Apuntes aminoácidos y proteínas

Ernesto Guzmán Castro

Las proteínas cumplen un papel central en la mantención de los sistemas biológicos

cumpliendo diferentes papeles:

Catalítico: todos los procesos que mantienen la vida a nivel celular y de organismo
completo son realizados por las enzimas

Estructural: Forman parte de macroestructuras como el esqueleto o la envoltura de lso

músculos o de la microestructura de la célula: colágeno, keratina, elastina, etc.

Hormonal. Importancia en la homeostasis del organismo actuando como señales de

regulación. Normalmente son polipéptidos. Ejemplo, insulina,

Transporte: Varias proteínas actúan como vehículos de transporte de moléculas dentro

de los organismos pluricelulares o superiores: Ejemplo; hemoglobina, para transporte de
oxígeno y anhídrido carbónico; proteína enlazante de retinol, para el transporte de
vitamina A en el plasma; factor intrínseco, que permite la absorción intestinal de la
cobalamina (vitamina B12)

Como reserva o para almacenamiento: Proteínas que guardan iones metálicos y que
permiten que sean reservas para los organismos. Ejemplo: ferritina, proteína que
compleja hierro, actuando así como reserva de este para el organismo. Clara de huevo,
que sirve de reserva de aminoácidos para el embrión de las aves en desarrollo.

Defensa y protección: pertenecen al sistema de inmunoprotección: anticuerpos, como

las inmunoglobulinas o al grupo de protección como las toxinas y alergenos).

Las proteínas son polímeros complejos de aminoácidos; los que constituyen las
unidades estructurales de las proteínas.

Comúnmente se encuentran sólo 20 aminoácidos, los cuales estructuran todas las

proteínas existentes. El primero, asparagina, fue descubierto en 1806 y el último en
descubrirse, treonina en 1938. Sus nombres no siguen ninguna regla y corresponden a la
fuente en la cual fueron identificados. Asparagina del espárrago, tirosina, del queso por
la palabra griega para queso, tyros, etc.

Figura 1. Estructura general de los aminoácidos

Todos los aminoácidos comparten una estructura básica común (Fig. 1). Por definición
son compuestos derivados de ácidos orgánicos, que poseen una función amino en la
posición 2 de la cadena (carbono 2). Como la nomenclatura de aminoácidos sigue la
nomenclatura tradicional, este carbono recibe la denominación de carbono alfa, es decir,
el carbono que está inmediatamente vecino a la función principal, en este caso la
función carbonilo. En consecuencia se los denomina genéricamente, alfa aminoácidos.
Todos los aminoácidos que forman parte de la estructura de proteínas son aminoácidos
alfa amino. Es decir, poseen un grupo amino en el carbono alfa de la molécula. Esto es
fácilmente visible en la figura 1.

En general, se define la estructura de los aminoácidos como consistente en un carbono

alfa al cual están unidos un hidrógeno, un grupo amino, un grupo carboxilo y una
cadena lateral que puede ser un hidrógeno o una cadena carbonada, denominada radical.

Para los aminoácidos la nomenclatura mantiene una mezcla entre la tradicional y la

normalizada. Cuando los aminoácidos presentan otro grupo amino en la estructura o el
grupo amino está ubicado en una posición diferente a la de normal, se usan las letras
griegas para indicar la posición si se trata de un sustituyente distinto se usa los números
dando al carboxilo el número 1.

Tabla 1. Propiedades y variables de aminoácidos (Adaptado Lehninger. Biological Chemistry)

Valores de pK
Aminoácido Abreviación Peso pK1 pK2 pKR pI Ïndice de Presencia
Símbolo Molec. (- (- (Radical) hidropatía en
COOH) NH3+) * proteínas+
No polar
R Alifático
Glicina Gly G 75 2.34 9.60 5.97 - 0.4 7.2
Alanina Ala A 89 2.34 9.69 6.01 1.8 7.8
Prolina Pro P 115 1.99 10.96 6.48 1.6 5.2
Valina Val V 117 2.32 9.62 5.97 4.2 6.6
Leucina Leu L 131 2.36 9.60 5.98 3.8 9.1
Isoleucina Ile I 131 2.36 9.68 6.02 4.5 5.3
Metionina Met M 149 2.28 9.21 5.74 1.9 2.3
Grupo R
aromático
Fenilalanina Phe F 165 1.83 9.13 5.48 2.8 3.9
Tirosina Tyr Y 181 2.20 9.11 10.07 5.66 - 1.3 3.2
Triptofano Trp W 204 2.38 9.39 5.89 - 0.9 1.4
Radical
polar, sin
carga
Serina Ser S 105 2.21 9.15 5.68 -0.8 6.8
Treonina Thr T 119 2.11 9.62 5.87 -0.7 5.9
Cisteína Cys C 121 1.96 10.28 8.18 5.07 -2.5 1.9
Asparagina Asn N 132 2.02 8.80 5.41 -3.5 4.3
Glutamina Gln Q 146 2.17 9.13 5.65 -3.5 4.2
Radical
cargado (+)
Lisina Lys K 146 2.18 8.95 10.53 9.74 -3.9 5.9
Histidina His H 155 1.82 9.17 6.00 7.59 -3.2 2.3
Arginina Arg R 174 2.17 9.04 12.48 10.76 -4.5 5.1
Radical
cargado (-)
Aspartato Asp D 133 1.88 9.60 3.65 2.77 -3.5 5.3
Glutamato Glu E 147 2.19 9.67 4.25 3.22 -3.5 6.3
* Escala que combina la hidrofobicidad y la hidrofilicidad: puede ser usada para medir la tendencia de un aminoácido a buscar un medio ambiente
acuoso(valores negativos) o uno hidrofóbico (valores positivos)
+ Valores pormedioen más de 1500 proteínas
Figura 1. Estructuras y clasificación de aminoácidos

Ejemplo: Lisina, que corresponde al alfa, épsilon diamino hexanoico

ε δ γ β α
6 5 4 3 2 1
CH2 – CH2 – CH2 – CH2 – CH – COO –
│ │
+NH3 +NH3

Los aminoácidos se diferencian entre ellos solo en el grupo radical. Las propiedades
siguientes: carga neta, solubilidad, reactividad química, capacidad de formar enlace
puente de hidrógeno dependen de la naturaleza de este radical

Se pueden clasificar de diferentes maneras, pero se acepta la que da cuenta del grado de
interacción entre sus cadenas laterales con el agua.

Así, los aminoácidos con radical alifático (Ala, Ile, Leu, Met, Pro y Val) y aromático
(Phe, Trp y Tyr) son hidrófobos, por lo tanto, presentan solubilidad en agua limitada; y,
aquellos que presentan radicales polares sin carga (Ser, Thr, Asn, Gln, and Cys),
radicales que pueden adoptar carga positiva (Arg, His y Lys) y radicales que pueden
adquirir carga negativa (Asp, Glu) son hidrófilos pudiendo presentar solubilidad total en
agua y una alta capacidad para formar puentes de hidrógeno.

• Clasificación de L - alfa - aminoácidos según polaridad de sus radicales

• Hidrofílicos: ácido aspártico, ácido glutámico, arginina, asparagina, cisteína,

glicina, glutamina, histidina, lisina, serina, treonina

• Hidrofóbicos: alanina fenilalanina, isoleucina, leucina, metionina, prolina

tirosina triptofano, valina

• Los aminoácidos con radicales hidrofóbicos se ubican generalmente al interior

de las proteínas, porque de esta manera, los radicales se protegen del agua de la
solución.

• Los radicales con carga o polares de los aminoácidos hidrofílicos, quedan hacia
fuera de la estructura molecular de las proteínas de modo que les dan carga y les
permiten interaccionar con otros grupos cargados o polares y con las moléculas
del solvente.

Los radicales de Arg y Lys contienen un grupo guanidino y un amino, respectivamente,

de modo que presentan carga positiva a pH neutro. La His posee un grupo imidazol, el
cual a pH neutro es ligeramente positivo. Estos aminoácidos se clasifican como
aminoácidos básicos y dan carga positiva a las proteínas que los contienen en mayor
proporción, además de un carácter básico.

El radical de los ácidos Aspártico y Glutámico contiene un grupo carboxilo ionizable,

por lo tanto, poseen carga negativa a pH neutro y a su vez dan una carga negativa y un
carácter ácido a las proteínas que los contienen en mayor proporción.

Ambos tipos de aminoácidos son fuertemente hidrofóbicos. Cuando están presentes en

las proteínas, la carga neta de ésta depende de la proporción relativa de aminoácidos
básicos y ácidos que la formen.

Aminoácidos poco comunes: Existen algunos aminoácidos que son distintos de los 20
aminoácidos normales, pueden formar parte de las proteínas y son creados por
modificación del radical de un aminoácido normal, una vez que al proteína está
sintetizada y otros son producto de metabolismo especial y circulan en el plasma y
cumplen funcione específicas. Otros producidos por plantas son tóxicos para el
organismo. Ej: 4-hidroxiprolina, 5-hidroxilisina, 6-N-metillisina, gamma-
carboxiglutamato, selenocisteína, etc.

Isomería de aminoácidos

Con la excepción de la glicina, todos los aminoácidos presentan asimetría en su carbono

alfa, es decir, éste está unido a cuatro grupos todos distintos de modo que, se transforma
en un centro de asimetría, que permite la presencia de isómeros ópticos. Además, por
esta característica, son capaces de rotar el plano de la luz polarizada. Cada aminoácido
presenta un par de estereoisómeros, llamados enantiómeros, isómeros óptico de imagen
especular no superponible con centro asimétrico en carbono alfa, excepto la isoleucina y
la treonina que poseen además, el carbono beta simétrico de modo que ellos van a
poseer 4 isómeros ópticos.

Figura 2. Relación espacial de los estereoisómeros de la alanina con las configuraciones

absolutas del gliceraldehído

A causa de este centro de asimetría, todos

los aminoácidos pueden presentar
configuraciones espaciales L y D. En las
proteínas sólo se encuentra aminoácidos L,
porque el sistema enzimático está adaptado a
esta estructura espacial. Las enzimas poseen
sitios activos asimétricos, por lo cual sus
reacciones son estereoespecíficas.

La denominación L y D corresponde a una convención para designar la configuración

espacial de los enantiómeros y, para la cual, se usa de patrón la configuración espacial
que presentan los enantiómeros del gliceraldehído.

Figura 3. Formas de representación de estereoisómeros de alanina.

Los aminoácidos son moléculas orgánicas que poseen dos funciones orgánicas:
Una función principal ácido carboxílico en carbono 1 y una función amino en carbono
alfa (carbono 2); ambos grupos son ionizables. Dependiendo del medio en que están
disueltos los aminoácidos pueden tener carga positiva o negativa, es decir, se comportan
como ácidos o como bases por la capacidad que presentan sus grupos funcionales de
captar o ceder electrones. Son, entonces, anfolitos.

Figura 4. Comportamiento de anfolito de la glicina

En la figura 4, se presenta el comportamiento de anfolito de la glicina, es posible

observar que a pH ácido , el grupo amino ha captado un protón y ha adquirido carga
positiva, como a ese pH la alta concentración de protones no permite la ionización del
carboxilo, éste permanece sin ioniza.
Al aumentar el pH y alcanzar un pH entre K1 y K2, la concentración menor de protones,
permite la ionización del carboxilo pero no la del amino, y el aminoácido se presenta
una doble carga de modo que su carga neta es cero. A este pH se dice que el aminoácido
está en su punto isoeléctrico (pI), posee carga neta igual cero, es decir la suma
algebraica de sus cargas es cero, y presenta solubilidad mínimo de modo que el
compuesto precipita. La estructura que presentan los aminoácidos en el punto
isoeléctrico se denomina zwitterion, es decir ión con doble carga

Si el pH sobrepasa K2, la baja concentración de protones hace que el grupo amino

cargado positivamente, pierda sus protones y quede con carga cero, de este modo la
molécula queda sólo con la carga del grupo carboxilo, adquiriendo una carga negativa.

Fig 5- Gráfico de solubilidad de aminoácidos y

proteínas según pH
Solubilidad

(+) (-)

pI pH
El punto isoeléctrico de los aminoácidos puede ser estimado a partir de las pK de los
aminoácidos.
Así, para los aminoácidos que no poseen carga en el radical

pI = ( pK1 + pK2)/2

Para los aminoácidos con carboxilo en radical

pI = ( pK1 + pK3)/2

Para los aminoácidos con grupo amino en el radical

pI = ( pK2 + pK3)/2

Donde: pK1 corresponde al carboxilo

pK2 al grupo amino
pK3 al radical

Figura 6. Ejemplos de ionización de aminoácidos ácidos y básicos. Ionización de

radical.

Péptidos y proteínas

Los aminoácidos se unen entre sí para formar polipéptidos, la unión se produce

mediante un enlace amida sustituida especial conocido como enlace peptídico.

Figura 7.- Formación de enlace peptídico entre aminoácidos

Al unirse dos aminoácidos se genera un dipéptido, si se unen tres, un tripéptido, etc. Las
estructuras formadas por un número bajo de aminoácidos, en general 10 a 20 se
denominan oligopéptidos, y las mayores de 20 aminoácidos, polipéptidos. Por
convención a cada aminoácidos integrado a una cadena de aminoácidos se les denomina
residuo aminoacídico. Los polipéptidos de tamaño mayor constituyen por sí mismo las
proteínas, aunque pueden asociarse varios polipéptidos y constituir una proteína más
compleja.

Figura 8. Estructura de un pentapéptido donde se hace resaltar el extremo terminal

amino y carboxilo, los enlaces peptídicos y los radicales correspondientes a cada
residuo aminoacídico.

La forma de unión de los aminoácidos genera una infinidad de posibilidades de

estructuras tridimensionales que permiten tanto la gran variedad funcional de las
proteínas como su complejidad estructural y especificidad de acción.

Las proteínas en general contienen: 50–55% de carbono; 6–7% de hidrógeno, 20–23%

de oxígeno, 12–19% de nitrógeno y 0.2–3.0% de azufre.

La síntesis de proteínas ocurre en los ribosomas, si luego de la síntesis no sufren

modificación alguna las
proteínas se denominan
homoproteínas. En cambio,
si sufren modificación
posterior ya sea de sus
aminoácidos o porque son
unidas a grupos no
proteicos, se denominan,
proteínas conjugadas. El
grupo no proteico se
denomina grupo prostético.
En la Tabla 2. se presentan
los distintos tipos de
proteínas conjugadas, su
grupo prostético y ejemplos
de ellas.
Tabla 2. Proteínas conjugadas
Otra clasificación corresponde a la que toma en cuenta la forma espacial de la molécula
completa:

Proteínas globulares, aquellas que se presentan con formas esféricas o elipsoidales,

resultante del plegamiento de un aminoácido sobre sí mismo. En general, las enzimas y
proteínas solubles presentan este tipo de forma

Proteínas fibrosas son aquellas que presentan forma de bastones y que en general están
formadas por cadenas de polipéptidos que se enrollan entre sí a lo largo de su estructura.
Colágeno, elastina, queratina, etc. Las proteínas fibrosas cumplen papel estructural

Estructura de proteínas

Las proteínas presentan 4 niveles de complejidad estructural

• Estructura primaria. Secuencia lineal de aminoácidos unidos por enlace

peptídico. (Ver figura 8).
• Estructura secundaria, estructura del polipéptido que se ordena espacialmente
por formación de puentes de hidrógeno.
En la estructura secundaria encontramos dos formas de disposición espacial: la
alfa- hélice y la de hoja plagada

1.- En la hélice alfa la estructura se desplaza 360º cada 3,6 residuos de aminoácidos
• Residuo de aminoácido es lo que queda del aminoácido después que
ambas funciones (ácido carboxílico y amina) están formando parte de un
enlace peptídico
Estructura hélice alfa, estructura en la cual un polipéptido se enrolla alrededor de
un eje imaginario, sostenido por la formación de enlaces de hidrógeno entre el
carbonilo que precede un enlace peptídico con el grupo amido de tres residuos más
delante de la cadena primaria
La estructura beta de hoja plegada es una estructura extendida, en la cual los grupos CO
y los grupos NH están orientados perpendicularmente a la dirección de la cadena y a
causa de ello las uniones puente hidrógeno sólo son posibles entre segmentos. Las
cadenas beta tienen alrededor de 5 a 15 residuos aminoacídicos de longitud y se ubican
lateralmente de modo de formar enlaces puente de hidrógeno entre ella y estructurar la
hoja plegada beta, dejando los radicales de los aminoácidos perpendiculares por encima
y por debajo del plano de la hoja. Pueden ser paralelas y antiparalelas, dependiendo si
las cadenas de aminoácidos se ubican paralelas entre sí es decir que van en la misma
dirección o antiparalelas si se ubican en dirección contraria unas con otras.
 • Estructura terciaria, estructura en la cual un polipéptido de enrolla sobre sí
mismo.

Las proteínas estabilizan su estructura adoptando una estructura espacial que

permita la mayor interacción entre los radicales hidrófilos y el solvente y la menor
interacción entre los radicales hidrófobos y el solventeEn la estructura terciaria el
plegamiento de la cadena polipeptídica se hace de tal manera que se producen el
mayor número de interacciones aminoácido - aminoácido y aminoácido - solvente.

En la estructura terciaria, los polipéptidos que pueden poseer en su estructura zonas

helicoidales o con hoja plegada o con ordenamiento al azar, se pliegan sobre sí
mismos y generan una estructura más compleja generalmente globular.

Tipos de enlaces que estabilizan la estructura terciaria

• Enlaces dipolo - dipolo, enlaces electrostáticos o salinos, enlaces ión - dipolo

• Puentes hidrógeno
• Interacciones hidrofóbicas
• Enlaces disulfuro

Los puentes disulfuro son característicos de esta estructura y son los que la estabilizan .
Se producen por acercamiento de los residuos de cisteína y la consecuente reacción de
oxidación de los grupos SH (tioles) que presentan en su molécula generando el puente
disulfuro por dimerización de éstos residuos aminoacídicos. La reacción es una reacción
de oxidación de modo que para romperlos se debe recurrir a la acción de agentes
reductores. La formación del dímero genera un enlace que sirve de puente entre las
cadenas del polipéptido.

Cys-SH + Cys-SH Cys-S-S – cys + 2 e- + 2 H+

Estructura terciaria

• Estructura cuaternaria, corresponde a la asociación de dos o más polipéptidos

formando una estructura polimérica.
La proteínas con estructura terciaria estabilizada pueden asociarse entre sí
generando unidades proteicas más complejas en las cuales cada cadena polipeptídica
recibe el nombre de protómero, monómero o subunidad y el complejo el de
oligómero.Las estructuras así constituidas se llaman estructuras cuaternarias. En
estas estructuras las subunidades pueden ser idénticas o distintas. Las subunidades
están unidas entre sí por los mismos enlaces que la terciaria excepto el puente
disulfuro.

Dos monómeros se unen para formar un dímero

Tetrámero
 Tetrámero entrelazado

Figura .- Relación entre los cuatro tipos de estructura de proteínas.

Los apuntes tienen como base el libro Bioquímica de Lehninger