¿CÓMO HACER MODELOS

COMPUTACIONALES DE MOLÉCULAS?
(Introducción al Modelado Molecular)

Silvano J. SFERCO

INTEC (CONICET-UNL) y FBCB, UNL

Ciclo: Modelado Molecular y Software Libre

FIQ, UNL, 20 agosto 2008
¿Qué significa hacer un modelo de una molécula?

• Poder decir como están unidos los átomos

conectividad Configuración de la molécula

• Poder entender y predecir su forma tridimensional

Distancias de enlace, ángulos de enlace, ángulos diedros, etc

Conformación de la molécula
 Modelo “mecánico” de bolas y palitos

Ejemplo: Estructura del ADN por J.Watson y F.Crick

La interesante historia del descubrimiento de la estructura del ADN:

La Doble Hélice, James D. Watson

Editorial Alianza, 2000
Algunas representaciones del ADN, algo mas modernas:

hyperchem
 Programa: HyperChem

Desarrollado por HYPERCUBE, Inc.

Última versión: 8.0

http://www.hyper.com

Ventajas:
• Excelente interfase gráfica
• Muy bueno para docencia
• Permite “construir” moléculas
• Visualiza y calcula estructuras y propiedades

Desventajas:
• Hay que pagar para usarlo
• Sólo para Windows
• No muy bueno en cálculos para investigación
VMD
 Programa: VMD (Visual Molecular Dynamics)
Desarrollado por
Theoretical and Computational Biophysics Group
University of Illinois at Urbana-Champaign

Última versión: 1.8.6

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

Ventajas:
• Excelente interfase gráfica
• Muy bueno para enseñanza e investigación
• Gratis, tanto para Linux como para Windows
• Apropiado para macromoléculas y Dinámica Molecular

Desventajas:
• Básicamente visualizador
• No muy bueno para moléculas pequeñas
Para linux, existe un programa que se llama:

GABEDIT: (http://gabedit.sourceforge.net/)

Diferencia de densidades (Abdulrahman Allouche)

ƒConstruye y visualiza moléculas

ƒInterfase con buenos
programas cuánticos
 Para visualizar es necesario tener
un archivo con las coordenadas de los átomos
(en un formato que nuestro programa visualizador entienda)

(Extracto del archivo de coordenadas del ADN mostrado antes, en formato PDB)

ATOM 485 C5M T 12 9.310 1.740 -10.881

ATOM 486 C4 T 12 8.785 1.957 -8.431
ATOM 487 O4 T 12 7.571 1.872 -8.607
ATOM 488 N3 T 12 9.274 2.235 -7.059
ATOM 489 C2 T 12 10.634 2.276 -6.829
ATOM 490 O2 T 12 11.090 2.500 -5.720
ATOM 491 C3* T 12 15.174 2.113 -8.405
ATOM 492 C2* T 12 13.876 1.308 -8.326
ATOM 493 O3* T 12 15.965 1.753 -7.282
CONECT 1 2 3 4
CONECT 2 1
CONECT 3 1
CONECT 4 1 5
CONECT 5 4 6
CONECT 0 5
CONECT 0 5
CONECT 6 5 7 9
CONECT 0 6
CONECT 7 6 8
CONECT 8 7 12 10
 Pero,
¿de dónde sacamos el archivo de coordenadas de la molécula?

Bases de datos experimentales:

difracción de rayos X, difracción de neutrones, NMR, etc

Moléculas pequeñas:

•Cambridge Structural Database (CSD)

(http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd/)

Problema: hay que pagar para usarla

Sin embargo, tienen un muy buen programa gratis !

para visualizar estructuras cristalinas

Mercury: http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/
 The CSD does not store:

* Polypeptides and polysaccharides having more than 24 units.

(Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/ )

* Oligonucleotides.
(Nucleic Acids Data Bank http://ndbserver.rutgers.edu/)

* Inorganic structures,
(Inorganic Crystal Structure Database
http://www.fiz-karlsruhe.de/icsd_content.html )

* Metals and Alloys,

(CRYSTMET http://www.tothcanada.com/)
 Base de Datos alternativa:

Crystallography Open Database (COD)

(http://www.crystallography.net/)

Gratis, pero no tan completa.

 Si no hay información experimental de la estructura,
podemos hacer un modelo teórico a partir
de los átomos que forman la molécula

Mecánica Cuántica:

Sistema: núcleos y electrones

interactuando con la interacción de Coulomb

Mecánica Clásica:

Sistema: iones puntuales

interactuando a través de interacciones efectivas
(Campo de Fuerzas)
Mecánica Cuántica

Ejemplo: etanol

Hyperchem
 Mecánica Cuántica

Teoría que habría que usar !!

• Solución numérica (la precisión la elijo yo)

• Los cálculos son a posiciones fijas de los núcleos

• Cálculos a T = 0K

• Para moléculas grandes, computacionalmente

muy costoso.
 Mecánica Cuántica
Permite calcular:
Orbitales Moleculares, y con éstos, la Densidad de Carga
o sea, la distribución espacial de los electrones
(permite la identificación de los enlaces químicos)

Distribución en energías de los electrones

o sea, las energías de los orbitales moleculares

(permite entender transiciones en espectroscopía uv-vis)

Energía Total mínima estructura estable

(permite entender y comparar estructuras moleculares)

Energía: vista como un “paisaje”, en función de
las coordenadas atómicas
 Tipos de cálculos posibles:

Single Point: coordenadas de los núcleos fijas

Calcula Energía Total y otras propiedades de la molécula
Energía Total = cte

Geometry Optimization (o Energy Minimization):

Algoritmo numérico que modifica las coordenadas
de lo núcleos, hasta encontrar
el mínimo local mas cercano de Energía Total.

Energía Total: cambia hasta tomar el valor

del mínimo local mas cercano
 Single Point
y
Geometry Optimization

se usan tanto en
cálculos cuánticos (Quantum Mechanics, QM),
como en
cálculos clásicos (Molecular Mechanics, MM)

Energía Total es constante, o disminuye hasta

el valor del mínimo local mas cercano.
Es decir,
no sirven para saltar barreras de potencial
 Para saltar barreras de potencial
hay que “prender” la temperatura

T ≠ 0K

Cálculos clásicos (MM): Cálculos cuánticos (QM):

Dinámica Molecular Dinámica Molecular

(Molecular Dynamics, MD) (Car-Parrinello Molecular Dynamics, CPMD)

Monte Carlo Monte Carlo

(MC) (Quantum Monte Carlo, QMC)
 Cálculos clásicos:
Dinámica Molecular y Monte Carlo, basados en algún
Campo de Fuerzas

Campo de Fuerzas: interacciones efectivas

entre los átomos:

Para moléculas orgánicas pequeñas:

MM2, MM3, MM4 Force Field
Allinger's MM Res Lab:

http://europa.chem.uga.edu/
 Dinámica Molecular: resuelve las ecuaciones de
Newton para cada átomo en función del tiempo

Monte Carlo: cambia las coordenadas atómicas al azar

Si se buscan estructuras estables:

minimización de energías al final

Buenos métodos para calcular valores medios:

Ej, valores de propiedades termodinámicas

MD, rt-hTERT
 También se pueden calcular
los modos normales de vibración de una molécula
(relacionados con el
espectro vibracional o espectro IR
de la molécula)

Ejemplo: molécula de benceno

 Ciencia de Materiales computacional
• propiedades del bulk
•Superficies
•Adsorción de moléculas, etc

nanoparticulas Sólidos cristalinos - Superficies

 Gran número de átomos: es necesario hacer modelos !

Modelos usuales:

Periódico (cristalino): celda primitiva,

Con condiciones periódicas de contorno.
(Métodos de la Física del Estado Sólido)

Local (cluster): trozo del material.

Equivale a una molécula
(métodos de química cuántica)

Hay que elegir la aproximación computacional apropiada:

• Density Functional Theory (DFT)
• Quantum Chemistry (QC) Methods
 Periódico versus Local

El material está bastante El material está

bien representado pobremente representado
 Modelo periódico

•Ideal para propiedades de volúmen del sólido

•Se pueden simular superficies (slabs)

•Se pueden simular defectos (superceldas)

•Se aprovecha la “artillería” numérica desarrollada

para sólidos cristalinos
 Modelo periódico

Ejemplos de propiedades extendidas (o no locales)

• Energías de chemisorción.
• Constantes elásticas
• Efectos de recubrimiento
• Interacciones de largo alcance
• Efectos colectivos
• Propiedades del espacio k: patrones de difracción
• Espectroscopía de banda de valencia
 Modelo periódico
Existen códigos de cálculo muy eficientes:

WIEN2K: FP-(L)APW+lo method (http://www.wien2k.at)

VASP: Vienna ab-initio Simulation Package

(http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/)

CPMD: Car-Parrinello Molecular Dynamics

(http://www.cpmd.org/)

QUANTUM EXPRESSO: Plane Waves and Pseudopotential DFT code

(http://www.quantum-espresso.org/)

DACAPO: ab-initio pseudopotential code

(http://dcwww.camd.dtu.dk/campos/epydoc/Dacapo/index.html)

GAUSSIAN: (http://www.gaussian.com/)

CRYSTAL: (http://www.crystal.unito.it/)
 Modelo periódico

Ventajas:
• Muy buen control sobre el modelo.
• Eficiencia computacional

Desventajas:
• Sólo aplicable con Density Functional Theory (DFT)
• Tratamiento difícil de efectos magnéticos
• Aplicable, en principio, sólo para el estado fundamental
(T = 0K y no para estados excitados)
 Modelo Local o de Clusters

Adecuado para propiedades locales de sistemas extendidos

Algunos ejemplos:

• Geometría de especies adsorbidas.

• Espectros XPS e IR de especies adsorbidas.

• Transiciones d → d

• Transiciones espectroscópicas de defectos (centros F).

• Acoplamientos magnéticos
 Modelo Local o de Clusters

Ventajas:
• Fenómenos interpretados en términos químicos
• Buena predicción de propiedades locales
• Permite el uso de los métodos mas sofisticados de
Química Cuántica (post Hartree-Fock)

Desventajas:
• Efectos de bordes (se resuelve con embedding method)
• Convergencia respecto del tamaño del cluster
• Representación limitada de bandas anchas de energías
 Aproximación computacional:

™ Hartree-Fock
Ab-initio (bases gaussianas)
Semiempíricos

™ Density Functional Theory

all electron o pseudopotenciales

™ Métodos post Hartree-Fock

Configuration Interaction (CI)
Møller-Plesset Perturbation Theory (MP2)
Coupled Cluster (CC)
Multi Configurational SCF (MCSCF)

™ Métodos QM/MM
 Muy buenos links en la wikipedia:

ƒ Quantum Chemistry Computer Programs:

(http://en.wikipedia.org/wiki/Quantum_chemistry_computer_programs)

ƒ Semi-empirical Quantum Chemistry Methods:

(http://en.wikipedia.org/wiki/Semi-empirical_quantum_chemistry_methods)

ƒ Computational chemical methods in solid state physics:

(http://en.wikipedia.org/wiki/
Computational_chemical_methods_in_solid_state_physics)

ƒ Density Functional Theory Programs:

(http://en.wikipedia.org/wiki/
Density_functional_theory#Software_supporting_DFT)

ƒ Software for Molecular Mechanics modeling:

http://en.wikipedia.org/wiki/
Software_for_molecular_mechanics_modeling
 ¿Windows o linux?

Docencia: hay buenos programas en Windows y en linux

Investigación: prácticamente todos en linux

(excepto el Gaussian, que corre tanto en
Windows como en linux)
 ¿Windows o linux?

El “armado” de moléculas, así como casi todos

los cálculos cuánticos se pueden hacer en linux
utilizando el programa
GABEDIT (http://gabedit.sourceforge.net/)

o Los cálculos de Dinámica Molecular se pueden realizar

con:
GROMACS: (http://www.gromacs.org/)
NAMD: (http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/)

o Los cálculos de Monte Carlo se pueden realizar con:

TINKER: (http://dasher.wustl.edu/tinker/)
 LiveCDs
The LiveCD List: http://www.frozentech.com/content/livecd.php

LiveCDs para Modelado Molecular:

VigyaanCD: http://public.vigyaancd.planetmirror.com

LiveCD del curso Modelado Molecular – FBCB, UNL

(Gabedit, PyMOL, Tinker, VMD, XmGrace, SPDBV)

Gracias a Fernando Chekirdimian !!

Pueden copiarlo si quieren !

Una copia en pdf de esta charla está a disposición de ustedes

Muchas Gracias !