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Casi todos los metanotrofos son metifilos estrictos, (incapaces de desarrollarse con
compuestos que contengan enlaces carbono-carbono). En su habitat natural, el metano
es casi siempre el substrato para el crecimiento mas abundante. Un metanotrofo del tipo
II (Methylobacterium) es facultativo y se desarrolla mas rápidamente con substratos de
varios carbonos que con metano.
A pesar de la incapacidad de la mayor parte de los metanotrofos para utilizar
compuestos con enlaces carbono-carbono como substratos, pueden llevar a cabo una
amplia variedad de cooxidaciones (que actua, acompaña o colabora con la oxidación
del substrato de crecimiento). En el caso de los metanotrofos, la cooxidacion es
consecuencia de la notable falta de especificidad de substrato de metano
monooxigenasa. Ademas de esta capacidad para hidroxilar metano, puede hidroxilar
muchos alcanos y compuestos aromaticos y formar epóxidos a partir de alcanos.
Todos los metanotrofos pueden crecer con compuestos de C como única fuente de
carbono. Las rutas por las cuales asimilan compuestos de C en compuestos celulares
varian dependiendo q tipo de sistema membranoso sea. Los metanotrofos asimilan
substratos de C por las dos únicas rutas para las que el formaldehido es el precursor
inmediato:
Estas son la ruta de la ribulosa monofosfato
Ruta de la serina