Trabajo DiseÃf±o Experimental

vale

22 de noviembre de 2017

Problemática: Un científico de suelos realizó un experimento para evaluar una red de

resistencias de cuatro electrodos y calcular la electroconductividad (EC) del suelo en celdas
conductivas de acrílico especiales. El objetivo del estudio era evaluar la relación entre la EC
medida y la salinidad del agua en el suelo con diferentes cantidades de agua. Se incluyeron
tres texturas básicas del suelo, ya que la EC es específica de la textura; se usaron dos celdas
para cada combinación de tratamiento, los tres tipos de suelo fueron arena arcillosa, arcilla
y barro. El agua salina, en tres niveles, se basó en la EC del agua a 2, 8, y 16 dS=m
(decisiemens/metro) y se establecieron tres niveles de contenido de agua en el suelo, 0, 5 y
15 %. Los siguientes son los valores de EC del suelo determinados con base en las lecturas
de la red de cuatro electrodos.

Solución
Se tiene un diseño factorial general con 3 factores, así el modelo lineal general esta dado
por:
𝑦𝑖𝑗𝑘𝑙 = 𝜇 + 𝛼𝑖 + 𝛽𝑗 + 𝜆𝑘 + (𝛼𝛽)𝑖𝑗 + (𝛼𝜆)𝑖𝑘 + (𝛽𝜆)𝑗𝑘 + (𝛼𝛽𝜆)𝑖𝑗𝑘 + 𝜖𝑖𝑗𝑘𝑙

Ahora se procede a ingresar los datos de la siguiente manera:

FactorA = rep(1:3, each=18)
Tipo_Suelo = factor(FactorA, labels = c("Arena arcillosa", "Arcilla",
"Barro"))
FactorB = rep(rep(1:3, each=6),3)
Salinidad = factor(FactorB, labels = c("2", "8","16"))
FactorC = rep(rep(1:3, each=2),9)
Contenido_agua = factor(FactorC, labels = c("0", "5", "15"))
electroconductividad<-c(0.60,0.48,1.69,2.01,3.47,3.30
 ,0.05,0.12,0.11,0.09,0.06,0.19
,0.07,0.06,0.08,0.14,0.22,0.17
,0.98,0.93,2.21,4.48,5.68,5.11
,0.15,0.26,0.23,0.35,0.40,0.75
,0.07,0.21,0.23,0.35,0.43,0.35
,1.37,1.50,3.31,2.84,5.74,5.38
,0.72,0.51,0.78,1.11,2.10,1.18
,0.40,0.57,0.72,0.88,1.95,2.87)

datos= data.frame(Tipo_Suelo,Salinidad,Contenido_agua, electroconductividad)

Así, la base de datos queda de la siguinete manera

datos

## Tipo_Suelo Salinidad Contenido_agua electroconductividad

## 1 Arena arcillosa 2 0 0.60
## 2 Arena arcillosa 2 0 0.48
## 3 Arena arcillosa 2 5 1.69
## 4 Arena arcillosa 2 5 2.01
## 5 Arena arcillosa 2 15 3.47
## 6 Arena arcillosa 2 15 3.30
## 7 Arena arcillosa 8 0 0.05
## 8 Arena arcillosa 8 0 0.12
## 9 Arena arcillosa 8 5 0.11
## 10 Arena arcillosa 8 5 0.09
## 11 Arena arcillosa 8 15 0.06
## 12 Arena arcillosa 8 15 0.19
## 13 Arena arcillosa 16 0 0.07
## 14 Arena arcillosa 16 0 0.06
## 15 Arena arcillosa 16 5 0.08
## 16 Arena arcillosa 16 5 0.14
## 17 Arena arcillosa 16 15 0.22
## 18 Arena arcillosa 16 15 0.17
## 19 Arcilla 2 0 0.98
## 20 Arcilla 2 0 0.93
## 21 Arcilla 2 5 2.21
## 22 Arcilla 2 5 4.48
## 23 Arcilla 2 15 5.68
## 24 Arcilla 2 15 5.11
## 25 Arcilla 8 0 0.15
## 26 Arcilla 8 0 0.26
## 27 Arcilla 8 5 0.23
## 28 Arcilla 8 5 0.35
## 29 Arcilla 8 15 0.40
## 30 Arcilla 8 15 0.75
## 31 Arcilla 16 0 0.07
## 32 Arcilla 16 0 0.21
## 33 Arcilla 16 5 0.23
## 34 Arcilla 16 5 0.35
## 35 Arcilla 16 15 0.43
## 36 Arcilla 16 15 0.35
## 37 Barro 2 0 1.37
## 38 Barro 2 0 1.50
## 39 Barro 2 5 3.31
## 40 Barro 2 5 2.84
## 41 Barro 2 15 5.74
## 42 Barro 2 15 5.38
## 43 Barro 8 0 0.72
## 44 Barro 8 0 0.51
## 45 Barro 8 5 0.78
## 46 Barro 8 5 1.11
## 47 Barro 8 15 2.10
## 48 Barro 8 15 1.18
## 49 Barro 16 0 0.40
## 50 Barro 16 0 0.57
## 51 Barro 16 5 0.72
## 52 Barro 16 5 0.88
## 53 Barro 16 15 1.95
## 54 Barro 16 15 2.87

Luego de llamar la base datos , se pasa a realizar una tabla de totales y promedios de la
electroconductividad con su respectiva gráfica.
1. Para el factor Tipo de suelo
TablaA = data.frame(
Total = tapply(electroconductividad, Tipo_Suelo, sum),
Media = tapply(electroconductividad, Tipo_Suelo, mean))
TablaA

## Total Media
## Arena arcillosa 12.91 0.7172222
## Arcilla 23.17 1.2872222
## Barro 33.93 1.8850000

2. Para el factor Salinidad del agua

TablaB = data.frame(
Total = tapply(electroconductividad,Salinidad , sum),
Media = tapply(electroconductividad,Salinidad, mean))
TablaB

## Total Media
## 2 51.08 2.8377778
## 8 9.16 0.5088889
## 16 9.77 0.5427778

3. Para el factor Contenido de agua

TablaC = data.frame(
Total = tapply(electroconductividad,Contenido_agua , sum),
Media = tapply(electroconductividad,Contenido_agua, mean))
TablaC

## Total Media
## 0 9.05 0.5027778
## 5 21.61 1.2005556
## 15 39.35 2.1861111

4. Para la interacción Tipo de suelo - Salinidad

TablaAB = data.frame(
Total = tapply(electroconductividad, Tipo_Suelo:Salinidad, sum),
Media = tapply(electroconductividad, Tipo_Suelo:Salinidad, mean))
TablaAB

## Total Media
## Arena arcillosa:2 11.55 1.9250000
## Arena arcillosa:8 0.62 0.1033333
## Arena arcillosa:16 0.74 0.1233333
## Arcilla:2 19.39 3.2316667
## Arcilla:8 2.14 0.3566667
## Arcilla:16 1.64 0.2733333
## Barro:2 20.14 3.3566667
## Barro:8 6.40 1.0666667
## Barro:16 7.39 1.2316667

Ahora
TipoSuelo=factor(rep(1:3, each=3), labels = c("Arena arcillosa", "Arcilla",
"Barro"))
SalinidadAgua=rep(c(2,8,16), 3)
Prom = as.vector(TablaAB$Media)
AB=data.frame(TipoSuelo, SalinidadAgua, Prom)
str(AB)

## 'data.frame': 9 obs. of 3 variables:

## $ TipoSuelo : Factor w/ 3 levels "Arena arcillosa",..: 1 1 1 2 2 2 3 3
3
## $ SalinidadAgua: num 2 8 16 2 8 16 2 8 16
## $ Prom : num 1.925 0.103 0.123 3.232 0.357 ...

suppressWarnings(library(ggplot2))
ggplot(AB, aes(x=SalinidadAgua, y=Prom, colour=TipoSuelo)) +
geom_line(linetype="dashed") + geom_point(shape=22, size=3, fill="white")
5. Para la interacción Tipo de suelo - Contenido de agua
TablaAC = data.frame(
Total = tapply(electroconductividad, Tipo_Suelo:Contenido_agua, sum),
Media = tapply(electroconductividad, Tipo_Suelo:Contenido_agua, mean))
TablaAC

## Total Media
## Arena arcillosa:0 1.38 0.2300000
## Arena arcillosa:5 4.12 0.6866667
## Arena arcillosa:15 7.41 1.2350000
## Arcilla:0 2.60 0.4333333
## Arcilla:5 7.85 1.3083333
## Arcilla:15 12.72 2.1200000
## Barro:0 5.07 0.8450000
## Barro:5 9.64 1.6066667
## Barro:15 19.22 3.2033333

Ahora
TipoSuelo=factor(rep(1:3, each=3), labels = c("Arena arcillosa", "Arcilla",
"Barro"))
ContenidoA=rep(c(0,5,15), 3)
Prom = as.vector(TablaAC$Media)
AC=data.frame(TipoSuelo, ContenidoA, Prom)
str(AC)
## 'data.frame': 9 obs. of 3 variables:
## $ TipoSuelo : Factor w/ 3 levels "Arena arcillosa",..: 1 1 1 2 2 2 3 3 3
## $ ContenidoA: num 0 5 15 0 5 15 0 5 15
## $ Prom : num 0.23 0.687 1.235 0.433 1.308 ...

suppressWarnings(library(ggplot2))
ggplot(AB, aes(x=ContenidoA, y=Prom, colour=TipoSuelo)) +
geom_line(linetype="dashed") + geom_point(shape=22, size=3, fill="white")

6. Para la interacción Contenido de agua - Salinidad de agua

TablaCB = data.frame(
Total = tapply(electroconductividad, Contenido_agua:Salinidad, sum),
Media = tapply(electroconductividad, Contenido_agua:Salinidad, mean))
TablaCB

## Total Media
## 0:2 5.86 0.9766667
## 0:8 1.81 0.3016667
## 0:16 1.38 0.2300000
## 5:2 16.54 2.7566667
## 5:8 2.67 0.4450000
## 5:16 2.40 0.4000000
## 15:2 28.68 4.7800000
## 15:8 4.68 0.7800000
## 15:16 5.99 0.9983333

Ahora
ContenidoAg=factor(rep(1:3, each=3), labels = c("0", "5", "15"))
SalinidadAgua=rep(c(2,8,16), 3)
Prom = as.vector(TablaAB$Media)
CB=data.frame(TipoSuelo, SalinidadAgua, Prom)
str(CB)

## 'data.frame': 9 obs. of 3 variables:

## $ TipoSuelo : Factor w/ 3 levels "Arena arcillosa",..: 1 1 1 2 2 2 3 3
3
## $ SalinidadAgua: num 2 8 16 2 8 16 2 8 16
## $ Prom : num 1.925 0.103 0.123 3.232 0.357 ...

suppressWarnings(library(ggplot2))
ggplot(AB, aes(x=SalinidadAgua, y=Prom, colour=ContenidoAg)) +
geom_line(linetype="dashed") + geom_point(shape=22, size=3, fill="white")

A continucion se ajustara el modelo lineal general esta dado por:

𝑦𝑖𝑗𝑘𝑙 = 𝜇 + 𝛼𝑖 + 𝛽𝑗 + 𝜆𝑘 + (𝛼𝛽)𝑖𝑗 + (𝛼𝜆)𝑖𝑘 + (𝛽𝜆)𝑗𝑘 + (𝛼𝛽𝜆)𝑖𝑗𝑘 + 𝜖𝑖𝑗𝑘𝑙

Entonces,
Mod_Lin = aov(electroconductividad ~ Tipo_Suelo + Salinidad + Contenido_agua
+ Tipo_Suelo:Salinidad + Tipo_Suelo:Contenido_agua + Salinidad:Contenido_agua
+ Tipo_Suelo:Salinidad:Contenido_agua)

Y los residuales estan dados por

Residuales = rstandard(Mod_Lin)

Ahora se procede con la prueba de validación de supuestos

1. Prueba de Normalidad de los errores.
Se plantea el siguiente juego de hipotesis
Se presenta la gráfica de los Cuantiles vs. los residuales, para verificar que los puntos de la
nube se encuentran muy cerca de la linea de regresión. Esto nos dará una sospecha de si los
errores se distribuyen normal o no.
par(mfrow=c(2,2))
hist(Residuales)
plot(density(Residuales))
qqnorm(Residuales, ylab = "residuales")
qqline(Residuales)

Ahora se realizará la prueba teórica de Shapiro-Wilk, entonces

shapiro.test(Residuales)

##
## Shapiro-Wilk normality test
##
## data: Residuales
## W = 0.79041, p-value = 2.424e-07
Como el p-valor de la prueba es menor que el nivel de significancia 𝛼 = 0.05 se rechaza la
hipótesis nula, es decir, Los errores no se distribuyen normal.
2. Prueba de homogeneidad de varianzas
Se plantea el siguiente juego de hipótesis
Se graficaran la variable respuesta vs. los residuales y los Valores ajustados vs. los
residuales, para verificara que no se presentan ningún patrón especifico en la nueve de
puntos. Esto nos indicará nos dará sospechas de si hay independencia en los errores y
homogeneidad de varianzas respectivamente.
par(mfrow=c(1,2))
plot(electroconductividad , Residuales)
abline(h=0)
valores.ajustados = fitted(Mod_Lin)
plot(valores.ajustados, Residuales)
abline(h=0)

Por último se realizara las prueba teórica de Bartlett, así

bartlett.test(electroconductividad,Tipo_Suelo:Salinidad:Contenido_agua)

##
## Bartlett test of homogeneity of variances
##
## data: electroconductividad and Tipo_Suelo:Salinidad:Contenido_agua
## Bartlett's K-squared = 48.761, df = 26, p-value = 0.004406
Como el p-valor de la prueba es menor que el nivel de significancia 𝛼 = 0.05, se rechaza la
hipótesis nula, es decir, las varianzas no homogéneas
En este ultimo paso paso se realizará el análisis de varianza, para probar si hay o efecto
significativo de la salinidad del agua en el suelo con diferentes cantidades de agua sobre la
electroconductividad medida. Para ello se debe plantear el siguiente juego de hipótesis
Para esto se utilizara el siguiente comando, el cual mostrara la siguinete salida
ANAVA.Resist = Mod_Lin
summary(ANAVA.Resist)

## Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)

## Tipo_Suelo 2 12.28 6.14 40.861 6.81e-09 ***
## Salinidad 2 64.15 32.08 213.535 < 2e-16 ***
## Contenido_agua 2 25.75 12.88 85.715 2.02e-12 ***
## Tipo_Suelo:Salinidad 4 2.60 0.65 4.329 0.00781 **
## Tipo_Suelo:Contenido_agua 4 3.21 0.80 5.340 0.00266 **
## Salinidad:Contenido_agua 4 20.38 5.10 33.922 3.62e-10 ***
## Tipo_Suelo:Salinidad:Contenido_agua 8 1.37 0.17 1.138 0.37072
## Residuals 27 4.06 0.15
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

La prueba de comparaciones múltiples es posible realiazarla, ya que se rechaza la hipótesis

del análisis de varianza (efecto significativo de los tratamientos sobre la variable
respuesta). La hipótesis de comparaciones y las pruebas son
TukeyHSD(Mod_Lin)

## Tukey multiple comparisons of means

## 95% family-wise confidence level
##
## Fit: aov(formula = electroconductividad ~ Tipo_Suelo + Salinidad +
Contenido_agua + Tipo_Suelo:Salinidad + Tipo_Suelo:Contenido_agua +
Salinidad:Contenido_agua + Tipo_Suelo:Salinidad:Contenido_agua)
##
## $Tipo_Suelo
## diff lwr upr p adj
## Arcilla-Arena arcillosa 0.5700000 0.2496814 0.8903186 0.0004214
## Barro-Arena arcillosa 1.1677778 0.8474592 1.4880964 0.0000000
## Barro-Arcilla 0.5977778 0.2774592 0.9180964 0.0002380
##
## $Salinidad
## diff lwr upr p adj
## 8-2 -2.32888889 -2.6492075 -2.0085703 0.0000000
## 16-2 -2.29500000 -2.6153186 -1.9746814 0.0000000
## 16-8 0.03388889 -0.2864297 0.3542075 0.9628307
##
## $Contenido_agua
## diff lwr upr p adj
## 5-0 0.6977778 0.3774592 1.018096 3.02e-05
## 15-0 1.6833333 1.3630147 2.003652 0.00e+00
## 15-5 0.9855556 0.6652370 1.305874 1.00e-07
##
## $`Tipo_Suelo:Salinidad`
## diff lwr upr
## Arcilla:2-Arena arcillosa:2 1.30666667 0.55376361 2.05956972
## Barro:2-Arena arcillosa:2 1.43166667 0.67876361 2.18456972
## Arena arcillosa:8-Arena arcillosa:2 -1.82166667 -2.57456972 -1.06876361
## Arcilla:8-Arena arcillosa:2 -1.56833333 -2.32123639 -0.81543028
## Barro:8-Arena arcillosa:2 -0.85833333 -1.61123639 -0.10543028
## Arena arcillosa:16-Arena arcillosa:2 -1.80166667 -2.55456972 -1.04876361
## Arcilla:16-Arena arcillosa:2 -1.65166667 -2.40456972 -0.89876361
## Barro:16-Arena arcillosa:2 -0.69333333 -1.44623639 0.05956972
## Barro:2-Arcilla:2 0.12500000 -0.62790306 0.87790306
## Arena arcillosa:8-Arcilla:2 -3.12833333 -3.88123639 -2.37543028
## Arcilla:8-Arcilla:2 -2.87500000 -3.62790306 -2.12209694
## Barro:8-Arcilla:2 -2.16500000 -2.91790306 -1.41209694
## Arena arcillosa:16-Arcilla:2 -3.10833333 -3.86123639 -2.35543028
## Arcilla:16-Arcilla:2 -2.95833333 -3.71123639 -2.20543028
## Barro:16-Arcilla:2 -2.00000000 -2.75290306 -1.24709694
## Arena arcillosa:8-Barro:2 -3.25333333 -4.00623639 -2.50043028
## Arcilla:8-Barro:2 -3.00000000 -3.75290306 -2.24709694
## Barro:8-Barro:2 -2.29000000 -3.04290306 -1.53709694
## Arena arcillosa:16-Barro:2 -3.23333333 -3.98623639 -2.48043028
## Arcilla:16-Barro:2 -3.08333333 -3.83623639 -2.33043028
## Barro:16-Barro:2 -2.12500000 -2.87790306 -1.37209694
## Arcilla:8-Arena arcillosa:8 0.25333333 -0.49956972 1.00623639
## Barro:8-Arena arcillosa:8 0.96333333 0.21043028 1.71623639
## Arena arcillosa:16-Arena arcillosa:8 0.02000000 -0.73290306 0.77290306
## Arcilla:16-Arena arcillosa:8 0.17000000 -0.58290306 0.92290306
## Barro:16-Arena arcillosa:8 1.12833333 0.37543028 1.88123639
## Barro:8-Arcilla:8 0.71000000 -0.04290306 1.46290306
## Arena arcillosa:16-Arcilla:8 -0.23333333 -0.98623639 0.51956972
## Arcilla:16-Arcilla:8 -0.08333333 -0.83623639 0.66956972
## Barro:16-Arcilla:8 0.87500000 0.12209694 1.62790306
## Arena arcillosa:16-Barro:8 -0.94333333 -1.69623639 -0.19043028
## Arcilla:16-Barro:8 -0.79333333 -1.54623639 -0.04043028
## Barro:16-Barro:8 0.16500000 -0.58790306 0.91790306
## Arcilla:16-Arena arcillosa:16 0.15000000 -0.60290306 0.90290306
## Barro:16-Arena arcillosa:16 1.10833333 0.35543028 1.86123639
## Barro:16-Arcilla:16 0.95833333 0.20543028 1.71123639
## p adj
## Arcilla:2-Arena arcillosa:2 0.0000994
## Barro:2-Arena arcillosa:2 0.0000235
## Arena arcillosa:8-Arena arcillosa:2 0.0000003
## Arcilla:8-Arena arcillosa:2 0.0000050
## Barro:8-Arena arcillosa:2 0.0166957
## Arena arcillosa:16-Arena arcillosa:2 0.0000004
## Arcilla:16-Arena arcillosa:2 0.0000020
## Barro:16-Arena arcillosa:2 0.0889826
## Barro:2-Arcilla:2 0.9996810
## Arena arcillosa:8-Arcilla:2 0.0000000
## Arcilla:8-Arcilla:2 0.0000000
## Barro:8-Arcilla:2 0.0000000
## Arena arcillosa:16-Arcilla:2 0.0000000
## Arcilla:16-Arcilla:2 0.0000000
## Barro:16-Arcilla:2 0.0000000
## Arena arcillosa:8-Barro:2 0.0000000
## Arcilla:8-Barro:2 0.0000000
## Barro:8-Barro:2 0.0000000
## Arena arcillosa:16-Barro:2 0.0000000
## Arcilla:16-Barro:2 0.0000000
## Barro:16-Barro:2 0.0000000
## Arcilla:8-Arena arcillosa:8 0.9636622
## Barro:8-Arena arcillosa:8 0.0052382
## Arena arcillosa:16-Arena arcillosa:8 1.0000000
## Arcilla:16-Arena arcillosa:8 0.9971291
## Barro:16-Arena arcillosa:8 0.0007894
## Barro:8-Arcilla:8 0.0760174
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