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YASARA VIEW

YASARA V IEW T UTORIAL SOBRE VISUALIZAÇÃO DE ESTRUTURA 3D DE PROTEÍNAS Organizado por: Grupo de

TUTORIAL SOBRE VISUALIZAÇÃO DE ESTRUTURA 3D DE PROTEÍNAS

Organizado por: Grupo de Biologia Estrutural e Computacional, CNC-UC Museu da Ciência, UC

ESTRUTURA 3D DE PROTEÍNAS Organizado por: Grupo de Biologia Estrutural e Computacional, CNC-UC Museu da Ciência,

YASARA VIEW

YET ANOTHER SCIENTIFIC ARTIFICIAL REALITY APPLICATION

MANUAL

ESTRUTURA DE PROTEÍNAS: DA CIÊNCIA PARA A ARTE

As proteínas são máquinas moleculares ubíquas no mundo biológico, desempenhando uma enorme variedade de funções que vão desde o suporte estrutural à regulação da expressão genética, passando pela defesa, transporte e catálise de milhares de reacções químicas que ocorrem nos organismos vivos. Estas variadíssimas funções são suportadas por estruturas moleculares tridimensionais complexas que permitem interacções com um elevado grau de especificidade com as moléculas alvo, sejam elas outras proteínas, ácidos nucleicos (ADN e ARNs) ou pequenos compostos (metabolitos, medicamentos, xenobióticos).

Entender a função das proteínas e actuar na modelação da sua actividade de forma racional implica antes de tudo conhecer a sua estrutura tridimensional. A visualização e análise da estrutura tridimensional de proteínas, no passado uma tarefa reservada a um número muito restrito de especialistas, está hoje em dia acessível a todos. Um computador pessoal e uma ligação à internet é tudo o que é necessário.

Neste tutorial será apresentada uma ferramenta informática intuitiva e de acesso livre — YASARA View — que pode ser usada na sala de aula para que professores e alunos dissequem as complexidades da estrutura proteica e assim melhor entendam o papel central das proteínas na manutenção da Vida.

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ÍNDICE

ESTRUTURA DE PROTEÍNAS: DA CIÊNCIA PARA A ARTE

2

1 INTRODUÇÃO

5

2 INSTALAÇÃO

5

3 ABRIR/FECHAR FICHEIROS PDB

8

3.1 Vamos Começar

8

3.2 Abrir um ficheiro PDB

9

3.3 Ficheiros PDB e Scene YASARA

9

3.4 Depois de Abrir o Ficheiro

9

3.5 Objecto, moléculas, resíduos, átomos

11

3.6 Fechar e

guardar o seu ficheiro

12

4 OPÇÕES DE VISUALIZAÇÃO

13

4.1 F1 = Raios de Van der Waals de todos os átomos

13

4.2 F2 = Modelo de bolas&paus (“balls and sticks”)

14

4.3 F3 = Modelo de paus (“Sticks”)

14

4.4 F4 = Esboço C

(“C trace”)

15

4.5 F5 = Modelo em tubo

15

4.6 F6 = Vista em fitas (“ribbons”)

16

4.7 F7 = Vista em “cartoon”

16

4.8 F8 = ligar/desligar as cadeias laterais

17

4.9 Sabia que

17

5 OPERAÇÕES BÁSICAS

19

5.1 Mexe-me essa proteína

19

5.2 Rotação

19

5.3 Ampliação/Zooming

19

5.4 Translação

19

5.5 Usando

as teclas

19

5.6 Usando

a tecla Shift

20

6 MANIPULAÇÕES SIMPLES

21

6.1 Cores

21

6.2 Gradiente de cores

22

6.3 Ligações de Hidrogénio

23

6.4 Divisão e junção

24

6.5 Superfícies

24

6.6 Permuta

26

7 MEDIÇÕES

27

7.1 Distância

27

7.2 Ângulo

27

7.3 Diedros

27

8 TRUQUES E DICAS

29

8.1 Dicas para usar o YASARA (sem L.E.R.)

29

8.2 Truques e dicas para as figuras

29

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8.3 Utilize o POV-Ray

29

8.4 Alterar o pano de fundo

31

8.5 Representar mutações pontuais

32

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1 INTRODUÇÃO

O YASARA, acrónimo de “Yet Another Scientific Artificial Reality Application” (ou em Português,

“Uma Outra Aplicação de Realidade Artificial Científica”) é um programa de visualização de moléculas fácil de usar, especialmente vocacionado para a análise de estruturas de proteínas. Todos os créditos pela invenção e desenvolvimento do programa vão para Elmar Krieger, um investigador do Centro de Informática Molecular e Biomolecular (CMBI) de Nijmegen, nos Países Baixos. O YASARA existe em 4 versões, mas com a versão simples (e gratuita!) YASARA View pode começar já a manipular a proteína que quiser, produzir imagens e recriar cenários apelativos para aulas e apresentações. Pode até mesmo introduzir mutações na estrutura das proteínas. Versões superiores do programa oferecem muitas opções adicionais. No entanto, este tutorial destina-se à utilização básica do programa, quer por professores que leccionam disciplinas científicas no ensino secundário, quer por investigadores nas áreas médicas e biológicas onde a simples visualização da estrutura de uma proteína pode ser extremamente útil na compreensão do mecanismo molecular de uma função biológica. Neste tutorial, encontrará tudo o que precisa para uma rápida iniciação ao YASARA View.

2 INSTALAÇÃO

O YASARA corre localmente no seu computador, o que significa que precisa ser descarregado a

partir de um servidor apropriado. Para isso pode visitar a secção de descargas da página inicial do

YASARA ou seguir directamente para a página de descargas do YASARA View. Neste sítio pode também encontrar versões não gratuitas do YASARA.

Pode ainda personalizar a sua versão do YASARA escolhendo o sistema operativo (provavelmente o Windows) e o processador do seu computador. Se desconhece o tipo de processador não se preocupe, escolha apenas "include support for all processors" (incluir suporte para todos os processadores). O pacote a descarregar será maior, mas normalmente isto não é um problema. Introduza no formulário pelo menos o seu primeiro nome. O programa irá tratá-lo por esse nome, pelo que deve introduzir um nome que lhe agrade. Pode introduzir outros dados, mas o seu endereço de correio electrónico é essencial. Quando terminar, clique no botão "Ready, let's go".

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S CIENTIFIC A RTIFICIAL R EALITY A PPLICATION M ANUAL Figura 1. Imagem da página de

Figura 1. Imagem da página de descargas, onde necessita introduzir o seu nome e endereço de correio electrónico.

O pacote a descarregar será gerado e, passado algum tempo, receberá um email com o URL do sítio onde poderá descarregar o programa. Neste e-mail são fornecidas instruções adicionais (em Inglês). Pode assim descarregar o pacote e em seguida executá-lo clicando duas vezes sobre o ficheiro (DeployYASARA.exe). Isto cria uma pasta chamada "yasara". Após a extracção pode mover a pasta completa para qualquer destino que pretenda. Na verdade, o YASARA também pode ser executado a partir de uma pen USB: basta mover a pasta “yasara” completa para a pen.

Alguns dos problemas com que pode deparar-se poderão estar relacionados com a segurança do Windows (ligue-se como administrador), placas gráficas incorrectas (normalmente, as placas Radeon/NVIDIA funcionam bem). No ficheiro yasara/doc/Troubleshooting.html pode encontrar um guia de resolução de problemas. Quando tudo estiver OK, o YASARA iniciar-se-á automaticamente. Futuramente, poderá executar o programa com um duplo-clique no ícone Yasara.exe da pasta “yasara”. Sugere-se que crie um atalho para o programa e o coloque no seu ambiente de trabalho.

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S CIENTIFIC A RTIFICIAL R EALITY A PPLICATION M ANUAL Figura 2. Imagem da estrutura da

Figura 2. Imagem da estrutura da pasta "yasara". O programa propriamente dito é o ficheiro Yasara.exe, aqui seleccionado.

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3 ABRIR/FECHAR FICHEIROS PDB

3.1 VAMOS COMEÇAR

não completamente vazia, porque as

propriedades dos átomos (no Inglês “Atom Properties”) são mostradas à esquerda. Assim que abrir

um ficheiro, pode selecionar um átomo e o seu nome, tipo, número e muito outros listados aqui.

Quando mover o rato para a parte inferior da tela, encontrará um selector de sequência. Aqui será mostrada a sequência de aminoácidos da proteína. Poderá encontrá-la vazia, porque ainda não foi aberta uma proteína.

Clique no ícone-prego do canto superior esquerdo deste selector para que este não volte a desaparecer. No lado direito da tela pode ver o conteúdo da chamada “soup”. No YASARA, o termo “soup” é utilizado para descrever tudo o que está aberto num determinado momento.

Se pretender, pode abrir várias estruturas ao mesmo tempo e activá-las (ou desactivá-las) separadamente. No topo da tela encontra ainda uma barra de menu onde residem todas as opções do programa.

Uma vez iniciado o programa, verá uma tela vazia. Bem

Uma vez iniciado o programa, verá uma tela vazia. Bem Figura 3. Imagem da área de

Figura 3. Imagem da área de trabalho e menus do YASARA sem qualquer estrutura ainda aberta.

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3.2 ABRIR UM FICHEIRO PDB

File >> Load >> PDB file e escolha o seu ficheiro .pdb File >> Load >> Complete scene e escolha o seu ficheiro .sce

O YASARA consegue abrir diferentes tipos de ficheiro, mas os mais comuns são o ficheiro PDB

("nomeficheiro.pdb") e o ficheiro de cena YASARA ("nomeficheiro .sce").

Escolha o tipo de ficheiro correcto a abrir, caso contrário o YASARA dará um erro. Ou seja, não tente abrir um ficheiro "file.sce" depois de escolher o menu

File >> Load >> PDB file

É no menu pop-up que deve encontrar o seu ficheiro. Isto pode ser um pouco complicado,

porque tem que encontrar o directório correcto que contém o ficheiro. Assim, pode guardar todos os seus ficheiros PDB na pasta yasara/pdb, já que este é o primeiro local que o YASARA irá abrir ao carregar um ficheiro.

3.3 FICHEIROS PDB E SCENE YASARA

Os ficheiros PDB são o tipo de ficheiros em que comummente se guarda as estruturas de proteínas. Pode encontrar aqui informações adicionais sobre este tipo de ficheiros. As coordenadas Cartesianas de cada átomo das proteínas são armazenadas no ficheiro PDB.

Estruturas de proteínas que são determinadas por RMN ou Raios-X são partilhadas num banco de dados chamado “Protein Data Bank” (PDB) ou, em Português, Banco de Dados de Proteínas. Se

a sua proteína de interesse tem uma estrutura depositada no PDB pode aceder ao sítio de internet

e tentar descarregar o ficheiro PDB a partir de lá. Os ficheiros PDB também podem ser abertos por qualquer outro visualizador de proteínas, como o JMOL, o rasmol, etc.

Os ficheiros YASARA Scene (.sce) são o tipo de ficheiro característicos do YASARA. Cada ficheiro YASARA Scene (.sce) contém não apenas as coordenadas da proteína, mas também o esquema de cores e a perspectiva actual. Sempre que preveja precisar de aceder à mesmíssima perspectiva numa próxima vez em que usar o programa, terá de guardar a cena completa como um ficheiro YASARA Scene (.sce).

3.4 DEPOIS DE ABRIR O FICHEIRO

Irá agora reparar que a “soup” do YASARA View contém átomos.

No menu do lado direito poderá ver o conteúdo da “soup”. Uma proteína simples, constituída

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por uma cadeia, será carregada para um objecto. Dependendo da informação contida no ficheiro PDB, objectos adicionais poderão ser carregados. Por exemplo, uma estrutura de um complexo proteico pode carregar cada proteína única para um objecto diferente.

Poderá activá-los ou desactivá-los de forma independente, com um clique em "Yes / No" na coluna "Vis", que significa “visibilidade”. Por vezes, duas moléculas claramente diferentes são carregadas para um objecto, por exemplo, um receptor e o seu ligando ou co-factor. Tudo depende da forma como estão escritas as suas coordenadas no ficheiro PDB.

como estão escritas as suas coordenadas no ficheiro PDB. Figura 4. A "soup" com um ficheiro

Figura 4. A "soup" com um ficheiro aberto.

Na base da tela, o selector de sequência mostra a sequência de aminoácidos da estrutura carregada. O selector mostra o código de três letras dos aminoácidos, mas também a estrutura secundária (H, S, C) em cada resíduo e em que objecto e molécula está localizado.

Sempre que seleccionar qualquer átomo da “soup”, verá que o menu do lado esquerdo mostra informações sobre esse átomo em particular, como o seu número no ficheiro PDB, o tipo de elemento, o objecto no qual está localizado e outras informações.

Pode ainda seleccionar um resíduo através do selector de sequência e verificar que esse resíduo é seleccionado. Desta forma, obterá sempre informações sobre o átomo desse resíduo.

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3.5 OBJECTO, MOLÉCULAS, RESÍDUOS, ÁTOMOS

podem todos ser manipulados independentemente.

Se seleccionar um átomo com um clique do botão esquerdo do rato, seguido por um clique do botão direito do rato, verá um menu pop-up. Pode utilizá-lo para mudar a cor ou a perspectiva daquele átomo/resíduo/molécula ou objecto. Como seleccionou um determinado átomo, o YASARA sabe qual é a estrutura que pretende alterar.

Por outro lado, quando recorre à barra de menu e selecciona

View >> Color

verá que pode escolher que a alteração se aplique ao objecto, à molécula, ou átomo de um resíduo.

Nos menus seguintes, o YASARA irá pedir-lhe que seleccione a estrutura que deseja manipular. Por exemplo, se quiser colorir o resíduo 10, clique no menu

View >> Color >> Residue

e escolha o resíduo 10 e clique em "OK".

A vantagem é que pode utilizar este menu para colorir uma parte do estrutura. Por exemplo, os

resíduos 10 a 15. Basta usar a tecla Shift/Ctrl para seleccionar vários resíduos de uma só vez.

para seleccionar vários resíduos de uma só vez. Figura 5. O menu de selecção. Aqui, os

Figura 5. O menu de selecção. Aqui, os resíduos 10 a 15 do objecto 1 estão seleccionados. Vê-se ainda o efeito da selecção (a amarelo) na proteína.

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De modo idêntico, poderá também usar o selector de sequência para manipular os resíduos. Clique com o botão direito num resíduo no selector e irá aparecer um menu. Qualquer opção que escolher terá efeito sobre o resíduo seleccionado em primeiro lugar.

3.6 FECHAR E GUARDAR O SEU FICHEIRO

File >> Exit File >> Save As >> PDB file e escolha o seu ficheiro .pdb File >> Save As >> Complete scene e escolha o seu ficheiro .sce

Pode escolher sair do Yasara com um clique na cruz vermelha no canto superior direito. Ou seleccionando no menu

File >> Exit.

O programa irá perguntar-lhe se tem a certeza de que deseja sair sem guardar seu trabalho.

Se escolher "No", o programa não termina; se escolher "Yes" o programa termina e seu trabalho não é guardado.

Para guardar os seus ficheiros vá a

File >> Save as.

Aqui pode escolher guardar apenas as coordenadas atómicas num ficheiro PDB, seguindo o menu

File >> Save as >> PDB File.

Cores ou perspectivas especiais não serão guardadas. O YASARA perguntar-lhe-á também qual o objecto a guardar. Basta seleccionar todos os objectos que pretender incluir no ficheiro PDB e clique em "OK". Dê um nome ao ficheiro e escolha o local desejado. Os ficheiros PDB assim gerados podem ser abertos por outros programas.

Pode ainda guardar as configurações actuais de cores e perspectiva num ficheiro YASARA Scene (.sce). Neste caso, precisará seleccionar

File >> Save as >> YASARA Scene.

Seleccione o local onde pretende guardar o ficheiro e atribua-lhe um nome.

NOTA: Os ficheiros YASARA Scene (.sce) só podem ser abertos pelo programa YASARA.

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4 OPÇÕES DE VISUALIZAÇÃO

A estrutura de uma proteína pode ser representada de muitas maneiras diferentes. A visualização em modo esquemático (“desenho animado”, do Inglês Cartoon) é frequentemente utilizada em publicações científicas, apesar de estar muito longe de corresponder à realidade. No entanto, pode também optar-se por representar todos os átomos da proteína, mas isso torna muito difícil analisar e compreender a estrutura.

No YASARA pode escolher o seu modo de visualização preferido. Isto pode ser feito através das teclas F1 a F7 do computador, ou escolhendo a visualização desejada no menu "View".

4.1 F1 = RAIOS DE VAN DER WAALS DE TODOS OS ÁTOMOS

Neste modo de visualização todos os átomos são representados como grandes bolas. O raio destas bolas é, em verdade, ainda um pouco menor do que o raio de Van der Waals verdadeiro, caso contrário não conseguiria ver muito

Este modo é o mais "verosímil" de todas as opções de visualização do YASARA, mas é muito difícil ver os resíduos individualmente, a menos que lhes atribua cor. Bolas sobrepostas representam tanto uma ligação entre os átomos como uma forte sobreposição.

uma ligação entre os átomos como uma forte sobreposição. Figura 6. O modo F1 mostra todos

Figura 6. O modo F1 mostra todos os átomos como bolas.

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4.2 F2 = MODELO DE BOLAS&PAUS (“BALLS AND STICKS”)

Neste modo de visualização cada átomo individual é representado como uma bola mais pequena e as ligações são representadas como paus.

Este modo de visualização parece-se com as antigas colecções de construção de moléculas que podem ter sido usadas na sua Escola Secundária. Nesta perspectiva as ligações reais entre os átomos tornam-se mais claras.

as ligações reais entre os átomos tornam-se mais claras. Figura 7. O modo F2 mostra cada

Figura 7. O modo F2 mostra cada átomo como uma pequena bola e cada ligação como um pau.

4.3 F3 = MODELO DE PAUS (“STICKS”)

Neste modo tudo é mostrado como paus. Os átomos individuais não são visíveis, mas eles ligam os paus entre si. Este modo de visualização pode ser útil para ver os ângulos de ligação.

pode ser útil para ver os ângulos de ligação. Figura 8. O modo F3 mostra todas

Figura 8. O modo F3 mostra todas as ligações como paus.

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4.4 F4 = ESBOÇO C

(“C

trace”)

Neste modo de visualização cada aminoácido é representado como uma bola. Esta bola aparece na posição do átomo Cα, que é o centro quiral de cada resíduo. Esta perspectiva mostra a forma básica da cadeia principal da proteína.

mostra a forma básica da cadeia principal da proteína. Figura 9. O modo F4 mostra apenas

Figura 9. O modo F4 mostra apenas os átomos Cα, unidos por uma ligação.

4.5 F5 = MODELO EM TUBO

Com esta opção pode ver o esboço da cadeia principal da proteína (espinha dorsal, no inglês backbone). Os resíduos individuais não são visíveis. O traço é colorido de acordo com os elementos de estrutura secundária, o que significa que as hélices-α são azuis, as cadeias-β são vermelhas, as voltas são verdes e a estrutura aleatória, i.e. não organizada, é anil.

e a estrutura aleatória, i.e. não organizada, é anil. Figura 10. O modo F5 mostra o

Figura 10. O modo F5 mostra o esboço da cadeia principal como um tubo, colorido de acordo com a estrutura secundária.

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4.6 F6 = VISTA EM FITAS (“RIBBONS”)

Esta opção é muito utilizada porque mostra os elementos da estrutura secundária e transmite uma ideia da estrutura global da proteína. Os elementos da estrutura secundária são coloridos com o mesmo esquema de cores que é usado pelo modo F5. Uma hélice-α é representada como uma fita azul, uma cadeia-β é representada como uma seta vermelha, indicando a direcção da cadeia.

como uma seta vermelha, indicando a direcção da cadeia. Figura 11. O modo F6 mostra a

Figura 11. O modo F6 mostra a proteína com a estrutura secundária representada em fitas.

4.7 F7 = VISTA EM CARTOON

Esta opção é semelhante à vista em fitas com a ressalva de que todas as hélices-α são agora representadas como um cilindro. O esquema de cores é o mesmo usado pela vista em fitas.

O esquema de cores é o mesmo usado pela vista em fitas. Figura 12. O modo

Figura 12. O modo F7 mostra a proteína na vista em "cartoon".

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4.8 F8 = LIGAR/DESLIGAR AS CADEIAS LATERAIS

Em cada modo de visualização, pode optar por mostrar as cadeias laterais ou não. Para uma ideia global da proteína completa, não é necessário mostrar todas as cadeias laterais. No entanto, para obter informações detalhadas sobre mutações ou interacções irá necessitar de visualizar os resíduos completos. Carregando na tecla F8 ligará imediatamente as cadeias laterais como paus, bolas&paus ao carregar novamente, e desligará as cadeias laterais ao carregar por uma terceira vez.

as cadeias laterais ao carregar por uma terceira vez. Figura 13. O modo F8 liga/desliga as

Figura 13. O modo F8 liga/desliga as cadeias laterais como paus ou bolas&paus.

4.9 SABIA QUE

As opções de visualização em “Cα-trace”, “tube”, “ribbon”, e “cartoon” também são acessíveis através do menu "View”. A vantagem de usar estas opções através do menu é a possibilidade de escolher qual o resíduo, molécula, ou objecto que deseja representar num determinado modo de visualização.

Aqui, pode ajustar também os parâmetros para cada modo de visualização. Por exemplo, pode alterar o diâmetro do tubo e representar uma proteína como uma espécie de salsicha.

Além disso, também pode representar um determinado resíduo, molécula ou objecto num certo modo de visualização seleccionando um átomo/resíduo (com um clique sobre ele) seguido de um clique no botão direito do rato.

Irá aparecer um menu onde poderá escolher mostrar aquele resíduo/molécula/objecto como um bola, bola&pau ou pau. Desta forma, pode combinar diferentes visualizações num só projecto. Por exemplo, mostrar um ligando como bolas e a proteína como fitas.

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Pode livrar-se de todos os átomos de hidrogénio, removendo-os ou escondendo-os:

Edit >> Delete >> Hydrogens

Lembre-se que, se excluir hidrogénios, não poderá mostrar ligações de hidrogénio (veja a abaixo Secção “Manipulação Simples”).

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5 OPERAÇÕES BÁSICAS

5.1 MEXE-ME ESSA PROTEÍNA

Muito bem, neste momento já compreende um pouco a estrutura dos menus do YASARA e sabe que as estruturas podem ser constituídas por várias moléculas, resíduos e átomos.

Sabe ainda escolher a sua perspectiva de visualização preferida para olhar para as suas

proteínas

Na verdade, esta secção é parte do guião do filme YASARA-Help "Working with Yasara", disponível a partir do menu:

portanto, está agora na hora de pô-las a “mexer”

Help >> Play help movie

5.2 ROTAÇÃO

Se deseja ver todos os lados da sua proteína, girá-la é a primeira coisa que precisa.

Isto é feito intuitivamente, agarrando a proteína (pressionando o botão esquerdo do rato) e movendo o rato. A proteína vai girar em torno de seu ponto central.

Se quiser girar em torno de um resíduo em particular, deve seleccionar esse resíduo (clique com o botão esquerdo do rato sobre o resíduo). Agora segure a tecla Ctrl e mova o rato. O resíduo seleccionado passou a ser o novo ponto central para rotação da proteína.

5.3 AMPLIAÇÃO/ZOOMING

Se quiser dar uma olhada na proteína em profundidade precisa de fazer uma ampliação (zoom). Isto pode ser feito pressionando o botão direito do rato e movendo o rato.

5.4 TRANSLAÇÃO

Pode ainda querer mover a proteína para outro local na tela. Agarre a proteína carregando nos botões esquerdo e direito do rato ao mesmo tempo, ou carregue na roda do rato. Assim, já consegue mover a proteína para outro lugar.

5.5 USANDO AS TECLAS

Também pode usar o teclado para mover e girar a proteína. Se L.E.R. é uma preocupação para si, tente as opções do teclado (L.E.R. = Lesão por Esforço Repetitivo). As opções do teclado estão ilustradas na figura seguinte.

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S CIENTIFIC A RTIFICIAL R EALITY A PPLICATION M ANUAL Figura 14. Imagem das teclas para

Figura 14. Imagem das teclas para mover e girar a proteína.

5.6 USANDO A TECLA SHIFT

Geralmente, todas as manipulações são efectuadas sobre todos os objectos visíveis na “soup”. Quando quiser girar apenas um desses objectos, pode usar a tecla Shift.

Pressionando a tecla Shift uma vez, todos os movimentos serão efectuados com o primeiro objecto visível. Pressionando a tecla Shift pela segunda vez irá resultar em movimentos com o segundo objecto visível. Certifique-se de que os seus objectos de interesse estão ligados .

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6 MANIPULAÇÕES SIMPLES

Abra agora um ficheiro, escolha o seu modo de visualização preferido, amplie e gire os objectos. No YASARA View estão disponíveis manipulações adicionais que serão discutidas nesta secção.

6.1 CORES

Todos os ficheiros PDB serão abertos com as cores padrão do YASARA, atribuídas aos elementos que ocorrem nos aminoácidos:

Carbono → Anil

Oxigénio → Vermelho

Azoto → Azul

Hidrogénio → Branco

Enxofre → Verde

Por vezes, os metais e outros elementos ocorrem em proteínas. Por exemplo, o magnésio e o cálcio serão representados a amarelo, o ferro a magenta.

Como existem mais elementos do que cores conhecidas, o YASARA atribui a mesma cor a alguns elementos. Nos modos de visualização F5/F6/F7 não pode ver os átomos individuais e as proteínas serão coloridas de acordo com os elementos de estrutura secundária:

Hélice-α → Azul

Cadeia- β → Vermelho

Volta → Verde

Desorganizada → Anil

Pode colorir a sua proteína como bem gostar. Primeiro, deve seleccionar o que quiser colorir usando o selector de sequência, seleccionando directamente um resíduo, ou através do menu

View >> Color >> Object/Molecule/Residue/Atom.

As cores que escolher irão afectar apenas os átomos constantes da sua selecção. Quando a selecção estiver completa, pode escolher uma cor.

O YASARA conhece 360 cores representadas numa roda de cores. Pode escolher qualquer cor

existente na roda, com um clique sobre ela. Pode ser definida uma cor cinza, com um clique no

meio da roda.

Verá que o número na caixa "First color" também mudará. Pode ainda introduzir directamente esse número na caixa, mas para isso deve conhecer de antemão o número da cor que pretende.

O YASARA também consegue trabalhar com cores hexadecimais (se nunca ouviu falar disto,

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que

descrevem a sua cor.

Devido à iluminação usada pelo YASARA, uma cor pode revelar-se um pouco diferente do que o esperado. Algumas cores padrão já estão definidas na lista por baixo da caixa "Name". Por exemplo, seleccionando "vermelho" irá colorir a sua selecção de vermelho simples; seleccionando "elemento" irá colorir cada átomo por elemento-tipo, conforme acima descrito. Quando terminar, clique em "OK" ou "Apply unique color".

consulte

a

página

na

Wikipédia).

Basta

preencher

os

6

caracteres

6.2 GRADIENTE DE CORES

Pode colorir a proteína com um gradiente desde o terminal N até ao terminal C. Para tal, deve seleccionar o intervalo de resíduos através do menu

View >> Color >> Residue.

Aqui pode seleccionar o intervalo de resíduos. Se quiser colorir um objecto completo, basta seleccionar o objecto na coluna mais à direita e confirmar em "OK".

Aqui irá ver novamente a roda de cores. Escolha a cor para o terminal N e clique em "Apply color gradient". Agora pode escolher a segunda cor para o terminal C e confirmar em "OK".

Assim, a proteína será colorida com cores que variam entre as duas cores escolhidas a partir do terminal N até ao terminal C.

cores escolhidas a partir do terminal N até ao terminal C. Figura 15. A proteína cambrina

Figura 15. A proteína cambrina representada com as suas cores elementares (à esquerda), e colorida em gradiente entre o azul e o vermelho (à direita).

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6.3 LIGAÇÕES DE HIDROGÉNIO

As ligações de hidrogénio são uma força importante numa proteína. O YASARA consegue representar as ligações de hidrogénio sob a forma de linhas amarelas ponteadas. Se quiser, pode escolher mostrar todas as ligações de hidrogénio existentes na “soup”, ou fazer sua própria selecção.

Para mostrar todas as ligações de hidrogénio seleccione

View >> Show hydrogen bonds >> All.

Isto irá mostrar todas as ligações de hidrogénio entre a cadeia principal da proteína e (se visível) também entre as cadeias laterais.

Frequentemente vários átomos de hidrogénio estão em falta na estrutura e o YASARA dá um erro. No entanto, isto pode ser corrigido. Pode adicionar todos os hidrogénios, seleccionando:

Edit >> Add >> Hydrogens >> All.

Pode ainda escolher representar uma ligação de hidrogénio em particular, seleccionando os dois resíduos envolvidos na ligação:

View >> Show hydrogen bonds >> Residue

e seleccione os resíduos pretendidos. Se os dois resíduos seleccionados não estiverem a interagir através de uma ligação de hidrogénio, nada será mostrado. Certifique-se, por isso, que seleccionou os aminoácidos correctos.

por isso, que seleccionou os aminoácidos correctos. Figura 16. A proteína cambrina com todas as suas

Figura 16. A proteína cambrina com todas as suas ligações de hidrogénio representadas.

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6.4 DIVISÃO E JUNÇÃO

Por vezes, um complexo de proteínas é carregado para um objecto único, mas pode querer movê-los separadamente. O YASARA pode dividir os seus objectos. Ao seleccionar no menu

Edit >> Split >> All

todas as partes da proteína que não estão covalentemente ligadas a outra coisa (como um ligando, co-factor ou outra cadeia) são convertidas num objecto separado.

Para unir dois objectos (ou moléculas) novamente basta escolher o menu

Edit >> Join >> Molecule/object

e seleccionar as peças correctas que se devem fundir. Desta forma, pode configurar a sua própria imagem.

6.5 SUPERFÍCIES

A representação da superfície de uma proteína oferece uma perspectiva real da forma e áreas

acessíveis de uma proteína. As representações de superfície do YASARA são “pozinhos mágicos” para a obtenção de imagens fantásticas!

Para representar uma superfície é necessário seleccionar (novamente) a parte correcta da proteína. Geralmente, escolhe-se um objecto completo, mas também pode escolher representar a superfície de um ligando. Seleccionando o menu

View >> Show surface of

aparece no seu monitor uma nova janela onde pode seleccionar o tipo de superfície que pretende ver representada:

Superfície de van der Waals (no Inglês Van der Waals surface): Trata-se apenas de uma representação dos raios Van der Waals de cada átomo

Superfície molecular (no Inglês Molecular surface): É a parte da superfície de Van der Waals que pode ser realmente “tocada” por uma molécula de água. Como a molécula de água tem um determinado raio, algumas cavidades mais pequenas da superfície de Van der Waals aparecem agora fechadas.

Superfície acessível ao solvente (no Inglês Solvent accessible surface): É a superfície molecular adicionada ao raio da sonda de água (padrão definido em 1.4 Angströms).

Para obter uma superfície perfeitamente lisa escolha a opção "Solvent accessible surface".

Mantenha a opção "Specular highlights" activa e clique em "Continue with surface color". Irá ver (novamente) uma roda de cores através da qual poderá escolher qualquer a cor que pretende. Na caixa à direita, sob "Name", pode ainda escolher uma cor pré-definida.

A opção "AtomCol" é particularmente útil, pois irá colorir a superfície com a mesma cor do

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átomo que para ela contribui.

Irá perceber que também pode alterar o parâmetro "Alpha", que é um termo “caro” para definir o conceito de transparência. Um “alpha” de valor 100 significa que não há qualquer transparência, com o valor 75 já consegue ver quer a superfície quer os átomos subjacentes. Pode confirmar em "OK", ou escolher uma cor para o interior da superfície. O resultado será uma superfície lisa a envolver a sua proteína.

Se tiver seleccionado a opção "AtomCol", pode agora alterar a cor de cada átomo/resíduo e observar o efeito produzido na superfície.

e observar o efeito produzido na superfície. Figura 17. Uma proteína representada com a sua superfície

Figura 17. Uma proteína representada com a sua superfície molecular. A superfície está colorida de acordo com a cor do átomo, com alpha=75, cor externa em branco, cor interna em anil. Um dos resíduos foi colorido a vermelho para facilitar a observação do efeito produzido na superfície.

Pode agora “livrar-se” das superfícies através do menu:

View >> Hide surface of >> All

e depois confirmar em “OK”.

6.6 PERMUTA

Através do YASARA pode trocar um resíduo ou um átomo por outro resíduo ou átomo. Na área da biologia, esta operação é particularmente útil para analisar o efeito de uma mutação pontual.

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Seleccione um resíduo, e depois clique com o botão direito do rato sobre ele. No menu que surge no seu monitor, escolha

Swap >> Residue.

Agora pode escolher um novo tipo de resíduo e confirmar em "OK" . Por vezes, é necessário voltar a representar novamente esse resíduo utilizando o menu

Show atoms >> Residue sidechain & CA.

O YASARA permuta o resíduo por si.

Alterar o tipo de átomo faz-se exactamente da mesma forma, mas escolhendo a opção “Atom”:

Swap >> Atom.

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7 MEDIÇÕES

O YASARA pode fornecer-lhe informações sobre a distância entre átomos, ângulos de ligação e

ângulos diedros. Para isso, precisa de saber que pode seleccionar mais do que um átomo, basta que depois de seleccionar o primeiro átomo mantenha a tecla Ctrl pressionada enquanto selecciona os restantes átomos com o botão esquerdo do rato. Irá verificar que os átomos seleccionados serão marcados com pequenos “cometas”.

No menu à esquerda na tela, sob os parâmetros

Marked Distance

Marked Angle

Marked Dihedral

surgem os valores de distância, ângulo, e angulo diedro para os átomos seleccionados. Estes valores podem ser ajustados.

7.1 DISTÂNCIA

O YASARA consegue medir a distância em Angströms entre quaisquer dois átomos. Seleccione

dois átomos, que serão marcados com “cometas” brancos e vermelhos.

No menu à esquerda irá encontrar a distância entre os dois átomos seleccionados. Se os átomos estiverem unidos por ligações, poderá ajustar os seus comprimentos com um clique no botão direito do rato no átomo marcado a branco, e seleccionando o menu

Geometry >> Distance/Bond lengths.

A opção distância só funciona se os átomos estiverem separados por apenas uma ligação.

7.2 ÂNGULO

Para medir um ângulo deve seleccionar três átomos. O valor irá aparecer na tela no menu à esquerda. O ângulo fornecido é medido sobre o átomo que aparecerá marcado com a cor Verde.

Pode medir qualquer ângulo, mas se quiser manipulá-lo deve escolher três átomos separados por apenas uma ligação.

Para alterar este ângulo, clique no botão direito do rato sobre o átomo marcado a branco, escolha o menu

Geometry >> Angle.

7.3 DIEDROS

Um diedro é um ângulo entre dois planos. Nas proteínas, 4 átomos podem formar um diedro,

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porque os dois primeiros resíduos e os dois últimos resíduos formam planos.

O ângulo diedro é o ângulo que estes dois planos formam entre si, observado sobre a ligação entre o 3º e o 4º átomos. No CMBI-wiki pode encontrar mais informações sobre diedros.

Para medir o ângulo diedro, seleccione 4 átomos consecutivos. O ângulo de torção vai aparecer no menu à esquerda e é medido sobre a ligação entre os “cometas” verde e azul.

Mais uma vez, este valor pode ser alterado através do menu

Geometry >> Dihedral

mas apenas se os átomos seleccionados estiverem separados por apenas uma ligação entre si.

estiverem separados por apenas uma ligação entre si. Figura 18. 4 átomos seleccionados e respectivos valores

Figura 18. 4 átomos seleccionados e respectivos valores geométricos. A distância é medida entre os átomos marcados a branco e a vermelho, o ângulo é medido sobre os vectores branco-verde- vermelho, e o ângulo diedro é medido sobre a ligação entre os átomos marcados a verde e azul.

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8 TRUQUES E DICAS

8.1 DICAS PARA USAR O YASARA (SEM L.E.R.)

Use a tecla Tab para repetir a sua última acção. Por exemplo, atribua a cor amarela a um

resíduo. Segure a tecla Tab e clique noutro átomo

esse átomo também será colorido.

Pressione a tecla Ctrl ao seleccionar um resíduo no selector de sequência. O YASARA irá girar a proteína automagicamente de modo a focar esse resíduo.

Carregue na tecla “Insert” do seu teclado para ligar/desligar os menus.

Para os especialistas: carregue na barra de espaço para abrir uma consola onde poderá também digitar os comandos correspondentes a todas as acções acessíveis através dos menus. Nesta consola, serão sempre mostrados os últimos comandos executados, o que permite aprender como o YASARA funciona internamente.

Se precisar de uma outra opção não discutida neste tutorial, tente encontrá-la em

Help >> Search documentation.

8.2 TRUQUES E DICAS PARA AS FIGURAS

Qualquer artigo ou página do caderno do aluno sobre uma proteína pode ser decorado com uma figura simpática. Como se fazem estas figuras?

Explicamos como pode fazê-lo nas secções seguintes.

8.3 U TILIZE O POV-R AY

É verdade que pode conseguir uma imagem através da tecla PrtScr (Print Screen) do seu

teclado

é o método mais barato e “totó”. Mas também pode usar o menu

File >> Save As >> Normal screenshot

o que lhe permite guardar a perspectiva actual como uma “screenshot”.

Para isso deve fornecer um nome correcto e um local onde colocar o ficheiro de imagem. Pode escolher guardar uma imagem nos formatos PNG (.png), Bitmap (.bmp) ou Jpeg (.jpg).

Mas se escolher a opção

File >> Save As >> RayTraced Screenshot

pode produzir uma imagem ainda mais extravagante.

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Esta opção usa um programa adicional chamado POV-Ray para renderizar as suas imagens, adicionar iluminação e sombras agradáveis.

Pode descarregar este programa a partir de POVRay.org e instalar o pacote completo na pasta yasara/pov, ou fazê-lo directamente da interface do YASARA seguindo o menu:

Help >> Install program >> POVRay,

mas lembramos que deve estar com a sua ligação de internet activa.

Ao escolher a opção

File >> Save as >> Ray-traced Screenshot

irá aparecer um menu onde pode definir parâmetros diferentes para o programa. A maioria dos parâmetros, por defeito, está correcta. Mas também aqui pode optar por uma figura com um fundo transparente, o que pode ser útil para posterior processamento da imagem.

Clique em "Run POVRay and save ray-traced image" (a opção alternativa só irá criar um script que só pode ser lido pelo programa POV-Ray). Dê um nome ao ficheiro e indique uma localização adequada. Pode alterar o formato/extensão do ficheiro (Bmp ou jpg).

Pode ainda escolher o tamanho correcto para a figura. Para páginas web 640x480 é por norma suficiente (a maioria das figuras deste tutorial foram geradas nesse tamanho). Para as publicações deve escolher uma resolução superior, mas os ficheiros serão maiores. Quando finalizar, clique em "OK" para produzir a figura.

Quando finalizar, clique em "OK" para produzir a figura. Figura 19. O POV-Ray a processar uma

Figura 19. O POV-Ray a processar uma bela imagem.

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8.4 ALTERAR O PANO DE FUNDO

Como mencionado acima, pode escolher produzir uma figura POV-Ray com fundo transparente. Mas para produzir uma imagem com um fundo extravagante siga o menu:

View >> Color >> Background

confirmar

imediatamente em "OK", todo o fundo terá essa cor.

Alternativamente, também pode escolher "Continue with bottom color". Escolha uma segunda cor e clique em "OK". Agora, o fundo terá um gradiente desde a primeira cor em cima até à segunda cor em baixo.

Da mesma forma, também pode escolher uma terceira cor (que será aplicada ao canto superior

direito) e uma quarta cor (que será aplicada ao canto inferior direito). Para um efeito interessante,

pode dar à primeira cor e à 4ª o mesmo valor, bem como à 2ª e à 3ª.

O fundo

do

YASARA

pode

ter

4

cores

diferentes.

Se

seleccionar

uma

cor

e

YASARA pode ter 4 cores diferentes. Se seleccionar uma cor e Figura 20 . Fundo com

Figura 20. Fundo com 4 cores diferentes, mostrando também o menu de escolha de cores com a roda de cores.

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8.5 REPRESENTAR MUTAÇÕES PONTUAIS

Na área da investigação médica/biológica, são frequentemente encontradas mutações pontuais. Para mostrar o efeito de uma mutação pontual numa figura pode seguir os seguintes passos:

Carregue 2x a sua proteína sem a girar, de modo a que as estruturas apareçam sobrepostas

File >> Load >> nomeficheiro.pdb

File >> Load >> nomeficheiro.pdb

Pressione F6 para obter uma visualização em fitas

Seleccione o seu resíduo de interesse num dos objectos

Permute esse resíduo para o novo resíduo mutante

Atribua a cor cinzento a tudo

Atribua a cor vermelha ao resíduo mutante, e a cor verde ao seu homólogo wildtype no outro objecto

Represente as cadeias laterais de apenas estes resíduos

Remova todos os hidrogénios

Mova, gire e amplie a cena até que a proteína esteja perfeitamente visível

Eventualmente: atribua uma cor de fundo de que gosta

Produza uma imagem com o POV-Ray

O resultado será algo como isto:

uma imagem com o POV-Ray O resultado será algo como isto: Figura 21 . Resultado do

Figura 21. Resultado do método explicado. Estrutura de uma proteína colorida a cinzento e no modo de visualização em fitas. Apenas a cadeia lateral do resíduo mutado está representada. O resíduo wildtype está a verde e o mutante está a vermelho.