En el gobierno del presidente Gabriel García Moreno, ante la necesidad de atender
adecuadamente la condición de los presos resolvió, en el año 1869, la construcción de
una cárcel pública moderna a fin de desterrar la inseguridad y las pésimas condiciones en las que se tenía a los reos en las cárceles municipales de provincias y concentrarlos en una sola en la capital. El proyecto se encargó al arquitecto danés Thomas Reed, quien había realizado algunas obras en Colombia. El arquitecto diseñó un complejo inspirado en la parisina Prisión de la Santé (1867), que aplicaba la más moderna planta edificable del sistema carcelario europeo, creada en 1791 por el filósofo inglés Jeremy Bentham (padre del utilitarismo) y a la que llamó panóptico: una torre al medio de la que parten edificios radiales que no se conectan entre sí y por ello pueden ser completamente vigilados sin mayor esfuerzo justamente desde el volumen central. Su construcción es muy sólida de acuerdo con las funciones a cumplir, con muros portantes de cal y ladrillo. Cinco pabellones radiales de tres plantas, cubiertos por terrazas planas para la vigilancia de los presos, convergen en un amplio volumen cilíndrico más alto, cubierto por una cúpula de media naranja con tejuelo. De acuerdo a las especificaciones del contrato entre el Gobierno ecuatoriano y el arquitecto Thomas Reed, el edificio de la Penitenciaría Nacional debía ser de arquitectura característica pero sencilla, evitando los adornos y decoraciones innecesarias; su estructura debía ser sólida y robusta, por lo que no se usó adobe; las celdas y pasillos debían tener las dimensiones exigidas en Europa, contar con puertas de hierro, jardines, piscina y aprovisionamiento de agua constante para los reos, así como existir pocas celdas oscuras de castigo para evitar el abuso que los celadores hacían de ellas. El volúmen central del panóptico, concebido como torre de vigilancia, es de planta circular y triple altura, coronado por una cúpula con linterna que permite iluminar el espacio, desde el que parten en forma radial cinco pabellones alargados y cuya iluminación es cenital: dos de 70 metros, uno de cuarenta y dos de 30 metros; todos separados entre sí por patios. Las plantas bajas estaban destinadas a talleres y las dos superiores ocupadas por celdas, que originalmente sumaban un número aproximado de 300. El complejo cuenta además con un bloque de oficinas transversal, con el frente hacia la rampa que salva el pronunciado desnivel de la calle Rocafuerte, y que a su vez constituye el ingreso principal a través de sus tres característicos arcos de medio punto en medio de los dos volúmenes que alcanzan los 15 metros de altura. Al costado oriental se ubica un ala de habitaciones para celadores que fue añadida posteriormente, pero guardando similitud con el estilo original del edificio.