BIOQUIMICA AVANZADA

UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA

PRESENTADO POR: LUZ ANGELA ABRIL LUNA

TALLER BASE DE DATOS PDB.

1. Ejercicio general sobre búsqueda en el PDB: Cuántas estructuras para proteínas de unión a la caja TATA en humanos (TATA-Box Binding Proteins) han sido resueltas? Cuál
de estas estructuras es la de mejor resolución? Cuántas para otras especies diferentes de humano? nombre algunos de los organismos encontrados.

PROTEINA BUSQUEDA

Busque Avanzada: Homo sapiens (18 estructuras resueltas)

TATA-box-binding protein (42 estructuras)

TATA-Box Binding
Proteins
 HOMO SAPIENS (18 ESTRUCTURAS RESUELTAS) ESTRUCTURAS CON MEJOR RESOLUCIÒN

5N9G TFIIIB -TBP/Brf2/DNA and SANT domain of Bdp1

5IY6 Human holo-PIC in the closed state
5IY7 Human holo-PIC in the open state
5IY8 Human holo-PIC in the initial transcribing state
5IY9 Human holo-PIC in the initial transcribing state (no
IIS)
5IYA Human core-PIC in the closed state
5IYB Human core-PIC in the open state
5IYC Human core-PIC in the initial transcribing state
5IYD Human core-PIC in the initial transcribing state (no
IIS)
5FUR Structure of human TFIID-IIA bound to core promoter
DNA
4ROC Human TFIIB-related factor 2 (Brf2) and TBP bound
to U6#2 promoter
4ROD Human TFIIB-related factor 2 (Brf2) and TBP bound
to TRNAU1 promoter
4ROE Human TFIIB-related factor 2 (Brf2) and TBP bound
to RPPH1 promoter
1NVP HUMAN TFIIA/TBP/DNA COMPLEX
1JFI Crystal Structure of the NC2-TBP-DNA Ternary
Complex
1C9B CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TBP CORE
DOMAIN-HUMAN TFIIB CORE DOMAIN
1CDW HUMAN TBP CORE DOMAIN COMPLEXED WITH
DNA
1TGH TATA BINDING PROTEIN (TBP)/DNA COMPLEX
 ESTRUCTURAS RESUELTAS PARA OTRAS ESPECIES
ORGANISMOS NUMERO ESTRUCTURAS
6EU0 RNA Polymerase III open pre-initiation complex (OC-PIC)
6F40 RNA Polymerase III open complex
6F41 RNA Polymerase III initially transcribing complex
6F42 RNA Polymerase III closed complex CC1.
6F44 RNA Polymerase III closed complex CC2.
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex
5FYW Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC)
5FZ5 Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (CC)
Saccharomyces cerevisiae 19 5FMF the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex
4V1N Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex
4B0A The high-resolution structure of yTBP-yTAF1
1RM1 Structure of a Yeast TFIIA/TBP/TATA-box DNA Complex
1NH2 Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex
1NGM Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex
1TBA TBP-TAFII230 COMPLEX
1YTF YEAST TFIIA/TBP/DNA COMPLEX
1YTB YEAST TBP/TATA-BOX COMPLEX
1TBP TATA-BINDING PROTEIN AND MODEL FOR INTERACTION WITH DNA
Pyrococcus woesei 3 1D3U TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/BRE+TATA-BOX COMPLEX
1AIS TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/TATA-BOX COMPLEX
1PCZ TATA-BINDING PROTEIN
Saccharomyces mikatae 2 4V1N RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex
4V1O RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex
Methanococcus jannaschii TBP 1 2Z8U Methanococcus jannaschii TBP
Drosophila melanogaster 1 1TBA TBP-TAFII230 COMPLEX
2. Se dan a continuación varios códigos de acceso en el PDB, para cada uno de ellos deben indicar:
1IRD NOMBRE Human Carbonmonoxy-Haemoglobin

TIPO DE MOLÉCULA Proteína

ORGANISMO DEL CUAL PROVIENE Homo sapiens
FECHA DE INGRESO 2001-09-27
NÚMERO DE AMINOÁCIDOS 28 287 7
PESO MOLECULAR 32329.54
FUNCIÓN(ES) Actividad Peroxidasa, actividad del transportador de oxígeno, unión a ion
hierro, unión a proteínas, unión a oxígeno, unión a hemo, unión a
haptoglobina, unión a iones metálicos.
CLASIFICACIÓN ESTRUCTURAL Proteínas alfa
GRUPOS PROSTÉTICOS O LIGANDOS Hemo y monóxido de carbono
METODOLOGÍA ELUCIDACIÓN Difracción de rayos X
ESTRUCTURAL
RESOLUCIÓN 1.25 Å
FUENTE USADA RAYOS X Sincrotrón

¿Qué otras entradas en el PDB corresponden a la misma proteína?

Human Carbonmonoxy-Haemoglobin
ENTRADAS
1HCO HUMAN CARBONMONOXY HAEMOGLOBIN AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION
2HCO HUMAN CARBONMONOXY HAEMOGLOBIN AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION
1A9W HUMAN EMBRYONIC GOWER II CARBONMONOXY HEMOGLOBIN
2DN1 1.25A resolution crystal structure of human hemoglobin in the oxy form
2DN2 1.25A resolution crystal structure of human hemoglobin in the deoxy form
2DN3 1.25A resolution crystal structure of human hemoglobin in the carbonmonoxy form
2D5Z Crystal structure of T-state human hemoglobin complexed with three L35 molecules
2D60 Crystal structure of deoxy human hemoglobin complexed with two L35 molecules
2D5X Crystal structure of carbonmonoxy horse hemoglobin complexed with L35
5E83 Crystal structure of carbonmonoxy hemoglobin s (liganded sickle cell hemoglobin) complexed with gbt440,
co-crystallization experiment
 1SDK Cross-linked, carbonmonoxy hemoglobin a
1SDL Cross-linked, carbonmonoxy hemoglobin a
1COH Structure of haemoglobin in the deoxy quaternary state with ligand bound at the alpha haems
1NIH Structure of deoxy-quaternary haemoglobin with liganded beta subunits

1BKZ NOMBRE Galectina humana-7

TIPO DE MOLÉCULA Proteina

ORGANISMO DEL CUAL PROVIENE Homo sapiens
SISTEMA DE EXPRESIÓN Escherichia coli BL21(DE3)
FECHA DE INGRESO 1998-07-13
NÚMERO DE AMINOÁCIDOS 270
PESO MOLECULAR 29931.70
FUNCIÓN(ES) Unión de carbohidratos
CLASIFICACIÓN ESTRUCTURAL Proteínas Beta
GRUPOS PROSTÉTICOS O LIGANDOS Ninguno
METODOLOGÍA ELUCIDACIÓN Difracción de rayos X
ESTRUCTURAL
RESOLUCIÓN 1.90 Å
FUENTE USADA RAYOS X Sincrotrón
La proteína Galectina humana-7 con grupos prostéticos o ligandos:

ENTRADAS GRUPOS PROSTÉTICOS O LIGANDOS

2GAL Crystal structure of human galectin-7 in complex with galactose BETA-D-GALACTOSE
3GAL Crystal structure of human galectin-7 in complex with 2-DEOXY-2-AMINOGALACTOSE
galactosamine
3ZXF High resolution structure of Human Galectin-7 ACETATE ION
4GAL Crystal structure of human galectin-7 in complex with lactose Beta-d-glucose
5H9Q Crystal Structure of Human Galectin-7 in Complex with TD139 3-deoxy-3-[4-(3-fluorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-beta-D-galactopyranosyl 3-deoxy-3-[4-
(3-fluorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-thio-beta-D-galactopyranoside
5H9S Crystal Structure of Human Galectin-7 in Complex with (2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-4-[4-(3-
TAZTDG fluorophenyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]sulfanyl-6-
(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol
4UW5 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron DENDRON D2-1
D2-2
Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron DENDRON-D1
4UW3 D1.
3ZXE Crystal structure of Human Galectin-7 in complex with a METHYL 2-O-[(S)-(BENZYLOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]-3-DEOXY-3-{[(4-
galactose- benzylphosphate inhibitor METHYLPHENYL)CARBONYL]AMINO}-1-THIO-BETA-D-GALACTOPYRANOSIDE
4UW4 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron DENDRON D2-1
D2-1.
4UW6 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron DENDRON-D3
D3
4XBQ Crystal Structure of Human Galectin-7 in Complex with Type 1 beta-d-galactose, n-acetyl-d-glucosamine
N-acetyllactosamine
4Y26 Complex of human Galectin-7 and Galbeta1-3(6OSO3)GlcNAc Methyl 2-(acetylamino)-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranoside, BETA-D-
GALACTOSE
5GAL CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-7 IN BETA-D-GALACTOSE,
COMPLEX WITH N-ACETYLLACTOSAMINE
4XBL Crystal Structure of Human Galectin-1 in Complex with Type 1 Beta-d-galactose, beta-d-galactose
N-acetyllactosamine
4XBN Crystal Structure of Human Galectin-3 CRD in Complex with BETA-D-GALACTOSE, N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
Type 1 N-acetyllactosamine
3B9C SULFATE ION, BETA-MERCAPTOETHANOL
Crystal Structure of Human GRP CRD
3NV4 Crystal structure of human galectin-9 C-terminal CRD in N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
complex with Sialyllactose
5DG1 Sugar binding protein - human galectin-2 BETA-D-GLUCOSE, BETA-D-GALACTOSE
1GZW X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-1 SULFATE ION, BETA-D-GLUCOSE, BETA-D-GALACTOSE, BETA-D-GALACTOSE
3OYW Crystal structure of human galectin-1 in complex with THIODIGALACTOSIDE
thiodigalactoside
5EWS Sugar binding protein - human galectin-2 BETA-D-GLUCOSE., BETA-MERCAPTOETHANOL
1GZW X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-1 BETA-D-GLUCOSE, BETA-D-GALACTOSE, BETA-MERCAPTOETHANOL
3OYW Crystal structure of human galectin-1 in complex with THIODIGALACTOSIDE
thiodigalactoside
4Y1V Complex of human Galectin-1 and Galbeta1-3GlcNAc BETA-METHYL-N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE, BETA-D-GALACTOSE
4Y20 Complex of human Galectin-1 and NeuAcalpha2-3Galbeta1- 5-(ACETYLAMINO)-3,5-DIDEOXYNON-2-ULOPYRANONOSYL-(2->3)-BETA-D-LYXO-
4Glc HEXOPYRANOSYL-(1->4)HEXOPYRANOSE
2KOD NOMBRE HIV-1 CA

TIPO DE MOLÉCULA Virus

ORGANISMO DEL CUAL PROVIENE Virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1,
grupo M, subtipo B
SISTEMA DE EXPRESIÓN Escherichia coli
FECHA DE INGRESO 2009-09-18
NÚMERO DE AMINOÁCIDOS 176
PESO MOLECULAR 19678.63
FUNCIÓN(ES) Ninguna
CLASIFICACIÓN ESTRUCTURAL Proteína viral
GRUPOS PROSTÉTICOS O LIGANDOS Ninguno
METODOLOGÍA ELUCIDACIÓN ESTRUCTURAL Solución RMN

4CBF NOMBRE Dengue serotype 4 virus

TIPO DE MOLÉCULA Virus

ORGANISMO DEL CUAL PROVIENE Dengue virus 4
FECHA DE INGRESO 2013-10-14
NÚMERO DE AMINOÁCIDOS 1707
PESO MOLECULAR 186736.38
FUNCIÓN(ES) Actividad de Dimerización de Proteínas
CLASIFICACIÓN ESTRUCTURAL
GRUPOS PROSTÉTICOS O LIGANDOS Ninguno
METODOLOGÍA ELUCIDACIÓN ESTRUCTURAL Microscopio de electrones
RESOLUCIÓN 4.1 Å
FUENTE Pistola de emisión de campo
6EK0 NOMBRE Ribosoma humano 80S

TIPO DE MOLÉCULA Ribosoma

ORGANISMO DEL CUAL PROVIENE Homo sapiens
FECHA DE INGRESO 2017-09-24
NÚMERO DE AMINOÁCIDOS 20195
PESO MOLECULAR 3842376.75
FUNCIÓN(ES) Mecanismos de traducción que catalizan la síntesis de
proteínas
GRUPOS PROSTÉTICOS O LIGANDOS Zinc ion
Homoharringtonine, cephalotaxine, [3(r)]-4-methyl 2-
hydroxy-2-(4-hydroxy-4-methylpentyl)butanedioate,
magnesium ion
Hygromycin b
METODOLOGÍA ELUCIDACIÓN ESTRUCTURAL Microscopio de electrones
RESOLUCIÓN 2.9 Å
FUENTE Pistola de emisión de campo

2K73 NOMBRE
DsbB nanodiscos de fosfolípidos
 TIPO DE MOLÉCULA Proteína
ORGANISMO DEL CUAL PROVIENE Escherichia coli (strain K12)
FECHA DE INGRESO 2008-08-01
NÚMERO DE AMINOÁCIDOS 183
PESO MOLECULAR 20948.80
FUNCIÓN(ES) Enlace proteico
Proteína disulfuro oxidorreductasa
Actividad de oxidorreductasa
CLASIFICACIÓN ESTRUCTURAL Oxidorreductasa proteína de membrana
GRUPOS PROSTÉTICOS O LIGANDOS ninguno
METODOLOGÍA ELUCIDACIÓN Solución RMN
ESTRUCTURAL

3L1P NOMBRE
Proteína POU

TIPO DE MOLÉCULA Complejo de ADN

ORGANISMO DEL CUAL PROVIENE Mus musculus
FECHA DE INGRESO 2009-12-14
NÚMERO DE AMINOÁCIDOS 356
PESO MOLECULAR 50044.92
FUNCIÓN(ES) Encuadernación de ADN
Actividad del factor de transcripción de unión a ADN
Enlazado de ADN específico de secuencia
CLASIFICACIÓN ESTRUCTURAL ADN
GRUPOS PROSTÉTICOS O LIGANDOS Ninguno
METODOLOGÍA ELUCIDACIÓN Difracción de rayos X
ESTRUCTURAL
RESOLUCIÓN 2.8 Å
FUENTE USADA RAYOS X Sincrotrón