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 Sheet Music Universidad Nacional Autonoma de Mexico

Facultad de Estudios Superiores Cuautitlan
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x s e 4
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 Sheet Music Primer-BLAST

Seleccionando la secuencia de mRNA CDS completo del gen CTLA4 en la espec
H. sapiens.
Homo sapiens CTLA4 (CTLA4) mRNA, complete c

GenBank: AF414120.1
GenBank Graphics
>gi|15778585|gb|AF414120.1|
>gi|15778585|gb|AF414120.1| Homo sapiens CTLA4 (CTLA4) mRNA, compl
cds
CTTCTGTGTGTGCACATGTGTAATACATATCT
CTTCTGTGTGTGCACATGTGTAATACATATCTGGGATCAAAGCTATCT
GGGATCAAAGCTATCTATATAAAGTCCTTGATT
ATATAAAGTCCTTGATT
TGGGTTCAAACACATTTCAAAGCTTCAGGATC
TGGGTTCAAACACATTTCAAAGCTTCAGGATCCTGAAAGGTTTTGCTC
CTGAAAGGTTTTGCTCTACTTCCTGAAGACCTG
TACTTCCTGAAGACCTG
CGCTCCCATAAAGCCATGGCTTGCCTTGGATTT
CGCTCCCATAAAGCCATGGCTTGCCTTGGATTTCAGCGGCACAAGGCTCA
CAGCGGCACAAGGCTCAGCTGAACCTGGCTACC
GCTGAACCTGGCTACC
CCTGGCCCTGCACTCTCCTGTTTTTTCTTCTC
CCTGGCCCTGCACTCTCCTGTTTTTTCTTCTCTTCATCCCTGTCTTCT
TTCATCCCTGTCTTCTGCAAAGCAATGCACGTG
GCAAAGCAATGCACGTG
GCCTGCTGTGGTACTGGCCAGCAGCCGAGGCA
GCCTGCTGTGGTACTGGCCAGCAGCCGAGGCATCGCCAGCTTTGTGTG
TCGCCAGCTTTGTGTGTGAGTATGCATCTCCAG
TGAGTATGCATCTCCAG
GCCACTGAGGTCCGGGTGACAGTGCTTCGGCA
GCCACTGAGGTCCGGGTGACAGTGCTTCGGCAGGCTGACAGCCAGGTG
GGCTGACAGCCAGGTGACTGAAGTCTGTGCGGCA
ACTGAAGTCTGTGCGGCA
ACATGATGGGGAATGAGTTGACCTTCCTAGAT
ACATGATGGGGAATGAGTTGACCTTCCTAGATGATTCCATCTGCACGG
GATTCCATCTGCACGGGCACCTCCAGTGGAAAT
GCACCTCCAGTGGAAAT
GAACCTCACTATCCAAGGACTGAGGGCCATGG
GAACCTCACTATCCAAGGACTGAGGGCCATGGACACGGGACTCTACAT
ACACGGGACTCTACATCTGCAAGGTGGAGCTCA
CTGCAAGGTGGAGCTCA
CCACCGCCATACTACCTGGGCATAGGCAACGG
CCACCGCCATACTACCTGGGCATAGGCAACGGAACCCAGATTTATGTA
AACCCAGATTTATGTAATTGATCCAGAACCGTG
ATTGATCCAGAACCGTG
ATTCTGACTTCCTCCTCTGGATCCTTGCAGCA
ATTCTGACTTCCTCCTCTGGATCCTTGCAGCAGTTAGTTCGGGGTTGTTT
GTTAGTTCGGGGTTGTTTTTTTATAGCTTTCTCC
TTTTATAGCTTTCTCC
AGCTGTTTCTTTGAGCAAAATGCTAAAGAAAA
AGCTGTTTCTTTGAGCAAAATGCTAAAGAAAAGAAGCCCTCTTACAAC
GAAGCCCTCTTACAACAGGGGTCTATGTGAAAA
AGGGGTCTATGTGAAAA
CCAACAGAGCCAGAATGTGAAAAGCAATTTCA
CCAACAGAGCCAGAATGTGAAAAGCAATTTCAGCCTTATTTTATTCCC
GCCTTATTTTATTCCCATCAATTGAGAAACCAT
ATCAATTGAGAAACCAT
AGAAGAGAGTCCATATTTCAATTTCCAAGAGC
AGAAGAGAGTCCATATTTCAATTTCCAAGAGCTGAGGCAATTCTAACT
TGAGGCAATTCTAACTTTTTTGCTATCCAGCTA
TTTTTGCTATCCAGCTA
ATTTGTTTGTGCATTTGGGGGGAATTCATCTC
ATTTGTTTGTGCATTT GGGGGGAATTCATCTCTCTTTAATATAAAGTTG
TCTTTAATATAAAGTTGGATGCGGAACCCAAATT
GATGCGGAACCCAAATT

GTACTACAATTTAAAGCAAAGGAGTAGAAAGA Sign up to vote
GTACTACAATTTAAAGCAAAGGAGTAGAAAGACAGAGCTGGGATGTTT on this title
CAGAGCTGGGATGTTTCTGTCACATCAGCTCCA
CTGTCACATCAGCTCCA
AGTGAAAGCATCACTTGGGATTAATATGGGGA  Useful GGGTCAAGGAATTAAGT
AGTGAAAGCATCACTTGGGATTAATATGGGGATGCAGCATTATGATGT  Not useful
TGCAGCATTATGATGTGGGTCAAGGAATTAAGT
AATGGCACAGCCCAAAGAAGGAAAAGGCAGGG
AATGGCACAGCCCAAAGAAGGAAAAGGCAGGGAGCGAGGGAGAAGACT
AGCGAGGGAGAAGACTATATTGTACACACCTTA
ATATTGTACACACCTTA
ACGTATGAGACGTTTATAGCCGAAATGATCTT
ACGTATGAGACGTTTATAGCCGAAATGATCTTTTCAAGTTAAATTTTA
TTCAAGTTAAATTTTATGCCTTTTATTTCTTAA
TGCCTTTTATTTCTTAA
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Se introdujo la secuencia en aparatado de Primer-BLAST donde se mostr

 Sheet Music primeramente el rango de la secuencia nucleotídica.
Al dar clic en Search summary se muestran los parámetros con los que se especific
la búsqueda de cada cebador propuesto a continuación. Como se parecía s
revisaron 310,279 blast para obtener los mejores cebadores de la secuencia.
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Primer par de primers propuestos, se aprecia su información en una tabla de fác

 Sheet Music lectura, estos datos se deben de analizar para determinar el de mejor elección.
Tabla de los 5 primeros Primers que proporciona Primer-BLAST, también s

muestran sus respectivas características, de rojo las secuencias que se deben d
evitar en los primers para evitar estructuras secundarias, y de verde las bases qu
se deben de buscar para brindar estabilidad en este extremo.
You're Reading a Preview Autocom Autocom
Primers Secuencia 3´-5´ Caden Lon Start Sto Tm CG plemntari plemntar
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a full access
gitwith a free trial.
p % dad dad
Homodim Heterodi
molde ud eros meros
Forward TGAAGACCTGAACACCGCTC Download

Plus With
20 Free 126 Trial145 59.97 55 2 1
Reverse CGCACAGACTTCAGTCACCT Minus 20 413 394 59.97 55 6 1
Forward AGGTGACTGAAGTCTGTGCG Plus 20 394 413 59.97 55 6 2
Reverse GGCTGTGCCATTCCCTAACT Minus 20 1132 1113 60.03 55 3 1
Forward CTGAAGACCTGAACACCGCT Plus 20 125 144 59.97 55 2 2
Reverse ATCATGTAGGTTGCCGCA CA Minus 20 427 408 60.04 50 5 3

Forward AGTTAGGGAATGGCACAGCC Plus 20 1113 Sign up to60.03
1132 vote on this
55 title3 3
1837 1818
Reverse CTGCTGCCTTCTTCTGTCCA Minus 20  Useful59.96  Not55 useful 3 2
Forward TGTGCGGCAACCTACATGAT Plus 20 408 427 60.04 50 5 3
Reverse CATGAGCTCCACCTTGCAGA Minus 20 557 538 60.04 55 6 2
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Longitud ideal de 20 a 25 Cualquiera de los primers mostrados en la

 Sheet Music nucleótidos tabla cumple con las condiciones de
longitud.
Porcentaje de G/C entre 40% y Todos entran dentro del rango oscilando en
60%. un contenido del 50%
La diferencia entre la temperatura
a la que se abren las cadenas de Todos presentan Tm muy similares donde
DNA (55≤Tm≤75), de los primers su diferencia es de décimas.
forward y reverse no debe de ser
mayor a 5°C.
No se deben formar regiones 2ª Las energías libres de Gibbs de
internas Autocomplementaridad son mayores a
(Mientras menor sea la por lo que no se llevan a cabo reaccione
autocomplementaridad mayor espontaneas para la formación d
probabilidad de formar estructuras secundarias, al igual que la
estructuras secundarias) complementariedad en 3´ son mayores qu
mientras que a mayor 1, y nos indica que no reaccionan lo
complementariedad en 3´ indica primers entre sí.
la probabilidad del
emparejamiento de los primers.
Región 5´más estable Todas presentan guanina y citosinas en e
You're Reading
extremoa Preview
5´, confiriéndole estabilidad, sin
embargo los más estables son los pares
y 4.
Evitar más de 3 bases C o G En los primeres 1 y 2 se presentan 3 bases
seguidas en extremo 3´ seguidas de GC lo que no es conveniente
al igual que en el 5 que no están l extremo
pero es un tetrámero de Gy C.
Considerando el anterior análisis podemos determinar  primer

Sign upque el on
to vote mejor par de
this title
es el par 4. El resumen de sus características se 
presenta
Useful enlaNot tabla.
useful
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Oligoanalizer nos muestra informació

 Sheet Music similar a Primer-BLAST indicándonos
secuencia del primer a analizar, s
complementaria, la longitud de 20pb a
como el porcentaje de GC, peso molecul
y temperatura de fusión las cuales so
similares a lo reportado anteriormente,
coeficiente de extinción molar es un
constante física derivada de la ley d
Lambert- Beer relacionada con la lectu
espectrofotométrica de la secuencia
260nm. Los datos de concentracione
sirven como referencia de estándar dond
4.95nmoles de oligonucleótido
disolverse en 1ml de volumen resulta un
absorbancia de 260nm, sirviéndonos com
referencia de pureza del oligonucleótido,
igual que los 30.65µ los cuales fuero
derivados
You're Reading del coeficiente de extinció
a Preview
molar.
Debajo encontramos una sección sobre anotaciones sobre la temperatura de fusió
para que sea preciso como: Download With Free Trial
 Se deben de usar oligos de 8 a 60 pb de longitud
 Solución buffer neutra (7≥Ph≥8)


 Concentración de Sodio (1.5mM≥Na +≥1.2M)
 Concentración de Magnesio (0.01mM≥Mg ++≥600mM)
Concentració n de Trifosfatos (dNTPs≥120% de la concentración de catió

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Al analizarlo con self-dimer y Hetero-dimer podemos obtener información sob

 Sheet Music predicciones en la formación de estructuras secundarias posibles u oligonuc leótido
hibridados que pueden suceder a una temperatura determinada. Es importan
examinar que no se formen estructuras secundarias porque podrían caus
problemas en experimentos de hibridación como son la PCR produciendo errore
significativos. La estructura con menor energía libre es la que más predomina e
solución debido a que reacciona de manera más espontanea.
El delta G se calcula tomando en cuenta la sección de la secuencia con mayo

número de bases complementarias, representándose con una línea que las une.
El valor que corresponde a la secuencia analizada presenta un delta G, pequeñ

indicándonos la posibilidad de formar estructuras homodimericas, como lo muestr
a continuación.
Sin embargo ninguna presenta estructura

dimericas complejas, donde a lo mucho s
ven involucradas 3 bases, y no representa
mucho espontaneidad, debido a la energ
 Useful
libre de Gibs  Not useful
tan baja.
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Primer Forward
Primer Reverse
Debajo nos muestra cada una de las interacciones entre los primers que puede
suceder y el Delta G correspondiente así como el número de pares de base
involucradas.
En el apartado Mismatch podemos alterar las bases de la secuencia d

oligonucleótido y predecir la termodinámica de las moléculas de DNA que contien
el cambio comprado con el original para estimar la discriminación y falta d
coincidencia en el diseño de sondas para detectar SNPs.

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 Sheet Music Primer3

Para el análisis de esta herramienta, emplearemos otro tipo de secuencia debido
que sobre esta se tienen registrados los Polimorfismo de un solo nucleótido SNP
Aportando la ventaja de seleccionar de forma más rápida el cambio (región roja).
Homo sapiens cytotoxic T-lymphocyte-associated protei

4 (CTLA4), RefSeqGene on chromosome 2
NCBI Reference Sequence: NG_011502.1
GenBank Graphics
>gi|224809308:5003-11175 Homo sapiens cytotoxic T-lymphocyte-associated
protein 4 (CTLA4), RefSeqGene on chromosome 2
CTTCTGTGTGTGCACATGTGTAATACATATCTGGGATCAAAGCTATCTATATAAAGTCCTTGATTCTGTG
TGGGTTCAAACACATTTCAAAGCTTCAGGATCCTGAAAGGTTTTGCTCTACTTCCTGAAGACCTGAACAC
CGCTCCCATAAAGCCATGGCTTGCCTTGGATTTCAGCGGCACAAGGCTCAGCTGAACCTGGCTACCAGGA
CCTGGCCCTGCACTCTCCTGTTTTTTCTTCTCTTCATCCCTGTCTTCTGCAAAGGTGAGTGAGACTTTTG
GAGCATGAAGATGGAGGAGGTGTTTCTCCTACCTGGGTTTCATTTGTTTCAGCAGTCAAAGGCAGTGATT
TATAGCAAAGCCAGAAGTTAAAGGTAAAACTCCAATCTGGCTTGGCTGGCTCTGTATTCCAGGGCCAGCA
GGGAGCAGTTGGGCGGCAGCAAATAAGGCAAAGAGATAGCTCAGAACAGAGCGCCAGGTATTTAGTAGGG
GCTTCATGAATGCATGTGAGTTGGTTTAGTAGAGAGACACAGGCAATTTCAGACCCTTCTATGAGACTGG
AAGTGATTTAAGAGGGAAAGGATAGCCATAGTCCTGAATACATTTGAGCTGGGTTTCAGGATGAGCTCAC
AAGTTCCTTTAAAAAAAATTGACTTAAGCAAATCCTGGGAAGAGTTTTTTTGCTATACAATTCAAGGTTT
TAAGGTCCTCGGATTCATATACTTTATAAATGAATTAGCCAGCTTGTTTAAAATGTAGGGAAATTGTGGG
AAGAATGCCTTCTTTACTTAATTCAAGGTTTTAAGGTTCTCTTAATCAATTCTACTAGCTAATTAGCCAA
TTATTTAAAAATAAAAGTTTGAAATTGCCAAAAAAAAAAGACAAGGAAAAGGAAAGAAAGAAAGCCACCA

GTCTGTTTGGCATACAATACTTAATTGTTGCCTGACCTACGTGTGGGTTTCAGATGCAGATCCTCAGTTT
TCAGCTCTTCAGAGACTGACACCAGGTTTGTTACACGGCTTAAAATGATGAGTATATCCATTGAATCTCA
ACCTTATCTCTCTCTAGACCTTCTTGGTTAAGAAACCATGTAGTTTGTATGAAGTAGGTACTCAAAAGAT
ATTTGATGATTTAATTTTTACTGGAGAAGAAATATTCATATATGTTTTCTTATTTTTACATGTTTTAAAT
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TCACTTGTCAGACTGACTGGAGAGGGGCCTGGTTAGTTACAGGAAGGTAATTTGGCATGCAGCCACTATT
 Sheet Music TTTGAGTTGATGCAAGCCTCTCTGTATGGAGAGCTGGTCTCCTTTATCCTGTGGGAAAAGAGAACAAAGG
AGCATGGGAGTGTTCAAGGGAAGGAGAAATAAAGGGCAGAGAGGCAGCGGTGGTGTCAGGGGAAGCCCAC
AGGAGTTAACAGCAGGGTTGCCTCAACCTAGAGAGGAAGCGACCTGGTGCCCTCGGCTCTGTGGCTTCCT
TCATCTAACAACATCTTCCACTCTACAACAATGCCAGGGAAGGCGGAGGCTGGTACAGTGCATCAAGACA
CAGCTACTCCTGGGTGACAGAGGTTCAGGGCCAGCTCACTAAGTAGGCAGAAGTTTTTGACATATACTTT
GAGAGATAAAGCAAGATTCTGTACCTCAACCTTCAGAATTTCCCCTACCACTCATTATAGTTCCGGAGCT
ATATAGCTCCTATCATTCTATCATAACCTTAGAATACCAGAGAACATATCATCTCATCTAATTATCTCTT
ACTATATGTGAAAAAAATGAAGGACATGGGGGAAGTGTGACTTGCCCCAAATCACATATTTCATGGTAGA
GCCAGGTCTTCTGTTTGTCATATCAGTGTTCTTCCTGCCACAACCATCTTGAAGAATCTATTTCTCAGTA
AGAAAATATCTTTATGGAGAGTAGCTGGAAAACAGTTGAGAGATGGAGGGGAGGCTGGGGGTGTGGAGAG
GGGAAGGGGTAAGTGATAGATTCGTTGAAGGGGGGAGAAAAGGCCGTGGGGATGAAGCTAGAAGGCAGAA
GGGCTTGCCTGGGCTTGGCCATGAAGGAGCATGAGTTCACTGAGTTCCCTTTGGCTTTTCCATGCTAGCA
ATGCACGTGGCCCAGCCTGCTGTGGTACTGGCCAGCAGCCGAGGCATCGCCAGCTTTGTGTGTGAGTATG
CATCTCCAGGCAAAGCCACTGAGGTCCGGGTGACAGTGCTTCGGCAGGCTGACAGCCAGGTGACTGAAGT
CTGTGCGGCAACCTACATGATGGGGAATGAGTTGACCTTCCTAGATGATTCCATCTGCACGGGCACCTCC
AGTGGAAATCAAGTGAACCTCACTATCCAAGGACTGAGGGCCATGGACACGGGACTCTACATCTGCAAGG
TGGAGCTCATGTACCCACCGCCATACTACCTGGGCATAGGCAACGGAACCCAGATTTATGTAATTGGTGA
GCAAAGCCATTTCACTGAGTTGACACCTGTTGCATTGCAGTCTTCTATGCACAAAAACAGTTTTGTTCCT
TAATTTCAGGAGGTTTACTTTTAGGACTGTGGACATTCTCTTTAAGAGTTCTGTACCACATGGTAGCCTT
GCTTATTGTGGGTGGCAACCTTAATAGCATTCTGACTGTAAAATAAAATGATTTGGGGAAGTTGGGGCTC
TCGCTCTGGAGTGCTAACCATCATGACGTTTGATCTGTACTTTTGATATGATATGATGCTCCTGGGGAAG
TAGTCCCAAATAGCCAAACCTATTGGTGGGCTACCCATGCAATTTAGGGGTGGACCTCAAGGCCTGGAAG
CTCTAATGTCCTTTTTTCACCAATGTTGGGGAGTAGAGCCCTAGAGTTTAAAACTGTCTCAGGGAGGCTC
TGCTTTGTTTTCTGTTGCAGATCCAGAACCGTGCCCAGATTCTGACTTCCTCCTCTGGATCCTTGCAGCA
GTTAGTTCGGGGTTGTTTTTTTATAGCTTTCTCCTCACAGCTGTTTCTTTGAGCAAAATGGTGAGTGTGG
TGCTGATGGTGCACCATGTCTGATGGGGATACCTTTAGTGGTATCAACTGGCCAAAAGATGATGTTGAGT

TTAGTGTTCTTGAGATGAGATGAGGCAATAAATGAAGAGGAAGGACAGTGGTAAAGAACGCACTAGAACC
GTAGGCATTGGCATTTGAGGTTTCAGAATGACTAATATTTTAGATGAATTTGTTTGACATTGAATGTTCA
TGTGCTTCTGAGCAGGGTTTCAATTTGAGTAACCGTTGCAATAACATGGGGCAGCTGTTTTGCTCTTTGT
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ATAGCTGAATCAAGAAAATCTCCTGAGGTTTATAATTCTGTATGCTGTGAACATTCATTTTTAACCAGCT
 Sheet Music AGGGACCCAATATGTGTTGAGTTCTATTATGGTTAGAAGTGGCTTCCGTATTCCTCAGTAGTAATTACTG
TTTCTTTTTGTGTTTGACAGCTAAAGAAAAGAAGCCCTCTTACAACAGGGGTCTATGTGAAAATGCCCCC
AACAGAGCCAGAATGTGAAAAGCAATTTCAGCCTTATTTTATTCCCATCAATTGAGAAACCATTATGAAG
AAGAGAGTCCATATTTCAATTTCCAAGAGCTGAGGCAATTCTAACTTTTTTGCTATCCAGCTATTTTTAT
TTGTTTGTGCATTTGGGGGGAATTCATCTCTCTTTAATATAAAGTTGGATGCGGAACCCAAATTACGTGT
ACTACAATTTAAAGCAAAGGAGTAGAAAGACAGAGCTGGGATGTTTCTGTCACATCAGCTCCACTTTCAG
TGAAAGCATCACTTGGGATTAATATGGGGATGCAGCATTATGATGTGGGTCAAGGAATTAAGTTAGGGAA
TGGCACAGCCCAAAGAAGGAAAAGGCAGGGAGCGAGGGAGAAGACTATATTGTACACACCTTATATTTAC
GTATGAGACGTTTATAGCCGAAATGATCTTTTCAAGTTAAATTTTATGCCTTTTATTTCTTAAACAAATG
TATGATTACATCAAGGCTTCAAAAATACTCACATGGCTATGTTTTAGCCAGTGATGCTAAAGGTTGTATT
GCATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTA
ATTTGATAGTATTGTGCATAGAGCCACGTATGTTTTTGTGTATTTGTTAATGGTTTGAATATAAACACTA
TATGGCAGTGTCTTTCCACCTTGGGTCCCAGGGAAGTTTTGTGGAGGAGCTCAGGACACTAATACACCAG
GTAGAACACAAGGTCATTTGCTAACTAGCTTGGAAACTGGATGAGGTCATAGCAGTGCTTGATTGCGTGG
AATTGTGCTGAGTTGGTGTTGACATGTGCTTTGGGGCTTTTACACCAGTTCCTTTCAATGGTTTGCAAGG
AAGCCACAGCTGGTGGTATCTGAGTTGACTTGACAGAACACTGTCTTGAAGACAATGGCTTACTCCAGGA
GACCCACAGGTATGACCTTCTAGGAAGCTCCAGTTCGATGGGCCCAATTCTTACAAACATGTGGTTAATG
CCATGGACAGAAGAAGGCAGCAGGTGGCAGAATGGGGTGCATGAAGGTTTCTGAAAATTAACACTGCTTG
TGTTTTTAACTCAATATTTTCCATGAAAATGCAACAACATGTATAATATTTTTAATTAAATAAAAATCTG
TGGTGGTCGTTTT Unlock full access with a free trial.

Para ejemplificar el uso de Primer 3, se empleó la RefSeq del cromosoma 2, debid
a que bajo esta secuencia se encuentran reportadas los SNP de interés, aunqu
bien se podría analizar en el CDS del mRNA del gen CTLA4, solo que se deber
de considerar la posición, el SNP se encuentra en la posición 204, y es una cambi
de una Adenina por una Guanina, el cual está asociado 
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Posteriormente nos porporcionanan mas opciones de oligonucleotidos, para pode

 Sheet Music elegir el mejor.
Analizaremos el primer par de oligonucleotidos para anaizarlos con Oligo analyz

y asi determinar si nos se forman estrcuturas secundarias.
Left primer Rigth primer

TTGGATTTCAGCGGCACAAG TGGAATACAGAGCCAGCCAA

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 Sheet Music Primer3Plus

Para ejemplificar su uso se trabaja con la misma secuecnia que la anterior (Refse
CTLA4).
Donde se selecciona la misma Download With

secuecnia Free Trial
donde se encuentra el Polimorfismo d
un solo nucleotido que esta relacionado con la Diabetes Mellitus tipo1, siendo
sustitución de una Adenina por una Timina. Los cebadores propuestos por Prime
3Plus son los siguientes:

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La diferencia entre la temperatura

 Sheet Music a la que se abren las cadenas de Sus temperaturas se encuentran dentro de
DNA (55≤Tm≤75), de los primers rango y su diferencia es de 0.8 grados
forward y reverse no debe de ser Celsius.
mayor a 5°C.
No se deben formar regiones 2ª No se forman estructuras secundaria
internas homodimericas de ninguno de los primers
(Mientras menor sea la tampoco interaccionan los cebadores entre
autocomplemtaridad mayor sí.
probabilidad de formar
estructuras secundarias)
mientras que a mayor
complementariedad en 3´ indica
la probabilidad del
emparejamiento de los primers.
Debajo se observa dentro de la secuencia nucleotídica de azul el forward primer

primer izquierdo y de verde el reverse primer o primer derecho, de verde se subray
la secuencia de interés dentro de la cual se contiene la Adenina en la posición 204
Posteriormente tabein muestra mas opciones de pares 

Sign upde primers
to vote on thispara
title selecciona
el mejor, este analisis con Oligo analyzer ya no se
hara puesto
Useful  Notqueuseful
es lo mismo qu
con Primer-BLAST y Primer3.
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 Sheet Music Oligo Analyzer

La base de datos de IDT, permite aparte de hacer el uso de la herramienta de Olig
analyzer asi como de sus otras calculadoras muy utiles en el labor técnico de l
genética, también permite proponer oligonúcleotidos a partir de la secuenc
analizada, seleccionando PCR 2 primers.
Como resultados primero nos muestra

Download deWith
forma
Freegrafica
Trial las secciones de los primer
para observar las regiones que se reproduciran.

Debajo se muestran los conjuntos de primers que propone oligo analyzer, dond
apreciamos que ocilan entre los 20 pares de bases, siendo la Tm de todos de 62
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Cambiando la selección de la secuecnia a replicar, se colocó que se desea qu

entre la region del SNP relacionado con Diabetes mellitus (nucleotido en la posició
204), por lo que las regiones en verde indican las secciones a reproduci
Posterioremnete el analisis de cada uno de estos indica nuevamente que cualquier

se puede elegir, ya que la Tm es adecuada, la longitud y el porcentaje de GC igua
por lo que solo resta hacer el analisis con Oligo analyzer. 
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Tomando el conjunto de primers que presentan el producto de mayor tamaño e

 Sheet Music decir el conjunto 3, se analiza dando click en ver detalles de ensayo, donde se abr
una ventana que muestra las secuencias del primer sentido y del antisentido, a
como sus caracteristicas que son buenas para ser primers.
Primer Forward
El primer forward si presenta reacciones de autocomplemnetaridad, a tempratura

de fusion intermedias, sin embargo estas no son muy estables y no causan mayo
problema.

Primer Reverse Sign up to vote on this title
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 Sheet Music MP primer

Se trato de diseñar una PCR multiplex para las variantes del gen CTLA4 que son 2
sin embargo al introducir las secuencias a MPprimer, marcaba error. Se decid
trabjar una PCR con distintos genes que predisponen la enfermedad celiaca, tem
con el cual se incio la investigación del gen CTLA4.
Según la base OMIM estos son los genes que predisponene la enfermedad Celiac
donde se trabajaron solamente con aquello que a nivel clínico se han vinculado co
la enfermedad y no solo in silico.

En esta imagen se muestran los numeros de identificacion de las secuecnia
empleadas, se introdujeron las secuecnias asi como algunas caracteristicas d
MPprimer.
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Ahora seleccionando el primer conjunto de cebadores, ya que presenta la men

penalización y las temperaturas de fusion son muy similares entre cada par d
primers con una desviación estandar de 1.3°C.

Se pueden descragar en 2 tipos de formatos
Unlock full el conjunto
access de primers
with a free trial. pudiendo ser en formato
FASTA o en vista de Excel
>gi|52426772|ref|NM_002122.3|_0_397_fp
TGCTTCCAGACACCAAGGGCCA
>gi|52426772|ref|NM_002122.3|_0_397_rp
AGTCAGCCCTGGATGAAAGATGGA
>gi|15778585|gb|AF414120.1|_0_759_fp
TGAAGACCTGAACACCGCTCCCA
>gi|15778585|gb|AF414120.1|_0_759_rp 
AGAATTGCCTCAGCTCTTGGAAATTGA
>gi|166788571|dbj|AB290184.1|_0_482_fp  Useful  Not useful
TGGGAGGCATGCTGAAGCCA
>gi|166788571|dbj|AB290184.1|_0_482_rp
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Tambien nos permite ver las reacciones entre los cebadores y las secuencia
colocando en una tabla a cada cebador e indicando las interacciones.
Otro dato importante es que detecta 5 productos de replicación, pero como  uno s
repite, podemos asegurar que cada uno pertence a la expresion del gen de estudio
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La opción Submit to PriDimerCheck perimte la evaluacion entre de lo

heterodimeros con los diferetes cebadores.

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Estas son todas las relacionesDownload

que seWith Free Trial
pueden producir entre los cebadores, l
mayoria no intervienen tantos enlaces, y sí se llegan a formar debido a las energia
libres de Gibs indican que reacción espontaneamente.
Por último encontramos la opción de submit to virtual electrophoresis que perm


Signun
seleccionar los pares de primers a evalar y observar up to vote on this
diagrma title
indicatio de lo qu
 Useful
sucederia si se correira la electroforesis, se puede  Not
modificar useful
la concentración d
gel de agarosa 0.5 a 2%
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Electroforesis virtual de 4 genes que predisponen a la enfermedad celiaca, en

 Sheet Music evaluacion de personas que presenten dicha enfermedad se tiene que presenta
teoricamnete la evidencia de las 4 bandas.
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 Sheet Music Ejercicio de repaso

Los genes housekeeping empleados como estandares internos que elegí son: a
albumina y la cycplophilin debido a que ambos se encuentran en la espcie
sapiens y se presentan secuecniados en forma de mRNA ambos.
Homo sapiens albumin (ALB), mRNA

NCBI Reference Sequence: NM_000477.5
GenBank Graphics
>gi|215982788|ref|NM_000477.5| Homo sapiens albumin (ALB), mRNA
AGTATATTAGTGCTAATTTCCCTCCGTTTGTCCTAGCTTTTCTCTTCTGTCAACCCCACACGCCTTTGGC
ACAATGAAGTGGGTAACCTTTATTTCCCTTCTTTTTCTCTTTAGCTCGGCTTATTCCAGGGGTGTGTTTC
GTCGAGATGCACACAAGAGTGAGGTTGCTCATCGGTTTAAAGATTTGGGAGAAGAAAATTTCAAAGCCTT
GGTGTTGATTGCCTTTGCTCAGTATCTTCAGCAGTGTCCATTTGAAGATCATGTAAAATTAGTGAATGAA
GTAACTGAATTTGCAAAAACATGTGTTGCTGATGAGTCAGCTGAAAATTGTGACAAATCACTTCATACCC
TTTTTGGAGACAAATTATGCACAGTTGCAACTCTTCGTGAAACCTATGGTGAAATGGCTGACTGCTGTGC
AAAACAAGAACCTGAGAGAAATGAATGCTTCTTGCAACACAAAGATGACAACCCAAACCTCCCCCGATTG
GTGAGACCAGAGGTTGATGTGATGTGCACTGCTTTTCATGACAATGAAGAGACATTTTTGAAAAAATACT
TATATGAAATTGCCAGAAGACATCCTTACTTTTATGCCCCGGAACTCCTTTTCTTTGCTAAAAGGTATAA
AGCTGCTTTTACAGAATGTTGCCAAGCTGCTGATAAAGCTGCCTGCCTGTTGCCAAAGCTCGATGAACTT
CGGGATGAAGGGAAGGCTTCGTCTGCCAAACAGAGACTCAAGTGTGCCAGTCTCCAAAAATTTGGAGAAA
GAGCTTTCAAAGCATGGGCAGTAGCTCGCCTGAGCCAGAGATTTCCCAAAGCTGAGTTTGCAGAAGTTTC
CAAGTTAGTGACAGATCTTACCAAAGTCCACACGGAATGCTGCCATGGAGATCTGCTTGAATGTGCTGAT
GACAGGGCGGACCTTGCCAAGTATATCTGTGAAAATCAAGATTCGATCTCCAGTAAACTGAAGGAATGCT
GTGAAAAACCTCTGTTGGAAAAATCCCACTGCATTGCCGAAGTGGAAAATGATGAGATGCCTGCTGACTT

GCCTTCATTAGCTGCTGATTTTGTTGAAAGTAAGGATGTTTGCAAAAACTATGCTGAGGCAAAGGATGTC
TTCCTGGGCATGTTTTTGTATGAATATGCAAGAAGGCATCCTGATTACTCTGTCGTGCTGCTGCTGAGAC
TTGCCAAGACATATGAAACCACTCTAGAGAAGTGCTGTGCCGCTGCAGATCCTCATGAATGCTATGCCAA
AGTGTTCGATGAATTTAAACCTCTTGTGGAAGAGCCTCAGAATTTAATCAAACAAAATTGTGAGCTTTTT
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ACAGCACTGTTATTTTTCAAAGATGTGTTGCTATCCTGAAAATTCTGTAGGTTCTGTGGAAGTTCCAGTG
 Sheet Music TTCTCTCTTATTCCACTTCGGTAGAGGATTTCTAGTTTCTTGTGGGCTAATTAAATAAATCATTAATACT
CTTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Para ambos se analizaron en Primer3Plus ya que se aprecio mayor claridad de
que se mostraba,
Se colocaron corchetes dentro de la secuecnia para la secuencia replicada fuera l

que pertence al CDS del gen, los cebadores se posicionaron adecuadamente.
El forward primer tiene un longitud adecuada de 19 pb, y su porcentaje de C y G e

un poco elevado pero entra dentro del rango, sin embrago se aprecia mayo
estabilidad en el extremo 3´ que en el 5´ sucediendo lo mismo con el reverse prime
según la fuente no presenta reaccion autocomplemetaria. El reverse prime
presenta una adecuada longitud Unlock full
deaccess
pareswith ade
free bases
trial. y porcentaje de GC, l
temperatura de ambos esta dentro del rango y estan diferenciadas por 3 decima
Download With
permitiendo que los dos se cebadores Free Trial
se unan al mismo tiempo al alcanzar l
temperatura de fusion optim
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Tambien se pueden presentar reaccion de homodimerizacion de forma espontane

 Sheet Music con enlaces fuertes en promedio 2 pares de bases.
Homodimeros
Heterodimeros
You're Readinghay
En cuanto a la formación de heterodimeros, a Preview
dos que presentan un valor de del
G muy bajo indicandonos queUnlock
la reacción es muy espontanea y que segurament
full access with a free trial.
se produciran estas estrcuturas secundarias que interfiran en el proceso, si
embargo a comparacion deDownloadotras dos Withopciones
Free Trial mostradas por Primer3plu
presentan menor cantidad de estructuras secuendarias.
Para la realizacion del los primers para Cyclpphilin empleé Primer3Plus, n

selecione ningun area en particular y me selecciono el mejor par de cebadores.

Sign up to vote oncds
Homo sapiens cyclophilin mRNA, complete this title
GenBank: AF022115.1
GenBank Graphics
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ATGATTATGAATA
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Donde la longitud de los primers son ideales, la temperatuura de fusion entra en e

rango, y su diferecnia es minima, el porcentaje de G y C es bueno, aunque indica
reaccion de autocomplementaridad. En el analisis con Oligo analyzer
encontraron 4 posibles estrcturas que se producen espontaneamente pero no so
tan significativas.

Tambein inidca la formacion de homodimeros y heterodimeros, pero su delta
indica que no son tan importantes, podiendo ser cebadores del gen.
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