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Méningites néonatales
Philippe Bideta, Patricia Mariani-Kurkdjiana, Stéphane Bonacorsia,*
RÉSUMÉ SUMMARY
Les méningites néonatales sont particulièrement redoutables car elles
surviennent sur un terrain à l’immunité immature et un cerveau en déve- Neonatal meningitis
loppement. Elles se distinguent des méningites de l’enfant plus âgé et Neonatal meningitis is particularly dreadful as it occurs
de l’adulte par de nombreux points qui rendent leur diagnostic difficile. on a developing brain with immature immunity. It differs
L’absence de signes cliniques spécifiques conduit à une fréquence accrue from meningitis in older children and adults by many
des ponctions lombaires. Dans ce contexte le prélèvement peut être trau- points that make it difficult to diagnose. The lack of
matique, rendant l’analyse difficile, ou contre-indiqué du fait de l’instabi- specific clinical signs leads to an increased frequency
lité du nouveau-né, d’où une réalisation différée, sous antibiotiques. Le of lumbar punctures. In this context the sample can
streptocoque du groupe B (Streptococcus agalactiae) et Escherichia coli be traumatic, making it difficult to analyze, or the
sont les deux principales étiologies bactériennes, responsables respec- sampling can be contra-indicated due to the insta-
tivement d’environ 60 % et 30 % des cas. Listeria monocytogenes a vu bility of the newborn, resulting in delayed realization
son incidence chuter à moins de 5 %. Mais d’autres bactéries peuvent under antibiotic treatment. Group B streptococcus
être en cause comme les bactéries à tropisme méningée classiques (Streptococcus agalactiae) and Escherichia coli are
(méningocoque, pneumocoque) ou bien des germes atypiques, tel le genre the two major pathogens responsible of approximately
Ureaplasma. Les méningites virales sont aussi fréquentes et méconnues, 60 % and 30 % of cases, respectively. The incidence
liées principalement aux entérovirus et parechovirus qui, bien que souvent of Listeria monocytogenes has declined to less than
bénignes, peuvent parfois s’avérer mortelles, notamment chez les nou- 5 %. Other bacteria may be involved such as bac-
veau-nés de moins de 6 jours de vie. Les virus herpès sont responsables teria with classic meningeal tropism (meningococ-
de méningoencéphalites beaucoup plus rares mais dont le pronostic est cus, pneumococcus) or atypical organisms, such as
gravissime en l’absence de traitement. La faible quantité de prélèvement Ureaplasma genus. Viral meningitis is also frequent
disponible, combinée aux difficultés du diagnostic et à la gravité du pro- and unrecognized primarily caused by enteroviruses
nostic en cas de traitement inadapté, fait du diagnostic des méningites and parechoviruses which, though often benign, can
néonatales un défi que seule une parfaite collaboration entre le pédiatre sometimes be fatal, especially in infants less than 6
et le biologiste est à même de relever. days of life. Herpes viruses are responsible for the
much rarer meningoencephalitis whose prognosis is
Nouveau-né – méningite – liquide céphalorachidien – extremely serious in the absence of treatment. The
streptocoque du groupe B – Escherichia coli – entérovirus. small amount of sample available, combined with the
difficulties of diagnosis and severity of the prognosis
in case of inadequate treatment, makes the diagnosis
of neonatal meningitis a challenge that only a perfect
1. Épidémiologie collaboration between the pediatrician and the bio-
logist is able to meet.
Dans le monde, la majorité des cas de méningite bactérienne
néonatale s’observe dans les pays en voie de dévelop- Newborn – meningitis – cerebrospinal fluid –
pement, avec une incidence de 1 pour 1 000 naissances group B streptococcus – Escherichia coli – enterovirus.
vivantes, s’accompagnant d’une mortalité d’environ 40 %,
ce qui représente 1 % des causes de mortalité du nou-
veau-né dans le monde. Dans ces pays, Escherichia coli l’incidence a diminué et est actuellement comprise entre
est le premier germe retrouvé [1]. Dans les pays dévelop- 0,22 et 0,37 pour mille naissances vivantes [3, 4], avec
pés, l’incidence des méningites bactériennes néonatales un taux de mortalité global en France de 13 % mais qui
était également de l’ordre de 1 pour 1 000 naissances atteint 25 % chez les prématurés [5]. Environ un tiers des
vivantes avant les années 80 [2]. Au-delà de cette période, méningites néonatales s’observent dans les quatre premiers
jours de vie (infection néonatale précoce) [5].
Alors qu’antérieurement E. coli était aussi le premier
a Service de microbiologie pathogène responsable de méningite néonatale dans les
Centre hospitalier universitaire Robert-Debré (AP-HP) pays développés, le streptocoque du groupe B (SGB) et
48, bd Sérurier E. coli ont inversé leur place vers les années 80 et actuelle-
75935 Paris cedex 19 ment, E. coli occupe la deuxième place avec en moyenne
deux méningites à SGB pour une méningite à E. coli. Listeria
* Correspondance monocytogenes a vu sa prévalence chuter à moins de 5 %
stephane.bonacorsi@rdb.aphp.fr des méningites néonatales [6]. Dans une étude française
récente portant sur 439 cas de méningites néonatales
article reçu le 5 octobre, accepté le 13 octobre 2014 diagnostiqués entre 2000 et 2007, le SGB et Escherichia
© 2015 – Elsevier Masson SAS – Tous droits réservés. coli représentaient respectivement 59 % et 28 % des cas.
Les voies de contamination digestive du nouveau-né réalisation d’une ponction lombaire à cet âge et de la
sont alors plus variées, à partir de son environnement, de pauvreté des signes cliniques, toute suspicion d’infection
son alimentation. La contamination par le lait maternel a, et, a fortiori, de méningite chez un nouveau-né doit entraî-
par exemple, pu être démontrée dans certains cas [28]. ner automatiquement la réalisation d’une hémoculture
Alors que la mise en place de l’antibioprophylaxie per- (de préférence sur flacon aérobie). Le problème principal
partum s’est avérée efficace pour réduire l’incidence de cet examen est un défaut de sensibilité du fait du faible
des infections néonatales précoces à SGB, celle des volume de sang qui peut être prélevé. Les recomman-
infections néonatales tardives n’a pas diminué, mon- dations sont de prélever au moins 1 ml, 2 ml si possible
trant bien que les voies de contaminations de l’enfant [35]. Toutefois, ce faible volume de sang prélevable est
sont différentes dans les deux cas [29]. Plus rarement la en partie compensé par le niveau de bactériémie élevé
méningite fait suite à une infection nosocomiale favorisée (≥ 103 UFC/ml) lors du processus méningé [30].
par un cathéter veineux central ou une sonde urinaire.
Que ce soit dans l’infection précoce ou dans l’infection 3.2. Ponction lombaire
tardive, le risque de méningite néonatale dépend du niveau Comme le diagnostic clinique de méningite chez le
de la bactériémie. Plus celle-ci est élevée et prolongée, nouveau-né est particulièrement difficile, du fait de
plus le risque que la bactérie traverse la barrière héma- l’absence de signe spécifique la différenciant du sepsis
toméningée est élevé [30, 31]. Ce fait explique en partie néonatal, la ponction lombaire est réalisée systémati-
que les hémocultures sont plus fréquemment positives quement en cas de syndrome infectieux patent. Dans
lors d’une méningite néonatale prouvée (62 %) [32] que les recommandations de l’ANAES de 2002, il est dit que
lors d’un sepsis néonatal (15 %) [33]. Le seul cas où la « La ponction lombaire est indiquée dès que l’état de
méningite ne fait pas suite à une bactériémie est le pas- l’enfant le permet, en cas d’altération de l’état général,
sage direct de la bactérie d’une flore vers le LCR. Ceci se de signes cliniques neurologiques ou de sepsis, et si
voit notamment en cas d’anomalie de fermeture du tube l’hémoculture est positive ». Elle est cependant contre-
neural avec persistance d’un pertuis entre les méninges et indiquée en cas d’instabilité respiratoire ou hémody-
le revêtement cutané [34]. Le diagnostic d’une méningite, namique, ou en présence d’une thrombopénie sévère.
éventuellement récidivante, sans bactériémie associée et Dans ce cas, le LCR prélevé ultérieurement, alors que
avec une bactérie atypique ou peu pathogène, doit faire l’enfant est déjà sous antibiotiques, sera analysé sur le
réexaminer le patient à la recherche d’une malformation plan cytologique, sans tenir compte de la négativité des
passée inaperçu. cultures. Les techniques moléculaires prennent, dans
ce cas, toute leur importance.
3. Diagnostic L’acheminement du LCR au laboratoire doit se faire le
plus rapidement possible (moins de 30 minutes) à l’abri
Diagnostiquer une méningite chez un nouveau-né suspect du froid et, dans tous les cas possibles, doit être manu-
d’infection bactérienne est crucial pour la prise en charge portée. Outre l’urgence diagnostique qui justifie cette
thérapeutique. En effet, la posologie, la durée et parfois diligence et ces précautions, des arguments biologiques
la nature même de l’antibiothérapie, vont dans ce cas entrent aussi en considération : la lyse spontanée des
être modifiées. Malheureusement, le diagnostic clinique polynucléaires et la fragilité de certains germes. En
d’une méningite néonatale est particulièrement difficile, effet, les valeurs de la glycorachie et la numération des
les signes classiques du syndrome méningé (céphalée, leucocytes diminuent d’environ 10 % par heure à tem-
raideur de nuque, photophobie, nausée) n’étant pas ana- pérature ambiante [36]. D’autre part, parmi les bactéries
lysables à cet âge. Certains signes tels qu’un bombement responsables de méningite, certaines sont particuliè-
de la fontanelle, une atonie ou des convulsions peuvent rement sensibles au froid, notamment les membres de
faire évoquer le diagnostic mais ils sont inconstants et la famille des Neisseriaceae comme le méningocoque.
peu spécifiques [25]. En l’absence de tels symptômes, Le prélèvement de LCR doit donc être mis en culture
c’est donc un faisceau d’arguments clinico-biologiques le plus rapidement possible et ne doit surtout pas être
(anamnèse, fièvre ou hypothermie, signes neurologiques placé dans un réfrigérateur avant l’ensemencement.
tels qu’hypotonie, hyperexitabilité, marqueurs de l’inflam- Outre l’ensemencement des milieux de culture, le LCR
mation) qui va amener le pédiatre à réaliser une ponction est utilisé directement pour l’analyse biochimique et la
lombaire. Bien qu’aucun seuil de C-réactive protéine numération des éléments (leucocytes). La numération
(CRP) ne puisse être fixé, l’élévation de la CRP au-delà de des éléments est effectuée dans une cellule de compte
60-80 mg/l est considérée par certains auteurs comme un (cellule de Nageotte, cellule de Malassez ou, éventuel-
élément d’alerte [25]. Le dosage de la procalcitonine, en lement, système multi grilles sur lame type KOVA™) [37].
dehors de la période de son pic physiologique (24 à 48 h
après la naissance), présente l’intérêt d’être discriminant 3.3. LCR normal du nouveau-né
entre les infections virales et les infections bactériennes.
En cas d’hémoculture positive, la ponction lombaire devra 3.3.1. Cytologie
systématiquement être réalisée. Le nombre de leucocytes présents à l’état physiolo-
gique dans le LCR des nouveau-nés est supérieur à
3.1. Hémocultures celui retrouvé chez l’adulte et l’enfant hors période néo-
Du fait de la présence quasi constante d’une bactérié- natale. Ceci est particulièrement vrai dans la première
mie dans les méningites néonatales, de la difficulté de semaine de vie où il est en moyenne de 8 et peut atteindre
Tableau II – Protéinorachie en g/L dans le LCR de nouveau-nés selon l’âge, en l’absence de méningite.
Semaine Age N Moyenne 10e percentile 25e percentile Médiane 75e percentile 90e percentile
Figure 1 – Leucocytes/mm3 de LCR d’enfants de moins de 3 mois (n = 185) à l’Hôpital Robert-Debré, APHP,
de 2004 à 2013 selon la présence ou non d’une méningite bactérienne ou virale (Entérovirus).
3.5. LCR et méningite bactérienne de monocytes ou à une formule dite « panachée » qui
associe polynucléaires et cellules mononuclées. Cette
3.5.1. Cellularité dichotomie n’est cependant pas toujours respectée et il
Au cours de la méningite bactérienne, le nombre des est fréquent d’observer une formule à majorité de poly-
leucocytes est habituellement fortement augmenté, avec nucléaires neutrophiles dans d’authentiques méningites
une médiane d’environ 500/mm3, mais dans 10 % des virales à entérovirus [15].
cas le nombre de leucocytes dans le LCR reste inférieur
à 4 par mm3 [32]. Le nombre de leucocytes est plus faible 3.5.3. Glycorachie-protéinorachie
en cas de méningite bactérienne survenant chez un nou- L’hypoglycorachie est classiquement associée aux ménin-
veau-né prématuré (médiane de 110 leucocytes/mm3) [43] gites bactériennes. Elle est retrouvée dans plus de 80 %
Une cytologie normale ne permet donc pas d’exclure l’infec- des méningites à SGB [8]. Cependant, des cas d’hypo-
tion bactérienne. Dans l’infection virale, le nombre des leu- glycorachie ont été décrits lors de méningites néonatales
cocytes est habituellement peu augmenté (figure 1), voire à entérovirus [15] et dans des méningoencéphalites néo-
normal dans la moitié des cas de méningite à entérovirus natales herpétiques [45]. L’hypoglycorachie peut aussi se
[44], mais il peut aussi s’élever de manière comparable à voir dans d’autres atteintes du système nerveux central
la méningite bactérienne [15]. et elle n’est pas directement liée à la consommation du
glucose par les microorganismes [46]. Cependant, elle
3.5.2. Formule leucocytaire constitue un argument fort en faveur d’une méningite
En présence d’une pleïocytose du LCR, une formule leu- bactérienne, notamment lorsque le ratio LCR/sang est
cocytaire doit être effectuée sur une lame de cytocentri- inférieur à 0,23 [47]. La persistance de l’hypoglycorachie
fugation après coloration de May-Grünwald-Giemsa [37]. à 48 h de traitement antibiotique adapté est un facteur de
La formule leucocytaire diffère selon l’agent infectieux en mauvais pronostic et est souvent associée à la présence
cause et constitue un élément d’orientation [40]. Classique- d’une ventriculite [25].
ment, une prédominance de polynucléaires neutrophiles La protéinorachie est souvent plus difficile à interpréter
s’observe dans la plupart des cas de méningite bactérienne que la glycorachie, du fait de la fréquente contamination
avec les genres Streptococcus, Neisseria, Haemophilus, du LCR par du sang. De plus, la protéinorachie s’élève
Staphylococcus et les entérobactéries. Elle est en moyenne dans la plupart des infections du SNC, ce qui rend ce
de 80 % des leucocytes dans les méningites bactériennes marqueur peu spécifique. Cependant, l’hyperprotéino-
du nouveau-né [5]. À l’opposé, les méningites virales et rachie est habituellement plus élevée dans les infections
les méningites bactériennes à Listeria et mycobactéries bactériennes, une élévation au-delà de 2,2 g/L étant en
sont associées à une prédominance de lymphocytes, faveur d’une méningite bactérienne [47].
3.5.4. Examen direct r gélose au sang hémolysé (gélose « chocolat »), supplé-
La coloration de Gram est avec le compte des leucocytes mentée en facteurs de croissance, incubée à 35-37 °C
l’étape essentielle de l’examen du LCR [37]. Elle est réalisée sous une atmosphère de 5 à 10 % de CO2 ;
sur une lame de cytocentrifugation ou, en cas le LCR hémor- r gélose au sang, incubée à 35-37 °C sous une atmosphère
ragique ou coagulé, sur un frottis. Il est parfois difficile sur de 5 à 10 % de CO2 .
certaines images intracellulaires de faire la différence entre En cas de pléïocytose avérée, on ajoutera un milieu pour
une authentique cellule bactérienne et un artéfact comme anaérobies incubé à 35-37 °C en anaérobiose et un
un morceau de chromatine ou un cristal de colorant. Aussi, bouillon d’enrichissement (type bouillon cœur-cervelle)
il est recommandé de ne rendre un examen direct positif afin de diluer les antibiotiques éventuellement présents
que s’il existe au moins 2 images caractéristiques. Une fois dans le LCR.
validée, la positivité de l’examen direct affirme l’infection Ces milieux sont observés après 18 h et 48 h d’incubation
bactérienne et oriente vers une étiologie (figure 2). et conservés 5 jours.
La performance de l’examen direct est liée à la quantité de D’autres milieux de cultures seront ensemencés en fonc-
bactéries présentes dans le LCR, la durée d’évolution de tion du contexte clinico-biologique :
la méningite et l’existence d’une antibiothérapie préalable r un milieu de Sabouraud sans actidione en cas de suspi-
(méningite décapitée). Il peut varier de façon considérable cion d’infection fongique (hémoculture positive à levures,
selon l’espèce en cause. Ainsi, dans les méningites néo- hyperleucocytose sanguine > 30 000/mm3, prélèvements
natales l’examen direct est positif dans 87 % des cas de périphériques ou cutanéomuqueux positifs à levures) ;
méningites à SGB [8] mais dans moins de 15 % des cas r des milieux de culture pour mycobactéries (milieu de
de méningites à Listeria [48]. Löwenstein-Jensen, de Colestos ou milieu liquide), en
cas de suspicion de tuberculose chez la mère ou dans
3.5.5. Culture l’entourage familial ;
L’ensemencement doit être réalisé le plus rapidement r un milieu de culture pour mycoplasmes génitaux (Urea-
possible, dès la réception du LCR, du fait de la fragilité plasma) pourra être ensemencé si les cultures bacté-
particulière des bactéries du genre Neisseria. riennes restent stériles et qu’une infection néonatale à
On ensemence en quadrant le LCR sur des milieux riches mycoplasmes peut être évoquée (prématurité inexpliquée,
permettant la croissance des bactéries exigeantes respon- hyperleucocytose sanguine > 30 000/mm3, isolement dans
sables de méningite [37, 49] : les prélèvements vaginaux de la mère) [25, 50].
3.5.6. Identification et étude de la sensibilité La stratégie concernant la recherche des antigènes solubles
aux antibiotiques dans le LCR est discutée. Elle peut avoir un intérêt en
Si la culture est positive, l’examen des colonies, le Gram, cas d’examen direct positif à la coloration de Gram pour
l’oxydase et la catalase permettront de préciser l’orienta- confirmer une orientation étiologique. Un résultat positif
tion diagnostique. L’identification bactérienne se fera selon sera un argument confortant l’hypothèse diagnostique
les outils disponibles au laboratoire (galerie biochimique, mais un résultat négatif ne devra jamais l’exclure. Cette
spectrométrie de masse). L’antibiogramme sera réalisé recherche peut aussi être utile lorsqu’une ponction lombaire
selon les recommandations du CA-SFM (Comité de l’anti- a été réalisée sous antibiotiques, suite à une hémoculture
biogramme de la Société française de microbiologie) et de positive. En revanche, la recherche d’antigènes solubles
l’EUCAST (European committee on antimicrobial suscep- sur un LCR avec une pleïocytose modérée, sans germe à
tibility testing). L’étude de la sensibilité aux antibiotiques la coloration de Gram et sans bactériémie associée, est
et les méthodes de typage à mettre en œuvre dépendent beaucoup plus discutable et devrait plutôt être évitée afin
de l’espèce isolée [49]. Ainsi, pour les bactéries plus par- de limiter les risques de résultats faussement positifs source
ticulièrement responsables de méningites néonatales : de confusions. La faible quantité de LCR disponible doit
r S. agalactiae : détermination des concentrations minimales aussi être prise en compte afin d’économiser le volume
inhibitrices (CMI) de la pénicilline G, de l’amoxicilline et disponible pour des recherches par biologie moléculaire
du céfotaxime (souches de sensibilité diminuées décrites si celles-ci s’avèrent secondairement utiles au diagnostic
aux États-Unis et en Asie mais pas en France) [51, 52]. bactérien et/ou viral. Ceci explique que la recherche des
Sérotypage éventuel et envoi systématique de la souche antigènes solubles (à l’exception de la technique immu-
au Centre national de référence (CNR) ; nochromatographique pour l’antigène pneumococcique)
r E. coli : recherche d’une résistance aux céphalospo- a été abandonnée dans de nombreux laboratoires.
rines de troisième génération (bêtalactamase à spectre
étendu, céphalosporinase déréprimée ou plasmidique, 3.6. Diagnostic moléculaire
carbapénémase), qui constituent le traitement de choix,
avec détermination de la CMI. La sensibilité aux quino- 3.6.1. Infections bactériennes
lones et aux aminosides doit également être déterminée. Comme la recherche d’antigènes solubles, la recherche
Agglutination K1 si possible et envoi systématique de la d’ADN bactérien n’est pas ou peu influencée par une
souche au CNR ; prise d’antibiotique préalable dans les 72 h précédentes.
r L. monocytogenes : envoi systématique de la souche au Les études portant sur l’utilisation de la PCR dans le dia-
CNR. Maladie à déclaration obligatoire. gnostic des méningites bactériennes s’accordent sur son
excellente sensibilité et sa spécificité [40]. En l’absence
3.5.7. Antigènes solubles d’orientation étiologique, devant un cas de méningite
Les principaux germes responsables de méningites sont néonatale, les deux principales espèces à rechercher
pourvus d’une capsule ou d’autres structures polysacha- seraient S. agalactiae et E. coli. Des kits de biologie molé-
ridiques (polyoside C des Streptococcaceae) dont les culaire sont disponibles mais dont l’évaluation reste à faire.
antigènes peuvent être détectés dans le LCR. L’avantage De plus, il n’existe pas à l’heure actuelle de technique
de cette technique est sa rapidité d’exécution (< 1 h) et simple, automatisée et rapide permettant la recherche de
le fait qu’elle ne soit pas influencée par une antibiothé- S. agalactiae et E. coli dans le LCR. La PCR pan-bacté-
rapie récente. Il existe deux types de techniques pour rienne, détectant le gène de l‘ARNr 16S, présente l’avan-
cette recherche : l’agglutination de particules de latex tage théorique d’une approche sans a priori. Son écueil
sensibilisées et l’immunochromatographie. Les techniques est qu’elle est fréquemment faussement positive du fait
d’agglutination sont disponibles pour la recherche des de la contamination des contenants et réactifs de labora-
serogroupes capsulaires des méningocoques A, C, Y et toire par de l’ADN bactérien. De ce fait, elle ne peut être
W135 ; de la capsule K1 de E. coli et du méningocoque B interprétée qu’après séquençage de l’ADN amplifié afin de
(même antigène capsulaire) ; de Haemophilus influenzae déterminer s’il correspond à un pathogène connu ou à un
sérotype b ; du pneumocoque ; et du streptocoque du possible contaminant de l’environnement. En l’absence
groupe B). Ce type de technique est peu sensible (nombreux de méthode rapide et simple de séquençage dans les
faux négatifs) et parfois difficile à interpréter (quelques faux laboratoires médicaux, cette contrainte limite son intérêt
positifs/douteux) [40]. dans le diagnostic d’urgence. Cependant cette méthode
La technique immunochromatographique est disponible peut s’avérer utile pour interpréter rétrospectivement un
pour le pneumocoque (Binax Now™ S. pneumoniae). Cette cas clinique complexe [50, 53].
technique est beaucoup plus sensible que la technique
d’agglutination et elle reste positive dans le LCR pendant 3.6.2. Infections virales
plusieurs semaines [40]. Devant un cas de méningite néonatale avec culture néga-
Si chez le nouveau-né de moins de 28 jours, en l’absence tive, si la règle est de privilégier l’hypothèse bactérienne,
d’orientation étiologique, on recherche uniquement les la possibilité d’une méningite virale ne doit pas être
antigènes solubles du streptocoque du groupe B et de écartée. Il est particulièrement crucial de ne pas mécon-
E. coli K1, chez l’enfant âgé de 1 à 3 mois, la recherche naître une éventuelle méningo-encéphalite à HSV pour
des antigènes du pneumocoque (technique immunochro- laquelle un traitement par aciclovir doit être institué le
matographique) et des sérogroupes du méningocoque doit plus rapidement possible [19]. L’anamnèse et la clinique
aussi être effectuée. sont des éléments qui doivent faire évoquer le diagnostic