Negrea Iulia Victorița

atggcaagcctacgaaaaacacaccccctcattaaaatcgctaatgacgcactagttgacctacccacaccatccaacatttcagcatgatgaaa
ctttggctctctactaggattatgcttaattactcaaattctaaccggcctatttctagctatacattacacctcagacatttca

atggcaagcctacgaaaaacacaccccctcattaaaatcgctaatgacgcactagttgacctacccacaccatccaacatttcagcatgatgaaa
ctttggctctctactaggattatgcttaattactcaaattttaaccggcctatttctagctatacattacacctcagacatttca

atggcaagcctacgaaaaacacaccctctcattaaaatcgctaacgacgcactagttgacctaccaacaccatccaacatctcagca
tgatgaaactttggatccctcctaggactatgcttaattacccaaattttaaccggcctattcctagccatacactacacctcagacatc
tca

atggcaagcctacgaaaaacacaccccctcattaaaatcgctaatgacgcactagttgacctacccacaccatccaacatttcagcatgatgaaa
ctttggctctctactaggattatgcttaattactcaaattctaaccggcctatttctagctatacattacacctcagacatttca

atgaccccaatacgcaaaactaaccccctaataaaattaattaaccactcattcatcgacctccccaccccatccaacatctccgcatgatgaaac
ttcggctcactccttggcgcctgcctgatcctccaaatcaccacaggactattcctagccatgcactactcaccagacgcctca

1. Cuantificați lungimea segmentelor

2. Identificați frecvența bazelor azotate purinice și pirimidinice

T C A G A+G C+T A+G/C+T A+T / G+C

Sequence 1 27.2 28.9 32.2 11.7 43.9 56.1 43.9/56.1 59.4/40.6
Sequence 2 27.8 28.3 32.2 11.7 40 56.1 40/56.1 60/40
Sequence 3 23.3 32.2 32.8 11.7 44.5 55.5 44.5/55.5 55.5/44.5
Sequence 4 27.2 28.9 32.2 11.7 43.9 56.1 43.9/56.1 59.4/40.6
Sequence 5 21.1 38.9 29.4 10.6 40 60 40/60 50.5/49.5
 3.Identificați rapoartele bazelor azotate A+G/C+T
A+G/C+T
Sequence 1 43.9/56.1
Sequence 2 40/56.1
Sequence 3 44.5/55.5
Sequence 4 43.9/56.1
Sequence 5 40/60

3. Identificați coeficientul de specificitate dat de raportul A+T / G+C

A+T / G+C
Sequence 1 59.4/40.6
Sequence 2 60/40
Sequence 3 55.5/44.5
Sequence 4 59.4/40.6
Sequence 5 50.5/49.5

4. Identificați numărul codonilor

Average# codons= 60

5. Considerând catenele prezentate ca fiind 5’- 3’, identificați:

a. Structura catenelor complementare de ADN

#Sequence 1
TGAAATGTCTGAGGTGTAATGTATAGCTAGAAATAGGCCGGTTAGAATTTGAGTAATTAAGCATAATCCTAGT
AGAGAGCCAAAGTTTCATCATGCTGAAATGTTGGATGGTGTGGGTAGGTCAACTAGTGCGTCATTAGCGATTT
TAATGAGGGGGTGTGTTTTTCGTAGGCTTGCCAT

#Sequence 2
TGAAATGTCTGAGGTGTAATGTATAGCTAGAAATAGGCCGGTTAAAATTTGAGTAATTAAGCATAATCCTAGT
AGAGAGCCAAAGTTTCATCATGCTGAAATGTTGGATGGTGTGGGTAGGTCAACTAGTGCGTCATTAGCGATTT
TAATGAGGGGGTGTGTTTTTCGTAGGCTTGCCAT

#Sequence 3
TGAGATGTCTGAGGTGTAGTGTATGGCTAGGAATAGGCCGGTTAAAATTTGGGTAATTAAGCATAGTCCTAGG
AGGGATCCAAAGTTTCATCATGCTGAGATGTTGGATGGTGTTGGTAGGTCAACTAGTGCGTCGTTAGCGATTT
TAATGAGAGGGTGTGTTTTTCGTAGGCTTGCCAT

#Sequence 4
TGAAATGTCTGAGGTGTAATGTATAGCTAGAAATAGGCCGGTTAGAATTTGAGTAATTAAGCATAATCCTAGT
AGAGAGCCAAAGTTTCATCATGCTGAAATGTTGGATGGTGTGGGTAGGTCAACTAGTGCGTCATTAGCGATTT
TAATGAGGGGGTGTGTTTTTCGTAGGCTTGCCAT

#Sequence 5
TGAGGCGTCTGGTGAGTAGTGCATGGCTAGGAATAGTCCTGTGGTGATTTGGAGGATCAGGCAGGCGCCAAG
GAGTGAGCCGAAGTTTCATCATGCGGAGATGTTGGATGGGGTGGGGAGGTCGATGAATGAGTGGTTAATTAA
TTTTATTAGGGGGTTAGTTTTGCGTATTGGGGTCAT
6. Identificați numărul aminoacizilor codificați
Sequence 1 60
Sequence 2 60
Sequence 3 60
Sequence 4 60
Sequence 5 60

7. Aliniați secvențele
8. Marcați diferențele existente între secvențe
 9. Identificați numărul, poziția și tipul mutațiilor existente între cele 5 secvențe

10. Identificați frecvența diferitelor tipuri de mutații

180 nucleotide = 100%

59 mutatii = x
X=31

Poziția mutațiilor existente în cele 5 secvențe: 4 6 7 8 9 10 15 21 22 27 30 33 37 39 40 41 45 46 49 52

54 55 57 63 66 81 84 99 102 105 108 111 114 115 116 117 121 123 126 127 128 129 135 136 137 138
141 144 150 156 159 162 166 168 169 175 176 177

*Tipul mutațiilor existente în cele 5 secvențe: transversii, tranzitii

↓Tranziţiile sunt schimbarea unor baze de acelasi tip, o purină cu o altă purină sau o pirimidină cu o
altă pirimidină.
↓Transversiile sunt schimbările de diferite tipuri de baze, o purină cu o pirimidină si invers.

11. Identificați frecvența diferitelor tipuri de mutații

Frecventa diferitelor tipuri de mutații: transversii/tranzitii
*32 – transversii
*27 – tranzitii
Frecventa transversii: 32/59
Frecventa tranzitii: 27/59

12. Identificați poziția din cadrul codonului care prezintă cele mai multe mutații
Pozitia 3 din cadrul a 8 codoni din cele 5 secvente (codonii 15,27,36,43,50,52,54,59) prezintă cele mai
multe mutații.
Codon nr. 46 -pozitia 1 – mutatie

13. Care vor fi structurile primerilor pentru amplificarea prin PCR a secvenței cuprinse între
pozițiile 71 – 100?
Secventa 1:
Structură primer forward (50-70): 5’-GTGATCAACTGGATGGGTGTG -3’
Structură primer reverse (101-121): 3’-CGAGAGATGATCCTAATACGA-5’

Secventa 2:
Structură primer forward (50-70): 5’-GTGATCAACTGGATGGGTGT -3’
Structură primer reverse (101-121): 3’-CGAGAGATGATCCTAATACGA -5’

Secventa 3:
Structură primer forward (50-70): 5’-GTGATCAACTGGATGGTTGT-3’
Structură primer reverse (101-121): 3’-CTAGGGAGGATCCTGATACGA -5’

Secventa 4:
Structură primer forward (50-70): 5’-GTGATCAACTGGATGGGTGTG -3’
Structură primer reverse (101-121): 3’-CGAGAGATGATCCTAATACGA -5’

Secventa 5:
Structură primer forward (50-70): 5’-GTAAGTAGCTGGAGGGGTGGG -3’
Structură primer reverse (101-121): 3’-CGAGTGAGGAACCGCGGACGG -5’
NCBI Primer design tool: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
↓Secvența 1:

Primer pair 9
Sequence (5'->3')
Forward primer CCTACCCACACCATCCAACA
Reverse primer AGCTAGAAATAGGCCGGTTAGAA
Product length 97

Primer pair 10
Sequence (5'->3')
Forward primer ACCTACCCACACCATCCAAC
Reverse primer GCTAGAAATAGGCCGGTTAGAA
Product length 97

↓Secvența 2:
Primer pair 9
Sequence (5'->3')
Forward primer CACACCCCCTCATTAAAATCGC
Reverse primer CATGCTGAAATGTTGGATGGTGT
Product length 70

Primer pair 10
 Sequence (5'->3')
Forward primer TACGAAAAACACACCCCCTCAT
Reverse primer AATGTTGGATGGTGTGGGTAG
Product length 71

↓Secvența 3:
Primer pair 9
Sequence (5'->3')
Forward primer GACGCACTAGTTGACCTACCA
Reverse primer AGTCCTAGGAGGGATCCAAAGT
Product length 71

Primer pair 10
Sequence (5'->3')
Forward primer ACGCACTAGTTGACCTACCA
Reverse primer GTGTATGGCTAGGAATAGGCCG
↓Secvența 4:
Primer pair 9
Sequence (5'->3')
Forward primer CCTACCCACACCATCCAACA
Reverse primer AGCTAGAAATAGGCCGGTTAGAA
Product length 97

Primer pair 10
Sequence (5'->3')
Forward primer ACCTACCCACACCATCCAAC
Reverse primer GCTAGAAATAGGCCGGTTAGAA
Product length 97

↓Secvența 5:
Primer pair 9
Sequence (5'->3')
Forward primer TCCGCATGATGAAACTTCGG
Reverse primer GTCTGGTGAGTAGTGCATGG
Product length 93
Primer pair 10
Sequence (5'->3')
Forward primer CCATCCAACATCTCCGCATGA
Reverse primer TGTGGTGATTTGGAGGATCAGG
Product length 72

1. Identificați procentele de similaritate și divergență pentru cei 5 indivizi

Procentul de divergenta:
180.....................100%
59………….……………x
x=32,77%
Procentul de similaritate:
180………………....100%
121……………………....y
y=67,22%

15 Identificați gena si specia pentru care fragmentele prezintă o identitate maximă

Secventa1 - https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_1258168614

Secvența 2 - https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_229001996
Secvența 3 – https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_1337993046
Secvența 4 – https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_1258168614
Carassius auratus auratus isolate J14 mitochondrion, complete genome

Secvența 5 – https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_1390216772
Homo sapiens haplogroup H1n4 mitochondrion, complete genome