Структура белков

БЕЛКИ являются носителями информации

 БЕЛКИ —природные высокомолекулярные
полимеры, состоящие из аминокислотных
остатков, соединенных пептидной связью.

Белки являются главной составной частью живых

организмов и молекулярной основой процессов
жизнедеятельности

• 2 — 10 а/к — олигопептиды
• <80 а/к — полипептиды
• >80 а/к — белки
 КЛАССИФИКАЦИЯ БЕЛКОВ
I. По функциям (см. лекцию 1)
II. По форме молекулы:
Фибриллярные (нитевидные) Глобулярные (шаровидные) (альбумины,
коллаген глобулины)

III. По степени сложности молекулы

1. Простые (состоят только из АК)
2. Сложные: небелковая часть(простетическая группа) + белок
IV. По пищевой ценности
1. Полноценные
2. Неполноценные
 СТРУКТУРА БЕЛКОВ

Молекулы белков состоят из аминокислотных

остатков
Протеиногенные аминокислоты
 Полярные, незаряженные R-группы
L-серин; L-цистеин; L-глутамин;
L-треонин; L-метионин; L-аспарагин

Отрицательно заряженные R-группы

L-глутаминовая к-та; L-аспарагиновая к-та

Положительно заряженные R-группы

L-лизин; L-гистидин, L-аргинин

Ароматические R-группы
L-фенилаланин; L—тирозин; L-триптофан
ОБРАЗОВАНИЕ ПЕПТИДНОЙ СВЯЗИ

Ковалентная,
полуторная,
в транс-форме
 Л.Полинг и Р.Кори проводили рентгено-
структурные исследования аминокислот и
пептидов (30-е г.г. XX-го века)

В пептиде:
(C – N) 1.32 Å

(С – N) 1,49 Å

(С = N) 1,27 Å
 Постулаты Л.Полинга и Р.Кори
(30-е г.г. XX-го века)

1. Вращение атомов вокруг пептидной связи

невозможно
2. Все атомы лежат в одной плоскости
(копланарность)
3. Все аминокислоты (искл. пролин) вносят
одинаковый вклад в образование пептидной
связи (эквивалентность)
4. Обеспечивает максимум водородных связей
Стремление к образованию максимума водородных связей:
Пространственная структура белка:
4 основных уровня структурной организации
 Первичная структура белка — это конфигурация
полипептидной цепи, которая формируется в
результате образования пептидных связей между
остатками АК.
Первичную стр-ру белка стабилизируют :
— пептидные связи
— дисульфидные связи (между свободными -SH группами цистеина (если
они расположены рядом друг с другом)
 ВТОРИЧНАЯ СТРУКТУРА БЕЛКА – это локальная конформация
полипептидной цепи, обусловленная вращением отдельных
участков вокруг одинарных ковалентных связей

1.α-спираль

Предложена
Л.Полингом и Р.Кори
в 1951 г.

1 виток спирали:
3,6 АК-остатка,
шаг спирали – 0,54 нм

Как правило, право-

закрученная спираль
 2. β - структура

Антипараллельная β-структура Параллельная β-структура

3. β-складчатый слой

4. β- поворот (шпилька)
 Почему одна и та же полипептидная
цепь содержит участки с различными
типами вторичной структуры?
• Причина – излом в местах
расположения остатков пролина

Может образовать
только 1 водородную связь!
НАДВТОРИЧНАЯ СТРУКТУРА – локальная
конформация, которая образуется в результате
объединения нескольких участков одной
полипептидной цепи, которые имеют вторичную
структуру

Типы: α/α; α/β; β/β и т.д.

Коллаген
 α-кератин
Коллаген
левая суперспираль
Правая
тройная
суперспираль,
состоящая из
левых
спиралей

Фиброин шелка
• ДОМЕН – участок молекулы белка с
надвторичной структурой, имеющий
глобулярную форму

(Доменами называют области в третичной

структуре белка с определенной структурной
автономией)

• структурные домены
• функциональные домены
Cтруктурные домены
 Функциональные домены

Домены в структуре протеолитического

фермента папайи - папаина
Прерывистыми линиями намечено направление впадины
между двумя доменами, в которой связывается субстрат и
размещен каталитический центр. S-S- связи заштрихованы.
 Несколько определений!

• Конфигурация полимера – это такое

расположение атомов в полимерной
молекуле, изменить которое можно только
разорвав ковалентные связи;
• Конформация – такое расположение
полимерной молекулы в пространстве,
которое обусловлено вращением атомов
или групп атомов вокруг ковалентной связи;
• Конформационная лабильность белков: – это
способность белков к небольшим изменениям
конформации за счет разрыва одних и образования
других слабых связей;

• Кооперативность мономеров в полимере: если в

одном участке полимера происходит изменение
пространственного расположения атомов, то это
приводит к изменению пространственного
расположения атомов и во всех других участках
полимерной молекулы
ТРЕТИЧНАЯ СТРУКТУРА –
расположение в пространстве всей
полипептидной цепи, отдельные участки
которой имеют локальную конформацию,
т.е. сохраняют α-спиральную или β-
структурную форму
 ПРИЧИНЫ ФОРМИРОВАНИЯ
ТРЕТИЧНОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКА

•Влияние окружающей среды

•Взаимодействия между радикалами
аминокислот, расположенных рядом друг с
другом
•Повороты полипептидной цепи в местах
расположения пролина
СВЯЗИ, СТАБИЛИЗИРУЮЩИЕ ТРЕТИЧНУЮ СТРУКТУРУ
(взаимодействие между радикалами аминокислот)

• Гидрофобные – определяющие (главные)

взаимодействия!
• Ионные
• Электростатические
• Дисульфидные
• Водородные
Третичная структура обеспечивает
проявление белком
функциональной активности
ЧЕТВЕРТИЧНАЯ СТРУКТУРА – объединение
нескольких полипептидных цепей, имеющих
третичную структуру, приводящее к
возникновению молекулы с новыми
функциональными свойствами

Подобные белки называются олигомерными,

а составляющие их индивидуальные
полипептидные цепи — протомерами или
субъединицами.
2 субъединицы — димеры
4 субъединицы — тетрамеры
> 4 субъединиц — олигомеры
Связи, стабилизирующие четвертичную
структуру:
• Водородные
• Электростатические

Но!!! Не дисульфидные и
не пептидные
 ПРЕИМУЩЕСТВА белков с
четвертичной структурой

1. Экономия генетического материала

2. Уменьшение числа ошибок при синтезе

белка

3. Качественное разнообразие белков.

Кооперативный эффект субъединиц.
 Пример: ЛАКТАТДЕГИДРОГЕНАЗА
4 субъединицы 2-х типов (активен только
тетрамер):
Н – сердечный тип (heart);
М – мышечный тип (musle).

Пять изоформ фермента:

НННН
НМММ
ННММ
НННМ
ММММ
Миоглобин Гемоглобин
Кривые насыщения кислородом миоглобина
и гемоглобина
Эффект кооперативности при связывании
кислорода гемоглобином

О2 О2 О2

О2 О2
Четыре уровня структурной организации
белка
Пример пятого уровня структурной
организации белка
 Главный принцип, лежащий в основе
высочайшей специфичности белков - принцип
комплементарности или пространственного
соответствия
между активным участком белковой молекулы
и молекулой или участком молекулы (лигандом),
с которым реагирует этот белок
 СЛОЖНЫЕ БЕЛКИ

• Простые белки построены только из

аминокислотных остатков

• Сложные белки содержат небелковые

компоненты
В зависимости от химического состава
простетической группы различают:

• ХРОМОПРОТЕИНЫ – белки, ПГ которых

имеет окраску:

Гемоглобин, миоглобин, цитохромы,

пероксидазы, каталазы (Fe, Cu-гем) –
красные;
Флавопротеины (ФМН, ФАД) - желтые
Протопорфирин Гем
• Основу структуры простетической группы
большинства гемосодержащих белков составляет
порфириновое кольцо, являющееся в свою
очередь производным тетрапиррольного
соединения – порфирина. Последний состоит из
четырех замещенных пирролов:
• соединенных между собой метиновыми
мостиками (—СН=). Незамещенный порфирин
называется порфином. В молекуле гема порфин
представлен в виде протопорфирина IX,
содержащего четыре метильные группы (—СН3),
две винильные группы (—СН=СН2) и два остатка
пропионовой кислоты. Протопорфирин,
присоединяя железо, превращается в гем.
Типы связей с белковым компонентом:

• Координационные
• Ковалентные
Функции:
• Перенос кислорода;
• Редокс-процессы
•Гликопротеины -гликоконъюгаты
Содержат углеводный компонент.

Протеогликаны
Мукопротеины

Структурная, защитная,
рецепторная функции.
 Функции:

• Обеспечивают процессы молекулярного

узнавания:
Молекулы адгезии, рецепторы,
антитела, гормоны-белки
(интерфероны, иммуноглобулины и т.д.)

Гликобиология –наука о ГП
 Типы связей с белковым компонентом:

• О-гликозидные (с ОН-группами серина,

треонина и оксилизина)
• N-гликозидные (с амидными группами Асн,
Глн, w-NH2-гр. Лиз и Арг)
• Эфирные гликозидные (с COOH-гр. Глу и Асп)
не все связи установлены
 Металлопротеины
содержат металл

• Железопротеины (ферритин, трансферрин,

гемосидерин)
• K,Na,Mg,Ca (АТФазы, ферменты гликолиза)
• Cu (церулоплазмин)
 Функции:

• Транспорт ионов
• Ферментативная (Ме – кофакторы
ферментов)
• Редокс-процессы

Связи: координационные, ионные

 Липопротеины

• Типы: Структура ЛП
1. Хиломикроны
2. ЛПОНП
3. ЛППП
4. ЛПНП
5. ЛПВП

Альбумин
Обзор путей транспорта липопротеинов и жирных кислот
Включение рецепторов ЛПНП в захват и
метаболизм холестерола
 Типы связей

• Ионные (между полярной головкой липида

и заряж.группами белков)

• Гидрофобные (между неполярной частью

липида и гидрофобными участками белка)
 Фосфопротеины – содержат остатки
фосфорной кислоты

• Казеиноген молока
• Овальбумин ( в белке к.я.)
• Вителлин (в желтке к.я.)
• Ихтулин (икра рыб)
 Типы связей

• Сложноэфирные связи с ОН-группами β-

оксиаминокислот (Сер, Тре)
Функции
• Фосфорилирование- дефосфорилирование
• Пластическая
• энергетическая
 Фосфопротеины «популярны» в
клетке потому, что процесс
фосфорилирования является
способом влияния на на конформацию
белка и используется в системах
регуляции процессов
жизнедеятельности
 Нуклеопродеины

• Дезоксирибонуклеопротеины (ДНП)
• Рибонуклеопротеины (РНП)

Локализация: ядро, цитоплазма,

Вирусы

Вирусы – НП
 Типы связей
• Ионные
• Гидрофобные, водородные

Функции
• Хранение и передача информации

НП – надмолекулярные структуры
Фолдинг белка
ФОЛДИНГ –формирование нативной структуры белка
 Пример фолдинга РНК-азы
(рибонуклеаза)

124 АК-остатка, 8 SH-групп, 4 –S-S- связи

1. Добавление мочевины и β-
меркаптоэтанола: неактивный белок
2. Диализ: активный белок
 Два вывода:
• Вся информация о третичной структуре
белка (не имеющего небелкового
компонента) заключена в его первичной
структуре;

• Белок не только «знает», какую

конформацию принять, но и делает это
самопроизвольно
Это правило соблюдается только для
нескольких малых белков!
 Для правильной пространственной
сборки большинства белков необходимы
специальные белки – шапероны и
ферменты фолдазы
 Они не определяют, какой должна
быть пространственная структура белка
(т.е. не являются «инструкторами»), но
создают условия для ее быстрого
формирования
 Нарушения в работе шаперонов может
приводить к болезням Альцгеймера,
Крейнцфельда-Якоба, коровье
бешенство (губчатая энцефалопатия)

Прионы как антишапероны

PrPc – в мозге
(от англ. prion-related protein или protease-resistant
protein)

открыты в 1982 году американским молекулярным биологом,

профессором Стенли Прюзинером
Прио́ны (от англ. proteinaceous infectious
particles — белковые заразные частицы) —
особый класс инфекционных агентов
белковой природы, не содержащих
нуклеиновых кислот, вызывающих тяжёлые
заболевания центральной нервной системы у
человека и ряда высших животных (т. н.
«медленные инфекции»
PrP-c PrP-Sc
• Прионный белок, обладающий аномальной
трёхмерной структурой, способен катализировать
структурное превращение гомологичного ему
нормального клеточного белка в себе
подобный (прионный), присоединяясь к белку-
мишени и изменяя его конформацию. Как правило,
прионное состояние белка характеризуется
переходом α-спиралей белка в β-слои. Прионы —
единственные инфекционные агенты, размножение
которых происходит без участия нуклеиновых
кислот.