RESUME GENETIKA LANJUT

REGULASI EKSPRESI GEN PADA EUKARIOTIK

Disusun Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika Lanjut

yang Dibina Oleh Prof. Dr. Duran Corebima A

Oleh
Granitha Chandika Komsi
170341864554
Offering: C

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

PASCASARJANA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
MARET 2018
 REGULASI EKSPRESI GEN PADA EUKARIOTIK
A. Cara regulasi ekspresi gen di eukariotik

Dimensi dari regulasi gen pada eukariotik terdapat perbedaan dengan prokariot, bila pada
eukariot pada transkripsi terjadi pada inti sel sedangkan ada translasi sitoplasma dan sebelum
translasi hasil dari transkripsi di modifikasi, karena ekspresi genetic di eukariot itu terdapat
dibeberapa tempat yaitu di inti sel dan sitoplasma maka regulasi ekspresi genetic pun terdapat di
beberapa tempat pada terjadi di inti sel dan juga di sitoplasma. Di eukariot terjadi modifikasi pada
pasca transkripsi dalam modifikasi pasca transkripsi golongannya splicing, penambahan poli A
dan penambahan camp yang juga merupakan target dalam regulasi ekspresi genetik.

Transkripsi DNA yang terkontrol, regulasi ekspresi genetic di eukaiotik lebih kompleks.
Apabila di prokariot selnya tunggal dan tidak memiliki membrane inti, akan tetapi pada sel
prokariot memiliki kemampuan mengubah ekspresi genetic berdasarkan kondisi lingkungan,
contohnya seperti apabila ada laktosa maka sel akan mengubah ekspesi genetic, atau pun bila ada
triktofan maka sel pun akan mengubah ekspesi genetiknya yang artinya pada kondisi seperti tadi
kondisi lingkungan dapat dinyatakan sebagai sinyal untuk mengubah ekspresi genetiknya. Pada
eukariot lingkungan juga bisa sebagai sinyal mengubah ekspresi genetic tetapi mekanismenya
lebih kompleks. Dikatakan lebih kompleks karena sinyal di lingkungan awalnya harus sampai ke
membrane sel dahulu. Selanjutnya sinyal tersebut harus melalui sitoplasma dan diteruskan hingga
melewati membrane inti berulah sinyal tersebut mampu mencapai DNA untuk meregulasi ekspresi
DNA tersebut. Regulasi di prokariot pada eukariot proses regulasi juga melibatkan protein, salah
satu protein yang terlibat dikenal sebagai faktor transkripsi.

Alternative splicing pada RNA. Splicing merupakan pembuangan intron dan

penggabungan ekson (konsep dasarnya) . Akan tetapi adakalanya ketika intron di buang ekson nya
juga dibuang, tetapi ada juga seluruh ekson di pertahankan, dan ada juga sebagaian ekson di buang.
Alternative splicing menyebabkan suatu gen menghasilkan lebih dari 1 macam protein. Alternative
splicing dapat di temukan pada sel otot yaitu yang terjadi pada gen troponin T.
 Pada troponin T memiliki 1 gen akan tetapi eksonnya ada 18, akan tetapi walaupun 1 gen
tetap dapat menghasilkan 64 macam troponin T, karena adanya alternative splicing.

Kontrol sitoplasmik stabilitas mRNA. Terdapat mRNA yang di translasikan lebih dari 1
kali siklus, yang artinya 1 mRNA dapat berkali-kali melakukan translasi. Umur dari mRNA
menentukan banyaknya protein yang dihasilkan, akan tetap ada protein yang apabila menghasilkan
terlalu banyak akan menjadi racun bagi sel tersebut. Sehingga apabila menginginkan protein yang
sedikit maka umur mRNA harus pendek. Salah satu cara agar mRNA stabil dari nuclease dengan
penambahan poli A. Umur mRNA juga diatur oleh keberadaan mRNAi adapun mRNAi ada 2 yaitu
miRNA, dan siRNA.

B. Induksi aktivitas transkripsi oleh faktor lingkungan dan biologi

 Temperature: gen-gen kejutan panas.
Kondisi lingkungan yang mampu bertindak sebagai sinyal dalam regulasi ekspesi gen di
eukariot adalah panas, pada umumnya sel yang kepanasan itu akan rusak tetapi tidak pada
drosophila. Contohnya pada drosophila mampu menghasilkan protein HSP ketika suhu
lingkungan mencapai 33˚C. Adapun fungsi HSP adalah menjaga sel dari kerusakan ketika
panas terjadi.
 HSP dihasilkan ketika faktor transkripsi (HSTF) menempel di HSE pada DNA. HSTF dapat
aktif ketika mengalami fosforilasi dan fosforilasi terjadi ketika suhu udara mencapai 33˚C.
 Molekul sinyal: gen-gen yang merespon hormone.
Seperti diketahui hormon itu ada 2 macam yaitu steroid dan peptida. Steroid yang memiliki
ukuran kecil dan merupakan turunan dari lipid, sedangkan peptida itu besar dan merupakan
turunan dari protein. Seperti yang diketahui di sistem endokrin terdapat sel kelanjar dan sel
target, sel kelanjar menghasilkan hormone dan sel target diregulasi oleh hormone tersebut,
contohnya sel b bisa menghasilkan protein b ketika ketempelan hormone x. sel target bisa
menghasilkan produk a ketika ketempelan hormone, karena hormone sebagai sinyal.
 Hormon steroid kecil yang merupakan turunana lipid dan membrane merupakan susunannya
fosfilipid dan ukurannya kecil akibatnya hormone steroid bisa masuk. Berbeda sama protein,
hormonnya tidak masuk ke sitoplasma karena ukurannya besar sehingga hanya sampai
membrane dan diterima oleh reserptor di membran sehingga, pada steroid hormon sampai
disitoplasma sedangkan peptide reseptor di membrane karena hormone tidak bisa masuk
kesitoplasma.

Regulasi ekspresi gen oleh hormone peptide. Hormon (sinyal ekstraseluler) berinteraksi
dengan reseptor pada membran di sel target. Aktivitas kompleks hormon/ reseptor yang dihasilkan
mengaktifkan protein sitoplasma yang memicu perubahan intraseluler. Perubahan ini merupakan
transmisi sinyal kedalam nukleus, dimana faktor transkripsi memicu ekspresi gen tertentu. Hormon
penginduksi ekspresi gen dimediasi oleh sekuen tertentu pada DNA. Sekuen ini, disebut elemen
respon hormone (HREs), yang sejalan dengan respon elemen panas yang dibahas sebelumnya.
Mereka terletak dekat dengan gen mereka yang mengatur dan melayani untuk mengikat protein
tertentu, ketika bertidak sebagai faktor transkipsi. Dengan hormon steroid seperti esterogen, HERs
akan diikat oleh kompleks hormon/ reseptor ketika stimulasi transkpisi. Kekuatan respon
transkripsi tergantung pada angka HREs yang tersaji. Ketika ada elemen respon ganda, kompleks
hormon/ reseptor akan mengikat secara kooperatif satu sama lain, secara signifikan akan
meningkatkan tingkat transkripsi, bahwa gen dengan dua elemen respon yang ditranskripsi lebih
dari dua kali dianggap sebagai kekuatan gen hanya satu. Dengan hormon peptide, reseptor
biasanya tersisa didalam membrans sel, bahkan setelah membentuk kompleks dengan hormone.
Sinyal hormon yang disampaikan untuk nukleus dengan protein lain, beberapa diantaranya
mengikat urutan yang dekat dengan gen yang diatur oleh hormon. Protein kemudian bertindak
sebagai faktor transkripsi untuk mengontrol ekspresi gen.

C. Kontol molecular transkripsi pada eukariot

Banyak penelitian tentang ekspresi gen eukariotik yang fokus pada faktor yang mengontrol
transkripsi. Hal ini dititikberatkan pada kontrol transkripsi yang merupakan bagian dari
perkembangan teknik eksperimental yang sudah memperbolehkan aspek regulasi gen untuk
dianalisis secara rinci. Akan tetapi, hal itu juga menarik ide yang dimunculkan dari penelitian gen
prokariotik. Pada prokariot dan eukariot adalah suatu kejadian primer dalam ekspresi gen. Oleh
karena itu, bagian besar tingkat dasar yang mana ekspresi gen dapat dikendalikan.

 Sekuen DNA yang terlibat dalam pengontrolan transkripsi

Pada transkripsi terdapat adanya promotor yang merupakan sekuen DNA yang mana tempat
menempelnya faktor transkripsi akan tetapi selain promotor ada sekuen lain yang terlibat pada
regulasi, yaitu sekuen enhancer. Enhancer ialah sekuen DNA yang mampu meningkatkan laju
transkripsi gen targetnya, enhancer akan ketempelan protein tertentu dan kompleks enhancer
protein tersebut akan mempermuda polymerase menempel di promotor, karena polymerase mudah
menempel maka transkripsi lajunya meningkat. Ada 3 karakteristik enhancer: jaraknya jauh dari
gen target, independen of location (tempatnya bebas), independen of orientation (orientasinya
bebas). Enhancer dikatakan spesifik jaringan yang artinya hanya bekerja pada jaringan tertentu
saja. Contohnya pada drosophila.
 Protein yang terlibat dalam pengontrolan transkripsi: faktor transkripsi
Faktor transkripsi adalah protein, rantai polypeptide. Secara garis besar faktor transkripsi
memiliki 4 motif:
1. Zinc-Finger motif : ciri dari motif ini memiliki 2 sistein (asam amino) dan 2 histidin yang
berikatan menjadi satu dengan melibatkan ion zinc
2. Helix-trun-helix motif: ciri dari motif ini setiap 2 helik terpisahkan oleh 1 trun (belokan)
3. Leucine zipper motif: setiap asam amino ke 7 adalah leusin
4. Helix-loop-helix motif: setiap 2 helik terpisah oleh 1 loop dan bisa membentuk dimir

D. Regulasi pasca tanskripsi ekspresi genetic yang melibatkan RNA interference

Beberapa molekul RNA kecil yang menginduksi RNAi berasal dari transkrip
gen microRNA. Gen-gen ini, biasanya dilambangkan dengan simbol mir. Gen-gen tersebut
ditemukan di genom berbagai jenis eukariota; sekitar 100 gen mir yang hadir dalam
C. elegans dan genom Drosophila, dan sekitar 250 yang hadir dalam geom vertebrata. Awalnya,
beberapa gen ini diidentifikasi melalui analisis mutasi yang mengubah regulasi gen yang lain.
Ketika gen mir didefinisikan oleh mutasi lalu dianalisis pada tingkat molekuler, mereka ditemukan
memiliki potensi proteincoding yang sedikit atau tidak ada. Namun sebaliknya, mereka memiliki
struktur aneh. Pada masing-masing gen terdapat bentangan pendek nukleotida berulang dalam
orientasi yang berlawanan pada sekitar segmen singkat intervensi dari DNA. Ketika ditranskrip,
struktur tersebut menghasilkan RNA yang dapat melipat kembali pada dirinya sendiri untuk
membentuk batang untai ganda pendek di dasar loop beruntai tunggal seperti pada gambar berikut:

Gambar tersebut menjelaskan mengenai regulasi ekspresi gen oleh interferensi RNA. (A)
struktur Stem loop dari transkrip dari C. elegans microRNA gen lin-4. (B) Base-pairing antara
microRNA berasal dari lin-4 transkrip dan urutan dalam 3 yang diterjemahkan dari wilayah lin-14
yang berasal dari RNA. Beberapa RNA yang menginduksi RNAi yang berasal dari transkripsi
unsur-unsur lain dalam genom seperti transposon dan transgen, dan mereka juga berasal dari virus
RNA. Para peneliti telah menemukan bahwa RNAi dapat juga disebabkan oleh untai ganda
RNA yang telah dipersiapkan in vitro oleh transkripsi dari gen kloning atau gen
segmen. DNA ditranskripsi di kedua arah dan ditempatkan antara promotor dalam orientasi yang
berlawanan dalam vektor kloning yang cocok, atau dengan memasukkan salinan terbalik dari DNA
hilir dari promotor tunggal.
E. Ekspresi genetic dan organisasi kromatin

Kromosom eukariotik terdiri dari bagian yang sama dengan DNA dan protein. Secara kolektif,
kita menyebut bahan ini sebagai kromatin. Karakteristik kimia kromatin bervariasi sepanjang
kromosom. Di beberapa daerah, misalnya, histon, yang merupakan sebagian besar protein dalam
kromatin adalah asetil, dan di daerah lain, beberapa nukleotida dalam DNA adalah metil.
Modifikasi kimia ini dapat mempengaruhi aktivitas transkripsi gen. Aspek lain dari organisasi
kromatin misalnya, kehadiran protein “packaging” berperan dalam regulasi gen. Pada bagian ini,
kita memikirkan bagaimana komposisi dan organisasi kromatin mempengaruhi ekspresi gen
 Euchromatin dan Heterochromatin
Variasi kepadatan kromatin dalam inti sel mengarah ke diferensial pewarnaan bagian dari
kromosom. Bahan pewarnaan yang mendalam disebut heterochromatin, dan pewarnaan ringan
disebut eukromatin. Kombinasi analisis genetik dan molekuler telah menunjukkan bahwa sebagian
besar gen eukariotik terletak di eukromatin. Apalagi ketika gen eukromatin secara artifisial
dialihkan ke lingkungan heterokromatik, mereka cenderung berfungsi normal, dan, dalam
beberapa kasus, tidak berfungsi sama sekali. Terganggunya kemampuan ini dalam fungsinya dapat
membuat campuran karakteristik normal dan mutan pada individu yang sama, kondisi ini disebut
sebagai posisi-efek varigasi. Istilah ini digunakan karena variabilitas fenotip disebabkan oleh
perubahan posisi gen eukromatin, khususnya dengan memidahkannya ke heterochromatin. Banyak
contoh posisi-efek varigasi telah ditemukan di Drosophila, biasanya berkaitan dengan inversi atau
translokasi yang memindahkan gen eukromatin ke heterokromatin tersebut. Alel berbintik-bintik
putih adalah contoh yang baik. Dalam kasus ini, sebuah alel wild type dari gen putih telah
dipindahkan oleh inversi, dengan satu dekat lokus putih eukromatin dan yang lainnya di bagian
basal heterochromatin dari kromosom X. Penataan ulang ini mengganggu ekspresi normal dari gen
putih dan menyebabkan fenotipe berbintik-mata ( Gambar 19.10). Rupanya, gen putih eukromatin
tidak dapat berfungsi dengan baik dalam lingkungan heterochromatic. Ini dan contoh lainnya telah
menyebabkan pandangan bahwa heterochromatin merepresi fungsi gen, mungkin karena
terkondensasi menjadi bentuk yang tidak dapat diakses oleh mesin transkripsi. Perilaku gen putih
lalat dengan menyusun ulang kromosom X menunjukkan bahwa ekspresi gen dapat dipengaruhi
oleh kondisi yang tidak mengubah urutan nukleotida gen. Selain itu, karena gen putih dinyatakan
dalam beberapa daerah mata, tetapi tidak pada yang lain, kita tahu bahwa setelah kondisi ini
dibentuk, mereka mewarisi pembagian clonally sel mata. Karena kondisi ini didukung pada
struktur dasar dari gen putih, kita dapat menyebutnya epigenetik. Pada bahasa yunani "epi" berarti
"di atas," dan dari sini digunakan untuk menyampaikan gagasan bahwa sebagian besar diwariskan
dalam bentuk selain urutan sebenarnya gen regulasi dari ekspresi gen. Dalam hal ini, keadaan
epigenetik diwariskan dengan melibatkan beberapa aspek organisasi kromatin dekat dengan
reposisi gen putih. Pada bagian berikutnya, kita akan menemukan contoh lain dari regulasi
epigenetik ekspresi gen.
 Organisasi Molekul dari Transkripsi DNA Aktif
Apakah yang dimaksud dengan organisasi molekular Transkripsi DNA aktif? Apakah DNA
ini lebih "terbuka" dari DNA nontranskribel? Pertanyaan-pertanyaan ini telah dijawab dengan
mengukur sensitivitas dari DNA di kromatin untuk aksi deoksiribonuklease pankreas I (DNase
I), suatu enzim yang memecah molekul DNA dan mengubahnya ke nukleotida penyusunnya.
Pada tahun 1976, Mark Groudine dan Harold Weintraub menunjukkan bahwa DNA
transkripsional aktif lebih sensitif terhadap DNase I dari pada DNA nontranskribsi. Groudine dan
Weintraub mengekstrak kromatin dari sel darah merah ayam dan dicerna sebagian dengan DNase
I. Kemudian mereka menyelidiki residu kromatin untuk mengetahui urutan dua gen, β-globin,
yang aktif ditranskripsikan dalam sel darah merah, dan yang tidak adalah ovalbumin. Mereka
menemukan bahwa lebih dari 50 persen dari DNA β-globin telah dirombak oleh enzim DNase I,
dibandingkan dengan hanya 10 persen dari DNA ovalbumin. Hasil ini sangat tersirat bahwa gen
aktif ditranskripsikan lebih "terbuka" untuk serangan nuklease. Penelitian selanjutnya
menunjukkan bahwa sensitivitas nuklease gen transkripsional aktif tergantung pada setidaknya
dua protein nonhistone kecil, HMG14 dan HMG17 (HMG untuk kelompok mobilitas tinggi,
karena mereka memiliki mobilitas tinggi selama elektroforesis gel). Ketika protein ini
dikeluarkan dari kromatin aktif, sensitivitas nuclease hilang, ketika mereka ditambahkan lagi,
kembali seperti semula. Perlakuan pada isolasi kromatin dengan konsentrasi DNase I yang sangat
rendah menyebabkan DNA akan dibelah di beberapa situs tertentu, yang disebut situs
hipersensitif DNase I. Beberapa situs telah terbukti mengecoh awal gen transkriptional aktif, baik
promotor atau wilayah enhancer. Fungsi yang signifikan dari situs-situs hipersensitif masih belum
jelas, namun beberapa bukti menunjukka bahwa mereka dapat menandai daerah di mana DNA
rusak terdekat , mungkin karena transkripsi telah dimulai. Dalam kasus gen manusia untuk β-
globin, beberapa situs hipersensitif Dnase I terletak di sepanjang 15-kb daerah kontrol lokus
(LCR) awal dari gen itu sendiri (Gambar 19,11). Gen β-globin manusia berada di cluster yang
mencakup 28 kilobases pada kromosom 11. Setiap gen dalam cluster adalah duplikat dari β-globin
gen leluhur. Seiring waktu evolusi, gen individu dalam cluster telah menyimpang satu sama lain
dengan mutasi acak sehingga hari ini, masing-masing dari mereka mengkode polipeptida yang
sedikit berbeda. Dalam salah satu gen, mutasi nonsense telah menghapuskan kemampuan untuk
membuat polipeptida. Gen noncoding seperti ini disebut pseudogen, dan mereka biasanya
dilambangkan dengan huruf psi Yunani demikian, (psi) β gen dalam cluster ini.
Gen β-globin manusia diatur secara spasial dan temporal. Bahkan, fitur yang luar biasa dari
cluster gen ini adalah bahwa anggotanya disajikan pada waktu yang berbeda selama
pengembangan. Gen ε dinyatakan dalam embrio, dua γ gen diekspresikan pada janin, δ dan β gen
muncul pada bayi dan orang dewasa. Aktivasi ini berurutan dari gen dari satu sisi ke sisi lain
dalam cluster tampaknya terkait dengan kebutuhan untuk menghasilkan jenis yang sedikit
berbeda dari hemoglobin selama perkembangan manusia. Embrio, janin, dan bayi memiliki
kebutuhan oksigen yang berbeda, sistem peredaran darah yang berbeda, dan lingkungan fisik
yang berbeda. Switching temporal ekspresi gen β-globin tampaknya merupakan adaptasi untuk
berbagai perubahan kondisi.

LCR dari cluster gen β-globin berisi situs yang terikat faktor transkripsi yang preactivate dari
gen individu untuk transkripsi. Preactivation terdeteksi oleh peningkatan sensitivitas DNA dalam
LCR untuk perombakan dengan konsentrasi DNase I yang rendah. Transkripsi gen β-globin
tampaknya memerlukan preactivation ini dan dirangsang oleh faktor transkripsi yang mengikat
enhancer spesifik di kompleks gen β-globin. Namun, jaringan dan spesifisitas temporal ekpresi
gen β-globin tergantung pada urutan tertanamnya di LCR tersebut. Studi dengan tikus transgenik
menunjukkan bahwa LCR bukan hanya koleksi besar enhancer yang melakukan kontrol atas
berbagai gen β-globin. LCR harus terletak awal dari gen β-globin dan dalam orientasi alami untuk
mengendalikan ekspresi gen. Artinya, berfungsi secara orientasi-bergantung caranya. Enhancer
biasanya berfungsi secara orientasi-independen dan dalam posisi yang berbeda relatif terhadap
promotor gen ini. LCR memiliki satu fitur lain yang membedakannya dari enhancer sederhana:
ia dapat mengontrol ekspresi gen β-globin ketika seluruh cluster gen (LCR ditambah gen β-
globin) dimasukkan dalam posisi kromosom yang berbeda. Enhancer, sebaliknya, sering gagal
berfungsi saat mereka dan gen yang terkait yang dialihkan ke lokasi kromosom yang berbeda.
Dengan demikian, LCR tampaknya mengisolasi gen β-globin dari pengaruh kromatin di sekitar
mereka.
 Renovasi Kromatin
Eksperimen yang menilai sensitivitas DNA untuk perombakan dengan DNase I telah
menetapkan bahwa ditranskripsi DNA lebih mudah diakses pada nukleosom? Jika ya, apa
perubahan struktural terjadi di nukleosom selama transkripsi? Apakah nukleosom "membuka" dan
"tertutup" sebagai RNA polimerase melewati sepanjang template DNA? Upaya untuk menjawab
pertanyaan-pertanyaan ini telah melibatkan kombinasi pendekatan genetik dan biokimia yang telah
menunjukkan bahwa DNA ditranskripsi dan dikemas ke dalam nukleosom. Namun, dalam
transkripsi DNA , nukleosom yang diubah oleh kompleks multiprotein yang pada akhirnya
memfasilitasi tindakan dari RNA polimerase. Perubahan nukleosom ini dalam persiapan untuk
transkripsi disebut kromatin remodeling.
Dua jenis umum kompleks kromatin-remodeling telah diidentifikasi. Salah satu jenis terdiri
dari enzim yang mentransfer gugus asetil dengan asam amino lisin pada posisi tertentu di histon
dari nukleosom. Enzim ini disebut histon asetil transferase (HATs). Sejumlah penelitian telah
menunjukkan bahwa asetilasi histon berkorelasi dengan peningkatan ekspresi gen, mungkin
karena penambahan kelompok asetil mengendurkan ikatan antara DNA dan octamers histone di
nukleosom. Enzim kinase yang mentransfer gugus fosfat ke molekul, mungkin juga memainkan
peran bersama dengan kompleks kromatin-remodeling tersebut. Hal ini diketahui, misalnya,
bahwa asetilasi lisin-14 di histone H4 sering didahului oleh fosforilasi serin-10 dalam molekul itu.
Bersama-sama, dua modifikasi ini histon H4 tampaknya "membuka" kromatin untuk
meningkatkan aktivitas transkripsi.
Tipe lain dari kompleks kromatin-remodeling mengganggu struktur nukleosom di sekitar
promotor gen. Yang paling intensif dipelajari dari kompleks ini adalah kompleks SWI / SNF
ditemukan di ragi roti. Kompleks ini adalah nama untuk dua jenis mutasi (switching-menghambat
dan sukrosa nonfermenter) yang menyebabkan penemuan protein penyusunnya. Kompleks yang
terkait telah ditemukan dalam sel-sel dari organisme lain, termasuk manusia. The SWI / SNF
kompleks terdiri dari setidaknya delapan protein. Ini mengatur transkripsi dengan menggeser
octamers histone sepanjang DNA terkait di nukleosom; itu juga dapat mentransfer octamers ini ke
lokasi lain pada molekul DNA. Nukleosom dikatalisis oleh kompleks SWI / SNF rupanya
memberikan akses transkripsi DNA. Faktor-faktor ini kemudian merangsang ekspresi gen ini.
Kami telah membahas kromatin renovasi dari sudut pandang aktivasi gen. Namun, kromatin
aktif juga bisa diremodeling menjadi kromatin tidak aktif. Remodeling terbalik ini tampaknya
melibatkan dua modifikasi biokimia ke histon di nukleosom: deasetilasi, dikatalisasi oleh
deacetylases histone (HDAC), dan metilasi, dikatalisasi oleh transferase histon metil (HMTs).
Sebagaimana dibahas dalam bagian berikutnya, beberapa nukleotida dalam DNA juga dapat
termetilasi oleh sekelompok enzim yang disebut DNA metil transferase (DNMTs). Kromatin yang
telah mengalami modifikasi ini cenderung transcriptional diam.
 Metilasi DNA

Modifikasi kimia pada nukleotida juga penting terhadap regulasi gen pada beberapa eukariot,
terutama mamalia. Dari sekitar 3 milyar pasangan basa pada genom mamalia, sekitar 40% adalah
pasangan G:C dan sekitar 2-7 % dari jumlah tersebut sudah dimodifikasi dengan adisi gugus metil
pada basa sitosin. Kebanyakan sitosin yang dimetilasi ditemukan pada pasangan basa doublet
dengan struktur:

dengan mC menyatakan methylcytosine dan p diantara C & G menyatakan ikatan fosfodiester di

antara nukleotida yang berdekatan pada masing-masing strand DNA. Struktur ini sering disingkat
dengan komposisi dari satu strand: mCpG. Dinukleotida mCpG dapat dideteksi dengan mencerna
DNA dengan enzim restriksi yang sensitif terhadap modifikasi kimia pada sisi pengenalnya.
Sebagai contoh, enzim Hpa II mengenali dan memecah sekuen CCGG, namun ketika sitokinin
kedua para sekuen ini termetilasi, Hpa II tida dapat memecah sekuens tersebut. Jadi DNA yang
termetilasi dan tidak memberikan pola yang berbeda dari fragmen restriksi ketika dicerna dengan
enzim ini. Dinukleotida CpG terjadi lebih sedikit dari yang diperkirakan pada genom mamalia,
kemungkinan karena mereka sudah termutasi menjadi dinukleotida TpG melalui proses evolusi.
Distribusi nukleptida CpG tidak merata, dengan banyak segmen DNA pendek memiliki lebih
banyak dinukleotida CpG dari pada region lain pada genom. Segmen kaya CpG tersebut, biasanya
sepanjang 1-2 kb, disebut dengan pulau CpG. Pada genom manusia, ada sekitar 30.000 pulau, dan
banyak yang terletak di dekat tempat transkripsi dimulai. Analisis molekular sudah
mendemonstrasikan bahwa sitokinin pada pulau tersebut jarang termetilasi dan keadaan
"undermethylated" kondusif terhadap transkripsi. Jadi DNA yang berada dalam wilayah pulau
CpG hipersensitif pada terhadap enzim DNase I , dan nukleosomenya biasanya sedikit berbeda
dengan nukleosom yang ada dalam region lain pada genom -biasanya kekurangan histon H, dan
beberapa pusat histon terasetilasi.

Ketika DNA termetilasi ditemukan, hal tersebut diasosiasikan dengan represi transkripsional.
Hal ini paling banyak terlihat pada mamalia betina di mana kromosom X inaktif termetilasi secara
ekstensif. Region region dr genom mamalia yang mengandung sekuen repetitif, termasuk juga
region yang kaya akan transposable element, juga ttermetilasi kemungkinan sebagai cara untuk
melindungi organisme dari efek delesi dari ekspresi transposon dan pergerakannya. Mekanisme
yang menyebabkan DNA termetilasi menjadi "silent" ketika ditranskripsi masih belum diketahui;
namun, ada sedikitnya 2 protein yabg merepresi transkripsi yang dapat berikatan dengan DNA
yang termetilasi dan salah satunya yaitu MeCP2 dapat menyebabkan perubahan pada struktur
kromatin. Sangatlah mungkin bahwa dinukleotida mCpG berikatan dengan protein spesifik dan
membentuk kompleks yang mencegah transkripsi dari gen tetangga.

Keadaan termetilasi di transmit melalui pembelahan se. Ketika sebuah sekuens DNA
ternetilasi, kedua strand dari sekuens tersebut memperoleh gubus metil. Setelah DNA termetilasi,
masing-masing dupleks anakan akan memiliki 1 sekuen DNA parental yang termetilasi dan satu
sekuen yang tidak. DNA methyltransferase, enzim yang melekatkan gugus metil pada DNA dapat
mengenali keadaan asimetris tersebut dan menambahkan gugus metil pada sekuen yang tidak
memiliki gugus metil. Jadi keadaan termetilasi dapat terbentuk pada dupleks anakan. Dengan cara
tersebut, pola metilasi dapat ditransmit melalui replikasi DNA pada saat pembelahan sel. Metilasi
DNA adalah modifikasi epigenetik dari kromatin. Asetilasi histon juga dapat dimasukkan pada
modifikasi epigenetik walaupun masih belum jelas bagaimana pola asetilasi diturunkan melalui
pembelahan sel.

 Imprinting
Metilasi dna pada mamalia juga menangani masalah yg tidak biasa seperti pada ekspresi gen
yang di kontrol oleh parental yang original. Contoh nya pada mencit, gen Igf2 yang mengkode
faktor penumbuh seperti insulin di ekspresikan ketika diwariskan dari ayah tapi bukan dari ibu.
Sebaliknya, gen H19 di ekspresikan ketika dari ibu bukan dari ayah. Ketika ekspresi gen
tergantung pada kondisi parental origin, ahli genetik mengatakan bahwa gen tersebut mengalami
“Imprinted” yang artinya suatu kondisi yang dimaksudkan untuk menyatakan bahwa gen tersebut
telah ditandai dengan suatu cara sehingga gen tersebut dapat mengetahui asalnya dari parental
yang mana.
Analisis molekular terbaru menunjukkan bahwa suatu tanda yang mengkondisikan ekspresi
gen adalah metilasi satu atau lebih dinukleotida CpG pada sekitaran gen tersebut. Dinukleotida
yang bermetilasi terbentuk pada sel germinal parentalnya. Sehingga pada contoh gambar 19.13
gen Igf2 mengalami metilasi pada sel germinal betina tidak pada jantan. Ketika fertilisasi, hasil
metilasi gen Igf2 yang berkontribusi secara maternal bergabung dengan gen Igf2 yang tidak
metilasi dari pihak paternal. Selama embriogenesis, bagian yang metilasi dan tidak metilasi akan
melindungi dirinya selama gen bereplikasi. Karena gen yang mengalami metilasi itu diam, hanya
gen Igf2 yang berkontribusi secara paternal yang dapat di ekspresikan oleh hewan yang
berkembang. Kejadian sebalikanya terjadi pada gen H19 dimana metilasi terjadi pada sel germinal
jantan bukan pada betina. Lebih dari 20 gen “imrinted” berbeda yang sudah teridentifikasi pada
mencit dan manusia. Dimana imprin termetilasi dibentuk di sel germinal parental. Namun gen
termetilasi yang diwariskan dari satu kelamin bisa menjadi tidak termetilasi ketika gen tersebut
melintasi keturunan dari kelamin yang berbeda. Sehingga imprint termetilasi akan direset di tiap
generasi, tergantung pada kelamin hewan tersebut. Fakta bahwa beberapa gen termetilasi di satu
kelamin tetapi tidak di yang lainnya menyatakan bahwa faktor kelamin-spesifik mengontrol proses
metilasi.
F. Aktivasi dan inaktivasi keseluruhan kromosom

Organisme dengan sistem penentuan jenis kelamin XX/XY atau XX/XO menghadapi masalah
dalam menyamakan aktivitas gen terpaut-X pada kedua jenis kelamin. Pada mamalia, masalah ini
diselesaikan dengan menonaktifkan salah satu dari dua kromosom X pada betina secara acak; oleh
karena itu setiap individu betina memiliki gen terpaut-X yang aktif secara transkripsional dengan
jumlah yang sama dengan jantan. Pada Drosophila, tak satu pun dari dua kromosom X pada betina
yang tidak aktif; sebaliknya, gen pada kromosom X tunggal dalam individu jantan ditranskripsi
lebih keras untuk memberika hasil yang sama seperti gen-gen pada dua kromosom X dalam
individu betina. Masih solusi lain untuk masalah jumlah yang tidak sama dari gen terpaut-X yang
telah ditemukan pada nematoda Caenorhabditis elegans. Pada organisme ini, individu XX adalah
hermafrodit (mereka berfungsi sebagai jantan dan betina), dan individu XO adalah jantan.
Aktivitas transkripsi terpaut-X disamakan kedudukannya dalam dua genotipe ini dengan represi
parsial gen-gen pada kedua kromosom X dalam individu hermafrodit. Oleh karena itu, mamalia,
lalat, dan cacing telah memecahkan masalah dosis gen terpaut-X dengan cara yang berbeda
(Gambar 19.14). Pada mamalia, salah satu kromosom X pada betina tidak aktif; pada Drosophila,
kromosom X tunggal pada jantan diaktifkan secara berlebih (hyperactivated); dan di C. elegans,
kedua kromosom X pada hermafrodit yang sedikit diaktifkan (hypoactivated).

Ketiga mekanisme yang berbeda dari kompensasi dosis yaitu inaktivasi, hiperaktivasi, dan
hipoaktivasi-memiliki fitur penting secara umum: banyak gen yang berbeda diatur secara
terkoordinasi karena berada pada kromosom yang sama. Pengaturan kromosom secara keseluruhan
ini ditumpangkan pada semua mekanisme pengaturan lain yang terlibat dalam ekspresi spasial dan
temporal gen-gen ini. Apa yang mungkin bertanggung jawab atas sistem regulasi global seperti
ini? Selama beberapa dekade, ahli genetika telah mencoba untuk menjelaskan dasar molekuler
kompensasi dosis. Hipotesis dikemukakan yaitu bahwa beberapa faktor atau faktor mengikat
secara khusus pada kromosom X dan mengubah kegiatan transkripsinya. Penemuan terbaru telah
menunjukkan bahwa hipotesis ini benar.

 Inaktivasi kromosom x pada mamalia

Pada mamalia, inaktivasi kromosom X dimulai pada situs tertentu yang disebut pusat inaktivasi
X (X Inactivation Center / XIC) dan kemudian menyebar pada arah yang berlawanan menuju ujung
kromosom. Anehnya, tidak semua gen pada kromosom X yang inaktif tidak mengalami transkripsi.
Salah satu yang tetap aktif disebut XIST (X inactive specific transcript); gen ini terletak di dalam
XIC (Gambar 19.15). Dalam tubuh manusia gen XIST yang mengkodekan transkrip 17-kb tanpa
ada frame baca terbuka yang signifikan. Oleh karena itu tampaknya tidak mungkin bahwa gen
XIST mengkode protein. Sebaliknya, RNA sendiri mungkin adalah produk fungsional dari gen
XIST. Melalui polyadenylasi, RNA ini dibatasi pada inti dan secara spesifik terlokalisasi untuk
meng-inaktivasikan kromosom X; serta tidak muncul terpaut dengan kromosom X aktif baik pada
jantan atau betina.

Pada mencit, analisis berdasarkan percobaan yang cukup rinci telah dilakukan, para peneliti
telah menemukan bahwa gen homolog XIST manusia telah ditranskripsikan selama tahap awal
saat perkembangan embrio pada tingkat rendah dari sepasang kromosom X yang ada pada wanita.
Transkripsi dari setiap gen xist mencit betina masih tidak stabil dan tetap berhubungan erat pada
gen masing-masing. Sebagai hasil dari pengembangan, transkrip dari salah satu gen akan
menstabilkan dan pada akhirnya akan menyelubungi seluruh kromosom x pada lokasi gen tersebut,
transkripsi dari gen Xist lainnya akan hancur, dan terjadinya transkripsi lebih lanjut adalah dari
gen yang ditekan oleh keberadaan methylai nukleotida di gen promoter tersebut. Demikian pada
mencit betina, satu kromosom X - salah satunya adalah gen Xist akan melanjutkan proses
transkripsi – kromosom tersebut menjadi dilapisi dengan RNA xist dan pada bagian lainnya tidak.
Kromosom yang akan dilapisi dengan gen xist tersebut dipilih secara acak. Meskipun mekanisme
pelapisan tersebut masih belum terlalu dipahami, dampak dari mekanisme pelapisan tersebut
nampaknya telah jelas: sebagian besar gen pada kromosom yang telah dilapisi kemudian ditekan,
sehingga pada kromosom tersebut menjadi kromosom X yang tidak aktif. Sistem compensation
dosis pada mamalia oleh karena itu kromosom X yang tetap aktif akan merepresi gen Xistnya.
Kromosom X yang tidak aktif dapat segera diidentifikasi pada sel mamalia. Selama interfasi
sel tersebut mengalami kodensasi sehingga menjadi lebih gelap perwarnannya dan terkait dengan
massanya pada membrane inti. Pada berat jenis tersebut barr body akan dikondensasi selama fase
S untuk mengizinkan kromosom X yang belum aktif melakukan replikasi. Namun, karena
dekondensasi memakan beberapa waktu, kromosom X yang belum aktif akan melakukan replikasi
secara berulang pada kromosom yang tersisa. Kromosom X yang belum aktif harus memeiliki
struktur kromatin yang berbeda daripada kromosom lainnya. Perbedaan tersebut sebagian
ditentukan oleh protein histon yang terkait dengan DNA. Satu dari empat protein histon, H4, dapat
secara kimiawi termpdifikasi dikarenakan bertambahnya kelompok asetil ke salah satu dari
beberapa lisin pada raintai polipeptida. Asetat H4 dikaitkan dengan seluruh kromosom pada gen
manusia. Namun, kromosom X yang belum aktif tampaknya akan dibatasi untuk tiga bands yang
cukup sempit, setiap koresponden berada pada daerah yang berisi gen yang aktif. Asetat H4 juga
habis pada daerah heterokromatin pada kromosom lainnya. Temuan ini menunjukka bahwa
menipisnya asetat H4 adalah penyebab dari tidak aktifnya kromosom X.
 Hyperaktivasi kromosom X pada Drosophila
Pada Drosophila, penggantian dosis membutuhkan protein yang diproduksi oleh setidaknya
lima gen yang berbeda. Tidak adanya mutasi pada gen ini menghasilkan letalitas
(kematian/lethality) yang spesifik pada jantan karena kromosom X tunggal pada jantan tidak
dihiperaktivasi (tidak diaktivasi secara berlebihan). Jantan mutan biasanya mati ketika fase akhir
larva atau fase pupa awal. Oleh karena itu, gen pengurang dosis ini disebut lokus male-spesific
lethal/msl (lethal spesifik jantan), dan produknya disebut protein MSL. Antibodi yang disiapkan
untuk melawan protein tersebut telah digunakan sebagai pengawas untuk melokalisir protein
dalam sel. Sebuah temuan menyatakan bahwa tiap protein MSL berikatan secara spesifik pada
kromosom X jantan (Fig. 19.16). protein ini tidak berikatan pada kromosom lain pada genom
jantan, dan tidak berikatan dengan kromosom apapun, termasuk kromosom X pada genom betina.
Berikatannya protein MSL pada kromosom X jantan difasilitasi oleh 2 tipe molekul RNA yang
disebut roX1 dan roX2 (untuk RNA pada kromosom X) yang ditranskripsi dari gen-gen pada
kromosom X. Model terikini menyatakan bahwa protein MSL membentuk suatu komplek yang
tergabung dengan roX RNA. Komplek ini kemudian berikatan pada 30-40 titik sepanjang
kromosom X jantan, termasuk lokus yang mengandung 2 gen roX. Dari tiap titk ikatan, komplek
MSL/roX menyebar secara bidireksional (2 arah) hingga mencapai semua gen pada kromosom X
jantan yang perlu dihiperaktivasi. Proses hiperaktivasi bisa jadi mencakup remodeling kromatin
oleh komplek MSL/roX. Salah satu protein MSL adalah protein histon asetiltransferase, dan versi
histon H4 yang diasetilasi sangat berhubungan dengan kromosom X yang dihiperaktivasi.
 Hipoaktivasi Kromosom X pada Caenorhabdits
Pada C. elegans, perubahan dosis melibatkan represi parsial dari gen X-yang saling terhubung
pada sel somatic hermafrodit. Mekanismenya belum dimengerti secara keseluruhan, namun
produk dari beberapa gen terlibat. Seperti protein MSL pada Drosophila, proteon yang dikode oleh
gen tersebut berikatan secara spesifik pada kromosom X. bagaimanapun, tidak seperti situasi pada
Drosophila, protein tersebut hanya berikatan ketika 2 kromosom X ada. Protein tersebut rupanya
tidak mau berikatan pada kromosom X tunggal pada jantan, maupun pada autosom pada jantan
ataupun hermafrodit. Oleh karena itu, pengaturan dosis pada C. elegans sepertinya melibatkan
mekanisme yang berlawanan denagn mekanisme pada Drosophila. Komplek protein berikatan
pada kromosom X dan merepresi transkripsi, bukan meningkatkannya.

DAFTAR RUJUKAN

Snustad and Simmons. 2012. Principles of Genetics, Sixth Edition. United States: John Wiley and
Sons, Inc.
Pertanyaan
1. Mengapa pada setiap jaringan bentuk dan hasil yang berbeda?
2. Bagaimana hormone mengatur ekspresi gen?
Jawab :
1. Hal ini dikarenakan setiap sel walaupun memiliki susunan gen yang sama namun dengan
adanya perbedaan penempatan sel pada jaringan yang berbeda akan mengakibatkan gen ada
yang digunakan ddan tidak karena tidak mengalami mengekpresian selain itu juga terdapat hal
– hal internal yang mengurangi gen dapat terepresikan
2. Hormon mengatur ekpresigen dengan cara mengaktifkan transkripsi contohnya pada hormone
steroid dan berperan sebagai elemen promoter pada hormone glucocortoid.