Gen Linkage dan Pemetaan genetik

Jika dua gen yang pada kromosom yang berbeda ...

Setengah terlihat seperti mereka punya satu set kromosom orang tua ...
Dan setengah terlihat seperti mereka punya campuran dari kedua orang tua kromosom ...
Sekarang anggaplah kedua gen A dan B yang bersebelahan pada kromosom yang sama.
Apa yang terjadi pada rasio dalam diagram ini?
Gene Pemetaan
• pemetaan Gene menentukan urutan gen dan jarak relatif antara mereka dalam unit peta
• 1 unit peta = 1 cM (centimorgan)
• metode pemetaan Gene menggunakan rekombinasi
frekuensi antara alel untuk menentukan jarak relatif antara mereka
• frekuensi Rekombinasi antara gen yang berbanding terbalik dengan jarak mereka terpisah
• Pengukuran Jarak: 1 peta unit = 1 persen rekombinasi (berlaku untuk jarak pendek)
• Gen dengan frekuensi rekombinasi kurang dari 50 persen pada kromosom yang sama = terkait)
• Kelompok Linkage = semua gen yang dikenal pada kromosom
• Dua gen yang mengalami bermacam-macam independen memiliki frekuensi rekombinasi 50
persen dan berada pada kromosom nonhomolog atau berjauhan pada kromosom yang sama =
tertaut.
Pemetaan jarak antara dua gen
Dimulai dengan galur murni,
Lintas Induk 1 (AA BB) dengan Induk 2 (aa bb)
kromosom sehingga Parental di F1 harus AB dan ab
Sekarang lintas (AB ab) F1 keturunan dengan (ab ab) tester untuk mencari rekombinasi pada
kromosom tersebut.
Misalkan Anda Dapatkan ......
AB ab 583 <orangtua
ab ab 597 <orangtua
Ab ab 134 <rekombinan
aB ab 134 <rekombinan Total = 1448
begitu…. 268 rekombinan / 1448 keturunan =
0,185 rekombinan / keturunan =
18,5% rekombinan =
18,5 mu
Pemetaan (dan pemesanan) tiga gen
Dimulai dengan galur murni, Palang Induk 1 (AA BB DD) dengan Induk 2 (aa bb dd)
Jadi, Anda tahu kromosom Parental di F1 harus ABD dan abc
Silang (ABD abd) F1 keturunan dengan (abd abd) tester
Misalkan Anda Dapatkan ......
ABD abd 580 <orangtua
Abd abd 3
Abd abd 5 <orangtua
abd abd 592
Abd abd 45 <rekombinan
Abd abd 89
Abd abd 94
Abd abd 40 <rekombinan Total = 1448
jadi urutan harus A ----- D --- B
-13.2--6.4-
---- 18,5 ----
Jadi Kenapa 13,2 + 6,4 tidak sama 18,5?
Kami melewatkan rekombinan ganda pada lulus pertama.
Silang (ABD abd) F1 keturunan dengan (abd abd) tester
Misalkan Anda Dapatkan ......
ABD abd 580 <orangtua
Abd abd 3
Abd abd 5 <orangtua
abd abd 592
Abd abd 45 <rekombinan
Abd abd 89
Abd abd 94
Abd abd 40 <rekombinan Total =
begitu…. 268 rekombinan / 1448 keturunan =
 0,185 rekombinan / keturunan =
18,5% rekombinan =
18,5 mu
Pemetaan (dan pemesanan) tiga gen
Dimulai dengan galur murni, Palang Induk 1 (AA BB DD) dengan Induk 2 (aa bb dd)
Jadi, Anda tahu kromosom Parental di F1 harus ABD dan abc
Silang (ABD abd) F1 keturunan dengan (abd abd) tester
Misalkan Anda Dapatkan ......
ABD abd 580 <orangtua
Abd abd 3
Abd abd 5 <orangtua
abd abd 592
Abd abd 45 <rekombinan
Abd abd 89
Abd abd 94
Abd abd 40 <rekombinan Total = 1448
jadi urutan harus A ----- D --- B
-13.2--6.4-
---- 18,5 ----
Jadi Kenapa 13,2 + 6,4 tidak sama 18,5?
Kami melewatkan rekombinan ganda pada lulus pertama.
Silang (ABD abd) F1 keturunan dengan (abd abd) tester
Misalkan Anda Dapatkan ......
ABD abd 580 <orangtua
Abd abd 3
Abd abd 5 <orangtua
abd abd 592
Abd abd 45 <rekombinan
Abd abd 89
Abd abd 94
Abd abd 40 <rekombinan Total = 1448
lagi jarak, lebih potensial meremehkan recomb freq.
gangguan kromosom: crossover di satu wilayah mengurangi kemungkinan crossover kedua dekat
Koefisien kebetulan = diamati jumlah rekombinan ganda dibagi dengan jumlah yang diharapkan.
Jika dua crossover yang independen,
kita akan mengharapkan bahwa probabilitas melihat dua peristiwa rekombinasi terjadi akan
0,132 antara A-D DAN 0,064 antara D-B
0,132 X 0,064 = 0,008
Untuk setiap 1.448 keturunan, ini akan menjadi (1448x0.008) = 12.23 rekombinan ganda
Kami benar-benar diamati hanya (5 + 3) = 8 rekombinan ganda
Jadi Koefisien kebetulan = diamati / diharapkan = 8 / 12.23 = 0.65
Interferensi = 1-Koefisien kebetulan
Gen pemetaan di Pedigrees Manusia
• Metode teknologi DNA rekombinan digunakan untuk memetakan kromosom manusia dan
menemukan gen
• Gen kemudian dapat dikloning untuk menentukan struktur dan fungsi
• silsilah manusia dan pemetaan DNA digunakan untuk mengidentifikasi gen penyakit dominan
dan resesif
• urutan DNA polimorfik digunakan dalam pemetaan genetik manusia.
Polimorfisme genetik
• Kehadiran dalam populasi dua atau lebih yang relatif bentuk umum dari gen atau kromosom
yang disebut polimorfisme
• Perubahan panjang fragmen DNA yang dihasilkan oleh ada atau tidak adanya situs pembelahan
dalam molekul DNA dikenal sebagai restriction fragment length polymorphism (RFLP)
• Jenis umum dari polimorfisme adalah satu basis pasangan perbedaan, sederhana-nucleotide
polymorphism (SNP)
• Sebuah polimorfisme genetik yang dihasilkan dari urutan DNA pendek tandem diulang disebut
urutan sederhana berulang (SSR)
RFLPs
• endonuklease restriksi digunakan untuk memetakan gen karena mereka menghasilkan
seperangkat unik fragmen untuk gen
• Ada lebih dari 200 endonuklease restriksi digunakan, dan masing-masing mengakui urutan
spesifik basa DNA
• EcoR1 memotong DNA untai ganda di urutan
5'-GAATTC-3 'di mana pun itu terjadi
• Perbedaan dalam urutan DNA menghasilkan urutan pengakuan yang berbeda dan situs DNA
pembelahan enzim restriksi tertentu
• Dua gen yang berbeda akan menghasilkan pola fragmen yang berbeda ketika dipotong dengan
enzim restriksi yang sama karena perbedaan dalam urutan DNA
SNP
• polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) yang melimpah di genom manusia
• mutan Langka dari hampir setiap nukleotida mungkin dapat ditemukan, tetapi varian langka
umumnya tidak berguna untuk studi keluarga variasi diwariskan dalam kerentanan terhadap
penyakit
• Untuk alasan ini, agar perbedaan urutan nukleotida dipertimbangkan sebagai SNP, dasar
kurang sering harus memiliki frekuensi lebih besar dari 5% pada populasi manusia.
• Dengan definisi ini, kepadatan SNP dalam rata-rata genom manusia sekitar satu per 1.300 bp
SSR
• Jenis ketiga dari hasil polimorfisme DNA dari perbedaan jumlah salinan dari urutan DNA
pendek yang dapat diulang berkali-kali dalam tandem di situs tertentu dalam kromosom
• Ketika molekul DNA dibelah dengan endonuklease restriksi yang memotong di situs mengapit
ulangi tandem, ukuran fragmen DNA yang dihasilkan ditentukan oleh jumlah mengulangi hadir
dalam molekul
• Ada rata-rata satu SSR per 2 kb DNA manusia
Gen pemetaan di Pedigrees Manusia
• Salah satu sumber utilitas SNP dan SSR dalam pemetaan genetik manusia adalah kepadatan
tinggi mereka di seluruh genom
• sumber tambahan utilitas dari SSR dalam pemetaan genetik adalah sejumlah besar alel yang
dapat hadir dalam populasi manusia.
• silsilah manusia dapat dianalisis untuk pola pewarisan alel yang berbeda dari gen berdasarkan
perbedaan SSR dan SNP
• pembelahan enzim restriksi alel polimorfik yang berbeda dalam pola RFLP menghasilkan
fragmen ukuran yang berbeda dengan elektroforesis gel
• Penyakit resesif langka yang mempengaruhi orang-orang di akhir hidupnya
• 90% terkait dengan penanda RFLP pada gel bawah.
• Apa probabilitas bahwa II1 adalah pembawa penyakit?
• Apa probabilitas bahwa cucu (baris III) adalah pembawa?
Analisis tetrad
• Pada beberapa spesies jamur, setiap tetrad meiosis terkandung dalam struktur seperti kantung,
yang disebut ascus

• Setiap produk dari meiosis adalah askospora, dan semua ascospores terbentuk dari satu sel
meiosis tetap bersama dalam ascus
• Beberapa fitur organisme ascus-memproduksi terutama berguna untuk analisis genetik:
 Mereka haploid, sehingga genotipe tersebut dinyatakan langsung dalam fenotipe
 Mereka menghasilkan jumlah yang sangat besar dari keturunan
 siklus hidup mereka cenderung pendek
• Dalam tetrad ketika dua pasang alel yang memisahkan, tiga pola segregasi yang mungkin
• ditype orangtua (PD) = dua genotipe parental
• nonparental ditype (NPD) = hanya kombinasi rekombinan
• tetratype (TT) = keempat genotipe yang diamati
• Ketika gen dihapus linknya, yang tetrad ditype orangtua dan tetrad ditype nonparental
diharapkan dalam frekuensi yang sama: PD = NPD
• Linkage ditunjukkan ketika tetrad ditype nonparental muncul dengan frekuensi yang lebih
rendah dari tetrad ditype orangtua: PD »NPD
• Peta jarak antara dua gen yang cukup dekat bahwa tingkat ganda dan lebih tinggi dari crossing-
over dapat diabaikan, sama
1/2 x (Jumlah TT / Jumlah tetrad) x 100
Neurospora: Memerintahkan tetrad
• ASCI Memerintahkan juga dapat diklasifikasikan sebagai PD, NPD, atau TT sehubungan
dengan dua pasang alel, yang memungkinkan untuk menilai tingkat hubungan antara gen
• Fakta bahwa penataan produk meiosis diperintahkan juga memungkinkan untuk menentukan
frekuensi rekombinasi antara setiap gen tertentu dan sentromernya
Analisis tetrad: tetrad Memerintahkan
• sentromer homolog kromosom orangtua memisahkan pada pembelahan meiosis pertama
• The sentromer dari kromatid memisahkan di divisi meiosis kedua
• Bila tidak ada persilangan antara gen dan sentromer, alel memisahkan di meiosis I
• Sebuah Crossover antara gen dan alel penundaan sentromer segregasi sampai meiosis II
• Peta jarak antara gen dan equals sentromernya
• 1/2 x (Jumlah ASCI dengan pemisahan divisi dua / Total jumlah ASCI) x 100
• Formula ini berlaku ketika gen yang cukup dekat untuk sentromer dan tidak ada beberapa
crossover
Konversi gen
• Kebanyakan ASCI dari diploid Aa heterozigot menunjukkan segregasi Mendel normal dan
mengandung rasio
2A: 2a di ASCI empat spora, atau 4A: 4a di delapan spora ASCI
Kadang-kadang, rasio menyimpang juga ditemukan, seperti
3A: 1a atau 1A: 3a dan 5A: 3a atau 3A: 5a. The ASCI menyimpang dikatakan hasil dari konversi
gen karena tampaknya seolah-olah satu alel telah "diubah" alel lainnya menjadi bentuk seperti itu
sendiri
• konversi Gene sering disertai dengan rekombinasi antara penanda genetik pada kedua sisi
peristiwa konversi, bahkan ketika penanda mengapit terkait erat
• hasil konversi Gene dari proses perbaikan DNA yang normal dalam sel yang dikenal sebagai
perbaikan mismatch
• konversi Gene menyarankan mekanisme molekuler dari rekombinasi
• Salah satu dari dua cara untuk menyelesaikan struktur yang dihasilkan, yang dikenal sebagai
persimpangan Holliday, mengarah ke rekombinasi, yang lainnya tidak
• The kerusakan dan bergabung kembali adalah fungsi enzimatik dilakukan oleh enzim yang
disebut enzim Holliday persimpangan-menyelesaikan
Kromosom manusia dan kromosom Perilaku
Kariotipe = bernoda dan difoto penyusunan kromosom metafase diatur sesuai dengan ukuran dan
posisi sentromer mereka
Kromosom manusia
• Setiap kromosom dalam kariotipe dibagi menjadi dua wilayah (lengan) yang dipisahkan oleh
sentromer
• p = pendek lengan (petit); q = lengan panjang
• p dan q lengan dibagi menjadi band nomor dan daerah interband berdasarkan pola pewarnaan
• Dalam setiap lengan daerah diberi nomor.
sentromer
Kromosom diklasifikasikan sesuai dengan posisi relatif sentromer mereka
• Dalam metasentrik itu terletak di tengah-tengah kromosom
• Dalam submetasentrik-dekat dengan salah satu ujung kromosom
• Dalam akrosentrik-dekat salah satu ujung kromosom
• Kromosom tanpa sentromer, atau dengan dua sentromer, secara genetik tidak stabil
Nomor Kromosom Abnormal
• aneuploid = tidak seimbang set kromosom = dosis gen relatif marah (contoh: trisomi kromosom
21)
• monosomi = kehilangan salinan kromosom tunggal
Polysomic = salinan tambahan kromosom tunggal
• Sebagian besar kelainan kromosom mematikan, sering dalam aborsi spontan.
• Pengecualian trisomi 13, trisomi 18, dan trisomi 21 (sindrom Down), dan kromosom seks
• Sebuah X ekstra atau kromosom Y biasanya memiliki efek yang relatif ringan.
• Mengapa?
• 1) X chromosme inaktivasi / Dosis Kompensasi
• 2) Tidak banyak (penting) pada Y
CONTOH:
• Trisomi-X = 47, XXX (perempuan)
• Dua-Y = 47, XYY (laki-laki)
• Sindrom Klinefelter = 47, XXY (laki-laki, steril)
• Sindrom Turner = 45, X (perempuan, steril)
Kelainan kromosom
• Penghapusan / Duplikasi
• Inversi
• Translokasi
Inversi kromosom
• Inversi = penyusunan ulang genetik di mana urutan gen dalam segmen kromosom dibalik
• Inversi tidak mengubah isi genetik tetapi mengubah urutan linear dari informasi genetik
• Dalam heterozigot inversi, kromosom sentuhan ke loop di wilayah di mana urutan gen terbalik
inversi Paracentric
• Tidak termasuk sentromer
• Crossing-over menghasilkan satu acentric
(Tidak ada sentromer) dan satu disentrik (dua sentromer) kromosom
inversi Pericentric
• Termasuk sentromer
• hasil Crossing-over di duplikasi dan penghapusan informasi genetik
Translokasi timbal balik
• Berdekatan-2 segregasi: sentromer homolog tinggal bersama di anafase I; gamet memiliki
duplikasi segmen dan penghapusan
• pemisahan Alternatif: setengah gamet menerima kedua bagian dari translokasi timbal balik dan
setengah lainnya menerima baik kromosom normal; semua gamet yang euploid, mis memiliki
konten genetik normal, tapi setengah adalah pembawa translokasi
poliploidi
• spesies polyploid memiliki beberapa set lengkap kromosom
• The dasar kromosom set, dari mana semua genom lain
terbentuk, disebut set monoploid
• The haploid kromosom set adalah
set kromosom hadir dalam gamet, terlepas dari jumlah kromosom dalam spesies.
• poliploidi dapat timbul dari duplikasi genom terjadi sebelum atau setelah pembuahan
Melalui pembentukan gamet tereduksi yang memiliki dua komplemen kromosom normal atau
Melalui pembelahan mitosis gagal, disebut endoreduplication.
Poliploidi dapat menghasilkan spesies baru
Sebuah semangka tanpa biji adalah hibrida steril yang diciptakan oleh persimpangan serbuk sari
jantan semangka, yang mengandung 22 kromosom per sel, dengan semangka bunga betina
dengan 44 kromosom per sel
Kariotipe dari salmon Chinook telah ditandai sebagai 2N = 68, dengan 16 pasang kromosom
metasentrik dan 18 pasang kromosom akrosentrik (Simon 1963)