3ème Année Médecine 2017/2018 Module de microbiologie Zine-Eddine LOUCIF
Les Cocci B-Streptococcus : Cocci à GRAM - :
- Disposées en chainettes – Métabolisme anaérobie – - Représenté par les Neisseroceae : Cocci à GRAM + : Oxydation positive – Catalase (-) - En diplocoques, Aéroanaérobie facultatifs A- Staphylococcus : - Milieux riches (sang) – Aérotolérante - Saccharose +. - Cocci gram + en amas (grappe de raisin) possédant une - Fragile non cultivant que sur des milieux riches coagulase (responsable de thrombophlébite). S. pneumoniae : - Aero anaérobie facultatifs - Diplocoque G+ (en flamme de bougie) ; Encapsulé ; - Les complications des septicémies à G- : - Gites habituels : Narines, peau humide et muqueuses Plusieurs sérotypes, 𝜶hémolytique. Néphropathie tubulo-interstitielle aigue - Répondu chez nombreuses espèces animales et - Fragile ayant tendance à s’autolyse dans les cultures Choc endotoxinique l’homme. - Strictement humaine Coagulation intraveineuse disséminée - Responsable de : - Commensale du rhinopharynx (v. aer sup ). Méningite purulente TIA : par la sécrétion d’exotoxines thermostable. - Responsable de : Infection des V.resp ; Infections cutanées Méningites ;Bactériémies N. Meningitidis : Septicémies + endocardites - Résistance naturelle à : Pénicilline + Gentamycine - Caractères : Capsulé + Spécifiquement humaine. - Il existe des porteurs sains - Sensible à la Péni G Pathogène, Laisse un Ag soluble dans le LCR, plusieurs - La transmission : Contact direct interhumain – indirect sérogroupes. par objets souillées – épidémies nosocomiales S. pyogènes (Groupe A) : - Réservoir : Rhinopharynx - Souches de staph aureus sont : - Responsable de : Angine eryth-pultacé ; scarlatine, - Transmission : Aérienne (sécrétion rhinopharyngées) Sensibles aux Péni M ; Macrolides ; Synergistines impétigos - Responsable de : Méningites + Septicémies à Résistant à la Péni G + Péni A - Transmission : Contact direct + Voie aérienne. méningocoque - En Algérie, les staph sont résistants à la Pénicilline. - Produits : Streprolysine O,S , Streptokinase, - TRT : B-Lactamine, Sensibilité diminué à Péni G - Anti staph : Oxacilline – Pristinamycine – vancomycine Hyaluronidase, Streptodornase, toxines érythrogènes - Vaccin possible. – Fosfomycine. - Sensible à : Péni G, AminoPéni, Macrolides - Propriétés : - Résistent aux aminosides N. Gonorrhoeae : Elabore un pigment doré - Pyogènes + Agalactiae 𝜷hémolytique. - Strictement humaine. Tolère de forte concentration de NaCl - Transmission : Sexuelle. Secrète de nombreuses toxines Complications Post-streptococcique : - Prélèvement au niv des v. Génitales Produit une coagulase et de nombreuses autres Enzy. RAA + Glomérulonéphrite Aigue. - Localisation : Intra-leucocytaire au microscope. Produits : - Responsable : des ulcérations génitales, Blennoragie, Hémolysines, leucocidine, l’exfoliatine (lésions bulleuses C- Enterococcus : Faecalis, Faecium l’ophtalmie purulente du Nv-né, Atteintes articulaires, cutanés), Entérotoxines, Coagulase, Catalase, TSST - En diplocoque / chainettes Septicémie. B-lactamase (+) - Catalase (-) - Nécessite une atmosphère enrichie en CO2 - 𝜸hémolytique (groupe D) - Sécrétion possible de Béta lactamase (Pénicillinase) Bactéries qui se multiplie à 4C° : - Milieu usuels ou hostiles (forte concentration NaCl) en Algérie -> Résistance à la pénicilline - Commensal du TD d’homme et animal. Listeria monocytogènes - Infection nosocomiale. (Résiste Vanco + Céphalo) 3ème Année Médecine 2017/2018 Module de microbiologie Zine-Eddine LOUCIF
Les Bacilles E. Coli : (souches = ECE : TIPH) - Responsable de :
- Commensale du TD Infections graves chez les brulés + le diabétique Bacilles à GRAM - : - Pathogène surtout chez l’immunodéprimés. Infection pulmonaire sur mucoviscidose A- Les entérobactéries : - La cause plus fréquente d’infections urinaires. Infections oculaires vers la panophtalmie - Culture facile, Non sporulés, en(a)capsulé, (Im)mobile - Responsable des gastro-entérites. - Résistance à Nbrx Bêtalactamines et aminosides - Aéro-anaérobies facultatifs, oxydase (-) - Les méningites du Nv-né à E.coli sont favorisées par les - Dégrade le glucose par voie fermentaire infections urinaires de la mère, un rupture prématurée Helicobacter pylori : - Cultivent en milieux ordinaires des membranes, une naissance prématuré - Bacille G- Incurvé spiralé , Oxydase catalase Uréase (+) - Siège : Intestin d’homme et animaux - Cultive sur mieux sélectifs - Pathogènes ou non B- Les vibrionaceae – Bordetella – Brucella – - Diagnostic : Test : sérologique – Respiratoire à l’urée – Legionella : Rapide à l’urée sur biopsie gastrique. Pathogènes strict : - Sensible au : Métronidazole +Erythromycine Salmonella, E.coli, Shigella, Yersinia Infections contagieuses : - Pathologies : Gastrite chronique, Cancer gastrique, Opportunistes : Coqueluche – Diphtérie – Tuberculose Ulcère gastro-duodénale. Proteae, Groupe KES, Citrobacter. La coqueluche : Campylobacter : (jéjuni- coli – fetus – lari) Shigella dysenteriae : (flexneri – sonnei – boydi) - Transmise par voie aérienne - Bactéries très exigeantes - Responsable de : Fièvre (40), diarrhée hémorragique, - Agent = Bordetella pertussis - Micro aérophiles, Réservoir = TD des volailles + homme douleur abdominale, vomissement. - Cytochrome oxydase (+), catalase variable La brucellose : - Jéjuni donne : Syndrome de Guillian-BARRE, Salmonella : - Transmise en ingérant des laitages crus (aliments Gastroentérite, - Salmonelle majeure, ne produit jamais de gaz contaminés) - Mobiles par la ciliature péritriche. - Diagnostic par : Haemophilus : - Les antigènes : O, H, K, Vi , présence de porteurs sains Sérodiagnostic de Wright - Polymorphisme d’examen direct - Pouvoir entéroinvasif , Chez l’homme et l’animal Réaction d’ag tamponné au Rose Bengale - Colonisation des V. resp hautes - Transmission : Per Os + Manuportage L’immunofluorescence - Différence entre les 2 espèces : H. influenza et ducrey - Sérotypes typhi et paratyphi Responsable de fièvre Réaction immuno- enzymatique (Agent du chancre mou) en exigences nutritives typho-paratyphoides. A point de départ lymphatique complexes. TRT à forte diffusion C- Pseudomonas, Campylobacter, Haemophilus - Résistance par sécrétion de B-lactamase plasmidique. - Les décharges bactériennes se font à partir d’une et Helicobacter pylori : adénite mésentérique. Pseudomonas aeruginosa : Haemophilus influenza : - Sensible à tt les ATB - Bacille G-, Mobile, Oxydase (+) , Aérobie strict - Bactérie exigeante en facteurs de croissance (X- V) - Cultive dans milieu usuels, Asporulé - Commensale de l’oropharynx, Immobile Yersinia pestis : - Responsable d’infection nosocomiales - Aéro-anaérobie facultatif, Capsule inconstante - Agent de la Peste - Transmission ; interhumaine ou par matériel environm - Infection ORL et méningite ; - Une croissance améliorée par le sérum - Produit des pigments, à croissance rapide. - Résistant à l’ampicilline par b-lactamase. - Transmission vectorielle (puce du rat) ou aérienne - Sensible au céfotaxime 3ème Année Médecine 2017/2018 Module de microbiologie Zine-Eddine LOUCIF Bacilles à GRAM + : Bactéries anaérobies strictes Les Mycobactéries : A- Listéria, Bacillus, Corynébactéries : Mycobacterium Tuberculosis : - Incapable de croitre en présence d’O2 Aero-anaérobie - Bacille acido-alcoolo résistant (BAAR) = paroi riche en - à métabolisme fermentaire. acides mycoliques = Koch Bacillus : - Aérobie strict Genre Clostridium : - Gros BG+, Mobiles (Sauf anthracis immobile), Sporulés - Double sa population toutes les 20h - Anaérobies strictes, Peut produire des toxines - Transmission : Cutanée (animaux), Pulmonaire - Incubation lente (3 à 4 semaines) - Bacilles à Gram (+), Sporulés (spores), Alimentaire (viande), Professionnelle - Isolé à partir d’un milieu à base d’œuf coagulé. - Sensible à la pénicilline (pas de transmission interhumaine) - Milieu enrichi au sang + atmosphère riche en Oxygène - C. Perfringens : - Bacillus cereus Responsable de TIA - Sensibilité aux agents physiques Peut être responsable de la gangrène gazeuse. - Bacillus Anthracis Charbon cutané (pustule maligne) - Tué par l’alcool dilué à 70° L’intoxication alimentaire. + pulmonaire (industriel) ; Synthétise des ATB - L’homme se contamine à partir de son Tube digestif Tuberculose : Listeria : - Strictement humaine. Prélèvement des suppurations profondes : - Manocytogènes résiste à : Céfotaxime + Colistine - à déclaration obligatoire - Chasser l’aire de la seringue après ponction Atteint les sujets fragilisés : Agé, enceinte, ID, Nv-né - Diagnostic : Microscope (coloration Ziel-Neelsen) - Adresser rapidement au labo Isolé de : Sang, LCR, Placenta, Liq amniotique, peau du Culture milieu Lowenstein en atm aérobie nv né. (Colonies en choux fleurs) Infections à B. anaérobies stricts : Mobile à 10-25 C°, Non sporulé, Non capsulé. - Localisations : Pulmonaires, Ostéoarticulaire, Ggaire, - Responsable de la Listériose qui se manifeste par : Génito-urinaires, péritonéale. Abcès hépatique/poumon/rénal, Péritonite, Avortement du 1er trimestre, Méningite, Encéphalite, Pneumonie , Otite chronique, Colite Septicémie + Infections respiratoires néonatales précoces BCG : Souche atténuée de Mycobacterium Bovis. pseudomembraneuse, Endométrite, cellulite bucco- (7ème J) + Méningites (2-8 semaines) Complications du BCG : dentaire, Botulisme, Gangrène gazeuse, Tétanos. Adénite axillaire, Ostéite, Abcès au point d’injection, Corynebacterium diphteriae : BCGite généralisée chez l’immunodéprimé. Signes cliniques : - Famille des Actinomycetales Localisation profonde de l’infection, Odeur fétide, - Cultive en gélose au sang+ sérum (Loeffler) crépitement des tissus, Grains jaunâtres dans le pus, - Paroi très riche en Acide gras, Aero anaérobie facultatif Présence de bulles d’air. - Produit une toxine protéique, la toxine diphtérique Infection prés de l’anus, app génital, buccal - Isolée d’un prélèvement de gorge + hémoculture Notion de morssure, ID, Diabétique (pied) - Pouvoir toxique par Conversion lysogénique La diphtérie : Bactéries aérobies strictes : - Toxi-infection strictement humaine Pseudomonas aeruginosa - à déclaration obligatoire Legionella pneumophila - Se manifeste par angine pseudomembraneuse - Traitée par sérothérapie précoce associé à une Botulisme : Due à une toxine de nature protéique ATBthérapie. thermolabile. 3ème Année Médecine 2017/2018 Module de microbiologie Zine-Eddine LOUCIF
Diagnostic des infections bactériennes La fiche de renseignement :
But des conditions d’asepsie pour le prélèvement : - Nécessaire pour orienter les investigations du Le diagnostic sérologique permet : - D’éviter d’introduire des germes du milieu extérieur bactériologiste. - La mise en évidence d’anticorps spécifiques développés dans le prélèvement et/ou de contaminer le malade - Facilite son travail, permet la rapidité de dgstc suite à une infection bactérienne. - Pour éviter de contaminer le malade - Diminue le risque d’erreur. - L’appréciation d’efficacité de vaccination. - Obtenir un prélèvement stérile. - doit être rempli par le médecin traitant - D’évaluer la sensibilité des bactéries aux ATB. Prélèvements dans la Fièvre typhoïde : Les examens microscopiques : Les prélèvements qui doivent être conservés à 4C° : Selles pour coproculture - Renseignent sur la morphologie et la mobilité des Urines – Selles – Crachat – tubage gastrique Sang pour hémoculture et sérologie bactéries. - Constituent un élément d’orientation diagnostique et Les prélèvements qui doivent être conservés 37C° : Le diagnostic bactériologique indirect est obtenu d’antibiothérapie. Flacons d’hémoculture – LCR – Liquide de ponction par : - Peuvent être rendus spécifiques en utilisant des AC. Pus d’abcès NON fistulisés – Prothèse – Pièces - Le diagnostic sérologique à partir de deux opératoires. prélèvements de sang distants de 10 à 15 jrs. Test pour l’efficacité d’un TRT : - La recherche d’une hypersensibilité retardée. Le pouvoir bactéricide du sérum Pas de conservation Les examens bactériologiques immunologiques : Diagnostique d’une septicémie Hémocultures. Prélèvement de gorge - Pus d’oreille - Abcès fistulisés - Utilisés pour rechercher les antigènes bactériens Pvts gynécologiques, génitaux masculins directement dans le produit pathologique. L’Hémoculture : - Nécessite l’utilisation d’AC bactérien spécifique. - Doivent se faire toutes les 3 heures, au pic thermique Prélèvement d’urine destiné à une ECBU : - Sont d’un apport important pour le calcul du pouvoir Effectué de préférence au laboratoire Les Techniques d’immunofluorescence : bactéricidie du sérum. Acheminé au laboratoire dans l’heure qui suit - Microscopiques basées sur le principe du couplage - Peuvent être négatives dans l’endocardite infectieuse Effectué après toilette soigneuse des organes génitaux d’un AC avec un fluorochrome. - Utilisées pour le diagnostic rapide par la mise en Prélèvement du LCR : évidence direct des germes dans les frottis effectués à Doit être acheminés immédiatement au laboratoire partir de certains prélèvements. A l’abri du froid (dans le creux de la main) - Présentent l’avantage d’une très grande spécificité.
Après la réception d’un LCR purulent Examen La mise en culture permet :
- Obtenir le développement in vitro des germes microscopique, et téléphoner au médecin traitant pour - Nécessaire à l’identification de la bactérie. lui communiquer les résultats. - l’isolement des différents germes lorsqu’on est en présence d’un prélèvement polymicrobien. Diagnostic bactériologique d’une infection : Prélèvement -> Examens microscopiques -> mise en culture -> identification biochimique -> Antibiogramme.