Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
2, Februari 2013:41-52
ZULFAHMI
Program Studi Agroteknologi, Fakultas Pertanian dan Peternakan,
Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau, Kampus Panam, PO Box 1004,
Pekanbaru 28293, Riau Tel.+62-761-562051, Fax +62-761-562052.
E-mail: fahmi2509@gmail.com.
ABSTRACT
Keywords: DNA Markers, Plant Genetics, Assessment Diversity, Polymerace Chain Reaction (PCR)
41
Penanda DNA (Zulfahmi)
Penanda molekuler DNA yang ideal dilabel ke filter, pencucian dan ekspos filter
memiliki kriteria sebagai berikut: a) memiliki pada sinar x untuk memperoleh autoradiogram.
tingkat polimorfisme yang sedang sampai Pola pita yang terlihat pada autoradiogram
tinggi, b) terdistribusi merata diseluruh genom, mewakili fragmen restriksi yang homolog
c) memberikan resolusi perbedaan genetik dengan sekuen probe. Keuntungan penanda
yang cukup, d) pewarisan bersifat kodominan RFLP adalah polimorfisme yang relatif tinggi,
(dapat membedakan kondisi homozigot dan bersifat kodominan, memiliki lokus penanda
heterozigot dalam organisme diploid), e) yang spesifik, dan hasilnya yang konsisten
berprilaku netral, f) secara teknik sederhana, antar laboratorium, sedangkan kekurangan dari
cepat dan murah, g) butuh sedikit jaringan dan penanda RFLP adalah membutuhkan DNA
DNA sampel, h) berkaitan erat dengan fenotipe, dengan kualitas tinggi sehingga perlu
i) tidak memerlukan informasi tentang genom melakukan ekstraksi DNA dalam skala besar,
organisme. j) data mudah dipertukarkan antar relatif mahal, prosedurnya panjang dan
laboratorium (Mondini et al., 2009; Agarwal et menggunakan radioaktif. Terkait dengan
al., 2008; Weising et al., 2005). Tidak ada satu keterbatasan tersebut, penanda RFLP tidak
jenis penanda yang dapat memenuhi semua banyak digunakan dalam skala luas.
kriteria tersebut, bagaimana pun juga kita dapat Beberapa aplikasi RFLP antara lain
memilih diantara berbagai penanda yang ada untuk pemetaan genetik (Botstein et al., 1980),
dan saling dikombinasikan untuk mencapai studi filogenetik tanaman (Miller dan Tanskey,
semua kriteria tersebut. 1990), studi keragaman (Debreuil et al., 1996),
Tulisan ini akan membahas secara hibridisasi dan introgresi seperti aliran gen
ringkas penanda molekuler DNA yang umum antar tanaman (Brubaker dan Wendel, 1994).
digunakan serta aplikasi mereka. Penanda
molekuler DNA tersebut dapat dikelompokkan Penanda DNA berdasarkan PCR
menjadi dua yaitu, pertama, penanda DNA Sejak ditemukan teknologi PCR oleh
tanpa PCR (non-PCR based techniques) Mullis dan Faloona (1987), penanda molekuler
seperti RFLP, kedua, penanda DNA DNA berkembang pesat dan diaplikasikan pada
berdasarkan PCR yang meliputi RAPD, AFLP, berbagai bidang, baik yang menggunakan
SSR, CAPS, SCAR, SSCP dan DNA primer acak yang tidak memerlukan informasi
Barkoding. sekuen DNA maupun yang memerlukan
informasi sekuen DNA, hal ini karena
Penanda DNA Tanpa PCR kecepatan, efisiensi dan kesuksesan dalam
Restriction Fragment Length Polymorphism mendeteksi berbagai tipe variasi DNA yang
(RFLP) tinggi. Teknologi PCR terus disederhanakan
RFLP (Botstein et al., 1980) adalah dan dikembangkan, sehingga biaya relatif
penanda DNA pertama yang dihasilkan dari rendah, kecepatan tinggi, membutuhkan contoh
perbedaan sekuen nukleotida tanaman yang uji sangat sedikit, metode ekstraksi dan
berbeda. Perbedaan tersebut muncul karena amplifikasi yang sederhana sehingga membuat
mutasi yang terjadi pada waktu lalu dan penanda berdasarkan PCR dapat diaplikasikan
dideteksi sebagai variasi (polimorfisme pada pada semua spesies.
perbedaan fragmen restriksi). Mutasi yang PCR merupakan suatu reaksi in vitro
terjadi seperti subsititusi, delesi, insersi pada untuk menggandakan jumlah molekul DNA
sekuen DNA akan merubah tempat dengan cara mensintesis molekul DNA baru
pemotongan (restriction sites) enzim yang berkomplemen dengan molekul DNA
endonuklease sehingga dapat merubah cetakan dengan bantuan enzim DNA
panjang fragmen DNA yang dihasilkan dan Polymerase dan primer dalam suatu
dideteksi sebagai penanda yang mewakili thermocyler (Mullis dan Faloona, 1987). Ada
genotipe suatu individu. Variasi panjang empat komponen utama yang dibutuhkan untuk
fragmen DNA hasil pemotongan enzim restriksi melakukan proses PCR yaitu DNA template
dapat digunakan sebagai profil untuk (cetakan), primer, DNA polymerase dan dNTPs.
identifikasi individu yang dikenal dengan sidik Menurut Newton dan Graham (1994) tahap-
jari DNA (DNA fingerprint). tahap dalam proses PCR meliputi: i) denaturasi
Analisis RFLP pada tanaman DNA, pembukaan utas ganda DNA menjadi
0
melibatkan beberapa tahapan, yaitu ekstraksi utas tunggal (biasanya pada suhu 92-94 C), ii)
DNA dari tanaman, pemotongan DNA dengan tahap annealing, penempelan primer pada DNA
enzim restriksi, fraksinasi ukuran fragmen pada cetakan biasanya tergantung pada Melting
gel melalui elektroporesis, transfer fragmen Temperature primer yang digunakan), serta iii)
DNA ke nylon membrane, kloning fragmen ke tahap extension, pemanjangan primer dengan
dalam plasmid, pelabelan probe DNA dengan melakukan reaksi polimerisasi nukleotida untuk
radioaktif (32P) dan hibridisasi probe DNA yang membentuk rantai DNA (biasanya pada suhu
42
Jurnal Agroteknologi. Vol. 3 No. 2, Februari 2013:41-52
0
72 C). Ketiga tahapan tersebut akan dilakukan penanda RAPD adalah secara teknik lebih
secara berulang. Jumlah salinan (copy) DNA sederhana dan cepat dalam pengujiannya,
hasil amplifikasi adalah 2n, dimana n adalah tidak memerlukan informasi sekuen DNA
jumlah siklus (Newton dan Graham, 1994). sehingga penanda ini dapat digunakan secara
Teknik penanda berdasarkan PCR dapat luas, jumlah sampel DNA yang dibutuhkan
dikelompokkan menjadi dua, yaitu i) sedikit, primer tersedia secara komersial, dan
menggunakan primer acak atau tidak tidak menggunakan senyawa radioaktif (Cheng
memerlukan sekuen spesifik dan ii) et al., 1997; Karp et al., 1997).
menggunakan primer spesifik atau ada sekuen Untuk beberapa aplikasi, sifat dominan
target tertentu. dari fragmen RAPD ini tidak menguntungkan
dalam studi genetika populasi (Lynch dan
Random Amplified Polymorphic DNA Milligan, 1994) karena tidak dapat diaplikasi
(RAPD) untuk menduga heterozigot secara langsung,
Teknik RAPD menggunakan sekuen sensitif terhadap perubahan kondisi reaksi dan
primer pendek untuk mengamplifikasi sekuen- intensitas pita yang dihasilkan bervariasi
sekuen DNA genom secara acak (William et al., sehingga menyulitkan dalam skoring pola pita.
1990). Panjang primer yang digunakan Untuk mengatasi hal ini sebaiknya skoring pita
biasanya 10 basa dan tersedia dalam Kit yang dilakukan terhadap pita yang memiliki intensitas
dijual secara komersial dari berbagai dan kecerahan yang kuat (Lynch dan Milligan,
perusahaan. Amplifikasi fragmen DNA 1994). Penanda RAPD dapat digunakan untuk
dilakukan dengan menggunakan mesin PCR identifikasi kultivar dan klon tanaman (Palai dan
pada suhu annealing rendah (35-40oC). Dalam Rout, 2007; Te-chato et al., 2005; Karsinah et
proses amplifikasi dengan PCR, jika suhu al., 2002), genetika populasi (Medri et al., 2011;
annealingnya tepat, primer akan menempel Li dan Ge, 2006), pemetaan genetik (Sondur et
pada beberapa tempat dimana sekuennya al., 1996), filogenetik, dan marker-assisted
berkomplemen dengan sekuen DNA cetakan selection.
dan menghasilkan fragmen DNA secara acak.
Produk amplifikasi biasanya berukuran 0.5-5 Amplified Fragment Length Polymorphism
kb, dipisahkan dengan gel agarose dan pola (AFLP)
pitanya dideteksi melalui pewarnaan dengan AFLP adalah teknik yang
etidium bromide di bawah sinar ultraviolet menggabungkan kekuatan RFLP (pemotongan
(Jones et al., 1997) dan ―ada‖ atau ―tidak ada‖ DNA dengan enzim restriksi) dan fleksibilitas
pita akan diamati. Menurut Weising et al., teknologi PCR (Vos et al., 1995). Tahapan
(2005), secara teori, polimorfisme RAPD teknik AFLP terdiri dari ekstraksi DNA,
merupakan hasil dari beberapa peristiwa, yaitu pemotongan DNA dengan menggunakan enzim
i) insersi fragmen DNA yang besar diantara restriksi (biasanya menggunakan EcoR1 dan
tempat penempelan primer yang melebihi Mse1), meligasi fragmen restriksi dengan
kemampuan PCR sehingga tidak ada fragmen sekuen adapter, amplifikasi dengan PCR
yang terdeteksi, ii) insersi atau delesi kecil utas menggunakan dua primer yang berkomplemen
DNA yang menyebabkan perubahan ukuran dengan sekuen adapter, dan pemisahan
fragmen amplifikasi, (iii) delesi salah satu amplikon dengan mengggunakan gel
tempat penempelan primer sehingga poliakrimid atau elektroporesis kapiler. Metode
mengakibatkan hilangnya fragmen atau AFLP dapat menghasilkan 50–100 fragmen
meningkatnya ukuran fragmen, (iv) substitusi DNA secara bersamaan dalam sekali
satu nukleotida pada satu atau dua tempat pengujian. Jumlah amplikon dari setiap
sasaran primer yang mempengaruhi proses pengujian AFLP merupakan satu fungsi dari
annealing, yang berakibat pada ada atau jumlah nukleotida selektif dalam kombinasi
tidaknya polimorfisme atau merubah ukuran primer AFLP, motif nukleotide selektif, GC
fragmen. content, ukuran genome secara fisik dan
Penanda RAPD bersifat dominan, kompleksitasnya.
fragmen DNA yang dihasilkan tidak dapat Menurut Mondini et al. (2009) bahwa
membedakan individu yang memiliki genotipe polimorfisme dalam analisis AFLP berasal dari
homozigot (AA) dengan heterozigot (Aa), tiga sumber, yaitu: (1) variasi sekuen pada satu
sedangkan yang tidak ada pita secara jelas atau kedua tempat restriksi fragmen flanking
menunjukkan genotipe resesif (aa). Fragmen tertentu, (2) insersi dan delesi dalam amplifikasi
DNA hasil amplifikasi RAPD diskoring dengan fragmen, dan (3) perbedaan dalam sekuen-
ketentuan ―1‖ untuk ada pita dan ―0‖ untuk tidak sekuen nukleotida yang berdekatan terhadap
ada pita, data tersebut kemudian digunakan titik restriksi. AFLP memiliki tingkat
untuk menghasilkan matrik biner untuk analisis polimorfisme yang lebih tinggi dibandingkan
statistik selanjutnya. Keuntungan utama dengan RFLP. Keuntungan teknologi AFLP
43
Penanda DNA (Zulfahmi)
adalah proses PCR yang cepat, menggunakan Dari dua jenis mekanisme mutasi yang
primer acak, dan tidak membutuhkan informasi disebutkan diatas, banyak peneliti menyatakan
sekuen. Keuntungan tersebut membuat AFLP bahwa SSM selama replikasi DNA adalah
dapat diaplikasikan untuk studi taksonomi penyebab utama ketidakstabilan mikrosatelit
secara molekuler, genetika populasi, identifikasi (Eisen, 1999). Rata-rata mutasi mikrosatelit
klon, kultivar, konstruksi peta genetik, dan lain- dipengaruhi oleh sifat mikrosatelit, seperti:
lain. Analisis AFLP juga mempunyai sejumlah jumlah ulangan, motif ulangan sekuen, panjang
keterbatasan, seperti, penanda dominan, unit ulangan, sekuen flanking, dan interuption
terbatasnya tingkat polimorfisme dalam dalam mikrosatelit, rata-rata transkripsi dan
beberapa kultivar, membutuhkan kualitas dan rata-rata rekombinasi (Schloetterer, 2000), GC
jumlah DNA yang tinggi, content, suhu, metilasi dan siklus sel (Eisen,
1999), posisi kromosom, seks dan genotipe (Li
Mikrosatelit et al., 2002).
Mikrosatelit adalah sekuen DNA yang Slippage strand mispairing selama
berulang, dimana satu motif mengandung satu replikasi DNA dapat dikoreksi oleh
sampai enam pasang basa yang diulang secara exonucleolytic proofreading dan mismatch
tandem dalam sejumlah waktu (Navascues dan repair. Exonucleolytic proofreading adalah
Emerson, 2005). Jika ulangan tersebut cukup proses pengujian untaian DNA yang salah,
panjang dan tidak terpotong-potong yang dibuat oleh DNA polimerase selama
(uninterrupted), mereka sangat baik digunakan sintesis DNA. Jika kesalahan ditemukan,
sebagai penanda genetik karena tingkat exonuclease akan mendegradasi DNA tersebut
polimorfisme mereka yang tinggi (Hancock, dan kemudian akan mereplikasi kembali
1999; Powell et al., 1996). Dalam literatur, untaian DNA yang baru, dengan back-up DNA
mikrosatelit sering disebut sebagai simple polimerase. Kesalahan yang dibuat oleh DNA
sequence repeats (SSRs), short tandem repeat polimerase tidak akan menjadi mutasi
(STR), variable number tandem repeat (VNTR) semuanya, sebab kesalahan itu akan diperbaiki
dan simple sequence length polymorphism (dihapus) oleh proofreading. Exonucleolytic
(SSLP). Banyaknya istilah ini, cenderung proofreading mendeteksi kesalahan dengan
membingungkan terutama ketika melakukan memonitor DNA yang telah direplikasi, apakah
studi literatur, tetapi istilah mikrosatelit telah membentuk struktur DNA double helix yang
menjadi umum untuk menggambarkan motif normal dengan untaian template-nya. Struktur
DNA pendek yang berulang (Hancock, 1999). DNA yang tidak normal akan merangsang
Rata-rata kecepatan mutasi mikrosatelit (trigger) aktivitas exonuclease. Proofreading
berkisar dari 10-6 sampai 10-2 kejadian per dipengaruhi oleh GC content dan sekuen DNA.
lokus per generasi, lebih tinggi dibandingkan Mismatch repair berperan dalam
dengan rata-rata mutasi pada gen yang mengenali dan memperbaiki kembali basa yang
mengkodekan loci (Li et al., 2002). Mutasi muncul karena salah dalam penggabungan.
menghasilkan perubahan dalam jumlah unit Mismatch repairs memainkan peranan kunci
ulangan dan itu diamati sebagai variasi panjang dalam meregulasi kestabilan mikrosatelit,
mikrosatelit. Ada dua mekanisme yang dapat perbedaan dalam perbaikan loops oleh
menerangkan tingginya kecepatan mutasi mismatch repairs menyebabkan banyaknya
mikrosatelit. Pertama, rekombinasi diantara variasi mikrosatelit di dalam dan diantara
kromosom DNA homolog melalui unequal spesies (Eisen, 1999).
crossing over (UCO) atau dengan konversi gen Ada beberapa permasalahan dalam
yang menghasilkan ketidaksempurnaan menggunakan penanda mikrosatelit.
susunan dan menyebabkan adanya Permasalahan ini dapat dikelompokkan ke
peningkatan ulangan dalam mikrosatelit. dalam problem praktek dan problem data.
Kedua, slippage strand mispairing (SSM) yang Problem praktek meliputi: i) Pemilihan primer
terjadi selama replikasi DNA (Oliveire et al., untuk mikrosatelit, banyak jenis primer yang
2007; Ellegren 2004; Schlotterer, 2000; telah didisain untuk analisis mikrosatelit pada
Schlotterer dan Tautz, 1992). Peristiwa ini tanaman. Primer-primer itu perlu di-screening
dimulai dengan slipnya DNA polimerase selama dan dioptimasi sebelum diaplikasikan pada
replikasi yang menyebabkan template dan untai jenis tanaman tertentu, karena setiap tanaman
DNA yang baru menjadi tidak sejajar sementara mempunyai karakteristik spesifik yang berbeda
waktu, ketika replikasi dilanjutkan, untaian DNA satu sama lain. ii) Slippage selama proses
harus disejajarkan kembali dan mutasi akan amplifikasi, termopolimerase dapat slip
dihasilkan jika penjajaran ini tidak sempurna. sehingga menghasilkan produk yang berbeda
Hilang atau majunya ulangan mikrosatelit dapat dalam ukurannya. iii) Ukuran produk amplifikasi
keluar dari loops DNA ganda (Schloetterer dan berbeda dari ukuran produk sebenarnya.
Tautz, 1992; Schloetterer, 1998; Eisen, 1999). Ketidakakuratan dalam identifikasi alel mungkin
44
Jurnal Agroteknologi. Vol. 3 No. 2, Februari 2013:41-52
juga disebabkan oleh Taq polimerase yang adalah empat basa yang memiliki tempat
menambah nukleotida adenosin sampai ujung pemotongan (restriction site) spesifik. Hasil
3’ produk amplifikasi. Ginot et al. (1996) pemotongan dengan enzim restriksi kemudian
menyatakan untuk mengatasi permasalahan ini dipisahkan dengan gel agarose atau
adalah dengan menambah polimerase pfu poliakrilamid pada konsentrasi tertentu,
selama atau setelah proses PCR, atau dengan sehingga akan diperoleh pola pita polimorfik
menggunakan polimerase DNA T4 setelah atau pita monomorfik. Adanya variasi pola pita
PCR. yang dihasilkan merupakan akibat insersi atau
Homoplasi adalah salah satu problem delesi satu nukleotida yang mengakibatkan
data dalam analisis mikrosatelit. Homoplasi berubah tempat pemotongan enzim restriksi.
didefinisikan sebagai dua alel sama dalam Penanda CAPS memiliki beberepa
keadaan, tetapi tidak sama secara keturunan. kelebihan, yaitu: i) membutuhkan kuantitas
Homoplasi mungkin menyebabkan problem DNA template yang rendah (50-100 ng per
dalam analisis studi genetika populasi, dimana reaksi) untuk PCR, ii) bersifat kodominan
dapat mempengaruhi pengukuran keragaman (Matsumoto dan Tsumura, 2004) dan lokus
genetik, aliran gen, jarak genetik, ukuran spesifik sehingga dapat diguankan untuk
neighbourhood, metode penetapan dan analisis membedakan individu homozigot dan
filogenetik (Estoup et al., 2002). Homoplasi heterozigot, iii) tidak memerlukan tahapan
dalam analisis DNA kloroplas menggunakan hibridisasi southern blot, dan iv) tidak
mikrosatelit dianggap sebagai sebuah menggunakan radioaktif. Kelemahan penanda
pembatas utama, ketika digunakan sebagai ini adalah: i) dibutuhkan informasi sekuen DNA
penanda genetik (Provan et al., 2001). Para dalam mendisain primer spesifik untuk PCR; ii)
peneliti secara umum telah menganggap sulit mendapatkan pola pita polimorfik karena
bahwa tingkat homoplasi cukup rendah pada ukuran fragmen hasil amplifikasi PCR yang
mikrosatelit menggunakan DNA kloroplas pendek yaitu 300-1800 bp serta terbatasnya
(Cuenca et al., 2003). mutasi, sehingga memerlukan skrining dengan
Mikrosatelit mempunyai karakteristik banyak enzim restriksi. Untuk mengatasi
sebagai berikut: tingkat polimorfisme yang kelemahan ini para peneliti telah
tinggi, bersifat kodominan, dan diwariskan mengembangkan varian varu dari CAPS yang
mengikuti hukum mendel (Powell et al., 1996; disebut dCAPS (derived cleaved amplified
Hancock, 1999). Mikrosatelit telah diaplikasikan polymorphic sequence), dimana metode
untuk: i) Identifikasi forensik (Balding, 1999), tersebut mengeleminasi permasalahan yang
bertujuan untuk mengkaitkan sampel darah, berkaitan dengan penanda CAPS dengan
sperma, jaringan rambut atau daging dari kasus menghasilkan mismatches dalam primer PCR
kriminal, ii) Diagnosis dan identifikasi penyakit, yang kemudian digunakan untuk menghasilkan
seperti deteksi kanker (Moxon et al., 1999), iii) polimorfisme berdasarkan target mutasi
Studi populasi genetika, untuk mengamati (Michaels dan Amasino, 1998; Neff et al.,
variasi dan membuat kesimpulan tentang 1998).
struktur populasi, hanyutan genetik (genetic Penanda CAPS atau PCR-RFLP dapat
drift), dan genetic bottlenecks, iv) Konservasi diaplikasikan pada DNA nuklear atau organel.
biologi, untuk mengamati perubahan dalam Pada tanaman, DNA kloroplas sering menjadi
populasi, pengaruh fragmentasi dan interaksi target untuk amplifikasi dengan penanda ini.
populasi yang berbeda serta untuk identifikasi Penanda ini diaplikasi untuk studi pemetaan
populasi yang baru terbentuk. gen (Akopyanz et al., 1992; Konieczny dan
Ausubel, 1993), distribusi geografi spesies
Cleaved Amplified Polymorphic Sequences seperti Oak (Petit et al., 2002a), studi
(CAPS) filogenetik (species dipterocarp, Indrioko et al.,
Penanda CAPS sering juga dikenal 2006), identifikasi refugia dan rute rekolonisasi
dengan penanda PCR-RFLP (Polimerase spesies (Petit et al., 2002b).
Chain Reaction-Restriction Fragment Length
Polymorphism) (Konieczny dan Ausubel, 1993). Sequence Characterized Amplified Region
Secara teknis, penanda CAPS dihasilkan dari (SCAR)
dua tahapan kegiatan, pertama DNA template SCAR adalah fragmen DNA yang
diamplifikasi dengan PCR menggunakan diamplifikasi dengan PCR menggunakan
sepasang primer spesifik. Primer spesifik primer spesifik yang didesain dari sekuen
didisain berdasarkan informasi sekuen DNA nukleotida dari klon fragmen RAPD yang terkait
yang tersedia di bank genom, sekuen cDNA dengan ciri yang menjadi perhatian utama
atau klon pita-pita RAPD; kedua, Produk PCR (Paran dan Michelmore, 1993). Variasi
kemudian dipotong dengan enzim restriksi. polimorfisme dapat dideteksi dengan
Biasanya enzim restriksi yang digunakan elektroporesis pada gel agarose atau
45
Penanda DNA (Zulfahmi)
46
Jurnal Agroteknologi. Vol. 3 No. 2, Februari 2013:41-52
Botstein, D., R. White, M. Skolnick, and R.W. Eisen, J.A. 1999. Mechanistic basis for
Davis. 1980. Construction of genetic microsatellite instability. In: Golstein, D.
linkage map in human, using restriction B. and Schlötterer, C. (Eds.).
fragment length polymorphism. American Microsatellite: evolution and applications.
Journal of Human Genetics 32: 314-331. Oxford University Press. pp. 34-48.
Brubaker, C.L. And J.F. Wendel. 1994 Ellegren, H. 2004. Microsatellites: simple
Reevaluating the origin of domesticated sequences with complex evolution.
cotton (Gossypium hirsutum; Malvaceae) Nature Reviews, 5: 435-445
using nuclear restriction fragment length
polymorphisms (RFLPs). American Estoup, A., P. Jarne, and J.M. Cornent. 2002.
Journal of Botany, 81: 1309–1326 Homoplasy and mutation model at
microsatellite loci and their consequnces
Busconi, M,L., Sebastiani, and C. Fogher. for population genetic analysis. Molecular
2006. Development of SCAR markers for Ecology, 11: 1591-1604.
germplasm characterisation in olive tree
(Olea europea L.). Molecular Breeding, Filho, S.M., C.S. Sediyama, M.A. Moreira, and
17: 59–68, DOI 10.1007/s11032-005- E.G. de Barros. 2002. RAPD and SCAR
1395-3 markers linked to resistance to frogeye
leaf spot in soybean. Genetics and
Chase, M.W., R.S. Cowan, P.M. Hollingsworth, Molecular Biology, 25(3): 317-321
C.Van Den Berg, S. Madrin’an, G.
47
Penanda DNA (Zulfahmi)
48
Jurnal Agroteknologi. Vol. 3 No. 2, Februari 2013:41-52
49
Penanda DNA (Zulfahmi)
50
Jurnal Agroteknologi. Vol. 3 No. 2, Februari 2013:41-52
Wang, J., W.H. Ha, F.N. Ngan, P.P.H. But, and Widyatmoko, A.Y.P.B.C., A. Watanabe, and S.
P.C. Shaw. 2001. Application of Shiraishi. 2010. Study on genetic
sequence characterized amplified region variation and relationships among four
(SCAR) analysis to authenticate Panax acacia species using rapd and SSCP
species and their adulterants. Planta marker. Journal of Forestry Research,
Medica, 67: 781–783. 7(2) : 125-143
Warudee, D., P. Chavan, K. Joshi, and B. William, J.G.K., A.R. Kubelik, K.J. Livak, J.A.
Patwardhan. 2006. Development and Rafalski, and S.V. Tingey. 1990. DNA
application of RAPD-SCAR marker for Polymorphism Amplified by arbitrary
identification of Phyllanthus emblica Linn. Primers are useful as genetic marker.
Biological and Pharmaceutical Bulletin, Nucleic Acids Research, 18: 6531-6535.
29: 2313–2316.
51
Penanda DNA (Zulfahmi)
52