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BM-04
BIOMOLÉCULAS II
Rosalind Franklin
1. COMPUESTOS ORGÁNICOS
1.1 PROTEÍNAS
Las proteínas son los principales componentes de los seres vivos. Constituyen más de la mitad de
la masa seca de una célula y son responsables de una gran cantidad de funciones.
Todas están formadas por la misma estructura básica: son polímeros formados por la unión de
aminoácidos. Éstos últimos son moléculas constituidas por C, H, O, N y en algunos casos poseen
también átomos de azufre (S).
1.1.1 AMINOÁCIDOS
Son moléculas formadas por un grupo amino (-NH2), que tiene características básicas, y un grupo
carboxilo (-COOH), con propiedades ácidas. Ambos grupos se encuentran unidos a un mismo
carbono α (Figura 1).
En las proteínas hay 20 aminoácidos diferentes, comunes a todos los seres vivos existentes en la
biosfera y son los que están codificados en los ácidos nucleicos. No obstante, en las células se
encuentran otros que resultan de transformaciones de uno o más de los 20 aminoácidos que se
presentan comúnmente.
Los aminoácidos son las unidades básicas que estructuran las proteínas, por lo tanto, son sus
monómeros. (monómero: mono=uno; mero= unidad).
H HO
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1.1.2 POLIPÉPTIDOS
Los aminoácidos se unen entre sí mediante enlaces peptídicos (Figura 2). La unión de dos
monómeros origina un dipéptido; la de tres un tripéptido y así sucesivamente, a éstos se les
denomina oligopéptidos. Mayores oligomerizaciones (10 a 100 residuos aminoacídicos), se les
llama polipéptidos.
Cadena polipeptídica
Figura 2. Formación de un dipéptido, mediante síntesis por deshidratación. La ruptura de este enlace se
realiza agregando H2O, proceso llamado hidrólisis, ambos procesos son catalizados.
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1.1.3 ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL DE LAS PROTEÍNAS
Las proteínas son largas cadenas de aminoácidos. Cada una de ellas podría adoptar, en principio,
infinidad de formas, (Figura 3) pero in vivo solo presenta una, la más estable y la única que
permite el desarrollo de su función; por lo que si experimentalmente se modifica la forma de la
proteína ésta inmediatamente pierde su función.
Estructura primaria
Los monómeros aminoacídicos se unen
por un “esqueleto” de enlaces
peptídicos, formando cadenas
polipeptídicas
Estructura secundaria
Las cadenas polipeptídicas ...o láminas plegadas
pueden formar hélices ...
Especificidad: Cada proteína tiene una función exclusiva, por ejemplo, las enzimas. Cada
individuo posee ciertas proteínas con una secuencia aminoacídica determinada. Es por ello que
cuando existe rechazo de los órganos trasplantados significa, que no hubo un reconocimiento
como propias de las proteínas presentes en la superficie del tejido trasplantado.
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1.1.4. FUNCIONES DE LAS PROTEÍNAS
Las proteínas dirigen prácticamente la totalidad de los procesos vitales, incluso aquellos destinados a
la producción de ellas mismas. Determinan la forma y la estructura de las células. Sus funciones se
relacionan con sus múltiples propiedades, que son el resultado de la composición de aminoácidos, de
la secuencia y del modo en que la cadena se pliega en el espacio (Tabla 1).
Las proteínas del citoesqueleto, de las fibras del huso, de los cilios y
flagelos.
ESTRUCTURAL
Nucleoproteínas (ácidos nucleicos + proteínas), es el caso de los cromosomas,
ribosomas y nucléolos.
La ovoalbúmina del huevo y la gliadina del grano de trigo, entre otras, son las
RESERVA
reservas de aminoácidos utilizadas en el desarrollo del embrión.
Las enzimas son catalizadoras de las reacciones químicas dentro de las células,
es decir, aceleran la velocidad de las mismas. Son numerosas y altamente
específicas. Sin estos catalizadores, dichas reacciones se desarrollarían a
velocidades tan bajas que apenas rendirían cantidades apreciables del producto.
ENZIMÁTICA
Muchas enzimas necesitan en su funcionamiento la presencia de algunas sales.
Actúa a valores de pH y de temperatura específicas y cualquier cambio brusco
de estos factores podría dejarlas inutilizables (desnaturalización).
Por ejemplo, la amilasa cataliza la digestión del almidón y la lipasa cataliza la
digestión de los lípidos.
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ACTIVIDAD 1
Al someter a una proteína a cierta temperatura afectó su función. Explique qué le ocurrió a
la proteína.
………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………………………………………………………
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1.1.5. ENZIMAS
Las enzimas son proteínas que actúan como biocatalizadores que aceleran las reacciones
químicas dentro de la célula sin transformarse ellas mismas en una molécula diferente. Las células
transforman la energía que toman del entorno en energía química la que les permite realizar
trabajos químicos, mecánicos u otros.
Las reacciones químicas para su inicio requieren siempre de un aporte de energía llamada
energía de activación. Las enzimas son un tipo especial de proteínas que aceleran las
reacciones químicas tanto en el medio intra como en el medio extra celular. Esta aceleración se
debe a la capacidad que tienen las enzimas en disminuir la barrera energética que impide que el
sustrato se transforme en producto, energía de activación (Ea), de la reacción química, es
decir, permiten que una reacción ocurra en un breve lapso de tiempo.
La energía de activación (Ea) representa la energía mínima necesaria que deben alcanzar los
reactantes (sustratos) para su transformación en productos (Figura 4).
Figura 4. Las enzimas aceleran las reacciones químicas disminuyendo la energía de activación.
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a) Modelos de acción enzimática
El primer modelo sugerido para explicar la interacción enzima-sustrato fue propuesto por el
químico Emil Fisher, denominado modelo llave-cerradura, que supone que la estructura
del sustrato y la del sitio activo son exactamente complementarias, de la misma forma que
una llave encaja en una cerradura (Figura 5a).
Estudios posteriores sugirieron que el sitio activo es mucho más flexible que una cerradura.
La interacción física entre las moléculas de enzima y sustrato produce un cambio en la
geometría del centro activo, mediante la distorsión de las superficies moleculares. Este
modelo llamado encaje inducido impondría cierta tensión a las moléculas reaccionantes,
facilitando aún más la reacción (Figura 5b).
a)
b)
Figura 5. (a) En el modelo llave-cerradura los sustratos interactúan en forma precisa con el sitio activo.
(b) En el modelo encaje inducido, la forma del sitio activo es complementaria del sustrato solo después
que éste se une a la enzima.
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b) Factores que afectan la actividad enzimática
Efecto del pH: Las enzimas actúan dentro de límites estrechos de pH (pH óptimo de
la reacción).
Por ejemplo, la pepsina (enzima estomacal) tiene un pH óptimo de 2, al graficar su
actividad enzimática para valores crecientes de pH, comenzando desde la zona ácida,
se obtiene una curva en forma de campana. El máximo de la curva corresponde al pH
óptimo en el cual la enzima tiene su máxima actividad. En medios muy ácidos o muy
alcalinos, la enzima se desnaturaliza y se inactiva. Otras enzimas en cambio tienen una
actividad óptima a pH alcalino como la tripsina (enzima intestinal) (Figura 6).
Figura 7. Efecto de la temperatura sobre la actividad enzimática en una enzima típica humana y una
bacteria termófila.
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Concentración de sustrato: Principalmente,
la velocidad de la reacción o catálisis varía de
acuerdo a la concentración del sustrato. Al
aumentar la concentración de sustrato, la
actividad enzimática aumenta, hasta alcanzar
la velocidad máxima, punto donde la enzima se
satura, debido a que las enzimas tienen
todos sus sitios activos ocupados (Figura
8).
Inhibición competitiva
Sustrato
En la inhibición competitiva, figura 9,
el inhibidor tiene una conformación
espacial similar a la del sustrato, éste
compite por el sitio activo de la enzima.
Inhibidor competitivo
La unión del inhibidor competitivo con la
enzima no genera producto. La inhibición
puede ser revertida al aumentar la
concentración del sustrato ya la enzima
siempre tiene más afinidad por el
sustrato. Por ejemplo, el metotrexato es
un fármaco usado para el cáncer que
inhibe competitivamente a la enzima
dehidrofolato reductasa, que está
involucrada en la síntesis de ácidos
nucleicos en eucariontes.
Figura 9. En la inhibición competitiva, un
inhibidor se une temporalmente al sitio activo.
Inhibición no competitiva
En la inhibición no competitiva el inhibidor no se une
al sitio activo de la enzima, sino que se une a un sitio
distinto de este, alterando la forma de la enzima de tal
forma que el sustrato se puede unir pero no hay
catálisis. Al igual que en la inhibición competitiva, la
enzima se libera del inhibidor y, por ello, es reversible.
Por ejemplo, la fisostigmina es un inhibidor no
competitivo usado para el tratamiento de la miastenia
gravis. Inhibe la acetilcolinesterasa (una enzima que
descompone la enzima a colina y acetato) de manera
que los niveles de acetilcolina se mantienen elevados. Inhibidor no competitivo
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Inhibidores irreversibles
Las células y el organismo, deben regular todas sus vías metabólicas constantemente, esto por la
gran necesidad de mantener estables sus condiciones internas, es decir, su homeostasis.
En la regulación enzimática participan sustancias que actúan como inhibidores, los cuales
reducen la velocidad de las reacciones catalizadas. Hay inhibidores naturales que regulan el
metabolismo y otros artificiales que permiten tratar enfermedades o eliminar bacterias
patógenas. Los inhibidores se clasifican como irreversibles y reversibles.
Regulación alostérica
Las enzimas alostéricas, por lo general, poseen una estructura de dos o más unidades
polipeptídicas y su actividad está controlada por efectores que se unen un sitio alostérico que
está separado del sitio activo.
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En una vía metabólica, como en el ejemplo de la figura 11, se observa una secuencia de
reacciones, cada una de ellas catalizada por una enzima particular.
La primera reacción se denomina “paso obligado”, porque una vez que ocurre, necesariamente
seguirán el resto de reacciones de la vía hasta culminar con el producto final. Este “paso
obligado” está catalizado por una enzima alostérica. Si la célula tiene suficiente de este producto,
¿cómo frena esta vía? Cuando el producto final está en altas concentraciones actúa como un
efector, se une a la enzima alostérica del “paso obligado”, inactivándola.
Figura 11. Inhibición de las vías metabólicas. El paso obligado es catalizado por una enzima alostérica
que puede ser inhibida por el producto final de la vía. La vía específica que se muestra aquí es la síntesis de
isoleucina, un aminoácido, a partir de la treonina. Esta particular serie de reacciones es realizada por
bacterias, pero es típica de muchas reacciones catalizadas enzimáticamente.
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PREGUNTAS PSU
1. Los aminoácidos son las unidades básicas de las proteínas. La unión química o peptídica entre
dos aminoácidos ocurre entre los grupos
A) hidroxilo y carbonilo.
B) carbonilo y amino.
C) amino y carboxilo.
D) carboxilo y carbonilo.
E) amino e hidroxilo.
2. El siguiente gráfico muestra el curso de una reacción enzimática en una reacción química:
A) Solo I.
B) Solo II.
C) Solo III.
D) Solo I y II.
E) Solo I y III.
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3. La siguiente figura muestra la relación entre la velocidad de una reacción catalizada por una
enzima, en función de la concentración de sustrato:
A) Solo I.
B) Solo II.
C) Solo I y II.
D) Solo I y III.
E) I, II y III.
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4. El gráfico muestra las curvas de actividad enzimática en función de la concentración de
sustrato para una enzima normal y una enzima que ha sufrido una mutación.
A partir del gráfico, se puede afirmar correctamente que la mutación afectó la(s) región(es)
de la proteína que determina(n)
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1.2. ÁCIDOS NUCLEICOS
El DNA es el material genético que los organismos heredan de sus padres. En él están los genes,
porciones específicas de la macromolécula de DNA, que programan las secuencias de aminoácidos
y que corresponde a la estructura primaria de las proteínas. De este modo, y a través de las
acciones de las proteínas, el DNA controla la vida de la célula y del organismo.
1.2.1. NUCLEÓTIDOS
Los componentes de los nucleótidos son:
Azúcar: es una molécula de cinco carbonos, por lo cual, se llama pentosa. Se puede utilizar
desoxirribosa (en ADN) o ribosa (en ARN y nucleótidos libres).
Los nucleótidos se pueden encontrar dentro de la célula como unidades libres, participando en
numerosos procesos metabólicos o unidos entre sí formando polímeros de desoxirribonucleótidos
(ADN) o polímeros de ribonucleótidos (ARN).
Base nitrogenada
Fosfato
OH en RNA
Pentosa H en DNA
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1.2.2. FORMACIÓN DE POLÍMEROS (POLINUCLEÓTIDOS)
Enlace fosfodiester
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1.2.3. POLINUCLEÓTIDOS: ADN Y ARN
Dado que todos los ácidos nucleicos pueden considerarse polímeros de nucleótidos, se les designa
al ADN y ARN como polinucleótidos. A continuación, se presenta en la tabla 2 la comparación
entre ambos ácidos nucleicos.
ADN ARN
PENTOSA desoxirribosa ribosa
Purinas adenina, adenina,
BASES (dos anillos) guanina guanina
NITROGENADAS Pirimídicas citosina, citosina,
(un anillo) timina uracilo
FOSFATO PO43- PO43-
Todos los organismos celulares, tanto procariotas como eucariotas, tienen DNA de
doble cadena como molécula hereditaria. En las células eucariotas, el DNA se
encuentra en el núcleo y una pequeña cantidad en las mitocondrias y en los
cloroplastos. En las células procariotas, la molécula de DNA es bicatenaria,
circular, cerrada y desnuda (libre de histonas), igual que en mitocondrias y
cloroplastos. Además, posee pequeños anillos de DNA llamados plásmidos.
Estructura primaria
Estructura secundaria
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(a)
(b)
Figura 14. (a) Estructura de la doble hélice del DNA, según Watson y Crick (1953). (b) Estructura secundaria
del DNA mostrando las hebras antiparalelas y la complementariedad entre las bases nitrogenadas. Según la regla
de Chargaff: (adenina=timina y guanina=citosina).
Estructura terciaria
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El DNA de los eucariontes, que desplegado mediría como un centímetro, debe
empaquetarse para caber en un espacio de un micrómetro. Para conseguir el
máximo empaquetamiento se une a proteínas de dos tipos: histonas y
proteínas cromosómicas no histonas. Estas últimas incluyen miles de
proteínas con funciones muy diversas, como la síntesis de RNA o de DNA,
entre otras. Esta asociación DNA-proteínas forma una unidad estructural y
funcional llamada cromatina.
La forma en que se pliega la molécula de DNA en el núcleo de las células
eucariontes es importante por dos razones: permite disponer de grandes
moléculas en poco espacio y determina la actividad de los genes.
Las histonas son proteínas estructurales que contienen gran cantidad de
aminoácidos con carga positiva, por lo que se unen estrechamente al DNA.
También, se ha demostrado que son reguladoras de la actividad de muchos
genes, es decir, son capaces de promover su expresión.
Composición
El RNA es un polirribonucleótido formado fundamentalmente por lo
ribonucleótidos de adenina, guanina, citosina y uracilo (en vez de la timina del
DNA). La pentosa es la ribosa. Los RNA suelen ser monocatenarios, salvo en
algunos virus, aunque pueden presentar regiones de apareamiento
intracatenarias. Aun cuando cada molécula de ARN tiene una sola cadena de
nucleótidos, eso no significa que se encuentra siempre como una estructura
lineal simple. En algunas moléculas de ARN suelen existir tramos con bases
complementarias, lo que da lugar a puentes de hidrógeno entre los pares de
nucleótidos A-U y C-G en varias regiones de una misma molécula.
Se distinguen tres tipos principales de ARN: RNA mensajero (mRNA), RNA de
transferencia (tRNA) y RNA ribosómico (rRNA). Se encuentran presentes en
las células procariontes y en las eucariontes se les ubica en el núcleo,
citoplasma y en el interior de mitocondrias y cloroplastos (Figura 16).
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ACTIVIDAD 2
1 2 3 4
Figura A Figura B
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3. Se presenta en la siguiente tabla, datos obtenidos por Erwin Chargaff al analizar el ADN de
diferentes especies.
% Púricas % Pirimídicas
Fuente
Adenina Guanina Citosina Timina
Humano 30.4 19.6 19.9 30.1
Buey 29.0 21.2 21.2 28.7
E. coli (bacteria) 24.7 26.0 25.7 23.6
Erizo de mar 32.8 17.7 17.3 32.1
Con los datos aportados por la tabla, es correcto afirmar que en el ADN de:
(Justifique su respuesta en la línea de puntos).
E. coli hay un mayor porcentaje de bases unidas por tres puentes de hidrógeno que en
el ADN humano.
………………………………………………………………………………………………………………………………………………
buey y de erizo de mar hay un mayor porcentaje de bases unidas por dos puentes de
hidrógeno, que por tres.
………………………………………………………………………………………………………………………………………………
……………………………………………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………………………………………………………………………………
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GLOSARIO
Adenosín difosfato (ADP): Nucleótido compuesto por adenina, ribosa y dos grupos fosfatos, formado por
la eliminación de un fosfato de una molécula de ATP.
AMP cíclico: Forma de adenosina monofosfato (AMP) en la cual los átomos del grupo fosfato forman un
anillo. Funciona como "segundo mensajero” para muchas hormonas y neurotransmisores de los vertebrados.
Anabolismo: Corresponde a la suma de todas las reacciones químicas, que ocurren dentro de una célula u
organismo, en las cuales las moléculas pequeñas se unen para formar una molécula compleja. Son
reacciones de síntesis o formación de sustancias. Lo contrario corresponde a catabolismo.
Catabolismo: Corresponde a la suma de todas las reacciones químicas, que ocurren dentro de una célula u
organismo, en las cuales las moléculas grandes se desintegran en partes más pequeñas. Son reacciones de
degradación o rompimiento de sustancias. Lo contrario corresponde a anabolismo.
Catalizador: Sustancia que disminuye la energía de activación de una reacción química formando una
asociación temporal con las moléculas reactivas; como resultado, la velocidad de la reacción se acelera. Las
enzimas son biocatalizadores.
Cofactor: Sustancia no proteínica necesaria en la actividad normal de una enzima; algunos cofactores son
inorgánicos (usualmente iones metálicos) y otros son orgánicos, en cuyo caso se denominan coenzimas.
Enlace peptídico: Corresponde al tipo de enlace formado cuando dos aminoácidos se unen por los
extremos. El grupo ácido (–COOH) de un aminoácido se une covalentemente al grupo básico (–NH2) del
siguiente y se elimina una molécula de agua (H2O). Forma el grupo funcional orgánico amida.
Enzima: Proteína que sirve como catalizador biológico, acelerando una reacción química específica,
recuperándose sin cambios al final del proceso. No forma parte de los productos.
Endergónico: Se aplica a las reacciones químicas o procesos que requieren del aporte de energía.
Histona: Molécula proteica básica y pequeña que está asociada con el DNA y es importante en el
empaquetamiento del DNA en el cromosoma eucariótico.
Metabolismo: Corresponde a la suma de todas las reacciones químicas tanto de síntesis como de
degradación de sustancias que ocurren dentro de una célula u organismo.
NAD+: Dinucleótido de nicotinamida-adenina; una coenzima que forma parte de la enzimas que transportan
electrones durante las reacciones redox del metabolismo celular. El signo de adición indica que la molécula
está oxidada y lista para tomar hidrógenos, la forma reducida que transporta al hidrógeno es NADH + H+.
Nucleósido: Monómero orgánico que está formado por un azúcar de cinco carbonos que está unido
covalentemente a una base nitrogenada. Los nucleósidos son los elementos de formación de los nucleótidos,
basta con agregar un grupo fosfato para forma uno.
Sitio activo: Corresponde a la región de una enzima que se une temporalmente al sustrato durante la
reacción catalizada por ella.
Transcripción: Proceso por el cual se sintetiza RNA usando una plantilla de DNA. Ocurre dentro del núcleo
en células eucariontes.
Transcriptasa inversa: Enzima que cataliza la síntesis de DNA sobre una plantilla de RNA
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Preguntas de selección múltiple
1. Los aminoácidos son unidades básicas que estructuran las proteínas, de ellos podemos
afirmar que
A) Elastina
B) Flagelos
C) Bases nitrogenadas
D) Filamentos de actinas
E) Membrana plasmática
Es (son) correcta(s)
A) solo I.
B) solo II.
C) solo I y III.
D) solo II y III.
E) I, II y III.
A) contracción muscular.
B) transporte de lípidos en la sangre.
C) de reserva energética a corto plazo.
D) catalizadoras en el metabolismo celular.
E) tener función estructural en la membrana plasmática.
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5. Un menor presenta una severa desnutrición proteica, lo más probable que presente la(s)
siguiente(s) anomalía(s)
I) anemia.
II) disminución en su metabolismo.
III) problemas con su sistema inmune.
A) Solo I.
B) Solo II.
C) Solo I y II.
D) Solo II y III.
E) I, II y III.
A) la secuencia de nucleótidos.
B) el grupo fosfato que presente el nucleótido.
C) los tipos de nucleótidos que presenta cada ADN.
D) la cantidad de hebras en sus moléculas de ADN.
E) la cantidad de enlaces entre bases complementarias.
7. Una molécula de ADN (no marcada radiactivamente), es sometida a tres ciclos sucesivos de
replicación en una solución que presenta sólo nucleótidos marcados radiactivamente.
Respecto a lo esperado al final del proceso, podríamos inferir que
Es (son) correcta(S)
A) solo I.
B) solo II.
C) solo III.
D) solo II y III.
E) I, II y III.
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9. ¿Cuál de las siguientes bases nitrogenadas NO está presente en los ribosomas?
A) Guanina
B) Citosina
C) Adenina
D) Timina
E) Uracilo
A) Solo I.
B) Solo II.
C) Solo III.
D) Solo I y II.
E) I, II y III.
DMQ-BM04
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