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Após a adição dos H, uma outra caixa, chamada Assign charges for Dock Prep
aparecerá. Nesta atribuiremos as cargas da proteína utilizando um campo de força
AMBER. Este campo de força, no entanto, não contém carga para a maioria dos átomos
não-proteicos. Para estes, temos 2 opções:
o AM1-BCC - Baseado em mecânica quântica, semi-empírico. Preciso. Lento.
o Gasteiger - Regras empíricas. Rápido.
Agora vamos especificar as cargas líquidas. Após a adição dos H, uma caixa de diálogo
aparece, contendo Specify Net Charges.
Para moléculas não-proteicas no modelo (se incluídas):
o Especifique a carga líquida esperada para todas as moléculas ou especifique como
computar as as cargas para cada átomo nas moléculas.
o Geralmente, para resíduos proteicos e moléculas não-proteicas, o chimera irá checar
que a soma das cargas atômicas levará a um número inteiro que coincide com a carga
esperada.
Salve o receptor “preparado” como um arquivo .mol2: 1gvn.mol2 .
PDB
ZINC
PubChem
O arquivo do ligante pode ser obtido a partir do arquivo .mol2 do banco de dados do
ZINC, ou pode ser construído no próprio UCSF Chimera, usando o SMILES
(simplified-molecular input-entry system), seguindo os passos abaixo:
Agora vamos selecionar as moléculas e atribuir o que é cada uma. Primeiro vamos dar
um nome base para todos os arquivos gerados do dock. (Ex. 1gvn+unag).
Depois de especificados receptor e ligante, iremos agora selecionar uma área para
exploração. A fronteira será delimitada na forma de um paralelepípedo para a procura.
Marcar e preencher da seguinte forma:
Clique em Enclose the active site using the mouse e preencha os valores abaixo:
o Center: —15 / 35 / 60
o Size: 25 / 25 / 25
Agora expanda o menu Executable location . Você usar a opção Opal web service ,
onde o dock será executado remotamente. Você pode também baixar os executáveis do
AutoDock Vina a partir do site do programa: http://vina.scripps.edu.
Agora iremos verificar as ligações de H entre o ligante e o receptor, que é uma etapa
importante de avaliação do processo de docking.
Clique em: HBonds > Add counter to entire receptor.
Apenas queremos as ligações de H entre o ligante e o receptor, portanto clique na opção
Inter-model .
Queremos distinguir as ligações de H inexatas: Color Hbonds not meeting precise
criteria differently .
Não queremos ligações intramoleculares ou intra-resíduos.
Nós queremos ver todas: If endpoint atom hidden, show endpoint residue .
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ċ