele gene. As técnicas de engenharia
genética, cujo entendimento é um pré-requisito para a com-
de exonuclease 3' ~ 5'. A exonuclease 3' ~ 5' degrada a extre- preensão de muitos experimentos discutidos neste livro, es-
midade 3' recém-sintetizada de uma fita-filha, um nucleotídeo tão resumidas nesta seção.
de cada vez (Fig. 5.36), anulando assim a reação de polime-
rase. Essa função enzimática é ativada por pareamentos de ba- A. Endonucleases de restrição
ses que não sejam os de Watson-Crick e, consequentemente, Para efetivamente realizar uma clonagem molecular, é ne-
ela atua para editar os erros ocasionais cometidos pela função cessária a capacidade de manipular fragmentos de DNA de
de polimerase, o que aumenta grandemente a fidelidade da sequência definida precisamente. Isso é feito pelo uso de en-
replicação. Entretanto, além dessa função de edição da Pol zimas conhecidas como endonucleases de restrição.
I e da Pol III, todas as células contêm baterias de enzimas Bacteriófagos que se propagam de maneira eficiente em
que detectam e corrigem erros residuais na replicação, assim uma linhagem bacteriana, como E. coli K12, possuem uma
como danos que ocorrem com o DNA devido à ação de agen- eficiência de infecção muito baixa ( ~0,001 °/o) em uma li-
tes como radiação UV e compostos mutagênicos (substâncias nhagem bacteriana relacionada, como E. coli B. Entretanto,
que danificam o DNA ao reagirem quimicamente com ele) e a pequena progênie viral desta última infecção propaga-se
também por hidrólise espontânea (Seção 30.5). Em E. coli, a de maneira eficiente no novo hospedeiro, mas muito pouco
Pol I também funciona na substituição de segmentos de DNA no hospedeiro original. Evidentemente, o novo hospedeiro
danificado que essas enzimas removeram. modifica esses bacteriófagos de alguma maneira. Qual é a
base molecular para essa modificação hospedeiro-especí-
fica? Werner Arber mostrou que ela resulta de um sistema
5 CLONAGEM MOLECULAR de restrição-modificação no hospedeiro bacteriano, que con-
Um grande problema em praticamente qualquer área da pes- siste em uma endonuclease de restrição (alternativamente,
quisa bioquímica é a obtenção de quantidades suficientes da enzima de restrição; endonucleases são enzimas que clivam
substância de interesse. Por exemplo, uma cultura de 10 L de polinucleotídeos hidroliticamente em sítios internos) e uma
E. coli crescida até o título máximo de ~10 10 células · mL- 1 DNA metiltransferase correspondente. Endonucleases de
contém, no máximo, 7 mg de DNA-polimerase e muitas de restrição reconhecem uma sequência específica de quatro a
suas proteínas estão presentes em quantidades muito me- seis bases em DNA de fita dupla e clivam ambas as fitas do
nores. Além disso, é raro que mesmo a metade de qualquer dúplex. As DNA metiltransferases metilam uma base especí-
proteína originalmente presente em um organismo possa ser fica (no grupo amino de uma adenina ou na posição 5 ou no
recuperada de forma pura (Capítulo 6). Proteínas eucarióticas grupo amino de uma citosina) na mesma sequência de bases
podem ser ainda mais difíceis de serem obtidas, pois muitos reconhecida pela enzima de restrição correspondente.
tecidos eucarióticos, sejam os removidos de um organismo in- Uma enzima de restrição não cliva o DNA metilado
tacto ou os crescidos em culturas, estão disponíveis apenas em correspondente. Uma fita de DNA bacteriano recém-re-
pequenas quantidades. Considerando a quantidade de DNA, plicada, que é protegida da degradação pela fita parental
a cultura de 10 L de E. coli conteria ~0,1 mg de qualquer frag- metilada com a qual ela forma um dúplex, é metilada an-
mento de 1.000 pb do DNA cromossômico (um tamanho sufi- tes do próximo ciclo de replicação. Portanto, um sistema de
ciente para conter a maior parte dos genes procarióticos), mas restrição-modificação protege a bactéria contra a invasão
a sua purificação na presença do restante do DNA cromos- por DNAs (normalmente virais), que, depois de terem sido
sômico (que consiste em 4,6 milhões de pb) seria uma tarefa clivados por endonucleases de restrição, são adicionalmen-
impossível. Essas dificuldades têm sido em grande parte eli- te degradados por exonucleases bacterianas. Os DNAs in-
minadas pelo desenvolvimento das técnicas de clonagem mo- vasores raramente são metilados antes de serem atacados
lecular (um clone é uma coleção de organismos idênticos que por enzimas de restrição. Porém, se um DNA viral efetiva-
são derivados de um único ancestral). Esses métodos, que são mente tornar-se metilado, ele será capaz de reproduzir-se
também referidos como engenharia genética e tecnologia do no seu novo hospedeiro. A sua progênie, entretanto, não
Bioquímica 105

TABELA 5.4 Sítios de reconhecimento e clivagem de algumas enzimas de restrição do Tipo II


Enzima Sequência de reconhecimento* Microrganismo
Alui AG..l..C*T Arthrobacter luteus
BamHI G-!-GATC*C Bacillus amyloliquefaciens H
Bgll GCCNNNN..!..NGCC Bacillus globigii
Bglll A-!-GATCT Bacillus globigii
EcoRI G..!..AA*TTC Escherichia coli R Yl3
EcoRII ..!..CC*(AT)GG Escherichia coli R245
EcoRV GA*T..l..ATC Escherichia coli J62 pLG74
Haell RGCGC..!..Y Haemophilus aegyptius
Haelll GG..l..C*C Haemophilus aegyptius
HindIII A*..l..AGCTT Haemophilus infl.uenzae Rd
Hpall C..l..C*GG Haemophilus parainfl.uenzae
Mspl C*..l..CGG Moraxella species
Pstl CTGCA*..l..G Providencia stuartii 164
PvulI CAG..l..C*TG Proteus vulgaris
Sall G..!..TCGAC Streptomyces albus G
Taql T..!..CGA* Thermus aquaticus
XhoI C..!..TCGAG Xanthomonas holcicola
*A sequência de reconhecimento está abreviada, de modo que somente uma fita, lida de 5' para 3', é mostrada. O
sítio de clivagem está representado por uma seta (..!,) e a base modificada, onde ela é conhecida, é indicada por um
asterisco (A* é N 6-metiladenina e C* é 5-metilcitosina). R, Y e N representam nucleotídeos purínicos, nucleotídeos
pirimídicos e qualquer nucleotídeo, respectivamente.
Fonte: REBASE. The restriction enzyme database. (http://rebase.neb.com.)

será mais metilada de maneira que permita que ele se pro- a. A maioria das endonucleases de restrição reconhece
pague no hospedeiro original (que possui sistemas de restri- sequências de DNA palindrômicas
ção-modificação diferentes). A maioria dos sítios de reconhecimento de enzimas de res-
Existem quatro tipos conhecidos de endonucleases de trição do Tipo II possui uma exata simetria rotacional du-
restrição. Tipos I, II, III e IV. As enzimas de restrição de pla, como esquematizado na Fig. 5.37. Essas sequências são
Tipo 1 e de Tipo III são ambas portadoras da atividade de conhecidas como palíndromos (Palíndromo é uma palavra,
endonuclease e de DNA metiltransferase em uma única mo- verso ou sentença que é lida da mesma maneira da esquerda
lécula proteica. As enzimas de restrição de Tipo 1 clivam o para a direita, ou da direita para a esquerda. Dois exemplos
DNA em um sítio possivelmente aleatório, localizado a pelo são "Roma é amor" e "subi no ônibus"1). Muitas enzimas de
menos 1.000 pb da sequência de reconhecimento, as enzimas restrição, como a EcoRI (Fig. 5.37a), catalisam a clivagem
de Tipo III o fazem a uma distância de 24 a 26 pb da sequên- das duas fitas de DNA em posições que estão simetricamente
cia de reconhecimento e as enzimas do Tipo IV clivam DNA alternadas em relação ao centro da