ANÁLISIS METAGENÓMICO DE CONSORCIOS MICROBIANOS PLANCTÓNICOS DE UN SEGMENTO IMPACTADO URBANO

SIN MAREA DEL RÍO JAMES

Abstracto

El conocimiento de la diversidad y la función ecológica de los consorcios microbianos de James River en Virginia, EE. UU., Es
esencial para desarrollar una comprensión más completa de la ecología de este sistema fluvial modelo. El análisis
metagenómico de la comunidad microbiana planctónica de James River se realizó por primera vez utilizando una biblioteca
genómica no amplificada y una biblioteca de amplicón 16S rDNA preparada y secuenciada por Ion PGM y MiSeq,
respectivamente. De la biblioteca WGS de 0,46 gb (GenBank: SRR1146621; MG-RAST: 4532156.3), 4 × 106 lecturas revelaron>
3 × 106 genes, 240 familias de procariotas y 155 familias de eucariotas. A partir de la biblioteca 16S de 0,68 gb (GenBank:
SRR2124995; MG RAST: 4631271.3; EMB: 2184), 4 × 106 lecturas revelaron 259 familias de eubacterias. Los resultados de los
análisis WGS y 16S fueron muy consistentes e indicaron que más de la mitad de las secuencias bacterianas fueron
Proteobacteria, predominantemente Comamonadaceae. Los géneros más numerosos en este grupo fueron Acidovorax
(incluidos oxidantes de hierro, degradadores de nitrotolueno y patógenos de plantas), que representaron el 10% de las
lecturas bacterianas asignadas. Las polaromonas representaron otro 6% de todas las lecturas bacterianas, con muchas
asignaciones a grupos capaces de degradar hidrocarburos aromáticos policíclicos. Albidiferax (reductores de hierro) y
Variovorax (biodegradadores de una variedad de compuestos biogénicos naturales así como contaminantes antropogénicos
como hidrocarburos aromáticos policíclicos y disruptores endocrinos) representaron cada uno un 3% adicional de lecturas
bacterianas. La comparación de estos datos con otros metagenomas acuáticos disponibles públicamente reveló que este tramo
del río James es muy similar al río Mississippi superior, y que estos sistemas fluviales son más similares a los ecosistemas
acuáticos y de lodo que a los lagos oa una sección prístina del alto río Amazonas. Tomados en conjunto, estos análisis
expusieron aspectos previamente desconocidos de la biodiversidad microbiana, documentaron las respuestas ecológicas de
los microbios a los efectos urbanos y revelaron la notable presencia de 22 géneros bacterianos patógenos humanos (p. Ej.,
Enterobacteriaceae, Pseudomonadaceae patógenos y 'Vibrionales') y 6 géneros eucarióticos patógenos (p. ej.,
Trypanosomatidae y Vahlkampfiidae). Esta información sobre la diversidad de patógenos se puede utilizar para promover
estudios epidemiológicos humanos, mejorar los esfuerzos de monitoreo de la calidad del agua existentes y aumentar la
conciencia de los posibles riesgos para la salud asociados con el uso recreativo de James River.

Palabras clave: James River, Virginia, ecosistema de río urbano templado, industria, patógeno, enfermedad transmitida por el
agua

Introducción
James River es un ícono histórico, cultural y económico en
América del Norte [1] y uno de los afluentes más grandes de la
Bahía de Chesapeake. El ecosistema del río James alguna vez
proveyó servicios de aprovisionamiento y transporte para los
primeros estadounidenses y colonos europeos, y el río ha sido
caracterizado más recientemente como el motor económico de
Virginia porque admite múltiples servicios económicos como la
industria, el comercio y la recreación. La cuenca hidrográfica del
río James es el hogar de más de 25 millones de habitantes de
Virginia, y su uso de la tierra es: 71% de bosques, 16% agrícolas,
5% urbanos y 8% otros [2]. En la cuenca, hay más de 1500
fuentes puntuales autorizadas para descargar contaminantes de
emisarios municipales e industriales, OSC y plantas de
tratamiento de aguas residuales envejecidas / defectuosas (datos
obtenidos del Departamento de Calidad Ambiental de Virginia a
través de la Ley de Libertad de Información). El río también
recibe contaminantes de fuente no puntual que se derivan de la
escorrentía urbana, agrícola, de vida silvestre y de transporte. Los
contaminantes incluyen sedimentos, nutrientes (especialmente
nitrógeno y fósforo), PBT y no PBT [3], así como patógenos
capaces de causar enfermedades y WBDO. De hecho, en los
Estados Unidos, los WBDO están aumentando exponencialmente
[4], y la posibilidad de transmisión de enfermedades es
especialmente alta en James porque sus playas y aguas son muy
accesibles para recreación (natación, kayak, navegación fluvial) y
educación ( especialmente campamentos de verano para niños).
Aunque existen métodos disponibles para evaluar la abundancia
de algunos de los agentes patógenos más comunes, cada
patógeno debe examinarse por separado, y existen pocos
métodos disponibles que consideren el riesgo de múltiples
patógenos simultáneamente. La secuenciación de alto
rendimiento es un método independiente del cultivo que
proporciona información sobre organismos epidemiológicamente
relevantes que podrían mejorar los esfuerzos para prevenir,
controlar y predecir mejor las OMPH, mejorando así la salud
pública [5]. Las prácticas actuales de monitoreo recreativo del
agua (por ejemplo, E coli y pruebas de coliformes) sirven solo
como indicadores gruesos de contaminación potencial y brindan
poca información sobre la diversidad, fuente, ecología o
evolución de los organismos que causan WBDO. Los métodos
metagenómicos utilizados en el campo incipiente de la genómica
de salud pública podrían ayudar a abordar estas cuestiones, pero
los estudios hasta ahora se han centrado estrechamente en la
microbiota oral, nasal, gástrica y vaginal y su papel en la salud
humana. En algunas ocasiones, las técnicas metagenómicas se
han utilizado para detectar la presencia de patógenos específicos
en el medio ambiente, como coliformes, Mycobacterium
tuberculosis, Salmonella enterica subsp. enterica y Vibrio
cholerae [6-9]; sin embargo, tales enfoques son tediosos, caros o
simplemente poco prácticos para su uso en programas de
monitoreo de rutina, y por lo tanto este tipo de evaluación no ha
encontrado una amplia aplicación en la escala ecogenómica más
amplia. Este informe es la primera entrega del Proyecto James
River Metagenome.
Información del sitio
El segmento de James River cerca del centro de Richmond,
Virginia (EE. UU.) No es de marea dentro de la zona de caída
(Piedmont Upland transita hacia la llanura costera del Atlántico,
Tabla 1). Este sitio tiene relevancia recreativa y de monitoreo.
Esta ubicación ocurre en un área altamente urbanizada, donde la
escorrentía de aguas pluviales transporta contaminantes como
petróleo, sedimentos, productos químicos, metales pesados,
desechos de mascotas y fertilizantes para el césped directamente
al río. James River atraviesa más de 700 km2 de superficie
impermeable entre Lynchburg y Richmond. A lo largo de esta
distancia, los sitios de construcción, las centrales eléctricas, los
sistemas de alcantarillado defectuosos y las actividades
industriales contribuyen con cantidades sustanciales de
contaminantes. Además, esta ubicación de muestreo se ve
afectada por las actividades en toda la cuenca aguas arriba,
especialmente en las grandes ciudades de Charlottesville y
Lynchburg. Por ejemplo, entre Richmond y Lynchburg, hay 170
sitios de descarga industrial activos y 92 fuentes que pueden
descargar directamente en el río James sin tratamiento previo. La
porción muestreada de James River está próxima a numerosos
puentes altamente transitados y aguas abajo de un gran parque
urbano con abundante fauna ribereña y acuática (por ejemplo,
tortugas, patos, gansos, garzas, anfibios y reptiles). La ciudad de
Richmond tiene uno de los sistemas CSO más grandes en la costa
este, y nuestra estación de muestreo se ve afectada por la
descarga de 19 OSC a 10 km. Este segmento del río se ha incluido
en la Lista de buques deteriorados del estado para coliformes
fecales durante más de una década y, aunque el gobierno regula
solo ciertas TMDL bacterianas, hay pruebas suficientes para
suponer que el agua está deteriorada con respecto a otros
contaminantes según el Ley de agua limpia [10]. El Departamento
de Salud de Virginia también tiene un aviso de consumo de
pescado de larga data para esta sección del río debido a los
niveles elevados de PCB.
Tabla 1 Información del estudio
Caracterizamos un metagenoma del Río James no mareal cerca de
Richmond, Virginia. Este estudio de río independiente se concibió
para investigar el potencial del análisis metagenómico ambiental
en la salud pública, y comenzó con una muestra recogida en
septiembre de 2012, cuyo análisis se presenta en este informe.
Usamos MG-RAST [11], MEGAN [12] y RDP [13] para categorizar
los datos de secuencia e identificar taxones que contribuyen a la
ecología de este ecosistema fluvial a fin de comprender mejor
cómo los consorcios microbianos responden a la urbanización,
contaminación y otras influencias antropogénicas. Se accede a los
datos en NCBI y MG-RAST (Tabla 1).
Información de muestra
El muestreo de James River tuvo lugar el 21 de septiembre de
2012 durante un mes históricamente típico de finales de verano
cuando no se produjeron sequías ni precipitaciones excesivas.
Dentro de las dos semanas anteriores a la recolección de la
muestra. Esto minimizó los efectos potenciales de las condiciones
meteorológicas adversas y las aportaciones de las OSC. En el
momento de la recolección, los parámetros fisicoquímicos de la
columna de agua fueron: 21,9 ° C, 79 mg L-1 de oxígeno disuelto,
8,4 pH, 86 m3 s-1 de descarga, 9,7 FNU de turbidez, 250 CFU 100
ml-1 coliforme fecal, y 175 CFU 100 ml-1 E. coli. Estos
parámetros, aunque no son prístinos, indican que el agua no se
vio afectada en el momento de la recolección de muestras de
acuerdo con la Ley de Agua Limpia [10] y los estándares estatales
de calidad del agua.
Preparación de la muestra
Se recogió agua (20 L) vadeando hasta la mitad del arroyo,
esperando a que se disipara el sedimento alterado, y luego
insertando un recipiente de recolección limpio en el medio del
agua (0,5 m por debajo de la superficie del agua), volcando para
recolectar y taponando bajo el agua. El agua se mantuvo a
temperatura ambiente durante el transporte al laboratorio (~ 10
min) para su procesamiento inmediato (Tabla 2). Después de
mezclar, se filtró suavemente una submuestra de 3 L a través de
filtros Sterivex ™ de 0,2 μm (Millipore, Billerica, MA) usando una
combinación de gravedad y vacío (200-300 mm Hg). Es posible
que esta presión haya afectado a algunos protistas de cuerpo
blando, lo que limita nuestra capacidad de detectar este grupo.
Los virus libres y algunos eDNA también es probable que hayan
pasado a través del filtro de 0.2 μm.

Etiqueta JREM1 Riffles_WGS JREM1 Riffles_16S Tabla 2 información de la muestra

MG-RAST ID 4532156.3 4631271.3
SRA ID SRR1146621 SRR2124995 Etiqueta Mayo South_WGS Mayo South_16S
Nombre del James River James River bioma 0000088 río 0000088 río
estudio Epidemiological Epidemiological grande grande
Metagenome Metagenome Característica 00000012 00000012
BioProyecto de PRJNA236764 PRJNA236764 Hidrográfico Hidrográfico
NCBI Material 449.393 de agua 449.393 de agua
Pertinencia Ecología, Ecología, dulce dulce
Epidemiología Epidemiología Latitud y longitud 37.527941 N, - 37.527941 N, -
77.436144 W 77.436144 W
Distancia vertical 0,5 m 0,5 m
INFORMACIÓN DE SECUENCIACIÓN DE METAGENOMA Ubicación Rio James, Virginia Rio James, Virginia
geográfica
Historia del proyecto Metagenome fecha y hora de 21 de Sep de 2012; 21 de Sep de 2012;
recogida 14:00 h (EST) 14:00 h (EST) inserción de la
biblioteca de
secuenciación
Extracción de ADN Longitud promedio 133 292
de lectura
Se aisló el ADN utilizando la extracción de ADN Sterivex ™ Desviación 43 0
estándar para la
PowerWater ™ (MO BIO, Carlsbad, CA) dentro de 2 h de la
longitud de lectura
recogida de acuerdo con las instrucciones del fabricante, un
* Se utilizó una plantilla de ADN de la misma muestra de agua de
procedimiento que incluye enzimas, calor y latidos del grano para
3 L para las bibliotecas WGS y 16S
asegurar la liberación de ácido nucleico a partir de
endosporeforming y Gram bacterias negativas. La calidad del Procesamiento de secuencia
ácido nucleico se verificó mediante el kit de análisis Experion ™
DNA 12 K. El control de calidad para la ejecución WGS se realizó en el
servidor MG-RAST, y el filtrado para amplicones 16S se realizó en
Generación de biblioteca BaseSpace (puntuaciones de calidad ≥30). Después del filtrado de
control de calidad, el metagenoma James River WGS consistió en
La cantidad de ácido nucleico se verificó usando el kit Quant-iT
3,4 × 106 lecturas con una longitud promedio de 133 ± 43 pb
DNA (Life Technologies, Grand Island, NY), y se ajustó a 50 ng μL-
(Tabla 2) y la biblioteca de amplicones 16S rDNA constaba de 3.9
1 antes de la preparación de la biblioteca WGS usando el kit Ion
× 106 lecturas con una longitud promedio de 292 ± 0 pb (Tabla
Plus Fragment Library (Life Technologies, Grand Island, NY ) Para
4).
evaluar alternativamente la diversidad taxonómica de la
comunidad microbiana, se realizó una biblioteca que se dirigió al Tabla 4 Procesamiento de secuencia
gen bacteriano 16S rRNA; se realizaron cuatro bibliotecas de PCR
de fusión replicadas dirigidas a 16S [14] usando la misma Etiqueta Riffles_WGS Riffles_16S
muestra de ADN que el metagenoma de escopeta. Los amplicones Herramienta (s) utilizada (s) MG-RAST BaseSpace
se cuantificaron usando Bioanalyzer y se agruparon en para el control de calidad
cantidades equimolares antes de la secuenciación. Número de secuencias 0.61 × 106 0.18 × 106
eliminadas por QC
Tecnología de secuenciación Número de secuencias que 3.45 × 106 3.93 × 106
aprobaron QC
La secuenciación de la biblioteca WGS se realizó utilizando la Número de repeticiones 0.13 × 106 NA
artificiales
plataforma de secuenciación de semiconductores IGM Ion
Torrent (Life Technologies, Grand Island, NY), el kit de
secuenciación Ion PGM ™ 200 y un chip 318. La ejecución generó Procesamiento metagenome
datos de 0.61 Gb (Tabla 3). La biblioteca dirigida 16S generó
datos de 1.15 Gb de un carril de 1 × 300 bp en MiSeq (Illumina, No se realizó ningún ensamblaje para ninguno de los conjuntos
San Diego, CA). de datos (Tabla 5).

Tabla 3 información de la biblioteca Tabla 5 Estadísticas de Metagenome

Etiqueta Riffles_WGS Riffles_16S Etiqueta JREM1 JREM1

etiqueta de la Mayo del Sur Mayo del Sur Riffles_WGS Riffles_16S
muestra Bibliotecas utilizadas Riffles_WGS Riffles_16S
método de Mobio Sterivex ™ Mobio Sterivex ™ Herramienta (s) de montaje NA NA
preparación de la PowerWater ™ Kit PowerWater ™ Kit utilizada
muestra de ADN de ADN * Número de contigs después NA NA
preparación de la kit de iones Plus 16S fusión PCR [ del montaje
biblioteca Fragmento 14 ] Número de singletons NA NA
Biblioteca después del ensamblaje
plataforma (s) Ion Torrent PGM Illumina MiSeq longitud mínima de contig NA NA
secuenciación Bases totales ensambladas NA NA
química de PGM Secuenciación MiSeq Reactivo Kit Contig n50 NA NA
secuenciación 200 Kit (318 chip) versión 3 (600 % de secuencias ensambladas NA NA
ciclos PE) Medida para% ensamblada NA NA
tamaño de 0.61 1.15 Anotación Metagenome
secuencia (GBP)
Número de 4,07 × 106 4.11 × 106 Los datos de secuencia de escopeta se analizaron usando
lecturas
herramientas bioinformáticas en el servidor MG-RAST para
Pares del N/A vacío
compañero o predecir las funciones de rDNA, gen y proteína. El análisis de MG-
extremos RAST se realizó utilizando el algoritmo de anotación BLAT [15]
emparejados contra la proteína Db M5NR usando parámetros
Tamaño de 150 - 250 300 predeterminados. Se analizaron secuencias de amplicón de rDNA
16S dirigidas de al menos 100 pb usando la aplicación Illumina
16S Metagenomics (v1.0.0) para la clasificación taxonómica
usando una versión curada por Illumina del Db taxonómico
Green-Genes de mayo de 2013 y configuraciones
predeterminadas (Tabla 6).
Tabla 6 Parámetros de anotación
Etiqueta JREM1 Riffles_WGS JREM1 Riffles_16S
Sistema de MG-RAST Aplicacion
anotación BaseSpace 16S
Metagenomics
(V1.0.0)
Gene llamando Predeterminado Implementación
al programa (FragGeneScan) Illumina de RDP
Algoritmo de predeterminado NA
anotación (BLAT)
Base (s) de M5NR, SEED, KEGG GreenGenes
datos utilizadas
Postprocesamiento
Los datos de secuencia de escopeta de genoma completo se
compilaron y evaluaron utilizando tres métodos (MG-RAST,
MEGAN y crAss [16]). Los gráficos de barras de los recuentos
normalizados de los taxa representativos más altos se
construyeron utilizando la salida MG-RAST con un valor de corte
de ee-5, 60% de identidad y una longitud de alineación mínima
de 30. La similitud metagenómica comparativa se cuantificó entre
el río James y 17 otros juegos de lecturas metagenómicas MG-
RAST putativamente similares, públicamente disponibles
(4532156.3, 4440411.3, 4440413.3, 4440423.3, 4441132.3,
4441590.3, 4442450.3, 4467029.3, 4467420.3, 4467059.3,
4494863.3, 4516288.3, 4534334.3, 4534338.3) utilizando el
análisis de coordenadas principales (M5NR Db , valor de corte de
e -5, identidad del 60%, datos normalizados mediante el
procedimiento de normalización predeterminado de MG-RAST,
longitud mínima de alineación de 15 pb). Se compararon los
aspectos funcionales del metagenoma del río James WGS con
otros 13 metagenomas acuáticos en MG-RAST (2 muestras
grandes de ríos, 4 lagos, 3 acuicultura, 2 lodos y 2 bahías de
Chesapeake) usando el análisis de coordenadas principales
(Subsistemas Nivel 1, e- valor de corte 1e-5, 60% de identidad,
datos normalizados usando el procedimiento de normalización
predeterminado y una longitud de alineación mínima de 15
aminoácidos) y KeggMapper (valor de corte e 1e-5, 60% de
identidad, longitud mínima de alineación de 15 aminoácidos) .
Antes de un BlastN local, las lecturas de WGS <50 pb se
eliminaron y la calidad se redujo a ≥ Phred 20 utilizando
Genomics Workbench (CLCbio, Cambridge, MA). BlastN se realizó
localmente utilizando los datos genómicos de escopeta filtrada
con calidad y tamaño contra la referencia NCb-nt Db usando las
condiciones predeterminadas de megablasto. El informe Blast
resultante se analizó luego usando MEGAN (ver 4.70.4) y arrojó
un "perfil de especie" taxonómico. Para comparar la similitud
genética del metagenoma de James River WGS con otros
metagenomas de WGS acuáticos, incluidos los que no estaban
disponibles a través de MG- RAST (SRA001012, SRR091234,
SRR063691), el algoritmo crAss [16] se usó para estimar
distancias genéticas basadas en las características de "cross-
contigs" obtenidas por ensamblaje cruzado de todos los
conjuntos de lecturas usando Genomics Workbench con los
siguientes parámetros: desajuste 3, inserción 3, eliminación 3,
fracción de longitud del 50% y fracción de similitud del 90%.
Propiedades metagenómicas
A diferencia de otros metagenomas WGS que exhiben
distribución bimodal de GC [17-20], este metagenoma de James
River exhibió un pico unimodal (WGS: 49 ± 9% y 16S: 51 ± 2%),
dentro del rango observado y sugerido como agua dulce sello
distintivo (46-65% [18]). El metagenoma 16S objetivo
proporcionó aproximadamente el mismo número de lecturas que
el análisis WGS y un orden de magnitud menor número de CDS y
asignaciones funcionales (Tabla 7).
Tabla 7 Propiedades de metagenoma
Etiqueta JREM1 JREM1
Riffles_WGS Riffles_16S
Número de contigs NA NA
GBp 0,61 1,15
Número de características 3.13 × 106 3.53 × 106
identificadas
CDS 2.16 × 106 2.47 × 105
ARNr 436.985 56.138
Categorías funcionales 914,799 7,299
CDS con COG 1.50 × 106 1.091
CDS con el subsistema SEED 2.50 × 106 146.907
Diversidad alfa 316 20
Diversidad taxonómica
Las lecturas resultantes de James River WGS fueron asignadas
abrumadoramente al dominio Bacteria (97.5% por MG-RAST,
97.7% por Blast), Eukaryota representó el 2% de las asignaciones
(MG-RAST y Blast), y las lecturas asignables restantes fueron
Archaea ( 0.3% por MGRAST, 0.1% por Blast) y virus o plásmido
(0.2% por MG-RAST, 0.07% por Blast). Las lecturas resultantes
de la biblioteca 16S fueron bacterianas (95.5%) y virales (4.5%,
un contaminante de control de secuenciación [21]). La taxonomía
basada en proteínas predichas y genes de ARNr (MG-RAST)
generalmente reflejaban los principales taxones predichos por
BlastN (MEGAN). Los perfiles taxonómicos de los principales
grupos bacterianos basados en lecturas WGS y lecturas 16S
(Tabla 8) fueron en gran parte concurrentes, en consonancia con
otras investigaciones en las que se compararon datos WGS y 16S
[17, 22]. Las principales diferencias entre los perfiles
taxonómicos basados en amplicones de WGS y 16S rDNA
asignados a clase fueron citophagia (7.3% en la biblioteca WGS y
no detectada en la biblioteca 16S), Chlorobia (0.2% en la
biblioteca WGS y no detectada en la biblioteca 16S ), y Synergistia
(0% de WGS y 0.5% de lecturas de 16S).
Nuestro análisis detectó grupos de bacterias que en parte
coincidían con lo que esperábamos en base a una comprensión de
la ecología del río, y las clasificaciones a la familia se ajustaron
estrechamente a los grupos centrales detectados en otros
sistemas acuáticos de agua dulce [22-25]. El análisis también
implicó a grupos industriales y epidemiológicamente relevantes
adicionales que probablemente sean importantes en este alcance
de James River. Más de la mitad de las secuencias bacterianas
detectadas tanto por el WGS como por los métodos 16S fueron
Proteobacteria (Betaproteobacteria) y, dentro de este grupo, los
taxones más abundantes se encontraron dentro de las
Comamonadaceae. En el análisis WGS, los géneros más
numerosos en las Comamonadaceae fueron Acidovorax
(oxidantes de hierro, degradadores de nitrotolueno y patógenos
de plantas que representaron el 10% de las lecturas bacterianas
asignadas por WGS y el 0.8% de las lecturas bacterianas 16S),
Polaromonas (6% de WGS bacteriana lee y <0.1% de lecturas
bacterianas 16S). Las Polaromonas estaban dominadas por dos
grupos capaces de degradar hidrocarburos aromáticos
policíclicos, PAH, previamente detectados en sedimentos de agua
dulce contaminados con alquitrán de hulla [26]. Otros grupos
prominentes en esta familia identificados por WGS fueron
Albidiferax, que son reductores de hierro (3% WGS lecturas
bacterianas y 0% 16S), y Variovorax, que son biodegradadores de
diversos compuestos biogénicos naturales, así como numerosos
contaminantes antropogénicos (3% WGS bacteriana lee y 0.6%
de las bacterias 16S). El análisis 16S identificó géneros
adicionales en Comamonadaceae incluyendo Limnohabitans
(12% de lecturas bacterianas 16S), Hydrogenophaga (3% de
lecturas bacterianas 16S) y Rubrivivax (1% de lecturas
bacterianas 16S), cada uno de los cuales se observó en <0.01% de
los datos de bacterias WGS. El siguiente grupo de proteobacterias
más abundante fue Burkholderiaceae, representado por
Polynucleobacter necessarius (5% de lecturas bacterianas WGS y
2% de lecturas 16S), un ubicuo bacterioplancton de agua dulce y
protozoo endosimbionte, y por Burkholderia (3% de lecturas
bacterianas WGS y 0.1% de 16S lecturas bacterianas), un grupo
que contiene mamíferos y patógenos de plantas y cepas
bacterianas que biodegradan bifenilos policlorados. Tres grupos
de procariotas adicionales estuvieron representados por
recuentos de lectura superiores al 10% en el análisis WGS o 16S:
Actinobacteria (Actinomycetales, principalmente
Streptomycetaceae, Nocardioidaceae, Micrococcaceae y representada en los datos por entre 5 y 1352 lecturas. Poco más
Mycobacterium), Gammaproteobacteria (Chromatiaceae,
Enterobacteriaceae, Pseudomonadaceae patógena y comunes y el resto se asignó a especies terrestres (incluidas las
Vibrionaceae) , y Bacteroidetes (una serie de especies asociadas a
la agricultura dentro de Cytophagaceae, 'Flexibacteraceae' y
Flavobacterium, algunas de las cuales son comunes en los
sedimentos de los lagos de agua dulce y otros comensales
conocidos y patógenos oportunistas de los peces). Las
alfaproteobacterias (particularmente los fijadores de nitrógeno)
constituyeron el 6% de las bacterias WGS y el 3% de las bacterias
en base al análisis 16S. De las 229 OTU identificadas en el
conjunto de datos 16S al nivel de ≥0.01% de abundancia de
lectura, el 22% eran bacterias asociadas con plantas y animales
domesticados, suelos agrícolas o tenían otra relevancia agrícola.
En los análisis WGS y 16S, los cinco grupos más comunes
observados en el metagenoma James River (Proteobacteria,
Bacteroidetes, Actinobacteria, Cyanobacteria y Verrucomicrobia)
representaron el 98% de las lecturas, y se encontraban entre los
grupos más comunes observados en el río Misisipi [22 ]
Los grupos bacterianos que representaron ≈ 1% de lecturas
asignadas en los conjuntos de datos WGS o 16S incluyeron
Deltaproteobacteria (algunos de los cuales se han identificado
recientemente como patógenos), Curvibacter (1% de lecturas
bacterianas: un simbionte de Hydra que fue el más abundante de
todas las lecturas de eucariotas), Delftia (bacterias no
fermentadoras, Gram-negativas del suelo, lodo activado, petróleo
crudo, salmueras de aceite y agua [27], y recientemente se ha
observado en asociación con el uso de dispositivos médicamente
invasivos como endotraqueal tubos [28] y catéteres
intravasculares [29]), Comamonas (una bacteria del suelo
utilizada para tratar el subproducto industrial 3-cloroanilina
[30]; se ha observado que una cepa es la causa de infecciones
bacteriémicas [31]), Alicycliphilus (degrada hidrocarburos
alicíclicos y aromáticos) y Verminephrobacter (simbiontes de
lombriz de tierra). Aunque representaron poco menos del 1% de
las lecturas de 16S, se representó un conjunto diverso de
cianobacterias, predominantemente por especies de
Synechococcus (39% de cianobacterias) y Prochlorococcus (8%
de cianobacterias), que son picoplancton autotrófico
ecológicamente significativo, y aproximadamente incluso
proporciones de lecturas fueron asignadas a Anabaena,
Cyanothece, Nostoc y Synechocystis (cada una ~ 5-7% de
cianobacterias). Aproximadamente 2- 3% de cianobacterias lee
fueron asignados a Acaryochloris, Cyanobium, Gloeobacter,
Microcoleus, Microcystis, y Trichodesmium.
Los eucariotas representaron el 2% de las lecturas con taxonomía
asignada en el análisis del metagenoma de James River WGS
(Tabla 8). La taxonomía central de eucariotas fue casi idéntica a
las detectadas en dos sitios seleccionados a lo largo del río
Mississippi en Minnesota [22]. Sin embargo, la proporción de
lecturas atribuidas a eucariotas en James River fue
considerablemente mayor que la <0.1% de abundancia media de
órdenes no bacterianas en el Mississippi; el aumento del
componente eucariota en James River puede ser en parte
consecuencia de lecturas más largas en el conjunto de datos de
James River (133 pb frente a 100 pb). El metagenoma de James
River WGS exhibió 155 familias eucariotas, cada una
de la mitad de las familias eran flora, fauna u hongos acuáticos
que se encuentran en suelos agrícolas) y organismos que causan
enfermedades en peces, humanos o en la agricultura. Teniendo en
cuenta los taxones eucariotas con una abundancia ≥1000 lecturas
(83% de las lecturas eucariotas), se detectaron los siguientes (en
orden de abundancia de lectura): pólipo de agua dulce (17% de
lecturas), estreptofitos (14% de lecturas), anfibios (13 % de
lecturas, principalmente rana), insectos (7%, principalmente
culicidas, dípteros y lepidópteros), mamíferos (7%, en su mayoría
humanos y ratones), hongos (13%, varias clases principales,
incluidos Saccharomycetes, Sordariomycetes y Eurotiomycetes),
peces teleósteos (3%), algas verdes (3%), nematodos (2%) y
protozoos ciliados (2%). Casi una cuarta parte de las secuencias
eucariotas fueron Chordata, predominantemente anfibios (11%
de lecturas de eucariotas), mamíferos (7% de lecturas de
eucariotas) y, en menor medida, peces (3%) y aves (0.7%). Los
efectos agrícolas terrestres río arriba en el río James se indicaron
mediante coincidencias secuenciales con las plantas de ricino,
remolacha, sorgo, arroz, maíz, bovino, equino, porcino y
galliforme. Los grupos taxonómicos adicionales detectados en un
límite de lectura de ≥100 incluyeron angiospermas, mosquitos,
nematodos y primates (monos humanos y del Nuevo Mundo). La Euryarchaeota (81%), representadas por una gran variedad de
señal para los monos probablemente proviene de una instalación quimioautótrofos y Crenarchaeota (14%). Las lecturas de virus y
exótica de cría y prueba de animales ubicada en el cercano bacteriófagos incluyeron asignaciones a Myoviridae, un tipo de
condado de Cumberland. La instalación cría monos grivet y Caudovirus y Vibriophage, y fueron notables en sus asociaciones
macaco y tiene un permiso (hasta mayo de 2014) para descargar con otros taxones bacterianos y eucariotas detectados. En
hasta 76 × 103 L día-1 de contaminación industrial directamente estudios futuros que emplean métodos de muestreo para
en el río James a 70 km aguas arriba de Richmond (solicitud de capturar mejor virus y fagos, puede ser posible interpretar los
datos op cit.). De manera similar, existen varias instalaciones de registros de fagos y virus como representantes de organismos
acuicultura con permisos de descarga (a mayo de 2014, solicitud bacterianos o eucariotas con los que se conocen asociaciones.
de datos op cit) entre Richmond y Lynchburg, y esto podría
explicar el alto número de casos de enfermedades no autóctonas El análisis comparativo de PCoA del metagenoma WGS de James
de peces y peces. River con otros 13 metagenomas WGS acuáticos accesibles a
través de MG-RAST indicó que James River era similar a las
Como se observó para las secuencias bacterianas, las secuencias muestras del río Misisipi [21, 25], y que estos ríos eran más
de eucariotas reflejaron el alto nivel de uso antropogénico e similares al lodo [32] y la acuicultura estanque [33]
impacto sobre James River, y muchas secuencias de eucariotas se metagenomas que a los metagenomas de los lagos que
asignaron a agentes de enfermedad conocidos o portadores de experimentan floraciones [34] o Bahía de Chesapeake [35], el
enfermedades relevantes para humanos, cultivos alimentarios o cuerpo de agua salino geográficamente proximal en el que se
peces. Los taxones más abundantes con relevancia vacía el río James. El cruce del metagenoma WGS James River con
epidemiológica fueron Apicomplexa (2% de lecturas eucariotas otros metagenomas acuáticos de agua dulce a través de crAss (un
asignadas por WGS), Culicidae (2% de lecturas eucariotas WGS), enfoque que permitió la investigación de metagenomas no
Onygenales (2% de lecturas eucariotas WGS), Trypanosomatidae publicados en MG-RAST) apoyó la interpretación de que el
(1% de lecturas eucariotas WGS), Hexamitidae (0.8% de las metagenoma James River era genéticamente más similar al río
lecturas eucariotas WGS), Vahlkampfiidae (0.7% de las lecturas Mississippi (distancia genética mínima 0.11) más similar a la
eucariotas WGS), Trichomonidae (0.5% de las lecturas eucariotas acuacultura [33] y lodo [32] metagenomas (distancia mínima de
WGS), Sclerotiniaceae (0.5% de las lecturas eucariotas WGS), 0.26 y 0.63, respectivamente) que a las aguas relativamente más
Phytophthora (0.5% de las lecturas eucariotas WGS), prístinas del alto río Amazonas [17] (distancia mínima de 0.74) o
Schistosoma (0,3% de lecturas de eucariotas de WGS) y al lago Lanier [20] ( distancia mínima 0.75).
Trichinella (lecturas de eucariotas de WGS del 0,2%).
Tabla 8 Composición taxonómica de la muestra
Archaea y virus / bacteriófagos representaron ~ 0.2% de las
lecturas asignadas. La mayoría de las lecturas de Archaea fueron
Dominio Filo Clase* JREM1 JREM1
Riffles_WGS Riffles_16S
Archaea 9138
Crenarchaeota Thermoprotei 1246
Euryarchaeota Archaeoglobi 291
Euryarchaeota Halobacteria 1799
Euryarchaeota Methanococci 806
Euryarchaeota Methanobacteria 692
Euryarchaeota ‘Methanomicrobia’ 2425
Euryarchaeota Thermococci 691
Euryarchaeota Thermoplasmata 271
Euryarchaeota no clasificado 377
Thaumarchaeota no clasificado 270
no clasificado no clasificado 115
Bacteria 3420971 3704883
Acidobacteria Acidobacteria 2215
Acidobacteria ‘Solibacteres’ 4191 41
Acidobacteria no clasificado 1743
Actinobacteria Actinobacteria 546521 382055
Aquificae Aquificae 2166
Bacteroidetes Bacteroidia 38414 1306
Bacteroidetes Cytophagia 224023
Bacteroidetes Flavobacteriia 178112 526723
Bacteroidetes Sphingobacteriia 57455 516940
Bacteroidetes no clasificado 7043 6954
Chlamydiae ‘Chlamydiia’ 1621
Chlorobi ‘Chlorobia’ 10540
Chloroflexi Anaerolineae 441 679
Chloroflexi Dehalococcoidetes 836
Chloroflexi Chloroflexi 5898
Chloroflexi Ktedonobacteria 789
 Chloroflexi Thermomicrobia 1342
Cyanobacteria Gloeobacteria 1075
Cyanobacteria Cyanobacteria 25512 32848
Deferribacteres Deferribacteres 937
Deinococcus-Thermus Deinococci 6560 1816

Dictyoglomi Dictyoglomia 513

Firmicutes Bacilli 29929 8601
Firmicutes Clostridia 30400 19916
Firmicutes ‘Erysipelotrichi’ 196
Firmicutes Negativicutes 2278
Firmicutes no clasificado 696
Fusobacteriia Fusobacteriia 2224 837
Gemmatimonadetes Gemmatimonadetes 1484
Nitrospirae ‘Nitrospira’ 1799 1483
Planctomycetes Planctomycetia 12967 49
Proteobacteria Alphaproteobacteria 220054 151267
Proteobacteria Betaproteobacteria 1597220 1225776
Proteobacteria Deltaproteobacteria 36851 9357
Proteobacteria Epsilonproteobacteria 6449 3645
Proteobacteria Gammaproteobacteria 322470 667102
Proteobacteria ‘Zetaproteobacteria’ 632
Proteobacteria no clasificado 6963 12414
Spirochaetes Brachyspirae 385
Spirochaetes Spirochaetia 4917 815
Synergistetes Synergistia 1086 17795
Tenericutes Mollicutes 1478 1697
Thermotogae Thermotogae 2105 1004
Verrucomicrobia Lentisphaerae 1099
Verrucomicrobia ‘Methylacidiphilae’ 722
Verrucomicrobia Opitutae 4479 46474
Verrucomicrobia ‘Spartobacteria’ 2286 678
Verrucomicrobia Verrucomicrobiae 5061 1135
Verrucomicrobia no clasificado 350
no clasificado no clasificado 6087 61031
Eukaryota 66903
Apicomplexa Aconoidasida 885
Apicomplexa Coccidia 443
Arthropoda Arachnida 300
Arthropoda Branchiopoda 606
Arthropoda Insecta 4901
Ascomycota Dothideomycetes 808
Ascomycota Eurotiomycetes 3193
Ascomycota Leotiomycetes 353
Ascomycota Pezizomycetes 119
Ascomycota Saccharomycetes 2579
Ascomycota Schizosaccharomycetes 429
Ascomycota Sordariomycetes 2809
Bacillariophyta Bacillariophyceae 317
Basidiomycota Agaricomycetes 920
Basidiomycota Tremellomycetes 414
Basidiomycota no clasificado 156
Chlorophyta Chlorophyceae 1145
Chlorophyta Mamiellophyceae 1032
Chlorophyta Trebouxiophyceae 299
Chordata Actinopterygii 1986
Chordata Amphibia 7102
Chordata Ascidiacea 264
Chordata Aves 473
Chordata Mammalia 4801
Chordata no clasificado 487
Ciliophora Oligohymenophorea 1052
Cnidaria Anthozoa 1749
Cnidaria Hydrozoa 8973
Echinodermata Echinoidea 348
Hemichordata Enteropneusta 209
Heterolobosea Heterolobosea 440
Ichthyosporea Ichthyosporea 291
 Microsporidia no clasificado 127
Nematoda Chromadorea 1450
Nematoda Enoplea 111
Phaeophyceae no clasificado 347
Placozoa no clasificado 246
Platyhelminthes Trematoda 191
Rhodophyta Bangiophyceae 206
Streptophyta Appendicularia 259
Streptophyta Coniferopsida 253
Streptophyta Isoetopsida 306
Streptophyta Liliopsida 2100
Streptophyta no clasificado 7129
no clasificado no clasificado 3558
Viruses 7684
Other** 3204
complejas a través de escalas espacio-temporales para abordar
este problema.
Diversidad funcional
Tabla 9 Información funcional: Composición de categorías
Los genes asociados con la cromatina, el citoesqueleto, la funcionales (COG)
estructura nuclear y la motilidad celular (Tabla 9) estuvieron
notablemente ausentes, un hallazgo acorde con el hecho de que Categoría COG JREM1
los taxones predominantes en la muestra eran bacterias. Riffles_WGS
Comparados con otros metagenomas acuáticos representativos (% de lecturas)
[22, 32-34], las asignaciones funcionales del Río James, como el Procesamiento y modificación de ARN 0
Río Mississippi, estuvieron en línea con la acuicultura intensiva, Estructura y dinámica de la cromatina 0
Producción y conversión de energía 10
un lago que experimenta floración de algas y lodo, y muy
Control del ciclo celular y mitosis 1
diferente de la Bahía de Chesapeake. Los mapas de la vía Metabolismo y transporte de 11
metabólica KEGG proporcionaron una visión más profunda de las aminoácidos
funciones del ecosistema realizadas por la microbiota del Río Metabolismo y transporte de 4
James. Aunque las vías identificadas más completas se asociaron nucleótidos
con el mantenimiento celular básico (carbohidratos, aminoácidos, Metabolismo y transporte de 5
carbohidratos
lípidos y metabolismo energético), un número sustancial de vías
Metabolismo de la coenzima 4
metabólicas parciales se relacionaron con la biodegradación y el Metabolismo lipídico 5
metabolismo xenobióticos. Múltiples enlaces de reacción fueron Traducción 9
evidentes para las vías implicadas en el procesamiento o la Transcripción 4
degradación de atrazina, benzoato, bisfenol, clorobenceno, Replicación y reparación 6
clorociclohexano, etilbenceno, HAP, naftaleno, nitrotolueno, Pared celular / membrana / sobre 6
tolueno y xileno, muchos de los cuales son PBT. En muchos casos, biogénesis
Cell motility 0
las rutas xenobióticas predichas fueron indicadas por la
Modificación postraduccional, 4
abundancia de enzimas identificadas que superan las 100 recambio proteico, funciones de
lecturas. Por ejemplo, la degradación del tolueno (entrada de acompañante
enzima 3.1.1.45) estuvo implicada en 820 identificaciones de Transporte iónico inorgánico y 4
enzimas, el metabolismo de dioxinas (entrada de enzima metabolismo
1.14.13.1) estuvo implicado por 555 asignaciones de enzimas y la Estructura secundaria 2
Estructura secundaria 2
degradación de benzoato (entrada de enzima 6.2.1.25) estuvo
Predicción funcional general solo 12
implicada por 492 enzimas . Aunque la representación Función desconocida 5
proporcional entre las categorías de SEED no coincidía entre Transducción de señal 3
James y Mississippi Rivers, los enlaces funcionales implicados en Tráfico y secreción intracelular 2
el metagenoma James River, especialmente la abundancia de Estructura nuclear 0
rutas de biodegradación xenobiótica, coincidieron bien con los Citoesqueleto 0
enlaces exhibidos en dos metagenomas del Río Mississippi (St. Mecanismos de defensa 2
Cloud y Twin Cities [22]). Es importante señalar que esto es solo
una instantánea de la respuesta del consorcio microbiano a las
Resultados adicionales
sustancias antropogénicas entregadas a James River. Queda por
determinar qué tan rápido y en qué grado cambia el consorcio; si Este estudio reveló detalles de la función del río como medio para
el río responde a una mayor cantidad de compuestos sintéticos la transmisión de numerosos agentes infecciosos [37-39], y
de forma muy similar a como lo hace el microbioma humano [36], obtuvo una gran cantidad de datos epidemiológicamente
podrían producirse cambios en los taxones y la función en el relevantes. Tanto los procariotas como los eucariotas con
orden de los días. Se necesitan estrategias de muestreo más implicaciones para la salud y la enfermedad fueron revelados por
los resúmenes taxonómicos. Numerosas lecturas de ambas
bibliotecas coinciden con patógenos de plantas y animales de animales tratados y humanos podrían alterar los niveles de
domésticos: el 21% de los 254 taxones principales en la fondo de la resistencia a los antibióticos en el ambiente [44].
biblioteca WGS y el 28% de los 230 OTU superiores en la
biblioteca 16S. Entre los patógenos conocidos humanos, de Tabla 10 Funciones asociadas con resistencia a antibióticos
cultivos alimentarios y de peces se encuentran Agrobacterium
(0.5% de lecturas WGS, 0.2% de lecturas 16S), Bacteroides (0.9% Base de JREM1 Funciones Adhesion Genes
datos Riffles_WG antibiótic es M5NR únicos de
de WGS, 0.01% de 16S), Burkholderia (1.5% de WGS, 0.01% de
S as únicas resistenci
16S) Chromobacterium (0.3% de WGS, 0.2% de 16S), Funciones aa
Comamonas (1.7% de WGS, 0.07% de 16S), Flavobacterium (2% identificad antibiótic
de WGS, 0.4% de 16S), Legionella (0.08% de WGS, 0.01 % de as os
16S), Mycobacterium (1% de WGS, 0.005% de 16S),
Novosphingobium (0.2% de WGS, 0.004% de 16S), especies de GenBan 2.4 × 106 314 60 14
Pseudomonas patógenas (3% de WGS, 1% de 16S), Ralstonia k
IMG 2.5 × 106 302 56 21
(0.7% de WGS, 0% de 16S), Vibrio (0.4% de WGS, 0% de 16S) y
KEGG 2.3 × 106 306 51 14
Enterobacteriaceae patógenas (0.11% de WGS, 0.11% de 16S). PATRIC 2.3 × 106 265 40 7
Además, varias de las cianobacterias (Nostocophycideae, RefSeq 2.6 × 106 338 64 23
Oscillatoriophycideae, Synechococcophycidea) detectadas en esta SEED 1,8 × 106 247 36 10
muestra se han observado en otros estudios metagenómicos de SwissPr 0.4 × 106 2 1 1
floraciones tóxicas [38], y se consideran potencialmente ot
patógenas porque las toxinas que producen en condiciones de TrEMBL 2.4 × 106 322 61 20
floración tienen efectos adversos en ambos Aquati recursos vivos
y humanos. De los 50 eucariotas principales detectados en base a
Las implicaciones de encontrar una variedad tan diversa de
la abundancia de lecturas MEGAN en los datos del WGS, 6 fueron
especies patógenas en aguas recreativas son profundas e indican
parásitos o patógenos conocidos de humanos, plantas y animales;
la utilidad de un enfoque metagenómico para la detección
notablemente Trichodina, Leishmania, Trypanosoma,
temprana y prevención de WBDO. Sin embargo, hay una serie de
Plasmodium, Naegleria, y Botryotinia.
advertencias a considerar con respecto al conjunto de datos y
Del 2% de lecturas reveladas por MG-RAST para asociarse con los análisis actuales. Primero, estas asignaciones no necesariamente
mecanismos de defensa del COG (Tabla 9), 78% fueron para implican que los organismos predichos estaban vivos porque el
resistencia a múltiples fármacos y 5% fueron específicamente análisis se basó en ADN, no en ARN, y el ADN podría provenir de
para resistencia a antibióticos (Tabla 10), que representan 13 células muertas y / o organismos latentes de un evento de
genes diferentes de resistencia a antibióticos. Estos hallazgos son contaminación previo. En segundo lugar, las asignaciones
consistentes con el trabajo de otros [40] donde se aislaron dependen de la rigurosidad de los ajustes de alineación y, debido
bacterias resistentes a antibióticos de muestras de agua dulce de a que los genomas de los organismos causantes de enfermedades
16 ríos de EE. UU. En 22 sitios, y estudios que muestran altos generalmente se estudian y notifican más minuciosamente que
niveles de resistencia a antibióticos en ríos en el Reino Unido los genomas de organismos de vida libre, la prevalencia de
[41], China [42], India [43] y Cuba [44]. La detección de genes de asignaciones de patógenos puede estar sesgada debido al exceso
resistencia a antibióticos no es necesariamente sorprendente, de representación de genomas patógenos en las bases de datos.
dado que tantos organismos naturales muestran resistencia [45]; En otras palabras, algunas de estas asignaciones pueden ser
sin embargo, trabajos recientes en el río Hudson [46] organismos no patógenos que nunca se han secuenciado pero que
documentaron una corrección positiva entre los recuentos del están relacionados con patógenos altamente estudiados de
Enterococcus indicador fecal y los niveles de bacterias humanos, peces o cultivos. Finalmente, la muestra es solo una
resistentes, y demostraron una fuente asociada de animales instantánea, ya que fue recolectada de un solo segmento de James
cultivados con aguas residuales compartidas. Además, el estudio River en un solo día; por el contrario, uno podría especular que
de los ríos chinos [42] detectó un gen sintético de resistencia a la algunos de los grupos patógenos detectados que no se observan
ampicilina originado en el vector plasmídico en muestras de seis comúnmente en América del Norte pueden ser una señal de
ríos, encontrándose niveles más altos en hábitats que reciben globalización y una indicación del cambio demográfico de la
más desechos no tratados. Este plásmido sintético tiene una serie población humana de Richmond.
de aplicaciones industriales y agrícolas, y existe una gran
Además de las ramificaciones epidemiológicas de este conjunto
posibilidad de descarga incontrolada al medio ambiente.
de datos metagenómicos, la novedosa información ecológica que
Alternativamente, la resistencia a los antibióticos puede
proporciona es notable. Por ejemplo, otros investigadores que
transferirse a otros miembros del consorcio fluvial mediante
han estudiado los consorcios microbianos de los ríos han llegado
otros procesos genéticos. La resistencia a los antibióticos ha sido
a la conclusión de que los microbios de los ríos en general son
llamada una de las crisis de salud pública más apremiantes y
comparables a los consorcios de los lagos [17, 48, 49] y
urgentes del mundo [47], y nuestro trabajo, combinado con los
esperábamos resultados similares. Además, esperábamos
estudios citados anteriormente, sugiere que el agua del río puede
observar una serie de secuencias que reflejaban un "Microbial
servir como un reservorio o incubadora significativa para genes
Loop" [50] como se ilustra para otro sistema acuático [51],
de resistencia a antibióticos, donde las entradas de los desechos
dominado por bacterias heterótrofas e incluyendo
representantes de cianobacterias y algas, protozoos, zooplancton
(especialmente nematodos y cladóceros), insectos y vertebrados. regularmente en el sistema de alcantarillado. De manera similar,
De hecho, ambas expectativas fueron apoyadas, y observamos la ocurrencia de tantos tipos diferentes de degradadores de
que aproximadamente la mitad de las asignaciones de lectura hidrocarburos es probablemente una señal de escorrentía de
más abundantes correspondían a microbios identificados como fuentes no puntuales ferroviarias y automotrices además de las
ecológicamente significativos en lagos [23], se ajustaban a los descargas permitidas de hidrocarburos y otras fuentes puntuales.
patrones funcionales microbianos esperados [50] y Cualesquiera que sean las fuentes, esta instantánea
correspondían a los grupos principales de microbios de agua metagenómica indica que una gran parte de los servicios
dulce previamente descritos y resumidos [24] a saber: ecológicos proporcionados por microbios de James River están
ultramicrobacterias (compuestas por tres grupos relacionados con la biodegradación de compuestos introducidos
Polynucleobacter y otras Betaproteobacteria, acI Actinobacteria y antropogénicamente.
ciertas Alphaproteobacterias), heterótrofos oportunistas,
fotótrofos y bacterias filamentosas. También, como era de Tabla 11 Papeles putativos de las OTU bacterianas y eucarióticas
esperar, la especie más comúnmente observada en las lecturas más abundantes
comentadas del metagenoma James River fue Polynucleobacter,
que corresponde a otros informes de gran bioma fluvial [22, 25]. JREM1 JREM1
Riffles_WGS Riffles_16S
Del mismo modo, una gran proporción de los procesos
Rol putativo % OTUs lecturas % OTUs lecturas
metabólicos detectados correspondía al ciclo microbiano
Bacteria
"natural". Curiosamente, el análisis taxonómico y funcional Vida libre común 52 1072474 68 283263
también reveló que un gran componente del consorcio 7
microbiano James River está procesando un conjunto diverso de Degradantes de la 22 484716 10 90537
sustancias antropogénicas, proporcionando especialmente una contaminación
referencia de referencia para investigar la variabilidad natural y Residuos de lodos, 12 133200 9 184336
industriales y
la función de las bacterias que procesan hidrocarburos
médicos
aromáticos policíclicos, un grupo de microbios que están en gran Patógenos 14 297920 12 132914
parte inexplorados en las aguas de esta región. Como se observó (humanos,
para el río Mississippi superior [22, 25], los taxones cultivos y peces)
representados en el metagenoma del río James se vincularon a Eucariota
los variados efectos antropogénicos que van desde urbano, Vida libre común 52 3468 - -
suburbano e industrial, a la tierra forestal y la agricultura (Tabla Terrestre / 33 1123 - -
agricultura /
11). Llama la atención que casi la mitad de los grupos bacterianos
acuicultura
dominantes (48% de las 50 especies principales identificadas por Patógenos 14 261 - -
WGS, 31% de las principales OTU identificadas por 16S) (humanos,
estuvieron asociadas con la degradación de contaminantes y PBT, cultivos y peces)
lodo y otros materiales biológicos de desecho, o patogenicidad. Al - no examinado
menos 11 grupos de procariotas diferentes comúnmente
asociados con la biorremediación se indicaron como presentes en Conclusiones
los 50 grupos principales; los más numerosos entre estos fueron
los degradadores de dicloroetano, hidrocarburos clorados y Este primer informe publicado de todo el genoma del icónico río
poliaromáticos, metil terc-butil éter y PCB, representados por James se encuentra entre los pocos informes de metagenoma
Polaromonas, Acidovorax, Nocardioides y Burkholderia. Se existentes para grandes biomas fluviales. Los ríos proporcionan
indicaron otras siete especies comúnmente utilizadas en la numerosos servicios ecosistémicos para los seres humanos y
producción a escala industrial de metales, antibióticos y somos especialmente dependientes de ellos para el suministro de
espinosinas (incluidos los géneros Delftia, Cupriavidus y agua dulce y el saneamiento. Este análisis de metagenoma ilustra
Saccharopolyspora). Es notable que, aunque representaron que las comunidades centrales de bacterio y eukaryoplankton
menos asignaciones, decenas de miles de visitas implicaron la planctónicas de agua dulce de esta parte no mareal de James
presencia de bacterias conocidas por procesar disruptores River reflejan de cerca el río Mississippi superior [22, 25], las
endocrinos tales como BPA (por ejemplo, Rhodococcus [52] y cuales difieren de los sistemas de lagos estudiados de manera
Sphingomonas [53]). Un conjunto tan diverso de indicadores de similar. Este metagenoma proporciona evidencia de que existe
efluentes industriales implica un fuerte impacto en este alcance una respuesta del consorcio fluvial a la contaminación
del Río James por desechos industriales y médicos. Sin embargo, antropogénica e ilustra que los miembros epidemiológicamente
en cuanto a los patógenos predichos, el conjunto de datos relevantes del consorcio microbiano James River no son un
presente, derivado de WGS, no proporciona una determinación componente trivial del ecosistema e incluyen organismos con
definitiva de si estos microbios eran componentes activos del genes para la resistencia a antibióticos, que recientemente se ha
ecosistema del río James o si representan algunas poblaciones documentado ser un componente importante del microbioma
transitorias introducidas por la escorrentía u otros procesos humano [54]. Sin embargo, no todas las cepas en los géneros
hidrológicos . El ensamblaje de microbios relacionados con la patogénicos detectados son patógenos humanos o agrícolas, y
industria y la medicina podría ser una consecuencia del hecho de una limitación de este estudio es que los marcadores patógenos o
que la ubicación de la muestra está cerca de las OSC, lo que indica virulentos asociados con los organismos encontrados por
que los microbios o los sustratos que metabolizan se eliminan secuenciación no se evaluaron adicionalmente mediante ensayos
de PCR. Además, debido a que los hallazgos actuales se basan en
un muestreo limitado, no se pueden hacer generalizaciones con
respecto a las distribuciones espacio-temporales de las
comunidades macro y microbianas indicadas. Un conocimiento
más profundo de las interacciones asociadas y las posibles
implicaciones ecológicas y ambientales requieren estudios más
sólidos con muestreos intensivos a lo largo de la cuenca; Tal
enfoque mejorará nuestra comprensión de la ocurrencia, las
interacciones y, en última instancia, las funciones de estos
microbios, informando los esfuerzos de gestión y restauración. El
análisis ecológico y epidemiológico combinado ilustra que un
enfoque metagenómico es apropiado para abordar los desafíos en
la identificación de fuentes de contaminación y establecer
métricas de riesgo acumulativas, y demuestra el tremendo
potencial de los enfoques ecogenómicos que, cuando se aplican
en el espacio y el tiempo, pueden ser una herramienta valiosa
para epidemiología: específicamente para controlar la presencia,
el movimiento y la evolución simultáneos de agentes de la WBDO,
incluidas bacterias, cianobacterias, virus y eucariotas. Este y
otros estudios deberían permitir a los organismos de salud
identificar mejor los riesgos de salud específicos del organismo y
mejorar los esfuerzos de prevención de enfermedades
transmitidas por el agua.
Abreviaciones
BPA: bisfenol A; CSO: desbordamiento de alcantarillado
combinado; Db: Base de datos; FNU: unidad nefelométrica de
formacina, una medida de turbidez nefelométrica; M5NR: base de
datos de proteínas no redundante M5; PBT: toxinas
bioacumulativas persistentes; PCB: bifenilo policlorado; TMDL:
carga diaria máxima total; WBDO: brotes de enfermedades
transmitidas por el agua.
Conflicto de intereses
Los autores declaran que no tienen intereses en conflicto.
Contribuciones de los autores
BLB concibió el estudio, realizó el muestreo, la extracción de
ADN, llevó a cabo los estudios de genética molecular, participó en
la alineación de la secuencia y redactó el manuscrito. RVL
participó en el diseño del estudio, la selección del sitio y
proporcionó información epidemiológica. RBF participó en el
diseño del estudio, la secuenciación y el análisis de resistencia a
los antibióticos. MCR participó en el análisis de alineación de
secuencias y bioinformática. FMC participó en el diseño del
estudio y análisis protist. HLE participó en análisis
bioinformáticos y alineamiento de secuencias. VG asistido con
superficie impermeable, análisis de datos y figuras. KPK
proporcionó análisis de datos, bioinformática y anotación. TLK
realizó algunas secuencias y análisis estadísticos. Todos los
autores leyeron y aprobaron el manuscrito final.
Expresiones de gratitud
Este trabajo fue apoyado por el Departamento de Biología de la
Universidad Commonwealth de Virginia y por GenEco, LLC,
Richmond, Virginia. La Subdivisión de Ecología Acuática del
Centro de Ciencias Leetown del Servicio Geológico de EE. UU.
Proporcionó financiación parcial para la secuenciación 16S. Este
documento es la contribución # 56 del VCU Rice Rivers Center.
Los Jeffress Trust Awards en Interdisciplinary Research apoyaron
parcialmente la contribución de M.C. Rivera. Los autores
agradecen a Arthur Butt y Roger Stewart del Departamento de
Calidad Ambiental de Virginia por responder a nuestra solicitud
de Ley de Libertad de Información y proporcionar datos
relacionados con James River y sus usos, Blair Krusz del
Departamento de Conservación y Recreación de Virginia para
asistencia con el mapeo y Robin Johnson del Servicio Geológico
de los Estados Unidos Leetown Science Center para apoyo de
secuenciación. Los autores agradecen a Michael Sadowsky,
Christopher Staley y Trevor Gould por compartir las accesiones
secuenciales del río Mississippi. Los autores también aprecian la
valiosa información proporcionada por dos revisores anónimos, y
agradecen a John Miller y Aaron Aunins en el Servicio Geológico
de los Estados Unidos, Leetown Science Center por la revisión
crítica de este informe. El uso de nombres comerciales, de
productos o de firmas no implica el respaldo del gobierno de EE.
UU.
Detalles del autor
1 Departamento de Biología, Virginia Commonwealth University,
1000 W Cary Street, Richmond, VA 23284, EE. UU. 2 División de
Epidemiología Ambiental, Departamento de Salud de Virginia,
109 Governor Street, Richmond, VA 23219, EE. UU.
Departamento de Microbiología e Inmunología, Virginia
Commonwealth University, 1101 East Marshall Street, Richmond,
VA 23298, EE. UU. 4 Escuela de Ciencias de la Vida, Virginia
Commonwealth University, 1000 W Cary Street, Richmond, VA
23284, EE. UU. 5 Departamento de Conservación y Recreación de
Virginia, Conservación del suelo y el agua, 600 East Main Street,
Richmond, VA 23219, EE. UU. 6Argonne National Laboratory,
Biosciences Division, 9700 South Cass Avenue, Argonne, IL
60439, EE. UU. 7US Geological Survey, Aquatic Ecology Branch,
Leetown Science Center, 11649 Leetown Road, Kearneysville, WV
25430, EE. UU.
Recibido: 26 de enero de 2015 Aceptado: 19 de agosto de 2015