Dinamika Unsur Bakteri Cytoskeletal

Unsur-unsur sitoskeletal bakteri terlibat dalam spektrum fungsi seluler yang mencengangkan, mulai
dari penentuan bentuk sel hingga pembelahan sel, segregasi plasmid, penempatan protein dan
struktur membran yang berhubungan dengan membran, dan aspek lain dari fisiologi bakteri.
Menariknya, fungsi ini tidak harus dilestarikan, tidak di antara spesies bakteri yang berbeda atau
antara bakteri dan sel eukariotik. Fleksibilitas elemen sitoskeletal dalam melakukan tugas yang
berbeda luar biasa dan menekankan perkembangan awal mereka selama evolusi. Tinjauan ini
berfokus pada dinamika unsur sitoskeletal dari bakteri. Motil Sel. Sitoskeleton 66: 909-914, 2009

PENGANTAR

Ulasan ini, unsur-unsur sitoskeletal bakterial akan dikelompokkan ke dalam empat kategori:
protein mirip-aktin (MreB, ParM, MamK), protein kumparan koil yang kaya (crescentin, FilP, yang
dapat dikaitkan dengan protein intermediate-filag), protein mirip tubulin (FtsZ, TubZ) dan ATPase
yang menyerupai ParA. Sementara FtsZ telah dipelajari sejak awal 90-an, MreB dan crescentin hanya
ditemukan 7 atau 5 tahun yang lalu, jadi informasi tentang cara kerja atau pengaturan MREB dan
crescentin sangat tertinggal di belakang itu untuk FtsZ.

TUBULIN FTSZ-BAKTERI

FtsZ memiliki struktur 3D yang terkait erat dengan a- dan b-tubulin [Lowe dan Amos, 1998],
dan berkumpul menjadi protofilamen tubulin-seperti [Oliva et al., 2004]. Dalam semua bakteri yang
dianalisis sejauh ini, FtsZ membentuk cincin (disebut Z-ring) di pusat sel (atau sedikit di tengah-
tengah di beberapa bakteri yang membelah asimetris) (Gambar 1), yang memicu pembelahan sel
(untuk ulasan terbaru yang menyediakan cakupan bidang sitokimia bakteri lihat [Margolin, 2005;
Dajkovic dan Lutkenhaus, 2006; Harry et al., 2006]). Beberapa mollicutes (mis., Spesies Mycoplasma)
dan dua cabang bakteri Planc-tomyces dan Clamydia, yang anggotanya diketahui memiliki fitur
subselular yang sangat tidak biasa, tidak memiliki gen ftsZ yang jelas, semua bakteri lain yang
dianalisis sejauh ini dan Euryarchaeota cabang dari archaea mengandung gen dan dengan demikian
berbagi mode dasar umum dari divisi sel (cabang lain dari archaea, yang Crenarchaeota mungkin
memiliki ESCRT III seperti sistem pembagian [Lindas et al., 2008; Samson et al. , 2008]). Gen FtsZ juga
hadir di kloroplas tanaman dan mitokondria dari beberapa eukariota sederhana, di mana produk gen
sangat penting untuk pembagian organel [Margolin, 2005]. Lumut Physcomitrella patens bahkan
mengandung keluarga gen 5 ftsZ terkait yang tampaknya membentuk cy- toskeleton dalam plastid
[Osteryoung dan Nunnari, 2003]. Di sisi lain, transfer gen horizontal yang jelas pasti telah terjadi
pada genus bakteri Prosthecobacter (yang sering dikaitkan dengan sel eukariotik), yang memiliki
protein a dan b-tubulin sejati yang membentuk protofilamen tubulin-seperti [Schlieper et al., 2005;
Sontag et al., 2005]. Kembali ke bakteri FtsZ: tidak ada protein yang ditemukan berkumpul di pusat
sel bergantung pada FTSZ, atau sebelum FtsZ telah membentuk struktur cincin, jadi tampaknya,
pembentukan cincin FTSZ adalah peristiwa penting untuk memulai sitokinesis bakteri. FTSZ
berinteraksi dengan beberapa protein yang (a) mengatur polimerisasi FTSZ secara positif atau
negatif dan mungkin arsitektur cincin Z, dan (b) merekrut semua protein hilir ke cincin Z, yang pada
akhirnya mengarah pada penyempitan Z-ring dan sintesis material dinding sel baru antara sel anak
yang muncul [Harry et al., 2006]. Dengan demikian, pembentukan Z-ring memicu perakitan mesin
pembentuk sel yang terdiri dari sekurang-kurangnya 10 protein - semua protein pembelahan sel
yang terlambat adalah protein membran, sementara protein pembelahan sel awal seperti FtsZ atau
FtsA adalah protein terlarut. Namun, FtsA memiliki epitop yang menargetkan membran, dan
kehadiran FTSA atau protein divisi awal ZipA (protein membran) diperlukan untuk lokal membran
FTSZ. Kedua protein langsung berinteraksi dengan FtsZ, dan dengan demikian melakukan fungsi
redundan dalam membran pemuatan FtsZ [Hale et al., 2000; Pichoff dan Lutken-haus, 2005]. Posisi
cincin-Z terutama diatur melalui pencegahan polimerisasi FtsZ di kutub sel, dicapai oleh sistem Min
[Rothfield et al., 2005; Lutkenhaus, 2007], atau oleh sistem regulasi yang baru diakui [Thanbichler
dan Shapiro, 2006], dan oleh sistem Noc / SlmA, yang mencegah pembentukan cincin-Z di atas
nukleoid [Wu dan Errington, 2004; Bernhardt dan de Boer, 2005], yang biasanya menempati bagian
tengah sel. Gabungan tindakan sistem Min dan Noc hanya membiarkan pusat sel bebas untuk
polimerisasi FtsZ, ketika saudara perempuan kromosom sebagian besar terpisah ke arah yang
berlawanan tiang sel. Beberapa protein tambahan mengatur polihmerisasi FtsZ, beberapa ulasan
baru membahas ini aspek pembelahan sel bakteri [Rothfield et al., 2005; Graumann, 2007;
Lutkenhaus, 2007].

FtsZ tidak tampak membentuk struktur seperti mikrotubulus, tetapi berpolimerisasi ke

protofilamen yang sangat mirip dengan yang terbentuk oleh tubulin [Oliva et al., 2004]. Filamen FtsZ
juga dapat diasosiasikan secara lateral menjadi bundel yang dapat lurus (di bawah kondisi EM), atau
melengkung in vitro [Lowe et al., 2004]. Sebuah laporan terbaru menunjukkan bahwa FtsZ
membentuk struktur melengkung atau cincin ketika diekspresikan secara heterogen dalam sel ragi
[Srinivasan et al., 2008], menunjukkan bahwa kelengkungan mungkin merupakan hak intrinsik
filamen FtsZ. Yang penting, GTP nampaknya terhidrolisis agak lambat setelah penambahan monot
FtsZ ke ujung filamen yang tumbuh, sehingga pada kondisi mapan, 80% subunit FtsZ dalam filamen
terikat pada GTP, dan 20% sampai PDB (pelepasan fosfat terjadi sangat cepat) [Romberg dan
Mitchison, 2004]. Lambatnya laju hidrolisis GTP 8 / menit per protofilament sangat kontras dengan
hidrolisis cepat yang terlihat. dalam mikrotubulus (900 / menit per protofilamen [Romberg dan
Mitchison, 2004]). Namun, subunit FtsZ melakukan pertukaran terus menerus antara subunit terikat
di subunit cincin dan subunit yang tidak terikat dari sitosol seperti yang ditentukan oleh penelitian
FRAP [Stricker et al., 2002; Anderson et al.,2004], sedemikian rupa sehingga turnover tinggi filamen
ada in vivo (Gbr. 1), dengan waktu paruh sekitar 9 detik. Sebelum Z-ring tertutup terbentuk, spiral
seperti struktur dapat diamati yang tampak cepat berpolimerisasi / depolimerisasi di bawah
membran sel di sepanjang sel [Thanedar dan Margolin, 2004; Peters et al., 2007]; dengan demikian,
filamen FtsZ tampak dinamis sepanjang siklus sel, dan berkumpul sebagai struktur cincin pada
penyelesaian segregasi kromosom menuju akhir siklus sel. Hidrolisis GTP yang cepat dalam filamen
juga dapat menjelaskan kelengkungan intrinsik filamen FtsZ, karena hidrolisis GTP pada mikrotubulus
juga menyebabkan kelengkungan dan ketidakstabilan bersamaan.

Temuan baru-baru ini yang sangat menarik telah dibuat dengan menggunakan konstruksi
FTSZ GFP-tagged yang berisi jangkar membran tambahan. Protein ini adalah incorporated ke vesikula
tubular, di mana ia membentuk heliks dan struktur melingkar tertutup. Secara transien, struktur
cincin FtsZ bisa menyempit sampai batas tertentu, yang menyebabkan penyempitan vesikel pada
situs-situs tersebut [Osawa dan Erickson, 2006]. Dengan demikian, FtsZ dapat berkumpul tanpa
adanya protein tambahan, dan dapat mengerahkan beberapa kekuatan ke membran. Meskipun
masih belum jelas apa yang memberi energi pada invaginasi membran sel di lokasi divisi, semakin
jelas bahwa FTSZ bisa menjadi bagian dari kekuatan pendorong atau bahkan sebagian besar
melakukan tugas ini berdasarkan sifat filamen yang dinamis.

Menekankan spektrum fungsi yang berbeda yang dilakukan oleh protein sitoskeletal terkait,
protein tubulin / FtsZ-like, TubZ, baru-baru ini telah diidentifikasi pada bakteri Gram positif Bacillus
anthracis dan B. thuringienis, di mana plasmid-encoded dan sangat penting untuk distribusi dari
salinan plasmid ke sel anak perempuan [Tinsley dan Khan, 2006; Tang et al.,2006]. Pada B.
thuringienis, TubZ membentuk filamen dari beberapa lm (2-5) panjang [Larsen et al., 2007].
Menariknya, filamennya sangat dinamis dan menunjukkan treadmilling- seperti ekstensi di ujung
plus (rata-rata 1,48 6 0,63 lm / menit) dan depolimerisasi pada ujung minus. Ketika filamen TubZ
menabrak tiang sel, mereka berbalik dan terus bergerak ke arah kutub lain yang menjaga kinetika
polimerisasi plus akhir yang sama. Oleh karena itu, tampaknya masuk akal bahwa perpanjangan
filamen TubZ mengarahkan pergerakan plasmid menuju kutub sel yang berlawanan, dalam analogi
sistem Parin yang mirip aktin yang akan dijelaskan di bawah ini.

MREB, PARM, DAN PROTEIN ACTIN-LIKE BAKTERIAL LAINNYA

Banyak protein mengandung lipatan aktin, seperti gula kinase, protein FtsA protein atau
protein HSP70, tetapi tidak ada protein yang lebih menyerupai actin daripada MreB atau ParM [van
den Ent et al., 2002; Amos dkk., 2004]. ATP-bound MreB atau ParM membentuk dua filamen yang
berombak dengan arsitektur yang sangat mirip dengan F-aktin (untuk ulasan terbaru lihat
[Carballido-Lopez, 2006; Graumann, 2007; Pogliano, 2008]). Namun, filamen MreB terdiri dari dua
untai paralel, sementara filamen ParM dan F actin secara helik memutar. Berbeda dengan
tangan kanan actin helix, ParM berbentuk tangan kiri heliks filamen [Orlova et al., 2007; Popp et al.,
2008]. Tidak seperti aktin, MREB dari Thermotoga maritima juga dapat berpolarisasi dengan adanya
GTP [Esue et al., 2006], dan ATP tampaknya cepat dihidrolisis dalam filamen [Bean dan Amann,
2008]. MREB sangat penting untuk vi-kemampuan dan untuk pemeliharaan bentuk batang di
berbagai bakteri dengan morfologi lebih kompleks daripada sel bulat (yaitu, sel berbentuk batang,
sel melengkung atau sel heliks) [Graumann, 2007]. Menipisnya MreB dalam bakteri berbentuk
batang mengarah pada pembentukan sel bulat besar yang akhirnya mati [Jones et al., 2001; Defeu
Soufo dan Grau- mann, 2003; Figge et al., 2004; Kruse et al., 2005]. Selain itu, menipisnya hasil MREB
dalam menyimpang lokalisasi protein membran dan hilangnya polaritas sel dalam bakteri
melengkung Caulobacter crescentus [Dye et al., 2005]. Pada Bacillus subtilis, sel Escherichia coli dan
C. crescentus, MreB localises sebagai filamen heliks langsung di bawah membran sel [Graumann,
2007; Jones et al., 2001] (Gambar 1 dan 2). Sementara filamen tampak agak statis dalam sel E. coli,
mereka sangat dinamis dalam sel B. subtilis dan C. crescentus, dan pada bakteri lain [Defeu Soufo
dan Graumann, 2004; Kim et al., 2006) Filamen MreB (atau lebih mungkin bundel filamen) muncul di
satu sisi dan bersamaan menyusut di ujung yang lain - hasil dari treadmill ini seperti kinetika adalah
banyak filamen yang terlihat seolah-olah mereka terus bergerak di bawah membran sel sepanjang
panjang sel. Kinetika FRAP telah ditentukan antara 2 dan 5 menit [Carballido- Lopez dan Errington,
2003; Defeu Soufo dan Graumann, 2006]. Sebuah mutasi di MreB yang kemungkinan mengurangi
aktivitas ATPase dominan negatif dan mengarah pada pembentukan filamen yang agak statis [Defeu
Soufo dan Graumann, 2006]. Ini tidak fungsional, menunjukkan bahwa dinamika filamen MreB
sangat penting untuk fungsinya. Di satu sisi, MreB berinteraksi dengan protein membran MreC
dan MRED, yang pada gilirannya tampaknya mempengaruhi heliks lokalisasi protein yang
menggabungkan bahan baru ke dinding sel [Graumann, 2007]. Memang, bahan dinding sel baru
digabungkan dalam pola heliks [Daniel dan Errington, 2003], mungkin berdasarkan susunan heliks
filamen MreB. Namun, model ini belum terbukti secara ketat. Di sisi lain, penipisan MreB atau
ekspresi alel negatif yang dominan atau penghambatan polimerisasi MreB melalui penambahan obat
spesifik A22 merusak segregasi kromosom pada beberapa kondisi pertumbuhan [Defeu Soufo dan
Graumann, 2003; Kruse et al., 2003; Gitai dkk., 2005], menunjukkan bahwa MREB mungkin juga
terlibat dalam perkembangan melalui siklus sel. Masih belum jelas apakah efek ini merupakan efek
langsung atau tidak langsung dari hilangnya fungsi MreB. Menariknya, MreB berinteraksi dengan
RNA polimerase pada sel E. coli [Kruse et al., 2006], yang juga terlibat dalam pemisahan kromosom,
karena satu blok dalam transkripsi juga mengarah pada blok cepat dalam pemisahan [Dworkin dan
Losick, 2002]. Mungkin, MreB filamen posisi RNAP, yang aktivitas transkripsi seperti motorik dapat
memindahkan DNA ke tiang sel

Ketika E. coli MreB diekspresikan dalam ragi fisi, ia membentuk ikatan filamen yang agak
lurus dari satu ujung sel ke ujung lainnya, yang memanjang secara dua arah, dengan monomer baru
yang ditambahkan sepanjang seluruh filamen [ Srinivasan et al., 2007]. Jadi, seperti FtsZ, MreB tidak
membutuhkan protein lain sebagai pengatur / inducer untuk pembentukan filamen. File-file ini
tergantung pada aktivitas ATPase dari MreB, dan mengingatkan kelas aktin lebih lanjut seperti
protein yang ditemukan dalam bakteri magnetotactic. Bakteri ini mengandung array linier
magnetosom sepanjang garis lurus dalam tubuh sel heliks, di mana mereka dapat mengarahkan diri
dalam medan magnet [Scheffel et al., 2006]. Aktin / MreB-seperti protein MamK membentuk
filamen lurus dalam sel Magnetospirillum [Komeili et al., 2006] dan juga ketika diekspresikan dalam
sel E. coli [Pradel et al., 2006]. Rupanya bersama dengan MamJ, itu penting untuk penyelarasan
magnetosom, yang tampaknya dihasilkan melalui invaginasi membran. Tidak jelas, jika MamK adalah
struktur dinamis atau studi arsitektural yang lebih statis.

Jelas, polimerisasi dinamis / depolimerisasi adalah ciri protein ParM, yang mendorong (atau
setidaknya mengarahkan pergerakan) plasmid jumlah salinan rendah terhadap kutub sel yang
berlawanan. Plasmid semacam itu dibingungkan di pusat sel, dan membutuhkan mesin segregasi
yang aktif, karena mereka akan hilang jika mereka terdistribusi secara acak, seperti plasmid jumlah
salinan tinggi. Sistem partisi tipe II yang disebut terdiri dari cis bertindak sentromer seperti urutan
(parS) pada plasmid, protein yang mengikat urutan ini (ParR), yang pada gilirannya berinteraksi
dengan ParM [Gerdes et al., 2004]. Setelah duplikasi plasmid, ParM membentuk filamen, rupanya
antara situs parS tertutup parS, dan menengahi pergerakan plasmid menuju kutub sel yang
berlawanan [Moller-Jensen et al., 2003]. ParR menginduksi aktivitas ATPase dari ParM, yang
menghapuskan afinitas antara dua protein — PARM baru yang terikat ATP dapat menyisipkan antara
ParR / parS dan filamen sehingga memanjang sambil menjaga kontak dekat dengan plasmid. Secara
in vitro, filamen ParM dapat mengalami pertumbuhan serta penyusutan spontan di kedua ujungnya,
sehingga menyejajarkan ketidakstabilan dinamis tubulin [Garner et al., 2004]. ParR dan ParM
memang cukup untuk mendorong parS mengandung plasmid terpisah secara in vitro [Garner et al.,
2007], sehingga ParM memberdayakan mesin mitosis seperti bakteri yang sederhana.

COILED COIL KAYA PROTEIN

Beberapa kumparan koil bakteri kaya bakteri (Ccrps, yang berarti bahwa mereka
mengandung tingkat tinggi daerah heptad diprediksi ulang tetapi tidak ada domain fungsional
dikenal lainnya) telah diidentifikasi yang membentuk struktur filament in vivo dan in vitro, dan
mempengaruhi arsitektur dan / atau aspek lainnya. dari fisiologi sel. Kresin memiliki tingkat
kemiripan struktural yang tinggi untuk memediasi filament (IF) protein dari sel eukariotik, dan
membentuk struktur berfilamen pada sumbu pendek dari bakteri melengkung Caulobacter
crescentus (Gbr. 2) [Bagchi et al., 2008 ]. Memang, penghapusan gen CreS yang menyurat membuat
C. crescentus sel lurus (tapi masih berbentuk batang), menunjukkan bahwa Crescentin melayani
fungsi sebenarnya dari elemen sitoskeletal. Setelah refolding dari kondisi denaturasi, crescentin
membentuk struktur filament in vitro, bahkan dengan tidak adanya kofaktor nukleotida [Bagchi et
al., 2008], analog dengan protein IF. Sebuah penelitian baru-baru ini telah menunjukkan bahwa
banyak bakteri mengandung gulungan kumparan kaya protein yang memiliki kesamaan arsitektural
(berdasarkan prediksi coil melingkar) ke crescentin (dan tidak memiliki domain fungsional yang
diketahui), dan bahwa tiga dari protein ini dari bakteri Gram positif juga membangun filamen.
struktur in vitro, berdasarkan percobaan refolding [Bagchi et al., 2008]. Dari jumlah tersebut, filamen
protein melingkar kaya CoP hadir sebagai struktur berfilamen dalam bakteri Streptomyces
coelicolour, yang tumbuh seperti jamur sebagai sel filamen bercabang. Sel-sel mutan filp memiliki
tingkat pertumbuhan yang berkurang dan menarik, menunjukkan cacat mechano-elestical
sebagaimana ditentukan oleh mikroskop kekuatan atom [Bagchi et al., 2008]. Kami baru-baru ini
menemukan bahwa Ccrps mempengaruhi bentuk sel heliks di patogen manusia Helicobacter pylori,
yang berdiam di stom- ach (B. Waidner dan PLG, hasil yang tidak dipublikasikan). Secara bersama-
sama, percobaan ini menunjukkan bahwa protein kaya kumparan melingkar yang memiliki sifat
pembentuk filamen dapat terlibat dalam pemeliharaan bentuk sel dan kekakuan sel pada banyak
bakteri. Coiled coil rich proteins (misalnya, CfpA) juga telah dijelaskan dalam gabus-sekrup seperti
cabang bakteri Spirochaetes, di mana bundel dari empat hingga enam filamen sitoplasmatik berjalan
sepanjang sumbu panjang dari sel-sel panjang dan tipis [Izard, 2006] . CfpA adalah konstitusi utama
struktur — namun, kehilangannya mempengaruhi pengaturan sub-seluler genom daripada bentuk
sel [Izard et al., 2001]. Akhirnya, AglZ adalah kumparan kaya kumparan protein yang membentuk
struktur filament in vitro, dan terlibat dalam motilitas di Gram negatif proteo-bacterium Myxococcus
xanthus [Yang et al., 2004], yang terkenal karena perilaku sosialnya - sel-sel agregat pada permukaan
saat kelaparan dan membangun tubuh yang menghasilkan jamur. Modus aksi protein koil kaya koil
yang tampaknya beragam masih harus ditentukan, begitu juga mode pembentukan filamennya.
Karena masih belum jelas apakah protein kumparan koil bakteri yang kaya yang mengem- bangkan
crescentin memang terkait dengan protein IF, atau ada kasus evolusi konvergen, saya sarankan
untuk menamakannya sebagai kelompok Ccrps yang diusulkan, daripada protein seperti IF .

ATPase ParA / MinD seperti hanya ditemukan di bactia, namun belum dijelaskan pada sel
eukariotik. Protein ini membentuk filamen seperti lembaran di hadapan ATP, dan memiliki aktivitas
ATPase [Lutkenhaus, 2007]. In vivo, protein ParA / MinD telah terbukti membentuk pola filamen
heliks klasik sekarang [Shih et al.,2003], yang dalam kasus MinD berosilasi dari satu kutub sel ke sel
lainnya dalam hitungan beberapa detik [Raskin dan de Boer, 1999]. MinD memposisikan FtsZ di-
Hibitor MinC, seperti akumulasi utama dari MinC dekat dengan kutub, di mana FtsZ tidak
membentuk cincin Z (kecuali untuk kasus pembagian asimetris selama perbedaan sel B. subtilis
terhadap spora). Protein ParA dikodekan pada kelas plasmid dengan jumlah salin rendah dan sangat
penting untuk distribusi plasmid yang setara ke sel anak perempuan [Gerdes et al., 2004]. Seperti
MinD, ParA berosilasi melintasi nukleoid (struktur yang mengandung kromosom), tampaknya dalam
pola heliks [Ebersachach dan Gerdes, 2004]. Protein kromosom-dikode yang terlibat dalam kontrol
replikasi inisiasi dan dalam segregasi kromosom [Mohl dan Gober, 1997], menunjukkan bahwa kelas
protein ini juga berfungsi menyebar luas.

Oleh karena itu jelas bahwa prinsip filamen heliks dinamis digunakan dalam spektrum proses
yang luar biasa dalam sel bakteri, dan bahwa elemen sitoskeletal adalah konstituen utama fisiologi
bakteri daripada struktur morfologi khusus. Hal ini juga tampaknya merupakan skema dasar bahwa
ortolog tubulin dan aktin memiliki sifat arsitektur intrinsik, seperti lengkungan filamen, dan dinamika
yang mungkin tidak memerlukan banyak protein pengatur tambahan, seperti halnya pada sel
eukariotik. MreB, FtsZ dan Ccrps mungkin lebih dekat dengan unsur sitoskeletal kuno, dan jelas, ini
telah ada di sel paling awal, dan telah banyak menyimpang. Untuk ulasan terbaru tentang evolusi
elemen sitoskeletal, saya merekomendasikan [Erickson, 2007]. Studi tentang unsur sitoskeletal pada
bakteri dapat memancarkan cahaya ke sifat-sifat paling dasar dari tubulin dan aktin, dan mungkin
protein seperti-filamen menengah, yang rekan-rekan bakterialnya saya usulkan untuk menamai Ccrp
(s).

PENGAKUAN

Penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada Joel Defeu Soufo untuk gambar MreB pada Gambar.
1.