CÓDIGO: SGC.DI.

505
GUIA PARA LAS PRÁCTICAS DE VERSIÓN: 2.0
FECHA ULTIMA REVISIÓN:
LABORATORIO, TALLER O CAMPO. 12/04/2017

DEPARTAMENTO: Ciencias de la Vida CARRERA: Ingenierías en Biotecnología

PERIODO
ASIGNATURA: Bioinformática Abril-Agosto 2018 NIVEL: 6to
LECTIVO:
DOCENTE: Francisco Flores NRC: 4299-4304 PRÁCTICA N°: 3
LABORATORIO DONDE SE DESARROLLARÁ LA
H 204 - H205
PRÁCTICA:
TEMA DE LA Barcoding
PRÁCTICA:
INTRODUCCIÓN:

Las dificultades que representa el uso de características fenotípicas para la identificación de especies hace necesario el uso de
herramientas moleculares para este fin. Gracias a los avances tecnológicos dentro del campo de la secuenciación la técnica de
barcoding se ha convertido en el método de elección para la identificación de especies, sobre todo de microorganismos. El
barcoding consiste en identificar organismos utilizando un fragmento de ADN cuya secuencia puede ser relacionada de forma
unívoca con una especie, de la misma manera como un código de barras identifica a un producto en un supermercado. Para que
una secuencia funcione como barcode debe poseer una variabilidad intraespecífica baja y a la vez una variabilidad inter específica
alta. Existen al momento varias secuencias que son consideradas barcode universal para diferentes grupos taxonómicos. En esta
práctica trabajaremos con la región ITS, considerada como barcode universal para hongos, y con el del factor de elongación 1 alfa,
un gen candidato a convertirse en barcode..

OBJETIVOS:

 Ensamblar fragmentos de ADN a partir de secuencias obtenidas con el método Sanger.

 Hacer búsquedas de BLAST para la identificación molecular de microorganismos
 Determinar si una secuencia es apropiada para barcoding.

MATERIALES:

REACTIVOS: N/A INSUMOS: N/A

EQUIPOS: Computador

MUESTRA:
Secuencias en formato AB1 provistas por el instructor.

INSTRUCCIONES:

- Descargue las secuencias del aula virtual

- Instale los programas:
GAP4

ACTIVIDADES POR DESARROLLAR:

1. Ensamblaje de secuencias
Ensamblar las secuencias utilizando Staden Package
Utilizar Pregap para preparar las secuencias para el ensamblaje
Mover secuencias a una carpeta en el escritorio
Utilizar Add Files en la pestaña “Files to Process” para cargar secuencias al programa
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En la pestaña “Configure Modules” marcar la opción “Gap4 shotgun assembly” donde se creará un Gap4 database llamado
ensamble
Desmarcar las opciónes “Cloning Vector Clip” y “Screen for unclipped vector”
Correr Pregap y analizar ensamblaje. De ser necesario modificar configuración de pregap.
En “Quality Clip” cambiar window length a 120, average confidence a 10

Analizar el ensamblaje en Gap4

Abrir el archivo ensamble.aux
Click derecho en el contig y elegir “edit contig”. También revisar “contig display”
Buscar inconsistencias en el ensamblaje representadas por *. Doble click en inconsistencias para revisar electroferogramas

2. Búsqueda en bases de datos

Utilizar la secuencia ensamblada de KS29 para hacer una búsqueda de BLAST e identificar al microorganismo, utilice la base
de datos completa y en otra búsqueda utilice la base de datos de organismos tipo.
Ensamblar los fragmentos de ITS y EF1a de A6 y hacer búsquedas de BLAST con cada uno de ellos tanto en la base de datos
completa como en la base de datos de organismos tipo.

RESULTADOS OBTENIDOS:
El estudiante debe ser capaz de responder las siguientes preguntas:

 ¿Qué fragmento de ADN está representado en las secuencias de KS29?

 ¿Qué parte de esa secuencia es considerada barcode universal de hongos?
 ¿Qué pasa cuando se hace la búsqueda con la secuencia de KS29 en la base de datos de organismos tipo?
 ¿Qué pasa cuando se hace la búsqueda con la secuencia de A6 en la base de datos de organismos tipo?
 ¿A qué especie pertenece A6?
 ¿Qué fragmento de A6 sirve mejor como barcode para ese grupo taxonómico? ¿Porqué?

CONCLUSIONES:

 Antes de hacer una búsqueda de BLAST debemos asegurarnos de que estamos trabajando con una secuencia de buena
calidad
 No todos los barcodes universales sirven para diferenciar organismos a nivel de especies
 Es posible encontrar loci que sirvan como barcode para un grupo taxonómico específico
 La base de datos de organismos tipo es de gran utilidad pero contiene una cantidad limitada de datos

RECOMENDACIONES:

 Antes de hacer una identificación molecular, hacer una revisión bibliográfica para determinar qué locus es más
conveniente amplificar, dependiendo del grupo taxonómico con el que se está trabajando.
 En caso de encontrar incongruencias en el ensamblaje revisar electroferogramas.
 Hacer búsquedas de BLAST tanto en la base de datos de organismos tipo como en la base de datos completa.

FIRMAS
F: ……………………………………………..
F: ………………………………………….
Nombre:
F: …………………………………………. Nombre: COORDINADOR DE LABORATORIOS
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COORDINADOR DE ÁREA DE
Nombre: CONOCIMIENTO

DOCENTE