ISOLASI DAN IDENTIFIKASI PATOGEN

Nama : Diah Nanda Utari

NIM : B1A015092
Kelompok :6
Rombongan :I
Asisten : Syifa Khaerunnisa

LAPORAN PRAKTIKUM FITOPATOLOGI

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2017
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Perkembangan suatu penyakit didukung oleh tiga faktor, yaitu inang yang rentan,
patogen yang virulen dan lingkungan yang mendukung. Patogen terbukti memiliki daya
virulensi yaitu keberhasilan untuk menyebabkan suatu penyakit sebagai ekspresi dari
patogenisitas. Gejala layu dan rontok pada daun seiring dengan perkembangan bercak
dapat diduga sebagai akibat dari substansi-substansi yang disekresikan oleh patogen
dalam mekanisme penyerangannya untuk melumpuhkan inang. Kelompok-kelompok
utama substansi yang disekresikan patogen ke dalam tubuh tumbuhan yang
menyebabkan timbulnya penyakit, baik langsung atau tidak langsung adalah enzim,
toksin, zat pengatur tumbuh, dan polisakarida (Semangun, 1996).
Patogen adalah organisme penyebab penyakit tanaman. Patogen dapat berupa
tumbuhan parasitik, jamur parasit, bakteri parasit, virus, mikoplasma, dan nematoda
parasit. Patogen menghasilkan keturunan yang sangat banyak di dalam proses
reproduksinya, terutama jamur, bakteri, dan virus. Patogen tanaman mempunyai siklus
hidup yang singkat sehingga mampu menghasilkan banyak generasi di dalam satu
musim pertanaman. Patogen semacam ini bersifat polisiklik (beberapa generasi dalam
satu musim pertanaman) (Pracaya, 1996).
Penyakit dapat dikenal dengan mata telanjang dari gejalanya. Penyakit tumbuhan
yang belum ada campur tangan manusia merupakan hasil interaksi antara patogen, inang
dan lingkungan. Konsep ini disebut dengan segitiga penyakit atau plant disease triangle,
sedangkan penyakit tanaman yang terjadi setelah campur tangan manusia adalah
interaksi antara patogen, inang, lingkungan, dan manusia. Konsep ini disebut segi empat
penyakit atau plant disease square. Gejala layu dan rontok pada daun seiring dengan
perkembangan bercak dapat diduga sebagai akibat dari substansi-substansi yang
disekresikan oleh patogen dalam mekanisme penyerangannya untuk melumpuhkan
inang. Kelompok-kelompok utama substansi yang disekresikan patogen ke dalam tubuh
tumbuhan yang menyebabkan timbulnya penyakit, baik langsung atau tidak langsung
adalah enzim, toksin, zat pengatur tumbuh, dan polisakarida (Semangun, 1996).
B. Tujuan

Tujuan acara praktikum kali ini adalah untuk mengetahui penyebab penyakit
dengan cara mengisolasi dan mengidentifikasi patogen yang menyebabkan penyakit
pada tumbuhan.
 II. TELAAH PUSTAKA

Isolasi mikroorganisme ialah proses pengambilan mikroorganisme dari

lingkungannya untuk kemudian ditumbuhkan dalam suatu medium di laboratorium.
Proses isolasi ini menjadi penting dalam mempelajari identifikasi mikrobia, uji
morfologi, fisiologi, dan serologi. Sedangkan pengujian sifat-sifat tersebut di alam
terbuka sangat mustahil untuk dilakukan (Pelczar & Chan, 1986). Isolasi merupakan
tindakan karantina bagi tanaman yang terserang penyakit baik cendawan, bakteri, virus
maupun jamur agar dapat diteliti dan untuk mengetahui patogen penyebab penyakit pada
tanaman. Isolasi patogen adalah proses mengambil patogen dari medium atau
lingkungan asalnya dan menumbuhkannya di medium buatan sehingga diperoleh biakan
yang murni. Patogen dipindahkan dari satu tempat ke tempat lainnya dengan
menggunakan prosedur aseptik. Aseptik berarti bebas dari sepsis, yaitu kondisi
terkontaminasi karena mikroorganisme lain (Singleton & Sainsbury, 2006).
Sedangkan menurut Sutedjo (2011), isolasi adalah mengambil mikroorganisme
yang terdapat di alam dan menumbuhkannya dalam suatu medium buatan. Proses
pemisahan atau pemurnian dari mikroorganisme lain perlu dilakukan karena semua
pekerjaan mikrobiologis, misalnya telah dan identifikasi mikroorganisme, memerlukan
suatu populasi yang hanya terdiri dari satu macam mikroorganisme saja. Prinsip dari
isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang
berasal dari campuran bermacam-macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan
menumbuhkannya dalam media padat, sel-sel mikroba akan membentuk suatu koloni sel
yang tetap pada tempatnya. Isolasi secara definitif adalah memisahkan suatu mikroba
dari lingkungannya di alam. Kemudian ditumbuhkan sebagai bahan murni dalam media
buatan dengan metode aseptis (Nursyam & Murachan, 1985).
Konsep penyakit tanaman dikenal dengan konsep segitiga penyakit yang
merupakan konsep timbulnya penyakti yang dipengaruhi oleh tanaman inang, patogen,
dan faktor lingkungan. Berdasarkan konsep segitiga gangguan, jelas bahwa penyakit
dapat timbul dan berkembang apabila ada interaksi antara tumbuhan rentan dengan
patogen yang virulen pada lingkungan yang mendukung pertumbuhan patogen atau
lingkungan yang kurang sesuai untuk tumbuhan. Kerentanan tumbuhan dan virulensi
patogen tidak berubah pada tumbuhan yang sama selama beberapa hari hingga beberapa
minggu, akan tetapi keadaan lingkungan dapat berubah secara tiba-tiba dalam tingkatan
yang bervariasi, oleh karena itu lingkungan dapat menyebabkan terjadinya perubahan
perkembangan penyakit menjadi lebih cepat atau lebih lambat. Pengaruh tumbuhan
inang terhadap timbulnya suatu penyakit tergantung dari jenis tumbuhan inang,
kerentanan tumbuhan, bentuk dan tingkat pertumbuhan, struktur dan kerapatan populasi,
kesehatan tumbuhan dan ketahanan inang. Tanaman inang terbagi atas tujuh golongan
yaitu tanaman inang rentan, tanaman inang resisten, tanaman inang toleran, tanaman
inang sekunder, tanaman inang primer, tanaman inang alternatif, dan tanaman inang
perantara. Patogen merupakan organisme hidup yang mayoritas bersifat mikro dan
mampu untuk menimbulkan penyakit tanaman antara lain yaitu cendawan, virus, bakteri,
nematoda, spiroplasma, dan riketsia. Faktor lingkungan merupakan faktor yang dapat
memberikan pengaruh terhadap timbulnya suatu penyakit dapat berupa suhu, udara,
intensitas dan lama curah hujan, intensitas dan lama embun, suhu tanah, api, dan
pencemaran air (Martoredjo, 1989).
 III. MATERI DAN METODE

A. Materi

Alat yang digunakan pada praktikum kali ini adalah Laminar Air Flow
(LAF), Cawan petri, Pipet tetes, Kertas saring, Mikroskop, Tabung reaksi, Jarum
Ose, sprayer, scalpel, wrapper dan Api Bunsen.
Bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah media PDA, sampel
tanaman berpenyakit seperti buah dan daun cabai merah (Capsicum annum), Daun
pisang (Musa sp.), Daun pepaya (Carica papaya), Daun tomat (Solanum
lycopersicum), Daun nangka (Artocarpus heterophyllus), dan bulir padi (Oryza
sativa).

B. Cara Kerja
1. Isolasi

Dicuci alkohol 70%

Sampel tumbuhan sakit

dipotong 1x1 cm Dibilas akuades
(bagian sehat dan sakit)

Dikeringkan dengan tisu

Sakit/sehat

Inkubasi 7x24 jam

Hasil difoto
2. Peremajaan

Isolat ambil 1 plug media PDA baru

Inkubasi 4x24 jam

Hasil difoto
3. Identifikasi

Isolat hasil diletakkan di ditetesi kuades dan

Peremajaan object glass ditutup dengan
diambil 1 ose cover glass

Diamati di mikroskop

Hasil difoto
 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Tabel 4.1. Hasil Pengamatan Isolasi dan Identifikasi Patogen Tanaman

Kelompok
Makroskopis
1 2 3 4 5 6

WK Hijau Putih Putih Putih Putih Putih

Putih Putih
WSK Cream Putih Putih kusam Putih
Keabuan kusam

PK Rata Rata Kasar Kasar Kasar

TK Rata Bergerigi Bergerigi Bergerigi Bergerigi

PP Melingkar Menyebar Konsentris Konsentris Konsentris

Mikroskopis

Hifa Septat - Septat Septat Septat -

Konidia - - Ada - Ada -

Rhizoid - - - - - -
Phymatonicum Cercospora
Hasil Kontam Kontam Kontam Kontam
omnivorum sp.
Ket: WK : Warma koloni TK : Tepi koloni
WSK : Warna sebalik koloni PP : Pola penyebaran
PK : Permukaan koloni

Gambar 4.1 Hasil Isolasi Gambar 4.2 Hasil Peremajaan

Patogen tumbuhan. Isolat patogen tumbuhan
Gambar 4.3 Gambar Mikroskopis
Patogen tumbuhan.
B. Pembahasan

Isolasi merupakan teknik yang bertujuan untuk memperoleh jamur dari berbagai
habitat. Biakan yang diperoleh dari isolasi dikenal sebagai isolat murni. Hal ini dapat
dilakukan dengan menumbuhkannya dalam media padat karena dalam media padat sel-
sel jamur akan membentuk suatu koloni sel yang tetap pada tempatnya (Sigiro, 2010).
Menurut Gandjar (2006), terdapat berbagai cara untuk mengisolasi mikroorganisme,
yaitu:
1. Isolasi pada agar cawan
Prinsip isolasi pada agar cawan adalah mengencerkan mikroorganisme sehingga
diperoleh individu spesies yang dapat dipisahkan dari organisme lainnya. Setiap koloni
yang terpisah yang tampak pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal dari satu sel
tunggal. Terdapat beberapa cara dalam metode isolasi pada agar cawan, yaitu: metode
gores kuadran, dan metode agar cawan tuang. Metode gores kuadran ini jika dilakukan
dengan baik akan menghasilkan terisolasinya mikroorganisme, dimana setiap koloni
berasal dari satu sel. Metode agar tuang berbeda dengan metode gores kuadran, cawan
tuang menggunakan medium agar yang dicairkan dan didinginkan (50oC), yang
kemudian dicawankan. Pengenceran tetap perlu dilakukan sehingga pada cawan yang
terakhir mengandung koloni-koloni yang terpisah di atas permukaan/di dalam cawan.
2. Isolasi pada medium cair
Metode ini dapat dilakukan apabila mikroorganisme tidak dapat tumbuh pada
agar cawan. Metode ini juga perlu dilakukan pengenceran dengan beberapa kali
pengenceran, semakin tinggi pengenceran peluang untuk mendapatkan satu sel semakin
besar.
3. Isolasi sel tunggal
Metode ini dilakukukan apabila mikroorganisme berukuran besar dan tidak dapat
diisolasi dengan metode agar cawan atau medium cair. Sel mikroorganisme dilihat
dengan menggunakan perbesaran sekitar 100 kali, kemudian sel tersebut dipisahkan
dengan menggunakan pipet kapiler yang sangat halus ataupun micromanipulator, yang
dilakukan secara aseptis. Cara kerja isolasi jamur patogen dalam praktikum ini yaitu
memotong bagian tanaman dengan ukuran 1x1 cm (potongan sampel tersebut terdapat
bagian yang sehat dan yang sakit), kemudian potongan tersebut dicuci dengan alkohol
70% dan dikeringkan dengan tisu. Maksud dari pemotongan bagian tanaman pada
perbatasan sehat dan sakit adalah untuk menghindari kontaminasi yang terlalu banyak
(Agrios, 1996). Sampel tersebut kemudian ditanamkan pada media PDA dan diinkubasi
selama 7x24 jam. Setelah diinkubasi selama 7x24 jam, selanjutnya dilakukan
peremajaan isolat. Tujuan peremajaan isolat yaitu untuk memacu pembentukan struktur
reproduksi atau morfologi fungi (Budi, 2012). Metode peremajaan dilakukan dengan
mengambil satu plug isolat kemudian diinokulasikan ke media PDA yang baru dan
diinkubasi selama 2x24 jam.
Identifikasi adalah membandingkan isolat yang belum diketahui dengan taksa
yang ada untuk menetapkan identitasnya (Gandjar, 2006). Tujuan dilakukanya
identifikasi adalah untuk mengetahui hubungan kekerabatan. Identifikasi jamur patogen
dikarakterisasi berdasarkan pengamatan morfologi makroskopis dan mikroskopis.
Identifikasi patogen secara makroskopi dilakukan dengan mengamati bentuk koloni,
warna koloni, warna sebalik koloni (reverse side), ada tidaknya titik eksudat, garis
radial, garis konsentris, dan karakter khusus yang dimiliki. warna koloni, tipe koloni,
dan lama pertumbuhan cendawan pada medium (Retnosari et al., 2014). Pengamatan
morfologi mikroskopis (morfologi sel) meliputi ada tidaknya septat pada hifa,
percabangan hifa, warna hifa, ukuran hifa, struktur reproduksi (bentuk spora, warna
spora, permukaan spora, dan ukuran spora), tangkai penghasil spora atau sporangiofor
(warna, percabangan, permukaan, dan ukuran sporangiofor) menggunakan mikroskop
(Dewi & Aziz, 2011).
Parameter pengamatan yang dilakukan yaitu warna koloni berdasarkan
penampakan morfologinya, kemudian dilakukan beberapa kali isolasi dan inokulasi
hingga mendapatkan kultur murni. Kultur murni cendawan yang telah didapatkan
kemudian diidentifikasi. Identifikasi cendawan dilakukan melalui pengamatan morfologi
yaitu warna koloni, ada atau tidak ada sekat, dan bentuk konidia yang mengacu pada
buku identifikasi (Masniawati et al., 2013). Menurut Govindasamy et al., (2014), koloni
yang tumbuh kemudian diamati secara makroskopik dan mikroskopik. Pemeriksaan
mikroskopis dilakukan dengan menggunakan object glass yang terlebih dahulu dibasahi
dengan alkohol 95% atau di bakar langsung di atas lampu bunsen. Kemudian sampel
dari setiap koloni yang tumbuh diambil dan diletakkan ke object glass. Object glass
tersebut diamati di bawah mikroskop. Identifikasi jamur dilakukan dengan mengamati
struktur reproduksi seperti spora.
Berdasarkan hasil pengamatan yang dilakukan, hanya terdapat dua kelompok yang
mengidentifikasi patogen penyebab penyakit tanaman, yaitu kelompok 3 dan 5.
Sedangkan kelompok lainnya kontaminasi. Kelompok 3 yang menggunakan daun
pepaya (Carica papaya) karakter makroskopis yang terdiri dari koloni berwarna putih,
tepi koloni bergerigi, tekstur koloni halus dan pola penyebaran koloni konsentris.
Karakter mikroskopis yang terlihat terdiri atas hifa dan konidium. Hifa berseptat dan
memiliki konidia. Berdasarkan hasil identifikasi menggunakan buku identifikasi, kami
mendapatkan nama genus jamur yang sesuai dengan deskripsi diatas yaitu
Phymatotrichopsis. Phymatotrichum disebabkan oleh jamur yang ditularkan melalui
tanah. Rentang jamur yang luas mencakup berbagai tanaman. Phymatotrichum root rot
(PRR) adalah salah satu penyakit kapas (Gossypium spp.) yang paling merusak Dan
alfalfa (Medicago sativa), sumber serat alami yang paling penting dan salah satu
tanaman pakan ternak yang paling penting (Uppalapati et al., 2010). Busuk kapas sering
menyebabkan layu cepat dan kematian tuan rumah pada akhir musim semi, musim panas
dan awal musim gugur saat suhu tinggi (Olsen, 2015). Klasifikasi dari P. omnivora
menurut Agrios (2005) yaitu.
Kingdom : Fungi
Divisi : Ascomycota
Kelas : Pezizomycetes
Ordo : Pezizales
Famili : Rhizinaceae
Genus : Phymatotrichopsis
Species : P. omnivora
Berdasarkan hasil pengamatan kelompok 5 karakter makroskopis yang terdiri
dari koloni berwarna putih kusam, tepi koloni bergerigi, tekstur koloni kasar dan pola
penyebaran koloni konsentris. Karakter mikroskopis yang terlihat terdiri atas hifa dan
konidium. Hifa berseptat dan memiliki konidia. Berdasarkan hasil identifikasi
menggunakan buku identifikasi, kami mendapatkan nama genus jamur yang sesuai
dengan deskripsi diatas yaitu Cercospora. Spesies Cercospora (Mycosphaerellaceae)
sering dikaitkan dengan bintik daun, tetapi juga menyebabkan nekrotik pada bunga,
buah, bracts, biji dan pedikel dari banyak tanaman yang dibudidayakan dan dari
berbagai iklim di seluruh dunia (Bakshi et al., 2015). Klasifikasi dari Cerospora menurut
Agrios (2005) yaitu:
Kingdom : Fungi
Divisi : Acomycota
Kelas : Dothideomycetes
Ordo : Capnodiales
Family : Mycosphaerellaceae
Genus : Cerospora
Spesies : Cerospora sp.
 V. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa:

1. Cara isolasi penyebab penyakit tanaman yaitu dengan mengisolasi langsung dari
bagian tanaman yang sakit pada media buatan dan diinkubasi Selama 7x24 jam.
Setelah inkubasi dilakukan peremajaan yaitu dipindahkan ke media baru kemudian
dinkubasi selama 2x24 jam. Setelah inkubasi isolat digoreskan pada kaca objek,
diteteskan akuades dan ditutup dengan kaca penutup kemudian diamaati
menggunakan mikroskop cahaya. Hasil pengamatn kemudian dibandingkan dengan
buku identifikasi.
2. Patogen yang diidentifikasi yaitu pada kelompok tiga adalah Phymatotrichopsis
omnivor, dan pada kelompok lima adalah Cerospora sp.

B. Saran

Sebaiknya dalam mengambil preparat untuk diamati tidak terlalu tebal pada
object glass agar hasil pengamatan mikroskopis dapat maksimal.
 DAFTAR REFERENSI

Agrios G. N. 2005. Plant Pathology 5th Edition. New York: Elsevier Academic Press.

Agrios. 1996. Illustrated Genera of Imperfect Fungi. Third Edition. Minneapolis:

Burgess Publishing Company.
Bakhshi, M., Arzanlou., Babai-ahari, A., Groenewald, J. Z., Braun, U & Crous, P. W.
2015. Application of Consolidates Species Concept to Cercospora spp. From
Iran. Persoonia, 34(1), pp. 65-86.

Budi. 2012. Microbiology : Principles and Explorations. New Jersey : PrentinceHall.

Dewi., & Aziz. 2011. Uji Antagonisme Jamur Patogen Phytophthora infestans Penyebab
Penyakit Busuk Daun dan Umbi Tanaman Kentang Dengan Menggunakan
Trichoderma spp. Isolat Lokal. Bioma, 11(1), pp. 24-32
Gandjar. 2006. Introductory Mycology. Eds 4th. New York: John Wiley&Sons.Inc.
Govindasamy, G., U. A. Husin, Y. F. Syukriani, S. Sudigdoadi, & Y. Mulyana. 2014.
Isolation and Identification of Pathogenic Fungi from Air Conditioners in
Tutorial Rooms of the Faculty of Medicine, Universitas Padjadjaran. Althea
Medical Journal, 1(1), pp. 21-23.
Martoredjo, T., 1989. Pengantar Ilmu Penyakit Tumbuhan Bagian Dari Perlindungan
Tanaman. Yogyakarta: Andi Offset.
Masniawati, A., Tutik, K., Risco B., Gobel., and Risnawaty, R. 2013. Identifikasi
Cendawan Terbawa pada Benih Padi Lokal Aromatik Pulu Mandoti, Pulu Pinjan,
dan Pare Lambau asal Kabupaten Enrekang, Sulawesi Selatan. Biology Dept
FMIPA Unhas, pp.51-59.
Nursyam, Ahmad., & Murachan. 1985. Penuntun Mikrobiologi. Malang: Universitas
Brawijaya.
Olsen, M. 2015. Cotton (Texas) Root Rot. College of Agricultural & Life Science, 2(15),
pp. 2-7.
Pelczar, M. J., & E. C. S Chan. 1986. Dasar-Dasar Mikrobiologi Jilid 1. Jakarta:
Universitas Indonesia Press.

Pracaya. 1996. Hama dan Penyakit Tanaman. Jakarta: Universitas Indonesia Press.
Retnosari, E., Henuk, J. B. D & Sinaga, M. S. 2014. Identifikasi Penyebab Penyakit
Busuk Pangkal Batang pada Jeruk. Jurnal Fitopatologi, 10(3), pp. 93-97.

Semangun, H. 1996. Pengantar Ilmu Penyakit Tumbuhan. Yogyakarta: Gadjah Mada

University Press.
Sigiro. 2010. Ilmu Penyakit Tumbuhan. Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada Press.
Singleton & Sainsbury. 2006. Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 3rd
Edition. England: John Wiley and Sons. Sussex.
Sutedjo. 2011. Patogenisitas Rhizoctonia solani pada semai Pinus merkusii dan Acacia
mangium. J. Manajemen HutanTropika 5(1-2):10-17.
Uppalapati, S. R., Young, C. A., Marek, S. M & Mysore, K. S. 2010.
Phymatotrichum (Cotton) Root Rot Caused by Phymatotrichopsis omnivora:
Retrospect and Prospect. Molecular Plant Pathology, 11(3), pp. 325-334.