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Debido a que las enzimas son extremadamente selectivas con sus sustratos y su
velocidad crece solo con algunas reacciones, el conjunto (set) de enzimas presentes
en una c�lula determina el tipo de metabolismo que tiene esa c�lula. A su vez, esta
presencia depende de la regulaci�n de la expresi�n g�nica correspondiente a la
enzima.
Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas en las
reacciones que catalizan, ni alteran su equilibrio qu�mico. Sin embargo, las
enzimas difieren de otros catalizadores por ser m�s espec�ficas. La gran diversidad
de enzimas existentes catalizan alrededor de 4000 reacciones bioqu�micas
distintas.6? No todos los catalizadores bioqu�micos son prote�nas, pues algunas
mol�culas de ARN son capaces de catalizar reacciones (como la subunidad 16S de los
ribosomas en la que reside la actividad peptidil transferasa).7?8? Tambi�n cabe
nombrar unas mol�culas sint�ticas denominadas enzimas artificiales capaces de
catalizar reacciones qu�micas como las enzimas cl�sicas.9?
La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras mol�culas. Los inhibidores
enzim�ticos son mol�culas que disminuyen o impiden la actividad de las enzimas,
mientras que los activadores son mol�culas que incrementan dicha actividad.
Asimismo, gran cantidad de enzimas requieren de cofactores para su actividad.
Muchas drogas o f�rmacos son mol�culas inhibidoras. Igualmente, la actividad es
afectada por la temperatura, el pH, la concentraci�n de la propia enzima y del
sustrato, y otros factores f�sico-qu�micos.
�ndice
1 Etimolog�a e historia
2 Estructuras y mecanismos
2.1 Especificidad
2.1.1 Modelo de la �llave-cerradura�
2.1.2 Modelo del encaje inducido
2.2 Modo de acci�n
2.2.1 Estabilizaci�n del estado de transici�n
2.2.2 Funci�n
2.3 Modulaci�n alost�rica
3 Cofactores y coenzimas
3.1 Cofactores
3.2 Coenzimas
4 Termodin�mica
5 Cin�tica
6 Inhibici�n
7 Funci�n biol�gica
8 Control de la actividad
9 Implicaciones en enfermedades
10 Clasificaci�n y nomenclatura de enzimas
11 Aplicaciones industriales
12 V�ase tambi�n
13 Notas
14 Referencias
15 Lecturas complementarias
16 Enlaces externos
Etimolog�a e historia
Eduard Buchner.
Desde finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, se conoc�a la digesti�n
de la carne por las secreciones del est�mago10? y la conversi�n del almid�n en
az�car por los extractos de plantas y la saliva. Sin embargo, no hab�a sido
identificado el mecanismo subyacente.11? aunque la primera enzima fue descubierta
por Anselme Payen y Jean-Fran�ois Persoz en 1833.12?
En 1878 el fisi�logo Wilhelm K�hne (1837-1900) acu�� el t�rmino enzima, que viene
del griego e???�?? "en levadura", para describir este proceso. La palabra enzima
fue usada despu�s para referirse a sustancias inertes como la pepsina. Por otro
lado, la palabra "fermento" sol�a referirse a la actividad qu�mica producida por
organismos vivientes.
Tras haber mostrado que las enzimas pueden funcionar fuera de una c�lula viva, el
pr�ximo paso era determinar su naturaleza bioqu�mica. En muchos de los trabajos
iniciales se not� que la actividad enzim�tica estaba asociada con prote�nas, pero
algunos cient�ficos (como el premio Nobel Richard Willst�tter) argumentaban que las
prote�nas eran simplemente el transporte para las verdaderas enzimas y que las
prote�nas per se no eran capaces de realizar cat�lisis. Sin embargo, en 1926, James
B. Sumner demostr� que la enzima ureasa era una prote�na pura y la cristaliz�.
Summer hizo lo mismo con la enzima catalasa en 1937. La conclusi�n de que las
prote�nas puras pod�an ser enzimas fue definitivamente probada por John Howard
Northrop y Wendell Meredith Stanley, quienes trabajaron con diversas enzimas
digestivas como la pepsina (1930), la tripsina y la quimotripsina. Estos tres
cient�ficos recibieron el Premio Nobel de Qu�mica en 1946.16?
El descubrimiento de que las enzimas pod�an ser cristalizadas permit�a que sus
estructuras fuesen resueltas mediante t�cnicas de cristalograf�a y difracci�n de
rayos X. Esto se llev� a cabo en primer lugar con la lisozima, una enzima
encontrada en las l�grimas, la saliva y los huevos, capaces de digerir la pared de
algunas bacterias. La estructura fue resuelta por un grupo liderado por David
Chilton Phillips y publicada en 1965.17? Esta estructura de alta resoluci�n de las
lisozimas, marc� el comienzo en el campo de la biolog�a estructural y el esfuerzo
por entender c�mo las enzimas trabajan en el orden molecular.
Estructuras y mecanismos
Diagrama de cintas que representa la estructura de una anhidrasa carb�nica de tipo
II. La esfera gris representa al cofactor zinc situado en el centro activo.
Las enzimas son generalmente prote�nas globulares que pueden presentar tama�os muy
variables, desde 62 amino�cidos como en el caso del mon�mero de la 4-oxalocrotonato
tautomerasa,18? hasta los 2500 presentes en la sintasa de �cidos grasos.19?
Casi todas las enzimas son mucho m�s grandes que los sustratos sobre los que
act�an, y solo una peque�a parte de la enzima (alrededor de 3 a 4 amino�cidos) est�
directamente involucrada en la cat�lisis.22? La regi�n que contiene estos residuos
encargados de catalizar la reacci�n es denominada centro activo. Las enzimas
tambi�n pueden contener sitios con la capacidad de unir cofactores, necesarios a
veces en el proceso de cat�lisis, o de unir peque�as mol�culas, como los sustratos
o productos (directos o indirectos) de la reacci�n catalizada. Estas uniones de la
enzima con sus propios sustratos o productos pueden incrementar o disminuir la
actividad enzim�tica, dando lugar as� a una regulaci�n por retroalimentaci�n
positiva o negativa, seg�n el caso.
Al igual que las dem�s prote�nas, las enzimas se componen de una cadena lineal de
amino�cidos que se pliegan durante el proceso de traducci�n para dar lugar a una
estructura terciaria tridimensional de la enzima, susceptible de presentar
actividad. Cada secuencia de amino�cidos es �nica y por tanto da lugar a una
estructura �nica, con propiedades �nicas. En ocasiones, prote�nas individuales
pueden unirse a otras prote�nas para formar complejos, en lo que se denomina
estructura cuaternaria de las prote�nas.
La mayor�a de las enzimas, al igual que el resto de las prote�nas, pueden ser
desnaturalizadas si se ven sometidas a agentes desnaturalizantes como el calor, los
pHs extremos o ciertos compuestos como el SDS. Estos agentes destruyen la
estructura terciaria de las prote�nas de forma reversible o irreversible,
dependiendo de la enzima y de la condici�n. Una consecuencia de la
desnaturalizaci�n es la p�rdida o merma de la funci�n, de la capacidad enzim�tica.
Especificidad
Las enzimas suelen ser muy espec�ficas tanto del tipo de reacci�n que catalizan
como del sustrato involucrado en la reacci�n. La forma, la carga y las
caracter�sticas hidrof�licas/hidrof�bicas de las enzimas y los sustratos son los
responsables de dicha especificidad. La constante de especificidad, es una medida
de la eficiencia de una enzima, ya que la velocidad de la reacci�n se encuentra
directamente relacionada con la frecuencia con la que se encuentran las mol�culas
de enzima y sustrato. Las enzimas tambi�n pueden mostrar un elevado grado de
estereoespecificidad, regioselectividad y quimioselectividad.23?
Las enzimas son muy espec�ficas, como sugiri� Emil Fischer en 1894. Con base a sus
resultados dedujo que ambas mol�culas, la enzima y su sustrato, poseen
complementariedad geom�trica, es decir, sus estructuras encajan exactamente una en
la otra,30? por lo que este modelo ha sido denominado como modelo de la �llave-
cerradura�, refiri�ndose a la enzima como a una especie de cerradura y al sustrato
como a una llave que encaja de forma perfecta en dicha cerradura. Una llave s�lo
funciona en su cerradura y no en otras cerraduras. Sin embargo, si bien este modelo
explica la especificidad de las enzimas, falla al intentar explicar la
estabilizaci�n del estado de transici�n que logran adquirir las enzimas.
Modelo del encaje inducido
Diagrama que esquematiza el modo de acci�n del modelo del encaje inducido.
Las enzimas pueden actuar de diversas formas, como se ver� a continuaci�n, siempre
dando lugar a una disminuci�n del valor de ?G�:34?
Reducci�n de la energ�a de activaci�n mediante la creaci�n de un ambiente en el
cual el estado de transici�n es estabilizado (por ejemplo, forzando la forma de un
sustrato: la enzima produce un cambio de conformaci�n del sustrato unido el cual
pasa a un estado de transici�n, de modo que ve reducida la cantidad de energ�a que
precisa para completar la transici�n).
Reduciendo la energ�a del estado de transici�n, sin afectar la forma del
sustrato, mediante la creaci�n de un ambiente con una distribuci�n de carga �ptima
para que se genere dicho estado de transici�n.
Proporcionando una ruta alternativa. Por ejemplo, reaccionando temporalmente
con el sustrato para formar un complejo intermedio enzima/sustrato (ES), que no
ser�a factible en ausencia de enzima.
Reduciendo la variaci�n de entrop�a necesaria para alcanzar el estado de
transici�n (energ�a de activaci�n) de la reacci�n mediante la acci�n de orientar
correctamente los sustratos, favoreciendo as� que se produzca dicha reacci�n.
Incrementando la velocidad de la enzima mediante un aumento de temperatura. El
incremento de temperatura facilita la acci�n de la enzima y permite que se
incremente a�n m�s su velocidad de reacci�n. Sin embargo, si la temperatura se
eleva demasiado, la conformaci�n estructural de la enzima puede verse afectada,
reduciendo as� su velocidad de reacci�n, y solo recuperando su actividad �ptima
cuando la temperatura se reduce. No obstante, algunas enzimas son termol�biles y
trabajan mejor a bajas temperaturas.
Cabe destacar que este efecto entr�pico implica la desestabilizaci�n del estado
basal,35? y su contribuci�n a la cat�lisis es relativamente peque�a.36?
Estabilizaci�n del estado de transici�n
Los sitios alost�ricos son zonas de la enzima con capacidad de reconocer y unir
determinadas mol�culas en la c�lula. Las uniones a las que dan lugar son d�biles y
no covalentes, y generan un cambio en la conformaci�n estructural de la enzima que
repercute en el sitio activo, afectando as� a la velocidad de reacci�n.46? Las
interacciones alost�ricas pueden tanto inhibir como activar enzimas, y son una
forma muy com�n de controlar las enzimas en las c�lulas.47?
Cofactores y coenzimas
Estructura qu�mica del pirofosfato de tiamina (amarillo) y de la enzima
transcetolasa; el substrato, en negro, es la xilulosa 5-fosfato.
Cofactores
Algunas enzimas no precisan ning�n componente adicional para mostrar una total
actividad. Sin embargo, otras enzimas requieren la uni�n de mol�culas no proteicas
denominadas cofactores para poder ejercer su actividad.48? Los cofactores pueden
ser compuestos inorg�nicos, como los iones met�licos y los complejos
ferrosulfurosos, o compuestos org�nicos, como la flavina o el grupo hemo. Los
cofactores org�nicos pueden ser a su vez grupos prost�ticos, que se unen
fuertemente a la enzima, o coenzimas, que son liberados del sitio activo de la
enzima durante la reacci�n. Las coenzimas incluyen compuestos como el NADH, el
NADPH y el adenos�n trifosfato. Estas mol�culas transfieren grupos funcionales
entre enzimas.49?
Las enzimas que requieren un cofactor pero no lo tienen unido son denominadas
apoenzimas o apoprote�nas. Una apoenzima junto con cofactor(es) es denominada
holoenzima (que es la forma activa). La mayor�a de los cofactores no se unen
covalentemente a sus enzimas, pero s� lo hacen fuertemente. Sin embargo, los grupos
prost�ticos pueden estar covalentemente unidos, como en el caso de la tiamina
pirofosfato en la enzima piruvato deshidrogenasa. El t�rmino "holoenzima" tambi�n
puede ser aplicado a aquellas enzimas que contienen m�ltiples subunidades, como en
el caso de la ADN polimerasa, donde la holoenzima es el complejo con todas las
subunidades necesarias para llevar a cabo la actividad enzim�tica.
Coenzimas
Modelo tridimensional de esferas de la coenzima NADH.
Las coenzimas son peque�as mol�culas org�nicas que transportan grupos qu�micos de
una enzima a otra.51? Algunos de estos compuestos, como la riboflavina, la tiamina
y el �cido f�lico son vitaminas (las cuales no pueden ser sintetizados en cantidad
suficiente por el cuerpo humano y deben ser incorporados en la dieta). Los grupos
qu�micos intercambiados incluyen el ion hidruro (H-) transportado por NAD o NADP+,
el grupo fosfato transportado por el ATP, el grupo acetilo transportado por la
coenzima A, los grupos formil, metenil o metil transportados por el �cido f�lico y
el grupo metil transportado por la S-Adenosil metionina.
Debido a que las coenzimas sufren una modificaci�n qu�mica como consecuencia de la
actividad enzim�tica, es �til considerar a las coenzimas como una clase especial de
sustratos, o como segundos sustratos, que son comunes a muchas enzimas diferentes.
Por ejemplo, se conocen alrededor de 700 enzimas que utilizan la coenzima NADH.52?
Al igual que sucede con todos los catalizadores, las enzimas no alteran el
equilibrio qu�mico de la reacci�n. Generalmente, en presencia de una enzima, la
reacci�n avanza en la misma direcci�n en la que lo har�a en ausencia de enzima,
solo que m�s r�pido. Sin embargo, en ausencia de enzima, podr�a producirse una
reacci�n espont�nea que generase un producto diferente debido a que en esas
condiciones, dicho producto diferente se forma m�s r�pidamente.
Adem�s, las enzimas pueden acoplar dos o m�s reacciones, por lo que una reacci�n
termodin�micamente favorable puede ser utilizada para favorecer otra reacci�n
termodin�micamente desfavorable. Por ejemplo, la hidr�lisis de ATP suele ser
utilizada para favorecer otras reacciones qu�micas.54?
Las enzimas pueden catalizar hasta varios millones de reacciones por segundo. Por
ejemplo, la descarboxilaci�n no enzim�tica de la orotidina 5'-monofosfato tiene una
vida media de 78 millones de a�os. Sin embargo, cuando la enzima orotidina 5'-
fosfato descarboxilasa est� presente en el medio, ese mismo proceso tarda apenas 25
milisegundos.59? Las velocidades de las enzimas dependen de las condiciones de la
soluci�n y de la concentraci�n de sustrato. Aquellas condiciones que desnaturalizan
una prote�na, como temperaturas elevadas, pHs extremos o altas concentraciones de
sal, dificultan o impiden la actividad enzim�tica, mientras que elevadas
concentraciones de sustrato tienden a incrementar la actividad. Para encontrar la
m�xima velocidad de una reacci�n enzim�tica, la concentraci�n de sustrato se
incrementa hasta que se obtiene una tasa constante de formaci�n de producto (v�ase
la curva de saturaci�n representada en la figura de la derecha). La saturaci�n
ocurre porque, cuando la concentraci�n de sustrato aumenta, disminuye la
concentraci�n de enzima libre, que se convierte en la forma con sustrato unido
(ES). A la m�xima velocidad (Vmax) de la enzima, todos los sitios activos de dicha
enzima tienen sustrato unido, y la cantidad de complejos ES es igual a la cantidad
total de enzima. Sin embargo, Vmax es solo una de las constantes cin�ticas de la
enzima. La cantidad de sustrato necesario para obtener una determinada velocidad de
reacci�n tambi�n es importante. Este par�metro viene dado por la constante de
Michaelis-Menten (Km), que viene a ser la concentraci�n de sustrato necesaria para
que una enzima alcance la mitad de su velocidad m�xima. Cada enzima tiene un valor
de Km caracter�stico para un determinado sustrato, el cual puede decirnos c�mo de
af�n es la uni�n entre el sustrato y la enzima. Otra constante �til es kcat, que es
el n�mero de mol�culas de sustrato procesadas por cada sitio activo por segundo.
Algunas enzimas presentan una cin�tica m�s r�pida que la velocidad de difusi�n, lo
que en principio parecer�a ser imposible. Se han propuesto diversos mecanismos para
tratar de explicar este fen�meno. Uno de los modelos propone que algunas prote�nas
podr�an tener la capacidad de acelerar la cat�lisis secuestrando el sustrato y
orient�ndolo mediante campos el�ctricos dipolares. Otro modelo propone un mecanismo
de efecto t�nel cu�ntico, donde un prot�n o un electr�n pueden formar un t�nel a
trav�s de barreras de activaci�n, aunque existe cierta controversia en cuanto al
efecto t�nel que pueda generar un prot�n.65?66? El efecto t�nel mediado por
protones ha sido observado en triptamina.67? Esto sugiere que la cat�lisis
enzim�tica podr�a ser definida m�s exactamente como una "barrera", en lugar de como
hace el modelo tradicional, donde el sustrato requiere a la enzima para alcanzar
una barrera energ�tica m�s baja.
Inhibici�n
Art�culo principal: Inhibidor enzim�tico
Los inhibidores competitivos se unen reversiblemente al enzima, evitando la uni�n
del sustrato. Por otro lado, la uni�n del sustrato evita la uni�n del inhibidor.
As� pues, sustrato e inhibidor compiten por la enzima.
Tipos de inhibici�n seg�n la clasificaci�n introducida por W. W. Cleland.68?
Debido a que los inhibidores modulan la funci�n de las enzimas, suelen ser
utilizados como f�rmacos. Un t�pico ejemplo de un inhibidor que es utilizado como
f�rmaco es la aspirina, la cual inhibe las enzimas COX-1 y COX-2 implicadas en la
s�ntesis de un intermediario inflamatorio, las prostaglandinas, con lo que suprime
as� los efectos derivados, el dolor y la inflamaci�n. Sin embargo, otros
inhibidores enzim�ticos act�an como venenos. Por ejemplo, el cianuro es un
inhibidor irreversible que se une a los �tomos de hierro y cobre en el sitio activo
de la citocromo c oxidasa de c�lulas animales (las plantas son resistentes al
cianuro), bloqueando as� la respiraci�n celular.71?
Funci�n biol�gica
Las enzimas presentan una amplia variedad de funciones en los organismos vivos. Son
indispensables en la transducci�n de se�ales y en procesos de regulaci�n,
normalmente por medio de quinasas y fosfatasas.72? Tambi�n son capaces de producir
movimiento, como es el caso de la miosina al hidrolizar ATP para generar la
contracci�n muscular o el movimiento de ves�culas por medio del citoesqueleto.73?
Otro tipo de ATPasas en la membrana celular son las bombas de iones implicadas en
procesos de transporte activo. Adem�s, las enzimas tambi�n est�n implicadas en
funciones mucho m�s ex�ticas, como la producci�n de luz por la luciferasa en las
luci�rnagas.74? Los virus tambi�n pueden contener enzimas implicadas en la
infecci�n celular, como es el caso de la integrasa del virus HIV y de la
transcriptasa inversa, o en la liberaci�n viral, como la neuraminidasa del virus de
la gripe.
Varias enzimas pueden actuar conjuntamente en un orden espec�fico, creando as� una
ruta metab�lica. En una ruta metab�lica, una enzima toma como sustrato el producto
de otra enzima. Tras la reacci�n catal�tica, el producto se transfiere a la
siguiente enzima y as� sucesivamente. En ocasiones, existe m�s de una enzima capaz
de catalizar la misma reacci�n en paralelo, lo que permite establecer una
regulaci�n m�s sofisticada: por ejemplo, en el caso en que una enzima presenta una
actividad constitutiva pero con una baja constante de actividad y una segunda
enzima cuya actividad es inducible, pero presenta una mayor constante de actividad.
Las enzimas determinan los pasos que siguen estas rutas metab�licas. Sin las
enzimas, el metabolismo no se producir�a a trav�s de los mismos pasos, ni ser�a lo
suficientemente r�pido para atender las necesidades de la c�lula. De hecho, una
ruta metab�lica como la gluc�lisis no podr�a existir sin enzimas. La glucosa, por
ejemplo, puede reaccionar directamente con el ATP de forma que quede fosforilada en
uno o m�s carbonos. En ausencia de enzimas, esta reacci�n se producir�a tan
lentamente que ser�a insignificante. Sin embargo, si se a�ade la enzima hexoquinasa
que fosforila el carbono 6 de la glucosa y se mide la concentraci�n de la mezcla en
un breve espacio de tiempo se podr� encontrar �nicamente glucosa-6-fosfato a
niveles significativos. Por tanto, las redes de rutas metab�licas dentro de la
c�lula dependen del conjunto de enzimas funcionales que presenten.
Control de la actividad
Implicaciones en enfermedades
Estructura tridimensional de la enzima fenilalanina hidroxilasa (PDB 1KW0 ).
Otro ejemplo es cuando se produce una mutaci�n en los genes de la l�nea germinal
que codifican las enzimas implicadas en la reparaci�n del ADN. En este caso, al no
repararse adecuadamente el ADN de las c�lulas, se acumulan mutaciones que suelen
derivar en el desarrollo de diversos tipos de c�ncer hereditarios, como la
xerodermia pigmentosa.
Clasificaci�n y nomenclatura de enzimas
El nombre de una enzima suele derivarse del sustrato o de la reacci�n qu�mica que
cataliza, con la palabra terminada en -asa. Por ejemplo, lactasa proviene de su
sustrato lactosa; alcohol deshidrogenasa proviene de la reacci�n que cataliza que
consiste en "deshidrogenar" el alcohol; ADN polimerasa proviene tambi�n de la
reacci�n que cataliza que consiste en polimerizar el ADN.
Aplicaciones industriales