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LEHNINGER

PRINCIPIOS DE BIOQUÍMICA
LEHNINGER
PRINCIPIOS DE BIOQUÍMICA
QUINTA EDICIÓN
David L. Neison
Profesor de Bioquímica
Universidad de Wisconsin-Madison

/
Michael M. Cox
i Profesor de Bioquímica
Universidad de Wisconsin-Madison

Coordinador de la traducción
"jS ■' . . v r \ >/
Claudi M. Cuchillo
Catedrático de Bioquímica y Biología Molectdar
Universitat Autónoma de Barcelona

EDICIONES OMEGA
La edición original de esta obra ha sido publicada en inglés en Estados Unidos por W.H. Freenian
and Company, New York y Basingstoke, con el título

LEHNINGER PRINCIPIES OF BIOCHEMISTRY, FIFTH EDITION

Traducción
Claudi M. CuchUlo Foix
Pere Suau León
Josep Vendrell Roca

Directora del proyecto: Elizabeth Geller


Directora de fotografía: Bianca Moscalelli
Búsqueda de fotografías: Dena Betz
Diseño dcl libro y de la cubierta: Vicki Tomaselli
Coordinadora de las ilustraciones: Susan Tirnmins
Ilustraciones: H. Adcun Steinberg; Network Graphics
Gráñcos moleculares: H. Adam Steinberg; Jean-Yves Sgro

Ilustración de la cubierta: RNA j^olimerasa II de la levadura urúda al DNA en el momento de transcribirla en


forma de RNA. Imagen creada por H. Adam Steinberg utilizando PDB ID 1I6H modificada por Seth Darst.

Cualquier forma de reproducción, distribución, comunicación pública o transformación de esta obra solo
puede realizarse con ia autorización escrita de los titulares del “Copyright”.

Copyright © 2009 by W.H. Freeman and Company


All rights reserved
y para la edición española
Copyright © 2009 Ediciones Omega, S.A.
Plato, 26 - 08006 Barcelona
www.ediciones-omega.es

ISBN 978-84-282-1486-5
Depósito legal: B. 22.571-2009
Printed in Spain
EGEDSA - Sabadell
A nuestros maestros

Paul R. Burton
Albert Finholt
William P. Jencks
EiLgene P. Kennedy
Homer Knoss
Arthur Komberg
I. Robert Lehman
Earl K. Nelson
David E. Sheppard
Harold B. White
Acerca dé los autores
D dV id L* N e ls o n , natural de Fairmont, Minnesota, ob­
tuvo su licenciatura en química y biología en el St. Olaf Co-
llege en 1964. Se doctoró en bioquímica en la Stanford
Medical School con Arthur Komberg, siendo después investi­
gador posdoctoral en la Harvard Medical School con Eugene
P. Kennedy, que fue uno de los primeros estudiantes licen­
ciados de Lehninger. Nelson se incorporó a la Universidad de
Wisconsin-Madison en 1971, siendo nombrado catedrático
de bioquímica en 1982. Es director del Center for Biology
Education en la Universidad de Wisconsin-Madison.
La investigación de Nelson se ha centrado sobre las
transducciones de señal que regulan el movimiento de los ci­
lios y la exocitosis en el protozoo Paramecium. Los enzimas
de las transducciones de señal, incluidas una serie de pro­
teínas quinasa, constituyen el objetivo principal de sus estu­
dios. Su grupo de investigación utiliza la purificación enzi­
mática, técnicas inmunológicas, microscopia electrónica,
genética, biología molecular y electrofisiología para estudiar
David L Nelson y Michael M. Cox
estos procesos.
Dave Nelson tiene una trayectoria distinguida como
profesor y como director de investigación. Durante 36 años
ha impartido un curso intensivo de bioquímica para estu­ Stanford, Cox empezó a trabajar sobre los enzimas que in­
diantes avanzados en esta materia así como para licenciados tervienen en la recombinación genética. El trabajo se centró
en ciencias biológicas. También ha impartido un curso de especialmente sobre la proteína RecA, diseñando métodos
bioquímica para estudiantes de enfermería y cursos para li­ de purificación y de actividad aún usados que han aportado
cenciados sobre estructura y función de las membranas y so­ luz sobre los procesos de la migración de rama del DNA. El
bre neurobiología molecular. Ha dirigido numerosas tesis de estudio de los enzimas de la recombinación genética conti­
licenciatura y de doctorado, y ha recibido distinciones por la núa siendo el tema principal de sus investigaciones.
excelencia de su docencia tales como el Dreyfus Teacher- Mike Cox ha coordinado un grupo de investigación nu­
Scholar Award, el Atwood Distinguished Professorship y el meroso y activo en Wisconsin que ha investigado la enzimo­
Unterkofler Excellence in Teaching Award del University of logía, topología y energética de la recombinación genética.
Wisconsin System. En 1991-1992 fue profesor visitante de Un foco principal ha sido el mecanismo del intercambio de
química y biología en el Spehnan College. Su segundo tema cadenas del DNA facilitado por la proteína RecA, el papel del
favorito es la historia y ha empezado a enseñar la historia de ATP en el sistema RecA y la regulación de la reparación en la
la bioquímica a estudiantes de licenciatura y a coleccionar recombinación del DNA. Actualmente, parte del programa
instrumentos científicos. de investigación se ha focalizado en organismos con una
fuerte capacidad de reparación del DNA, tales como Deino-
M ic h a e l M . C ox nació en Wilmington, Delaware. En su coccus radiodurans, y las aplicaciones de estos sistemas de
primer curso de bioquímica, la Bioquímica de Lehninger le reparación a la biotecnología. Durante los últimos 24 años ha
causó gran impacto y fue decisivo para redirigir su fasci­ enseñado Qunto co*n Dave Nelson) un curso general de bio­
nación hacia la biología e inspirarle a seguir la carrera de bio­ química y ha intervenido en cursos para licenciados sobre la
química. Después de licenciarse en la Universidad de Dela­ estructura y topología del DNA, interacciones proteína-DNA
ware en 1974, Cox se trasladó a la Universidad Brandéis y bioquímica de la recombinación. Un proyecto más reciente
donde realizó su tesis doctoral con William P. Jencks; des­ ha sido la organización de un nuevo curso sobre responsabi­
pués fue a Stanford en 1979 para proseguir sus estudios pos- lidad profesional para estudiantes de primer año de licencia­
doctorales con I. Robert Lehman. Se trasladó a la Universidad tura. Ha recibido distinciones por su docencia e investigación,
de Wisconsin-Madison en 1983. En el año 1992 fue nombrado entre ellas el Dreyfus Teacher-Scholar Award y el Eli Lilly
catedrático de bioquímica. Award de 1989 en química biológica. Entre sus aficiones se
En su tesis doctoral estudió la catálisis ácido-base gene­ cuentan la jardinería, la enología e intervenir en el diseño de
ral como modelo de reacciones catalizadas por enzimas. En laboratorios.

vi
Nota sobre la naturaleza de la ciencia
n este siglo xxi, una educación científica típica deja a me­ El método científico es, de hecho, una colección de ca­
E nudo sin manifestar las bases filosóficas de la ciencia o con­
fía en definiciones muy simplificadas. Dado que se propone
minos que llevan, todos ellos, al descubrimiento dentífico. En
el camino hipótesis y experimento un científico plantea una
realizar una carrera científica puede ser útil considerar una vez hipótesis y a continuación la somete a la prueba experimental.
más los términos ciencia, científico y método científico. Gran parte de los procesos con los que trabajan los bioquími­
La ciencia es tanto una forma de pensar sobre el mundo cos se descubrieron de esta forma. La estructura del DNA des­
natural como la suma de la información y la teoría resultantes cubierta por James Watson y Francis Crick condujo a la
de tal manera de pensar. El poder y el éxito de la ciencia fluyen hipótesis de que el s^areamiento de bases es el fundamento de
directamente de su dependencia de las ideas que se pueden la transferencia de información en la síntesis de polinucleóti-
comprobar información sobre los fenómenos naturales que se dos. Esta hipótesis ayudó a inspirar el descubrimiento de las
pueden observar, medir y reproducir y teorías que tienen un DNA y RNA polimerasas.
valor predictivo. El progreso de la ciencia se asienta en una su­ Watson y Crick produjeron su estructura del DNA a través
posición fundacional que a menudo no está explidtada pero de un proceso de construcción de modelos y cálculos. No ha­
que es crucial para la empresa: que las leyes que gobiernan las bían experimentos reales, aunque para los cálculos y la cons­
fuerzas y fenómenos del universo no están sujetas a cambio. El trucción de modelos usaron datos obtenidos por otros
premio Nobel Jacques Monod se refirió a este supuesto básico científicos. Muchos científicos han aplicado el proceso de ex­
como el “postulado de la objetividad”. Se puede comprender, ploración y observación como camino para el descubri­
por tanto, el mundo natural al aplicar un proceso de investiga­ miento. \^iajes históricos de descubrimientos (como el de
ción: el método científico. La ciencia no tendría éxito en un Charles Danvin de 1831 en el H.MS. Beagle entre ellos) ayu­
universo que nos hiciese trampas. Aparte del postulado de la daron a cartografiar el planeta, catalogar sus habitantes y cam­
objetividad, la ciencia no hace suposiciones inviolables acerca biar la forma con la que miramos el mundo. Los científicos
del mundo natural. Una idea científica útil es la que (1) ha sido modernos siguen un camino similar cuando exploran las pro­
o se puede sustanciar de manera repetida y (2) se puede utili­ fundidades oceánicas o lanzan sondas a otros planetas. Un
zar para predecir con precisión nuevos fenómenos. análogo de la hipótesis y experimento es la hipótesis y deduc­
Las ideas científicas adoptan muchas formas. Los térmi­ ción. Crick razonó que ha de existir una molécula adaptadora
nos utilizados por los científicos para describir estas formas que facilite la traducción de la informadón del RNA mensajero
tienen significados muy diferentes de los utilizados por los no en proteína. Esta hipótesis llevó al descubrimiento del RNA de
científicos. Una hipótesis es una idea o presunción que pro­ transferencia por Mahlon Hoagland y Paul Zamecnik.
porciona una explicadón razonable y comprobable para una o No todos los caminos que llevan al descubrimiento están
más observaciones, pero puede carecer de una verificación ex­ planificados. La casualidad juega, a menudo, un papel. El des­
perimental extensa. Una teoría científica es mucho más que cubrimiento de la penicilina por Alexander Fleming en 1928 y
una intuición. Es una idea que se ha verificado en cierta me­ de los catalizadores RNA por Thomas Cech a principios de la
dida y que proporciona una explicación para un cor\junto de década de 1980, fueron descubrimientos debidos al azar, si
observaciones experimentales. Una teoría se puede compro­ bien fueron científicos bien preparados los que los explotaron.
bar y puede servir de base de nuevos avances e innovadones. La inspiración también puede llevar a adelantos importantes.
Cuando una teoría científica se ha comprobado de manera re­ La reacción en cadena de la polimerasa (PCR), en la actuali­
petida y validada en muchos firentes puede ser aceptada. dad una parte central de la biotecnología, fue desarrollada por
En un sentido importante, lo que constituye la ciencia o Kary MuUis después de un destello de inspiración durante un
una idea científica viene definido por el hecho de haberse pu­ viaje por carretera por California septentrional en 1983.
blicado o no en la literatura científica después de una evalua­ Esta variedad de caminos para el descubrimiento cientí­
ción por pares, es decir, otros científicos activos. Alrededor de fico pueden parecer muy diferentes pero tienen varias cosas
16.000 revistas científicas publican en todo el mundo 1,4 mi­ importantes en común. Se focalizan en el mundo natural. Con­
llones de artículos cada año, una rica cosecha de información fían en la observación reproducible y/o eocperimento. Todas
propiedad, desde el nacimiento, de todo ser humano. las ideas, conocimientos y hechos experimentales que surgen
Los científicos son individuos que aplican de modo rigu­ de estos esfuerzos se pueden comprobar y reproducir por
roso el método científico para entender el mundo natural. El científicos de cualquier parte del mundo. Todos pueden ser
solo hecho de poseer un título superior en una disciplina cien­ utilizados por otros científicos para construir nuevas hipótesis
tífica no hace a uno científico, ni la falta de tal título impide que y realizar nuevos descubrimientos. Todos conducen a informa­
pueda hacer contribuciones científicas importantes. Un dentí- ción que se incluye adecuadamente en el reino de la ciencia.
ñco ha de estar dispuesto a poner en duda cualquier idea Conocer nuestro universo requiere trabajo duro. Al mismo
cuando lo piden nuevos descubrimientos. Las ideas aceptadas tiempo no hay esfuerzo humano más interesante y potencial­
por un científico han de basarse en observadones medibles y mente gratificante que probar y, en ocasiones conseguir, en­
reproducibles y ha de exponerlas con honestidad. tender alguna parte del mundo natural.

vil
Prólogo
a primera edición de Primdpios de Bioquímica, escrita informadoras, en dimensiones atómicas, captada en el acto
L por Albert Lehninger hace veinticinco años, ha servido
como punto de partida y modelo de nuestras cuatro edicio­
central de transferencia de la información.
Estamos en el umbral de una nueva fisiología molecular en
nes posteriores. A lo largo de este cuarto de siglo, el mundo la que procesos tales como la excitación de membranas, la ac­
de la bioquímica ha cambiado enormemente. Hace veinti­ ción hormonal, la vista, el gusto, el olfato, la respiración, la con­
cinco años no se había secuenciado ningún genoma, no se tracción muscular y los movimientos celulares serán explicables
había resuelto por cristalografía ninguna proteína de mem­ en términos moleculares y serán accesibles a la disección gené­
brana y no existía ningún ratón genosuprimido. Acababan de tica y a la manipulación farmacológica. El conocimiento de las
descubrirse los ribozimas, se había introducido la tecnología estructuras moleculares de los complejos altamente organiza­
PCR y las arqueobacterias habían sido reconocidas como dos de la fosforilación oxidativa y de la fotofosforilación, por
miembros de un reino separado de las bacterias. Hoy en día ejemplo, aportarán de buen seguro un conocimiento más pro­
se anuncian cada semana nuevas secuencias genómicas, fundo de estos procesos, cruciales para la vida. (Estos desarro­
nuevas estructuras proteicas con una frecuencia aún mayor llos nos hacen desear volver a ser jóvenes, empezando nuestras
y los investigadores han manipulado genéticamente millares carreras en la investigación y docencia bioquímicas. ¡No es sólo
de ratones genosuprimidos diferentes, con enormes prome­ nuestro libro que ha adquirido un toque plateado en estos años!)
sas de avances en bioquímica, fisiología y medicina básicas. En las dos últimas décadas nos hemos esforzado conti­
Esta quinta edición contiene la fotografía de 31 premios No­ nuamente en mantener las cualidades que hicieron del texto
bel que han recibido sus premios en Química o en Fisiología original de Lehninger un clásico: escritura clara, explicaciones
o Medicina desde la primera edición de Principios de Bio­ cuidadosas de conceptos difíciles y comimicación a los estu­
química. diantes sobre la forma en la que la bioquímica es entendida y
Uno de los retos principales de cada edición ha sido refle­ practicada en la actualidad. Hemos escrito juntos durante
jar el alud de información nueva sin hacer el libro abrumador veinte años y enseñado juntos durante casi veinticinco. Nues­
para los estudiantes que se encuentran por primera vez con la tros miles de estudiantes en la Universidad de Wisconsin-Ma-
bioquímica. Esto ha obligado a cribar cuidadosamente para po­ dison durante estos años han sido una ftiente inacabable de
der dar énfasis a los principios mientras se transmite el entu­ ideas sobre cómo presentar la bioquímica más claramente; nos
siasmo por la investigación actual y su promesa para el futuro. han ilustrado e inspirado. Esperamos que esta edición del
La cubierta de esta nueva edición es un ejemplo de este entu­ veinticinco aniversario ilustrará e inspirará a los actuales estu­
siasmo y promesa: en la estructura de rayos X de la RNA poli­ diantes de bioquímica de todas partes y quizá lleve algunos a
merasa vemos el DNA, el RNA y la proteína en sus funciones amar la bioquímica tal como la amamos nosotros.

Prindpales avances redentes de la bioquímica


Cada capítulo ha sido completamente revisado y puesto al día derivados de lípidos coloreados en alimentos vegetales
para ir\cluir los piincipales avances de la bioquímica, como: (Capítulo 10)
Sección ampliada y puesta al día sobre balsas lipídicas
■ Conceptos de proteomás y proteómica introducidos
y caveolas que incluye nuevo material sobre curvatura
al principio del libro (Capítulo 1)
de la membrana y las proteínas que influyen en ello, e
■ Nueva discusión sobre enfermedades amiloides en el introducción de proteínas anfitrópicas y lípidos anulares
contexto del plegamiento de proteínas (Capítulo 4) (Capítulo 11)
■ Nueva sección sobre productos farmacéuticos Nueva sección sobre el papel emergente de la ribulosa
desarrollados a partir del conocimiento de mecanismos 5-fosfato como regulador central de la glucóiisis y la
enzimáticos, utilizando inhibidores de la penicüina y de la gluconeogénesis (Capítulo 15)
proteasa del VIH como ejemplos (Capítulo 6)
Nuevo Recuadro 16-1, Enzimas “claro de luna”:
■ Nueva discusión sobre análogos de azúcares como proteínas con más de una fünción
medicamentos que apuntan a la neuramidinasa (Capítulo 7)
Nueva sección sobre el papel de los factores de
■ Nuevo material sobre la proteina fluorescente verde transcripción (PPAR ) en la regulación del catabolismo
(Capítulo 9) de lípidos (Capítulo 17)
■ Nueva sección sobre lipidómica (Capítulo 10) Sección revisada y puesta al día sobre la áddo graso
■ Nuevas descripciones de lípidos volátiles utilizados como sintasa, en la que se incluye nueva información
señales por las plantas y de los pigmentos de las alas de aves estructural sobre FAS I (Capítulo 21)

DVIII
Prólogo IX

Tratamientx) puesto al día del


ciclo del nitrógeno en el que
se incluye el Recuadro 22-1,
Estilos de vida poco comunes
de lo invisible pero abundante,
en el que se discuten las
bacterías anamox
(Capítulo 22)
Nuevo Recuadro 24-2,
Epigenética, estructura
nucleosómica y variantes de
histona que describen el
papel de la modificación de
histonas y deposición FIGURA 21-3 Estructura de los sistemas ácido graso sintasa de tipo I.
de nudeosomas en la
transmisión de información
epigenética en la herencia. Nueva información sobre las funciones
del RNA en la biosíntesis de proteínas
Nueva información sobre el inicio de la replicación (Capítulo 27)
y la dinámica en la horquilla de replicación con
introducción de AAA+ ATPasas y sus funciones Nueva sección sobre ribointerruptores
en la replicación y otros aspectos del metabolismo (Capítulo 28)
del DNA (Capítulo 25) Nuevo Recuadro 28-1, Aletas, alas, picos
Nueva sección sobre el conocimiento ampliado de las y otras estructuras, que describe las conexiones
funciones dei RNA en las células (Capítulo 26) entre evolución y desarrollo

Métodos bioquímicos
Un juicio de la bioquímica requiere a menudo
un conocimiento sobre cómo se obtiene la
información bioquímica. Algunos de los métodos
nuevos o puestos al día descritos en esta
MUM9-12 Aplicación dd etiquetado de proteínas en U puri­
edición son: ficación de profetnas. Se muestra el uso de una etiqueta de
GST. (a) La gluiatión-S-transferasa (GTS) c$ un enzima pequeño
■ Dicroísmo circular (Capítulo 4) (representado de color púrpura) que une glutatión (un dqxpti-
do Cys-Gly unido ai carfx)no caitwxflico de la cadena lateral
■ Medición de la hemoglobina glucada de un residuo de gluUmato, de ahí la abreviatura GSH). (b) La
etiqueta de GST se une al extremo carboxilo de la proleína dia­
como indicador de la concentración na por ingeniería genética. La proteína c(i<^jelada se expresa
promedio de glucosa sanguínea, en en células huésped y está presente en ei extracto crudo cuando
períodos de varios días, en personas con se lisan ias células. El extracto se cromatc^aíía en una colum­
na que contenga un medio con glutatión inmovilizado. La
diabetes (Capítulo 7) proteína etiquetada con GST se une al glutatión, con el cor»i*
guíente retardo de la migración a través de ia columna, mien­
■ La utilización de MALDl-MS en la determi­ tras que las proteínas restantes pasan a través rápidamente. La
nación de la estructura de los oligosacári­ proteína etiquetada se ekiye a continuación de la columna con
una disolución que contenga una elevada conccnfración salina
dos (Capítulo 7) o de glutatión libre.
■ Análisis forense del DNA, una importante
puesta al día que cubre los modernos análi­
sis de STR (Capítulo 9)
■ Más sobre microchips (Capítulo 9)
£hieite4eU
■ Utilización de marcas para el análisis y protefna d« ftuMn
purificación de proteínas (Capítulo 9)
FIGURA 9-12
■ PET combinada con barridos CT para
identificar el cáncer (Capítulo 14) Desarrollo de cepas bacterianas con códigos genéticos al­
Inmunoprecipitación de la cromatina y experimentos terados, para la inserción específica de sitio de nuevos
ChIP-chip (Capítulo 24) aminoácidos en proteínas (Capítulo 27)
Prólogo

Ejemplos de interés médico


Este icono se utiliza a lo largo de todo el libro para in­ Recuadro 14-1, La alta velocidad de la glucóiisis en los
r dicar material de interés médico especial. Como profe­
sores, nuestro objetivo es que los estudiantes aprendan bio­
tumores sugiere dianas para la quimioterapia y facilita el
diagnóstico
química y entiendan su importancia para una vida y xmplaneta Recuadro 15-3, Mutaciones genéticas causantes de
más sanos. Hemos introducido muchos ejemplos nuevos que fonnas raras de diabetes
relacionan la bioquímica con la medicirui y con los temas de sa­
Mutaciones en los enzimas del ciclo del ácido cítrico que
lud en general. Algunas de las aplicaciones médicas nuevas de
provocan cáncer (C«Mf)ítulo 16)
esta edición son:
La anemia perniciosa y problemas asociados en los vege­
■ El papel de los ácidos grasos poiinsaturados y los ácidos tarianos estrictos (Capítulo 18)
grasos trans en las enfermedades cardiovasculares
(Capítulo 10). Puesta al día de la información sobre inhibidores de la
ciclooxigenasa (analgésicos Vioxx, Celebrex, Bextra)
■ Receptores acoplados a proteínas G (GCPR) y gama de (Capítulo 21)
enfermedades en las que se están desai rollando fármacos
HMG-CoA reductasa (Capítulo 21) y Recuadro 21-3, La
dirigidos a los GCPR (Capítulo 12)
hipótesis lipídica y el desarrollo de las estatinas
■ Proteínas G, regulación de la actividad GTPasa y conse­
Recuadro 24-1, Curación de enfermedades por inhibición
cuencias médicas de una función de proteína G defectuosa
de topoisomerasas, en el que se describe el uso de iiüübi-
(Capítulo 12), con el nuevo Recuadro 12-2, Proteínas G:
dores de la topoisomerasa en el tratamiento de infeccio­
interruptores binarios en salud y enfermedad
nes bacterianas y el cáncer, entre los que se incluyen el
■ Recuadro 12-5, Desarrollo de inhibidores de la proteína ciprofloxacino (el antibiótico efectivo contra el ántrax)
quinasa para el tratamiento del cáncer

Tema especial: conocimiento del metabolismo a través de la obesidad y la diabetes

La obesidad y sus consecuencias médicas, enfermedades car­


Hígado Tímido
diovasculares y diabetes, se está convirtiendo rápidamente en
una epidemia, por lo que se incluye nuevo material sobre las co­
nexiones bioquímicas entre obesidad y salud a lo largo de esta
edición. Nuestro enfoque en la diabetes proporciona un tema
integrador a lo largo de los capítulos sobre el metabolismo y su
control lo que inspirará, esperamos, a algunos estudiantes a en­
i f '\ i
Oxidaote de
ácidos grasos
Síntesis jr almacena
de grasas
d« grasas
Producción de adipoquina 'I\enna^nesis
Respuesta al ayuno
contrar soluciones para esta enfermedad. Algunas de las sec­
ciones y recuadros que destacan la interrelación de metabo­ r w ]
VPARouL PPABvJ PPABijl
lismo, obesidad y diabetes son:

■ La diabetes no tratada produce acidosis que puede ser


mortal (Capítulo 2)
■ Recuadro 7-1, Determinación de la glucosa sanguínea en
el diagnóstico y en el tratamiento de la diabetes, en
donde se introduce la glucación de la hemoglobina y
los AGE y su papel en la patología de la diabetes FI6URA 23-42
avanzada
■ Recuadro 11-2, Transporte defectuoso de glucosa y de ■ El tejido adiposo genera glicerol 3-fosfato mediante
agua en dos formas de diabetes gliceroneogénesis (Capítulo 21)
■ La captación de glucosa es deficiente en la diabetes ■ La diabetes mellitus aparece por defectos en la
mellitus tipo 1 (Capítulo 14) producción o acción de la msuüna (Capítulo 23)
■ Los cuerpos cetónicos se producen en exceso en la ■ La Sección 23.4, Obesidad y regulación de la masa
diabetes y en la inanición (Capítulo 17) corporal, discute el papel de la adiponectirm y la
■ Algunas mutaciones del genoma mitocondrial son causa sensibilidad a la insulina y la diabetes de tipo 2
de enfermedades (Capítulo 19) ■ En la Sección 23.5, Obesidad, síndrome metabóüco y dia­
■ La diabetes puede ser resultado de defectos en las nüto­ betes de tipo 2, se mcluye una discusión sobre la diabetes
condrias de las células /3del páncreas (Capítulo 19) de tipo 2 y el ejercicio, la dieta y la medicación
Prólogo XI

Avances en la enseñanza de la bioquímica I ÜEMPl0PfUaK011-3 Energía dd bombeo por


uncontiansportador
Revisar este libro de texto no es nunca un ejercicio solamente de puesta al día. Como paralelo

mínimo se utiliza el mismo tiempo en reexaminar la forma en que se presentan los te­ Calcule ta rozúii niáxHiut - — «4ue puede oblciicr d

mas centrales de la bioquímica. Hemos revisado cada capítulo con la vista puesta en trai raletodeNa -íducoKidebw
deunacéMaot3éi«)ia]cuandola|N»*Lvir resdel2mM,ia
ayudar a los estudiantes a aprender y dominar los fundamentos de la bioquímica. Los (Na*]s.Mextiacdidarde 146 tnin, d potoii^ de membrana ca de
-í50 mV (nejtaíWo en el interior) y ti temperatura es de
estudiantes que entran por primera vez en contacto con la bioquímica a menudo tienen 37«C.

dificultades con dos aspectos clave del curso: enfrentarse con los problemas cuantitati­ Solurión: Uültnindo ia ecuación 11-4 CP- 396), podemos cal­
cular la «nergta ínhtrrtMiU; en un gradkmtr; t?leciroqu(mkx) <!«
vos y utilizar lo que han aprendido en química orgánica para que les ayude a compren­ Na"^, es docir, H coslp qup supom> tranxponar un fcWi Na* ron-
der la bioquímica. Esos mismos estudiantes también han de aprender un lenguaje ira este grwik'ntc:

INaL-s
complejo, con convenciones que a menudo pasan sin mencionarse expbcitamente. He­ áO, « « r ía + Z.7
mos introducido algunos cambios importantes en el libro para ayudar a los estudiantes .9ustituimo« a continuación k » valorea estándar de^R. T y J ,y
a salir adelante con todos estos retos: nuevas herramientas para resolver problemas, los valores dados para INa * j (expresados en coitcenuaciones
molares), +1 para Z (porque Na* tiene una cania positiva) y
un interés en los cimientos de quínüca orgánica y destacar las convenciones clave. 0,(»60 V para Obaerve qu*í el potencial de membrana es
-50 mV (negativo en el interior), jior lo que la variariiki de po­
tencial cuaitdo un Ión se insla<la desde ci Interior al exterior
es de 50 mV.

Nuevas herramientas para resolver problemas áO, « (8.315 J/mol K)(310 K)ln
1,2 X 1 0 *
+ 1(96.500 JArmolX0,050V)
■ Nuevos ejemplos prácticos dentro del texto ayudan a los estudiantes a - 11,2 U/mol
mejorar sus capacidades de resolver problemas cuantitativos, llevándolos a Esta ÜGj es la energía potencial por moi de Na' en el gradiente
de Na’ que eslá disponible pera bontbearghicosa. Dado que pa­
través de las ecuaciones más difíciles. san dos iones Na’ a favor de su gradiente electroqutmico al in­
terior de la « ‘lula por rada mok^niki de ghicoaa transportada en
■ Más de 100 nuevos problemas de final de capítulo dan a los estudiantes el simport. Ia energía disponible psva bombear 1mol de Mucosa
esde2X 11,2 kJAnol» 22,4 fcUmol. Poílemos calcular ahora h
más oportunidades de practicar lo que han aprendido. razón de concentración de glucosa que puede conseguirse con
esla iKwiilja (dt' la «^noción I l-íí. p. :»6):
■ Nuevos problemas de análisis de datos (uno al final de cada capítulo)
AC, = R T la
preparados por Brian White de la Universidad de Massachussetts-Boston, IglucouaJ.^

animan a los estudiantes a sintetizar lo que han aprendido y a aplicar su Reordenondo y suatituyeiMio los valores de ÜG,, R y T , nos da
Iglucosalj, ACi 22,4kJ/mol
conocimiento a la interpretación de datos de la bibliografía.
IglucoML», " R.T ” (8,316 J/mol KK3I0IO “ '

Interés en los cimientos de la química orgánica IglucoaaU


= 5.94 X 10“

■ La nueva Sección 13.2, Lógica química y reacciones bioquímicas comunes,


EJEMPLOPRácnC011-3
discute los tipos de reacciones bioquímicas comunes que constituyen la base de
todas las reacciones metabólicas.
La lógica química se refuerza en la discusión de las
rutas metabólicas centrales.
Las figuras de mecanismo constituyen descripciones
paso a paso que ayudan a los estudiantes a comprender
los procesos de reacción.
En la presentación de los mecanismos de reacción
utilizamos de manera consistente un conjunto de
convenciones introducido y explicado en detalle en
el primer mecanismo enzimático encontrado
(quimotripsina, pp. 208-209). Algunos de los
problemas nuevos se centran en los mecanismos
químicos y refuerzan los teméis mecanísticos.

Convenciones clave
En esta edición, muchas de las convenciones que son tan
necesarias para comprender cada tema bioquímico así como
la literatura bioquímica se separan del texto resaltándolas.
Estas convenciones clave incluyen expresiones claras de
muchas presunciones y convenciones que se espera a menu­
do que los estudiantes asinúlen sin que se las hayan mencionado (por ejemplo, amvENodNCuvE : Cuando se e.scribe la sccucncia de un péptido,
las secuencias peptídicas se escriben desde el extremo amino-terminal al poüpéptido o proteína, el extremo amino se coloca a la izquierda
carboxilo-terminal de izquierda a derecha; las secuencias de nucleótidos se es­ y el extremo carboxilo a ia derecha. La secuencia se lee de iz­
quierda a derecha empezando por d residuo amino-terminal. ■
criben desde el extremo 5' al 3', de izquierda a derecha).
XM Prólogo

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Un corgimto completo de recursos informáticos y suplementos Mecanismos enzimáticos animados y técnicas bio­
permiten que los instructores y estudiantes dispongan de he­ químicas animadas en archivos Flash y precargados en
rramientas innovadoras para apoyar diversos enfoques de en­ PowerPoint, tanto en formato PC como Macintosh para
señanza y de aprendizaje. Todos estos suplementos, que se presentación de clases magistrales. (Véase la lista de te­
describen a continuación, están en inglés y pueden solicitar­ mas de animación en la guarda anterior del libro.)
se directamente a la editorial W.H. Freeman and Company,
Hay una lista de ID del Protein Data Bank para las es­
41 Madison Avenue, New York, NY 10010, Estados Unidos,
tmcturas del texto, ordenada según el número de figura.
email: intemational@bfwpub.com, o a través de Los Andes
Libros, S.L., Loreto 13-15, local C, 08029 Barcelona, teléfono En esta edición se incluye un índice de todas las estmtu-
ras en el Web browser applet interactivo con Jmol.
93 419 33 36, fax 93 419 51 89, email: libros@andeslibros.com.
Los gráficos animados ilustran ecuaciones clave del li­
bro de texto que muestran los resultados gráficos al cam­
eBook biar los parámetros.
Esta versión online del libro de texto Un Test Bank completo en formatos PDF y Word edita-
combina el contenido del libro impreso, ble incluye 150 problemas de elección múltiple o de res­
herramientas de estudio electrónicas y puesta corta por capítulo, ordenados según dificultad.
un completo complemento de medios pa­
ra el estudiante en internet creados para
dar soporte al texto. También proporcio­
na material útil para los enseñantes. Medios informáticos adicionales para el estudiante
eBook study tools incluye navegación instantánea a Los estudiantes disponen de medios disefíados para favorecer
cualquier sección o página del libro, elementos destaca­ la comprensión de los principios bioquímicos y mejorar su capa­
dos, búsqueda instantánea de cualquier término, defini­ cidad de resolución de problemas. Todos los medios para los es­
ciones de términos clave plegables y un glosario hablado. tudiantes, junto con las estructuras PDB y los gráficos
El student media especíñco del texto, totalmente inte­ animados, también están en el eBook y muchos se encuentran
grado a través del eBook, incluye mecanismos enzintóti- en el sitio web del libro (www.whfireeman.com/lehninger5e).
cos animados, técnicas bioquímicas animadas, vídeos de Los medios infomiáticos para el estudiante comprenden:
solución de problemas, tutorías de estmcturas molecula­
res en Jmol, los ID del Protein Data Bank en Jmol, gráfi­ ■ Nuevos vídeos para ia
resolución de problemas,
cos animados y adivinanzas online.
creados por Scott Ensign de
Las instructor features incluyen la posibilidad de aña­ la Utah State University, que
dir notas o archivos a cualquier página y compartir estas propocionan 24/7 ayudas
notas. Las notas pueden contener texto, links de la red, online para la resolución de
animaciones o fotos. Los enseñantes pueden asignar el problemas por los estudiantes.
texto completo o una versión apropiada del eBook. Mediante una aproximación
en dos partes, cada vídeo de
10 minutos cubre un problema clave del libro de texto
Medios adicionales para los docentes que representa un tema por el cual los estudiantes han de
esforzarse para donünar. Ensign describe primero una es­
Los docentes disponen de un conjunto completo de herra­ trategia comprobada para la resolución de problemas y a
mientas para la docencia, todas desarrolladas para apoyar el continuación aplica dicha estrategia al problema elegido
texto, presentación de conferencias y estilos de docencia indi­ mediante pasos claros y concisos. Los estudiantes pueden
viduales. Todos los medios para los docentes se pueden descar­ parar, rebobinar y revisar cualquier paso a su antojo hasta
gar en el sitio web (www.whfreeman.com/lehninger5e) y en el que dominan firmemente, no sólo la solución sino también
Instructor Resource CD/DVD (ISBN 1-4292-1912-2). Estos el razonamiento que lo soporta. El tratamiento de los pro­
medios informáticos incluyen: blemas de esta forma está diseí\ado para que los estudian­
■ Archivos JPEG completamente optimizados de cada tes mejoren y tengan más confianza en la aplicación de
figura, foto y tabla en el texto. Se han revisado los archi­ estrategias clave en el momento de resolver otros proble­
vos por docentes y comprobado en salas de conferencias mas del libro de texto o de los exámenes.
grandes para asegurar la máxima claridad y visibi­ Versiones pai’a los estudiantes de los mecanismos enzi­
lidad. Los JPEG también se ofrecen en archivos sepa­ máticos animados y técnicas bioquímicas animadas
rados y en fonnato PowerPoint® para cada capítulo. que los ayudan en su comprensión de mecanismos y téc­
■ Las 150 imágenes más interesantes del libro de texto es­ nicas clave a su propio ritmo. Para una lista de temas de
tán disponibles en un Coigunto de transparencias animación véase la guarda anterior del libro.
Prólogo x” í

Biocham tgtry in 30 • PrincIpiM of Biochem istry ■ Cuestiones a discutir: proporcionadas para


Protein Architecture cada sección; diseñadas para revisión indivi­
Tcniarv Structure of U rge Globular Proteír>s dual, grupos de estudio o discusiones en el
I, imroduc’.'on
• Tfft ir, 0>IjfO* ««ot- »• 0'CI*>ri iNt
aula
r*M.nt T»«i* M m br
■ ün auto-test: “¿Conoce los términos?”; cru­
p«<k ^»c pw <*Mrt ot T"t
p*»*-» iMhr »• 9>J«i »«K»« í<vl i»m « u<tJain« cigramas; preguntas de elección múltiple;
•• «etftoo w «vaJtw «rd i
SCfldl a»»»**
*>» ««««tt»'* «V «TM(1<wnci«n cuestiones promovidas por hechos y pregun­
«0*1»»^ «CM *TC t>-^«
»• »>«(«>*>. « ■»^<kii widnr itfuciM* tas que obligan a los estudiantes a aplicar sus
*fhi.wettnmi «riMvewt mm Jnc (angltitlv '««imML «•
>*MiW> >v«« IH•««* »S*« m4i*0<as'4 nuevos conocimientos en nuevas direcciones
(¡más las soluciones!)
II Whai «f« Su»«rt«ontfJrY
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*«V'ü f»Wir« »wi» N»« *• wnl^ IN xtmwfOM


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fUl*t »
U«rM«A W« tá» <.i«
>rjt>K!»<í! »• UM4Mbjl<«
Agradecimientos
Este libro representa el esfuerzo de un equipo y
(«*u T»« líw » O» Mcon«*^ Utn th»
t»»M« »»•»». k*« V». i«». ►«-. M «»i I»
hubiese sido imposible producirlo sin el excelente
C9S» ih* ic M* »««>«•' tl>é
OM
• tul» t tO€ VHti\ tfc* p>MW< a*n»r<«y « C (^
personal de W. H. Freeman and Company que nos
ww «MTI. >«fy i.<n3W WM.<» k%t l^« '■••< tiCmn
I tno »»'0* «M tUf^f o» I** At í »«t "«*•
apoyaron en todos los pasos recorridos. Randi Ros-
U«r^l*i«a<r
signol (director sénior) y Kate Ahr (director ejecu­
tivo) organizaron revisiones, hicieron múltiples
sugerencias, nos animaron, nos mantuvieron en los objetivos e
intentaron con valentía (aunque no siempre con éxito) que res­
petásemos los plazos. Nuestra excepcional directora del pro­
■ I^s Molecular Structure 'Hitorials, que utilizan el yecto, Liz Geller, consiguió en cierta manera que el libro
Jmol-Web browser applet, permiten que los estudiantes siguiese su camino a través de la producción a pesar de nuestros
exploren más profundamente las estructuras moleculares incumplimientos con ios plazos y los cambios de última hora,
que se encuentran en libro de texto, entre ellas: cosa que hizo con su habitual gracia y habilidad. Volvimos a te­
Arquitectura de proteínas ner la buena fortuna de trabajar con Linda Strange, una fantás­
BacterioiTodopsina tica editora que ha realizado este trabajo en la cinco ediciones
Represor Lac de los Principios de bioquímica (así como en las dos edicio­
Nucleótidos nes de su predecesor, Bioquímica de Lehninger). Sus aporta­
Moléculas MHC ciones son valiosísimas y mejoran el texto en el que ella
interviene. También volvimos a tener suerte con las aportacio­
Proteínas G triméricas
nes y aclaraciones de Morgan Ryan, que ya trabajó con nosotros
Proteínas de unión de oxígeno
en la tercera y cuarta ediciones. Agradecemos a la investigado­
Endonucleasas de restricción ra de fotografía Dena Digilio Betz por su ayuda en la localiza­
Ribozima en cabeza de martillo ción de imágenes y a Nick Timoczko y Whitney Clench por
■ Las adivinanzas online incluyen unas 20 preguntas de conseguir que los textos y archivos fluyesen correctamente en­
elección múltiple interesantes de cada capítulo, con una tre todos los participantes en el proyecto. También nuestro es­
graduación automática y con referencias al texto y con una pecial agradecimiento a Debbie Clare, directora asociada de
retroalimentación en todas las respuestas. marketing, por su creatividad y buen humor en ia coordinación
del esfuerzo comercial y de marketing.
The Absolute, Ultímate Guide to Lehninger Principies of Bio­ En Madison, Brook Soltvedt es (y ha sido en todas las edicio­
chemistry, Fifth Edition, Study Guide and Solutions Manual, nes en las que hemos trabajado) nuestra crítica y editora de pri­
por Marcy Osgood (University of New México School of Me­ mera línea. Es la primera que ve los capítulos manuscritos, ayuda
en el desarrollo del manuscrito y de las figuras, asegura la cohe­
dicine) y Karen Ocon* (University of California, San Diego);
sión intenia tanto en el contexto como en la nomenclatura y nos
1-4292-1241-1 mantiene en el trabajo con presiones más o menos gentiles. Al
Tb^Ahsoliitfí, Ultimale Guide combina ima guía de estudio in­ igual que lo hizo con la cuarta edición, Shelley Lusetti, actual­
novadora con un manual seguro de soluciones (con soluciones mente en la New México State University, leyó cada una de las
detalladas para todos los problemas de final de capítulo) en un palabras del texto en las galeradas, captó numerosos errores y
volumen único y manejable. Probado a fondo en clases, incluye aportx5 mucJias sugerencias que mejoraron el texto.
en cada capítulo: Las nuevas imágenes en esta edición, incluidos los nuevos
gráficos moleculares, fueron obra de Adam Steinberg, aquí en
■ Conceptos principales: un mapa de comunicaciones a
Madison, quien, a menudo hizo propuestas valiosas que se
lo largo del capítulo plasmaron en ilustraciones mejores y más claras. Esta edición
■ Qué se ha de revisar: preguntas que recapitulan pun­ también contiene muchos gráficos moleculares producidos
tos clave de capítulos anteriores para la tercera y cuarta ediciones por Jean-Yves Sgro, otro co­
_ * 'v ]] Prólogo

lega de Madison. Nos consideramos muy afortunados al tener Anant Menon, Weül Comell Medical College
unos compañeros de equipo tan valiosos como Brook, Shelley, Sabeeha Merchant, Universüy of California^ Los Angeles
Adam y Jean-Yves. Scott C. MoY\t, Boston Universüy
También estamos muy agradecidos a Brian White de la Kimberly Mowry, Brown Universüy
Universidad de Massachusetts-Boston, que escribió los nuevos Leisha Mullins, Texas A&M Universüy
Sewite Negash, California State Universüy, Long Beach
problemas de análisis de datos al final de cada capítulo.
Alien W. Nicholson, Temple Universüy
Muchos colegas jugaron un papel especial gracias a su inte­ Hiroshi Nikaido, Universüy of California, Berkeley
rés en el proyecto y a su aportación oportuna. Entre ellos son de James Ntambi, Universüy of Wisconsin-Madison
destacar Laurens Anderson, de la Universidad de Wisconsin- Timothy F. Osbome, Universüy of California, Irvine
Madison; Jeffrey D. Esko, de la Universidad de California, San José R. Pérez-Castiñeira, Universüy ofSevüle, Spain
Diego; Jack Kirsch y sus estudiantes, de la Universidad de Cali- Terry Platt, Universüy of Rochester
fomia, Berkeley, y Dana Aswad, Shiou Chuan (Sheryl) Tsai, Mi­ Wendy Pogozelski, StcUe Universüy qf New York at Geneseo
Jonathan Popper, University of Wisconsin-Madison
chael 0. Cumsky y colaboradores (mencionados más adelante),
Thomas Poulos, University of California, Irvine
de la Universidad de California, Irvine. Muchas personas más Jack Preiss, Michigan State Universüy
nos ayudaron a dar forma a esta quinta edición con sus comen­ Anna Radominska-Pandya, Universüy ofArkansas
tarios, sugerencias y críticas. A todos ellos nuestro más pro­ Ron Raines, Universüy of Wisconsin-Madison
fundo agradecimiento: Tom A. Rapoport, Harvard Medical School
Jason J. Reddick, Universüy qf North Carolina, Greensboro
Richard M. Amasino, University oJWisc<msin--Madisori Mary Roberts, Boston College
Louise E. Anderson, University of Illinois at Chicago Ingrid K. Ruf, Universüy of CcUtfomicL, Irvine
Cheryl Bailey, University qf Nebraska, Lincoln Aboozar Soleimani, Tehran Universüy, Irán
Kenneth Balazovich, University of Michigan Mark Spaller, Wayne State Universüy
Thomas O. Baldwin, University ofArizona Stephen Spiro, Universüy of Texas at DaXLas
Vahe Bandarian, University ofArizona Narasimha Sreerama, Colorado State Universüy
Eugene Barber, University of Rochester Jon D. Stewart, Universüy of Florida
Sebastian Y. Bednarek, University ofWisconsirir-Madison Koni Stone, California State Universüy, Stanislaus
Ramachandra Bhat, Lincoln Universüy Jon R. Stultzfiis, Michigan State Universüy
James Blankenship, Comell University Jeremy Thomer, University of CcUifomia, Berkeley
Sandra J. Bonetti, Cotorado State Universüy, Pv^blo Dean R. Tolan, Boston Universüy
Barbara Bowman, University qf California, Berkeley Sandra L. TVirchi, MüLersviUe Universüy
Scott D. Briggs, Purdue University Manuel Várela, Eastem New México Universüy
Jeff Brodsky, University of Pittsburgh Bob Warburton, Shepherd Universüy
Ben Caldwell, Missouri Western State University Tracy Ware, Salem State College
David Camerini, University of California, Irvine Susan Weintraub, Uniuersüy of Texas, Health Science Center
Guillaume Chanfreau, University of California, Los Angeles Michael Yaffe, Massachusetts Institute qf Technology
Melanie Cocco, University of Califomict, Irvine
Jeffrey Cohlberg, California State University, Long Beach Nos falta espacio para agradecer a todas las personas cuyos es­
Kim D. Collins, University of Maryland fuerzos especiales fueron a parar a este libro. En su lugar ofre­
Charles T. Dameron, Duquesne University cemos nuestras sinceras gracias y el libro acabado que ayudaron
Richard S. Eisenstein, University of Wisconsin-Madison a que fuese una realidad- Nosotros, por supuesto, asumimos to­
Gerald W. Feigenson, Comell University da la responsabilidad por los errores de hecho o de énfasis.
Robert H. Fillingame, Universüy of Wisconsin-Madison Estamos agradecidos a nuestros estudiantes de la Universi­
Brian Fox, University of Wisconsin-Madison
dad de Wisconsin-Madison que proporcionaron inspiración y nu­
Gerald D. Frenkel, RuXgers University
Perry Frey, University of Wisconsivr-Madison merosas ideas para su mejora. Si hay algo en el libro que no es
David E. Graham, Universüy of Texas-Austin correcto, nunca se han avergonzado de decimoslo. Agradecemos
Wüliam J. Grimes, University ofArizona a los estudiantes y personal de nuestros equipos de investigación
Martyn Gunn, Tgxas A&M University y al Center for Biology Education que nos ayudaron a mantener
Olivia Hanson, University of Central Oklahoma en equilibrio los retos de nuestro tiempo; a nuestros colegas del
Amy Hark, Muhlenberg College Departamento de Bioquímica de la Universidad de Wisconsin-
Shaun V. Hernández, Universüy of Wisconsirir-Madison Madison que nos ayudaron con sus consejos y críticas y a todos
Peter Hinkle, Comell University los estudiantes y profesores que nos han sugerido cómo pode­
P. Shing Ho, Oregon State Universüy
mos mejorar nuestro libro. Esperamos que nuestros lectores
Charles G. Hoogstraten, Michigan State Universüy
Gerwald Jogl, Broum University continuarán proporcionándonos ideas para ftituras edick>nes.
Sir Hans Komberg, Boston Universüy Finalmente, expresamos nuestro más profundo reconoci­
Bob Landick, Universüy of Wisconsin-Madison miento a nuestras esposas, Brook y Beth, y a nuestras familias,
Patrick D. Larkin, Thxas A&M Universüy, Corpus Christi que mostraron una paciencia extraordinaria, así como un
Ryan P. Liegel, Universüy of Wisconsin-Madison apoyo constante, a la redacción de este libro.
Maria Linder, CcUifomia State Universüy, FuUerton
Andy C. LiWang, Texas ASM Universüy David L. Neison
John Makemson, Florida IntemcUional Universüy Michael M. Cox
John C. Matthews, University ofMississíppi^ School qfPharmacy Madison, Wisconsin
Benjamin J. McFarland, Seattle Pacific University
® Indice de materias
Prólogo vlli 1 Fundamentos de bioquímica
1 Fundamentos de bioquímica 1
1.1 Fundamentos celulares 2
1 ESTRUaURAYCATAUSIS 41 Las células son las unidades estructurales y
2 El agua 43 funcionales de todos los organismos 3
Las dimensiones celulares están limitadas
3 Aminoácidos, péptidos y proteínas 71 por la difusión 3
4 Estructura tridimensional de las proteínas 113 Los seres vivos se pueden clasificar en tres
5 Función de las proteínas 153 dominios distintos 4
6 Enzimas 183 Escherichia coli es la bacteria mejor estudiada 5
Las células eucarióticas poseen diversos
7 Glúcidos y giucobioiogía 235 orgánulos membranosos que pueden aislarse
8 Nucleótidos y ácidos nucleicos 271 para su estudio 7
9 Tecnologías de la información basadas en el DNA 303 El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto
y es altamente dinámico 8
10 Lípidos 343
Las células construyen estructuras
11 Membranas biológicas y transporte 371 supramoleculares 9
12 Bíoseñaiización 419 Los estudios in vitro podrían no detectar
interacciones importantes entre moléculas 10
li BIOENERGÉTICAY METABOLISMO 485
13 Bioenergética y tipos de reacciones bioquímicas 489 1.2 Fundamentos químicos 11
14 Glucólisis, gluconeogénesis y ruta de las pentosas fosfato 527 Las biomoléculas son compuestos de carbono
15 Principios de regulación metabólica con una diversidad de grupos funcionales 11
569
Las células contienen un conjunto universal
16 Ei ciclo del ácido cítrico 615 de moléculas pequeñas 13
17 Catabolismo de los ácidos grasos 647 Recuadro 1-1 Peso molecular, masa molecular y las
18 Oxidación de aminoácidos y producción de urea 673 unidades que deben utilizarse 14
19 Fosforilación oxidativa y fotofosforilación 707 Las macromoléculas son los principales
20 Biosíntesis de glúcidos en plantas y bacterias constituyentes de las células 14
773
La estructura tridimensional se describe
21 Biosíntesis de lípidos 805 en términos de configuración y conformación 15
22 Biosíntesis de aminoácidos, nucleótidos Recuadro 1-2 Louis Pasteur y la actividad óptica: in vino, veritas 17
y moléculas relacionadas 851 Las interacciones entre las biomoléculas
23 Regulación homnonal e integración del son estereoespecíficas 18
metabolismo en los mamíferos 901
1.3 Fundamentos físicos 19
lll LAS RUTAS DE LA INFORMACIÓN 945 Los organismos vivos existen en un estado
estacionario dinámico y no se hallan nunca
24 Genes y cromosomas * 947
en equilibrio con su entornos 20
25 Metabolismo del DNA 975 Los organismos transforman energía y materia
26 Metabolismo del RNA 1021 de su entorno 20
27 Metabolismo de las proteínas 1065 El flujo de electrones da energía para los organismos 20
28 Regulación de la expresión génica 1115 Recuadro 1-3 Entropía: las ventajas de estar desorganizado 21
Crear y mantener el orden requiere trabajo y energía 22
El acoplamiento energético conecta las
Glosario G-1
reacciones biológicas 22
Créditos C-1 ATgq y AG® miden la tendencia de una reacción a
Apéndice A Abreviaturas comunes en la literatura transcurrir espontáneamente 24
científica bioquímica A-1 Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones
químicas 25
Apéndices Soluciones abreviadas a los problemas SA-1 El metabolismo está regulado para conseguir
índice alfabético h 1 equilibrio y economía 26

1.4 Fundamentos genéticos 27


La continuidad genética reside en ias moléculas
de DNA 27
^KV
XVI Indice de materias

La estructura del DNA hace posible su reparación La ecuación de Henderson-Hasselbalch relaciona


y repücación con fidelidad casi perfecta 28 pH, pATa y concentración de tampón 60
La secuencia lineal del DNA codifica proteínas con Ácidos o bases débiles tamponan células y tejidos
estructuras tridimensionales 29 contra cambios de pH 61
La diabetes no tratada produce acidosis
1.5 Fundamentos evolutivos 29 que puede ser mortal 63
Los cambios en las instnicciones hereditarias
Recuadro 2<1 Medicina: Sobre ser su propio conejillo de Indias
hacen posible la evolución 29
Las primeras biomoléculas aparecieron (¡No lo intente en casal) 64
por evolución química 30 2.4 El agua como reactivo 65
Los primeros genes y catalizadores podrían haber sido
moléculas de RNA o precursores relacionados 31 2.5 La adecuación del ambiente acuoso a los
La evolución biológica empezó hace más de tres organismos vivos 65
mil quinientos millones de años 32
La primera célula utilizó probablemente combustibles
inorgánicos 32 3 Aminoácidos, péptidos y proteínas_________ 7}
Las células eucarióticas evolucionaron a partir
de precursores más sencillos a través de diversas
3.1 Aminoácidos 72
fases 33
Los aminoácidos tienen características
La anatomía molecular revela relaciones evolutivas 33
estructurales comunes 72
La genómica funciorml permite deducir la
Los residuos anünoácidos de las proteínas son
correspondencia entre genes y procesos celulares
estereoisómeros l ’ 74
específicos 35
Los aminoácidos se pueden clasificar según su
La comparación de genomas tienen una importancia
grupo R 74
cada vez mayor en biología y medicina humanas 35
Recuadro 3-1 Métodos: Absorción de la luz por las moléculas:
ley de Lambert-Beer 76
I ESTRUaURA Y CATALISIS 41 Los aminoácidos no estándar tienen también
importantes funciones 77
2 El agua 43 Los anünoácidos pueden actuar como ácidos
y como bases 78
2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos 43 Los anünoácidos tienen curvas de titulación
Los enlaces de hidrógeno confieren al agua sus características 79
propiedades extraordinarias 43 La curva de titulación predice la carga eléctrica
El agua forma enlaces de hidrógeno con los de los aminoácidos 80
solutos polares 45 Los aminoácidos difieren en sus propiedades
El agua interacciona electrostáticamente con ácido-base 81
los solutos cargados 46
La entropía aumenta cuando se disuelve una 3.2 Péptidos y proteínas 82
sustancia cristalina 47
Los péptidos son cadenas de aminoácidos 82
Los gases apolares se disuelven mal en el agua 47
Los péptidos pueden distinguirse por su
Los compuestos apolares fuerzan cambios energéti­
comportamiento de iorüzación 82
camente desfavorables en la estructura del agua 47 Existen péptidos y poüpéptidos biológicamente activos
Las interacciones de van der Waals son atracciones
de una gran variedad de tamaños y composición 83
interatónúcas débiles 49 Algunas proteínas contienen grupos químicos
Las interacciones débiles son cruciales para diferentes a los anünoácidos 84
la estructura y función de las macromoléculas 50
Los solutos afectan a las propiedades coügativas
de las disoluciones acuosas 51 3.3 Trabajar con proteínas 85
Las proteínas se pueden separar y purificar 85
2.2 Ionización del agua, ácidos débiles y bases débiles 54 Las proteínas pueden separarse y caracterizarse
El agua pura está ügeramente iorüzada 54 por electroforesis 88
La ionización del agua se expresa mediante una Es posible cuantificar las proteínas no aisladas 91
constante de equiübrio 55
La escala de pH representa las concentraciones 3.4 Estruaura de las proteínas: estructura primaría 92
de y 0H~ 56 La función de una proteírwi depende de su secuencia
Los ácidos y bases débiles tienen constantes de de aminoácidos 93
disociación características 57 Se ha deternünado la secuencia de anünoácidos
Las curvas de titulación revelan el p/ía de los ácidos de millones de proteínas 93
débiles 58 Los poüpéptidos cortos se secuencian utiüzando
procedimientos automáticos 94
2.3 Tamponamíento contra cambios de pH Las proteínas grandes deben secuenciarse a partir
en los sistemas biológicos 59 de fragmentos más pequeños 95
Los tampones son mezclas de ácidos débUes y Las secuencias de arrünoácidos se pueden deducir
sus bases conjugadas 59 también mediante otros métodos 98
índice de materias xvü

Recuadro 3*2 Métodos: Investigar proteínas medíante Los polipéptidos se pliegan rápidamente
la espectrometría de masas 98 en un proceso de varias etapas 142
Es posible sintetizar químiciamente péptidos Algunas proteínas experimentan un plegamiento
y proteínas pequeñas 100 asistido 143
La secuencia de aminoácidos proporciona Defectos en el pleganüento de proteínas pueden
información bioquímica importante 101 constituir la base molecular de una amplia gama
Las secuencias de proteínas permiten deducir de trastornos genéticos himianos 145
la historia de la vida en la Tierra 102 Recuadro 4*6 Medicina: Muerte por plegamiento inconrecto:
Recuadro 3-3 Secuencias consenso y logotipos de secuencia 103 enfermedades priónicas 147

4 Estructura tridimensional de las proteínas 113 5 Función de las proteínas 153


4.1 Visión general sobre la estructura proteica 113 5.1 Unión reversible de una proteína a un ligando:
La conformación de una proteína está estabilizada proteínas de unión a oxígeno 154
principalmente por interacciones débiles 114 El oxígeno puede estar unido a un grupo
El enlace peptídico es plano y rígido 115 prostético hemo 154
La mioglobina tiene un único sitio de fijación
4.2 Estructura secundaría de las proteínas 117 para el oxígeno 155
La hélice a es ima estructura secundaria frecuente Las interacciones proteína-ligando se pueden
en las proteínas 117 describir cuantitativamente 155
Recuadro 4*1 Métodos: Cómo distinguir dextrógiro La estructura proteica afecta al modo de unión
de levógiro 118 del ligando 158
La secuencia de aminoácidos afecta a la estabilidad El oxígeno es transportado en la sangre por la
de la hélice a 119 hemoglobina 158
I-A conformación /3 organiza las cadenas Las subimidades de la hemoglobina son
polipeptídicas en forma de hoja 120 estructuralmente similares a la mioglobina 159
Los giros jS son frecuentes en las proteínas 121 La hemoglobina experimenta un cambio estructural
Las estructuras secundarias comimes tienen al unirse al oxígeno 160
ángulos diedros característicos 121 La hemoglobina une oxígeno de manera cooperativa 160
Las estructuras secundarias comunes pueden La unión cooperativa de ligando puede ser descrita
evaluarse mediante dicroísmo circular 122 cuantitativamente 162
Recuadro 5-1 Medicina: Monóxido de carbono:
4.3 Estnicturas terciaría y cuaternaria de las proteínas 123
un asesino silencioso 163
Las proteínas ñbrosas están adaptadas a una
Existen dos mcxielos que explician los mecanismos
función estructural 123
de la unión cooperativa 165
Recuadro 4-2 La ondulación permanente es un ejemplo La hemoglobina también transporta y CO2 165
de ingeniería bioquímica 125 La unión de oxígeno a la hemoglobina está regulada
Recuadro 4-3 Medicina: Razones por las que marineros, por el 2,3-bisfosfoglicerato 166
exploradores y estudiantes deben consumir frutas La anemia falciforme es una enfermedad molecular
de la hemoglobina 167
y verduras frescas 126
Recuadro 4-4 El banco de datos de estructura de proteínas 5.2 Interacciones complementarias entre proteínas
(Protein Data Bank, PDB) 129 y ligandos; el sistema inmune y las
En las proteínas globulares la diversidad estructural inmunoglobulinas 170
refleja la diversidad funcional 129 En la respuesta inmune interviene un conjunto
La mioglobina proporcionó las primeras claves de células y proteínas especializadas 170
acerca de la complejidad de las estructuras Los anticuerpos poseen dos lugares idénticos
proteicas globulares 129 de unión a antígeno 171
Las proteínas globulares tienen estructuras terciarias Los anticuerpos se unen fuertemente y de manera
diversas 131 especíñca al antígeno 173
Recuadro 4-5 Métodos: Métodos para determinar I-as interacciones antígeno-anticuerpo
la estructura tridimensional de una proteína 132 son la base de diversos procesos analíticos
Los motivos proteicos constituyen la base de la importantes 173
clasiñcación estructural de las proteínas 136
Las estructuras cuaternarias de las proteínas 5.3 Interacciones proteicas moduladas por energía
comprenden desde dímeros sencillos hasta química: actina, miosina y motores moleculares 175
grandes complejos 138 Las principales proteínas del músculo son la
actina y la miosina 175
4.4 Desnaturalización y plegamiento de proteínas 140 Otras proteínas adicionales organizan las filamentos
La pérdida de la estructura conduce a la pérdida delgado y grueso en estructuras ordenadas 176
de función 140 Los filamentos gruesos de miosina se deslizan
La secuencia de aminoácidos determina la estructura a lo largo de los filamentos delgados
terciaria 141 de actina 178
I Indice de materias

6 Enzimas 183 Las propiedades cinéticas de los enzimas


alostéricos divergen del comportamiento
6.1 Introducción a los enzimas 183 de Michaelis-Menten 222
La mayoría de enzimas son proteínas 184 Algunos enzimas están regulados por modificación
Los enzimas se clasifican según la reacción covalente reversible 223
catalizada 184 Los grupos fosforilo afectan la estructura
y la actividad catalítica de los enzimas 224
Las fosforilaciones múltiples permiten un control
6.2 Funcionamiento de los enzimas 186 exquisito de la regulación 225
Los enzimas alteran las velocidades de reacción Algunos enzimas y otras proteínas son regulados
pero no los equilibrios 186 mediante la rotura proteolítica de un precursor
Las velocidades de reacción y los equilibrios tienen enzimático 226
definiciones termodinámicas precisas 188 Algunos enzimas reguladores utilizan varios
Unos pocos principios explican el poder cataKtico mecanismos de regulación 227
y la especificidad de los enzimas 188
iiiteracxiones débiles entre enzima y sustrato
son óptimas en el estado de transición 189
La energía de fijación contribuye a la especificidad 7 Glúcidos y glucobiología 235
(le reacción y a la catálisis 191
Grupos catalíticos específicos contribuyen a la 7.1 Monosacáridos y dísacáridos 235
catálisis 192 Las dos familias de monosacáridos son las aldosas
y las cetosas 236
6.3 La cinética enzimática como método para Los monosacáridos tienen centros asimétricos 236
Los monosacáridos comimes tienen estructura
comprender el mecanismo 194
cíclica 238
La concentración de sustrato afecta a la velocidad
Los organismos contienen numerosos derivados
de las reacciones catalizadas por enzimas 194
de las hexosas 240
La relación entre concentración de sustrato y
Los monosacáridos son agentes reductores 241
velocidad de reacción enzimática se puede
expresar cuantitativamente 195 Recuadro 7-1 Medicina: Determinación de 1aglucosa
Los pai'ámetros cinéticos se utilizan para comparar sanguínea en el diagnóstico y el tratamiento
actividades enzimáticas 197 de la diabetes 241
Recuadro 6-1 Transformaciones de la ecuación de Los disacáridos contienen un enlace glucosídico 243
Michaelis-Menten: gráfica de los dobles recíprocos 197 7.2 Polisacáridos 244
Muchos enzimas c>atalizan reacciones en las que Algunos homopolisacáridos son formas de
intervienen dos o más sustratos 200 almacenamiento de combustible 245
La cinética del estado preestacionario puede aportar Algunos homopolisacáridos tienen función
pruebas sobre pasos específicos de la reacción 201 estructural 246
Los enzimas están sujetos a inhibición reversible Los factores estéricos y los puentes de hidrógeno
o irreversible 201 contribuyen al plegamiento de los
Recuadro 6-2 Pruebas cinéticas para determinar homopolisacáridos 247
los mecanismos de inhibición 202 Las paredes celulares de algas y bacterias contienen
La actividad enzimática depende del pH 204 heteropolisacáridos estructurales 249
Los glucosaminoglucanos son heteropolisacáridos
6.4 Ejemplos de reacciones enzimáticas 205 de la matriz extracelular 249
El mecanismo de la quimotripsina implica acilación 7.3 Glucoconjugados: proteoglucanos, glucocoproteinas
y desacilación de un residuo Ser 205
y glucolípidos 252
Recuadro 6-3 Pruebas de la complementariedad entre el Los proteoglucanos son macromoléculas de
enzima y el estado de transición 210 la superficie celular y de la matriz extracelular
En la hexoquinasa se produce un encaje inducido que contienen glucosaminoglucanos 262
durante la unión del sustrato 212 Las glucoproteínas contienen oligosacáridos unidos
El mecanismo de reacción de la enolasa requiere la covalentemente 255
presencia de iones metálicos 213 Los glucolípidos y los lipopolisacáridos son
La lisozima utiliza dos reacciones de desplazamiento componentes de membrana 256
nucleofílico sucesivas 213
La compresión de los mecanismos enzimáticos JA Los glúcidos son moléculas que contienen
impulsa importantes avances en medicina 216 información: el código de los azúcares 257
Las lectinas son proteínas que leen el código
6.5 Enzimas reguladores 220 de los azúcares y que intervienen en muchos
Los enzimas alostéricos experimentan cambios procesos biológicos 258
de conformación en respuesta a la unión Las interacciones lectina-glúcido son muy
de moduladores 220 específicas y, a menudo, polivalentes 261
Las etapas reguladoras están catalizadas por
enzimas alostéricos en muchas rutas 22 i 7.5 Trabajar con glúcidos 263
(ndke de materias x¡x

8 Nudeótidos y ácidos nucleicos 271 La reacción en cadena de la polimerasa amplifica


secuencias de DNA específicas 317
8.1 Conceptos básicos 271 Secuenciación de genomas enteros 317
Los nucleótidos y los ácidos nucleicos están Recuadro 9-1 Un arma poderosa para la medicina forense 319
formados por bases y pentosas características 271
Los nucleótidos sucesivos de los ácidos nucleicos 9.3 De los genomas a los proteomás 324
están unidos por enlaces fosfodiéster 274 Las relaciones entre las secuencias o las estructuras
Las propiedades de las bases de los nucleótidos suministran información sobre la función de las
influyen en la estructura tridimensional proteínas 324
de los ácidos nucleicos 276 Los patrones de expresión celular pueden revelar la
función celular de un gen 325
8.2 Estructura de los ácidos nucleicos 277 La detección de las interacciones proteína-proteína
El DNA es una doble hélice que almacena es útil en el esclarecimiento de las funciones
infoimación genética 278 celulares y moleculares 328
El DNA puede adoptar diferentes formas
tridimensionales 280 9.4 Alteraciones del genoma y nuevos productos
Algunas secuencias de DNA adoptan estructuras biotecnológícos 330
no habituales 281 Un parásito bacteriano facilita la clonación en
Los RNA mensajeros codifican las cadenas plantas 330
polipeptídicas 283 La manipulación de los genomas animales
Muchos RNA tienen estiTicturas tridimensionales simünistra información sobre la estructura
más complejas 284 de los cromosomas y la expresión génica 332
Las nuevas tecnologías pueden facilitar el
8.3 Química de los ácidos nucleicos 287 descubrimiento de nuevos fármacos 335
El DNA y el RNA de doble hélice pueden
Recuadro 9-2 Medicina: El genoma humano y la terapia
desnaturalizarse 287
Ix)s ácidos nucleicos de especies diferentes pueden génica humana 335
foiTuar híbridos 288 tecnología del DNA recombinante ofrece nuevos
Los nucleótidos y los ácidos rmcleicos experimentan productos y nuevas posibilidades 337
transformaciones no enzimáticas 289
Algunas bases del DNA están metiladas 292
Es posible determinar la secuencia de largas 10 Lípidos 343
cadenas de DNA 292
Se ha automatizado la síntesis química de DNA 294 10.1 Lípidos de almacenamiento 343
Los ácidos grasos son derivados de hidi-ocarburos 343
8.4 Otras funciones de ios nucleótidos 296 Los triacilgliceroles son ésteres de ácidos grasos
Los nucleótidos transportan energía química y glicerol 346
en las células 296 Los triacilgliceroles aportan energía almacenada y
Los nucleótidos de adenina foiTnan parte de aislamiento 346
muchos cofactores enzimáticos 297 La hidrogenación parcial de los aceites de cocina
Algunos nucleótidos son moléculas reguladoras 298 produce ácidos grasos 347
Recuadro 10-1 Cachalotes: cabezones de la profundidades 347
Las ceras sirven como almacenes de energía y
como cubiertas impeiTneables al agua 349
9 Tecnologías de la información basadas
10.2 Lípidos estructurales de las membranas 349
en el DNA m Los glicerofosfolípidos son derivados del ácido
fosfatídico 350
9.1 Clonación del DNA: fundamentos 304 Algunos glicerofosfolípidos tienen ácidos grasos
El DNA recombinante se obtiene mediante unidos por enlace éter 350
endonucleasas de restricción y DNA ligasa 304 Los cloroplastos contienen galactolípidos y
Los vectores de clonación permiten la amplificación s\ilfolípidos 351
de fragmentos de DNA insertados 307 Las arqueobacterias contienen lípidos de membrana
La hibridación permite la detección de secuencias singulares 353
de DNA específicas 310 Los esfingolípidos son derivados de la esfingosina 352
La expresión de genes clonados produce grandes Los esfingolípidos de la superficie celular son sitios
cantidades de proteína 312 de reconocimiento biológico 354
La alteración de los genes clonados produce Los fosfolípidos y los esfingolípidos se degradan
proteínas modificadas 312 en los lisosomass 355
Uis etiquetas temiinales crean sitios de unión Los esteróles tienen cuatro anillos hidrocarbonados
para la purificación por cifinidad 313 ftisionados 355

9.2 De los genes a ios genomas 315 Recuadro 10-2 MetZ/cma: Acumulación anormal de
Las bibliotecas genómicas proporcionan catálogos lípidos de membrana: algunas enfermedades genéticas
esi^ecializados de información genética 315 humanas 356
j XX j índice de materias

10.3 Lípidos como señales, cofactores y pigmentos 357 Ciertas proteínas integrales de la membrana
I^s fosl'aticlilinositokís son derivados de la esfingosina plasmática favorecen la adhesión superficial,
c|iie actúan como señales ¡iilracelulares 357 la señalización y otros procesos celulares 388
Los icosanoides son portadores de mensajes a las
crélulíis vecinas 358 11.3 Transportes de solutos a través de membranas 389
Lcis hormonas esteroides transportan mensajes Proteínas de membrana facüitan el transporte
entro tejidos 359 pasivo 390
[jQs plantas vasculares producen millares de señales Los transportadores pueden agruparse
volátiles 359 en superfamilias según sus estructuras 391
Las vitaminas A y l) son prec.ursores hormonales 360 El transportador de glucosa de los eritrocitos facilita
Las viüiminas H y K y las quinoiuis lipídicas son el transporte pasivo ,‘391
cofactores de oxidación-reducción 361 El intercrambiador de clorm*o-bicarbonato cataliza
Los dolicoles activan precursores ghicídicos i)ara el cotransporte electroneutro de aniones a
la biosíntesis 362 través de la membrana plasmática 393
Muchos pigmentos naturales son dienos conjugados Recuadro 11*2 Merf/o/ja: Transporte defectuoso de glucosa
lipídicos 362 y de agua en dos formas de diabetes 394
El transporte activo da lugar al moviniiento
10.4 Trabajar con lípidos 363
de soluto contra un gradiente de coiícentración
La extracci()n de lípidos requiere la utilización de
disolvente orgáiüc;o 363 o un gradient,e electroquímico 395
l ^ ATPasas tipo P experimentan fosforilación
La cromatografía dcí adsorción separa los lípidos
durante sus ciclos catalíticos 396
(le polaridad diferente 364
Las ATPasas tipo F son bombas de protones
La cromatografía gas-lí(iuido separa las mezclas
reversibles impulsadas por el ATP 399
de derivados lipídicos volátiles 365
Los transportadores A13(" utilizan ATP para
La hidrólisis esjxícífica ajoida a determinar la
iiTipulsar el transporte activo de una amplia
estructura lipídica 365
gama de sustratos 400
La esj)ec:trometría de masas revela la estructura
Los gradientes de iones proporcñonan la energía
lil)ídica completa 365
para el transporte ac.tivo secundario 400
La lipidómica pretende catalogar todos los lípidos
y sus funciones 365 Recuadro 11-3 Medicina: Un canal iónico defectuoso
en la fibrosis quística 401
acuaporinas forman canales transmertibrana
I áxs
11 Membranas biológicas y transporte 371 liidrofílicos para el paso de agua 404
Los canales selectivos de iones permiten
11.1 Composición y arquitectura de las membranas 372
el movimiento rápido de ionc»s a través
Cada tipo de memt)rana presenta una composición
de las membranas 406
de proteínas y hpidos característica 372
La función del canal iónico se mide eléctricamente 407
Todas las membramis biológicas comparten ciertas
La estructura de un canal K'*' muestra las bases de
proi)iedades fundamentales 373
su especificidad 407
Kl elc'mento t)ásico (ístnictural de las membranas
Los canales iónicos de cornpueitii son biisicos
es una bicapa lipídica 374
en la función neuix>nal 410
lYes tipos de proteínas de membrana difieren en
Canales iónicos defectuosos pueden tener
su asociación con la misma 375
consecuencias fisiológicas adverscus 410
Mnc:lu\s proteínas de membrana abarcan la bicapa
lipídica 375
Las i^roteínas integrales son sostenidas en la mem­
brana por interacciones hidrofóbicas con lípidos 376 12 Bioseñalízación 419
Puede predecirse a veces la topología de una
proteína integral de membrana a partir de 12.1 Características generales de la traducción
sus secuencias 378 de señales 419
Lípidos unidos covalentemente anclan algunas Recuadro 12-1 Métodos: El análisis de Scatchard cuantifica
l^i'oteínas de membrana 379
la interacción receptor-ligando 421
11.2 Dinámica de las membranas 381
Los grupos del interior de la bicapa están ordenados 12.2 Receptores acoplados a proteína G y segundos
en grados diferentes 381 mensajeros 423
El movimiento de lípidos transbicapa requiere El sistema receptor j3-adrenérgico actúa a través
catálisis 381 del segundo mensajero cAMP 423
Lípidos y proteínas difunden lateralmente en Recuadro 12*2 Medicina: Proteínas G: interruptores binarios
la bica|)a 383 en salud y enfermedad 425
Los esíingolípidos y el coiesterol se agrupan Diversos mecanismos inducen la terminación de la
conjuntamente en balsas de membrana 384 respuesta del receptor )8-adrenérgico 430
Recuadro 11*1 MétodosMcwscop\a de fuerza atómica El receptor /3-adrenérgico se desensibiliza mediante
para ver proteínas de membrana 385 fosforilación y por asociación con arrestina 430
La cuiTatura y la fusión de membranas son cruciales El AMP cíclico actiia como segundo mensajero
en muchos procesos biológicos 387 para muchas moléc^^ulas reguladoras 431
índice de materias xxí

Diacilglicerol, iiiositol trisfosfato y Ca^”^ tienen pa­ El olfato y el gusto en vertebrados utilizan
peles relacionados como segundos mensajeros 432 mecanismos similares al sistema visual 465
Recuadro 12-3 Métodos: FRET: bioquímica visualizada en una Recuadro 12-4 Medicina: Daltonismo: experimento
célula viva 434 de John Dalton desde la tumba 466
El cslcÁQ es im segundo mensajero que puede estar Los GPCR de los sistemas sensoriales comparten
localizado en el espacio y el tiempo 436 diversas características con los GPCR de
los sistemas de señalización hormonal 467
12.3 Receptores tirosina quinasa 439
La estimulación del receptor de insulina inicia una 12.11 Regulación del cido celular por proteína quinasas 469
cascada de reacciones de fosforilación de El ciclo celular tienen cuatro etapas 469
proteínas 439 Los niveles de las proteínas qujnasas dependientes
El fosfolípido de membrar\a PIP3 funciona en una de ciclina experimentan oscilaciones 469
rama de señalización de la insulina 441 Las CDK regulan la división celular mediante
En el sistema de señalización JAK-STAT también fosforilación de proteínas clave 472
interviene la actividad tirosina quinasa 443
La comunicación cnizada entre sLstemas de 12.12 Oncogenes, genes supresores de tumores
señalización es frecuente y compleja 444 y muerte celular programada 473
Los oncogenes son fonnas mutadas de genes de
12.4 Receptores guanilil ciclasas, cGMP y proteína proteínas que regulan el ciclo celular 473
quinasa G 445 Defectos en ciertos genes eliminan las restricciones
normales sobre la división celulai* 474
12.5 Proteínas adaptadoras polivalentes y balsas de Recuadro 12-5 Medicina: Desanrollo de inhibidores
membrana 446 de la proteína quinasa para el tratamiento del cáncer 475
Módulos proteicos unen residuos TVr, Ser o Thr
La apoptosis es el suicidio celular programado 477
fosforilados de proteínas asociadas 446
Las balsas de membrana y las caveolas pueden
segregar proteínas de señalización 449 II BIOENERGÉTICA Y METABOUSMO 485

12.6 Canales iónicos de compuerta 449 13 Bioenergética y tipos de reacciones


Los canales iónicos son el fundamento de bioquímicas ^
la señalización eléctrica en células excitables 449
Los canales iónicos de compuerta regulada 13.1 Bioenergética y termodinámica 490
por voltaje producen potenciales de acción Las transformaciones biológicas de energía obedecen
neuronales 450 las leyes de la termodii\ámica 490
El receptor de acetilcolina es un canal iónico Todas las células precisan fuentes de energía libre 491
regulado por ligando 453 La variación de energía libre estándar está
Las neuronas tienen canales receptores que directamente relacionada con la constante
responden a diferentes neurotransmisores 453 de equilibrio 491
Las toxinas apimtan a los canales iónicos 453 El cambio de energía libre real depende de las
concentraciones de reactivos y productos 493
12.7 integrinas; receptores de adhesión celular Las variaciones de energía libre estándar son aditivas 494
bidirecdonales 455
13.2 Lógica química y reacciones bioquímicas comunes 495
12.8 Regulación de la transcripción por hormonas Las ecuaciones bioquímicas y químicas no
esteroideas 456 son idénticas 500
12.9 Señalización en microorganismos y plantas 457 13.3 Transferencia de grupos fosforilo y ATP 501
La señalización bacteriana necesita la fosforilación La variación de energía libre en la hidrólisis del ATP
en un sistema de dos componentes 457 es grande y negativa 501
Los sistemas de señalización en plantas tienen Otros compuestos fosforilados y tioésteres también
algunos de los componentes utilizados tienen energías libres de hidrólisis elevadas 504
por microbios y maniíferos 458 El ATP proporciona energía por transferencia de
Las plantas detectan etileno a través de un sistema grupo y no por simple hidrólisis 506
de dos componentes y una cascada MAPK 459 El ATP dona grupos fosforilo, pirofosforilo y adenililo 507
Proteína quinasas tipo receptor transducen señales La formación de macromoléculas informativas
de péptidos y brasinosteroides 460 requiere energía 508
12.10Transducción sensorial en la vista,el olfato Recuadro 13-1 Los destellos de la luciérnaga: informes
y el gusto 461 resplandecientes dei ATP 509
El sLstema visual utiliza mecanismos GPCR clásicos 461 El ATP aporta energía para el transporte activo
Ui rcxlopsina excitada actúa a través de la proteína G y la contracción muscular 509
transducina reduciendo la concentración Las transfosforilaciones entre nucleótidos se dan
de cGMP 463 en todos los tipos celulares 509
l^ señal visual termina rápidamente 464 El polifosfato inorgánico es un dador potencial de
Los conos están especializados en la visión en color 465 grupos fosforilo 510
X*** índice de materias

13.4 Reacdones de oxidadón-reducdón biológicas 512 14.4 Gluconeogénesis 551


El flujo de electrones puede realizar trabajo biológico 512 La conversión del piruvato en fosfoenolpiruvato
La oxidorreducciones se pueden describir en forma requiere dos reacciones exei^gónicas 553
de semirreacciones 612 La conversión de la fiiictosa 1,6-bisfosfato en
En las oxidaciones biológicas interviene fructosa 6-fosfato constituye el segundo rodeo 556
con frecuencia la deshidrogenación 513 La conversión de la glucosa 6-fosfato en glucosa
Los potenciales de reducción son una medida de la constituye el tercer rodeo 556
afinidad por los electrones 514 La gluconeogénesis es energéticamente cara,
Los potenciales de reducción estándar permiten pero es esencial 556
el cálculo de la variación de energía libre 515 Los intermediarios del ciclo del ácido cítrico
La oxidación celular de glucosa a dióxido de carbono y muchos aminoácidos son glucogénicos 557
requiere transportadores de electrones Los mamíferos no pueden convertir los ácidos
especializados 516 grasos en glucosa 557
Unos cuantos tipos de coenzimas y proteínas actúan La gluconeogénesis y la glucóüsis están reguladas
como transportadores universales de electrones 516 de forma recíproca 557
El NADH y el NADPH actúan con las
deshidrogenasas como transportadores solubles
de electrones 516
14.5 Ruta de las pentosas fosfato para la oxidadón
La carencia en la dieta de niacina, forma vitamínica de la glucosa 558
del NAD y del NADP, produce pelagra 519 Recuadro Mediana: ¿Por qué Pitágoras no
Los nucleótidos de flavina están fuertemente unidos comía falafél? Deficiencia de glucosa 6-fosfato
en las flavoproteínas 519 deshidrogenasa 559
La fase oxidativa produce pentosas fosfato
14 Glucóiisis, gluconeogénesis y NADPH 559
La fase no oxidativa recicla las pentosas fosfato a
y ruta de las pentosas fosfato 527 glucosa 6-fosfato 560
El síndrome de Wernicke-Korsakoff está exacerbado
14.1 Glucóiisis 528 por un defecto en la transcetolasa 563
Una visión global: la glucóiisis tiene dos fases 528 La glucosa 6-fosfato se reparte entre la glucóiisis
La fase preparatoria de la glucóiisis precisa ATP 531 y la ruta de las pentosas fosfato 563
La fase de beneficios de la glucóüsis produce ATP
y NADH 535
El balance global muestra una ganancia neta de ATP 538 15 Principios de regulación metabólica 569
La glucóüsis está sometida a una regulación estricta 539
La captación de glucosa es deficiente en la diabetes
15.1 Regulación de las rutas metabólicas 570
meUitus tipo 1 539
Las células y oTgaxúsmos mantienen un estado
Recuadro 14-1 Medicina: La alta veloddad de la glucóiisis en estacionario dinámico 571
los tumores sugiere dianas para la quimioterapia y M líta Se pueden regular tanto la cantidad como
el diagnóstico 540 la actividad cataütica de xm enzima 571
En las células las reacciones lejos del equiübrio
14.2 Rutas alimentadoras de la glucóiisis 543 constituyen pimtos comunes de regulación 574
Los poüsacáridos y disacáridos de la dieta Los nucleótidos de adenina juegan un papel
se hidroüzan a monosacáridos 543 especial en la regulación metabóüca 575
El glucógeno y el almidón endógenos se degradan
mediante fosforóüsis 544 15.2 Análisis del control metabólico 577
Otros monosacáridos pueden entrar en diferentes Se puede medir experimentalmente la contribución
puntos de la ruta glucolítica 545 de cada enzima al ñujo a través de la ruta 578
El coeficiente de control cuantifica el efecto de
14.3 Destinos del piruvato en condiciones anaeróbicas: un cambio en. una actividad enzimática sobre
femientación 546 el fliyo metabóüco a través de una ruta 578
El piruvato es el aceptor electrónico terminal Recuadro 15-1 Métodos: Análisis del control metabólico:
en la fermentación láctica 546
aspectos cuantitativos 579
El etanol es el productor reducido en la
El coeficiente de elasticidad está relacionado con
fermentación alcohóüca 547
la sensibüidad de un enzima a cambios en la
Recuadro 14-2 Atletas, caimanes y celacantos: la glucóiisis concentración de metaboüto o de regulador 580
en condidones limitantes de oxigeno 548 El coeficiente de respuesta expresa el efecto de
La tiamina pirofosfato transporta grupos un controlador externo sobre el flujo a través
“acetaldehído activos” 549 de una ruta 581
Recuadro 14-3 Fermentación alcohólica: elaboradón de El análisis del control metabóüco se ha apücado
cerveza y producdón de biofuel 549 al metaboüsmo con resultados sorprendentes 581
Algunas fermentaciones microbianas dan lugar El anáüsis del control metabóüco sugiere un método
a algunos alünentos comunes y productos general para incrementar el ñxxjo a través
industriales 550 de una ruta 582
índice de materias xxü*

153 Regulación coordinada de la glucólisis El complejo de la piruvato deshidrogenasa está


y la gluconeogénesis 582 fonnado por tres enzimas diferentes 618
Los isozimas cié la hexoquinasa de músculo y En la canalización de sustratos, los intermedios
de hígado están afectados de forma diferente nunca abandonan la superficie enzimática 619
por su producto, la glucosa 6-fosfato 583
16.2 Reacciones del ciclo del áddo cítrico 620
Recuadro 15<2 Isozimas: proteínas diferentes que catalizan El ciclo del ácido cítrico consta de ocho pasos 621
la misma reacción 584 Recuadro 16-1 Enzimas"daro de luna"': proteínas con más de
La hexoquinasa IV (glucoquinasa) y la glucosa una función 624
6-fosfatasa están reguladas a nivel
de transcripción 585
Recuadro 16-2 Sintasas y sintetasas; ligasas y liasas; quinasas,
La fosfofructoquinasa-1 y la fructosa 1,6-bisfosfatasa fofatasas y fosforilasas: ¡sí, una nomenclatura confusa! 627
se regulait recíprocamente 585 Recuadro 16-3 Citrato: una molécula simétrica que reacciona
La fructosa 2,6-bisfosfoato es un regitlador alostérico asimétricamente 629
potente de la PFK-1 y de la FBPasa-1 587 La energía de las oxidaciones del ciclo se conserva
La xilulosa 5-fosfato es un regulador clave de los eficientemente 630
metabolismos glucídico y lipídico 588 ¿Por qué es tan complicada la oxidación
El enzima glucolítico piruvato quinasa es inhibido del acetato? 631
alostéricamente por el ATP 588 Ix)s componentes del ciclo del ácido cítrico son
La conversión gluconeogémca del pii'uvato en importantes intermediarios biosintéticos 631
fosfoenol piruvato se encuentra bajo múltiples I^as reacciones anaplerótic:as reponen
tipos de regulación 590 los intermediarios dcl ciclo del ácido cítrico 631
regulación de la glucólisis y de la gluconeogénesis Recuadro 16-4 Citrato sintasa, limonada y suministro mundial
\K>r cambios en la transcripción hace variar de alimentos 633
el número de moléculas de enzima 590 La biotina de la piruvato carboxilasa transporta
Recuadro 15*3 Medicina: Mutaciones genéticas causantes grupos CO2 633
de formas raras de diabetes 593
16.3 Regulación del ciclo del ácido cítrico 635
La producción de acetil-CoA por el complejo de la
15.4 Metabolismo del glucógeno en anímales 594 piruvato deshidrogenasa está regulada por
La degradación del glucógeno está cataüzada por la mecanismos alostéricos y covalentes 635
glucógeno fosforilasa 595 El ciclo del ácido cítrico está regulado en sus
La glucosa l-fosfato puede entrar en la glucólisis o, tres pasos exergónicos 636
en el hígado, reponer la glucosa sanguínea 596 En el ciclo dcl ácido cítrico puede darse
El nucleótido-aziicar UDP-glucosa aporta glucosa la canalización de sustratos a través de
para la síntesis de glucógeno 596 complejos multienzimáticos 637
Recuadro 154 Cari y Gerty Cori: pioneros del metabolismo Algunas mutaciones en enzimas del ciclo
y enfermedades del glucógeno 598 del ácido cítrico producen cáncer 637
La glucogenina incorpora los residuos inicíales de
16.4 El ciclo del glioxilato 638
azúcar del glucógeno 601
El ciclo del glioxilato produce compuestos de cuatro
carbonos a p<u*tir de acetato 638
15.5 Reguladón coordinada de la síntesis y degradación Los ciclos del ácido cítrico y del glioxilato tienen
dei glucógeno 602 una regulación coordinada 639
Lci glucógeno fosforilasa está sujeta a control
alostérico y hormonal 603
La glucógeno sintasa también eslá regulada por
17 Catabolismo de los áddos grasos 647
fosforilación y desfosforilación 605
17.1 Digestión, movilización y transporte de grasas 648
l^ glucógeno sintasa quinasa 3 interviene en algunas
Las grasas de la dieta se absorben en el intestino
acciones de la insulina 606
delgado. 648
fosfoproteína fosfatasa 1 es clave para el
Las hormonas activan la movilización de
metabolismo del glucógeno 606
triacilgliceroles almacenados 649
El metabolismo glucídico está globalmente coordi­
Los ácidos grasos son activados y transportados
nado por señales alostéricas y honr\onales 606
al interior de las mitocondrias 650
El metabolismo de glúcidos y de lípidos está
integrado mediante mecanismos hormonales 17.2 Oxidadón de los áddos grasos 652
y alostéricos 608 La )S-oxidación de los ácidos grasos saturados
so produce en cuatro pasos básicos 653
16 Ei ddo del áddo dtrico 615 Los cuatro pasos de la /3-oxidación se repiten para
generar acelil-CoA y ATP 654
El acetil-CoA puede continuar oxidándose vía ciclo
16.1 Producción de acetil-CoA (acetato activado) 616
del ácido cítrico 655
El piruvato se oxida a acetil-CoA y CO2 616
El complejo de la piruvato deshidrogenasa necesita Recuadro 17-1 Los osos llevan a cabo la^-oxidadón durante
cinco coenzimas 617 la hibernación 655
(ndice de materias

La oxidacif)n de ácidos grasos insaturados requiere Varios cofactores enzimáticos juegan papeles
dos reacciones adicionales 656 importantes en el catabolismo de los
La oxidación completa de ácidos grasos de cadena aminoácidos 689
inijoar requiere tres reacciones adicionaies 657 Seis aminoácidos se degradan a pii*uvato 692
Recuadro 17-2 Coenzima B12: una solución radical Siete aminoácidos se degradan a acetil-CoA 695
a un problema desconcertante 658 En algunas personas el catabolismo de la ferülaJanina
La oxidación de ácidos grasos está estrictamente es genéticamente defectuoso 696
regulada 660 Cinco aminoácidos se convierten en
síntesis de proteínas para el catabolismo lipídico a-ceioglutarato 698
es activada por factores de transcripción 660 Cuatro aminoácidos se convierten en succinil-CoA 699
Defectos genéticos de ias acil giaso-CoA Recuadro 18-2 Medicina: Detectives científicos resuelven un
deshidrogenasas producen enfermedades graves 661 aimen misterioso 700
Los peroxisomas lambién llevan a cabo la Los aminoácidos ramificados no se degradan 701
jS-oxidación 662 La aspai agina y el aspartato se degradan a
Los peroxisomas y glioxisomas de las plantas utilizan oxalacetato 701
acetil-CoA procedente de la )3-oxidación como
precursor biosintético 662 19 Fosforilación oxidativa y fotofosforilación 707
Los enzimas de la )8“OXÍdac:ión de diferentes
orgánulos han tenido una evolución divergente 663
FOSFORILACIÓN OXIDATIVA
En cl retículo endoplasmático tiene lugar la
(íi-oxidación de los ácidos grasos 664 19.1 Reacciones de transferencia de electrones
Ei ácido fitiinico experimenta a-oxidación en los en las mitocondrias 708
peroxisomas 664 Los electrones son canalizados liacia aceptores
universales de electrones 709
173 Cuerpos cetónicos 666
Los electrones pasan a través de una serie de
Los cueipos cetónicos foiTnados en el hígado se
transportadores unidos a membrana 710
exportan a otros órganos como combustible 666
Los transportadores de electrones actúan en
Durante la diabetes y en situaciones de inanición se
complejos multienzimáticos 712
da una sobreproducción de cuerpos cetónicos 667
Los complejos mitocondriales se pueden asociar
formando respirasomas 718
18 Oxidación de aminoácidos y producción La energía de la transferencia de electrones
se conserva eficientemente en un gradiente
de urea 673 de protones 718
Durante la fosforilación oxidativa se producen
18.1 Destinos metabólicos de los grupos amino 674 especies de oxígeno reactivas 720
La proteína de ia dieta se degrada enzimáticamente Las mitocondrias de plantas tienen mecanismos
a aminoácidos 674 alternativos para oxidar el NADH 721
El piridoxal fosfato participa en la transferencia Recuadro 19-1 Calor, plantas malolientes y rutas
de grupos a-amino al a-cetoglutarato 677
respiratorias alternativas 722
El glutamato libera su grupo amino en forma de
amoníaco en el hígado 677 19.2 Síntesis de ATP 723
Recuadro 18-1 Medicina: Determinadón de lesiones La ATP sintasa tiene dos dominios funcionales, F„ y Fj 725
tisulares 678 En la superficie de Fj el ATP está estabilizado
glutamina transporta amoruaco en el torrente en relación al ADP 725
circulatorio 680 El gradiente de protones impulsa la liberación
La alanina transporta amoníaco desde los músculos del ATP de la superficie del enzima 726
esqueléticos al hígado 681 Cada subunidad de la ATP sintasa puede adoptar
El amoníaco es tóxico para los animales 681 tres conformaciones diferentes 726
La catálisis rotacional es la clave en el mecanismo
18.2 Exaeción del nitrógeno y ciclo de la urea 682 de unión y cambio de la síntesis de ATP 728
La urea se produce a partir de amoníaco en cinco El acoplanúento quimiosmótico permite que
pasos enzimáticos 682 las estequiometrías del consumo de O2
Los ciclos del ácido cítrico y de la urea pueden y de la síntesis de ATP no se coiTespondan
conectai'se 684 con números enteros 729
actividad del ciclo de la urea está regulada La fuerza proton-motilz suministra energía para
a dos niveles 685 el transporte activo 730
Las interconexiones entre rutas reducen el coste Sistemas de lanzadera envían indirectamente NADH
energético de la síntesis de urea 686 citosólico a la mitocondria para su oxidación 731
Defectos genéticos en el ciclo de la urea pueden
ser letales 686 19.3 Regulación de la fosforilación oxidativa 732
La fosforilación oxidativa está regulada por las
18.3 Rutas de degradación de los aminoácidos 687 necesidades celulares de energía 733
Algunos aminoácidos se convierten en glucosa, Una proteína impide la hidrólisis de ATP durante
otros en cuerpos cetónicos 688 la hipoxia 733
índice de materias xxv^

La hipoxia conduce a la producción de ROS Se ha establecido la estequiometría aproximada


y a varias respuestas de adaptación 733 de la fotofosforilación 760
I^s rutas de forniación de ATP están reguladas La ATP sintasa de los cloroplastos es como
de fonna coordinada 734 la de la nütoc:ondria 760

19.4 Las mitocondrias en la termogénesis, síntesis 19.10 Evolución de la fotosíntesis oxigénica 761
de esteroides y apoptosis 735 Los cloroplastos evolucionaron a partir de bacterias
Las mitocondrias desacopladas del tejido adiposo fotosintéticas 761
marrón producen calor 736 En Halobacterium, una única proteína absorbe
P-450 oxigenasas mitocondriales catalizan las luz y bombea protones para impulsai* la síntesis
hidroxilaciones de esteroides 736 de ATP 762
Ijíxs mltoc:ondrias son vitales en el inicio
de la apoptosis 737
20 Biosintesis de glúcidos en plantas y bacterias 773
19.5 Genes mitocondriales: su origen y efeaos de
mutaciones 738 20.1 Síntesis fotosintética de glúcidos 773
Las mitocondrias evolucionaron a partir Los plastidios son orgánulos propios de las células
de bacterias er\dosimbióticas 739 vegetales y de las algas 774
Kn el DNA mitocondrial se acun\ulan mutaciones La asimilación del dióxido de carbono tienen lugar
a lo largo de la vida del organismo 739 en tres fases 775
Algunas mutaciones en los genomas mitocondriales Cada triosa fosfato sintetizada a partir de CO2
producen enfermedades 740 cuesta seis NADPH y nueve ATP 782
Defectos en las mitocondrias de las células jS Un sistema de transporte exporta triosas fosfato
pancreáticas pueden ser causa de diabetes 741 desde el cloroplasto e importa fosfato 783
Cuatro enzimas del ciclo de Calvin son activados
indirectamente por la luz 784
FOTOSÍNTESIS: CAPTACIÓN DE LA ENERGÍA LUMINOSA
19.6 Características generales de la fotofosforilación 742 20.2 Fotorrespiración y rutas C4y CAM 786
La fotorrespiración es el resultado de la actividad
La fotosíntesis en plantas tienen lugar en los
oxigenasa de la rubisco 786
cloroplastos 743
La ruta de recuperación del fosfoglicolato es costosa 787
La luz impulsa un flujo de electrones en los
En las plantas C4, la fijación de CO^ y la actividad
cloroplastos 743
rubisco están espacialmente separadas 789
En las plantas CAM, la captura del CO2 y la acción
19.7 Absorción de la luz 744
de la rubisco están temporalmente separadas 791
Las clorofilas absorben energía luminosa para la
fotosíntesis 745 20.3 Biosintesis del almidón y la sacarosa 791
Los pigmentos accesorios aumentan la gama de La ADP-glucosa es el sustrato de la síntesis de
absorción de la luz 747 almidón en los plastidios de las plantas y de
La clorofila canaliza la energía absorbida a centros
la síntesis de glucógeno en las bacterias 791
de reacción mediante transferencia de excitones 747 La UDP-glucosa es el sustrato de la síntesis de
sacarosa en el citosol de las células de las hojas 792
19.8 El acontecimiento fotoquímico central: La conversión de triosas fosfato en sacarosa
el flujo electrónico impulsado por la luz 749 y almidón está fuertemente regulada 792
Las bacterias tienen uno de entre dos tipos de
centros de reacción fotoquímicos individuales 749 20.4 Síntesis de polisacáridos de la pared celular:
Factores cinéticos y termodinámicos evitan la celulosa vegetal y peptidoglucano bacteriano 794
disipación de energía por conversión interna 751 La celulosa se siiitetiza por estructuras
Dos centros de reacción actúan en tándem supramoleculares en la membrana plasmática 795
en las plantas 752 Oligosacáridos unidos a lípidos son precursores en
Las clorofilas antena están íntimamente asociadas la síntesis de la pared celular bacteriana 796
a los transportadores electrónicos 754
El complejo del citocromo 6q/une los 20.5 Integración del metabolismo glucídico en ia célula
fotosistemas II y I 755 vegetal 797
El flujo cíclico de electrones entre PSl y el complejo La gluconeogénesis convierte grasas y proteínas
del citocromo b^f aumenta la producción de ATP en glucosa en las semillas en germinación 798
en relación a la de NADPH 756 Fondos o reservas (pools) de intermediarios
Transiciones de estado cambian la distribución comunes unen rutas en diferentes orgánulos 799
de LHCII entre los dos fotosistemas 756
El agua es escindida por el complejo que desprende
oxígeno 756 21 Biosintesis de iípidos 805
19.9 Síntesis de ATP por la fotofosforilación 759 21.1 Biosintesis de ácidos grasos e icosanoides 805
Un gradiente de protones acopla el flujo electrónico El malonil-CoA se forma a partir del acetil-CoA
con la fosforilación 759 y del bicai'bonato 805
XXVI fndice de materias

La síntesis de ácidos grasos transcurre mediante Recuadro 21-3 Medicina: La hipótesis lipídica y el desarrollo
ima secuencia de reacciones repetidas 806 de las estatinas 842
El complejo del ácido grasos sintasa de mamíferos Las hormonas esteroideas se forman por rotura
tiene múltiples sitios activos 808 de la cadena lateral y oxidación del coiesterol 844
El ácido graso sintasa recil>e los grupos acetilo Los intermediarios de la síntesis del coiesterol
y malonilo 808 tienen muchos destinos alternativos 845
Las reacciones del ácido gi aso sintasa se repiten
hasta formar palmitato 811
La síntesis de ácidos grasos se produce en el citosol 22 Biosíntesis de aminoácidos, nucleótidos
de muchos organismos pero en las plantas tiene y moléculas reladonadas___________ 851
lugar en los cloroplastos 811
El acetato sale de la mitocondria en forma de citrato 813 22.1 Aspectos generales del metabolismo del nitrógeno 852
La biosíntesis de ácidos grasos está perfectamente El ciclo del nitrógeno mantiene una reserva de
regulada 814 nitrógeno disponible biológicamente 852
Los ácidos grasos saturados de cadena larga se El nitrógeno es fijado por enzimas del complejo
sintetizan a partir del palmitato 814 de la nitrogenasa 852
La desaturación de los ácidos grasos necesita una
oxidasa de función mixta 815
Recuadro 22-1 Estilos de vida poco comunes de lo invisible
Recuadro 21-1 Oxidasas de función mixta, oxigenasas pero abundante 853
El amoníaco se incorpora a las biomoléculas
y citocromo p-450 816 a través del glutamato y la glutamina 857
Los icosanoides se forman a partir de ácidos grasos La glutamina sintetasa es im punto de regulación
poliinsaturados de 20 carbonos 817 principal del metabolismo del nitrógeno 857
Varios tipos de reacciones tienen papeles
21.2 Biosíntesis de tríacilgliceroles 820 específicos en la biosíntesis de anünoácidos
Los triacilgliceroles y los glicerofosfolípidos se y nucleótidos 859
sintetizan a pai tir de los mismos preciu’sores 820
La biosíntesis de triacilgliceroles en los animales 22.2 Biosíntesís de ios aminoácidos 860
está regulada por hormonas 821 El a-cetoglutarato es precursor del glutamato,
El tejido adiposo genera glicerol 3-fosfato mediante la glutamina, la prolina y la arginina 861
gliceroneogénesis 822 La serina, la glicina y la cisteína proceden del
Las tiazolidinadionas tratan la diabetes tipo 2 3-fosfoglicerato 863
incrementando la gliceroneogénesis 824 Tres aminoácidos no esenciales y seis aminoácidos
esenciales se sintetizan a partir de oxalacetato
y piruvato 865
21.3 Biosíntesis de fosfolípidos de membrana 824 El corismato es un intermediario clave en la síntesis
Las células tienen dos estrategias para unir del triptófano, de la fenilalanina y de la tirosina 865
los gmpos de cabeza de fosfolípidos 824 La biosíntesis de la histidina utiliza precursores
La síntesis de fosfolípidos en E. coli utiliza de la biosíntesis de purinas 869
CDP-diacUgücerol 825 La biosíntesis de los aminoácidos se encuentra
Los eucariotas sintetizan fosfolípidos aniónicos bajo control alostérico 872
desde CDP-diacilglicerol 827
Las rutas eucarióticas hasta la fosfatidilserina, 22.3 Moléculas derivadas de aminoácidos 873
fosfatiletanolamina y fosfatidilcolina están La glicina es im precui*sor de las porfirinas 873
interrelacionadas 827 Recuadro 22-2 Medicina: Sobre reyes y vampiros 875
La síntesis de plasmalógenos requiere la formación El hemo es la fuente de los pigmentos biliares 875
de un alcohol graso unidos por enlace éter 829 Aminoácidos precursores de la creatina y
síntesis de los esfingolípidos y de los del glutatión 876
glicerofosfolípidos requiere precursores Los D-aminoácidos se hallan fundamentalmente
y algunos mecíinismos 829 en las bacterias 878
Los lípidos polares están destinados a membranas Los aminoácidos-aromáticos son precursores de
celulares específicas 830 muchos compuestos presentes en los vegetales 878
Las aminas biógenas son productos de
21.4 Biosíntesis de coiesterol, esteroides e isoprenoides 831 descarboxilación de los aminoácidos 878
El coiesterol se forma a partir del acetil-Ck)A Recuadro 22-3 Medicina: Un caballo de Troya
en cuatro fases 832 bioquímico para la curación de la enfermedad
El coiesterol tiene varios destinos 836
El coiesterol y otros lípidos son transportados por
del sueño africana 880
La arginina es el precursor de la síntesis biológica
lipoproteínas plasmáticas 836
del óxido nítrico 882
Recuadro 21-2 Medicina: Los alelos de la apoE predicen la
incidencia de la enfermedad de Alzheimer 839 22.4 Biosíntesis y degradación de los nucleótidos 882
Los ésteres de coiesterol entran en las células por La síntesis de novo de los nucleótidos de purina
endocitosis facilitada por receptor 840 empieza con el PRPP 883
La biosíntesis del coiesterol está regulada a diversos La biosíntesis de los nucleótidos de purina está
niveles 841 regulada por retroinhibición 885
índice de materias xxvü

Los iiucleótidos de pirimidina se sintetizan a partir- 23.4 Obesidad y regulación de la masa corporal 930
de aspartato, PRPP y carbamil fosfato 886 El tejido adiposo tiene importantes funciones
biosíntesis de los nucleótidos de priiimidina endocrinas 930
está regulada por retroinhibición 887 La leptina estimula la producción de hormonas
]jOS nucleósidos monofosfato se convierten en peptídicas anorexigénicas 932
nucleósidos trifosfato 888 leptina desencadena una cascada de señalización
Los ribonucleótidos son los precursores de los que regula la expresión génica 933
desoxirribonucleótidos 888 El sistema de la leptina puede haber evolucionado
El timidilato se forma a partir de dCDP y dUMP 890 para regular la respuesta a la inai\ición 934
La degradación de las purinas y las pirimidinas La insulina actúa en el núcleo arcuato para regular
produce ácido úrico y urea, respectivamente 892 la ingesta y la conservación de energía 934
Las bases púricas y pirimidínicas se reciclan a través La adiponectina actúa a través de AMPK para
de vías de recuperación 893 aumentar la respuesta a la insulina 934
El exceso de ácido úrico provoca la gota 893 La dicta regula la expresión de genes cniciales
Muchos agentes quimioterapéuticos actúan sobre para el mantenimiento de la masa corporal 936
enzimas de las rutas de biosíntesis de La grelina y la PYY;j_3g influyen en los hábitos
nucleótidos 894 de ingesta a corto plazo 937

23 Regulación hormonal e integración 23.5 Obesidad, síndrome metabólico


y diabetes de tipo 2 938
del metabolismo en los mamíferos 901 En la diabetes de tipo 2 los tejidos se vuelven
insensibles a la insulina 938
23.1 Honnonas: estructuras diversas para funciones La diabetes de tipo 2 se trata con dieta, ejercicio
diversas 901 y medicación 939
La detección y la purificación de las hormonas
requieren un bioensayo 902
Recuadro 23-1 Medicina: ¿Cómo se descubre una hormona? til LAS RUTAS DE LA INFORMACIÓN 945
El difícil camino hasta la insulina purificada 903
Las hormonas actúan a través de receptores celulares 24 Genes y gomosomas 9
de elevada afinidad 904
Las hormonas son químicamente diversas 906 24.1 Elementos cromosómicos 947
La liberación de honnonas está regulada por señales Los genes son segmentos de DNA que codifican
neuronales y hormonales jerarquizadas 909 cadenas polipeptídicas y RNA 947
¡..as moléculas de DNA son mucho más largas que
23.2 Metabolismo específico de los tejidos: las células o virus que las contienen 948
Los genes y los cromosomas eucarióticos son muy
división del trabajo 912
complejos 952
El hígado transforma y distribuye los nutrientes 912
El tejido adiposo almacena y suministra ácidos 24.2 Superenrollamiento del DNA 954
giasos 916 mayor paite del DNA celular se encuentra
El tejido adiposo marrón es termogénico 917 subenroUado 955
Los músculos utilizan ATP para realizar trabajo El desenrollamiento del DNA se define por el número
mecánico 918 de enlace topológico 956
El cerebro consume energía para la transmisión Las topoisomerasas catalizan cambios en el número
de los impulsos eléctricos 920 de enlace del DNA 958
La sangre transporta oxígeno, metabolitos Recuadro 24-1 Medicina: Curación de enfermedades por
y hormonas 920
inhibición de topoisomerasas 960
La compactación del DNA requiere una fonna
23.3 Regulación hormonal del metabolismo especial de superenrollamiento 961
energético 922
La insulina contranesta la glucosa en sangre elevada 922
24.3 Estructura de los cromosomas 962
La cromatina está compuesta de DNA y proteínas 962
Las células ¡3 del páncreas secretan insulina
924 Las lüstonas son pequeñas proteínas básicas 963
en respuesta a can\bios de la glucosa en sangre
Los nucleosomas son las unidades fundamentales
El glucagón contrarresta los niveles bajos de glucosa
de organización de la cromatina 964
en sangre 925
Durante el ayuno y la inanición el metabolismo Recuadro 24-2 Medicina: Epigenética, estructura nucleosómica
se modifica para proporcionar combustible e histonas 966
para el cerebro 927 Los nucleosomas se empaquetan en sucesivos
La adrenalina es la señal de una actividad inminente 928 órdenes superiores de organizaciór\ 966
El cortisol es un indicador de estrés, incluidos los Las estmcturas de los cromosomas condensados
bajos niveles de glucosa en sangre 929 se mantienen mediante proteínas SMC 969
La diabetes mellitus es un defecto en la producción El DNA bacteriano también se encuentm altamente
o en la acción de la insulina 929 organizado 970
xxvüi índice de materias

25 Metabolismo del DNA 975 La RNA polimerasa dependiente de DNA


es inhibida selectivamente 1033
25.1 DNAReplication 977
La replicación del DNA está gobernada’por un 26.2 Maduración del RNA 1033
conjunto de reglas fundamentales 977 Los mRNA eucarióticos llevan un casquete en
El DNA es degradado por nucleasas 979 el extremo 5" 1034
El DNA es sintetizado por DNA polimerasas 979 Intrones y exones son transcritos del DNA al RNA 1035
La replicación es muy precisa 980 El RNA cataliza el corte y empalme de los
E. coli posee al menos cinco DNA polimerasas 982 intrones 1036
La replicación del DNA requiere muchos enzimas Los mRNA eucarióticos tienen una estructura
y factores proteicos 984 característica en el extremo 3' 1039
La replicación del cromosoma de E. coli procede La modificación diferencial del RNA puede dar
por etapas 985 lugar a múltiples productos a partir de un gen 1040
La replicación en las células eucarióticas es similar Los RNA ribosómicos y los tRNA también son
pero más compleja 991 modificados 1042
Las DNA polimerasas víricas son dianas de Los RNA de función especializada experimentan
las terapias antivíricas 992 varios tipos de modificación 1045
Algunas etapas del metabolismo de RNA están
25.2 Reparación del DNA 993 catalizadas por enzimas de RNA 1045
Las mutaciones están relacionadas con Los mRNA celulares se degradan a velocidades
el cáncer 993 diferentes 1048
Todas las células tienen múltiples sistemas de La polinucleótido fosforilasa forma polímeros de
repcuración del DNA 993 RNA de secuencia aleatoria 1049
La interacción de las horquillas de replicación con
lesiones del DNA puede inducir síntesis de DNA 26.3 Síntesis de RNA y de DNA dependiente de RNA 1050
propensa al error a través de la lesión 1000 La transcriptasa inversa produce DNA a partir de
Recuadro 25-1 Medicina: Reparadón del DNA y cáncer 1003 RNA vírico 1050
Algunos retrovirus provocan cáncer y sida 1051
25.3 Recombinadón del DNA 1003 Muchos trasposones, retrovirus e intrones pueden
La recombinación genética homóloga tiene tener un origen evolutivo común 1052
diversas funciones 1004 Recuadro 26-2 Aferf/c//ia:Tratamiento del sida con inhibidores
La recombinación durante la meiosis se inicia en de la transcríptasa inversa del ViH 1053
roturas de doble cadena 1005
La telomerasa es una transcriptasa inversa
La recombinación requiere una multitud de enzimas
especializada 1053
y otras proteínas 1007
Algunos RNA víricos se replican por medio de una
Todos los mecanismos de metabolismo del DNA
RNA polimerasa dependiente de RNA 1056
participan en la reparación de las horquillas de
La síntesis de RNA ofrece pistas importantes sobre
replicación bloqueadas 1009
la evolución bioquímica 1056
La recombinación específica de sitio produce
reordenamientos precisos del DNA 1010 Recuadro 26-3 Métodos: El método SELEX para generar
La recombinación específica de sitio puede ser polímeros de RNA con nuevas fundones 1058
necesaria para completar la replicación del Recuadro 26-4 Un universo de RNA en expansión lleno
cromosoma 1012 de RNA TUF 1060
Los elementos genéticos transponibles se mueven
de un lugar a otro 1013
Los genes de las imnunoglobulinas se ensamblan
por recombinación 27 Metabolismo de las proteínas 1065
27.1 El código genético 1065
26 Metabolismo del RNA 1021 El código genético fue descifrado mediante moldes
de mRNA artificiales 1066
26.1 Síntesis de RNA dependiente de DNA 1022 Recuadro 27-1 Excepciones que confirman la regla;
El RNA es sintetizado por RNA polimerasas 1022 variaciones naturales del código genético 1070
La síntesis de RNA empieza en los promotores 1025 El balanceo permite que algunos tRNA reconozcan
Recuadro 26-1 Métodos: La RNA polimerasa deja su huella más de un codón 1070
en un promotorr 1026 El desplazamiento del marco de traducción y la
La transcripción está regulada a diferentes niveles 1028 edición de RNA afectan la lectura del código 1072
La tenninación de la síntesis del RNA está
señalizada por secuencias específicas 1029 27J2 Síntesis de proteínas 1075
Las células eucarióticas tienen tres tipos de RNA La biosintesis de las proteínas tienen lugar en
polimerasas nucleares 1030 cinco etapas 1075
La RNA polimerasa II requiere otros muchos El ribosoma es una compleja máquina
factores proteicos para su actividad 1030 supramolecular 1076
índice de materias xxix

Recuadro 27-2 De un mundo de RNAa un mundo 28.2 Regulación de la expresión génica en bacterias 1126
de proteína 1078 El operón lac está siyeto a regiüación positiva 1126
Los RNA de transferencia tienen rasgos Muchos genes de los enzimas de la biosíntesis de
estructm*ales caiacterísticos 1079 aminoácidos’se regulan por atenuación de la
Etapa 1: I^as anünoacil-tRNA sintetasas imen los transcripción 1127
aminoácidos correctos a sus tRNA 1081 La mducción de la respuesta SOS requiere la
Recuadro 27-3 Expansión natural y no natural del código destiücción de proteínas represoras 1130
genético 1085 La síntesis de proteínas ribosómicas está coordinada
Etapa 2: La smtesis de proteínas empieza con un con la síntesis de rRNA 1131
aminoácido específico 1088 La función de algunos mRNA está regulada por
Etapa 3: Los enlaces peptídicos se forman durante pequeños RNA en cis o en tra7is 1132
la fase de elongación 1091 Algunos genes se regulan mediante recombinación
genética 1134
Recuadro 27-4 Variación inducida en el código genético:
supresión de mutaciones sin sentido 1094
Etapa 4; La tenninación de la síntesis de
28.3 Regulación de la expresión génica en eucariotas 1136
La cromatina transcripcionalmente activa es
polipéptidos requiere mía señal específica 1094
estructurahnente diferente de la cromatina
Etapa 5: Plegamiento y maduración de las cadenas
inactiva 1136
polipeptídicas recién sintetizadas 1096
cromatina se remodeia por acetilación
La smtesis de proteínas es iiüübida por muchos
antibióticos y toxinas 1098 y desplazamiento/reposicionamiento de ios
nucleososmas 1137
27.3 Destino y degradación de las proteínas 1100 Muchos promotores eucarióticos se regulan
La modificación ix>straducción de muchas positivamente 1138
Activadores y coactivadores de uiüón al DNA
proteínas euc:arióticas empieza en el retículo
endoplasmático 1100 facilitan el ensamblaje de los factores de
La glucosilación juega im papel clave en el destino transcripción generales 1138
délas proteínas 1101 Los genes del metabolismo de la galactosa en las
Las secuencias señal para el transporte nuclear levaduras están sujetos tanto a regulación
no son cortadas 1104 positiva como negativa 1141
Las bacterias también utüizan secuencias señal Los activadores de la transcripción tienen una
para el destino de las proteínas 1104 estructura modular 1142
Las células importan proteüias mediante La expresión génica eucariótic^a puede ser regulada
endocitosis facilitada por receptores 1106 por señales inter e Íntracelulares 1143
Todas las células disponen de sistemas de La fosforilación de los factores de transcripción
degradación de protemas especializados 1107 nucleares puede contribiür a su regiüación 1144
Muchos mRNA eucarióticos están sometidos a
represión traduccional 1144
Ei süenciamiento postranscripción de los genes
28 Reguladón de la expresión génica 1115 se produce por interferencia del RNA 1145
\j8lregulación de la expresión génica mediada por
28.1 Principios de regulación génica 1116 RNA adopta múltiples formas en los eucariotas 1146
La RNA polimerasa se une al DNA en los El desarrollo está controlado por cascadas de
promotores 1116 proteínas reguladoras 1146
El inicio de la transcripción se regula mediante Recuadro 28-1 Aletas, alas, picos y otras estructuras 1152
proteínas que se unen a los promotores o cerca
de ellos 1117
mayoría de los genes bacterianos están Glosario G^J
agrupados y se regulan en operones 1118 Créditos G l
El operón Uic está sujeto a regulación negativa 1119 Apéndice A Abreviaturas comunes en la literatura científica
Las proteínas reguladoras tienen domirüos discretos
bioquímica A-1
de unión al DNA 1121
Las proteínas reguladoras también tienen dominios Apéndice B Soluciones abreviadas a los problemas SA-1
de interacción proteína-proteína 1124 índice alfabético 1-1
Con la céluid; la biología descubrió su átomo... A partir de entonces el
estudio de la célula y la caracterización de su estructura fueron ya
esenciales para identificar aquellas propiedades comunes y necesarias
para la vida de todas las células y, complementariamente, para identi­
ficar las diferencias asociadas con funciones específicas.
—Fran(;oís Jacob, La logique du vivant: une histoire de l'hérédité
(La lógica de la vida: una historia de la herencia), 1970

Fundamentos de bioquímica
1.1 Fundamentos celulares 2 A pesar de ello, los organismos poseen cualidades extra­
ordinarias, que los distinguen de otras agrupaciones de materia
1.2 Fundamentos químicos 11 ¿Cuáles son, pues, las características distintivas de los organis­
mos vivos?
1.3 Fundamentos físicos 19
1.4 Fundamentos genéticos 27 Un elevado ^ a d o de complejidad química y de orga­
nización microscópica. Las intrincadas estructuras in­
1.5 Fundamentos evolutivos 29 ternas celulares están formadas por miles de moléculas
diferentes (Fig. 1-la). Entre eUas se cuentan polímeros
muy largos, cada uno de ellos con su propia secuencia de
ace aproximadamente unos quince mil millones de años, suburüdades, su estructura tridimensional única y su capa­

H el universo nadó de un cataclismo explosivo que esparció


partículas subátomicas extremadamente calientes y ricas
en energía. En cuestión de segundos se formaron los elementos
cidad para interaccionar de forma específica y selectiva
con otras moléculas celulares.
La existencia de sistemas para la extracción, trans­
más simples (el hidrógeno y el helio). Al tiempo que el universo formación y uso de energía del entorno (Fig. I~lb), que
se expandía y enjfriaba, se condensaba la materia bajo la influen­ permite a los organismos construir y mantener sus comple­
cia de la gravedad y se formaban las estrellas. Algunas de eUas jas estructuras y llevar a cabo un trabayo mecánico, químico,
se hicieron enormes y, a continuación, explotaron en forma de osmótico y eléctrico. Ello se opone a la tendencia que toda
supemovas y liberaron la energía necesaria para producir ele­ materia tiene a degradarse hada un estado más desordena­
mentos más complejos a partir de la füsión de los núcleos atómi­ do y a quedar finalmente en equilibrio con su entorno.
cos más simples. De este modo aparecieron, a lo largo de miles
de millones de aflos, la Tierra y los elementos químicos que hoy La existencia de funciones definidas para cada
se encuentran en ella. La vida apareció hace unos cuatro mil mi­ uno de los componentes de un organismo y la regula­
llones de años en forma de microorganismos sencillos dotados ción de las interacciones entre ellos. Esto es derto no
úrücamente para estructuras macroscópicas tales como
de la capacidad de extraer energía de los compuestos químicos
y después de la luz solar. Esta energía sirvió para sintetizar una hojas y tallos o corazón y pulmones, sino también para es­
tructuras microscópicas intracelulares y para compuestos
amplia variedad de biomolécolas más complejas a partir de los
químicos individuales. Existe una reladón dinámica entre
elementos y compuestos más simples presentes en la superficie
los componentes químicos de un organismo vivo; los cam­
de la Tierra.
bios en uno de los componentes producen cambios coordi­
La bioquímica se pregunta acerca del modo en que miles
nados o compensatorios en otro, de modo que el cor\junto
de diferentes moléculas inanimadas dieron lugar a las complejas
posee un carácter propio, más aUá del de cada una de sus
propiedades de ios organismos vivos. Cuando estas moléculas
partes individuales. El cor\junto de moléculas lleva a cabo
se aíslan y examinan individualmente cumplen todas las leyes fí­
un programa que tiene como resultado final la reproduc­
sicas y químicas que describen el comportamiento de la materia
ción del mismo y la autoperpetuadón de este coi\jimto de
inanimada, del mismo modo que ocurre con todos los procesos
moléculas; en definitiva, d resultado final es la vida
que tienen lugar en organismos vivos. El estudio de la bioquími­
ca muestra el modo en que las colecciones de moléculas inani­ Mecanismos para detectar y responder a las alteracio­
madas que constituyen los organismos vivos interaccionan para nes en su entorno, mediante un eúuste constante a estos
mantener y perpetuar la vida, rigiéndose únicamente por las cambios gracias a la adaptadón de sus procesos qu&nicos in­
mismas leyes físicas y químicas que gobiernan todo el universo. ternos a su posidón en el ambiente que los rodea.

C-]
Fundamentos de bioquímica

te amplia de adaptaciones bioquímicas específicas que tienen


lugar en un entomo químico compartido. Con el objeto de pri­
mar la claridad de exposición, en este libro nos arriesgaremos a
algunas generalizaciones que, aunque no perfectas, resultan úti­
les; con frecuencia también comentaremos algunas excepcio­
nes que pueden ayudar a aclarar las generalizaciones.
La bioquímica describe en términos moleculares aquellas
estructuras, mecanismos y procesos químicos compartidos por
todos los organismos y proporciona los principios de organiza­
ción que subyacen en todas las diversas formas de vida, princi­
pios a los que nos referiremos colectivamente como la lógica
molecular de la vida. Aunque la bioquímica proporciona cono­
cimientos y aplicaciones prácticas que son importantes en me­
dicina, agricultura, nutrición e industria, su preocupación
última es el prodigio de la vida misma.
Por lo tanto, en este capítulo introductorio describiremos
brevemente los fundamentos celulares, químicos, físicos y gené­
ticos de la bioquímica y el principio general de la evolución: el
desarrollo de las propiedades de las células vivas a lo largo de
las generaciones. Durante la lectura de este libro puede resultar
útil referirse a este capítulo de vez en cuando con el objeto de
refrescar la memoria sobre estos temas básicos.

1.1 Fundamentos celulares


(O
La unidad y diversidad de los organismos es evidente incluso a
FIGURA 1-1 Algunas características de la materia viva, (a) En esta sección fi­ nivel celular. Los organismos más pequeños son unicelulares y
na de tejido muscular de vertebrado, vista ai miaoscopio electrónico, se apre­ microscópicos. Los organismos mayores, multicelulares, contie­
cia su organización y complejidad microscópica, (b) Un halcón de las praderas nen muchos tipos de células de tamaño, forma y funciones dife­
se nutre mediante el consumo de un pequeño pájaro, (c) La reproducción bio­ rentes. A pesar de estas diferencias obvias, todas las células,
lógica tiene lugar con fidelidad casi perfecta.

La capacidad de autorreplicarse y autoensamblarse


(Fig. 1-lc). Una única célula bacteriana colocada en un me­
dio nutriente estéril puede generar miles de millones de cé­
lulas “hijas” idénticas a ella en 24 horas. Cada célula contiene
miles de moléculas diferentes, algunas de ellas de una gran
complejidad; a pesar de ello, cada bacteria es una copia fiel
del original y toda la información para su construcción está
contenida en el material genético de la célula original.

La capacidad de cambiar a lo largo dei tiempo me­


diante evolución gradual. Los organismos varían sus es­
trategias vitales heredadas en pasos muy pequeños, para
sobrevivir en situaciones nuevas. El resultado de eones de
años de evolución es una enorme diversidad de formas de
vida, superficialmente muy diferentes (Fig. 1-2) pero re­
lacionadas en lo fundamental a través de sus ancestros co­
munes. Esta unidad fundamental de los organismos vivos
se refleja a nivel molecular en la similitud de secuencias gé­
nicas y de estructuras de proteínas.
FKíURA 1-2 Diferentes organismos vivos comparten características químicas
A pesar de la existencia de estas propiedades comunes de comunes. Pájaros, bestias, plantas y microorganisníws del suelo comparten las
las que se deduce que existe una unifomüdad fundamental en mismas unidades estructurales básicas (células) y los mismos tipos de níacromo-
todas las manifestaciones de la vida, resulta difícil hacer genera­ léculas (DNA, RNA, proteínas) compuestas por los mismos tipos de subunida­
lizaciones sobre los organismos. La diversidad de organismos en des monoméricas (nucleótidos, aminoácidos). Utilizan las mismas rutas de
la Tierra es enorme. La gama de hábitats, desde aguas termales síntesis de los componentes celulares, comparten el mismo código genético y
hasta la tundra ártica, desde el intestino animal hasta los dormi­ descienden de los mismos ancestros evolutivos. Detalle del "jardín del Edén",
torios de colegios mayores, tiene su reflejo en la gama igualmen- obra de Jan van Kessel, el joven (1626-1679).
1.1 Fundamentos celulares [3 ]

desde las de ios más simples a las de los más complejos organis­ nes. Gracias a la interacción no covalente entre las subunidades
mos, comparten ciertas propiedades fundamentales, observa­ individuales de Kpidos y proteínas de la membrana plasmática, la
bles a nivel bioquímico. estructura global tiene un elevado grado de flexibilidad que per­
mite que se prcxiuzcan cambios en la forma y el tamaño de la cé­
Las células son las unidades estructurales y funcionales lula. Al crecer la célula se insertan en la membrana plasmática
de todos los organismos vivos nuevas moléculas de lípido y proteína recién sintetizadas; la divi­
sión celular produce dos células, cada una de las cuales posee su
Todas las células comparten ciertas características estructurales propia membrana. El crecimiento y la división (fisión) celulares
(Fig. 1 ^ ) . La membrana plasmática define la periferia de la se producen sin pérdida de la integridad de la membrana.
célula, separando su contenido del medio externo. Está com­ El volumen interno limitado por la membrana celular, el cito­
puesta por moléculas de lípidos y de proteínas que forman una plasma (Fig. 1-3), está compuesto por una disolución acuosa, el
barrera hidrofóbica fina, dura y ñexlble alrededor de la célula. La citosol, y una variedad de partículas en suspensión con funciones
membrana actúa como una barrera a la libre circulación de iones específicas. El citosol es una disolución muy concentrada que con­
inorgánicos y de la mayor parte de compuestos cargados o pola­ tiene enzimas y las moléculas de RNA c¡ue los codifican; los com­
res. Las proteínas de transporte de la membrana plasmática per­ ponentes (aminoácidos y nucleótidos) a partir de los cuales se
miten el paso de ciertos iones y moléculas; las proteínas forman estas macromoléculas; centenares de pequeñas moléculas
receptoras transmiten señales hacia el interior de la célula; por su orgánicas denominadas metabolitos, intermediarios de las rutas
parte, los enzimas de membrana participan en algunas reaccio- biosintéticas y degradativas; coenzimas, compuestos esenciales
en muchas reacciones catalizadas enzimáticamente; iones inoi:gá-
Núcleo (eucariotas) nicos y estructuras macromoleculares tales como los ribosomas,
o nucleoide (bacterias) en los que tiene lugar la síntesis de proteínas, y los proteasomas,
Contiene material genético: que degradan proteínas que ya no son necesarias para la célula
DNA y proteínas asociadas.
El núcleo está rodeado por una membrana. Todas las células tienen, al menos durante una parte de su
ciclo vital, un núcleo o un nucleoide, en el que se almacena y
Membrana plasmática replica el genoma (el coryunto de genes, compuestos de DNA).
Bicapa lipídica resistente y flexible.
Selectivamente permeable para El nucleoide en bacterias y arqueas no se encuentra separado
sustancias polares. También incluye del citoplasma por una membrana, pero en los eucariotas el
proteínas de membrana que núcleo contiene el material nuclear que se halla englobado en el
actúan en el transporte, en
la recepción de señales interior de una membrana doble, la envoltura nuclear. Las célu­
como enzimas. las con envoltura nuclear constituyen el amplio grupo Eukarya
(del griego eu, "verdadero”, y karyon, “núcleo**). Entre los mi­
croorganismos sin envoltura nuclear, antes denominados pro­
cariotas (del griego pro, “antes”), se distinguen ahora dos
grupos, Bacteria y Archaea, que se describen más adelante.

Las dimensiones celulares están limitadas por la difusión


La mayor parte de células son de tamaño microscópico, invisibles al
Citoplasma ojo humano. El diámetro típico de las céhilas animales y vegetales
Contenido acuoso de la
es de unos 5 a 100 /nm, y muchos organismos unicelulares tienen
célula y partículas y
orgánulos suspendidos en él. una longitud de tan sólo 1 a 2 /itm (véase el envés de la cubierta
posterior para encontrar información sobre las unidades y sus
abreviaturas). ¿Qué es lo que limita las dimensiones de una célula?
centrifugación a 150.000
El l&rüte inferior viene probablemente marcado por el número mí­
nimo de cada una de las diferentes biomoléculas necesarias. Las
Sobrenadante: citosol. ^
células más pequeñas, ciertas bacterias conocidas como nüco-
Disolución concentrada ^
de enzimas, RNA, plasmas, tienen un diámetro de 300 nm y un volumen de apro­
subunidades monoméricas, ximadamente 10"'^ mL. Un solo ribosoma bacteriano tiene
metabolitos e iones aproximadamente unos 20 nm en su dimensión más alargada, de
inorgánicos.
modo que un pequeño número de riboscHuas ocupan ya una frac­
Pellet: partículas y orgánulos. ción sigrüficativa del volumen de una célula de nücoplasma.
Ribosomas, gránulos de almacensuniento, El límite superior del tamaño celular viene marcado proba­
mitocondrias, cloroplastos, lisosomas, blemente por la velocidad de difusión de las moléculas disueltas
retículo endoplasmático.
en sistemas acuosos. Así, una célula bacteriana que depende de
FIGURA 1-3 Caractertsticas universales de todas las células vivas. Todas las reacciones que consumen oxígeno para la producción de su
células tienen núcleo o nucleoide, una membrana plasmática y citoplasma. El energía debe obtener el oxígeno molecular del medio en el que
citosol es la parte del citoplasma que permanece en el sobrenadante después de se halla mediante difusión a través de su membrana plasmática.
la rotura suave de la membrana plasmática y la centrifugación del extracto celu­ La célula es tan pequeña y la relación entre el área de su super­
lar a 150.000 g durante 1 hora. ficie y su volumen tan grande, que el O2alcanza tcxias las partes
Fundamentos de bioquímica

Eucariotas
Hongos Animales
Bacterias Entamoebas mucila-
verdes no
del azufre Hongos

Plantas
Ciliados

. Cianobácterias Flagelados
f Flavobacterias
Tricomónadas

Thermotoga
/j-
Microsporidios
Diplomónadas

FIGURA 1- 4 Filogenia de los tres dominios de la vida. Las relaciones fílogené- filogenéticos a partir de similitudes entre las secuencias de aminoácidos de la
ticas se ilustran a menudo mediante un "árbol genealógico" de este tipo. Este ár­ misma proteína en especies diferentes. Por ejemplo, la comparación de las se­
bol se basa en la similitud de las secuencias nucleotídicas de los RNA cuencias de la proteína GroEL (una proteína bacteriana que ayuda en el plega­
ribosómicos de cada uno de los grupos; a mayor similitud de secuencias, más miento de protanas) generó el árbol de la Figura 3-32. El árbol de la Figura 3-33
cercanas estarán las ramas, con lo que la distancia entre ramas representa el es un árbol ^consenso" que utiliza diversas comparaciones como las descritas
grado de diferencia entre dos secuencias. También se pueden construir árboles para realizar estimaciones sobre la reladón evolutiva de grupos de organismos.

de su citoplasma por difusión. Pero al aumentar el tamaño de la consideraciones bioquímicas y genéticas se pueden distinguir
célula disminuye la relación superñcie/volumen hasta llegar a dos grandes grupos: Bacteria y Archaea. Las bacterias habi­
un punto en el que su metabolismo consume O2a una velocidad tan en el suelo, en las aguas superñciales y en los tejidos de
superior a la del suministro mediante difusión. Entonces el me­ otros organismos vivos o en descomposición. Muchas especies
tabolismo que requiere O2 se hará imposible cuando el tamaño de Archaea, propuestas como un dominio distinto por Cari Woe­
celular crezca por encima de un detenninado valor, que repre­ se en la década de 1980, habitan en medios muy extremos: lagos
sentará el línüte teórico superior del tamaño de la célula. salinos, fuentes termales, ciénagas altamente acídicas y las pro­
fundidades de los océanos. Las pruebas de que se dispone su­
gieren que las arqueas y las bacterias divergieron pronto. Todos
Los seres vivos se pueden clasificar en tres dominios distintos
los organismos eucarióticos, que constituyen el tercer dominio,
Todos los organismos vivos pertenecen a uno de los tres gran­ Eukarya, evolucionaron a partir de la misma rama que dio ori­
des grupos (dominios) que representan las tres ramas de la evo­ gen a las arqueas; los eucariotas están, por tanto, más estrecha­
lución a partir de un progenitor común (Fig. 1-4). En base a mente relacionados con las arqueas que con las bacterias.

iT o d o s io si^ iie lim iti Combustible


reducido
Fotótrofos^ ^ Quiiniótrofos Combustible
Fuente (energía procedente de la luz) lón
(energía procedente de la oxidación oxidado
de energía de compuestos químicos)

U tó tro fo s Organótrofos
(combustibles (combustibles
Heterótrofos inorgánicos) orgánicos)
Puente Autótrofos
de carbono (carbono proce- - - (cari)ono procedente
dente de CO2) de compuestos orgánicos)

Cianobacterias Bacterias púrpura Bacterias del azufre La mayoría de bacterias


Plantas vasculares Bacterias veñies Bacterias del hidrógeno Todos los eucariotas
no fototrófícos
Ejemplos
1 *

Jr V • - \ . V
y
FIGURA 1-5 Los organismos pueden clasificarse según su fuente principal de energía (luz solar o compuestos químicos oxidables)
y su fuente de caHbono para la síntesis de material celular.
1.1 Fundamentos celulares

Dentro de los dominios de Bacteria y Archaea existen sub- ñas. Las membranas de las arqueas tienen una arquitecttira
grupos que se distinguen por sus hábitats. En los hábitats aeró­ similar, aunque sus Iípidos difieren de losl^resentes en bacte­
bicos, con un abundante suministro de oxígeno, muchos rias (véase la Fig. 10-12).
organismos residentes obtienen su energía mediante la transfe­
rencia de electrones desde las moléculas de combustible al oxí­
geno. Otros ambientes son anaeróbicos, prácticamente Ribosomas Los ribosomas bacterianos son más pequeños que
privados de oxígeno, lo que obUga a que los microorganismos los eucariótidos pero llevan a cabo la misma ñmción: síntesis de
proteínas a partir de mi RNA mensajero.
adaptados a ellos obtengan su energía mediante la transferencia
de electrones hacia el nitrato (generando Na), sulfato (generan­
do H2S) o CO2 (generando CH4). Muchos de los microorganis­ Nucleoide Contiene una única
molécula de DNA, larga y circular.
mos que han evolucionado en estos ambientes anaeróbicos son
anaerobios obligalorios que morirían por exposición al oxíge­
Pili Proporcionan
no. Otros son anaerobios/ocw¿/aítvos, capaces de vivir con y puntos de adhesión
sin oxígeno. a la superficie
Los organismos pueden clasificarse en base a su forma de de otras células.
obtener la energía y el carbono que necesitan para la síntesis de
material celular (resumido en la Fig. 1-6). Se pueden estable­
Flagelos
cer dos amplias categorías en base a las fuentes de energía: los Propulsan la
fotótrofos (del griego trophe, “nutrición”) recolectan y utili­ célula a través
zan la luz solar, mientras que los quimiótrofos obtienen su de su medio.
energía a partir de la oxidación de combustibles químicos. Algu­
nos quimiótrofos, los litótrofos, oxidan combustibles inorgá­
nicos: HS“ a S® (azufre elemental), S®a SO4, NO2 a NOJ, o Fe^'"
a Fe'^^, por ejemplo. Los organótrofos oxidan una amplia gama
de compuestos orgánicos que se hallan en su entorno. Los fotó­
trofos y los quimiótrofos pueden también dividirse entre aque­
Envoltura
llos que obtienen todo el carbono necesario a partir de CO2 celular
(autótrofos) y los que requieren nutrientes orgánicos (hete­ La estructura
varía seg^ el tipo
rótrofos).
de bacteria.

Escherichia colies la bacteria mejor estudiada


Las células bacterianas comparten ciertas características es­
tructurales comunes, pero también presentan especializacio-
nes específicas de grupo (Fig. 1-6). E. coli es un inquilino
habitualmente inofensivo del tracto intestinal humano. La cé­
lula de E. coli tiene aproximadamente 2 /im de longitud y un
poco menos de 1 ftm de diámetro. Posee una membrana ex­
terna protectora y una membrana plasmática interna que en­
globa el citoplasma y el nucleoide. Entre las membranas
interna y externa se sitúa una capa fina pero resistente de un
pohmero (peptidoglucano) que proporciona a la célula su for­
ma y rigidez características. La membrana plasmática y las ca­
pas que la rodean constituyen la envoltura celular. Cabe Bacterias gram-n^ativas Bacterias gram-positivas
observar que entre las arqueas la rigidez es conferida por Membrana extema; No hay membrana extema;
una clase distinta de polímero (pseudopeptidoglucano). Las capa de peptidoglucanos capa de peptidoglucanos más
gruesa
membranas plasmáticas de las bacterias consisten en una fi­
na bicapa de moléculas de lípido en la que se insertan proteí-

FIGURA1-6 Características estructurales comunes de células bacterianas.


A causa de diferencias en ia estructura de la envoltura celular, algunas bacte­
rias (bacterias gram-positivas) retienen la tinción de Cram (introducida por
Hans Christian Cram en 1882) y otras no (bacterias gram-negativas). f . cdi es
gram-negativa. Las cianobacterias se distinguen por su voluminoso sistema de Cianobacterias Arqueas
membranas internas, en el que se localizan los pigmentos fotosintéticos. Pese Bacterias gram-negativas; No hay membrana externa;
a que las envolturas celulares de las arqueas y las bacterias gram-positivas pa­ capa de peptidoglucanos capa de pseudopeptidoglucanos
recen similares al microscopio electrónico, ia estructura de los Iípidos de
más resistente; voluminoso en la cara extema de la
sistema de membranas membrana plasmática
n^embrana y de los polisacáridos son muy diferentes en estos organismos (vé­ internas que contiene
ase la Fig. 10-12). pigmentos fotosintéticos
Fundamentos de bioquímica

El citoplasma de E. coli contiene aproximadamente 16.000 El nucleoide contiene una única molécula circular de DNA y el
ribosomas, cantidades variables (de decenas a miles) de copias citoplasma (al igual que cx:urre en la mayoría de bacterias) con­
de cada uno de los 1.000 o más enzimas diferentes, quizás unos tiene uno o más segmentos circulares de DNA de tamaño menor
1.000 compuestos orgánicos de masa molecular inferior a 1.000 que reciben el nombre de plásmidos. En la naturaleza, algunos
(metabolitos y cofactores) y una variedad de iones inorgánicos. plásmidos confieren resistencia a toxinas y antibióticos presen-

(a) Célula animal


Ribosomas: máquinas
. sintetizadoras de proteínas
Peroxisoma: oxida ácidos grasos

Citoesqueleto: soporte estructural de las células,


facilita el movimiento de orgánulos

Lisasoma: degrada los restos Íntracelulares

Vesícula de transporte; transporta lípidos


y proteínas entre el RE, aparato de Golgi
y membrana plasmática
Complejo de Golgi: procesa, empaqueta
y distribuye proteínas a otros orgánulos
para su exportación

Retículo endoplasmático liso


(RED: lu |^ de síntesis de lípidos
y metabolismo de fármacos

Envoltura nuclear: segrega


la cromatina (DNA + proteína)
del citoplasma

Membrana plasmática: separa la


célula de su entorno, regula el
movimiento de materiales hacia Citoesqueleto
dentro y fuera de la célula

Complejo de
Golgi
Cloroplasto: almacena la energía solar,
produce ATP y glúcidos

Gránulos de almidón: almacén


temporal de glúcidos,
producto de la fotosíntesis

Tilacoides: sintetizan el ATP con


aprovechamiento de la energía lumínica
Pared celular, confiere forma
y rigidez; protege a la célula del
hinchamiento osmótico

Vacuola: degrada y recicla


macromoléculas y almacena
metaboUtos Piasmodesmos: penniten el paso entre \ Pared celular de una célula
dos células vegetales \ adyacente
Glioxisoma: contiene los enzimas
del ciclo del glioxilato
(b) Célula vegretal

FIGURA 1-7 Estnjctura de la célula eucariótica. Ilustración esquemática de maño de 5 a 30 /¿m. Las estructuras rotuladas en rojo son exclusivas de células
los dos principales tipos de célula eucariótica: (a) una célula animal representa­ animales o vegetales. Los microorganismos eucarióticos (tales como protistas y
tiva y (b) una célula vegqtal representativa. Las células vegetales tienen entre 1 0 hongos) tienen estructuras similares a las de las células animales y vegetales pe­
y 1 0 0 /Ltmde diámetro, mayores que las células animales, que presentan un ta- ro pueden contener también orgánulos especializados no ¡lustrados aquí.
1.1 Fundamentos celulares

tes en el medio. En el laboratx)rio, estos segmentos de DNA son ces superior al de las bacterias. Las características distintivas
especialmente adecuados para la manipulación experimental y de los eucariotas son el núcleo y los orgánulos rodeados de
constituyen herramientas poderosas en ingeniería genética (vé­ membrana que llevan a cabo funciones específicas: mitocon­
ase el Capítulo 9). drias, retículo endoplasmático, complejos de Golgi, peroxiso­
La mayor parte de bacterias (incluida E. coli) existen co­ mas y lisosomas. Las células vegetales contienen, además,
mo células individuales, aunque en algunos grupos bacterianos, vacuolas y cloroplastos (Fig. 1-7). En el citoplasma de muchas
como por ejemplo en las mixobacterias, sus células muestran células también se observan gránulos o gotículas que contienen
un comportamiento social primitivo y forman agregados com­ nutrientes de reserva como almidón o grasas.
puestos por un gran número de células. En lo que constituyó im importante avance bioquímico, Al­
bert Claude, Christian de Duve y George Palade desarrollaron
Las células eucarióticas poseen diversos orgánulos métodos para la separación individualizada de orgánulos cito­
sólicos, un paso esencial para la investigación de su estructura y
membranosos que pueden aislarse para su estudio
función. En un procedimiento de fraccionamiento celular típico
Las células eucarióticas típicas (Fig. 1-7) son mucho mayores (Fig. 1-8) se procede a disgregar células o tejidos en disolu­
que las bacterias: tienen normalmente un diámetro de 5 a ción mediante una homogeneización suave. Este tratamiento
100 /itmy un volumen celular que es entre mil y un millón de ve­ rompe la membrana plasmática pero respeta la integridad de la

FIGURA 1-8 Fraccionamiento subcelular de un tejido. En primer lugar se ho-


mogeneiza mecánicamente un tejido, conno por ejemplo el hígado, para romper
las células y dispersar su contenido en un medio acuoso. El medio de sacarosa
tiene una presión osmótica similar a la de los orgánutos, equilibrando la difu­
sión de agua hacia fuera y hacia el interior de los orgánulos, que se hincharían
y romperían en una disolución de menor osmolaridad (véase la Fig, 2-12).
(a) Las partículas en suspensión de diferente tamaño se pueden separar por cen­
trifugación a diferentes velocidades, o bien (b) partículas con diferente densidad
se pueden separar mediante centrifugación isopícnica. En la centrifugación iso-
pícnica se llena un tubo de centri'fuga con una disolución, la densidad de la
cual aumenta desde la superficie hasta el fondo; para producir este gradiente de
(a) Centrifugación densidad se disuelve un soluto como sacarosa a diferentes concentraciones.
diferencial
Cuando se deposita una mezcla de orgánulos sobre este gradiente de densidad
eizadón y se centrifuga el tubo a alta velocidad, los orgánulos individuales sedimentan
delt^ido hasta que su densidad de flotación corresponde exactamente con la del gra­
diente. Entonces puede recogerse cada capa por separado.
Centrifugación a b^ya velocidad
(1.000^, 10 min)
(b) Centrifugación isopícnica
(en gradiente de sacarosa)
El sobrenadante se somete
a centríñigación a velocidad media
(20.000^, 20 min)
Centrifugación

El sobrenadante se somete
Homogenado a centrifugación a alta velocidad
tisular (80.000^. Ih )

El sobrenadante se
somete a centrifugación
El pellet a muy alta velocidad
contiene (150.000^, 3 h)
células enteras,
núcleos,
citoesqueleto y Muestra
membranas
plasmáticas El pellet Gradiente
contiene de sacarosa
mitocondrias,
lisosomas y El sobrenadante
peroxisomas contiene proteínas Componente —
solubles menos denso
El pellet contiene
microsomas Fraccionamiento
(fragmentos de Componente
más denso
retículo
endoplasmático) y
vesículas pequeñas
El peUet
contiene ribosomas y
macromoléculas grandes
Fundamentos de bioquímica

mayoría de los orgánulos. A continuación se centrifuga el ho- eucariótica y forman una trama tridimensional e interconec-
mogeneizado, proceso en el que los orgánulos tales como el nú­ tada, el citoesqueleto. Existen tres clases principales de
cleo, las mitocondrias y los lisosomas sedimentan a velocidades filamentos citoplasmáticos -los filamentos de actina, los micro­
diferentes a causa de su diferente tamaño. túbulos y los filamentos intermedios (Fig. 1-9)- que difieren
La centrifugación diferencial permite obtener un fraccio- en anchura (entre 6 y 22 nm), composición y función específica.
nanüento inicial grosero del contenido citoplasmático, que pue­ Todos ellos proporcionan estructura y organización al citoplas­
de purificarse con más precisión mediante una centrifugación ma y mantienen la forma de la célula. Los filamentos de actina y
isopícnica (“nüsma densidad”). Mediante esta metodología, los los microtúbulos colaboran también en el movimiento de los or­
orgánulos de densidad de flotación diferente (resultado de las gánulos o en el movimiento celular global.
diferentes relaciones entre cantidad de lípidos y proteínas en Cada tipo de componente citoesquelético está compuesto
cada clase de orgánulo) se sepai'an por centrifugación a través por subimidades simples de proteína que se asocian de manera
de una columna de disolvente que contiene un gradiente de no covalente para dar filamentos de grosor uniforme. Estos fila­
densidad. Recogiendo cuidadosamente el material de cada re­ mentos no son estructuras permanentes, sino que se encuen­
gión del gradiente y observándolo al microscopio, el bioquímico tran en constante fluctuación entre su forma monomérica y su
puede establecer la posición de sedimentación de cada orgánu­ forma estructurada en filamentos. Su localización celular no es­
lo y purificarlo para su estudio posterior. De esta manera se tá fijada rígidamente, sino que varía en gran medida durante la
supo, por ejemplo, que los lisosomas contienen enzimas degra- mitosis, la citoquinesis, el desplazamiento ameboide o a causa
dativos, que las mitocondrias contienen enzimas oxidativos y de los cambios en la forma de la célula. La regulación de la for­
que los cloroplastos contienen pigmentos fotosintéticos. El ais­ mación, disgregación y localización de los diversos tipos de fila­
lamiento de un orgánulo enriquecido en un cierto enzima suele mentos corre a cargo de otras proteínas enc^gadas de unir o
ser el primer paso en la purificación de dicho enzima. entrelazar los íWamentos o de desplazar orgánulos citoplasmáti­
cos a lo largo de los mismos.
El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto De este breve repaso de la estructura celular podemos
extraer la idea general de que la célula eucariótica está forma­
y es altamente dinámico
da por una trama de fibras estructurales y un complejo siste­
La microscopía de fluorescencia permite observar distintos ti­ ma de compartinüentos limitados por membranas (Fig. 1-7).
pos de filamentos de proteína que se entrecruzan en la célula IjOS filamentos se desagregan para reestructurarse en otro

FIGURA1- 9 Los tres tipos de fitamentos citoplasmáticos: filamentos de acti­ irradian desde el centro de la célula, en verde, y los cromosomas del núcleo en
na, microfúfoulos y filamentos intermedios. Se pueden marcar estructuras celu> azul, (b) Una célula pulmonar de tritón durante ía mitosis. Los microtúbulos
lares con un anticuerpo (molécula capaz de reconocer una proteína específica) (verde), unidos a estructuras llarriadas cinetocoros (amarillo) sobre los cronx)so-
unido covalentemente a un compuesto fluorescente. Las estructuras teñidas son mas condensados (azul), arrastran a los cromosomas hacia los polos opuestos, o
visibles cuando se observa la célula con un microscopio de fluorescencia, centrosomas (magenta), de la célula. Los filamentos intermedios, formados por
(a) Células endoteliales de arteria pulmonar bovina. Los haces de filamentos de queratina (rojo), mantienen la estructura de la célula.
aaina, llamados "fibras de estrés", están teñidos en rojo; los microtúbulos, que
1.1 Funddmentos celuidres C’ ]

lugar distinto. Las vesículas membranosas brotan de un orgá­ temo mediante la secreción de sustancias producidas en la cé­
nulo y se fusionan con otro. Los orgánulos se mueven por el ci­ lula y la captación de material extracelular.
toplasma a lo largo de filamentos de proteína gracias a la A pesar de su complejidad, la organización del citoplasma
energía de motores proteicos. El sistema endomembrano- está lejos de ser el producto del azar. El movimiento y la posi­
80 segrega procesos metabólicos específicos, y aporta las su- ción de los orgánulos y de los elementos del citoesqueleto están
perficies en las que tienen lugar ciertas reacciones sometidos a una estrecha regulación y en el transcurso de la vi­
enzimáticas. La exocitosis y la endocitosis, mecanismos de da de la célula se producen importantes reorganizaciones fina­
transporte (hacia el exterior y el interior de las células, res­ mente orquestadas, tales como la mitosis. Las interacciones
pectivamente) que implican fusión y fisión de membranas, entre citoesqueleto y orgánulos son reversibles, de tipo no cova­
permiten la comunicación entre el citoplasma y su medio ex- lente y están sujetas a regulación en respuesta a diversas seña­
les intra y extracelulares.
(a) Algunos de los aminoácidos de las proteínas
Las células construyen estructuras supramoleculares
Las macromoléculas y sus subunidades monoméricas son de ta­
maño muy diferente (Fig. 1-10). Una molécula de alanina mi­
de menos de 0,5 nm. Una molécula de hemoglobina, la proteína
transportadora de oxígeno en los eritrocitos (células rojas de la
sangre), contiene cerca de 600 subunidades de aminoácido for­
mando cuatro largas cadenas que se pliegan de forma globular y
se asocian en estmcturas de 5,5 nm de diámetro. Las proteínas

FIGURA1-10 Los compuestos orgánicos a partir de ios cuales se forman la


mayoría de los componentes celulares: el ABC de la bioquímica, (a) Seis de los
veinte aminoácidos a partir de los cuales se construyen todas las proteínas (las
cadenas laterales se destacan en rosa); (b) las cinco bases nitrogenadas, dos
azúcares de cinco carbonos y el ión fosfato a partir de los cuales se construyen
todos los ácidos nucleicos; (c) cinco componentes de Iípidos de membrana, y
(d) o-glucosa, el azúcar a partir del cual se derivan la mayor parte de los glúci-
dos. Nótese que el fosfato es un componente tanto de los ácidos nucleicos co­
mo de las membranas lipídicas.

(b) Los componentes de los ácidos nucleicos (c) Algunos de los componentes de los Iípidos

O O NH2 CHjOH
II n
.C . .C H s CHOH
HN" ^ C H N -^ C H I
CHgOH
/C H ^C. XH ^ /C H Glicerol
or IT QT ^ (T
H H H
Uracilo Timina Citosina CHa
CHj— N— CHjCHjOH
NHa (Íh ,
O' Colina
I
H O -P -O H
II
H«N O
H
Fosfato
Adenina Guanina (d) El azúcar principal
Bases nitrogenadas

HOCH^O H H 0 C H 2/0^ h CHüOH


.H H H
KH H
H/1 H
OH VH
.OH Hy
OH OH HO OH
OH H
H OH
a-D-Ribosa 2-De80xi-a-D-rib0sa
Azúcares de cinco carbonos or-D-Glucosa
1o Fundamentos de bioquímica

Nivel 4: Nivel 3: Nivel 2: Nivel 1:


La célula Complejos Macromoléculas Unidades
y sus orgánulos supramoleculares monoméricas

Pared celular I

FIGURA1-11 Jerarquía estructural en ta organización molecular de las célu­ le en dos tipos de macromoléculas, DNA y muchas proteínas diferentes, cada
las. En esla célula vegetal, el núcleo es un orgánulo que contiene diversos tipos una formada a partir de subunidades simples.
de complejos supramoleculares, entre ellos la cromatina. La cromatina consis-

son, a su vez, mucho menores que los ribosomas (cuyo diámetro lación de la actividad de la molécula purificada. Por ejemplo, los
es de aproximadamente 20 nm), orgánulos, a su vez, de tamaño estudios in vitro de enzimas purificados se llevan a cabo normal­
muy inferior al de las mitocondrias que miden aproximadamen­ mente a concentraciones muy bajas y en disoluciones acuosas
te 1.000 nm de diámetro. Existe, pues, una gran diferencia en­ en agitación constante. En la célula, el enzima se encuentra di­
tre las biomoléculas simples y las estructuras que pueden suelto o suspendido en un citosol de textura parecida a xmgel y
observarse al microscopio óptico. La Figura 1-11 ilustra la je­ acompañado de miles de proteínas diferentes, algunas de las
rarquía estructural en la organización celular. cuales se unen al enzima y varían su actividad. Algunos enzimas
Las subunidades monoméricas de proteínas, ácidos nuclei­ forman parte de complejos multienzimáticos en los que los reac­
cos y polisacáridos se unen mediante enlaces covalentes. Sin em­ tivos se canalizan de un enzima a otro sin que lleguen a tener
bargo, en complejos supramoleculares, las macromoléculas se contacto con el disolvente. La difusión está limitada por la den­
mantienen unidas mediante intei'acciones no covalentes, indivi­ sidad del citosol tipo gel, cuya composición varía en sus distin­
dualmente, mucho más débiles que los enlaces covalentes. Entre tas regiones. Resumiendo, una molécula determinada puede
las interacciones no covalentes se cuentan los enlaces de hidró­ actuar de modo muy diferente en la célula que in vitro. Uno de
geno (entre grupos polares), las interacciones iónicas (entre gru­ los retos de la bioquímica consiste en comprender la influencia
pos cargados), las interacciones hidrofóbicas (entre grupos de la organización celular y las asociaciones moleculares en la
apolares en disolución acuosa) y las interacciones de van der función de enzimas y otras biomoléculas: comprender la fun­
Waals (fuerzas de London), todas ellas de energía considerable­ ción tanto in vivo como in vitro.
mente menor que la de los enlaces covalentes. Las interacciones
no covalentes se describen en el Capítulo 2. Los complejos supra­ RESUMEN 1.1 Fundamentos celulares
moleculares se estabilizan gracias al gran número de interaccio­
nes débiles que se establecen en ellos y que son las responsables ■ Todas las células están rodeadas por una membrana plas­
mática; poseen im citosol que contiene metabolitos, coen­
de sus estructuras únicas.
zimas, iones inorgánicos y enzimas, y poseen un conjunto
de genes contenidos en un nucleoide (bacterias y arqueas)
Los estudios in vitro podrían no detectar interacdones o un núcleo (eucariotas).
importantes entre moléculas ■ Los fotótrofos utilizan la luz del sol para realizar trab^o;
los quimiótrofos oxidan combustibles mediante la trans­
Uno de los métodos para entender un proceso biológico consis­
ferencia de electrones a buenos aceptores electrónicos:
te en el estudio de las moléculas purificadas in vitro (en el inte­
compuestos inorgánicos, compuestos orgánicos u oxígeno
rior del tubo de ensayo), evitando la interferencia con otras
molecular.
moléculas presentes en la célula intacta, es decir, in vivo. A pe­
sar de que esta metodología ha resultado muy útil, debemos re­ ■ Las células bacterianas o las arqueas contienen un citosol,
cordar que el interior de una célula es muy diferente del un nucleoide y plásmidos. Las células eucarióticas tienen
entomo que pueda haber en un tubo de ensayo. Los componen­ núcleo y están multicompartimentadas, con ciertos proce­
tes que ‘Interfieren” y que se eliminan mediante purificación sos confinados en orgánulos específicos; estos orgánulos
pueden resultar críticos para la función biológica o para la regu­ se pueden separar para su estudio de modo aislado.
1.2 Fundamentos químicos 11J

I
H
2 FIGURA 1-12 Los elementos esenciales para la vida y
He
la salud de ios anímales. Los elementos mayoritarios
3 4 L -j üiiementos mayontanos 5 6 7 8 9 10
U Be a Oligoelementos B C N O F Ne (sobre fondo naranja) son cx>mponenle$ estructurales de
11 12
células y tejidos y deben estar presentes en la dieta dia­
13 14 15 16 17 18
Na M* Al Si P 8 ! Cl Ar ria en cantidad de gramos. Las necesidades de oligo­
19 20 21 22 23 24 25 26 *7 2S 29 30 31 32 33 34 35 36
elementos (sobre fondo amarillo) son mucho menores:
K Ca 8c Ti V Cr Mn Fé Co Ni Cu Zn Ga Ge As Se Br Kr en el caso del ser humano son suficientes unos pocos
37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 61 62 63 54 miligranrx» al día de Pe, Cu, y Zn, e incluso menos de
Rb Sr Y Zr Nb Mo Te Ru Rh Pd Ag Cd In 8n Sb Te I Xe los demás elementos. Las necesidades elementales de
55 56 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 8S 86 las plantas y los microorganismos son muy similares a
Cs Ba Hf TVi w R« Os Ir Pt Au Hg TI Pb Bi Po At Rn
N las aquí presentadas. Son, en cambio, variadas, las for­
87 88
N '^Lantánidos
mas en que adquieren estos elementos.
Pr Ra
Actínidos

Las proteínas del citoesqueleto se ensamblan formando que es cierto paraE. coli es cierto para el elefante”. La noción ac­
largos filamentos que confieren forma y rigidez a las célu­ tual de que todos los organismos comparten im origen evolutivo
las y son el soporte para el movinúento de los orgánulos a común se basa en parte en esta universalidad de intermediarios y
través de la célula. transfonnaciones químicas, frecuentemente denominada “uni­
Los complejos supramoleculares se mantienen estables dad bioquímica”.
mediante interacciones no covalentes y dan lugar a una Menos de 30 de los más de 90 elementos químicos presen­
jerai quía de estructuras, algunas de las cuales son visibles tes en la naturaleza son esenciales para los seres vivos. La ma­
al microscopio óptico. Interacciones importantes en el yoría de los elementos de la materia viva tienen un núme­
medio celular pueden perderse debido a la eliminación de ro atómico relativamente bíyo, y sólo dos de ellos tienen un nú­
moléculas individuales para su estudio in vitro. mero atómico superior al del selenio, 34 (Fig. 1-12). Los cua­
tro elementos más abundantes en los organismos vivos, en
términos de porcentaje sobre el número total de átomos, son el
hidrógeno, el oxígeno, el nitrógeno y el carbono que, en conjun­
1.2 Fundamentos químicos to, representan más del 99% de la masa de la mayoría de las cé­
La bioquímica tiene como objetivo explicar en términos quínü- lulas. Son los elementos más ligeros capaces de formar uno, dos,
cos las estructuras y las funciones biológicas. A finales del tres y cuatro enlaces covalentes, respectivamente; en general,
siglo xviii los químicos llegaron a la conclusión de que la compo­ ios elementos más ligeros forman los enlaces más fuertes. Los
sición de la materia viva era sorprendentemente diferente de la oligoelementos (Fig. 1-12) representan una ñacción minúscula
del mundo inanimado. Antoine Lavoisier (1743-1794) observó del peso del cuerpo humano, pero todos eüos son esenciales pa­
la relativa simplicidad química del “mundo mineral** en contras­ ra la vida, generalmente a causa de que resultan imprescindi­
te con la complejidad de los “mundos animal y vegetal”; se sabía bles para la función de proteínas específicas, incluidos los
que estos últimos estaban formados por compuestos ricos en enzimas. La capacidad transportadora de oxígeno de la molécu­
carbono, oxígeno, nitrógeno y fósforo. la de hemoglobina, por ejemplo, depende totalmente de cuatro
Durante la primera mitad del siglo xx, investigaciones bio­ iones hierro que constituyen sólo el 0,3% de su masa.
químicas paralelas acerca de la degradación de la glucosa en leva­
duras y en células musculares de animales permitieron observar Las biomoléculas son compuestos de carbono
grandes similitudes químicas en estos dos tipos de células, apa­
con una diversidad de grupos fúncionales
rentemente muy diferentes; la degradación de la glucosa en la le-
vadui-ay en células musculares tiene lugar a través de los mismos La química de los organismos vivos se organiza alrededor del car­
10 intermediarios químicos y los mismos 10 enzimas. Estudios bono, que representa más de la mitad del peso seco de las células.
posteriores sobre muclios otros procesos bioquímicos en un gran El carbono puede formar enlaces simples con átomos de hidróge­
número de organismos diferentes confirmó la universalidad de no y tanto enlaces simples como dobles con los átomos de oxí­
esta observación, claramente resumida por Jacques Monod: “Lo geno y de nitrógeno (Fig. 1-13). La capacidad de los átomos de

FIGURA 1-13 Versatilidad de enlace


del carbono. El carbono puede formar
enlaces covalentes simples, dobles y tri­
ples (todos los enlaces en rojo), en parti­
cular con otros átomos de carbono. Los
enlaces triples son muy poco frecuentes
en bionx)lécubs.
12 Fundamentos de bioquímica

FIGURA 1-14 Geometría de los enlaces del carbono, (a) Los átomos de car- ción, que aquí se muestra para el etano (CHj— CHj). (c) Los enlaces dobles
bono presentan la distribución tetraédrica característica de sus cuatro enlaces son más cortos y no permiten la libre rotación. Los dos carbonos unidos por el
simples, (b) Los enlaces simples carbono<arbono presentan libertad de rota- enlace doble y los átomos A, B, X e Y están situados en el mismo plano rígido.

H
Metilo R -¿ -H Éter R‘- 0 - R * Guanidino
I
H
' i
H H
I I
Etilo R~C~C~H Éster Imidazol R — C=

H H
0=0 H
Fenilo .CH Acetilo R —O—C—ó —H Sulfhidrílo
C -C O
H H

Carboniio
(aldehido)
R —'
■r Anhídrido
(dos ácidos
carboxílicos)
R^—C—O—C—R^
1 k
Disulfuro

Carboniio R^—C—R^ Amino R -N ± - H Tioéster


(cetona) (protonado)
H ^

O’
Carboxilo R —C—O” Amido Fosforilo R - O —P - O H
I)

Hidroxilo R —O—H Imino


m
r 1_ ¿ 1 r 2 Fosfoanhídrido R^—O - 0 -R ^
(alcohol)

R*
Enol Imina JV Anhídrido mixto
sustituida fN (ácido carboxíiico
(base de Schiff) y ácido fosfórico;
también llamado
acilfosfato)

FIGURA 1-15 Algunos grupos funcionales comunes de las biomoléculas. En de hidrógeno, pero normalmente es un grupo que contiene carbono. Cuando se
esta figura, así como en otras a lo largo de todo el libro, se utiliza la R para re- representan dos o más sustituyentes en una molécula, se emplea el superíndice
presentar un ‘'sustituyeme cualquiera*. Puede ser tan sencillo como un átonx) R\ etc.
1.2 Fundamentos químicos 13 J

carbono para formar enlaces simples carbono-carbono cié gran que tienen unidos grupos carboxilo (Fig. 1-15). Muchas biomo­
estabilidad resulta de gran trascendencia en la biología. Cada áto­ léculas son polifuncionales y contienen dos o más tipos de grupos
mo de carbono puede formar enlaces simples muy estables con funcionales (Fig. 1-16), cada uno de ellos con propiedades quí­
unmáximo de hasta otros cuatro átomos de carbono. Dos átomos micas y reacthddad propias. La *^ersonalidad" química de cada
de carbono pueden compartir también dos (o tres) pares de elec­ compuesto viene deternünada por la química de sus grupos fun­
trones, dando lugar a enlaces carbono-carbono dobles (o triples). cionales y su disposición en el espacio tridimensional.
Los cuatro enlaces simples que puede formar un átomo de car­
bono se proyectan desde el núcleo a los cuatro vértices de un te­
Las células contienen un conjunto universal
traedro (Fig . 1-14), con un ángulo de 109,5® entre dos de ellos y
una longitud media de enlace de 0,154 nm. Existe libertad de rota­
de moléculas pequeñas
ciónalrededor de cada enlace simple a no ser que ambos átomos de En la fase acuosa de una célula (citosol) se encuentra disuelta una
carbono estén unidos a grupos muy voluminosos o cargados, en cu­ colección de quizá un millar de pequeñas moléculas orgánicas dife­
yo caso la rotación puede estar restringida. Un enlace doble carbo­ rentes (Afr -100 a -500), que son los metabolitos centrales de las
no-carbono es más corto (mide aproximadamente 0,134 nm) y rutas principales presentes en la práctica totalidad de las células:
rígido, y sólo permite una rotación limitada alrededor de su eje. los metabolitos y rutas que se han conservado a lo largo de la evo­
Los átomos de carbono enlazados covalentemente en las lución. (En el Recuadro 1-1 se encuentra una explicación de las di­
biomoléculas pueden formar cadenas lineares, ramificadas y es­ versas maneras de referirse al peso molecular de una sustancia.)
tructuras dclicas. Es probable que la versatilidad de enlace del En este cor\junto de moléculas se incluyen los aminoácidos,
carbono consigo mismo y con otros elementos fuera una de las nucleótidos, azúcares y sus derivados fosforilados y ciertos ácidos
causas principales de la selección de los compuestos de carbono mono-, di- y tricarboxílicos. Las moléculas son polares o cargadas,
para formar parte de la maquinaria molecular de las células du­ solubles en agua y se encuentran en concentraciones que van des­
rante el origen y la evolución de los seres vivos. Ningún otro ele­ de micromolar a milimolar. Están atrapadas dentro de la célula por­
mento químico puede formar moléculas con formas y tamaños que la membrana plasmática es impermeable a ellas, aunque
tan diferentes o con tanta variedad de grupos funcionales. algunos transportadores específicos de membrana pueden catali­
Puede considerarse que la mayor parte de las biomoléculas zar el movimiento de ciertas moléculas hacia el interior o el exterior
son derivados de los hidrocarburos, con átomos de hidrógeno de la célula o entre compartimientos de las células eucarióticas. La
reemplazados por una amplia gama de grupos funcionales que presencia universal del nüsmo coi\junto de compuestos en las célu­
cotifieren propiedades químicas específicas para dar lugar a las las vivas es una manifestación de la conservación evolutiva de las
diferentes familias de compuestos orgánicos. Las familias más co­ rutas metabólicas que se desarrollaron en las células primitivas.
munes de compuestos orgánicos son los alcoholes, con uno o más Existen otras biomoléculas pequeñas que son específicas
grupos hidroxilo; las aminas, que tienen grupos amino; los aldehi­ para ciertos tipos de células u organismos. Por ejemplo, las
dos y las cetonas, con grupos carbonilo, y los ácidos carboxílicos, plantas vasculares contienen, además de los metabolitos ya

amino
imidazol NHa
(derivado de)
fosfoanhidhdo ¿
tioéster amido amido ^ ^^3
C K s - í - e - S - C H a - C H a - N H - C - C H a - C H a - N H - C - C ------C - C I CH 2 Í' Ah
**0 O ¿OH CHo

fosforilo

Acetil-coenzima A

FIGURA 1-16 Algunos grupos funcionales comunes en una única biomo- de estos grupos funcionales pueden existir en su forma protonada o desprotona-
lécula. El acetil-coenzima A (comúnmente abreviado acetil-CoA) es portador da, dependiendo del pH. En el modelo espacial, N es azul, C es negro, P es na­
de grupos acetilo en algunas reacciones enzimáticas. Los grupos funcionales se ranja, O es rojo y H es blanco. El átomo amarillo de la izquierda es el azufre del
Identifican en la fórmula estructural. Como veremos en el Capítulo 2, algunos importante enlace tioéster que se forma entre el acetilo y el coenzima A.
14 Fundamentos de bioquímica

RECUADRO 1-1 I Peso molecular, masa molecular y las unidades que deben utilizarse

Existen dos maneras comunes y equivalentes para definir la ma­ Considérese, por ejemplo, una molécula de masa 1.000 ve­
sa molecular y ambas se utilizan en este texto. La primera es el ces la del agua. De esta molécula podemos decir lo siguiente:
peso molecular, o la masa múlecuiar relativa, representados Mr = 18.000 o w = 18.000 daltons. También la podemos descri­
por el símbolo A/r- El peso molecular de una sustancia se define bir como “una molécula de 18 kDa". Sin embargo, la expresión
como la relación entre la masa de una molécula de esta sustan­ Mr = 18.000 daltons es incorrecta.
cia y la duodécima parte de la masa del carbono-12 (^^C). Al ser Otra unidad para describir la masa de un único átomo o una
una relación, Mr no üene dimensiones, no tiene unidades aso­ única molécula es la unidad de masa atómica (antes denominada
ciadas. La segunda es la rmisa molecular, representada por m. uma, abreviatura que ha sido cambiada por u). Una unidad de
Ésta es simplemente la masa de una molécula, o la masa mole­ masa atómica (1 u) se define como la duodécima parte de la ma­
cular dividida por el número de Avogadro. La masa molecular, sa de un átomo de carbono-12. Puesto que la masa de un átomo
m, se expresa en daltons (abreviado Da). Un dalton equivale a de carbono-12 medida experimentalmente es de 1,9926 X 10“^ g,
una duodécima parte de la masa del carbono-12; un kilodalton 1 u = 1,6606 X 10"^ g. La unidad de masa atómica resulta ade­
(kDa) equivale a 1.000 daltons, y un megadalton (MDa) a un cuada para describir, por ejemplo, la masa de un pico observado
millón de daltons. por espectrometría de masas (véase el Recuadro 3-2).

comentados de carácter universal, otras moléculas pequeñas igual o inferior a 500. La síntesis de macromoléculas es una de
denominadas metabolitos secimdarios, que juegan un papel las actividades celulares que más energía consume. Las macro­
específico en la vida de la planta. Entre estos metabolitos se in­ moléculas pueden formar posteriormente estructuras supramo­
cluyen compuestos que proporcionan a las plantas su aroma ca­ leculares complejas, ciando lugar a unidades funcionales tales
racterístico y otros, como la morfina, la quinina, la nicotina y la como los ribosomas. En la Tabla 1-1 se muestran las principales
cafeína, apreciados por sus efectos fisiológicos en humanos pe­ clases de biomoléculas en una célula áeE. coli.
ro que desempeñan otras funciones en las plantas. Las proteínas, largos polímeros de aminoácidos, constitu­
El conjunto de moléculas pequeñas de una célula determina­ yen, excluyendo el agua, la fi-acción celular más importante. Al­
da ha recibido el nombre de metaboloma de la célula, sugiriendo gunas proteínas tienen propiedades catalíticas y actúan como
un paralelismo con el término “genoma” (definido anteriormente enzimas, y otras sirven como elementos estructurales, recepto­
y que se comentará más ampliamente en la sección 1.5). res de señales o transportadores que acarrean sustancias espe­
cíficas hacia o desde el interior de las células. Las proteínas son
Las macromoléculas son los principales constituyentes quizá las biomoléculas más versátiles y el catálogo de sus mu­
de las células chas funciones resultaría muy largo. La suma de todas las pro­
Gran parte de las moléculas biológicas son macromoléculas, teínas que funcionan en una célula se denomina su proteoma.
polímeros de masa molecular superior a -5.000 construidos a Los ácidos nucleicos, DNA y RNA, son polímeros de nucleóti­
partir de precursores relativamente simples. Los polímeros más dos. Almacenan y transmiten la información genética, y algunas
cortos se denominan oligómeros (del griego oligos, “pocos”)- moléculas de RNA desempeñan papeles estructurales y catalíti­
Las proteínas, los ácidos nucleicos y los p)olisacáridos son ma­ cos en complejos supramoleculares. Los polisacáridos, polí­
cromoléculas compuestas de monómeros de masa molecular meros de azúcares simples tales como la glucosa, tienen tres
funciones principales: sirven como almacén de combustibles
energéticos, como componentes estructurales rígidos de las pa­
Componentestnoieciitar» dé^£co/r redes celulares (en plantas y bacterias) y como elementos de
Número reconocimiento extracelular que se unen a proteínas de otras
aproximado células. Los polímeros más cortos de azúcares (oligosacáridos)
Porcentiye de deespedes actúan como señales específicas cuando se presentan unidos a
peso total moleculares proteínas o lípidos de la superficie celular. Los lípidos, deriva­
de la célula diferentes dos de hidrocarburos insolubles en agua, sirven como compo­
nentes estructurales de las membranas, reserva de combustible
Agua 70 1
rico en energía, pigmentos y señales Íntracelulares.
Proteínas 15 3.000
Proteínas, polinucleótidos y poMsacáridos tienen un gran
Ácidos nucleicos número de subunidades monoméricas y por tanto grandes ma­
DNA 1 1-4 sas moleculares: entre 5.000 y más de 1 millón en proteínas,
RNA 6 >3.000
hasta varios miles de millones en ácidos nucleicos y del orden
Polisacáridos 3 10 de millones en polisacáridos tales como el almidón. Las molécu­
Lípidos 2 20 las individuales de lípido son mucho más pequeñas (Mr 750 a
Subunidades monoméricas 1.500) y no se consideran macromoléculas. Sin embargo, pue­
e intermediarios 2 500 den formar estructuras muy grandes por asociación no covalen­
Iones inorgánicos 1 20 te. Las membranas celulares se construyen a partir de enormes
agregados no covalentes de moléculas de lípidos y de proteínas.
1.2 Fundamentos químicos 15

Dadas sus secuencias a base de subunidades y ricas en in­


formación, se suele definir a las proteínas y a los ácidos nuclei­
cos como macromoléculas informativas. Como se ha dicho v ° -
antes, algunos oligosacáridos actúan también como moléculas + I
H3N - C - H
informativas.
H -C -H
Laestructura tridimensional se describe en términos I
H
deconfiguración y conformación
Los enlaces covalentes y los grupos funcionales de las biomolé­
(a) (b) (c)
culas son de importancia central para su función, del mismo
modo que resulta de crucial importancia la distribución de los FIGURA 1-17 Representación de moléculas. Tres maneras de representar la
átomos de una biomolécula en el espacio tridimensional (su estructura del aminoácido alanina (nxKtrado aquí en forma iónica, que es la
estereoquínüca). Los compuestos de carbono existen normal­ que se encuentra a pH neutro), (a) Fórmula estructural en perspectiva: una cuña
mente como estereoisómeros, moléculas que contienen los sólida (—) representa un enlace en el que el átomo del extremo más ancho se
mismos enlaces químicos pero con diferente configuración o proyecta hacía el exterior del plano del papel y hacia el lector; la cuña a trazos
distribución espacial de sus átomos constituyentes. Las interac­ (-^) representa enlaces que están dirigidos hacia la parte posterior al plano del
ciones entre las biomoléculas son invariablemente estereoes- papel, (b) Modelo de bolas y varillas, donde se observan ias longitudes relativas
pecíficas, lo que implica que las moléculas que interactúan de los enlaces y ios ángulos de enlace, (c) Modelo espacial, en ei que cada áto­
tengan una coníigiu-ación específica. mo se presenta con su correspondiente radio de van der Waals.
La Figura 1-17 muestra tres formas de ilustrar la estruc­
tura estereoquímica o configuración de moléculas sencillas. El La configuración es el resultado de la presencia de ( 1) en­
diagrama en perspectiva especifica la estereoquímica sin ambi­ laces dobles, alrededor de los cuales no existe libertad de rota­
güedad, pero los ángulos y las distancias de enlace se represen­ ción, o (2) centros quirales, alrededor de los cuales los grupos
tan mejor con modelos de bolas y varillas. En los modelos sustituyentes se disponen según una orientación específica. La
espacialmente llenos el radio de cada átomo es proporcional a característica que identifica a los estereoisómeros es que no
su radio de van der Waals y los contornos del modelo definen el pueden ser interconvertidos sin romper temporalmente uno o
espacio ocupado por la molécula (el volumen del que quedan más enlaces covalentes. La Figura l-18a muestra las configu­
excluidos los átomos de otras moléculas). raciones del ácido maleico y de su isómero, el ácido fumárico.
Estos compuestos son isómeros geométricos o isómeros cis-
trans; difieren en la disposición de sus grupos sustituyentes
con respecto al doble enlace que no posee capacidad de rota-

FIGURA1-18 Configuraciones de isómeros geométricos, (a) Los isómeros ta­


les como el ácido maleico (maleato a pH 7) y el áddo fumárico (fumarato) no
pueden interconvertirse sin la rotura de enlaces covalentes, proceso que consu­
me mucha más energía que ia energía cinética media de moléculas a tempera­

HOOC
V o (" COOH
tura fisiológica, (b) En la retina de los vertebrados, el paso inicial del proceso de
detección de la luz es la aijsorción de la luz visible por parte del 1 1 -c/s-retinal.
Ácido maleico (cis) Ácido fumárico (trans) La energía de la iuz absorbida (aproximadamente 250 Icj/nwl) convierte el
(a) 11 -c/5-retinai en todo-trans-retinai, lo que produce variaciones eléctricas en las
células de la retina que dan lugar al impulso nervioso. (Obsérvese que en los
modelos de bolas y varillas de los retínales se omiten los átonnos de hidrógeno.)

luz

Todo-¿ma$-Retinal
(b)
16 Fundamentos de bioquímica

Molécula Molécula
Imagen quiral: Imagen aquiral:
especular de Después de hacer especular de Después de hacer
la molécula rotar la molécula la molécula rotar la molécula,
original no es posible original ésta puede
sobreponerla superponerse
a la imagen a la imagen
especular del original especular del original
Molécula
original

(a)

FIGURA1-19 Asimetría molecular: moléculas quirales yaquirales. (a) Cuan­ se disponen únicamente tres sustituyentes diferentes (es decir, hay dos sustitu­
do un átomo de carbono tiene cuatro sustituyentes diferentes (A, B, X, Y), éstos yentes iguales), solamente es posible una configuración espacial y ia molécula
pueden disponerse de dos maneras diferentes, que dan lugar a dos nfwléculas es simétrica o aquiral. En este caso la molécula puede supeqx)nerse a su imagen
no superimponibles, siendo cada una de ellas la imagen especular de la otra especular: la molécula de la izquierda, rotando en sentido contrario a las agujas
(enantiómeros). Estos átonx» de carbono asimétricos se denominan átonrws qui­ del reloj (cuando se mira hacia abajo por el eje vertical que une A y Q, da lugar
rales o centros quirales. (b) Cuando alrededor del átomo de carbono tetraédrico a la molécula del espejo.

ción (del latín cis, “a este lado”, los grupos se encuentran en el decir, tener dos configuraciones, Fig. 1-19), dando lugar a dos
mismo lado del enlace doble; trans, “al otro lado”, los grupos se estereoisómeros con propiedades químicas similares o idénti­
hallan en lados opuestos). El ácido maleico (maleato en el pH cas, pero que difieren en algunas propiedades físicas y biológi­
neutro del citoplasma) es el isómero cis y el ácido fumárico (fu­ cas. Se dice que un átomo de carbono con cuatro sustituyentes
marato) es el isómero trans; cada uno de ellos es un compuesto diferentes es asimétrico, y los carbonos asimétricos se denomi­
bien definido que puede ser aislado y purificado, teniendo cada nan centros quirales (del griego chiros^ “mano”; algunos este­
uno de ellos sus propias características químicas. Un sitio reoisómeros se relacionan entre sí como la mano izquierda con
de unión (por ejemplo, en un enzima) que sea complementario la derecha). Una molécula con un solo carbono quiral puede te­
con una de estas moléculas no lo será para la otra, lo cual expli­ ner dos estereoisómeros, mientras que puede haber 2” estereoi­
ca por qué estos compuestos tienen papeles biológicos diferen­ sómeros cuando los carbonos quirales son dos o más (n). Los
tes a pesar de ser químicamente muy parecidos. estereoisómeros que son imágenes especulares uno del otro se
En el segundo tipo de estereoisomería, los cuatro sustitu­ denominan enantiómeros (Fig. 1-19). Las parejas de estereoi­
yentes diferentes unidos a un átomo de carbono tetraédrico sómeros que no son imágenes especulares entre sí se denomi­
pueden ordenarse en el espacio de dos maneras diferentes (es nan diastereómeros (Fig. 1-20).

Enantiómeros (imágenes especulares) Enantiómeros (imágenes especulares)

i -----------------------------------------1 f----------------------------------------- 1

Diastereómeros (imágenes no especulares)

FIGURA 1-20 Dos tipos de estereoisómeros. Hay cuatro butanos diferentes que el lector vea todos los grupos. Dos pares de estereoisómeros son imágenes
2,3-bisustituidos (n = 2 carbonos asimétricos, por b tanto 2” = 4 estereoisóme­ especulares uno del otro, siendo por tanto enantiómeros. Los otros pares no son
ros). Cada uno de ellos se muestra en un recuadro como una fórmula en pers­ imágenes especulares y reciben el nombre de diastereómeros.
pectiva y como un modelo de bolas y varillas, el cual se ha rotado para permitir
1.2 Fundamentos químicos j^17

RECUADRO 1-2 I louis Pasteur y la actividad óptica: in vino, veritas

Louis Pasteur fue, en 1843, el primero en encon­ Ahora podemos dar una respuesta. Los estu­
trar el fenómeno de la actividad óptica. In­ dios cristalográficos con rayos X confirmaron en
vestigando sobre el material cristalino que se 1951 que las formas levorrotatoria y dextrorrotato-
acumulaba en los barriles de vino (una forma del ria del ácido tartárico son entre ellas imágenes es­
ácido tartárico denominada ácido paratartárico, peculares, y permitieron establecer la configuración
también conocido como ácido racémico, del latín absoluta de cada una de ellas (Fig. 1). Se ha utiliza­
racemus, “racimo de uva”). Utilizó unas pinzas do la misma metodología paia demostrar que, aun­
muy finas para separai* dos tipos de cristales cuya que el aminoácido alanina existe en dos formas
forma era idéntica pero de los que cada uno de estereoisoméricas (denominadas d y l), en las pro­
ellos era la imagen especular del otro. Ambos teínas la alanina se presenta sólo en una de las for­
poseían todas las propiedades químicas del ácido mas (el isómero l; véase el capítulo 3).
tartárico pero, al disolverlos, uno de ellos hacía ro­ Louis Rasteur
tar el plano de la luz polarizada hacia la izquierda 1822-1895 HOOC ;cooH HOOC* ■'COOH
(levorrotatorio) y el otro hacia la derecha (dextro- ''i - i '’
rrotatorio). Pasteur describió e interpretó el expe- V>H ^ ÍH
OH
ilmento de este modo:
Ácido (2fí,3/2)-tartárico Ácido (2S,35)-tartárico
En los cuerpos isoméricos, los elementos y las proporcio­ (dextrorrotatorio) (levorrotatorio)
nes en las que se encuentran combinados son los mismos,
FIGURA 1 ftisleur separó cristales de dos estereoisómeros del ácido tartárico y
tan sólo la disposición de los átomos es diferente... Sabe­ demostró que ias disoluciones de ios dos compuestos por separado daban lugar
mos, por un lado, que las disposiciones moleculares de los al mismo grado de rotación del plano de la luz polarizada pero en direcciones
dos ácidos tartáricos son asimétricas y, por el otro, que es­ opuestas. Más tarde se demostró que las formas dextrorrotatoria y levon-otatoria
tas disposiciones son absolutamente idénticas, a excepción de Rasteur correspondían a las formas isoméricas (R,R) y (S,5) aquí mostradas.
de que exhiben asimetría en direcciones opuestas. ¿Se en­ En el texto se describe el sistema de nomenclatura RS.
cuentran los átomos del ácido dextro agrupados en forma
de una espiral dextrógira, situados en el vértice de un te­ ♦Extraído de la conferencia de Rasteur en la Société Chimique de Raris en
traedro irregular, o bien ordenados según ésta o aquella 1883, citada en DuBos, R. (1976) Louis Pasteur: Free Lance ofSc^r)ce, p. 95,
disposición asimétrica? No lo sabemos.* Charles Scribner's Sons, New York.

Tal como observó Louis Pasteui* en 1848 (Recuadro 1-2), los recha”) y si va en contra del sentido de las agujas del reloj, la
enantiómeros tienen propiedades químicas casi idénticas pero se configuración será (S ) (del latín sinister, “izquierda*’). De esta
diferencian en una propiedad física característica: su interacción manera cada carbono quiral es llamado (R ) o (5), y la presencia
con el plano de la luz polarizada. En disoluciones separadas, los de esas designaciones en el nombre del compuesto da una des­
dos enantiómeros rotan el plano de la luz polarizada en direccio­ cripción inequívoca de la estereoquínúca de cada centro quiral.
nes opuestas, pero una disolución equimolar de los dos enantió­
meros (mezcla racémica) no provoca rotación óptica. Los
compuestos sin centros quirales no rotan la luz polarizada.

CONVENCIÓN CLAVE: Dada la importancia de la estereoquímica


en las reacciones entre biomoléculas el bioquímico debe poder
denominar y representar la estructura de las biomoléculas de
modo que su estereoquímica quede definida sin ambigüedad. El
sistema de nomenclatura RS es el más útil para compuestos con
más de un centro quiral. En este sistema se asigna una p riori­ (R) (S)
dad a cada uno de los grupos unidos a un carbono quiral. La En el Capítulo 3 se describe otro sistema de nomenclatura, el
prioridad para algunos sustituyentes comunes es la siguiente: sistema d y l . Una molécula con un solo centro quiral Qos dos
isómeros del gliceraldehído, por ejemplo) puede nombrai*se sin
—OCH3 > —OH > —NH 2 > —COOH > ambigüedad con cualquiera de los dos sistemas. ■
-C H O > - C H 2 OH > —CH3 > — H

CHO
CHO,*,
Según el sistema RS, el átomo quiral ha de mirarse de modo que
ei grupo de prioridad más baja (4 en el diagrama siguiente) que­ HO-C-H (1)
de situado en dirección opuesta al observador. Si la prioridad de ?
CHjOH CH20H^3,
los otros ties grupos (1 a 3) disminuye segiín el sentido de las
agujas del reloj, la configuración será (i?) (del latín rectas, “de­ L-Gliceraldehído (S)-Gliceraldehído
18 Funddmentos de bioquímica

El concepto de conformaGión molecular, distintx) del de Las moléculas quirales de los organismos vivos se encuen­
configuración, describe la disposición espacial de los grupos sus­ tran generalmente presentes en sólo una de sus formas quirales.
tituyentes que tienen libertad para adoptar posiciones diferentes Por ejemplo, los aminoácidos están presentes en las proteínas
en el espacio sin necesidad de romper enlaces, gracias a la liber­ sólo como isómeros l ; la glucosa se encuentra presente tan sólo
tad de rotación de los mismos. Por ejemplo, en el etano, un hidro­ en forma de su isómero d . (En el Capítulo 3 se describen las
carburo sencillo, existe libertad casi total de rotación abrededor convenciones para denonüiw los estereoisómeros de los ami­
del enlace simple G—C. Por lo tanto, dependiendo del grado de noácidos; las correspondientes a los glúcidos se describen en el
rotación del enlace, son posibles muchas conformaciones dife­ Capítulo 7; el sistema RS, descrito anteriormente, es el más útil
rentes e interconvertibles de la molécula de etano (Fig. 1-21). para biomoléculas.) En cambio, cuando un compuesto que po­
Dos de las conformaciones son de especial interés: la conforma­ see un átomo de carbono asimétrico se sintetiza químicamente
ción extendida, que es más estable que las demás y es por tanto la en el laboratorio, la reacción suele producir todas las formas
conformación predominante, y la forma eclipsada, que es la me­ quirales posibles, dando lugar, por ejemplo, a una mezcla de for­
nos estable. No es posible aislar ninguna de estas dos formas con­ mas D y L. En las células vivas se produce una sola forma quiral
formacionales puesto que son libremente interconvertibles. Sin de una biomolécula gracias a que los enzimas que sintetizan esa
embargo, cuando se reemplazan uno o más átomos de hidrógeno molécula son también, a su vez, moléculas quirales.
de cada uno de los carbonos con grupos funcionales voluminosos La estereoespecificidad, o capacidad de distinguir entre
o cargados eléctricamente, la libertad de rotación alrededor del estereoisómeros, es una propiedad de los enzimas y otras pro­
enlace G—C queda restringida, lo que limita el número de confor­ teínas y un rasgo característico de la lógica molecular de las
maciones estables de los derivados del etano. células vivas. Si el sitio de unión en una proteína es complemen­
tario para un isómero de un compuesto quiral, no será comple­
mentario para el otro, por la misma razón por la que un guante
Las interacciones entre las biomoléculas
izquierdo no sirve para la mano derecha. En la Figura 1-23 se
sonestereoespecíficas muestran dos notables ejemplos de la capacidad de los sistemas
En las interacciones entre biomoléculas, el “encaje” debe ser es- biológicos para distinguir entre estereoisómeros.
tereoquímicamente correcto. La estructura tridimensional de las Las clases comunes de reacciones químicas que se encuen­
biomoléculas grandes y pequeñas, la combinación de su configu­ tran en la bioquímica se describen en el Capítulo 13, como intro­
ración y su conformación, es de primordial importancia en sus ducción a las reacciones del metabolismo.
intei*acciones biológicas: un reactivo con su enzima, una hormo­
na con su receptor de membrana celular, un antígeno con su an­ RESUMEN 1.2 Fundamentos químicos
ticuerpo específico son buenos ejemplos de ello (Fig. 1-22). Ei
estudio de la estereoquímica biomolecular mediante métodos fí­ ■ Gracias a su versatilidad de enlace, el átomo de carbono
sicos precisos constituye una parte importante de la investiga­ puede producir una amplia variedad de esqueletos carbo­
ción moderna sobre estructura celular y función bioquímica. no-carbono con diversidad de grupos funcionales; estos

09

a
Q}

Ángulo de torsión (grados)


FIGURA1-22 Encaje complementariode una macromolécula y una molécu­
FIGURA 1-21 Conformaciones. El etano tiene muchas conformaciones posi­ la pequeña. La figura muestra un segmento de RNA de una región reguladora
bles al existir libertad de rotación alrededor del enlace sencillo carbono-carbo­ conocida como TAR del genoma del virus de la inmunodeficiencia humana
no. En el modelo de bolas y varillas, cuando el átomo de carbono anterior (en gris) unido a una molécula de argininamida (en color), que representan un
(desde d punto de vista del lector) y sus tres átonrx» de hidrógeno rotan con re­ residuo de una proteína que se une a esta región. La argininamida se ajusta a
lación ai átomo de carbono posterior, ia energía potencial de la nrK)lécula au­ una cavidad de la superficie del RNA y se mantiene en esta orientación me­
menta hasta un niáximo en la conformación completamente eclipsada (con diante varias interacciones no covalentes con él. Esta representación de la mo­
ángulos de torsión de 1 2 (f, etc.), y disminuye hasta el mínimo en la confor­ lécula de RNA está generada con programas informáticos que calculan la
mación completamente extendida (ángulo de torsión de 60®, 180°, etc.). Las di­ forma de la superficie externa de una macromolécula, ya sea en base a los ra­
ferencias de energía son lo suficientemente pequeñas como para permitir la dios de van der Waals de todos los átomos de la molécula o mediante el "volu-
rápida interconversión de las dos formas (millones de veces por segundo), por lo nr^ende exclusión del solvente"', aquel más allá del cual no puede penetrar una
que resulta imposible aislar separadaniente las fonnas eclipsada y extendida. molécula de agua.
1.3 Fundamentos físicos '191

CH, CH, FKURA 1-23 Los estereoisómeros tienen efec­


tos diferentes sobre cl ser humano, (a) Dos este­

V
H a C ^
>
/C H a
reoisómeros de la carvona: la (f^carvona (aislada
del aceite de menta) posee la fragancia caractens-
tica de la menta; la (5)-carvona (de aceite de se­
c
C H a -C ^ H H*^ ’" c =CH 2 millas de alcaravea) huele a alcaravea, (b) El
aspartame, el edulcorante comercializado con el
C H z CH3 nombre de NutraSweet, se distingue fácilmente
CR)-Carvona (5)-Carvona de su estereoisómero amargo, a pesar de que anv
(menta) (alcaravea)
(a) bos difieren tan sólo en la configuración de uno
de los dos átomos de carixMK) quirales. (c) El me­
dicamento antídepresivo citalopram (comerciali­
*^3 jj zado como Celexa), un inhibidor seleaivo de la
-OOC^ / C - HH H -OOC^ reabsorción de serotonina, es una nfiezcla racémi-
CHj OCHj CH 2 ;c ' OCH, ca de los dos estereoisómeros pero tan sólo el
I
CH , H H (5)-citalopram tiene efecto terapéutico. El prepa­
rado esteroquímicamente puro de (S)-citalopram
H C '' "^CH HC"^ "*^CH (oxalato de escitalopram) se comercializa bajo el
nombre de Lexapro. Como es predecible, ia dosis
h Í^ ^ Íh hÍ Ah
efectiva de Lexapro es la mitad de la dosis efecti­
C
H H va de Cdexa.
L-Aspartil-i>fenilalanina metil éster L-Aspartil-Ehfenilalanina metil éster
(aspartame) (dulce) (amargo)
(b )

(O

grupos son los que confieren a las biomoléculas su perso­ encabe complementario específico entre las moléculas que
nalidad biológica y química. interactüan.
■ Lsis células vivas contienen un coi\junto casi universal de
unos centenares de moléculas de bs^a masa molecular; las
1.3 Fundamentos físicos
interconversiones de estas moléculas en las rutas metabóli­
cas centrales se han conservado a lo largo de la evdudón. Las células y organismos vivos deben producir trabajo para
mantenerse vivas y reproducirse. Las reacciones sintéticas celu­
■ Las proteínas y los ácidos nucleicos son polímeros lineales
lares requieren aporte de energía del mismo modo que los pro­
de subunidades monoméricas simples; sus secuencias
cesos sintéticos industriales. También se consume energía en el
contienen la infonnación necesaria para definir su estruc­
movimiento de una bacteria o en el de un esprínter olímpico, en
tura tridimensional y sus funciones biológicas.
el destello de una luciérnaga o en la descarga eléctrica de una
■ La única manera de cambiar la configuración molecular es anguila. Además, el almacei\aúe y la expresión de la información
mecüante la rotura de enlaces covalentes. Si un átomo de car­ tienen un coste energético, sin el cual las estructuras ricas en
bono tiene cuatro sustituyentes diferentes (un carbono qui­ información perderían inevitablemente su orden y, por ende, su
ral), éstos pueden ordenarse de dos modos diferentes, significado.
generando estereoisómeros con propiedades diferentes. Sólo Las células han desarrollado, a lo largo de la evolución, meca­
uno de los estereoisómeros es biológicamente activo. La con­ nismos muy eficientes para el acoplamiento de la eneigía obtenida
formación molecular es la posición de los átomos en el espa­ de la luz solar o de los combustibles con muchos procesos celula­
cio que puede cambiar por rotación alrededor de enlaces res que consumen energía. Uno de los objetivos de la bioquímica
simples, sin que implique la rotura de enlaces covalentes. es la comprei\sión, en términos químicos y cuantitativos, de los
■ De modo prácticamente invariable, las interacciones entre mecanismos de extracción, canalización y consumo de la enei^gía
moléculas biológicas son estereoespecíficas: requieren el en las células vivas. Al igual que con otras conversiones energéti­
20 Fundamentos de bioquímica

cas, podemos considerar las conversiones de la energía celular en La primera ley de la termodinámica describe el principio
el contexto de las leyes de la termodinámica. de conservación de la energía: en cualquier proceso físico o
químico la cantidad de energía total del universo permane­
Los organismos vivos existen en un estado estacionario ce constante, aunque suforma puede variar. Las células son
transductores consimiados de energía, capaces de interconver-
dinámico y no se liailan nunca en equilibrio con su entorno
tir energía química, electromagnética, mecánica y osmótica con
Las moléculas e iones contenidos en im organismo vivo difieren en gran eficiencia (Fig. 1-24).
cuanto a tipo y concentración de los que se encuentran en su en­
torno. Un paramecio en una charca, un pez en el océano, una bac­ El flujo de electrones da energía para los organismos
teria del suelo o im peral en unjardín son ejemplos de organismos
con una composición diferente a la de su entorno y que una vez Prácticamente todos los organismos vivos derivan su energía,
han llegado a su madurez mantienen una composición más o me­ directa o indirectamente, de la energía radiante de la luz solai'.
nos constante a pesar de que su entorno cambie constantemente.
A pesar de que la composición química característica de un » Nutrientes del entorno
organismo varía poco a lo lai^o del tiempo, la población de molé­ Energía potencial (moléculas complejas tales como
azúcares y grasas)
culas de una célula u organismo se encuentra bien lejos de ser es­
►Luz solar
tática. CJontinuamente se sintetizan y se degradan pequeñas
moléculas, nmcromoléculas y complejos supramoleculares me­ (a)
diante reacciones químicas que necesitan del constante fliyo de
masa y energía a través del sistema. Las moléculas de hemoglobi­ Transformaciones químicas
en las células
na que están transportando en este momento oxígeno desde sus
pulmones a su cerebro se sintetizaron el mes pasado; dentro de un
Transducciones Trabajo celular:
mes se habrán degradado y habrán sido reemplazadas completa­ de energía • síntesis química
mente por nuevas moléculas de hemoglobina. La glucosa que ingi­ para realizar • trabajo mecánico
trabajo • gradientes osmótico y eléctrico
rió en la última conüda se encuentra ahora circulando por su
• producción de luz
torrente sanguíneo; antes de que termine el día estas mismas mo­ • transferencia de información
léculas de glucosa se habrán convertido en otra cosa, quizá dióxi­ ^ genética
do de carbono o grasa, y habrán sido reemplazadas por un aporte
(b)
fresco de glucosa, de modo que su concentración de glucosa en
sangre se mantenga más o menos constante a lo largo del día. La Calor
cantidad de hemoglobina y glucosa en sangi e permanece prácti­
camente constante porque la velocidad de síntesis o ingestión de (c)
cada una de ellas compensa con exactitud la velocidad de su de­
Aumento en el desorden
gradación, consumo o conversión en algún otro producto. La (entropía) del entorno
constancia en la concentración es el resultado de un estado esta­
cionario dinámico, un estado estacionario que se encuentra le­ El metabolismo produce com­
puestos más sencillos que las
jos del equilibrio. El n\antenimiento de este estado estacionario moléculas de combustible ini­
requiere del aporte constante de energía; cuando la célula ya no es ciales: CO2, NH 3 , H 2O, HPO4”
capaz de generar energía, muere e inicia su degradación hacia el
(d)
equilibrio con su entorno. A continuación veremos qué es lo que
se conoce exactamente como “estado estacionario” y “equilibrio”. Descenso en el desorden
(entropía) del sistema

Los organismos transforman energía y materia de su entorno Compuestos simples polime*


rizan para dar lugar a macro­
Para las reacciones químicas que tienen lugar en solución, pode­ moléculas ricas en información:
DNA, RNA, proteínas
mos definir un sistema como el conjunto de los reactivos y pro­
ductos presentes, el disolvente que los contiene y la atmósfera (e)
circundante o, dicho de otro modo, todo aquello que está incluido
FIGURA 1-24 Algunas interconversiones de energía en los organismos
en una región definida del espacio. El conjunto del sistema y sus
vivos. Durante las transducciones energéticas metabólicas, el desorden del
entornos configuran el universo. Si el sistema no intercambia ma­ sistema y de su entorno (expresado cuantitativamente conK) entropía) aumen­
teria ni energía con su entorno, se denomina aislado. Si intercam­ ta a ia vez que la energía potencial de las moléculas nutrientes complejas
bia energía pero no materia con su entorno es un sistema disminuye, (a) Los organismos vivos extraen energía de su entorno, (b) con­
cerrado; si intercambia materia y energía, es un sistema abierto. vierten parte de ella en formas útiles para producir trabajo, (c) devuelven par­
Un organismo vivo es un sistema abierto que intercambia te de la energía al entorno en forma de calor y (d) liberan moléculas como
materia y energía con su entorno. Los organismos vivos extraen productos finales menos organizadas que el combustible original, aumentan­
energía de su entorno de dos maneras: ( 1) captan combustibles do la entropía del universo. Como consecuencia de todas estas transformacio­
químicos (como por ejemplo glucosa) del entorno y extraen nes (e) aumenta el orden (disminuye el desorden) en el sistema niediante la
energía de su oxidación (véase el Recuadro 1-3, Caso 2); o (2) formación de macromoléculas complejas. En el Capítulo 13 se presenta un
absorben energía de la radiación solar. tratamiento cuantitativo de la entropía.
1.3 Fundamentos físicos 21

RECUADRO 1 - 3 Entropía: las ventajas de estar desorganizado


El término “entropía”, que literalmente significa “cambio en el Los átomos contenidos en una molécula de glucosa más 6 molé­
interior”, fue utilizado por primera vez en 1851 por Rudolf culas de oxígeno, un total de 7 moléculas, ahora se dispersan
Clausius, uno de los autores que formularon la segunda ley de más al azar a causa de la reacción de oxidación y están ahora
la termodinámica. La defirüción cuantitativa rigurosa de la en­ presentes en un total de 12 moléculas ( 6CO2 + 6H2O).
tropía implica consideraciones estadísticas y probabilísticas. Siempre que una reacción química produce un aumento en
No obstante, se puede ilustrar su naturaleza de forma cualita­ el número de moléculas, o cuando una sustancia sólida se con­
tiva con tres ejemplos sencillos, cada uno de los cuales mues­ vierte en productos gaseosos o líquidos, que permiten más li­
tra un aspecto de la entropía. Los rasgos clave que describen bertad para el movinúento molecular que un sólido, hay un
la entropía son azar y desorden, que se manifiestan en for­ incremento en el desorden molecular y, por tanto, de la entropía.
mas diversas.
Caso 3: Información y entropía
Caso 1 : La tetera y la distribución aleatoria del calor El siguiente fragmento de JtUio César, Acto IV, Escena 3, es
Sabemas que el vapor que se genera a partir del agua hirviente declamado por Bruto. Es un ordenamiento no al azar y rico en
puede realizar trabajo útil. Pero supongamos que apagamos el información de 125 letras del alfabeto inglés:
fogón debajo de una tetera llena de agua a 100 ®C (el “sistema”)
There is a tide in the affairs of men,
en la cocina (el “entorno”) y la dejamos enfriar. A medida que se
Which, taken at the flood, leads on to fortune;
enfría, no se produce trabajo, pero el calor pasará de la tetera al
Omitted, aU the voyage of their life
entorno, elevando la temperatura del entorno (la cocina) en
Is bound in sliallows and in miseries.*
una cantidad infinitesimalmente pequeña hasta alcalizar el
equilibrio completo. En este momento todas las partes de la te­ Esta cita, además de reflejar una compleja serie de hechos en la
tera y de la cocina estarán exactamente a la misma temperatu­ obra, tanü)ién se hace eco de las ideas desarrolladas en el drama
ra. La energía libre que en un momento estaba concentrada en sobre el conflicto, la ambición y las exigencias del liderazgo.
la tetera de agua caliente a 100 ®C, potencialmente capaz de Asentada en los conocimientos de Shakespeare sobre la naturale­
realizar trabajo, ha desaparecido. Su equivalente en energía ca­ za humaiui, es muy rica en información.
lórica está aún presente en la tetera + cocina, es decir, el “uni­ No obstante, si se permitiera que las 125 letras que forman
verso”, pero se ha distribuido por completo aleatoriamente en esta cita se distribuyeran totalmente al azar, de modo caótico,
todo el mismo. Esta energía ya no sirve para realizar trabajo como se muestra en el cuadro, no tendrían ningún significado.
porque no hay diferencial de temperatura dentro de la cocina.
Además, el aumento de entropía de la cocina (el entorno) es
irreversible. Sabemos de la experiencia diaria que el calor nun­
ca vuelve atrás espontáneamente desde la cocina a la tetera pa­
ra volver a elevar la temperatura del agua a 100 ®C.
Caso 2: Oxidación de la glucosa
La entropía es un estado no sólo de la energía sino también de la
materia. Los organismos aeróbicos (heterótrofos) extraen ener­
gía libre de la glucosa obtenida de su entorno a través de la oxi­
dación de la glucosa con O2, también obtenido del entorno. Los
productos finales de este metabolismo oxidativo, CO2 y H2O,
son devueltos al entorno. En este proceso el entorno experi­
menta un incremento de entropía, mientras que el propio orga­
nismo permanece en estado estacionario y no experimenta
Puestas así, las 125 letras no contendrían ningurm información,
ningún cambio en su orden interno. Aunque parte de la entropía
pero serían muy ricas en entropía. Tales consideraciones han
surge de la disipación de calor, la entropía también proviene de
llevado a la conclusión de que la información es una forma de
otro tipo de desorden, ilustrado por la ecuación de la oxidación
energía y se la ha denominado “entropía negativa”. De hecho, la
de la glucosa:
rama de las matemáticas denomiioada teoría de la información,
CoHigOo + 602-^6C02 + 6H2O que es básica para la lógica de programación de los ordenado­
res, está relacionada con la teoría termodinámica. Los orgarüs-
que podemos representar de manera esquemática como
mos vivos son estructuras muy ordenadas, no al azar, que son
7 moléculas 12 moléculas inmensamente ríeos en información y pobres en entropía.
• ^ A CO2 ♦ En los negocios humanos hay una marea que,
O2- • • (gas) aprovechada en la pleamar, conduce a la fortuna;
(gas) . ▲
• ^ A ^ pero si no se aprovecha, todo el viaje de la vida
Glucosa • ^HoO
va en medio de bajíos y naufragios.
(sólido) _ ■ ....... .......
S h a k e s p e a r e , Dramas, Editorial Iberia, S.A., Barcelona
22 Fundamentos de bioquímica

La descomposición del agua a cargo de la energía de la luz que refleja el número y el tipo de enlaces; entropía, S\ y la tempe­
se produce durante la fotosíntesis libera electrones para la re­ ratura absoluta, T (en grados Kelvin). La definición de energía
ducción del CO2y la liberación de O2 a la atmósfera: libre es: G - H - TS. Si una reac­
luz ción química tiene lugar a tempe­
ratura constante, la variación de
6CO2 + 6H2O CeHigOg + 6O2 energía libre, A6?, viene determi­
(reducción del CO2 por acción de la energía de la luz) nada por la variación de entalpia
La células y los organismos no fotosintéticos obtienen energía A//, que refleja el tipo y la cantidad
para sus necesidades mediante la oxidación de los productos de enlaces químicos e interaccio­
ricos en energía de la fotosíntesis, transportando los electro­ nes no covalentes que se rompen y
nes así adquiridos hacia el O2 atmosférico para formar agua, se forman, y la variación de entro­
CO2 y otros productos finales, que son reciclados en el medio pía, AS, que describe el cambio en
ambiente: el grado de desorden del sistema:
j. Willard Gibbs,
C6H12O6 + 6O2 ---- ^ 6CO2 + 6H2O + energía 1839-1903 AG = A if - TAS
(reacción de oxidación de la glucosa que produce energía)

De este modo, los autótrofos y los heterótrofos participan en donde, por definición. A// es negativa para una reacción que
libera calor y AS es positiva para una reacción que incrementa
los ciclos globales del O2 y del CO2 gobernados en última ins­
el desorden del sistema. ■
tancia por la luz solar, lo que convierte a estos dos grandes
grupos de organismos en interdependientes. Prácticamente
todas las transducciones energéticas de las células pueden en­ Un proceso tiende a ocurrir espontáneamente sólo si AG
es negativa (si se libera energía libre durante el proceso). Sin
tenderse como un fliyo de electrones desde una molécula a
embargo, la función celular depende principalmente en molé­
otra, en un proceso “cuesta abajo” desde potenciales electro­
culas tales como proteínas y ácidos nucleicos, para las que la
químicos superiores a inferiores; siendo así, esto es formal­
energía libre de formación es positiva: son moléculas menos es­
mente análogo al fliyo de electrones en un circuito eléctrico
alimentado por una batería eléctrica. Todas las reacciones que tables y más ordenadas que una mezcla de sus componentes
monoméricos. Para llevar a cabo estas reacciones termodinámi­
implican un flujo de electrones son reacciones de oxida­
camente desfavorables que requieren energía (reacciones en­
ción-reducción: un reactivo se oxida (pierde electrones) y
dergónicas), la célula las acopla a otras que desprenden
otro se reduce (gana electrones).
energía libre (reacciones exergónicas), de modo que el proce­
so sea globalmente exergónico: la suma de las variaciones de
Crear y mantener el orden requiere trabajo y energía energía libre es negativa.
Como ya hemos visto, el DNA, el RNA y las proteínas son ma­ La fuente habitual de energía libre en las reacciones bio­
cromoléculas informativas; la secuencia precisa de sus subuni­ lógicas acopladas es la energía liberada por la rotura de enla­
dades monoméricas contiene información de la misma manera ces fosfoanhídrido tales como los que se encuentran en la
que la contienen las letras de esta frase. Además de usar energía adenosina trifosfato (ATP; Fig. 1-25) y la guanosina trifosfa­
química para formar los enlaces covalentes entre estas sub­ to (GTP). En la figura siguiente cada ® representa un grupo
unidades, las células deben invertir energía para ordenar las fosforilo:
subunidades en su secuencia correcta. Es extremadamente im­
probable que los aminoácidos de una mezcla se condensen es­ Aminoácidos proteína AGi es positiva (endergónica)
pontáneamente para formar un solo tipo de proteína de ATP->AMP 4^ (g M g ) AG2 es negativa (exergónica)
secuencia única. Ello implicaría un aumento del orden en una [oATP-^ADP -f-® ]
población de moléculas, lo que contrastaría con la segunda ley
Cuando estas reacciones están acopladas, la suma de AGi y AG2
de la termodinámica según la cual la tendencia de cualquier
es negativa (el proceso global es exergónico). Mediante esta es­
proceso natural es la de incrementar el desorden del universo:
trategia, la célula puede sintetizar y mantener los polímeros ri­
la entropía total del universo está en crecírmento constante.
cos en información esenciales para la vida.
Para dar lugar a la síntesis de macromoléculas a partir de sus
subunidades monoméricas debe suministrarse energía libre al
sistema Oa célula en este caso). El acoplamiento energético conecta
las reacciones biológicas
CONVENCIÓN CLAVE: El desorden de los componentes de un sis­
tema químico se expresa como entropía, S (Recuadro 1-3). La cuestión central de la bioenergética (el estudio de las trans-
Cualquier variación en el grado de desorden de un sistema fomwLciones energéticas en los seres vivos) es el modo por el
equivale a una variación de entropía, A5, que, convencional­ cual la energía obtenida de la luz o del metabolismo de los com­
mente, adopta valores positivos cuando aumenta el desorden. bustibles se acopla a las reacciones celulares que requieren
J. ^^^lllard Gibbs, que desarrolló la teoría de las variaciones energía. Para comprender el acoplamiento de la energía es ins­
energéticas durante las reacciones químicas, demostró que el tructivo considerar un ejemplo mecánico simple tal como el
contenido en energía libre, G, de cualquier sistema cerrado mostrado en la Figura l-26a. Un objeto situado en la parte su­
puede definirse en base a tres magnitudes: entalpia, fí, que perior de un plano inclinado posee una cierta cantidad de ener-
1.3 Fundamentos físicos |^23

NH a FIGURA 1-25 El trífosfoto de adenosina (ATP) proporciona


energía. Aquí, cada® representa ün grupo fosforilo. La eli­
p- o- minación del grupo fosforilo terminal del ATP (sombreado
HC II I
V. ^C H en rosa) mediante rotura de un enlace fosfoanhídrido, que
i_ 0 - P _ 0 - C H 2 q N- "N genera adenosina difosfato (ADP) y el ión fosfato inorgánico
l\H H yi (H PO il, es altamente exergónica y se acopla a muchas
H\ [ i/ h reacciones endergónicas en la célula (como en el ejemplo
de la Figura l-26b). El ATP también proporciona energía pa­
OH OH
ra muchos procesos celulares mediante ia rotura que libera
^ ) - ( p ) - { p ) —Adenosina (Adenosina trifosfato, ATP)
dos grupos fosfato terminales en forma de pirofosfato inorgá­
nico (H2 P2 0 ^), a menudo abreviado como PP».

“ Ó-Pf-OH + (p )--(p )—Adenosina (Adenosina ¿¿fosfato, ADP)

Fbsfato inorgánico (P¡)

^ ^ ^ - 7 O—P—OH + (p)~Adenosina (Adenosina monofosfato, AMP)

Pirofosfato inorgánico (PPj)

gía potencial como resultado de su elevación. Tiende a deslizar­ que el producto se convierte en reactivo. Así no hay un cam­
se por el plano, perdiendo progresivamente su energía potencial bio neto en la concentración de reactivos y productos. La va­
al acercarse al suelo. Si al objeto deslizante se le acopla, median­ riación de energía que se produce cuando el sistema
te un mecanismo de cuerda y polea, un objeto mas pequeño, el evoluciona desde su estado inicial al de equilibrio, sin varia­
movimiento espontáneo hacia abajo del más grande puede ha­ ciones en la presión y la temperatura, viene dada por la varia­
cer elevar al más pequeño, realizándose una cierta cantidad de ción de energía libre, AG. La magnitud de AG depende de la
trabajo. La cantidad de energía transformable en trabajo es va­ reacción química en particular y délo lejos (fue el sistema se
riación de energía libre, AG; este valor será siempre ligera­ encuentre inicicUmerUe del equüibrio. Cada imo de los
mente inferior a la cantidad teórica de energía liberada, habida compuestos implicados en una reacción química contiene una
cuenta de que ima parte de la energía se disipa en forma de ca­
lor de fricción. Cuanto mayor sea la elevación del objeto más
grande, mayor será el cambio energético al deslizarse hacia aba­ (a) Eljemplo mecánico
jo (AG) y mayor será la cantidad de trabajo que pueda realizar.
El objeto más grande puede elevar al más pequeño sólo porque,
en el inicio, el objeto mayor se hallaba lejos de su posición de
equüibrio: en algún momento anterior había sido elevado por
encima del suelo mediante un proceso que también consumió
eneigía.
¿Cuál es ei equivalente de este proceso en reacciones
químicas? En sistemas cerrados, las reacciones químicas se
producen espontáneamente hasta que se alcanza el equili­
brio. Cuando el sistema está en equilibrio, la velocidad de
formación de producto es exactamente igual a la velocidad en

(b) Ejemplo químico

FIGURA 1-26 Acoplamiento energético en procesos químicos y mecánicos,


(a) El movimiento descendente de un objeto libera energía potencial capaz de
producir trabajo. La energía potencial liberada por el nnovimiento descendente
espontáneo, un proceso exergónico (rosa), puede acoplarse al movimiento en-
dergónico ascendente de otro objeto (azul), (b) En la reacción 1 la formación de
glucosa 6 -fosfato a partir de glucosa y fosfato inorgánico (P{), da lugar a un pro­
ducto con una energía superior a la de los dos reactivos. La AC es positiva para
esta reacción endergónica. En la reacción 2, la rotura exergónica de la adenosi­
na trifosfato (ATP) tiene una variación de energía libre grande y negativa (AC2).
La tercera reacción representa la suma de las reacciones 1 y 2, y la variación en
su energía libre AC3 es la suma arltnnética de AC^ y AC2 . Puesto que el valor de
AC3 es negativo, la reacción global es exergónica y se da espontáneanríente.
24 Fundamentos de bioquímica

cierta cantidad de energía potencial, que guarda relación con /íeqy AG ° miden la tendencia de una reacción
el número y el tipo de enlaces.
a transcurrir espontáneamente
En las reacciones que ocurren espontáneamente, los pro­
ductos tienen menos energía libre que los reactivos, de mane­ La tendencia de una reacción química a llegar a su final puede
ra que la reacción libera una cantidad de energía libre que expresarse en forma de una constante de equilibrio. Para la
está disponible para realizar trabajo. Estas reacciones se de­ reacción en la que a moles de A reaccionan con b moles de B pa­
nominan exergónicas y la disminución de energía libre de re­ ra dar c moles de C y ci moles de D,
activos a productos se expresa con un valor negativo. Las
reacciones endergónicas, en cambio, requieren un aporte de aA + b B ---- > cC + dD
energía, y sus valores de AG son positivos. Al igual que en los
procesos mecánicos, solamente una parte de la energía libera­ la constante de equilibrio, üCeq, viene dada por
da en las reacciones químicas exergónicas se puede utilizar [cr^ m u
para producir trabajo. En los sistemas vivos parte de la ener­
gía se disipa en forma de calor o se pierde incrementando la
[A]“ mí,
entropía. donde [Aleq es la concentración de A, [B]eq es la concentración
En los organismos vivos, del mismo modo que ocurre en el de B y así sucesivamente, cuando el sistema ha llegado al
ejemplo mecánico de la figura l-26a, una reacción exergónica equilibrio. Un valor elevado de K^q indica que la reacción tiene
se puede acoplar a una reacción endergónica para hacer posi­ lugar hasta que los reactivos se han convertido casi completa­
bles ciertas reacciones que de otro modo serían desfavorables. mente en productos.
La figura l-26b (un tipo de gráfico denominado diagrama de co­ Gibbs demostró que la AG (el cambio de energía libre real)
ordenada de reacción) ilustra este principio para el caso de la de una reacción química cualquiera es función de la varia­
conversión de glucosa en glucosa 6-fosfato, el primer paso en la ción de energía libre estándar, AG"* (una constante caracte­
ruta de la oxidación de glucosa. El camino más simple para pro­ rística de cada reacción específica) y de un término que expresa
ducir glucosa 6-fosfato sería: la concentración inicial de reactivos y productos:
Reacción 1: Glucosa + P i----►glucosa 6-fosfato
[Clf [Dlf
(endergónica; AGi es positiva) AG = AG** + RTln ( 1- 1)
(A]f [B1!>
(Aquí, Pj es la abreviatura para el fosfato inorgánico HPO4". No
describiremos ahora en detalle, sino más adelante, la estructura donde [A]i es la concentración inicial de A y así sucesivamente,
de estos compuestos.) Esta reacción no ocurre espontánea­ es la constante de los gases y T es la temperatura absoluta.
mente porque AGi es positiva. Una segunda reacción muy exer­ AG es una medida de la distancia de un sistema a su posi­
gónica puede tener lugar en todas las células: ción de equilibrio. Cuando una reacción ha alcanzado el equili­
brio no persiste ninguna fuerza que la induzca a ir en una
Reacción 2: ATP - ->ADP + Pi dirección u otra y no puede realizar trabajo: AG = 0. En esta si­
(exergónica; AG2 es negativa) tuación concreta, [A]i = [AJeq, y así sucesivamente para todos los
Estas dos reacciones comparten im intermediario común, Pi, reactivos y productos, de modo que:
que se consume en la reacción 1 y se produce en la reacción 2.
[C]f [Dlf tcis, [Dlt,
Las dos reacciones pueden, por tanto, acoplarse en la forma de
una tercera reacción que se puede escribir como la suma de las (A]f [B]|> ° [A]* IBlí,
reacciones 1 y 2, omitiendo el intermediario común, Pi, de los
Sustituyendo AG por O y [C ]f [D ]f/ [A ]f [B]i* por en la
dos lados de la ecuación:
Ecuación 1-1, obtenemos la relación
Reacción 3: Glucosa + A T P ---- >glucosa 6-fosfato + ADP
AG^ = - R T l n K ^
Puesto que se übera más energía en la reacción 2 que la consu­
mida en la reacción 1, la variación de energía libre en la reacción de la que deducimos que AG® es tan sólo una manera alternativa
3, AG3, es negativa, lo que hace posible que la síntesis de gluco­ a Ked para expresar la dirección de una reacción. Gracias a que
sa 6-fosfato transcurra a través de la reacción 3. ^eq se puede medir experimentalmente, disponemos de un mo­
Bl acoplamiento de reacciones exergónicas y endergó­ do de determinar AG®, la constante termodinámica característi­
nicas a través de un intermediario compartido es absoluta­ ca de cada reacción.
mente básico para los intercambios energéticos en los AG® y AG se expresan en joules por mol (o calorías por
sistemas vivos. Tal como veremos, las reacciones de hidróli­ mol). Si i^eq » 1, AG® es grande y negativa; si üTeq« 1, AG® es
sis del ATP (como la reacción 2 en la Fig. l-26b) liberan grande y positiva. Es posible deducir con un simple vistazo a
energía que hace posible muchos procesos endergónicos en una tabla de valores de o de AG® cuáles son las reacciones
las células. La hidrólisis del ATP en las células es exergónica que tenderán a producirse y cuáles no.
porque todas las células vivas mantienen la concentra­ Hay que tomar una precaución en cuanto a la interpreta­
ción de ATP muy lejos de su concentración en el equili­ ción de AG®: las constantes termodinámicas tales como ésta
brio. Es precisamente este desequilibrio el que permite que muestran dónde se halla el punto de equilibrio final de la reac­
el ATP sirva como el principal portador de energía química ción, í>ero nada nos dicen acerca de la velocidad con que se al­
en las células. canza. La velocidad de las reacciones viene gobernada por los
1.3 Fundamentos físicos [» ]

parámetros cinéticos, un tema que consideraremos en el Capí­


tulo 6,

Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones químicas


Tocias las macromoléculas biológicas son mucho más inestables
termodinámicamente que sus subunidades monoméricas, aun­
que sean, no obstante, estables cinéticamente: su degradación
no catalizada ocurre tan lentamente (en un margen de años y
no de segundos) que, en la escala de tiempo aplicable a los orga­
nismos, estas moléculas son estables. Si prácticamente todas las
reacciones químicas celulares tienen lugar a una velocidad sig­
nificativa es gracias a la presencia de enzimas: biocatalizadores
que, al igual que el resto de catalizadores, provocan un gran in­ FIGURA 1-27 dambios energéticos durante una reacción química. En el pro­
cremento en la velocidad de reacciones químicas específicas sin ceso de conversión de los reactivos (A) en productos (B) debe salvarse una
consumirse en el proceso. barrera de activación que representa el estado de transición (véase el Capítulo 6 ),
La trayectoria desde reactivo(s) a producto(s) transcurre a pesar de que los productos sean tnás estables que los reactivos, tal como indi­
de manera prácticamente invariable a través de una barrera ca la gran variación negativa de energía libre (AC^. 1.a energía necesaria para su­
energética, denominada barrera de activación (Fig. 1-27), que perar la barrera de activación es ia energía de activación (AC^). Los enzimas
debe ser superada para que tenga lugar la reacción. La rotura y catalizan ias reacciones disminuyendo la barera de activación. Se unen fuerte­
formación de enlaces implica generalmente y de manera previa mente a los intermedios del estado de transición, y ia energía de enlace de esta
la distorsión de los enlaces existentes, lo que genera un estado interacción hace que la energía de activación se reduzca de OKxk) efectivo des­
de transición de mayor energía libre que reactivos o productos. de AC*nocat (curva azul) hasta AC*cai (curva roja). (Obsérvese que ia energía de
El punto más alto en un diagrama de coordermdas de reacción activación no está relacionada con la variación de la energía libre de ia reac­
representa el estado de transición y la diferencia de energía en­ ción, AC.)
tre un reactivo en su estado fundamental y en su estado de tran­
sición se denomina energía de activación, AC?. Los enzimas Los miles de reacciones quínücas catalizadas por enzimas
catalizan reacciones proporcionando un entomo más conforta­ en el interior de las células se encuentran funcionalmente orga­
ble para el estado de transición: una superficie complementaria nizadas en muchas secuencias diferentes de reacciones conse­
en su estereoquímica, polaridad o carga. La unión de un enzima cutivas denominadas mtas, en las que el producto de una
al estado de transición es exergónica, y la energía liberada por reacción pasa a ser el reactivo de la siguiente. Algunas de estas
esa unión reduce la energía de activación de la reacción, incre­ rutas degradan nutrientes orgánicos transformándolos en pro­
mentando de modo muy importante su velocidad. ductos finales simples, con el fin de extraer de ellos energía quí­
Una contribución adicional a la catálisis ocurre cuando dos mica y convertirla en una forma útil para la célula; en conjunto,
o más reactivos se unen a la superficie del enzima en lugares estas reacciones degradativas productoras de energía libre reci­
cercanos y en una orientación estereoespecífica que favorece la ben el nombre de catabolismo. La energía liberada por las
reacción. Gracias a esta disposición se incrementa en varios ór­ reacciones catabólicas es usada en la síntesis del ATP. Como re­
denes de magnitud la probabilidad de que se produzcan colisio­ sultado de ello, la concentración celular de ATP se halla lejos de
nes productivas entre los reactivos. Como resultado de estos y su concentración en el equilibrio, de modo que la AG de la hi­
otros factores que se discuten en el Capítulo 6, las reacciones drólisis del ATP es grande y negativa. De modo sinülar, el me­
catalizadas por enzimas tienen lugar generalmente a velocida­ tabolismo tiene como resultado la producción de los trans­
des superiores a 10^^veces las de las reacciones no catalizadas. portadores de electrones reducidos NADH y NADPH, que pue­
(Esto equivale a ¡un millón de millones de veces más rápi­ den dormr electrones en procesos que generan ATP o alimentar
das!) pasos reductores en vías biosintéticas.
Salvo algunas excepciones, los catalizadores celulares son Otras rutas parten de pequeñas moléculas precursoras
proteínas. (Como se discutirá en los Capítulos 26 y 27, las molé­ convirtiéndolas en moléculas progresivamente mayores y más
culas de RNA desempeñan en ocasiones papeles catalíticos.) complejas, entre las que se incluyen las proteínas y los ácidos
También de modo casi universal, cada enzima cataliza una reac­ nucleicos. Estas rutas sintéticas requieren invariablemente un
ción específica, y cada reacción en la célula está catalizada por aporte de energía, y en cor\junto se denominan anabolismo.
un enzima diferente. Es por tanto evidente que en cada célula La compleja red de reacciones catalizadas por enzimas consti­
son necesarios miles de enzimas diferentes. La multiplicidad de tuye ei metabolismo celular. El ATP— y los nucleósidos tri­
los enzimas, su especificidad (la capacidad de discriminar entre fosfatos energéticamente equivalentes citidina trifosfato
diferentes reactivos) y su susceptibilidad a la regulación confie­ (CTP), uridina trifosfato (UTP) y guanosina trifosfato (GTP)—
ren a las células la capacidad de disminuir selectivamente las es el principal nexo de unión entre los componentes anabólicos
barreras de activación. Esta selectividad resulta crucial para la y catabólicos de esta red (Fig. 1-28). Las rutas de reacciones
regulación efectiva de los procesos celulares. Haciendo que las catalizadas enzimáticamente que actúan sobre los principales
reacciones específicas procedan a velocidades significativas, los constituyentes de las células —^proteínas, grasas, azúcares y
enzimas determinan de qué modo se canalizan la materia y la ácidos nucleicos— son virtualmente idénticas en todos los or­
energía en las actividades celulares. ganismos vivos.
26 Fundamentos de bioquímica

la precursora se sintetiza en la cantidad adecuada a las necesi­


Nutrientes
almacenados trabajo celular dades reales de la célula.
S,>.. -T
, .¿afc , Considérese la ruta áeE. coli que conduce a la síntesis del
Comida Biomoléculas aminoácido isoleucina, uno de los constituyentes de las proteí­
ingerida complejas
nas. La ruta consta de cinco reacciones, catalizadas cada una
Fotones por un enzima diferente (las letras A a F representan los inter­
solares mediarios de la ruta):

(8>
enzima 1
E
Treonina Isoleucina

Si una célula empieza a producir más isoleucina de la necesa­


ria para la síntesis proteica, la isoleucina no utilizada se acu­
mula y este incremento en la concentración inhibe la actividad
catalítica del primer enzima de la ruta, con lo que se frena in­
mediatamente la producción de isoleucina. Esta inlübición
por retroalimentación mantiene el equilibrio entre produc­
ción y utilización de cada intermediario metabólico. (A lo largo
del libro usaremos el símbolo ® para indicar inhibición de una
reacción enzimática)
A pesar de que sea útil para la organización y la compren­
sión del metabolismo, el concepto de ruta discreta constituye
una simplificación. En la célula existen miles de intermedia­
rios metabólicos, muchos de los cuales forman parte de más
de una ruta. El metabolismo se representa mejor como una
red de rutas interconectadas e interdependientes donde la va­
riación en la concentración de cualquier metabolito da inicio a
un efecto en cadena que influye en el flujo de materiales a tra­
FIGURA 1-28 Papel central del ATP y el NAD(P)H en el metabolismo. El ATP vés de otras rutas. La comprensión de estas complejas interac­
es el intemiediaric químico común que conecta los procesos que liberan ener­ ciones entre intermediarios y rutas en términos cuantitativos
gía con aquellos que requieren aporte de energía. Su papel en la célula es es una tarea enorme que puede parecer desalentadora, pero el
análogo al del dinero en las relaciones comerciales: se "gana/produce" en reac­ impulso actual en la biología de sistemas, que se discute en
ciones exergónicas y se '^gasta/consume'' en las endergónicas. El NAD(P)H (di­ el Capítulo 15, ha empezado a ofrecer nuevos puntos de vista
nucleótido de nicotinamida y adenina (fosfato)) es un cofactor transportador de sobre la regulación global del metabolismo.
electrones que capta electrones en reacciones oxidativas y a continuación los Las células también regulan la síntesis de sus propios cata­
dona en una gran variedad de reacciones biosintéticas de reducdón. Presentes lizadores, los enzimas, en respuesta a la variación en las necesi­
en concentraciones relativamente pequeñas, estos cofactores esenciales para dades de un producto metabólico; este tema es tratado en el
las reacciones anabólicas deben ser constantemente regenerados por reaccio­ Capítulo 28. La expresión de los genes Oa traducción de la in­
nes catabólicas. formación del DNA en proteínas celulares activas en la célula) y
la síntesis de los enzimas son otros niveles de control metabóli­
co. Todos ellos deben ser tenidos en cuenta al describir el con­
El metabolismo está regulado para conseguir trol global del metabolismo.
equilibrio y economía
Las células vivas no son sólo capaces de sintetizar simultánea­ RESUMEN 1.3 Fundamentos físicos
mente miles de clases diferentes de moléculas de glúcidos, gra­
sas, proteínas y ácidos nucleicos y sus subimidades más ■ Las células vivas son sistemas abiertos que intercambian
materia y energía con su entorno, extrayendo y canalizan­
sencillas sino que además son capaces de hacerlo en las propor­
ciones precisas que son necesarias para la célula en cualquier do energía para mantenerse en un estado estacionario di­
námico distante del equilibrio. La energía se obtiene de la
situación. Cuando, por ejemplo, se produce un crecimiento ce­
luz solar o de los combustibles, convirtiendo la energía de
lular rápido, deben sintetizarse grandes cantidades de precur­
un flujo electrónico en energía de los enlaces químicos
sores de proteínas y ácidos nucleicos, mientras que en
del ATP.
condiciones de no crecimiento la necesidad de estos precurso­
res se encuentra muy reducida. Los enzimas clave de cada ruta ■ La tendencia de una reacción química a llegar al equilibrio
metabólica están regulados de manera que cada tipo de molécu­ puede expresarse como la variación en su energía libre,
1.4 Fundamentos genéticos 27

AG, que tiene dos componentes: variación de entalpia,


AH, y variación de entropía, A^'. Estas variables se rela­
cionan entre ellas por la ecuación AG = AH-TAS.
Cuando la AG de una reacción es negativa, la reacción es
exergónica y tiende a llegar a su fin; cuando AG es positi­
va, la reacción es endergónica y tiende a avanzar en la di­
rección opuesta. Cuando dos reacciones se suman para
dar lugar a una tercera reacción, la AG de la reacción glo­
bal es la suma de las AG de ias reacciones individuales.
Las reacciones de conversión de ATP en Pi y ADP o en
AMP y PPj son altamente exergónicas (AG negativa y de
valor elevado). Muchas reacciones celulares endergóni­
cas son posibles gracias al acoplamiento, a través de inter­
mediarios comunes, con estas reacciones altamente
exergónicas. (a) (b)

La variación de energía Ubre estándar de una reacción, FIGURA 1-29 Dos escrituras antiguas, (a) El Prisma de Senaquerib, inscrito
AG®, es una constante física relacionada con la constante aproximadamente en el 700 a. C , describe algutws hechos históricos acaecidos
de equilibrio mediante la ecuación AG° = -RT In /feq. durante el reinado del rey Senaquerib en caracteres de la lengua asirla. El Prisma
contiene aproximadamente 20.000 caraaeres, pesa 50 kg y ha sobrevivido prác­
La mayor parte de las reacciones celulares tienen lugar
ticamente intacto durante 2.700 años, (b) La molécula única de DNA de la bac­
a velocidades útiles gracias a que existen enzimas que las
teria E. coli, observada durante el proceso de filtrado hacia el exterior de la célula
catalizan. Los enzimas actúan en parte estabilizando el lisada, es centenares de veces más larga que ia célula misma y contiene codifica­
estado de transición, reduciendo la energía de activación, da toda la información necesaria para especificar la estructura y las funciones de
AG^, e incrementando la velocidad de reacción en muchos la célula. El DNA bacteriano contiene aproximadamente 4,6 millones de caracte­
órdenes de magnitud. La actividad catalítica de los enzi­ res (nucleótidos), pesa menos de 10"^®g y sób ha sufrido cambios menores du­
mas en las células está regulada. rante los últimos millones de años. (Los puntos amarillos y tas manchas oscuras de
El metabolismo es la suma de muchas secuencias de la micrografía electrónica coloreada son artefactos de la preparación.)
reacciones interconectadas en las que se interconvierten
metaboütos celulares. Cada secuencia está regulada de lineal lleva codificadas las instrucciones para formar todos los
manera que produzca lo que la célula necesita en cada demás componentes celulares y actúa además de molde para la
momento y consuma sólo la energía necesaria para ello. producción de moléculas idénticas de DNA que serán distribui­
das a la progenie al dividirse la célula. La perpetuación de una
especie biológica exige que su información genética se manten­
1.4 Fundamentos genéticos ga estable, se exprese de manera precisa en forma de prcxiuctos
génicos y se reproduzca con un mínimo de errores. La correc­
Posiblemente, la propiedad más remarcable de las células y or­ ción y efectividad en el almacenaje, la expresión y la reproduc­
ganismos vivos es su capacidad para reproducirse con fidelidad ción del mensaje genético define a las especies individuales, las
casi perfecta a lo largo de incontables generaciones. Esta conti­ distingue de las demás y asegura su continuidad a lo largo de ge­
nuidad de rasgos heredados significa que, a lo largo de millones neraciones sucesivas.
de años, la estructura de las moléculas que contienen la infor­
mación genética ha debido permanecer constante. Muy pocas
La continuidad genética reside en las moléculas de DNA
huellas históricas de la civilización, incluidas las grabadas sobre
cobre o talladas sobre piedra (Fig. 1-29), han logrado sobrevi­ El DNA es un polímero orgánico largo y delgado, una molécula
vir más de un milenio. Pero existen pruebas convincentes de peculiar que está construida en una dimensión a escala atómica
que las instrucciones genéticas de los organismos vivos han per­ (anchura) y en otra dimensión a escala humana Qongitud: una
manecido prácticamente inalteradas durante períodos mucho molécula de DNA puede medir varios centímetros). Un esper­
más largos; muchas bacterias tienen aproximadamente el mis­ matozoide o un óvulo humanos, que transportan la información
mo tamaño, forma y estructura interna, y contienen el mismo ti­ hereditaria acimiulada a lo largo de miles de millones de años de
po de moléculas precursoras y enzimas que las que vivie­ evolución, transmiten esta herencia en forma de moléculas
ron hace aproximadamente cuatro mil millones de años. Es­ de DNA en las que el mensaje genético está codificado en la se­
ta continuidad en estructura y composición es el resultado de la cuencia lineal de las subunidades de nucleótido unidas covalen­
continuidad en la estructura del material genético. temente.
El descubrimiento de la naturaleza química y la estructura Cuando hablamos de las propiedades de una especie quí­
tridimensional del material genético, el ácido desoxirribonu- mica solemos describir el comportamiento medio de un número
cleico o DNA, se cuenta entre los hitos fundamentales de la muy grande de moléculas idénticas. La predicción del compor­
biología del siglo xx. La secuencia de sus subunidades monomé­ tamiento de una molécula individual en una cantidad de, por
ricas, los nucleótidos (o más exactamente, los desoxirribonu­ ejemplo, un picomol de un compuesto (unas 6 x 10^^ molécu­
cleótidos, tal como se verá más adelante) de este polímero las) resulta difícil, pero es más sencillo predecir el comporta­
28 Fundamentos de bioquímica

miento medio de las moléculas gracias al gran número de ellas producirse la división celular, las dos cadenas de DNA se sepa­
que es posible incluir en este promedio. En este aspecto, el ran y actúan de molde para la síntesis de otra cadena comple­
DNA celular es una excepción. El DNA de una célula de E. coli mentaria nueva, con lo que se generan dos moléculas de doble
es una única molécula que contiene 4,64 millones de pares de hélice idénticas, ima para cada célula hija. Si una cadena resul­
nucleótidos y constituye todo su material genético. Esta molé­ tase dañada, la continuidad de la información queda asegurada
cula única debe replicarse perfectamente en todos sus detalles por la información presente en la cadena complementaria, que
para que E. coli genere una progenie idéntica mediante la divi­ actuará de molde para la reparación de la lesión.
sión celular; en este caso no es, por tanto, posible pensar en un
comportamiento medio, o estadístico. Lo mismo ocurre en to­
das las demás células. Un espermatozoide humano aporta al
óvulo que fecunda una sola molécula de DNA en cada uno de los
23 cromosomas diferentes, que se combinan con una sola molé­
cula de DNA en cada uno de los correspondientes cromosomas
del óvulo. El resultado de esta unión es fácilmente predecible:
un embrión que contiene la totalidad de sus -25.000 genes, for­
mado por 3 mil millones de pares de nucleótidos, e intacto: juna
asombrosa proeza química!

H EJEMPLO PRÁaiC01-1 Fidelidad de la replicadón


del DNA
Calcule el número de veces que se ha copiado el DNA de una cé­
lula de E. coli desde el momento de la aparición de su precursor
bacteriano más ancestral hace aproximadamente 3.500 millo­
nes de años. Considere que, en promedio, se ha producido
una división celular cada 12 horas (esto constituye una sobre­
estimación para las bacterias modernas y probablemente una
infraestimación para las más antiguas).

Soludón:
(1 generación/12 h)(24 h/día)(365 días/año)(3,5 x 10®años)
= 2,6 X 10^^ generaciones.

Una sola página de este libro contiene unos 5.000 caracte­


res, por lo que el libro completo contiene unos 5 millones de ca­
racteres. El cromosoma de E. coli también contiene unos
5 millones de caracteres (pares de bases). Si hiciera una copia a
mano de este libro y la pasase a un compañero de clase para que
la copiara a mano y esta copia ftiese, a su vez, copiada por un
tercer compañero de clase, y así sucesivamente, ¿en qué grado
se parecería cada copia sucesiva al original? Ahora imagine el li­
bro de texto que resultaría después de copiar a mano este ejem­
Cadena 1 Cadena 2 Cadena 1 Cadena 2
plar íunos cuantos billones de veces! vieja nueva nueva vieja

La estructura del DNAhace posible su reparación FIGURA 1-30 Complementariedad entre las dos cadenas del DNA. Ei DNA es un
y replicación confidelidad casi perfecta polímero lineal de cuatro desoxirribonucleótidos desoxiadenilato (A), desoxiguanl-
lato (G), desoxicitidilato (C) y desoxitimidilato (Ti, unidos covalentemente. Cada
La capacidad de las células vivas de preservar su material gené­
uno de ios nucleótidos, gracias a su precisa estructura tridimensional, posee la ca­
tico y duplicarlo para su transmisión a la generación siguiente es pacidad de asociarse muy específicamente, pero no de modo covalenle, con otro
el resultado de la complementariedad estructural entre las dos de los nucleótidos en ia cadena complementaria: A se asocia siempre con su com­
mitades de la molécula de DNA (Fig. 1-30). La unidad básica plementario! y G siempre con C. En ia molécula de DNA de doble cadena, la se­
del DNA es un polímero lineal formado por cuatro subunidades cuencia de nucleótidos de una hebra o cadena es complementaria con la
monoméricas diferentes, los desoxirribonucleótidos, orde­ secuencia de la otra. Las dos cadenas del DNA, unidas por muchos puentes de hi­
nados en una secuencia lineal precisa. En esta secuencia lineal drógeno (representadas aquí por líneas verticales azules) entre los pares de nucle­
se encuentra codificada la información genética. Dos de estas ótidos complementarios, se enrollan una sobre la otra para fomiar la doble hélice
caderwis poliméricas se enrollan una sobre la otra para formar la del DNA. En la replicación del DNA, las dos cadenas (en azul) se separan y se sin­
doble hélice de DNA, en la que cada suburüdad monomérica de tetizan dos cadenas nuevas (en rosa), cada una con una secuencia complementa­
una cadena queda específicamente aparejada con un desoxirri- ria a la de una de las cadenas originales. El resultado es dos moléculas de DNA en
bonucleótido complementario de la cadena opuesta. Antes de doble hélice, cada una de ellas idéntica ai DNA original.
1.5 Fundamentos evolutivos 29

La secuencia lineal del DNAcodifica proteínas piejos poseen sitios de unión específicos y de alta afinidad para
conestructuras tridimensionales las demás y son capaces de formar espontáneamente complejos
funcionales en el medio celular.
La información está codificada en el DNA en su secuencia lineal A pesar de que las secuencias de las proteínas contienen to­
(monodimensional) de subunidades desoximbonucleotídicas, da la información necesaria para alcanzar su estado nativo, tam­
pero la expresión de esta información da como resultado una cé­ bién es necesario un entorno adecuado (de pH, fuerza iónica,
lula tridimensional. La transición entre una y tres dimensiones concentración de iones metálicos, etc.) para que el plegamiento y
ocurre en dos fases. Una secuencia lineal de desoxirribonucleóti­ el autoensamblaje sean correctos. Por tanto, la secuencia del
dos del DNA codiñca (a través de un intermediario, el RNA) la DNA no es capaz por sí sola de dictar la formación de una célula.
producción de una proteína con la secuencia lineal correspon­
diente, en este caso de aminoácidos (Fig. 1-31). La proteína se
pliega adoptando una estructura tridimensional particular, deter­ RESUMEN 1.4 Fundamentos genéticos
minada por su secuencia de anünoácidos y estabilizada principal­ ■ La información genética está codificada en la secuencia li­
mente por interacciones no covalentes. Aunque la forma final de neal de cuatro tipos de desoxirribonucleótidos en el DNA.
la proteína plegada viene dictada por su secuencia de aminoáci­
dos, el proceso de plegamiento recibe la asistencia de proteínas ■ La molécula de DNA en doble hélice contiene un molde in­
que actúan como “chaperonas moleculares” (véase la Fig. 4-29). terno que permite su propia replicación y reparación.
La adopción de una estructura tridimensional precisa, o confor­ ■ La secuencia lineal de aminoácidos de una proteína, codifi­
mación nativa, es crucial para la función de la proteína. cada en el DNA del gen de esa proteína, da lugar a una es­
Una vez que la proteína ha adoptado su conformación nati­ tructura tridimensional proteica que es exclusiva para esa
va, puede asociarse de modo no covalente con otras macromolé­ proteína en un proceso que depende de las condiciones
culas (otras proteínas, o bien con ácidos nucleicos o Iípidos), para ambientales.
formar complejos supramoleculares tales como cromosomas, ri­ ■ Ciertas macromoléculas individuales con afinidad específi­
bosomas y membranas. Las moléculas individuales de estos com- ca para con otras macromoléculas se autoensamblan for­
mando complejos supramoleculares.
Gen de la hexoquinasa
DNA
transcripción del DNA 1.5 Fundamentos evolutivos
en una secuencia de RNA
complementario Nada tiene sentido en biología si no es a la luz
de la evolución.
RNA mensigero \A /\/V — Theodosius Dobzhansky, The American Biology Teacher,
traducción de la secuenda marzo de 1973
de RNA en secuencia polipeptidic
en el ribosoma
Los grandes progresos que se han producido en bioquímica y
Hexoquinasa en biología molecular durante las décadas transcurridas desde
desplegada que Dobzhansky hizo esta contimdente generalización han con­
firmado su validez. El alto grado de similitud entre las vías meta­
plegamiento de la cadena bólicas y las secuencias génicas de organismos de todos los phyla
polipeptídica para adoptar es un robusto ai:gumento a favor de la hipótesis de que todos
la estructura nativa
de la hexoquinasa los organismos modernos descienden de un progenitor evoluti­
vo común a través de una larga serie de pequeños cambios (mu­
taciones), que conferían, en cada caso, una ventsya selectiva a
ATP + glucosa un organismo dado en un nicho ecológico concreto.
ADP + glucosa
Hexoquinasa Los cambios en las instrucciones hereditarias
6 >fosfato
catalíticamente activa
hacen posible la evolución
A pesar de la fidelidad casi perfecta de la replicación genética,
ciertos errores muy poco fi^uentes que no han sido reparados
durante la replicación del DNA producen variaciones en la se­
FIGURA1-31 Del ONA al RNA a iaproteína ai enzima (hexoquinasa). La se­
cuencia lineal de desoxirribonucleótidos del DNA (el gen) que codifica la pro­ cuencia nucleotídica del DNA, dando lugar a una mutación
teína hexoquinasa se transcribe primero en una molécula de ácido ribonucleico (Fig. 1-32) que cambia las instrucciones para alguno de los
(RNA) con secuencia de ribonucleótidos complementaria. La secuencia de RNA componentes celulares. Una reparación incorrecta de una lesión
(RNA mensajero) se traduce posteriormente en la cadena lineal de la proteína en una de las cadenas de DNA tiene el mismo efecto. Las muta­
hexoquinasa, que se pliega para adoptar su confornwción tridimensional nativa, ciones en el DNA que se transmite a los descendientes -es dedr,
a menudo con la ayuda de las chaperonas moleculares. Una vez adoptada su mutaciones en las células reproductoras- pueden ser dañinas o
forma nath^a, la hexoquinasa adquiere su capacidad catalítica: cataliza la fosfo­ incluso letales para el nuevo organismo o célula; pueden, por
rilación de la glucosa usando ATP conoo donador del grupo fosforilo. ejemplo, provocar la síntesis de un enzima defectuoso incapaz de
30 Fundamentos de bioquímica

Gen de la hexoquinasa FIGURA1-32 Dupticacíón génica ymutación: una formade ge­


DNA nerar actividades enzimáticas nuevas. En este ejemplo^ el gen úni­
Un error infrecuente durante co de ia hexoquinasa de un organismo hipotético podría ser
la replicación del DNA duplica copiado accidentalmente dos veces durante la replicación del
el gen de la hexoquinasa ONA, de modo que el organismo acabara teniendo dos copias del
Gen original Gen duplicado gpn, una de ellas superflua. A lo largo de muchas g^eraciones, y
a causa de la repetida duplicación del DNA con dos genes de he­
xoquinasa, se producen errores que, a pesar de su baja frecuencia,
Un segundo error infrecuente
da lugar a una mutación en el dan lugar a cambios en el gen superfluo y en la proteína que codi­
segundo gen de la hexoquinasa fica. En unos pocos casos raros, la proteína producida por este gen
mutante se altera de forma que puede unirse a un nuevo sustrato,
Mutación
galactosa en nuestro caso hipotético. La célula que contiene el gen
mutante ha adquirido una capacidad nueva (metabolismo de la
galactosa), que le puede permitir sobrevivir en un nicho ecológico
'expresión del gen
expresión del ^duplicado y en el que exista suministro de galactosa pero no de glucosa. Si no
gen original ' mutado se produce duplicación génica previamente a la mutación se pier­
de la función original del gen.

ATP -I- glucosa ATP + galactosa

ADP + glucosa ADP + galactosa


6-fosfato 6-fosfato

Hexoquinasa original Hexoquinasa mutante con


(la galactosa no es sustrato) nueva especiñcidad de
sustrato por la galactosa

catalizar una reacción metabólica esencial. Sin embargo, una mu­ convertirían en no viables a las células hija, y demasiado pcxjos,
tación puede dar lugar ocasionalmente a un organismo m ^or que harían imposible la variación genética que permite la supervi­
preparado para sobrevivir en su entomo. El enzima mutante po­ vencia de las células mutantes en nuevos nichos ecológicos.
dría, en este caso, haber adquirido una especificidad ligeramente Varios miles de millones de años de selección adaptativa
diferente que lo convierte en capaz de utilizar cierto compuesto han conducido al refinamiento de los sistemas celulares, hacién­
que la célula era incapaz de metabolizar antes de producirse la dolos capaces de obtener el máximo provecho de las propieda­
mutación. Si una población de células se encontrase en un entor­ des físicas y químicas de los materiales crudos del entomo. Las
no en el que este compuesto fuera el único o el más abundante de variaciones genéticas producidas al azar entre individuos de
los nutrientes disponibles, la célula mutante tendría ventilas se­ una población, combinadas con la selección riatural, han gene­
lectivas sobre las otras células no mutantes (de típo silvestre, rado la evolución de la enorme variedad actual de organismos,
wild type) de la población. La célula mutante y su progenie so­ cada uno de ellos adaptado a su nicho ecológico particular.
brevivirían y prosperarían en el nuevo entomo mientras que las
células del tipo silvestre no dispondrían de nutrientes y perece­
Lasprimeras bíomoiéaiiasaparecieronporevoludón química
rían. Esto es lo que Darwin quiso decir con la expresión “supervi­
vencia del más adaptado en condiciones de presión selectiva”, la En nuestros comentarios anteriores hemos pasado por alto el pri­
base del proceso de la selección natural. mer capítulo de la historia de la evolución: la aparición de la prime­
En ocasiones se produce la introducción de una segunda co­ ra célula viva. Aparte de su presencia en los organismos vivos, los
pia de un gen entero en el cromosoma resultado de una replica­ compuestos orgánicos, entre los que se incluyen las biomoléculas
ción defectuosa del mismo. La segunda copia es superfina, con lo básicas tales como los aminoácidos y los glúcidos, se encuentran
que las mutaciones que se produzcan en este segundo gen no se­ presentes úiücamente en muy pequeñas cantidades en la corteza
rán nocivas; ésta constituye otra forma de evolución celular pues­ terrestre, el mar y la atmósfera. ¿Cómo adquirieron los primeros
to que impUca la prcxiucción de un nuevo gen con una nueva organismos vivos sus sillares estmcturales orgánicos característi­
ftmción al tiempo que se retienen el gen y la función originales. cos? Existe una hipótesis que sostiene que estos compuestos se
Desde este punto de vista, las moléculas de DNA de los organis­ crearon como consecuencia de la acción de poderosas fuerzas at­
mos modernos son como documentos históricos llenos de datos mosféricas -radiación ultravioleta, relámpagos o empciones volcá­
que hablan del largo viaje entre las primeras células y los organis­ nicas- sobre los gases existentes en la atmósfera prebiótica de la
mos actuales. Sin embargo, los datos históricos contenidos en el Tierra y sobre los compuestos inorgánicos cüsueltos en los respira­
DNA no son completos; a lo largo de la evolución se han borrado deros hidrotérmicos de los foiKlos oceánicos.
muchas de las mutaciones, o se ha escrito sobre ellas. A pesar de Esta hipótesis ftie puestaa pmeba en un experimento clásico
ello, las moléculas de DNA son la mejor fuente de historia biológi­ sobre el origen abiótico (no biológico) de las biomoléculas orgáni­
ca disponible. La frecuencia de errores en la replicación del DNA cas realizado en 1953 por Starúey Miller en el laboratorio de Ha­
es finto del equilibrio entre un número excesivo de errores, que rold Urey. Miller sometió mezclas gaseosas similares a las que se
1.5 Fundamentos evolutivos 31

Electrodos los procesos de replicación y reparación de los ácidos nucleicos.


La mutua dependencia de estas dos clases^de biomoléculas ha­
ce que surja una duda desconcertante: ¿Quién apareció primero,
el DNA o las proteínas?
La respuesta podría bien ser que aparecieron al mismo
tiempo y que el RNA les precedió a los dos. El descubrimiento
de que las moléculas de RNA pueden actuar como catalizadores
de su propio proceso de formación sugiere que el RNA o una
molécula similar pudo haber sido a la vez el primer gen y el pri­
mer catalizador. De acuerdo con este concepto (Fig. 1-34),
una de las primeras etapas de la evolución biológica habría sido
la formación al azar, en la sopa primordial, de una molécula de
RNA capacitada para catalizar la formación de otras moléculas
de RNA con la misma secuencia: urui molécula de RNA autorre-
plicante y autoperpetuante. La concentración de moléculas de
RNA autorreplicantes se incrementaría exponencialmente al
formarse dos moléculas a partir de una, cuatro a partir de dos y
así sucesivamente. Es presumible que la fidelidad de la repro­
ducción fuese mucho menos que perfecta, de modo que el pro­
ceso permitiría la generación de variantes de la molécula de
RNA, algunas de las cuales podrían ser más eficaces en su auto­
rreplicación. En la competencia por la utilización de los nucleó­
tidos, las secuencias autorreplicantes más eficientes saldrían
más beneficiadas, mientras que las menos eficientes desapare­
cerían del medio.
FIGURA 1-33 Producción abiótíca de biomoléculas. Aparato de descargas
eléctricas del tipo utilizado por Miller y Urey en los experimentos en que de­
mostraron la fonnación abiótica de compuestos orgánicos en condiciones at­ Formación de la sopa prebiótica, nucleótidos incluidos,
mosféricas primitivas. Después de someter el contenido gaseoso del sistema a a partir de componentes de la atmósfera primitiva
descargas eléctricas se recogieron los productos por condensación. Entre esos
productos se encontraron biomoléculas tales como los aminoácidos.
Producción de moléculas cortas de RNA
con secuencias al azar
presumía que existían en la Tierra prebiótica y que incluían NH3,
CH4, H2O y H2 a descargas eléctricas producidas entre un par de
electrodos (con el fin de simular las descargas de un relámpago)
1
durante periodos iguales o superiores a una semana y a continua­ Replicación selectiva de segmentos catalíticos
de RNA autorreplicantes
ción analizó el contenido del recipiente de reacción que se había
mantenido cerrado (Fig. 1-33). La fase gaseosa de la mezcla re­
sultante conteiüa CO y CO2además de los gases inicíales. La fase
acuosa contenía una mezcla de compuestos orgánicos entre los Síntesis de péptidos específicos,
catalizada por el RNA
que se incluían algunos aminoácidos, hidroxiácidos, aldehidos y
cianuro de hidrógeno (HCN). Este experimento demostró que la
producción abiótica de biomoléculas era posible en tiempos relati­
vamente cortos y en condiciones relativamente suaves.
Experimentos más refinados han demostrado que muchos
de los componentes químicos de las células vivas, entre los que se
incluyen polipéptidos y moléculas parecidas al RNA, se pueden
formar en estas condiciones. Los polímeros de RNA pueden ac­
tuar como catalizadores en ciertas reacciones biológicas (véanse
los Capítulos 26 y 27), por lo que es posible que el RNA jugara un
papel crucial en la evolución prebiótica gracias a su doble capaci­
dad como catalizador y como depositario de la información.

Los primeros genes y catalizadores podrían haber sido


moléculas de RNA o precursores relacionados
En los organismos modernos, los ácidos nucleicos codifican la
infonnación genética que especifica la estructura de los enzi­
mas, mientras que los enzimas poseen la capacidad de catalizar FIGURA 1-34 Pósible situación en un ^mundo de RNA\
32 Fundamentos de bioquímica

De acuerdo con la hipótesis del “mundo del RNA”, la divi­ combustibles inorgánicos tales como el sulfuro ferroso y el car­
sión de funciones entre el DNA (almacenamiento de la informa­ bonato ferroso, ambos muy abundantes en la Tierra primitiva.
ción genética) y las proteínas (catálisis) se produjo en una Por ejemplo, la reacción
etapa más tardía. Se desarrollaron nuevas variantes de molécu­
las de RNA autorreplicantes que poseían la capacidad adicional FeS + HaS-í^FeSa + Hz
de catalizar la condensación de aminoácidos en forma de pépti»
dos. Ocasionalmente los péptidos así formados habrían sido ca­ proporciona energía suficiente para promover la síntesis de ATP
paces de potenciar la capacidad autorreplicativa del RNA, y el y compuestos similares. Los compuestos orgánicos que estas
conjunto RNA-péptido podría haber sufrido variaciones secuen­ células requerían podrían haber aparecido como consecuencia
ciales que generarían moléculas aun más eficientes. El impor­ de la acción no biológica de las tormentas eléctricas o del calor
tante descubrimiento de que en la maquinaria encargada de la debido a la actividad volcánica o a los respiraderos hidrotérmi-
síntesis de proteínas (ribosomas) son moléculas de RNA, y no cos de los océanos sobre componentes de la atmósfera primiti­
de proteína, las que catalizan la formación del enlace peptídico, va tales como el CO, el CO2, el N2, el NH3*y el CH4 Se ha
está de acuerdo con la hipótesis del mundo del RNA. propuesto una fuente alternativa de compuestos orgánicos: el
Cierto tiempo después de la evolución de este sistema primi­ espacio extraterrestre. En 2006, la núsión espacial Stardust tra­
tivo de síntesis de proteínas se prodigo otro avance: aparecieron jo pequeñas partículas de polvo de la cola de un cometa que
moléculas de DNA con secuencias complementarias a las de RNA contenían diversos compuestos orgánicos.
autorreplicante, que reemplazaron a estas últimas en la función Los primeros organismos unicelulares fueron adquiriendo
de conservar la información “genética”, mientras que las molécu­ gradualmente la capacidad de obtener energía a partir de com­
las de RNA evolucionaron para actuar en la síntesis de proteínas. puestos de su entorno y de utilizar esa energía para sintetizar
(En el Capítulo 8 se explica la razón de que el DNA sea una molé­ una cantidad creciente de sus propias moléculas precursoras
cula más estable que el RNA y, por tanto, un mejor depositario de para ser gradualmente menos dependientes de fuentes exter­
la información hereditaria.) Las proteínas demostraron poder nas. Un acontecimiento evolutivo muy significativo fue el desa­
comportarse como catalizadores versátiles y asumieron con el rrollo de pigmentos capaces de capturar la energía de la luz
tiempo esta función. Los compuestos lipídicos de esta sopa pri­ visible del sol y usar su energía en la reducción o “fijación” del
mordial pudieron formar capas relativamente impermeables ca­ CO2 para producir compuestos orgánicos más complejos. Es
paces de envolver a grupos de moléculas autorreplicantes. La probable que el donador de electrones original para estos pro­
concentración de proteínas y ácidos nucleicos en el interior de cesos fotosintéticos fuera el H2S, que genera azufre elemental
estos compartimientos lipídicos favoreció las interacciones mole­ o sulfato (SOt") como productos secundarios; posteriormente,
culares necesarias para los procesos de autorreplicación. otras células desarrollaron la capacidad enzimática de utilizar
H2O como donador de electrones en las reacciones fotosintéti­
cas, lo que implicaba la eliminación de O2como producto de de­
La evolución biológica empezó hace más de tres mil
secho. Las cianobacterias son los descendientes modernos de
quinientos millones de años estos primitivos productores fotosintéticos de oxígeno.
La Tierra se formó hace aproximadamente 4.600 millones de Dado que la atmósfera de la Tierra prácticamente no contenía
años, y la primera prueba concluyente de la existencia de vida es oxígeno en los primeros estadios de la evolución biológica, las célu­
de más de unos 3.500 millones de años. En 1996, científicos que las primitivas eran anaeróbicas. En estas condiciones, los quimió­
trabajaban en Groenlandia encontraron pruebas químicas de vida trofos podían oxidar compuestos orgánicos a CO2 sin transferir
C‘moléculas fósiles”) de ima antigüedad de unos 3.850 millones electrones al O2sino a aceptores tales como el SOf", dando H2S co­
de años consistentes en formas de carbono incrustadas en roca mo producto. Con la aparición de las bacterias fotosintéticas pro­
que parecían tener im origen claramente biológico. En algún lu­ ductoras de O2, la atmósfera fue enriqueciéndose progresivamente
gar de la Tierra y durante los primeros mil millones de años, apa­ en oxígeno, un poderoso oxidante y un veneno mortal para los or­
reció el primer organismo simple, capaz de replicar su propia ganismos anaeróbicos. Respondiendo a la presión evolutiva de lo
estructura a partir de un molde (¿RNA?) que fue el primer mate­ que Lynn Margulis y Dorion Sagan han llamado el “holocausto del
rial genético. Dado que en los tiempos del amanecer de la vida la oxígeno”, algunos linajes de microorganismos dieron lugar a los
atmósfera terrestre era prácticamente carente de oxígeno, y ade­ aerobios que obtenían su energía mediante el transporte de elec­
más existían pocos microorganismos que pudieran consumir los trones desde moléculas de combustible hacia el oxígeno. Gracias a
compuestos orgánicos formados mediante procesos naturales, que las transferencias de electrones desde moléculas orgánicas al
éstos eran relativamente estables. Sumada esta estabilidad y O2 desprenden mucha energía, los organismos aeróbicos disñiata-
eones de tiempo, lo improbable acabó volviéndose inevitable: ron de ventajas energéticas sobre los anaeróbicos cuando ambos
los compuestos orgánicos se incorporaron a células en evolución competían en un ambiente que contenía oxígeno. Esta ventaja dio
para producir catalizadores autorreplicativos cada vez más efec­ como resultado el predominio de los organismos aeróbicos en am­
tivos. El proceso de evolución biológica había empezado. bientes ricos en O2.
Las bacterias y arqueas actuales habitan en la práctica to­
talidad de nichos ecológicos de la biosfera habiendo organismos
La primera célula utilizó probablemente
capaces de usar casi todos los tipos de compuestos orgárücos
combustibles inorgánicos como fuente de carbono y energía. Los microbios fotosintéticos
Las primeras células aparecieron en una atmósfera reductora de aguas dulces y saladas captan la energía solar y la utilizan en
(no había oxígeno) y, probablemente, obtuvieron la energía de la formación de glúcidos y demás compuestos celulares, los
1.5 Fundamentos evolutivos [ 33“

cuales por su parte son utilizados como alimento por otras for­ yor cantidad de DNA, se perfeccionaron ios mecanismos necesa­
mas de vida. El proceso evolutivo continúa, y en el caso de las rios para su plegamiento en complejos discretos con proteínas es­
bacterias de reproducción rápida en una escala de tiempo que pecíficas y para su división equitativa entre células hijas durante
nos permite observarlo en el laboratorio. La producción de “pro- la división celular. Fueron necesarias proteínas especializadas pa­
tocélulas” en el laboratorio implica la determinación del núme­ ra la estabilización del DNA plegado y para la segregación de los
ro mínimo de genes necesario para la vida a partir de la complejos proteína-DNA resultantes (cromosomas) durante la
observación de los genomas de bacterias sencillas. El genoma división celular. En segundo lugar, al aumentar el tamaño de las
más pequeño conocido de una bacteria viva es el de Mycobacte­ células, se desarrolló un sistema de membranas Íntracelulares
rium genitaíium, que comprende 580.000 pares de bases que que incluye una membrana doble que rodea el DNA. Esta mem­
codifican 483 genes. brana segregó el proceso nuclear de síntesis de RNA a partir de
un molde de DNA del proceso citoplasmático de la síntesis de
proteínas en los ribosomas. Finalmente, las células eucarióticas
La$células eucarióticas evolucionaron a partir de primitivas, incapaces de llevar a cabo la fotosíntesis o de usar me­
precursores más sencillos a través de diversas fases tabolismo aeróbico, conjugaron sus ventajas con las de las bac­
terias aeróbicas o fotosintéticas para formar asociaciones endo-
A partir de hace aproximadamente L500 millones de años, el
simbióticas que se convirtieron en permanentes (Fig. 1-36).
registro fósil empieza a mostrar pruebas de la existencia de or­
Algunas bacterias aeróbicas evolucionaron para dar lugar a las
ganismos mayores y más complejos, probablemente las prime­
mitocondrias de los eucariotas modernos y algimas cianobacte­
ras células eucarióticas (Fig. 1-35). No es posible deducir
rias fotosintéticas se convirtieron en plastos, tales como los cloro­
detalles acerca de los pasos evolutivos entre procariotas y
plastos de las algas verdes, probables ancestros de las modernas
eucariotas únicamente a partir del registro fósil, pero de la
células vegetales.
comparación morfológica y bioquímica de los organismos mo­
En alguna fase posterior de la evolución, los organismos
dernos se deduce la probable existencia de una secuencia de
unicelulares descubrieron las ventajas de la asociación, que les
acontecimientos consistente con los datos aportados por los
permitió adquirir mayor movilidad, eficiencia y éxito reproduc­
fósiles.
tivo que sus competidores unicelulares. El proceso de evolución
A lo largo del proceso deben haberse producido tres cam­
posterior de estos organismos organizados en grupos dio lugar a
bios principales. En primer lugar, al ir adquiriendo las células ma-
asociaciones permanentes entre células individuales y, final­
0 r mente, a la especialización en el seno de la colonia, es decir, a la
diferenciación celular.
Las ventajas de la especialización celular impulsaron la
Diversifícación de los eucariotas pluri­ evolución de organismos cada vez más complejos y altamente
500 celulares (plantas, hongos, animales)
diferenciados, en los que ciertas células llevaban a cabo las fun­
ciones sensoriales, otras las funciones digestivas, fotosintéticas
Aparición de las algas rojas y verdes o reproductivas y así sucesivamente. Muchos de los organismos
1.000
Aparición de los endosimbiontes multicelulares modernos contienen centenares de tipos celula­
(mitocondrias, plastes) res distintos, estando cada uno de ellos especializado en alguna
función necesaria para el organismo en su conjimto. Los meca­
1.500 - Aparición de los protistas, los primeros nismos fundamentales que aparecieron inicialmente han segui­
eucariotas
do un proceso de refinamiento y mejora a lo largo de la
evolución. En el movimiento de los cilios de Paramecium y de
2.000 los flagelos de Chlmnydorrbonas subyacen las mismas estructu­
ras y mecanismos empleados en, por ejemplo, las altamente di­
ferenciadas células espermáticas de los vertebrados.
I 2.500 _ Aparición de las bacterias aeróbicas
Desarrollo de una atmósfera rica en O2
La anatomía molecular revela relaciones evolutivas
3.000 Los bioquímicos disponen actualmente de un creciente y enor­
Aparición de las cianobacterias fotosintéticas
memente rico repertorio de datos sobre la anatomía molecular
productoras de O2
de las células con el que analizar las relaciones evolutivas y re-
Aparición de las bacterias fotosintéticas finar la teoría de la evolución. Se ha determinado la secuencia
3.500 del azufre
Aparición de los metanógenos del genoma, la información genética completa de un organis­
mo, de centenares de bacterias, más de 40 arqueas y un núme­
ro creciente de microorganismos eucarióticos tales como
4.000 ^ Fórmadón de océanos y continentes
Saccharomyces cerevisiae y especies de Plasmodium; de
plantas como Arabidopsis thaliana y arroz, y también de ani­
males multicelulares como por ejemplo Caenorhabdüis ele­
4.500 - Formación de la Tierra gans (un gusano), Drosophila melanogaster (la mosca del
vinagre), el ratón, la rata y Homo sapiens (Tabla 1-2). La dis­
FICURA1-35 Hitos principales en la evolución de la vida en la Tierra. ponibilidad de estas secuencias y la posibilidad de llevar a
34 Fundamentos de bioquímica

El sistema simbiótico ahora


puede llevar a cabo tm
catabolismo aeróbico.
El metabolismo Al^^os genes bacterianos
anaeróbico es La bacteria queda migran hacia el núcleo y lo6
ineficiente porque los atrapada en un endosimbiontes bacterianos
combustibles no se eucariota ancestral y se se convierten en
oxidan completamente multiplica en suinterior mitocondrias

Eucariota anaeróbico
ancestral

Genoma ^ Cloroplasto
danobactcriano

Cianobacteria Eucariota
Bacteria aeróbica fotosintética fotoñntético
La cianobacteria
atrapada se convierte en
El metabolismo La energía de la luz se utiliza un end08imbi<mte y se Ck>nel tiempo, algunos
aeróbico es eficiente para sintetizar biomoléculas multiplica; la nueva célula genes cianobacterianos
porque el combustible a partir de CO2 produce ATP utilizando la migran hacia el núcleo
es oxidado hasta CO2 energía de la luz solar y los endosimbiontes se
convierten en plastos
(cloroplastos)

FIGURA 1-36 Evolución de los eucariotas mediante endosimbiosis. La cé­ condrias. Cuando las cianobacterias fotosintéticas (verde) se convirtieron
lula eucariótica original, un organismo anaerobio, asimiló bacterias púrpura también en endosimbióticas de algunos eucariotas aeróbicos, estas células se
endosimbióticas (de color amarillo) que poseían la capacidad de llevar a ca­ convirtieron en los precursores fotosintéticos de las algas verdes y plantas
bo catabolismo aeróbico y se convirtieron, con el paso del tiempo, en mito- modernas.

cabo comparaciones detalladas y cuantitativas entre especies cuando se encuentra que una secuencia gérüca recién secuen-
permitirá profundizar en el proceso evolutivo. Hasta ahora, la ciada es altamente ortóloga con un gen de otra especie se supo­
filogenia molecular derivada de las secuencias génicas es con­ ne que el gen codiñca una proteína con la misma fimción en las
sistente con la filogenia clásica basada en estructuras macros­ dos especies. De este modo resulta posible deducir la función
cópicas, y en muchos casos es más precisa. La unidad de la de los productos génicos a partir de la secuencia genómica, sin
vida a nivel molecular es evidente a pesar de la continua di­ necesidad de caracterización bioquímica alguna del producto
vergencia de los organismos a rúvel anatómico; las estructuras génico. Un genoma anotado contiene, además de la secuencia
y los mecanismos moleculares son marcadamente similares del DNA, una descripción de la función probable de cada pro­
entre los orgaiüsmos más simples y los más complejos. Es a ni­ ducto génico deducida a partir de las comparaciones con otras
vel de las secuencias dónde estas similitudes se aprecian me­ secuencias genómicas con funciones proteicas establecidas. En
jor, ya sea en las del DNA que codifica las proteínas o en las de ocasiones, la identificación de las rutas (conjuntos de enzimas)
las proteínas mismas. codificadas en un genoma, penrúte deducir directamente las ca­
Cuando dos genes comparten secuencias muy similares fá­ pacidades metabólicas de un organismo.
cilmente detectables (en la secuencia de nucleótidos de su DNA Las diferencias secuenciales entre genes homólogos pue­
o en la secuencia de aminoácidos de las proteínas codificadas), den utilizarse como una primera aproximación para medir el
se dice que sus secuencias son homólogas y que las proteínas grado de divergencia evolutiva que presentan dos especies,
que codifican son liomólogos. Si una misma especie contiene es decir, el tiempo transcurrido desde que su precursor evolu­
dos genes homólogos, estos dos genes y sus productos protei­ tivo común dio lugar a dos líneas con diferente camino evolu­
cos se denominan parálogos. Se piensa que los genes parálo­ tivo. A mayor número de diferencias secuenciales, mayor será
gos han aparecido por duplicación génica seguida de cambios el tiempo transcurrido desde la divergencia. Es posible cons­
graduales en las secuencias de cada una de las dos copias. Ge- truir una filogenia (o árbol evolutivo) en el cual la distancia
neralmente, las proteínas parálogas son similares no úiücamen- evolutiva entre dos especies cualesquiera se represente por
te en secuencia sino también en estructiu^ tridimensional, su proximidad en el árbol correspondiente (se muestra un
aunque es habitual que hayan adquirido funciones cüferentes a ejemplo en la Fig. 1-4).
lo largo de su evolución. A lo largo de la evolución van apareciendo nuevas estructu­
Dos genes (o proteínas) homólogos de especies diferentes ras, procesos o mecanismos reguladores que reflejan los cam­
se denominan ortólogos. Es frecuente observar que los ortólo­ bios en los genomas de los organismos en evolución. Ei genoma
gos tienen la misma función en ambos organismos, por lo que de un eucariota simple tal como la levadura debería poseer
1.5 Funddmentos evolutivos 35

TABLA 1-2
Tamaño del genoma Numero de
Organismo (pares de nucleótidos) Interés biológico

Mycoplasmagenitalium 5,8 X 10® 4,8 X El organismo más pequeño


Treponemapallidum 1,1 X 10® 1,0 X 10® í^oduce la sífilis
Borrelia burgdorferi 9,1 X 10® 8,5 X 10^ Produce la enfermedad de Lyme
Helicobacterpylori 1,7 X 10* 1,6 X 10® Produce úlceras gástricas
Methanococcusjannaschii 1,7 X 10® 1,7 X 10® Arquea; ¡crece a 85 ®C!
Haemophüus ivfiuenzae 1,8 X 10® 1,6 X 10® Produce la gripe bacteriana
ArchaeoglobiisfulgidiLS 2,2 X 10* 2,4 X 10® Metanógeno a alta temperatura
Synechocystis sp. 3,6 X 10® 3,2 X 10® Cianobacteria
Bacülus subtüis 4,2 X 10® 4,1 X 10® Bacteria común del suelo
Escherichia coli 4,6 X 10® 4,4 X 10® Algunas cepas son patógenas
Saccharomyces cerevisiae 1,2 X 10^ 5,9 X 10® Eucariota uiúcelular
Plasmodiumfolciparum 2,3 X 10'^ 5,3 X 10® Produce la malaria humana
Caenorhabdüis elegans 1,0 X 10» 2.3 X 10“ Gusano multicelular
Anophelesgambiae 2,3 X 10® 1,3 X IO"* Vector de la malaria
Arabidopsis thaliana 1,2 X 10® 3,2 X 10“ Planta modelo
Oryzasativa 3,9 X 10® 3,8 X 10“ Arroz
Drosophila meUxnogaster 1,2 X 10® 2,0 X 10“ Mosca de laboratorio
Mus muscuíus domesticas 2,6 X 10* 2,7 X 10“ Ratón de laboratorio
Pan troglodytes 3,1 X 10® 4,9 X 10“ Chimpancé
Homo sapiens 3,1 X 10® 2,9 X 10“ Ser humano

Fuente: Página en RefSeq de cada organismo en www.ncbi.nim.nih.gov/genomes.

genes relacionados con la fonnación de la membraita nuclear, culas a través de las membranas plasmáticas suponen una
no presentes en los procariotas. El de un insecto contendrá ge­ importante proporción de genes en las tres especies, mayor
nes que codifiquen proteínas involucradas en la especificación en la bacteria y la planta que en el mamífero (el 10% de los
de los segmentos corporales característicos de los insectos, -4.400 genes de E. coli, - 8% de los -32.000 genes deA. thor
unos genes que no se esperan en el genoma de la levadura. El liana y -4% de los -29.000 genes de H. sapiens). Los genes
genoma de todos los vertebrados debe contener genes que es­ que codifican las proteínas y el RNA necesarios para la síntesis
pecifiquen el desarrollo de una columna vertebral, y los mamífe­ proteica representan entre el 3% y el 4% del genoma de E. co­
ros deben poseer en exclusiva aquellos genes necesarios para el li, pero en las células más complejas de A. thaliana son nece­
desarrollo de la placenta, una característica de los mamíferos y sarios más genes para dirigir las proteínas a su localización
así sucesivamente. La comparación de genomas completos de celular final que para la propia síntesis proteica (aproximada­
diferentes especies de cada phylum está permitiendo la identi­ mente el 6% y el 2% del genoma, respectivamente). En gene­
ficación de genes críticos para los cambios evolutivos en el plan ral, cuanto más complejo es el organismo, mayor es la
corporal y el desarrollo. proporción de su genoma que codifica genes implicados en la
regulación de procesos celulares y menor la proporción de
La genómica funcional permite deducir ia correspondencia los dedicados a los procesos básicos, tales como la generación
de ATP y la síntesis de proteínas.
entre genes y procesos celulares específicos
Cuando la tarea de la secuenciación del genoma y de la asigna­ La comparación de genomas tiene una importancia cada
ción de funciones a cada uno de los genes ha concluido, los in­
vez mayor en la biología y medidna humanas
vestigadores en genética molecular pueden agrupar genes de
acuerdo con los procesos en los que intervienen (síntesis del Los genomas del chimpancé y del ser humano son idén-
DNA, síntesis proteica, generación de ATP, etc.) y deducir qué ticos en un 99,9% y, a pesar de ello, las diferencias entre
fracción del genoma está dedicada a cada una de las activida­ las dos especies son muchas. Las relativamente pocas diferen­
des celulares. El conjunto más numeroso de genes de E. coli, cias en dotación genética deben explicar la posesión del lengua­
A. thalianayH. sapiens es el de los genes de función (de mo­ je por parte de los humanos, las extraordinarias cualidades
mento) desconocida y representa más del 40% en cada una de atléticas de los chimpancés y muchísimas diferencias más. La
esas especies. Los transportadores de iones y pequeñas molé­ comparación de los genomas permitirá a los investigadores la
36 Fundamentos de bioquímica

icientificación de genes que pudieran estar relacionados con las


Palabrasclave
divergencias en los programas de desarrollo de los seres huma­
nos y de otros primates y con la aparición de funciones comple­ Todos los términos estándefinidos en el glosario.
jas tales como el lenguaje. La imagen resultante será tanto más
clara cuanto mayor sea el número de genomas de primates se- metabolito 3 variación de energía Ubre,
cuenciados y disponibles para su comparación con el genoma núcleo 3 AG 22
humano. genoma 3 reacción endergónica 2 2
De manera parecida, las diferencias en la dotación genética eucariota 3 reacción exergónica 2 2
entre humanos son ínfimas en comparación con las diferen­ procariota 3 equilibrio 23
cias entre humanos y chimpancés pero, a pesar de eUo, estas Bacteria 4 variación de energía libre
diferencias dan cuenta de la variedad entre individuos, como Archaea 4 estándar, 24
por ejemplo, en la salud y en la susceptibilidad a las enfermeda­ citoesqueleto 8 enei^a de activación,
des crónicas. Todavía debemos aprender mucho acerca de la va­ estereoisómeros 15 AG*2 b
riabilidad secuencial entre humanos y la información genómica configuración 15 catabolismo 25
disponible transformará los conceptos en el diagnóstico y trata­ centro quiral 16 anabolismo 25
miento médicos. Podemos esperar que los tratamientos paliati­ conformación 18 metabolismo 25
vos den paso a remedios curativos en los casos de algunas entropía, S 22 biología de sistemas 26
enfermedades genéticas y que se propongan medidas preventi­ entalpia, H 22 mutación 29
vas cada vez más efectivas relacionadas con la susceptibilidad a
enfermedades asociada con ciertos marcadores genéticos con­
cretos. La “historia clínica” de hoy podría ser pronto reemplaza­ Bibliografía
da por un “pronóstico clínico”. ■
General
Fríedman, H.C. (2004) From **BulyriJbacteHum” to co/t”: an
essay on unity in biochemistry. Perspect. Biol Med. 47,47-66.
RESUMEN 1.5 Fundamentos evolutivos Fruten, J.S. (1999) Proteins, Enzymes, Genes: The Interplay
oJChemistry and Biochemistry, Yale University Press, New Haven.
■ Ciertas mutaciones en la herencia genética dan lugar a Un distinguido historiador de la bioquímica describe el desarrollo
organismos mejor adaptados a la supervivencia en un ni­ de esta ciencia y discute acerca de su impacto en la medicina, la far­
cho ecológico determinado y a la selección preferente de macia y la agricultura.
su progenie. Este proceso de mutación y de selección Harold, F.M. (2001) The Way of the CelL Molecules, Org(misms,
constituye la base de la evolución darwiniana que ha dado and the Order ofLífe, Oxford University Press, Oxford.
como resultado los organismos existentes en la actualidad Jndson, H.F. (1996) The Eighth Day of Creation: The Makers qf
a partir de la primera célula y explica la similitud funda­ the RevohUion in Biology, edición ampliada, Coid Spring Harbor
Laboratory Press, Coid Spring Harbor, NY
mental entre todos los organismos vivos.
Un relato autorizado y muy interesante sobre la aparición de la
■ La vida apareció hace aproximadamente 3.500 millones de bioquímica y la biología molecular en el siglo xx.
años, probablemente gracias a la formación de comparti­ Komberg, A. (1987) The two cultures: chemistry and biology.
mientos rodeados de membrana que contenían moléculas Biochemistry 26,6888-6891.
La importancia de aplicar técrücas químicas a problemas biológi­
de RNA capaces de autorreplicarse. Los componentes de
cos descrita por un eminente investigador.
la primera célula surgieron probablemente como producto
Monod, J. (1971) Chance and Necessity, Alfred A. Knopf, Inc., New
de la acción de chimeneas térmicas en los fondos marinos
York. (Edición en rústica Vintage Books, 1972.JEdición original en
o por acción de las descargas eléctricas y las elevadas tem­ francés (1970) Le hasarú et la nécessité, Editions du Seuil, Paris.
peraturas sobre moléculas atmosféricas sencillas tales Una exploración de las implicaciones filosóficas del conocimiento
como CO2y NH3. biológico.
Morowitz, HJí. (2002) The Emergence ofEverything (How the
■ Las proteínas y el DNA, respectivamente, fueron reempla­
World Became Complex), Oxford University Press, Oxford.
zando a lo largo del tiempo las funciones catalítica y gené­ Una discusión corta y bellamente escrita sobre la aparición de
tica del genoma de RNA primigenio. organismos complejos a partir de principios simples.
■ Las células eucarióticas adquirieron la capacidad de lle­ Face, N.R. (2001) The universal nature of biochemistry. Proc. NatL
var a cabo la fotosíntesis y la fosforilación oxidativa de Acad. Sci. USA 98,805-808.
Una breve discusión sobre la definición mínima de vida.
bacterias endosimbióticas. En los organismos multicelu­
lares, líneas celulares diferenciadas se especializan en Fundamentos celulares
una o más fimciones esenciales para la supervivencia Becker, W.M., Kleinsmith, L.J., & Hardin, J. (2005) The World qf
del organismo. the Ceü, 6th edn, The Beryamin/Cummings Publishing Company, Red-
wood City, CA.
■ El conocimiento de las secuencias nucleotídicas genó­
Un excelente libro de texto introductorio a la biología celular.
micas completas de organismos de diferentes ramas
Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, CA., Krieger, M.,
del árbol filogenético proporciona datos sobre la evo­ Scott, M.R., Ziporsky, S.L., & Damell, J. (2004) Molecular Ceü
lución y ofrece enormes oportunidades a la medicina Biology, 5th edn, W. H. Freeman and Company, New York.
humana. Un texto soberbio, útil para éste y posteriores capítulos.
Problemas 37

Purves, W.K., Sadava, D., HeUer, H.C., & Oríans, G.H. (2003) Li- Una colección de casi 100 artículos sobre todos los aspectos de la
fe: The Science ofBiology, 7th edn, W. H. Freeman and Company, evolución prebiótica y de la evolución biológica primaria; probable­
New York. mente la m^or referencia sobre evolución molecular.
Gesteland, R.F., Atkins, JJ*., & Cech, T.R. (eds). (2006) The
Fundamentos químicos
RNA Wortd, CoWSpring Harbor Laboratory Press, Cdd Spring
Barta, N.S. & Stille, J.R. (1994) Grasping tíie concepts of stereo- Harbor, NY.
chemistiy. J. Chem Educ. 71,20-23. Una colección de interesantes revisiones sobre un amplio número
Una clara descripción del sistema RS de nomenclatura de los este­ de temas relacionados con el mundo de RNA.
reoisómeros, con consejos prácticos para determinar y recordar la qui­ Lazcano, A. & Miller, S.L. (1996) The origin and eariy evolution
ralidad de los isómeros. of life: prebiotic chemistry, the pre-RNA worid, and time. CeU 85,
Vollhardt, K.P.C. & Shore, N.E. (2007) Quirmca orgánica: Estruc­ 793-798.
tura yfundón^ 5* ed.. Ediciones Omega, S.A., Barcelona. Breve revisión de los progresos recientes en los estudios sobre el
Discusiones actualizadas sobre estereoquímica, grupos funciona­ origen de la vida: atmósferas primitivas, surgendas submarinas, origen
les, reactividad y la química de las principales clases de biomoléculas. autotrófico frente a origen heterotrófico, los mundos de RNA y pre-
RNA y el tiempo requerido para que se originase la vida.
Fundamentos físicos Margulis, L. (1996) Archaeal-eubacterial mergers in the origin of
Atltíns, P.W. & Jones, L. (2005) Chemical Principies: The Quest Eukarya: phylogenetic classification of life. Proc. NaJtL Acad Sci.
forinsight, 3rd edn, W. H. Freeman and Company, New York. USA 93,1071-1076.
Atkins, P.W. & de Paula, J. (2006) Physical Chemistryfor the Life Describe los argumentos que justifican la división de los seres
Sderices, W. H. Freeman and Company, New York. vivos en cinco reinos: Monera, Protoctista, Fungi, Animalia, Plantae.
(Compárese con el artículo de Woese et al., atado más adelante.)
Blum, H.F. (1968) T^me'sArrau) and Evotulion, 3rd edn, Princeton
University Press, Princeton. Margulis, L., Gould, S.J., Schwartz, K.V., & Margulis, A.R.
Excelente discusión sobre la influencia de la segunda ley de la ter­ (1998) Five Kingdoms: An lUustrcUed Gmde to the Phyla qfLife
modinámica en la evolución biológica. on Earth, 3rd edn, W. H. Freeman and Company, New York.
Descripción de los principales grupos de organismos, bellamente
Fundamentos genéticos ilustrada con micrografías electrónicas y dibujos.
Mayr, E. (1997) This Is Biology: The Science of the Living World,
Grilñths, A.J.F., Wessler, S.R., Lewinton, R.C., Gelbart, W.M.,
Belknap Press, Cambridge, MA.
Sozuld, D.T., & Miller, JJH. (2004) An Introduction to Genetic
Una historia del desarrollo de la denda, con énfasis especial en la
Analysis, W. H. Freeman and Company, New York. evolución darwiniana y a cargo de un eminente darwirústa.
HartweU, L., Hood, L., Goldberg, M.L., Silver, L.M., Veres, R.C.,
Miller, SX. (1987) Which organic compounds could have occurred on
& Reynolds, A. (2003) Genetics: From Genes to Genomes, McGraw-
the prebiotk: earth? Coid Spring Harb. Symp. QumiL Biol 52,17-27.
HiU, New York.
Resumen de los experimentos de laboratorio sobre evoludón quí­
International Human Genome Sequencing Consortium (2001) mica, a cargo de la persona que Uevó a cabo el experimento original de
Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 409, MiUer-Urey
860-921. Woese, C.R. (2002) On the evolution of cells, Proc. Nati Acad Sci
Jacob, F. (1973) The Logic of Life: A History ofHeredüy, Pantheon USA 99,8742-8747.
Books, Inc., New York. IVaducción del original (1970) La logique du Una revisión corta y precisa.
mvant: une historie de Vhérédité, Editions Gallimard, París. Woese, C.R. (2004) A new biology for a new century. MicrobioL MoL
Fascinante descripción histórica y filosófica del camino gracias al
Biol Rev. 68.173-186.
cual hemos llegado al actual grado de comprensión de la vida a rüvel Desarrollo del pensamiento moderno acerca de la evolución celu­
molecular. lar por uno de los pensadores centrales en el campo.
Klug, W.S. & Cummings, M.R. (2002) Concepts of Genetics, 7th Woese, C.R., Kandler, O., & Wheelis, MX. (1990) Towards a
edn, Prentice Hall, Upper Saddle River, NJ. natural system of organisms: proposal for the domains Archaea,
Pierce, B. (2005) Genetics: A Conceptual Approach, 2nd edn, Bacteria, and Eucarya. Proc. Nati Acad. Sci USA 87,4576-4579.
W. H. Freeman and Company, New York. Describe los argumentos que justifican la división de los seres
vivos en tres reinos. (Compárese con el artículo de Margulis (1996)
Fundamentos evolutivos citado antes.)
Brow, J.R, & DooUttle, W.F. (1997) Archaea and the prokaryote-to-
eukaryote transition. Microbiol. Mol. Biol Rev. 61,456-502.
Una completa discusión sobre los argumentos que permiten situar Problemas--------------------------------------------
los Arquea en el árbol filogenético que conduce a los organismos multi­ A continuación se proponen algunos problemas relacionados
celulares. con el contenido del capítulo. (Al resolver los problemas del fi­
Carrol!, S.B. (2005) Endless Forms Most BeautifuL The New nal de los capítulos puede ser conveniente referirse a las tablas
Science ofEvo Devo aivA the Making of theAnimal Kingdom, que se encuentran en la contracubierta posterior.) Cada proble­
W.W. Norton & Company, Inc., New York. ma redbe un título para facilitar su referencia y discusión. Re­
CarroU, S3. (2006) TheMaking qfthe Fittesl: DNA and the Ultímate cuerde que en los problemas numéricos las respuestas deben
Forensic Record ofEhx)lutio7 i, W.W. Norton & Company, Inc., NewYork. expresarse con el número adecuado de cifras significativas. En
el Apéndice B se encuentran las soludones abreviadas; las solu­
de Duve, 0. (1995) The beginnings of life on earth. Am. Sci 83,
428-437. ciones completas se publican en la AbsoíiUe UUimate Study
Explicación de la sucesión de pasos químicos que condiyo a los Guide to Accompany Principies of Biochemistry.
primeros organismas vivos. 1. El tamaño de las células y sus componentes
de Duve, 0. (1996) The birth of complex ceDs. Sci Am 274 (April), (a) Si se pudiera hacer crecer una célula 10.000 veces (que
50-57. es el típico aumento que se consigue con un nücroscopio), ¿qué
Evolution of Catalytic Function. (1987) Coid Spring Harb. Symp. tamaño tendría? Se supone que se observa una “típica” célula
QuanL BioL 52. eucariótica con un diámetro celular de 50 fim.
3« Fundamentos de bioquímica

(b) Si esta célula fuera una célula muscular (miocito), relación superficie-volumen de una ameba globular, una célula
¿cuántas moléculas de actina podría albergar? (Suponga que la eucariótica de gran tamaño (150 /xm de diámetro). El área de
célula muscular es esférica y que no hay otros componentes una esfera es 47rr^.
presentes; las moléculas de actina son esféricas con un diáme­
5. IVansporte axonal rápido Las neuronas poseen extensio­
tro de 3,6 nm. El volumen de una esfera es de 4/37tt^.)
nes largas y finas denominadas axones, que son estructuras es­
(c) Si la célula fuera una célula hepática (hepatocito) de las
mismas dimensiones, ¿cuántas mitocondrias podría contener? pecializadas que conducen señales a través del sistema nervioso
de un organismo. Algunas extensiones axonales pueden tener
(Suponga que la célula es esférica, que no hay otros componen­
hasta 2 m, como por ejemplo, los axones que se originan en la
tes presentes y que la mitocondria es esférica con un diámetro
de 1,6 ftm.) médula espinal y terminan en los músculos de los dedos de los
pies. Pequeñas vesículas membranosas que transportan mate­
(d) La glucosa es el principal nutriente energético para la
riales esenciales para la función axonal se mueven a lo largo de
mayoría de células. Suponiendo que está presente en concen­
microtúbulos del citoesqueleto, desde el cuerpo de la célula
traciones de 1 mM, calcule cuántas moléculas de glucosa esta­
hasta la punta de los axones. Si la velocidad media de una vesí­
rían presentes en la hipotética (y esférica) célula eucariótica.
cula es de 1 /xm/s, ¿cuánto tiempo tarda una vesícula en mover­
(El número de Avogadro, el número de moléculas en un mol de
una sustancia no ionizada, es de 6,02 X 10^ .) se desde el cuerpo celular en la médula espinal hasta la punta
del axón en los dedos de los pies?
(e) La hexoquinasa es un enzima importante en el metabo­
lismo de la glucosa. Si la concentración de hexoquinasa en nues­ 6. ¿Es tan buena la vitamina C sintética como ia natu­
tra célula eucariota es de 20 /lim, ¿cuántas moléculas de glucosa ral? Los productores de alimentos “sanos” insisten en que las
estarán disponibles para ser metabolizadas por cada molécula vitaminas obtenidas de fuentes naturales son más saludables
de hexoquinasa? que las obtenidas por métodos sintéticos. Se dice, por ejemplo,
que el ácido L-ascórbico puro (vitamina C) obtenido del escara-
2. Componentes de E. coli Las células de E. coli tienen for­
miuo es mejor que el ácido L-ascórbico puro obtenido en una
ma de varilla, con aproximadamente 2 ¡xm de longitud y 0,8 fim
planta química. ¿Son diferentes las dos vitaminas? ¿Puede el or­
de diámetro. El volumen de un cilindro es de t t t d o n d e h es
ganismo distinguir la fuente de una vitamina?
la altura del cilindro.
(a) Si la densidad media de E. coli (principalmente formada 7. Identificación de grupos funcionales En las figuras 1-15
por agua) es de 1,1 X itf^ g/L, ¿cuál es el peso de una sola célula? y 1-16 se muestran algunos de los grupos funcionales más co­
(b) La pared celular protectora de E. coli tiene un grosor munes de las biomoléculas. Es importante saberlos identificar,
de 10 nm. ¿Cuál es el porcentaje del volumen total de la bacte­ puesto que las actividades y las propiedades biológicas de las
ria ocupado por la pared? biomoléculas están determinadas en gran parte por sus grupos
(c) E. coli es capaz de crecer y multiplicarse rápidamente funcionales. Identifique, rodee con un círculo y nombre cada
gracias a la presencia de unos 15.000 ribosomas esféricos (diáme­ uno de los grupos funcionales que forman parte de las siguien­
tro 18 nm), que llevan a cabo la síntesis de proteínas. ¿Cuál es el tes moléculas.
porcentaje del volumen celular total ocupado por los ribosomas?
O
3. Información genética en el DNA de E. coli La informa­ II -0 -
ción genética contenida en el DNA consiste en una secuencia li­ H H O -P
neal de palabras sucesivas codificadas, denominadas codones. H-<j)-OH „ ¿
Cada codón es una secuencia específica de tres desoxirribonu­
H -C -O H ^C=C-COO-
cleótidos (tres pares de desoxirribonucleótidos en el DNA de do­
ble cadena), y cada codón codifica un único aminoácido en una H3N - C - C - 0H H-C-OH H
proteína. La masa molecular de una molécula de DNA de ¿ Fosfoenolpiruvato,
H H un intermedio del
E. coli es de aproximadamente 3,1 X g/mol. La masa mole­ Etanolamina Glicerol metabolismo de la glucosa
cular media de un par de nucleótidos es de 660 g/mol, y cada par (a) (b) (c)
de nucleótidos contribuye con 0,34 nm a la longitud del DNA.
(a) Calcule la longitud de una molécula de DNA de E. coli.
Compare la longitud de la molécula de DNA con las dimensiones
reales de la célula (véase problema 2). ¿Cómo puede caber la
molécula de DNA en el interior de la célula?
(b) Considere que la proteína promedio de E. coli tiene una v °
cadena de 400 aminoácidos. ¿Cuál es el número máximo de pro­
teínas que pueden ser codificadas por una molécula de DNA de H-(|í-ÑH3
E. coli? . r - HO-C-H
HjN-C-H
4. El elevado régimen del metabolismo bacteriano Las cé­ H-C-OH
H-C-OH
lulas bacterianas tienen un metabolismo mucho más rápido que H-(|:-OH
las células animales. En condiciones ideales, algunas bacterias CH3
Treonina, Pantotenato, CH2OH
multiplican su tamaño por dos y se dividen en 20 min, mientras
un aminoácido una vitamina D-Olucosamina
que la mayoríá de células animales requieren 24 h en condiciones
(d) (e) (f)
de crecimiento rápido. El elevado régimen dél metabolismo bac­
teriano exige que la relación entre la superficie celular y su volu­
men sea grande. 8 . Actividad de fármacos y estereoquímica En oca­
(a) ¿Cuál es la razón de que la relación superficie-volumen
tenga efecto sobre la velocidad del metabolismo?
0 siones, las diferencias cuantitativas en la actividad bioló­
gica de dos enantiómeros de un compuesto son bastan
(b) Calcule la relación superficie-volumen para la bacteria grandes. Por ejemplo, el isómero D del fármaco isoprotenerol,
esfética Neisseria gonorrhoeae (diámetro 0,6 /itm), responsa­ utilizado en el tratamiento del asma suave, es entre 50 y 80 ve­
ble de la enfermedad denominada gonorrea. Compárela con la ces más efectivo como broncodilatador que el isómero l. Identi-
Problemas 39

fique ei centro quiral del isoprotenerol. ¿Cuál puede ser la cau­ (b) Metionina-encefalina, el opiáceo endógeno del cerebro:
sa de que dos enantiómeros posean actividades biológicas tan
radicalmente diferentes?

OH H H
I I I /=V HO H H H O <|H*HH
C -C H j-N -C -C H a
HO \ ^ C H í- (¡:- C - N - (j:- ^ - N - y - C - N - < j;- ^ - N - C - C O O -
CH3
NH2HHO H H H O CHj

9. Separación de biomoléculas Al estudiar una biomolécula


particular (una proteína, ácido nucleico, glúcido o lípido) en el f
CHa
laboratorio, el bioquímico necesita en primer lugar separarla del
resto de biomoléculas de la muestra, es decir, purificarla. Más (c) Fosfatidilcolina, un componente habitual de las mem­
adelante se considerarán las técnicas específicas de purifica­ branas celulares:
ción. Sin embargo, considerando simplemente las unidades mo­
noméricas que constituyen las biomoléculas, deberíamos tener CHa O'
algunas ideas sobre qué características de esas biomoléculas 4 -
N -CH 2-CH 2-0~P-0-CH 2
nos permitirían separar unas de otras. Por ejemplo, ¿cómo se I
podrían separar (a) aminoácidos de ácidos grasos y (b) nucleó­ CH3 H C -0 -C -(C H j)7 - I I (CH2)7’~CH3
tidos de glucosa? o
10. ¿Una vida basada en el sUicio? El silicio pertenece al mis­ CH2- 0 -C-(CH2),4--CH3
mo grupo de la tabla periódica que el carbono y, como éste, pue­ O
de formar hasta cuatro enlaces simples. Se han escrito muchas
13. Determinación de la estructura de una biomolécula
historias de ciencia ficción sobre la posibilidad de una vida basa­
Se aisló una sustancia desconocida, X, a partir del músculo de
da en el silicio. ¿Sería esto posible? ¿Qué características del silicio
conejo. La estructura de X se determinó a partir de los siguien­
k) hacen menos apto que el carbono para actuar como el elemen­
tes experimentos y observaciones. Análisis cuantitativos demos­
to central organizador de la vida? Para responder a esta pregunta
traron que X se componía exclusivamente de C, H y O. Se oxidó
se puede utilizar lo aprendido acerca de la versatilidad de enlace
completamente una muestra de X de peso conocido, y se nüdie-
del carbono, además de referirse a un libro de química inorgánica
ron las cantidades de H2O y CX>2 producidas. A partir de este
para averiguai’ las propiedades de enlace del silicio.
análisis cuantitativo, se llegó a la conclusión de que contema un
11. Acción farmacológica y estructura molecular 40,00% de C, un 6,71% de H y un 53,29% de O en peso. Se de­
Hace algunos años dos compañías farmacéuticas co­ terminó la masa molecular de X con un espectrómetro de ma­
mercializaron un fármaco bajo los nombres comerciales de De- sas, y resultó ser de 90,00 u (unidades de masa atómica; véase
xedrina y Benzedrina. La estructura del compuesto es la el Recuadro 1-1). Un espectro infrarrojo de X demostró que
siguiente: contenía un enlace doble. X se disolvía rápidamente en agua pa­
ra dar una disolución ácida. Se ensayó una disolución de X en
H un polarímetro, observándose que poseía actividad óptica.
CH2- C - C H 3 (a) Determine la fórmula empírica y molecular de X.
NHj (b) Dibiye las posibles estructuras de X que sean congruen­
tes con la fórmula molecular y contengan un doble enlace. Con­
Las propiedades físicas (análisis elemental de C, H y N, sidérense tan sólo estructuras lineales o ramificadas y no
punto de fusión, solubilidad, etc.) de la Dexedrina y de la Ben­ estructuras cíclicas. Recuerde que los enlaces del oxígeno con­
zedrina eran idénticas. La dosis oral recomendada de Dexedrina sigo mismo son poco estables.
(que todavía se encuentra a la venta) era de 5 mg/día, pero la (c) ¿Cuál es el significado estructural de la actividad óptica
dosis recomendada de Benzedrina (retirada del mercado) era el observada? ¿Qué estructuras de (b) son consistentes con esta
doble. Aparentemente hacía falta mucha más Benzedrina que observación?
Dexedrina para conseguir la misma respuesta fisiológica. Expli­ (d) ¿Cuál es el significado estructural de la observación
que esta contradicción aparente. acerca del carácter acídico de una disolución de X? ¿Qué es­
tructuras de (b) son consistentes con esta observación?
12. Componentes de biomoléculas complejas En la fi­ (e) ¿Cuál es la estructura de X? ¿Existe más de una estruc­
gura 1-10 se muestran las estructuras de los principales compo­ tura consistente con todos los datos aportados?
nentes de biomoléculas complejas. Identifique los constituyen­
tes de cada una de las tres importantes biomoléculas que se
muestran a continuación (presentadas en sus formas ionizadas
a pH fisiológico). Problema de análísís de datos
(a) Guanosina trifosfato (GTP), un nucleótido rico en ener­
14. Moléculas de sabor dulce Muchos compuestos nos sa­
gía que sirve de precursor del RNA:
ben a dulce. El sabor dulce se percibe cuando una molécula se
une a un receptor dulce, un tipo de receptor gustativo, presen­
te en la superficie de ciertas células linguales. Cuanto más ftier-
0 0 0 te sea la unión, menor será la concentración necesaria para
O il li saturar el receptor y más dulce será el sabor percibido a partir
'O-P—O— P-O-P-O-CH.
I I I de una concentración determinada de esa sustancia. La varia­
O^ O" o ción de la energía libre estándar, AG®, de la reacción de fijación
de la molécula dulce a su receptor se puede medir en kilojoules
o kilocalorías por mol
40 Fundamentos de bioquímica

El sabor dulce se puede cuantificar en unidades de “dulzor


BrOH
molar relativo” (MRS, según sus siglas en inglés), que compara
el dulzor de una sustancia con i*especto al de la sacarosa. La sa­
carina, por ejemplo, tiene una MI^ de 161, lo que signiñca que
Br
la sacarina es 161 veces más dulce que la sacarosa. En términos
prácticos, esto se mide en base a la percepción del grado de dul­
zor que tienen personas voluntarias cuando prueban disolucio­ 'Tetrabromosacarosa Ácido sucrónico
nes de cada compuesto a diversas concentraciones. La sacarosa MRS = 13.012 MRS » 200.000
AG" « -12,2 kcal/mol A G "= -13,8 kcal/mol
y la sacarina saben igualmente dulces cuando la primera está a
una concentración 161 veces mayor que la segunda.
(a) ¿Cuál es la relación entre MRS y la AG® de la reacción Morini, Bassoli y Temussi (2005) usaron métodos compu-
de unión? De modo más concreto, ¿correspondería una AG® tacionales (descritos a menudo como métodos “in silico”) para
más negativa a un valor mayor o menor de MRS? Razónelo. modelar la unión de moléculas dulces al receptor dulce.
Se muestran a continuación las estructuras de 10 compues­ (b) ¿Por qué son útiles los modelos de ordenador para pre­
tos que tienen sabor dulce. En cada caso se expresan los valores decir el dulzor de las moléculas en lugar de los ensayos de sabor
de MRS y de AG® de unión al receptor dulce respectivo. en humanos o en animales?
En un trabajo previo, Schallenberger y Aeree (1967)
H OH sugirieron que todas las moléculas dulces poseían un
grupo estructural “AH-B” en el que “A y B son átomos electro­
negativos separados por una distancia superior a 2,5 Á [0,25
nm] e inferior a 4 Á (0,4 nm]. H es un átomo de hidrógeno unido
a uno de los átomos electronegativos por un enlace covalente”
Desoxisacarosa
(p.481).
MRS » 0,95 (c) Puesto que la longitud de un enlace simple “típico” es
AG" « -6,67 kcal/mol de aproximadamente 0,15 nm, identifique el o los grupos AH-B
en cada una de las moléculas anteriores.
H OH (d) En base a sus conclusiones en el ejercicio (c), enuncie
dos objeciones a la frase “las moléculas que contienen un grupo
AH-B tienen sabor dulce”.
(e) El modelo AH-B se puede usar con dos de las moléculas
mostradas para explicar las diferencias de MRS y AG®. ¿Cuáles
son esas dos moléculas y cómo las emplearía para justificar el
Sacarosa
MRS » 1 modelo AH-B?
A G "* -6,71 kcal/mol (f) Algunas de las moléculas tienen estructuras muy pareci­
NHj O das pero valores muy diferentes de MRS y AG®. Dé dos ejemplos
y utilícelos para demostrar que el modelo AH-B no es capaz de
explicar las diferencias observadas en dulzor.
En su estudio por ordenador, Morini y colaboradores usa­
ron la estructura tridimensional del receptor dulce y un progra­
CHs ma de dinámica molecular llamado GRAMM para predecir la
D-Tríptófano Aspartame AG® de la uiüón de las moléculas al receptor. En primer lugar
MRS - 21 MRS = 172 “entrenaron” su modelo, es decir, refinaron los parámetros con
AG" * -8,5 kcalAnol AG" - -9,7 kcal/mol AG" « -9,7 kcal/mol el fin de que los valores de AG® predichos por el modelo coinci­
dieran con los valores conocidos de AG® para un grupo de
moléculas (el “grupo de entrenamiento’*). A continuación “en­
sayaron” el modelo haciendo que predijera los valores de AG®
para un nuevo grupo de moléculas (el “grupo prueba”).
(g) ¿Por qué necesitaron Morini y colaboradores ensayar su
modelo frente a un grupo de moléculas diferente del grupo con
el que fue entrenado?
6-Cloro-D-triptófano Alitame
MRS = 906 MRS = 1.937 (h) Los investigadores hallaron que los valores predichos
AG’ » -10,7 kcal/mol AG" = -11,1 kcal/mol de AG® para el grupo de prueba diferían de los valores reales
una media de 1,3 kcal/mol. Usando los valores dados con las es­
tructuras anteriores, estime el error resultante en los valores de
MRS.

Referencias
Mormi, G., Bassoli, A., SeTemussi, P.A. (2005) From small sweete-
ners to sweet proteins: anatomy of the binding sites of the human
T1R2_T1R3 receptor. J. Afed Chern. 48.5520-^529.
Neotame
MRS = 11.057 Schallenberger, R.S. & Aeree, T.E. (1967) Molecular theory of
AG" = -12,1 kcal/mol sweet taste. Nature 216,480>482.
PARTE I

ESTRUaURAY 2
3
El agua 43
Aminoácidos, péptidos y proteínas 71

CATÁLISIS 4

5
Estructura tridimensional
de las proteínas 113
Fundón de ias proteínas 153
6 Enzimas 183
7 Glúcidos y glucobiología 235
8 Nucleótidos y ácidos nucleicos 271
9 Tecnologías de la información
basadas en el DNA 303
10 Lipidos 343
11 Membranas biológicas y transporte 371
12 Bioseñalización 419

a bioquímica no es otra cosa que la química de la vida: de molécula orgánica estudiaremos en primer lugar la es­

L sí, es posible investigar, analizar y comprender la vi­


da. Para empezar, todo estudiante de bioquímica ne­
cesita un lenguaje y algunos fundamentos básicos; son los
tructura covalente de sus unidades monoméricas (am i­
noácidos, monosacáridos, nucleótidos y ácidos grasos)
para pasar luego a describir las estructuras de las macro­
que se ven en la Parte I. moléculas y complejos supramoleculares derivados de
Los capítulos de la Parte I se dedican a la estructura y ellas. Un aspecto constantemente presente es que las ma­
función de las principales clases de componentes celula­ cromoléculas poliméricas de los sistemas vivos, aunque
res: el agua (Capítulo 2 ), los anünoácidos y las proteínas de gran tamaño, son entidades químicas muy ordenadas
(Capítulos 3 a 6), los azúcares y los polisacáridos (Capítu­ con secuencias especíñcas de las subunidades monomé­
lo 7), los nucleótidos y los ácidos nucleicos (C ^ ítu lo 8), ricas, lo que da lugar a estructuras y funciones discretas.
los ácidos grasos y los Iípidos (Capítulo 10) y, finalmente, Este aspecto fundamental se puede descomponer en tres
las membranas y las proteínas señalizadoras de membrana principios interrelacionados: (1 ) la estructura única de
(Capítulos 11 y 12). Estos temas dedicados a las moléculas cada macromolécula determina su función; (2 ) las inte­
contienen información suplementaria acerca de las tecno­ racciones no covalentes juegan un papel crítico en la es­
logías usadas para estudiarlas. A lo largo del texto se han tructura y por tanto en la función de las macromoléculas,
integrado secciones técnicas, y uno de los capítulos (Capí­ y (3 ) las subunidades monoméricas en las macromolécu­
tulo 9) se dedica enteramente a las tecnologías asociadas las poliméricas están dispuestas según secuencias espe­
con el clonaje, la genómica y la proteómica. cíñcas, lo que representa una fonna de información de la
Empezaremos, en el Capítulo 2, con el agua, porque que depende el estado vivo ordenado.
sus propiedades afectan la estructura y la función de to­ La relación entre estructura y función es especialmen­
dos los demás constituyentes celulares. Para cada clase te evidente en las proteínas, que muestran una extraordi-

41
[^42 Estructura y catálisis

nana diversidad de funcioites. Una secuencia polimérica nes no covalentes las que dictan la conformación nativa
concreta de aminoácidos produce una estructura fibrosa estable de las moléculas grandes a la vez que permiten la
resistente como la que se encuentra en el cabello y en la la­ flexibilidad necesaria para su función biológica. Como ve­
na; otra secuencia da lugar a una proteína que transporta remos, las interacciones no covalentes son esenciales pa­
oxígeno en la sangre; una tercera se une a otras proteínas y ra que los enzimas manifiesten su poder catalítico, para la
cataliza la rotura de los enlaces entre sus aminoácidos. De interacción específica de los pares de bases complemen­
modo parecido se pueden entender las funciones especia­ tarios en los ácidos nucleicos, el ordenamiento y propie­
les de los polisacáridos, ácidos nucleicos y Kpidos como la dades de los Iípidos en las menü>ranas. El principio de
consecuencia directa de su estructura química, con sus que las secuencias de unidades monoméricas son ricas en
subunidades monoméricas características unidas en polí­ información aparece de manera dara en la discusión de
meros fundoruiles precisos. Los azúcares enlazados entre los ácidos nucleicos (Capítulo 8 ). No obstante, las proteí­
sí se transforman en almacenes de energía, en fibras es­ nas y algunos polímeros cortos de azúcares (oligosacári­
tructurales y en puntos de reconocimiento molecular dos) también son moléculas ricas en inform adón. La
específico; los nucleótidos encadenados en el DNA o RNA secuencia de aminoácidos es una form a de información
contienen las instrucciones para la construcción de un or­ que dirige el plegamiento de la proteína hacia su estruc­
ganismo completo; y los Iípidos agregados forman las tura tridimensional única y, en último término, determina
membranas. En el Geqjítulo 12 se unifica la discusión sobre la función de la misma. Algunos oligosacáridos también
las funciones de las biomoléculas, describiendo la manera tienen secuencias y estructuras tridimensionales únicas
en que los sistemas de seí\alización específicos regulan las que pueden ser reconocidas por otras macromoléculas.
actividades de las biomoléculas dentro de una célula, den­ Para cada clase de moléculas encontramos una jerar­
tro de un órgano y entre órganos para mantener un orga­ quía estructxoral similar: suburüdades de estructura de-
nismo en homeostasis. termiruida se conectan mediante enlaces de flexibilidad
A medida que pasamos de unidades monoméricas a limitada formando macromoléculas de estructura tridi­
polímeros cada vez mayores, el énfasis en los aspectos mensional detenninada por interacciones no covalentes.
químicos se desplaza desde los enlaces covalentes a las Estas macromoléculas interaccionan a su vez para formar
interacciones no covalentes. Los enlaces covalentes, tan­ las estructuras supramoleculares y los orgánulos que per­
to a nivel monomérico como macromolecular, imponen miten a una célula llevar a cabo sus numerosas funciones
restricciones sobre la forma adoptada por las biomolécu­ metabólicas. En su coryunto las moléculas descritas en la
las grandes. Son, sin embargo, las numerosas interaccio­ Parte I son el material de la vida.
Creo que con la progresiva aplicación de los métodos de la química es­
tructural a los problemas fisiológicos, observaremos que la importancia
del enlace de hidrógeno en fisiología es mayor que la de cualquier otra
característica estructural,
-—Linus Pauling, The Nature ofthe Chemical Bond, 1939

El agua
2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos 43 peratura ambiente y que favorecen el extremo ordenamiento de
las moléculas, típico del agua cristalina (hielo). Las biomoléculas
12 Ionización del agua, ácidos débiles y bases débiles 54 polares se disuehren fácilmente en el agua porque pueden reem­
plazar las interacdones agua-agua por interacdones agua-soluto
23 Tamponamiento contra cambios de pH
energéticamente más favorables. Por el contrario, las biomolécu­
en los sistemas biológicos 59 las apolares interfieren con las interacdones agua-agua pero no
2.4 El agua como reactivo 65 son capaces de formar interacdones agua-soluto. En consecuen­
cia, las moléculas apolares son muy poco solubles en agua. En so­
2.5 La adecuación del ambiente acuoso a los luciones acuosas, las moléculas apolares tienden a agruparse
organismosvivos 65 entre si Los erüaces iónicos y de hidrógeno, las interacdones hi­
drofóbicas (del griego, ‘temor al agua”) y de van der Waals, son
l agua es la sustancia más abundante en los sistemas vivos

E
individualmente débiles, pero colectivamente tienen una influen­
y constituye el 70% o más del peso de la mayoría de orga­ cia muy sigiüficativa sobre la estructura tridimensional de las pro­
nismos. Los primeros organismos vivos de la Tierra pa re­ teínas, áddos nucleicos, polisacáridos y lípidos de membrana.
cieron en un entorno acuoso, y el curso de la evolución ha sido
moldeado por las propiedades del medio acuoso en que se ini­ Los enlaces de hidrógeno confieren al agua
ció la vida.
sus propiedades extraordinarias
Este capítulo se inicia con la descripción de las propiedades
físicas y químicas del a las que se adaptan todas las caracte­ El agua tiene un punto de fusión, un punto de ebullición y un
rísticas de la estructura y función celulares. Las fuerzas de atrac­ calor de vaporizadón más elevados que la mayoría de disolven­
ción entre las moléculas de agua y la débil tendencia del agua a tes comunes (Tabla 2-1). Estas propiedades extraordinarias del
ionizarse tienen una importancia crucial para la estructura y fun­ agua son consecuencia de la atracdón entre moléculas de agua
dón de las biomoléculas. Trataremos el tema de la ionización en adyacentes, lo que confiere al agua líquida una gran cohesión
términos de constantes de equilibrio, pH y curvas de titulación, y interna. La estnictura electrónica de la molécula de H2O permi­
consideraremos la forma en la que las soluciones acuosas de áci­ te deducir la causa de estas fuerzas de atracción intermolecular.
dos o bases débiles y de sus sales actúan como tampones contra Cada átomo de hidrógeno de una molécula de agua com­
los cambios de pH en los sistemas biológicos. La molécula de agua parte un par electrórúco con el átomo de oxígeno central. La
y sus productos de ionización, y OH” , influyen de manera pro­ geometría de la molécula de agua está dictada por las formas de
funda sobre la estructura, autoensamblaje y propiedades de los los orbitales electrónicos externos del átomo de oxígeno, que
componentes celulares, incluidos proteínas, ácidos nucleicos y lí­ son similares a los orbitales de enlace del carbono sp^ (véase la
pidos. Las interacciones no covalentes responsables de la fuerza y Fig. 1-14). Estos orbitales describen aproximadamente un te­
de la especificidad de “reconocimiento” entre las biomoléculas es­ traedro, con un átomo de hidrógeno en dos vértices y elec­
tán influidas de manera decisiva por las propiedades disolventes trones sin compartir en los otros dos (F ig. 2 - la ). El ángulo
del agua, entre las que se induye su capaddad para formar enla­ del enlace H—O— es de 104,5®, ligeramente menos que los
ces de hidrógeno consigo misma y con los solutos. 109,5® de un tetraedro perfecto a causa de la compresión cau­
sada por los orbitales no enlazantes del átomo de oxígeno.
El núcleo del oxígeno atrae electrones más fuertemente
2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos que el núdeo del hidrógeno (un protón); es decir, el oxígeno es
Los enlaces de hidrógeno entre moléculas de agua propordonan más electronegativo. Esto significa que los electrones comparti­
las fuerzas de cohesión que hacen que el agua sea líquida a tem­ dos se sitúan con mayor frecuencia cerca del átomo del oxígeno
43
44 El agua

Punto de fosión (*C) Punto de ebuUición CC) Calor de vaporización (.3/g)*

Agua 0 100 2.260


Metanol (CH3OH) -98 65 1.100
Etanol (CH3CH2OH) -117 78 854
Propanol (CH3CH2CH2OH) -127 97 687
Butanol (CH3(CH2) 2CH20H) -90 117 590
Acetona (CH3COCH3) -95 56 523
Hexano (CH3(CH2) 4CH3) -98 69 423
Benceno (CeHe) 6 80 394
Butano (CH3(CH2) 2CH3) -135 -0,5 381
Cloroformo (CHCI3) -63 61 247

*La energía calórica necesaria para convertir 1,0 gde un liquido en su punto de ebullición, a presión atmosférica, en su estado gaseoso a la misma temperatura. Es una medida directa de la energía
requerida para superar las fuerzas de atracción entre las moléculas en la f^e líquida.

que del de hidrógeno. El resultado de esta forma desigual de ción de enlace Qa energía requerida para romper un enlace) de
compartir los electrones es la formación de dos dipolos eléctri­ aproximadamente 23 kJAnol, en comparación con los 470 kJ/mol
cos en la molécula de agua, a lo largo de cada uno de los enlaces del enlace covalente O— en el agua o de los 348 kJ/mol del enla­
H—O; cada hidrógeno es portador de una carga positiva parcial ce covalente C—C. El enlace de hidrógeno es alrededor de un
(6^) y el átomo de oxígeno es portador de una carga negativa 10% covalente debido a los solapamientos en los orbitales enla­
parcial igual a la suma de las dos cargas positivas parciales zantes y alrededor de 90% electrostático. A temperatura ambien­
(25“ ). Como resultado de ello, existe una atracción electrostáti­ te, la energía térmica de una solución acuosa (la energía cinética
ca entre el átomo de oxígeno de una molécula de agua y el del movimiento de los átomos y moléculas individuales) es del
hidrógeno de otra (Fig. 2-1 b), que se denomina enlace de hi­ mismo orden de magnitud que la necesaria para romper los enla­
drógeno. A lo largo de este libro, representaremos los enlaces ces de hidrógeno. Cuando se calienta el agua, el incremento de
de hidrógeno mediante tres líneas paralelas de color azul, como temperatura es un reflejo del movimiento más rápido de las molé­
en la Figura 2-lb. culas individuales del agua. En cualquier momento, la mayoría de
Los enlaces de hidrógeno son relativamente débiles. Los que moléculas en el agua líquida están unidas por enlaces de hidróge­
se encuentran en agua líquida tienen una energía de disocia- no, pero el tiempo de vida de cada uno de ellos es tan sólo de en­
tre 1 a 20 picosegundos (1 ps = 10~^^s); al romperse un enlace de
hidrógeno se forma otro, con la misma molécula o con otra, en el
lapso de 0,1 ps. Se usa el término “agrupaciones fluctuantes”
104,5"
(flickeríng clusters) para referirse a las agrupaciones de corta
duración de moléculas de agua unidas por enlaces de hidrógeno
en el agua líquida. La suma de todos los enlaces de hidrógeno en­
tre moléculas de H2O conñere gran cohesión intema al agua líqui­
Enlace
5+ de hidrógeno da. Las redes extensas de moléculas de agua unidas por enlaces
0,177 nm de hidrógeno forman también puentes de conexión entre solutos
(proteínas y ácidos nucleicos, por ejemplo) que pemüten que las
Enlace moléculas de mayor tamaño interaccionen entre ellas a través de
covalente distancias de varios nanómetros sin necesidad de entrar en con­
0,0965 nm
tacto físico.
El ordenamiento casi tetraédrico de los orbitales alrededor
del átomo de oxígeno (Fig. 2~la) permite que cada molécula de
(b) agua forme enlaces de hidrógeno con hasta cuatro moléculas
de agua vecinas. Sin embargo, en el agua líquida a temperatura
FIGURA2-1 Btructura de la molécula de agua, (a) La naturaleza dipolar de la
molécula de H2O se muestra en modelos de bolas y varillas. Las líneas a trazos
ambiente y presión atmosférica, las moléculas de agua están
representan los orbitales no enlazantes. Existe un ordenamiento casi tetraédrico desorganizadas y en movimiento continuo, de forma que cada
de los pares de electrones de la capa externa alrededor del átomo de oxígenos- molécula forma enlaces de hidrógeno con un promedio de otras
ios dos átomos de hidrógeno tienen cargas parciales positivas localizadas (8 *) y 3,4 moléculas solamente. Por el contrario, en el hielo cada mo­
el átomo de oxígeno tiene una carga parcial negativa (8 “ ). (b) Dos moléculas de lécula de agua está ñja en el espacio y forma enlaces de hidró­
H2O unidas por un enlace de hidrógeno (simbolizado aquí y a lo largo de este geno con otras cuatro moléculas de agua formando una
libro mediante tres líneas azules) entre el átomo de oxígeno de la nrK>lécula su­ estructura reticular regular (Fig. 2-2). La rotura de un núme­
perior y un átomo de hidrógeno de ia inferior. Los enlaces de hidrógeno son ro de enlaces de hidrógeno suficiente para desestabilizar la retí­
más largos y más débiles que los enlaces O— H covalentes. cula cristalina del hielo requiere mucha energía térmica, lo que
2J Interacciones débiles en los sistemas acuosos 45

Aceptor de ^i i %
hidrógeno 0
Y O V V
Dador de H íi H H H H
hidrógeno 1 I ! I I I
O
? ?
FIGURA 2-3 Tipos comunes de enlaces de hidrógeno en los sistemas biológi­
cos. El aceptor de hidrógeno es usualmente el oxígeno o el nitrógeno; el dador
de hidrógeno es otro átonrx) electronegativo.

Los átomos de hidrógeno unidos covalentemente a átomos de


carbono no participan en la fonnación de enlaces de hidrógeno,
puesto que el carbono es tan sólo ligeramente más electronega­
tivo que el hidrógeno y, por tanto, el enlace C— es sólo muy
débilmente polar. Esta diferencia explica por qué el butanol
(CH3(CH2) 2CKÍ20H) tiene un punto de ebullición relativamente
alto de 117 ®C, mientras que el butano (CH3(CH2) 2CH3) tiene
im punto de ebullición de solamente -0,5 ®C. El butanol tiene un
grupo hidroxilo polar, por lo que puede formar enlaces de hi­
drógeno intermoleculares. Las biomoléculas no cargadas pero
FIGURA2-2 Enlaces de hidrógeno en el hielo. Cada molécula de agua forma polares tales como los azúcares se disuelven fácilmente en el
en el hielo cuatro enlaces de hidrógeno, el máximo posible, creando una red agua debido al efecto estabilizador de los enlaces de hidrógeno
cristalina regular. Por el contrario, en el agua líquida a temperatura ambiente y que se forman entre los grupos hidroxilo o el oxígeno carbomli­
presión atmosférica cada molécula de agua forma enlaces de hidrógeno con co del azúcar y las moléculas polares de agua. Los alcoholes, los
otras 3,4 moléculas de agua en promedio. La red cristalina del hielo ocupa más aldehidos, las cetonas y los compuestos que contienen enlaces
espacio que el ocupado en ei agua líquida; el hielo es, así, menos denso que el N-—H forman enlaces de hidrógeno con las moléculas de agua
agua líquida y por eso flota. (Fig. 2-4) y tienden a ser solubles en agua.

explica el puntx) de fusión relativamente elevado del agua (Ta­ Entre el Entre el Entre grupos
bla 2-1). Cuando se funde el hielo o se evapora el agua, se ab­ grupo hidroxilo grupo carbonilo peptídicos en
sorbe calor por paite del sistema: de un alcohol y de una cetona y polipéptidos
el agua el agua

r
H2O (sólido) -> H2O (líquido) AH = + 5,9 kJ/mol

H2O (líquido) H2O (gas) AH = +44,0 kJ/mol H


H
R l'" \
Durante la fusión o la evaporación aumenta la entropía del H
sistema acuoso a medida que conjuntos altamente ordenados
de moléculas de agua se relajan para dar paso a los cor\iuntos de

Y i-
enlaces de hidrógeno menos ordenados dei agua líquida o a las
moléculas totalmente desordenadas de agua en el estado gaseo­
so. A temperatura ambiente, tanto la fusión del hielo como la
evaporación del agua se dan espontáneamente; la tendencia de
Entre bases
las moléculas de agua a asociarse mediante erüaces de hidróge­
complementarias
no queda contrarrestada por el empuje energético hacia el de­ del DNA
sorden. Recuérdese que el cambio de energía libre (AG) ha de
tener un valor negativo para que un proceso se produzca de for­ H
ma espontánea: á G = AH - T AS, en donde AG representa la
fuei-za motriz, AH ei cambio de entalpia relacionado con la rotu­
Timina
ra y formación de enlaces y z\5 la variación en el grado de de­
sorden. Dado que AH es positivo para la fusión y para la
evaporación, es claramente el aumento de entropía (AS) el que
H H
hace que AG sea negativo e impulse estas transformaciones.

El agua forma enlaces de hidrógeno con los solutos polares Adenina


Los enlaces de hidrógeno no son exclusivos del agua. Se forman
fácilmente entre un átomo electronegativo (el aceptor de hidró­ \
geno, normalmente oxígeno o nitrógeno) y un átomo de hi­
B - '* -
drógeno unido covalentemente a otro átomo electronegativo (el
dador de hidrógeno) en la misma o en otra molécula (Fig. 2-^). FIGURA 2-4 Algunos enlaces de hidrógeno de importancia biológica.
46 El agua

R polares (Tabla 2-2); los compuestos que se disuelven fácilmen­


I K
0 te en el agua son hidrofílicos (del griego, “atraído por el
1 Enlace de Enlace de agua”). Por el contrario, los disolventes apolares tales como el
H hidrógeno hidrógeno cloroformo y el benceno son malos disolventes de las biomolé­
fuerte más débil culas polares, pero disuelven fácilmente las que son hidrofóbi>
cas (moléculas apolares tales como los Kpidos y las ceras).
El agua disuelve las sales tales como el NaCl mediante la
FIGURA 2-5 Díreccionalidad del enlace de hidrógeno. La atracción entre las hidratación y estabilización de los iones Na^ y Cl” , debilitando
cargas eléctricas parciales (véase la Fig. 2-1) es máxima cuando los tres átomos las interacciones electrostáticas entre ellos y contrarrestando
implicados (en este caso O, H y O) se hallan en línea recta. Cuando ios grupos así su tendencia a asociarse en una red cristalina (Fig. 2-6).
unidos por enlace de hidrógeno sufren restricciones estructurales (como por Los mismos factores son aplicables a las biomoléculas car­
ejemplo cuando forman parte de una única molécula de proteína), esta geome­ gadas, compuestos con grupos funcionales tales como los
tría ideal puede no ser posible y el enlace de hidrógeno resultante es más débil. ácidos carboxílicos ionizados (—COO"), las aminas protonadas
(—NH3) y los ésteres o anhídridos fosfato. El agua disuelve
Los enlaces de hidrógeno son más fuertes cuando las mo­ fácilmente estos compuestos reemplazando enlaces de hidró­
léculas unidas están orientadas de forma que la interacción geno soluto-soluto por enlaces de hidrógeno soluto-agua, apan-
electrostática sea lo mayor posible, lo que tiene lugar cuando tallando así las interacciones electrostáticas entre moléculas
el átomo de hidrógeno y los dos átomos que lo comparten se del soluto.
encuentran en línea recU, esto es, cuando el átomo aceptor El agua apantalla de manera efectiva las interacciones elec­
está alineado con el enlace covalente entre el átomo dador y el trostáticas entre iones disueltos a causa de su elevada constan­
H (Fig. 2-5), lo que sitúa la carga positiva del ión hidrógeno te dieléctrica, una propiedad física que refleja el número de
directamente entre las dos cargas parciales negativas. Los en­ dipolos en un disolvente. La intensidad o fuerza (F), de las inte­
laces de hidrógeno tienen pues un carácter altamente direc- racciones iónicas en una disolución depende de la magnitud de
cional y son capaces de mantener dos moléculas o grupos las cargas (Q), la distancia entre los grupos cargados (r ) y la
unidos por enlace de hidrógeno con un ordenamiento geomé­ constante dieléctrica (e, que no tiene dimensiones) del disol­
trico específico. Veremos más adelante que esta propiedad de vente en el que tienen lugar las interacciones:
los enlaces de hidrógeno confiere estructuras tridimensionales
muy precisas a aquellas moléculas de proteínas y ácidos nu­
cleicos en las que existen muchos enlaces de hidrógeno intra­
moleculares. Para el agua a 25 ®C, £ tiene un valor de 78,5 mientras que para
el benceno, que es un disolvente muy apolar, e vale 4,6. Así, las
El agua interacciona electrostáticamente interacciones iónicas son mucho más fuertes en los ambientes
menos polares. La dependencia respecto a hace que las atrac­
con los solutos cargados
ciones o repulsiones iónicas operen sólo a distancias muy cor­
El agua es un disolvente polar. Disuelve fácilmente la mayoría tas, del orden de 10 a 40 nm (según la concentración de
de biomoléculas, que generalmente son compuestos cargados o electrolito) cuando el disolvente es el agua.

Polares Apolares
Glucosa CH2OH Cera típica
CH8(CH2)7~CH=CH~(CH2)6-CH2~C^
— O.
H. vOH
H
CH3(CH2)7-CH=CH-(CH2)7-CH2
ho\ oh h/ h

H OH
Antipáticas
Glicina ^NHa-CHa-COO- Fenilalanina
CHg,-C H -C O O -
Aspartato ^NH3
-0 0 C ~ C H 2 -C H -C 0 0 “
Fosfatidilcolina
CH 3 - C H - - C G 0 -
í
Lactato CHsíCHahgCHa-C-O-
OH CH3(CH2) i 5CH2—C—o — +N(CH¿)3
? “I
O [2- . 0 - P - 0 - C H 2-C H 2
Glicerol OH
HOCH2-C H -C H 2OH
] Grupos polares | [Grupos no polares
2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos 47

FIGURA 2-6 El agua como disolvente. El agua disuelve mu­


chas sales cristalinas hidratando los iones que las componen.
Ión c r La red cristalina del NaCI se destruye a medida que molécu­
hidratado
las de agua se agrupan alrededor de los iones Cl" y Na'*’. Las
cargas iónicas son así parcialmente neutralizadas y se debili­
tan las atracciones electrostáticas necesarias para la forma­
Obsérvese la ción de la red.
orientación, no al azar,
de las moléculas de agua

IónNa+
hidratado

Laentropía aumenta cuando se disuelve raleza apolar de estos gases y la disminución de entropía cuan­
unasustancia cristalina do se introducen en la disolución hacen que sean muy poco so­
lubles en agua (Tabla 2-3). Algunos organismos contienen
A medida que una sal tal como el NaCl se disuelve, los iones Na"*" “proteínas transportadoras** hidrosolubles (hemoglobina y mio­
y Cl' que abandonan ia red cristalina adquieren una libertad de globina, por ejemplo) que facilitan el transporte del O2. El dió­
movinüento mucho mayor (Fig. 2-6). El incremento de entro­ xido de carbono forma ácido carbónico (H2CO3) en disolución
pía que se produce en el sistema es el principal responsable de acuosa y es transportado en forma de ión bicarbonato (HCO^,
la facilidad con la que sales tales como el NaCl se disuelven en
ya sea en forma libre, el bicarbonato es muy soluble en agua
agua. En términos termodinámicos, la disolución tiene lugar con
(~100g/L a 25 ®C), o unido a hemoglobina. Otros tres gases,
un cambio favorable en la energía libre: ÁG = AH - T 6 S, en don­
NH3, NO y H2S, también tienen papeles biológicos en algunos
de AH tiene un valor positivo pequeño y 7*AS un valor positivo
organismos; éstos son gases polares que se disuelven fácilmen­
alto, de forma que AG es negativo.
te en el agua y se ionizan en disolución acuosa.

Losgases apelares se disuelven mal en el agua


Los compuestos apolares fuerzan cambios
Los gases biológicamente importantes tales como el CO2, O2 y energéticamente desfavorables en la estructura del agua
N2, son apolares. En el O2 y N2 ambos átomos comparten los
electrones de igual manera. En el CO2, cada enlace 0 = 0 es po­ Cuando se mezcla el agua con benceno o hexano, se forman
lar, pero los dos dipolos están dirigidos de manera opuesta, con dos fases; ninguno de los dos líquidos es soluble en el otro. Los
lo que se anulan entre sí (Tabla 2-3). El movimiento de estas compuestos apolares tales como el benceno y el hexano son hi­
moléculas desde la fase gaseosa desordenada a la fase acuosa drofóbicos: son incapaces de experimentar interacciones ener­
restringe su movimiento y el movimiento de las moléculas de géticamente favorables con las moléculas de agua y, de hecho,
agua y representa, por tanto, un descenso de entropía. La natu­ interfieren en la fonnación de enlaces de hidrógeno entre mo-

SolubiUdad
Gas Estmctura^ Polaridad en agua (g/L)^
Nitrógeno N sN Apolar 0,018 (40 "C)

Oxígeno 0=0 Apolar i 0,035 (50 * 0


Dióxido de carbono *- »- Apolar 0,97 (45 “O
0= c = 0
Amoníaco Polar 900(10*0
5-
Sulñiro de hidrógeno
V 8-
Polar 1.860(40 * 0

*Las flechas representan dipolos eléctricos; existe una caiga negativa parcial (5“) en la punta de la flecha y una carga parcial positiwa (6"^; nomostrada aquO
en ia cola.
^OlKéfvesequelas moléculas polaresse disuelven muchomejorinduso a temperaturas bajas que tes moléculas apolares a temperaturas relatwamenteelevadas.
48 El agud

léculas de agua. Todas las moléculas o iones en disolución Los compuestos anñpáticos contienen regiones que son
acuosa interfieren con los enlaces de hidrógeno de algunas mo­ polares (o cargadas) y regiones que son apolares (Tabla 2-2)
léculas de agua en su proximidad inmediata, pero los solutos Cuando se mezcla un compuesto anfipático con agua, la región
cargados o polares (tales como el NaCl) compensan esta pérdi­ polar hidrofílica interacciona favorablemente con el disolvente
da de enlaces de hidrógeno agua-agua mediante la formación y tiende a disolverse, pero la región apolar hidrofóbica tiende a
de nuevas interacciones entre el soluto y el agua. El cambio ne­ evitar el contacto con el agua (Fig. 2-7a). Las regiones apo­
to de entalpia (A//) en la disolución de estas sustancias es, ge­ lares de las moléculas se agrupan para presentar la menor área
neralmente, pequeño. Los solutos hidrofóbicos no ofrecen esta hidrofóbica posible al disolvente acuoso, mientras que las re­
compensación por lo que su adición al agua puede resultar, por giones polares se disponen de forma que se maximice su inte­
tanto, en una pequeña ganancia de entalpia; la rotura de enla­ racción con el disolvente (Fig. 2-7b). Estas estructuras
ces de hidrógeno entre moléculas de agua toma energía del sis­ estables de compuestos anfipáticos en agua, denominadas mi-
tema por lo que es necesario adquirir energía del entorno. celas, pueden contener cientos o miles de moléculas. Las
Además de requerir esta entrada de energía, la disolución de fuerzas que mantienen juntas las regiones apolares de las mo-
solutos hidrofóbicos en el agua da lugar a un descenso signi­
ficativo de entropía. Las moléculas de agua en la vecindad
inmediata de un soluto apolar están restringidas en sus orien­
taciones posibles ya que forman una capa en forma de jaula de
moléculas de agua muy ordenada alrededor de cada molécula
de soluto. Estas moléculas de agua no están tan altamente oofi Dispersión de
orientadas como las de los clatratos, compuestos cristalinos ^ Iípidos en H2 O
de un soluto apolar y agua, pero el efecto es el mismo en ambos Cada molécula de lípido
casos: el orden en las moléculas de agua reduce la entropía. El obliga a las moléculas
número de moléculas de agua ordenadas, y por tanto la magni­ ^ de H2O circundantes a
convertirse en altamente
tud del descenso de entropía, es proporcional al área superfi­ ^ o<> ordenadas.
cial del soluto hidrofóbico incluido en la jaula de moléculas de
agua. El cambio de energía libre que conlleva la disolución de
un soluto apolar en agua es, por tanto, desfavorable: AG = Aí/ -
T AS, donde AH tiene un valor positivo, AS un valor negativo, y
AG es positivo.

“Grupo de cabeza”
hidrofílico

L .
k Agrupamientos de
moléculas lipídicas
Sólo las porciones
lipídicas en el borde del
IIIOs agrupamiento obligan
al ordenamiento del
(J g agua. Hay menos
«jdcA) moléculas de H2 O
Grupo (T^ ordenadas, con lo que
alquílico aumenta la entropía.

%
“Agrupamientos fluctuantes”
hidrofóbico

iflickering clusters) de moléculas


de H2O en el seno del hquido
Moléculas de agua muy ordenadas forman “jaulas” ^ Micelas
alrededor de las cadenas alquílicas hidrofóbicas Todos los grupos
hidrofóbicos están
(a) secuestrados lejos
del agua; se minimiza
FIGURA2-7 Compuestos anfipálicos en disolución acuosa, (a) Los ácidos gra­ la capa ordenada de
sos de cadena larga tienen cadenas alquílicas nrwy hidrofóbicas, cada una de las moléculas de H2 O
cuales está rodeada por una capa de moléculas de agua altamente ordenadas,
o y la entropía aumenta
^ aún más.
(b) Agrupándose en micelas, las níK)léculas de ácido graso exponen al agua la
mínima superficie hidrofóbica posible y se necesitan menos moléculas de agua
en ia capa de agua ordenada. La micela se estabiliza gracias a la energía gana­
da en ia liberación de moléculas de agua inmovilizadas. (b)
2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos 49

léculas se denominan interacciones iiidrofóbicas. La fuerza teracciones hidrofóbicas entre aminoácidos apolares estabi­
de estas interacciones no se debe a ninguna atracción intrín­ lizan también los patrones de plegamientb tridimensional de
seca entre las partes apolares. Proviene más bien de la obten­ las proteínas.
ción de la máxima estabilidad termodinámica del sistema al La formación de enlaces de hidrógeno entre el agua y los
minimizar el número de moléculas de agua ordenacias necesa­ solutos polares también produce un cierto ordenamiento de las
rias para rodear porciones hidrofóbicas de las moléculas de moléculas de agua, pero el efecto energético es menos significa­
soluto. tivo que con los solutos apolares. Parte de la fuerza impulsora
Muchas biomoléculas son anfipáticas; las proteínas, los de la uiúón de un sustrato polar (reactivo) a la superficie polar
pigmentos, ciertas vitaminas y los esteróles y fosfolípidos de complementaria de un enzima es el aumento de entropía que
las membranas tienen regiones con superficies polares y tiene lugar por el desplazamiento por parte del enzima de molé­
apolares. Las estructuras formadas por estas moléculas se culas de agua ordenadas del sustrato y por el desplazamiento
estabilizan mediante interacciones hidrofóbicas entre las re­ recíproco de moléculas de agua ordenadas en la superficie del
giones apolares. Las interacciones hidrofóbicas entre lípidos enzima por parte del sustrato (Fig. 2-8).
y entre lípidos y proteínas son los determinantes más impor­
tantes de la estructura de las membranas biológicas. Las in- Las interacciones de van der Waals son atracciones
interatómicas débiles
Cuando dos átomos no cargados se encuentran muy cerca, las
nubes electrórücas que los rodean se influyen mutuamente. Va­
riaciones al azar en las posiciones de los electrones alrededor
del núcleo pueden crear un dipolo eléctrico transitorio, que in­
duce xm dipolo eléctrico opuesto también transitorio en el áto­
mo cercano. Los dos dipolos se atraen débilmente entre sí, con
lo que los núcleos se acercan más. Estas atracciones débiles se
denominan interacciones de van der Waals (conocidas tam­
bién como fuerzas de London). A medida que los dos núcleos
se acercan entre sí sus nubes electrónicas empiezan a repelerse.
En el punto en que la atracción neta es máxima se dice que los
núcleos se encuentran a la distancia de contacto de van der
Waals. Cada átomo posee un radio de van der Waals caracte­
rístico, que constituye una medida de lo que este átomo permi­
tirá acercarse a otro (Tabla 2-4). En ios modelos moleculares
espaciales que se muestran a lo largo de este libro los átomos se
representan con tamaños proporcionales a sus radios de van
der Waals.

TABLA 2 - 4

Radio de van Radio covalente del


Elemento der Waals (nm) enlace simple (nm)

H 0,11 0,030
0 0,15 0,066
N 0,15 0,070
C 0,17 0,077
S 0,18 0,104
P 0,19 0,11 0
Interacción enzima-sustrato
estabilizada mediante interacciones I 0,21 0,133
por los enlaces de hidrógeno,
iónicas e hidrofóbicas Fuentes: Radios de van derWaals: (^auvin, R. (1992) ExpUdt periodictrend of van derWaals
radíí.i.Pfiys. Chm. 96.9194-9197. Radios covalentes: Pauling, L (1960) Nature ofthe Chemical
FIGURA2-8 La liberación de agua ordenada favorece la formación de un com­ Bond, 3* ed., Come» University Press, Itliaca, NY.
Nota: Los radios de van derWaats descrit)en las dimensiones espaciales de los átomos. Cuando
plejo enzima-sustrato. Cuando están separados, tanto el enzima como el sus­ se unen covalentemente dos átomos, los radios atómicos en ei puntode enlace son menores que
trato fuerzan a las moléculas de agua cercanas a formar una capa ordenada. La ios radíos devan derWáals porqueel parde electrones compartidoacerca a los dos átomos. La
unión del sustrato al enzima libera parte del agua ordenada, y el aumento de en­ distancia entre núdeos en una interacdón de van derWaals oen un enlace covalente es aproxh
madamente igual a la suma de los radios devan derWaals ode los radios covalentes de los dos
tropía resultante proporciona un "'empujón'" termodinámico a la formación del átomos, respectivamente. De este modo, la lon¿tud de un enlace simple cartwno-cartwno es
complejo enzima-sustrato (véase la p. 192). de apíoxímadanwnte 0,077 nm+0,077 nm- 0,154 nm.
30 El agud

Las interacciones débiles son cruciales para la estructura sustrato puede implicar varios enlaces de hidrógeno y una o
y función de las macromoléculas más interacciones iónicas así como interacciones hidrofóbicas y
de van der Waals. La formación de cada uno de estos enlaces
Las interacciones no covalentes que hemos descrito (enlaces de débiles contribuye a un descenso neto de la energía libre del sis­
hidrógeno e interacciones iónicas, hidrofóbicas y de van der tema. Podemos calcular la estabilidad de una interacción no co­
Waals) (Tabla 2-5) son mucho más débiles que los enlaces cova­ valente, tal como la de una molécula pequefia imida por enlaces
lentes. Se requiere un aporte de energía de unos 350 kJ para de hidrógeno a su pareja macromolecular, a partir de la energía
romper un mol (6 x 10^) de enlaces C— C simples y de unos de unión. La estabilidad, medida por la constante de equilibrio
410 kJ para romper un mol de enlaces C—H, pero solamente se (véase más adelante) de la reacción de unión, varía de forma
requieren unos 4 kJ para destruir un mol de interacciones de van eocponencial con la energía de unión. La disociación de dos bio­
der Waals típicas. Las interacciones hidrofóbicas son también moléculas (tales como un enzima y su sustrato unido) asociadas
mucho más débiles que los enlaces covalentes, aunque un disol­ de forma no covalente mediante múltiples interacciones débiles
vente de polaridad elevada (una disolución salina concentrada, requiere que se destruyan al mismo tiempo todas estas interac­
por ejemplo) las refuerza sustancialmente. Las interacciones ió­ ciones. Dado que las interacciones fluctúan al azar, tal destruc­
nicas y los enlaces de hidrógeno son de fuerza variable, que de­ ción simultánea es muy poco probable. La estabilidad molecular
pende de la polaridad del disolvente y del grado de alineamiento conferida por 5 o 20 interacciones débiles es, por tanto, mucho
de los átomos unidos por enlace de hidrógeno, pero son siempre mayor de lo que podría esperarse intuitivamente de una simple
significativamente más débiles que los enlaces covalentes. En un adición de las pequeñas energías de unión.
disolvente acuoso a 25 ®C, la energía térmica disponible puede Las macromoléculas tales como las proteínas, el DNA y el
ser del mismo orden de magnitud que la fuerza de estas interac­ RNA contienen tantos sitios potenciales para la formación de
ciones débiles y la interacción entre las moléculas de soluto y de enlaces de hidrógeno o interacciones iónicas, de van der Waals
disolvente (agua) es casi tan favorable como las interacciones o hidrofóbicas que el efecto acumulativo del gran número de pe­
soluto-soluto. En consecuencia, los enlaces de hidrógeno y las queñas fuerzas de unión puede ser enorme. La estructura más
interacciones iónicas, hidrofóbicas y de van der Waals se forman estable (nativa) de la mayoría de macromoléculas es normal­
y rompen continuamente. mente aquella en que se maximizan las uniones débües. El ple­
Aunque cada imo de estos cuatro tipos de interacciones es gamiento de una cadena polipeptídica o polinucleotídica en su
débil en comparación a un enlace covalente, el efecto acumula­ forma tridimensional viene determinado por este principio. La
tivo de muchas interacciones de este tipo puede ser muy signi­ unión de un antígeno a un anticuerpo específico depende de los
ficativo. Por ejemplo, la unión no covalente de un enzima a su efectos acumulativos de muchas interacciones débiles. Tal co­
mo se ha señalado anteriormente, la energía liberada cuando im
enzima se une de manera no covalente a su sustrato es la fuen­
te principal del poder catalítico del enzima. La unión de una
CuatrotipQ^eint»a(m^^^^^^ ^ hormona o un neurotransmisor a su receptor celular proteico
coü^ientes(^bi{^") Uomoi^UiS es el resultado de múltiples interacciones débiles. Una conse­
eitMudón acuosa cuencia del gran tamaño de los enzimas y de los receptores
(en relación a sus sustratos o ligandos) es que sus grandes
Enlaces de hidrógeno
superficies proporcionan muchas oportunidades para el esta­
Entre grupos neutros
o— blecimiento de interacciones débiles. A nivel molecular, la com­
plementariedad entre biomoléculas que interaccionan entre sí

Entre enlaces peptídicos i


, n:
refleja la complementariedad y las interacciones débiles entre
grupos polares, cargados e hidrofóbicos en la superficie de las
moléculas.
Al determinar la estructura de una proteína como la hemo­
Interacciones iónicas O globina (Fig. 2-9) por cristalografía de rayos X (véase el Re­
Atracción II cuadro 4-5, p. 132), resulta frecuente encontrar moléculas de
—+NHs -O—C—
agua unidas tan fuertemente que forman parte de la estructura
Repulsión
cristalina; lo mismo ocurre en cristales de RNA o DNA. Estas
moléculas de agua unidas, detectables también en disolución
mediante resonancia magnética nuclear, poseen propiedades
que las distinguen del resto de agua del disolvente. Son, por
ejemplo, osmóticamente inactivas (véase más adelante). El
Interacciones
agua fuertemente unida es esencial para la función de muchas
hidrofóbicas
proteínas. Por ejemplo, en una de las reacciones clave del pro­
ceso de la fotosíntesis, la energía de la luz se utiliza para bom­
bear protones a través de una membrana biológica al tiempo
que se produce un fligo de electrones a través de una serie
Interacciones Dos átomos cualesquiera de proteínas transportadoras (véase la Fig. 19-60). Una de
de van der Waals muy próximos estas proteínas, el citocromo/, tiene unida una cadena de dnco
moléculas de agua (Fig. 2-10) que puede proporcionar una vía
2.1 Interacciones débiles en los sistemas acuosos 51

Los solutos afectan a las propiedades coligativas


de las disoluciones acuosas
Los solutos de cualquier tipo alteran ciertas propiedades físicas
del agua disolvente: su presión de vapor, punto de ebullición,
punto de fusión (punto de congelación) y presión osmótica. És­
tas se denominan propiedades coligativas (coügativas signi­
fica “ligadas entre sf’) puesto que el efecto de los solutos sobre
las cuatro propiedades tiene la misma base: la concentración de
(a) (b)
agua es menor en las disoluciones que en el agua pura. El efec­
FIGURA2-9 Unión del agua a la hemoglobina. La estructura cristalina de la he­ to de la concentración de soluto sobre las propiedades coligati­
moglobina (PDB ID 1A3N) se muestra en (a) con sus moléculas de agua unidas vas del agua es independiente de las propiedades químicas del
(esferas rojas) y en (b) sin las moléculas de agua. Las nwléculas de agua se ha­
soluto; depende únicamente del número de partículas de solu­
llan tan firmemente unidas a la proteína que afectan al patrón de difracción de
to (moléculas, iones) en una determinada cantidad de agua. Un
rayos X como si formaran parte dei cristal. Las dos suixjnidades a de la hemo­
compuesto tal como el NaCl, que se disocia en disolución, tiene
globina se muestran en color gris y las dos subunidades P en azul. Cada sub­
un efecto doble sobre la presión osmótica, por ejemplo, que un
unidad tiene unido un grupo hemo (estnjctura de varillas roja), que sólo es visi­
número idéntico de moles de un soluto que no se disocie tal co­
ble en las subunidades p en esta figura. La estructura y función de ia hemoglo­
mo la glucosa.
bina se discuten con detalle en el Capítulo 5.
Las moléculas de agua tienden a trasladarse desde una re­
gión de elevada concentración de agua a una de concentración
para el movimiento de los protones a través de la membrana se­
inferior. Cuando dos disoluciones acuosas diferentes están se­
gún un proceso conocido como “salto de protones” (que se des­
paradas por una membrana semipermeable (que deja pasar mo­
cribe más adelante). Casi con toda seguridad, otra bomba de
léculas de agua pero no del soluto), las moléculas de agua que
protones que utiliza la energía de la luz, la bacteriorrodopsina,
difunden de la región de alta concentración de agua hacia la
usa una cadena de moléculas de agua unidas y orientadas de
de concentración de agua menor producen presión osmótica
una forma precisa para el movimiento transmembrana de los
(Fig. 2-11). El valor aproxinmdo de esta presión, n, medida
protones (véase la Fig. 19-67).
como la fuerza necesaria para oponerse al movimiento del agua
(Fig. 2-1 le), viene dado por la ecuación de van’t Hoff:

n = ¿c/?T
Propionato
del grupo
hemo
Presión (11) que
Asn^ Soluto no resiste la ósmosis
permeante disuelto
en agua

Émbolo

1
Ghi"58

Membrana
semipermeable

FIGURA2-10 Cadena de agua en el dtocromo /. Hay agua unida en el canal FIGURA2-11 Ósmosis y medida de la presión osmótica, (a) Estado inicial. El
de protones de la proteína de membrana citocronK) f, que forma parte de la tubo contiene una disolución acuosa, el vaso contiene agua pura y la niembra-
maquinaria captadora de energía de la fotosíntesis en cloroplastos (véase na semipermeable permite el paso de agua pero no de soluto. El agua fluye des­
la Rg. 19-64). Cinco moléculas de agua están unidas mediante enlaces de hi­ de el vaso hacia el tubo para igualar su concentradón a un lado y a otro de la
drógeno entre ellas y con grupos funcionales de la proteína: los átonrKK de ca­ membrana, (b) Estado final. Se ha movido agua hacia ia disolución del com­
dena principal de residuos de valina, prolina, arginina y alanina y ias cadenas puesto no permeante, diluyéndola y elevando la columna de agua dentro del tu­
laterales de tres residuos asparagina y dos residuos glutamina. La proteína tiene bo. En ei equilibrio, la fuerza de la gravedad que achia sobre ia disolución que
un grupo hemo unido (véase la Fig. 5-1) que, mediante su átomo de hien^o, hay en el tubo equilibra exactamente ia tendencia del agua a nwverse hacia el
facilita el flujo de electrones durante la fotosíntesis. El flujo electrónico está interior dei tubo, donde su concentración es menor, (c) La presión osmótica (TI)
acoplado al movimiento de protones a través de la membrana, lo que proba­ se mide como ia fuerza que hay que aplicar para devolver ia soludón del tubo
blemente implica que tenga lugar un '"salto de protones" (véase la Fig. 2-13) a io de nuevo al nivel de la dei vaso. Esta fuerza es proporcional a la altura, h, de la
largo de esta cadena de nwiéculas de agua unidas. columna en (b).
52 El agud

en la que R es la constante de los gases y T es la temperatura Solutos


absoluta. El término ic es la osmolaridad de la disolución, el extracelulares
Solutos
producto del factor de van’t Hoff i, que es una medida del gra­ íntracelulares
do de disociación del soluto en dos o más especies iónicas y la
concentración molai* de soluto c. En disoluciones diluidas de
(a) Célula en
NaCl, el soluto se disocia completamente en iones Na'*’ y CF, disolución iso t^ ca ;
doblando el número de partículas de soluto, de modo que no hay movinüento
neto del agua.
¿ = 2. En todos los solutos no ionizables, i = 1. Para disolucio­
nes de varios (n) solutos, n es la suma de las contribuciones
de cada especie;

n = fíT (íiC i + ¿2C2+ +ÍnCn)


La ósmosis, el movimiento de agua a través de una
membrana semipermeable impulsado por diferencias en la
presión osmótica, es un factor muy importante en la vida de
la mayoría de las células. Las membranas plasmáticas son
más permeables al agua que a la mayor parte del resto de
moléculas pequeñas, iones y macromoléculas. Esta permea­
bilidad es debida en gran parte a canales proteicos (acuapo­
rinas; véase la Fig. 11-46) presentes en las membranas que
permiten el paso selectivo de agua. Se dice que las disolu­
Ob) Célula de disolución (c) Célula en disolución
ciones de igual osmolaridad que el citosol celular son isotó- hipertónica; sale agua y hipotónica; entra a^a,
nicas con respecto a esa célula. Una célula rodeada por una la célula se encoge. creando presión hacia
disolución isotónica no gana ni pierde agua (Fig. 2-12). En fuera; la célula se hincha y
puede llegar a reventar.
una disolución hipertónica, con una osmolaridad mayor
que el citosol, la célula se encoge al salir agua hacia fuera.
En una disolución hipotónica, de osmolaridad menor que
FIGURA2-12 Efecto de la osmolaridad extracelular sobre el movimiento del
agua a través de una membrana plasmática. Cuando una célula en equilibrio
el citosol, las células se hinchan al penetrar el agua en ellas.
osmótico con el entorno que ia rodea (esto es, en un medio isotónico) (a) se
En su medio habitual, las células contienen generalmente
transfiere a una disolución hipertónica (b) o a una disolución hipotónica (c), el
concentraciones más elevadas de biomoléculas e iones que
agua fluye a través de la membrana plasmática en la dirección que tiende a
sus alrededores, de forma que la presión osmótica tiende a
igualar la osmolaridad dentro y fuera de la célula.
impulsar agua hacia el interior de las células. Si no se equili­
brara de alguna forma, este movimiento de agua hacia den­
tro distendería la membrana plasmática y llegaría a causar la
explosión de la célula (lisis osmótica). miento de combustible en forma de polisacáridos (almidón o
A lo largo de la evolución han surgido varios mecanismos glucógeno) en vez de como glucosa u otros azúcares simples
para evitar esta catástrofe. En las bacterias y los vegetales, la evita un aumento enorme de la presión osmótica en la célula de
membrana plasmática está rodeada de ima pared celular no depósito.
expandible de rigidez y fuerza suficientes para resistir la pre­ Las plantas utilizan la presión osmótica para conseguir
sión osmótica y evitar la lisis osmótica. Algimos protistas de rigidez mecánica. La muy elevada concentración de soluto
agua dulce, que viven en un medio muy hipotónico, poseen en las vacuolas impulsa agua hacia el interior de la célula (vé­
un orgánulo (vacuola contráctil) que bombea agua al exterior ase la Fig. 2-12), pero la pared celular no expandible impide el
de la célula. En animales multicelulares, el plasma sanguíneo hinchamiento; en su lugar, se incrementa la presión osmótica
y el fluido intersticial (el fluido extracelular de las células) se resultante contra la pared celular (presión de turgencia), lo
mantienen a una osmolaridad cercana a la del citosol. La ele­ que proporciona rigidez a la célula, al tejido y al organismo ve­
vada concentración de albúnúna y otras proteínas en el plas­ getal. Cuando la lechuga de su ensalada se marchita es debido
ma sanguíneo contribuye a su osmolaridad. Las células a que la pérdida de agua ha reducido la presión de turgencia.
también bombean activamente Na"^ y otros iones hacia el flui­ La ósmosis también tiene importantes consecuencias en los
do intersticial para permanecer en equilibrio osmótico con su protocolos de laboratorio. Las mitocondrias, los cloroplastos y
entorno. los lisosomas, por ejemplo, están rodeados de membranas se­
Puesto que el efecto de los solutos en la osmolaridad de­ mipermeables. Para aislar estos orgánulos a partir de células
pende del número de partículas disueltas, no de su rmsa, las rotas, los bioquímicos deben llevar a cabo los fraccionamientos
macromoléculas (proteínas, ácidos nucleicos, polisacáridos) en disoluciones isotónicas (véase la Fig. 1--8) para evitar la ex­
tienen un efecto mucho menor en la osmolaridad de una disolu­ cesiva entrada de agua en los orgánulos, fenómeno que podría
ción que la que tendría una misma masa de sus componentes producir su hinchamiento y posterior rotura. Los tampones
monoméricos. Por ejemplo, un gramo de un polisacárido com­ utilizados en los fraccionamientos celulares contienen normal­
puesto por 1.000 unidades de glucosa tiene el mismo efecto en mente concentraciones suficientes de sacarosa o de algún otro
la osmolaridad que un miligramo de glucosa. El almacena- soluto inerte para proteger los orgánulos de la lisis osmótica.
2.1 Interacciones débiles en ios sistemas acuosos 53 J

EJEMPLO PRÁCTICO 2-1 Presión osmótica de un orgánulo I


Imagine que los solutos principales de lisosomas intactos son KCl (-0,1 m ) y NaCl (-0,03 m ). En un
proceso de aislamiento de lisosomas, ¿cuál será la concentración de sacarosa necesaria en la diso­
lución de extracción a temperatura ambiente (25 ®C) para evitar el hinchamiento y la lisis?

Solución: Queremos hallar una concentración de sacarosa que nos dé una fuerza osmótica igual
a la producida por el KQ y el NaCl de los lisosomas. La ecuación para calcular la presión osmó­
tica (la ecuación de van*t Hoff) es

n = RTHiCx -f Í2P2 + 1V3 + • • + inCn)


donde Resla cor^tante de los gases, 8,315 J/mol •K, T es la temperatura absoluta (Kelvin), Ci,
C2 y C3 son la concentración molar de cada soluto, e í 1, ¿2 ^ ^3 son el número de partículas que ca­
da soluto genera en disolución (i = 2 para KCl y NaCl).
La presión osmótica dei contenido del lisosoma es

niisosom a = -R^(¿KC1<?KC1 + ÍNaC|CNaCl)

= J?T[(2)(0,03 mol/L) + (2)(0,1 moVL)] = RT(0,26 mol/L)


Debido a que las concentraciones de soluto son exactas sólo hasta una cierta cifra significativa,
niisosoma = RT(0,3 mol/L).
La presión osmótica de una disolución de sacarosa viene dada por

f^Hacarosa ” -^^(¿aacarofta Cgacaroaa)

En este caso, isacamsa = 1. porque la sacarosa no se ioniza. Por tanto,


riaacarosa = sacarosa)
La presión osmótica del contenido del lisosoma es igual a la de la disolución de sacarosa cuando
sacarosa ~ ^lisosoma

i^^(Csacaroaa) = RT{0,S mol/L)


^sacarosa = 0,3 mol/L
De modo que la concentración de sacarosa necesaria (Mj. 342) es (0,3 mol/L) (342 g/mol) =
102,6 g/L. O, si se tienen en cuenta tan sólo las cifras significativas, Csacarosa = 0,1 kg/L.

I EJEMPLO PRÁCTICO 2-2 Presión osmótica de un orgánulo II


Suponga que decidimos usar una disolución de polisacárido, como por ejemplo glucógeno (véase
la página 246) para equilibrar la presión osmótica de los lisosomas (descrita en el Ejemplo Prác­
tico 2-1). Considerando un polímero lineal de 100 unidades de glucosa, calcule la cantidad de
este polímero necesaria para conseguir la misma presión osmótica que la disolución de sacaro­
sa del Ejemplo Práctico 2-1. La del polímero de glucosa es ~ 18.000 y, al igual que la sacaro­
sa, no se ioniza en disolución.

Solución; Como se dediyo en el Ejemplo Práctico 2-1,


n,acaro*a = i2r(0,3 mol/L)
De manera sinülar,
f l glucógeno ~ -^^(^gíu cógon o ^gluc^^reno) ~ -^ ^ (^ g lu c ó g e n o )

Para una disolución de glucógeno con la misma presión osmótica que la disolución de sacarosa,

glucógeno ~ n sacarosa

RTic^iucé^^o) = R T m mol/L)
^glucógeno = 0,3 mol/L = (0,3mol/L)(18.000 g/mol) = 5,4 kg/L
O, considerando sólo las cifras significativas, Cgiucógeno = 5 kg/L, ima concentración absurda­
mente elevada.
Tal como veremos más tarde (p. 246), las células de hígado y músculo no almacenan glúci­
dos en forma de azúcares de baja masa molecular como glucosa o sacarosa sino en forma del po­
límero de alta masa molecular glucógeno. Gracias a ello, la célula puede contener una gran masa
de glucógeno sin afectar más que mínimamente la osmolaridad del citosol.
54 El dgud

RESUMEN 2.1 interacciones débiles reacción de ionización. Haremos por tanto ahora una breve dis­
cusión sobre la ionización del agua y de los ácidos y bases débi­
en los sistemas acuosos
les disueltos en la misma.
■ Las muy diferentes electronegatividades del H y del O
hacen del agua una molécula muy polar, capaz de formar El agua pura está ligeramente ionizada
enlaces de hidrógeno consigo misma y con sus solutos.
Los enlaces de hidrógeno son de vida efímera, principal­ Las moléculas de agua tienen una ligera tendencia a ionizarse
mente electrostáticos y más débiles que los enlaces cova­ reversiblemente para proporcionar un ión hidrógeno (protón) y
lentes. El agua es un buen disolvente de solutos polares un ión hidroxilo, dando el equilibrio
(hidrofílicos), con los que forma enlaces de hidrógeno, y H2O (2-1)
de solutos cargados, con los que interacciona electrostá­
ticamente. Aunque normalmente se muestra el producto de disociación del
agua como H"^, los protones libres no existen en disolución; los
■ Los compuestos apolares (hidrofóbicos) no se disuelven iones hidrógeno formados en el agua son inmediatamente hi­
bien en el agua; no pueden formar enlaces de hidrógeno
dratados a iones hidronio (HaO"*"). La formación de enlaces de
con el disolvente y su presencia induce un ordenamiento hidrógeno entre las moléculas de agua hace que la hidratación
energéticamente desfavorable de moléculas de agua alre­ de los protones disociados sea virtualmente instantánea:
dedor de sus superficies hidrofóbicas. Para minimizar la
superficie expuesta al agua, los compuestos apolares tales H—0 « h H- O, , H - 0 —H + OH“
como los Iípidos forman agregados (micelas) en los que I
H H
sus partes hidrofóbicas se haUan secuestradas en el inte­
rior mediante interacciones hidrofóbicas y sólo las partes La ionización del agua puede medirse a través de su con­
más polares interaccionan con el agua. ductividad eléctrica; el agua pura conduce la corriente eléctrica
al migrar HaO^ hacia el cátodo y OH" hacia el ánodo. El movi­
■ Numerosas interacciones débiles, no covalentes, influ­ miento de los iones hidronio e hidroxilo en un campo eléctrico
yen decisivamente sobre el plegamiento de macromolé­ es extremadamente rápido en comparación con el de otros io­
culas tales como las proteínas o los ácidos nucleicos. nes tales como el Na^, y Cl". Esta elevada movilidad iónica es
Las conformaciones macromoleculares más estables son el resultado del “salto de protones” que se muestra en la Figu­
aquellas en las que se maximiza el número de enlaces de ra 2-13. Ningún protón individual se mueve muy lejos a través
hidrógeno en el interior de la molécula y entre la molé­ de la disolución, pero una serie de saltos de protones entre mo-
cula y el disolvente, y en las que las zonas hidrofóbicas
se agrupan en el interior de la molécula, lejos del disol­
El ión hidronio libera un protón
vente acuoso.
H H
■ La concentración de los solutos tiene una gran influencia '^ 0 +'^ ^ Salto protónico
sobre las propiedades físicas de las disoluciones acuosas.
Guando se separan dos compartimientos acuosos median­
te una membrana semipermeable (como la membrana
plasmática que separa la célula de su entorno), el agua flu­
ye a través de esta membrana hasta igualar la osmolaridad
de los dos compartimientos. Esa tendencia del agua a fluir
a través de una membrana semipermeable recibe el nom­
bre de presión osmótica.
(f
V n -H

2.2 Ionización del agua, ácidos débiles


y bases débiles
Aunque gran parte de las propiedades del agua como disolven­
te se pueden explicar en función de la molécula neutra de H2O,

V -H
debe tenerse también en cuenta el pequeño grado de ionización H
del agua en iones hidrógeno (H"^) e iones hidroxilo (0H~). Al El agua acepta un protón y pasa a ser ión
igual que todas las reacciones reversibles, se puede describir la
ionización del agua mediante una constante de equilibrio. Cuan­ FIGURA2-13 Salto de protones. "Saltos" de protones a corta distancia a través de
do se disuelven ácidos débiles en agua, su ionización aporta una serie de moléculas de agua unidas por enlaces de hidn^eno tienen como re­
las bases débiles consumen H'*’ al protonarse. Estos procesos sultado el movimiento neto extremadamente rápido de un protón a una gran dis­
también están gobernados por constantes de equilibrio. La con­ tancia. Cuando un ión hidronio (an'iba a la izquierda) cede un protón, una
centración total de ión hidrógeno se puede medir experimen­ molécula de agua a una cierta distancia (abajo a la derecha) adquiere uno, con­
talmente y se expresa como el pH de la solución. Para predecir virtiéndose en un ión hidronio. El salto de protones es mucho más rápido que la
el estado de ionización de los solutos en agua, hemos de tener auténtica difusión y explica la remarcablemente elevada nwvilidad iónica de bs
en cuenta las constantes de equilibrio pertinentes para cada iones comparada con otros cationes monovalentes tales como el Na^ o K"^.
2.2 Ionización del agua, ácidos débiles y bases débiles j^55

léculas de agua unidas por enlaces de hidrógeno causa el movi­ mos: (1.000 g/L)/(18,015 g/mol), y es esencialmente constante
miento neto de un protón a una gran distancia en un tiempo no­ en relación a las bajísimas concentraciones de y 0H“ , es
tablemente corto. Como resultado de la elevada movilidad decir. 1 X 10"*^ M. De acuerdo con ello podemos sustituir por
iónica del (y del 0H“, que también se mueve rápidamente 55,5 M el denominador de la expresión de la constante de equi­
mediante salto de protones, pero en la dirección opuesta), las librio (Ec. 2-3) para dar
reacciones ácido-base en disolución acuosa son excepcional­
mente rápidas. Tal como se ha visto anteriormente, el salto de [H *][O H -
protones también desempeña probablemente un papel en las [55,5 M]
reacciones biológicas de transferencia de protones (Fig. 2-10;
véase también la Fig. 19-67). Reordenando,
Puesto que la ionización reversible es crucial para el papel
(55,5 M)(K«0 = [H*] lOH-J = JSTw (2-4)
del agua en la función celular, hemos de tener una manera de
expresar el grado de ionización del agua en ténninos cuantitati­
donde K„ designa el producto (55,5 M)(/írcq). denominado pro­
vos. Un breve repaso de algunas propiedades de las reacciones ducto iónico del agua a 25 °C.
químicas reversibles nos mostrará cómo podemos hacerlo.
El valor de determinado mediante medidas de con­
La posición del equilibrio de cualquier reacción química
ductividad eléctrica del agua pura, es 1,8 x 10"*® m a 25 La
viene dada por su constante de equilibrio, (a veces ex­
sustitución de este valor de en la Ecuación 2-4 da el valor
presada simplemente como K). Para la reacción general del producto iórüco del agua;
A + B C+ D ( 2- 2)
Xw = = (55,5 mXI.8 X 10"‘ * m)
se puede deñnir una constante de equilibrio en función de la
concentración de los reactivos (A y B) y de los productos (C y “ 1,0 X 10"^* M®
D) presentes en el equilibrio:
Así el producto (H'*’1(0H''] en disoluciones acuosas a 25 "C es
[CleqCDleq siempre igual a 1 X 10"*^ m^. Cuando las concentraciones de H'*’
y OH” son exactamente iguales, tal como sucede en el agua pu­
[AlecíBle.
ra, se dice que la solución está a pH neutro. A este pH, se pue­
En rigor, los términos de concentración deberían ser las acPtoir de calcular la concentración de H'*’ y 0H~ a partir del producto
dadles, o concentraciones efectivas en disoluciones no ideales, de iónico del agua de la manera siguiente;
cada especie. Sin embargo, excepto en cálculos muy precisos, se
puede llegar a una aproximación de la constante de equilibrio mi­ íTw = = [H*]* = lOH-J*
diendo las concentraciones en el ecjuilibrio. Por razones que
escapan a esta discusión, las constantes de equilibrio son adi- Despejando [H'*’] da
mensionales. Sin embargo, en las expresiones de equilibrio utili­
(H*l = = V i X 10” “ M*
zadas en este libro hemos mantenido en general las unidades de
concentración (m ) para recordar que la molaridad es la uniciad IH"-) = [O H -] = 10"’ M
de concentración que se utiliza en el cálculo de üTeq.
La constante de equilibrio es fija y característica para cada Dado que el producto iónico del agua es constante, siempre que
reacción química a una temperatura dada. Define la composi­ (H'*’) sea superior a 1 X 10"’ M, (OH~J será inferior a 1 X 10"’ M,
ción de la mezcla fmal en el equilibrio, independientemente de y viceversa. Cuando la [H'*’) es muy alta, tal como sucede en una
las cantidades iniciales de reactivos y productos. De modo in­ solución de ácido cloriiídrico, (0H“ ) será muy pequeña. A partir
verso, podemos calcular la constante de equilibrio de una reac­ del producto ióiüco del agua podemos calcular (H'*') si conoce­
ción dada a una temperatura determinada si se conocen las mos (0H“ ), y viceversa.
concentraciones en el equilibrio de todos los reactivos y pro­
ductos. Como hemos visto en el Capítulo 1 (p. 24), la variación
estándar de energía libre (A(r®) está relador\ada directamente H lU EM P L0 P R Á aiC 0 2 -3 Cálculode[H^]
conla^eq- ¿Cuál es la concentración de H* en una disolución de NaOH
0,1 M?
La ionización del agua se expresa mediante
Solución; Empezamos con la ecuación del producto iónico del
una constante de equilibrío agua:
El grado de ionización del agua en el equilibrio (Ec. 2-1) es pe­
queño; a unos 25 ®Ctan sólo dos de cada 10®moléculas en agua Jfw = [H^KOH-]
pura están ionizadas en un momento dado. La constante de
Siendo [0H‘ |= 0,1 m, obtenemos (H*)
equilibrio para la ionización reversible del agua es
Xw 1 x 10“ “ m2 10-
(2-^) IH+1
W 2O] IOH-] 0,1 M 10-^ M

En agua pura a 25 ®C, la concentración del agua es de 55,5 M, 1 0 -“ M


gramos de H2O en 1 L divididos por el peso molecular en gra­
56 El agud

■■¡EJEM PLO PRÁCTICO 2-4 Cálculode[OH~] r 1 M NaOH

¿Cuál es la concentración de 0H~ en una disolución en la que la


concentración de es 1,3 x 1(T^ m? - Lejía doméstica

Solución; Empezamos con la ecuación del producto iónico del Amoníaco doméstico
agua:

« * = « * ) [OH-]

Siendo (H*| = 1,3 X 10"^ M, obtenemos |OíT]

Ky, I X 10'** M* 10"^^ Solución de


IOH-) = levadura artifícial (NaHCOs)
[H*l 0,00013 M 1,3 X IO ""*» !
Agua de mar, clara de huevo
7,7 X lQ-“ M
- Sangre humana, lágrimas
En todos los cálculos asegúrese de que redondea su respuesta Leche, saliva
al número correcto de cifras significativas, como en este caso.

Café negro
Cerveza
La escala depHrepresenta las concentraciones de yOH - Vino tinto
El producto iónico del agua, íf*. constituye la base de la escala Cola, vinagre
de pH (T^bla 2-6). Supone urm manera converüente de desig­
nar la concentración de H'*' (y por consiguiente de OH") en Zumo de limón
cualquier disolución acuosa entre 1,0 M de y 1,0 M de 0H~. Jugo gástrico
El término pH se define mediante la expresión

IM HCl
pH = log -log IH^]
[H*l FIGURA2-14 pH de algunos fluidos acuosos.
El símbolo p denota “logaritmo negativo de". Para una solución
exactamente neutra a 25 *C, en la que la concentración de los

iones hidrógeno es 1,0 x 10 m, se puede calcular el pH de la


manera siguiente:
1
pH = log ^ = 7,0
Laescala depH 1 ,0 X 10

irj(M ) pH [OH-l(M) pOH* obsérvese que la concentración de H^ se debe expresar como


10° (1) 0 10“ *^ 14 molaridad (m).
10-13 El valor de 7 para el pH de una disolución exactamente
10"* 1 13
neutra no es una cifra escogida de manera arbitraria; proviene
10"* 2 io-*2 12
del valor absoluto del producto iónico del agua a 25 ®C, que por
10~® 3 10-" 11 una feliz coincidencia es un número entero. Las disoluciones
10"* 4 io - ‘ « 10 que tienen un pH superior a 7 son alcalinas o básicas y en ellas
10"® 5 10‘ » 9 la concentración de 0H“ es mayor que la de H^. Inversamente,
10“ ® 6 10"» 8 las disoluciones con un pH inferior a 7 son ácidas.
Recuerde que la escala de pH es logarítmica, no aritmética.
lO"'^ 7 10-^ 7
Decir que el pH de dos soluciones difiere en 1 unidad de pH sig­
10"* 8 10"® 6
nifica que una solución tiene una concentración de H"^ diez ve­
10~® 9 10"® 5 ces superior al de la otra, pero no nos dice cuál es el valor
10-10 10 10-* 4 absoluto de la diferencia. La Figura 2-14 indica el pH de algu­
10~“ 11 10“ ® 3 nos fluidos acuosos comunes. Una bebida de cola (pH 3,0) o un
10-12 12 10-=* 2 vino tinto (pH 3,7) tienen una concentración de H^ aproxima­
10-13 damente 10.000 veces superior a la de la sangre (pH 7,4).
13 10"' 1
Se puede medir aproximadamente ei pH de una solución
10-*^ 14 10® (1) 0
acuosa utilizando diversos colorantes indicadores, entre ellos el
tornasol, la fenolftaleína y el rojo fenol que experimentan cam­
*A veces se utiliza la e^)resión pOH pafa describir la basícidad, O concentración de OH', de una
soludón; ei pOHse defme por ia expresión pOH - -log(OH~], que es análoga a la expresión para bios de color cuando se disocia un protón de la molécula de co­
el pH. Obsérvese que en todos los casos, pH ♦pOH-14. lorante. Las determinaciones precisas de pH en el laboratorio
2.2 Ionización dei agud, ácidos débiles y bases débiles 57 J

químico o clínico se hacen con un electrodo de vidrio que es se­ químicos es el comportamiento de los ácidos y bases débiles, los
lectivamente sensible a la concentración de pero que es in­ que no están completamente ionizados al disolverse en el agua.
sensible aJ Na'*', y otros cationes. En un pHmetro se Estos compuestos forman parte de todos los sistemas biológicos
amplifica la señal de un electrodo de vidrio colocado en la diso­ y juegan papeles importantes en el metabolismo y su regu­
lución a ensayar y se compara con la señal generada por una di­ lación. Se comprenderá mejor el comportamiento de las disolu­
solución cuyo pH se conoce con exactitud. ciones acuosas de los ácidos y bases débües si definimos prime­
La medición del pH es una de las operaciones más im­ ro algunos términos.
r portantes y más frecuentemente utilizadas en bioquími­
ca. El pH afecta la estructura y actividad de macromoléculas
Se pueden definir los ácidos como dadores de protones y
las bases como aceptores de protones. Un dador de protón y su
biológicas; por ejemplo la actividad catalítica de los enzimas de­ correspondiente aceptor forman un par ácido-base coiguga-
pende fuertemente del pH (véase la 2-21). La medida del do (Fig. 2-15). El ácido acético (CH3COOH), un dador de pro­
pH de la sangre y de la orina se utiliza normalmente para diag­ tones y el anión acetato (CHsCOO*"), el correspondiente
nosticar enfermedades. El pH del plasma sanguíneo de las per­ aceptor de protones, constituyen un par ácido-base conjugado,
sonas con diabetes grave no controlada, por ejemplo, es con relacionado por la reacción reversible
frecuencia inferior al valor normal de 7,4; este estado se conoce
como acidosis (más adelante se describirá con mayor detalle). CH3COOH CH3COO" +
En otros estados patológicos el pH de la sangre es superior al
Cada ácido tiene una tendencia característica a perder su
nonnal, estado que se denomina alcaiosis. La acidosis y la al-
protón en disolución acuosa. Cuanto más fuerte sea el áddo ma­
caiosis extremas pueden poner en peligro la vida. ■
yor será la tendencia a perder su protón. La tendencia de cual­
quier ácido (HA) a perder un protón y formar su base conjugada
Losácidos y bases débiles tienen constantes (A“ ) se define mediante la constante de equilibrio (K^q) para la
dedisociación características reacción reversible
HA A“
Los ácidos clorhídrico, sulfürico y nítrico, denominados común­
mente ácidos ftiertes, están completamente ionizados en solu­ para la que
ciones acuosas diluidas; las bases fuertes NaOH y KOH también
están ionizadas completamente. De mayor interés para los bio­ (HAI

Ácidos monoprótícos
Ácido acético
(üCa = l , 7 4 x 10-5 M)

Ión amonio
(/i:a = 5,62x 10-10 M)

Ácidos dipróticos
Ácido carbónico
(ií.* l,7 0 x 10-^M);
Bicarbonato
(/!:«=: 6,31 X 10-11M)

Glicina, grupo carboxilo


(AT, = 4,57 X 10-3 M);
Glicina, grupo amino
(í:« » 2,61 X 10-10 M)

Ácidos tripróticos
Ácido fosfórico
(iCa = 7,25X 10-3 M);
Díhidrógeno fosfato
(/í:, = 1,38 X 10-7 M);
Monohidrógeno fosfato
(K^, = 3,98x 10-13 M)

FIGURA2-15 Un par ácido-baseconjugadoconsisteenundador de protonesy reacciones de disociación para cada par en donde tienen lugar a lo largo de un
unaceptor de protones. Algunos compuestos, tales como el ácido acético y el gradiente de pH. fóra cada reacción se muestra la constante de equilibrio o diso­
amoníaco, son monopróticos; pueden ceder solamente un protón. Otros son di­ ciación (K¿) y su logaritmo negativo, el p/C,. *Véase la explicación de aparentes
próticos (ácido carfjónico y glicina) o tripróticos (ácido fosfórico). Se muestran las discrepancias sobre los valores de pK¿ del ácido carbónico (H2CO3) en la p. 63.
56 El agua

Las constantes de equilibrio de las reacciones de ionización se


suelen denominar constantes de ionización o constantes
ácidas de disociación, a menudo designadas como K^. En la
Figura 2-15 se dan las constantes de disociación de algunos áci­
dos. Los ácidos más fuertes, tales como el fosfórico y carbónico,
tienen constantes de disociación más altas; los ácidos más débi­
les, tales como el monohidrógeno fosfato (H P O ^ , tienen cons­ pH 6,76
tantes de disociación más bajas.
T
Región
En la Figura 2-15 también se incluyen los valores de piT», pH tamponante
una expresión análoga a la del pH y que se define mediante la -L-pH 3,76
ecuación

pK. = l o g ^ = -logíT,

Cuanto más fuerte sea la tendencia a disociar un protón, más


fuerte es el ácido y menor es su pKg,. Como veremos a continua­
ción, se puede determinar fácilmente el pfifa de cualquier ácido O 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1,0
débü. Eqwvalentes de 0 H'~ añadidos
JL
50 100%
Las curvas detitulación revelan el de los ácidos débiles Porcentaje titulado

FIGURA2-16 Curva de titulación dd ácido acético. Ei pH de la mezcla se mi­


La titulación se utiliza para determinar la cantidad de un ácido
de después de cada adición consecutivade NaOH a ladisoluciónde ácidoacé­
en una disolución dada. Un volumen determinado de ácido se ti­
tico. Estevalor se representa frente a la cantidad de NaOH añadida, expresada
tula con una disolución de concentración conocida de una base
como fracción de ia cantidad total de NaOH requerida para convertir todo el
fuerte, normalmente hidróxido sódico (NaOH). Se añade NaOH ácido acético (CH3COOH) en su forma desprotonada, el acetato {CH3COOI.
en pequeñas cantidades hasta que se ha consumido (neutrali­ Los puntos obtenidos de esta manera dan la curva de titulación. En los recua­
zado) el ácido según se determina mediante un colorante indi­ dros se muestran las formas iónicas predominantes en los puntos indicados. En
cador o con un aparato medidor de pH. Se puede calcular la el punto medio de latitulación las concentraciones del dador de protones y del
concentración de ácido en la disolución original a partir del vo­ aceptor de protones son iguales y el pHes numéricanr»ente igual al del áci­
lumen y la concentración de NaOH añadido. do acético. La zona sombreada es la región útil de capacidad tamponante, ge­
De la gráñca que representa el pH frente a la cantidad de neralmente entre el10% y ei 90%de la titulación del ácido débil.
NaOH añadido (curva de titulación) se deduce el p/sTadel áci­
do débil. Consideremos la titulación de ima disolución 0,1 m de
áddo acético con NaOH 0,1 Ma 25 ®C(Fig. 2-16). En el proce­
so están implicados dos equilibrios reversibles (para simplificar,
el ácido acético se denomina aquí HAc): se ha disociado la mitad del ácido acético original, de modo
que la concentración del dador de protones, (HAc), es igual a
H2O ^ H-"+OH“ (2-5)
la del aceptor de protones [Ac” l. En este punto medio tiene
HAc ^ H ^ +A c- (2-6) validez una relación muy importante: el pH de la solución equi-
molar de ácido acético y acetato es exactamente igual al
Los equilibrios deben cumplir simultáneamente sus constantes
del ácido acético (pK^, = 4,76; véanse las Figs. 2-15 y 2-16).
de equilibrio características que son, respectivamente,
Pronto quedará clara la base de esta relación, que es válida pa­
Kw = [H*][OH~] = 1 X 10"“ (2-7) ra todos los ácidos débiles.
A medida que continúa la titulación mediante la adición de
(H^JlAc-J
= 1,74 X 10® M ( 2- 8) mayores cantidades de NaOH, el ácido acético todavía sin diso­
[HAc]
ciar se convierte gradualmente en acetato. El punto final de la
AI principio de la titulación, antes de añadir NaOH, el ácido acé­ titulación tiene lugar a aproximadamente pH 7,0: todo el ácido
tico ya está ligeramente ionizado, en un grado que se puede cal­ acético ha perdido sus protones, dándolos al 0H~, para formar
cular a partir de su constante de disociación (Ec. 2-8). H2O y acetato. A lo largo de la titulación coexisten los dos equi­
A medida que se va incorporando gradualmente NaOH, el librios (Ecs. 2-5 y 2-6), cumpliendo cada uno de ellos con su
0H“ adicionado se combina con el H* libre en la disolución constante de equilibrio.
fonnando H2O para satisfacer la relación de equilibrio de la En la Fig. 2-17 se comparan las curvas de titulación de
Ecuación 2-7. A medida que se elimina H'*’ libre, el HAc se di­ tres ácidos débiles con cor\stantes de disociación muy dife­
socia más para satisfacer su propia constante de equilibrio rentes: el ácido acético (p^« = 4,76); el dihidrógeno fosfato,
(Ec. 2-8). El resultado neto a medida que progresa la titula­ H2PO7 (jpKs, = 6,86) y el ión amonio, NhJ (pK^ = 9,25). Aimque
ción es que se ioniza más y más HAc, formando Ac“ , según se las curvas de titulación de estos ácidos tienen la misma forma,
va afladiendo NaOH. En el punto medio de la titulación, en la están desplazadas a lo largo del eje de pH debido a que los tres
que se han añadido exactamente 0,5 equivalentes de NaOH, tienen diferente fuerza. El ácido acético, que tiene la mayor
2.3 Tamponamíento contra cambios de pH en los sistemas biológicos 59

El pH de una disolución acuosa refleja, en escala logarítmi­


Punto medio
ca, la concentración de iones hidrógeno:
de la
titulación NHs 1
pH = log -log [H^].
i [H^]
pK^ = 9,25 Regiones
tamponantes: ■ Cuanto mayor es la acidez de una disolución, menor será
y - 10,25 su pH. Los ácidos débiles se ionizan parcialmente y liberan
un ión hidrógeno, lo que hace disminuir el pH de la disolu­
ción acuosa. Las bases débiles aceptan un ión hidrógeno y
aumentan el pH. El grado en que se producen estos proce­
sos es característico de cada ácido o base débiles en parti­
pH cular y se expresa como la constante de disociación:
[H^][A’ ]
eq
[HA]
■ El pKa expresa la fuerza relativa de un ácido o base débiles
en escala logarítmica:

pK^ = log -logüTa-

■ Cuanto más fuerte sea un ácido, menor será su p^T^; cuan­


to más fuerte sea la base, mayor su püfa- El pJifa se puede
determinar experimentalmente; es el pH del punto medio
O 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1,0
de la curva de titulación del ácido o de la base.
Equivalentes de OH' añadidos
_L
50 100% 2.3 Tamponamíento contra cambios de pH
Porcentíye titulado
en los sistemas biológicos
FIGURA2-17 Comparación de las curvas de titulación de tres áddos débiles. Se
muestran las curvas de titulación de CH3 COOH H2 POJ y NHJ. En los recuadros Casi todos los procesos biológicos son dependientes del pH;
se muestran las formas iónicas predominantes en los puntos señalados de la titu­ un pequeño cambio en el pH produce un gran cambio en la
lación. Las regiones con capacidad tamponante están indicadas a la derecha. Los velocidad del proceso. Esto no sólo es cierto para las muchas
pares ácido-base conjugados son tampones efectivos entre aproximadamente el reacciones en las que el ión H"^ es un participante directo, sino
10 y el 90% de la neutralización de la especie dadora de protones. también para aquellas en las que aparentemente no juegan
ningún papel. Los enzimas que catalizan ias reacciones celula­
res, y muchas de las moléculas sobre las que actúan, contienen
grupos iorüzables con valores de pA'a característicos. Los gru­
pos amino y carboxilo protonados de los aminoácidos y el
(el menor p/Q de los tres es el más fuerte de los tres ácidos dé­
grupo fosfato de los nucleótidos, por ejemplo, funcionan co­
biles (pierde su protón con más facilidad); a pH 4,76 se encuen­
mo ácidos débiles; su estado iónico depende del pH del medio
tra ya semidisociado. El dihidrógeno fosfato pierde un protón
que los rodea. (Cuando un grupo ionizable se halla secuestra­
con menor facilidad, y está semidisociado a pH 6,86. El ión amo­
do dentro de una proteína, lejos del disolvente acuoso, su
nio es el ácido más débil de los tres y no está semidisociado has­
o pifa aparente, puede ser sensiblemente diferente de su pK^
ta pH 9,25.
en agua.) Tal como hemos señalado anteriormente, las inte­
La curva de titulación de un ácido débil muestra gráfica­
racciones iónicas se cuentan entre las fuerzas que estabilizan
mente que un ácido débil y su anión, un par ácido-base corru­
una molécula proteica y permiten que un enzima reconozca y
gado, pueden actuar como sustancias tampón, que describimos
se una a su sustrato.
en la sección siguiente.
Las células y los organismos mantienen un pH citosólico
especíñco y constante, normalmente cerca de pH 7, que man­
RESUMEN 2.2 Ionización del agua, ácidos tiene las biomoléculas en su estado iónico óptimo. En los orga­
débiles y bases débiles nismos multicelulares, el pH de los fluidos extracelulares
también se mantiene estrechamente regulado. El pH se mantie­
■ El agua pura está ligeramente ionizada y contiene la misma ne constante principalmente gracias a los tampones biológicos,
cantidad de iones hidrógeno (iones hidronio, H3O*") e iones que son mezclas de ácidos débiles y de sus bases conjugadas.
hidroxilo. El grado de ionización se describe mediante
....................... [H ^ ][O H -]
una constante de equilibno, K^q = — FtTTvi— >
lJnL2UJ
Los tampones son mezdas de áddos débiles
y sus bases conjugadas
de la que se deduce el producto iónico del agua,
A25"C,AT,. = (H^I(OH“ ) = (55,5 = Los tampones son sistemas acuosos que tienden a resistir cam­
10"'^ M^. bios en su pH cuando se añaden pequeñas cantidades de ácido
60 El agua

concentraciones casi iguales de dador de protones y de su


aceptor de protones conjugado. La Figura 2-18 explica de
OH’ HjO
qué modo funciona un sistema tampón. Siempre que se añade
H'*' u 0H~ a un tampón, el resultado es un pequeño cambio en
el cociente de las concentraciones relativas del ácido débil y
de su anión y, por tanto, un pequeño cambio de pH. El des­
Acido acético Acetato
(CH3COOH) (CHaCOO-) censo en la concentración de un componente del sistema se
equilibra exactamente por un incremento del otro. La suma
de los componentes del sistema no varía, sino que sólo varía
su proporción.
Cada par conjugado áddo-base tiene una zona característi­
[H^lIAc-1 ca de pH en la que es un tampón eñcaz (Pig. 2-17). El par
/í:.=
IHAcl H2P07/HP04“ tiene un pK^ de 6,86 y por tanto puede servir co­
mo sistema tampón eñciente entre aproximadamente pH 5,9 y
FIGURA2-18 El par ácido acétíco-acetato comosistema tampón. Ei sistema es
pH 7,9; el par NH4/NH3, con un piT» de 9,26, puede actuar como
capaz de absorber H'*’ u OH~ a través de la reversibilidad de la disociación del
tampón aproximadamente entre pH 8,3 y pH 10,3.
ácido acético. El dador de protones, el ácido acético (HAc), contiene una reser­
va de H‘‘’ ligado, que puede liberarse para neutralizar una adición de OH" al
sistema formando H2O. Esto sucede porque el producto IH"‘’l|OH” l excede La ecuación de Henderson-Hasselbaich relaciona
transitoriamente Ky, (1 x m^). El equilibrio se ajusta rápidamente de modo
que este producto sea igual a 1 x 1(T’^ (a 25 reduciendo así transitoria­
pH, p/íay concentración de tampón
mente la concentración de H'*’. Péro ahora el cociente [H'‘‘l[Ac]/[HAc] es me­ Las curvas de titulación del ácido acético, de H2PO7 y de NH^
nor que /Ca, por lo que se disocia más HAc para restaurar el equilibrio. De modo (Fig. 2-17) tienen formas casi idénticas, lo que sugiere que re-
semejante, la base conjugada, Ac" puede reaccionar con iones H'*’ adicionados ñejan una ley o relación fundamental. Este es, efectivamente, el
al sistema; de nuevo las dos reacciones de ionización vuelven simultáneannen- caso. La forma de la curva de titulación de cualquier ácido débil
te al equilibrio. Así un par ácido-base conjugado, tal como el ácido acético y el está expresada por la ecuación de Henderson-Hasselbaich, que
ión acetato, tiende a resistir un cambio en ei pM cuando se añaden pequeñas es importante para comprender la acdón de los tampones y el
cantidades de ácido o base. La acción tamponante es simplemente la conse­ equilibrio ácido-base en la sangre y tejidos de los vertebrados.
cuencia de dos reacciones reversibles que tienen lugar simultáneanriente y que
Esta ecuación es simplemente una forma útil de enunciar de
alcanzan sus puntos de equilibrio según sus constantes de equilibrio, y K^.
otro modo la expresión de la constante de ionización de un
ácido. En el caso de la ionización de un ácido débil HA, la
ecuación de Henderson-Hasselbaich puede deducirse de la si­
guiente forma:
(H'*’) o base (OH"). Un sistema tampón consiste en un áddo dé­
bil (dador de protones) y su base conjugada (aceptor de proto­
nes). Por ejemplo, una mezcla de igual concentración de áddo [HA]
acético y de ión acetato, tal como la que se encuentra en el pun­ Despejando primero [H**"]:
to medio de la curva de tituladón de la Figura 2-16, es un siste­
ma tampón. Observe que la curva de tituladón del áddo acético [HA]
tiene una zona relativamente plana que se extiende alrededor [A -]
de 1 unidad de pH a cada lado dd pH de su punto medio, 4,76. Tomando el logaritmo negativo en ambos lados de la igualdad:
Dentro de esta zona una cierta cantidad de H'*’ u OH"” añadida al
sistema tiene un efecto mucho menor sobre el pH que la misma - lo g [H n = - l o g í : , - l o g ^
cantidad añadida fuera de ella. Esta zona relativamente plana
es la región de tamponamiento del par ácido acético-acetato.
Sustituyendo -log[H“^] por pH y -log^a Por pK^:
En el punto medio de la región de tamponamiento, donde la
concentración del dador de protones (ácido acético) es exacta­ TT 1 [HA]
pH = p/^a “
mente igual a la del aceptor de protones (acetato), el poder
tamponante del sistema es máximo; esto es, el cambio de pH es
Invirtiendo ahora -log[HAl/[A“], lo que implica un cambio de sig­
mínimo cuando se adidona 0H“ o H"^. El pH en este punto de la no, se obtiene la ecuación de Henderson-Hasselbaich:
curva de titulación del áddo acético es igual a su pK^. El pH del
sistema tampón del acetato cambia ligeramente cuando se adi­ [A^l
pH = pÜLa + log (2- 9;
ciona una pequeña cantidad de OH o de H'*’, pero este cambio [HA]
es muy pequeño si lo comparamos con el cambio de pH que se
Esta ecuadón se ajusta a la curva de titulación de todos los .ád­
produciría si se añadiese la misma cantidad de OH o H^ al agua
dos débiles y nos permite deducir una serie de relaciones cuan­
pura o a una disolución de la sal de un áddo fuerte y una base
titativas importantes. Por ejemplo, muestra por qué el pK^ de
fuerte, como puede ser el NaCl, que no tiene capacidad tampo­
un ácido débil es igual al pH de la soludón en el punto medio de
nante.
su titulación. En este punto, [HA] = [A~] y de ahí
El tamponamiento es el resultado de dos equilibrios de
reacciones reversibles que tienen lugar en una disolución con pH = piía + log 1 = píTa + O = p/Ta
2.3 Tamponamíento contra cambios de pH en los sistemas biológicos 61

La ecuación de Henderson-Hasselbalch también permite (1) Utilizamos la ecuación de Hendei-son-Hasselbalch:


calcular el a partir del pH y la relación molar entre dador y
[A~]
aceptor de protones; (2) calcular el pH a partir del pK^ y la rela­ pH = + le
dón molar entre dador y aceptor de protones, y (3) calcular la [HA]
relación molar entre dador y aceptor de protones, conocidos el Sustituyendo pK2 = 6,0 y pH = 7,3;
pHyelpJ^a.

Acidos obases débiles tamponan células y tejidos


contra cambios de pH
Los fluidos intra y extracelulares de los organismos multicelula­
res poseen un pH característico y prácticamente constante. Los antilog 1,3 = = 2,0 x 10^
ImsJtl J
sistemas tampón proporcionan la primera línea de defensa del
organismo contra los cambios del pH interno. El citoplasma de La fracción de histidina total que se encuentra en la forma pro­
la mayoría de células contiene elevadas concentraciones de pro­ tonada HisH"^ a pH 7,3 es 1/21 (1 parte de HisH'" en un total de 21
teínas, las cuales contienen muchos aminoácidos con grupos partes de histidina en cualquiera de sus dos formas), o un 4,8%.
funcionales que son ácidos débiles o bases débiles. Por ejemplo,
la cadena lateral de la histidina (Fig. 2-19) tiene un pK^, de 6,0;
las proteínas que contienen residuos de histidina pueden, por lo
tanto, tamponar de manera eñciente a un pH cercano a la Nucleótidos tales como el ATP, así como muchos metaboli­
neutralidad. tos de baja masa molecular, contienen grupos ionizables que
pueden contribuir al poder tamponante del citoplasma. Algunos
orgánulos altamente especializados y compartimientos extrace­
■ ■ EJEMPLO PRÁCTICO 2-5 Ionización de la histidina lulares contienen elevadas concentraciones de compuestos que
Calcule la fracción de histidina que tiene su cadena lateral de contribuyen a la capacidad tamponante: los ácidos orgánicos
tamponan las vacuolas de las células vegetales; el amo­
imidazol protonada a pH 7,3. Los valores de pK^ de la histidina
son pKy = 1,82, pK^ (imidazol) = 6,00 y pK^ = 9,17 (véase la níaco tampona la orina.
Dos tampones biológicos especialmente importantes son
Fig. 3-12b).
los sistemas del fosfato y del bicarbonato. El sistema tampón del
Solución: Los tres grupos ionizables de la histidina tienen va­ fosfato, que actúa en el citoplasma de todas las células, consiste
lores de pK^ suficientemente diferentes para que el primer en H2PO7 como dador de protones y HPOf" como aceptor de
grupo ácido (—COOH) esté completamente disociado antes protones:
de que el segundo (imidazol protonado) empiece a perder su
protón, y el segundo se ioniza completamente antes de que el H2PO Í H*" + H P O r
tercero (—NHJ) empiece a perder el suyo. (Con la ecuación El sistema tampón del fosfato presenta su efectividad máxima a
de Henderson-Hasselbalch podemos demostrar fácilmente un pH próximo a su pK^ de 6,86 (Figs. 2-15, 2-17), y tiende
que un ácido débil va desde una ionización del 1% a 2 unida­ pues a resistir los cambios de pH en el intervalo entre 5,9 y 7,9.
des de pH por debajo de su pK^ a una ionización del 99% a dos Es, por tanto, un tampón efectivo en los fluidos biológicos; en
unidades de pH por encima de su pK^\ véase también la los mamíferos, por ejemplo, los fluidos extracelulares y la mayo­
Fig. 3-12b.) A pH 7,3, el grupo carboxilo de la histidina es­ ría de compartimientos citoplasmáticos tienen un pH en el in­
tá completamente desprotonado (—COO”) y el grupo a-amino tervalo de 6,9 a 7,4 (véase el Ejemplo Práctico 2-6).
completamente protonado (— NH3), Podemos, por tanto, su­ El plasma sanguíneo está tamponado en parte por el siste­
poner que a pH 7,3 el único grupo que se encuentra parcial­ ma del bicarbonato que consiste en ácido carbónico (H2CO3)
mente disociado es el grupo imidazol, que puede estar como dador de protones y el bicarbonato (HCO3) como aceptor
protonado (abreviado HisH*) o no (His). de protones (Ki representa la primera de varias constantes de
equilibrio en el sistema tampón del bicarbonato):

H2CO3 H^ + HCO3
[H^J[HC03]
[H2CO3]
Este sistema tampón es más complejo que otros pares ácido-ba­
se conjugados, ya que imo de sus componentes, el ácido carbó­
nico (H2CO3) se forma a partir de dióxido de carbono disuelto
(d) y agua, según la reacción reversible:

C02(d) + H2O H2CO3


FIGURA2-19 Ionización de la histidina. El aminoácido histidina, componente
de las proteínas, es un ácido débil. El pK^ del nitrógeno protonado de ia cadena [H2CO3]
lateral es 6 ,0 . [C02(d)][H20]
E) agua

■ ■ i EJEMPLO PRÁCTICO 2-6 Tamponesfosfato


(a ) ¿Cuál es el pH de una mezcla de 0,042 m de NaH2P04 y 0,058 m de N32HP04?

Solución: Utilizamos la ecuación de Henderson-Hasselbalch, que expresaremos como:

[base conjugada]
pH = píCa + log-
[ácido]

En este caso, el ácido (la especie que libera un protón) es H2POÍ, y la base conjugada (la espe­
cie que ha perdido un protón) es HPO|". Sustituyendo con las concentraciones dadas de ácido
y base conjugada y con el valor del ( 6,86),

/0,058\
pH = 6,86 + ) = 6,86 + log 1,38 = 6,86 + 0,14 = 7,0

Podemos comprobar de modo cualitativo si esta respuesta es correcta. Si hay una mayor
cantidad de base conjugada presente que de ácido, la titulación del ácido está por encima del
50% y el pH está por encima del pÜTa ( 6,86), punto en el cual el ácido está titulado al 50%.
(b ) Si se añade 1,0 mL de NaOH 10,0 N a un litro del tampón preparado en (a ), ¿cuánto varia­
rá el pH?

Solución: Un litro de tampón contiene 0,042 moles de NaH2P04. La adición de 1,0 mL de NaOH
10,0 N (0,010 moles) titularía una cantidad equivalente (0,010 moles) de NaH2P04 a Na2HP04,
resultando en 0,032 moles de NaH2P04 y 0,068 moles de Na2HP04. El nuevo pH es:

[HPOM
pH = p^a + log
[H2P0 ; ]
0,068
= 6,86 + log 6,86 + 0,33 = 7,2
0,032

(c ) Si se añade 1,0 mL de NaOH 10,0 N a un litro de agua pura a pH 7,0 ¿cuál será el pH ñnal?
Compárelo con la respuesta obtenida en (b ).

Solución: El NaOH se disocia completamente en Na*" y OH", dando [0H“] = 0,010 mol/L =
1,0 X 10“^ M. El pOH es el logaritmo negativo de [0H“], de modo que pOH = 2,0. Dado que en to­
das las disoluciones, pH + pOH = 14, el pH de la disolución es 12.
Por tanto, una cantidad de NaOH que incrementa el pH del agua desde 7 a 12, incrementa
el pH de una disolución tamponada, sólo de 7,0 a 7,2. jAsí es la capacidad del tamponamiento!

El dióxido de carbono es un gas en condiciones normales, y la reversibles, en este caso entre CO2 gaseoso en los pulmones y
concentración de CO2 disuelto resulta de su equilibrio con el bicarbonato (HCO3) en el plasma sanguíneo (Fig. 2-20).
CO2de la fase gaseosa (g):

C02(g) ^ C02(d)

[C02(d)]
[C02(g)]

El pH de un sistema tampón de bicarboimto depende de la con­


centración de H2CO3 y de HCO3, dador y aceptor de protones
respectivamente. A su vez, la concentración de H2CO3depende
de la concentración de CO2disuelto, que a su vez depende de la
concentración del CO2 en la fase gaseosa, denominada presión
parcial de CO2 o PCO2. Así, el pH de un tampón bicarbonato Fase g^eosa
expuesto a una fase gaseosa viene determinado en último tér­ (espacio aéreo pulmonar) C02(g)
mino por la concentración de HCO3 en la fase acuosa y la PCO2
en la fase gaseosa. FIGURA2-20 El sistema tampón del bicarbonato. El CO2 de) espacio aéreo de
El sistema tampón del bicarbonato es un tampón fisioló­ los pulmones está en equilibrio con el tampón bicarbonato en el plasma san­
gico eficiente cerca de pH 7,4 ya que el H2CO3 del plas­ guíneo que pasa a través de los capilares pulmonares. Dado que la concentra­
ma sanguíneo está en equilibrio con una gran capacidad de ción de CO2 disuelto se ajusta rápidamente mediante cambios en la velocidad
reserva de C02(g) en el espacio aéreo de los pulmones. Como de respiración, el sistema tampón del bicarbonato de la sangre está en un cua-
se ha dicho antes, este sistema tampón implica tres equilibrios si-equilibrio con una gran reserva potencial de CO2 .
2.3 Tamponamiento contra cambios de pH en los sistemas biológicos 63

Cuando se añade H"*" (por ejemplo, a partir de ácido láctico En medicina clínica es normal referirse a C02(d) como el
producido en el tejido muscular durante el ejercicio vigoroso) a ácido conjugado y usar su aparente (o combinado) de 6,1
la sangre, a medida que ésta pasa por los tejidos, la reacción 1 para simplificar el cálculo del pH a partir de [C02(d)). Según
de la Figura 2-20 transcurre hacia un nuevo equilibrio en el que esto,
aumenta [H2CO3I. Esto implica a su vez el aumento de [C02(d)j
[HCOj]
en la sangre (reacción 2) y así aumenta la presión de C02(g) en pH = 6,1 + log
(0,23 X P C O 2)
el espacio aéreo de los pulmones (reacción 3); el CO2 sobrante
se exhala. De manera inversa, cuando se aumenta el pH del donde PCO2 se expresa en kilopascals (kPa; normalmente,
plasma sanguíneo (por ejemplo, por la producción de NH3 du­ PCO2 está entre 4,6 y 6,7 kPa) y 0,23 es el correspondiente co­
rante el catabolismo de las proteínas), tienen lugar ios procesos eficiente de solubilidad del CO2en agua; de este modo, el térmi­
opuestos: la [H**’] del plasma sanguíneo desciende, haciendo que no 0,23 X PCO2 “ 1,2 kPa. La [HCOi] del plasma es
se disocie más H2CO3 en y HCOJ por lo que se disuelve más normalmente de 24 mM. ■
C02(g) de los pulmones en el plasma sanguíneo. La velocidad
de la respiración, esto es, la velocidad de inhalación y exhala­ La diabetes no tratada produce acidosis
ción de CO2, puede ajustar estos equilibrios rápidamente y man­
que puede ser mortal
tener casi constante el pH de la sangre. El ritmo de la
respiración se controla en el tronco cerebral, donde la detec­ El plasn\a sanguíneo humano tiene normalmente un pH
ción de un aumento en la pCOa o un descenso en el pH de la entre 7,35 y 7,45, y muchos de los enzimas que actúan en
sangre desencadena una respuesta que hace que la respiración la sangre han evolucionado para tener su actividad máxima en
sea más profunda y frecuente. este margen de pH. Aunque son muchos los aspectos de la es­
Al pH del plasma sanguíneo (7,4) hay poco H2CO3presente tructura y función celulares inñuidos por el pH, es la actividad
en comparación con HCO.3, y la adición de una pequeña cantidad enzimática la que es especialmente sensible. Los enzimas tienen
de base (NH3 u OH") titularía todo el H2CO3, anulando la capaci­ un máximo de actividad catalítica a un pH característico deno­
dad de tamponamiento. El importante papel del ácido carbónico minado pH óptímo (Fig. 2-21). A ambos lados del pH óptimo
(p^a = 3,57 a 37 ®C) en el tamponamiento del plasma sanguíneo su actividad catalítica desciende, a menudo de forma abrupta.
(-pH 7,4) parece no estar de acuerdo con la anterior afirmación Así, un pequeño cambio en el pH puede provocar una gran dife­
de que un tampón es más efectivo en el margen de 1 unidad de rencia en la velocidad de alguna reacción crucial catalizada enzi­
pH por debajo y por encima de su pifa- La explicación de esta pa­ máticamente. El control biológico del pH de las células y fluidos
radoja estriba en la gran reserva de C02(d) en la sangre y en la ra­ corporales es, por consiguiente, de importancia central en todos
pidez con que establece su equilibrio con el H2CO3: los aspectos del metabolismo y de las actividades celulares,
por lo que cambios en el pH de la sangre tienen consecuencias fi­
C02(d) + H2O H 2CO 3
siológicas marcadas (descritas en el recuadro 2- 1).
Podemos deñnir una constante, que es la constante de equi­ En individuos con diabetes no tratada, la falta de insulina o
librio de la hidratación del CO2: la insensibilidad a su presencia (dependiente del tipo de diabe-

ÍH 2CO 3]
Ku
[C 02 (d )l

A continuación, con el fin de tener en cuenta la reserva de


C02(d), podemos expresar IH2CO3I como /rh(C02(d)], y susti­
tuir esta expresión por IH2CO3] en la ecuación de la disociación
ácida de H2CO3:

[H^llHCOJ] [H^ÍHCOa]
[H 2CO 3] /íh [C 0 2 (d )]

Ahora, la constante de equilibrio global para la disociación de


H2CO3puede expresarse en estos ténninos:

[H^ÍHCO^l
— /i^corabinada
[C02(d)]

Podemos calcular el valor de la nueva constante, ^íTcombinad*» y ^1


correspondiente pK aparente, o p/Ccombinado, a partir de los valo­
res determinados experimentalmente para (3,0 X 10“^ M) y
A a(2,7X 10-^M )a37®C: FIGURA 2-21 pH óptimos de algunos enzimas. La pepsina es un enzima di­
gestivo secretado en el jugo gástrico, el cual tiene un pH de -1,5 que permite
í^combin.d« = (3,0 X 10-® M)(2,7 X 10"“ M) una acción óptima de la pepsina. La tripsina, un enzima digestivo que actúa en
= 8,1 X IO "’ M® el intestino delgado, tiene un pH óptimo que coincide con el pH neutro de la
luz del intestino delgado. La fosfatasa alcalina del tejido óseo es un enzima hi-
pí:combi„«d. = 6,1 drolítico que se aee que participa en ia mineralización del hueso.
64 El agua

RECUADRO 2--1
Sobre ser su propio conejillo de Indias
(¡no lo intente en casa!)
Ésta es una descripción de J.B.S. Haidane de experimentos fi­ sultante se combina con el bicarbonato sódico, presente en to­
siológicos sobre el control del pH de la sangre, extraída de su li­ dos los tejidos, produciendo cloruro sódico y dióxido de carbo­
bro FossiW^ Worlds (Harper and Brothers, 1928), no. He observado en mí mismo la producción de este gas como
“Quise averiguar qué le ocurría a un hombre cuando se consecuencia de este proceso, a la velocidad de seis cuartos de
convertía en más ácido o más alcalino... Desde luego, podría ha­ galón por hora (aunque no una hora entera a este ritmo)...
ber intentado los experimentos en primer lugar con un conejo, “Estaba bastante satisfecho de haber reproducido en mí mis­
puesto que ya se había hecho algún trabajo en esta línea; pero mo el tipo de déficit respiratorio que ocurre en los estados termi­
uno no puede estar nunca muy seguro de cómo se siente un co­ nales de la enfermedad renal y de la diabetes. Desde hacía tiempo
nejo. De hecho, hay conejos que no quieren cooperar. se sabía que eso era debido al envenenamiento por ácido, pero en
“ ... De modo que un colega humano y yo empezamos a todos los casos el envenenamiento por ácido se complica con
experimentar, cada uno con el otro... Mi colega, el Dr. H.W. otras anonnalidades químicas y había bastantes dudas sobre cuá­
Davies, y yo nos hicimos más alcalinos forzando la respiración e les de los síntomas eran debidos directamente al ácido.
ingiriendo hasta tres onzas de bicarbonato sódico. Nos hicimos “La escena cambia ahora a Heidelberg, donde Freudenberg
ácidos encerrándonos en una habitación sellada que contenía y Gyórgy estaban estudiando la tetania muscular en niños pe­
entre un seis y un siete por ciento de dióxido de carbono en el queños... se les ocurrió que podría ser interesante probar el
aire. Esto le hace a uno respirai* como si acabara de terminar efecto de aumentar de manera importante la acidez del cuerpo.
una cancera de remo, produciendo a la vez un violento dolor de Se había observado tetania de forma ocasional en pacientes que
cabeza... Dos horas era el máximo que aguantábamos con el habían sido tratados por otras causas mediante grandes dosis
dióxido de carbono, incluso en el caso de que nuestra cámara de de bicarbonato sódico o que habían perdido mucho ácido clor­
gas no hubiera retenido el olor inerradicable del “gas de la cruz hídrico por vómitos constantes; por tanto, si la alcalinidad de los
amarilla”, procedente de pretéritos experimentos de tiempos de tejidos produce tetania muscular, es de esperar que la acidez la
guerra, que hacían que uno lloriqueara sólo por entrar en ella. cure. Desgraciadamente, resulta difícil imaginar que se pueda
Dada esta situación, lo más obvio era intentar beber algo de áci­ curar a un niño moribundo encerrándolo en una habitación lle­
do clorhídrico. Si lo tomas tal cual, concentrado, te disuelve los na de ácido carbónico y aún menos que se le haga ingerir ácido
dientes y te quema la lengua, pero lo que yo quería era hacer clorhídrico; no se les ocurrió otra cosa que administrar sales de
que se difundiera suavemente por mi cuerpo. Lo máximo que calcio, que no se absorben muy bien y que afectan la digestión,
llegué a ingerir fue una parte de ácido comercial fuerte disuelta pero que ciertamente resultan beneficiosas en muchos casos de
en cien de agua; tenía suficiente con un pinta de ese brebaje, tetania muscular.
que irritaba mi garganta y mi estómago, pero al mismo tiempo “Sin embargo, así que leyeron mi articulo sobre el cloruro
calculaba que necesitaba un galón y medio para obtener el efec­ amónico empezaron a administrarlo a los niños, y se sintieron
to deseado... Pensé que si tomaba cloruro amónico, parte de él encantados al comprobar que los síntomas desaparecían en
se disociaría en mi cuerpo, liberando clorhídrico. La idea era co­ cuestión de horas. Desde entonces se ha usado con éxito en In­
rrecta. .. el hígado convierte el amoníaco en una sustancia ino­ glaterra y en América, tanto en niños como en adultos. No eli­
cua llamada urea antes de que llegue al corazón y al cerebro mina la causa, pero hace que los pacientes mejoren hasta nn
después de su absorción en el intestino. El ácido clorhídrico re­ punto desde el que es posible su recuperación.”

tes), impide la captación de glucosa desde la sangre a los tejidos acetoacético en sangre y orina, el diagnóstico más probable es
y obliga al uso por parte de éstos de los ácidos gi-asos almacena­ diabetes mellitus.
dos como fuente prinmria de energía. Por razones que describi­ Otros estados son también susceptibles de producir acido-
remos con detalle más adelante (p. 914), esta dependencia de sis. El ayuno y la inanición fuerzan el uso de los ácidos grasos
los ácidos grasos da como resultado la acumulación de grandes almacenados como fuente de energía, con las mismas conse
concentraciones de dos ácidos carboxílicos, el ácido ^^hidroxi- cuencias que la diabetes. El ejercicio muy intenso, como en los
butírico y el acetoacético (niveles en plasma de 90 mg/100 mL esprints de atletas o ciclistas, produce una acumulación temporal
en comparación con <3 mg/100 mL en individuos control (sa­ de ácido láctico en la sangre. El fallo renal disnünuye la capacidad
nos); excreción urinaria de 5 g/24 h, comparada con <125 mg/24 h de regular los niveles de bicarbonato. Las enfermedades pulnio
en los controles). La disociación de estos ácidos hace descender nares (tales como el enfisema, la neimionía o el asma) reducen la
el pH sanguíneo a menos de 7,35, causando acidosis. La acidosis capacidad de elinúnar el CO2 producido durante la oxidación de
grave produce dolor de cabeza, sonmolencia, náuseas, vómitos los combustibles en los tejidos, con la consiguiente acumulación
y diarrea, seguidos de aletargamiento, coma y convulsiones, de H2CO3. La acidosis se trata atacando las causas subyacentes:
presumiblemente como consecuencia de que algunos enzimas con insulina pjura personas afectadas de diabetes, y con esterm-
no funcionan óptimamente a pH bajo. Cuando a un paciente se des o antibióticos para personas con enfeimedades puhnonan'Ji
le detectan niveles elevados de glucosa en sangre, pH plasmáti­ La acidosis grave puede revertirse administrando una disolución
co bajo y niveles elevados de ácido jS-hidroxibutírico y ácido de bicarbonato por vía intravenosa. ■
2.4 Ei dgud como reactivo 65

H i E/EMPLO PRÁCTICO 2-7 Tratamientodelaacidosis reacción de hidrólisis. Las reacciones de hidrólisis son tam­
conbicarbonato bién responsables de la despolimerización enzimática de prote­
ínas, glúcidos y ácidos nucleicos. Las reacciones de hidrólisis,
¿Por qué aumenta el pH del plasma sanguíneo con la adminis­
catalizadas por enzimas denonünados hidrolasas, son casi
tración intravenosa de una disolución de bicarbonato?
siempre exergónicas; al generar dos moléculas a partir de una
Solución: La relación de concentraciones de H2CO3y de C02(d) conducen a un incremento en la entropía del sistema. La forma­
determina el pH del tampón bicarbonato según la ecuación: ción de polímeros celulares a partir de sus subunidades por sim­
ple inversión de la hidrólisis (es decir, mediante reacciones de
[HCOJ] condensación) sería endergónica, por lo que no tiene lugar. Co­
pH = 6,1 + log
(0,23 X PCO2) mo veremos, las células salvan este obstáculo termodinámico
mediante el acoplamiento de reacciones de condensación en-
Si la (HCO3] aumenta sin variación en la PCO2, el pH aumen­ dergórücas con procesos exergónicos, tales como la rotura del
tará.
erüace anhídrido del ATR
Al leer esto usted está (|eso esperamos!) consumiendo oxí­
RESUMEN 2.3 Tamponamíento contra geno. El agua y el dióxido de carbono son los productos finales
de la oxidación de combustibles tales como la glucosa. La reac­
cambios de pH en los
ción global de este proceso se puede resumir como:
sistemas biológicos
C 6H j 206 4- 6O2 -> 6CO2 + 6H2O
Una mezcla de un ácido (o base) débil y su sal resiste los Glucosa
cambios de pH causados por la adición de u OH'. Esta
mezcla actúa como im tampón. El “agua metabólica” formada a partir de alimentos y grasas al­
macenadas es de hecho suficiente para permitir que algunos
El pH de una disolución de ácido débü (o base débil) y su
animales que viven en hábitats muy secos Gerbos, ratas cangu­
sal se deduce de la ecuación de Henderson-Hasselbalch:
ro, camellos) sobrevivan sin beber agua durante largos períodos
[A ’ ]
pH = pjKa + log de tiempo.
[HA]* El CO2 producido por la oxidación de glucosa se convierte
En las células y los tejidos, los sistemas tampón de fosfato en los eritrocitos en la forma más soluble HCX)^, mediante una
y bicarbonato mantienen los fluidos intracelulares y extra- reacción catalizada por la enzima carbónico aiüiidrasa:
celulares en su pH óptimo (ífeiológico), que es normal­
CO2 + H2O HCO3
” +
mente cercano a 7. Los enzimas suelen actuar de manera
óptima a este pH. En esta reacción, el agua no es sólo un sustrato sino que actúa
Los estados que hacen descender el pH de la sangre, pro­ en un proceso de transferencia de protones formando una red
de moléculas de agua urüdas por enlaces de hidrógeno a través
duciendo acidosis, o que hacen que aumente, produciendo
alcalosis, pueden poner en peligro la vida de las personas. de las que se produce un salto de protones (Fig. 2-13).
Las plantas y algas verdes utilizan la energía de la luz solar
para romper el agua en el proceso de la fotosíntesis:
2.4 El agua como reactivo lu s
2H2O + 2 A ----> O2 + 2AH2
El agua no es sólo el disolvente en el que tienen lugar las reac­
ciones químicas de las células vivas; muy a menudo participa di­ En esta reacción, A es una especie aceptora de electrones que
rectamente en estas reacciones. La formación de ATP a partir varíá según el tipo de organismo fotosintético y el agua actúa de
de ADP y fosfeto inorgárúco constituye un ejemplo de una dador de electrones en una secuencia de oxidación-reducdc^
reacción de condensación en la que se eliminan los elemen­ (véase la Fig. 19-57) que es fundamental para el desarrollo de
tos del agua (Fig. 2-22). La reacción inversa a ésta, rotura toda forma de vida. "
acompañada de la adición de los elementos del agua, es una
RESUMEN 2.4 El agua como reactivo
■ El agua es a la vez el disolvente en el que tienen lugar las
R-O -P-O H + H 0 - P - 0 “ R—O - P - O —P—O ' + H^O reacciones metabólicas y un reactivo que interviene en
muchos procesos bioquímicos, entre los que se incluyen
(ADP) (ATP) las reacciones de hidrólisis, de condensación y de oxida­
Fosfoanhídrido ción-reducción.

FKHIRA2-22 Participación del agua en reacciones biológicas. El ATP es un fos­


foanhídrido formado por una reacción de condensación (pérdida de los elemen­ 2.5 La adecuación dei ambiente acuoso'
tosdel agua) entre ADP y fosfato. R representa adenosina monofosfato (AMP), Esta a ios organismos vivos
reacción de condensación requiere energía. La hidrólisis (adición de los elemen­
tosdel agua) dei ATP para formar ADP y fosfato libera una cantidad equivalente de Los orgaiüsmos se han adaptado de manera efectiva a su am­
energía. Estas reacciones de condensación e hidrólisis dd ATP son sólo un ejem­ biente acuoso e incluso han desarrollado medios para aprove­
plodel papel del agua confK) reactivo en procesos biológicos. char las inusuales propiedades del agua. El alto calor específico
66 El agua

del agua (el calor necesario para elevar en 1 ®C la temperatura Palabras dave
de 1g de agua) es útil para las células y organismos porque per­
mite que el agua actúe como un “tampón térmico", permitiendo Todos los términos en n^egrüa están definidos en el glosario.
que la temperatura de un organismo permanezca relativamente
constante cuando varía la temperatura del aire o se genera calor enlace de hidrógeno 44 producto iónico
como subproducto del metabolismo. Además, algunos verte* energía de enlace 44 del agua (ií^ ) 55
brados aprovechan el elevado calor de vaporización del agua hidrofílico 46 pH 56
(Tabla 2-1) utilizando (es decir, perdiendo) exceso de calor hidrofóbico 46 acidosis 57
corporal al evaporar el sudor. El alto grado de cohesión interna anfipático 48 alcaiosis 57
del agua líquida, debido a los enlaces de hidrógeno, es aprove­ micela 48 par ácido-base
chado por las plantas como medio para transportar nutrientes interacciones coigugado 57
disueltos desde las raíces a las hojas durante el proceso de la hidrofóbicas 49 constante de
transpiración. Incluso la densidad del hielo, menor que la del fuerzas de London 49 disociación (üf^) 58
agua líquida, tiene consecuencias biológicas importantes en los interacciones de p/ía 58
ciclos vitales de los organismos acuáticos. Los estanques se con­ van der Waals 49 curva de titulación 58
gelan desde arriba hacia abajo y la capa de hielo de la parte su­ osmolaridad 52 tampón 59
perior aísla el agua de debajo del aire frígido, impidiendo que el ósmosis 52 región de tamponamiento 60
estanque (y los organismo que hay en él) se congelen. De gran isotónico 52 ecuación de Henderson-
importancia para todos los organismos vivos es el hecho de que hipertónico 52 Hasselbaich 60
muchas propiedades físicas y biológicas de las macromoléculas hipotónico 52 condensación 65
celulares, especialmente las proteínas y los áddos nucleicos, constante de equilibrio hidrólisis 65
provienen de sus interacciones con moléculas de agua del me­ (iíea) 55
dio circundante. La influencia del agua en el curso de la evolu­
ción biológica ha sido profunda y determinante. Si han
aparecido formas de vida en otras partes del universo, es im­ Bibliografía-------------------------------------------
probable que se parezcan a las de la Tierra, a menos que su ori­
General
gen extraterrestre sea también un lugar en el que haya grandes
cantidades de agua líquida disponibles. Belton, P.S. (2000) Nuclear magnetic resonance studies of the hydra-
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Clásico tratado avanzado de la química física del agua y las inte­
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Extensa colección de artículos sobre la estructura del agua pura y
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Descripción bien ilustrada del uso de la simulación por ordenador
para estudiar la biológicamente importante asociación del agua con las
proteínas y ácidos nucleicos.
Kandori, H. (2000) Role of intemal water molecules in bacterio-
rhodopsin. Biochim Biophys. Acta 1460,177-191.
Revisión de nivel intermedio sobre el papel de una cadena interna
de moléculas de agua en el movimiento de protones a través de esta
proteína.
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tion and catalysis by enzymes. The Biochemist 19 (3), 14-17.
Breve y útil resumen de las formas en que el agua unida influencia
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Kuiitz, I.D. & Zipp, A. (1977) Water in biological systems. N. EngL
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Breve revisión del estado físico del agua citosólica y sus interac­
ciones con ias biomoléculas disueltas.
Luecke, H. (2000) Atomic resolution structures of bacterio-rhodop-
Los medios acuosos dan cobijo a multitud de especies. Los corales blandos, sin photocycle intermediates. the role of discrete water molecules in
esponjas, briozoos y algas se disputan el espacio en este an^ife de las Islas the function of this light-driven ion pump. Biochim Biophys, Acta
Filipinas. 1460,133-156.
Problemas 67

Revisión de carácter avanzado sobre una bomba de protones que Discusión avanzada sobre el papel del agua en la estructura de
utiliza unacadena interna de moléculas de agua. proteínas.
Nicolls, P. (2000) Introduction: the biology of the water molecule. Martin, T.W. & Derewenda, Z.S. (1999) The ñame is bond—H
Cell MoL Life ScL 57,987-992. bond. Nat. Struct BioL 6,403-406.
Revisión corta sobre las propiedades del agua, que sirve de intro­ Breve revisión acerca del carácter parcialmente covalente de los
duccióna otras excelentes revisiones avanzadas publicadas en el mis­ enlaces de hidrógeno.
monúmero de la revista (véanse en especial las de Pocker, 2000, y Pocker, Y. (2000) Water in enzyme reactions: biophysical aspects
Randet aJ., 2000, referidas más abajo). ofhydration-dehydrationprocesses. CeU. MoL LifeSci. 57,
Symons, M.C. (2000) Spectroscopy of aqueous solutions: protein and 1008-1017.
DNAinteractions with water. CelL MoL Life Sci 57,999-1007. Discusión sobre el papel del agua en la catálisis enzimática. to­
Westhof, E. (ed.) (1993) WcUei' and Biological Macromolecules, mando la carbónico anhidrasa como ejemplo.
CRCPress, Inc., Boca Ratón, FL. Schwabe, J.W.R. (1997) The role of water in protein-DNA interac­
Catorce capítulos, cada uno de ellos de un autor diferente, que cu­ tions. Curr. Opim. Struct BioL 7,126-134.
bren (a unnivel avanzado) la estructura del agua y sus interacciones Examina el importante papel del agua tanto en la especificidad
conlas proteínas, ácidos nucleicos, polisacáridos y lípidos. como en la afinidad de las interacciones proteína-DNA.
Wiggins, F.M. (1990) Role of water in some biological processes. Stillinger, F.H. (1980) Water revisited. Science 209,451-457.
Miax)bioL Rev. 64, 432-449. Breve revisión de la estructura física del agua, que incluye la im­
Revisión sobre el agua en la biología, incluida una discusión sobre portancia del enlace de hidrógeno y la naturaleza de las interacciones
laestructura física del agua líquida, sus interacciones con las biomolé­ hidrofóbicas.
culasy el estado del agua en las células vivas. Tanford, C, (1978) The hydrophobic effect and the organization of li-
ving matter. Science 200,1012-1018.
Ósmosis Revisión clásica de las bases químicas y energéticas de las interac­
Cayley, D.S., Guttman, H.J., & Record, M.T., Jr. (2000) Biophysi- ciones hidrofóbicas entre biomoléculas en solución acuosa.
cai characterizatíon of changes in amounts and activity of Escherichia
coli cell and compartment water and turgor pressure in response to Ácidos débiles, bases débiles y tampones: problemas
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ücacüon. CeU. MoL LifeSci 57,1018-1032.
Revisión sobre el papel del agua en la catálisis enzimática a partir Problemas
de estudios con solutos pobres en agua.
1. Solubilidad del etanoi en agua Explique por qué el eta­
Record, M.T., Jr., Courtenay, E.S., Cayley, D.S., & Guttman, noi (CH3CH2OH) es más soluble en agua que el etano
H.J. (1998) Responses of E. coli to osmotic stress: large changes in (CH3CH3).
araounts of cytoplasnüc solutas and water. Trends Biochem. Sci 23,
143-148. 2. Cálculo del pH a partir de la concentración de ión hi­
Revisión de nivel intermedio sobre las maneras en que una célula drógeno ¿Cuál es el pH de una disolución que tiene una con-
bacteriana compensa los cambios en la osmolaridad del entorno. (Véa­ centración de H* de (a) 1,75 X lO"® mol/L; (b) 6,50 x 10-'°
se también más arriba Cayley et al., 2000.) mo)/L; (c) 1,0 X mol/L; (d) 1,50 X lO"® mol/L?
Zoma, L., & Muniiik, T. (2007) Life under pressure: hydrostatic
3. Cálculo de la concentración de ión hidrógeno a partir
pressure in cell growth and function. Trends PUmt Sci. 12,90-97.
del pH ¿Cuál es la concentración de de una disolución de pH
(a) 3,82; (b) 6,52; (c) 11,11?
Interacciones débiles en los sistemas acuosos
Chapiin, M. (2006) Do we underestintate the importance of water in 4. Acidez del HCl gástrico En un laboratorio hospita*
cell biology? Noí. Rev. Molec. CeU Biol. 7,861-866. ____ lario se tituló hasta neutralidad con NaOH 0,1 M una
muestra de 10,0 mL de jugo gástrico obtenido varias horas des­
Fersht, A.R. (1987) The hydrogen bond in molecular recognition.
Trends Biochem. Sci 12,301-304. pués de una comida; se necesitaron 7,2 mL de NaOH. El estó­
Discusióncuantitativa, claray concisasobre la contribuciónde los en­ mago del paciente no contenía comida ni bebida ingerida por lo
lacesde hidrógenoal reconocimiento molecular y la catálisis enzimática. que se puede suponer que no había tampones presentes. ¿Cuál
era el pH del jugo gástrico?
Fríeden, E. (1975) Non-covalent interactions; key to biological flexi­
bility and specificity. J. Chem. Educ. 52,754-761. 5. Cálculo del pH de un ácido o base fuertes (a) Escriba la
Revisión de las cuatro clases de interacciones débiles que estabili­ reacción de disociación ácida del ácido clorhídrico, (b) Calcule
zanlas macromoléculas y les confieren especificidad biológica. Contie­ el pH de una disolución de HCl 5,0 x 10“^ m. ( c ) Escriba la
ne ejemplos ciaros. reacción de disociación ácida del hidi'óxido de sodio, (d) Calcu­
Jeífirey, GA. (1997) An Introduction to Hydrogen Bonding, le el pH de una disolución de NaOH 7,0 x 10*^ m.
Oxford University Press, New York.
6 . Cálculo dei pH a partir de la concentración de ácido
Discusión avanzada y detallada de la estructura y propiedades de
los enlaces de hidrógeno, incluidos los presentes en el agua y en las fuerte Calcule el pH de una disolución preparada por dilución
macromoléculas. de 3,0 vciL de HCl 2,5 m hasta un volumen final de 100 mL con
H2O.
Ladbury, J. (1996) Just add water! The effect of water on the specifi­
city of protein-ligand binding sites and its potential application to drug 7. Medida de los niveles de acetilcolina por cambios del
design. Chem Biol 3,973-980. pH La concentración de la acetilcolina (un neurotransmisor) en
Levy, H & Onuchic, J.N. (2006) Water mediation in protein folding una muestra se puede determinar a partir de los cambios de pH
andmolecular recognition. i4nnu Rev. Biophys. BiomoL StrucL 35, que acompañan a su hidrólisis. Cuando se incuba la muestra con
389-415. el enzima acetilcolinesterasa, la acetilcolina se convierte cuanti­
68 El agua

tativamente en colina y ácido acético, el cual se disocia produ­ ¿Son los siguientes compuestos más solubles en una disolución
ciendo acetato y un ión hidrógeno: acuosa de NaOH 0 ,1m o de HCl 0,1 m? (L o s protones disociables
se señalan en rojo.)
O CH3
H»0
C H a -C -O -C H a -C H a -N -C H g
CH3
Acetilcolina

CH, Ión piridina j8 -Naftol


píT. » 1 0

I (a) (b)
CH, O
Colina Acetato

En un análisis típico, una muestra de 15 mL de una solución


acuosa que contenía una cantidad desconocida de acetilco­
lina tenía un pH de 7,65. Cuando se incubó con acetilcoli­
nesterasa, el pH de la solución descendió hasta 6,87.
Suponiendo que no había tampón en la mezcla de ensayo, 0 ^ ^ 0 -C H ,
determine el número de moles de acetilcolina en los 15 mL iV-Acetiltirosina metil éster
de la muestra. pK, - 1 0

8. Significado físico del ¿Cuál de las disoluciones acuo­ (c)


sas siguientes tiene el pH más bajo: HCl 0,1 m ; ácido acético
0,1 M ( p ^ a = 4,86); ácido fórmico 0,1 M = 3,75)? 13. IVatamiento de la urticaria por hiedra vene-
____ nosa Los componentes de la hiedra y el roble venenosos
9. Vinagre artifícial Una forma de preparar vinagre (no la que producen la urticaria característica son catecoles sustitui­
más recomendable) consiste en hacer una disolución de ácido dos con grupos alquilo de cadena larga.
acético, único componente ácido del vinagre, al pH adecuado
(véase la Fig. 2-14) y añadir agentes saborizantes adecuados.
Ei ácido acético (Mr 60) es líquido a 25 ®C con una densi­
dad de 1,049 g/mL. Calcule el volumen que se debe añadir a
agua destilada para hacer 1 L de vinagre artificial (véase la
Fig. 2-15).
(CH2)„~CHs
10. Identiñcación de la base coigugada ¿Cuál es la base
conjugada en cada uno de los pares de compuestos siguientes?
(a) RCOOH, RCOQ- (c) H2POÍ.H3PO4 Si hubiera estado expuesto a la acción de la hiedra venenosa,
(b) RNH2, RNHJ (d) H2CO3, HCO; ¿cuál de los tratamientos siguientes aplicaría al área afectada?
11. Cálculo del pH de una mezcla de un ácido débil y Justifique su elección.
su base coigugada Calcule el pH de una disolución diluida (a) Lavar el área con agua fría.
que contiene una relación molar de acetato potásico: ácido ^ ) Lavar el área con vinagre diluido o zumo de limón.
acético (pATa = 4,76) de (a) 2:1; (b) 1:3; (c) 5:1; (d) 1.1; (e) (c) Lavar el área con agua y jabón.
1: 10. (d) Lavar el área con jabón, agua y bicarbonato sódico.

12. Efecto del pH sobre la solubilidad La naturaleza 14. pH y absorción de fármacos La aspirina es un
fuertemente polar y formadora de enlaces de hidrógeno del ácido débil con un de 3,5:
agua hace que sea un disolvente excelente para las especies
iónicas (cargadas). Por contra, las moléculas orgánicas apo­
lares no ionizadas, tales como el benceno, son relativamente
insolubles en agua. En principio, la solubilidad en agua de
cualquier ácido o bases orgánicas se puede incrementar me­
diante la conversión de las moléculas en especie cargadas.
Por ejemplo, la solubilidad del ácido benzoico en agua es ba­
ja. La adición de bicarbonato sódico a una mezcla de agua y
ácido benzoico aumenta el pH y desprotona el ácido benzoi­
co formando el ión benzoato, que es bastante soluble en
agua. Se absorbe a la sangre a través de las células que cubren el es­
tómago y el intestino delgado. La absorción implica el paso a
través de la membrana plasmática, la velocidad del cual viene
determinada por la polaridad de la molécula: las moléculas car­
gadas y muy polares pasan lentamente, mientras que las que
son hidrofóbicas y neutras pasan rápidamente. El pH del conte­
nido del estómago es alrededor de 1,5 y el pH del contenido del
intestino delgado es alrededor de 6. ¿Se absorbe más aspirina
Ácido benzoico Ión benzoato hacia el torrente sanguíneo en el estómago o en el intestino del­
p/^n-5 gado? Justifique claramente su elección.
Problemas 69

15. Cálculo del pH a partir de concentraciones mola­ 24. Uso de las concentraciones molares para calcular el
res ¿Cuál es el pH de una disolución que contiene 0,12 mol/L pH ¿Cuál es el pH de una disolución que contiene 0,20 m de
de NH4CI y 0,03 mol/L de NaOH (el pK^ de NH4"/NH3 es de acetato sódico y 0,60 m de ácido acético (pK^ = 4,76)?
9,25)?
25. Preparación de un tampón acetato Calcule las concen­
16. Cálculo del pH después de la titulación de un ácido traciones de ácido acético (pK^^ = 4,76) y de acetato sódico ne­
débU Un compuesto tiene un pK¡^ de 7,4. Se añaden 30 mL cesarias para preparar una disolución tampón 0,2 m a pH 5,0.
de ácido clorhídrico 1,0 m a 100 mL de una disolución 1,0 m
del compuesto a pH 8,0. ¿Cuál es el pH de la disolución resul­ 26. pH de la secreción defensiva de un insecto Ha estado
tante? observando a un insecto que se defiende de sus enertügos se­
cretando un líquido cáustico. El análisis del líquido muestra que
17. Propiedades de un tampón El aminoácido glicina se contiene una concentración total de formiato y ácido fórmico
utiliza a menudo como principal ingrediente de un tampón en (/ifa = 1,8 X 10"^) de 1,45 M; la concentración de ión formiato es
experimentos bioquímicos. El grupo amino de la glicina, que de 0,015 M. ¿Cuál es el pH de la secreción?
tiene un p/ifa de 9,6, puede existir en la forma protonada
(—NH3) o como base libre ( —'NH2) debido al equilibrio 27. Cálculo del Se cree que un compuesto X desconoci­
reversible do tiene un grupo carboxílico con un pK^ de 2,0 y otro grupo io-
nizable con un p^a comprendido entre 5 y 8. Cuando se añaden
75 mL de NaOH 0,1 m a 100 mL de una disolución 0,1 m de X a
R -N H J R -N H o + H*" pH 2,0, el pH aumenta hasta 6,72. Calcule el pK^ del segundo
grupo ionizable de X.
(a) ¿En qué intervalo de pH puede utilizarse la glicina 28. Formas iónicas de la alanina La alanina es un ácido dipró-
como tampón eficiente gracias a su grupo amino? tico que experimenta dos reacciones de disociación (compruebe
(b) En una disolución 0,1 m de glicina a pH 9,0, ¿qué frac­
los valores de pATa en la tabla 3-1). (a) Dada la estructura de la
ción de la glicina tiene su grupo amino en la forma — NH3? forma parcialmente protonada (o zwitterion; véase la Fig. 3-9) de
(c) ¿Qué cantidad de KOH 5 m debe añadirse a 1,0 L de gli­
la figura que se muestra a continuación, dibiye las estructuras de
cina 0,1 M a pH 9,0 para llevar su pH exactamente a 10,0?
las otras dos formas que predominan disolución acuosa: la com­
(d) Cuando el 99% de la glicina está en su forma —NHJ, pletamente protonada y la completamente desprotonada.
¿cuál es la relación numérica entre el pH de la solución y el pKg,
del grupo amino?
COO-
18. Preparación de un tampón fosfato ¿Qué relación molar HaN-
N -¿ -H
de HPO4 y H2PO4 produciría un pH de 7,0 en disolución? El
ácido fosfórico (H3PO4), un ácido triprótico, tiene tres valores CHa
de pK^: 2,14,6,86 y 12,4. Sugerencia: solamente uno de los va­ Alanina
lores de p/fa tiene importancia en este caso.
De las tres formas posibles, ¿cuál estaría a mayor concentración
19. Preparación de un tampón estándar para la calibra­ en disoluciones con los siguientes valores de pH: (b) 1,0; (c)
ción de un pHmetro El electrodo de vidrio utilizado en los pH- 6,2; (d) 8,02; (e) 11,9? Explique sus respuestas en términos de
metros comerciales da una respuesta eléctrica proporcional a la pH relativo a los dos valores de p/ifa.
concentración de ión hidrógeno. Para convertir estas respuestas
en pH, deben calibrarse los electrodos de vidrio frente a disolu­ 29. Control del pH sanguíneo por la velocidad de respi­
ciones estándar de concentración de H^ conocida. Determínese ración
el peso en gi*amos de dihidrógeno fosfato sódico (NaH2P04 •H2O; (a) La presión parcial de CO2 en los pulmones puede variar
masa molecular total (FW) 138) y de hidrógeno fosfato disódico rápidamente con la velocidad y profundidad de la respiración.
(Na2HP04; FW 142) necesarios para preparar 1 L de un tampón Por ejemplo, un remedio común para aliviar el hipo es incre­
estándar a pH 7,00 con una concentración total de fosfato de mentar la concentración de CO2 en los pulmones. Esto se puede
0,100M (véase la Figura 2-15). Consulte en el problema 18 los va­ conseguir conteniendo la respiración, respirando escasamente
lores de pATadel ácido fosfórico. y de forma lenta (hipoventilación) o respirando dentro de una
bolsa de papel. En tales condiciones, la presión parcial de CO2
20. Cálculo de las relaciones molares de base coiyug^A en el espacio de aire de los pulmones aumenta por encima de la
y ácido débil a partir del pH Calcule la relación entre base normal. Explique cualitativamente el efecto de este proceder
conjugada y ácido a pH 5,0 para un ácido débil con un pATa sobre el pH sanguíneo.
de 6,0. (b) Una práctica común de los corredores de distancias
21. Preparación de un tampón de concentración y pH cortas es respirar rápida y profundamente (hiperventilación)
conocidos Dadas dos disoluciones a 0,10 m de ácido acético durante aproximadamente medio minuto para eliminar el CO2
(p/fa = 4,76) y acetato sódico, describa cómo prepararía 1,0 L de los pulmones justo antes de correr, por ejemplo, un sprint de
de tampón acetato 0,10 M a pH 4,00. 100 m. El pH de su sangre puede aumentar a 7,6. Explique por
qué aumenta el pH de la sangre.
22. Elección del ácido débil para un tampón ¿Cuál de los (c) Durante una carrera de corta distancia los músculos
compuestos siguientes sería el mejor tampón a pH 5,0: ácido producen gran cantidad de ácido láctico (CH3CH(0H)C0 0 H;
fórmico (p/Ca = 3,8), ácido acético (pK^ = 4,76) o etilamina ATa = 1,38 X 10"^m) a partir de sus depósitos de glucosa. En vis­
(p/Ta = 9,0)? Justifique brevemente su respuesta. ta de ello, ¿por qué puede ser útil una hiperventilación antes de
un sprint?
23. IVabajaiido con tampones Un tampón contiene 0,010
moles de ácido láctico (p/f® = 3,86) y 0,050 moles de lactato só­ 30. Cálculo del pH de la sangre a partir de los niveles de
dico por litro, (a) Calcule el pH del tampón. (b) Calcule el cam­ CO2 y bicarbonato Calcule el pH de una muestra de plasma
bio en el pH cuando se añade 5 mL de HCl 0,5 m a 1 L del sanguíneo con concentraciones totales de CO2y de bicarbonato
tampón. (c) ¿Qué cambio en el pH se esperaría si se añadiera la de 26,9 mM y de 25,6 mM, respectivamente. Recuerde de la pá­
misma cantidad de HCl a 1 L de agua pura? gina 63 que el pK^, relevante del ácido carbónico es 6,1.
70 El agua

31. Aguantar la respiración y su efecto sobre el pH de la (b) Dado que el püTa de un ión amidinio típico es de 12,4
sangre El pH del líquido extracelular se mantiene mediante el ¿hacia qué dirección (bien hacia la derecha o bien hacia la iz­
sistema bicarbonato/ácido carbónico. Aguantar la respiración quierda) esperaría que se desplazara el equilibrio de la reac­
puede incrementar la concentración de C02(g) en la sangre. ción anterior? (Compruebe los valores de pKa en la Fig. 2-16.)
¿Qué efecto puede tener esto sobre el pH del líquido extracelu­ Justifique su respuesta. Pista: tenga presente la reacción
lar? Explíquelo mostrando la o las ecuaciones de equilibrio im­ H2O "HCO2 H2CO3.
plicadas en este sistema. Liu y colaboradores produjeron un tensioactivo activable
para el que R = C16H33. En su artículo no dan ningún nombre a
la molécula; para hacerlo corto le Damaremos s-tens.
Problemas de análísís de datos (c) La forma amidinio de s-tens es un tensioactivo potente;
la forma amidina no lo es. Explique esta observación,
32. Tensioactivos “activables” Las moléculas hidrofóbicas Liu y colaboradores encontraron que podían cambiar de
no se disuelven bien en agua. Al ser ésta im disolvente muy co­ una forma de s-tens a otra variando el gas que inyectaban a tra­
mún, ciertos procesos son muy difíciles: lavar platos con resi­ vés de una disolución de tensioactivo. Demostraron esta transi­
duos muy grasicntos, eliminar petróleo derramado, mezclar ción midiendo la conductividad eléctrica de la disolución de
bien las fases acuosa y aceitosa de un aliño de ensalada o llevar s-tens; las disoluciones acuosas de compuestos iónicos tienen
a cabo reacciones con componentes hidrofóbicos e hidrofílicos. mayor conductividad que las de compuestos no iónicos. Empe­
Los tensioactivos (surfactantes) son una clase de com­ zaron con una disolución de la forma amidina de s-tens en agua.
puestos anñpáticos que incluye a los jabones, detergentes y Sus resultados se muestran debajo; las líneas de puntos indican
emulsionantes. Con el uso de tensioactivos es posible suspen­ el paso de un gas a otro.
der compuestos hidrofóbicos en disolución acuosa formando
micelas (véase la Fig. 2-7). Una micela tiene un núcleo hidrofó­
bico que contiene el compuesto hidrofóbico y las “colas” hi­
drofóbicas del tensioactivo; las “cabezas” hidrofOicas del Gas inyectado: CO2 Ar CO2 Ar
tensioactivo cubren la superficie de la micela. Se denomina
emulsión a una suspensión de micelas. Cuanto más hidrofílico
sea el grupo de la cabeza del tensioactivo, más poderoso será y

II
mayor será su capacidad de emulsión de material hidrofóbico.
Cuando se usa jabón para quitai' la grasa de platos sucios,
el jabón forma una emulsión con la grasa, que se elimina con
agua gracias a la interacción con la cabeza hidrofílica de las mo­
léculas de jabón. También se utiliza detergente para emulsionar
petróleo derramado y eliminarlo con agua. Y los emulsionantes
de los aliños comerciales de ensaladas mantienen el aceite como
suspensión homogénea en toda la mezcla acuosa.
En muchas situaciones sería útil disponer de un tensioacti­ Tiempo (min)
vo “activable”: una molécula que pudiera ser convertida de ten­
sioactivo a no tensioactivo de manera reversible.
(a) Imagine que existe este supuesto tensioactivo “activa- (d) ¿En qué forma se encuentra la mayoría de s-tens en el
ble”. ¿Cómo lo utilizaría para limpiar y después recuperar el pe­ punto A? ¿Y en el punto B?
tróleo procedente de im vertido? (e) ¿Por qué aumenta la conductividad desde tiempo O
Liu y colaboradores describieron un tensioactivo activable hasta el punto A?
prototípico en su artículo de 2006 “Tensioactivos activables”. La (O ¿Por qué cae la conductividad entre el punto A y el pun­
activación se basa en la reacción siguiente: to B?
(g) Explique cómo emplearía s-tens para limpiar y recu
CH3 CH3 perar el petí'óleo de un vertido.

Referencia
CHs H CH3 Liu, Y., Jessop, P.G., Cunningham, M., Eckert, C A., &
Forma amidina Forma amidinio Liotta, C.L. (2006) Science 313,958-960.
Quisiera que la palabra que le propongo, proteína... se entendiera co­
mo derivada de proteios, porque describe a la sustancia primitiva o
principal de la nutrición animal que las plantas elaboran para los her­
bívoros y que estos últimos proporcionan a los carnívoros. Í./5. - '• f •,

-j J. Berzelius, carta a G.J. Mulder, 1838

Aminoácidos, péptidos y proteínas


3.1 Aminoáddos 72 noácidos, unidos de forma covalente en secuencias lineales ca­
racterísticas. Puesto que cada uno de estos aminoácidos tiene
3.2 Péptidos y proteínas 82 una cadena lateral propia que determina sus propiedades quími­
cas, se puede considerar a este grupo de 20 moléculas precurso­
3.3 Trat)ajar con proteínas 85
ras como el alfabeto en el que está escrito el lenguaje de la
3.4 Estructura de las proteínas: estruaura primaria 92 estructura proteica. Las proteínas se presentan en una gran va­
riedad de tamaño, desde péptidos relativamente pequeños com­
as proteínas intervienen en prácticamente todos los proce­ puestos por unos pocos residuos aminoácidos a polímeros

L sos que tienen iugar en la célula y ejercen una diversidad


casi inagotable de funciones. En la exploración de los me­
canismos moleculares de un proceso biológico, el bioquímico
enormes de masas moleculares del orden de millones.
Lo que resulta más sorprendente es que las células puedan
producir proteínas con propiedades y actividades muy diferentes
debe estudiar una o más proteínas. Las proteínas son las ma­ uniendo los mismos 20 aminoácidos en multitud de combinacio­
cromoléculas biológicas más abundantes y se hallan en todas las nes y secuencias diferentes. A partir de estos bloques estructura­
células y en todas las partes de la célula. Las proteínas también les los diferentes organismos pueden fabricar productos tan
presentan una gran variedad; en una sola célula pueden haber diversos como enzimas, hormonas, anticuerpos, transportadores,
miles de proteínas diferentes. Siendo los árbitros de las funcio­ fibras musculares, la proteína del cristalino del ojo, plumas, tela­
nes moleculares, las proteínas son los productos finales más im­ rañas, cuernos de rinoceronte, proteínas de la leche, antibióticos,
portantes de las rutas de información que se discuten en la venenos de hongos y una pléyade de otras sustancias con activi­
Parte III de este libro. Las proteínas son los instrumentos mole­ dades biológicas distintas (Fig. 3-1). Los enzimas son los pro­
culares mediante los que se expresa la información genética. ductos proteicos más variados y especializados. Prácticamente
La clave de la estmctura de los miles de proteínas diferentes todas las reacciones celulares están catalizadas por enzimas.
se encuentra en unas subunidades monoméricas relativamente La estructura y función de las proteínas es el tema de este
simples. Todas las proteínas, tanto si provienen de los linajes bac­ capítulo y de los tres siguientes. Se describen las propiedades
terianos más antiguos como de las formas de vida más complejas, químicas fundamentales de los aminoácidos, péptidos y proteí­
están construidas a partir del mismo conjunto ubicuo de 20 ami­ nas, y cómo un bioquímico trabaya con proteínas.

FI6URA3-1 Algunas funciones de las proteínas, (a) La luz producida por las lu­ te estructural principal del pelo, escamas, cuernos, lana, uñas y plumas. El rinoce­
ciérnagas es el resultado de una reacdón en que interviene la proteína luciferina y ronte n ^ está casi extinguido en estado salvaje debido a la creencia en algunas
ATB catalizada por el enzima luciferasa (véase el Recuadro 13-1). (b) Los eritrocitos partes del mundo de que un polvo derivado de su cuerno tiene propiedades afrodi­
contienen grandes cantidades de la proteína transportadora de oxígeno henx)globi- síacas. En realidad, las propiedades químicas del polvo de cuerno de rinoceronte no
na. (c) La proteína queratina, producida por todos los vertebrados, es el componen­ son diferentes del de las pezuñas de bóvidos o de las uñas humanas.

[-]
72 Aminoácidos, péptidos y proteínas

3.1 Aminoácidos como su símbolo. Para otros cinco


aminoácidos (AGLPT), la primera
H Arquitectura de proteínas - Aminoácidos Las proteínas son letra no es única y se asigna al ami­
polímeros de aminoácidos, en los que cada residuo aiid- noácido más frecuente en proteí­
noácido está unido al siguiente a través de un t ^ específico de nas (por ejemplo, la leucina es más
enlace covalente. (El término “residuo” refleja la pérdida de firecuente que la lisina). En el caso
los elementos del agua cuando un aminoácido se une a otro.) de otros cuatro, la letra utilizada es
Las proteínas se pueden degradar (hidrolizar) hasta sus fonéticamente sugestiva en idioma
aminoácidos constituyentes mediante diversos métodos, por lo inglés (RFYW: aRginina, Fenilala­
que los estudios iniciales sobre las proteínas se centraron en nina, tYrosina, trWptófano). El
los aminoácidos libres procedentes de las mismas. Veinte son los resto fueron de asignación más di­
aminoácidos comúnmente encontrados en las proteínas. El Margaret Oakley Dayhoff fícil. Cuatro de ellos (DNEQ) reci­
primer aminoácido descubierto fue la asparagina en 1806. El 1925-1983
bieron letras contenidas en sus
último de los 20 que se encontró fue la treonina, en 1938. Todos nombres o sugerencias por ellos (aspárDico, asparagiNa, gluta-
los aminoácidos tienen nombres comunes o triviales que, en mEato, Q-tamina - por glutamina). Restaba la lisina. De las po­
algunos casos, provienen de la fuente de la cual se aislaron cas letras no usadas del alfabeto se escogió la K, que es la más
inicialmente. La asparagina se encontró por primera vez en el próxima a L.B
espárrago y el glutamato se encontró en el gluten de trigo; la
tirosina se aisló por primera vez del queso (así su nombre En todos los aminoácidos estándar excepto la glicina, el car­
proviene del griego tyros, “queso”); y la glicina (del griego bono a está imido a cuatro grupos diferentes: un grupo carboxi­
glykos, “dulce’O se denominó así debido a su sabor dulce. lo, un grupo amino, un grupo R y un átomo de hidrógeno (Fig.
3-2; en la glicina el grupo R es otro átomo de hidrógeno). El áto­
mo de carbono a es por tanto un centro quiral (p. 16). Debido
Los aminoáddos tienen características
al ordenamiento tetraédrico de los orbitales de enlace alrededor
estructurales comunes del átomo de carbono a, los cuatro grupos diferentes pueden
Los 20 aminoácidos estándar encontrados en las proteínas son ocupar dos ordenamientos diferentes en el espacio, por lo que
of-aminoácidos. Tienen todos un grupo carboxilo y un grupo los aminoácidos pueden aparecer en forma de dos estereoisó­
amino unidos al mismo átomo de carbono (el carbono a) (Fig. meros. Al ser imágenes especulares no superporübles entre sí
3-2). Difieren unos de otros en sus cadenas laterales, o grupos
R , que varían en estructura, tamaño y carga eléctrica y que in­ 000- COO-
fluyen en su solubilidad en agua. Además de estos 20 amino­
ácidos existen muchos más que se encuentran con menor
j&^cuencia. Algunos son residuos que han sido modificados des­ H
pués de la síntesis de la proteína; otros se hallan en organismos
vivos pero no como unidades constituyentes de las proteínas. A
los aminoácidos estándar se les han asignado abreviaturas de
tres letras y símbolos de una sola letra (Tabla 3-1) que se utili­ (a) LrAlanina D-Alanina
zan para indicar de manera abreviada la composición y secuen­
cia de aminoácidos polimerizados en las proteínas. COO' COO"
^ i
HgN^-C—H
CONVENCIÓN CIAVE: El código de tres letras es transparente: las
CHa CHs
abreviaturas consisten generalmente en las tres primeras letras
0>) L-Alanina n-A lanina
del nombre del aminoácido. El código de vm letra fue propues­
to por Margaret Oakley Dayhoff (1925-1983), considerada por
muchos como la fundadora del campo de la bioinformática. El COO" COO-
. I
código de una sola letra es la consecuencia del intento de redu­ HsN—C—H -i-
H—C—NHs
cir el tamaño de los archivos de datos (en la era en que se usa­
CH:, CHa
ban fichas ag^jereadas) utilizados para la descripción de las
(c) li-Alanina D-Alanina
secuencias de aminoácidos. Se diseñó para ser memorizada fá­
cilmente y la descripción de su origen puede ser útil al estu­ FIGURASES Estereoísonierta en los a>aminoáddos. (a) Los dos estereoisóme­
diante. La primera letra del nombre del aminoácido es única ros de la alanina, la L- y la o-alanina, son imágenes especulares no supeqx>nl-
para seis de ellos (CHIMSV), por lo que se utiliza directamente bles entre sí (enantiómeros). (b, 0 Dos convenciones diferentes para mostrar la
configuración en el espacio de los estereoisónoeros. En las fónmulas de perspec­
FIGURA 3-2 Estructura genera! de un aminoáddo. tiva (b) los enlaces con forma de cuña se proyectan fuera del plano del papel;
COO- Esta estructura es común a todos los a-aminoácidos, los enlaces a trazos lo hacen por detrás. En las fónmilas de proyección (c) se su­
. I con una única excepción. (La excepción es la prolina, pone que los enlaces horizontales se proyectan fuera del plano del papel, los
HbN - C - H
un aminoácido cíclico.) El grupo R o cadena lateral (en enlaces verticales por detrás. No obstante, se utilizan a menudo las fórmulas de
rojo) unido al carbono a (azul) es diferente para cada proyección de nrKxio no sistemático, sin pretender representar una configura­
aminoácido. ción estereoquímica específica.
3.1 Aminoácidos
M

Valores de pK^
Presencia
Abreviatura/ pKi pKi P^Tr índice en las
Aminoácido símbolo Af/ (— COOH) ( —N H j) (grupo R) pl ^ hidropático^ proteínas (%)^

Grupos R apolares,
^áliiS&ticos
Glicina Gly G 75 2,34 9,60 5,97 -0,4 7,2
^Alanina Ala A 89 2,34 9,69 6,01 1,8 7,8
Prolina Pro P 115 1,99 10,96 6,48 1,6 5,2
¿ Válina Val V 117 2,32 9,62 5,97 4,2 6,6
“ Leucina Leu L 131 2,36 9,60 5,98 3,8 9.1
^ Isoleucina De I 131 2,36 9,68 6,02 4,5 5,3
1 Metionina MetM 149 2,28 9,21 5,74 1.9 2,3
f GruposR
r aromáticos
0 Fenilalanina PheF 165 1,83 9,13 5,48 2,8 3,9
% Tirosina TVr Y 181 2,20 9,11 10,07 5,66 -1,3 3.2
^ ‘ Triptófano TVp W 204 2,38 9,39 5,89 -0,9 1.4
Grupos R polares
p sin carga
Serina Ser S 105 2,21 9,15 5,68 -0,8 6,8
“ Treonina Thr T 119 2,11 9,62 5,87 -0,7 5,9
S Cisteína* Cys C 121 1,96 10,28 8,18 5,07 2.5 1.9
% Asparagina Asn N 132 2,02 8,80 5,41 -3,5 4.3
W Glutamina Gln Q 146 2,17 9,13 5,65 -3,5 4.2
1>Grupos R cargados
positivamente
Lisina Lys K 146 2,18 8,95 10,53 9,74 -3,9 5,9
p Histidina His H 155 1,82 9,17 6,00 7,59 -3,2 2.3
Arginina A i« R 174 2,17 9,04 12,48 10,76 -4,5 5.1
Grupos E cargados
negativamente
Aspartato Asp D 133 1,88 9,60 3,65 2,77 -3,5 5.3
1 Glutamato Glu E 147 2,19 9,67 4,25 3,22 -3,5 6.3

•Los valores de Af, reflejan las estructuras tal y como se muestran en la Figura 3-5. Los elementos del agua (M, 18) se restan
cuando ei aminoácido se incorpora a un polipéptido.
fUna escala que combina la hidrofot)icidad y la hídrofiliddad de los grupos R. los valores reflejan la energía libre (AG) de transfe*
lencia de la cadena lateral del aminoácido desde un disolvente hidiDfÓbico a agua. Esta transferencia es favorable (A6<0, valor
negativo en el índice) para aminoácidos con cadena lateral cargada o polar, y desfavorable (AG>0, valor positivo en el índice) para
aminoácidos con cadena lateral apolar o más hidrofdbica. Véase el Capitulo 1l.Tomado de Kyte. J. & Doolitde, R.E (1982) A sim­
ple mettiod for displayíng the hydropathíc character of a protein. J. Mol. Biol. 157,10&-132.
tPresencia media en más de 1.150 proteínas. Tomado de Doolittte, R.F (1989) Redundancies in protein sequences. En PredicVon
ofProtein Structure and the Principies of Protein Conformation (Fasman, G.D.. ed.), pp. 599-623, Plenum Press, NewYork.
§La cisteína se clasifica generalmente como polar a pesar de tener un índice de hidropatía positivo. Ello refleja ia capacidad del
gruposulfhidrilo para actuar como ácido débil y para formar enlaces de hidrógeno débiles con el oxígeno o el nitrógeno.

(Fig. 3-3), las dos formas constituyen un tipo de estereo­ llegar a generar confusión. Los carbonos adicionales de un
isómeros, los enantiómeros (véase la Fig. 1-19). Todas las mo­ grupo R se designan comúnmente /3, y, 5, etc., empezando
léculas con un centro quiral son ópticamente activas, es decir, siempre a partir del carbono a. Para la mayoría de las demás
hacen girar el plano de la luz polarizada (véase Recuadro 1-2). moléculas orgánicas, los átomos de carbono se numeran simple­
mente a partir de un extremo, dando la máxima prioridad (C-1)
CONVENCIÓNCLAVE: Se utilizan dos convenciones para identiñcar a aquellos carbonos cuyos sustituyentes contengan átomos de
los carbonos dentro de un aminoácido, una práctica que puede mayor número atómico. Siguiendo esta última convención, el
74 Aminoácidos, péptidos y proteínas

grupo carboxilo de un aminoácido sería el C-1 y el carbono a se­ grupo carboxilo en un solo paso mediante una oxidación. His­
ría el C-2, como se refleja en la molécula de lisina tóricamente, las denominaciones similares ^ y d se utilizaron
para levorrotatorio (que gira la luz a la izquierda) y dextro-
( 6 y fi ct
6 5 4 3 2 1 rrotatorio (que gira la luz a la derecha). Sin embargo, no to­
CH2- C H 2--CH2- C H 2-“ C H -C O O - dos los L-aminoácidos son levorrotatorios, y se hizo necesaria
la convención que se muestra en la Figura 3-4 para evitar po­
Lisina sibles ambigüedades sobre la configuración absoluta. Según
la convención de Fischer, l y d hacen referencia solamente
En algunos casos, como en aminoácidos con grupos R hetero­ a la configuración absoluta de los cuatro sustituyentes alre­
cíclicos como la histidina, el sistema de letras griegas es am­ dedor del carbono quiral.
biguo y se utüiza por ello la convención numérica. En aminoá­ Otro sistema para especificar la configuración alrededor
cidos con cadena lateral ramificada, los carbonos equivalentes de un centro quiral es el sistema RS, que se utiliza en la no­
reciben números a continuación de las letras griegas. La leu­ menclatura sistemática de la química orgánica y describe con
cina tiene, por tanto, carbonos 61 y 52 (véase ia estructura en mayor precisión la configuración de las moléculas con más de
la Fig. 3-5.) ■ un centro quiral (véase p. 17).

Para especificar la configuración absoluta de los cua­ Los residuos aminoácidos de las proteínas
tro sustituyentes de los átomos de carbono asimétricos se ha son estereoisómeros i
desarrollado una nomenclatura especial. Las configuraciones
Casi todos los compuestos biológicos con un centro quiral se
absolutas de los azúcares sencillos y los aminoácidos se espe­
presentan en la naturaleza en una sola de sus formas estereo-
cifican mediante el sistema d, l (Fig. 3-<4), basado en la
isómeras, sea la d o la l . Los residuos aminoácidos de las pro­
configuración absoluta del azúcar de tres carbonos gliceral­
teínas son exclusivamente L-estereoisómeros. Sólo se han
dehído, una convención propuesta por Emil Fischer en 1891.
encontrado D-aminoácidos en unos pocos péptidos, general­
(Fischer conocía los grupos que rodean el átomo de carbono
mente pequeños, que incluyen algunos péptidos presentes
asimétrico del gliceraldehído pero tuvo que adivinar su confi­
en las paredes celulares bacterianas así como algunos anti­
guración absoluta; su predicción se confirmó posteriormente
bióticos peptídicos.
por análisis de difracción de rayos X.) Para todos los com­
Es un hecho notable que todos los aminoácidos de las
puestos quirales, los estereoisómeros que tienen una confi­
proteínas sean L-estereoisómeros. Cuando se forman com­
guración relacionada con la del L-gliceraldehído se designan
puestos quirales en reacciones químicas ordinarias, el resul­
como L, y los estereoisómeros relacionados con el D-gliceral­
tado es una mezcla racémica de isómeros o y l , que son
dehído se designan como d. L os grupos funcionales de la
difíciles de distinguir y de aislar por el químico. Sin embargo,
L-alanina se hacen coincidir con los del L-gliceraldehído ali­
para los sistemas vivientes, los isómeros D y l son tan diferen­
neando aquellos que pueden interconvertirse mediante reac­
tes como la mano derecha y la izquierda. La formación de subes­
ciones químicas simples en un solo paso. Así, el grupo
tructuras estables y repetidas en las proteínas (Capítulo 4)
carboxilo de la L-alanina ocupa la misma posición respecto
requiere en general que los aminoácidos que las constituyen
al carbono quiral que el grupo aldehido del L-gliceraldehído,
sean de una misma serie estereoquímica. Las células son capa­
puesto que un aldehido puede convertirse fácilmente en un
ces de sintetizar específicamente los isómeros l de los amino­
ácidos gracias a que los centros activos de los enzimas son
asimétricos, lo que implica que las reacciones que catalizan
sean estereoespecíficas.
^CHO CHO
HO-?C—H
f
Hi^C—OH
f
Los aminoácidos se pueden clasificar según su grupo R
«CH2OH CHgOH El conocimiento de las propiedades químicas de los aminoáci­
L-Gliceraldehído D-Gliceraldehído dos estándar es de vital importancia para la comprensión de la
COO* coo- bioquímica. El tema se puede simplificar agrupando los amino­
4 . ácidos en cinco clases principales basadas en las propiedades
de sus grupos R (Tabla 3-1), en especial su polaridad, o ten­
CHs CHs dencia a interaccionar con el agua a pH biológico (cerca de
L-Alanina D-Alanina pH 7,0). La polaridad de los grupos R varía enormemente
desde totalmente apolar o hidrofóbico (insoluble en agua) a al­
FIGURA 3-4 Reladón estéríca de los estereoisómeros de la alanina con la
configuración absoluta del i- y o-gliceraidehído. En estas fórmulas de perspec­ tamente polar o hidrofílico (soluble en agua).
tiva los carfx>nos están alineados verticalmente con el átomo quiral en d centro. En la Figura 3-5 se muestran las estructuras de los
Los carbonos de estas moléculas están numerados empezando con los carbonos 20 aminoácidos estándar, y algunas de sus propiedades se
aldehido o carboxilo (en rojo), de 1a 3yde arriba a abajo tal como se muestra. muestran en la Tabla 3-1. Dentro de cada clase existen grada­
Cuando se presentan de esta fomna, el grupo Rdel aminoácido (en este caso el ciones de polaridad, tamaño y forma de los grupos R.
grupo metilo de la alanina) está siempre debajo del carbono a. Los L-aminoáci-
dos son los que tienen el grupo a-amino a la izquierda y los D-aminoácidos los Grupos R apolares alifáticos Los grupos R de esta clase de
que tienen el grupo a-amino a la derecha. aminoácidos son apolares e hidrofóbicos. Las cadenas laterales
3.1 Aminoácidos 75

Grupos R apolares, alifáticos Grupos R aromáticos


coo- COO- COO" coo- coo- COO"
* I + I I/ H + I . I
H3N - C - H H 3 N -C -H H a N - C —H H 3N -C -H
H 2N CHs
H CHs CH
HjC -CHz
CHs^CHs
Glicina Alanina Prolina Valina

coo- COO" COO-


. I
H s N -C -H H sN -C -H H aN -C -H

CH* H -C -C H s Fenileüanina Triptófano

CH*
CH3 CHs CHs
Grupos R cargados positivamente
CHa
coo- COO" COO*
Leucina Isoleucina Metionina + I . I
H 3 N -C -H H 3N — C —H H 3N — C —H

CH* CHa CHa


Grupos R polares sin carga tCHa CHa «S
COO” coo- COO"
CH* CHa
H3N—C—H H sÑ -C -H H sN — C — H
II-/ ”
CHa NH
C H jO H H -C -O H CHa
1 *NHs C=ÑHa
. CHs SH
NHa
Serina Treonina Cisteína Lisina Arginina Histidina

COO" Grupos R cargados negativamente


. 1 . r -
H sN -C -H H 3N — C —H COO- COO"
1
H sN -C jí-H H 3N -C -H

■ - <j3H a C H a ... ¿H a
WaN ^ 0
%oo-
H jN '' \ C O O "'
Asparagina Glutamina Aspartato Glutamato

FICURA3-5 Los 20 aminoácidos estándar de las proteínas. Las fórmulas es- tra sin carga, su pK¡, (véase ia Tabla 3-1) es tal que una fracción pequeña pero
taicturales muestran el estado de ionización que predomina a pH 7,0. Las par­ significativa de estos grupos está cargada positivamente a pH 7,0. La forma pro­
tes no sombreadas son comunes para todos los aminoácidos; las partes tonada de la histidina se muestra en ia parte superior del gráfico de la Figu­
sombreadas en tojo son los grupos R. Aunque el grupo R de la histidina se mues­ ra 3-12b.

de la alanina, la valina, la leucina y la isoleucina tienden a Grupos R aromáticos. La fenilalanina, la tirosinay el trip-
agruparse entre sí en ias proteínas, estabilizando las estructu­ tófano, con sus cadenas laterales aromáticas, son relativamen­
ras proteicas a través de interacciones hidrofóbicas. La glicina te apolares (hidrofóbicos). Todos ellos pueden participar en
tiene la estructura más simple. Aunque formalmente es apolar, interacciones hidrofóbicas. El grupo hidroxilo de la tirosina
su muy pequeña cadena lateral no tiene una contribución real puede formar puentes de hidrógeno y constituye un grupo fun­
en las interacciones hidrofóbicas. La metíonina, uno de los cional importante en algunos enzimas. La tirosina y el triptófano
dos aminoácidos que contienen azufre, tiene un grupo tioéter son signiñcativamente más polares que la fenilalanina debido al
apolar en su cadena lateral. La prolina tiene una cadena late­ grupo hidroxilo de la tirosina y al nitrógeno del anillo indólico
ral alifática con una estructura cíclica especial. El grupo anüno del triptófano.
secundario (imino) de los residuos de prolina tiene una con­ El triptófano y la tirosina, y en mucho menor grado la feni­
formación rígida que reduce la flexibilidad estructural de las lalanina, absorben la luz ultravioleta (Fig. 3-6; véase también el
regiones polipeptídicas que contienen este aminoácido. Recuadro 3-1). Esto explica la fuerte absorbancia de la luz ca­
76 Aminoácidos, péptidos y proteínas

FIGURA 3-6 Absorción de la luz ultravioleta por los aminoácidos aromáticos.


G)mparac¡ón de los espectros de absorción de luz de los aminoácidos aromáti­
cos triptófano y tirosina a pH 6,0. Los aminoácidos están presentes en cantida­
des equimolares (10"^ m) en idénticas condiciones. La absorbaneia medida para
el triptófano es cuatro veces mayor que la de la tirosina. Obsérvese que el má­
ximo de absorción de la luz tanto para el triptófano como para la tirosina está
cercano a una longitud de onda de 280 nm. La absorción de luz por el tercer
aminoácido aromático, la fenilalanina (no mostrado), generalmente contribuye
Longitud de onda(nm) poco a las propiedades de absorbaneia de las proteínas.

racterística de la mayoría de las proteínas a una longitud de on­ Grupos R polares sin carga Los grupos R de estos aminoá­
da de 280 nm, propiedad aprovechada por los investigadores en cidos son más solubles en agua, o más hidrofílicos, que los de
la caracterización de las proteínas. los aminoácidos apolares, debido a que contienen grupos fun-

RECUADRO 3--1 i i i i i H p Absorción de la iuz por las moléculas: ley de Lambert-Beer

Una gran variedad de biomoléculas absorben luz a longitudes la concentración de la especie absorbente (en moles por litro) y
de onda características, de la misma forma que el triptófano ab­ l el paso óptico de la muestra que absorbe la luz (en centíme­
sorbe luz a 280 nm (véase la Fig. 3-6). Se utiliza la medida de la tros). La ley de Lambert-Beer supone que la luz incidente es
absorción de la luz mediante un espectrofotómetro para detec­ paralela y monocromática (de una sola longitud de onda) y que
tar e identificar moléculas y para medir su concentración en di­ las moléculas de disolvente y de soluto están orientadas al azar.
solución. La fracción de la luz incidente absorbida por una La expresión logQo/f) es la absorbaneia y se designa por A.
disolución a una longitud de onda determinada está relacionada Es importante observar que cada milímetro sucesivo de pa­
con el espesor de la capa absorbente (paso óptico) y con la con­ so óptico de la solución absorbente en una cubeta de 1,0 cm no
centración de la especie absorbente (Fig. 1). Estas dos relacio­ absorbe una cantidad constante sino una fracción constante de
nes se combinan en la ley de Lambert-Beer, la luz que incide en él. No obstante, con una capa absorbente de
camino óptico í\jo, la absorbaneia A es directamente propor-
log y = ec/ cional a la concentración del soluto absorbente.
El coeficiente de absorción molar varía con la naturaleza
en donde I qes la intensidad de la luz incidente, / es la intensidad del compuesto absorbente, el disolvente, la lon^tud de onda, y
de la luz transmitida, la razón Mo (el inverso de la razón utiliza­ también con el pH si la especie absorbente de luz está en equili­
da en la fórmula) es la transmitancia, e es el coeficiente de ab­ brio con un estado de ionización que tiene diferentes propieda­
sorción molar (en unidades de litros por mol-centímetro), c es des de absorbaneia.

Intensidad Intensidad
de la luz de la luz
incidente transm itida FIGURA 1 Componentes principales de un espectrofo­
/ tómetro. Una fuente de luz emite en un amplio espec­
'o

fW \ A ►,012
tro. A continuación, el nfionocromador selecciona y
transmite luz de una longitud de onda determinada. La
luz del monocromador pasa a través de la muestra si­
Lámpara Monocromador Detector tuada en una cubeta de paso óptico /y es absorbida por
Cubeta de m uestra la muestra en proporción a la concentración de la es­
con c m oles/litro pecie absorbente. La luz transmitida se mide mediante
de la especie absorbente
un detector.
3.1 Aminoácidos [^77^

coo- C00~
+ I . I
H3 N —CH H gN -C H
Cisteína
CH2 CHo
2H" + 2g-
SH
Cistina
h :
2H" + 2e-
CH2 CH2
Cisteína
C H -íb í3 CH~NH3
COO- coo-
FIGURA 3-7 Formación reversible de un puente disulfuro por oxidación de dos
moléculas de cisteína. Los puentes disulfuro entre residuos de Cys estabilizan
las estructuras de muchas proteínas.

dónales que forman puentes de hidrógeno con el agua. En es­ Los aminoácidos no estándar tienen también
ta ciase de aminoácidos se incluyen la serina, la treonina, la importantes funciones
cisteína, la asparagina y ia glutamina. La polaridad de la se­
rina y treonina proviene de sus grupos hidroxilo; en el caso de Además de los 20 aminoácidos estándar, las proteínas pueden
la cisteína de su grupo sulfhidrilo, que es un ácido débil y pue­ contener residuos creados por modificación de los residuos es­
de establecer enlaces de hidrógeno débiles con el oxígeno o el tándar ya incorporados a un polipéptido (Fig. 3-8a). Entre los
nitrógeno; y en el de la asparagina y de la glutamina de sus gru­ anünoácidos no estándar están la 4-hidroxiprolina, que es un
pos amido. derivado de la prolina y la 5-hidroxilisina, derivada de la lisina.
La asparagina y la glutamina son las amidas de otros dos La primera se encuentra en la pared celular de plantas y ambas
aminoácidos que también se encuentran en las proteínas, el as­ se encuentran en el colágeno, una proteína fibrosa del tejido
partato y el glutamato, respectivamente, a los que se hidrolizan conjuntivo.
fácilmente por ácido o base. La 6 -A^-metil-lisina es un constituyente de la miosina, una
La cisteína se oxida con suma facilidad formando un ami­ proteína contráctü del músculo. Otro aminoácido no estándar
noácido dimérico unido covalentemente llamado cistina, en el importante es el y-carboxiglutamato, que se encuentra en la
que dos moléculas de cisteína están unidas a través de un enla­ proteína protrombina que interviene en la coagulación de la
ce disulfuro (Fig. 3-7). Los residuos unidos por un enlace di­ sangre, así como en ciertas otras proteínas que unen Ca^^ como
sulfuro son fuertemente hidrofóbicos (apolares). Los erüaces parte de su función biológica. Más compleja es la desmosina,
disulfuro desempeñan un papel especial en la estructura de mu­ que es un derivado de cuatro residuos diferentes de Lys y que
chas proteínas puesto que forman uniones covalentes entre par­ se encuentra en la proteína fibrosa elastina.
tes de una molécula de proteína o entre dos cadenas proteicas La selenocisteína es un caso especial. Este poco fi*ecuen-
diferentes. te residuo es introducido durante la síntesis de proteínas en lu­
gar de ser creado a través de una modificación postsintética.
Grupos R cargados positivamente (básicos) Los grupos R Contiene selenio en lugar del azufre de la cisteína. La selenocis­
más hidrofílicos son aquellos que están cargados, sea positiva o teína, que de hecho proviene de la serina, se encuentra sólo en
negativamente. Los aminoácidos en los que los grupos R tienen unas pocas proteínas conocidas.
una carga neta positiva a pH 7,0 son la lisina, que tiene un gru­ Algunos de los residuos aminoácidos de urm proteíim pue­
po amino primario adicional en la posición E de su cadena alifá­ den ser modificados de forma transitoria para alterar la función
tica; la arginina, que tiene un grupo guarüdinio cargado de la proteína. La adición de grupos fosforilo, metüo, acetüo,
positivamente, y la histidina, que contiene un grupo inüdazol. aderülüo, ADP-ribosüo u otros a residuos aminoácidos específi­
Al ser el único anrünoácido común que posee urm caderm lateral cos puede aumentar o disminuü* la actividad de la proteína
ionizable con un piTa próximo a la neutralidad, la histidina tanto (Fig. 3-8b). La fosforilación es una modificación reguladora
puede estar cargada positivamente (forma protonada) como no muy común. La estrategia reguladora consistente en la modifi­
tener carga a pH 7,0. Los residuos de His facilitan muchas reac­ cación covalente de proteírms se discute con más detalle más
ciones catalizados por er^zimas al servir de dadores/aceptores adelante, en el Capítulo 6.
de protones. Se han encontrado alrededor de otros 300 aminoácidos en
las células. Tienen funciones diversas pero no todos forman par­
Grupos R cargados negativamente (ácidos) Los dos anü­ te de proteírms. La ornitina y la citrulina (Fig. 3-8c) merecen
noácidos que tienen grupos R con una carga neta negativa a pH mención especial porque son intermediarios clave (metaboli­
7,0 son el aspartato y glutamato, cada uno de los cuales tiene tos) en la biosintesis de la argiiüna (Capítulo 22) y en el ciclo de
un segundo grupo carboxüo. la urea (Capítulo 18).
78 Aminoácidos, péptidos y proteínas

H
I
H O -C - yHa O - P - O — C H 2~ C H — C 0 0 ‘

CH~COQ- o "NH3
Fosfoserina
H H
4-Hidroxiprolina 0 OT.
■ Q - P —o —C H -C H —COO-
HgN—CH2 - C H —CHj—CHj—CH-COO- 1 I
-Q ^NHa
OH ^NHs Fosfotreonina
5-Hidnndlisina

CH3 —N H -C H j—CH2 —CH2—CHj—CH-COCr O - P —O C H 2— C H — CO O "


I
O *NHs
6-N-Metü'lisina Fosfotirosina

H.N
COO +) C— NH— CHa— CH2— CH2— CH-COO-
-QOC—CH—CHa—CH—000“ ^lilHs
"NHa CH3
(r-^/^-Metilarginína
y-Carboxiglutamato
H N -C H 2- C H 2- C H 2- C H 2-C H -C O O -
HsN^ ,C00- C=0 *NHs
CH3
H»N, ,NHs 6-iV-Acetil-lisina
\
,CH-(i
/ O
-QOC coo-
H 3 :C- - 0
O --CC - C HH 2o- C- (H 2 - C H - C O O -

*NH3
Glutamato metil éster
HslSi^ 'COQ- NH2
Desmosina

H S e-C H a-C H -C O O -
7 CH
HC
^ o ^ c -o -p -o -^ ~ ~ ^ C H 3 -a H -c q
^NHs
(a) Selenocisteína
\H HA O *NHs
h Nj ^ h

OH CH
FIGURA 3-8 Amínoácidos no estándar, (a) Algunos aminoácidos no estándar
encontrados en proteínas. Todos ellos provienen de aminoácidos estándar. Los (b) Adenililtirosina
grupos funcionales extra añadidos a través de reacciones de modificación se
muestran en rojo. La desmosina se forma a partir de cuatro residuos de Lys {los
cuatro esqueletos carbonados están sombreados en amarillo). Observe el uso al­ H sN — C H j - C H í- C H z - íjlH - C O O '
ternativo de números o de letras griegas para identificar los átomos de carbono *NH3
de esta estas estructuras, (b) Modificaciones reversibles de aminoácidos impli­ Omitina
cadas en la regulación de ia actividad de proteínas. La fosforilación es la modi­
ficación covalente reguladora más frecuente, (c) La ornitina y ia citrulina, que H aN — C — N — C H 2 — C H j - C H a— C H — C O Q -
no se encuentran en proteínas, son intermediarios en la biosíntesis de arginina y
A H -^Ñh s
en el ciclo de la urea. (O Citrulina

Los aminoácidos pueden actuar como ácidos


ycomoÍMses ble se disuelve en agua a pH neutro, se encuentra en solución en
Los grupos amino y carboxilo de los aminoácidos, junto con los forma de ión dipolar, o zwitterion (el alemán para “ión híbri-
grupos R ionizables de algunos aminoácidos, actúan como áci­ do’O, que puede actuar como ácido o como base (Fig. 3-9). Las
dos y bases débiles. Cuando un aminoácido sin grupo R ioniza- sustancias con esta naturaleza dual (ácido-base) son anfóte-
3.1 Aminoácidos 79

H H
I I
R -C -C = 0 R—C—C = 0
I I I !
HjN OH H;,N* O-
Forma no iónica Forma zwitteriónica

H
I
R -^ -C O O - R—C—COO- + H+
I
*NH, NH,
El zwitterion
como ácido

y
R -C ~ C O O - + H^
H
I
R -C ~ C O O H
pH

El zwitterion
como base

FKiURA3-9 Formas no iónica y zwitteriónica de tos aminoácidos. La fomia


noiónica no se encuentra en cantidades significativas en disoluciones acuosas.
El zwittGTion predomina a pH neutro. Un zwitterion puede actuar coriK) ácido
(donador de protones) o como base (aceptor de protones). OH” (equivalentes)

FIGURA 3-10 Titulación de un aminoáddo. Se muestra aquí la curva de titu­


ras y a menudo se denominan anfolitos (de “electrolitos anfó- lación de glicina 0,1 m a 25 ®C. Las especies iónicas predominantes en puntos
teros”). Un a-aminoácido sencillo monoamínico y monocarboxí- clave de la titulación se muestran encima de la gráfica. Los recuadros sombrea­
lico, tal como la alanina, es un ácido diprótico cuando está dos, centrados alrededor de p^, = 2,34 y pKi = 9,60, indican las regiones de
máximo poder tamponante. Observe que 1 equivalente de OH" = 0,1 m NaOH
totalmente protonado; tiene dos grupos, el grupo —C(X)H y el
añadido.
grupo —NHa, que pueden liberar protones:

H H H lo tanto su grupo —COOH tiene un (rotulado como p^i en


I 5 I f la Fig. 3-10) de 2,34. (Recuérdese del Capítulo 2 que pH y p^a
R -C -C O O H R—C—COO- R -(j:-co o -
son simplemente notaciones útiles de la concentración de pro­
Carga ^ÑHa NHg
tones y de la constante de equilibrio de la ionización, respecti­
neta: + 1 -1 vamente. El p/Ta ^ una medida de la tendencia de un grupo a
ceder un protón, tendencia que disminuye en un factor de 10
cada vez que el pAT» se incrementa en una unidad.) A medida
Losaminoácidos tienen curvas de titulación
que avanza la titulación se alcanza otro punto importante a pH
características 5,97. Aquí hay otro punto de inflexión en el que la eliminación
La titulación ácido-base implica la adición o eliminación gradual del primer protón es prácticamente completa mientras que tan
de protones (Capítulo 2). La Figura 3-10 muestra la curva de sólo se ha iniciado la eliminación del segundo. A este pH la glici­
titulación de la forma diprótica de la glicina. Los dos grupos io- na se encuentra mayoritariamente en forma del ión dipolar
nizables de la glicina, el grupo carboxílico y el grupo amino, se (zwitterion) ^HgN—CHg—C00~. Pronto volveremos sobre el
titulan con una base fuerte tal como el NaOH. La gráfica tiene significado de este punto de inflexión en la curva de titulación
dos etapas distintas, que corresponden a la desprotonación de (píen la Fig. 3-10).
dos grupos diferentes de la glicina. Cada una de las etapas se La segunda etapa de la titulación corresponde a la elimina­
asemeja en su forma a la curva de titulación de un ácido mono- ción de un protón del grupo — NH3 de la glicina. El pH en el
prótico tal como el ácido acético (véase la Fig. 2-16), y puede punto medio de esta etapa es 9,60, igual al p^a (rotulado pKz en
analizarse de la misma manera. A pH muy bajo, la especie ióni­ la Fig. 3-10) del grupo —NH3. La titulación es prácticamente
ca predominante de la glicina es '^’HsN—CHg—COOH, la forma completa a un pH alrededor de 12, en donde la forma predomi­
totalmente protonada. En el punto medio de la primera etapa nante de la glicina es H2N—CH2— COO” .
de la titulación, en el que el grupo — COOH de la glicina pierde A partir de la curva de titulación de la glicina se pueden
su protón, se encuentran presentes concentraciones equimola­ deducir diversas informaciones interesantes. En primer lugar,
res del dador de protones ("^HaN—CHg—COOH) y del aceptor da una medida cuantitativa del pifa de cada uno de los grupos
de protones ("^HaN—CHg—COO” ). En el punto medio de cual­ ionizables: 2,34 para el — COOH y 9,60 para el grupo — NH3.
quier titulación se alcanza un punto de inflexión en que el pH es Obsérvese que el grupo carboxilo de la glicina es más de 100
igual al p/ífa del grupo protonado que se está titulando (véase la veces más ácido (se ioniza más fácilmente) que el grupo car­
Fig. 2-17). Para la glicina el pH en el punto medio es 2,34 y por boxilo del ácido acético, que, como vimos en el Capítulo 2, tie-
80 Aminoácidos, péptidos y proteínas

P^a 10 12

Grupos
carboxilo y amino
sustituidos con metil CHa-COOH CH3- C 00 - CHo-^ c h h
H* I H* i
Ácido acéticó ^etalamina |
El normal de un jgrupo El pK*^ 4^rmal de un gmpo
carboxilo 0 s aproximadamente 4,8. amino es a]|)roximadamen|» 10,6

Grupos
carboxilo y
amino de
r
H -C -C O O H
j H -C -C O O - H -C -C O O -
la glicina I I i I I i
H H I ^
a-Aminoábido (glicina) cji-Aminoácido (glicina)
= 2,34 pÍLg= 9j60
La repulsión entjre el grupo a-amino Los átoinos de oxígeno| electronegativos
y el protón saliente h^ce bajar el püi del grupo del grupb carboxilo atr^n electrones iel
carboxilo, y los grupos Icón cargas opifestas hacen grupoj amino, disminjuyendo su pñTg^
bsgar el al estjabilizar el zw i^rio
ion.

FIGURA 3-11 Efecto del entomo químico en d p/í,. Los valores de p/Ca para cen bajar el p/C^son debidas a interacciones intramoleculares. Efectos similares
los grupos ionizables de la glicina son menores que los de los grupos amino y pueden ser causados por grupos químicos que están posicionados en ias cerca­
carboxilo sustituidos simplemente por un metilo. Estas perturbaciones que ha­ nías de un grupo ionizable, por ejemplo, en el centro activo de un enzima.

ne un de 4,76, cercano al promedio para un grupo carbo­ de especies dadora y aceptora de protones de la glicina que se
xílico unido a un hidrocarburo alifático sin más sustituyentes. requieren para preparar un tampón a un pH determinado.
La perturbación del püTa de la glicina está causada por la re­
pulsión entre el protón saliente y el grupo amino cargado posi­ La curva detitulación predice la carga eléctrica
tivamente cercano situado en el átomo de carbono oc, tal como
de los aminoácidos
se describe en la Figura 3-11. Las cargas opuestas en el zwit­
terion resultante tienen un efecto estabilizante. De modo si- Otra información importante deducida de la curva de titulación
nülar, el pif» del grupo amino de la glicina es menor que el p^a de un aminoácido es la relación entre su carga eléctrica neta y el
medio de un grupo amino. Este efecto es debido en parte a los pH de la disolución. A pH 5,97, punto de inflexión entre las dos
átomos de oxígeno electronegativos del grupo carboxilo, que etapas de su curva de titulación, la glicina está presente de ma­
tienden a atraer electrones hacia ellos, aumentando así la ten­ nera predominante en su forma dipolar, totalmente ionizada pe­
dencia del grupo anüno a ceder un protón. Por tanto, el grupo ro sin carga eléctrica neta (Fig. 3-10). El pH característico en
cr-amino tiene un pifa menor que el de una amina alifática tal que la carga eléctrica neta es cero se denonüna punto isoeléc­
como la metilanüna (Fig. 3-11). En resumen, el de cual­ trico o pH isoeléctrico, designado pl. En el caso de la glidna,
quier grupo funcional está fuertemente afectado por su entor­ que no tiene grupo ionizable en su cadena lateral, el punto isoe­
no químico, un fenómeno que a veces es utilizado en los léctrico es simplemente la media aritmética de los dos valores
centros activos de los enzimas para promover mecanismos de depila*.
reacción exquisitamente adaptados que dependen de los valo­
res modificados de los püCa de grupos dadores/aceptores de pl = ^(píTi + pSTz) = ^(2,34 + 9,60) = 5,97
protones de residuos específicos.
La segunda información que proporciona la curva de titula­ Como resulta evidente de la Figura 3-10, la glicina tiene una
ción de la glicina es que este aminoácido tiene dos regiones de carga neta negativa a cualquier pH por encima de su pl, por lo
capacidad tamponante. Una de éstas es la porción relativamen­ que se desplazará hacia el electrodo positivo (ánodo) cuando
te plana de la curva que abarca alrededor de una unidad de pH se coloque en un campo eléctrico. A cualquier pH por debajo
a cada lado del primer püCade 2,34, lo que indica que la glicina es de su pl, la glicina tiene una carga neta positiva, y se desplaza­
un buen tampón cerca de este pH. La otra zona de tampona- rá hacia el electrodo negativo (cátodo). Cuanto más alejado
miento está centrada alrededor de pH 9,60. (Obsérvese que la esté el pH de una disolución de glicina de su punto isoeléctri­
glicina no es un buen tampón al pH del fluido intracelular o de la co, mayor será la carga eléctrica neta de la población de molé­
sangre, que es de alrededor de 7,4.) Dentro de los márgenes de culas de glicina. Por ejemplo, a pH 1,0 la glicina se encuentra
tamponamíento de la glicina, se puede utilizar la ecuación de enteramente en su forma "^HaN— CH2— COOH con una carga
Henderson-Hasselbalch (p. 60) para calcular las proporciones positiva neta de 1,0. A pH 2,34, en el que hay una mezcla pari-
3.1 Amínoácidos 81

.
COOH
I
COO- COO- <¡XX) coo-
H ,N -C H _ _jN- C
H H H 3N -CH H ,N -O T H ,N [ - O H H ,N -C

S
Carganeta:
COOH

+1
¿OOH 000-

-1 -2
COO-
!->■ á= O a n > ^ L»>"
H H H H H H

+2 +1 -1

pH

(a) (b ) O H ” (equivalentes)

FIGURA 3-12 Curvas de titulación de (a) glutamato y (b) histidina. El pfC, del grupo R se designa píC^.

taria de "^HaN— CHg—COOH y "^HaN—CHa—COO . la carga Finalmente, tal y como se ha indicado anteriormente, en
positiva neta o promedio es de 0,5. De la misma manera se las condiciones generales de exposición libre y abierta al en­
puede predecir el signo y la magnitud de la carga neta de cual­ torno acuoso, sólo la histidina tiene un grupo R (pK^ = 6,0)
quier aminoácido a cualquier pH. que proporciona un poder tamponante significativo al pH cer­
cano a la neutralidad presente normalmente en los fluidos Ín­
Losaminoácidos difieren en sus propiedades ter e Íntracelulares de la inmensa mayoría de animales y
ácido-base bacterias (Tabla 3-1).

Las propiedades compartidas por muchos aminoácidos permi­


RESUMEN 3.1 Aminoácidos
ten algunas simplificaciones generales acerca de su comporta­
miento ácido-base. En primer lugar, todos los aminoácidos con ■ Los 20 aminoácidos que se encuentran normalmente como
un solo grupo a-amino, un solo grupo a-carboxilo y un grupo R residuos en las proteínas contienen un grupo a-carboxilo,
no ionizable tienen curvas de titulación parecidas a la de la gli­ un grupo a-amino y un grupo R característico unido al car­
cina (Fig. 3-10). Estos aminoácidos tienen valores de p^a i^uy bono a. Ei átomo de carbono a de todos los aminoácidos
similares, aimque no idénticos: el püTa de los grupos — (X)OH excepto la glicina es asimétrico, por lo que los aminoáci­
está en el intervalo de 1,8 a 2,4 y el de los grupos —^NH3^ en dos pueden existir en al menos dos fonnas estereoisoméri-
el intervalo de 8,8 a 11,0 (Tabla 3-1). Las diferencias en los va­ cas. En proteínas sólo se encuentran los estereoisómeros,
lores de pATa reflejan los efectos de los grupos R. En segundo lu­ cuya configuración está relacionada con la de la molécula
gar, los aminoácidos con un grupo R ionizable tienen curvas de de referencia, L-gliceraldehído.
titulación más complejas, con tres etapas correspondientes a los ■ También existen otros aminoácidos menos comunes, ya
tres pasos de ionización posibles; tienen, por tanto, tres valores sea como constituyentes de las proteínas (mediante la
de pJ?a* La etapa adicional debida a la titulación del grupo R modificación de los aminoácidos estándar después de la
ionizable se fusiona en cierto grado con las otras dos. En la síntesis de proteínas) o como metabolitos libres.
Figura 3-12 se muestran las curvas de titulación de dos ami­
■ Los aminoácidos se clasifican en cinco tipos en base a la
noácidos de este tipo, glutamato e histidina. Los puntos iso­
polaridad y carga de sus grupos R (a pH 7).
eléctricos reflejan la naturaleza de los grupos R ionizables pre­
sentes. Así por ejemplo, el glutamato tiene un pl de 3,22, consi­ ■ Los aminoácidos se diferencian en sus propiedades
derablemente inferior al de la glicina. Esto es el resultado de la ácido-base y tienen curvas de titulación característi­
presencia de dos grupos carboxilo que, en el promedio de sus cas. Los aminoácidos monoamino-monocarboxílicos
valores de (3,22), contribuyen con una carga negativa neta (con grupos R no ionizables) son ácidos dipróticos
de -1 que equilibra la de +1 debida al grupo amino. De modo C"H3NCH(R)C00H) a pH bajo y existen en diversas
semejante, el pl de la histidina, con dos grupos cargados positi­ formas diferentes al ir aumentando el pH. Los aminoáci­
vamente cuando están protonados, es de 7,59 (el promedio de dos con grupos R ionizables poseen especies iónicas adi­
los valores de p/í¡, de los grupos amino e imidazol), mucho ma­ cionales, que dependen del pH del medio y del pK^ del
yor que el de la glicina. grupoR.
B2 Aminoáddos, péptidos y proteínas

3.2 Péptidos y proteínas OH

Ahora nos ocuparemos de los polímeros de los aminoácidos, los CH3 CH3
péptídos y las proteínas. Los péptidos que se encuentran en CH
la naturaleza varían en tamaño desde pequeñas moléculas
CH-^OH H H
que contienen dos o tres aminoácidos a moléculas muy gran­ I
des que contienen miles de ellos. Aquí nos centraremos en las H a N -¿ ---- ( COO'
1
propiedades químicas fundamentales de estos polímeros. H
Extremo Extremo
Los péptidos son cadenas de aminoácidos amino-terminal carboxilo-terminal

Dos moléculas de aminoácidos pueden unirse de forma cova- FIGURA3-14 El pentapéptidoseriigliciltirosilalanil-leucina, Ser-Cly-Tyr-AliHLeu
o SGYAL. Los péptidos se nombran empezando por el residuo amino-terminal que,
lente a través de un enlace amida sustituido, denominado enla­
por convención, se sitúa a la izquierda. Los enlaces peptídicos se muestran sorrv
ce peptídico, formando un dipéptido. Este enlace se forma por
breados en amarillo y los gmpos R en rojo.
eliminación de los elementos del agua (deshidratación) del gru­
po a-carboxüo de un aminoácido y el grupo a-amino de otro
(Fig. 3-13). La formación del enlace peptídico es un ejemplo La Figura 3-14 muestra la estructura de un pentapéptido.
de una reacción de condensación, que es un tipo de reacción Como ya se ha indicado, las unidades de aminoácido de un pép­
frecuente en las células vivas. En condiciones bioquímicas nor­ tido se denominan frecuentemente residuos Qa parte que que­
males, el equilibrio de la reacción que se muestra en la Figu­ da tras perder un átomo de hidrógeno de su grupo amino y una
ra 3-13 favorece a los aminoácidos por encima del dipéptido. porción hidroxilo de su grupo carboxilo). El residuo aminoácido
Para conseguir que la reacción sea termodinámicamente más del extremo de un péptido que tiene un grupo a -amino libre es
favorable, es necesario modificar o activar químicamente el gru­ el residuo amino-terminal (o iV-terminal); el residuo del otro
po carboxilo de modo que su grupo hidroxilo pueda ser elimina­ extremo, que tiene un grupo carboxilo libre, es el residuo car-
do más fácilmente. Al final de este cí^ítulo se esquematiza una boxilo-terminal (C-terminal).
aproximación química a este problema. La aproximación bioló­
gica a la formación del enlace peptídico es un tema principal del CONVENCIÓNCLAVE: Cuando se escribe la secuencia de un péptido,
Capítulo 27. polipéptido o proteína, el extremo amino se coloca a la izquierda
Es posible unir tres aminoácidos mediante dos enlaces y el extremo carboxilo a la derecha. La secuencia se lee de iz­
peptídicos para formar un tripéptido; de manera similar se pue­ quierda a derecha empezando por el residuo amino-terminal. ■
den unir cuatro aminoácidos para dar tetrapéptidos, cinco para
Aunque la hidrólisis de un enlace peptídico es una reacción
formar pentapéptidos y así sucesivamente. Cuando se unen
exergónica, tiene lugar lentamente debido a su alta energía de
unos pocos aminoácidos de este modo, la estructura resultante
activación (véase la p. 25). En consecuencia, los enlaces peptí­
se denomina oligopéptido. Cuando se unen muchos aminoáci­
dicos de las proteínas son bastante estables, con una vida media
dos el producto se denomina polipéptido. Las proteínas pue­
(Í1/2) de alrededor de 7 años en la mayoría de condiciones
den tener miles de residuos aminoácidos. Aunque a veces los
intracelulares.
términos “polipéptido” y “proteína” son intercambiables, las
moléculas denominadas polipéptidos tienen generalmente ma­
sas moleculares inferiores a 10.000 y las que se denominan pro­ Los péptidos pueden distinguirse por su comportamiento
teínas tienen masas moleculares superiores. de ionización
Los péptidos contienen sólo un grupo a-amino y un grupo
H R^ a-carboxilo libres, uno en cada extremo (Fig. 3-15). Estos
I grupos se ionizan de ia misma manera que lo hacen en los ami­
H3N - C H - C - O H + H - Ñ —CH—COO' noácidos libres, aunque las constantes de ionización son dife­
O rentes debido a que el grupo con carga opuesta está ausente del
carbono a. Los grupos a-amino y a-carboxilo de todos los ami­
H,0* noácidos no terminales están unidos covalentemente en forma
de enlaces peptídicos, que no se ionizan y, por tanto, no contri­
R^ H R2 buyen al comportamiento total ácido-base de los péptidos. No
HsN-—CH—^ N —CH-CCX)' obstante, los grupos R de algunos aminoácidos pueden ionizar­
se (Tabla 3-1), y contribuyen en un péptido a las propiedades
ácido-base globales de la molécula (Fig. 3-15). Por tanto, puede
FIGURA 3-13 Formadón de un enlace peptídico por condensación. El grupo predecirse el comportamiento ácido-base de un péptido a partir
a-amino de un aminoácido (con el grupo R^) actúa como nucleófilo despla­ de sus grupos a-amino y a-carboxilo libres y de la naturaleza y
zando el grupo hidroxilo de otro aminoácido (con el grupo R'), para fomiar un número de sus grupos R ionizables.
enlace peptídico (sombreado en amarillo). Los grupos amino son buenos nu­ Al igual que los aminoácidos libres, los péptidos tienen cur­
cleófilos, pero el grupo hidroxilo es un mal grupo saliente por lo que no es des­ vas de titulación características y pH isoeléctricos (pl) caracte­
plazado fácilmente. A pH fisiológico, la reacción, que aquí se muestra no tiene rísticos a los que no se desplazan en un campo eléctrico. Estas
lugar de forma apreciable. propiedades se aprovechan en algunas de las técnicas utilizadas
3.2 Péptidos y proteínas 83

NH., en relación con su función. La longitud de los péptidos naturales


varía entre dos arrünoácidos y muchos m il^ de residuos. Inclu­
Ala CH-CHa
so los péptidos más pequeños pueden tener efectos biológi­
ü=C camente importantes. Considérese por ejemplo el dipéptido
I sintético comercial L-aspartil-L-fenilalanina metil éster, un edul­
NH
I corante artificial más conocido como aspartame o NutraSweet.
Glu CH-CHa— CHa— COO
0 =C
I
NH
I COO“
Gly (fHa
CH2 O CH2 O
0 =C . 1 II I II
I H3N-CH--C-N-CH-C-OCH3
NH H
Lys CH-CH2-CH2-CH2-CH2-NH3 L-Aspartil-i^fenilalanina metil éster
(aspartame)
COO

FIGURA 3-15 Atanilglutamílgiicil'lisina. Este tetrapéptido tiene un grupo Muchos péptidos pequeños tienen efecto a concentracio­
a*am¡no libre, un grupo a-carboxilo libre y dos grupos R ionizables. Los grupos
nes muy bajas. Por ejemplo, diversas hormonas de vertebrados
ionizados a pH 7,0 se muestran en rojo.
(Capítulo 23) son péptidos pequeños. Entre éstas se incluye la
oxitocina (nueve residuos aminoácidos), que es secretada por
para separar péptidos y proteínas, tal como veremos en este ca­ la hipófisis posterior y estimula las contracciones uterinas, y el
pítulo. Debe remarcarse que el valor del de un grupo R loni- factor liberador de la tirotropina (tres residuos), que se forma
zable puede cambiar ligeramente cuando un aminoácido se en el hipotálamo y estimula la liberación de otra hormona, la ti­
convierte en un residuo de un jpéptido. La pérdida de carga en rotropina, de la hipófisis anterior. Algimos venenos de setas ex­
losgrupos a-carboxilo y a-amino, las interacciones con otros gru­ tremadamente tóxicos, tales como la amanitina, son también
pos R del péptido y otras condiciones del entomo pueden afectar péptidos pequeños, lo mismo que muchos antibióticos.
al p/Ta- Los valores de p/ía para los grupos R que se muestran en la ¿Qué longitud tienen las cadenas polipeptídicas de las pro­
*M)la ^1 pueden ser una guía útil para deducir el intervalo de pH teínas? Tal y como muestra la Tabla 3-2, la longitud varía con­
en que se ionizará un determinado grupo, pero no pueden apli­ siderablemente. El citocromo c humano tiene 104 residuos
carse a los péptidos de modo estricto. aminoácidos unidos en una única cadena; el quimotripsinógeno
bovino tiene 245 residuos. En el extremo se encuentra la titina,
Existenpéptidos y polipéptidos biológicamente activos constituyente del músculo de los vertebrados, que tiene cerca
de 27.000 residuos aminoácidos y una masa molecular de alre­
deunagran variedad de tamaños y composición
dedor de 3.000.000. La inmensa mayoría de los polipéptidos
No puede hacerse ningima generalización acerca de las masas naturales son mucho más pequeños y contienen menos de
moleculares de los péptidos y proteínas biológicamente activos 2.000 residuos aminoácidos.

Datós nro
Número
Masa Número de de cadenas
molecular residuos ^ polipeptídicas

Citocromo c (humano) 12.400 104 1 *


Ribonucleasa A (páncreas bovino) 13.700 124 1

Lisozima (clara de huevo de gallina) 14.300 129 1


Mioglobina (corazón de caballo) 16.700 153 1
Quimotripsina (páncreas bovino) 25.200 241 -.6; 3 .

Quimotripsinógeno (bovino) 25.700 245 ■ -1

Hemoglobina (humana) 64.500 574 4


Albúmina sérica (humana) 66.000 609 1

Hexoquinasa Oevadura) - 107.900 972 VA i . 2


RNA polimerasa (E. coli) 450.000 4.158 ^ ■5te
Apolipoproteína B (humana) 513.000 ^ 4.536 1 »-
Glutamina sintetasa (E. coli) 619.000 5.628' 12
Titina (humana) 2.993.000 ^.926
84 Aminoácidos, péptidos y proteínas

nas polipeptídicas de la insulina están unidas entre sí a través de


C ofl^ p osk ién ite^ in o^ iK
puentes disulfuro. En estos casos, los polipéptidos individuales
dosproteínas í no se consideran subunidades, sino que se suelen denominar
Numero de residuos simplemente cadenas.
por molécula de proteína* La composición de aminoácidos de las proteínas es tam­
bién altamente variable. En una proteína casi nunca se encuen­
Aminoácido Citocromo c Quimotripsinógeno
tra la misma cantidad de los 20 aminoácidos. Algunos se dan
bovino bovino
sólo una, o ninguna, vez en un tipo determinado de proteína
Ala 6 22 mientras que otros se dan numerosas veces. La Tabla 3-3 mues­
Arg 2 4 tra la composición aminoacídica del citocromo c bovino y
Asn 5 14 del quimotripsinógeno, el precursor inactivo del enzima di­
gestivo quimotripsina. Estas dos proteínas, con funciones muy
Asp 3 9
diferentes, también difieren significativamente en las cantida­
Cys 2 10
des relativas de cada tipo de residuo aminoácido.
Gln 3 10 Se puede calcular el número aproximado de residuos ami­
Glu 9 5 noácidos de una proteína sencilla que no contenga ningún otro
Gly 14 23 grupo químico, dividiendo su masa molecular por 110. Aunque
ffis 3 2 la masa molecular media de los 20 aminoácidos estándar es al­
rededor de 138, en la mayoría de proteínas predominan los ami­
ne 6 10
noácidos más pequeños.
Leu 6 19
Si se tienen en cuenta las proporciones en que se presen­
Lys 18 14 tan los distintos aminoácidos en las proteínas (Tabla 3-1; los
Met 2 2 promedios se determinan analizando nüles de proteínas dife­
Phe 4 6 rentes), la masa molecular media de los aminoácidos de las pro­
Pro 4 9 teínas está próxima a 128. Dado que se elimina una molécula de
agua (Afr 18) para crear cada enlace peptídico, la masa molecu­
Ser 1 28
lar media de un residuo aminoácido en una proteína está alre­
Thr 8 23 dedor de 128 -18 = 110.
'IVp 1 8
'Tyr 4 4
Algunas proteínas contienen grupos químicos
Val 3 23
diferentes a los aminoácidos
Total 104 245
Muchas proteínas, por ejemplo los enzimas ribonucleasa A y
* En algún tipo de análisis, como en ia hidrólisis ácida, Asp y Asn no se distinguen entre quimotripsina, contienen sólo aminoácidos y ningún otro grupo
sí y se designan conjuntamente Asx (o B). De manera similar, cuando no es posible
distinguir Glu y Gln se designan conjuntamente Gix (o Z). Además, el Trp es destruido químico adicional; a este tipo de proteínas se las considera pro­
durante la hidrólisis ácida. Deben emplearse procedimientos adicionales para teínas simples. Sin embargo, algunas proteínas contienen com­
determinar correctaníiente el contenido total en aminoácidos. ponentes químicos diferentes a los aminoácidos asociados
permanentemente; estas proteínas se denominan proteínas
coiyiigadas. La parte no aminoácida de una proteína conjuga­
da se denomina usualmente grupo prostético. Las proteínas
corrugadas se clasifican según la naturaleza química de su gru­
Algunas proteínas consisten en una sola cadena peptídica, po prostético (Tabla 3-4); por ejemplo, las lipoproteínas con­
pero otras, denominadas proteínas con subunidades múlti­ tienen lípidos, las glucoproteínas contienen grupos glucídicos,
ples, tienen dos o más polipéptidos asociados de forma no co­ y las metaloproteínas contienen un metal específico. Algunas
valente (Tabla 3-2). Las cadenas polipeptídicas individuales en proteínas contienen más de un grupo prostético. Normalmente
una proteína con diversas subunidades pueden ser idénticas o el grupo prostético juega un papel importante en la función bio­
diferentes. Si como mínimo dos son idénticas, la proteína se de­ lógica de la proteína.
nomina oligomériea, y las subunidades idénticas (constituidas
por una o más cadenas polipeptídicas) se denominan protóme­
ros. La hemoglobina, por ejemplo, tiene cuatro subunidades po­ RESUMEN 3.2 Péptidos y proteínas
lipeptídicas: dos cadenas a idénticas y dos cadenas p idénticas,
■ Los aminoácidos pueden unirse covalentemente para
unidas todas ellas entre sí por interacciones no covalentes.
formar péptidos y proteínas. Las células contienen gene­
Cada subunidad a está unida de forma idéntica con una subuni­
ralmente miles de proteínas diferentes, cada una de ellas
dad dentro de la estructura de esta proteína con subunidades
con una actividad biológica distinta.
múltiples, de forma que la hemoglobina puede considerarse
bien como un tetrámero de cuatro subuniciades polipeptídicas o ■ Las proteínas pueden ser cadenas polipeptídicas muy
un dímero de protómeros ap. largas de 100 a varios miles de residuos aminoácidos.
Unas pocas proteínas contienen una o más cadenas poli­ Sin embargo, algunos péptidos naturales tienen sólo
peptídicas unidas covalentemente. Por ejemplo, las dos cade­ unos pocos residuos aminoácidos. Algunas proteínas
3.3 Trabajar con proteínas 85

Grupo
Clase prostético EJjemplo
Lipoproteínas Lipidos Lipoproteína de la sangre
Glucoproteínas Glúcidos Inmunoglobulina G
Fosfoproteínas Grupos fosfato Caseína de la leche
Hemoproteínas Hemo (ferroporfirina) Hemoglobina
Flavoproteínas Nucleótidos de flavina Succinato deshidrogenasa
Metaloproteínas Hierro Ferritina
Zinc Alcohol deshidrogenasa
Calcio Calmodulina
Molibdeno Dinitrogenasa
Cobre Plastociarüna

están compuestas por varias cadenas polipeptídicas Una vez está a punto el extracto o la preparación de orgá­
asociadas no covalentemente que reciben el nombre de nulo, se dispone de diversos métodos para purificar una o más
subunidades. de las proteínas que contienen. Normahnente el extracto se so­
■ Las proteínas simples generan sólo aminoácidos después mete a tratamientos que separan las proteínas en diferentes
de la hidrólisis; las proteínas conjugadas contienen algún fracciones en base a alguna propiedad como el tamaño o la
otro componente adicional, como por ejemplo un grupo carga, un proceso que se denomina fraccionamiento. Los pa­
prostético metálico u orgánico. sos iniciales de fraccionamiento de una purificación utilizan di­
ferencias en la solubilidad de las proteínas, que es una compleja
función del pH, temperatura, concentración de sal y otros fac­
tores. La solubilidad de las proteínas disminuye generalmente a
3.3 Trabajar con proteínas concentraciones elevadas de sal, un efecto denominado “salting
El conocimiento del bioquímico sobre la estructura y función de out”. La adición de ciertas sales en cantidades apropiadas pue­
las proteínas procede del estudio de muchas proteínas indivi­ de precipitar selectivamente algunas proteínas, permaneciendo
duales. Para estudiar una proteína en detalle es necesario sepa­ las restantes en disolución. El sulfato amónico ( 0^ 4) 2804) se
rarla del resto de proteínas y disponer de técnicas que permitan utiliza frecuentemente para este propósito. Las proteínas así
determinar sus propiedades. Los métodos necesarios provienen precipitadas se separan de las que permanecen disueltas me­
de la química de proteínas, disciplina tan antigua como la bio­ diante centrifugación a baja velocidad.
química y que mantiene una posición central en la investigación La disolución que contiene la proteína de interés debe pa­
bioquímica. sar a menudo por otros procesos antes de que sean posibles pa­
sos de purificación posteriores. La diálisis, por ejemplo, es un
procedimiento que separa las proteínas de los disolventes apro­
Las proteínas se pueden separar y purificar
vechando el mayor tamaño de las proteínas. El extracto parcial­
Una preparación pura de una proteína es esencial para poder mente purificado se coloca en un saco o tubo de membrana
determinar sus propiedades y su actividad. Puesto que las célu­ semipermeable. Cuando éste se suspende en un volumen mu­
las contienen miles de tipos diferentes de proteínas, ¿cómo pue­ cho mayor de disolución tamponada de fuerza iónica apropiada,
de purificarse una proteína? Los métodos clásicos de separación la membrana perrrúte el intercambio de sal y tampón, pero no
de proteínas aprovechan propiedades que varían de una proteí­ de proteínas. De esta forma, la diálisis retiene las proteínas
na a otra, entre las que se incluye el tamaño, la carga y las pro­ grandes dentro del saco o tubo de membrana, mientras que per-
piedades de unión. Algimos métodos modernos adicionales, núte que la concentración de los den\ás solutos en la prepara­
tales como el clonaje de DNA y la secuenciación de genomas, ción de proteína cambie hasta llegar al equilibrio con la solución
pueden simplificar el proceso de purificación de proteínas y se del exterior de la membrarm. La diálisis puede utilizarse, por
presentan en el Capítulo 9. ejemplo, para eliminar el sulfato amónico de una preparación
La fuente de ur\a proteína son generabnente células tisula­ de proteína.
res o microbianas. El primer paso en cualquier purificación de Los métodos más potentes para el fi*accionanüento de pro­
proteínas es la rotura de estas células, para liberar sus proteínas teínas utilizan la cromatografía en columna, que aprovecha
en una solución denominada extracto crudo. En caso necesa­ las diferencias de carga, tamaño, afinidad de unión y otras pro­
rio puede utilizarse la centrifugación diferencial para preparar piedades de las proteínas (Fig. 3-16). Un material sólido poro­
fracciones subcelulares o aislar determinados orgánulos (véase so de propiedades químicas adecuadas (la fase estacionaria) se
la Fig. 1- 8). introduce en una columna, y se hace pasar a través de éste una
86 Aminoácidos, péptidos y proteínas

móvil. Las proteírms individuales migran más rápida o más len­


tamente a través de la columna según sus propiedades.
La cromatograña de intercambio iónico aprovecha las
diferencias en el signo y la magnitud de las cargas eléctricas ne­
tas de las proteínas a un pH determinado. La matriz de la co­
lumna es un polímero sintético (resina) que tiene unidos grupos
cargados; los que tienen unidos grupos aniónicos se denominan
intercambiadores catiónicos, y los que tienen unidos grupos
catiónicos se denominan intercambiadores aniónicos. La afi­
nidad de cada proteína por los grupos cargados de la columna
Deposito
está afectada por el pH (que deternüna el estado de ionización
de la molécula) y la concentración de los iones salinos libres
competidores presentes en la disolución que las rodea. La sepa­
ración puede optimizarse cambiando gradualmente el pH y/o la
concentración de sal de la fase móvil, de forma que se cree un
Muestra
de proteína gradiente de pH o sal. En la cromatografía de intercambio
(fase móvil) catiónico (Fig. 3-17a), la matriz sólida tiene gnipos cargados
Matriz negativamente. En la fase móvil, las proteínas con carga neta
sólida positiva migran a través de la matriz más lentamente que las
porosa que tienen una carga neta negativa debido a que la migración de
(fase
estacionaria) las primeras se halla retardada por sus interacciones con la fase
estacionaria.
Soporte
poroso En las columnas de intercambio iónico, la expansión de la
banda de proteínas en la fase móvil (la disolución de proteí­
Efluente nas) está causada tanto por la separación de las proteínas de
diferentes propiedades como por la difusión. La resolución en­
tre dos tipos de proteínas con diferente carga neta suele mejo­
rar a medida que se aumenta la longitud de la colunma. Sin
embargo, la velocidad a la que la disolución de proteínas pue­
de pasar a través de la columna suele disminuir con la longi­
tud de la misma. A medida que aumenta el tiempo de residen­
cia en la columna, la resolución puede disnünuir como resulta­
FIGURA3-16 Cromatografía en columna. Los elementos estándar de una co­
do de la difusión de cada una de las bandas de proteína. Se
lumna cromatográfica Incluyen un material sólido y poroso (matriz) que se de­
van recogiendo porciones (fracciones) sucesivas de efluente
posita en el interior de una columna hecha generalmente de plástico o vidrio. A
en tubos de ensayo a medida que la solución que contiene las
través de ia matriz, la fase estacionaria fluye una disolución, la fase móvil. La di­
proteínas va saliendo de la columna. Se puede analizar cada
solución que sale de la columna por la parte inferior (el efluente), es reempla­
fracción para averiguar la presencia de la proteína de interés o
zada constantemente por disolución suministrada de un depósito en 1a parte
superior. La disolución de proteína a separar se deposita sobre la cabeza de la
para conocer otras propiedades, tales como la fuerza iónica
columna y se deja percolar hacia el interior de la matriz sólida. Se añade más di­ o la concentración total de proteína. Todas las fracciones que
solución sobre ella. La disolución de proteína forma una banda dentro de la fa­ contienen la proteína de interés pueden combinarse para for­
se móvil que tiene inicialmente la anchura de la disolución de proteína aplicada mar el producto de este paso cromatográfico en la purificación
a la columna. A medida que las proteínas se desplazan a través de la columna, de la proteírm.
se retardan en diferentes grados según sus diferentes interacciones con el mate­
rial de la matriz. La banda de proteína se ensancha así a medida que se mueve
a través de la columna. Los tipos individuales de proteínas (tales conx) A, B y C, ■ ■ i EJEMPLO PRÁCTICO 3-1 Intercambio iónico
mostradas en azul, rojo y verde) se separan gradualmente entre sí, formando de péptidos
bandas dentro de la banda más ancha de proteínas. La separación mejora (au­
Un bioquímico quiere separar dos péptidos mediante cromato­
menta la resolución) a medida que aumenta la longitud de la columna. Sin em­
grafía de intercambio iónico. Al pH de la fase móvil que se va a
bargo, cada banda de proteína individual también se ensancha con el tiempo
utilizar en la colunma, un péptido (A ) tiene una carga neta de
debido a la difusión, un proceso que disminuye ía resolución. En este ejemplo,
la proteína A está bien separada de B y C, pero el ensanchamiento por difusión -3 debido a la presencia de más residuos Glu y Asp que residuos
impide la separación completa de B y C en estas condiciones. Arg, Lys e His. El péptido B tiene una carga neta de +L ¿Qué
péptido eluirá antes de urm resina de intercambio catiónico?
¿Cuál de ellos eluiría primero de una resina de intercambio
aniónico?

disolución tamponada (la fase móvil). La disolución que contie­ Solución: La resina de intercambio catiónico tiene cargas ne­
ne las proteínas se introduce en la cabeza de la columna y a con­ gativas y se une a moléculas cargadas positivamente, retardan­
tinuación se filtra a través de la matriz sólida, en forma de una do su paso a través de la colunma. El péptido B, con su carga
banda que va expandiéndose continuamente dentro de la fase neta positiva, interaccionará más fuertemente con la resina de
3.3 Trabajar con proteínas 87

• Carga positiva neta grande


O Carga positiva grande
• Carga negativa grande
• Carga negativa neta grande

Partículas poliméricas con grupos Partículas


funcionales cargados negativamente poliméricas porosas
Se añade la mezcla de proteínas Se añade la mezcla de
a la columna que contiene proteínas a la columna que
intercambiador de cationes. contiene polímero entrecruzado.

Las proteínas se desplazan a través de la columna a


velocidades determinadas por su.carga neta de pH que Las moléculas de proteína se separan
seestá utilizando. En el caso de los intercambiadores por tamaños; las molécula mayores
catiónicos, las proteínas con más carga neta pasan más libremente, apareciendo
negativa se desplazan más rápido y eluyen antes. 1 2 3 4 5 6 en las primeras fracciones. i 2 3 4
(a) Cromatografía de intercambio iónico (b) Cromatografía de filtración en gel

FIGURA 3~17 Tres métodos cromatográficos utilizados para la purificación


de proteínas, (a) La cromatografía de intercambio iónico aprovecha ias diferen­
cias en el signo y la magnitud de las cargas eléctricas netas de las proteínas a un
pH determinado, (b) La cromatografía de exclusión por tamafk), llamada tam­
bién de filtración en gel, separa las proteínas en función de su tamaño, (c) La
cromatografía de afinidad separa las proteínas en función de su especificidad de
unión. En el texto se dan detalles adicionales sobre estos métodos.

intercambio catiónico que el péptido A, por lo que este intimo


Mezcla
eluirá antes. El péptido B eluirá antes en la resina de intercam­ de proteínas
bio aniónico. En este caso, el péptido A, de carga negativa, se
encontrará retardado a causa de su interacción con la resina
cargada positivamente.

La Figura 3-17 muestra otras dos variantes de cromatogra­


fía en columna además de la de intercambio iónico. La cro-
matograña de exclusión molecular, también llamada de fil­
tración en gel (Fig. 3-17b), separa proteínas en base a su tama­
Se añade la mezcla
ño. En este método, las proteínas de mayor tamaño emergen de de proteínas a una
la columna antes que las pequeñas, una observación en cierto columna que contiene un
ligando especíñco para
modo no intuitiva. La fase sólida cor\siste en unas pequeñas per­
la proteína de interés
las hechas de material entrelazado, partículas que contienen unido al polímero.
unos poros o cavidades de tamaño calibrado. Las proteínas de Las proteínas La proteína de
mayor tamaño no pueden entrar en las cavidades, por lo que to­ no deseadas se interés se eluye
lavan a través de por medio de una
man el camino más corto (y más rápido) a través de la columna, la columna, disolución de ligando.
rodeando las partículas por el exterior. Las proteínas más pe­
(c) Cromatografía de afinidad
queñas penetran en las cavidades y son retardadas a causa de
su paso más laberíntico a través de la columna.
88 Aminoácidos, péptídos y proteínas

TABLA 3-5
Actividad
Volumen de la Proteina total Actividad específica
Procedimiento o paso firacción (mL) (mg) (unidades) (uiddades/mg)
1. Extracto celular crudo 1.400 10.000 100.000 10
2. Precipitaaón con sulfato amónico 280 3.000 96.000 32
3. Cromatografía de intercambio iónico 90 400 80.000 200
4. Cromatografía de exclusión por tamaño 80 100 60.000 600
5. Cromatografía de afinidad 6 3 45.000 15.000

Nota: Todos los datos representan ei estado de la muestra después de haber efectuado ei procedimiento indicado. La actividad y ia actividad específica se definen en la página 91

La cromatografía de añnidad se basa en la añnidad de es en cierto modo empírica, y puede ser necesario probar mu­
unión de las proteínas (Pig. 3-17c). Las partículas de la co­ chos protocolos antes de encontrar el más efectivo. El proceso
lumna tienen en este caso un grupo químico unido covalente­ de prueba y error puede a menudo reducirse al mínimo toman­
mente llamado ligando, un grupo o molécula que se une a una do como referencia técnicas de purificación desarrolladas para
macromolécula, como por ejemplo una proteína. Cuando se proteínas similares. Se pueden encontrar publicados protocolos
carga una mezcla de proteínas en la columna, cualquiera de de purificación para muchos millares de proteínas. El sentido
ellas que tenga afinidad por este ligando se unirá a las partícu­ común indica que se han de utilizar procedimientos baratos, co­
las de resina, retardando su migración a través de la columna. mo el “salting out”, al principio, cuando el volumen total y el nú­
Por ejemplo, si la función biológica de una proteína implica mero de contaminantes son máximos. A menudo los métodos
unión al ATP, la fijación de ATP a las partículas de la colimma cromatográficos no son prácticos en las primeras fases debido a
dará lugar a una matriz de afinidad que servirá para purificar la que la cantidad de medio cromatográfico necesario aumenta
proteína. Al ir pasando la solución proteica a través de la co- con el tamaño de la muestra. A medida que se completa cada
limma, las proteínas que se unen a ATP (incluida la proteína paso de purificación, el tamaño de la muestra es generalmente
de interés) se irán uniendo a la matriz. Después de eluir las menor (Tabla 3-5), lo que hace posible utilizar procedimientos
proteínas que no se unen, aquellas que sí lo han hecho se elu- cromatográficos más sofisticados (y más caros) en las etapas
yen con una solución que contenga o bien una alta concentra­ posteriores.
ción de sal o bien ei propio ligando, ATP en este caso. La sal
debilita la unión de la proteína al ligando inmovilizado unido a Las proteínas pueden separarse y caracterizarse
las partículas, interfiriendo con la interacciones iónicas. El li­
por eleetroforesis
gando libre compite con el ligando unido a las partículas de la
columna, liberando la proteína de la matriz; el producto pro­ Otra técnica importante para la separación de proteínas se basa
teico que eluye de la columna se encuentra a menudo unido al en el desplazamiento de las proteínas cargadas en un campo
ligando usado para la elución. eléctrico, proceso denominado eleetroforesis. Estos procedi­
Un refinamiento moderno de los métodos cromatográficos mientos no son utilizados por lo general para purificar proteí­
es la HPLC, o cromatografia líquida de alta resolución. La nas en grandes cantidades, dado que usualmente existen
HPLC utiliza bombas de alta presión que aceleran el movimien­ métodos alternativos más sencillos, y que los métodos electro-
to de las moléculas de proteína en la columna, además de mate­ foréticos frecuentemente afectan a la estructura y por tanto a la
riales cromatográficos de calidad superior que pueden soportar función de las proteínas. No obstante, la eleetroforesis es muy
la fuerza de compresión del flujo presurizado. Al reducir el tiem­ útil como método analítico. Su ventaja es que las proteínas pue­
po de tránsito en la columna, la HPLC puede limitar la expan­ den visualizarse además de separarse, lo que permite al investi­
sión de las bandas de proteína por difusión y por tanto mejorar gador hacer una estimación rápida del número de proteínas en
notablemente la resolución. una mezcla o del grado de pureza de una preparación proteica
La estrategia de purificación de una proteína que no ha si­ determinada. La eleetroforesis también permite la determina­
do previamente aislada se guía tanto por los precedentes esta­ ción de propiedades cruciales de una proteína tales como su
blecidos como por el sentido común. En la mayoría de casos punto isoeléctrico y su masa molecular aproximada
deben utilizarse varios métodos diferentes consecutivos para La eleetroforesis de proteínas se lleva a cabo generalmente
purificar completamente una proteína, y cada uno de ellos se­ en geles formados por el polímero entrecruzado poliacrilamida
para proteínas en base a propiedades diferentes. Por ejemplo, si (Fig. 3-18). El gel de poliacrilamida actúa como un tamiz mole­
en uno de los pasos se separan proteínas de unión a ATP de cular, retrasando la migración de la proteínas en una forma
otras que no lo unen, el paso siguiente deberá separar las dife­ aproximadamente proporcional a su cociente carga/masa. La mi­
rentes proteínas de unión a ATP en base a su carga con el fin de gración también puede estar afectada por la forma de la proteína.
aislar la proteína concreta que se desee. La elección de método En la eleetroforesis, la fuerza que mueve la macromolécula es el
3.3 Trabajar con proteínas ^89

^ ^ ,
Muestra

Patrones / / ^/ / / / /
deMj.
^\ \ ÍT. 97.400 -
y y y 4 iu u u u u u e Dirección 6 6 .2 0 0 -
• del
desplazamiento 45.000 -
• i l . ----------------
%

i
__ II Wll*
31.000 -
e %
/ ©1
21.500-

14.400-
(a)
(b)

FIGURA3-18 Electroforesis. (a) Se cargan diferentes muestras en los pocilios teína RecA de Escherichia coli (descrita en el Capítulo 25). Se clonó el gen de
o depresiones en la parte superior de un gel de poliacrilamida. Las proteínas se la proteína RecA (Capítulo 9) para poder controlar su expresión (síntesis de la
trasladan a través del gel cuando se aplica un campo eléctrico. El gel mantiene proteína). El prinrier carril muestra un conjunto de proteínas patrón (de co­
ai mínimo las comentes de convección producidas por pequeños gradientes de nocida) que sirven como marcadores de masa nx)lecular En los dos carriles si­
temperatura, y también minimiza los movimientos de proteínas que no sean los guientes se muestran proteínas de células de E. coii antes y después de la
producidos por el campo eléctrico, (b) Después de la electroforesis se pueden inducción de la síntesis de la proteína RecA. El cuarto can-il muestra las proteí­
visualizar las proteínas tratando el gel con un colorante tal como el azul de nas de un extracto celular crudo. Los can-iles siguientes (de izquierda a derecha)
Coomassie, que se fija a las proteínas pero no al gel. Cada banda del gel repre­ muestran la proteína presente después de cada paso sucesivo de purificación.
senta una proteína diferente (o subunidad proteica); las proteínas más pequeñas La proteína purificada es una cadena polipeptídica única (H -38.000), como
se desplazan más rápidamente a través del gel que las grandes, por lo que se en­ puede apreciarse en el carril más a la derecha.
cuentran cerca del extremo inferior del gel. Este gel ilustra la purificación la pro-

potencial eléctrico, E. La movilidad electroforética de la molécu­ El SDS ligado incorpora una gran carga neta negativa, lo que ha­
la es el cociente entre la velocidad de la partícula, K, y el po­ ce que la cai^ga intrínseca de la proteína sea insignificante y con­
tencial eléctrico. La movilidad electroforética también es igual a fiere a todas las proteínas un cociente carga/masa similar.
la carga neta de la molécula, Z, dividida por el coeficiente firiccio- Además, la conformación nativa de la proteína se altera cuando
nal, /, que refleja en parte la forma de la proteína. Así: se fija el SDS y ia mayoría de las proteínas adoptan una forma si­
milar. La electroforesis en presencia de SDS separa, por tanto,
V Z
las proteínas casi exchisivamente en función de la masa (peso
E f
molecular), de forma que los polipéptidos pequeños se despla­
El desplazamiento de una proteína en un gel durante una elec­ zan más rápidamente. Después de la electroforesis las proteí­
troforesis es por tanto función de su tamaño y de su forma. nas se visualizan añadiendo un colorante tal como el azul
Un método electroforético comúnmente utilizado para la CJoomassie que se íya a las proteínas pero no al gel (Fig. 3-18b).
estinuición de la pureza y la masa molecular emplea el deter­ De esta forma puede seguirse el progreso de un procedimiento
gente dodecil sulfato sódico (S D S ) ("dodecil” se refiere a de purificación de una proteína, ya que el número de bandas de
una cadena de 12 átomos de carbono). proteína visibles en el gel debe disminuir tras cada nuevo paso
O de purificación. Cuando se compara con las posiciones a las que
II se desplazan en el gel proteínas de masa molecular conocida, la
Na" -0~S-~0~(C H 2) uCH3
II posición de una proteína desconocida puede proporcionar una
O medida excelente de su masa molecular (Fig. 3-19). Si la pro­
Dodecil sulfato sódico teína tiene dos o más subunidades diferentes, las subunidades
(SDS)
se separarán generalmente a consecuencia del tratamiento con
El SDS se une a la mayoría de proteínas en una cantidad apro­ SDS y aparecerá una banda individual para cada una.
ximadamente proporcional a la masa molecular de la proteína,
alrededor de una molécula por cada dos residuos aminoácidos. ( I Electroforesis en gel con SDS
90 Aminoácidos, péptidos y proteínas

FIGURA3-19 Determinación de la masa molecular de una proteína. La mo*


© T_J l_X vilidad electroforética de una proteína en un gel de poliacrilamida con SDS es
proporcional a su masa molecular, M,. (a) Proteínas patrón de masa molecular
conocida se someten a electroforesis (carril 1 ). Estas proteínas marcadoras se
Miosina 200.000
pueden utilizar para determinar ia nriasa molecular de una proteína desconoci­
da (carril 2). (b) Una gráfica del log Mr de las proteínas marcadoras frente al
)3>Galacto8Ídasa 116.260 desplazamiento relativo durante la electroforesis es lineal, lo que penmite leer la
Glucógeno fosforilsisa b 97.400 masa molecular de la proteína desconocida a partir de la gráfica.
Albúmina de suero bovino 66.200 —

Ovoalbúmina 45.000

Carbónico anhidrasa 31.000


^ ■fí-.. . - ...
Inhibidor de tripsina de soja 21.500
Lisozima 14.400

©
Patrones Proteína
(a) deJkT^ desconocida

El enfoque isoeléctrico se utiliza para determinar el La combinación secuencáal del enfoque isoeléctrico y la
punto isoeléctrico (pl) de una proteína (Fig. 3-20). Se esta­ electroforesis en SDS en un proceso denominado electrofore­
blece un gradiente de pH dejando que una mezcla de ácidos y sis bidimensional permite la resolución de mezclas complejas
bases orgánicos de baja masa molecular (anfolitos; p. 79) se dis­ de proteínas (Fig. 3-21).
tribuya espontáneamente en un campo eléctrico generado a tra­ Éste es un método analítico más sensible que cualquier
vés del gel. Cuando se aplica una mezcla de proteínas, cada una método electroforético individual. La electroforesis bidimen­
se desplaza hasta que alcanza el pH que iguala su pl (Tabla sional separa proteínas de idéntica masa molecular que difie­
3-6). Así las proteínas con distintos puntos isoeléctricos se dis­ ren en pl, o proteínas con valores de pl similares pero con
tribuyen de manera diferente a lo largo del gel. diferentes masas moleculares.

TABLA 3-6 P W P l
Proteína pl
Pepsina <1,0
Se incorpora
una disolución pH9 © Albúntína de huevo 4,6
de anfolitos Albúmina sérica 4,9
a un gel
Ureasa 5,0
j3-Lactoglobulina 5,2
Hemoglobina 6,8
Mioglobina 7,0
'O
Quimotripsinógeno 9,5
Citocromo c 10,7
Lisozima 11,0

pH3 ©

Se establece un gradiente Se añade la Después de teñir,


de pH estable en el gel disolución de proteínas se observa cómo se
tras la aplicación de y se vuelve a aplicar distribuyen las proteínas
un campo abierto. el campo elécúico. a lo lari^ del gradiente
de pH de acueráo con sus
valores de pL
FIGURA3-20 Enfoque isoeléctrico. Esta técnica separa las proteínas según sus puntos isoeléctri­
cos. Se establece un gradiente estable de pH en el gel por adición de anfolitos adecuados. Se co­
loca una mezcla de proteínas en un pocilio del gel. Con la aplicación de un campo eléctrico, las
proteínas entran en el gel y se desplazan hasta alcanzar un pH equivalente a su pl. Recuérdese que
la caf^a neta de una proteína es cero cuando pH = pl.
3.3 Trabajar con proteínas 9t

O l Es posible cuantificar las proteínas no aisladas


A fin de purificar una proteína es esencial disponer de un mé­
todo para detectar y cuantificar dicha proteína en presencia
W ‘
Primera de muchas proteínas más en cada etapa del proceso. A menu­
dimensión pl do, la purificación debe realizarse en ausencia de cualquier in­
decreciente
Enfoque formación sobre el tamaño y las propiedades físicas de la
isoeléctrico proteína, o sobre la fracción que representa sobre la masa to­
tal de proteína en el extracto. En el caso de proteínas enzimá­
ticas, se puede determinar la cantidad de enzima en una
disolución o extracto de tejido determinados en función del
efecto catalítico que produce el enzima, es decir, el incre­

i mento de la velocidad a la cual su sustrato se convierte en pro­


ductos de la reacción cuando está presente el enzima. Con
este fin deben conocerse (1) la ecuación global de la reacción
catalizada, (2) un procedimiento analítico para determinar la
desaparición del sustrato o la aparición de un producto de la
El gel de enfoque
isoeléctrico se coloca reacción, (3) si el enzima requiere cofactores tales como io­
sobre un gel de nes metálicos o coenzimas, (4) la dependencia de la actividad
poliacrilamida SDS.
enzimática respecto de la concentración de sustrato, (5) el pH
óptimo y (6) una zona de temperatura en lá cual el enzima sea
estable y tenga una actividad elevada. Los enzimas se ensayan
normalmente en su pH óptimo y a una temperatura conve­
niente dentro del intervalo de 25 a 38 ®C. También se requie­

i ren generalmente elevadas concentraciones de sustrato de


modo que la velocidad inicial de reacción, que se mide experi­
mentalmente, sea proporcional a la concentración de enzima

Segunda
dimensión
i
decreciente
(Capítulo 6).
Por acuerdo internacional, se define 1,0 unidad de activi­
dad enzimática como la cantidad de enzima que produce la
Eleetroforesis en gel de transformación de 1,0 /xmol de sustrato por minuto a 26 ®C en
poliacrilamida SDS
condiciones óptimas de medida. El término actividad se refie­
re a las unidades totales de enzima en una solucáón. La activi­
. pl . dad específica es el número de unidades enzimáticas por
(a) decreciente miligramo de proteína (Fig. 3-22). La actividad específica
constituye una medida de la pureza enzintótica: aumenta du­
rante la purificación de una enzima, y llega a ser máxima y cons­
tante cuando el enzima es puro (Tabla 3-5, p. 88).

Ü ü - »»?
*1^1* decreciente

i
pl
(b) decreciente

FIGURA 3-21 Electrofor^ís bidin «al. (a) Las proteínas se separan pri­ FIGURA3-22 Actividad frente a acth^idad espedfica. Se puede ilustrar la dife­
mero mediante enfoque isoeléctrico en un gel cilindrico. A continuación se ex­ rencia entre estos dos términos considerando dos recipientes con canicas. Ambos
tiende el gel horizontalmente sobre un segundo gel, en fonna de plancha, y las contienen el mismo número de canicas rojas, pero cantidades diferentes de cani­
proteínas se separan niediante eleetroforesis en gel de poliacrilamida con SDS. cas de otros colores. Si se considera que las canicas representan proteínas, ambos
La separación horizontal refleja las diferencias de pl; la vertical refleja las dife­ recipientes contienen la misma actividad de la proteína representada por ias ca­
rencias en masa molecular, (b) Utilizando esta técnica se pueden separar más nicas rojas. No obstante, el segundo recipiente tiene una actividad específica ma­
de 1.000 proteínas diferentes de E. coli. yor debido a que las canicas rojas son una fracción mucho mayor del total.
92 Aminoácidos, péptidos y proteínas

Después de cada paso de purificación, se determina la activi­ ■ Tcxios los procedimientos de purificación requieren un
dad de la preparación (en unidades de actividad enzimática), se método para cuantificar o distinguir la proteína de interés
determina independientemente la cantidad total de proteína y se en presencia de otras proteínas. La purificación puede se­
calcula el cociente de los dos valores da la actividad específica. La guirse mediante el ensayo de la actividad específica.
actividad y la proteína total generalmente disminuyen en cada pa­
so. La actividad disminuye porque siempre se produce alguna 3.4 Estructura de las proteínas:
pérdida debido a inactivación o a interacciones no óptimas con
los materiales cromatográficos o con otras moléculas de la disolu­ estructura primaría
ción. La proteína total disminuye porque el objetivo es eliminar La purificación de una proteína generalmente es sólo el preludio
tanta proteína no deseada o no especíñca como sea posible. En un de una disección detallada de su estructura y función. ¿Qué es
paso de purificación exitoso, la pérdida de proteína no específica lo que hace que una proteína sea un enzima, otra una hormona,
es mucho mayor que la pérdida de actividad; por tanto, aun cuan­ otra una proteína estructural y otra un anticuerpo? ¿Cómo se
do la actividad total disminuye, la actividad específica aumenta. diferencian químicamente? Las diferencias más obvias son es­
Los datos se recogen finalmente en una tabla de purificación si­ tructurales, y es de estructura de proteínas de lo que hablare­
milar a la Tabla 3-6. Generalmente se considera que una proteína mos ahora.
es pura cuando pasos adicionales de purificación no consiguen Para las macromoléculas grandes como las proteínas, la ta­
aumentar su acüviciad específica y cuando sólo se puede detectar rea de describir y comprender la estructura se aborda en varios
una especie proteica (mediante electroforesis, por ejemplo). niveles de complejidad, ordenados en urm especie de jerarquía
En el caso de proteínas que no sean enzimas se requieren conceptual. Se definen normalmente cuatro rüveles de estruc­
otros métodos de cuantificación. Las proteínas de transporte tura de las proteínas (Fig. 3-23). La estructura primaria es
pueden determinarse por su unión a la molécula que transpor­ urmdescripción de todos los enlaces covalentes (principalmen­
tan, y las honnonas y las toxinas por los efectos biológicos que te erüaces peptidicos y puentes disulfuro) que unen los ami­
producen; por ejemplo, las hormonas de crecimiento estimulan noácidos de urm caderm polipeptídica. El elemento más impor­
el crecimiento de ciertas células cultivadas. Algunas proteínas tante de la estructura primaria es la secuencia de los residuos
estructurales representan una firacción tan grande de la masa anünoácidos. La estructura secundaria se refiere a disposi­
tisular que pueden extraerse y purificarse fácilmente sin nece­ ciones particularmente estables de los aminoácidos que dan
sidad de un ensayo funcional. Los métodos son tan variados co­ lugar a patrones estructurales repetitivos. La estructura ter­
mo las propias proteínas. ciaria describe todos los aspectos del plegartüento tridimensio­
nal de un polipéptido. Cuando urm proteírm posee dos o más
RESUMEN 3.3 Trabajar con proteínas subunidades polipeptídicas, su disposición en el espacio se de-
norrürm estnictura cuatemaria. Nuestra exploración de las
■ Las proteínas se separan y purifican en base a diferencias proteírms incluirá finalmente las complejas máquinas proteicas
en sus propiedades. Las proteínas se pueden precipitar se­ compuestas por docerms o nüles de suburüdades. En lo que res­
lectivamente mediante la adición de ciertas sales. Existe ta de capítulo nos concentraremos en la estructura primaria; los
una amplia gama de métodos cromatográficos que explo­ rüveles superiores de estructura se discuten en el Capítulo 4.
tan las diferencias de tamaño, afinidad de unión, carga y Las diferencias en la estructura primaria pueden ser espe­
otras propiedades. Entre estos métodos se incluyen la cro­ cialmente informativas. Cada proteína tiene un número y se­
matografía de intercambio iónico, de exclusión molecular, cuencia distintivos de residuos aminoácidos. Como veremos en
de afinidad y la cromatografía líquida de alta resolución. el Capítulo 4, la estructura primaria de una proteírm determina
■ La electroforesis separa proteínas en base a su masa o la forma en que se pliega en urm estructura tridimensional úni­
a su carga. La electroforesis en gel con SDS y el enfoque ca y ésta, a su vez, determina la función de la proteína. Cormi-
isoeléctrico se pueden utilizar por separado o combinados deraremos en primer lugar las indicaciones empíricas sobre la
para obtener una mejor resolución. estrecha relación entre secuencia de aminoácidos y función

Estructura
primaria Estructura
|PÍ5\ cuatemaria
FIGURA 3-23 Niveles de estructura de las
proteínas. La estructura primaria cxjnsiste
en una secuencia de aminoácidos unidos
entre sí a través de enlaces peptidicos e in­
cluye los puentes disulfuro que existan. El
polipéptido resultante puede estar enrolla­
do en unidades de estructura secundaria,
tales como una hélice a. La hélice es una
parte de la estruaura terciaría del polipépti­
do plegado, el cual es en sí mismo una de
las subunidades que constituyen la estruc­
tura cuaternaria de una proteína multisubu- Residuos Cadena polipeptídica Subunidades ensambladas
nidad, en este caso la hemoglobina. aminoácidos
3.4 Estructura de ias proteínas: estructura primaria 93

proteica, para continuar describiendo cómo se determina la se­ mensional y estructura con fimción. No obstante, antes de po­
cuencia de aminoácidos; finalmente, describiremos los usos que der profundizar en este problema, hemos de examinar de qué
se puede dar a esta información. forma se obtiene la información sobre la secuencia.

Lafunción de una proteína depende de su secuencia Se ha determinado la secuencia de amínoácidos


deaminoácidos de millones de proteínas
La bacteria Escherichia coli produce más de 3.000 proteínas Dos importantes descubrimientos que tuvieron lugar en 1953
diferentes; un ser humano tiene unos 25.000 genes que codifi­ fueron de importancia crucial en la historia de la bioquímica. En
canun número muy superior de proteínas diferentes (mediante aquel año James D. Watson y Francis Crick dedujeron la estruc­
procesos genéticos descritos en la Parte III de este libro). En tura en doble hélice del DNA y propusieron una base estructu­
ambos casos cada tipo de proteína tiene una estructura tridi­ ral que explicaba su precisa replicación (Capítulo 8). Su pro­
mensional única que le confiere ima función única. Cada tipo de puesta aclaró la realidad molecular que estaba detrás de la idea
proteína también tiene urui secuencia de anünoácidos única. La
Cadena A Cadena B
intuición sugiere que la secuencia de aminoácidos debe desem­
peñar un papel fundamental en la determinación de la estructu­
ra tridimensional de la proteína y en último término su función,
ne
pero ¿es correcta esta suposición? Una observación general so­
bre las proteínas y sobre sus variaciones en la secuencia de ami­
noácidos proporciona una serie de pistas empíricas que ayudan
a sustanciar la importante relación entre secuencia de amino­
ácidos y función biológica.
Primero, tal como ya hemos visto, proteínas con funciones
diferentes siempre tienen secuencias de aminoácidos diferen­
tes. En segundo lugar, se han correlacionado miles de enferme­
dades genéticas hximanas con la producción de proteínas
defectuosas. El defecto puede ir desde un único cambio en la
secuencia de aminoácidos (como en la anemia falciforme, des­
f
Val

crita en el Capítulo 5) a la eliminación de una parte mayor de la


cadena polipeptídica (como en la mayoría de casos de distrofia
muscular de Duchenne: una eliminación de una gran porción
del gen que codifica la proteína distrofina da lugar a la produc­
ción de una proteína más corta e inactiva). Sabemos, por tanto,
que si se altera la estructura primaria, la función de la proteína
también puede cambiar. Finalmente, al comparar proteínas con Tyr
funciones similares de diferentes especies encontramos que es­
Glu
tas proteínas tienen a menudo secuencias de anünoácidos si­
nglares. Un caso extremo es la ubiquitina, una proteína de
76 residuos anünoácidos implicada en la regulación de la degra­
dación de otras proteínas. La secuencia de aminoácidos de la
ubiquitina es idéntica en especies tan dispares como la mosca
del viiuigre y el ser humano.
La secuencia de aminoácidos de una proteína ¿está fijada
absolutamente, es decir, es mvariable para una proteína concre­
ta? No; es posible cierta flexibilidad. Se calcula que entre el 20 y
el 30% de las proteínas humanas son polimórfícas, habiendo
secuencias de aminoácidos que varían dentro de la población
humana. Muchas de estas variaciones de secuencia no tienen
ningún efecto, o muy poco, sobre la función de la proteína. Ade­
más, proteínas que llevan a cabo una función similar en especies
distantes pueden diferir de manera importante en el tamaño
global y en la secuencia de anünoácidos.
A pesar de que la secuencia de aminoácidos puede variar
considerablemente en algunas regiones de la estructura prima­
COO“
ria sin afectar a la función biológica, las proteínas contienen a
menudo regiones cruciales que son esenciales para su función y FIGURA3-24 Secuencia de aminoáddos de la insulina bovina. Las dos cade­
cuya secuencia se encuentra, por tanto, conservada. La fracción nas polipeptídicas están unidas por enlaces disulfuro cruzados. La cadena A es
de secuencia que es crítica varía de proteína a proteína, lo que idéntica en ias insulinas humana, de cerdo, pen'o, conejo y cachalote. Las ca­
compilca la tarea de relacionar secuencia con estructura tridi­ denas B de vaca, cerdo, perro, cabra y caballo son idénticas.
94 Aminoáddos, péptidos y proteínas

de gen. En aquel mismo año, FVederick Sanger resolvió la de secuencia de aminoácidos. Estos datos son de importancia
secuencia de aminoácidos de las cadenas peptídicas de la hor­ crítica para cualquier área de la investigación bioquímica.
mona insulina (Fig. 3-24), sorprendiendo a muchos investi­
gadores que habían creído durante mucho tiempo que la Los polipéptidos cortos se secuencian utilizando
elucidación de la secuencia de aminoácidos de un polipéptido procedimientos automáticos
sería una tarea descorazonadoramente difícil. Rápidamente se
hizo evidente que la secuencia de nucleótidos del DNA y la se­ Para analizar la estructura primaria de una proteína se utilizan
cuencia de aminoácidos de las proteínas estaban relacionadas diversos procedimientos. Para empezar, se dispone de diversos
de algún modo. Tan sólo una década después de estos descubri­ protocolos para marcar e identificar el residuo amino-terminal
mientos se había determinado el código genético que relaciona (Fig. 3-25a). Sanger desarrolló el reactivo l-ñuoro-2,4-dini
la secuencia nucleotídica del DNA con la secuencia de amino­ trobenceno (FDNB) con este fin; otros reactivos utilizados son
ácidos de las moléculas proteicas (Capítulo 27). Gracias al rápi­ el cloruro de dansilo y el cloruro de dabsilo, que generan deri­
do incremento de las bases de datos genómicos es posible vados más fácilmente detectables que los derivados dinitrofeni
derivar las secuencias de un enorme número de proteínas de
forma indirecta a partir de las secuencias de DNA. Sin embargo,
la moderna química de proteínas sigue utilizando con frecuen­
cia los métodos tradicionales de secuenciación de polipéptidos,
capaces de revelar detalles no deducibles de la secuencia de nu­
cleótidos, como por ejemplo las modificaciones que tienen lugar
después de la síntesis del polipéptido. Actualmente la secuen­
ciación química de proteínas complementa las metodologías
más novedosas y proporciona múltiples vías para obtener datos

Frederick Sanger
Polipéptido NO., NO

+ Identificación del residuo


(a) áados amino-terminal del i>olipéptido.
hbres
Derivado de
2,4-dinitrofelino
del residuo
amino-terminal

Identificación del residuo


amino-terminal; purificación
(b) y reciclaje del fragmento
peptídico resultante a través
del proceso de Edman.
Derivado Derivado
anilinotiazolinona del feniltiohidantoína del
residuo aminoácido residuo aminoácido

* r r Péptido una
unidad más corto
Aducto PTC "•"-H
fi- í- g - S - í'
O o

FIGURA3-25 Pasos en tasecuenciación de un polipéptido. (a) La identificación secuencia completa de un péptido. En el caso de péptidos cortos este método por
del residuo amino-terminal puede ser el primer paso de la secuenciación de un sí solo da la secuencia completa, por lo que frecuentemente se omite el paso (a).
polipépticio. Aquí se muestra el método de Sangpr para identificar el residuo ami­ El paso (a) resulta útil en el caso de polipéptidos de gran tamaño que a menudo se
no-terminal. (b) El procedimiento de la degradación de Edman permite obtener la fragmentan en péptidos más pequeños para su secuenciación (véase la Fig, 3-27).
3.4 Estructura de las proteínas: estructura primarla 95

lados. Una vez que se ha marcado el residuo amino-terminal con sería prolina (se eliminaría el 97% de residuos de Pro del 97%
uno de estos reactivos, se hidroliza el polipéptido (en HCl 6 m ) de moléculas terminadas en Pro) y el 2,9% glicina (se elimina­
para obtener sus aminoácidos constituyentes y se identifica el ría el 97% de los residuos de Gly del 3% de moléculas que
aminoácido marcado. Dado que la etapa de hidrólisis destruye mantendrían su extremo terminal de Gly), mientras que un
el polipéptido, este procedimiento no puede utilizarse para se­ 3% de moléculas del polipéptido mantendrían residuos de Gly
cuenciar un polipéptido más allá de su residuo amino-terminal. (0,1%) o Pro (2,9%) en su extremo amino. En cada ciclo, los
Sin embargo, puede ayudar a determinar el número de polipép­ péptidos que no han reaccionado en los ciclos anteriores apor­
tidos químicamente diferentes en una proteína, siempre que ca­ tarán aminoácidos a un fondo que crece continuamente, ha­
da uno tenga un residuo amino-terminal diferente. Por ejemplo, ciendo finalmente imposible determinar cuál es el siguiente
si la insulina se somete a este procedimiento se marcarían dos anünoácido en la secuencia peptídica original. Los secuencia-
residuos, Phe y Gly (Fig. 3-24). dores modernos alcanzan eficiencias superiores al 99% por ci­
clo, permitiendo secuenciar más de 50 residuos aminoácidos
CHs^CH,
contiguos de un polipéptido. La estructura primaria de la in­
N
sulina, resuelta por Sanger y colaboradores a lo largo de un pe­
ríodo de 10 años, podría ser ahora determinada por completo
N=N- SOjCl en im día o dos mediante secuenciación dii-ecta en un secuen-
CHs ciador. (Tal como discutiremos en el Capítulo 8, la secuencia­
S02C1 ción del DNA es todavía más eficiente.)
Cloruro de dansilo Cloruro de dabsílo

Las proteínas grandes deben secuenciarse a partir


Para secuenciar un polipéptido completo se utiliza nor­
malmente un método químico diseñado por Pehr Edman. El
de fragmentos más pequeños
procedimiento de la degradación de Edman, marca y elimina La precisión global en la determinación de una secuencia de
sólo el residuo amino-terminal de un péptido, dejando el resto aminoácidos disminuye generalmente a medida que aumenta la
de enlaces peptídicos intactos (Fig. 3-25b). Se hace reaccio­ longitud del polipéptido. Los largos polipéptidos de las proteí­
nar el péptido con fenilisotiocianato en condiciones alcalinas nas han de romperse en trozos más pequeños para poder se-
suaves, lo que convierte el aminoácido amino-terminal en un cuenciarlos de manera eficiente. Este proceso consta de varios
aducto feniltiocarbamilo (PTC). El enlace peptídico contiguo pasos. En primer lugar se rompe la proteína en un conjunto de
al aducto de PTC se rompe a continuación mediante reacción fragmentos específicos mediante métodos químicos o enzüná-
en ácido trifluoroacético anhidro, que conlleva la eliminación ticos. Si existen puentes disulfuro, es necesario romperlos.
del aminoácido amino-temünal en forma de aniiinotiazolinona. A continuación se purifica cada fragmento y se secuencia me­
El aminoácido modificado se extrae con disolventes orgánicos, diante el procedinüento de Edman. Finalmente se detemüna el
se convierte en un derivado más estable, feniltiohidantoína, orden en que los fragmentos aparecen en la proteína original y
mediante tratamiento con ácido en disolución acuosa y final­ se determina donde están localizados, si es que los hay, los en­
mente se identifica. El uso de reacciones secuenciales llevadas laces disulfuro.
a cabo primero en condiciones básicas y a continuación en con­
diciones acídicas proporciona un control adecuado sobre todo Rotura de los enlaces disulfuro Los puentes disulfuro inter­
el proceso. Cada una de las reacciones del aminoácido amino- fieren en el procedimiento de secuenciación. Un residuo de cis­
terminal puede completarse prácticamente en su totalidad sin tina (Fig. 3-7) al que se cortara uno de sus enlaces peptídicos
afectar a ninguno de los demás enlaces del péptido. Después mediante el procedinüento de Edman, podría permanecer uni­
de la eliminación e identificación del residuo anüno-terminal, do a otra cadena polipeptídica a través de su puente disulfuro.
el nuevo residuo amino-terminal puede ser marcado, elimina­ Los puentes disulfuro también interfieren en la rotura enzúnáti-
do e identificado a través de la misma serie de reacciones. Este ca o química del polipéptido. En la Figura 3-26 se esquemati­
procedimiento se repite hasta que se ha determinado toda la zan dos métodos utilizados para romper enlaces disulfuro de
secuencia. La degradación de Edman se realiza en un instru­ manera ü*reversible.
mento, denonünado secuenciador, que mezcla los reactivos
en las proporciones adecuadas, separa los productos, los iden­ Rotura de la cadena polipeptídica Pueden utilizarse varios
tifica y registra los resultados. Estos métodos son extraor­ métodos para fragmentar la cadena polipeptídica. Los enzimas
dinariamente sensibles. A menudo puede determinarse la denonünados proteasas catalizan la rotura hidrolítica de los
secuencia aminoácida completa a partir de unos pocos micro- enlaces peptídicos. Algunas proteasas cortan solamente los en­
gramos de proteína. laces peptídicos adyacentes a residuos anünoácidos específicos
La longitud de polipéptido que puede secuenciarse con (Tabla 3-7) y por tanto fi-agmentan una cadena polipeptídica de
precisión mediante la degradación de Edman depende de la forma predecible y reproducible. Varios reactivos químicos cor­
eficiencia de los pasos quínúcos individuales. Consideremos tan también los enlaces peptídicos adyacentes a residuos espe­
un péptido que empiece con la secuencia Gly-Pro-Lys- en su cíficos.
extremo amino. Si la glicina se eliminara con una eficiencia del Entre las proteasas, el enzima digestivo tripsüia sólo cata­
97%, el 3% de las moléculas del polipéptido en la solución liza la hidrólisis de aquellos enlaces peptídicos en los que el
mantendrían un residuo de Gly en su extremo amino. En el se­ grupo carboniio está proporcionado por un residuo de Lys o
gundo ciclo de Edman, el 94% de los aminoácidos liberados Arg, independientemente de la longitud o secuencia de ami-
96 Aminoácidos, péptidos y proteínas

Puente disulfuro ,
(cistina)
NH 0=C
H C -C H 2 ^ 5 ^ ^ C H 2 -C H

O 0=C NH
y
- - O - S —CHj—¿H H C -C H a -S H H S -C H 2- C H
I
O HN1 ^ C = 0 H N _^
Residuos de
ácido dsteico carboximetiladón
con yodoacetato
FIGURA 3-26 Rotura de puentes disulfuro en proteínas. Se ilustran
dos métodos comunes. La oxidación de un residuo de cistina con áci­ NH 0=C
y
do perfórmico produce dos residuos de ácido cisteico. La reducción 1
con ditiotreitol o /3-mercaptoetanol que da lugar a residuos de Cys se H ¿ -C H2
,--S
I —CH2-C O O - -O O C -C H 2- S - C H 2- C H
ha de seguir con una modificación adicional de los grupos —SH reac- C=0 HN
tivos para impedir la reformación del puente disulfuro. La acetilación Residuos de cisteína ■s
con yodoacetato es úlil en este último caso. carboximetilados

TABLA 3 “ 7
'tratamiento (origen biológico)’^ Puntos de corte^
Tripsina (páncreas bovino) Ljys, Arg (C)
Proteasa de Submaxillarus (glándula submaxilar de ratón) A r«(C )
Quimotripsina (páncreas bovino) Phe.TYp.TyrCC)
Proteasa V8 de Staphylococcus aureus (bacteria 5. aureus^ Asp, Glu (C)
Proteasa Asp-A/' (b&ctñjia Pseiidornonasfra gi) Asp, Glu (N )
Pepsina (estómago porcino) Leu, Phe, TVp, TVr (N )
Endoproteinasa Lys C (bacteria Lysobacter enzyynogenes') Lys(C)
Bromuro de cianógeno Met (C)

*A excepción del bromuro de cianógeno son todos proteasas. Todos pueden obtenerse comercialmente.
^Residuos que aportan el punto de reconocimiento primario para ia proteasa o el reactivo; la rotura del enlace peptídico tiene lugar
en el lado cartwnllo (C) o amino (N) del residuo aminoácido indicado.

noácidos de la cadena. De este modo puede predecirse el nú­ Secuenciación de los péptídos Tbdos los fragmentos peptí­
mero de péptidos de menor tamaño producidos por rotura con dicos resultantes de la acción de la tripsina se secuencian sepa­
tripsina a partir del número total de residuos de Lys o Arg en radamente por el procedimiento de Edman.
el polipéptido original, determinado a partir de la hidrólisis de
una muestra intacta (Fig. 3-27). Un polipéptido con tres re­ Ordenación de los firagmentos peptídicos Ahora debe de­
siduos de Lys y/o Arg (como en la Fig. 3-27) dará lugar nor­ terminarse el orden de estos “fragmentos trípticos” en la cade­
malmente a cuatro péptidos más pequeños al ser cortado por na polipeptídica original. Se corta otra muestra del polipépti-
la tripsina. Además, todos excepto uno tendrán una Lys o Arg dointacto en fragmentos utilizando un enzima o reactivo defe­
como carboxilo-terminal. Los fragmentos producidos por rente, que corte enlaces peptídicos en puntos diferentes a
acción de la tripsina (u otro enzima o reactivo químico) se se­ los cortados por la tripsina. Por ejemplo, el bromuro de cianó-
paran a continuación mediante métodos cromatográficos o geno sólo rompe aquellos enlaces peptídicos en los que el gru­
electroforéticos. po carbonilo es aportado por Met. Los fragmentos resultantes
3.4 Estructura de ias proteínas; estructura primaria [^97

de este seguncio procedimiento se separan y secuencian igual mentos para detectar posibles errores al determinar la secuen­
que los anteriores. cia de aminoácidos de cada fragmento. Si el segundo procedi­
Se examinan las secuencias de aminoácidos de cada frag­ miento de rotura no consigue establecer continuidad entre
mento obtenido con los dos procedimientos de rotura con el fin todos los péptidos de la primera rotura, deberá utilizarse un ter­
de encontrar péptidos producto del segundo prcx!edimiento cu­ cero o incluso un cuarto método de rotura para obtener un con­
yas secuencias establezcan una continuidad, debido al sola­ junto de péptidos que pueda proporcionar los solapamientos
pamiento, entre los fragmentos obtenidos por el primer proce­ necesarios.
dimiento de rotura (Fig. ^ 27 ). Los péptidos solapantes obteni­
dos a partir de la segunda fragmentación dan el orden correcto Localización de los puentes disulfüro Si la estructura prima­
de los fragmentos peptidicos obtenidos en la primera. Si se ha ria incluye puentes disulfuro, su Icx^alización se determina en un
identificado el aminoácido amino-terminal previamente a la pri­ paso adicional una vez completada la secuenciación. De nuevo se
mera hidrólisis de la proteína, se puede utilizar esta informa­ corta una muestra de la proteína con un reactivo tal como la trip­
ción para establecer cuál es el fragmento que proviene del sina, pero esta vez sin romper los puentes disulfuro. Los péptidos
extremo amino. Se pueden comparar los dos conjuntos de frag­ resultantes se separan por electroforesis y se comparan con el

Procedimiento Resultado Conclusión


hidróltsia; scparactón A 5 H 2 R 1 El polipéptido tiene
de ios aminoácidos C 2 I 3 S 2 38 residuos aminoácidos.
D 4 K 2 T 1 La tripsina cortará tres
E 2 L 2 V 1 veces (en una R (Arg) y
F 1 M 2 Y 2 dos K (Lys» dando cuatro
Polipéptido G 3 P 3 fragmentos. El bromuro de
cianógeno cortará en dos M
(Met) dando tres fragmentos.

se hace reaccionar
con FDNB; hidrólisis;
^ separación de ios aminoácidos
Se detecta £ (Glu) es el residuo
se reducen los 2,4-dinitrofenilglutamato
enlaces disulfuro
amino-terminal.
(si los hay)

(T ^ GASMALIK colocado en el extremo


se corta con tripsina; s