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ESCOLA SUPERIOR DE

TECNOLOGIA DA SAÚDE
DE COIMBRA - IPC

Alvos Moleculares
Ácidos Nucleicos
• DNA

Química dos Fármacos - Zélia Barbosa 1


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TECNOLOGIA DA SAÚDE
DE COIMBRA - IPC
Estrutura do DNA
• Tal como as proteínas o DNA possui estrutura primária,
secundária e terciária
• 4 nucleósidos:
• Desoxirribose
+base

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DE COIMBRA - IPC
Estrutura primária do DNA

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Estrutura secundária do DNA
DE COIMBRA - IPC

Thymine Adenine
O P
Me O H2N N O
O O
O 3'
P NH N N
O
O N N 5'
O O
5' O O
NH2 O O P
3'
N O
O
O P N O
O N HN 3'
O N N
O 5'
5' O H2N O
O
3' Cytosine Guanine O P
O O
O P O
O

• 2 cadeias de DNA em dupla hélice de diâmetro constante e com 2 sulcos: um major e um


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minor Química dos Fármacos - Zélia Barbosa
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Estrutura terciária do DNA
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Topo II
• DNA é uma molécula extremamente longa, de tal maneira
Tyr
que não caberia no núcleo da célula se existisse como uma
molécula linear. Tem que ser enrolada numa forma mais
compacta :“supercoiling” 5' 3'
• Acção de uma família de enzimas chamadas 3'
DNA
5'

topoisomerases, cruzam DNA helicoidal, clivando


temporariamente ambas as fitas da hélice de DNA para criar
um hiato temporário, em seguida, selar o fio (s) depois que
o crossover ocorreu Topo II

• DNA tem de ser desenrolado novamente na replicação e Tyr


transcrição 3
5' 3'
3' 5'
DNA
Tyr
4
Topo II Topo II
Tyr Tyr
5' Topo II
3'
DNA 3' 5'
Tyr
Tyr Tyr
5' 3'
Topo II Topo II 5
3' 5'
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DNA como alvo
• Especialmente antibacterianos e anticancerígenos
• Intercalantes

• Interferência com topoisomerase

• Alquilantes

• Agentes de “metalização”

• Cortadores de cadeia

• Terminadores de cadeia

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Alvo: DNA
• AGENTES INTERCALANTES
• Compostos planares aromáticos ou heteroaromáticas que deslizam entre as bases
do DNA, alterando a forma do DNA, impedindo a replicação e transcrição,
podendo também inibir as topoisomerases: Sulco major ou minor
• Exemplo:
sugar phosphat e
backbone
G C
AT
T A
TA
T A
G C
Proflavina
G C
prof lavine
TA H 3N NH3
T A
T A H 3N N NH3
AT
AT
O O
T A
C G
G C
G C

TA
T A
G C
GC
GC
T A van der Waals interactions
A T

Ionic interactions
C G
TA
T A

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Alvo: DNA
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• AGENTES INTERCALANTES
Bloqueio da transcrição de
DNA do parasita

2 G adjacentes em cadeias alternadas.


Complexo com o DNA muito estável, que
impede o desenrolamento da dupla hélice

Sulco minor

Streptomyces parvullis

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Alvo: DNA
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• AGENTES INTERCALANTES
Antraciclinas Cardiotóxicos

Sulco major Sulco minor G-C

Streptomyces peucetius

LMA

• Também estabilizam o complexo DNA-enzima (Topoisomerase II) >>> apoptose??

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Alvo: DNA
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• AGENTES INTERCALANTES

Streptomyces verticillus
Não causa depressão da medula
óssea

O2-
Corte
Fe2+ O2 Fe3+ cadeia
OH-

Impede DNA ligase? 10


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Alvo: DNA
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• AGENTES NÃO INTERCALANTES QUE INTERFEREM


COM A TOPOISOMERASE

Inibem a replicação e transcrição do DNA bacteriano por


formação de complexo Fármaco-enzima-DNA

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Barbosa
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Alvo: DNA
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• AGENTES NÃO INTERCALANTES QUE INTERFEREM


COM A TOPOISOMERASE

Gram+ >> DNA-Topoisomerase IV


Gram- >> DNA-Topoisomerase II 12
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Alvo: DNA
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• AGENTES NÃO INTERCALANTES QUE INTERFEREM COM


A TOPOISOMERASE
• PODOFILOTOXINAS: Etoposido e Teniposido (C. testicular e Pulmão
cnp). Também é cortador de cadeia
• Camptotecinas
• Estabilização complexo DNA-Topoisomerase I, levando à clivagem do
DNA e morte celular (fase S)
• Topotecan- C. ovário resistente a fármacos de 1ª linha
• Irinotecan- pró fármaco, em associação com 5FU e ác. Folínico, C.
intestinal avançado, metabolização 2 a 5%
epipodofilotoxina

Carboxilesterases13
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Alvo: DNA
• AGENTES ALQUILANTES
• Compostos altamente electrofílicos que reagem com
nucleofilicos do DNA e formam ligações covalentes. Podem
causar cross-linking, impedindo replicação/transcrição

• Alquilam proteínas e DNA, pouca selectividade e elevada


toxicidade

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Alvo: DNA
• AGENTES ALQUILANTES
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• Mostardas azotadas
• Clorometina- linfoma Hodgkin
• Melfalan (mieloma múltiplo); Estramustina (c.
prostata); Clorambucil (linfomas, LLC); Ifosfamida
(C. pulmão, testículo, mama, sarcomas, linfomas,
leucemias);
• Ciclofosfamida- leucemias, linfoma, sarcoma tec
moles, tumores sólidos

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Alvo: DNA
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• AGENTES ALQUILANTES
• Nitrosureias

BHE

Inibe enzimas
reparadoras do DNA

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Alvo: DNA
• AGENTES ALQUILANTES
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• Bussulfano (LMC) Busulfan

DNA

• Dacarbazina e Procarbazina AIC

HN N

Cyt P- 450 HN N HN N
HN N -CH2O H2N CONH2
l i ver
N N CONH2 N NH CONH2
N N CONH2 N N CH3
N N H
H3C N H Methyldiazonium ion
H O CH3 CH3
CH3
Dacarbazina
Química dos Fármacos - Zélia Barbosa N2 + CH3
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• AGENTES ALQUILANTES Alvo: DNA
• Mitomicina C
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DE COIMBRA - IPC Streptomyces caespitosus
H
O OH O CH2OCONH2
CH2OCONH2 CH2OCONH2
H
H2N H2N H2N
OMe OMe

-MeOH
Reduction N NH
Me N NH Me N NH Me

O OH OH
O H
C NH2
H O H2N-DNA
O CH2OCONH2 OH CH2
-H + H2N H2N
Ring H2N-DNA NH-DNA
opening N
Me Me N O Guanine
NH2 NH2
OH OH HN N
Alkylating agent
N N
NH
OH CH2
NH-DNA O Guanine
OH H2N N
CH2 HN
NH
H2N
N N
-CO2 NH-DNA N
Me
-NH3 NH2
Me N OH
NH2 18
OH Crosslinked DNA
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Alvo: DNA
• AGENTES DE “METALIZAÇÃO”
• Cisplatina
• Molécula neutra e inactiva, pró fármaco
• Activado nas células que têm baixa concentração de Cl
• Cl são substituidos por ligandos neutros de água
• Produz espécies carregadas positivamente
• Liga-se ao DNA em duas G adjacentes do DNA
• “cross-linking” intracadeia
• Inibe a transcrição do DNA

Cl NH3 H2O H2O NH3 + H2O NH3 2 +


DNA
DNA NH3
Pt Pt Pt Pt
+
Cl NH3 Cl NH3 H2O NH3 DNA NH3
C i s p l a t i n 19
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Alvo: DNA
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• CORTADORES DE CADEIA
• Cortam a cadeia de DNA e impedem a reparação pela DNA ligase, por criação
de radicais na estrutura do DNA
• Os radicais reagem com Oxigénio e formam peróxidos e fragmentos
de DNA
• Agentes anticancerígenos: Bleomicinas e podofilotoxinas também
podem actuar desta maneira
• Agentes antibacterianos: nitroimidazois e nitrofurantoína

Redução

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Alvo: DNA
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• CORTADORES DE CADEIA
• Bleomicinas

BLEOMYCIN A2 R = NHCH2CH2CH2SMe2
BLEOMYCIN B2 R = NHCH2CH2CH2CH2NHC(NH2)=NH

• Também é agente intercalante


• Retira H do DNA , o que gera radicais
• Radicais reagem com oxigenio resultando no corte da cadeia
• Também inibe enzimas reparadoras?
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Alvo: DNA
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• CORTADORES DE CADEIA

Sulco minor

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Alvo: DNA
• TERMINADORES DE CADEIA

Anti viral: Herpes


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Alvo: DNA
• TERMINADORES DE
CADEIA

 Actuam como falsos


substratos que são
incorporados no DNA
durante a replicação;
uma vez inseridos
termina o crescimento
da cadeia

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Alvo: DNA
• TERMINADORES DE CADEIA O
O CH3
Azidotimidina (AZT) CH3
HN
Zidovudina HN
O N
O N O O O
HO P O P O P O O
HO O OH OH OH

N3
N3
Chain terminating
group
• Profarmaco usado no tratamento do HIV
• AZT é fosforilada a trifosfato depois de administrada
• Trifosfato tem dois mecanismos de acção:
- Inibe a enzima viral (transcriptase reversa)
- É adicionada à cadeia de DNA em formação e actua como
terminador de cadeia
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Alvo: DNA
• TERMINADORES DE CADEIA
O
N N
N
HN
AcO
N N NH2
H2 N N N

O Chain OAc
Chain
HO terminating terminating
group group
Aciclovir Famciclovir
(Zovirax) (Famvir)

• Profarmacos usados como agentes antivirais


• Mesmo mecanismo do AZT
• Usado vs herpes simplex e herpes zoster
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Alvo: DNA

• TERMINADORES DE CADEIA: TRÊS


CONDIÇÕES:

• Têm de ser reconhecidos pelo DNA molde como tendo possibilidade de


se ligar à cadeia

• Têm de ter um grupo trifosfato, para poder ser catalizado pela enzima

• A sua estrutura não pode permitir a adição de mais bases

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Alvo: DNA
• CONTROLADORES DA TRANSCRIÇÃO DE GENES
• Design de moleculas sinteticas capazes de controlar a
transcrição genética
• Moleculas capazes de reconhecer e ligar a pares de bases
especificas
• Poliamidas com anéis heterociclicos capazes de se ligarem ao
sulco minor
• Ligação envolve grupos amida e heterociclos
• Padrões específicos de anéis heterocíclicos que permitam o
reconhecimento de pares de bases em particular
• Capazes de inibir a transcrição
• Desenhados para ligar ao elemento regulador do gene
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Alvo: DNA
• CONTROLADORES DA TRANSCRIÇÃO DE GENES
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Me O
Linker
O
N
N
Py
A T N
O H H
Im N Me
N N
Me H C G
N O
Py H N
A T
N H H
Hp
O O N
Me
Arm
Me O T A H Arm
N N
Hp H O

N H G C Py
O N
H Me
N T A N
Me N Im O

Py
H N
Me H
H N Me
N N
Me O 29
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O
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Importante (DNA)
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• Agentes intercalantes têm anéis aromáticos ou


heteroaromáticos planares que “deslizam” entre os pares de
bases do DNA

• Antraciclinas estabilizam o complexo de clivagem


Topoisomerase II-DNA

• Bleomicinas são agentes intercalantes e formam complexos com


iões ferrosos que geram espécies reactivas de Oxigénio que
clivam as cadeias de DNA. Também actua como terminador de
cadeia

• Etoposido e Teniposido são agentes não intercalantes que


interferem com a topoisomerase II. Também podem actuar
como terminadores de cadeia 30
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Importante (DNA)
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• Camptotecina é um agente não intercalante que interfere com


a Topoisomerase I e estabiliza o complexo enzima-DNA

• Agentes alquilantes contêm grupos electrofilicos que reagem


com centros nucleofilicos do DNA, se tiverem 2 grupos
electrofilicos podem efectuar cross-linking inter e/ou
intracadeias

• Mostardas Azotadas reagem com as Guaninas do DNA por


cross-linking

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Importante (DNA)
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• Nitrosureias e bleomicinas têm um duplo mecanismo de acção

• Cisplatina é um agente alquilante que provoca cross-linking


intracadeia

• Dacarbazina e Procarbazina são pró drogas activadas por


enzimas afim de produzirem o ião metildiazónio que age como
agente alquilante

• Mitomocina C é um produto natural que por redução


enzimática é reduzido a agente alquilante. Provoca cross-
linking intercadeias(G)

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Importante (DNA)
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• Caliqueamicina é um produto natural que reage com


nucleófilos , originando espécies di-radicalares. Reagem com o
DNA, cortando as suas cadeias.

• Aciclovir é um pró fármaco que actua como terminador de


cadeia

• Estão a ser estudados compostos sintéticos que se possam


ligar aos elementos reguladores do DNA de forma a controlar a
transcrição de genes

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