UNIVERSIDAD DE QUINTANA ROO

DIVISION CIENCIAS DE LA SALUD

QUIMICA FARMACEUTICA I
METODOS DE DISEÑO DE FARMACOS
ESTRUCTURA
EXPERIMENTAL DE
UNA PROTEÍNA
 INTRODUCCIÓN
La evolución biológica, observada en el nivel molecular,
tiene como actores principales a las proteínas.
Desde su aparición, han venido evolucionando hasta dar
lugar a cientos de miles de actividades biológicas distintas,
presentes en los seres vivos.
La capacidad de estos polímeros lineales de a.a. es
verdaderamente impresionante, y que decir de los
catalizadores (enzimas) que orquestan la esencia misma
del fenómeno viviente.
¿QUÉ SON LAS PROTEÍNAS?

Son polímeros de aminoácidos

La unión a través de un tipo especifico de enlace covalente es
denominado “residuo”.
Un residuo hace referencia a la perdida de los elementos del agua (H y
O) cuando un aminoácido se une a otro.
¿QUÉ SON LAS PROTEÍNAS?
La estructura proteica se mantiene por interacciones entre los residuos
que la componen:

La rotura de estas interacciones puede generarse por:

Cambios físicos (°C) y químicos (pH) que conllevan a la desnaturalización
 FUNCIONES DE LAS PROTEÍNAS
Desempeñan diversidad de funciones en los seres
vivos.
En donde algunas:
a) Forman glóbulos solubles en agua (p. ej. La
albumina, las vitaminas, α-glucoproteína,
globulinas).
b) Poseen estructura de fibras con propiedades de
alta resistencia o elasticidad (P. ej. α-queratina,
colágeno)
c) Se encuentran en las membranas y llevan acabo
funciones celulares vitales (P. ej. Glicoproteínas,
glicocalix).
PAPEL CENTRAL DE LAS PROTEÍNAS EN BIOLOGÍA
DETERMINACIÓN ESTRUCTURAL

Debido a que una proteína consta de varios

cientos de aminoácidos, resulta ser un
complejísimo sistema de varios miles de
átomos.
La determinación experimental de la posición de
estos átomos en el espacio requirió el desarrollo
y adaptación de técnicas como:
Cristalografía de Rayos X
Resonancia Magnética Nuclear
DIFRACCIÓN DE RAYOS X
A. Es una técnica analítica no
destructiva y de las más
importantes en la caracterización
de materiales cristalinos.
B. Es utilizada para identificar las
fases presentes en un muestra
durante una Rx, desde su
comienzo hasta la obtención del
producto final.
C. Es muy utilizada debido a la precisa
información arrojada sobre la
estructura de los materiales.
D. La calidad del patrón de difracción
suele ser limitado por la energía de
la radiación disponible, por la
resolución del instrumento y por las
condiciones físicas y químicas de la
muestra.
RESONANCIA MAGNÉTICA
NUCLEAR (RMN)
A. La Resonancia magnética nuclear
(RMN) constituye una técnica de
vital importancia en la investigación
científica.
B. La RMN es, junto con la difracción de
rayos X, la única metodología que
puede usarse para determinar la
estructura molecular de
macromoléculas con alta resolución.
MODELIZACIÓN DE PROTEÍNAS.
El modelado comparativo de proteínas (MCP) es
una técnica predictiva que permite obtener una
aproximación de la estructura atómica de una
cadena polipeptídica en base a estructuras
conocidas de proteínas relacionadas (casi siempre
homólogas)
 Entre sus aplicaciones se incluyen desde el
análisis del efecto de mutaciones hasta la
predicción de ligandos y actividades catalíticas, en
función de la calidad de los modelos, que a su vez
depende de su semejanza con las estructuras
molde utilizadas.
 Cómo se construye un modelo por homología?

En general los modelos comparativos

se fabrican con
ayuda de software específico, que
convierte una tarea compleja en algo
sencillo para el usuario. Es importante
conocer las principales etapas del
algoritmo
genérico de modelado, así
Poder evaluar mejor el valor de
nuestros modelos.
Los modelos se suelen distribuir en archivos de texto en
formato Protein Data Bank, que contiene las
coordenadas Cartesianas de sus átomos, derivadas
experimentalmente.
 Algoritmo genérico de modelado comparativo, tomado de Fiser & Sali (2003)
. Distintos programas hacen variaciones de este algoritmo, como por ejemplo el protocolo RosettaCM Song .
(2013)
.
 A la hora de modelar una proteína puede ser útil conocer su estructura
secundaria, fundamentalmente porque nos ayuda a descartar templates
o a alinearlos correctamente, haciendo que las alfa hélices coincidan
Además, si una secuencia se predice como intrínsecamente
desordenada no tiene sentido tratar de modelarla. Por estas
razones, antes de empezar un proyecto de modelado
comparativo es conveniente hacer un breve análisis
computacional de la secuencia problema
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11588250
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9377160
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1166865

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16982067
 MODELIZACIÓN MOLECULAR
• Consiste en el estudio de la estructura y funciones moleculares de un
compuesto, con la ayuda de modelos construidos a base de informática
(computación).

• Los métodos computacionales incluyen numerosas técnicas tales como

cálculos de mecánica cuántica, dinámica molecular, método de Monte
Carlo, pero también, relaciones entre estructura y actividad (SAR,
QSAR), y optimizaciones de geometría basadas en datos experimentales
de RMN o cristalografía de rayos X.
• La modelización molecular aplicada al estudio de macromoléculas
de interés biológico suscita un interés creciente en la industria,
debido a las posibilidades potenciales y reales que ofrece.
 MODELADO MOLECULAR
• El compendio de métodos para imitar el comportamiento de las moléculas o
de los sistemas moleculares, artificialmente, pero lo mas cercano a la
realidad.
 INFORMÁTICA MOLECULAR
Almacén, recuperación y manipulación de la información acerca de moléculas
o sistemas moleculares
Típicamente se maneja un gran número de moléculas o sistemas moleculares

Quimo informática Bioinformática

Relacionada a fármacos Relacionada a objetos
Énfasis en la estructura Énfasis en secuencia y estructura

Modelado Molecular
 TIPOS DE MODELO

CSAR: Classification Structure Activity Relationship

• Datos cualitativos
• Datos de HTS

QSAR: Quantitative Structure Activity Relationship

• Datos cuantitativos
Propiedad = f(estructura)
Propiedad = f(desc1, desc2, …, descN)
Muchos de los fármacos hoy disponibles en la industria farmacéutica fueron
caracterizados en su día mediante técnicas de cribado (screening)
convencionales, que consiste en:

• Evaluar en un grupo lo más amplio posible, ensayos biológicos el mayor número posible
de sustancias, tanto de origen natural como sintético, elegidas más o meno al azar.
• Con este procedimiento se consiguen identificar nuevos "cabezas de serie", o moléculas
prototipo pertenecientes a una clase estructural determinada y con potencial en una área
terapéutica concreta.
• Modificaciones químicas subsiguientes tienden a producir "análogos"
de esas estructuras con una mayor actividad o una menor incidencia
de efectos colaterales.
• Este método de descubrimiento de nuevos agentes con actividad biológica
es interesante desde el punto de vista de que puede convertir a nuevas
clases estructurales de compuestos en fármacos potenciales pero, al estar
basado fundamentalmente en técnicas de ensayo y error, consume mucho
tiempo y requiere grandes recursos económicos.

• El porcentaje de éxitos se ha estimado inferior a 1 por cada 10.000

compuestos sintetizados
• Los primeros intentos dirigidos a incrementar la probabilidad de sintetizar
un análogo activo o de encontrar un nuevo cabeza de serie se basaron en
encontrar correlaciones entre la estructura química de una serie de
compuestos y su actividad biológica.

• De ahí surgieron las famosas siglas QSAR, acrónimo de Quantitative

Structure Activity Relationships, que es hoy día una palabra de uso tanto en
el proceso de diseño de nuevos fármacos como en la racionalización de las
propiedades farmacológicas de una serie de sustancias.
En los métodos de modelado, se consideran las propiedades de las moléculas en tres
dimensiones y son importantes, entre otros, el análisis conformacional, la mecánica cuántica, los
campos de fuerzas, la termodinámica estadística, y los gráficos moleculares interactivos.

Estos últimos permiten la representación y manipulación de las moléculas en tres dimensiones,

lo que proporciona una información espacial que es esencial para comparar moléculas y para
estudiar la interacción entre ligandos y receptores macromoleculares.
• El término modelado molecular no es exclusivo de los estudios encaminados al diseño de
nuevos fármacos, sino que es aplicable en otras áreas de investigación, como la
ingeniería de proteínas o la química de polímeros.
 PROGRAMACIÓN
• Las siglas CAMD (Computer-Aided Molecular Design) engloban
a un número considerable de procedimientos, basados en el uso de
ordenadores, encaminados a relacionar actividad con estructura
molecular. Como su propio nombre indica, su fin último es utilizar
estas relaciones para predecir compuestos con un determinado
perfil de actividades.
• Una vez conseguido un ligando con alta afinidad por un determinado sitio
receptor en una macromolécula biológica de interés, queda un largo camino
hasta que el fármaco potencial pueda integrarse como medicamento en el
arsenal terapéutico.

• Unas características farmacocinéticas inadecuadas, la aparición de efectos

secundarios inaceptables, o la biotransformación a un metabolito tóxico, son
algunos de los factores que pueden hacer que el compuesto, en principio
prometedor, vuelva a la investigación en un intento de optimización.
Los métodos computacionales de predicción de estructuras de proteínas, tanto
estáticos como dinámicos, son muy útiles y su poder predictivo varía en función
de la complejidad del sistema sometido a estudio. Podemos distinguir tres
niveles de dificultad, en relación inversa con su exactitud relativa:

• Modificaciones locales de estructura: a partir de la estructura conocida

de una proteína, se intenta predecir la estructura y propiedades de otra u
otras proteínas que difieren tan sólo en unos pocos aminoácidos.
• Modelado de proteínas homólogas: el plegado
global del esqueleto polipeptídico es el mismo pero
sólo se conserva un pequeño porcentaje de residuos
de a.a, pudiendo jugar un papel fundamental en el
mantenimiento de la estructura los efectos del
disolvente.
-Este tipo de modelado puede ser muy ventajoso para
guiar el diseño de nuevos ligandos.

• Predicción de estructuras 'de novo': la proteína

se considera como un conjunto de elementos de
estructura secundaria (hélices α, láminas β, giros β,
etc), cuyo ensamblaje da lugar a la estructura
terciaria.
REPRESENTACIÓN DE LA ESTRUCTURA
MOLECULAR

Con Átomos de Hidrógeno Sin Átomos de Hidrógeno

 ESTRUCTURA MOLECULAR (REPRESENTACIÓN)

Cilindros Esferas y enlaces

Space Filling
(CPK)
OPCIONES PARA PROTEÍNAS
OPCIONES PARA PROTEÍNAS
 MODELADO MOLECULAR
IN SILICO VS INVITRO

Forma rápida, precisa y relativamente barata para:

✓ Estudiar propiedades moleculares

✓ Racionalizar e interpretar los resultados experimentales
✓ Tomar decisiones para sistemas aún no estudiados
✓ Estudiar sistemas hipotéticos
✓ Diseñar nuevas moléculas
Empresas de Software para Modelado Molecular

• Accelrys (http://www.accelrys.com)
• CCG (http://www.chemcomp.com)
• Schrodinger (http://www.schrodinger.com)
• Tripos (http://www.tripos.com)
• Wavefunction (http://www.wavefun.com)
PREDICCIÓN DE MODO DE UNIÓN
DE LIGANDO
El acoplamiento molecular requiere de dos componentes que pueden ser
caracterizados como la etapa de ‘‘búsqueda’’ y la etapa de ‘‘evaluación’’.
La búsqueda se refiere a la exploración del espacio configuracional
accesible para el ligando dentro del receptor. El objetivo es encontrar la
orientación y conformación del ligando que corresponda al mínimo global
de la energía libre de unión.

La etapa de evaluación se refiere a la asignación de un valor numérico a

cada una de las configuraciones generadas durante la etapa de búsqueda.
Esto permite establecer un orden entre las diferentes posiciones y
configuraciones encontradas
El ligando se mantiene en posición por muchas interacciones con
diferentes grupos del receptor, grupos que en el caso de las
proteínas pueden estar ampliamente dispersos en la secuencia
de aminoácidos.

La predicción o cálculo del modo de unión de un ligando con su

receptor es muy valiosa para el entendimiento del modo de
acción de moléculas con actividad biológica. Como consecuencia,
el acoplamiento molecular es un auxiliar muy útil para el diseño
de nuevas estructuras
La estructura del dominio de unión al ligando de varios receptores celulares
permite entender el tipo de interacciones que tiene el respectivo receptor
con sus ligandos, así como el tipo de afinidad y selectividad y los potenciales
agonistas y antagonistas que puedan interactuar con el receptor o su
ligando.

El dominio de unión al ligando difiere del dominio de unión al ADN a tal

punto que son codificados por segmentos diferentes en el gen que transcribe
al receptor
En general los ligandos con mayor actividad sobre un
receptor exhiben un alto grado de complementaridad.
Este grado de complementaridad entre ligando y receptor
puede ser visualizado y analizado de forma adecuada al
construir las superficies moleculares correspondientes.
Si se dispone de estructuras experimentales para el
receptor bajo estudio, es la mejor opción.
Si bien es posible que el programa de docking determine por sí mismo las
eventuales cavidades en donde dockear los ligandos, lo ideal es que el
usuario, basado en conocimiento previo, indique al programa cuál o cuales
son las regiones del receptor en donde debe intentar ajustar el ligando.
Muchos fármacos ejercen su acción debido a su interacción con una macromolécula presente
en el organismo. Las estrategias del DiFAC se dividen en dos partes principales
a) Diseño basado en la estructura del ligando: los métodos que se agrupan en esta área se
centran en el estudio de la estructura química de la molécula con actividad biológica.
b) Diseño basado en la estructura del receptor: los métodos que corresponden a esta
estrategia consideran la estructura tridimensional de la macromolécula o biomolécula con la
que interactúa el ligando.
Existen bibliotecas virtuales que contienen miles o hasta
millones de compuestos que interaccionan con alguna
macromolécula involucrada en una enfermedad. Esto facilita la
predicción de interaccion ligando-receptor en pocas horas, o a
veces en minutos, antes de hacer pruebas biológicas.
Aunque hay que hacer pruebas experimentales para comprobar
las predicciones, los experimentos se realizan con un número
reducido de compuestos.
De esta manera, el acoplamiento
molecular se emplea para hacer más
eficiente y reducir los costos de
la investigación.
El notable desarrollo de algoritmos de computo para
evaluar la energía de interacción y estabilidad de proteínas
a partir de su estructura tridimensional ha generado
importantes avances en el rediseño de nuevas estructuras y
catálisis de novo en proteínas.

Estas metodologías ofrecen una nueva ventana para el

rediseño de interacciones ligando-proteína o proteína-
proteína.
Entender los procesos celulares y su regulación es fundamental en el desarrollo de
aplicaciones biotecnológicas, farmacológicas o del área de la salud.

• Predecir la especificidad y afinidad (a partir de la información estructural

exclusivamente).

• Se desconoce los eventos que los llevaron al estado final.

• Gracias a diferentes disciplinas tanto teóricas como experimentales, han permitido

avances.
LAS INTERACCIONES ESPECÍFICAS ENTRE LAS PROTEÍNAS
Y SUS LIGANDOS DETERMINAN LAS BASES MOLECULARES
DE SU ESPECIFICIDAD.

Se evaluaran:
➢ No covalentes de las proteínas
➢ Entrópicas
➢ Entalpicas
➢ Modelos de interacción
➢ Técnicas para determinar la energética de sus interacciones
LA CORRELACIÓN ENTRE LA CONSTANTE DE
UNIÓN Y LA ENERGÍA LIBRE DE UNIÓN.

Las proteínas son polímeros de aminoácidos que adquieren una

estructura tridimensional específica para llevar a cabo sus funciones
(estructura nativa). Que adquieren una estructura tridimensional
específica para llevar a cabo sus funciones.
Para su estabilidad se requieren:

• Fuerzas covalentes
• Interacciones no covalentes
CONSTANTES DE UNIÓN Y DISOCIACIÓN

• C. de unión: requiere de condiciones de equilibrio termodinámico,

condiciones de reversibilidad del proceso, la proteína y ligando no
deben presentar modificación, solo existirán formas libres y en
complejo y Kd será proporcional al # de interacciones.
• C. de disociación: definidas por las relaciones de concentración
entre la proteína libre (P), el ligando libre (L) y el complejo proteína
ligando (PL).
P+ L  PL
• Si determinamos las concentraciones de cada uno de los componentes en la
ecuación:
[P] + [L]  [PL]
• Se podrá calcular la constante de disociación, como la proporción entre
productos y reactantes. Visto desde el sentido de disociación esta constante
se relaciona con la fuerza de interacción. MIENTRAS EL VALOR SEA MENOR, LA
AFINIDAD SERA MAYOR.

• La energía libre asociada es la energía libre de Gibbs y se calcula a partir de

la Kd:
ΔGd = -RT ln Kd
La energía de interacción la podemos dividir en sus componentes entálpicos y entrópicos de
acuerdo con la siguiente ecuación.
ΔG = ΔH-TΔS
La contribución entalpicas no solo corresponde a las interacciones directas entre ligando y
proteína sino también a las interacciones que se estabilizan desde fuera del sitio de unión.
Este tipo fuerzas son las interacciones electrostáticas (los puentes de hidrogeno, las
interacciones hidrofóbicas, las fuerzas de Van der Waals, entre otras).
En cambio en la contribución entrópica los componentes entrópicos se dan por los cambios en
la dinámica intrínseca de la proteína durante la interacción Esta información ha sido muy difícil
de medir, sin embargo gracias a la instrumentación de resonancia magnética nuclear y estudios
de dinámica molecular entre otros métodos, hoy en día se estudia con más claridad el papel de
las interacciones entrópicas de las proteínas.
Las interacciones entre proteína ligando podemos
verlos como la consecuencia de la interacción entre
dos cuerpos rígidos (llave cerradura de Emil Fisher),
sin embargo hoy en día general de poder visualizar a
las proteínas como un ensamblaje de conformeros
proteicos los cuales oscilan alrededor de una
estructura que también presenta flexibilidad, por lo
que las interacciones no solo dependen del contacto
directo entre la proteína y su ligando, si no también
depende de las redes de interacciones no covalentes
que están presentes a partir de puentes de hidrogeno
y electrostática a lo largo de la proteína.
INTERACCIONES ENTÁLPICAS
(INTERACCIONES DE CARGAS O DIPOLOS)

Las interacciones electrostáticas se deben a la presencia

de cargas reales o parciales y a su interacción cuando
cargas de signo opuesto se encuentran vecinas, sus
valores energéticos varían desde -1 a -80 kcal/mol
• Puentes de hidrogeno:
Se origina por el dipolo en un hidrogeno covalente unido a un átomo
electronegativo conocido como donador y otro átomo electronegativo conocido
como receptor normalmente este átomo es un carbono o hidrogeno. (interacción
dipolo-dipolo).
• Interacción Van Der Waals:
Son las fuerzas de atracción o repulsión entre moléculas o regiones de la misma
molécula, diferentes a aquellas de información de enlaces covalentes o de
interacciones electrostáticas o entre iones o grupos iónicos.
Este tipo de interacciones incluye Interacciones dipolo-dipolo, dipolo- dipolo
inducido y las fuerzas de London que incluyen las interacciones instantáneas de
dipolos inducidos.
• Interacciones hidrofóbicas:
se dan entre las regiones apolares de las proteínas y de sus
ligandos. Estas regiones apolares tienden a ser repelidos del agua
o de cualquier grupo polar, es decir los grupos apolares, tiendes a
acercarse por exclusión del medio acuoso en el que se encentran
las proteínas. Las regiones apolares de las proteínas serían los
residuos hidrocarbonados de los aminoácidos no polares y las
cadenas laterales de los residuos de triptófano, fenilalanina y
tirosina
 CONTRIBUCIONES ENTRÓPICAS
IMPORTANCIA EN PROCESOS DE COMPENSACIÓN.

No es tan fácil cuantificar la magnitud de las contribuciones

entrópicas. Porque están asociadas a los cambios en la dinámica
intrínseca de las proteínas, es decir a los cambios en flexibilidad, a
los cambios en el reordenamiento de moléculas de agua, ya sean
durante solvatación o la re-solvatación de moléculas de H2O hacia
proteína. O bien al reacomodo de las redes de las interacciones
dinámicas de puentes de hidrógenos o de cargas, lo que resulta muy
difícil de evaluar experimentalmente, pues son la suma de las
contribuciones favorables y desfavorables.
SI FAVORECEN LAS INTERACCIONES ENTALPICAS
Entre proteína y ligando:

*Numero de
interacciones no La consecuencia de cambio de
covalentes rigidez es la modificación de la
*Mayor conectividad entropía en la proteína.
*Rigidez local de la Compensación entre entalpia y
proteína en su sitio de entropía.
unión
CONSECUENCIAS…
• Los cambios en ∆H de interacción esta asociado a cambios
opuestos en T ∆S de la interacción. Y esto es requerido
durante la optimización de la unión de una proteína.
• El efecto de la compensación entálpico-entrópico puede ser
cooperativo, es decir en ocasiones la interacción de un
ligando a una proteína, estabiliza una conformación dentro
del ensamble de confórmeros proteicos, y esto pude
favorecer la unión de los subsecuente ligandos.
TÉCNICAS EXPERIMENTALES PARA ESTUDIAR LAS
INTERACCIONES PROTEÍNA-LIGANDO
• La difracción de rayos X de cristales de proteínas.
ha sido fundamental en la información estructural de las
interacciones de las proteínas.

-Resulucion a nivel atomico de

las estructuras proteicas
Factores 𝛽cristalográficos:
- Determinado estructuras de permite determinar las
la misma proteína en regiones que son mas
diferentes condiciones, (en flexibles en la proteína
presencia y ausencia de
sustratos)
CALORIMETRÍA DE TITULACIÓN ISOTÉRMICA ITC
• Permite medir el calor absorbido o emitido durante un proceso de
unión.
Consiste en dos celdas, una con proteína y el otro sin proteína, a ambas
se les adiciona un ligando y se mide el calor intercambiado durante el
proceso de titulación, se le resta el calor de la disolución de la celda de
referencia y se ajusta a un modelo teórico termodinámico de interacción.
Ventajas:
Mide la constante de disociación de la proteína Kd
Determina parámetros termodinámicos
importantes en un solo experimento como:
(ΔH) y (ΔS)
(ΔCp) en el cual se tiene que hacer el experimento
a varias temperaturas.
 RESONANCIA DE PLASMONES EN SUPERFICIE
• Técnica que detecta los cambios en el índice de
refracción cerca de una superficie.

A través de un sistema
La superficie de detección es parte de
de flujo continuo es
un sistema de flujo continuo a la cual
posible hacer circular
se adhiere una proteína a través de
un ligando en solución
técnicas de movilización.
sobre la proteína
inmovilizada
RESONANCIA MAGNÉTICA NUCLEAR
Permite obtener la información estructural de una proteína en
solución. La primera conclusión obtenida de una estructura
obtenida por RMN es la presencia de un ensamble de
confórmeros alrededor de un mínimo energético, en vez de una
sola estructura lo que hace sentidos con la visión de los
ensambles moleculares.
 • Estudios recientes han permitido observar los cambios de
movimientos de las proteínas en ausencia y presencia de
ligandos, o bien estudiar estos cambios en función de
tiempos.

Permiten Permiten comparar el

analizar el papel efecto sutil de una
de las mutación, cambio de
vibraciones especificidad de un
locales en la ligando en la dinámica de
estabilidad de la moviendo de una
proteína. proteína.
 TÉCNICAS COMPUTACIONALES Y PERSPECTIVAS
AL PROBLEMA DE LA INTERACCIÓN PROTEÍNA
LIGANDO.

Entender la complejidad de las interacciones proteína ligando

requiere de la conjunción de métodos bioquímicos y biofísicos
cada vez más complejos.
• Dinámica Molecular:
Utiliza las ecuaciones de mecánica clásica provenientes de los
principios planteados en las ecuaciones de movimiento de
Newton.
 Describen la energética de las
interacciones covalentes, es
decir describe la energética de
los enlaces, sus ángulos,
torsiones, etc

componente de interacciones no covalentes (no-

unión).
El componente no covalente tiene que ver con
las fuerzas de Van der Waals, electrostáticas.
Para estudiar las interacciones ligando proteína, es requerida
una visión multidisciplinaria, además de combinar el enfoque
teórico y experimental. Particularmente, el problema es
dinámico, pues las proteínas son ensambles de
conformaciones, el análisis termodinámico de las
fluctuaciones y del papel de la entropía conformacional, es
fundamental.
 METODOS DE DISEÑO INDIRECTOS
RELACIONES CUANTITATIVAS ESTRUCTURA-ACTIVIDAD
TRIDIMENSIONALES (3D-QSAR): No se conoce la estructura tridimensional de
la molécula que actúa como diana biológica para una determinada acción. Incluso
a veces ni tan solo es posible identificar cuál es esta diana biológica y sólo se
dispone de algunos compuestos provistos de la actividad requerida.

1.- Determinar el farmacóforo de las moléculas en estudio teniendo en cuenta la complementariedad

receptor/ligando.

2.- Calcular y correlacionar la actividad biológica de una serie de moléculas con sus propiedades globales en un espacio
tridimensional

10 de octubre de 2017 Sistemas identificación I 76

 DISEÑO INDIRECTO MAS UTILIZADO
3D-QSAR: Análisis Comparativo de Campos Moleculares (CoMFA), Crammer en 1988.
Este método se basa en la hipótesis de que las
interacciones más importantes en el complejo
ligando-receptor son de tipo no covalente y que la
variación de la actividad biológica se correlaciona
mejor con las variaciones de parámetros estéreos y
electrostáticos de la molécula

Técnica adecuada para interpretar muchas

Mecánica Molecular de las propiedades moleculares basadas en
dichos parámetros.

10 de octubre de 2017 Sistemas identificación I 77

A partir de una molécula de referencia se determina su conformación de mínima energía y
se construye una malla a su alrededor en la que cada uno de los nudos sirve para definir
una posición de la molécula en el espacio

Definida la malla y la orientación espacial de la

molécula de referencia, se minimizan las
estructuras de los ligandos que se supone
actúan sobre la misma diana biológica.

se superponen todos ellos con la molécula

de referencia, teniendo en cuenta su similitud
estructural o bien criterios
de alineación previamente establecidos.

10 de octubre de 2017 Sistemas identificación I 78

superposición de 40 derivados de tipo 1,5-diarilpirazol utilizados en 1. Después de la alineación de las
un estudio 3D-QSAR de inhibidores del enzima COX-2. moléculas en la malla, se lleva a
cabo el cálculo de las distintas
propiedades seleccionadas para
cada una de dichas moléculas.
2. Los datos resultantes se
correlacionan con los valores de
actividad biológica (método
estadístico de mínimos cuadrados
parciales y validación cruzada).
3. Finalmente, la representación
gráfica de la correlación «estructura
tridimensional-actividad» resultante
permite visualizar, en forma de
mapas de contorno, las regiones del
Figura 9.7. Alineación de diversos ligandos a partir de su
minimización por mecánica molecular (Tomada de: Liu H et al.
espacio en las que las propiedades
Inhibitor mode of 1,5-Diarylpyrazo le derivatives against
Cyclooxygenase-2 and cyclooxigenase-1: Molecular docking and
estudiadas son favorables o
3D-QSAR analyses. J. Med. Chem., 2002, 45, 4847-4857. desfavorables para una
10 de octubre de 2017 Sistemas identificación I determinada activ. biológica 79
 Figura 9.8 se indican los mapas de contorno que definen las zonas de interacción para
distintas propiedades en una familia de antagonistas de la COX2.

Figura 9.8. Mapas de contorno de a) campos eléctricos y electrostáticos; b) campos hidrofóbicos; c)

campos de dadores y aceptores de puente de hidrógeno. (Tomada de: Desiraju GR et al. Computer-
aided design of selective cox-2 inhibitors: Comparative molecular field analysis, comparative
molecular similarity indices analysis, and docking studies of some 1,2-Diarylimidazole derivatives.
J. Med. Chem., 2002, 45, 4847-4857.
10 de octubre de 2017 Sistemas identificación I 80
 PROCEDIMIENTO.
1. Postular la conformación activa para el metabolito endógeno o para el fármaco más
activo.
2. Alinear el resto de las moléculas y establecer a su alrededor una malla tridimensional
como una caja de puntos en el espacio potencial del receptor.
3. Calcular el campo que cada molécula ejercería sobre un átomo sonda situado en cada
punto de la malla.
4. Determinar una expresión lineal mediante la técnica de mínimos cuadrados parciales
que podría consistir en un conjunto mínimo de puntos de la malla necesarios para
distinguir los compuestos sometidos a exámen de acuerdo a las actividades
determinadas experimentalmente.
5. Realizar la validación cruzada del modelo (crossvalidation)
6. Ajustar el alineamiento de los compuestos peor predichos y repetir los pasos anteriores
hasta
10 de octubre deencontrar
2017 la mayor alineaciónSistemas
posible.
identificación I 81
 CONCLUSIÓN
Al igual que en el QSAR clásico, los resultados obtenidos tienen un valor predictivo en la
búsqueda de compuestos más afines sobre el ligando considerado.

Los métodos de QSAR clásico mantienen su vigencia en el diseño racional de

fármacos debido a que reflejan la biodisponibilidad, la distribución en el
sistema biológico, el metabolismo y la excreción, aspectos todos ellos de gran
importancia en la acción de un fármaco.

10 de octubre de 2017 Sistemas identificación I 82

 QUE ES UN COMPUESTO LÍDER.

Cabeza de serie o compuesto

líder, es una molécula que tiene
un potencial farmacéutico que de
igual manera se va a a
manipular químicamente para
encontrar un compuesto mas
activo o mejor farmacocinética.
SU BUSQUEDA

Imagen Google.

Imagen Google.
 Aislamiento de Detección y
productos de una observación de efectos
acción biológica secundarios o acciones
determinada biológicas inesperadas

Observación del Análisis de la actividad

metabolismo de los biológica de productos
compuestos intermedios de la
síntesis de un farmaco
SU DESARROLLO
Una vez encontrada y definida la cabeza de serie, el objetivo es
encontrar nuevos medicamentos con superior actividad, mejor
biodisponibilidad, menos toxicidad y mínimas reacciones
secundarias a los cual se le conoce como “Variación Molecular”.
• Mejora de la potencia del líder.
• Eliminación de efectos secundarios no deseados.
• Potenciación de acciones secundarias no deseadas ya sea por
complemento sinérgico la acción principal o por si misma.
• Separación de actividades en compuestos multiacción.
• Combinar actividades.
• Modificación de la biodisponibilidad del fármaco líder.
Figura 1 J.C. Escalona, R. Carrasco. (s.f). Introducción al diseño de Fármacos. s.f., de Universidad de Oriente Sitio web:
http://www.fq.uh.cu/investig/lqct/imagenes2/diseno.pdf
Figura 2 J.C. Escalona, R. Carrasco. (s.f). Introducción al diseño de Fármacos. s.f., de Universidad de Oriente Sitio web: http://www.fq.uh.cu/investig/lqct/imagenes2/diseno.pdf
Figura 3 J.C. Escalona, R. Carrasco. (s.f). Introducción al diseño de Fármacos. s.f., de Universidad de Oriente Sitio web: http://www.fq.uh.cu/investig/lqct/imagenes2/diseno.pdf
ESTRATEGIAS DE MODIFICACIÓN.
• Sustitución bioisotérica: Es cuando los compuestos tienen una misma
actividad biológica, deben tener una misma estructura o puntos
comunes en las partes responsables en la ultima capa e igualdad
deslocalización orbital.

Figura 4 J.C. Escalona, R. Carrasco. (s.f). Introducción al diseño de Fármacos. s.f., de Universidad de Oriente Sitio web: http://www.fq.uh.cu/investig/lqct/imagenes2/diseno.pdf
MODULACIÓN MOLECULAR
Esta técnica consiste en variar el compuesto líder con modificaciones
limitadas tanto en extensión como en numero.
Existen tres tipos diferentes de actuaciones.

➢ Modulación.
➢ Simplificación.
➢ Union de elementos activos.
SIMPLIFICACIÓN

Figura 6 J.C. Escalona, R. Carrasco. (s.f). Introducción al diseño de Fármacos. s.f., de Universidad de Oriente Sitio web: http://www.fq.uh.cu/investig/lqct/imagenes2/diseno.pdf
UNIÓN DE ELEMENTOS ACTIVOS
• Se trata de unir en la molécula restos que han demostrado ser activos
en otras moléculas.
• De este estudio va a depender el peso relativo de las diferentes
ciencias implicadas en el diseño de nuevos medicamentos.
FARMACÓFORO
• Es una serie de moléculas para lograr la unión al receptor y
experimentar una actividad farmacológica.
• Esto es todas la moléculas activas sobre un mismo receptor que tienen
en común y son esenciales para el mismo.
• Existen dos formas de obtener el farmacóforo.
“Es el fragmento minimo de la estructura del modelo que conserva o
desencadena la acción biologica”

➢ Cuando no se conoce la estructura del receptor.

➢ Cuando se conoce la estructura del receptor.
CUANDO NO SE CONOCE.
• El trabajo esta destinado a la búsqueda de las secuencias en la
estructura química de múltiples ligandos que se unan a un mismo
receptor.

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• Análisis conformacional riguroso de cada una de las moléculas a
analizar, puede ser para determinado fármaco, la conformación activa
no sea la mas estable termodinámicamente, debido a que la energía
libre de asociación supera generalmente la energía necesaria para
que el ligando sufra un cambio conformacional.
• Es recomendable calcular el
volumen del sitio de unión
que esta disponible para ser
ocupado por los ligandos.

Imagen Google
• Si el conjunto de moléculas estudiadas es lo suficientemente grande,
se puede llegar a determinar mapas de volumen para diversos
receptores.

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 CUANDO SE CONOCE.
• La estructura del receptor puede simplificar el estudio de
identificación del farmacóforo.
• Se deberá conocer la naturaleza de la unión, la flexibilidad del
receptor, y las interacciones que mantiene al ligando unido al mismo.
• Gracias a este tipo de estudios es posible definir de manera precisa y
exacta , la naturaleza del farmacóforo.
• Permitirá el modelado de receptores farmacológicos.
VENTAJAS (QSAR)

1. Bajo costo en la realización de estos estudios.

2. No se utiliza instrumentar ni reactivos químicos.

3.Accesibilidad a programas gratuitos.

4.Cálculo de descriptores fisicoquímicos sumamente rápidos ( programa ).

5.Uso de interfaces que facilitan el manejo y diseño de nuevas moléculas estructurales.

 DESVENTAJAS (QSAR)

1.Familarizción con la metodología computacional:

✓ Sistema operativo.
✓ Manejo de base de datos.
✓ Interfaces Gráficas .
2.Actualizciones del programa

3.Registro y formato de los datos obtenidos.

1.Es más fácil manejar la flexibilidad del ligando para
que se una con el receptor.

2.El proceso es físicamente mucho más cercano a lo

que sucede en la realidad.
1.Se lleva una gran cantidad de tiempo buscando las
diferentes posibilidades que existan ,para lograr una
unión de moléculas estable.