ENZIMAS DEFINICIÓN Y ESTRUCTURA

Una enzima es una molécula que se encuentra conformada principalmente por

proteína que producen las células vivas, siendo su función destacada la de actuar
como catalizador y regulador en los procesos químicos del organismo, es decir,
cataliza las reacciones bioquímicas del metabolismo.

De ninguna manera una enzima modificará el balance energético ni el equilibrio de

aquellas reacciones en las cuales intervienen, sino más bien su razón de ser en el
proceso es la de limitarse a acelerarlo.

Entonces, la reacción que se encuentra bajo los efectos de una enzima alcanzará
su equilibrio justo de una manera mucho más rápida que una reacción que no se
encuentra catalizada.
Aproximadamente, los estudios indican que una enzima puede catalizar cerca de
4.000 reacciones bioquímicas distintas.

En tanto, existe una gran diversidad de moléculas que afectan la actividad de las
enzimas.

El inhibidor enzimático es aquella molécula que impedirá la actividad de la enzima

o que en todo caso puede reducir su efecto. Hay diversos fármacos y drogas que
actuarán como inhibidores.

Por el contrario, nos encontramos con los activadores enzimáticos que

incrementarán su actividad. Un dato importante a tener en cuenta es que el PH, la
temperatura y algunos otros factores físicos y químicos incidirán en la actividad
enzimática.

Dependiendo de la reacción que se ocupan de catalizar se puede hablar de seis

tipos de enzimas: las oxirreductasas, las transferasas, las hidrolasas, las
isomerasas, las liasas y las ligasas.

El número EC es el esquema de clasificación numérico de las enzimas que se basa

en las reacciones químicas que catalizan.

Además, las enzimas resultan ser un elemento sustancial a nivel comercial e

industrial para la producción de alimentos, desarrollo de biocombustibles y la
preparación de productos de limpieza, como ser detergentes.
Estructura

Más del 90% de las enzimas son proteínas globulares o escleroproteínas y el resto
se encuentran conjugadas a un grupo prostético. Los estudios recientes y otras
técnicas han permitido un mejor conocimiento sobre la estructura de las enzimas y
han proporcionado cierta evidencia de las hipótesis de la llave y la cerradura y del
ajuste inducido.

Una enzima puede estar asociada a otras sustancias no proteicas para ejercer su
actividad en condiciones óptimas, estas sustancias se denominan cofactores y
pueden ser compuestos inorgánicos, iones metálicos o compuestos orgánicos
unidos fuerte o débilmente a la fracción proteica.

 Cuando el cofactor es un compuesto orgánico se denomina coenzima y

suele pertenecer en muchas ocasiones al grupo de las vitaminas.
 Cuando se trata de un ion metálico se denominan activadores

 Cuando el cofactor se encuentra fuertemente unido a la estructura proteica

se denomina grupo prostético, como por ejemplo: el grupo hemo de la
hemoglobina

A la parte proteica sin el cofactor se le llama apoenzima, y al complejo enzima-

cofactor holoenzima.

También existen enzimas que se sintetizan en forma de un precursor inactivo

llamado proenzima. Cuando se dan las condiciones adecuadas en las que la enzima
debe actuar, se segrega un segundo compuesto que activa la enzima. Por ejemplo:
el tripsinógeno segregado por el páncreas activa a la tripsina en el intestino delgado,
el pepsinógeno activa a la pepsina en el estomago, etc.

Las enzimas actúan generalmente sobre un sustrato específico, como la ureasa, o

bien sobre un conjunto de compuestos con un grupo funcional específico, como la
lipasa o las transaminasas. La parte de la enzima que "encaja" con el sustrato para
activarlo es denominada centro activo, y es el responsable de la especificidad de la
enzima. En algunos casos, compuestos diferentes actúan sobre el mismo sustrato
provocando una misma reacción, por lo que se les llama isoenzimas.
NOMENCLATURA

Nomenclatura. Existen dos tipos de nomenclatura: la sistemática y la recomendada.

La sistemática utiliza los grupos principales, describe la reacción y solo se utiliza en
revistas y textos científicos, donde se requiere de un elevado grado de precisión;
para su uso existe un código de cuatro números, donde el primero representa la
clase, el segundo la subclase, el tercero la subsubclase y el cuarto el número de
orden de la enzima, que aparece en una relación publicada por la Comisión de
Enzimas de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular, donde los
autores deben consultar cada vez que van a emplearla.

La recomendada viene a ser una forma abreviada de la sistemática; su uso es

común, sobre todo en textos para estudiantes; en ambos casos se tiene en cuenta
tanto la especificidad de acción como la de sustrato y el nombre de la enzima
termina en el sufijo asa, por ejemplo, para la reacción:

El uso de la nomenclatura sistemática nos llevaría al nombre siguiente: lactato:NAD-

oxidorreductasa, o sea, que prácticamente describe la reacción.

La nomenclatura recomendada tiene en cuenta la especificidad de sustrato, en este

caso para el lactato, y la especificidad de acción, se trata de una deshidrogenación,
por tanto el nombre de la enzima sería lactato deshidrogenasa. Para poder utilizar
la nomenclatura recomendada, que se utiliza en este libro, es necesario conocer
algunos subgrupos de enzimas como:
1. Entre las oxidorreductasas:

a) Deshidrogenasas. Sustraen átomos de hidrógeno (casi siempre dos) de los

sustratos y los transfieren a una molécula aceptora que no es el oxígeno.
En el primer caso se trata de la succínico deshidrogenasa, en el segundo de la
málico deshidrogenasa.
b) Oxidasas. Oxidan los sustratos mediante el oxígeno, como aceptor de electrones.

.
Esta reacción la cataliza la aminoácido oxidasa.

c) Hidroxilasas. Catalizan la introducción de funciones hidroxilo en sus sustratos

utilizando oxígeno molecular como donante.

.
Esta reacción es catalizada por la fenilalanina hidroxilasa.
2. Entre las transferasas tenemos.

a) Quinasas. Catalizan reacciones de transferencia de grupos fosfatos, donde

intervienen nucleósidos di y trifosfatados.
La primera reacción es catalizada por la fructoquinasa y la segunda por la glicerico-
quinasa.

El resto de las transferasas reciben nombres derivados del grupo que transfieren
(transaminasas de grupos amino, transmetilasas de metilos, transcarboxilasas de
carboxilos, etcétera).

3. El grupo de las hidrolasas es el más simple para nombrar, pues basta con
hacer terminar el nombre del sustrato en el sufijo asa.

Esta enzima se denomina arginasa.

4. Las liasas son las más difíciles de nombrar, por ejemplo las hidratasas, que
adicionan agua a los dobles enlaces.

Esta enzima se nombra fumárico hidratasa o simplemente fumarasa, aunque este

último nombre no es correcto. Cuando actúan en reacciones biosintéticas reciben el
nombre de sintasas.
.
.
Se nombra como cítricosintasa.

5. Las isomerasas reciben diferentes nombres, según los tipos de isómeros que
intervienen en la reacción. Como regla se reserva el nombre de isomerasa
para las enzimas que interconvierten isómeros de función.

.
La enzima es la fosfohexosa isomerasa.
Las que interconvierten isómeros de posición se designan mutasas.

.
En este caso se denomina fosfoglucomutasa.
Las que interconvierten epímeros se denominan epimerasas.

En este caso será la galactosa fosfato epimerasa.

 6. A las ligasas se les conoce en general como sintetasas y para nombrarlas
generalmente se utiliza el nombre del producto en vez del sustrato, la acetil-
CoA sintetasa cataliza la reacción siguiente:

Hace unos años la Comisión de Enzimas recomendó utilizar el término ligasas para
estas enzimas y el de sintetasas para las liasas, pero como esta recomendación
aún no se ha generalizado, en este texto se seguirá la denominación anterior.

Siempre se debe recordar que las enzimas son proteínas cuya función es la de
catalizar reacciones, por tanto, debe existir una correspondencia entre el nombre de
la enzima y la reacción que estas catalizan, pues conociendo la reacción se puede
deducir el nombre, y a partir del nombre puede inferirse la reacción.

No obstante, existen algunas enzimas que recibieron nombres triviales por sus
descubridores y que la práctica ha consagrado, como el caso de la pepsina, tripsina,
quimotripsina, etcétera.
CICLO DE ÁCIDOS CARBOXÍLICOS ENZIMAS

En eucariontes, el ciclo del ácido cítrico tiene lugar en la matriz de la mitocondria al

igual que la conversión del piruvato en acetil-CoA\text{CoA}CoAC, o, A (en
procariontes, todos estos pasos suceden en el citoplasma). El ciclo del ácido cítrico
es un circuito cerrado de ocho etapas principales en el que la última parte de la vía
regenera la molécula utilizada en el primer paso.
Diagrama simplificado del ciclo del ácido cítrico. Primero, el acetil-CoA se combina
con oxalacetato, una molécula de cuatro carbonos, con lo que se libera la molécula
de CoA y se obtiene el citrato, una molécula de seis carbonos. Después de que el
citrato se somete a un paso de rearreglo, pasa por una reacción de oxidación y
transfiere electrones a una molécula de NAD+, con lo que se obtiene una molécula
de NADH y se libera una de dióxido de carbono. La molécula de cinco carbonos
resultante se somete a una segunda reacción de oxidación, en la que se transfieren
electrones a una molécula de NAD+ y se obtiene NADH junto con la liberación de
dióxido de carbono. La molécula de cuatro carbonos que resulta pasa por una serie
de transformaciones, durante las cuales el GDP y el fósforo inorgánico se convierten
en GTP—o, en algunos organismos, el ADP y el fósforo inorgánico se convierten en
ATP—, una molécula de FAD se convierte en FADH2 y otro NAD+ se convierte en
NADH. Al final de esta serie de reacciones, la molécula inicial de cuatro carbonos,
el oxalacetato, se regenera, lo que permite que el ciclo vuelva a comenzar.

En el primer paso del ciclo, el acetil CoA\text{CoA}CoAC, o, A se combina con una

molécula aceptora de cuatro carbonos, el oxaloacetato, para formar una molécula
de seis carbonos llamada citrato. Después de un rápido rearreglo, esta molécula de
seis carbonos libera dos de sus carbonos como moléculas de dióxido de carbono
en un par de reacciones similares, a la vez que produce una molécula de
NADH\text{NADH}NADHN, A, D, H en cada ocasión 1^11start superscript, 1, end
superscript. Las enzimas que catalizan estas reacciones son reguladores clave del
ciclo del ácido cítrico y lo aceleran o desaceleran según las necesidades energéticas
de la célula2^22start superscript, 2, end superscript.
La molécula de cuatro carbonos resultante se somete a una serie de reacciones
adicionales: primero, se genera ATP\text{ATP}ATPA, T, P —o, en algunas células,
una molécula similar llamada GTP\text{GTP}GTPG, T, P— luego se reduce el
acarreador de electrones FAD\text{FAD}FADF, A, D en FADH2\text{FADH}_2FADH
2F, A, D, H, start subscript, 2, end subscript y, por último, se genera otra molécula
de NADH\text{NADH}NADHN, A, D, H. Este conjunto de reacciones regenera la
molécula inicial, oxalacetato, con lo que el ciclo puede repetirse.

En general, una vuelta del ciclo del ácido cítrico libera dos moléculas de dióxido de
carbono y produce tres NADH\text{NADH}NADHN, A, D, H, un
FADH2\text{FADH}_2FADH2F, A, D, H, start subscript, 2, end subscript y un
ATP\text{ATP}ATPA, T, P o GTP\text{GTP}GTPG, T, P. El ciclo del ácido cítrico
ocurre dos veces por cada molécula de glucosa que entra en la respiración celular,
porque se obtienen dos piruvatos (y, por lo tanto, dos acetil-CoA\text{CoA}CoAC, o,
A) por glucosa.
Pasos del ciclo del ácido cítrico

Ya tienes una idea de las moléculas que se producen durante el ciclo del ácido
cítrico. Pero exactamente, ¿cómo se producen estas moléculas? Vamos a analizar
el ciclo paso por paso y veremos cómo se producen NADH\text{NADH}NADHN, A,
D, H, FADH2\text{FADH}_2FADH2F, A, D, H, start subscript, 2, end subscript y
ATP\text{ATP}ATPA, T, P/GTP\text{GTP}GTPG, T, P y dónde se liberan las
moléculas de dióxido de carbono.

Paso 1. En el primer paso del ciclo del ácido cítrico, el acetil-CoA\text{CoA}CoAC,

o, A se une con una molécula de cuatro carbonos, oxalacetato, y libera el grupo
CoA\text{CoA}CoAC, o, A a la vez que forma una molécula de seis carbonos
llamada citrato.

Paso 2. En el segundo paso, el citrato se convierte en su isómero isocitrato. En

realidad, este es un proceso de dos pasos en el que primero se retira una molécula
de agua que luego se vuelve a añadir; por eso, a veces describen al ciclo del ácido
cítrico como una vía de nueve pasos en lugar de los ocho que aquí enlistamos3^33
start superscript, 3, end superscript.

Paso 3. En el tercer paso, el isocitrato se oxida y libera una molécula de dióxido de

carbono, con lo que queda una molécula de cinco carbonos (el α-cetoglutarato).
Durante este paso NAD+\text{NAD}^+NAD+N, A, D, start superscript, plus, end
superscript reduce a NADH\text{NADH}NADHN, A, D, H. La enzima que cataliza
este paso, la isocitrato deshidrogenasa, es un importante regulador de la
velocidad del ciclo del ácido cítrico.

Paso 4. El cuarto paso es similar al tercero. En este caso, es el α-cetoglutarato que

se oxida, lo que reduce un NAD+\text{NAD}^+NAD+N, A, D, start superscript, plus,
end superscript en NADH\text{NADH}NADHN, A, D, H y en el proceso libera una
molécula de dióxido de carbono. La molécula de cuatro carbonos resultante se une
a la coenzima A y forma el inestable compuesto succinil-CoA\text{CoA}CoAC, o, A.
La enzima que cataliza este paso, α-cetoglutarato deshidrogenasa, también es
importante en la regulación del ciclo del ácido cítrico.
CICLO DE KREBS Y EL ATP ENZIMAS

El ciclo de Krebs (ciclo del ácido cítrico o ciclo de los ácidos tricarboxílicos)1 2 es
una ruta metabólica, es decir, una sucesión de reacciones químicas, que forma
parte de la respiración celular en todas las células aeróbicas, donde es liberada
energía almacenada a través de la oxidación del acetil-CoA derivado de
carbohidratos, grasas y proteínas en dióxido de carbono y energía química en forma
de trifosfato de adenosina (ATP). En células eucariotas se realiza en la matriz
mitocondrial. En las procariotas, el ciclo de Krebs se realiza en el citoplasma.
Además, el ciclo proporciona precursores de ciertos aminoácidos, así como el
agente reductor NADH que se utiliza en numerosas reacciones bioquímicas. Su
importancia central para muchas vías bioquímicas sugiere que fue uno de los
primeros componentes establecidos del metabolismo celular y señala un origen
abiogénico.3 4

En organismos aeróbicos, el ciclo de Krebs es parte de la vía anabólica que realiza

la oxidación de glúcidos, ácidos grasos y aminoácidos hasta producir CO2, liberando
energía en forma utilizable: poder reductor y GTP (en algunos microorganismos se
producen ATP).
El metabolismo oxidativo de glúcidos, lípidos y proteínas frecuentemente se divide
en tres etapas, de las cuales el ciclo de Krebs supone la segunda. En la primera
etapa, los carbonos de estas macromoléculas dan lugar a acetil-CoA, e incluye las
vías catabólicas de aminoácidos (p. ej. desaminación oxidativa), la beta oxidación
de ácidos grasos y la glucólisis. La tercera etapa es la fosforilación oxidativa, en la
cual el poder reductor (NADH y FADH2) generado se emplea para la síntesis de
ATP según la teoría del acomplamiento quimiosmótico.

El ciclo de Krebs también proporciona precursores para muchas biomoléculas,

como ciertos aminoácidos. Por ello se considera una vía anfibólica, es decir,
catabólica y anabólica al mismo tiempo.

El nombre de esta vía metabólica se deriva del ácido cítrico (un tipo de ácido
tricarboxílico) que se consume y luego se regenera por esta secuencia de
reacciones para completar el ciclo, o también conocido como ciclo de Krebs ya que
fue descubierto por el alemán Hans Adolf Krebs, quien obtuvo el Premio Nobel de
Fisiología o Medicina en 1953, junto con Fritz Lipmann.