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I) Le noyau
1) Introduction
- Le noyau occupe environ 10 % du volume cellulaire total.
- Il est délimité par une enveloppe formée de deux membranes concentriques percées de
pores.
- L'enveloppe est emprisonnée entre deux réseaux de filaments intermédiaires.
- Le noyau peut être observé au MET et c'est par cryofracture que l'on distingue mieux les
éléments : ribosomes, microfilaments et microtubules fixés sur la membrane externe, lamina
sur la membrane interne.
- La présence du noyau différencie les cellules procaryotes des cellules eucaryotes.
- Le noyau contient le matériel génétique sous forme d'un ensemble de chromosomes (2 m de
double hélice d'ADN). Au cours des différentes phases de la mitose et de la méiose, le noyau
change de forme et de volume.
- Le matériel nucléaire peut être isolé par lyse cellulaire puis, par centrifugation.
- Les noyaux sont directement accessibles à la micromanipulation.
2) L'enveloppe nucléaire
- L'enveloppe nucléaire est constituée d'une double membrane lipidique comportant de
nombreuses protéines.
- Elle comporte des pores nucléaires, enchâssés dans une structure protéique volumineuse de
125 millions de daltons, constituée de plus de 100 protéines.
- Les deux membranes, externe et interne, délimitent un espace de 10 à 50 nm.
- La lamina est formée de protéines fibrillaires interagissant à la fois avec la membrane
interne, la chromatine et les complexes du pore nucléaire.
2.1.) Les lipides et dérivés de lipides
- La composition en lipides : 10 % de cholestérol, 55 % de phosphatidyl choline, 20 % de
phosphatidyl éthanolamine.
- La membrane est étanche, mais fluide.
2.2.) Les protéines
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- Il y a deux fois plus de protéines que de lipides ; ces protéines sont essentiellement celles qui
constituent les pores nucléaires.
3.2) Composition
- On distingue, du cytoplasme vers le nucléoplasme :
- Un anneau cytoplasmique de 32 MDa auquel sont rattachées 8 fibrilles courtes.
- Un anneau nucléoplasmique de 21 MDa auquel est rattachée une sorte de panier
formé de 8 filaments se rassemblant en anneau
- Une structure centrale de 55 MDa de la taille d'un ribosome et formé de 8 domaines
répétés.
- Cette structure, de symétrie d'ordre 8, est retrouvée conservée chez tous les eucaryotes.
- Les karyophérines forment trois classes de protéines : les importines, les exportines et les
transportines.
- En présence de RanGTP, les exportines fixent les transporteurs, et les importines relâchent
les transporteurs.
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4. Recyclage vers l'extérieur : retour dans le cytoplasme des importines et des Ran.
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4) La lamina nucléaire
- La lamina est un treillis de filaments intermédiaires qui double la face interne de la
membrane nucléaire, les lamines.
- Elle fait de 10 à 20 nm d'épaisseur.
- La lamina stabilise l'enveloppe nucléaire dans son volume et dans sa forme et est en
interaction avec à la fois la membrane, mais aussi la chromatine.
- Les lamines qui la composent ont un PM de 70 000. Elles font partie de la famille des
protéines des filaments intermédiaires.
- Elles contiennent un signal de transport nucléaire, un domaine d'interaction avec
l'enveloppe, un domaine de liaison avec la chromatine et un site de phosphorylation.
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5) La matrice nucléaire
- C'est un réseau de protéines filamenteuses insolubles que l'on peut isoler après délipidation
du noyau en présence de détergent et après dégradation de l'ADN et de l'ARN.
- Elle permettrait la structuration du matériel nucléaire.
II) Le nucléole
- C'est une structure localisée dans le noyau, de quelques m de diamètre et visible au
microscope optique.
- Il n'est pas limité par une membrane.
- C'est le siège de la transcription des ARNr.
- Le nucléole disparaît au cours de la mitose.
1) Observation en microscopie électronique
Composante granulaire
- Ce sont des grains plus ou moins denses de 15 à 20 nm de diamètre.
- Ils contiennent des particules préribosomiques (ribonucléoprotéines).
Centres fibrillaires
- De tailles plus petites, ils sont présents en multiples copies.
- Ils contiennent l'ADN qui n'est pas activement transcrit.
Composantes fibrillaires denses
- Elles entourent les centres fibrillaires.
- Elles contiennent de la chromatine et des complexes contenant des transcrits néosynthétisés.
Des agglomérats
- Ce sont des mottes de chromatine condensée, situées en périphérie.
2) Organisation moléculaire
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Différentes étapes :
- Transcription de l'ARN45 S
- Empaquetage de chaque transcrit par un granule riche en protéines : première interaction
protéine / ARN dans le nucléole.
- Intégration du transcrit 45 S dans un complexe contenant de nombreuses protéines
différentes importées dans le noyau à partir du cytoplasme.
- Incorporation de la majorité des 80 protéines ribosomales et de l'ARN 5 S.
3) Organisation fonctionnelle
- Au microscope électronique, on peut reconnaître trois structures : fibrillaire, fibrillaire dense
et granulaire.
Conclusion :
- Dans le nucléole, transcription des séquences d'ADN du gène 45 S et synthèse d'un
précurseur 45 S
- Formation de particules préribosomiques qui vont migrer indépendamment dans le
cytoplasme.
- L'adjonction de l'ARN 5S, qui est synthétisé dans le nucléoplasme et pas dans le nucléole,
par l'ARN Pol III se fait sous forme d'une particule ribonucléoprotéique dans le nucléole, sur
la grande sous unité, qui n'est pas encore mature.
- Les deux sous unités sont maturées et associées dans le cytosol.
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III) La chromatine
- La chromatine se présente sous forme de mottes condensées ou dispersées situées en
périphérie du nucléole et le long de l'enveloppe nucléaire.
- La chromatine contient deux fois plus de protéines que d'ADN.
1) Les histones
1.1) Définition et caractéristiques
- Il existe cinq classes d'histones : H2 A, H2 B, H3, H4 et H1.
- Les histones sont des protéines de faible poids moléculaire : H 2 A, H2 B, H3, H4 font entre 10
et 15 kD ; H1 a une masse de 21 kD.
- Elles sont toutes basiques car riches en Lys et Arg.
- Les gènes d'histones sont présents en multiples copies et sont transcrits de façon coordonnée
en liaison avec le cycle cellulaire, lors de la phase S.
2) Structure du nucléosome
2.1) Mise en évidence
- Dans toutes les cellules eucaryotes, il existe une structure répétée, formée par les
interactions histones-ADN.
- Quand une cellule fait disparaître son noyau par apoptose, il y a dégradation par coupure non
aléatoire de l'ADN et génération de fragments de plus en plus petits jusqu'à des fragments de
206 kDa et 146 pb d'ADN.
- Cette structure unitaire représente le nucléosome, petit disque de 120 A de diamètre sur 70 A
d'épaisseur.
2.2) Structure
- Les extrémités N terminales des histones émergent de la surface de l'octamère et sont donc
exposées vers l'extérieur du nucléosome, où elles sont l'objet de modifications : acétylation
des lysines.
- L'extrémité N term de H4 participe directement aux interactions entre nucléosomes.
- La structure nucléoprotéique résistante à la digestion est le coeur du nucléosome auquel
l'histone H1 n'appartient pas.
- La cellule eucaryote gère les torsions de l'ADN simplement par l'existence de structures
fixées d'ancrage des boucles et grâce à la topoisomérase qui relâche les contraintes.
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- Rôle :
- elle stabilise la fibre chromatinienne, en la
rendant moins dynamique et donc, plus stable.
- elle participe à la compaction de la fibre chromatinienne (de la
chaîne polynucléosomique) et interagit notamment avec H4.
- H1 est la seule histone à être facilement interchangeable (à
force ionique entre 0.4 et 0.6 M NaCl.
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3) La fibre chromatinienne
3.1) Structure et caractéristiques :
- Dans certaines conditions, elle se présente comme un collier de perles de 11 nm.
- Une organisation supérieure sous forme d'un empaquetage donne des filaments de 30 nm de
diamètre : le solénoïde.
- Cette compaction des nucléosomes est due aux interactions nucléosome – nucléosome
(octamère – octamère) et aux histones H1 et H4.
- La structure supérieure est la formation des domaines chromatiniens qui correspondent à une
longueur d'ADN entre 30 et 100 000 pb.
"Collier de perles"
Solénoïde
Chromosome supercondensé
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Selon Mr Oudet, le terme de fibre chromatinienne s'applique à toutes les structures quelque
soit leur agencement et leur degré de compaction. Il distingue : la fibre sous forme de "collier
de perles", la fibre sous forme de solénoïde, la boucle et la fibre condensée et le chromosome
super condensé.
- Certaines séquences d'ADN sont résistantes aux DNAses : ce sont les séquences SAR ou
MAR, riches en AT qui correspondent aux zones d'ancrage dans le noyau. Elles sont isolables
après digestion DNAsique poussée et purification en présence de force ionique élevée.
4.1) La topoisomérase I
- Elle génère des coupures transitoires simple brin : cette coupure permet à l'un des brins de
tourner autour de l'autre afin de retrouver la structure relâchée.
- Elle n'utilise pas d'ATP.
4.2) La topoisomérase II
- Elle génère des coupures double brin et se situe au niveau des points d'ancrage.
- Elle fonctionne en créant une liaison covalente entre l'enzyme et l'ADN et nécessite
l'hydrolyse de l'ATP.
- Elle permet le passage d'un deuxième double brin à travers la coupure.
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Départ de H1 et / ou séparation
de l'octamère
Une partie des études concernant les interactions avec les histones et les protéines de la
transcription a été réalisée sur les chromosomes polytènes.
- Chromosomes polytènes : structure polyploïde amplifiée 1000 fois à la suite de l'existence
de 10 cycles de réplication sans séparation des chromosomes ni des cellules.
- Dans les chromosomes polytènes, on peut localiser la chromatine active en transcription
dans les puffs. On peut activer ou au contraire inhiber les mécanismes de transcription.
Expérience : étude de l'expression de gènes induite par une hormone, comme la conalbumine
ou l'ovalbumine dans les cellules d'oviductes de poule.
- Certains sites sont induits par la transcription du gène, d'autres vont être supprimés par le
gène transcrit.
- Il y a généralement persistance de sites hypersensibles en amont ou au voisinage des sites
d'initiation de la transcription.
Pho 3 Pho 4
1 2 3 4
Pho 4
Compétition dynamique :
- Les sites de fixation des activateurs de la transcription sont :
- localisés entre les nucléosomes
- localisés au point d'entrée ou de sortie du nucléosome
- proches de l'axe de symétrie du nucléosome (déplacement de l'histone H1)
Le cycle cellulaire :
- G1 : synthèse d’organites
- S : synthèse de l’ADN
- G2 : préparation à la mitose
- M : séparation des chromosomes et des cellules ; généralement pas de transcription
ni de réplication
Synthèse de l’ADN et entrée en mitose sont régulées par les kinases associées aux cyclines.
En début de réplication, les complexes enzymatiques de la réplication sont immobilisés sur la
matrice.